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blockSeqs                     :         A   T    G    T   T   T CTA  AT   GT   GG  TTT A    C A   T C AT AACACAAAATGAATT              C      AT  T TT
blockSeqs                     :         .   .    .    .   .   A .    A    .    A   .   A    . .   . . G  AACACGATATAAATT              .      .   . . 
blockSeqs                     :         .   .    .    .   .   . .    .    .    G   .   .    . .   . . .  AACGCAAAATAAATG              .      .   . . 
blockSeqs                     :         .   .    .    .   .   . .    .    .    .   .   .    . .   . . .  GATACAACATTT                 .      .   . . 
blockSeqs                     :         .   .    .    .   .   . .    .    .    .   .   .    . .   . . .  TAAT                         .      .   . . 
blockSeqs                     :         .   .    .    .   .   . .    .    .    .   .   .    . .   . . .  TAAT                         .      .   . . 
blockSeqs                     :         .   .    .    .   .   . .    .    .    .   .   .    . .   . . .  TAAT                         .      .   . . 
blockSeqs                     :         .   .    .    .   .   . .    .    .    .   .   .    . .   . . .  TAAT                         .      .   . . 
blockSeqs                     :         .   .    .    .   .   . .    .    .    .   .   .    . .   . . .  ATT                          .      .   . . 
blockSeqs                     :         .   .    .    .   .   . .    .    .    .   .   .    . .   . . .  ATC                          .      .   . . 
blockSeqs                     :         .   .    .    .   .   . .    .    .    .   .   .    . .   . . .  AAT                          .      .   . . 
blockSeqs                     :         .   .    .    .   .   . .    .    .    .   .   .    . .   . . .  AT                           .      .   . . 
blockSeqs                     :         .   .    .    .   .   . .    .    .    .   .   .    . .   . . .  AT                           .      .   . . 
blockSeqs                     :         .   .    .    .   .   . .    .    .    .   .   .    . .   . . .  AT                           .      .   . . 
blockSeqs                     :         .   .    .    .   .   . .    .    .    .   .   .    . .   . . .  AT                           .      .   . . 
blockSeqs                     :         .   .    .    .   .   . .    .    .    .   .   .    . .   . . .  AT                           .      .   . . 
blockSeqs                     :         .   .    .    .   .   . .    .    .    .   .   .    . .   . . .  AT                           .      .   . . 
blockSeqs                     :         .   .    .    .   .   . .    .    .    .   .   .    . .   . . .  AT                           .      .   . . 
blockSeqs                     :         .   .    .    .   .   . .    .    .    .   .   .    . .   . . .  AT                           .      .   . . 
blockSeqs                     :             .    .    .   .   . .    .    .    .   .   .    . .   . . .  A                            .      .   . . 
blockSeqs                     :             .    .    .   .   . .    .    .    .   .   .    . .   . . .  A                            .      .   . . 


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TGATAAAT-CTT-ACAC-AAGT-AAA-CAT-A---GT--TAA--TCC--GG---T-TTTA-A-TTA-G-A--T--------A-------------T-----T-ATGACA--GA-C--CCAGTTGA
finalCons                     : TGATAAAT-CTT-ACAC-AAGT-AAA-CAT-A---GT--TAA--TCC--GG---T-TTTA-A-TTA-G-A--T--------A-------------T-----T-ATGACA--GA-C--CCAGTTGA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                          4444444444444444444444444444                        
lowQualScore                  :         2   1    1    1   1   3 333  44   22   66  333 3    1 1   1 1 44 1111111111111111111111111111 1      22  1 22        
lowQualScore                  :         .   .    .    .   .   . ...  ..   ..   ..  ... .    . .   . . .. ............................ .      ..  . ..        
lowQualScore                  :         0   8    8    8   8   6 222  33   55   11  222 6    8 8   8 8 33 7777777777777777777777777777 8      55  8 55        
consensus                     : TGATAAAT-CTT-ACAC-AAGT-AAA-CAT-A---GT--TAA--TCC--GG---T-TTTA-A-TTA-G-A--T--------A-------------T-----T-ATGACA--GA-C--CCAGTTGA
Reference ( family-782 )      : TGATAAAT-CTT-ACAC-AAGT-AAA-CAT-A---GT--TAA--TCC--GG---T-TTTA-A-TTA-G-A--T--------A-------------T-----T-ATGACA--GA-C--CCAGTTGA
gi|89852                      : TGATAAAT-CTT-ACAC-AAGT-AAA-CAT-A---GT--TAA--TCC--GG---T-TTTA-A-TTA-G-A--T--------A-------------T-----T-ATGACA--GA-C--CCAGTTGA
gi|89853                      : TGATAAAT-CTT-GCAC-AAGT-AAA-CAT-A---GT--TAA--TCC--GG---T-TTTA-A-TTA-G-A--T--------A-------------T-----T-CTGACA--GA-C--CCAGTTGA
gi|89854                      : TGATAAAT-CTT-ACAC-AATC-AAA-CAT-A---GT--TAA--TCC--AG---T-TTTA-A-TTA-G-A--T--------A-------------T-----T-ATGACA--GA-C--CCAGTTAA
gi|89855                      : TGATAAAT-CTTTACAC-AAGT-AAA-CAT-A---GT--TAA--TCC--GG---TATTTA-A-ATA-G-A--T--------AT------------T-----T-ATGACA--AA-C--CCAGTTG
gi|89856                      : TGATAAAT-CTT-ACACGAAGTTAAA-CAT-A---GTA-TAA--TCC--GG---T-TT-A-A-TTA-G-A--T--------A-------------T-----T-ATGCAA--CA-C--CCAGTTGA
gi|89857                      : TGATAAAT-CTT-ACAC-AAGT-AAA-CAT-A---GT--TAA--TCC--GGTTTT-TTTA-A-TTA-GCA--T--------A-------------TC----T-ATGACA--GA-CTTTCAGTTGA
gi|89858                      : TGATAAAT-ATT-ACAC-AAGT-AA--CAT-A---GT--TAA--TCC--GT---T-TTTA-A-TTA-G-A--T--------A-------------T-----T-GTGACA---A-C--CCAGTTGA
gi|89859                      : TGATAAATATTT-ACAC-AAGT-AAA-CAT-A---GT--TAA--TCCGGGG---T-TTTA-A-TTA-G-A--TTA------A-------------T-----T-ATGACA---A-C--CCAGTTGA
gi|89860                      : TGATAAAC-CTT-ACAC-AAGT-AAA-CAT-A---GT--TTA--TCC--GG---T-TTTA-A-TTA-G-A--T--------GATACAACATT---T-----T-ATGGCA--AA-C--CCAGTTG
gi|89861                      : TGATCAAT-CTT-ACAC-AAGT-AAA-CAT-A---GT--TAA--TCCA-GG---T-TTTA-A-TTA-G-AG-TTA------A-------------T-----T-ATGGCAATGA-C--TCAGTTGA
gi|89862                      : TGATGCAT-CTT-GCAC-AAGT-AAA-CAT-ACTAGT--TAA--ACT--GG---T-TTTA-A-TGA-G-A--T--------A-------------T-----T-ATGGCA--GA-C--CCAGTTG
gi|89863                      : TGATAAAT-ATT-A-AC-AAGT-AAA-CAT-A---GT--TAAGTCCC--GG---T-TTTA-AATTA-G-AATT--------AA------------T-----T-ATGACA--GA-C--CCAGTTGA
gi|89864                      : TGATAAAT-CTT-ACAC-AAGT-AAA-CAT-A---GT--TAA--TCT--GA---T-TTTA-A-TAA-G-G--T--------AACACAAAATGAATT-----T-ATGGCA--GA-T--CCA
gi|89865                      : TGAAAAAT-CTC-GCAC-AAGT-AAA-CAT-G---ATATTAA--GCC--TG---T-TTAA-A-TTA-G-A--T--------AACACGATATAAATT-----C-ATGACA--GA-C--CCAGTTGA
gi|89866                      : TGATGAAT-CTT-GCAC-AATT-GAA-CA------GT--TAA--TTC--GG---T-TTTA-A-TTA-G-A--TAACGCAAAA-------------TAAATGT-ATGGCA--AA-C--CCAGATG
gi|89867                      : TGAAAATT-CTT-ACAC-AAGT-AAC-CATTA---GT--TAA--TCC--TT---T-TTAA-A-CTATA-A--T--------A-------------------T-ATGGCA--GA-C--CCAATTG
gi|89868                      : TGATGAAG-CT--------AAT-AAATCTT-A---GT--CAA--TCC--AG---T-TTTA-A-TTA-G-A--T--------A-------------T-----T-ATGAGA--TA-C--CCTGTTGA
gi|89869                      :  GATAAAT-CTT-ACAC-AAGT-AAA-CAT-A---GT--TAA--TCC--GG---TAAATA-A-TTA-G-A--T--------A-------------T-----T-ATGACA--GA-C--CCAGTTGA
gi|89870                      :  GATAAAT-CTT-GCAC-AAAT-AAA-CAT-A---GT--TAA--TCC--GG---T-TTTA-A-ATC-G-A--TTA------A-------------T-----T-AAGGCA--GA-C--CCAGTTGA
gi|89871                      :   ACAAAT-CTT-ACAC-AAGT-AAA-CATAA---GT--TAA--TCC---G---T-TTTA-A-TTA-G-A--T--------A-------------------T-ATGGTA--GA-C--CCAGTTG
gi|89872                      :           TT-ACAC-AAGT-CAA-CAT-A---GT--TAA--TCCG-GG---T-TTTA-A-TTA-G-A--TTA------A-------------T-----TCATGACA--GA-C--CCAGTTGA
gi|89873                      :            T-ACAC-AAGT-AAA--AT-A---GT--TAA--TC----A---T-TTTACA-TTA-G-A--T--------A-------------T-----T-ATGACA--GATC--CCAGTTGA