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lowQualScore                  :     ..   ...   .  .   . ..  . ...   . .  ..    ....     .      .  . . .... .. .... .   . . ..    .  .  . .. .    . . ................     .    .   . . .  .  ... . .   . .  . .. .   .....    .     ..    ...   . ...  ... .  ..  ..   . .....      . . ... .        
lowQualScore                  :     99   777   1  0   0 55  0 000   0 0  55    2222     8      7  7 7 4444 22 0000 5   1 1 22    5  6  6 88 6    2 6 9999999999999999     5    9   0 0 0  0  555 8 0   0 0  0 88 0   33333    1     88    111   2 666  111 2  22  55   8 22222      7 7 777 9        
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Reference ( gi|89482 )        : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TG-G---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAA-CC-A-T----A--GA---T-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-T--CAG----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCC---TAG-T-C-AA---C-TT--TC--TTGTT-----TATAAA-T-A---ATTTTTTGTT
gi|89483                      : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TG-G---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAA-CC-A-T----A--GA---T-TTA-T-C--AA-C-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-T--CAG----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCC---TAG-T-C-AA---C-TT--TC--TTGTTTTAAATATATA-T-A---ATTTTTTGTT
gi|89484                      : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TG-G---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAA-CC-A-T----A--GG---T-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-TGA--G-AGC--CAC----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA--TCCC---TAG-T-T-AA---C-TT--TC--TTG-T-----TATAAA-T-A---ATTTTTTGTT
gi|89485                      : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TG-G---TGC-A-TA--TCGC-T--GGTTT-GATAAA-CC-A-T----A--GC---T-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A------T--TGGCGC-TTCCG-GTCC-TAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GTTT-CAATA-TTCCC---TAG-T-C-AA---C-TT--TC--TTGTT-----TATAAA-T-A---AGTTTCTGTT
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gi|89488                      : ATTT--ATT---TCA-AT-CCG-G--TG-G---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAG-CC-A-T----A--GC---T-TTA-T-T--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--A-A-A--GAC----TTCCG-GT-C-GAA-C-T-AC-TTAAATTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA--TCCC---TAG-T-T-AA---C-TTTCTC--TTG-T-----TATAAA-A-A---A
gi|89489                      : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG----TG-G---TGC-A-TA--TCGC-CTAAGTTT-TAAAAA-CC-A-T----A--GA---TCTTA-TTC--AAAC-GC-CC-GT-T-TTGA-T-A--G-A----CAT----TTCCG-GTCC-GAA-CTT-AC--T---TTG-AGATT-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATATTTCCC---TAG-TAC-AAAC-T-TT--TC--TTTGT-----TATAAA-T-A---ATTTTTTa
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gi|89491                      : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TG-G---TGC-A-TA--TCGCGT--AG----GG-AAA-CC-A-T----A--GA---T-TTA-T-C--AAAC-GC-CT----T-GTGATT-A--G-A-T--CAG----TTCCGAGGTC-GAACC-T-AC--T---TTG-AGC-T-C--T--C-CCC-----GCTTACAATA-GTGCC---TAG-T-C-AAC--C-TT--TCATTTGCT-----TTTAAATT-A---ATTGTTT
gi|89492                      :  TTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TG-G---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAA-CC-A-T----A--GC---T-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-T--CAG----TTTCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCTCAGTAG-T-T-AA---C-TT--TC--TTCTT-----Tt
gi|89493                      :  TTT--ATC---TCA-TT-CTG-G--TG-G---TGC-A-TA--TAGC-T--AGTTC-GATAAA-CA-G-T----A--GC---T-ATA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--T-A-G--CAC----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCCGGCCTGCTT-CAATA--TCCC---TA--T-T-AA---C-TT--TC--TTG-T-----TATAAA-T-A---ATTTTTTGTTtt
gi|89495                      :  TTT--ATCCTCTCA-TT-C-G-G--TG-G---TGC-A-TA--TCG--T--AGTTT-GATAAA-CC-A-T----A--C----T-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--TCTTAACT-A--G-A-T--CA-----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---T-G-AGA-T-CA-------CC-----GCTG-CAATA-TTCC----TAG-T-T-AA---C-TT--TC--TTGTA-----TAT-AA-T-A-----TTTTTGTT
gi|89494                      :  TTT--ATC---TCA-TT-CCG-GG-TG-G---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAA-CC-A-TT---A--GC---T-TTAAT-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTAA-T-A--G-A-T--CAG----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-gaaattttttttt
gi|89498                      :  TTT--ATC---TCA-TT-TCG-GGTTA-GGTGTGCTA-TAATTCGCCT--AGTCT-GATAAA-CC---T----A--GC---T-TTA-T-TCAAAAC-GC-GC-G--T-T-GA-T-ATTG-A----CGC----TTCCGAGTCC-GAA-C-T-AC-TT---T-G-AGACT-CA-T--TTCCC-----GCTT-CAATA-TTCCT---AAG-T-C-AAAAAC-TT--TC--TTGTT-----TATAAA-T-A---AGTTTTT
gi|89497                      :  TTT--ATC---TCA-TT-TCG-GGTTA-GGTGTGCTA-TAATTCGCCT--AGTCT-GATAAA-CC---T----A--GC---T-TTA-T-TCAAAAC-GC-GC-G--T-T-GA-T-ATTG-A----CGC----TTCCGAGTCC-GAA-C-T-AC-TT---T-G-AGACT-CA-T--TTCCC-----GCTT-CAATA-TTCCT---AAG-T-C-AAAAAC-TT--TC--TTGTT-----TATAAA-T-A---AGTTTTT
gi|89496                      :  TTT--AT----TCA-TTTCCGAG--TG-G---TGC-AATA--TCGC-T--AGTCT-GA-AAA-CC-A-TCACTA--GC---T-TTAAT-C--AAAC-AC-CCCG--T-TTGA-T-C--T-A-TT-CGGGCGCTTCCA-GTCC-AAA-C-TCAC-TTA--TTG-AGA-T-CACT--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCG---TAG-T-CAAA---CATT--TC--TTGTTC----TATAAT-T-ACAGAATTTTTGTT
gi|89499                      :   TT--ATC---TCA-AT-CCG-G--TG-G---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAAACC-AAT----A--GA---T-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-T--CAG----TTCCG-GTCC-GAA-TAT-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T----CCC-----GCTT-CAATA-TTCCC---TAG-T-C--A---C-TT--TC--TTGTT-----TATAAA-C-A---A-TTTTTGTT
gi|89500                      :    T--ATC---TCA-TT-CCG-G--TG-G---TGT-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATCAC-CC-A---------GT---T-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-C--CAC----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG--GA-T-CA-T--C-CCC-----GTTT-CAATA--TCTC---TAG-T-T-AA---C-GT--TC--TTG-T-----TATAAA-T-G---ATTTTTTt
gi|89501                      :     --ATC---TCA-TA-CAT-G--TT-G---TGT-A-TA--TCAC-TT-AATTG-GATAGT-CT-A-T----A--GC---T-TTA-T-T--TAGC-AC-CT-G--T-TTGA-T-A--A-A-TG-TAC----TTCCG-GTt
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gi|89484                      :                                                     GTTT-GATAAA-CCTA-T-------GG---T-TTA-T-C--AAAC-
gi|89503                      :                        atttatctcattccggtggtgcatatcgctaTT-CATGAA-CA-A-T----ATGGA---T-TCA-C-T--ATAC-GCGCC-GGTT-TTGA-T-A--GTA-G--CAG----TTCCG-G-CC-GAA-C-TCAC-TT---TTGAAGA-TCCA-TCGC-CCC-----GCTT----------TC---TAA-T--------C-TT--TC--TTGTT-----gcccgtttgatgagagccacttccggtccgaactacttttgagatcatccccgcttcaatatccctagttaactttcttgttataaataattttttgtt
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gi|89490                      :                                tttatctcattccggtggtgcatatcgctagtttgataaaccatagcA---T-CTA-T-C--AAAC-GG-GC-G--T-TTGA-T-A--A-A-T--Cagtttcggtccgaactacttttgagatcatccccgcttcaatattcctcagtagttaactttcttcttttt





Alignments
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lowQualScore                  :     22   333   2  1   3 77   666   3 1  55    5 44     1      1   1 5555 22 4444 1   3 3 44    1  1  1 44 1    3 1 3333333333333333     5    1   1 3 3  1  555 0 1   5 1  1 22 3   55555    2     55    555   2 2 2  222 2  33  66   4 77777      2 2 444 4        
lowQualScore                  :     ..   ...   .  .   . ..   ...   . .  ..    . ..     .      .   . .... .. .... .   . . ..    .  .  . .. .    . . ................     .    .   . . .  .  ... . .   . .  . .. .   .....    .     ..    ...   . . .  ... .  ..  ..   . .....      . . ... .        
lowQualScore                  :     88   555   0  9   8 11   777   8 9  22    7 55     8      7   7 4444 44 0000 7   5 5 88    7  7  7 11 7    5 7 6666666666666666     2    8   9 8 8  9  222 3 9   7 9  9 66 8   00000    0     99    888   1 1 1  444 1  11  11   1 88888      5 5 444 0        
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Reference ( family-764 )      : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAA-CCA-T----A--G---NT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-T--CAG----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCC---TAG-T-C-AA---C-TT--TC--TTGTT-----TATAAA-T-A---ATTTTTTGTT
gi|89482                      : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAA-CCA-T----A--G---AT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-T--CAG----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCC---TAG-T-C-AA---C-TT--TC--TTGTT-----TATAAA-T-A---ATTTTTTGTT
gi|89483                      : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAA-CCA-T----A--G---AT-TTA-T-C--AA-C-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-T--CAG----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCC---TAG-T-C-AA---C-TT--TC--TTGTTTTAAATATATA-T-A---ATTTTTTGTT
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gi|89487                      : ATTT--ATC---TCA-TT-TTA-G--TGG---TAC-A-TA--TCGC-T--AGTCT-GATAAA-CCA-T----A--T---TT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A------T--TGGCGC-TTCCG-GTCC-GAT-T-T-AC-TT---CTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCC---TAG-T-C-AA---C-GT--TT--TTGTT-----TATAAA-T-A---AGTTTTTGTTt
gi|89488                      : ATTT--ATT---TCA-AT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAG-CCA-T----A--G---CT-TTA-T-T--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--A-A-A--GAC----TTCCG-GT-C-GAA-C-T-AC-TTAAATTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA--TCCC---TAG-T-T-AA---C-TTTCTC--TTG-T-----TATAAA-A-A---A
gi|89489                      : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG----TGG---TGC-A-TA--TCGC-CTAAGTTT-TAAAAA-CCA-T----A--G---ATCTTA-TTC--AAAC-GC-CC-GT-T-TTGA-T-A--G-A----CAT----TTCCG-GTCC-GAA-CTT-AC--T---TTG-AGATT-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATATTTCCC---TAG-TAC-AAAC-T-TT--TC--TTTGT-----TATAAA-T-A---ATTTTTTa
gi|89490                      : ATTTTAATC---TCAATT-CCG-G--TGG---TGC-A--A--TCGC----AGTTTTGATAA---CA-T----C--G---AT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-T---AG----TTC-G-GTCCCGAA-C-T-AC-TT---T-G-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCCT--TAG-T-C-AA---C-Tt
gi|89491                      : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGCGT--AG----GG-AAA-CCA-T----A--G---AT-TTA-T-C--AAAC-GC-CT----T-GTGATT-A--G-A-T--CAG----TTCCGAGGTC-GAACC-T-AC--T---TTG-AGC-T-C--T--C-CCC-----GCTTACAATA-GTGCC---TAG-T-C-AAC--C-TT--TCATTTGCT-----TTTAAATT-A---ATTGTTT
gi|89492                      :  TTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAA-CCA-T----A--G---CT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-T--CAG----TTTCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCTCAGTAG-T-T-AA---C-TT--TC--TTCTT-----Tt
gi|89493                      :  TTT--ATC---TCA-TT-CTG-G--TGG---TGC-A-TA--TAGC-T--AGTTC-GATAAA-CAG-T----A--G---CT-ATA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--T-A-G--CAC----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCCGGCCTGCTT-CAATA--TCCC---TA--T-T-AA---C-TT--TC--TTG-T-----TATAAA-T-A---ATTTTTTGTTtt
gi|89494                      :  TTT--ATC---TCA-TT-CCG-GG-TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAA-CCA-TT---A--G---CT-TTAAT-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTAA-T-A--G-A-T--CAG----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-
gi|89495                      :  TTT--ATCCTCTCA-TT-C-G-G--TGG---TGC-A-TA--TCG--T--AGTTT-GATAAA-CCA-T----A------CT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--TCTTAACT-A--G-A-T--CA-----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---T-G-AGA-T-CA-------CC-----GCTG-CAATA-TTCC----TAG-T-T-AA---C-TT--TC--TTGTA-----TAT-AA-T-A-----TTTTTGTT
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gi|89497                      :  TTT--ATC---TCA-TT-TCG-GGTTAGGTGTGCTA-TAATTCGCCT--AGTCT-GATAAA-CC--T----A--G---CT-TTA-T-TCAAAAC-GC-GC-G--T-T-GA-T-ATTG-A----CGC----TTCCGAGTCC-GAA-C-T-AC-TT---T-G-AGACT-CA-T--TTCCC-----GCTT-CAATA-TTCCT---AAG-T-C-AAAAAC-TT--TC--TTGTT-----TATAAA-T-A---AGTTTTT
gi|89498                      :  TTT--ATC---TCA-TT-TCG-GGTTAGGTGTGCTA-TAATTCGCCT--AGTCT-GATAAA-CC--T----A--G---CT-TTA-T-TCAAAAC-GC-GC-G--T-T-GA-T-ATTG-A----CGC----TTCCGAGTCC-GAA-C-T-AC-TT---T-G-AGACT-CA-T--TTCCC-----GCTT-CAATA-TTCCT---AAG-T-C-AAAAAC-TT--TC--TTGTT-----TATAAA-T-A---AGTTTTT
gi|89499                      :   TT--ATC---TCA-AT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAAACCAAT----A--G---AT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-T--CAG----TTCCG-GTCC-GAA-TAT-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T----CCC-----GCTT-CAATA-TTCCC---TAG-T-C--A---C-TT--TC--TTGTT-----TATAAA-C-A---A-TTTTTGTT
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gi|89501                      :     --ATC---TCA-TA-CAT-G--TTG---TGT-A-TA--TCAC-TT-AATTG-GATAGT-CTA-T----A--G---CT-TTA-T-T--TAGC-AC-CT-G--T-TTGA-T-A--A-A-TG-TAC----TTCCG-GTt
gi|89502                      :                  T-CCGTG--TG----TGC-A-TA--TAAC-A--AGTTC-GATATC-TGA-T----A--G---AT-TTA-A-C--A-------CT-A--T-TTGG-T-GTGA-A-TTACAT----TTTCG-GTTT-GAA-C-T-AC-TT---ATG-AGA-T-CA-A--T-CCG-----GCTT-TA
gi|89503                      :                                                      TT-CATGAA-CAA-T----ATGG---AT-TCA-C-T--ATAC-GCGCC-GGTT-TTGA-T-A--GTA-G--CAG----TTCCG-G-CC-GAA-C-TCAC-TT---TTGAAGA-TCCA-TCGC-CCC-----GCTT----------TC---TAA-T--------C-TT--TC--TTGTT-----
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Alignments
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lowQualScore                  :     ..   ...   .  .   . ..   ...   . .  ..    . ..     .      .   . .... .. .... .   . . ..    .  .  . .. .    . . ................     .    .   . . .  .  ... . .   . .  . .. .   .....    .     ..    ...   . . .  ... .  ..  ..   . .....      . . ... .        
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Reference ( family-764 )      : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAA-CCA-T----A--G---NT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-T--CAG----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCC---TAG-T-C-AA---C-TT--TC--TTGTT-----TATAAA-T-A---ATTTTTTGTT
gi|89482                      : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAA-CCA-T----A--G---AT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-T--CAG----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCC---TAG-T-C-AA---C-TT--TC--TTGTT-----TATAAA-T-A---ATTTTTTGTT
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gi|89501                      :     --ATC---TCA-TA-CAT-G--TTG---TGT-A-TA--TCAC-TT-AATTG-GATAGT-CTA-T----A--G---CT-TTA-T-T--TAGC-AC-CT-G--T-TTGA-T-A--A-A-TG-TAC----TTCCG-GTt
gi|89502                      :                  T-CCGTG--TG----TGC-A-TA--TAAC-A--AGTTC-GATATC-TGA-T----A--G---AT-TTA-A-C--A-------CT-A--T-TTGG-T-GTGA-A-TTACAT----TTTCG-GTTT-GAA-C-T-AC-TT---ATG-AGA-T-CA-A--T-CCG-----GCTT-TA
gi|89503                      :                                                      TT-CATGAA-CAA-T----ATGG---AT-TCA-C-T--ATAC-GCGCC-GGTT-TTGA-T-A--GTA-G--CAG----TTCCG-G-CC-GAA-C-TCAC-TT---TTGAAGA-TCCA-TCGC-CCC-----GCTT----------TC---TAA-T--------C-TT--TC--TTGTT-----
gi|89504                      :                                                           TGAA-CAA-T----A--G---AT-TC----C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-G--CAG----TTCCG-GTCC-G


blockSeqs                     :     TA   CTC   A  T   A GT   GTG   T A  AT    G TA     T      A   A CACT TG ATTT C   A C CA    G  G  C GT C    T G TATTCGGGCGC          A    C   C T C  T  AAA   A   T C  C CG T   GGCCT    A     TT    CAG   T A A  AAA A  TC  CA   T TTAAA      T C CAG T
blockSeqs                     :     .    .     .  .   T GT   GTG   T .  AT    C T      .      .   . T    .  A    .   A T CA    .  .  . T  .    C . TGAATTACAT           A    .   . A C  .  A     .   C .  . .  T   .        .     T     T     . . .  AAA .  .   AT   T C          . . .   T
blockSeqs                     :     .    .     .  .   . G    .     . .  .     C .      .      .   . .    .  G    .   . . .     .  .  . .  .    . . GAGCCAC              A    .   . . .  .  .     .   C .  . .  .   .        .     T     .     . . .  AC  .  .   .    T .          . . .   G
blockSeqs                     :     .    .     .  .   . .    .     . .  .     . .      .      .   . .    .  C    .   . . .     .  .  . .  .    . . TTGGCGC              .    .   . . .  .  .     .   . .  . .  .   .        .     T     .     . . .  C   .  .   .    T .          . . .   T
blockSeqs                     :     .    .     .  .   . .    .     . .  .     . .      .      .   . .    .  T    .   . . .     .  .  . .  .    . . TTGGCGC              .    .   . . .  .  .     .   . .  . .  .   .        .     T     .     . . .  .   .  .   .    G .          . . .   G
blockSeqs                     :     .    .     .  .   . .    .     . .  .     . .      .      .   . .    .  C    .   . . .     .  .  . .  .    . . TTGACGC              .    .   . . .  .  .     .   . .  . .  .   .        .     T     .     . . .  .   .  .   .    C .          . . .   T
blockSeqs                     :     .    .     .  .   . .    .     . .  .     . .      .      .   . .    .  A    .   . . .     .  .  . .  .    . . TTGACGC              .    .   . . .  .  .     .   . .  . .  .   .        .     G     .     . . .  .   .  .   .    T .          . . .   T
blockSeqs                     :     .    .     .  .   . .    .     . .  .     . .      .      .   . .    .  A    .   . . .     .  .  . .  .    . . AATGTAC              .    .   . . .  .  .     .   . .  . .  .   .        .     T     .     . . .  .   .  .   .    T .          . . .   T
blockSeqs                     :     .    .     .  .   . .    .     . .  .     . .      .      .   . .    .  A    .   . . .     .  .  . .  .    . . GTAGCAG              .    .   . . .  .  .     .   . .  . .  .   .        .     T     .     . . .  .   .  .   .    T .          . . .   A
blockSeqs                     :     .    .     .  .   . .    .     . .  .     . .      .      .   . .    .  C    .   . . .     .  .  . .  .    . . GATCAG               .    .   . . .  .  .     .   . .  . .  .   .        .     T     .     . . .  .   .  .   .    T .          . . .   G
blockSeqs                     :     .    .     .  .   . .    .     . .  .     . .      .      .   . .    .  C    .   . . .     .  .  . .  .    . . TATCAG               .    .   . . .  .  .     .   . .  . .  .   .        .     T     .     . . .  .   .  .   .    T .          . . .   G
blockSeqs                     :     .    .     .  .   . .    .     . .  .     . .      .      .   . .    .  C    .   . . .     .  .  . .  .    . . AAAGAC               .    .   . . .  .  .     .   . .  . .  .   .        .     T     .     . . .  .   .  .   .    T .          . . .   T
blockSeqs                     :     .    .     .  .   . .    .     . .  .     . .      .      .   . .    .  C    .   . . .     .  .  . .  .    . . GATCAG               .    .   . . .  .  .     .   . .  . .  .   .        .     T     .     . . .  .   .  .   .    T .          . . .   .
blockSeqs                     :     .    .     .  .   . .    .     . .  .     . .      .      .   . .    .  C    .   . . .     .  .  . .  .    . . GATCAG               .    .   . . .  .  .     .   . .  . .  .   .        .     .     .     . . .  .   .  .   .    . .          . . .   .
blockSeqs                     :     .    .     .  .   . .    .     . .  .     . .      .      .   . .    .  C    .   . . .     .  .  . .  .    . . TAGCAC               .    .   . . .  .  .     .   . .  . .  .   .        .     .     .     . . .  .   .  .   .    . .          . . .    
blockSeqs                     :     .    .     .  .   . .    .     . .  .     . .      .      .   . .    .  C    .   . . .     .  .  . .  .    . . GATCAG               .    .   . . .  .  .     .   . .  . .  .   .        .     .     .     . . .  .   .  .   .    . .                   
blockSeqs                     :     .    .     .  .   . .    .     . .  .     . .      .      .   . .    .  A    .   . . .     .  .  . .  .    . . GATCAG               .    .   . . .  .  .     .   . .  . .  .   .        .     .     .     . . .  .   .  .   .    . .                   
blockSeqs                     :     .    .     .  .   . .    .     . .  .     . .      .      .   . .    .  T    .   . . .     .  .  . .  .    . . GACCAC               .    .   . . .  .  .     .   . .  . .  .   .        .     .     .     . . .  .   .                                 
blockSeqs                     :     .    .     .  .   . .    .     . .  .     . .      .      .   . .    .  C    .   . . .     .  .  . .  .    . . GAGCAG               .    .   . . .  .  .     .   . .  . .  .   .        .                                                              
blockSeqs                     :                   .   . .    .     . .  .     . .      .      .   . .    .  A    .   . . .     .  .  . .  .    . . GACAT                .    .   . . .  .  .     .   . .  . .  .                                                                           
blockSeqs                     :                                                        .      .   . .    .  A    .   . . .     .  .  . .  .    . . GATAG                .    .                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                               .   . .    .  A    .   . . .     .  .  . .  .    . . GATCA                .                                                                                                                  


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAA-CCA-T----A--G---NT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-T--CAG----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCC---TAG-T-C-AA---C-TT--TC--TTGTT-----TATAAA-T-A---ATTTTTTGTT
finalCons                     : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAA-CCA-T----A--G---NT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-T--CAG----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCC---TAG-T-C-AA---C-TT--TC--TTGTT-----TATAAA-T-A---ATTTTTTGTT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                    1111111111111111                                                                                  111                                           
lowQualScore                  :     22   333   2  1   3 77   666   3 1  55    5 44     1      1   1 5555 22 4444 1   3 3 44    1  1  1 44 1    3 1 3333333333333333     5    1   1 3 3  1  555 0 1   5 1  1 22 3   55555    2     55    555   2 2 2  222 2  33  66   4 77777      2 2 444 4        
lowQualScore                  :     ..   ...   .  .   . ..   ...   . .  ..    . ..     .      .   . .... .. .... .   . . ..    .  .  . .. .    . . ................     .    .   . . .  .  ... . .   . .  . .. .   .....    .     ..    ...   . . .  ... .  ..  ..   . .....      . . ... .        
lowQualScore                  :     88   555   0  9   8 11   777   8 9  22    7 55     8      7   7 4444 44 0000 7   5 5 88    7  7  7 11 7    5 7 6666666666666666     2    8   9 8 8  9  222 3 9   7 9  9 66 8   00000    0     99    888   1 1 1  444 1  11  11   1 88888      5 5 444 0        
consensus                     : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAA-CCA-T----A--G---NT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-T--CAG----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCC---TAG-T-C-AA---C-TT--TC--TTGTT-----TATAAA-T-A---ATTTTTTGTT
Reference ( family-764 )      : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAA-CCA-T----A--G---NT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-T--CAG----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCC---TAG-T-C-AA---C-TT--TC--TTGTT-----TATAAA-T-A---ATTTTTTGTT
gi|89482                      : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAA-CCA-T----A--G---AT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-T--CAG----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCC---TAG-T-C-AA---C-TT--TC--TTGTT-----TATAAA-T-A---ATTTTTTGTT
gi|89483                      : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAA-CCA-T----A--G---AT-TTA-T-C--AA-C-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-T--CAG----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCC---TAG-T-C-AA---C-TT--TC--TTGTTTTAAATATATA-T-A---ATTTTTTGTT
gi|89484                      : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAA-CCA-T----A--G---GT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-TGA--G-AGC--CAC----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA--TCCC---TAG-T-T-AA---C-TT--TC--TTG-T-----TATAAA-T-A---ATTTTTTGTT
gi|89485                      : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--GGTTT-GATAAA-CCA-T----A--G---CT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A------T--TGGCGC-TTCCG-GTCC-TAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GTTT-CAATA-TTCCC---TAG-T-C-AA---C-TT--TC--TTGTT-----TATAAA-T-A---AGTTTCTGTT
gi|89486                      : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAG-CCA-T----A--GATTTT-TTA-TCC--AAACGGC-CC-G--T-TTGA-T-A--T-A-T--CAG-----TCCG-GTCC-GAA-C-T-ACTTT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTC-CAATA-TTCCC---TAGTT-C-AA---C-TT--TTCATTGTT-----TATAAA-TCA---ATTTTTT
gi|89487                      : ATTT--ATC---TCA-TT-TTA-G--TGG---TAC-A-TA--TCGC-T--AGTCT-GATAAA-CCA-T----A--T---TT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A------T--TGGCGC-TTCCG-GTCC-GAT-T-T-AC-TT---CTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCC---TAG-T-C-AA---C-GT--TT--TTGTT-----TATAAA-T-A---AGTTTTTGTTt
gi|89488                      : ATTT--ATT---TCA-AT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAG-CCA-T----A--G---CT-TTA-T-T--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--A-A-A--GAC----TTCCG-GT-C-GAA-C-T-AC-TTAAATTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA--TCCC---TAG-T-T-AA---C-TTTCTC--TTG-T-----TATAAA-A-A---A
gi|89489                      : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG----TGG---TGC-A-TA--TCGC-CTAAGTTT-TAAAAA-CCA-T----A--G---ATCTTA-TTC--AAAC-GC-CC-GT-T-TTGA-T-A--G-A----CAT----TTCCG-GTCC-GAA-CTT-AC--T---TTG-AGATT-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATATTTCCC---TAG-TAC-AAAC-T-TT--TC--TTTGT-----TATAAA-T-A---ATTTTTTa
gi|89490                      : ATTTTAATC---TCAATT-CCG-G--TGG---TGC-A--A--TCGC----AGTTTTGATAA---CA-T----C--G---AT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-T---AG----TTC-G-GTCCCGAA-C-T-AC-TT---T-G-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCCT--TAG-T-C-AA---C-Tt
gi|89491                      : ATTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGCGT--AG----GG-AAA-CCA-T----A--G---AT-TTA-T-C--AAAC-GC-CT----T-GTGATT-A--G-A-T--CAG----TTCCGAGGTC-GAACC-T-AC--T---TTG-AGC-T-C--T--C-CCC-----GCTTACAATA-GTGCC---TAG-T-C-AAC--C-TT--TCATTTGCT-----TTTAAATT-A---ATTGTTT
gi|89492                      :  TTT--ATC---TCA-TT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAA-CCA-T----A--G---CT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-T--CAG----TTTCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCTCAGTAG-T-T-AA---C-TT--TC--TTCTT-----Tt
gi|89493                      :  TTT--ATC---TCA-TT-CTG-G--TGG---TGC-A-TA--TAGC-T--AGTTC-GATAAA-CAG-T----A--G---CT-ATA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--T-A-G--CAC----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-CCCGGCCTGCTT-CAATA--TCCC---TA--T-T-AA---C-TT--TC--TTG-T-----TATAAA-T-A---ATTTTTTGTTtt
gi|89494                      :  TTT--ATC---TCA-TT-CCG-GG-TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAA-CCA-TT---A--G---CT-TTAAT-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTAA-T-A--G-A-T--CAG----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T--C-
gi|89495                      :  TTT--ATCCTCTCA-TT-C-G-G--TGG---TGC-A-TA--TCG--T--AGTTT-GATAAA-CCA-T----A------CT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--TCTTAACT-A--G-A-T--CA-----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---T-G-AGA-T-CA-------CC-----GCTG-CAATA-TTCC----TAG-T-T-AA---C-TT--TC--TTGTA-----TAT-AA-T-A-----TTTTTGTT
gi|89496                      :  TTT--AT----TCA-TTTCCGAG--TGG---TGC-AATA--TCGC-T--AGTCT-GA-AAA-CCA-TCACTA--G---CT-TTAAT-C--AAAC-AC-CCCG--T-TTGA-T-C--T-A-TT-CGGGCGCTTCCA-GTCC-AAA-C-TCAC-TTA--TTG-AGA-T-CACT--C-CCC-----GCTT-CAATA-TTCCG---TAG-T-CAAA---CATT--TC--TTGTTC----TATAAT-T-ACAGAATTTTTGTTgaaattttttttt
gi|89497                      :  TTT--ATC---TCA-TT-TCG-GGTTAGGTGTGCTA-TAATTCGCCT--AGTCT-GATAAA-CC--T----A--G---CT-TTA-T-TCAAAAC-GC-GC-G--T-T-GA-T-ATTG-A----CGC----TTCCGAGTCC-GAA-C-T-AC-TT---T-G-AGACT-CA-T--TTCCC-----GCTT-CAATA-TTCCT---AAG-T-C-AAAAAC-TT--TC--TTGTT-----TATAAA-T-A---AGTTTTT
gi|89498                      :  TTT--ATC---TCA-TT-TCG-GGTTAGGTGTGCTA-TAATTCGCCT--AGTCT-GATAAA-CC--T----A--G---CT-TTA-T-TCAAAAC-GC-GC-G--T-T-GA-T-ATTG-A----CGC----TTCCGAGTCC-GAA-C-T-AC-TT---T-G-AGACT-CA-T--TTCCC-----GCTT-CAATA-TTCCT---AAG-T-C-AAAAAC-TT--TC--TTGTT-----TATAAA-T-A---AGTTTTT
gi|89499                      :   TT--ATC---TCA-AT-CCG-G--TGG---TGC-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATAAAACCAAT----A--G---AT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-T--CAG----TTCCG-GTCC-GAA-TAT-AC-TT---TTG-AGA-T-CA-T----CCC-----GCTT-CAATA-TTCCC---TAG-T-C--A---C-TT--TC--TTGTT-----TATAAA-C-A---A-TTTTTGTT
gi|89500                      :    T--ATC---TCA-TT-CCG-G--TGG---TGT-A-TA--TCGC-T--AGTTT-GATCAC-CCA---------G---TT-TTA-T-C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-C--CAC----TTCCG-GTCC-GAA-C-T-AC-TT---TTG--GA-T-CA-T--C-CCC-----GTTT-CAATA--TCTC---TAG-T-T-AA---C-GT--TC--TTG-T-----TATAAA-T-G---ATTTTTTt
gi|89501                      :     --ATC---TCA-TA-CAT-G--TTG---TGT-A-TA--TCAC-TT-AATTG-GATAGT-CTA-T----A--G---CT-TTA-T-T--TAGC-AC-CT-G--T-TTGA-T-A--A-A-TG-TAC----TTCCG-GTt
gi|89502                      :                  T-CCGTG--TG----TGC-A-TA--TAAC-A--AGTTC-GATATC-TGA-T----A--G---AT-TTA-A-C--A-------CT-A--T-TTGG-T-GTGA-A-TTACAT----TTTCG-GTTT-GAA-C-T-AC-TT---ATG-AGA-T-CA-A--T-CCG-----GCTT-TA
gi|89503                      :                                                      TT-CATGAA-CAA-T----ATGG---AT-TCA-C-T--ATAC-GCGCC-GGTT-TTGA-T-A--GTA-G--CAG----TTCCG-G-CC-GAA-C-TCAC-TT---TTGAAGA-TCCA-TCGC-CCC-----GCTT----------TC---TAA-T--------C-TT--TC--TTGTT-----
gi|89504                      :                                                           TGAA-CAA-T----A--G---AT-TC----C--AAAC-GC-CC-G--T-TTGA-T-A--G-A-G--CAG----TTCCG-GTCC-G