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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
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blockSeqCons :
originalCons : ACA-A-TA-C-AATACAATGA-G--A-AGT-TTT-GT-A--T-AGCGCCC-----------TA-T-TT--T--A-A-AA-A-TCTAACTC-TA--AA---GCGCTT--TAAC--A-TAAAA-CCAG-TAT--A---AAACA-A--AC-ATTGA-T--AATA-AT-GAC-GAT-GCAA-TGCGCA
finalCons : ACA-A-TA-C-AATACAATGA-G--A-AGT-TTT-GT-A--T-AGCGCCC-----------TA-T-TT--T--A-A-AA-A-TCTAACTC-TA--AA---GCGCTT--TAAC--A-TAAAA-CCAG-TAT--A---AAACA-A--AC-ATTGA-T--AATA-AT-GAC-GAT-GCAA-TGCGCA
Alignments
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lowQualScore : 2 2 4 1 3 22 1 1 1 3 44 1 88888888888 1 1 22 22 3 1 1 1 2 22 555 6 22 22 4 2 6 55 333 2 55 2 4 22 2 2 2 2 2
lowQualScore : . . . . . .. . . . . .. . ........... . . .. .. . . . . . .. ... . .. .. . . . .. ... . .. . . .. . . . . .
lowQualScore : 4 2 2 9 6 55 8 8 8 6 33 8 66666666666 8 8 55 55 6 8 9 9 0 88 555 8 99 99 2 1 3 00 777 1 88 1 2 99 1 1 2 2 5
consensus : ACA-A-TA-C-AATACAATGA-G--A-AGT-TTT-GT-A--T-AGCGCCC-----------TA-T-TT--T--A-A-AA-A-TCTAACTC-TA--AA---GCGCTT--TAAC--A-TAAAA-CCAG-TAT--A---AAACA-A--AC-ATTGA-T--AATA-AT-GAC-GAT-GCAA-TGCGCA
Reference ( family-786 ) : ACA-A-TA-C-AATACAATGA-G--A-AGT-TTT-GT-A--T-AGCGCCC-----------TA-T-TT--T--A-A-AA-A-TCTAACTC-TA--AA---GCGCTT--TAAC--A-TAAAA-CCAG-TAT--A---AAACA-A--AC-ATTGA-T--AATA-AT-GAC-GAT-GCAA-TGCGCA
gi|72738 : ACA-A-TA-C-AATACAATGA-G--A-AGT-TTT-GT-A--T-AGCTCCC-----------TA-T-TT--T--A-A-AA-A-TCTAACTC-TA--AA---GCGC-T--TAAC--A-TAAAA-CCAG-TAT--A---AAACA-A--AC-ATTGA-T--AATA-AT-AA
gi|72739 : aaA-A-TAAT-AATACAATAA-G--A-AGT-TTT-GTTA--T-AGCGCCC-----------TA-T-TT--T--A-A-AA-A-TCT-ACTC-T---AA---GCG-TT--TAAC--ACTAAAA-CCAGTTAT--A---AAAC--A--AC-ATTGA-T--AATA-ATGGACGGAT-ACAA-TGCGCA
gi|72740 : a-TA-C-AATACA-----G--A-AGT-TTT-GT-A--T-AGCGCCC-----------TA-TATT--T--A-A-AA-A-TCTAACTC-AAATAA---GCG-TT--TAAC--ACTAAAA-CCAGTTAT--A---AAAC--A--AC-ATTGA-T--AATACAT-GAC-GAT-ACAA-TGCGCA
gi|72741 : aaataataatATA-A-TA-C-AATACGATGA-G--A-AGT-TTT-GT-A--T-AGCGCCC-----------TA-T-TT--T--A-A-AA-A-TCTAt
gi|72742 : aaACATA-TA-C-AAATCAATGAAG--ATAAT-TTT----A--T-AGCGCC-------------A-T-TC--T--ATATAA-A-TCTAATTA-CA--AAATTGCGCTT--AAAA--A-CAAAATCCAG-TAT--A---GAAAA-AATAC-ATTGATT--AATA-AT-GCC-GAT-GCAACTGCGCA
gi|72743 : aaA-A-TA-C-AATACAATGA-G--A-ACT-TTT-GT-A--T-AGCGCCC-----------TA-T-TT--T--A-A-AA-A-TCTAACTC-TA--AA---GCGC-T--TAACATA-TAAAA-CCAG-TAT--A---AAACA-A--AC-GTTGA-T--AATG-AT-GAC-TAT-G
gi|72744 : aaaATA-A-TAAT-AATAC--TAA-A--A-----TTT-GT-A--T-AGCGCCC-----------TA-A-TC--A--ATA-AA-A-T----CTC-TA--AA---GCGCTT--T-AC--A-T------CAA-TAT--ATATATACA-T--AC-ATGCA-T--AAGA-GT-GAG-CAT-ACAA-TG
gi|72745 : aACA-A-TA-C-AATACAATGA-G--A-AAT-TTT-GT-A--T-AGTGCCC-----------TA-T-TT--T--A-A-AA-A-TCTAACTC-TA--AA---GCGCTT--TAAC--A-TAAAA-CCAG-TAT--A---AAACA-A--AC-ATTGA-T--AATA-AT-GAC-GAT-GCAA-TGCGCA
gi|72746 : ACA-A-TA-C-AATACAATGA-G--A-AGT-TTT-GT-A--T-AGCGCCC-----------TA-T-TT--T--A-A-AA-A-TCTAACTC-TA--AA---GCGC-T--TAAC--A-TAAAA-CCAA-TAT--A---AAAGA-A--ACAATTGA-T--AGTG-AT-GAC-TAT-GCAA-TGCGCA
gi|72747 : ACA-A-TA-C-AATACAATGA-G--A-AGT-TTT-G--A--T-AGCACCC-----------TA-T-TT--C--A-A-AA-AATCTAACTT-CA--AA---GCGCTT---AAC--A-TAAAA-CCAG-TAT--A---AAACA-G--AC-ATTGA-T--AATA-AT-GAC-GAT-GCAC-TGTGta
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gi|72755 : -A-TA-C-AATACAATAA-G--A-AGT-TTT-GT-A--T-AGCGCCC-----------TA-T-TT--T--A-A-AA-A-TCTAAATC-TA--AA---GCGC-T--TAAC--A-TAAAA-CCAG-TAT--G---AAACA-A--AC-ATTGA-T--AATA-AT-GAC-GAT-GCAA-TGCGCAta
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gi|72758 : -AATGCAATGA-G--A-AAT-TTT-GT-A--T-AGCGCCT-----------TA-T-TT--T--A-A-AA-A-TCTAACTC-TA--AA---GCGC-T--TAAC--A-TAAAA-CAAG-TAT--A---AAACA-A--AC-ATTGA-T--AATA-AT-GAC-GAT-GCAA-TGCGCAta
gi|72759 : ACACAATGA-G--A-AAT-TTT-GT-A--T-AGCGCCC-----------TA-T-TT--T--A-A-ta