lowQualScore : 1111 333333333333333333333333 11111 11111111111111 222222222222222222222 1111111 111 11111111 11111 22
lowQualScore : 2 2 2 33 2 2 2 2 55 6 2 2 66 66 55 55 77777 2 0000 2 4 4 2 4 4 666 111111111111111111111111 2 22 11111 2 2 2 8888 333 2 666666 2 2 2 33 55 55 4 33 9999 22 6 4 22 2 22 4 88888888 2 33 2 333 5555 2 333 88 333 4444 2 11111111111111 55 2 222222222222222222222 2 6666666 000 333 33 66666666 2 55 2 33 333 00000 7777777 4 33 4 444 3 666 33 33 00
lowQualScore : . . . .. . . . . .. . . . .. .. .. .. ..... . .... . . . . . . ... ........................ . .. ..... . . . .... ... . ...... . . . .. .. .. . .. .... .. . . .. . .. . ........ . .. . ... .... . ... .. ... .... . .............. .. . ..................... . ....... ... ... .. ........ . .. . .. ... ..... ....... . .. . ... . ... .. .. ..
lowQualScore : 4 2 2 11 2 2 2 2 33 7 2 2 33 11 33 33 88888 2 0000 2 4 4 2 4 4 111 000000000000000000000000 2 99 66666 1 1 1 7777 777 1 111111 1 1 2 11 33 33 4 99 5555 99 3 2 99 1 99 2 66666666 2 11 2 999 7777 1 777 77 999 7777 4 77777777777777 44 2 666666666666666666666 2 4444444 666 999 11 11111111 2 33 2 11 999 44444 6666666 7 22 7 111 2 555 22 44 99
consensus : AGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT-CAT-AT-TC-G--T--T--A-----C-GTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AAT-GGA--A-----T-A-G-TT----CCTGC---TA-T------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTC----AACA--TTC-T-C--TG-T--TA-TG-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-CT--A--C-T--GT-A-C-------------T----T--GC-AC-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGA--C---TC---G-GG-------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACGGT-CTAAAT
Reference ( gi|120764 ) : AGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT-CAT-AT-TT-G--T--T--A-----C-GTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AAT-GGA--A-----T-A-G-TT----CCTGC---TA-T------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTC----AACA--TTT-T-C--TG-T--TA-TG-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-CT--A--C-T--GT-A-C-------------T----T--GC-AC-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGA--C---TC---A-GG-------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACGGT-GTAAAT
gi|120766 : AGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT-CAT-AT-TC-G--T--T--A-----C-GTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AA--GGA--A-----T-A-G-AT----CCTGC---TA-T------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTC----AACA--TTT-T-C--TG-T--TA-TG-----A--AAC--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-CT--A--C-T--GT-A-C-------------T----T--GC-AC-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGA--C---TC---A-GG-------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACGGT-CTAAAT
gi|120765 : AGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT-CAT-AT-TT-G--T-----A-----C-GTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AA---------------GAT-GGA--A-----T-A-G-TT----CCTGC---TA-T------C-T--A-GG--CA--TT--TG-TC-CTC----A-CA--TTT-T-C--TG-T--TA-TG-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-CT--A--C-T--GT-A-C-------------T-------GC-AC-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGA--C---TC---A-GG-------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACG
gi|120767 : AGGTAG-G-CC-T--A-A-A--TAT-TG-TT-CAT-AT-TC-G--T--T--A-----C-GTC-----A-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AAT-GGA--A-----T-A-G-TTT---CCTGC---TAAT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTTCA--AACA--TTT-T-C--TG-T--TA-TGG----A--A-C--ATCT-CTTGGC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-CTT-A--C-T--GT-AGC-------------T----T--GC-ACC------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGA--C---TC---A--G-------TG-AGGC--TC-T----GACCAG--TTTTGT--CAAAAACGGT-CTAAAT
gi|120761 : AGGTAT-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT-CAT-AT-TC-G--T--T--A-----C-GTT----TA-GAA-TAT-C-T-C-TA---A-------TG---------------AAT-GGA--A-----T-A-G-TT----CCAGC---TA-T------C-T-CA-GA--CA--TT--TG-TG-CTC----AACA--TTC-T-C--TG-T--TA-TG-----A--A-C--ATCC-T---GT---GAAG-T---TGTGT--T---AA----AATTA-A---T--G--C-TAAG--A-C-------------T----G--GG-CC-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGA--C---TC---G-GG-------TG-AGGC--TC-TA---GAGGA---TTTTAT--C--AAATGGT-CTAAAT
gi|120760 : aaggtAGGTAG-G-CC-T--A-A-CA-TAT-T--TT-CAT-AT-TC-G--T--T--A-----C-GTC----TA-GAA-TAT-C-T-C-TA---A-------TG---------------AAT-GGA--A-----T-A-G-TT----CCAGC---TA-T------C-T-CA-GA--CA--TT--TG-TG-CTC----AACA--TTC-T-C--TA-T--TA-TG-----A--A-C--ATCT-T---GC---GAAA-T---TGTGT--T---AA----AATTA-A---T--G--C-TAAG--A-C-------------T----G--GG-CC-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGA--C---TC---G-GG-------TG-AGAC--TC-TA---GAGGA---TTTTAT--C--AAATGGT-CTAAAT
gi|120762 : aaggtAGGTAG-G-TC-T--A-A-AA-TGT-T--TT-CAT-AT-TC-G--T--T--A-----C-GTC----TA-TAA-TAT-C-T-C-TA---A-------TG---------------AAT-GGA--A-----T-A-G-TT----CCAGC---TA-T------C-T-CA-GA--CA--TT--TG-TG-CTC----AACA--TTC-T-C--TG-T--TA-TG-----A--A-C--ATCT-T---GC---AAAG-T---TTTGT--T---AA----AATCA-A---T--G--C-TAAG--A-C-------------T----G--GG-CC-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGA--C---TC---G-GG-------TG-AGGC--TC-TA---GAAGA---TTGTAT--C--AAATGGT-CTAAAT
gi|120768 : aaggtAGGTAG-G-CCCT--A-A-AA-TAT-T--TT-CAT-AT-TC-G--T--T--A-----A-CTC----TA-GAA-TGT-C-TCC-TAT--A-------AG---------------AATGGGA--A-----TAA-G-TT----CCTGC---CA-T------C-T-CA-GG--CA--TT--CG-TC-CTC----AACAATTTT-T-C--TG-T--TA-TG-----AT-A-C--ATC--T---G----TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-CT--A--C-T--GT-A-C------------------T--GA-AC--------TG---TT---GA--CA--------GTCCGT-TTC-AGA--C---TC---A-GG-------TG-AGGC---C-AA---GACAA---TTTTGT--C--AAACGGTCCTAAAT
gi|120769 : AAGTAG-G-CT------A-AA-TAT-T--TTTCATTAT-CTCG--T--T--------C-GT-----TA-GA--TGT-C-TTC-TA---A-------A-----------------AT-GGA--A-------A-A-TT----CCT-C---TA--------C-T-CA-GG--CA--T----G-TCGCTCG---AACA--TTTCT-C--TG-T--TA-TT-----AGTA-C--ATCT-----GC---TAA--T---TGTGC--T---AA----AATCA-ACTCT--A--C-G--CT-A-C-------------T----T--GC-AC-------TTG---TTACGTA--TG--------AT-CG--TTC-AGA--C---TC---G-GG-------TG-GAGC--TC-TA---GACCA---TTTT-T--C--AAACGTT-CTAAAT
gi|120772 : AGGTAGCG-CC-CTGA-A-AA-TAT-T--TT-TGT-CTATT-GAGT--T--A-----C-GTC----TA-GAAATGT-CCT-CGTA---A-------AA---------------GAT-GGA--GGACCGT-A-G-TT----CTTGCGCTTC-T------C-TTCA-GG--CA--TTG-TG-TC-CTC----AACA--TTT-TTC--TGGT--TA-TG-----AT-A-TCGATCT-T---GCCTATAAG-T---TGTGA--G---TA----AATCA-AC-AG--A--C-G--GT-A-C-------------T----T--GCTACTGCTATTTTGC--TT---TA--CA--------GT-CGCCTTCAAGA--C---TCTCAA-AG-------TGTAGGC--TCATAATTGACCA---ATTTGT--C--AAA
gi|120771 : AGGTAT-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TTTCAT-AT-TC-G--T--T--A-----C-TTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------GGGAGAGAATTGTGGTTAAT-GGA--AG----T-A-G-TT----CTTGC---TA-T------C-A-CA-G---CT--TT--TGGTG-CTC----AACA--TTCCT-T--TG-T--TAATG-----A--A-C--ATCT-T---GC---GAAG-T---TGTGTGCT---AT----AGC----C-CT--AT-T-T--GC-A-C-------------TGCAGT--GC-AG-------TTG---TT---TA--CAGCGGTAAGGT-CG--TTC-AGA--T---TCT--A-G---------------------A---GAGCA---TTTTAT--C--t
gi|120770 : AGGTAT-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TTTCAT-AT-TC-G--T--T--A-----C-TTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------GGGAGAGAATTGTGGTTAAT-GGA--AG----T-A-G-TT----CTTGC---TA-T------C-A-CA-G---CT--TT--TGGTG-CTC----AACA--TTCCT-T--TG-T--TAATG-----A--A-C--ATCT-T---GC---GAAG-T---TGTGTGCT---AT----AGC----C-CT--AT-T-T--GC-A-C-------------TGCAGT--GC-AG-------TTG---TT---TA--CAGCGGTAAGGT-CG--TTC-AGA--T---TCT--A-G---------------------A---GAGCA---TTTTAT--C--
gi|120773 : AGGTAG-G-CC-T--A-ATAA-TAT-T--TT-TCC-AT-TT-A--TCGT--A-----CTGTTCA--TA-GAA-TGTAC-T-C-TA---A-------GA---------------AGT-GGA--AA----T-A-G-TTTATTCCTGC---TA-TATCTTTC-T-CA-GGTGCA--TTATTG-TA-CCT----AACA--TTT-TTC--TG-TATTA-AG-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---T-TGT--TTACAA----AATCACAC-CG--AACT-T--GT-A-C-------------T----TTAGC-ACT------TTGT--TT---TA--CA-----------TG--TTT-GGATTT---TC---ATGGACCATTCTG-AGGCCTTC-TA---GACCATTTTTTTGT--C--AA
gi|120774 : AAGTGA-A-CC-T--A-A-AAGTACAT--TT-CAC-AT-CTCG--TA-T--AA----T-GTC----TAAGAA-TGT---T-C-TA---A-------AG---------------GA---AA--A-----T-------------TGT---GA-T------CGT-CA-GG--CAA-TT--TG-TC-T------AACA--TTC-G-T--TG-T--AA-TG-----A--A-C--ATC--T---GC---GAGGTT---TGTGT--
gi|120775 : AGGT-G-G-CC-T--A-G-AA--AT-T--TT-CAT-AT-TC-G--T--T--A-----C-GTCT---TA-GAA-TGT-C-T-CGTA---A-------AG---------------AAT-GGG--A-----C-ATG-TC----CTTGC---TA-T------A-T-Cctgtttgataatagaaatagtcaagaacgttgtgttgtgttaattaaaatcagtgctaagcacaagtttgcttacagtcgttcagagtcgggtgaggctctagagcattttatcagatggtctaaat
gi|120776 : AGGTAT-G-CC-T--ACA-AA-TAT-G--TT-CAT-AT-TC-GCGT--T--A-----C-GTT----TA---A-T-----------------------------------------T-GGT--A-----T-A-G-TTA---TCTGC---TG-T--------T-CATAG--CCCTTT--TG-TG-CTC------CA--TTC-T-C--TG-T--TA-TG----------C--A-CT-T---GT---GAAG-TTTGTGTGC--T---AA----GGCCT-AT-TTGCA--C-T--GCAA-G-------------T----T--GA-GT-------TTAATTTT---TACTCA--------GC-CG--TAA-AGG--CCGTTC---A-GA-------T--------TC-TA---GAGCA---TTTTAT--
gi|120763 : GGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT-CAT-AT-TC-G--T--T--AGCCTAC-GTC----TA-AAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AAT-GGA--A-----T-A-G-TT----CCTGC---TA-T------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTC----AACA--TTT-T-C--TG-T--TA-TG-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--C---AA----AATCA-AC-CT--A--C-T--GT-A-C-------------T----T--GC-AC-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGA--C---TC---A-GG-------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACGGT-CTAAATaagat
gi|120777 : gtagGTAG-GGCC------A-AA-TAT-T------AT-AT-TC-G--T--TT-A-----C-GTC----TA-GAAATGT-C-T----A---A-------AG---------------TAT-GGAATA-----T-A-GTTT----CCCCT---TA-T------C-T-CA--G--CA---T--TG-TG-CTC----AACA--TTC-T----TG-C--TA-TA-----A--A-C--ATTTCT---GC---T---------------------------TCA-A--CT--A--C-T---T-A-C------------------T--GC-AC-------TTGT--TT---TA--CA--------GT-CG--TTC--GA--C---TC-----GG-------TGAAGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGTTCT--AGATGGT--TAAA
gi|120778 : -CC-T--A-A-AA-T-T-TCATT-AAT-AT-TC-G--T--TTTA-----C-GTCGAACTA-GAA-TGTAC-T-T-TACTTATTCGTTCAG---------------AAT-GGA--A-----T-A-A-TT----CCTGC---TA-T------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTCCTAAAACT--CTT-T-CTGTG-T--TA-TGTGAGTA--A-C--ATC--T---GC---TAAG-----TGTGT--T---AA----AA
gi|120779 : GA--A-----T-A-G-TT----CCTGC---TA-T------C-T-CA-GC--CT--TT--TG-TG-CAC----AACA--TTC-T-C--TG-T--TG-TG-----gatatccaatagcctatttgtatac
gi|120780 : C-CTC----AACA--TTC-T-G--TG-T--TA-TG-----A--A-C--ATCT-T---GC---GAAG-T---TGTGTGCT---AA----GGCCC-AG-CT--A--CTT--GC-A-CTGCAAGTTCAAAGT----T--GC-AG-------TTG---TT---TA--CA--------GC-CG--TTC-AGA--C---
gi|120774 : G-T---TGTGT--T---AATTAAAATCA----------------GT-G-C-------------T----AA-GC-ACAAGT---TTG---CT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGA--G---TC---G-GG-------TG-AGGC--TC-TA---GAGCA---TTTTAT--C--AGATGGT-CTAAAT
gi|120781 : aagtgaacctaaaagtacatttcacatctcgtataatgtctaagaatgttctaaaggaaaattgtgatcgtcaggcaatttgtctaacattcgttgtaatgaacatctgcgaggtttgtgtctgtttgataatagaaatagtcaagaacgttgt-A-C-------------T----T--GC-AC-------TTG---TT---TA--CA--------GT-TG--TTC-AGA--C---TC---G-GG-------TG-A-GC--TCGTA---GA-CA---TTTTGT--C--AAACAGT-CTAAAT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222 11111 222222222222222222222 1111111 111 11111111
lowQualScore : 2 2 2 22 2 2 2 2 55 99 55 6 2 22 2 55 77777 2 9999 2 4 4 2 4 4 555 888888888888888888888888 2 11111 2 44 2 6666 333 4 555555 2 2 2 444 55 55 4 33 77 7777 6 4 2 22 4 2 55555 77 2 22 2 333 4444 2 333 88 333 4444 2 7777 33 77 2 99 44 2 000000000000000000000 2 2 3333333 000 333 22 55555555 2 55 2 4444 8888 666666 4 33 4 333 2 666 33 33 3
lowQualScore : . . . .. . . . . .. .. .. . . .. . .. ..... . .... . . . . . . ... ........................ . ..... . .. . .... ... . ...... . . . ... .. .. . .. .. .... . . . .. . . ..... .. . .. . ... .... . ... .. ... .... . .... .. .. . .. .. . ..................... . . ....... ... ... .. ........ . .. . .... .... ...... . .. . ... . ... .. .. .
lowQualScore : 2 1 1 99 1 1 1 1 00 22 00 3 1 99 1 00 44444 1 5555 1 2 2 1 2 2 888 444444444444444444444444 1 00000 0 88 0 2222 555 0 888888 0 0 1 666 00 00 2 22 55 0000 0 0 0 88 0 0 00000 11 1 99 1 777 9999 0 555 22 777 5555 2 1111 11 55 2 22 66 1 444444444444444444444 1 1 4444444 000 777 99 33333333 1 00 1 7777 9999 444444 4 11 4 999 5 111 11 22 3
consensus : AGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTC--AACA----TT-CT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACGGT-CTAAAT
Reference ( family-796 ) : AGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTC--AACA----TT-CT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACGGT-CTAAAT
gi|120760 : AGGTAG-G-CC-T--A-A-CA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTC----TA-GAA-TAT-C-T-C-TA---A-------TG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCAGC---T-AT------C-T-CA-GA--CA--TT--TG-TG-CTC--AACA----TT-CT-CTA-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---GAAA-T---TGTGT--T---AA----AATTA-A----T--G--C-TAAG--A-C-------------T----G--GG-C-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-AGAC--TC-TA---GAGGA---TTTTAT--C--AAATGGT-CTAAAT
gi|120761 : aaggtAGGTAT-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTT----TA-GAA-TAT-C-T-C-TA---A-------TG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCAGC---T-AT------C-T-CA-GA--CA--TT--TG-TG-CTC--AACA----TT-CT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCC-T---GT---GAAG-T---TGTGT--T---AA----AATTA-A----T--G--C-TAAG--A-C-------------T----G--GG-C-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-AGGC--TC-TA---GAGGA---TTTTAT--C--AAATGGT-CTAAAT
gi|120762 : aaggtAGGTAG-G-TC-T--A-A-AA-TGT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTC----TA-TAA-TAT-C-T-C-TA---A-------TG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCAGC---T-AT------C-T-CA-GA--CA--TT--TG-TG-CTC--AACA----TT-CT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---AAAG-T---TTTGT--T---AA----AATCA-A----T--G--C-TAAG--A-C-------------T----G--GG-C-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-AGGC--TC-TA---GAAGA---TTGTAT--C--AAATGGT-CTAAAT
gi|120763 : aaggtGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--AGCCTAC-GTC----TA-AAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTC--AACA----TT-TT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--C---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---AGG------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACGGT-CTAAAT
gi|120764 : gtagAGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TT-G--T-T--A-----C-GTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTC--AACA----TT-TT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---AGG------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACGGT-GTAAAT
gi|120765 : AGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TT-G--T----A-----C-GTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AA---------------GAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCTGC---T-AT------C-T--A-GG--CA--TT--TG-TC-CTC--A-CA----TT-TT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C-------------T-------GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---AGG------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACG
gi|120766 : AGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AA--GGAA-----T-A--G-AT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTC--AACA----TT-TT-CTG-T--T-AT-G-----A--AAC--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---AGG------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACGGT-CTAAAT
gi|120767 : AGGTAG-G-CC-T----A-AA-TAT-TG-TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTC-----A-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AAT-GGAA-----T-A--GTTT----CCTGC---TAAT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTTCAAACA----TT-TT-CTG-T--T-ATGG-----A--A-C--ATCT-CTTGGC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-CTT--A--C-T--GT-AGC-------------T----T--GC-ACC-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C----AG------TG-AGGC--TC-T----GACCAG--TTTTGT--CAAAAACGGT-CTAAAT
gi|120768 : AGGTAG-G-CCCT--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----A-CTC----TA-GAA-TGT-C-TCC-TAT--A-------AG---------------AATGGGAA-----TAA--G-TT----CCTGC---C-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--CG-TC-CTC--AACAAT--TT-TT-CTG-T--T-AT-G-----AT-A-C--ATC--T---G----TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C------------------T--GA-A-C--------TG---TT---GA--CA--------GTCCGT-TTC-AGACT----C---AGG------TG-AGGC---C-AA---GACAA---TTTTGT--C--AAACGGTCCTAAAT
gi|120769 : AAGTAG-G-CT------A-AA-TAT-T--TTT-CATT-ATCTC-G--T-T--------C-GT-----TA-GA--TGT-C-TTC-TA---A-------A-----------------AT-GGAA-------A--A-TT----CCT-C---T-A-------C-T-CA-GG--CA--T----G-TCGCTCG-AACA----TTTCT-CTG-T--T-AT-T-----AGTA-C--ATCT-----GC---TAA--T---TGTGC--T---AA----AATCA-ACTC-T--A--C-G--CT-A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TTACGTA--TG--------AT-CG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-GAGC--TC-TA---GACCA---TTTT-T--C--AAACGTT-CTAAAT
gi|120770 : AGGTAT-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TTT-CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-TTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------GGGAGAGAATTGTGGTTAAT-GGAAG----T-A--G-TT----CTTGC---T-AT------C-A-CA-G---CT--TT--TGGTG-CTC--AACA----TTCCT-TTG-T--TAAT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---GAAG-T---TGTGTGCT---AT----AGC----C-C-T--AT-T-T--GC-A-C-------------TGCAGT--GC-A-G-------TTG---TT---TA--CAGCGGTAAGGT-CG--TTC-AGATT----C---TAG-------------------A---GAGCA---TTTTAT--C--
gi|120771 : AGGTAT-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TTT-CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-TTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------GGGAGAGAATTGTGGTTAAT-GGAAG----T-A--G-TT----CTTGC---T-AT------C-A-CA-G---CT--TT--TGGTG-CTC--AACA----TTCCT-TTG-T--TAAT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---GAAG-T---TGTGTGCT---AT----AGC----C-C-T--AT-T-T--GC-A-C-------------TGCAGT--GC-A-G-------TTG---TT---TA--CAGCGGTAAGGT-CG--TTC-AGATT----C---TAG-------------------A---GAGCA---TTTTAT--C--
gi|120772 : AGGTAGCG-CC-CTGA-A-AA-TAT-T--TT--TGTCTAT-TGAG--T-T--A-----C-GTC----TA-GAAATGT-CCT-CGTA---A-------AA---------------GAT-GGAGGACCGT-A--G-TT----CTTGCGCTT-CT------C-TTCA-GG--CA--TTG-TG-TC-CTC--AACA----TT-TTTCTGGT--T-AT-G-----AT-A-TCGATCT-T---GCCTATAAG-T---TGTGA--G---TA----AATCA-AC-A-G--A--C-G--GT-A-C-------------T----T--GCTA-CTGCTATTTTGC--TT---TA--CA--------GT-CGCCTTCAAGACT----CTCAAAG------TGTAGGC--TCATAATTGACCA---ATTTGT--C--AAA
gi|120773 : AGGTAG-G-CC-T--A-ATAA-TAT-T--TTTCCAT--TTATC-G--T----A-----CTGTTCA--TA-GAA-TGTAC-T-C-TA---A-------GA---------------AGT-GGAAA----T-A--G-TTTATTCCTGC---T-ATATCTTTC-T-CA-GGTGCA--TTATTG-TA-CCT--AACA----TT-TTTCTG-TATT-AA-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---T-TGT--TTACAA----AATCACAC-C-G--AACT-T--GT-A-C-------------T----TTAGC-A-CT------TTGT--TT---TA--CA-----------TG--TTT-GGATTTTCAT---GGACCATTCTG-AGGCCTTC-TA---GACCATTTTTTTGT--C--AAt
gi|120774 : AAGTGA-A-CC-T--A-A-AAGTACAT--TT--CAC--ATCTC-G--TAT--AA----T-GTC----TAAGAA-TGT---T-C-TA---A-------AG---------------GA---AAA-----T--------------TGT---G-AT------CGT-CA-GG--CAA-TT--TG-TC-T----AACA----TT-CG-TTG-T--A-AT-G-----A--A-C--ATC--T---GC---GAGGTT---TGTGT--
gi|120774 : G-T---TGTGT--T---AATTAAAATCA-----------------GT-G-C-------------T----AA-GC-A-CAAGT---TTG---CT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGAGT----C---GGG------TG-AGGC--TC-TA---GAGCA---TTTTAT--C--AGATGGT-CTAAATctgtttgataatagaaatagtcaagaacgttgtgttgtgttaattaaaatcagtgctaagcacaagtttgcttacagtcgttcagagtcgggtgaggctctagagcattttatcagatggtctaaat
gi|120775 : aagtgaacctaaaagtacatttcacatctcgtataatgtctaagaatgttctaaaggaaaattgtgatcgtcaggcaatttgtctaacattcgttgtaatgaacatctgcgaggtttgtgtctgtttgataatagaaatagtcaagaacgttgtAGGT-G-G-CC-T--A-G-AA--AT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTCT---TA-GAA-TGT-C-T-CGTA---A-------AG---------------AAT-GGGA-----C-AT-G-TC----CTTGC---T-AT------A-T-C
gi|120776 : AGGTAT-G-CC-T--ACA-AA-TAT-G--TT--CAT--AT-TC-GCGT-T--A-----C-GTT----TA---A-T-----------------------------------------T-GGTA-----T-A--G-TTA---TCTGC---T-GT--------T-CATAG--CCCTTT--TG-TG-CTC----CA----TT-CT-CTG-T--T-AT-G----------C--A-CT-T---GT---GAAG-TTTGTGTGC--T---AA----GGCCT-AT-T-TGCA--C-T--GCAA-G-------------T----T--GA-G-T-------TTAATTTT---TACTCA--------GC-CG--TAA-AGGCC---------GT------TC-AGAT--TC-TA---GAGCA---TTTTAT--
gi|120777 : GTAG-GGCC------A-AA-TAT-T-------AT--AT-TC-G--T-TT-A-----C-GTC----TA-GAAATGT-C-T----A---A-------AG---------------TAT-GGAA-----T-ATAG-TT----TCCCC---TTAT------C-T-CA-G---CA--TT---G-TG-CTC--AACA----TT-CT--TG-C--T-AT-A-----A--A-C--ATTTCT---GC---T---------------------------TCA-A--C-T--A--C-T---T-A-C------------------T--GC-A-C-------TTGT--TT---TA--CA--------GT-CG--TTC--GACT----C----GG------TGAAGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGTTCT--AGATGGT--TAAAaagat
gi|120778 : -CC-T--A-A-AA-T-T-TCATT--AAT--AT-TC-G--T-TTTA-----C-GTCGAACTA-GAA-TGTAC-T-T-TACTTATTCGTTCAG---------------AAT-GGAA-----T-A--A-TT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTCCTAAAACTCTTT-CT-GTG-T--T-AT-GTGAGTA--A-C--ATC--T---GC---TAAG-----TGTGT--T---AA----AA
gi|120779 : GAA-----T-A--G-TT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GC--CT--TT--TG-TG-CAC--AACA----TT-CT-CTG-T--T-GT-G-----gatatccaatagcctatttgtatac
gi|120780 : C-CTC--AACA----TT-CT-GTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---GAAG-T---TGTGTGCT---AA----GGCCC-AG-C-T--A--CTT--GC-A-CTGCAAGTTCAAAGT----T--GC-A-G-------TTG---TT---TA--CA--------GC-CG--TTC-AGAC
gi|120781 : -A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-TG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-A-GC--TCGTA---GA-CA---TTTTGT--C--AAACAGT-CTAAAT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222 11111 222222222222222222222 1111111 111 11111111
lowQualScore : 2 2 2 22 2 2 2 2 55 99 55 6 2 22 2 55 77777 2 9999 2 4 4 2 4 4 555 888888888888888888888888 2 11111 2 44 2 6666 333 4 555555 2 2 2 444 55 55 4 33 77 7777 6 4 2 22 4 2 55555 77 2 22 2 333 4444 2 333 88 333 4444 2 7777 33 77 2 99 44 2 000000000000000000000 2 2 3333333 000 333 22 55555555 2 55 2 4444 8888 666666 4 33 4 333 2 666 33 33 3
lowQualScore : . . . .. . . . . .. .. .. . . .. . .. ..... . .... . . . . . . ... ........................ . ..... . .. . .... ... . ...... . . . ... .. .. . .. .. .... . . . .. . . ..... .. . .. . ... .... . ... .. ... .... . .... .. .. . .. .. . ..................... . . ....... ... ... .. ........ . .. . .... .... ...... . .. . ... . ... .. .. .
lowQualScore : 2 1 1 99 1 1 1 1 00 22 00 3 1 99 1 00 44444 1 5555 1 2 2 1 2 2 888 444444444444444444444444 1 00000 0 88 0 2222 555 0 888888 0 0 1 666 00 00 2 22 55 0000 0 0 0 88 0 0 00000 11 1 99 1 777 9999 0 555 22 777 5555 2 1111 11 55 2 22 66 1 444444444444444444444 1 1 4444444 000 777 99 33333333 1 00 1 7777 9999 444444 4 11 4 999 5 111 11 22 3
consensus : AGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTC--AACA----TT-CT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACGGT-CTAAAT
Reference ( family-796 ) : AGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTC--AACA----TT-CT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACGGT-CTAAAT
gi|120760 : AGGTAG-G-CC-T--A-A-CA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTC----TA-GAA-TAT-C-T-C-TA---A-------TG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCAGC---T-AT------C-T-CA-GA--CA--TT--TG-TG-CTC--AACA----TT-CT-CTA-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---GAAA-T---TGTGT--T---AA----AATTA-A----T--G--C-TAAG--A-C-------------T----G--GG-C-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-AGAC--TC-TA---GAGGA---TTTTAT--C--AAATGGT-CTAAAT
gi|120761 : aaggtAGGTAT-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTT----TA-GAA-TAT-C-T-C-TA---A-------TG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCAGC---T-AT------C-T-CA-GA--CA--TT--TG-TG-CTC--AACA----TT-CT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCC-T---GT---GAAG-T---TGTGT--T---AA----AATTA-A----T--G--C-TAAG--A-C-------------T----G--GG-C-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-AGGC--TC-TA---GAGGA---TTTTAT--C--AAATGGT-CTAAAT
gi|120762 : aaggtAGGTAG-G-TC-T--A-A-AA-TGT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTC----TA-TAA-TAT-C-T-C-TA---A-------TG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCAGC---T-AT------C-T-CA-GA--CA--TT--TG-TG-CTC--AACA----TT-CT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---AAAG-T---TTTGT--T---AA----AATCA-A----T--G--C-TAAG--A-C-------------T----G--GG-C-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-AGGC--TC-TA---GAAGA---TTGTAT--C--AAATGGT-CTAAAT
gi|120763 : aaggtGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--AGCCTAC-GTC----TA-AAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTC--AACA----TT-TT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--C---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---AGG------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACGGT-CTAAAT
gi|120764 : gtagAGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TT-G--T-T--A-----C-GTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTC--AACA----TT-TT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---AGG------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACGGT-GTAAAT
gi|120765 : AGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TT-G--T----A-----C-GTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AA---------------GAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCTGC---T-AT------C-T--A-GG--CA--TT--TG-TC-CTC--A-CA----TT-TT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C-------------T-------GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---AGG------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACG
gi|120766 : AGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AA--GGAA-----T-A--G-AT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTC--AACA----TT-TT-CTG-T--T-AT-G-----A--AAC--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---AGG------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACGGT-CTAAAT
gi|120767 : AGGTAG-G-CC-T----A-AA-TAT-TG-TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTC-----A-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AAT-GGAA-----T-A--GTTT----CCTGC---TAAT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTTCAAACA----TT-TT-CTG-T--T-ATGG-----A--A-C--ATCT-CTTGGC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-CTT--A--C-T--GT-AGC-------------T----T--GC-ACC-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C----AG------TG-AGGC--TC-T----GACCAG--TTTTGT--CAAAAACGGT-CTAAAT
gi|120768 : AGGTAG-G-CCCT--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----A-CTC----TA-GAA-TGT-C-TCC-TAT--A-------AG---------------AATGGGAA-----TAA--G-TT----CCTGC---C-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--CG-TC-CTC--AACAAT--TT-TT-CTG-T--T-AT-G-----AT-A-C--ATC--T---G----TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C------------------T--GA-A-C--------TG---TT---GA--CA--------GTCCGT-TTC-AGACT----C---AGG------TG-AGGC---C-AA---GACAA---TTTTGT--C--AAACGGTCCTAAAT
gi|120769 : AAGTAG-G-CT------A-AA-TAT-T--TTT-CATT-ATCTC-G--T-T--------C-GT-----TA-GA--TGT-C-TTC-TA---A-------A-----------------AT-GGAA-------A--A-TT----CCT-C---T-A-------C-T-CA-GG--CA--T----G-TCGCTCG-AACA----TTTCT-CTG-T--T-AT-T-----AGTA-C--ATCT-----GC---TAA--T---TGTGC--T---AA----AATCA-ACTC-T--A--C-G--CT-A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TTACGTA--TG--------AT-CG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-GAGC--TC-TA---GACCA---TTTT-T--C--AAACGTT-CTAAAT
gi|120770 : AGGTAT-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TTT-CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-TTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------GGGAGAGAATTGTGGTTAAT-GGAAG----T-A--G-TT----CTTGC---T-AT------C-A-CA-G---CT--TT--TGGTG-CTC--AACA----TTCCT-TTG-T--TAAT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---GAAG-T---TGTGTGCT---AT----AGC----C-C-T--AT-T-T--GC-A-C-------------TGCAGT--GC-A-G-------TTG---TT---TA--CAGCGGTAAGGT-CG--TTC-AGATT----C---TAG-------------------A---GAGCA---TTTTAT--C--
gi|120771 : AGGTAT-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TTT-CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-TTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------GGGAGAGAATTGTGGTTAAT-GGAAG----T-A--G-TT----CTTGC---T-AT------C-A-CA-G---CT--TT--TGGTG-CTC--AACA----TTCCT-TTG-T--TAAT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---GAAG-T---TGTGTGCT---AT----AGC----C-C-T--AT-T-T--GC-A-C-------------TGCAGT--GC-A-G-------TTG---TT---TA--CAGCGGTAAGGT-CG--TTC-AGATT----C---TAG-------------------A---GAGCA---TTTTAT--C--
gi|120772 : AGGTAGCG-CC-CTGA-A-AA-TAT-T--TT--TGTCTAT-TGAG--T-T--A-----C-GTC----TA-GAAATGT-CCT-CGTA---A-------AA---------------GAT-GGAGGACCGT-A--G-TT----CTTGCGCTT-CT------C-TTCA-GG--CA--TTG-TG-TC-CTC--AACA----TT-TTTCTGGT--T-AT-G-----AT-A-TCGATCT-T---GCCTATAAG-T---TGTGA--G---TA----AATCA-AC-A-G--A--C-G--GT-A-C-------------T----T--GCTA-CTGCTATTTTGC--TT---TA--CA--------GT-CGCCTTCAAGACT----CTCAAAG------TGTAGGC--TCATAATTGACCA---ATTTGT--C--AAA
gi|120773 : AGGTAG-G-CC-T--A-ATAA-TAT-T--TTTCCAT--TTATC-G--T----A-----CTGTTCA--TA-GAA-TGTAC-T-C-TA---A-------GA---------------AGT-GGAAA----T-A--G-TTTATTCCTGC---T-ATATCTTTC-T-CA-GGTGCA--TTATTG-TA-CCT--AACA----TT-TTTCTG-TATT-AA-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---T-TGT--TTACAA----AATCACAC-C-G--AACT-T--GT-A-C-------------T----TTAGC-A-CT------TTGT--TT---TA--CA-----------TG--TTT-GGATTTTCAT---GGACCATTCTG-AGGCCTTC-TA---GACCATTTTTTTGT--C--AAt
gi|120774 : AAGTGA-A-CC-T--A-A-AAGTACAT--TT--CAC--ATCTC-G--TAT--AA----T-GTC----TAAGAA-TGT---T-C-TA---A-------AG---------------GA---AAA-----T--------------TGT---G-AT------CGT-CA-GG--CAA-TT--TG-TC-T----AACA----TT-CG-TTG-T--A-AT-G-----A--A-C--ATC--T---GC---GAGGTT---TGTGT--
gi|120774 : G-T---TGTGT--T---AATTAAAATCA-----------------GT-G-C-------------T----AA-GC-A-CAAGT---TTG---CT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGAGT----C---GGG------TG-AGGC--TC-TA---GAGCA---TTTTAT--C--AGATGGT-CTAAATctgtttgataatagaaatagtcaagaacgttgtgttgtgttaattaaaatcagtgctaagcacaagtttgcttacagtcgttcagagtcgggtgaggctctagagcattttatcagatggtctaaat
gi|120775 : aagtgaacctaaaagtacatttcacatctcgtataatgtctaagaatgttctaaaggaaaattgtgatcgtcaggcaatttgtctaacattcgttgtaatgaacatctgcgaggtttgtgtctgtttgataatagaaatagtcaagaacgttgtAGGT-G-G-CC-T--A-G-AA--AT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTCT---TA-GAA-TGT-C-T-CGTA---A-------AG---------------AAT-GGGA-----C-AT-G-TC----CTTGC---T-AT------A-T-C
gi|120776 : AGGTAT-G-CC-T--ACA-AA-TAT-G--TT--CAT--AT-TC-GCGT-T--A-----C-GTT----TA---A-T-----------------------------------------T-GGTA-----T-A--G-TTA---TCTGC---T-GT--------T-CATAG--CCCTTT--TG-TG-CTC----CA----TT-CT-CTG-T--T-AT-G----------C--A-CT-T---GT---GAAG-TTTGTGTGC--T---AA----GGCCT-AT-T-TGCA--C-T--GCAA-G-------------T----T--GA-G-T-------TTAATTTT---TACTCA--------GC-CG--TAA-AGGCC---------GT------TC-AGAT--TC-TA---GAGCA---TTTTAT--
gi|120777 : GTAG-GGCC------A-AA-TAT-T-------AT--AT-TC-G--T-TT-A-----C-GTC----TA-GAAATGT-C-T----A---A-------AG---------------TAT-GGAA-----T-ATAG-TT----TCCCC---TTAT------C-T-CA-G---CA--TT---G-TG-CTC--AACA----TT-CT--TG-C--T-AT-A-----A--A-C--ATTTCT---GC---T---------------------------TCA-A--C-T--A--C-T---T-A-C------------------T--GC-A-C-------TTGT--TT---TA--CA--------GT-CG--TTC--GACT----C----GG------TGAAGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGTTCT--AGATGGT--TAAAaagat
gi|120778 : -CC-T--A-A-AA-T-T-TCATT--AAT--AT-TC-G--T-TTTA-----C-GTCGAACTA-GAA-TGTAC-T-T-TACTTATTCGTTCAG---------------AAT-GGAA-----T-A--A-TT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTCCTAAAACTCTTT-CT-GTG-T--T-AT-GTGAGTA--A-C--ATC--T---GC---TAAG-----TGTGT--T---AA----AA
gi|120779 : GAA-----T-A--G-TT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GC--CT--TT--TG-TG-CAC--AACA----TT-CT-CTG-T--T-GT-G-----gatatccaatagcctatttgtatac
gi|120780 : C-CTC--AACA----TT-CT-GTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---GAAG-T---TGTGTGCT---AA----GGCCC-AG-C-T--A--CTT--GC-A-CTGCAAGTTCAAAGT----T--GC-A-G-------TTG---TT---TA--CA--------GC-CG--TTC-AGAC
gi|120781 : -A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-TG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-A-GC--TCGTA---GA-CA---TTTTGT--C--AAACAGT-CTAAAT
blockSeqs : C G C TG C T G A CA TC CT C A CG A TT GCCTA T GAAC A A A C C G CTT GGGAGAGAATTGTGGTT G GACCG A TA T TATT GCT A ATCTTT G T T GTG CT AT G CG CA CTCT T T G AT A G TGAGT GT A CG C TTG CTAT T TTG GC TAC TTAA C CCT GC AC T AA CA G TGCAAGTTCAAAGTT T C TGCTATT ATT ACG CT GCGGTAAG C CC A TTCA TCAA CCATTC T CT A ATT G TTT TC AA C
blockSeqs : . . . . . . . . G T T A . . . T A . CA . A A . T G T GGGAGAGAATTGTGGTT . G . T . A . T . . . . A A G G G CT AT C T . . A . . T . . . . G . . GC . . . CTC . T . AA T . TGCAGT . . AAGT C . . GCGGTAAG . T . . G . A . G . A G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . C . . . . . . T . . . . . . . TTCGTTCAG . G . . . . . . . . . . A . . . G G . C . . . . . . T . . . . A . . GC . . . CC . T . . T . TGCAGT . . T T . . . . . . . G . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . TG . A . . . . . . . . . . G . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . CC . . . . T . TTTA . . . T . . . . . . . A . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . G . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . CC . . . . T . TAA . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . G . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . CC . . . . T . TG . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . G . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . CC . . . . T . TG . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . G . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . CC . . . . T . TT . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . G . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . CC . . . . C . TT . . . . . . . . . . . G . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . G . . . G . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . CA . . . . C . TT . . . . . . . . . . . T . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . G . . . G . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . CC . . . . T . TT . . . . . . . . . . . T . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . G . . . C . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . TT . . . . T . TT . . . . . . . . . . . G . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . . . . . G . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . GC . . . . T . TT . . . . . . . . . . . G . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . G . . . C . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . C . . . . T . TT . . . . . . . . . . . G . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . C . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : CC** ** T*
originalCons : AGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTC--AACA----TT-CT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACGGT-CTAAAT
finalCons : AGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTC--AACA----TT-CT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-ACC--T--A--C-T--GT-A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACGGT-CTAAAT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222 11111 222222222222222222222 1111111 111 11111111
lowQualScore : 2 2 2 22 2 2 2 2 55 99 55 6 2 22 2 55 77777 2 9999 2 4 4 2 4 4 555 888888888888888888888888 2 11111 2 44 2 6666 333 4 555555 2 2 2 444 55 55 4 33 77 7777 6 4 2 22 4 2 55555 77 2 22 2 333 4444 2 333 88 333 4444 2 7777 33 77 2 99 44 2 000000000000000000000 2 2 3333333 000 333 22 55555555 2 55 2 4444 8888 666666 4 33 4 333 2 666 33 33 3
lowQualScore : . . . .. . . . . .. .. .. . . .. . .. ..... . .... . . . . . . ... ........................ . ..... . .. . .... ... . ...... . . . ... .. .. . .. .. .... . . . .. . . ..... .. . .. . ... .... . ... .. ... .... . .... .. .. . .. .. . ..................... . . ....... ... ... .. ........ . .. . .... .... ...... . .. . ... . ... .. .. .
lowQualScore : 2 1 1 99 1 1 1 1 00 22 00 3 1 99 1 00 44444 1 5555 1 2 2 1 2 2 888 444444444444444444444444 1 00000 0 88 0 2222 555 0 888888 0 0 1 666 00 00 2 22 55 0000 0 0 0 88 0 0 00000 11 1 99 1 777 9999 0 555 22 777 5555 2 1111 11 55 2 22 66 1 444444444444444444444 1 1 4444444 000 777 99 33333333 1 00 1 7777 9999 444444 4 11 4 999 5 111 11 22 3
consensus : AGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTC--AACA----TT-CT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACGGT-CTAAAT
Reference ( family-796 ) : AGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTC--AACA----TT-CT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACGGT-CTAAAT
gi|120760 : AGGTAG-G-CC-T--A-A-CA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTC----TA-GAA-TAT-C-T-C-TA---A-------TG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCAGC---T-AT------C-T-CA-GA--CA--TT--TG-TG-CTC--AACA----TT-CT-CTA-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---GAAA-T---TGTGT--T---AA----AATTA-A----T--G--C-TAAG--A-C-------------T----G--GG-C-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-AGAC--TC-TA---GAGGA---TTTTAT--C--AAATGGT-CTAAAT
gi|120761 : aaggtAGGTAT-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTT----TA-GAA-TAT-C-T-C-TA---A-------TG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCAGC---T-AT------C-T-CA-GA--CA--TT--TG-TG-CTC--AACA----TT-CT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCC-T---GT---GAAG-T---TGTGT--T---AA----AATTA-A----T--G--C-TAAG--A-C-------------T----G--GG-C-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-AGGC--TC-TA---GAGGA---TTTTAT--C--AAATGGT-CTAAAT
gi|120762 : aaggtAGGTAG-G-TC-T--A-A-AA-TGT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTC----TA-TAA-TAT-C-T-C-TA---A-------TG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCAGC---T-AT------C-T-CA-GA--CA--TT--TG-TG-CTC--AACA----TT-CT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---AAAG-T---TTTGT--T---AA----AATCA-A----T--G--C-TAAG--A-C-------------T----G--GG-C-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-AGGC--TC-TA---GAAGA---TTGTAT--C--AAATGGT-CTAAAT
gi|120763 : aaggtGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--AGCCTAC-GTC----TA-AAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTC--AACA----TT-TT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--C---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---AGG------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACGGT-CTAAAT
gi|120764 : gtagAGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TT-G--T-T--A-----C-GTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTC--AACA----TT-TT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---AGG------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACGGT-GTAAAT
gi|120765 : AGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TT-G--T----A-----C-GTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AA---------------GAT-GGAA-----T-A--G-TT----CCTGC---T-AT------C-T--A-GG--CA--TT--TG-TC-CTC--A-CA----TT-TT-CTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C-------------T-------GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---AGG------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACG
gi|120766 : AGGTAG-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AA--GGAA-----T-A--G-AT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTC--AACA----TT-TT-CTG-T--T-AT-G-----A--AAC--ATCT-T---GC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C---AGG------TG-AGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGT--C--AAACGGT-CTAAAT
gi|120767 : AGGTAG-G-CC-T----A-AA-TAT-TG-TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTC-----A-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------AG---------------AAT-GGAA-----T-A--GTTT----CCTGC---TAAT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTTCAAACA----TT-TT-CTG-T--T-ATGG-----A--A-C--ATCT-CTTGGC---TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-CTT--A--C-T--GT-AGC-------------T----T--GC-ACC-------TTG---TT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGACT----C----AG------TG-AGGC--TC-T----GACCAG--TTTTGT--CAAAAACGGT-CTAAAT
gi|120768 : AGGTAG-G-CCCT--A-A-AA-TAT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----A-CTC----TA-GAA-TGT-C-TCC-TAT--A-------AG---------------AATGGGAA-----TAA--G-TT----CCTGC---C-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--CG-TC-CTC--AACAAT--TT-TT-CTG-T--T-AT-G-----AT-A-C--ATC--T---G----TAAG-T---TGTGT--T---AA----AATCA-AC-C-T--A--C-T--GT-A-C------------------T--GA-A-C--------TG---TT---GA--CA--------GTCCGT-TTC-AGACT----C---AGG------TG-AGGC---C-AA---GACAA---TTTTGT--C--AAACGGTCCTAAAT
gi|120769 : AAGTAG-G-CT------A-AA-TAT-T--TTT-CATT-ATCTC-G--T-T--------C-GT-----TA-GA--TGT-C-TTC-TA---A-------A-----------------AT-GGAA-------A--A-TT----CCT-C---T-A-------C-T-CA-GG--CA--T----G-TCGCTCG-AACA----TTTCT-CTG-T--T-AT-T-----AGTA-C--ATCT-----GC---TAA--T---TGTGC--T---AA----AATCA-ACTC-T--A--C-G--CT-A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TTACGTA--TG--------AT-CG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-GAGC--TC-TA---GACCA---TTTT-T--C--AAACGTT-CTAAAT
gi|120770 : AGGTAT-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TTT-CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-TTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------GGGAGAGAATTGTGGTTAAT-GGAAG----T-A--G-TT----CTTGC---T-AT------C-A-CA-G---CT--TT--TGGTG-CTC--AACA----TTCCT-TTG-T--TAAT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---GAAG-T---TGTGTGCT---AT----AGC----C-C-T--AT-T-T--GC-A-C-------------TGCAGT--GC-A-G-------TTG---TT---TA--CAGCGGTAAGGT-CG--TTC-AGATT----C---TAG-------------------A---GAGCA---TTTTAT--C--
gi|120771 : AGGTAT-G-CC-T--A-A-AA-TAT-T--TTT-CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-TTC----TA-GAA-TGT-C-T-C-TA---A-------GGGAGAGAATTGTGGTTAAT-GGAAG----T-A--G-TT----CTTGC---T-AT------C-A-CA-G---CT--TT--TGGTG-CTC--AACA----TTCCT-TTG-T--TAAT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---GAAG-T---TGTGTGCT---AT----AGC----C-C-T--AT-T-T--GC-A-C-------------TGCAGT--GC-A-G-------TTG---TT---TA--CAGCGGTAAGGT-CG--TTC-AGATT----C---TAG-------------------A---GAGCA---TTTTAT--C--
gi|120772 : AGGTAGCG-CC-CTGA-A-AA-TAT-T--TT--TGTCTAT-TGAG--T-T--A-----C-GTC----TA-GAAATGT-CCT-CGTA---A-------AA---------------GAT-GGAGGACCGT-A--G-TT----CTTGCGCTT-CT------C-TTCA-GG--CA--TTG-TG-TC-CTC--AACA----TT-TTTCTGGT--T-AT-G-----AT-A-TCGATCT-T---GCCTATAAG-T---TGTGA--G---TA----AATCA-AC-A-G--A--C-G--GT-A-C-------------T----T--GCTA-CTGCTATTTTGC--TT---TA--CA--------GT-CGCCTTCAAGACT----CTCAAAG------TGTAGGC--TCATAATTGACCA---ATTTGT--C--AAA
gi|120773 : AGGTAG-G-CC-T--A-ATAA-TAT-T--TTTCCAT--TTATC-G--T----A-----CTGTTCA--TA-GAA-TGTAC-T-C-TA---A-------GA---------------AGT-GGAAA----T-A--G-TTTATTCCTGC---T-ATATCTTTC-T-CA-GGTGCA--TTATTG-TA-CCT--AACA----TT-TTTCTG-TATT-AA-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---TAAG-T---T-TGT--TTACAA----AATCACAC-C-G--AACT-T--GT-A-C-------------T----TTAGC-A-CT------TTGT--TT---TA--CA-----------TG--TTT-GGATTTTCAT---GGACCATTCTG-AGGCCTTC-TA---GACCATTTTTTTGT--C--AAt
gi|120774 : AAGTGA-A-CC-T--A-A-AAGTACAT--TT--CAC--ATCTC-G--TAT--AA----T-GTC----TAAGAA-TGT---T-C-TA---A-------AG---------------GA---AAA-----T--------------TGT---G-AT------CGT-CA-GG--CAA-TT--TG-TC-T----AACA----TT-CG-TTG-T--A-AT-G-----A--A-C--ATC--T---GC---GAGGTT---TGTGT--
gi|120774 : G-T---TGTGT--T---AATTAAAATCA-----------------GT-G-C-------------T----AA-GC-A-CAAGT---TTG---CT---TA--CA--------GT-CG--TTC-AGAGT----C---GGG------TG-AGGC--TC-TA---GAGCA---TTTTAT--C--AGATGGT-CTAAATctgtttgataatagaaatagtcaagaacgttgtgttgtgttaattaaaatcagtgctaagcacaagtttgcttacagtcgttcagagtcgggtgaggctctagagcattttatcagatggtctaaat
gi|120775 : aagtgaacctaaaagtacatttcacatctcgtataatgtctaagaatgttctaaaggaaaattgtgatcgtcaggcaatttgtctaacattcgttgtaatgaacatctgcgaggtttgtgtctgtttgataatagaaatagtcaagaacgttgtAGGT-G-G-CC-T--A-G-AA--AT-T--TT--CAT--AT-TC-G--T-T--A-----C-GTCT---TA-GAA-TGT-C-T-CGTA---A-------AG---------------AAT-GGGA-----C-AT-G-TC----CTTGC---T-AT------A-T-C
gi|120776 : AGGTAT-G-CC-T--ACA-AA-TAT-G--TT--CAT--AT-TC-GCGT-T--A-----C-GTT----TA---A-T-----------------------------------------T-GGTA-----T-A--G-TTA---TCTGC---T-GT--------T-CATAG--CCCTTT--TG-TG-CTC----CA----TT-CT-CTG-T--T-AT-G----------C--A-CT-T---GT---GAAG-TTTGTGTGC--T---AA----GGCCT-AT-T-TGCA--C-T--GCAA-G-------------T----T--GA-G-T-------TTAATTTT---TACTCA--------GC-CG--TAA-AGGCC---------GT------TC-AGAT--TC-TA---GAGCA---TTTTAT--
gi|120777 : GTAG-GGCC------A-AA-TAT-T-------AT--AT-TC-G--T-TT-A-----C-GTC----TA-GAAATGT-C-T----A---A-------AG---------------TAT-GGAA-----T-ATAG-TT----TCCCC---TTAT------C-T-CA-G---CA--TT---G-TG-CTC--AACA----TT-CT--TG-C--T-AT-A-----A--A-C--ATTTCT---GC---T---------------------------TCA-A--C-T--A--C-T---T-A-C------------------T--GC-A-C-------TTGT--TT---TA--CA--------GT-CG--TTC--GACT----C----GG------TGAAGGC--TC-TA---GACCA---TTTTGTTCT--AGATGGT--TAAAaagat
gi|120778 : -CC-T--A-A-AA-T-T-TCATT--AAT--AT-TC-G--T-TTTA-----C-GTCGAACTA-GAA-TGTAC-T-T-TACTTATTCGTTCAG---------------AAT-GGAA-----T-A--A-TT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GG--CA--TT--TG-TC-CTCCTAAAACTCTTT-CT-GTG-T--T-AT-GTGAGTA--A-C--ATC--T---GC---TAAG-----TGTGT--T---AA----AA
gi|120779 : GAA-----T-A--G-TT----CCTGC---T-AT------C-T-CA-GC--CT--TT--TG-TG-CAC--AACA----TT-CT-CTG-T--T-GT-G-----gatatccaatagcctatttgtatac
gi|120780 : C-CTC--AACA----TT-CT-GTG-T--T-AT-G-----A--A-C--ATCT-T---GC---GAAG-T---TGTGTGCT---AA----GGCCC-AG-C-T--A--CTT--GC-A-CTGCAAGTTCAAAGT----T--GC-A-G-------TTG---TT---TA--CA--------GC-CG--TTC-AGAC
gi|120781 : -A-C-------------T----T--GC-A-C-------TTG---TT---TA--CA--------GT-TG--TTC-AGACT----C---GGG------TG-A-GC--TCGTA---GA-CA---TTTTGT--C--AAACAGT-CTAAAT