lowQualScore : 1 111
lowQualScore : 0 3 44 4444 22 1 1 1 333 555555 3 4
lowQualScore : . . .. .... .. . . . ... ...... . .
lowQualScore : 1 3 88 0000 66 9 9 9 555 555555 7 7
consensus : AAGGGTCCACACTC--GCTT----TTCAAGAATGGG--AA-TATT-CCCT-GCCTCT------TATAATTAAGCAATTATAAA
Reference ( gi|120971 ) : AAGGGTCAACACTC--GCTT----TTCAAGAATGGG--AA-TATT-CCCT-GTCCCT------TATAATTAAGCAATCATGAA
gi|120969 : AAGGGTCCACACTC--ACTT----TTCAAGAATGGG--GA-TATT-CTCT-GTCTCT------TATAATTAAGCAATCATAAA
gi|120970 : AAGGGTCCAAACTC--GCTT----TTCAAGAATGAG--AA-TATT-CCCT-GCTTCT------TTTAATTAAGCAATTATAAA
gi|120973 : AAGGGTCCACACTC--GCTT----TTCAGGAATATG--AA-TAGT-CCCT-GCCTCT------TATAATTAAGCAATTA
gi|120974 : AAGGGTCCACACTC--GCTT----TTTAAGAATAAG--AA-TGTT-CCCT-GCCTCT------TTTAATTAAGCAATaaaa
gi|120972 : AAGTATCCACGCTC--GCTT----TTCAAGAATGGG--AA-TATC-CCCT-GT--CT------TATAATTTAGCAATTATAAAtgtaa
gi|120968 : AAGAACCCACACTC--GCTT----TTCAAGAATGGA--AA-TATC-CTCT-GCCTCT------TATAATCAAGCAAT
gi|120976 : AAGAATCCAAACTC--GCTT----TTCAAGAATGGT--AC-TATC-CCTT-GCTGCT------TATGATTAAGCAGTCATAAAtttaaa
gi|120978 : AAGGGTCCACACAA--AATT----TTCAAGAATGGG--AT-TATT-CCCT-GGTTCT------TATAATTAAGTAAATATAAA
gi|120977 : AAGATTCCACAGTC--GCTT----TTCAAGAATGAG---A-TATC-TTTT-GTCTCT------TATAATTAAGCAA
gi|120975 : AAGAATCCACACTTTAGCTTCGTTTTCAAGAAAGGG--AA-TGTC-CTCT-GCCTCT------TATTATTAAGCAATTATAAAattttataaa
gi|120979 : AAGAGTCCACGCTC--ACTT----CTTAAGAACTGG--AA-TATT-CCTT-GCCACTTACATGTATAATGAAGTAATTATGAA
gi|120981 : AGGAGTCCACACTC--GCTA----TTCAAGTATTGG---A-TTTT-CCCT-ACTTCT------TAAACTTAAGTAATTA
gi|120983 : TCCACACTG--GTTT----TTCAGGAATGGA--AA-TATT-CCCT-GCATCT------AATAATTAAGTAATTGTAAAca
gi|120980 : CAA-ATTC--GCTT----TTCAAGAATTGG--CA-TATT-CCCT-GCCGCT------TA
gi|120985 : aaaaatcATATTT--GCTT----TTCAGAAATGGG--AA-TATA-CCCT-G-CGTC------TATAATGAAGCAATTATAAA
gi|120986 : ATATTT--GCTT----T-CAAGAATGGG--AA-TA-T-ACCT-G--CGC------TATAATGAAGCAATTATA
gi|120984 : ACATTC--GCTT----C-CAAGAATGGGTTAT-TATT-TCCT-GCCTCT------TATA
gi|120982 : cACACTTT-GCTT----TTCAAGTATGGG--AT-TATT-ATCT-ACTTCT------TGTAATTACGTAA
gi|120987 : agagtccatgtCACTC--GCTT----TTCAAGAATAGG--AATTATTACCCT-GCTTCT------GA-GATTAAG
gi|120988 : CTC--GCTT----TTCAATAATGGG--AA-TATC-CCCT-GCCTCT------TATAATTAGGTAATTATAAAatattaaaa
gi|120989 : T----TTCAAGAATGGG--AT-TATT-CCCTGGTTC--------TATAATTAAGTAAATATAAA
Alignments
lowQualScore : 4444 44 3333 22 1 1 1 555555 333
lowQualScore : .... .. .... .. . . . ...... ...
lowQualScore : 2222 55 9999 55 8 8 8 222222 555
consensus : AAGGGTCCA----CACTC--GCTT----TTCAAGAATGGG--AA-TATT-CCCTGC-CTCT------TATAATTAAGCAA---TTATAAA
Reference ( family-798 ) : AAGGGTCCA----CACTC--GCTT----TTCAAGAATGGG--AA-TATT-CCCTGC-CTCT------TATAATTAAGCAA---TTATAAA
gi|120968 : AAGAACCCA----CACTC--GCTT----TTCAAGAATGGA--AA-TATC-CTCTGC-CTCT------TATAATCAAGCAA---TTTTAAA
gi|120969 : AAGGGTCCA----CACTC--ACTT----TTCAAGAATGGG--GA-TATT-CTCTGT-CTCT------TATAATTAAGCAA---TCATAAA
gi|120970 : AAGGGTCCA----AACTC--GCTT----TTCAAGAATGAG--AA-TATT-CCCTGC-TTCT------TTTAATTAAGCAA---TTATAAA
gi|120971 : AAGGGTCAA----CACTC--GCTT----TTCAAGAATGGG--AA-TATT-CCCTGT-CCCT------TATAATTAAGCAA---TCATGAA
gi|120972 : AAGTATCCA----CGCTC--GCTT----TTCAAGAATGGG--AA-TATC-CCCTG---TCT------TATAATTTAGCAA---TTATAAA
gi|120973 : AAGGGTCCA----CACTC--GCTT----TTCAGGAATATG--AA-TAGT-CCCTGC-CTCT------TATAATTAAGCAA---TTAAAAA
gi|120974 : AAGGGTCCA----CACTC--GCTT----TTTAAGAATAAG--AA-TGTT-CCCTGC-CTCT------TTTAATTAAGCAA---TTGTAA
gi|120975 : AAGAATCCA----CACTTTAGCTTCGTTTTCAAGAAAGGG--AA-TGTC-CTCTGC-CTCT------TATTATTAAGCAA---TTATAAA
gi|120976 : AAGAATCCA----AACTC--GCTT----TTCAAGAATGGT--AC-TATC-CCTTGC-TGCT------TATGATTAAGCAG---TCATAAA
gi|120977 : AAGATTCCA----CAGTC--GCTT----TTCAAGAATGAG---A-TATC-TTTTGT-CTCT------TATAATTAAGCAAATTTTATAAA
gi|120978 : AAGGGTCCA----CACAA--AATT----TTCAAGAATGGG--AT-TATT-CCCTGG-TTCT------TATAATTAAGTAA---ATATAAA
gi|120979 : AAGAGTCCA----CGCTC--ACTT----CTTAAGAACTGG--AA-TATT-CCTTGC-CACTTACATGTATAATGAAGTAA---TTATGAA
gi|120980 : TCCA----AATTC--GCTT----TTCAAGAATTGG--CA-TATT-CCCTGC-CGCT------TA
gi|120981 : aaaaaAGGAGTCCA----CACTC--GCTA----TTCAAGTATTGG---A-TTTT-CCCTAC-TTCT------TAAACTTAAGTAA---TTACA
gi|120982 : AGAGTCCATGTACACTTT-GCTT----TTCAAGTATGGG--AT-TATT-ATCTAC-TTCT------TGTAATTACGTAA---
gi|120983 : TCCA----CACTG--GTTT----TTCAGGAATGGA--AA-TATT-CCCTGC-ATCT------AATAATTAAGTAA---TTGTAAA
gi|120984 : CA----CATTC--GCTT----C-CAAGAATGGGTTAT-TATT-TCCTGC-CTCT------TATA
gi|120985 : A----TATTT--GCTT----TTCAGAAATGGG--AA-TATA-CCCTGC-GTC-------TATAATGAAGCAA---TTATAAA
gi|120986 : A----TATTT--GCTT----T-CAAGAATGGG--AA-TA-T-ACCTGCGC---------TATAATGAAGCAA---TTATAA
gi|120987 : ----CACTC--GCTT----TTCAAGAATAGG--AATTATTACCCTGC-TTCT------GA-GATTAAGATA---TTA-AAA
gi|120988 : CTC--GCTT----TTCAATAATGGG--AA-TATC-CCCTGC-CTCT------TATAATTAGGTAA---TTATAAA
gi|120989 : T----TTCAAGAATGGG--AT-TATT-CCCTGG-TTC-------TATAATTAAGTAA---ATATAAA
Alignments
lowQualScore : 4444 44 3333 22 1 1 1 555555 333
lowQualScore : .... .. .... .. . . . ...... ...
lowQualScore : 2222 55 9999 55 8 8 8 222222 555
consensus : AAGGGTCCA----CACTC--GCTT----TTCAAGAATGGG--AA-TATT-CCCTGC-CTCT------TATAATTAAGCAA---TTATAAA
Reference ( family-798 ) : AAGGGTCCA----CACTC--GCTT----TTCAAGAATGGG--AA-TATT-CCCTGC-CTCT------TATAATTAAGCAA---TTATAAA
gi|120968 : AAGAACCCA----CACTC--GCTT----TTCAAGAATGGA--AA-TATC-CTCTGC-CTCT------TATAATCAAGCAA---TTTTAAA
gi|120969 : AAGGGTCCA----CACTC--ACTT----TTCAAGAATGGG--GA-TATT-CTCTGT-CTCT------TATAATTAAGCAA---TCATAAA
gi|120970 : AAGGGTCCA----AACTC--GCTT----TTCAAGAATGAG--AA-TATT-CCCTGC-TTCT------TTTAATTAAGCAA---TTATAAA
gi|120971 : AAGGGTCAA----CACTC--GCTT----TTCAAGAATGGG--AA-TATT-CCCTGT-CCCT------TATAATTAAGCAA---TCATGAA
gi|120972 : AAGTATCCA----CGCTC--GCTT----TTCAAGAATGGG--AA-TATC-CCCTG---TCT------TATAATTTAGCAA---TTATAAA
gi|120973 : AAGGGTCCA----CACTC--GCTT----TTCAGGAATATG--AA-TAGT-CCCTGC-CTCT------TATAATTAAGCAA---TTAAAAA
gi|120974 : AAGGGTCCA----CACTC--GCTT----TTTAAGAATAAG--AA-TGTT-CCCTGC-CTCT------TTTAATTAAGCAA---TTGTAA
gi|120975 : AAGAATCCA----CACTTTAGCTTCGTTTTCAAGAAAGGG--AA-TGTC-CTCTGC-CTCT------TATTATTAAGCAA---TTATAAA
gi|120976 : AAGAATCCA----AACTC--GCTT----TTCAAGAATGGT--AC-TATC-CCTTGC-TGCT------TATGATTAAGCAG---TCATAAA
gi|120977 : AAGATTCCA----CAGTC--GCTT----TTCAAGAATGAG---A-TATC-TTTTGT-CTCT------TATAATTAAGCAAATTTTATAAA
gi|120978 : AAGGGTCCA----CACAA--AATT----TTCAAGAATGGG--AT-TATT-CCCTGG-TTCT------TATAATTAAGTAA---ATATAAA
gi|120979 : AAGAGTCCA----CGCTC--ACTT----CTTAAGAACTGG--AA-TATT-CCTTGC-CACTTACATGTATAATGAAGTAA---TTATGAA
gi|120980 : TCCA----AATTC--GCTT----TTCAAGAATTGG--CA-TATT-CCCTGC-CGCT------TA
gi|120981 : aaaaaAGGAGTCCA----CACTC--GCTA----TTCAAGTATTGG---A-TTTT-CCCTAC-TTCT------TAAACTTAAGTAA---TTACA
gi|120982 : AGAGTCCATGTACACTTT-GCTT----TTCAAGTATGGG--AT-TATT-ATCTAC-TTCT------TGTAATTACGTAA---
gi|120983 : TCCA----CACTG--GTTT----TTCAGGAATGGA--AA-TATT-CCCTGC-ATCT------AATAATTAAGTAA---TTGTAAA
gi|120984 : CA----CATTC--GCTT----C-CAAGAATGGGTTAT-TATT-TCCTGC-CTCT------TATA
gi|120985 : A----TATTT--GCTT----TTCAGAAATGGG--AA-TATA-CCCTGC-GTC-------TATAATGAAGCAA---TTATAAA
gi|120986 : A----TATTT--GCTT----T-CAAGAATGGG--AA-TA-T-ACCTGCGC---------TATAATGAAGCAA---TTATAA
gi|120987 : ----CACTC--GCTT----TTCAAGAATAGG--AATTATTACCCTGC-TTCT------GA-GATTAAGATA---TTA-AAA
gi|120988 : CTC--GCTT----TTCAATAATGGG--AA-TATC-CCCTGC-CTCT------TATAATTAGGTAA---TTATAAA
gi|120989 : T----TTCAAGAATGGG--AT-TATT-CCCTGG-TTC-------TATAATTAAGTAA---ATATAAA
blockSeqs : TGTA TA CGTT TT T A G TACATG ATT
blockSeqs : . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AAGGGTCCA----CACTC--GCTT----TTCAAGAATGGG--AA-TATT-CCCTGC-CTCT------TATAATTAAGCAA---TTATAAA
finalCons : AAGGGTCCA----CACTC--GCTT----TTCAAGAATGGG--AA-TATT-CCCTGC-CTCT------TATAATTAAGCAA---TTATAAA
Alignments
lowQualScore : 4444 44 3333 22 1 1 1 555555 333
lowQualScore : .... .. .... .. . . . ...... ...
lowQualScore : 2222 55 9999 55 8 8 8 222222 555
consensus : AAGGGTCCA----CACTC--GCTT----TTCAAGAATGGG--AA-TATT-CCCTGC-CTCT------TATAATTAAGCAA---TTATAAA
Reference ( family-798 ) : AAGGGTCCA----CACTC--GCTT----TTCAAGAATGGG--AA-TATT-CCCTGC-CTCT------TATAATTAAGCAA---TTATAAA
gi|120968 : AAGAACCCA----CACTC--GCTT----TTCAAGAATGGA--AA-TATC-CTCTGC-CTCT------TATAATCAAGCAA---TTTTAAA
gi|120969 : AAGGGTCCA----CACTC--ACTT----TTCAAGAATGGG--GA-TATT-CTCTGT-CTCT------TATAATTAAGCAA---TCATAAA
gi|120970 : AAGGGTCCA----AACTC--GCTT----TTCAAGAATGAG--AA-TATT-CCCTGC-TTCT------TTTAATTAAGCAA---TTATAAA
gi|120971 : AAGGGTCAA----CACTC--GCTT----TTCAAGAATGGG--AA-TATT-CCCTGT-CCCT------TATAATTAAGCAA---TCATGAA
gi|120972 : AAGTATCCA----CGCTC--GCTT----TTCAAGAATGGG--AA-TATC-CCCTG---TCT------TATAATTTAGCAA---TTATAAA
gi|120973 : AAGGGTCCA----CACTC--GCTT----TTCAGGAATATG--AA-TAGT-CCCTGC-CTCT------TATAATTAAGCAA---TTAAAAA
gi|120974 : AAGGGTCCA----CACTC--GCTT----TTTAAGAATAAG--AA-TGTT-CCCTGC-CTCT------TTTAATTAAGCAA---TTGTAA
gi|120975 : AAGAATCCA----CACTTTAGCTTCGTTTTCAAGAAAGGG--AA-TGTC-CTCTGC-CTCT------TATTATTAAGCAA---TTATAAA
gi|120976 : AAGAATCCA----AACTC--GCTT----TTCAAGAATGGT--AC-TATC-CCTTGC-TGCT------TATGATTAAGCAG---TCATAAA
gi|120977 : AAGATTCCA----CAGTC--GCTT----TTCAAGAATGAG---A-TATC-TTTTGT-CTCT------TATAATTAAGCAAATTTTATAAA
gi|120978 : AAGGGTCCA----CACAA--AATT----TTCAAGAATGGG--AT-TATT-CCCTGG-TTCT------TATAATTAAGTAA---ATATAAA
gi|120979 : AAGAGTCCA----CGCTC--ACTT----CTTAAGAACTGG--AA-TATT-CCTTGC-CACTTACATGTATAATGAAGTAA---TTATGAA
gi|120980 : TCCA----AATTC--GCTT----TTCAAGAATTGG--CA-TATT-CCCTGC-CGCT------TA
gi|120981 : aaaaaAGGAGTCCA----CACTC--GCTA----TTCAAGTATTGG---A-TTTT-CCCTAC-TTCT------TAAACTTAAGTAA---TTACA
gi|120982 : AGAGTCCATGTACACTTT-GCTT----TTCAAGTATGGG--AT-TATT-ATCTAC-TTCT------TGTAATTACGTAA---
gi|120983 : TCCA----CACTG--GTTT----TTCAGGAATGGA--AA-TATT-CCCTGC-ATCT------AATAATTAAGTAA---TTGTAAA
gi|120984 : CA----CATTC--GCTT----C-CAAGAATGGGTTAT-TATT-TCCTGC-CTCT------TATA
gi|120985 : A----TATTT--GCTT----TTCAGAAATGGG--AA-TATA-CCCTGC-GTC-------TATAATGAAGCAA---TTATAAA
gi|120986 : A----TATTT--GCTT----T-CAAGAATGGG--AA-TA-T-ACCTGCGC---------TATAATGAAGCAA---TTATAA
gi|120987 : ----CACTC--GCTT----TTCAAGAATAGG--AATTATTACCCTGC-TTCT------GA-GATTAAGATA---TTA-AAA
gi|120988 : CTC--GCTT----TTCAATAATGGG--AA-TATC-CCCTGC-CTCT------TATAATTAGGTAA---TTATAAA
gi|120989 : T----TTCAAGAATGGG--AT-TATT-CCCTGG-TTC-------TATAATTAAGTAA---ATATAAA