lowQualScore : 111111 11111111111 1111 3 11 333333333333 11111 2 111 111111
lowQualScore : 2 2 5555 2 000000 33 5 11111111111 33 33 33 33 0000 33 2 2 999 2 22 2 2 4 1 2 4444 333 2 55555 4444 2 2 2 2 2 2 2 2 33 2 00 2 777777777777 88888 55 2 5555 7777777 1 77 5555 666 33 2 2 2 555555 2 2 33 2
lowQualScore : . . .... . ...... .. . ........... .. .. .. .. .... .. . . ... . .. . . . . . .... ... . ..... .... . . . . . . . . .. . .. . ............ ..... .. . .... ....... . .. .... ... .. . . . ...... . . .. .
lowQualScore : 9 7 7777 7 333333 44 0 99999999999 44 44 44 22 0000 22 4 4 333 2 99 1 1 2 6 1 2222 555 0 00000 2222 0 0 2 2 2 2 4 4 44 5 00 5 333333333333 22222 99 6 0000 6666666 2 99 0000 888 22 4 4 4 555555 4 5 44 5
consensus : AAA-A-AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACT-C-TGC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTA-ACAT----C---T-ACTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTTGC-TTG-AG-TCTAAAAACTT------T---AACAA---A-CCTGTC--TTTACATNGT----TTCC-------GAGCGCC--AG----GTATC--ACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-TTC--TG-AA-TTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATA
Reference ( gi|81735 ) : AAA-A-AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACT-T-TGC-AT--CTC-CA-CG-AGTG-A-ACAT----C---T-ACTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTTGC-TTT-AG-TCTAAAAAC-T------G---AACAA---C-CCTGTC--TTTACATAGT----TTCC-------GAGCG-C--AG----GTATG--ACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-ATT--TG-AA-TTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATA
gi|81736 : AAA-A-AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACT-T-TGC-AT--CTC-CA-CG-AGTG-A-ACAT----C---T-ACTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTTGC-TTT-AG-TCTAAAAAC-T------G---AACAA---C-CCTGTC--TTTACATAGT----TTCC-------GAGCG-C--AG----GTATG--ACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-ATT--TG-AA-TTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATA
gi|81737 : AAA-A-AAAAGAGCTA----A--------TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA--ACT-T-TGC-AT--CTC-CA-CG-AGT--A-ACAT----C---T-ACTT-----TCCG----GTGA--GT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTTGC-TTT-AG-TCTAAAAAC-T------G---AACAA---C-CCTGTC--TTTACATAGT----TTCC-------GAGCG-CA-AG----GTATG--ACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-ATT--TG-AA-TTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATA
gi|81738 : AAA-A-AAAAGTGCTA----A-A------CATATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--T--A--ACTTAA--CTAT----ATACA-GGTA-CACTCT-TGC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTA-ACAT----C---T-ACTT-----TTCG----GTGA-TGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTTGC-TTG-AG-TCTAAAAACTT------T---AATAA---A-CCTGTC--TTTACATCGT----TTCC-------GAGCGCC--AG----GTATC--ACGACTTC--T-ACCT-TTTAC-TACG-TTC--TG-AA-TTA--CTGAATGT-GCTTATGGCAACGAAATA
gi|81739 : AAA-T-AAAAGAGCTA----A-A------TA-ATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCACCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-CGTA-CACT-C-TGCAAT--CTC-GA-CG-AGTGTA-ACAT----C---G-ACTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT--CTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTTGC-TTG-AG-TCTAAAAACTT------T---AACAA---A-CCTGTC--TCTACATCGT----TTCC-------GAGTG-CCAAG----ATATC--ATGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-TTC--TG-AA-TAA--CTGGTTGT-GCTAATCGCAATGAAtcagaaacaaaa
gi|81741 : AAATA-AAAGGAGCTA----A-A-------ACATGTGCATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--C-AT----A--CCAGGTAGCACT-CATG--ATTGCTCGAA-CG-AGTGTA-ACAT----CGGAT--CTT-----TTCG----GCGA-AGT-C-TT-CCTTGTG-TTACAATAACTTCA--ATTTGCGTTG-AGTTCTAAAAAC-T------GTTTAACAAAATC-CTTGTCTATTTACATCGT----TTTCCTGTATAGGGC--C--AG----ATATC--ATGACTTT--T-ACTGCTTTAC-CGC--ATTTCTG-AA-TAAGCCTGGATGTGGCGAATCGCAATGAAATAtaatcagaaaccaaa
gi|81740 : AAA-ATAAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-ACGAA-----------TTGCGCCC--T--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-Ctgcagaaatcaaaa
gi|81742 : AA-A-AAAAGAGCTA----A-A------TACGTGTACATA--TTAAGAACTGCACCCAAATTGCACCC--C--A--GCTTAG--CTAT----A--CC-GGTA-CACT-C-TGC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTA-ACAT----C---T-ACTT-----TCCA----GTGA-AAT-C-TT-CCTT-TG-TT-TAAT-ACATCA--ATTTGC-TTG-AG-TCTAAAAGC-TTTTAAAA---AATAA--------GTC--TTTACATAAT----TTCC-------GAGTGCC--AG----ACATC--GCGACTTC--T-ACTA-TTTAC-CACG-TTC--TG-AA-TTA--CTGGATGT-GCTAATCACAACGAAATA
gi|81743 : AA-A-ATAACAGCAA----AGA------AACATATACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CGAT----A--CC-GGTA-CACT-T-TAC-AT--ATC-CA-CG-AGTGTA-ACAT----C---C-ACCT-----TCCG----GTGA-ATT-C-TT-CATT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTTCA-TTG-AG-TCTAAAAGCTT------T---AACAA-----AGTGTC--TTTACATAGT----TTCC-------GAGCGCC--AG----GTATC--ACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-TGCG-TTC--TG-AA-ATA--TTGGATGT-GCTAATTGCAATGAAATAtcagaaataaaa
gi|81745 : AA-T-AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-ACGA------------TTGCGCCC--T--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACT-C-TGC-AT--CTC-GA-CG-AGTG-T-A-AT----C---CGACTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ATTTCA--GTCTGC-TTG-AG-TCTAAAAACTT------T---AATAA---A-CCTGTC--TATACATCGT----TT-C-------GAGTGCC--AG----ATATC--AAGCCTTC--T-ACTG-TTT-C-CGCGCGTC--TG-AA-TAA--CTGGATGT-GCTAATCGCAATGAAATtcagaaacaaaa
gi|81744 : AA-A-AAAAGAGCTA----A-AGATATATACATGTACATA--T-ATCAA-----------TTGCGACC--C--A--ACTTAA--CTATGTATA--CT-GGTA-CACT-C-TGC-AT--CTC-CA-CA-AGTGTA-ACAT----C---T-ACTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TA-TT-CAAT-ACTTCA--GTTTGC-TTG-AG-TCTGAAAGCTT------T---AACAA---A-TCTCTC--TTTATACAGT----TTCC-------GCGCGCC--AG----ATAGC--ACTACTTC--T-ACTA-TTTAT-CGCG-TTC--TT-AA-GTA--CTGGGTTT-GCTAATCGCAGCAAAATAcatgaaacaaaa
gi|81747 : A-A-AAAGAAGCTA----A-AC-----TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTG---CC--C--A--TCTTAA--CTAT----A--AC-GGTA-CACT-C-TGC-AT--CTC-CT-CG-GGTGCA-ATTT----C---G-GCTT-----TCCG----GTGA-AGT-G-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTTGC-TTG-AG-TCTAAAAACTT------T---AATAA---A-CCTGTC--TTTACATCGT----TTCC-------GAGTGCC--AG----GTATC--ACGACTTC--T-ACTT-TTTAC-TGCG-TTC--TG-AA-TTA--CTGGATGT-GCTAATCCCAACGAAATAtcagaaacaaaa
gi|81746 : A-A-AAAAGTGCTA----A-A------CATATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--T--AATACTTAA--CTATATACA--CG-GGTA--ACTCT-TGC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTA-ACAT----C---T-ACTT-----T-CG----GTGA-TGTCC-TT-CCTT-TGTTT-CAAT-ACTTCAAGGTTTGC-TTTGAG-TCT-AAAAC-T------T---TACAA---TAACTGTCT-TTTACATCGC----TTCC-------GAGCG-C--AG----GTAT---ACGACTTC--T-ACCT-TTTACTCACG-TTTC-TG-AA-TTA--CT-GATGT-GCTTATGGCAACGAAATAtcagaaacaaaa
gi|81748 : -A-AAAAGAGCTACTTAA-A------TACATGTACATA--A-TTGAA-----------TTGCGCCCAGC--G---CTTAA--CTAT----A--CT-GGTA-CACT-C-TGC-AT--CTC-CAACG-AGTGTA-ACAT----C---T-ACTT-----TCCA----GTGAGAAT-CATT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--ATATGC-TTG-AG-TCTAAAAGCTT------T---AACAA---A-CCTGTC--TTTACATAAT----TTTT-------GAGTGCC--AG----ACAT----CG----C--T-ACTA-TTTAC-C----ATTC-TG-AA-TTA--CTGGATGT-GCTAATCACAACGAAATAtcagaaaaaaaa
gi|81749 : -A-ACAAGAGCAA----T-T------TACAT-TACATGCTT-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAAACCTAT----A---C-GGTA-CACC-T-CGC-AT--CTC-CA-CGAAGTGTA-ACAT----C---T-ATCT-----TTCG----GTGA-AGT-ccagaaacaaaa
gi|81750 : -AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATG--TTAAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACT-C-TGC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTA-ACAT----C---T-ACTT-----TCCG----GTGA-AGT-
gi|81751 : ATA--T-TAGA------------TTGCGCCC--TTAA--A---AA--CTAT--------C-GTC----CT-C-TGC-AT--CTG--A-CGGAGTGTA-ACAT----C---G-ATTT-------CG----GTGA--GT-C-TTTCCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCC--CGTTG---TT-GG--CTAAAACT-T------------TAG---C-CCTGT---------TAGT----ATCT-------GTTCG-C--AGTGCCGTATC--ATGA-TTC--TCACTG-TTTAC-CGTG--TT--TG-A
gi|81752 : --CCAT----A--CC-GGTA-CACTGT-T----T--CTC-CT-CG-TGCGTA-ACAT----A---T-ACTT-----TCCA----GTTA-AGT-C-TT-GCTT-TG-taaactctgaattggtatctcgccagatgaatatttcaaacaa
gi|81753 : -TNC-AT--CTC-CA-TG-AGTGTA-ACATAGATC---T-ACTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-TCTT-TG-TT-CNAT-GC
gi|81754 : GC-AT--CTC-GA-CA-AGTGTA-ACAT----C---G-ACTT-----TCCGAAAGGTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTTGC-TTG-AG-TCTAAAAACTT------T---AACAA---A-CCTGTC--TATACATCGT----TTCC-------GAGTGCC--AG----ATATC--ATGACTTC--T-GCTG-TTTAC-CGCG-TTC--TG-AA-TAA--CTGGATGT-GC---TCGCAATGAAATA
gi|81755 : T--TTC-CT-TG-AGTG-TTACAT----C---T---TTGATAATACG----ATTA-AGT-C-TT-TCTT-TG-TT-TATT-TCCTCA--TTTTTG-TTT-A--TGTAGACGC-TT-----G---GACAA---A-CTCAAC--TTTCTGCGGTATTTTTCT-------GGGTG-T--AA-----TACGTCGCGAATTCATT-GCTG-TTTGC-AGCG---T--TGCAACTTA--TCTGATTT-GATAATTGCAACGAAATAtcagaaacaaaa
gi|81756 : CAT----C---T-ACTT-----TCCG----GTGA-AAT-T-TT-CCTT-CA-TT-CAAT-ACTTCA--GTTTGC-TTG-AG-TCTAAAAACTT------T---AACAA---A-CTTGTC--TTTACATAGT----TTTC-------GAGCGCC--AA----GTATC--ACGACTTT--T-ACCA-TTTAC-CGCT-TTC--TG-AA-TTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATAttagaaccaa
gi|81757 : TTACATGAT----TTTC-------GAGCG-CC-AG----GCATC--GCGACTTC--T-ATTG-TTTAC-CACG-TTC--TG-AA-TTA--CTAGGTTT-GATAATCGCAACGAAATAtcagaaacaaaa
Alignments
lowQualScore : 11111111111
lowQualScore : 2 2 5555 2 999999 33 4 11111111111 33 33 33 33 9999 33 2 2 4 2 2 22 2 2 4 4444 22 44444 4444 1 1 2 2 2 2 2 2 33 2 4 2 55 2 444 55 2 1 4444 33 333 2 33 2 2 2 4 2 33 33 2
lowQualScore : . . .... . ...... .. . ........... .. .. .. .. .... .. . . . . . .. . . . .... .. ..... .... . . . . . . . . .. . . . .. . ... .. . . .... .. ... . .. . . . . . .. .. .
lowQualScore : 7 5 3333 5 777777 22 7 22222222222 22 22 22 11 4444 11 2 2 4 1 1 88 0 0 0 0000 66 88888 0000 9 9 1 1 1 1 2 2 22 4 7 4 66 4 111 66 2 0 7777 11 999 2 11 2 2 2 4 2 11 11 4
consensus : AAA-A-AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAACAA-A---CCTGTC--TTTA-CATNGT----TT--CCG---AGCGCC-AGGTATCACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-T-TC--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATA
Reference ( family-765 ) : AAA-A-AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAACAA-A---CCTGTC--TTTA-CATNGT----TT--CCG---AGCGCC-AGGTATCACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-T-TC--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATA
gi|81735 : AAA-A-AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACTT-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTG-AACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTTAG-TCTAAAAAC---TGAACAA-C---CCTGTC--TTTA-CATAGT----TT--CCG---AGCG-C-AGGTATGACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-A-TT--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATA
gi|81736 : AAA-A-AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACTT-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTG-AACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTTAG-TCTAAAAAC---TGAACAA-C---CCTGTC--TTTA-CATAGT----TT--CCG---AGCG-C-AGGTATGACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-A-TT--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATA
gi|81737 : AAA-A-AAAAGAGCTA----A--------TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA--ACTT-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGT--AACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA--GT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTTAG-TCTAAAAAC--TG-AACAA-C---CCTGTC--TTTA-CATAGT----TT--CCG---AGCGCA-AGGTATGACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-A-TT--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATA
gi|81738 : AAA-A-AAAAGTGCTA----A-A------CATATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--T--A--ACTTAA--CTAT----ATACA-GGTA-CACTC-TTGC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TTCG----GTGA-TGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAATAA-A---CCTGTC--TTTA-CATCGT----TT--CCG---AGCGCC-AGGTATCACGACTTC--T-ACCT-TTTAC-TACG-T-TC--TGAATTA--CTGAATGT-GCTTATGGCAACGAAATA
gi|81739 : AAA-T-AAAAGAGCTA----A-A------TA-ATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCACCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-CGTA-CACTC-T-GCAAT--CTC-GA-CG-AGTGTAACAT----CGA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT--CTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAACAA-A---CCTGTC--TCTA-CATCGT----TT--CCG---AGTGCCAAGATATCATGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-T-TC--TGAATAA--CTGGTTGT-GCTAATCGCAATGAAtcagaaacaaaa
gi|81740 : AAA-ATAAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-ACGAA-----------TTGCGCCC--T--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-Ctaatcagaaaccaaa
gi|81741 : AAATA-AAAGGAGCTA----A-A-------ACATGTGCATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--C-AT----A--CCAGGTAGCACTCAT-G--ATTGCTCGAA-CG-AGTGTAACAT----CGGATCTT-----TTCG----GCGA-AGT-C-TT-CCTTGTG-TTACAATAACTTCA--ATTT-GCGTTGAGTTCTAAAAACTGTTTAACAA-AATCCTTGTCTATTTA-CATCGT----TTTCCTGTATAGGGCC-AGATATCATGACTTT--T-ACTGCTTTAC-CGCATT-TC--TGAATAAGCCTGGATGTGGCGAATCGCAATGAAATA
gi|81742 : AA-A-AAAAGAGCTA----A-A------TACGTGTACATA--TTAAGAACTGCACCCAAATTGCACCC--C--A--GCTTAG--CTAT----A--CC-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TCCA----GTGA-AAT-C-TT-CCTT-TG-TT-TAAT-ACATCA--ATTT-GC-TTGAG-TCTAAAAGCT-TTTAAAAA-A---TAAGTC--TTTA-CATAAT----TT--CCG---AGTGCC-AGACATCGCGACTTC--T-ACTA-TTTAC-CACG-T-TC--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCACAACGAAATAtgcagaaatcaaaa
gi|81743 : AA-A-ATAACAGCAA----AGA------AACATATACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CGAT----A--CC-GGTA-CACTT-T-AC-AT--ATC-CA-CG-AGTGTAACAT----CCA--CCT-----TCCG----GTGA-ATT-C-TT-CATT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-CA-TTGAG-TCTAAAAGC--TTTAACAA-A----GTGTC--TTTA-CATAGT----TT--CCG---AGCGCC-AGGTATCACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-TGCG-T-TC--TGAAATA--TTGGATGT-GCTAATTGCAATGAAATAtcagaaataaaa
gi|81744 : AA-A-AAAAGAGCTA----A-AGATATATACATGTACATA--T-ATCAA-----------TTGCGACC--C--A--ACTTAA--CTATGTATA--CT-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CA-CA-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TA-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTGAAAGC--TTTAACAA-A---TCTCTC--TTTA-TACAGT----TT--CCG---CGCGCC-AGATAGCACTACTTC--T-ACTA-TTTAT-CGCG-T-TC--TTAAGTA--CTGGGTTT-GCTAATCGCAGCAAAATAtcagaaacaaaa
gi|81745 : AA-T-AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-ACGA------------TTGCGCCC--T--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-GA-CG-AGTGTAAT-C----CGA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ATTTCA--GTCT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAATAA-A---CCTGTC--TATA-CATCGT----TT---CG---AGTGCC-AGATATCAAGCCTTC--T-ACTG-TTT-C-CGCG-CGTC--TGAATAA--CTGGATGT-GCTAATCGCAATGAAATtcagaaacaaaa
gi|81746 : A-A-AAAAGTGCTA----A-A------CATATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--T--AATACTTAA--CTATATACA--CG-GGTA--ACTCTT-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----T-CG----GTGA-TGTCC-TT-CCTT-TGTTT-CAAT-ACTTCAAGGTTT-GCTTTGAG-TCT-AAAAC--TTT-ACAATA---ACTGTCT-TTTA-CATCGC----TT--CCG---AGCG-C-AGGTAT-ACGACTTC--T-ACCT-TTTACTCACGTT-TC--TGAATTA--CT-GATGT-GCTTATGGCAACGAAATAcatgaaacaaaa
gi|81747 : A-A-AAAGAAGCTA----A-AC-----TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGC---C--C--A--TCTTAA--CTAT----A--AC-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CT-CG-GGTGCAATTT----CGG--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-G-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAATAA-A---CCTGTC--TTTA-CATCGT----TT--CCG---AGTGCC-AGGTATCACGACTTC--T-ACTT-TTTAC-TGCG-T-TC--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCCCAACGAAATAtcagaaaaaaaa
gi|81748 : -A-AAAAGAGCTACTTAA-A------TACATGTACATA--A-TTGAA-----------TTGCGCCCAGC--G---CTTAA--CTAT----A--CT-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CAACG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TCCA----GTGAGAAT-CATT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--ATAT-GC-TTGAG-TCTAAAAGC--TTTAACAA-A---CCTGTC--TTTA-CATAAT----TT--TTG---AGTGCC-AGACATCG------C--T-ACTA-TTTAC---CA-T-TC--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCACAACGAAATAtcagaaacaaaa
gi|81749 : -A-ACAAGAGCAA----T-T------TACAT-TACATGCTT-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAAACCTAT----A---C-GGTA-CACCT-C-GC-AT--CTC-CA-CGAAGTGTAACAT----CTA--TCT-----TTCG----GTGA-AGT-ccagaaacaaaa
gi|81750 : -AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATG--TTAAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-
gi|81751 : ATA--T-TAGA------------TTGCGCCC--TTAA--A---AA--CTAT--------C-GTC----CTC-T-GC-AT--CTG--A-CGGAGTGTAACAT----CGA--TTT-------CG----GTGA--GT-C-TTTCCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCC--CGTT-G--TTGG---CT-AAAAC--TTTAGC-------CCTG-----TTAGTATCTG----TT--CGC---AGTGCC---GTATCATGA-TTC--TCACTG-TTTAC-CGTG-T-TTGATAAACT---CTGAAT
gi|81752 : --CCAT----A--CC-GGTA-CACT----GT-TT--CTC-CT-CG-TGCGTAACAT----ATA--CTT-----TCCA----GTTA-AGT-C-TT-GCTT-TG-tggtatctcgccagatgaatatttcaaacaa
gi|81753 : -T-NC-AT--CTC-CA-TG-AGTGTAACATAGATCTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-TCTT-TG-TT-CNAT-GC
gi|81754 : -GC-AT--CTC-GA-CA-AGTGTAACAT----CGA--CTT-----TCCGAAAGGTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAACAA-A---CCTGTC--TATA-CATCGT----TT--CCG---AGTGCC-AGATATCATGACTTC--T-GCTG-TTTAC-CGCG-T-TC--TGAATAA--CTGGATGT-GC---TCGCAATGAAATA
gi|81755 : T--TTC-CT-TG-AGTGTTACAT----CT----TTGATAATACG----ATTA-AGT-C-TT-TCTT-TG-TT-TATT-TCCTCA--TTTTTGT-TTA---TGTAGACGC--TTGGACAA-A---CTCAAC--TTTC-TGCGGTATTTTT--CTG---GGTGTA-ATACGTCGCGAATTCATT-GCTG-TTTGC-AGCG-T-TG--CAACTTA--TCTGATTT-GATAATTGCAACGAAATAtcagaaacaaaa
gi|81756 : CAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AAT-T-TT-CCTT-CA-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAACAA-A---CTTGTC--TTTA-CATAGT----TT--TCG---AGCGCC-AAGTATCACGACTTT--T-ACCA-TTTAC-CGCT-T-TC--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATAttagaaccaa
gi|81757 : TTA-CATGAT----TT--TCG---AGCGCC-AGGCATCGCGACTTC--T-ATTG-TTTAC-CACG-T-TC--TGAATTA--CTAGGTTT-GATAATCGCAACGAAATAtcagaaacaaaa
Alignments
lowQualScore : 11111111111
lowQualScore : 2 2 5555 2 999999 33 4 11111111111 33 33 33 33 9999 33 2 2 4 2 2 22 2 2 4 4444 22 44444 4444 1 1 2 2 2 2 2 2 33 2 4 2 55 2 444 55 2 1 4444 33 333 2 33 2 2 2 4 2 33 33 2
lowQualScore : . . .... . ...... .. . ........... .. .. .. .. .... .. . . . . . .. . . . .... .. ..... .... . . . . . . . . .. . . . .. . ... .. . . .... .. ... . .. . . . . . .. .. .
lowQualScore : 7 5 3333 5 777777 22 7 22222222222 22 22 22 11 4444 11 2 2 4 1 1 88 0 0 0 0000 66 88888 0000 9 9 1 1 1 1 2 2 22 4 7 4 66 4 111 66 2 0 7777 11 999 2 11 2 2 2 4 2 11 11 4
consensus : AAA-A-AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAACAA-A---CCTGTC--TTTA-CATNGT----TT--CCG---AGCGCC-AGGTATCACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-T-TC--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATA
Reference ( family-765 ) : AAA-A-AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAACAA-A---CCTGTC--TTTA-CATNGT----TT--CCG---AGCGCC-AGGTATCACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-T-TC--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATA
gi|81735 : AAA-A-AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACTT-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTG-AACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTTAG-TCTAAAAAC---TGAACAA-C---CCTGTC--TTTA-CATAGT----TT--CCG---AGCG-C-AGGTATGACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-A-TT--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATA
gi|81736 : AAA-A-AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACTT-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTG-AACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTTAG-TCTAAAAAC---TGAACAA-C---CCTGTC--TTTA-CATAGT----TT--CCG---AGCG-C-AGGTATGACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-A-TT--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATA
gi|81737 : AAA-A-AAAAGAGCTA----A--------TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA--ACTT-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGT--AACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA--GT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTTAG-TCTAAAAAC--TG-AACAA-C---CCTGTC--TTTA-CATAGT----TT--CCG---AGCGCA-AGGTATGACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-A-TT--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATA
gi|81738 : AAA-A-AAAAGTGCTA----A-A------CATATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--T--A--ACTTAA--CTAT----ATACA-GGTA-CACTC-TTGC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TTCG----GTGA-TGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAATAA-A---CCTGTC--TTTA-CATCGT----TT--CCG---AGCGCC-AGGTATCACGACTTC--T-ACCT-TTTAC-TACG-T-TC--TGAATTA--CTGAATGT-GCTTATGGCAACGAAATA
gi|81739 : AAA-T-AAAAGAGCTA----A-A------TA-ATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCACCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-CGTA-CACTC-T-GCAAT--CTC-GA-CG-AGTGTAACAT----CGA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT--CTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAACAA-A---CCTGTC--TCTA-CATCGT----TT--CCG---AGTGCCAAGATATCATGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-T-TC--TGAATAA--CTGGTTGT-GCTAATCGCAATGAAtcagaaacaaaa
gi|81740 : AAA-ATAAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-ACGAA-----------TTGCGCCC--T--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-Ctaatcagaaaccaaa
gi|81741 : AAATA-AAAGGAGCTA----A-A-------ACATGTGCATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--C-AT----A--CCAGGTAGCACTCAT-G--ATTGCTCGAA-CG-AGTGTAACAT----CGGATCTT-----TTCG----GCGA-AGT-C-TT-CCTTGTG-TTACAATAACTTCA--ATTT-GCGTTGAGTTCTAAAAACTGTTTAACAA-AATCCTTGTCTATTTA-CATCGT----TTTCCTGTATAGGGCC-AGATATCATGACTTT--T-ACTGCTTTAC-CGCATT-TC--TGAATAAGCCTGGATGTGGCGAATCGCAATGAAATA
gi|81742 : AA-A-AAAAGAGCTA----A-A------TACGTGTACATA--TTAAGAACTGCACCCAAATTGCACCC--C--A--GCTTAG--CTAT----A--CC-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TCCA----GTGA-AAT-C-TT-CCTT-TG-TT-TAAT-ACATCA--ATTT-GC-TTGAG-TCTAAAAGCT-TTTAAAAA-A---TAAGTC--TTTA-CATAAT----TT--CCG---AGTGCC-AGACATCGCGACTTC--T-ACTA-TTTAC-CACG-T-TC--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCACAACGAAATAtgcagaaatcaaaa
gi|81743 : AA-A-ATAACAGCAA----AGA------AACATATACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CGAT----A--CC-GGTA-CACTT-T-AC-AT--ATC-CA-CG-AGTGTAACAT----CCA--CCT-----TCCG----GTGA-ATT-C-TT-CATT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-CA-TTGAG-TCTAAAAGC--TTTAACAA-A----GTGTC--TTTA-CATAGT----TT--CCG---AGCGCC-AGGTATCACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-TGCG-T-TC--TGAAATA--TTGGATGT-GCTAATTGCAATGAAATAtcagaaataaaa
gi|81744 : AA-A-AAAAGAGCTA----A-AGATATATACATGTACATA--T-ATCAA-----------TTGCGACC--C--A--ACTTAA--CTATGTATA--CT-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CA-CA-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TA-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTGAAAGC--TTTAACAA-A---TCTCTC--TTTA-TACAGT----TT--CCG---CGCGCC-AGATAGCACTACTTC--T-ACTA-TTTAT-CGCG-T-TC--TTAAGTA--CTGGGTTT-GCTAATCGCAGCAAAATAtcagaaacaaaa
gi|81745 : AA-T-AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-ACGA------------TTGCGCCC--T--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-GA-CG-AGTGTAAT-C----CGA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ATTTCA--GTCT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAATAA-A---CCTGTC--TATA-CATCGT----TT---CG---AGTGCC-AGATATCAAGCCTTC--T-ACTG-TTT-C-CGCG-CGTC--TGAATAA--CTGGATGT-GCTAATCGCAATGAAATtcagaaacaaaa
gi|81746 : A-A-AAAAGTGCTA----A-A------CATATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--T--AATACTTAA--CTATATACA--CG-GGTA--ACTCTT-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----T-CG----GTGA-TGTCC-TT-CCTT-TGTTT-CAAT-ACTTCAAGGTTT-GCTTTGAG-TCT-AAAAC--TTT-ACAATA---ACTGTCT-TTTA-CATCGC----TT--CCG---AGCG-C-AGGTAT-ACGACTTC--T-ACCT-TTTACTCACGTT-TC--TGAATTA--CT-GATGT-GCTTATGGCAACGAAATAcatgaaacaaaa
gi|81747 : A-A-AAAGAAGCTA----A-AC-----TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGC---C--C--A--TCTTAA--CTAT----A--AC-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CT-CG-GGTGCAATTT----CGG--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-G-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAATAA-A---CCTGTC--TTTA-CATCGT----TT--CCG---AGTGCC-AGGTATCACGACTTC--T-ACTT-TTTAC-TGCG-T-TC--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCCCAACGAAATAtcagaaaaaaaa
gi|81748 : -A-AAAAGAGCTACTTAA-A------TACATGTACATA--A-TTGAA-----------TTGCGCCCAGC--G---CTTAA--CTAT----A--CT-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CAACG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TCCA----GTGAGAAT-CATT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--ATAT-GC-TTGAG-TCTAAAAGC--TTTAACAA-A---CCTGTC--TTTA-CATAAT----TT--TTG---AGTGCC-AGACATCG------C--T-ACTA-TTTAC---CA-T-TC--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCACAACGAAATAtcagaaacaaaa
gi|81749 : -A-ACAAGAGCAA----T-T------TACAT-TACATGCTT-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAAACCTAT----A---C-GGTA-CACCT-C-GC-AT--CTC-CA-CGAAGTGTAACAT----CTA--TCT-----TTCG----GTGA-AGT-ccagaaacaaaa
gi|81750 : -AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATG--TTAAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-
gi|81751 : ATA--T-TAGA------------TTGCGCCC--TTAA--A---AA--CTAT--------C-GTC----CTC-T-GC-AT--CTG--A-CGGAGTGTAACAT----CGA--TTT-------CG----GTGA--GT-C-TTTCCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCC--CGTT-G--TTGG---CT-AAAAC--TTTAGC-------CCTG-----TTAGTATCTG----TT--CGC---AGTGCC---GTATCATGA-TTC--TCACTG-TTTAC-CGTG-T-TTGATAAACT---CTGAAT
gi|81752 : --CCAT----A--CC-GGTA-CACT----GT-TT--CTC-CT-CG-TGCGTAACAT----ATA--CTT-----TCCA----GTTA-AGT-C-TT-GCTT-TG-tggtatctcgccagatgaatatttcaaacaa
gi|81753 : -T-NC-AT--CTC-CA-TG-AGTGTAACATAGATCTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-TCTT-TG-TT-CNAT-GC
gi|81754 : -GC-AT--CTC-GA-CA-AGTGTAACAT----CGA--CTT-----TCCGAAAGGTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAACAA-A---CCTGTC--TATA-CATCGT----TT--CCG---AGTGCC-AGATATCATGACTTC--T-GCTG-TTTAC-CGCG-T-TC--TGAATAA--CTGGATGT-GC---TCGCAATGAAATA
gi|81755 : T--TTC-CT-TG-AGTGTTACAT----CT----TTGATAATACG----ATTA-AGT-C-TT-TCTT-TG-TT-TATT-TCCTCA--TTTTTGT-TTA---TGTAGACGC--TTGGACAA-A---CTCAAC--TTTC-TGCGGTATTTTT--CTG---GGTGTA-ATACGTCGCGAATTCATT-GCTG-TTTGC-AGCG-T-TG--CAACTTA--TCTGATTT-GATAATTGCAACGAAATAtcagaaacaaaa
gi|81756 : CAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AAT-T-TT-CCTT-CA-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAACAA-A---CTTGTC--TTTA-CATAGT----TT--TCG---AGCGCC-AAGTATCACGACTTT--T-ACCA-TTTAC-CGCT-T-TC--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATAttagaaccaa
gi|81757 : TTA-CATGAT----TT--TCG---AGCGCC-AGGCATCGCGACTTC--T-ATTG-TTTAC-CACG-T-TC--TGAATTA--CTAGGTTT-GATAATCGCAACGAAATAtcagaaacaaaa
blockSeqs : T T CTTA G GATATA CT T CTGCACCCAAA AG TA AT AC GTAT TA A G A T A TG G A A AGAT AT GATAA AAAG G C A T G T A A AG T G T TG T ATC TA G A ATTT TC TAT A AT C C T T G GA GC G
blockSeqs : . . . . C . T . . . . . ATAC . . . T . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . T . T . . T . A . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AAA-A-AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAACAA-A---CCTGTC--TTTA-CATNGT----TT--CCG---AGCGCC-AGGTATCACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-T-TC--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATA
finalCons : AAA-A-AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAACAA-A---CCTGTC--TTTA-CATNGT----TT--CCG---AGCGCC-AGGTATCACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-T-TC--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111
lowQualScore : 2 2 5555 2 999999 33 4 11111111111 33 33 33 33 9999 33 2 2 4 2 2 22 2 2 4 4444 22 44444 4444 1 1 2 2 2 2 2 2 33 2 4 2 55 2 444 55 2 1 4444 33 333 2 33 2 2 2 4 2 33 33 2
lowQualScore : . . .... . ...... .. . ........... .. .. .. .. .... .. . . . . . .. . . . .... .. ..... .... . . . . . . . . .. . . . .. . ... .. . . .... .. ... . .. . . . . . .. .. .
lowQualScore : 7 5 3333 5 777777 22 7 22222222222 22 22 22 11 4444 11 2 2 4 1 1 88 0 0 0 0000 66 88888 0000 9 9 1 1 1 1 2 2 22 4 7 4 66 4 111 66 2 0 7777 11 999 2 11 2 2 2 4 2 11 11 4
consensus : AAA-A-AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAACAA-A---CCTGTC--TTTA-CATNGT----TT--CCG---AGCGCC-AGGTATCACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-T-TC--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATA
Reference ( family-765 ) : AAA-A-AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAACAA-A---CCTGTC--TTTA-CATNGT----TT--CCG---AGCGCC-AGGTATCACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-T-TC--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATA
gi|81735 : AAA-A-AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACTT-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTG-AACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTTAG-TCTAAAAAC---TGAACAA-C---CCTGTC--TTTA-CATAGT----TT--CCG---AGCG-C-AGGTATGACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-A-TT--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATA
gi|81736 : AAA-A-AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACTT-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTG-AACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTTAG-TCTAAAAAC---TGAACAA-C---CCTGTC--TTTA-CATAGT----TT--CCG---AGCG-C-AGGTATGACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-A-TT--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATA
gi|81737 : AAA-A-AAAAGAGCTA----A--------TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA--ACTT-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGT--AACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA--GT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTTAG-TCTAAAAAC--TG-AACAA-C---CCTGTC--TTTA-CATAGT----TT--CCG---AGCGCA-AGGTATGACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-A-TT--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATA
gi|81738 : AAA-A-AAAAGTGCTA----A-A------CATATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--T--A--ACTTAA--CTAT----ATACA-GGTA-CACTC-TTGC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TTCG----GTGA-TGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAATAA-A---CCTGTC--TTTA-CATCGT----TT--CCG---AGCGCC-AGGTATCACGACTTC--T-ACCT-TTTAC-TACG-T-TC--TGAATTA--CTGAATGT-GCTTATGGCAACGAAATA
gi|81739 : AAA-T-AAAAGAGCTA----A-A------TA-ATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCACCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-CGTA-CACTC-T-GCAAT--CTC-GA-CG-AGTGTAACAT----CGA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT--CTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAACAA-A---CCTGTC--TCTA-CATCGT----TT--CCG---AGTGCCAAGATATCATGACTTC--T-ACTG-TTTAC-CGCG-T-TC--TGAATAA--CTGGTTGT-GCTAATCGCAATGAAtcagaaacaaaa
gi|81740 : AAA-ATAAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-ACGAA-----------TTGCGCCC--T--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-Ctaatcagaaaccaaa
gi|81741 : AAATA-AAAGGAGCTA----A-A-------ACATGTGCATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--C-AT----A--CCAGGTAGCACTCAT-G--ATTGCTCGAA-CG-AGTGTAACAT----CGGATCTT-----TTCG----GCGA-AGT-C-TT-CCTTGTG-TTACAATAACTTCA--ATTT-GCGTTGAGTTCTAAAAACTGTTTAACAA-AATCCTTGTCTATTTA-CATCGT----TTTCCTGTATAGGGCC-AGATATCATGACTTT--T-ACTGCTTTAC-CGCATT-TC--TGAATAAGCCTGGATGTGGCGAATCGCAATGAAATA
gi|81742 : AA-A-AAAAGAGCTA----A-A------TACGTGTACATA--TTAAGAACTGCACCCAAATTGCACCC--C--A--GCTTAG--CTAT----A--CC-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TCCA----GTGA-AAT-C-TT-CCTT-TG-TT-TAAT-ACATCA--ATTT-GC-TTGAG-TCTAAAAGCT-TTTAAAAA-A---TAAGTC--TTTA-CATAAT----TT--CCG---AGTGCC-AGACATCGCGACTTC--T-ACTA-TTTAC-CACG-T-TC--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCACAACGAAATAtgcagaaatcaaaa
gi|81743 : AA-A-ATAACAGCAA----AGA------AACATATACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CGAT----A--CC-GGTA-CACTT-T-AC-AT--ATC-CA-CG-AGTGTAACAT----CCA--CCT-----TCCG----GTGA-ATT-C-TT-CATT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-CA-TTGAG-TCTAAAAGC--TTTAACAA-A----GTGTC--TTTA-CATAGT----TT--CCG---AGCGCC-AGGTATCACGACTTC--T-ACTG-TTTAC-TGCG-T-TC--TGAAATA--TTGGATGT-GCTAATTGCAATGAAATAtcagaaataaaa
gi|81744 : AA-A-AAAAGAGCTA----A-AGATATATACATGTACATA--T-ATCAA-----------TTGCGACC--C--A--ACTTAA--CTATGTATA--CT-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CA-CA-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TA-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTGAAAGC--TTTAACAA-A---TCTCTC--TTTA-TACAGT----TT--CCG---CGCGCC-AGATAGCACTACTTC--T-ACTA-TTTAT-CGCG-T-TC--TTAAGTA--CTGGGTTT-GCTAATCGCAGCAAAATAtcagaaacaaaa
gi|81745 : AA-T-AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATA--T-ACGA------------TTGCGCCC--T--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-GA-CG-AGTGTAAT-C----CGA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ATTTCA--GTCT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAATAA-A---CCTGTC--TATA-CATCGT----TT---CG---AGTGCC-AGATATCAAGCCTTC--T-ACTG-TTT-C-CGCG-CGTC--TGAATAA--CTGGATGT-GCTAATCGCAATGAAATtcagaaacaaaa
gi|81746 : A-A-AAAAGTGCTA----A-A------CATATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGCGCCC--T--AATACTTAA--CTATATACA--CG-GGTA--ACTCTT-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----T-CG----GTGA-TGTCC-TT-CCTT-TGTTT-CAAT-ACTTCAAGGTTT-GCTTTGAG-TCT-AAAAC--TTT-ACAATA---ACTGTCT-TTTA-CATCGC----TT--CCG---AGCG-C-AGGTAT-ACGACTTC--T-ACCT-TTTACTCACGTT-TC--TGAATTA--CT-GATGT-GCTTATGGCAACGAAATAcatgaaacaaaa
gi|81747 : A-A-AAAGAAGCTA----A-AC-----TACATGTACATA--T-AAGAA-----------TTGC---C--C--A--TCTTAA--CTAT----A--AC-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CT-CG-GGTGCAATTT----CGG--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-G-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAATAA-A---CCTGTC--TTTA-CATCGT----TT--CCG---AGTGCC-AGGTATCACGACTTC--T-ACTT-TTTAC-TGCG-T-TC--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCCCAACGAAATAtcagaaaaaaaa
gi|81748 : -A-AAAAGAGCTACTTAA-A------TACATGTACATA--A-TTGAA-----------TTGCGCCCAGC--G---CTTAA--CTAT----A--CT-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CAACG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TCCA----GTGAGAAT-CATT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--ATAT-GC-TTGAG-TCTAAAAGC--TTTAACAA-A---CCTGTC--TTTA-CATAAT----TT--TTG---AGTGCC-AGACATCG------C--T-ACTA-TTTAC---CA-T-TC--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCACAACGAAATAtcagaaacaaaa
gi|81749 : -A-ACAAGAGCAA----T-T------TACAT-TACATGCTT-AAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAAACCTAT----A---C-GGTA-CACCT-C-GC-AT--CTC-CA-CGAAGTGTAACAT----CTA--TCT-----TTCG----GTGA-AGT-ccagaaacaaaa
gi|81750 : -AAAAGAGCTA----A-A------TACATGTACATG--TTAAGAA-----------TTGCGCCC--C--A--ACTTAA--CTAT----A--CC-GGTA-CACTC-T-GC-AT--CTC-CA-CG-AGTGTAACAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-
gi|81751 : ATA--T-TAGA------------TTGCGCCC--TTAA--A---AA--CTAT--------C-GTC----CTC-T-GC-AT--CTG--A-CGGAGTGTAACAT----CGA--TTT-------CG----GTGA--GT-C-TTTCCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCC--CGTT-G--TTGG---CT-AAAAC--TTTAGC-------CCTG-----TTAGTATCTG----TT--CGC---AGTGCC---GTATCATGA-TTC--TCACTG-TTTAC-CGTG-T-TTGATAAACT---CTGAAT
gi|81752 : --CCAT----A--CC-GGTA-CACT----GT-TT--CTC-CT-CG-TGCGTAACAT----ATA--CTT-----TCCA----GTTA-AGT-C-TT-GCTT-TG-tggtatctcgccagatgaatatttcaaacaa
gi|81753 : -T-NC-AT--CTC-CA-TG-AGTGTAACATAGATCTA--CTT-----TCCG----GTGA-AGT-C-TT-TCTT-TG-TT-CNAT-GC
gi|81754 : -GC-AT--CTC-GA-CA-AGTGTAACAT----CGA--CTT-----TCCGAAAGGTGA-AGT-C-TT-CCTT-TG-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAACAA-A---CCTGTC--TATA-CATCGT----TT--CCG---AGTGCC-AGATATCATGACTTC--T-GCTG-TTTAC-CGCG-T-TC--TGAATAA--CTGGATGT-GC---TCGCAATGAAATA
gi|81755 : T--TTC-CT-TG-AGTGTTACAT----CT----TTGATAATACG----ATTA-AGT-C-TT-TCTT-TG-TT-TATT-TCCTCA--TTTTTGT-TTA---TGTAGACGC--TTGGACAA-A---CTCAAC--TTTC-TGCGGTATTTTT--CTG---GGTGTA-ATACGTCGCGAATTCATT-GCTG-TTTGC-AGCG-T-TG--CAACTTA--TCTGATTT-GATAATTGCAACGAAATAtcagaaacaaaa
gi|81756 : CAT----CTA--CTT-----TCCG----GTGA-AAT-T-TT-CCTT-CA-TT-CAAT-ACTTCA--GTTT-GC-TTGAG-TCTAAAAAC--TTTAACAA-A---CTTGTC--TTTA-CATAGT----TT--TCG---AGCGCC-AAGTATCACGACTTT--T-ACCA-TTTAC-CGCT-T-TC--TGAATTA--CTGGATGT-GCTAATCGCAACGAAATAttagaaccaa
gi|81757 : TTA-CATGAT----TT--TCG---AGCGCC-AGGCATCGCGACTTC--T-ATTG-TTTAC-CACG-T-TC--TGAATTA--CTAGGTTT-GATAATCGCAACGAAATAtcagaaacaaaa