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gi|124531                     :                           TTCG--AC-CCC-ATA-A-TG-C---------CT--A-C-AT-----A---GA-GATTAG---TTTT--GC-GT-GC-AGAA--CGACC
gi|124532                     :                                   -CCC-ACA-A-TG-CTCTACGTCTCTGCA-C-ACAGA--CCCCGA-GGTTAG---TTTT--GC-GT-GC-GGAA--CGACC


blockSeqs                     :       C    A CG A  GG  A      TA  G   G   G A  CTCTACGTCT   GC T T     AG CCC  T      TAT    TG  A  G  G    AG
blockSeqs                     :       .    . .  .  .   .      T   .   G   . G  TC           .  . .     .  A    .      GT     .   .  A  .    . 
blockSeqs                     :       .    . .  .  .   .      .   .   .   . .  C            .  . .     .  .    .      T      .   .  .  .    . 
blockSeqs                     :       .    . .  .  .   .      .   .   .   . .  C            .  . .     .  .    .      T      .   .  .  .    . 
blockSeqs                     :       .    . .  .  .   .      .   .   .   . .  T            .  . .     .  .    .      T      .   .  .  .    . 
blockSeqs                     :       .    . .  .  .   .      .   .   .   . .  G            .  . .     .  .    .      T      .   .  .  .    . 
blockSeqs                     :       .    . .  .  .   .      .   .   .   . .  G            .  . .     .  .    .      .      .   .  .  .    . 
blockSeqs                     :       .    . .  .  .   .      .   .   .   . .  C            .  . .     .  .    .      .      .   .  .  .    . 
blockSeqs                     :       .    . .  .  .   .      .   .   .   . .  T            .  . .     .  .    .      .      .   .  .  .    . 
blockSeqs                     :       .    . .  .  .   .      .   .   .   . .  C            .  . .     .  .    .      .      .   .  .  .    . 
blockSeqs                     :       .    . .  .  .   .      .   .   .   . .  C            .  . .     .  .    .      .      .   .  .  .    . 
blockSeqs                     :       .    . .  .  .   .      .   .   .   . .  C            .  . .     .  .    .      .      .   .  .  .    . 
blockSeqs                     :       .    . .  .  .   .      .   .   .   . .  C            .  . .     .  .    .      .      .   .  .  .    . 
blockSeqs                     :       .    . .  .  .   .      .   .   .   . .  C            .  . .     .  .    .      .      .   .  .  .    . 
blockSeqs                     :       .    . .  .  .   .      .   .   .   . .  C            .  . .     .  .    .      .      .   .  .  .    . 
blockSeqs                     :       .    . .  .  .   .      .   .   .   . .  C            .  . .     .  .    .      .      .   .  .  .    . 
blockSeqs                     :       .    . .  .  .   .      .   .   .   . .  C            .  . .     .  .    .      .      .   .  .  .    . 
blockSeqs                     :       .    . .  .  .   .      .   .   .   . .  C            .  . .     .  .    .      .      .   .  .  .    . 
blockSeqs                     :       .    . .  .  .   .      .   .   .   . .  C            .  . .     .  .    .      .      .   .  .  .    . 
blockSeqs                     :       .    . .  .  .   .      .   .   .   . .  .            .  . .     .  .    .      .      .   .  .  .      
blockSeqs                     :                               .   .   .   . .  .            .  . .     .  .    .      .                       
blockSeqs                     :                                   .   .   . .  .            .  .                                              


blockSeqCons                  :   
originalCons                  :   GTAG-TTCG-C--G-GA--AA-TTTCCA--AT-CCC-ACA-A-TG-C---------CT--A-C-ATGGA--A---GA-GGTTAG---TTTT--GC-GT-GC-GGAA--CGACC
finalCons                     :   GTAG-TTCG-C--G-GA--AA-TTTCCA--AT-CCC-ACA-A-TG-C---------CT--A-C-ATGGA--A---GA-GGTTAG---TTTT--GC-GT-GC-GGAA--CGACC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                       111                          
lowQualScore                  :       1    1 22 1  22  1      44  1   3   1 3  88888888888  22 1 1     22 555  1      333    22  1  3  1    22     
lowQualScore                  :       .    . .. .  ..  .      ..  .   .   . .  ...........  .. . .     .. ...  .      ...    ..  .  .  .    ..     
lowQualScore                  :       9    9 66 9  66  9      33  7   5   7 5  88888888888  44 7 8     55 000  8      000    66  9  8  9    88     
consensus                     :   GTAG-TTCG-C--G-GA--AA-TTTCCA--AT-CCC-ACA-A-TG-C---------CT--A-C-ATGGA--A---GA-GGTTAG---TTTT--GC-GT-GC-GGAA--CGACC
Reference ( family-763 )      :   GTAG-TTCG-C--G-GA--AA-TTTCCA--AT-CCC-ACA-A-TG-C---------CT--A-C-ATGGA--A---GA-GGTTAG---TTTT--GC-GT-GC-GGAA--CGACC
gi|124510                     :   GTAG-TTTG-C--G-GA--AA-TTTCCA--AT-CCC-ACA-A-TG-C---------CT--A-C-ATGGA--A---GA-CGTTAG---CTTT--GC-GT-GC-GGAA--TGACC
gi|124511                     :  aGTAG-TTCG-C--G-GA--AA-TATCGA--AT-CCC-ACA-A-TG-C---------CT--A-C-ATGGA--A---GA-GGTTAG---TTTT--GT-GT-GC-GGAA--TGACC
gi|124512                     :  aGTAG-TTCA-C--G-GT--AA-TTTCCA--AT-CCC-ACA-A-TG-C---------CT--A-C-ATGGA--A---GA-GGTTAGT--TTTT--GC-AT-GC-GAAA--CAACC
gi|124513                     :  aGTAG-TTAG-T--G-GA--AA-TTCCCT--AT-CCC-ACA-A-TG-T---------CT--G-C-ATGGA--A---GA-GGTTGG---TTTT--GC-GT-GC-GGAA--CGACC
gi|124514                     :   aTAG-TTTG-C--A-GA--AA-TTTCCA--TT-CCC-ACA-A-TG-G---------CT--A-C-ATGAA--A---GA-GGTTGG---TTTT--GC-GT-GC-GGAA--CGACC
gi|124515                     :  aaTAG-TTTG-C--G--A--AA-TTTCCA--TT-TCC-AC--A-TG-G---------C---A-C-ATGAA--A---GA-GGTTTGGT-TTTT--GCAGT-GC-GGA
gi|124516                     : aaGTGG-TT-G-C--G-GA--AAATTTCTA--AT-CCC-ACA-A-TGTC---------TT--A-C-ATGAA--A---GA-GGTTAG---TTTTTGGC-GTGGC-GGAAAGCGACC
gi|124517                     :  aGTAG-TTCG-C--G-GA--AA-TTCCCA--AT-TCC-ACA-A-TA-----------CT--G-C-ATAG---A---GA-GGTTGG---TTTT--AC-AT-GC--AAA--CGAC
gi|124518                     :  aGTAG-TTCG-C--G-GA--AA-TTCCCA--AT-TCC-ACA-A-TA-----------CT--G-C-ATAG---A---GA-GGTTGG---TTTT--AC-AT-GC--AAA--CGAC
gi|124519                     :  aGTAG-TTCA-T--A-TA--AA-TTCCCA--AT-CCC-ACA-A-TG-C---------CT--G-C-ATGGA--A---AA-GTTTGG---TTT
gi|124520                     :  aGTAG-TTCG-C--G-GA--AA-TTTCCAT-AT-CCC-ACA-A-TG-T---------CT--A-CTATGGA--A---GA-GGTTAG---TTTT--GC-GT-GC-GAAA--CGACC
gi|124521                     :   GTAG-TTCG-C--A-GAGGAA-TTTGCA--AT-CCC-ACA-A-TG-C---------CT--A-C-ATGGA--AA--GA-GGTTAG---TTTT--GC-GT-GC-GAAA--CGACC
gi|124522                     :   GTAG-TT-G-C--G-GA--AA-TTCCCA--AT-CCC-ACA-A-TG-C---------CC--A-C-ATG----A---GA-GATTAG---TTTT--GC-GT-GC-GGAA--CGACC
gi|124523                     :   GTAG-GTCG-C--GAGA--AG-T---CA--AT-CCC-ACA-AATG-C---------CT--A-T-ATGGA--A---GA-GGTTAG---TTTT--AC-GT-GCGGGAA--CGA
gi|124524                     :   GTAG-TTCC-T--G-GG--AA-ACCCCT--AT-CCC-ATA-A-TG-C---------CT--A-A-CTGGA--A---GA-GTTTGG----TTT--GC-GT-GT--AAA--CGA
gi|124525                     :    TAG-TTCG-CCGG-GA--AA-TTTCTATAAT-CCC-ACA-A-TG-C---------CT--A-C-ATGAC--A---GA-AGGTAGT--TTTT--GC-GT-GC-CGGA--GAACC
gi|124526                     :    TAGCTTCGAC--G-GA--AA-TTTCCA--AT-CCCGACA-A-TG-C---------CT--ATT-ATGGAAGA---GA-GATTAGTATTTTC--GC-GTAGC-GG-A--CGACC
gi|124527                     :    TAA-TTCG-T--G-GA--AA-TTTCCA--AT-CCC-ACA-A-TG-C---------CT--A-
gi|124528                     :     AG-GTCG-C--C-GA--AA-TGC-----AT-CCC-ACA-AGTG-C---------CT--A-C-A-GGA--A---GA-GGTGAG---TTGT--GC-GT-GC-GGAA--
gi|124529                     :       -TTCG-C--G-GA--AA-TTTCTA--ATGCCCGACAGA-TG-C---------CT--A-C-ATGGA--A---GA--GTTAGT--TTTT--GC-GT-GC-GGAA--CGACC
gi|124530                     :       -TTCG-C--G-GA--AA-TTT-CA--AT--CC-ACA-A-TG------------T--A-T-ATGGA--A---GATGGTTAGT--TTTT--GC-GT-GC-GAGA--AGAC
gi|124531                     :                           TTCG--AC-CCC-ATA-A-TG-C---------CT--A-C-AT-----A---GA-GATTAG---TTTT--GC-GT-GC-AGAA--CGACC
gi|124532                     :                                   -CCC-ACA-A-TG-CTCTACGTCTCTGCA-C-ACAGA--CCCCGA-GGTTAG---TTTT--GC-GT-GC-GGAA--CGACC