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lowQualScore                  :       .    . .   .    ...     . .... ..  .      .  .. . .   . .. ..  . . . .   .  ...     .   ....  ...   . . ..   . ..   ...     .  .  . .... .  .      
lowQualScore                  :       4    2 2   2    111     2 6666 99  1      9  66 8 8   8 55 33  6 8 8 8   9  222     9   0000  555   0 0 88   2 99   777     1  2  2 9999 2  2      
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Alignments
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lowQualScore                  :       .    . .   .     ..     . .... ..  .      .  .. . .   . .. ..  . . . .   .  ...     .   ....  ...   . . ..   .  . ...     .  .  . .... .  .      
lowQualScore                  :       2    1 1   1     88     0 2222 88  0      8  55 7 7   7 44 11  5 7 7 6   8  000     8   7777  333   9 8 66   0  9 222     0  1  1 6666 1  1      
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Reference ( family-776 )      : TGTGTT-ACGT-T-TTG-ATAGG--TGTTT-G----T--AC-GTTATT-GC--A-C-GTT-T--T--AG-G-A-C-AAG-CA---TAGTC-AGG----TT---TCA-T-T--ACG-TTCG---TGTAG-GT-AT-T----A-TT-ACGTTT
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Alignments
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lowQualScore                  :       .    . .   .     ..     . .... ..  .      .  .. . .   . .. ..  . . . .   .  ...     .   ....  ...   . . ..   .  . ...     .  .  . .... .  .      
lowQualScore                  :       2    1 1   1     88     0 2222 88  0      8  55 7 7   7 44 11  5 7 7 6   8  000     8   7777  333   9 8 66   0  9 222     0  1  1 6666 1  1      
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gi|120008                     : TGTGTT-AAGT-T-TTG-ATAGG--TGTTT-T----T---C-GTTATT-GC--A-C-GTT-TGTT--AG-GGA-C-AAG-CA---TATTT-AGG----TT---TCA-T-T--ACG-TTTG---TGTGA-G---T-T----A-TT-ACGTT
gi|120009                     : TGTGTT-ACGT-T-TTGCATAGG--TGTTT-G----T--AC-GTTATT-GC--A-C-GAT-T--T--AG-G-A-C-AAG-CATTTTAGTCAAGG----TTTCCTCA-T-T--ACGCTTCGTGATGTAGCGT-AT-T----ATTT-ACGTT
gi|120010                     : TGTGTC-ACGT-T-TTG-ATAAG--TGTTT-T----T--AC-ATTGTT-GC--A-C-GTT-T--T--AG-G-A-C-AAG-CA---TTGTC-AAG----TT---TCA-T-T--A
gi|120011                     : TGTGT--ACGT-TCTTG-ATAGG--TGTTTTG----T--AC-GTTAT--GC--A-C-GTT-T--TT-AGCG-A-C-AAG-GA---AGGTT-CTG----TT---TCA-TAT--ACG-TTTG---TGTAG-GT-AT-T----A-TT-ACGTTT
gi|120012                     : TGT-TT-ACGT-A-TTG-ATAGGCATGTTT-G----TTAAC-GT-AT--GC--A-C-GTT-T--T--AG-G-A-C-AAGCCA---TATTC-AGG----TT---TCAGT-T--AC---TTG---T-TAG-GT-AT-T----A-TT-ACGTT
gi|120013                     : TGTGTT-ACGAAT-TTG-ATAGG--TGTTT-GG---T--AC-GTTATTCGC--A-CAGCTGT--T--AGCG-A-C-A-G-CAC--TAGTC-AAGGCTTTC---TCA-T-TCTACG-TTCG---TGTAG-TG-AT-T----A-TT-ACGT
gi|120014                     : TATGTC-ACGC-T-TTG-ATCGG--TGTTT-G----T--AC-GT--TT-A-------GTT-T--T--AG-A-T-C-AAG-CA---TAGTC-AGG----
gi|120015                     : TGTGTC-ACGT-T-ATG-ATAGG--TGTAT-T----T--AC-GTTATT-GC--G-C-CGT-T--T--GT-G-A-C-AG--------AGTC-AGT----AT---TCA-CAT--ACGTTTTG---TTTTT-GT-ATAT----A-TT-ACATTT
gi|120016                     :   TGTT-AC------TG-ATAGG--TGTTT-G----T--AC-GTTATT-GC--A-C-GTT-T--T--AG-G-A-C-AAC-CA---TAGGC-AGG----TT---TCA-T-A--ACG-TTCG---TGTAG-GT-AT-TTTAAA-AT-ACGTTT
gi|120017                     :   TGTTCACGT-T-TTG-CTTGG--TGTTT-G----T--AC-GTTATT-GC--AGC-GTT-T--T--AG-G-A-
gi|120018                     :      T-AGGT-T-TTG-ATAGG--TGTTT-G----T--AC-GGTATT-GC--A-C-GTT-T--T--AG-G-A-C-AAG-CA---TAGTC-AGG----TT---TCA-T-T--ACG-TTCG---TGTAG-GT-AT-T----A-TT-ATGTTT
gi|120019                     :            -T-TTG-ATAGG--TGTTT-G----T--AC-GGTATT-GC--A-C-G-T-T--T--AG-G-A-C-AAG-CA---TAGTC-AGG-----T---TCA---T--ACG-TTCG---TGTAG-GT-AT-T------TT-ATGT
gi|120020                     :                     AGG--TGTTT-GCTCGT--ACCGTTATT-GCCTA-C-GTT-T--TTAAG-G-AACGAAG-CA---TCGTC-AGC----TT---CTA-C-T--TCG-TTGG---TGCAG-GT-AT-TA---A-TT-A-GTTT
gi|120021                     :                                            TTATT-GC--A-C-GTT-T--T--AG-G-A-A-AAG-CA---TAGTC-AGG----TT---TCA-T-T--ACG-TTCG---TGTAG-GT-AT-T----A-TT-ACGTTT
gi|120022                     :                                            TTATT-GC--A-C-GTT-T--T--TG-G-A-A-AAG-CA---TAGTC-AGGT---TT---TCA-T-T--ACG-GTTG---TGTAA-G--GT-T----A-TTAACGTTT
gi|120023                     :                                                       -C-GTT-T--T--AG-G-A-A-AAG-CA---TAGTC-AGG----TT---TCA-T-T--ACG-TTCG---TTTAG-


blockSeqs                     :       C    A C   C     CA     T CTCG TA  C      C  CT G A   G GT TA  C G A T   C  TTT     A   GCTT  TCC   G A CT   C  C TGA     C  A  A TTAA T  A
blockSeqs                     :       .    . .   .     .      T G    .   .      .  .  . .   . .  T   C . . G   .  C       .   T     .     . A .    T  T TC      .  .  . A    .  .
blockSeqs                     :       .    . .   .     .      . .    .   .      .  .  . .   . .  .   . . . .   .  .       .   .     .     . . .    .  C .       .  .  . .    .  .
blockSeqs                     :       .    . .   .     .      . .    .   .      .  .  . .   . .  .   . . . .   .  .       .   .     .     . . .    .  T .       .  .  . .    .  .
blockSeqs                     :       .    . .   .     .      . .    .   .      .  .  . .   . .  .   . . . .   .  .       .   .     .     . . .    .  T .       .  .  . .    .  .
blockSeqs                     :       .    . .   .     .      . .    .   .      .  .  . .   . .  .   . . . .   .  .       .   .     .     . . .    .  C .       .  .  . .    .  .
blockSeqs                     :       .    . .   .     .      . .    .   .      .  .  . .   . .  .   . . . .   .  .       .   .     .     . . .    .  T .       .  .  . .    .  .
blockSeqs                     :       .    . .   .     .      . .    .   .      .  .  . .   . .  .   . . . .   .  .       .   .     .     . . .    .  T .       .  .  . .    .  .
blockSeqs                     :       .    . .   .     .      . .    .   .      .  .  . .   . .  .   . . . .   .  .       .   .     .     . . .    .  C .       .  .  . .    .  .
blockSeqs                     :       .    . .   .     .      . .    .   .      .  .  . .   . .  .   . . . .   .  .       .   .     .     . . .    .  T .       .  .  . .    .  .
blockSeqs                     :       .    . .   .     .      . .    .   .      .  .  . .   . .  .   . . . .   .  .       .   .     .     . . .    .  C .       .  .  . .    .  .
blockSeqs                     :       .    . .   .     .      . .    .   .      .  .  . .   . .  .   . . . .   .  .       .   .     .     . . .    .  C .       .  .  . .    .  .
blockSeqs                     :       .    . .   .     .      . .    .   .      .  .  . .   . .  .   . . . .   .  .       .   .     .     . . .    .  C .       .  .  . .    .  .
blockSeqs                     :       .    . .   .     .      . .    .   .      .  .  . .   . .  .   . . . .   .  .       .   .     .     . . .    .  G .       .  .  . .    .  .
blockSeqs                     :       .    . .   .     .      . .    .   .      .  .  . .   . .  .   . . . .   .  .       .   .     .     . . .    .  C .       .  .  . .    .  .
blockSeqs                     :       .    . .   .     .      . .    .   .      .  .  . .   . .  .   . . . .   .  .       .   .     .     . . .    .  T .       .  .  . .    .  .
blockSeqs                     :       .    . .   .     .      . .    .   .      .  .  . .   . .  .   . . . .   .  .       .   .     .     . . .    .  C .       .  .  . .    .  .
blockSeqs                     :            . .   .     .      . .    .   .      .  .  . .   . .  .   . . . .   .  .       .   .     .     . . .    .  . .       .  .  . .    .  .
blockSeqs                     :                        .      . .    .   .      .  .  . .   . .  .   . . . .   .  .       .   .     .     . . .    .  . .       .                
blockSeqs                     :                                                 .  .  . .   . .  .   . . . .   .  .       .   .     .     . . .                                  
blockSeqs                     :                                                 .  .  . .   . .  .   . . . .   .  .       .   .                                                  
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lowQualScore                  :       2    1 1   1     88     0 2222 88  0      8  55 7 7   7 44 11  5 7 7 6   8  000     8   7777  333   9 8 66   0  9 222     0  1  1 6666 1  1      
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Reference ( family-776 )      : TGTGTT-ACGT-T-TTG-ATAGG--TGTTT-G----T--AC-GTTATT-GC--A-C-GTT-T--T--AG-G-A-C-AAG-CA---TAGTC-AGG----TT---TCA-T-T--ACG-TTCG---TGTAG-GT-AT-T----A-TT-ACGTTT
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gi|120015                     : TGTGTC-ACGT-T-ATG-ATAGG--TGTAT-T----T--AC-GTTATT-GC--G-C-CGT-T--T--GT-G-A-C-AG--------AGTC-AGT----AT---TCA-CAT--ACGTTTTG---TTTTT-GT-ATAT----A-TT-ACATTT
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gi|120018                     :      T-AGGT-T-TTG-ATAGG--TGTTT-G----T--AC-GGTATT-GC--A-C-GTT-T--T--AG-G-A-C-AAG-CA---TAGTC-AGG----TT---TCA-T-T--ACG-TTCG---TGTAG-GT-AT-T----A-TT-ATGTTT
gi|120019                     :            -T-TTG-ATAGG--TGTTT-G----T--AC-GGTATT-GC--A-C-G-T-T--T--AG-G-A-C-AAG-CA---TAGTC-AGG-----T---TCA---T--ACG-TTCG---TGTAG-GT-AT-T------TT-ATGT
gi|120020                     :                     AGG--TGTTT-GCTCGT--ACCGTTATT-GCCTA-C-GTT-T--TTAAG-G-AACGAAG-CA---TCGTC-AGC----TT---CTA-C-T--TCG-TTGG---TGCAG-GT-AT-TA---A-TT-A-GTTT
gi|120021                     :                                            TTATT-GC--A-C-GTT-T--T--AG-G-A-A-AAG-CA---TAGTC-AGG----TT---TCA-T-T--ACG-TTCG---TGTAG-GT-AT-T----A-TT-ACGTTT
gi|120022                     :                                            TTATT-GC--A-C-GTT-T--T--TG-G-A-A-AAG-CA---TAGTC-AGGT---TT---TCA-T-T--ACG-GTTG---TGTAA-G--GT-T----A-TTAACGTTT
gi|120023                     :                                                       -C-GTT-T--T--AG-G-A-A-AAG-CA---TAGTC-AGG----TT---TCA-T-T--ACG-TTCG---TTTAG-