lowQualScore : 1 11 111111 1 111 11
lowQualScore : 3333 2 7 55 5 2 5 2 2 2 00 4 4 99 4444 5 2 22 2 2 7777 2 2 4444 888888 22 222222 2 2 99999999999 1 1 1 1 44 333 22 1 1 333 4 000 2 55 1 55
lowQualScore : .... . . .. . . . . . . .. . . .. .... . . .. . . .... . . .... ...... .. ...... . . ........... . . . . .. ... .. . . ... . ... . .. . ..
lowQualScore : 6666 5 1 22 0 5 0 6 2 2 11 2 2 11 5555 0 1 33 0 0 0000 0 0 2222 555555 88 000000 0 0 00000000000 9 9 9 6 55 333 66 9 9 333 5 555 0 55 1 66
consensus : AGGTTAC-G--A-ACACCTCAAAGATGC-T-GCT-CGCCAAGGTCGCCCT-GC-AACA-GTT-ACAACC-AA-TAAT----AACATC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CCGTGA--GGC---AA--TTG-G-C---TCGG--ATG-A--CAAACTTGTCGTTAGCACG-TGTTCATG
Reference ( gi|104539 ) : AGGTTAC-G--A-ACACCTCAGAGATGC-T-GCT-CGCCAAGGTGGCCCT-GC-AACG-GTT-ACAACC-AG-TAAT----AGCATC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CCGTGA--GGC---AA--TTG-G-C---TAGG--GTG-A--CAAACTTGTCGTTAGCACC-TGTTCATG
gi|104540 : AAGTTAC-G--A-ACACCTCAAAGATGC-T-GAT-TGCCAAGGTCGCCCT-GC-AACA-GTT-ACAACC-AA-TAAT----AACATC-GT-AAAA-TCCAC-CA-AA----TCTC-A-TA----G------AA--A------GA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CCGTGA--TGC---AA--TTG-G-C---TCGG--GTG-A--CAAACTTGTCGTTAGCACG-TGTTCATG
gi|104541 : AGGTTAC-G--A-ACACTTCAAAGATGA-T-GCT-CGCCAAGGTCGCCAT-GC-AACA-GTT-ACAACC-AA-CAAT----AACATC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--G------GA-C-GC-----------AAAAT-A-AA-CCATGA--GGC---AA--TCG-G-T---TAGG--ATG-A--CAAATTTGTCGTTAGCACG-TGTTCATG
gi|104544 : AGGTTAC-A--A-ACACCTCAAAGATGA-T-GCT-CGCCAGGGTCACCCT-GC-AACT-GTT-ACAACT-AA-TAGT----AACATC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------CA--A------GA-T-GC-----------AAGAT-G-TA-CCGTTA--GGC---AA--TTG-G-C---CCAG--ATG-A--CAAACTTGTCGCTAGCACA-TGTTCATG
gi|104542 : AGGTTAC-G--A-AAACCCCAATGATGC-T-GCA-CCCCAATGTCGCCCT-GG-AACA-GTT-ACAACC-AA-TAAT----AGCATC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-TC-----------AAGAT-A-TA-CAGTGA--GGT---AA--TTG-G-C---TCGG--ATG-A--CAAACTTGTCGTTAGCACA-TGCCCATG
gi|104545 : AGGTTAC-G--A-TCACCTCAAGGATGC-T-GCT-CTCCAAGGTCCCCTT-GC-AA-----------------TAAT----AACATC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-GC-----------AAGAT-C-TA-CCGCGA--GAC---AA--TTG-G-T---TCGG--ATG-A--CAAACTTGTCGTTAGCACG-TGTTTATG
gi|104546 : AGGTTAC-G--A-ACACATCGAAAATGC-T-AAC-TGCCAAGGTCGCTAT-GC-AACA-GTT-ACAACC-AA-TAA-------CATC-G--AAAAACCCTCACA-AA----TTTT-A-CA----T------AA--C------AA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CTATGA--GGC---AA--TTG-G-T---TCGG--ATG-A--CAAACTTGTCGTTGGCACA-TGTTCATG
gi|104547 : AGGTTAC-G--A-ACACCTCAAAGATCC-T-GGT-CGTCAAAATCGCCTT-GT-AACA-GTA-GCAACC-AA-TAAT----AACATC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-GG-----------AAAAT-A-TA-C----A--TGT---AA--TTG-G-C---T-TG--ATG-A--CAAA--TGTTGTTTCCATG-TGTTCATG
gi|104548 : AGGTTA-----A-A-ACCTCATAGGTGC-T-GCT-CGCCAAGGTCACCCT-GC-AACA-GTT-ACAACC-AA-TAAT----AACAGT-GTAAAAAATCCAC-CA-AA----ACTG-A-CAGTCTG------AG--ACT----GA-T-GC-----------AAGAT-A-TA-CCATGA--GGC---AA--TTG-G-C---T------------CATGCCTGTCGTTAGCACT-TGTTCNT
gi|104549 : AGGTTAC-G--A-GCACCTCAAAGATGC-T-GGT-CGCC----------T-GC-AGCA-GTT-ACAGCC-AA-TGAT----AGCATC-GT-AAAAATCCAC-CA-AG----TCTT-A-CA----G------GA--A------GA-C-AC-----------AAGAT-A-TA-CATTGA--GGC---AA--TTG-G-C---TTGG--AAG-A--AAAAAATTTCATT-GCTCG-TGTTCGNG
gi|104543 : AGGTTAC-G--A-AAACCCCAATGATGC-T--CA-CCCCAATGTCGCCCTTGG-AACA-GTT-ACAACCGAA-TAAT----AGCATC-GG-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G-------A--A------GA-C-TC-----------AGTAT---TA-CAGTGA--G-----AG--TT--G-C---TCGG--AT--ACTCAAAATT-TCGTTAGCACA-TG-CCATG
gi|104550 : AGCTTAC----A-ACAC-TCAAAGATG--T-GCT-CGCC---------TT-GC-AACA-GTT-ACAAGC-AA--AAT----A---TC-AT-AAAAA-CCAC-CA-A-----TCTT-A-CA----A------AA--A------GA-C--------------AAGAT-A-TA-CGG-GA--GGC---AA--TTA-G-C---TCGG--ATG-A--CAGACT
gi|104551 : AGGTTAC-G--A-ACAACTCGCAGATGT-T-GCT-AGCCAAGGTCGTCCT-TC-AACA-GTT-ACAACC-AA-TAAT----A-CATC-GC-CAAAA
gi|104552 : GGTTACAG--ATACACTTCAAAGATGTATAGCTGCGCCAAGGTCGCCAT-GC-AACGAGTTGACAACCTAA-CAAT----TACATCTGG-AAAAATCCAC-CA-AGCAACTCTTTA-CA----G------AG--AAGG---GA-C-GC-----------AAAATGA-AA-CCATGATGAGC---AA--ATC-G-CGTCTAGGTGATG-A--CAAATTTGTCCGTAGCACG-TGTTCATG
gi|104553 : GGTTAC-AGAA-ACACTTCAAAGATGTATAGCT-CGCCAAGGTCAGCAT-GCGAACA-GTTTACAACC-AAACAATCTACAG--TC-G--GAAAATCCAC-CA-GAAC--TTTT-A-CA----GTG----AA--G------GAAC-GC-----------AAAAT-A-AAACCATGAT-GGC---AAGATCGCGTC---TAGG---TG-ATACAAATTTGTCGTTA-CATCGTGTTCATG
gi|104554 : TTAC-A--A-ACACCTCAAAGATGC-T-GCT-C---AAACTCGCCAT-GC-AACA-GTT-ACAACC-AA-TAAT----AACATC-GT-TAAAATCCAT-CA-AA----TCTT-A-CA----A------AA--A------GA-C-AC-----------AGGAT-A-TA-CCGTGA--GGC---AA--TTG-G-C---TTGG--ATG-A--CGAACTTGTAGATAACATA-TGTTCATG
gi|104555 : TAC-G--A-ACACCTCAAAGATGT-T-GGT-CGCCAAGGTCGTCTT-GC-AACA-GTT-ACAATC-AA-T
gi|104556 : AAAGTTGCCCT-GC-AACA-GTT-ACAACC-AA--ACT----AACATC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AG--A------GA-C-GC-----------AAGAT-A-CA-CCTTGA--GGC---AA--TTG-G-C---TCGG--ATG-A--C-AACTTGTCGTTAGCACG-TGTTCATG
gi|104557 : -GC-GAC---TT-ACGACG-AC-CAAT----TGCAAT-AC-AAATACCCAC-CATAA----CTTT-AACA----G------AA--A------GC-CCGC-----------AACAT-AATA-CCATGA--GACGGAAA--TGG-A-T---TAGG--ATGCA--CAAA-TTGTCGTTAGAATCGTGTTCAT
gi|104558 : cgcacg-GTT-ACAGCC-AA-TGAT----AGCATC-GT-AAAAATCCCC-CA-AG----TCGT-A-CA----G------AA--A------GA-C-AC-----------AAGAT-A-TA-CATTGA--AGC---AA--TTA-G-C---TTGG--AAG-A--AAAAAATTTCA-TAGCTCG-TGTTCATG
gi|104559 : AT----AACATC-GT-------TCAT-CA-AA----TATT-A-CA----A------AA--ACCAAAAAA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CCGCAA--AAC---AA--TTG-A-C---T
gi|104560 : -AAAAATCTA-----AA----TCTT-G-GA----A------AATTA------AA-C-GCTAGGTGGATNCAACAT-A-TA-CCATGA--GAC---GA--T-G-G-A---TTGG--ATG-A--CAAACTTGTCGTTAGAACG-TGTTCATG
gi|104561 : TCCAC-CA-AA----ACTG-A-CA----GTCTGTGAC--T------GA-T-GC-----------AAGAT-A-TA-CCACGA--GGC---TA--TTG-G-C---T------------CATGCCTGTCGTTAGCACT-TGTTCATG
gi|104562 : -----------AACAT-A-TA-CCATGA--GAC---CA--T-G-G-C---TTGG--ATG-A--CAAACTTGTCGTTAGCACG-TGT
Alignments
lowQualScore : 111111
lowQualScore : 2 33 2 4 4 2 2 2 2 2 4 4 2 2 2 2 1 1 1 6666 1 1 4444 888888 22 111111 1 1 88888888888 1 1 1 1 44 333 22 1 1 33333 1 55 0 4
lowQualScore : . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . .... . . .... ...... .. ...... . . ........... . . . . .. ... .. . . ..... . .. . .
lowQualScore : 4 22 4 7 7 4 6 1 1 1 0 0 0 0 0 0 9 9 9 7777 9 9 0000 111111 66 444444 9 9 66666666666 8 8 8 1 33 222 55 8 8 99999 9 22 6 0
consensus : AGGTTAC-G--A-ACACCTCAAAGATGC-T-GCT-CGCCAAGGTCGCCCT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAATA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CCGTGA--GGC---AA--TTG-GC-TC---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CGTGTTCATG
Reference ( family-752 ) : AGGTTAC-G--A-ACACCTCAAAGATGC-T-GCT-CGCCAAGGTCGCCCT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAATA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CCGTGA--GGC---AA--TTG-GC-TC---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CGTGTTCATG
gi|104539 : AGGTTAC-G--A-ACACCTCAGAGATGC-T-GCT-CGCCAAGGTGGCCCT-GC-AAC-GGTT-ACAACC-AG-TAATA-GCA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CCGTGA--GGC---AA--TTG-GC-TA---G-GGTG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CCTGTTCATG
gi|104540 : AAGTTAC-G--A-ACACCTCAAAGATGC-T-GAT-TGCCAAGGTCGCCCT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAATA-ACA-TC-GT-AAAA-TCCAC-CA-AA----TCTC-A-TA----G------AA--A------GA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CCGTGA--TGC---AA--TTG-GC-TC---G-GGTG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CGTGTTCATG
gi|104541 : AGGTTAC-G--A-ACACTTCAAAGATGA-T-GCT-CGCCAAGGTCGCCAT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-CAATA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--G------GA-C-GC-----------AAAAT-A-AA-CCATGA--GGC---AA--TCG-GT-TA---G-GATG-A--CAAATTTGTCGTTAGCA-CGTGTTCATG
gi|104542 : AGGTTAC-G--A-AAACCCCAATGATGC-T-GCA-CCCCAATGTCGCCCT-GG-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAATA-GCA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-TC-----------AAGAT-A-TA-CAGTGA--GGT---AA--TTG-GC-TC---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CATGCCCATG
gi|104543 : AGGTTAC-G--A-AAACCCCAATGATGC-T--CA-CCCCAATGTCGCCCTTGG-AAC-AGTT-ACAACCGAA-TAATA-GCA-TC-GG-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G-------A--A------GA-C-TC-----------AGTAT---TA-CAGTGA--G-----AG--TT--GC-TC---G-GAT--ACTCAAAATT-TCGTTAGCA-CATG-CCATG
gi|104544 : AGGTTAC-A--A-ACACCTCAAAGATGA-T-GCT-CGCCAGGGTCACCCT-GC-AAC-TGTT-ACAACT-AA-TAGTA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------CA--A------GA-T-GC-----------AAGAT-G-TA-CCGTTA--GGC---AA--TTG-GC-CC---A-GATG-A--CAAACTTGTCGCTAGCA-CATGTTCATG
gi|104545 : AGGTTAC-G--A-TCACCTCAAGGATGC-T-GCT-CTCCAAGGTCCCCTT-GC-AA-----------------TAATA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-GC-----------AAGAT-C-TA-CCGCGA--GAC---AA--TTG-GT-TC---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CGTGTTTATG
gi|104546 : AGGTTAC-G--A-ACACATCGAAAATGC-T-AAC-TGCCAAGGTCGCTAT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAA----CA-TC-G--AAAAACCCTCACA-AA----TTTT-A-CA----T------AA--C------AA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CTATGA--GGC---AA--TTG-GT-TC---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTGGCA-CATGTTCATG
gi|104547 : AGGTTAC-G--A-ACACCTCAAAGATCC-T-GGT-CGTCAAAATCGCCTT-GT-AAC-AGTA-GCAACC-AA-TAATA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-GG-----------AAAAT-A-TA-C----A--TGT---AA--TTG-GC-TT-----GATG-A--CAAA--TGTTGTTTCCA-TGTGTTCATG
gi|104548 : AGGTTA-----A-A-ACCTCATAGGTGC-T-GCT-CGCCAAGGTCACCCT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAATA-ACA-GT-GTAAAAAATCCAC-CA-AA----ACTG-A-CAGTCTG------AG--ACT----GA-T-GC-----------AAGAT-A-TA-CCATGA--GGC---AA--TTG-GC-TC------ATG--------CCTGTCGTTAGCA-CTTGTTCNT
gi|104549 : AGGTTAC-G--A-GCACCTCAAAGATGC-T-G----------GTCGCC-T-GC-AGC-AGTT-ACAGCC-AA-TGATA-GCA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AG----TCTT-A-CA----G------GA--A------GA-C-AC-----------AAGAT-A-TA-CATTGA--GGC---AA--TTG-GC-TT---G-GAAG-A--AAAAAATTTCATT-GCT-CGTGTTCGNG
gi|104550 : AGCTTAC----A-ACAC-TCAAAGATG--T-GCT-CGCC---------TT-GC-AAC-AGTT-ACAAGC-AA-----A-ATA-TC-AT-AAAAA-CCAC-CA-A-----TCTT-A-CA----A------AA--A------GA-C--------------AAGAT-A-TA-CGG-GA--GGC---AA--TTA-GC-TC---G-GATG-A--CAGACT
gi|104551 : AGGTTAC-G--A-ACAACTCGCAGATGT-T-GCT-AGCCAAGGTCGTCCT-TC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAAT--ACA-TC-GC-CAAAA
gi|104552 : GGTTACAG--ATACACTTCAAAGATGTATAGCTGCGCCAAGGTCGCCAT-GC-AACGAGTTGACAACCTAA-CAATT-ACA-TCTGG-AAAAATCCAC-CA-AGCAACTCTTTA-CA----G------AG--AAGG---GA-C-GC-----------AAAATGA-AA-CCATGATGAGC---AA--ATC-GCGTCTAGGTGATG-A--CAAATTTGTCCGTAGCA-CGTGTTCATG
gi|104553 : GGTTAC-AGAA-ACACTTCAAAGATGTATAGCT-CGCCAAGGTCAGCAT-GCGAAC-AGTTTACAACC-AAACAATCTACAGTC-G--GAAAATCCAC-CA-GAAC--TTTT-A-CA----GTG----AA--G------GAAC-GC-----------AAAAT-A-AAACCATGAT-GGC---AAGATCGCGT-CT---A-GGTG-ATACAAATTTGTCGTTA-CATCGTGTTCATG
gi|104554 : TTAC-A--A-ACACCTCAAAGATGC-T-GCT-C---AAACTCGCCAT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAATA-ACA-TC-GT-TAAAATCCAT-CA-AA----TCTT-A-CA----A------AA--A------GA-C-AC-----------AGGAT-A-TA-CCGTGA--GGC---AA--TTG-GC-TT---G-GATG-A--CGAACTTGTAGATAACA-TATGTTCATG
gi|104555 : TAC-G--A-ACACCTCAAAGATGT-T-GGT-CGCCAAGGTCGTCTT-GC-AAC-AGTT-ACAATC-AA-T
gi|104556 : AAAGTTGCCCT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA--ACTA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AG--A------GA-C-GC-----------AAGAT-A-CA-CCTTGA--GGC---AA--TTG-GC-TC---G-GATG-A--C-AACTTGTCGTTAGCA-CGTGTTCATG
gi|104557 : CGCACG-GC-GAC---TT-ACGACG-AC-CAATT-GCA-AT-AC-AAATACCCAC-CATAA----CTTT-AACA----G------AA--A------GC-CCGC-----------AACAT-AATA-CCATGA--GACGGAAA--TGG-AT-TA---G-GATGCA--CAAA-TTGTCGTTAGAATCGTGTTCAT
gi|104558 : GTT-ACAGCC-AA-TGATA-GCA-TC-GT-AAAAATCCCC-CA-AG----TCGT-A-CA----G------AA--A------GA-C-AC-----------AAGAT-A-TA-CATTGA--AGC---AA--TTA-GC-TT---G-GAAG-A--AAAAAATTTCA-TAGCT-CGTGTTCATG
gi|104559 : ATA-ACA-TC-GT-------TCAT-CA-AA----TATT-A-CA----A------AA--ACCAAAAAA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CCGCAA--AAC---AA--TTG-AC-T
gi|104560 : -AAAAATCTA-----AA----TCTT-G-GA----A------AATTA------AA-C-GCTAGGTGGATNCAACAT-A-TA-CCATGA--GAC---GA--T-G-GA-TT---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTAGAA-CGTGTTCATG
gi|104561 : TCCAC-CA-AA----ACTG-A-CA----GTCTGTGAC--T------GA-T-GC-----------AAGAT-A-TA-CCACGA--GGC---TA--TTG-GC-TC------ATG--------CCTGTCGTTAGCA-CTTGTTCATG
gi|104562 : -----------AACAT-A-TA-CCATGA--GAC---CA--T-G-GC-TT---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CGTGT
Alignments
lowQualScore : 111111
lowQualScore : 2 33 2 4 4 2 2 2 2 2 4 4 2 2 2 2 1 1 1 6666 1 1 4444 888888 22 111111 1 1 88888888888 1 1 1 1 44 333 22 1 1 33333 1 55 0 4
lowQualScore : . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . .... . . .... ...... .. ...... . . ........... . . . . .. ... .. . . ..... . .. . .
lowQualScore : 4 22 4 7 7 4 6 1 1 1 0 0 0 0 0 0 9 9 9 7777 9 9 0000 111111 66 444444 9 9 66666666666 8 8 8 1 33 222 55 8 8 99999 9 22 6 0
consensus : AGGTTAC-G--A-ACACCTCAAAGATGC-T-GCT-CGCCAAGGTCGCCCT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAATA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CCGTGA--GGC---AA--TTG-GC-TC---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CGTGTTCATG
Reference ( family-752 ) : AGGTTAC-G--A-ACACCTCAAAGATGC-T-GCT-CGCCAAGGTCGCCCT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAATA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CCGTGA--GGC---AA--TTG-GC-TC---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CGTGTTCATG
gi|104539 : AGGTTAC-G--A-ACACCTCAGAGATGC-T-GCT-CGCCAAGGTGGCCCT-GC-AAC-GGTT-ACAACC-AG-TAATA-GCA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CCGTGA--GGC---AA--TTG-GC-TA---G-GGTG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CCTGTTCATG
gi|104540 : AAGTTAC-G--A-ACACCTCAAAGATGC-T-GAT-TGCCAAGGTCGCCCT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAATA-ACA-TC-GT-AAAA-TCCAC-CA-AA----TCTC-A-TA----G------AA--A------GA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CCGTGA--TGC---AA--TTG-GC-TC---G-GGTG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CGTGTTCATG
gi|104541 : AGGTTAC-G--A-ACACTTCAAAGATGA-T-GCT-CGCCAAGGTCGCCAT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-CAATA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--G------GA-C-GC-----------AAAAT-A-AA-CCATGA--GGC---AA--TCG-GT-TA---G-GATG-A--CAAATTTGTCGTTAGCA-CGTGTTCATG
gi|104542 : AGGTTAC-G--A-AAACCCCAATGATGC-T-GCA-CCCCAATGTCGCCCT-GG-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAATA-GCA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-TC-----------AAGAT-A-TA-CAGTGA--GGT---AA--TTG-GC-TC---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CATGCCCATG
gi|104543 : AGGTTAC-G--A-AAACCCCAATGATGC-T--CA-CCCCAATGTCGCCCTTGG-AAC-AGTT-ACAACCGAA-TAATA-GCA-TC-GG-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G-------A--A------GA-C-TC-----------AGTAT---TA-CAGTGA--G-----AG--TT--GC-TC---G-GAT--ACTCAAAATT-TCGTTAGCA-CATG-CCATG
gi|104544 : AGGTTAC-A--A-ACACCTCAAAGATGA-T-GCT-CGCCAGGGTCACCCT-GC-AAC-TGTT-ACAACT-AA-TAGTA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------CA--A------GA-T-GC-----------AAGAT-G-TA-CCGTTA--GGC---AA--TTG-GC-CC---A-GATG-A--CAAACTTGTCGCTAGCA-CATGTTCATG
gi|104545 : AGGTTAC-G--A-TCACCTCAAGGATGC-T-GCT-CTCCAAGGTCCCCTT-GC-AA-----------------TAATA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-GC-----------AAGAT-C-TA-CCGCGA--GAC---AA--TTG-GT-TC---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CGTGTTTATG
gi|104546 : AGGTTAC-G--A-ACACATCGAAAATGC-T-AAC-TGCCAAGGTCGCTAT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAA----CA-TC-G--AAAAACCCTCACA-AA----TTTT-A-CA----T------AA--C------AA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CTATGA--GGC---AA--TTG-GT-TC---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTGGCA-CATGTTCATG
gi|104547 : AGGTTAC-G--A-ACACCTCAAAGATCC-T-GGT-CGTCAAAATCGCCTT-GT-AAC-AGTA-GCAACC-AA-TAATA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-GG-----------AAAAT-A-TA-C----A--TGT---AA--TTG-GC-TT-----GATG-A--CAAA--TGTTGTTTCCA-TGTGTTCATG
gi|104548 : AGGTTA-----A-A-ACCTCATAGGTGC-T-GCT-CGCCAAGGTCACCCT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAATA-ACA-GT-GTAAAAAATCCAC-CA-AA----ACTG-A-CAGTCTG------AG--ACT----GA-T-GC-----------AAGAT-A-TA-CCATGA--GGC---AA--TTG-GC-TC------ATG--------CCTGTCGTTAGCA-CTTGTTCNT
gi|104549 : AGGTTAC-G--A-GCACCTCAAAGATGC-T-G----------GTCGCC-T-GC-AGC-AGTT-ACAGCC-AA-TGATA-GCA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AG----TCTT-A-CA----G------GA--A------GA-C-AC-----------AAGAT-A-TA-CATTGA--GGC---AA--TTG-GC-TT---G-GAAG-A--AAAAAATTTCATT-GCT-CGTGTTCGNG
gi|104550 : AGCTTAC----A-ACAC-TCAAAGATG--T-GCT-CGCC---------TT-GC-AAC-AGTT-ACAAGC-AA-----A-ATA-TC-AT-AAAAA-CCAC-CA-A-----TCTT-A-CA----A------AA--A------GA-C--------------AAGAT-A-TA-CGG-GA--GGC---AA--TTA-GC-TC---G-GATG-A--CAGACT
gi|104551 : AGGTTAC-G--A-ACAACTCGCAGATGT-T-GCT-AGCCAAGGTCGTCCT-TC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAAT--ACA-TC-GC-CAAAA
gi|104552 : GGTTACAG--ATACACTTCAAAGATGTATAGCTGCGCCAAGGTCGCCAT-GC-AACGAGTTGACAACCTAA-CAATT-ACA-TCTGG-AAAAATCCAC-CA-AGCAACTCTTTA-CA----G------AG--AAGG---GA-C-GC-----------AAAATGA-AA-CCATGATGAGC---AA--ATC-GCGTCTAGGTGATG-A--CAAATTTGTCCGTAGCA-CGTGTTCATG
gi|104553 : GGTTAC-AGAA-ACACTTCAAAGATGTATAGCT-CGCCAAGGTCAGCAT-GCGAAC-AGTTTACAACC-AAACAATCTACAGTC-G--GAAAATCCAC-CA-GAAC--TTTT-A-CA----GTG----AA--G------GAAC-GC-----------AAAAT-A-AAACCATGAT-GGC---AAGATCGCGT-CT---A-GGTG-ATACAAATTTGTCGTTA-CATCGTGTTCATG
gi|104554 : TTAC-A--A-ACACCTCAAAGATGC-T-GCT-C---AAACTCGCCAT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAATA-ACA-TC-GT-TAAAATCCAT-CA-AA----TCTT-A-CA----A------AA--A------GA-C-AC-----------AGGAT-A-TA-CCGTGA--GGC---AA--TTG-GC-TT---G-GATG-A--CGAACTTGTAGATAACA-TATGTTCATG
gi|104555 : TAC-G--A-ACACCTCAAAGATGT-T-GGT-CGCCAAGGTCGTCTT-GC-AAC-AGTT-ACAATC-AA-T
gi|104556 : AAAGTTGCCCT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA--ACTA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AG--A------GA-C-GC-----------AAGAT-A-CA-CCTTGA--GGC---AA--TTG-GC-TC---G-GATG-A--C-AACTTGTCGTTAGCA-CGTGTTCATG
gi|104557 : CGCACG-GC-GAC---TT-ACGACG-AC-CAATT-GCA-AT-AC-AAATACCCAC-CATAA----CTTT-AACA----G------AA--A------GC-CCGC-----------AACAT-AATA-CCATGA--GACGGAAA--TGG-AT-TA---G-GATGCA--CAAA-TTGTCGTTAGAATCGTGTTCAT
gi|104558 : GTT-ACAGCC-AA-TGATA-GCA-TC-GT-AAAAATCCCC-CA-AG----TCGT-A-CA----G------AA--A------GA-C-AC-----------AAGAT-A-TA-CATTGA--AGC---AA--TTA-GC-TT---G-GAAG-A--AAAAAATTTCA-TAGCT-CGTGTTCATG
gi|104559 : ATA-ACA-TC-GT-------TCAT-CA-AA----TATT-A-CA----A------AA--ACCAAAAAA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CCGCAA--AAC---AA--TTG-AC-T
gi|104560 : -AAAAATCTA-----AA----TCTT-G-GA----A------AATTA------AA-C-GCTAGGTGGATNCAACAT-A-TA-CCATGA--GAC---GA--T-G-GA-TT---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTAGAA-CGTGTTCATG
gi|104561 : TCCAC-CA-AA----ACTG-A-CA----GTCTGTGAC--T------GA-T-GC-----------AAGAT-A-TA-CCACGA--GGC---TA--TTG-GC-TC------ATG--------CCTGTCGTTAGCA-CTTGTTCATG
gi|104562 : -----------AACAT-A-TA-CCATGA--GAC---CA--T-G-GC-TT---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CGTGT
blockSeqs : A GA T A A G C T G G G G A T G T A A T CAAC T A GTCT TCTGTG TT CCAAAA A C TAGGTGGATNC G A A G TG GGA GA C G TAGGT C CT T
blockSeqs : . . . A A . A . . . T T . . . . . . . AC . . . TG . AGG . . . . . . A T . . . . G . TA T
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . . . . G . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . G . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AGGTTAC-G--A-ACACCTCAAAGATGC-T-GCT-CGCCAAGGTCGCCCT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAATA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CCGTGA--GGC---AA--TTG-GC-TC---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CGTGTTCATG
finalCons : AGGTTAC-G--A-ACACCTCAAAGATGC-T-GCT-CGCCAAGGTCGCCCT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAATA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CCGTGA--GGC---AA--TTG-GC-TC---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CGTGTTCATG
Alignments
lowQualScore : 111111
lowQualScore : 2 33 2 4 4 2 2 2 2 2 4 4 2 2 2 2 1 1 1 6666 1 1 4444 888888 22 111111 1 1 88888888888 1 1 1 1 44 333 22 1 1 33333 1 55 0 4
lowQualScore : . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . .... . . .... ...... .. ...... . . ........... . . . . .. ... .. . . ..... . .. . .
lowQualScore : 4 22 4 7 7 4 6 1 1 1 0 0 0 0 0 0 9 9 9 7777 9 9 0000 111111 66 444444 9 9 66666666666 8 8 8 1 33 222 55 8 8 99999 9 22 6 0
consensus : AGGTTAC-G--A-ACACCTCAAAGATGC-T-GCT-CGCCAAGGTCGCCCT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAATA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CCGTGA--GGC---AA--TTG-GC-TC---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CGTGTTCATG
Reference ( family-752 ) : AGGTTAC-G--A-ACACCTCAAAGATGC-T-GCT-CGCCAAGGTCGCCCT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAATA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CCGTGA--GGC---AA--TTG-GC-TC---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CGTGTTCATG
gi|104539 : AGGTTAC-G--A-ACACCTCAGAGATGC-T-GCT-CGCCAAGGTGGCCCT-GC-AAC-GGTT-ACAACC-AG-TAATA-GCA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CCGTGA--GGC---AA--TTG-GC-TA---G-GGTG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CCTGTTCATG
gi|104540 : AAGTTAC-G--A-ACACCTCAAAGATGC-T-GAT-TGCCAAGGTCGCCCT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAATA-ACA-TC-GT-AAAA-TCCAC-CA-AA----TCTC-A-TA----G------AA--A------GA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CCGTGA--TGC---AA--TTG-GC-TC---G-GGTG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CGTGTTCATG
gi|104541 : AGGTTAC-G--A-ACACTTCAAAGATGA-T-GCT-CGCCAAGGTCGCCAT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-CAATA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--G------GA-C-GC-----------AAAAT-A-AA-CCATGA--GGC---AA--TCG-GT-TA---G-GATG-A--CAAATTTGTCGTTAGCA-CGTGTTCATG
gi|104542 : AGGTTAC-G--A-AAACCCCAATGATGC-T-GCA-CCCCAATGTCGCCCT-GG-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAATA-GCA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-TC-----------AAGAT-A-TA-CAGTGA--GGT---AA--TTG-GC-TC---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CATGCCCATG
gi|104543 : AGGTTAC-G--A-AAACCCCAATGATGC-T--CA-CCCCAATGTCGCCCTTGG-AAC-AGTT-ACAACCGAA-TAATA-GCA-TC-GG-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G-------A--A------GA-C-TC-----------AGTAT---TA-CAGTGA--G-----AG--TT--GC-TC---G-GAT--ACTCAAAATT-TCGTTAGCA-CATG-CCATG
gi|104544 : AGGTTAC-A--A-ACACCTCAAAGATGA-T-GCT-CGCCAGGGTCACCCT-GC-AAC-TGTT-ACAACT-AA-TAGTA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------CA--A------GA-T-GC-----------AAGAT-G-TA-CCGTTA--GGC---AA--TTG-GC-CC---A-GATG-A--CAAACTTGTCGCTAGCA-CATGTTCATG
gi|104545 : AGGTTAC-G--A-TCACCTCAAGGATGC-T-GCT-CTCCAAGGTCCCCTT-GC-AA-----------------TAATA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-GC-----------AAGAT-C-TA-CCGCGA--GAC---AA--TTG-GT-TC---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CGTGTTTATG
gi|104546 : AGGTTAC-G--A-ACACATCGAAAATGC-T-AAC-TGCCAAGGTCGCTAT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAA----CA-TC-G--AAAAACCCTCACA-AA----TTTT-A-CA----T------AA--C------AA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CTATGA--GGC---AA--TTG-GT-TC---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTGGCA-CATGTTCATG
gi|104547 : AGGTTAC-G--A-ACACCTCAAAGATCC-T-GGT-CGTCAAAATCGCCTT-GT-AAC-AGTA-GCAACC-AA-TAATA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AA--A------GA-C-GG-----------AAAAT-A-TA-C----A--TGT---AA--TTG-GC-TT-----GATG-A--CAAA--TGTTGTTTCCA-TGTGTTCATG
gi|104548 : AGGTTA-----A-A-ACCTCATAGGTGC-T-GCT-CGCCAAGGTCACCCT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAATA-ACA-GT-GTAAAAAATCCAC-CA-AA----ACTG-A-CAGTCTG------AG--ACT----GA-T-GC-----------AAGAT-A-TA-CCATGA--GGC---AA--TTG-GC-TC------ATG--------CCTGTCGTTAGCA-CTTGTTCNT
gi|104549 : AGGTTAC-G--A-GCACCTCAAAGATGC-T-G----------GTCGCC-T-GC-AGC-AGTT-ACAGCC-AA-TGATA-GCA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AG----TCTT-A-CA----G------GA--A------GA-C-AC-----------AAGAT-A-TA-CATTGA--GGC---AA--TTG-GC-TT---G-GAAG-A--AAAAAATTTCATT-GCT-CGTGTTCGNG
gi|104550 : AGCTTAC----A-ACAC-TCAAAGATG--T-GCT-CGCC---------TT-GC-AAC-AGTT-ACAAGC-AA-----A-ATA-TC-AT-AAAAA-CCAC-CA-A-----TCTT-A-CA----A------AA--A------GA-C--------------AAGAT-A-TA-CGG-GA--GGC---AA--TTA-GC-TC---G-GATG-A--CAGACT
gi|104551 : AGGTTAC-G--A-ACAACTCGCAGATGT-T-GCT-AGCCAAGGTCGTCCT-TC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAAT--ACA-TC-GC-CAAAA
gi|104552 : GGTTACAG--ATACACTTCAAAGATGTATAGCTGCGCCAAGGTCGCCAT-GC-AACGAGTTGACAACCTAA-CAATT-ACA-TCTGG-AAAAATCCAC-CA-AGCAACTCTTTA-CA----G------AG--AAGG---GA-C-GC-----------AAAATGA-AA-CCATGATGAGC---AA--ATC-GCGTCTAGGTGATG-A--CAAATTTGTCCGTAGCA-CGTGTTCATG
gi|104553 : GGTTAC-AGAA-ACACTTCAAAGATGTATAGCT-CGCCAAGGTCAGCAT-GCGAAC-AGTTTACAACC-AAACAATCTACAGTC-G--GAAAATCCAC-CA-GAAC--TTTT-A-CA----GTG----AA--G------GAAC-GC-----------AAAAT-A-AAACCATGAT-GGC---AAGATCGCGT-CT---A-GGTG-ATACAAATTTGTCGTTA-CATCGTGTTCATG
gi|104554 : TTAC-A--A-ACACCTCAAAGATGC-T-GCT-C---AAACTCGCCAT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA-TAATA-ACA-TC-GT-TAAAATCCAT-CA-AA----TCTT-A-CA----A------AA--A------GA-C-AC-----------AGGAT-A-TA-CCGTGA--GGC---AA--TTG-GC-TT---G-GATG-A--CGAACTTGTAGATAACA-TATGTTCATG
gi|104555 : TAC-G--A-ACACCTCAAAGATGT-T-GGT-CGCCAAGGTCGTCTT-GC-AAC-AGTT-ACAATC-AA-T
gi|104556 : AAAGTTGCCCT-GC-AAC-AGTT-ACAACC-AA--ACTA-ACA-TC-GT-AAAAATCCAC-CA-AA----TCTT-A-CA----G------AG--A------GA-C-GC-----------AAGAT-A-CA-CCTTGA--GGC---AA--TTG-GC-TC---G-GATG-A--C-AACTTGTCGTTAGCA-CGTGTTCATG
gi|104557 : CGCACG-GC-GAC---TT-ACGACG-AC-CAATT-GCA-AT-AC-AAATACCCAC-CATAA----CTTT-AACA----G------AA--A------GC-CCGC-----------AACAT-AATA-CCATGA--GACGGAAA--TGG-AT-TA---G-GATGCA--CAAA-TTGTCGTTAGAATCGTGTTCAT
gi|104558 : GTT-ACAGCC-AA-TGATA-GCA-TC-GT-AAAAATCCCC-CA-AG----TCGT-A-CA----G------AA--A------GA-C-AC-----------AAGAT-A-TA-CATTGA--AGC---AA--TTA-GC-TT---G-GAAG-A--AAAAAATTTCA-TAGCT-CGTGTTCATG
gi|104559 : ATA-ACA-TC-GT-------TCAT-CA-AA----TATT-A-CA----A------AA--ACCAAAAAA-C-GC-----------AAGAT-A-TA-CCGCAA--AAC---AA--TTG-AC-T
gi|104560 : -AAAAATCTA-----AA----TCTT-G-GA----A------AATTA------AA-C-GCTAGGTGGATNCAACAT-A-TA-CCATGA--GAC---GA--T-G-GA-TT---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTAGAA-CGTGTTCATG
gi|104561 : TCCAC-CA-AA----ACTG-A-CA----GTCTGTGAC--T------GA-T-GC-----------AAGAT-A-TA-CCACGA--GGC---TA--TTG-GC-TC------ATG--------CCTGTCGTTAGCA-CTTGTTCATG
gi|104562 : -----------AACAT-A-TA-CCATGA--GAC---CA--T-G-GC-TT---G-GATG-A--CAAACTTGTCGTTAGCA-CGTGT