lowQualScore                  :                                                                                                                             3333333333333333                                  11111            11                           1111111111111111111111                                    1111          1111111                             111111                                                                                                                                               1111                                                                        
lowQualScore                  :      22   333 2   2    666666  77777   0 22    2 555   2 666666  4444 2  2 4444  2  8888 2  2    22 22  2  4444  22   33    9999999999999999   2 666    2 666    4      55    77777  2 2    0  00   2 2   7  555    777     9999999999999999999999  2 7 2 2   444 33   2     2  2  2  0000 2  888   0000000   4   88  33 33  88 2   2   111111 1 1 1 44444 66666666  222    3333       4 1   1    999999999   333 2    0 6666   2  444   33  9999   66666  9999  444   6666 2     77777  444 5555  9999999   55     33 888 2  2 1     1 1    3 1   1 77   1 44  1   2    
lowQualScore                  :      ..   ... .   .    ......  .....   . ..    . ...   . ......  .... .  . ....  .  .... .  .    .. ..  .  ....  ..   ..    ................   . ...    . ...    .      ..    .....  . .    .  ..   . .   .  ...    ...     ......................  . . . .   ... ..   .     .  .  .  .... .  ...   .......   .   ..  .. ..  .. .   .   ...... . . . ..... ........  ...    ....       . .   .    .........   ... .    . ....   .  ...   ..  ....   .....  ....  ...   .... .     .....  ... ....  .......   ..     .. ... .  . .     . .    . .   . ..   . ..  .   .    
lowQualScore                  :      99   777 1   1    111111  44444   5 99    1 888   1 222222  5555 1  1 5555  1  7777 1  1    99 99  1  5555  99   99    4444444444444444   2 999    2 333    4      77    99999  4 4    9  66   2 2   1  777    666     4444444444444444444444  4 8 4 4   111 22   4     4  4  2  0000 2  222   1111111   7   99  22 22  11 4   4   111111 7 7 7 22222 66666666  888    4444       8 6   6    666666666   777 2    1 9999   4  111   22  8888   88888  1111  111   2222 5     66666  444 9999  3333333   99     77 333 7  7 1     7 7    5 7   7 33   7 88  8   1    
consensus                     : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTCA-------T--------AAA-A---GCTT-T--TCTTG-TGTGCT-CAAGT--A-AAA-G-GAACATT--GAA-A-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TAT-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAG--C----AAA-TTTG-AC--T--TTT-C-CAA-GCAC-A---A-T-T-T-----C---G-C--AT---AGAG----TGGGTCA-A-GTC-TCCA---------TTG---T-AAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---GTA---G-TG----TA---TGT-T--C-ATGTG-T---AA---A---NTGT------TTT--GTAAA--T---A-AA-AGTATGG-A-GACT-T-GAC-CC-ACT-C--TA-TGA-AAAA
Reference ( gi|15246 )        : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTCA-------TT-------AAA-A---GCTT-T--TCTTG-TGTGCT-TAAGT--A-TAA-G-GAACATT--GAA-A-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TGT-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAG--C----AAA-TTTA-AC--T--TTC-C-CAA-GCAC-A---A-T-T-T-----C---A-C--AT---AGAG----TGGGTCA-A-GTC-TCCA---------TTG---T-AAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---GTA---G-TG----TA---TGT-T--C-ATGTG-T---AA---A---TTGT------TTT--GTAAA--T---A-AA-AGTATGG-A-GACT-T-GAC-CT-ACT-C--TA-TGA-AAAA
gi|15247                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTCCA-------TT-------AAA-A---GCTT-T--TCTTG-TGTGCT-TAAGT--A-TAA-G-GAACATTGGGAATA-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CT-AGT-A-CGC---G--AAA-AACGC--C-AA-AA----TAAA---CAG--C----AAATTTTA-AC--T--TTCTC-CAA-GCAC-----A-T-T-T-----CCAGA-C--AT---AGAG----TGGGTCACA-GTC-TCCA---------TTG---T-AAACTGA---AGT-AA---AAT--AT----GTA---G-TG----TA---TGT-T--C-ATGTG-T---AA---AAGTTTGT------TTT--GTAAACCT---ATAA-AGTATGG-A-GACT-T-GAC-CT-ACT-C--TA-TGA-AAAA
gi|15248                      : AAATT--GAA---A-CTC-TCCA------GA-----AAACG--GAAA-A---TTT-A-----GAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTAA-------AA-------AAA-A---GCTT-T--TCTTG-TGTGCT-CAAGT--A-AAA-G-GAACATTTAAAA-A-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TAT-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAG--C----ACA-TTTT-AC--T--ATT-C-CAA-GTAC-A---A-T-T-T-----C---A-C--AT---AGAG----TGGGTCA-A-GTC-TCCA---------TTG---T-AAACTG----ACT-AA---AAT--ATG---GTA---G-TG----TA---TGG-G--C-ACGTG-T---AA---A---ATGT------TTT--GCAAA--T---A-AA-AGTATGG-A-GACG-A-GAC-CC-ACT-C--TA-TGA-AAAA
gi|15250                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-G---TTT-T-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AA--GTTCA-------T--------AAA-A---GCTT-T--TCTTG-TTTGCT-CAAGT--A-AAA-G-GAACATC--GAA-A-AAA-TC-AATATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TAT-A-CGC---G--AAA-A-CGC-AC-AA-AA----T-AAAAACAG--C----AAA-TTTT-AC--T--TTT-C-CAA-GCAC-A---A-T-T-T-----C---A-C--AT---AGAG----TGGTTCA-A-GTC-TCCA---------TTG---T-AAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---GTA---T-TG----TA---TCT-T--C-ATGTG-T---AA---A----TGT------TTT--GTAAA--A---A-AA-AGTATGG-A-GA-T-T-GAC-CC-ACT-C--CA-TGA-AGAA
gi|15249                      : AAAAT--GGA---A-CTC-CCCT------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---AC-AC-AATC--A--GA-CC----AT--AGT-GTTC-----------------AAA-ATATACTT-T--TCTTG-TGTGCA-CAAGT--A-AAA-G-GAACATT--GAA-A-AAA-TC-A-AATTG--AACAT-------G-A------------CGATAT-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC-GA-AA----T-AA---CAG--C----AAA-TTTG-AC--T--TTT-C-CAA-GCAA-A---A-T-T-T-----C---A-C--AT---ACAG----TGGGTCA-A-GTC-TCCA----------TG---T-AAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---GTA---G-TG----TA---TGT-T--C-ATGTG-T---AA---A---ATGT------TTT--GTAAA--T---A-AA-AATATGG-A-GACT-T-GAC-CC-ACT-C--TA-TGA-AAAA
gi|15252                      : AAATT--GAA---AACTCTCCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AGT----T-CT-A----CT-TA---CA-A--AATC--A--AT-CC----AT--AGTTGTTCA-------TT-------AAA-G---CTTT-T--TCTTG-CGTGCTGCAAGT--A-AAA-G-GAACATT--GAA-A-AAAATC-A-TATT---AAACT-------C-A------------CG-TAT-A-CGC---GGGAAA-AACGC-ACTAACAA----T-AA---CAG--C----AAA-TTTT-AC--T--TTC-C--AA-ACAC-A---AAT-T-T-----C---A-C--AT---AGAG-----AGGTCA-A-GTT-TCCA---------TTG---T-AAAC-G----AGT-AA---AAT--ATG---GTA---T-TG----TA---TGT-T--C-ATGTG-TA--AA---A---TTG-------TTT--GTCAA--T---A-AA-ATTATGGAA-GACT-T-GAC-CC-ACT-C--TAGTGA-AAAA
gi|15253                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GGAA-A---TTT-A-----TAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AA-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-CTTCA-------TT-------AAA-A---GCTT-T--TCTTG-TGTGCT-CAAGT--A-AAA-G-GAACATT--GAA-A-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TAT-A-CGC---G--GAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAA--T----AAA-TTTT-AC--T--TTT-C-CAA-GCAC-A---A-T-T-T-----C---A-T--AC---AGAG----TGGGTCA-A-GTC-TCCA---------TTG---T-AAACTG----
gi|15251                      : AAATT--GAA---A--TC-CCCA------GA-----AA-CA--GAAA-A---TTTTA-----AAT----TTCT-A----GT-TA---AC-AC-AATT--A--GA-CC----AT--TAT-GTTCC-------AA-------AAA-A---ACTT-T---CTTG-TGTGCG-CAAGT--AAGAA-G-AAACATTT-GAA-A-AAA-TC-A-AATTT--GAAAT-------G-A------------CT-TAT-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC--G-AA----T-AA---CAGCAC----AAA-TTTG-AC--T--TTT-C-CAA-GCA--A---A-T-T-T-----C---ACC--AT----GAG----TGGGTCA-AGGTC-TCCA---------TTG---TAAAACTG----AGT--A---AAT--AT----GTA---GTTG----TA---TGT-T--C-A-GTG-----AA---A---ATGT------TTT--GTAAA--T---A-AA-A-TAT-G-A-GACT-T-GAC-CC-ACT-C--TA-TGA-AAAA
gi|15255                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-CCTCA-------TC-------AAA-A---GCTT-T--TCTTG-CGTGCT-CAAGC--A-AAA-G-GAACATT--GAA-A-AAA-TA-A-TATTT--AAAATACACAAAG-AATNNNNNNNNNNNN-NNN-N-NNN---N--NNN-NNTGC-AC-AA-AAAT--T-AA---CTG--------AA-TTTT-AC--TTCTTC-CACAACTCAC-A---A-T-T-T-----C---A-CA-ATGCAAGA-----T--GTCATA-GTC-TCCA---------TTG------AACTG----GAA-AG---AAT--ATG---GTA---G--G----TA-----T-T--CAATG-G-A---AA---A-----AC------TTT--GTAAA--TAA-A-AA-AGTAGGG-ATGAC--T-GAC-CC-ACT-C--TA-TAATAAAA
gi|15254                      : AAATT--GAA---A-CTC-TTCA------TA-----AAGGA--AAAA-A---ATT-G-----CAT----T-CT-A----GC-TA---TA-AC-AATC--T--AT-CC----AT--AGT-TTTCA--------G-------AAA-G---GCTC-T--TTAGA-TGT-TT-TCAGTTAA-T-A-G-AAACTTT--GGA-A-AAA---------------------------A------------CG-CAT-A-CGC---G--AAA-AA--C-AC-AA-AA------AA---CAC--C----AAA-TTCG-AC--T--TTT-C-CAA-GCA--A---A-TGT-T-----T---G-T--GT---AAAG----TGGGTCA-A-GTC-TCCA---------TTG---T-GAACTG----AGA-AA---AAT--ATG---G-A---G-TG----CT---TGT-T--C-ATATG-T---AA---A---ATGT------TTT--GTAAA--T---A-AA-AGTATAG-A-GACG-A-GAC-CC-ACT-C--TA-AGA-AAAA
gi|15256                      : AAATTTGAAA---A-CTC-CCTAAGAAGGGA-----AAACA--AAGA-AATTTTT-A-----AAT----T-TC-ATACAGTGTAAAACA-AC-AATCCCA--AT-TCGCATAT--AGG-TTTCA-------TTTTTTTTTAAA-A---GCTT-T---CTTG-TG-GCT-CAAAA--G-GAA-A-AAACATT--GAA-C-A---TCGA-TATTTT-AAAAT-------GGA------------CC-TAT-A-CGCCGAA--AAA-AACGCCAC-AA-AAAAAAT-AA---CAG--C----AAA-ATTGTAC--G--TTA-C-CAA-GCATTAT--A-T-T-T-----C---A-C--AT---AGAG------GGTCA-A-GTC-TCCA---------TTG---T-AAACTGAAGTAGT-AA---AATTCAT----GTA---G-TA----TG---TGTGT--C-ATGTGATTGAAA---A---ATGT------TTT--GTAAA--TTAAA-AA-AGTATGG-A-GACTAT-GGC-CC-ACTCC--TA-TGA-AAAA
gi|15259                      : AAATT--AAA---A-CTC-C--A------GA-----AAA------AA-A---TGC-G-------T----T-CT-A----GT-TG---AA-AC-AACC--A--AT-CC----AT--AGT-TTTCATAACTTTTC-------AAA-AAT-GCTT-T--TTGGG-TGTGCT-CATTT--A-ATA-G-GAACTTT--GAA-A-AAA-TC----------------------------------------------CCC---T--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAA--T----AAA-TTTG-AC--T--TTT-C-CAA-GCAA-G---T-T-T-T-----C---G-C--AT---GGAGTGCATGGGTCA-A-GTC-TCCA---------TTG---T-CAACAG----AGT-GA---AAT--AT----GTA---T-TGAAA-TA---TAT------AT-TG-T---AA---A---GCGC------TCT--G
gi|15260                      : AAATT--GAATAAA-CTT-CC-A------GATTCCAAGACATTGAAATAC--TTT-A-----AAT----T-CTTA----GT-TATTACAGACTAATC--ACAATACC----ATTAAGT-GTTTACATG---TT-------AAA-T---GCTTATAATCTTG-TGTGCC-CAAGA--A--AA-T-GACTATTT-GAA-A-AAA-TC-A-TATTTTAAAAAT-------G-A------------CG-TTTGA-CGC---G--AAA-AACGC-AC-TA-AA----T-AA---TAGA-CTAGGAAATTTTA-ACTTT--TTT-C-CAG---AA-A---A-T-T-TAACGAC---A-T--AT---AGAG----T--GTTA-A-GTC-TCAA---------TTA---T-A----G----TGT-AATTTATT--TTGTTTTTA---G-TC----TA---T-T-------TGTG-T---AA---A---TTAT------TTTG-GTAAA--T---A-GA-GTTATGG-A-G-CT-T-GAC-CTCACT-C--T
gi|15261                      : AAATT--AAA---A-AAT-TCCA------GA-----AAACG--GAAA-A---TTT-A-----TAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AG-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTCA-------AA-------AAA-A---GCTT-T--TCTTG-TGTACT-CAAGT--A-AAA-G-GAACATT--GAA-ACAAA-TC-A-T
gi|15258                      : AAATT--GAA---C-CTT-TCCA------GA-----AAACG--GAAA-A---TTT-A-----CAT----T-CT-A----GT-TA---AA-TC-AATT--A--AT-TC----AT--AGT-GTTAA--------A-------AAA-A---ACTT------GTA-TGTGCT-CCAGT--A--------AAC-------------A-TC-A-TATC-----------------A------------CG-TAT-A-TGT---G--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-
gi|15262                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACG--GAAA-A---TT--A-----AAT----T-CT-A----AT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTCA-------taaagtttgtttttggaggaaaaaacatatgtctctccccatggtgtcagttgaata
gi|15263                      : AAATT--AAA---A-CTC-TCCA------GA------AACA--AGAA-A---TTG-ATTCTTAAC----C-CT-A----GT-TG---AA-AC-AAAC--C--AT-TC----AT--AGT-TTTC-----------------AAA-A---GCTT-T----TTGTTGTGC--TAAAT--T-GAA-G-TAACTTT--GAA-A-A
gi|15257                      : AAATT--AAA---A-CTC-TCCA------GA-----AAA-A--GAAA-A-------A-----AATGCATT-CT-A----GT-TG---AA-TC-AACC--A--AT-GT----AT--AGT-TTTCA----------------AAACA---GCTT-T----TTG-GGTG
gi|15264                      :   ATT--GAC---A-CTC-TTCA------AAT----AAGGA--AACA-A---ATT-G-----CAT----T-GT-A----GT-CA---AA-AC-AACC--A--AT-CC----AT--AGT-TTTCA-------A--------AAA-A---GTTT-T--TCAC--TGTACT-CA-GT----TAATGCGAACTTT--GAC-A-AAT-TC-C-TATTT--GAAAT-------A-A------------CG-TAT-A-CGC---G--AAA-AACGC-A--AA-AA----T-GT---TAG--T----AAA-TTCG-AC--T--TTT-C-GAA-GCAA-A---A-T-T-T-----C---G-T--AT---AGAG----TGGGCCA-A-TTG-TCTA---------TTG---T-CAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---TTT---G-TG----CA---TGT-T--C-ATTTC-T---AT---A---ATAA------TTT--GTAAA--T---A-AA-AGTATAA-T-GATT-T-GAC-AC-ATT-C--TA-TGA-AAAA
gi|15265                      :   ATT--GAA---A-CTC-T---------GA-----AGA-A--GAAA-A-------A-----AA----------G----GG-GG---GG-GC-AACC--A--AT-CC----AT--AGT-TTTCA----------------AAA-A---GGTT-T--TCTAGATGCACT-CACG---------G-GAACATT--GAA-A-AAAATC-C-TATTT--AAAAT----------------------CA-T---------------AA-AACAA-AC-AA-AA----T------CAG--T----AAA-TTCG-AC--T--TTT-C-CAA-GCAT-ATATA-T-TAT-----C---G-T--AT---GGAG----TGGGTCA-A-GTC-TCCA---------TTG---T-GAACCG----AGT-CA---AAT--ATA---TTA---T-TG----TA---TG
gi|15266                      :                                                                                                                                                                                          AACTTT--GAA-A-AAAATC---TATTT--AAAC----------A------------CG-TAT-AACGC---G--AAAGAACGC-AC-AA-AA----T-AC---CAG--T----AAA-TTTG-AC--T--TT--T-CAA-GCA--A---A-T-T-T-----C-----CGAAT---A-AG----TGGGTCA-A-GTC-TCCC---------ATGTACT-AAGCTG----AGTGAA---AAT--ATG---TT----C-TG----CACAGTGT-T--C-ATATG-T---AT---A---ATG-------TTT--GTAAA--T---A-AATAGTATGG-A-GACT-TGGACGCC-ACT-C--TA-TGA-AAGA
gi|15267                      :                                                                                                                                                                                                                                                     -TAT-A-CAC---A--AAA-AACGT-AC-AA-AAA---T-AATTACAG--T----AAA-TTCA-AC--T--TTT-C-CGA-ACAT-A---T-T-T-C-----C---G-T--AT---GGAG----TGGGCCA-A-GTC-TTCA---------TTG---
gi|15268                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                    -AA----T-AA---ATG--T----AAA-TTTG-AC--T--TTT-C-AGC-GCAC-A---A-T-T-T-----C---G-T--AT---GGAG----TGGGTCA-A-GTC-TCCA---------TTA---T-GAACTA----AGA-AA---AAT--ATG---TTA---G-TG----CA---TGT-T--C-ATATG-T---AC---A---GTGTATAATGTTT--GTAAA--T---A-AA-AGTATGG-A-GACT-T-GAC-CC-ACT-C--TT-TGA-AAGA
gi|15247                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -T-T-T-----T---T-C--AT---AGAG----TAGGTCA-A-GTC-TCCA---------T
gi|15248                      :                                                    aaattgaaactccccagaaaacagaaaatttaaattctagttacaacaatcaatccatagtgtccattaaaagcttttcttgtgtgcttaagtataaggaacattgggaataaaatcatatttaaaatgactagtacgcgaaaaacgccaaaataaacagcaaattttaactttctccaagcacatttccagacatagagtgggtcacagtctccattgtaaactgaagtaaaatatgtagtgtatgttcatgtgtaaaagtttgttttgtaaacctataaagt-T-T-T-----T---T-C--AT---AGAG----TGGGTCT-C-GTC-TCCATAC------TTT---T-A---TT----TGC-AA---AAC--ATT---TTACACG-TGCCCATA---CAC-TACC-ATATT-T---TA---G---TCAG------TTT--ACAA----------------TGG-A-GACT-T-GAC-CC-ACT-C--TA-TGT-GAAA
gi|15249                      :                                                                                                                                                         aaattgaaactctccagaaaacggaaaatttagattctagttacaacaatcaatccatagtgttaaaaaaaagcttttcttgtgtgctcaagtaaaaggaacatttaaaaaaaatcatatttaaaatgacgtatacgcgaaaaacgcacaaaataacagcacattttactattccaagtacaa-T-T-T-----T---T-C--AT---AGAG----TGGGTCA-A-GTC-TCCA---------T
gi|15252                      :                                                                  aaaatggaactcccctgaaaacagaaaatttaaattctagttaacacaatcagaccatagtgttcaaaatatacttttcttgtgtgcacaagtaaaaggaacattgaaaaaatcaaattgaacatgacgatatacgcgaaaaacgcacgaaataacagcaaatttgacttttccaagcaaaatttcacatacagtgggtcaagtctccatgtaaactgagtaaaatatggtagtgtatgttcatgtgtaaaatgttttgtaaataaaaat-T-T-T-----C---A-C---T---AGAG----TGGGTCA-A-GTCTTCCA---------T
gi|15251                      :                                                             aaattgaaaactctcccagaaaacagaaaatttaagttctacttacaaaatcaatccatagttgttcattaaagctttttcttgcgtgctgcaagtaaaaggaacattgaaaaaaatcatattaaactcacgtatacgcgggaaaaacgcactaacaataacagcaaattttactttccaaacacaaatttcacatagagaggtcaagtttccattgtaaacgagtaaaatatggtattgtatgttcatgtgtaaaattgtttgtcaataaaatt-T-T-T-----T---T-C--AT---AGAG----TGGGTCA-A-GTC-TCaa
gi|15256                      :                                                                 aaattgaaatccccagaaacagaaaattttaaatttctagttaacacaattagaccattatgttccaaaaaaactttcttgtgtgcgcaagtaagaagaaacatttgaaaaaatcaaatttgaaatgacttatacgcgaaaaacgcacgaataacagcacaaatttgacttttccaagcaaatttcaccatgagtgggtcaaggtctccattgtaaaactgagtaaatatgtagttgtatgttcagtgaaaatgttttgtaaataaaatat-T-T-T-----C---A-T--A----GGAG----TGGGCCATA-GTC-TCCA---------T
gi|15268                      :             aaatttgaaaactccctaagaagggaaaacaaagaaatttttaaatttcatacagtgtaaaacaacaatcccaattcgcatataggtttcatttttttttaaaagctttcttgtggctcaaaaggaaaaaacattgaacatcgatattttaaaatggacctatacgccgaaaaaaacgccacaaaaaaaataacagcaaaattgtacgttaccaagcattatatttcacatagagggtcaagtctccattgtaaactgaagtagtaaaattcatgtagtatgtgtgtcatgtgattgaaaaatgttttgtaaattaaaaaagt-T-T-T-----C---A----A----AGAG----TGGGTCA-A-GTC-TCCATACTTTTATTTA---C-AAAC-------AT-TA---TAC--ACT---GTA-----CA----TA---TGA-A--C-ATGCACT---AACATA---TTTT------TCTTAGTTCA--T---A-------ATGG-A-GACT-T-GAC-CC-ACT-CCATA-CGA-AAaa
gi|15250                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aataaatgtaaatttgacttttcagcgcacaa-C--AT---GGAG----TGGGTCA-A--TC-TCCA---------Tga
gi|15247                      :                                                                                                                                                                                                                                                     aaattgaaactccccagaaaacagaaagttttaattctagttacaacaatcaatccataagttcataaaagcttttcttgtttgctcaagtaaaaggaacatcgaaaaaatcaatatttaaaatgacgtatacgcgaaaacgcacaaaataaaaacagcaaattttacttttccaagcacaatttcacatagagtggttcaagtctccattgtaaactgagtaaaatatggtattgtatcttcatgtgtaaatgttttgtaaaaaaaagtATGG-A-GACTGT-GAC-CC-ACT-C--TA-TGaagaa
gi|15250                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aaattgaaactccccagaaaacagaaaatttaaattctagttacaacaatcaatccatagtgtccattaaaagcttttcttgtgtgcttaagtataaggaacattgggaataaaatcatatttaaaatgactagtacgcgaaaaacgccaaaataaacagcaaattttaactttctccaagcacatttccagaATGG-A-GACT-T-GAA-CC-ACT-C--TA-TGT-GAAAtgtaaactgaagtaaaatatgtagtgtatgttcatgtgtaaaagtttgttttgtaaacctataaagtatggagacttgacctactctatgaaaaa
gi|15249                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aaattgaaactccccagaaaacagaaagttttaattctagttacaacaatcaatccataagttcataaaagcttttcttgtttgctcaagtaaaaggaacatcgaaaaaatcaatatttaaaatgacgtatacgcgaaaacgcacaaaataaaaacagcaaattttacttttccaagcacaaATGG-A-GACT-T-GAC-CC-ACT-G--TA-TGT-GAAAtgtaaactgagtaaaatatggtattgtatcttcatgtgtaaatgttttgtaaaaaaaagtatggagattgacccactccatgaagaa
gi|15252                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aaaatggaactcccctgaaaacagaaaatttaaattctagttaacacaatcagaccatagtgttcaaaatatacttttcttgtgtgcacaagtaaaaggaacattgaaaaaatcaaattgaacatgacgatatacgcgaaaaacgcacgaaataacagcaaatttgacttttccaagcaaaaATGG-A-AACT-T-GAC-CT--CT-C--TA-TGT-GAAAgtaaactgagtaaaatatggtagtgtatgttcatgtgtaaaatgttttgtaaataaaaatatggagacttgacccactctatgaaaaa
gi|15253                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aaattgaaaactctcccagaaaacagaaaatttaagttctacttacaaaatcaatccatagttgttcattaaagctttttcttgcgtgctgcaagtaaaaggaacattgaaaaaaatcatattaaactcacgtatacgcgggaaaaacgcactaacaataacagcaaattttactttccaaacacaaaATGG-A-GACT-T-GAC-CC-ACT-CTGTA-TGA-AAtgtaaacgagtaaaatatggtattgtatgttcatgtgtaaaattgtttgtcaataaaattatggaagacttgacccactctagtgaaaaa
gi|15254                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaattgaaactccccagaaaacaggaaatttatattctagttacaaaaatcaatccatagtcttcattaaaagcttttcttgtgtgctcaagtaaaaggaacattgaaaaaatcatatttaaaatgacgtatacgcggaaaacgcacaaaataacaataaattttacttttccaagcacaaATGG-A-GACT-T-GAC-CC-ACT-T--TA-tgtaaactg
gi|15256                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aaattgaaactcttcataaaggaaaaaaattgcattctagctataacaatctatccatagttttcagaaaggctctttagatgttttcagttaatagaaactttggaaaaaacgcatacgcgaaaaacacaaaaaacaccaaattcgacttttccaagcaaatgtttgtgATGG-A-GACT-T-GAC-C---CT-C--TA-TGT-GAAAtgtgaactgagaaaaatatggagtgcttgttcatatgtaaaatgttttgtaaataaaagtatagagacgagacccactctaagaaaaa
gi|15265                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aaatttgaaaactccctaagaagggaaaacaaagaaatttttaaatttcatacagtgtaaaacaacaatcccaattcgcatataggtttcatttttttttaaaagctttcttgtggctcaaaaggaaaaaacattgaacatcgatattttaaaatggacctatacgccgaaaaaaacgccacaaaaaaaataacagcaaaattgtacgttaccaagcattataATGG-A-GACT-T-GAC-CC-ACT-C--CA-Ttgtaaactgaagtagtaaaattcatgtagtatgtgtgtcatgtgattgaaaaatgttttgtaaattaaaaaagtatggagactatggcccactcctatgaaaaa

lowQualScore                  :                                                                                                                              22222222222222                                                                                     1111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                
lowQualScore                  :      22   333 2   2    555555  77777     22    2 555   2 555555  4444 2  2 4444  2  7777 2  2    22 22  2  4444  22   33   4 66666666666666  888888888  6    2 7777    4      2       2       22  77 2  2 2   4  444    666     7777777777777777777777  2  2 2 2   333 33   2     2  2  2  9999 2  777   9999999   4    2  22  2 2    2  33  999999 2 2 2 77777 55555 2  333    4444       4 2          333 2      7777   2  444   33  7777    2  444  444   2       2 444   8888   777777   2     33 888 2  2       2 2    2 2   2 2    2   3   3    
lowQualScore                  :      ..   ... .   .    ......  .....     ..    . ...   . ......  .... .  . ....  .  .... .  .    .. ..  .  ....  ..   ..   . ..............  .........  .    . ....    .      .       .       ..  .. .  . .   .  ...    ...     ......................  .  . . .   ... ..   .     .  .  .  .... .  ...   .......   .    .  ..  . .    .  ..  ...... . . . ..... ..... .  ...    ....       . .          ... .      ....   .  ...   ..  ....    .  ...  ...   .       . ...   ....   ......   .     .. ... .  .       . .    . .   . .    .   .   .    
lowQualScore                  :      88   555 0   0    888888  00000     88    0 555   0 444444  2222 0  0 2222  0  8888 0  0    88 88  0  2222  88   22   0 66666666666666  444444444  3    1 6666    2      2       2       55  99 1  1 1   4  999    666     1111111111111111111111  2  2 2 2   999 11   2     2  2  1  5555 1  444   3333333   2    1  99  1 1    2  11  444444 2 2 2 88888 99999 2  999    7777       4 2          999 4      4444   5  444   44  9999    5  444  444   7       7 777   3333   777777   7     99 999 9  9       9 9    9 9   9 9    9   1   1    
consensus                     : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTC-A-----N--------AA---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TGTGCT-CAAGTAA-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TA-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAG--C----AAA-TTTG-AC--TT-T-TCCA-AG--CAC-A---A-T-T-T-----C---G-C-AT---AGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---GTAG-TG---TA---TGT-TCATGTG-T---AAA---ATGT------TTT-GTAAA--T---A-AA-AGTATGG-A-GACT-T-GAC-C-CACT-CTA-TGA-AAAA
Reference ( family-769 )      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTC-A-----T--------AA---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TGTGCT-CAAGTAA-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TA-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAG--C----AAA-TTTG-AC--TT-T-TCCA-AG--CAC-A---A-T-T-T-----C---G-C-AT---AGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---GTAG-TG---TA---TGT-TCATGTG-T---AAA---NTGT------TTT-GTAAA--T---A-AA-AGTATGG-A-GACT-T-GAC-C-CACT-CTA-TGA-AAAA
gi|15246                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTC-A-----TT-------AA---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TGTGCT-TAAGTAT-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TG-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAG--C----AAA-TTTA-AC--TT-T-CCCA-AG--CAC-A---A-T-T-T-----C---A-C-AT---AGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---GTAG-TG---TA---TGT-TCATGTG-T---AAA---TTGT------TTT-GTAAA--T---A-AA-AGTATGG-A-GACT-T-GAC-C-TACT-CTA-TGA-AAAA
gi|15247                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTCC-AT----T--------AA---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TGTGCT-TAAGTAT-AAGGAACA-TTGGG-AATA-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------C--TAGT-A-CGC---G--AAA-AACGC--C-AA-AA----TAAA---CAG--C----AAATTTTA-AC--TT-TCTCCA-AG--CAC-----A-T-T-T-----CCAGA-C-AT---AGAG----TGGGTCACA-GTCTCCATTG---T-AAACTGA---AGT-AA---AAT--AT----GTAG-TG---TA---TGT-TCATGTG-T---AAAAGTTTGT------TTT-GTAAACCT---ATAA-AGTATGG-A-GACT-T-GAC-C-TACT-CTA-TGA-AAAA
gi|15248                      : AAATT--GAA---A-CTC-TCCA------GA-----AAACG--GAAA-A---TTT-A-----GAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTA-A-----A--------AA---------AAAGCTT-T--T-CTTG-TGTGCT-CAAGTAA-AAGGAACA-TTTAA-AA-A-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TA-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAG--C----ACA-TTTT-AC--TA-T-TCCA-AG--TAC-A---A-T-T-T-----C---A-C-AT---AGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTG----ACT-AA---AAT--ATG---GTAG-TG---TA---TGG-GCACGTG-T---AAA---ATGT------TTT-GCAAA--T---A-AA-AGTATGG-A-GACG-A-GAC-C-CACT-CTA-TGA-AAAA
gi|15249                      : AAAAT--GGA---A-CTC-CCCT------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---AC-AC-AATC--A--GA-CC----AT--AGT-GTTC-A-----A--------AA---------TATACTT-T--T-CTTG-TGTGCA-CAAGTAA-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAA-TC-A-AATTG--AACAT-------G-A------------CGATA-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC-GA-AA----T-AA---CAG--C----AAA-TTTG-AC--TT-T-TCCA-AG--CAA-A---A-T-T-T-----C---A-C-AT---ACAG----TGGGTCA-A-GTCTCCAT-G---T-AAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---GTAG-TG---TA---TGT-TCATGTG-T---AAA---ATGT------TTT-GTAAA--T---A-AA-AATATGG-A-GACT-T-GAC-C-CACT-CTA-TGA-AAAA
gi|15250                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-G---TTT-T-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AA--GTTC-A-----T--------AA---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TTTGCT-CAAGTAA-AAGGAACA-TC--G-AA-A-AAA-TC-AATATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TA-T-A-CGC---G--AAA-A-CGC-AC-AA-AA----T-AAAAACAG--C----AAA-TTTT-AC--TT-T-TCCA-AG--CAC-A---A-T-T-T-----C---A-C-AT---AGAG----TGGTTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---GTAT-TG---TA---TCT-TCATGTG-T---AAA----TGT------TTT-GTAAA--A---A-AA-AGTATGG-A-GA-T-T-GAC-C-CACT-CCA-TGA-AGAA
gi|15251                      : AAATT--GAA---A--TC-CCCA------GA-----AA-CA--GAAA-A---TTTTA-----AAT----TTCT-A----GT-TA---AC-AC-AATT--A--GA-CC----AT--TAT-GTTCCA-----A--------AA---------AA-ACTT-T----CTTG-TGTGCG-CAAGTAAGAAGAAACATTT--G-AA-A-AAA-TC-A-AATTT--GAAAT-------G-A------------CT-TA-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC--G-AA----T-AA---CAGCAC----AAA-TTTG-AC--TT-T-TCCA-AG--CA--A---A-T-T-T-----C---ACC-AT----GAG----TGGGTCA-AGGTCTCCATTG---TAAAACTG----AGT--A---AAT--AT----GTAGTTG---TA---TGT-TCA-GTG-----AAA---ATGT------TTT-GTAAA--T---A-AA-A-TAT-G-A-GACT-T-GAC-C-CACT-CTA-TGA-AAAA
gi|15252                      : AAATT--GAA---AACTCTCCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AGT----T-CT-A----CT-TA---CA-A--AATC--A--AT-CC----AT--AGTTGTTC-A-----T--------TA---------AA-GCTT-T--TTCTTG-CGTGCTGCAAGTAA-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAAATC-A-TATT---AAACT-------C-A------------CG-TA-T-A-CGC---GGGAAA-AACGC-ACTAACAA----T-AA---CAG--C----AAA-TTTT-AC--TT-T--CCA-AA--CAC-A---AAT-T-T-----C---A-C-AT---AGAG-----AGGTCA-A-GTTTCCATTG---T-AAAC-G----AGT-AA---AAT--ATG---GTAT-TG---TA---TGT-TCATGTG-T---AAA---ATTG------TTT-GTCAA--T---A-AA-ATTATGGAA-GACT-T-GAC-C-CACT-CTAGTGA-AAAA
gi|15253                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GGAA-A---TTT-A-----TAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AA-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-CTTC-A-----TT-------AA---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TGTGCT-CAAGTAA-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TA-T-A-CGC---G--GAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAA--T----AAA-TTTT-AC--TT-T-TCCA-AG--CAC-A---A-T-T-T-----C---A-T-AC---AGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTG----
gi|15254                      : AAATT--GAA---A-CTC-TTCA------TA-----AAGGA--AAAA-A---ATT-G-----CAT----T-CT-A----GC-TA---TA-AC-AATC--T--AT-CC----AT--AGT-TTTC-A-----G--------AA---------AG-GCTC-T--T-TAGA-TGTTTT-CAGTTAA-TAGAAACT-TT--G-GA-A-AAA---------------------------A------------CG-CA-T-A-CGC---G--AAA-AAC---AC-AA-AA------AA---CAC--C----AAA-TTCG-AC--TT-T-TCCA-AG--CA--A---A-TGT-T-----T---G-T-GT---AAAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-GAACTG----AGA-AA---AAT--ATG---G-AG-TG---CT---TGT-TCATATG-T---AAA---ATGT------TTT-GTAAA--T---A-AA-AGTATAG-A-GACG-A-GAC-C-CACT-CTA-AGA-AAAA
gi|15255                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-CCTC-A-----TC-------AA---------AA-GCTT-T--T-CTTG-CGTGCT-CAAGCAA-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAA-TA-A-TATTT--AAAATACACAAAG-AATNNNNNNNNNNNN-NN-N-N-NNN---N--NNN-NNTGC-AC-AA-AAAT--T-AA---CTG--------AA-TTTT-AC--TTCT-TCCACAACTCAC-A---A-T-T-T-----C---A-CAATGCAAGA-----T--GTCATA-GTCTCCATTG------AACTG----GAA-AG---AAT--ATG---GTAG--G---TA-----T-TCA-ATG-G---AAA---A-AC------TTT-GTAAA--TAA-A-AA-AGTAGGG-ATGAC--T-GAC-C-CACT-CTA-TAATAAAA
gi|15256                      : AAATTTGAAA---A-CTC-CCTAAGAAGGGA-----AAACA--AAGA-AATTTTT-A-----AAT----T-TC-ATACAGTGTAAAACA-AC-AATCCCA--AT-TCGCATAT--AGG-TTTC-A-----TTTTTTTTTAA---------AA-GCTT-T----CTTG-TG-GCT-CAAAAGG-AAAAAACA-TT--G-AA-C-A---TCGA-TATTTT-AAAAT-------GGA------------CC-TA-T-A-CGCCGAA--AAA-AACGCCAC-AA-AAAAAAT-AA---CAG--C----AAA-ATTGTAC--GT-T-ACCA-AG--CATTAT--A-T-T-T-----C---A-C-AT---AGAG------GGTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTGAAGTAGT-AA---AATTCAT----GTAG-TA---TG---TGTGTCATGTGATTGAAAA---ATGT------TTT-GTAAA--TTAAA-AA-AGTATGG-A-GACTAT-GGC-C-CACTCCTA-TGA-AAAA
gi|15257                      : AAATT--AAA---A-CTC-TCCA------GA-----AAA-A--GAAA-A-------A-----AATGCATT-CT-A----GT-TG---AA-TC-AACC--A--AT-GT----AT--AGT-TTTC-A-----A--------AA---------CA-GCTT-T-----TTG-GGTG
gi|15258                      : AAATT--GAA---C-CTT-TCCA------GA-----AAACG--GAAA-A---TTT-A-----CAT----T-CT-A----GT-TA---AA-TC-AATT--A--AT-TC----AT--AGT-GTTA-A-----A--------AA---------AA-ACTT-------GTA-TGTGCT-CCAGTA------AAC---------------A-TC-A-TATC-----------------A------------CG-TA-T-A-TGT---G--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-TA-------------AAG-TTTG-----TT-T-T
gi|15259                      : AAATT--AAA---A-CTC-C--A------GA-----AAA------AA-A---TGC-G-------T----T-CT-A----GT-TG---AA-AC-AACC--A--AT-CC----AT--AGT-TTTC-A-----T--------AACTTTTCAAAAATGCTT-T--T-TGGG-TGTGCT-CATTTAA-TAGGAACT-TT--G-AA-A-AAA-TC-----------------------------------------------CCC---T--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAA--T----AAA-TTTG-AC--TT-T-TCCA-AG--CAA-G---T-T-T-T-----C---G-C-AT---GGAGTGCATGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-CAACAG----AGT-GA---AAT--AT----GTAT-TGAAATA---TAT---AT-TG-T---AAA---GCGC------TCT-Gtggaggaaaaaacatatgtctctccccatggtgtcagttgaata
gi|15260                      : AAATT--GAATAAA-CTT-CC-A------GATTCCAAGACATTGAAATAC--TTT-A-----AAT----T-CTTA----GT-TATTACAGACTAATC--ACAATACC----ATTAAGT-GTTT-ACATGTT--------AA---------AT-GCTTATAAT-CTTG-TGTGCC-CAAG-AA-AATGACTA-TTT-G-AA-A-AAA-TC-A-TATTTTAAAAAT-------G-A------------CG-TT-TGA-CGC---G--AAA-AACGC-AC-TA-AA----T-AA---TAGA-CTAGGAAATTTTA-ACTTTT-T-TCCA-G----AA-A---A-T-T-TAACGAC---A-T-AT---AGAG----T--GTTA-A-GTCTCAATTA---T-A----G----TGT-AATTTATT--TTGTTTTTAG-TC---TA---T-T----TGTG-T---AAA---TTAT------TTTGGTAAA--T---A-GA-GTTATGG-A-G-CT-T-GAC-CTCACT-CT
gi|15261                      : AAATT--AAA---A-AAT-TCCA------GA-----AAACG--GAAA-A---TTT-A-----TAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AG-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTCAA-----A--------AA---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TGTACT-CAAGTAA-AAGGAACA-TT--G-AA-ACAAA-TC-A-T
gi|15262                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACG--GAAA-A---TT--A-----AAT----T-CT-A----AT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTC-A-----
gi|15263                      : AAATT--AAA---A-CTC-TCCA------GA------AACA--AGAA-A---TTG-ATTCTTAAC----C-CT-A----GT-TG---AA-AC-AAAC--C--AT-TC----AT--AGT-TTTC----------------AA---------AA-GCTT-T-----TTGTTGTGCT--AAATTG-AAGTAACT-TT--G-AA-A-A
gi|15264                      :   ATT--GAC---A-CTC-TTCA------AAT----AAGGA--AACA-A---ATT-G-----CAT----T-GT-A----GT-CA---AA-AC-AACC--A--AT-CC----AT--AGT-TTTC-A-----A--------AA---------AA-GTTT-T--T-CAC--TGTACT-CAGTTAA-TGCGAACT-TT--G-AC-A-AAT-TC-C-TATTT--GAAAT-------A-A------------CG-TA-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-A--AA-AA----T-GT---TAG--T----AAA-TTCG-AC--TT-T-TCGA-AG--CAA-A---A-T-T-T-----C---G-T-AT---AGAG----TGGGCCA-A-TTGTCTATTG---T-CAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---TTTG-TG---CA---TGT-TCATTTC-T---ATA---ATAA------TTT-GTAAA--T---A-AA-AGTATAA-T-GATT-T-GAC-A-CATT-CTA-TGA-AAAA
gi|15265                      :   ATT--GAA---A-CTC-T---------GA-----AGA-A--GAAA-A-------A-----AA----------G----GG-GG---GG-GC-AACC--A--AT-CC----AT--AGT-TTTC-A--------------AA---------AA-GGTT-T--T-CTAGATGCACT-CACG------GGAACA-TT--GAAA-A-AAA-TC-C-TATTT--AAAAT----------------------CA-T----------------AA-AACAA-AC-AA-AA----T------CAG--T----AAA-TTCG-AC--TT-T-TCCA-AG--CAT-ATATA-T-TAT-----C---G-T-AT---GGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-GAACCG----AGT-CA---AAT--ATA---TTAT-TG---TA---TG
gi|15266                      :                                                                                                                                                                                            AACT-TT--G-AA-A-AAAATC---TATTT--AAAC----------A------------CG-TA-T-AACGC---G--AAAGAACGC-AC-AA-AA----T-AC---CAG--T----AAA-TTTG-AC--TT-T-T-CA-AG--CA--A---A-T-T-TC----C---G-A-AT---A-AG----TGGGTCA-A-GTCTCCCATGTACT-AAGCTG----AGTGAA---AAT--ATG---TT-C-TG---CACAGTGT-TCATATG-T---ATA---ATG-------TTT-GTAAA--T---A-AATAGTATGG-A-GACT-TGGACGC-CACT-CTA-TGA-AAGA
gi|15267                      :                                                                                                                                                                                                                                                         -TA-T-A-CAC---A--AAA-AACGT-AC-AA-AAA---T-AATTACAG--T----AAA-TTCA-AC--TT-T-TCCG-AA--CAT-A---T-T-T-C-----C---G-T-AT---GGAG----TGGGCCA-A-GTCTTCATTG---
gi|15268                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                         -AA----T-AA---ATG--T----AAA-TTTG-AC--TT-T-TCAG-CG--CAC-A---A-T-T-T-----C---G-T-AT---GGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTA---T-GAACTA----AGA-AA---AAT--ATG---TTAG-TG---CA---TGT-TCATATG-T---ACA---GTGTATAATGTTT-GTAAA--T---A-AA-AGTATGG-A-GACT-T-GAC-C-CACT-CTT-TGA-AAGA

lowQualScore                  :                                                                                                                              1111111111                                                                                         1111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                
lowQualScore                  :      22   333 2   2    555555  77777     22    2 555   2 555555  4444 2  2 4444  2  7777 2  2    22 22  2  4444  22   33   4 9999999999 4444 888888888  8    2 7777    4      2       2       22  77 2  2 2   4  444    666     7777777777777777777777  2  2 2 2   333 33   2     2  2  2  9999 2  777   9999999   4    2  22  2 2    2  33  999999 2 2 2 77777 55555 2  333    4444       4 2          333 2      7777   2  444   33  7777    2  444  444   2       2 444    444   777777   2     33 888 2  2       2 2    2 2   2 2    2   3   3    
lowQualScore                  :      ..   ... .   .    ......  .....     ..    . ...   . ......  .... .  . ....  .  .... .  .    .. ..  .  ....  ..   ..   . .......... .... .........  .    . ....    .      .       .       ..  .. .  . .   .  ...    ...     ......................  .  . . .   ... ..   .     .  .  .  .... .  ...   .......   .    .  ..  . .    .  ..  ...... . . . ..... ..... .  ...    ....       . .          ... .      ....   .  ...   ..  ....    .  ...  ...   .       . ...    ...   ......   .     .. ... .  .       . .    . .   . .    .   .   .    
lowQualScore                  :      88   555 0   0    888888  00000     88    0 555   0 444444  2222 0  0 2222  0  8888 0  0    88 88  0  2222  88   22   0 6666666666 5555 444444444  4    1 6666    2      2       2       55  99 1  1 1   4  999    666     1111111111111111111111  2  2 2 2   999 11   2     2  2  1  5555 1  444   3333333   2    1  99  1 1    2  11  444444 2 2 2 88888 99999 2  999    7777       4 2          999 4      4444   5  444   44  9999    5  444  444   7       7 777    777   777777   7     99 999 9  9       9 9    9 9   9 9    9   1   1    
consensus                     : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTC-A-N--------A----A---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TGTGCT-CAAGTAA-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TA-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAG--C----AAA-TTTG-AC--TT-T-TCCA-AG--CAC-A---A-T-T-T-----C---G-C-AT---AGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---GTAG-TG---TA---TGT-TCATGTG-T---AAAA---TGT------TTT-GTAAA--T---A-AA-AGTATGG-A-GACT-T-GAC-C-CACT-CTA-TGA-AAAA
Reference ( family-769 )      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTC-A-N--------A----A---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TGTGCT-CAAGTAA-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TA-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAG--C----AAA-TTTG-AC--TT-T-TCCA-AG--CAC-A---A-T-T-T-----C---G-C-AT---AGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---GTAG-TG---TA---TGT-TCATGTG-T---AAAA---TGT------TTT-GTAAA--T---A-AA-AGTATGG-A-GACT-T-GAC-C-CACT-CTA-TGA-AAAA
gi|15246                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTC-A-TT-------A----A---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TGTGCT-TAAGTAT-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TG-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAG--C----AAA-TTTA-AC--TT-T-CCCA-AG--CAC-A---A-T-T-T-----C---A-C-AT---AGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---GTAG-TG---TA---TGT-TCATGTG-T---AAAT---TGT------TTT-GTAAA--T---A-AA-AGTATGG-A-GACT-T-GAC-C-TACT-CTA-TGA-AAAA
gi|15247                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTCC-ATT--------A----A---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TGTGCT-TAAGTAT-AAGGAACA-TTGGG-AATA-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------C--TAGT-A-CGC---G--AAA-AACGC--C-AA-AA----TAAA---CAG--C----AAATTTTA-AC--TT-TCTCCA-AG--CAC-----A-T-T-T-----CCAGA-C-AT---AGAG----TGGGTCACA-GTCTCCATTG---T-AAACTGA---AGT-AA---AAT--AT----GTAG-TG---TA---TGT-TCATGTG-T---AAAAGTTTGT------TTT-GTAAACCT---ATAA-AGTATGG-A-GACT-T-GAC-C-TACT-CTA-TGA-AAAA
gi|15248                      : AAATT--GAA---A-CTC-TCCA------GA-----AAACG--GAAA-A---TTT-A-----GAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTA-A-A--------A----A---------AAAGCTT-T--T-CTTG-TGTGCT-CAAGTAA-AAGGAACA-TTTAA-AA-A-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TA-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAG--C----ACA-TTTT-AC--TA-T-TCCA-AG--TAC-A---A-T-T-T-----C---A-C-AT---AGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTG----ACT-AA---AAT--ATG---GTAG-TG---TA---TGG-GCACGTG-T---AAAA---TGT------TTT-GCAAA--T---A-AA-AGTATGG-A-GACG-A-GAC-C-CACT-CTA-TGA-AAAA
gi|15249                      : AAAAT--GGA---A-CTC-CCCT------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---AC-AC-AATC--A--GA-CC----AT--AGT-GTTC-A-A--------A----A---------TATACTT-T--T-CTTG-TGTGCA-CAAGTAA-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAA-TC-A-AATTG--AACAT-------G-A------------CGATA-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC-GA-AA----T-AA---CAG--C----AAA-TTTG-AC--TT-T-TCCA-AG--CAA-A---A-T-T-T-----C---A-C-AT---ACAG----TGGGTCA-A-GTCTCCAT-G---T-AAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---GTAG-TG---TA---TGT-TCATGTG-T---AAAA---TGT------TTT-GTAAA--T---A-AA-AATATGG-A-GACT-T-GAC-C-CACT-CTA-TGA-AAAA
gi|15250                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-G---TTT-T-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AA--GTTC-A-T--------A----A---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TTTGCT-CAAGTAA-AAGGAACA-TC--G-AA-A-AAA-TC-AATATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TA-T-A-CGC---G--AAA-A-CGC-AC-AA-AA----T-AAAAACAG--C----AAA-TTTT-AC--TT-T-TCCA-AG--CAC-A---A-T-T-T-----C---A-C-AT---AGAG----TGGTTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---GTAT-TG---TA---TCT-TCATGTG-T----AAA---TGT------TTT-GTAAA--A---A-AA-AGTATGG-A-GA-T-T-GAC-C-CACT-CCA-TGA-AGAA
gi|15251                      : AAATT--GAA---A--TC-CCCA------GA-----AA-CA--GAAA-A---TTTTA-----AAT----TTCT-A----GT-TA---AC-AC-AATT--A--GA-CC----AT--TAT-GTTCCA-A--------A----A---------AA-ACTT-T----CTTG-TGTGCG-CAAGTAAGAAGAAACATTT--G-AA-A-AAA-TC-A-AATTT--GAAAT-------G-A------------CT-TA-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC--G-AA----T-AA---CAGCAC----AAA-TTTG-AC--TT-T-TCCA-AG--CA--A---A-T-T-T-----C---ACC-AT----GAG----TGGGTCA-AGGTCTCCATTG---TAAAACTG----AGT--A---AAT--AT----GTAGTTG---TA---TGT-TCA-GTG-----AAAA---TGT------TTT-GTAAA--T---A-AA-A-TAT-G-A-GACT-T-GAC-C-CACT-CTA-TGA-AAAA
gi|15252                      : AAATT--GAA---AACTCTCCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AGT----T-CT-A----CT-TA---CA-A--AATC--A--AT-CC----AT--AGTTGTTC-A-T--------T----A---------AA-GCTT-T--TTCTTG-CGTGCTGCAAGTAA-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAAATC-A-TATT---AAACT-------C-A------------CG-TA-T-A-CGC---GGGAAA-AACGC-ACTAACAA----T-AA---CAG--C----AAA-TTTT-AC--TT-T--CCA-AA--CAC-A---AAT-T-T-----C---A-C-AT---AGAG-----AGGTCA-A-GTTTCCATTG---T-AAAC-G----AGT-AA---AAT--ATG---GTAT-TG---TA---TGT-TCATGTG-T---AAAA---TTG------TTT-GTCAA--T---A-AA-ATTATGGAA-GACT-T-GAC-C-CACT-CTAGTGA-AAAA
gi|15253                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GGAA-A---TTT-A-----TAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AA-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-CTTC-A-TT-------A----A---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TGTGCT-CAAGTAA-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TA-T-A-CGC---G--GAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAA--T----AAA-TTTT-AC--TT-T-TCCA-AG--CAC-A---A-T-T-T-----C---A-T-AC---AGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTG----
gi|15254                      : AAATT--GAA---A-CTC-TTCA------TA-----AAGGA--AAAA-A---ATT-G-----CAT----T-CT-A----GC-TA---TA-AC-AATC--T--AT-CC----AT--AGT-TTTC-A-G--------A----A---------AG-GCTC-T--T-TAGA-TGTTTT-CAGTTAA-TAGAAACT-TT--G-GA-A-AAA---------------------------A------------CG-CA-T-A-CGC---G--AAA-AAC---AC-AA-AA------AA---CAC--C----AAA-TTCG-AC--TT-T-TCCA-AG--CA--A---A-TGT-T-----T---G-T-GT---AAAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-GAACTG----AGA-AA---AAT--ATG---G-AG-TG---CT---TGT-TCATATG-T---AAAA---TGT------TTT-GTAAA--T---A-AA-AGTATAG-A-GACG-A-GAC-C-CACT-CTA-AGA-AAAA
gi|15255                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-CCTC-ATC--------A----A---------AA-GCTT-T--T-CTTG-CGTGCT-CAAGCAA-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAA-TA-A-TATTT--AAAATACACAAAG-AATNNNNNNNNNNNN-NN-N-N-NNN---N--NNN-NNTGC-AC-AA-AAAT--T-AA---CTG--------AA-TTTT-AC--TTCT-TCCACAACTCAC-A---A-T-T-T-----C---A-CAATGCAAGA-----T--GTCATA-GTCTCCATTG------AACTG----GAA-AG---AAT--ATG---GTAG--G---TA-----T-TCA-ATG-G---AAAA----AC------TTT-GTAAA--TAA-A-AA-AGTAGGG-ATGAC--T-GAC-C-CACT-CTA-TAATAAAA
gi|15256                      : AAATTTGAAA---A-CTC-CCTAAGAAGGGA-----AAACA--AAGA-AATTTTT-A-----AAT----T-TC-ATACAGTGTAAAACA-AC-AATCCCA--AT-TCGCATAT--AGG-TTTC-A-TTTTTTTTTA----A---------AA-GCTT-T----CTTG-TG-GCT-CAAAAGG-AAAAAACA-TT--G-AA-C-A---TCGA-TATTTT-AAAAT-------GGA------------CC-TA-T-A-CGCCGAA--AAA-AACGCCAC-AA-AAAAAAT-AA---CAG--C----AAA-ATTGTAC--GT-T-ACCA-AG--CATTAT--A-T-T-T-----C---A-C-AT---AGAG------GGTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTGAAGTAGT-AA---AATTCAT----GTAG-TA---TG---TGTGTCATGTGATTGAAAAA---TGT------TTT-GTAAA--TTAAA-AA-AGTATGG-A-GACTAT-GGC-C-CACTCCTA-TGA-AAAA
gi|15257                      : AAATT--AAA---A-CTC-TCCA------GA-----AAA-A--GAAA-A-------A-----AATGCATT-CT-A----GT-TG---AA-TC-AACC--A--AT-GT----AT--AGT-TTTC-A-A--------A----A---------CA-GCTT-T-----TTG-GGTG
gi|15258                      : AAATT--GAA---C-CTT-TCCA------GA-----AAACG--GAAA-A---TTT-A-----CAT----T-CT-A----GT-TA---AA-TC-AATT--A--AT-TC----AT--AGT-GTTA-A-A--------A----A---------AA-ACTT-------GTA-TGTGCT-CCAGTA------AAC---------------A-TC-A-TATC-----------------A------------CG-TA-T-A-TGT---G--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-TA-------------AAG-TTTG-----TT-T-T
gi|15259                      : AAATT--AAA---A-CTC-C--A------GA-----AAA------AA-A---TGC-G-------T----T-CT-A----GT-TG---AA-AC-AACC--A--AT-CC----AT--AGT-TTTC-A-T--------A----ACTTTTCAAAAATGCTT-T--T-TGGG-TGTGCT-CATTTAA-TAGGAACT-TT--G-AA-A-AAA-TC-----------------------------------------------CCC---T--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAA--T----AAA-TTTG-AC--TT-T-TCCA-AG--CAA-G---T-T-T-T-----C---G-C-AT---GGAGTGCATGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-CAACAG----AGT-GA---AAT--AT----GTAT-TGAAATA---TAT---AT-TG-T---AAAG---CGC------TCT-Gtggaggaaaaaacatatgtctctccccatggtgtcagttgaata
gi|15260                      : AAATT--GAATAAA-CTT-CC-A------GATTCCAAGACATTGAAATAC--TTT-A-----AAT----T-CTTA----GT-TATTACAGACTAATC--ACAATACC----ATTAAGT-GTTT-A-C--------ATGTTA---------AATGCTTATAAT-CTTG-TGTGCC-CAAG-AA-AATGACTA-TTT-G-AA-A-AAA-TC-A-TATTTTAAAAAT-------G-A------------CG-TT-TGA-CGC---G--AAA-AACGC-AC-TA-AA----T-AA---TAGA-CTAGGAAATTTTA-ACTTTT-T-TCCA-G----AA-A---A-T-T-TAACGAC---A-T-AT---AGAG----T--GTTA-A-GTCTCAATTA---T-A----G----TGT-AATTTATT--TTGTTTTTAG-TC---TA---T-T----TGTG-T---AAAT---TAT------TTTGGTAAA--T---A-GA-GTTATGG-A-G-CT-T-GAC-CTCACT-CT
gi|15261                      : AAATT--AAA---A-AAT-TCCA------GA-----AAACG--GAAA-A---TTT-A-----TAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AG-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTCAA-A--------A----A---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TGTACT-CAAGTAA-AAGGAACA-TT--G-AA-ACAAA-TC-A-T
gi|15262                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACG--GAAA-A---TT--A-----AAT----T-CT-A----AT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTC-A-
gi|15263                      : AAATT--AAA---A-CTC-TCCA------GA------AACA--AGAA-A---TTG-ATTCTTAAC----C-CT-A----GT-TG---AA-AC-AAAC--C--AT-TC----AT--AGT-TTTC------------A----A---------AA-GCTT-T-----TTGTTGTGCT--AAATTG-AAGTAACT-TT--G-AA-A-A
gi|15264                      :   ATT--GAC---A-CTC-TTCA------AAT----AAGGA--AACA-A---ATT-G-----CAT----T-GT-A----GT-CA---AA-AC-AACC--A--AT-CC----AT--AGT-TTTC-A-A--------A----A---------AA-GTTT-T--T-CAC--TGTACT-CAGTTAA-TGCGAACT-TT--G-AC-A-AAT-TC-C-TATTT--GAAAT-------A-A------------CG-TA-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-A--AA-AA----T-GT---TAG--T----AAA-TTCG-AC--TT-T-TCGA-AG--CAA-A---A-T-T-T-----C---G-T-AT---AGAG----TGGGCCA-A-TTGTCTATTG---T-CAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---TTTG-TG---CA---TGT-TCATTTC-T---ATAA---TAA------TTT-GTAAA--T---A-AA-AGTATAA-T-GATT-T-GAC-A-CATT-CTA-TGA-AAAA
gi|15265                      :   ATT--GAA---A-CTC-T---------GA-----AGA-A--GAAA-A-------A-----AA----------G----GG-GG---GG-GC-AACC--A--AT-CC----AT--AGT-TTTC-A----------A----A---------AA-GGTT-T--T-CTAGATGCACT-CACG------GGAACA-TT--GAAA-A-AAA-TC-C-TATTT--AAAAT----------------------CA-T----------------AA-AACAA-AC-AA-AA----T------CAG--T----AAA-TTCG-AC--TT-T-TCCA-AG--CAT-ATATA-T-TAT-----C---G-T-AT---GGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-GAACCG----AGT-CA---AAT--ATA---TTAT-TG---TA---TG
gi|15266                      :                                                                                                                                                                                            AACT-TT--G-AA-A-AAAATC---TATTT--AAAC----------A------------CG-TA-T-AACGC---G--AAAGAACGC-AC-AA-AA----T-AC---CAG--T----AAA-TTTG-AC--TT-T-T-CA-AG--CA--A---A-T-T-TC----C---G-A-AT---A-AG----TGGGTCA-A-GTCTCCCATGTACT-AAGCTG----AGTGAA---AAT--ATG---TT-C-TG---CACAGTGT-TCATATG-T---ATAA---TG-------TTT-GTAAA--T---A-AATAGTATGG-A-GACT-TGGACGC-CACT-CTA-TGA-AAGA
gi|15267                      :                                                                                                                                                                                                                                                         -TA-T-A-CAC---A--AAA-AACGT-AC-AA-AAA---T-AATTACAG--T----AAA-TTCA-AC--TT-T-TCCG-AA--CAT-A---T-T-T-C-----C---G-T-AT---GGAG----TGGGCCA-A-GTCTTCATTG---
gi|15268                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                         -AA----T-AA---ATG--T----AAA-TTTG-AC--TT-T-TCAG-CG--CAC-A---A-T-T-T-----C---G-T-AT---GGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTA---T-GAACTA----AGA-AA---AAT--ATG---TTAG-TG---CA---TGT-TCATATG-T---ACAG---TGTATAATGTTT-GTAAA--T---A-AA-AGTATGG-A-GACT-T-GAC-C-CACT-CTT-TGA-AAGA

lowQualScore                  :                                                                                                                              1111111111                                                                                         1111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                
lowQualScore                  :      22   333 2   2    555555  77777     22    2 555   2 555555  4444 2  2 4444  2  7777 2  2    22 22  2  4444  22   33   4 9999999999 4444 888888888  8    2 7777    4      2       2       22  77 2  2 2   4  444    666     7777777777777777777777  2  2 2 2   333 33   2     2  2  2  9999 2  777   9999999   4    2  22  2 2    2  33  999999 2 2 2 77777 55555 2  333    4444       4 2          333 2      7777   2  444   33  7777    2  444  444   2       2 444    444   777777   2     33 888 2  2       2 2    2 2   2 2    2   3   3    
lowQualScore                  :      ..   ... .   .    ......  .....     ..    . ...   . ......  .... .  . ....  .  .... .  .    .. ..  .  ....  ..   ..   . .......... .... .........  .    . ....    .      .       .       ..  .. .  . .   .  ...    ...     ......................  .  . . .   ... ..   .     .  .  .  .... .  ...   .......   .    .  ..  . .    .  ..  ...... . . . ..... ..... .  ...    ....       . .          ... .      ....   .  ...   ..  ....    .  ...  ...   .       . ...    ...   ......   .     .. ... .  .       . .    . .   . .    .   .   .    
lowQualScore                  :      88   555 0   0    888888  00000     88    0 555   0 444444  2222 0  0 2222  0  8888 0  0    88 88  0  2222  88   22   0 6666666666 5555 444444444  4    1 6666    2      2       2       55  99 1  1 1   4  999    666     1111111111111111111111  2  2 2 2   999 11   2     2  2  1  5555 1  444   3333333   2    1  99  1 1    2  11  444444 2 2 2 88888 99999 2  999    7777       4 2          999 4      4444   5  444   44  9999    5  444  444   7       7 777    777   777777   7     99 999 9  9       9 9    9 9   9 9    9   1   1    
consensus                     : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTC-A-N--------A----A---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TGTGCT-CAAGTAA-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TA-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAG--C----AAA-TTTG-AC--TT-T-TCCA-AG--CAC-A---A-T-T-T-----C---G-C-AT---AGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---GTAG-TG---TA---TGT-TCATGTG-T---AAAA---TGT------TTT-GTAAA--T---A-AA-AGTATGG-A-GACT-T-GAC-C-CACT-CTA-TGA-AAAA
Reference ( family-769 )      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTC-A-N--------A----A---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TGTGCT-CAAGTAA-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TA-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAG--C----AAA-TTTG-AC--TT-T-TCCA-AG--CAC-A---A-T-T-T-----C---G-C-AT---AGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---GTAG-TG---TA---TGT-TCATGTG-T---AAAA---TGT------TTT-GTAAA--T---A-AA-AGTATGG-A-GACT-T-GAC-C-CACT-CTA-TGA-AAAA
gi|15246                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTC-A-TT-------A----A---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TGTGCT-TAAGTAT-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TG-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAG--C----AAA-TTTA-AC--TT-T-CCCA-AG--CAC-A---A-T-T-T-----C---A-C-AT---AGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---GTAG-TG---TA---TGT-TCATGTG-T---AAAT---TGT------TTT-GTAAA--T---A-AA-AGTATGG-A-GACT-T-GAC-C-TACT-CTA-TGA-AAAA
gi|15247                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTCC-ATT--------A----A---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TGTGCT-TAAGTAT-AAGGAACA-TTGGG-AATA-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------C--TAGT-A-CGC---G--AAA-AACGC--C-AA-AA----TAAA---CAG--C----AAATTTTA-AC--TT-TCTCCA-AG--CAC-----A-T-T-T-----CCAGA-C-AT---AGAG----TGGGTCACA-GTCTCCATTG---T-AAACTGA---AGT-AA---AAT--AT----GTAG-TG---TA---TGT-TCATGTG-T---AAAAGTTTGT------TTT-GTAAACCT---ATAA-AGTATGG-A-GACT-T-GAC-C-TACT-CTA-TGA-AAAA
gi|15248                      : AAATT--GAA---A-CTC-TCCA------GA-----AAACG--GAAA-A---TTT-A-----GAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTA-A-A--------A----A---------AAAGCTT-T--T-CTTG-TGTGCT-CAAGTAA-AAGGAACA-TTTAA-AA-A-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TA-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAG--C----ACA-TTTT-AC--TA-T-TCCA-AG--TAC-A---A-T-T-T-----C---A-C-AT---AGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTG----ACT-AA---AAT--ATG---GTAG-TG---TA---TGG-GCACGTG-T---AAAA---TGT------TTT-GCAAA--T---A-AA-AGTATGG-A-GACG-A-GAC-C-CACT-CTA-TGA-AAAA
gi|15249                      : AAAAT--GGA---A-CTC-CCCT------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---AC-AC-AATC--A--GA-CC----AT--AGT-GTTC-A-A--------A----A---------TATACTT-T--T-CTTG-TGTGCA-CAAGTAA-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAA-TC-A-AATTG--AACAT-------G-A------------CGATA-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC-GA-AA----T-AA---CAG--C----AAA-TTTG-AC--TT-T-TCCA-AG--CAA-A---A-T-T-T-----C---A-C-AT---ACAG----TGGGTCA-A-GTCTCCAT-G---T-AAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---GTAG-TG---TA---TGT-TCATGTG-T---AAAA---TGT------TTT-GTAAA--T---A-AA-AATATGG-A-GACT-T-GAC-C-CACT-CTA-TGA-AAAA
gi|15250                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-G---TTT-T-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AA--GTTC-A-T--------A----A---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TTTGCT-CAAGTAA-AAGGAACA-TC--G-AA-A-AAA-TC-AATATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TA-T-A-CGC---G--AAA-A-CGC-AC-AA-AA----T-AAAAACAG--C----AAA-TTTT-AC--TT-T-TCCA-AG--CAC-A---A-T-T-T-----C---A-C-AT---AGAG----TGGTTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---GTAT-TG---TA---TCT-TCATGTG-T----AAA---TGT------TTT-GTAAA--A---A-AA-AGTATGG-A-GA-T-T-GAC-C-CACT-CCA-TGA-AGAA
gi|15251                      : AAATT--GAA---A--TC-CCCA------GA-----AA-CA--GAAA-A---TTTTA-----AAT----TTCT-A----GT-TA---AC-AC-AATT--A--GA-CC----AT--TAT-GTTCCA-A--------A----A---------AA-ACTT-T----CTTG-TGTGCG-CAAGTAAGAAGAAACATTT--G-AA-A-AAA-TC-A-AATTT--GAAAT-------G-A------------CT-TA-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC--G-AA----T-AA---CAGCAC----AAA-TTTG-AC--TT-T-TCCA-AG--CA--A---A-T-T-T-----C---ACC-AT----GAG----TGGGTCA-AGGTCTCCATTG---TAAAACTG----AGT--A---AAT--AT----GTAGTTG---TA---TGT-TCA-GTG-----AAAA---TGT------TTT-GTAAA--T---A-AA-A-TAT-G-A-GACT-T-GAC-C-CACT-CTA-TGA-AAAA
gi|15252                      : AAATT--GAA---AACTCTCCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AGT----T-CT-A----CT-TA---CA-A--AATC--A--AT-CC----AT--AGTTGTTC-A-T--------T----A---------AA-GCTT-T--TTCTTG-CGTGCTGCAAGTAA-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAAATC-A-TATT---AAACT-------C-A------------CG-TA-T-A-CGC---GGGAAA-AACGC-ACTAACAA----T-AA---CAG--C----AAA-TTTT-AC--TT-T--CCA-AA--CAC-A---AAT-T-T-----C---A-C-AT---AGAG-----AGGTCA-A-GTTTCCATTG---T-AAAC-G----AGT-AA---AAT--ATG---GTAT-TG---TA---TGT-TCATGTG-T---AAAA---TTG------TTT-GTCAA--T---A-AA-ATTATGGAA-GACT-T-GAC-C-CACT-CTAGTGA-AAAA
gi|15253                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GGAA-A---TTT-A-----TAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AA-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-CTTC-A-TT-------A----A---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TGTGCT-CAAGTAA-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TA-T-A-CGC---G--GAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAA--T----AAA-TTTT-AC--TT-T-TCCA-AG--CAC-A---A-T-T-T-----C---A-T-AC---AGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTG----
gi|15254                      : AAATT--GAA---A-CTC-TTCA------TA-----AAGGA--AAAA-A---ATT-G-----CAT----T-CT-A----GC-TA---TA-AC-AATC--T--AT-CC----AT--AGT-TTTC-A-G--------A----A---------AG-GCTC-T--T-TAGA-TGTTTT-CAGTTAA-TAGAAACT-TT--G-GA-A-AAA---------------------------A------------CG-CA-T-A-CGC---G--AAA-AAC---AC-AA-AA------AA---CAC--C----AAA-TTCG-AC--TT-T-TCCA-AG--CA--A---A-TGT-T-----T---G-T-GT---AAAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-GAACTG----AGA-AA---AAT--ATG---G-AG-TG---CT---TGT-TCATATG-T---AAAA---TGT------TTT-GTAAA--T---A-AA-AGTATAG-A-GACG-A-GAC-C-CACT-CTA-AGA-AAAA
gi|15255                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-CCTC-ATC--------A----A---------AA-GCTT-T--T-CTTG-CGTGCT-CAAGCAA-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAA-TA-A-TATTT--AAAATACACAAAG-AATNNNNNNNNNNNN-NN-N-N-NNN---N--NNN-NNTGC-AC-AA-AAAT--T-AA---CTG--------AA-TTTT-AC--TTCT-TCCACAACTCAC-A---A-T-T-T-----C---A-CAATGCAAGA-----T--GTCATA-GTCTCCATTG------AACTG----GAA-AG---AAT--ATG---GTAG--G---TA-----T-TCA-ATG-G---AAAA----AC------TTT-GTAAA--TAA-A-AA-AGTAGGG-ATGAC--T-GAC-C-CACT-CTA-TAATAAAA
gi|15256                      : AAATTTGAAA---A-CTC-CCTAAGAAGGGA-----AAACA--AAGA-AATTTTT-A-----AAT----T-TC-ATACAGTGTAAAACA-AC-AATCCCA--AT-TCGCATAT--AGG-TTTC-A-TTTTTTTTTA----A---------AA-GCTT-T----CTTG-TG-GCT-CAAAAGG-AAAAAACA-TT--G-AA-C-A---TCGA-TATTTT-AAAAT-------GGA------------CC-TA-T-A-CGCCGAA--AAA-AACGCCAC-AA-AAAAAAT-AA---CAG--C----AAA-ATTGTAC--GT-T-ACCA-AG--CATTAT--A-T-T-T-----C---A-C-AT---AGAG------GGTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTGAAGTAGT-AA---AATTCAT----GTAG-TA---TG---TGTGTCATGTGATTGAAAAA---TGT------TTT-GTAAA--TTAAA-AA-AGTATGG-A-GACTAT-GGC-C-CACTCCTA-TGA-AAAA
gi|15257                      : AAATT--AAA---A-CTC-TCCA------GA-----AAA-A--GAAA-A-------A-----AATGCATT-CT-A----GT-TG---AA-TC-AACC--A--AT-GT----AT--AGT-TTTC-A-A--------A----A---------CA-GCTT-T-----TTG-GGTG
gi|15258                      : AAATT--GAA---C-CTT-TCCA------GA-----AAACG--GAAA-A---TTT-A-----CAT----T-CT-A----GT-TA---AA-TC-AATT--A--AT-TC----AT--AGT-GTTA-A-A--------A----A---------AA-ACTT-------GTA-TGTGCT-CCAGTA------AAC---------------A-TC-A-TATC-----------------A------------CG-TA-T-A-TGT---G--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-TA-------------AAG-TTTG-----TT-T-T
gi|15259                      : AAATT--AAA---A-CTC-C--A------GA-----AAA------AA-A---TGC-G-------T----T-CT-A----GT-TG---AA-AC-AACC--A--AT-CC----AT--AGT-TTTC-A-T--------A----ACTTTTCAAAAATGCTT-T--T-TGGG-TGTGCT-CATTTAA-TAGGAACT-TT--G-AA-A-AAA-TC-----------------------------------------------CCC---T--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAA--T----AAA-TTTG-AC--TT-T-TCCA-AG--CAA-G---T-T-T-T-----C---G-C-AT---GGAGTGCATGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-CAACAG----AGT-GA---AAT--AT----GTAT-TGAAATA---TAT---AT-TG-T---AAAG---CGC------TCT-Gtggaggaaaaaacatatgtctctccccatggtgtcagttgaata
gi|15260                      : AAATT--GAATAAA-CTT-CC-A------GATTCCAAGACATTGAAATAC--TTT-A-----AAT----T-CTTA----GT-TATTACAGACTAATC--ACAATACC----ATTAAGT-GTTT-A-C--------ATGTTA---------AATGCTTATAAT-CTTG-TGTGCC-CAAG-AA-AATGACTA-TTT-G-AA-A-AAA-TC-A-TATTTTAAAAAT-------G-A------------CG-TT-TGA-CGC---G--AAA-AACGC-AC-TA-AA----T-AA---TAGA-CTAGGAAATTTTA-ACTTTT-T-TCCA-G----AA-A---A-T-T-TAACGAC---A-T-AT---AGAG----T--GTTA-A-GTCTCAATTA---T-A----G----TGT-AATTTATT--TTGTTTTTAG-TC---TA---T-T----TGTG-T---AAAT---TAT------TTTGGTAAA--T---A-GA-GTTATGG-A-G-CT-T-GAC-CTCACT-CT
gi|15261                      : AAATT--AAA---A-AAT-TCCA------GA-----AAACG--GAAA-A---TTT-A-----TAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AG-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTCAA-A--------A----A---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TGTACT-CAAGTAA-AAGGAACA-TT--G-AA-ACAAA-TC-A-T
gi|15262                      : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACG--GAAA-A---TT--A-----AAT----T-CT-A----AT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTC-A-
gi|15263                      : AAATT--AAA---A-CTC-TCCA------GA------AACA--AGAA-A---TTG-ATTCTTAAC----C-CT-A----GT-TG---AA-AC-AAAC--C--AT-TC----AT--AGT-TTTC------------A----A---------AA-GCTT-T-----TTGTTGTGCT--AAATTG-AAGTAACT-TT--G-AA-A-A
gi|15264                      :   ATT--GAC---A-CTC-TTCA------AAT----AAGGA--AACA-A---ATT-G-----CAT----T-GT-A----GT-CA---AA-AC-AACC--A--AT-CC----AT--AGT-TTTC-A-A--------A----A---------AA-GTTT-T--T-CAC--TGTACT-CAGTTAA-TGCGAACT-TT--G-AC-A-AAT-TC-C-TATTT--GAAAT-------A-A------------CG-TA-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-A--AA-AA----T-GT---TAG--T----AAA-TTCG-AC--TT-T-TCGA-AG--CAA-A---A-T-T-T-----C---G-T-AT---AGAG----TGGGCCA-A-TTGTCTATTG---T-CAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---TTTG-TG---CA---TGT-TCATTTC-T---ATAA---TAA------TTT-GTAAA--T---A-AA-AGTATAA-T-GATT-T-GAC-A-CATT-CTA-TGA-AAAA
gi|15265                      :   ATT--GAA---A-CTC-T---------GA-----AGA-A--GAAA-A-------A-----AA----------G----GG-GG---GG-GC-AACC--A--AT-CC----AT--AGT-TTTC-A----------A----A---------AA-GGTT-T--T-CTAGATGCACT-CACG------GGAACA-TT--GAAA-A-AAA-TC-C-TATTT--AAAAT----------------------CA-T----------------AA-AACAA-AC-AA-AA----T------CAG--T----AAA-TTCG-AC--TT-T-TCCA-AG--CAT-ATATA-T-TAT-----C---G-T-AT---GGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-GAACCG----AGT-CA---AAT--ATA---TTAT-TG---TA---TG
gi|15266                      :                                                                                                                                                                                            AACT-TT--G-AA-A-AAAATC---TATTT--AAAC----------A------------CG-TA-T-AACGC---G--AAAGAACGC-AC-AA-AA----T-AC---CAG--T----AAA-TTTG-AC--TT-T-T-CA-AG--CA--A---A-T-T-TC----C---G-A-AT---A-AG----TGGGTCA-A-GTCTCCCATGTACT-AAGCTG----AGTGAA---AAT--ATG---TT-C-TG---CACAGTGT-TCATATG-T---ATAA---TG-------TTT-GTAAA--T---A-AATAGTATGG-A-GACT-TGGACGC-CACT-CTA-TGA-AAGA
gi|15267                      :                                                                                                                                                                                                                                                         -TA-T-A-CAC---A--AAA-AACGT-AC-AA-AAA---T-AATTACAG--T----AAA-TTCA-AC--TT-T-TCCG-AA--CAT-A---T-T-T-C-----C---G-T-AT---GGAG----TGGGCCA-A-GTCTTCATTG---
gi|15268                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                         -AA----T-AA---ATG--T----AAA-TTTG-AC--TT-T-TCAG-CG--CAC-A---A-T-T-T-----C---G-T-AT---GGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTA---T-GAACTA----AGA-AA---AAT--ATG---TTAG-TG---CA---TGT-TCATATG-T---ACAG---TGTATAATGTTT-GTAAA--T---A-AA-AGTATGG-A-GACT-T-GAC-C-CACT-CTT-TGA-AAGA


blockSeqs                     :      TG   TAA A   T    AGAAGG  TTCCA     TT    T ATT   T TTCTTA  GCAT T  T TACA  G  AAAC G  T    CC CA  A  GCAT  TA   TG   C TTTTTTTTT  TGTT CTTTTCAAA  A    A AAT     T      G       G       AT  GG A  T C   A  AA     TTA     ACACAAAGAATNNNNNNNNNN   A  G G A   CGA GG   G     C  T  C  AAAA A  AAA   ACTAGG    T    T  TT  C C    C  CT  TATAT  A G A AACGA CAGA  A  GCA    TGCA       C G          TAC A      AAGT   G  TTT   TC  GTTT    T  AAA  CAG   G       A TGA    GTT   ATAATG   G     CC TAA T  T       A T    A G   G T    C   G   T
blockSeqs                     :      .    .   .   .    .       T         .     . C     . A       .    .  . .     .  TTAC .  .    .  .   .  .     .    G    A TT         .    .          T    . TT      A      .       .       A   TA .  . .   A  GA     TT      GGA                     .  . . .   .   .    .     .  .  .  AT   .  TTA   CAC       T    .  .   . .    .  .   TTAT   . . . C     AC    .  .      .          T .          .   .      A      .  .     .   G       .  .    .     .       . .      .     .        .     .  AA  .  .       . .    . .   . .    .   .   .
blockSeqs                     :      .    .   .   .    .       .         .     . .     . G       .    .  . .     .  C    .  .    .  .   .  .     .    G    . TT         .    .          T    . T       .      .       .       A   T  .  . .   .  A      T       GA                      .  . . .   .   .    .     .  .  .  A    .  .     C         .    .  .   . .    .  .   CA     . . . .     A     .  .      .          . .          .   .      .      .  .     .   G       .  .    .     .       . .      .     .        .     .  .   .  .       . .    . .   . .    .   .   .
blockSeqs                     :      .    .   .   .    .       .         .     . .     . A       .    .  . .     .  C    .  .    .  .   .  .     .    G    . TC         .    .          T    . T       .      .       .       A   .  .  . .   .  A      T       GA                      .  . . .   .   .    .     .  .  .  .    .  .     C         .    .  .   . .    .  .   AA     . . . .     A     .  .      .          . .          .   .      .      .  .     .   G       .  .    .     .       . .      .     .        .     .  .   .  .       . .    . .   . .    .   .   .
blockSeqs                     :      .    .   .   .    .       .         .     . .     . A       .    .  . .     .  A    .  .    .  .   .  .     .    G    . A          .    .          .    . T       .      .       .       A   .  .  . .   .  A      G       GA                      .  . . .   .   .    .     .  .  .  .    .  .     C         .    .  .   . .    .  .   CA     . . . .     A     .  .      .          . .          .   .      .      .  .     .   G       .  .    .     .       . .      .     .        .     .  .   .  .       . .    . .   . .    .   .   .
blockSeqs                     :      .    .   .   .    .       .         .     . .     . A       .    .  . .     .  C    .  .    .  .   .  .     .    G    . A          .    .          .    . T       .      .       .       A   .  .  . .   .  A      T       GA                      .  . . .   .   .    .     .  .  .  .    .  .     C         .    .  .   . .    .  .   CA     . . . .     A     .  .      .          . .          .   .      .      .  .     .   G       .  .    .     .       . .      .     .        .     .  .   .  .       . .    . .   . .    .   .   .
blockSeqs                     :      .    .   .   .    .       .         .     . .     . A       .    .  . .     .  A    .  .    .  .   .  .     .    C    . T          .    .          .    . T       .      .       .       A   .  .  . .   .  A      T       GA                      .  . . .   .   .    .     .  .  .  .    .  .     C         .    .  .   . .    .  .   CA     . . . .     A     .  .      .          . .          .   .      .      .  .     .   G       .  .    .     .       . .      .     .        .     .  .   .  .       . .    . .   . .    .   .   .
blockSeqs                     :      .    .   .   .    .       .         .     . .     . T       .    .  . .     .  C    .  .    .  .   .  .     .    T    . A          .    .          .    . T       .      .       .       T   .  .  . .   .  A      T       CA                      .  . . .   .   .    .     .  .  .  .    .  .     T         .    .  .   . .    .  .   CA     . . . .     G     .  .      .          . .          .   .      .      .  .     .   G       .  .    .     .       . .      .     .        .     .  .   .  .       . .    . .   . .    .   .   .
blockSeqs                     :      .    .   .   .    .       .         .     . .     . C       .    .  . .     .  C    .  .    .  .   .  .     .    C    . T          .    .          .    . T       .      .       .       A   .  .  . .   .  A      T       GA                      .  . . .   .   .    .     .  .  .  .    .  .     C         .    .  .   . .    .  .   AG     . . . .     A     .  .      .          . .          .   .      .      .  .     .   A       .  .    .     .       . .      .     .        .     .  .   .  .       . .    . .   . .    .   .   .
blockSeqs                     :      .    .   .   .    .       .         .     . .     . A       .    .  . .     .  T    .  .    .  .   .  .     .    T    . G          .    .          .    . T       .      .       .       A   .  .  . .   .  A      T       GA                      .  . . .   .   .    .     .  .  .  .    .  .     C         .    .  .   . .    .  .   AA     . . . .     A     .  .      .          . .          .   .      .      .  .     .   G       .  .    .     .       . .      .     .        .     .  .   .  .       . .    . .   . .    .   .   .
blockSeqs                     :      .    .   .   .    .       .         .     . .     . A       .    .  . .     .  C    .  .    .  .   .  .     .    T    . A          .    .          .    . T       .      .       .       T   .  .  . .   .  A      T       AA                      .  . . .   .   .    .     .  .  .  .    .  .     T         .    .  .   . .    .  .   AA     . . . .     G     .  .      .          . .          .   .      .      .  .     .   G       .  .    .     .       . .      .     .        .     .  .   .  .       . .    . .   . .    .   .   .
blockSeqs                     :      .    .   .   .    .       .         .     . .     . A       .    .  . .     .  A    .  .    .  .   .  .     .    G    . A          .    .          .    . T       .      .       .       A   .  .  . .   .  A      T       A                       .  . . .   .   .    .     .  .  .  .    .  .     T         .    .  .   . .    .  .   TA     . . . .     A     .  .      .          . .          .   .      .      .  .     .   .       .  .    .     .       . .      .     .        .     .  .   .  .       . .    . .   . .    .   .   .
blockSeqs                     :      .    .   .   .    .       .         .     . .     . C       .    .  . .     .  A    .  .    .  .   .  .     .    T    . T          .    .          .    . T       .      .       .       A   .  .  . .   .  C      .       A                       .  . . .   .   .    .     .  .  .  .    .  .     T         .    .  .   . .    .  .   CA     . . . .     G     .  .      .          . .          .   .      .      .  .     .   .       .  .    .     .       . .      .     .        .     .  .   .  .       . .    . .   . .    .        
blockSeqs                     :      .    .   .   .    .       .         .     . .     . A       .    .  . .     .  A    .  .    .  .   .  .     .    G    . C          .    .          .    . .       .      .       .       T   .  .  . .   .  C      .       A                       .  . . .   .   .    .     .  .  .  .    .  .     T         .    .  .   . .    .  .   C      . . . .     G     .  .      .          . .          .   .      .      .  .     .   .       .  .    .     .       . .      .     .        .                                                    
blockSeqs                     :      .    .   .   .    .       .         .     . .     . T       .    .  . .     .  C    .  .    .  .   .  .     .    G    . A          .    .          .    . .       .      .       .       T   .  .  . .   .  .      .       .                       .  . . .   .   .    .     .  .  .  .    .  .     T         .    .  .   . .    .  .   A      . . . .     G     .  .      .          . .          .   .      .      .  .     .   .       .  .    .                                                                                          
blockSeqs                     :      .    .   .   .    .       .         .     . .     . A       .    .  . .     .  C    .  .    .  .   .  .     .    G    . A          .    .          .    . .       .      .       .       A   .  .  . .   .  .      .       .                       .  . . .   .   .    .     .  .  .  .    .  .     T         .    .  .   . .    .  .   A      . . . .     G     .  .      .          . .          .   .      .                                                                                                                              
blockSeqs                     :      .    .   .   .    .       .         .     . .     . C       .    .  . .     .  A    .  .    .  .   .  .     .    T    . .          .    .          .    . .       .      .       .       T   .  .  . .   .  .                                      .  . . .   .   .    .     .  .  .  .    .  .     .         .    .  .   . .    .  .   A      . . . .     G     .  .      .          . .          .                                                                                                                                         
blockSeqs                     :      .    .   .   .    .       .         .     . .     . A       .    .  . .     .  A    .  .    .  .   .  .     .    T    . .          .    .          .    . .       .                      .   .  .  . .                                                                             .  .    .  .     .         .    .  .   . .                                                                                                                                                                                                                
blockSeqs                     :      .    .   .   .    .       .         .     . .     . .       .    .  . .     .  G    .  .    .  .   .  .     .    T    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      


blockSeqCons                  :                                                                                                                              A*********
originalCons                  : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTC-A-N--------A----A---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TGTGCT-CAAGTAA-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TA-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAG--C----AAA-TTTG-AC--TT-T-TCCA-AG--CAC-A---A-T-T-T-----C---G-C-AT---AGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---GTAG-TG---TA---TGT-TCATGTG-T---AAAA---TGT------TTT-GTAAA--T---A-AA-AGTATGG-A-GACT-T-GAC-C-CACT-CTA-TGA-AAAA
finalCons                     : AAATT--GAA---A-CTC-CCCA------GA-----AAACA--GAAA-A---TTT-A-----AAT----T-CT-A----GT-TA---CA-AC-AATC--A--AT-CC----AT--AGT-GTTC-AA---------A----A---------AA-GCTT-T--T-CTTG-TGTGCT-CAAGTAA-AAGGAACA-TT--G-AA-A-AAA-TC-A-TATTT--AAAAT-------G-A------------CG-TA-T-A-CGC---G--AAA-AACGC-AC-AA-AA----T-AA---CAG--C----AAA-TTTG-AC--TT-T-TCCA-AG--CAC-A---A-T-T-T-----C---G-C-AT---AGAG----TGGGTCA-A-GTCTCCATTG---T-AAACTG----AGT-AA---AAT--ATG---GTAG-TG---TA---TGT-TCATGTG-T---AAAA---TGT------TTT-GTAAA--T---A-AA-AGTATGG-A-GACT-T-GAC-C-CACT-CTA-TGA-AAAA