lowQualScore                  :                                                                                                                       88888            
lowQualScore                  :      66 1   2     44   3 1     1 1 1    333 1     777   1   5555     1 22 6666   22 2 888     33      6  333   2      33333            
lowQualScore                  :      .. .   .     ..   . .     . . .    ... .     ...   .   ....     . .. ....   .. . ...     ..      .  ...   .      .....            
lowQualScore                  :      33 9   0     55   8 9     9 9 9    333 9     111   8   7777     9 66 0000   88 1 333     22      6  444   5      11111            
consensus                     :  AAAA--GCGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAAT-G--T----GGT--A-CN--AAATC--TATGCAGAC-A-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
Reference ( gi|81714 )        :  AAAA--GCGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAAT-G--T----GGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAC-A-AAT-ATCAATTACCATATAAAATGTTT
gi|81715                      :  AAAA--GCATG-ATTTT--GAG-A-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAAT-G--T----GGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAT-G-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81713                      :  AAAA--TCGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TTC----AAAAT-G--T----GGT--A-CT--AAATCTATATGCAGAC-A-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81717                      : aAAAA--G-GTGGATTTTC-GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAAT-G--T----GGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAC-G-AAT-ATCAATTATC------AATGTTT
gi|81718                      : aAAAA--GCGTG-TTTTTTTGAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAATTAGTT-TGC----AAAAT-G--TACGTGGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAC-A-AAT-ATCAAT-----TATAAGATGTTT
gi|81716                      :  AAAG--GTGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-AAT-ATGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAAT-G--T----GGT--A-CA--ATATC--TGTACA----A-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81728                      :  AAAACGGTGTG-ATTCT--GAG-TTGAAAA-A-T-CTGT---A--ACAA---G-T-TGC----AAAATCG--TG---GGT--A-CT--AAATC--TATGCAAAA-C-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81719                      :  AAAG--GTGTG-ATTTT--GAG-T-GACAA-A-T-CTGT---A-CGAAC---GTT-TGC----AAAAT-G--T----GGT--A-CA--AAATT--TGTACA----A-AATAATCAAT-----TATAAAATGGTT
gi|81721                      :  AAAAT-GTGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGC---A-TACAA---GTG-GGC----AAAAT-A--T----GGTAAA-AA--AAATC--TTTACA----A-AAT-ATCAAT---CATAT--AATGTTT
gi|81722                      : aAAAG--GTGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAAT-A--T----
gi|81720                      :  AAAG--ATATG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CAAAAT--GCT-TGT----GAAAT-G--T----GGC--A-CA--CAATC--TGTACA----A-AAT-ATCAAT-----CATAAAATGGTTcaatcataaaatgttt
gi|81725                      :  AAAA--GCGTG-AGTTT--GAG-T-GACAA-A-TACTGT---A-ACCAA---ATT-TGC-----AAAT-G--T-----GT--A-T----AATC--TATGCAGAC---AAT-ATC--TT--------AAATGTTT
gi|81723                      :  AAAA--GCGTG-ATTTT--AAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----
gi|81724                      :  AAAA--GTGAT-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---G-T-TGC-----AAAT-G--C----TGT--A-CA--AAAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttttgctaaatgttgtacttaaaatctatgcagacagaatatcaattataaaagttt
gi|81726                      : aAAAG--GTTTG-ACTT---GAT-T-GAAAA-A-T-ATGT---------------T-CGC----AAAGT-G--T----GGT--A-CA--AAATC--TGTAC--AC-A-AA--ATCAATCAC-----AAAATGGTT
gi|81727                      : aaAAA--ACGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGCA---AAAAT-G--T----GGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAC-A-AAT-TTCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81731                      :          GCG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTAT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAAT-G--T----GGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAC-G-AAT-ATCAG-TA----ATAAAATGTTT
gi|81732                      :       aatGTG-ATTGT--GAG-T-AAAAACA-T-CTGT---AACACAT---GTCCTGC----AAAAT-G--T----GGT--AGCA--AAATC---GTGTACACGA-AAT-ATCAAT----GCATAAAGTGGTT
gi|81733                      :           TG-ATTTT--GGG-T-GAAAA-A-T-ATGT---A-TACAA---ATT-TGCTTTTTAAAT-A--T----GGT--A-CA--AAATC--
gi|81734                      :             -ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAAT-G--T----GGG--A-CT--AAATC--AATGCAGAC-A-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTTatcgaggaaattcgggtgattata
gi|81730                      :             -ATTTT--GAGGT-GAAAA-A-T-CTGCTCCA-CACAA---GTT-TGC----AAAAA-G--C----GGT--
gi|81729                      :        aagatggaTTT--GAGGT-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAAT--GTT-TAC----AAAAT-GCAC----GGT--A-C
gi|81723                      :                                               aagatggaTT-TGC----TAAAT-G--T----TGT--A-CTTAAAATC--TATGCAGAC-AGAAT-ATCAAT-----TATAAAA-GTTT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                          55 1   1     44   3 1     1 1 1    333 1     666   1   3333    1 1 22 5555   22 2 555     33      5  222   2      88888            
lowQualScore                  :                                                                          .. .   .     ..   . .     . . .    ... .     ...   .   ....    . . .. ....   .. . ...     ..      .  ...   .      .....            
lowQualScore                  :                                                                          99 1   9     33   6 8     8 8 8    222 8     888   7   7777    8 8 55 7777   66 0 999     11      6  666   4      22222            
consensus                     :                                                                      AAAA--GCGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CN--AAATC--TATGCAGAC-A-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
Reference ( family-784 )      :                                                                      AAAA--GCGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CN--AAATC--TATGCAGAC-A-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81713                      :                                                                      AAAA--TCGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TTC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CT--AAATCTATATGCAGAC-A-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81714                      :                                                                     aAAAA--GCGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAC-A-AAT-ATCAATTACCATATAAAATGTTT
gi|81715                      :                                                                      AAAA--GCATG-ATTTT--GAG-A-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAT-G-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81716                      :                                                                      AAAG--GTGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-AAT-ATGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CA--ATATC--TGTACA----A-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81717                      :                                                                      AAAA--G-GTGGATTTTC-GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAC-G-AAT-ATCAAT-----TAT-CAATGTTT
gi|81718                      :                                                                     aAAAA--GCGTG-TTTTTTTGAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAATTAGTT-TGC----AAAA-T-G--TACGTGGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAC-A-AAT-ATCAAT-----TATAAGATGTTT
gi|81719                      :                                                                      AAAG--GTGTG-ATTTT--GAG-T-GACAA-A-T-CTGT---A-CGAAC---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CA--AAATT--TGTACA----A-AATAATCAAT-----TATAAAATGGTT
gi|81720                      :                                                                      AAAG--ATATG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CAAAAT--GCT-TGT----GAAA-T-G--T----GGC--A-CA--CAATC--TGTACA----A-AAT-ATCAAT-----CATAAAATGGTT
gi|81721                      :                                                                      AAAAT-GTGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGC---A-TACAA---GTG-GGC----AAAA-T-A--T----GGTAAA-AA--AAATC--TTTACA----A-AAT-ATCAAT-----CATATAATGTTT
gi|81722                      :                                                                     aAAAG--GTGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-A--T----
gi|81723                      :                                                                      AAAA--GCGTG-ATTTT--AAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----caatcataaaatgttt
gi|81723                      :                                                                                                                           TT-TGC----TAAA-T-G--T----TGT--A-CTTAAAATC--TATGCAGAC-AGAAT-ATCAAT-----TATAAAA-GTTTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttttgctaaatgttgtacttaaaatctatgcagacagaatatcaattataaaagttt
gi|81724                      : aaaagcgtgattttaagtgaaaaatctgtacacaagtttgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtAAAA--GTGAT-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---G-T-TGC-----AAA-T-G--C----TGT--A-CA--AAA
gi|81725                      :                                                                     aAAAA--GCGTG-AGTTT--GAG-T-GACAA-A-TACTGT---A-ACCAA---ATT-TGC-----AAA-T-G--T-----GT--A-T----AATC--TATGCAGAC---AAT-ATC--T-----T---AAATGTTT
gi|81726                      :                                                                      AAAG--GTTTG-ACTT---GAT-T-GAAAA-A-T-ATGT---------------T-CGC----AAAG-T-G--T----GGT--A-CA--AAATC--TGTAC--AC-A-AA--ATCAAT-----CACAAAATGGTT
gi|81727                      :                                                                     aaAAA--ACGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAAAT-G--T----GGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAC-A-AAT-TTCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81728                      :                                                                      AAAACGGTGTG-ATTCT--GAG-TTGAAAA-A-T-CTGT---A--ACAA---G-T-TGC----AAAA-TCG--TG---GGT--A-CT--AAATC--TATGCAAAA-C-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81729                      :                                                                                    TTT--GAGGT-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAAT--GTT-TAC----AAAA-T-GCAC----GGT--A-C
gi|81730                      :                                                                         aagatgga-ATTTT--GAGGT-GAAAA-A-T-CTGCTCCA-CACAA---GTT-TGC----AAAA-A-G--C----GGT--
gi|81731                      :                                                                      aagatggaGCG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTAT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAC-G-AAT-ATCAGT-----AATAAAATGTTT
gi|81732                      :                                                                           aatGTG-ATTGT--GAG-T-AAAAACA-T-CTGT---AACACAT---GTCCTGC----AAAA-T-G--T----GGT--AGCA--AAATC---GTGTACACGA-AAT-ATCAATG----CATAAAGTGGTT
gi|81733                      :                                                                               TG-ATTTT--GGG-T-GAAAA-A-T-ATGT---A-TACAA---ATT-TGCTTTTTAAA-T-A--T----GGT--A-CA--AAATC--
gi|81734                      :                                                                                 -ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGG--A-CT--AAATC--AATGCAGAC-A-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTTatcgaggaaattcgggtgattata





Alignments
lowQualScore                  :                                                                          55 1   1     44   3 1     1 1 1    333 1     666   1   3333    1 1 22 5555   22 2 555     33      5  222   2      88888            
lowQualScore                  :                                                                          .. .   .     ..   . .     . . .    ... .     ...   .   ....    . . .. ....   .. . ...     ..      .  ...   .      .....            
lowQualScore                  :                                                                          99 1   9     33   6 8     8 8 8    222 8     888   7   7777    8 8 55 7777   66 0 999     11      6  666   4      22222            
consensus                     :                                                                      AAAA--GCGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CN--AAATC--TATGCAGAC-A-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
Reference ( family-784 )      :                                                                      AAAA--GCGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CN--AAATC--TATGCAGAC-A-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81713                      :                                                                      AAAA--TCGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TTC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CT--AAATCTATATGCAGAC-A-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81714                      :                                                                     aAAAA--GCGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAC-A-AAT-ATCAATTACCATATAAAATGTTT
gi|81715                      :                                                                      AAAA--GCATG-ATTTT--GAG-A-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAT-G-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81716                      :                                                                      AAAG--GTGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-AAT-ATGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CA--ATATC--TGTACA----A-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81717                      :                                                                      AAAA--G-GTGGATTTTC-GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAC-G-AAT-ATCAAT-----TAT-CAATGTTT
gi|81718                      :                                                                     aAAAA--GCGTG-TTTTTTTGAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAATTAGTT-TGC----AAAA-T-G--TACGTGGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAC-A-AAT-ATCAAT-----TATAAGATGTTT
gi|81719                      :                                                                      AAAG--GTGTG-ATTTT--GAG-T-GACAA-A-T-CTGT---A-CGAAC---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CA--AAATT--TGTACA----A-AATAATCAAT-----TATAAAATGGTT
gi|81720                      :                                                                      AAAG--ATATG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CAAAAT--GCT-TGT----GAAA-T-G--T----GGC--A-CA--CAATC--TGTACA----A-AAT-ATCAAT-----CATAAAATGGTT
gi|81721                      :                                                                      AAAAT-GTGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGC---A-TACAA---GTG-GGC----AAAA-T-A--T----GGTAAA-AA--AAATC--TTTACA----A-AAT-ATCAAT-----CATATAATGTTT
gi|81722                      :                                                                     aAAAG--GTGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-A--T----
gi|81723                      :                                                                      AAAA--GCGTG-ATTTT--AAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----caatcataaaatgttt
gi|81723                      :                                                                                                                           TT-TGC----TAAA-T-G--T----TGT--A-CTTAAAATC--TATGCAGAC-AGAAT-ATCAAT-----TATAAAA-GTTTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttttgctaaatgttgtacttaaaatctatgcagacagaatatcaattataaaagttt
gi|81724                      : aaaagcgtgattttaagtgaaaaatctgtacacaagtttgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtAAAA--GTGAT-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---G-T-TGC-----AAA-T-G--C----TGT--A-CA--AAA
gi|81725                      :                                                                     aAAAA--GCGTG-AGTTT--GAG-T-GACAA-A-TACTGT---A-ACCAA---ATT-TGC-----AAA-T-G--T-----GT--A-T----AATC--TATGCAGAC---AAT-ATC--T-----T---AAATGTTT
gi|81726                      :                                                                      AAAG--GTTTG-ACTT---GAT-T-GAAAA-A-T-ATGT---------------T-CGC----AAAG-T-G--T----GGT--A-CA--AAATC--TGTAC--AC-A-AA--ATCAAT-----CACAAAATGGTT
gi|81727                      :                                                                     aaAAA--ACGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAAAT-G--T----GGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAC-A-AAT-TTCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81728                      :                                                                      AAAACGGTGTG-ATTCT--GAG-TTGAAAA-A-T-CTGT---A--ACAA---G-T-TGC----AAAA-TCG--TG---GGT--A-CT--AAATC--TATGCAAAA-C-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81729                      :                                                                                    TTT--GAGGT-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAAT--GTT-TAC----AAAA-T-GCAC----GGT--A-C
gi|81730                      :                                                                         aagatgga-ATTTT--GAGGT-GAAAA-A-T-CTGCTCCA-CACAA---GTT-TGC----AAAA-A-G--C----GGT--
gi|81731                      :                                                                      aagatggaGCG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTAT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAC-G-AAT-ATCAGT-----AATAAAATGTTT
gi|81732                      :                                                                           aatGTG-ATTGT--GAG-T-AAAAACA-T-CTGT---AACACAT---GTCCTGC----AAAA-T-G--T----GGT--AGCA--AAATC---GTGTACACGA-AAT-ATCAATG----CATAAAGTGGTT
gi|81733                      :                                                                               TG-ATTTT--GGG-T-GAAAA-A-T-ATGT---A-TACAA---ATT-TGCTTTTTAAA-T-A--T----GGT--A-CA--AAATC--
gi|81734                      :                                                                                 -ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGG--A-CT--AAATC--AATGCAGAC-A-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTTatcgaggaaattcgggtgattata


blockSeqs                     :                                                                          CG C   G     TT   G T     C A A    TCC A     TTA   C   TTTT    A C CA ACGT   AA G TTA     .       G  AG    A      TACCA
blockSeqs                     :                                                                          T  C   .     C    G .     . . .    .   .     T     .   .       . . .  G      .  . T       .       G  GA    .      G    
blockSeqs                     :                                                                          .  T   .     .    . .     . . .    .   .     T     .   .       . . .  .      .  . T       .       G  A     .      .    
blockSeqs                     :                                                                          .  C   .     .    . .     . . .    .   .     .     .   .       . . .  .      .  . A       .       G  G     .      .    
blockSeqs                     :                                                                          .  T   .     .    . .     . . .    .   .     .     .   .       . . .  .      .  . T       .       G  A     .      .    
blockSeqs                     :                                                                          .  T   .     .    . .     . . .    .   .     .     .   .       . . .  .      .  . T       .       G  G     .      .    
blockSeqs                     :                                                                          .  T   .     .    . .     . . .    .   .     .     .   .       . . .  .      .  . A       .       G  A     .      .    
blockSeqs                     :                                                                          .  T   .     .    . .     . . .    .   .     .     .   .       . . .  .      .  . A       .       A  A     .      .    
blockSeqs                     :                                                                          .  C   .     .    . .     . . .    .   .     .     .   .       . . .  .      .  . A       .       G  A     .      .    
blockSeqs                     :                                                                          .  T   .     .    . .     . . .    .   .     .     .   .       . . .  .      .  . A       .       C  A     .      .    
blockSeqs                     :                                                                          .  C   .     .    . .     . . .    .   .     .     .   .       . . .  .      .  . A       .       G  A     .      .    
blockSeqs                     :                                                                          .  T   .     .    . .     . . .    .   .     .     .   .       . . .  .      .  . T       .       .  A     .      .    
blockSeqs                     :                                                                          .  C   .     .    . .     . . .    .   .     .     .   .       . . .  .      .  . T       .       .  C     .      .    
blockSeqs                     :                                                                          .  T   .     .    . .     . . .    .   .     .     .   .       . . .  .      .  . T       .       .  G     .      .    
blockSeqs                     :                                                                          .  .   .     .    . .     . . .    .   .     .     .   .       . . .  .      .  . A       .       .  A     .      .    
blockSeqs                     :                                                                                 .     .    . .     . . .    .   .     .     .   .       . . .  .      .  . A       .       .  .     .      .    
blockSeqs                     :                                                                                 .     .    . .     . . .    .   .     .     .   .       . . .  .      .  . T       .                            
blockSeqs                     :                                                                                 .     .    . .     . . .    .   .     .     .   .       . . .  .      .  . .                                    
blockSeqs                     :                                                                                 .     .    . .     . . .    .   .     .     .   .       . . .  .      .  .                                      
blockSeqs                     :                                                                                 .     .    . .     . . .    .   .     .     .   .       . . .  .      .                                         
blockSeqs                     :                                                                                       .    . .     . . .    .   .     .     .   .       . . .  .                                                
blockSeqs                     :                                                                                                                             .   .                                                               


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                    **
originalCons                  :                                                                      AAAA--GCGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CN--AAATC--TATGCAGAC-A-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
finalCons                     :                                                                      AAAA--GCGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CN--AAATC--TATGCAGAC-A-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                          55 1   1     44   3 1     1 1 1    333 1     666   1   3333    1 1 22 5555   22 2 555     33      5  222   2      88888            
lowQualScore                  :                                                                          .. .   .     ..   . .     . . .    ... .     ...   .   ....    . . .. ....   .. . ...     ..      .  ...   .      .....            
lowQualScore                  :                                                                          99 1   9     33   6 8     8 8 8    222 8     888   7   7777    8 8 55 7777   66 0 999     11      6  666   4      22222            
consensus                     :                                                                      AAAA--GCGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CN--AAATC--TATGCAGAC-A-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
Reference ( family-784 )      :                                                                      AAAA--GCGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CN--AAATC--TATGCAGAC-A-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81713                      :                                                                      AAAA--TCGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TTC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CT--AAATCTATATGCAGAC-A-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81714                      :                                                                     aAAAA--GCGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAC-A-AAT-ATCAATTACCATATAAAATGTTT
gi|81715                      :                                                                      AAAA--GCATG-ATTTT--GAG-A-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAT-G-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81716                      :                                                                      AAAG--GTGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-AAT-ATGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CA--ATATC--TGTACA----A-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81717                      :                                                                      AAAA--G-GTGGATTTTC-GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAC-G-AAT-ATCAAT-----TAT-CAATGTTT
gi|81718                      :                                                                     aAAAA--GCGTG-TTTTTTTGAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAATTAGTT-TGC----AAAA-T-G--TACGTGGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAC-A-AAT-ATCAAT-----TATAAGATGTTT
gi|81719                      :                                                                      AAAG--GTGTG-ATTTT--GAG-T-GACAA-A-T-CTGT---A-CGAAC---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CA--AAATT--TGTACA----A-AATAATCAAT-----TATAAAATGGTT
gi|81720                      :                                                                      AAAG--ATATG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CAAAAT--GCT-TGT----GAAA-T-G--T----GGC--A-CA--CAATC--TGTACA----A-AAT-ATCAAT-----CATAAAATGGTT
gi|81721                      :                                                                      AAAAT-GTGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGC---A-TACAA---GTG-GGC----AAAA-T-A--T----GGTAAA-AA--AAATC--TTTACA----A-AAT-ATCAAT-----CATATAATGTTT
gi|81722                      :                                                                     aAAAG--GTGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-A--T----
gi|81723                      :                                                                      AAAA--GCGTG-ATTTT--AAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----caatcataaaatgttt
gi|81723                      :                                                                                                                           TT-TGC----TAAA-T-G--T----TGT--A-CTTAAAATC--TATGCAGAC-AGAAT-ATCAAT-----TATAAAA-GTTTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttttgctaaatgttgtacttaaaatctatgcagacagaatatcaattataaaagttt
gi|81724                      : aaaagcgtgattttaagtgaaaaatctgtacacaagtttgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtAAAA--GTGAT-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---G-T-TGC-----AAA-T-G--C----TGT--A-CA--AAA
gi|81725                      :                                                                     aAAAA--GCGTG-AGTTT--GAG-T-GACAA-A-TACTGT---A-ACCAA---ATT-TGC-----AAA-T-G--T-----GT--A-T----AATC--TATGCAGAC---AAT-ATC--T-----T---AAATGTTT
gi|81726                      :                                                                      AAAG--GTTTG-ACTT---GAT-T-GAAAA-A-T-ATGT---------------T-CGC----AAAG-T-G--T----GGT--A-CA--AAATC--TGTAC--AC-A-AA--ATCAAT-----CACAAAATGGTT
gi|81727                      :                                                                     aaAAA--ACGTG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAAAT-G--T----GGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAC-A-AAT-TTCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81728                      :                                                                      AAAACGGTGTG-ATTCT--GAG-TTGAAAA-A-T-CTGT---A--ACAA---G-T-TGC----AAAA-TCG--TG---GGT--A-CT--AAATC--TATGCAAAA-C-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTT
gi|81729                      :                                                                                    TTT--GAGGT-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAAT--GTT-TAC----AAAA-T-GCAC----GGT--A-C
gi|81730                      :                                                                         aagatgga-ATTTT--GAGGT-GAAAA-A-T-CTGCTCCA-CACAA---GTT-TGC----AAAA-A-G--C----GGT--
gi|81731                      :                                                                      aagatggaGCG-ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTAT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGT--A-CT--AAATC--TATGCAGAC-G-AAT-ATCAGT-----AATAAAATGTTT
gi|81732                      :                                                                           aatGTG-ATTGT--GAG-T-AAAAACA-T-CTGT---AACACAT---GTCCTGC----AAAA-T-G--T----GGT--AGCA--AAATC---GTGTACACGA-AAT-ATCAATG----CATAAAGTGGTT
gi|81733                      :                                                                               TG-ATTTT--GGG-T-GAAAA-A-T-ATGT---A-TACAA---ATT-TGCTTTTTAAA-T-A--T----GGT--A-CA--AAATC--
gi|81734                      :                                                                                 -ATTTT--GAG-T-GAAAA-A-T-CTGT---A-CACAA---GTT-TGC----AAAA-T-G--T----GGG--A-CT--AAATC--AATGCAGAC-A-AAT-ATCAAT-----TATAAAATGTTTatcgaggaaattcgggtgattata