lowQualScore : 2 4 66 3 1 22 1 44 22 1 1 777 333 22 1
lowQualScore : . . .. . . .. . .. .. . . ... ... .. .
lowQualScore : 0 0 44 8 9 66 9 55 66 9 9 999 333 66 9
consensus : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCA
Reference ( gi|104822 ) : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCA
gi|104821 : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT----C---GT--TA-CACTACTTCA
gi|104823 : ACAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CCGTGGT--TA-CGCTACTTCactcagaattcc
gi|104826 : ATAACTAAA-AAC-TCAT--TA-C-AA--ATA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TC-CACTACTTCcaactcacaacttc
gi|104825 : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC----T--TA-cgactcataacttc
gi|104824 : ATAGC--GA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTACA--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTAC
gi|104827 : ATAGCTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-----AGGTCTT---CC---GT--TA-CATAACTTCcatgtacttctaacttgcaacttc
gi|104828 : ATAA-TAGA-AACATCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGG-AGGTCTT---CC---GT--TA-caactcataacttc
gi|104829 : ATAACTAGA-CAT-TCATC-TA---AA--GTA-A--T--G-AGG-AGATTTT---CC---GT--TA-CATTACTTC
gi|104830 : ATAA-TAGA-AAC-TCATAATAAC-AA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTTACACC---AT--TA-CACTATTTtgattcacaact
gi|104831 : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-AT--GTA-A--T--T-AGT-AGGCCTT---CT---GC--TA-AACTATTCC
gi|104832 : ATAACTAGA-AACTTCA---TA-C-GAAGATA-ATTT--G-AGA-AGGTCTTA--CC---GTAATC-CA-TACTTCAtggtccacaacttc
gi|104833 : TAACTAGA-A-C-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCAactcagaaatt
gi|104834 : TAACTAGA-A-C-T-AT--TA-C-A----TA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--AA-CACTACTTCAactcagaatttc
gi|104835 : AACTAGA-AAA-CCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCtcgcaacttc
gi|104836 : AAATAGATAAC-TCAT--TAAC-G---GTA-A--TTTG-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCtaactcacaacttc
gi|104837 : AACTAGA-AAC-TCAT--T----TA--GTA-A--T--GCAGAGAGGTCTTGG-CC---GT--TA-CACTACCT
gi|104838 : ACTAAG-AAA-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-C-CTACTTCAtccaactatgcaactt
gi|104839 : ACTAGA-AAC-TCAT--TA-CGGA--GTA-AG-T--G-AGA-AGGTCTT---CC----T--TA-CACTACactcata
gi|104840 : TAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGG-AGGTCTT---CC---AT--TA-CACGACTTCatgtactctaact
gi|104841 : GA-AAC-TCATA-TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---C-----T--TACCACTACTTCcaactaataacttc
gi|104842 : --TA-C-AA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---AT--TA-CACTACTtactcagaactt
Alignments
lowQualScore : 1 3 66 3 1 22 1 44 22 1 1 777 333 22 1
lowQualScore : . . .. . . .. . .. .. . . ... ... .. .
lowQualScore : 9 8 11 6 8 55 8 33 55 8 8 555 222 55 8
consensus : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCA
Reference ( family-788 ) : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCA
gi|104821 : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT----C---GT--TA-CACTACTTCA
gi|104822 : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCAactcagaattcc
gi|104823 : ACAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CCGTGGT--TA-CGCTACTTC
gi|104824 : ATAGC--GA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTACA--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACcaactcacaacttc
gi|104825 : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC----T--TA-catgtacttctaacttgcaacttc
gi|104826 : ATAACTAAA-AAC-TCAT--TA-C-AA--ATA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TC-CACTACTTC
gi|104827 : ATAGCTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-----AGGTCTT---CC---GT--TA-CATAACTTCcgactcataacttc
gi|104828 : ATAA-TAGA-AACATCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGG-AGGTCTT---CC---GT--TA-caactcataacttc
gi|104829 : ATAACTAGA-CAT-TCATC-TA---AA--GTA-A--T--G-AGG-AGATTTT---CC---GT--TA-CATTACTTC
gi|104830 : ATAA-TAGA-AAC-TCATAATAAC-AA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTTACACC---AT--TA-CACTATTTtgattcacaact
gi|104831 : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-AT--GTA-A--T--T-AGT-AGGCCTT---CT---GC--TA-AACTATTCC
gi|104832 : ATAACTAGA-AACTTCA---TA-C-GAAGATA-ATTT--G-AGA-AGGTCTTA--CC---GTAATC-CA-TACTTCAtggtccacaacttc
gi|104833 : TAACTAGA-A-C-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCAactcagaaatt
gi|104834 : TAACTAGA-A-C-T-AT--TA-C-A----TA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--AA-CACTACTTCAactcagaatttc
gi|104835 : AACTAGA-AAA-CCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCtcgcaacttc
gi|104836 : AAATAGATAAC-TCAT--TAAC-G---GTA-A--TTTG-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCtaactcacaacttc
gi|104837 : AACTAGA-AAC-TCAT--T----TA--GTA-A--T--GCAGAGAGGTCTTGG-CC---GT--TA-CACTACCT
gi|104838 : ACTAAG-AAA-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-C-CTACTTCAtccaactatgcaactt
gi|104839 : ACTAGA-AAC-TCAT--TA-CGGA--GTA-AG-T--G-AGA-AGGTCTT---CC----T--TA-CACTACactcata
gi|104840 : TAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGG-AGGTCTT---CC---AT--TA-CACGACTTCatgtactctaact
gi|104841 : GA-AAC-TCATA-TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---C-----T--TACCACTACTTCcaactaataacttc
gi|104842 : --TA-C-AA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---AT--TA-CACTACTtactcagaactt
Alignments
lowQualScore : 1 3 66 3 1 22 1 44 22 1 1 777 333 22 1
lowQualScore : . . .. . . .. . .. .. . . ... ... .. .
lowQualScore : 9 8 11 6 8 55 8 33 55 8 8 555 222 55 8
consensus : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCA
Reference ( family-788 ) : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCA
gi|104821 : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT----C---GT--TA-CACTACTTCA
gi|104822 : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCAactcagaattcc
gi|104823 : ACAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CCGTGGT--TA-CGCTACTTC
gi|104824 : ATAGC--GA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTACA--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACcaactcacaacttc
gi|104825 : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC----T--TA-catgtacttctaacttgcaacttc
gi|104826 : ATAACTAAA-AAC-TCAT--TA-C-AA--ATA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TC-CACTACTTC
gi|104827 : ATAGCTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-----AGGTCTT---CC---GT--TA-CATAACTTCcgactcataacttc
gi|104828 : ATAA-TAGA-AACATCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGG-AGGTCTT---CC---GT--TA-caactcataacttc
gi|104829 : ATAACTAGA-CAT-TCATC-TA---AA--GTA-A--T--G-AGG-AGATTTT---CC---GT--TA-CATTACTTC
gi|104830 : ATAA-TAGA-AAC-TCATAATAAC-AA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTTACACC---AT--TA-CACTATTTtgattcacaact
gi|104831 : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-AT--GTA-A--T--T-AGT-AGGCCTT---CT---GC--TA-AACTATTCC
gi|104832 : ATAACTAGA-AACTTCA---TA-C-GAAGATA-ATTT--G-AGA-AGGTCTTA--CC---GTAATC-CA-TACTTCAtggtccacaacttc
gi|104833 : TAACTAGA-A-C-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCAactcagaaatt
gi|104834 : TAACTAGA-A-C-T-AT--TA-C-A----TA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--AA-CACTACTTCAactcagaatttc
gi|104835 : AACTAGA-AAA-CCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCtcgcaacttc
gi|104836 : AAATAGATAAC-TCAT--TAAC-G---GTA-A--TTTG-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCtaactcacaacttc
gi|104837 : AACTAGA-AAC-TCAT--T----TA--GTA-A--T--GCAGAGAGGTCTTGG-CC---GT--TA-CACTACCT
gi|104838 : ACTAAG-AAA-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-C-CTACTTCAtccaactatgcaactt
gi|104839 : ACTAGA-AAC-TCAT--TA-CGGA--GTA-AG-T--G-AGA-AGGTCTT---CC----T--TA-CACTACactcata
gi|104840 : TAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGG-AGGTCTT---CC---AT--TA-CACGACTTCatgtactctaact
gi|104841 : GA-AAC-TCATA-TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---C-----T--TACCACTACTTCcaactaataacttc
gi|104842 : --TA-C-AA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---AT--TA-CACTACTtactcagaactt
blockSeqs : T A AA A G AG C TT TT C G ACA GTG AA C
blockSeqs : . T C A . . . G . . . GG . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCA
finalCons : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCA
Alignments
lowQualScore : 1 3 66 3 1 22 1 44 22 1 1 777 333 22 1
lowQualScore : . . .. . . .. . .. .. . . ... ... .. .
lowQualScore : 9 8 11 6 8 55 8 33 55 8 8 555 222 55 8
consensus : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCA
Reference ( family-788 ) : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCA
gi|104821 : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT----C---GT--TA-CACTACTTCA
gi|104822 : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCAactcagaattcc
gi|104823 : ACAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CCGTGGT--TA-CGCTACTTC
gi|104824 : ATAGC--GA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTACA--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACcaactcacaacttc
gi|104825 : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC----T--TA-catgtacttctaacttgcaacttc
gi|104826 : ATAACTAAA-AAC-TCAT--TA-C-AA--ATA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TC-CACTACTTC
gi|104827 : ATAGCTAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-----AGGTCTT---CC---GT--TA-CATAACTTCcgactcataacttc
gi|104828 : ATAA-TAGA-AACATCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGG-AGGTCTT---CC---GT--TA-caactcataacttc
gi|104829 : ATAACTAGA-CAT-TCATC-TA---AA--GTA-A--T--G-AGG-AGATTTT---CC---GT--TA-CATTACTTC
gi|104830 : ATAA-TAGA-AAC-TCATAATAAC-AA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTTACACC---AT--TA-CACTATTTtgattcacaact
gi|104831 : ATAACTAGA-AAC-TCAT--TA-C-AT--GTA-A--T--T-AGT-AGGCCTT---CT---GC--TA-AACTATTCC
gi|104832 : ATAACTAGA-AACTTCA---TA-C-GAAGATA-ATTT--G-AGA-AGGTCTTA--CC---GTAATC-CA-TACTTCAtggtccacaacttc
gi|104833 : TAACTAGA-A-C-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCAactcagaaatt
gi|104834 : TAACTAGA-A-C-T-AT--TA-C-A----TA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--AA-CACTACTTCAactcagaatttc
gi|104835 : AACTAGA-AAA-CCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCtcgcaacttc
gi|104836 : AAATAGATAAC-TCAT--TAAC-G---GTA-A--TTTG-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-CACTACTTCtaactcacaacttc
gi|104837 : AACTAGA-AAC-TCAT--T----TA--GTA-A--T--GCAGAGAGGTCTTGG-CC---GT--TA-CACTACCT
gi|104838 : ACTAAG-AAA-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---GT--TA-C-CTACTTCAtccaactatgcaactt
gi|104839 : ACTAGA-AAC-TCAT--TA-CGGA--GTA-AG-T--G-AGA-AGGTCTT---CC----T--TA-CACTACactcata
gi|104840 : TAGA-AAC-TCAT--TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGG-AGGTCTT---CC---AT--TA-CACGACTTCatgtactctaact
gi|104841 : GA-AAC-TCATA-TA-C-GA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---C-----T--TACCACTACTTCcaactaataacttc
gi|104842 : --TA-C-AA--GTA-A--T--G-AGA-AGGTCTT---CC---AT--TA-CACTACTtactcagaactt