lowQualScore : 111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777777777777777777777777777777777777777777777777 3 11111111111 11111111111111111 22222222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 1 1 4 11 1 33 1 555 2 666666 444 44 111111 22222 44 2 22 2 2 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 333333 1 666666666666666666666666666666666666666666666666 11 1 3 1 1 22 1 33 2 222 22222222222 44 00000000000000000 1 77777777777777 1 2 1 2 1 2 2 2 2 222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 1 5
lowQualScore : . . . .. . .. . ... . ...... ... .. ...... ..... .. . .. . . . .............................................................. . ...... . ................................................ .. . . . . .. . .. . ... ........... .. ................. . .............. . . . . . . . . . ... .............................................................. . . .
lowQualScore : 4 4 1 99 4 88 4 222 8 444444 000 77 777777 99999 33 1 22 1 1 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 111111 2 555555555555555555555555555555555555555555555555 66 1 1 1 1 77 1 11 3 555 99999999999 44 55555555555555555 2 66666666666666 1 3 1 3 1 3 3 4 4 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 7 2
consensus : AAGT-GTGC-G-GTCAT--CC-CT--G-CTTG---T-T---G--CT--GC-GCAAG-AT--CA---G-GTGTGT-G-GA-CA-TCC-CTG-C-C-T--G----------T------C---TTG---T---C---GT-----AG-A-GC---G--GT-GT------GCGGACATCCCT-GCC-GTGTCTC-TG-G----TAGA-A--CCTG-TG-AATA-GT--TA--GGTGTGC-GGNC-A-T--CC-CT--G-CT--T--G-T-C--G-CT--G--------C--G-----C-AG--G---G--C-A--AG-TG-TGC-G-G-A-CAT-CCCT-G-C---TT---------G-CACCT-----T--GT-GG--NAAG-T-GC--GCTGT--------------GGTGCG-G-ACNTCCCTGCCAGTG
Reference ( gi|36806 ) : AAGT-GTGC-G-GTCAT--CC-CT--G-CTTG---T-T---G--CT--GC-GCAAG-AT--CA---G-GTGTGC-G-GA-CA-TCC-CTG-C-C-T--G----------T------C---TTG---T---C---GT-----AG-A-GCTC-G--GT-GT------GCGGACATCCC--GCCAGTGTCTC-TG-A----TAGA-A--CCGG-TGAAATA-GT--TA--GGTGTGC-GG-C-A-T--CC-CT--G-CC--T--A-T-C--A-CT--G--------C--G-----C-AG--G---G--C-A--AG-TG-TGC-G-G-A-CAT-CCCT-G-C---TT---------G-CACCT-----T--GT-GG--AAAG-T-GC--GCTGT--------------GGTGTG-G-ACTTCCCTGCCAGTG
gi|36805 : AAGT-GTGC-G-GTCAT--CC-CT--G-CTTG---T-T---G--CT--GC-GCAAG-AT--CA---G-GTGTGC-G-GA-CA-T-C-CTG-C-C-T--G----------T------C---TTG---T---CG--GT-----AG-A-GCTCTG--GT-GT------GCGGACATCCCT-GCCAGTGTCTC-TG-A----TAGA-A--CCGG-TGAAATA-GTG-TA--GGTGT-C--G-C-A-T--CC-CT--G-CC--T--A-T-C--A-CT--G--------C--G-----C-AG--G---G--C-A--AG-TG-TGC-G-G-A-CAT-CCCT-G-C---TT---------G-CACCT-----T--GT-GG---AAG-T-GC--GCTG---------------GTTGTG-G-ACTTCCCTGCCAGTG
gi|36808 : AAGT-GTGT-G-GTCAT--CC-CT--G-CTTG---T-T---G--CT--GC-GCAA--AT--CA---G-GTGTGTGG-GA-CA-ATC-CTG-C-C-T--G----------T------C---TTG---T---G---GT-----AG-A-GCGCTG--GT-GT------GCGGACATCCCT-GCCAGTG-CTC-TG-A----TAGA-A--ACCG-TG-AATA-GTGATA--GGTGTGC-GGAC-A-TC-CC-CT--G-CC--T--G-T-C--A-CT--G--------C--G-----C-AAGCG---G--C-A--AG-TG-TGC-G-G-A-CAT--CCT-G-C---TT---------G-CACCT-----T--GT-GG---AAG-T-GC--GCTGG--------------TGTGTG-G-ACTTCCCTGCCAGTG
gi|36807 : AAGT-GTGT-G-GTCAT--CC-CT--G-CTTG---T-T---G--CT--GC-GCAAG-AT--CA---G-GTGTGT-G-GA-CATTCC-CTG-C-C-T--G----------T------C---TTG---T---G---GT-----AG-A-GCGCTG--GT-GT------GCGGACATCCCT-GCCAGTGTCTC-TGAA----TAGA-A--CCGG-TG-AATA-GTGATA--GGTGTGC-GGAC-A-T--CC-CT--G-CC--T--G-T-C--A--T--GC-------C--G-----CAAG--G---G--C-AC-AG-TG-TGC-G-GTA-CAT-CCCT-G-C---
gi|36798 : AAGT-GTGC-G-GTCAT--CC-CT--G-CTTG---T-T---G--CT--GC-GCAAG-AT--CA---G-GTGTGC-G-GA-CA-TCC-CTG-C-C-T--G----------T------C---TTG---T---C---GT-----AG-A-GCTC-G--GT-GT------GCGGACATCCC--GCCAGTGTCTC-TG-A----TAGA-A--CCGG-TGAA
gi|36798 : taagtgtgtggtcatccctgctattactgccagaggtgtggacttcctgctctggggtttggcatctttaataacAAGT-GTGT-G-GTCAT--CC-CT--G-C-TA---T-T---A--CT--GC-----------CA---G-AGGTGT-G-GA-C--TTC-CTG-CTC-TGGG----------G------T---TTG---G---C---ATCTTTAAT-A-AC-A-A--GT-GT------GCGGTCATCCCT-GCT--TGTTGC-T------------------G-CGCAAGA--T--CA--GGTGTGC-GGAC-A-T--CC-CT--G-CC--T--G-T-C----TT--GT-------C--G-----T-AG--A---G--CTC--GG-TG-TGC-G-G-A-CAT-CCC
gi|36799 : tAAGT-GTGC-G-GTCAT--CC-CT--G-CTTG---T-T---G--CT--GC-GCAAG-AT--CA---G-GTGTGC-G-GA-CA-T-C-CTG-C-C-T--G----------T------C---TTG---T---CG--GT-----AG-A-GCTCTG--GT-GT------GCGGACATCCCT-GCCAGTGTCTC-TG-A----TAGA-A--CCGG-TGAAgccagtgtctctgatagaaccggtgaa
gi|36799 : taagtgtgtggtcatccctgctatttactccagagggtgtggacttccctgctctggggtttggcatcttaataacAAGT-GTGT-G-GTCAT--CC-CT--G-CTAT---T-T---A--CT------CCAG------A---G-G-GTGT-G-GA-CT-TCC-CTG-CTC-TGGG----------G------T---TTGGCAT---C---TT-----AATA-AC-A-A--GT-GT------GCGGTCATCCCT-GCT--TGTTGC-T------------------G-CGCAAGA--T--CA--GGTGTGC-GGAC-A-T---C-CT--G-CC--T--G-T-C----TT--G--------TCGG-----T-AG--A---GCTC-T--GG-TG-TGC-G-G-A-CAT-CCCT-G-C---
gi|36809 : tAAGT-GTGC-G-GACAT--CC-CTCCG-CTTGG--T-T---G--CT--GC-GCAAT-AT--CA---A-GGGTGC-GAGA-CA-TCC-CTC-G-C-T--G----------T------CGATTTG---G---T---AT-----AG-ATGCTG-G--CT-GT------GCGGACATCCCT-GCCAGTGTCTC-TG-A----TAGATAACCCGG-TTGAATA-GGA-TA--GGTGTGC-GGAC-A-T--CC-CT--GACC--T--GTT-C--A-CT--G--------C--G-----C-AA--G---G--C-AT-AG-TG-T---G-G-ATCAT-CCCT-G-C---cagtgtctctgatagaaccggtgaa
gi|36801 : AAGT-GTGT-G-GTCAT--CC-CT--G-CTTG---T-T---G--CT--GC-GCAAG-AT--CA---G-GTGTGT-G-GA-CATTCC-CTG-C-C-T--G----------T------C---TTG---T---G---GT-----AG-A-GCGCTG--GT-GT------GCGGACATCCCT-GCCAGTGTCTC-TGAA----TAGA-A--CCGG-TGAA
gi|36801 : taagtgtgtggtcatccctgcttattactgccgagtagtgtgtgacttccctgctctgggtttggcatctttagtaacAAGT-GTGT-G-GTCAT--CC-CT--G-CTTA---T-T---A--CT--GC--CGAG--T-------A-GTGTGT---GA-CT-TCC-CTG-CTC-T--GGGTTTGGCA-T------C---TT-------------T-----AGTA-AC-A-A--GT-GT------GTGGTCATCCCT-GCT--TGTTGC-T------------------G-CGCAAGA--T--CA--GGTGTGT-GGAC-ATT--CC-CT--G-CC--T--G-T-C----TT--G--------TG-G-----T-AG--A---G--C-GCTGG-TG-TGC-G-G-A-CAT-CCCT-G-C---
gi|36800 : tAGGT-GTGC-G-G-CAT--CC-CT--G-CCTA---T-C---A--CT--GC-GCAGG-G---CA---A-GTGTGC-G-GA-CA-TCC-CTG-C-T-T--GCA--------C------C---TTG---T-------GG-----AA-A-GTGC-GCTGTGGT------GTGGACTTCCC--cagtgtctctgaatagaaccggtgaa
gi|36802 : tAAGT-GTGT-G-GTCAT--CC-CT--G-CTTG---T-T---G--CT--GC-GCAA--AT--CA---G-GTGTGTGG-GA-CA-ATC-CTG-C-C-T--G----------T------C---TTG---T---G---GT-----AG-A-GCGCTG--GT-GT------GCGGACATCCCT-GCCAGTG-CTC-TG-A----TAGA-A--ACCG-TGAAtgc
gi|36815 : taagtgtgtggtcatccgctgcttattactgccagaggtgtggacttccctgctctggggtttggcatctttagtaaacAAGT-GTGC-G-GTCAT--CC-CT--G-CTTG---T-T---G--CT--GC-GCAAG-AT--CA---G-GTGTGC-G-GA-CA-TCC-CTG-C-C-T--G----------T------C---TTG---T---C---GT-----AG-A-GCTC-G--GT-G
gi|36815 : agtagataagtgtgtggtcatccctgctattactgccagaggtgtggacttcctgctctggggtttggcatctttaataacAAGT-GTGT-G-GTCAT--CC-CT--G-C-TA---T-T---A--CT--GC-----------CA---G-AGGTGT-G-GA-C--TTC-CTG-CTC-TGGG----------G------T---TTG---G---C---ATCTTTAAT-A-AC-A-A--GT-GT------GCGGTCATCCCT-GCT--TGTTGC-T------------------G-CGCAAGA--T--CA--GGTGTGC-GGAC-A-T--CC-CT--G-CC--T--G-T-C----TT--GT-------C--G-----T-AG--A---G--C-
gi|36803 : agtagatAAGT-GTGC-G-GACAT--CC-CTCCG-CTTGG--T-T---G--CT--GC-GCAAT-AT--CA---A-GGGTGC-GAGA-CA-TCC-CTC-G-C-T--G----------T------CGATTTG---G---T---AT-----AG-ATGCTG-G--CT-GT------GCGGACATCCCT-GCCAGTGTCTC-TG-A----TAGATAACCCGGTTGAAtcggtg
gi|36803 : taagtggtgtgtcatccctgcttattacctgccagagtgtgtggacttccctgctctggggttgtcttaataaAAGT-G-GT-GTGTCAT--CC-CT--G-CTTA---T-T---A--CC---T-GCCAG-A----------GTGTGT-G-GA-CT-TCC-CTG-CTC-T--G----------G------GG--TTG---T---CTTAAT-----AA-A-A-------GT-GT------GCGGACATCCC--TCCG----CT--TG-G----TTG------CTG-CGCAATA--T--CAAGGGTGCGA-GA-C-A-T--CC-CT--C-GC--T--G-T-CG-A-TTTGG--------T--A-----T-AG--AT--G--C-T--GGCTG-TGC-G-G-A-CAT-CCCT-G-C---
gi|36813 : tAGGT-GTGC-G-GACATGATC-CT--GACCTG---T-C---A--CT--GC-GCAAG-GTG-CA---A-GTGTGT-G-GAGCA-TCC-CTG-C-T-G--A----------C------C---TTG---TGGAA---GT-----GG-C-GCT--G--AT-GT------GTGGACTTCCTG-GCCAGTGcagtgtctctgatagataacccggttgaa
gi|36804 : ttagtgatAAGT-GTGC-G-GCCAT--CC-CT--G-CTTG---T-T---G--CT--GC-GCAAG-AT--C
gi|36804 : taagtgtgtagtcatccctgatttttactgccagagtgagtggactttcctgctctgggatttggcatctttagtagtAAGT-GTGT-A-GTCAT--CC-CT--G-ATTT---T-T---A--CT--GC-----------CA---GAGTGAGT-G-GA-CT-TTC-CTG-CTC-T--GGGATTTGGCAT------C---TT----T---A---GT-----AG-----TA-A--GT-GT------GCGGCCATCCC--
gi|36818 : tAAGT-GTGC-G-GTCAT--CC-CT--G-CTTGTATT-T---AACTT--GTAGTAAG-AT---A---A-GTGTGT-G-GT-CA-TCC-CTG---C-T--A----------T------T---TAC---T---C----C-----AG-A-G----G--GT-GT--------GGACTTCCC--tgcttgttgctgcgcaagatc
gi|36812 : atAAGT-G-GT-GTGTCAT--CC-CT--G-CTTA---T-T---A--CC---T-GCCAG-A----------GTGTGT-G-GA-CT-TCC-CTG-CTC-T--G----------G------GG--TTG---T---CTTAAT-----AA-A-A-------GT-GT------GCGGACATCCC--tgc
gi|36816 : tccctgcttgtagtttaacttatgatagtAAGT-GTGC-G-ATCAT--CC-CT--G-CTTG---T------------------AT-AT--TA---A-GTGTGT-G-GT-CA-TCC-CTG-C-T-T--A----------T------TA--CTG---C---C---G------AG------T-A--GT-GT------GT-GACTTCCC--t
gi|36821 : aataatAAGT-G-GT-GTGTCAT--CC-CT--G-CTTA---T-T---A--CC---T-GCCAG-A----------GTGTGT-G-GA-CT-TCC-CTG-CTC-T--G----------tgc
gi|36821 : aagtagtgccggtcatccctgcttgtagtttaacttatgatagtAAGTAGTGCCG-GTCAT--CC-CT--G-CTTG---T-A---G--TTTAAC-TTATG-ATAGTAAGTG-GTGTGT------CA-TCC-CTG-C-T-T--A----------TTA----C---CTG---C---C----------AG-A---------GT-GT------GTGGACTTCCC--gggttgtcttaataaaa
gi|36820 : AAGT-GTGT-G-GTCAT--CC-CT--G-CTTA---T-T---A--CT--GC--CGAG--T-------A-GTGTGT---GA-CT-TCC-CTG-CTC-T--GGGTTTGGCA-T------C---TT-------------T-----AGTA-AC-A-A--GT-GT------GTGGTCATCCC--tgctctggggttgtcttaataaaa
gi|36814 : AAGT-GTGC-G-GTCAT--CC-CT--G-CTTG---TATTTAA--CT---T-GTAAGTAG--TA---A-GTGTGT-A-GT-CA-TCC-CTG-tgc
gi|36819 : tagtacctgtAAGT-GTGT-G-GTCAT--CCGCT--G-CTTA---T-T---A--CT--GC-----------CA---G-AGGTGT-G-GA-CT-TCC-CTG-C-atttttactgccagagtgagtggactttcctgc
gi|36819 : ataagtgtgcgatcatccctgcttggtatttAAGT-GTGC-G-ATCAT--CC-CT--G-CTTG---G-T---A--T-------------T--TA---A-GTGTGT-G-GT-CA-TCCGCTG-C-T-T--A----------T------TA--CTG---C---C----------AG-A-G----------GT------GTGGACTTCCC--
gi|36811 : at-GTGC-G-GTCAT--CC-CT--G-CTTG---TATTTAA--CT---T-GTAAGTAG--TA---A-GTGTGT-A-GT-CA-TCC-CTGAT-T-T--T----------T------A---CTG---C---C----------AG-A---------GT-GA------GTGGACTTTCC-------TG-CTC-TG-GGATTTGGC-A--TCTT-T--AGTA-G---TA--AGTGTGC-GGCC-A-T--CC-CT--G-Ctgc
gi|36817 : T--GC-GCAAG-AC--CA---G-GTGTGC-G-GA-CA-TCC-CTG-C-CTT--G----------T------C---TTG---T---G---GT-----AG-A-GCTCTG--GC-GTGAACCCGCGGACGCCGT--ACCCGTGT
gi|36815 : taacaagcacccgtgggtcaccgacgaAG-AT---A---A-GTGTGT-G-GT-CA-TCC-CTG-C-T-A--T----------T------A---CTG---C---C----------AG-A-G----------GT------GTGGACTTCCT--GC-------TC-TG-GGGTTTGGC-A--TCTT-T--AATA-AC---A--AGTGTGC-GGTC-A-T--CC-CT--G-CT--T--G-T-T--G-CT--G--------C--G-----C-AA--G---AT-C-A--GG-TG-TGC-G-G-A-CAT-CCCT-G-C---CT---------G---TCT-----T--GT-
gi|36807 : agtA---A-GTGTGT-G-GT-CA-TCC-CTG-C-T-T--G----------T------TG--CTG-------C---GC-----A--A-GATCAG--GT-GT------GTGGACATTCCCTGCC--TGTCTTGTG-G----TAGA-G--C------------GC--T---GGTGTGC-GGAC-A-T--CC-CT--G-CCAGT--G-T-C--T-CT--GAATAGAACC--GGTGAAT-AGT-G---A--T-A--GG-TG-TGC-G-G-A-CAT-CCCT-G-C---CT---------GTCA--------T--GC-CG--CAAG-G-GC--ACAGT---------------GTGCG-GTACATCCCTGCcgtagagctcggtg
gi|36798 : A---A-GTGTGT-G-GT-CA-TCC-CTG-C-T-A--T----------T------A---CTG---C---C----------AG-A-G----------GT------GTGGACTTCCT--GC-------TC-TG-GGGTTTGGC-A--TCTT-T--AATA-AC---A--AGTGTGC-GGTC-A-T--CC-CT--G-CT--T--G-T-T--G-CT--G--------C--G-----C-AA--G---AT-C-A--GG-TG-TGC-G-G-A-CAT-CCCT-G-C---CT---------G---TCT-----T--GTCGT--AGAG-C-TC--G--GT---------------GTGCG-G-ACATCCC-GCCAGTG
gi|36799 : tA---A-GTGTGT-G-GT-CA-TCC-CTG-C---T--A----------T------T---TAC---T---C----C-----AG-A-G----G--GT-GT------G--GACTTCCC-------TG-CTC-TG-GGGTTTGGC-A--TCT--T--AATA-AC---A--AGTGTGC-GGTC-A-T--CC-CT--G-CT--T--G-T-T--G-CT--G--------C--G-----C-AA--G---AT-C-A--GG-TG-TGC-G-G-A-CAT-CC-T-G-C---CT---------G-T--CT-----T--GT-CG--GTAG-A-GC--TCTGG--------------TGTGCG-G-ACATCCCTGCCAGTGtctctgatagaaccggtgaa
gi|36801 : tA---A-GTGTGT-G-GT-CA-TCC-CTG-C-T-T--A----------T------TA--CTG---C---C---G---------A-GT---A--GT-GT------GTG-ACTTCCC-------TG-CTC-TG-GGTT-TGGC-A--TCTT-T--AGTA-AC---A--AGTGTGT-GGTC-A-T--CC-CT--G-CT--T--G-T-T--G-CT--G--------C--G-----C-AA--G---AT-C-A--GG-TG-TGT-G-G-A-CATTCCCT-G-C---CT---------G-T--CT-----T--GT-GG--TA-G-A-GC--GCTGG--------------TGTGCG-G-ACATCCCTGCCAGTGtctctgatagaaccggtgaa
gi|36802 : tA---A-GTGTGT-G-GT-CA-TCCGCTG-C-T-T--A----------T------TA--CTG---C---C----------AG-A-G----------GT------GTGGACTTCCC-------TG-CTC-TG-GGGTTTGGC-A--TCTT-T--AGTA-AA--CA--AGTGTGT-GGTC-A-T--CC-CT--G-CT--T--G-T-T--G-CT--G--------C--G-----C-AA--A---T--C-A--GG-TG-TGTGG-G-A-CAA-TCCT-G-C---CT---------G---TCT-----T--GT-GG---TAG-A-GC--GCTGG--------------TGTGCG-G-ACATCCCTGCCAGTGtctctgaatagaaccggtgaa
gi|36804 : tA---A-GTGTGT-A-GT-CA-TCC-CTG-A-T-T--T----------T------TA--CTG---C---C----------AG-A-G--------T-GA------GTGGACTTTCC-------TG-CTC-TG-GGATTTGGC-A--TCTT-T--AGTA-GT---A--AGTGTGC-GG-CCA-T--CC-CT--G-CT--T--G-T-T--G-CT--G--------C--G-----C-AA--G---ctctgatagaaaccgtgaa
gi|36814 : tA---A-GTGTGC-G-GT-CA-TCC-CTG-C-T-T--G----------TATTTAAC---TTG---TA--A---GT-----AG-----TA-A--GT-GT------GTAGTCATCCC--atc
gi|36803 : tagtacctgt---G-GTGTGT------CA-TCC-CTG-C-T-T--A----------TTA----C---CTG---C---C----------AG-A-G--------T-GT------GTGGACTTCCC-------TG-CTC-TG--------GG-G--TTGT-CTTAATA-A----A--AGTGTGC-GGAC-A-T--CC-CTCCG-CT--T--GGT-T--G-CT--G--------C--G-----C-AA--T---AT-C-A--AG-GG-TGC-GAG-A-CAT-CCCTCG-C---TG---------T-CGATT-----T--G--GT--ATAGAT-GCTGGCTGT--------------G---CG-G-ACATCCCTGCCAGTGtgatttttactgccagagtgagtggactttcctgc
gi|36818 : taagt--GT-GT------GCGGTCATCCCT-GCTTGTATTT-------------A-A--CTTG-T--AGTAAGA--TA--AGTGTGT-GGTC-A-T--CC-CT--G-C---T--A-T-TT-A-CT--C--------C--A-----G-AG--G---G-------------TGT-G-G-A-CTT-CCCT-G-C---tctctgatagataacccggttgaa
gi|36814 : ataa--GT-GT------GCGGTCATCCCT-GCTTGTATTT-------------A-A--CTTG-T-AAGTA-GT---A--AGTGTGT-AGTC-A-T--CC-CT--G-AT--T--T-T-T--A-CT--G--------C--------C-AG--------------AG-TG-AGT-G-G-A-CTT-TCCT-G-C---
gi|36811 : tagtacctgtaa-GT------GCGGTCATCCCT-GCTTGTATTT-------------A-A--CTTG-T-AAGTA-GT---A--AGTGTGT-AGTC-A-T--CC-CT--G-AT--T--T-T-T--A-CT--G--------C--------C-AG--------------AG-TG-AGT-G-G-A-CTT-TCCT-G-C---TCTGGGATTTGG-CATCT-----TTAGT-AG--TAAG-T-GT--GC----------------------G-G-CCATCCCTGC
gi|36816 : AATA-AT---A--AGTGTGC-GATC-A-T--CC-CT--G-CT--T--G-TAT--A-TT-----------------------------------A--AG-TG-TGT-G-G-T-CAT-CCCT-G-C---TT---------ATTAC-------T--GC-CG--A-------------GT--------------AGTGTGTG-ACTTCCCTGC
gi|36812 : ATA-GT--AA--GTGGTGT-GT-C-A-T--CC-CT--G-CT--T--A-T-T--ACCT--G--------C--------C-AG--------------AG-TG-TGT-G-G-A-CTT-CCCT-G-C---T
gi|36821 : tccctgcttgtagtttaacttatgATA-GT--AA--GTGGTGT-GT-C-A-T--CC-CT--G-CT--T--A-T-T--ACCT--G--------C--------C-AG--------------AG-TG-TGT-G-G-A-CTT-CCCT-G-C---Tctggggttgtcttaataaaagtgtgcggacatccct
gi|36813 : aagtagtgccggtcatccctgcttgtagtttaacttatgTA-GTGATA--GGTGTGC-GGAC-A-TGATC-CT--GACC--T--G-T-C--A-CT--G--------C--G-----C-AA--G---GTGC-A--AG-TG-TGT-G-G-AGCAT-CCCT-G-C---T----------G--ACCT-----T--GT-GG---AAG-TGGC--GCTGA--------------TGTGTG-G-ACTTCCTGGCCAGTGctggggttgtcttaataaaa
gi|36819 : tTA-TT--TA--AGTGTGT-GGTC-A-T--CCGCT--G-CT--T--A-T-T--A-CT--G--------C--------C-AG--A---G-----------G-TGT-G-G-A-CTT-CCCT-G-C---
gi|36800 : ataagtgtgcgatcatccctgcttgg--TA--GGTGTGC-GG-C-A-T--CC-CT--G-CC--T--A-T-C--A-CT--G--------C--G-----C-AG--G---G--C-A--AG-TG-TGC-G-G-A-CAT-CCCT-G-C---TT---------G-CACCT-----T--GT-GG--AAAG-T-GC--GCTGT--------------GGTGTG-G-ACTTCCCTGC
gi|36804 : --TA--AGTGTGT-AGTC-A-T--CC-CT--G-AT--T--T-T-T--A-CT--G--------C--------C-AG--------------AG-TG-AGT-G-G-A-CTT-TCCT-G-C---TCTGGGATTTGG-CATCT-----TTAGT-AG--TAAG-T-GT--GC----------------------G-G-CCATCCCTGC
gi|36818 : --TA--AGTGTGC-GGTC-A-T--CC-CT--G-CT--TGTA-T-TTAA-CTT-G--------TA-G-----T-AA--G---A--T-A--AG-TG-TGT-G-G-T-CAT-CCCT-G-CTATTT---------A-CTCC----------------AGAG--------------------------GGTGTG-G-ACTTCCCTGCttgttgctgcgcaagatc
gi|36814 : a--TA--AGTGTGC-GGTC-A-T--CC-CT--G-CT--TGTA-T-TTAA-CT-----------T--G-----T-AA--GTA-G--T-A--AG-TG-TGT-A-G-T-CAT-CCCT-GAT---TT---------T-TAC-------T--GC--C--AGAG-T-GA------------------------GTG-G-ACTTTCCTGC
gi|36807 : tagtacctgA--AGTGTGT-GGTC-A-T--CC-CT--G-CT--T--G-T-T--G-CT--G--------C--G-----C-AA--G---AT-C-A--GG-TG-TGT-G-G-A-CATTCCCT-G-C---CT---------G-T--CT-----T--GT-GG--TA-G-A-GC--GCTGG--------------TGTGCG-G-ACATCCCTGCCAGTG
gi|36809 : A--AGTGTGC-GGAC-A-T--CC-CTCCG-CT--T--GGT-T--G-CT--G--------C--G-----C-AA--T---AT-C-A--AG-GG-TGC-GAG-A-CAT-CCCTCG-C---TG---------T-CGATT-----T--G--GT--ATAGAT-GCTGGCTGT--------------G---CG-G-ACATCCCTGCCAGTGtctctgaatagaaccggtgaatagtgataggtgtgcggacatccctgcctgtcatgccgcaagggcacagtgtgcggtacatccctgc
gi|36817 : A--GGTGTGC-GGAC-A-T--CC-CT--G-CC--T--tctctgatagataacccggttgaataggataggtgtgcggacatccctgacctgttcactgcgcaaggcatagtgtggatcatccctgc
gi|36820 : taacaagcacccgtgggtcaccgacgatgcgcaagaccA--AGTGTGT-GGTC-A-T--CC-CT--G-CT--T--A-T-T--A-CT--G--------C--------C--G--A---G--T----AG-TG-TGT---G-A-CTT-CCCT-G-C---TCTGGGTTTG-G-CATCT-----TTAGT-AA--CAAG-T-G-----TGT--------------GGT-------CATCCCTGCtgtcttgtggtagagctctggcgtgaacccgcggacgccgtacccgtgt
gi|36821 : GTGCCGGTC-A-T--CC-CT--G-CT--T--G-T-A--G-TTTAA--------C--T-----T-AT--GATAG--T-A--AG-TGGTGT-G-T---CAT-CCCT-G-C---TT---------ATTACCT------------GCCAGAG-T-------------------------GTGTG-G-ACTTCCCTGC
gi|36817 : aagtaT--G--------C--G-----C-AA--G---A--CCA--GG-TG-TGC-G-G-A-CAT-CCCT-GCC---TT---------G---TCT-----T--GT-GG--TA-----GA--GCTCT--------------GGCGTG-A-ACtctggggttgtcttaataaaa
gi|36812 : taacaagcacccgtgggtcaccgacga---G--T-A--AG-TGGTGT-G-T---CAT-CCCT-G-C---TT---------ATTACCT------------GCCAGAG-T-------------------------GTGTG-G-ACTTCCCTGCccgcggacgccgtacccgtgt
gi|36815 : tccctgcttgtagtttaacttatgata--C-A--AG-TG-TGC-G-G-T-CAT-CCCT-G-C---TT---------G-TTGC------T--GC-GC--AAGA-T-CA--G--GT---------------GTGCG-G-ACATCCCTGCCTGTtctggggttgtcttaataaaagtgtgcggacatccct
gi|36819 : agtagataagtgtgtggtcatccctgctattactgccagaggtgtggacttcctgctctggggtttggcatctttaataa-A--AG-TG-TGC-G-A-T-CAT-CCCT-G-C---TTG--------G-TATTTAAGTGT--GT-GG--TCA--T-CC--GCTGCTTATTACTGCCAGAGGTGTG-G-ACTTCCCTGCcttgtcgtagagctcggtg
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|36810 ): CCCTGCTTATTACTGCCAGAGTGTGTGGATTACCTGCTCTGCATGGGGTTTGGAATCTTTAGTGACAAGTGTGC
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 333333 4444444444444444444 11 2222 222222 2222222222222222222 11 11
lowQualScore : 2 66 999 33 2 1 1 3 3 1 3 3 3 1 666666666 555555 5555 1 3 999999 3 444444 3 1 1111111111111111111 8888 7777 00 9999 66 6 55 22 4 4 333 4 4 555555 4 2 2 2 4 2 2 6666666666666666666 44 0 44 3 44 88 1
lowQualScore : . .. ... .. . . . . . . . . . . ......... ...... .... . . ...... . ...... . . ................... .... .... .. .... .. . .. .. . . ... . . ...... . . . . . . . ................... .. . .. . .. .. .
lowQualScore : 5 99 444 44 4 1 5 3 3 8 3 3 3 7 777777777 999999 8888 6 2 333333 1 444444 3 6 0000000000000000000 8888 0000 88 1111 11 1 00 99 2 2 000 2 0 222222 4 2 2 2 4 2 2 7777777777777777777 22 8 33 3 66 00 0
consensus : AAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTC-G-TAG-A-G--C---GG-TGT------GCGGACATCCCTG-CCAGTGTCTCTG---G----TAG---AACCTG--TG-AATAGT--TAG--GTGTGCGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TC--GC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CA-TCCCT-GCT-T---------G----CACCTT--GTGGTAAGT-GC--GCTGNTGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
Reference ( family-748 ) : AAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGT-G-GACA-TCC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTC-G-TAG-A-G--C---GG-TGT------GCGGACATCCCTG-CC-GTGTCTCTG---G----TAG---AACCTG--TG-AATAGT--TAG--GTGTGCGGNCAT--CCCT--G-CTTG-TC--GC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CA-TCCCT-GCT-T---------G----CACCTT--GTGGNAAGT-GC--GCTGTGGTGCGGACNTCCCTGCCAGTG
gi|36798 : AAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTGC-T-AT---------T--A---CTGCC----AG-A-G----------GT------GTGGAC-TTCCTG-C-------TCTG---GGGTTTGG---CATCTT--T--AATAAC---AA--GTGTGCGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--GAT-CA-GGTGTGC-G-G-A-CA-TCCCT-GCC-T---------G------TCTT--GTCGT-AGA-GC--TCGGT-GTGCGGACATCCC-GCCAGTG
gi|36798 : tAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTC-G-TAG-A-GCTC---GG-TGT------GCGGACATCCC-G-CCAGTGTCTCTG---A----TAG---AACCGG--TG-AAtctctgatagaaccggtgaa
gi|36799 : taagtgtgtggtcatccctgctattactgccagaggtgtggacttcctgctctggggtttggcatctttaataacAAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTGC---TA---------T--T---TACTC---CAG-A-G------GG-TGT------G--GACTTCCCTG-C-------TCTG---GGGTTTGG---CATCT---T--AATAAC---AA--GTGTGCGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--GAT-CA-GGTGTGC-G-G-A-CA-T-CCT-GCC-T---------G------TCTT--GTCGGTAGA-GC--TCTGGTGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36799 : tAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-T-C-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTCGG-TAG-A-G--CTCTGG-TGT------GCGGACATCCCTG-CCAGTGTCTCTG---A----TAG---AACCGG--TG-AAtctctgatagaaccggtgaa
gi|36800 : taagtgtgtggtcatccctgctatttactccagagggtgtggacttccctgctctggggtttggcatcttaataac--TAG--GTGTGCGG-CAT--CCCT--G-CCTA-TC--AC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CA-TCCCT-GCT-T---------G----CACCTT--GTGGAAAGT-GC--GCTGTGGTGTGGACTTCCCTGC
gi|36801 : AAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTGC-T-TA---------T--TA--CTGCC-G-----A-G--T---AG-TGT------GTG-ACTTCCCTG-C-------TCTG---GGTT-TGG---CATCTT--T--AGTAAC---AA--GTGTGTGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--GAT-CA-GGTGTGT-G-G-A-CATTCCCT-GCC-T---------G------TCTT--GTGGT-AGA-GC--GCTGGTGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36801 : tAAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGT-G-GACATTCC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CGCTGG-TGT------GCGGACATCCCTG-CCAGTGTCTCTGA--A----TAG---AACCGG--TG-AAtctctgaatagaaccggtgaa
gi|36802 : taagtgtgtggtcatccctgcttattactgccgagtagtgtgtgacttccctgctctgggtttggcatctttagtaacAAGTGTGT-G-GTCA-TCCGCTGC-T-TA---------T--TA--CTGCC----AG-A-G----------GT------GTGGACTTCCCTG-C-------TCTG---GGGTTTGG---CATCTT--T--AGTAAA--CAA--GTGTGTGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--AT--CA-GGTGTGTGG-G-A-CA-ATCCT-GCC-T---------G------TCTT--GTGGT-AGA-GC--GCTGGTGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36802 : tAAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAA-ATCAGGTGTGTGG-GACA-ATC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CGCTGG-TGT------GCGGACATCCCTG-CCAGTG-CTCTG---A----TAG---AAACCG--TG-AActctgatagaaaccgtgaa
gi|36803 : taagtgtgtggtcatccgctgcttattactgccagaggtgtggacttccctgctctggggtttggcatctttagtaaacGGTGTGT-----CA-TCC-CTGC-T-TA---------TTAC---CTGCC----AG-A-G---------TGT------GTGGACTTCCCTG-C-----TCTGGG---G----TTG-------TC--TT-AATAA----AA--GTGTGCGGACAT--CCCTCCG-CTTGGTT--GC-TGCGCAA--TAT-CA-AGGGTGC-GAG-A-CA-TCCCTCGCT-G---------T----CGATTT--GGTATAGAT-GCTGGCTGTG---CGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36803 : taagtAAGTGTGCG-GACATCCCTCCGCTTGG--TTG--CTGC-GCAATATCAAGGGTGC-GAGACA-TCC-CTCG-C-TG---------T--CGATTTGGT-A-TAG-ATG--CT--GGCTGT------GCGGACATCCCTG-CCAGTGTCTCTG---A----TAGAT-AACCCGGTTG-AAtctctgatagataacccggttgaa
gi|36804 : taagtggtgtgtcatccctgcttattacctgccagagtgtgtggacttccctgctctggggttgtcttaataaAAGTGTGT-A-GTCA-TCC-CTGA-T-TT---------T--TA--CTGCC----AG-A-G---------TGA------GTGGACTTTCCTG-C-------TCTG---GGATTTGG---CATCTT--T--AGTAGT---AA--GTGTGCGGCCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--G
gi|36805 : tAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC--TGC-C-TG---------T--C---TTGTC-GGTAG-A-G--CTCTGG-TGT------GCGGACATCCCTG-CCAGTGTCTCTG---A----TAG---AACCGG--TGAAATAGTG-TAG--GTGT-CG--CAT--CCCT--G-CCTA-TC--AC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CA-TCCCT-GCT-T---------G----CACCTT--GTGG-AAGT-GC--GCTG-GTTGTGGACTTCCCTGCCAGTGatc
gi|36806 : AAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTC-G-TAG-A-G--CTC-GG-TGT------GCGGACATCCC-G-CCAGTGTCTCTG---A----TAG---AACCGG--TGAAATAGT--TAG--GTGTGCGG-CAT--CCCT--G-CCTA-TC--AC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CA-TCCCT-GCT-T---------G----CACCTT--GTGGAAAGT-GC--GCTGTGGTGTGGACTTCCCTGCCAGTG
gi|36807 : AAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGT-G-GACATTCC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CGCTGG-TGT------GCGGACATCCCTG-CCAGTGTCTCTGA--A----TAG---AACCGG--TG-AATAGTGATAG--GTGTGCGGACAT--CCCT--G-CCTG-TCATGC-CGCA-AG--GG--CACAGTGTGC-G-GTA-CA-TCCCT-GC
gi|36808 : AAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAA-ATCAGGTGTGTGG-GACA-ATC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CGCTGG-TGT------GCGGACATCCCTG-CCAGTG-CTCTG---A----TAG---AAACCG--TG-AATAGTGATAG--GTGTGCGGACATC-CCCT--G-CCTG-TC--AC-TGCGCAAGCGG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CA-T-CCT-GCT-T---------G----CACCTT--GTGG-AAGT-GC--GCTGGTGTGTGGACTTCCCTGCCAGTG
gi|36809 : AAGTGTGCG-GACATCCCTCCGCTTGG--TTG--CTGC-GCAATATCAAGGGTGC-GAGACA-TCC-CTCG-C-TG---------T--CGATTTGGT-A-TAG-ATG--CT--GGCTGT------GCGGACATCCCTG-CCAGTGTCTCTG---A----TAGAT-AACCCGGTTG-AATAGGA-TAG--GTGTGCGGACAT--CCCT--GACCTGTTC--AC-TGCGCAA--GG--CATAGTGT---G-G-ATCA-TCCCT-GC
gi|36810 : --CCCT--G-CTTA-TT--AC-TGC-CAG---------AGTGTGT-G-G-A-T--TACCT-GCTCT---------G----CA
gi|36811 : GT------GCGGTCATCCCTG-CT--TGTATTT---------------AACTTG--TA-AGTAGT---AA--GTGTGTAGTCAT--CCCT--G-ATTT-TT--AC-TGC-CAG---------AGTGAGT-G-G-A-CT-TTCCT-GCT-CTGGGATTTGG----CATCTTTAGTAGTAAGT-----------GTGCGGCCATCCCTGCtggggtttggaatctttagtgacaagtgtgc
gi|36812 : TCCCTGCTTG----TAGTTTAACTTA--TG-A-TAGT--AAGTGGTGTG---TCAT--CCCT--G-CTTA-TT--ACCTGC-CAG---------AGTGTGT-G-G-A-CT-TCCCT-GCTCT---------GGGGTTGTCTT--AATAAAAGT-----------GTGCGGACATCCCT
gi|36812 : AAGTG-GTGTGTCATCCCT--GCTTA---TTA--CC-T-GCCAGA----GTGTGT-G-GACT-TCC-CTGCTC-TG---------G--GG--TTGTC-T-TAATA-A--A---AG-TGT------GCGGACATCCCT
gi|36813 : tccctgcttgtagtttaacttatgatagtTAGTGATAG--GTGTGCGGACATGATCCT--GACCTG-TC--AC-TGCGCAA--GGTGCA-AGTGTGT-G-G-AGCA-TCCCT-GCT-----------G-----ACCTT--GTGG-AAGTGGC--GCTGATGTGTGGACTTCCTGGCCAGTG
gi|36814 : tG-TGT------GCGGTCATCCCTG-CT--TGTATTT---------------AACTTG--TA-AGTAGT---AA--GTGTGTAGTCAT--CCCT--G-ATTT-TT--AC-TGC-CAG---------AGTGAGT-G-G-A-CT-TTCCT-GC
gi|36815 : tagtacctgtaaAGAT-AAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTGC-T-AT---------T--A---CTGCC----AG-A-G----------GT------GTGGAC-TTCCTG-C-------TCTG---GGGTTTGG---CATCTT--T--AATAAC---AA--GTGTGCGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--GAT-CA-GGTGTGC-G-G-A-CA-TCCCT-GCC-T---------G------TCTT--GTCGTA
gi|36815 : agtAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTC-G-TAG-A-GCTC---GG-TGgagctcggtg
gi|36816 : agtagataagtgtgtggtcatccctgctattactgccagaggtgtggacttcctgctctggggtttggcatctttaataacAAGTGTGCG-ATCATCCCT--GCTTG---T------------ATATTAAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTGC-T-TA---------T--TA--CTGCC-----G-A-G--T---AG-TGT------GT-GACTTCCCTG-C
gi|36817 : aataatTGC-GCAAGACCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-CTTG---------T--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CTCTGG-CGTGAACCCGCGGACG-CCGTACCC-GTGT
gi|36818 : taacaagcacccgtgggtcaccgacgaAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTGTATTTAACTTGTAGTAAGAT-AAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTG--C-TA---------T--T---TACTC---CAG-A-G------GG-TGT--------GGACTTCCCTG-C
gi|36819 : atAAGTGTGCG-ATCATCCCT--GCTTG---GTA--T----------TTAAGTGTGT-G-GTCA-TCCGCTGC-T-TA---------T--TA--CTGCC----AG-A-G----------GT------GTGGACTTCCCTG-C
gi|36820 : atAAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTA---TTA--CTGC--CGAG-T--AGTGTGT---GACT-TCC-CTGCTC-TGGGTTTGGCAT--C---TT-TA-G-TA--A-C--A---AG-TGT------GTGGTCATCCCTG-C
gi|36821 : -A-G--T---AG-TGC-------CGGTCATCCCTG-CT--TGT----A---G----TTT---AACTTA--TG-A-TAGT--AAGTGGTGTG---TCAT--CCCT--G-CTTA-TT--ACCTGC-CAG---------AGTGTGT-G-G-A-CT-TCCCT-GCT-
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 333333 1111111 33333333 2222 222222 222222222222222 1111111 1111111
lowQualScore : 2 66 888 33 2 0 0 44 3 1 3 3 3 1 666666666 555555 5555 1 3 999999 3 444444 3 3333333 11111111 8888 7777 88 1 9999 66 5 55 22 4 4 333 4 4 555555 4 2 2 2 4 2 2 555555555555555 44 3 7777777 4444444 55 1
lowQualScore : . .. ... .. . . . .. . . . . . . ......... ...... .... . . ...... . ...... . ....... ........ .... .... .. . .... .. . .. .. . . ... . . ...... . . . . . . . ............... .. . ....... ....... .. .
lowQualScore : 4 55 888 22 2 5 9 00 3 8 3 3 3 7 777777777 999999 8888 6 2 333333 1 444444 3 9999999 99999999 8888 0000 99 8 1111 11 8 00 99 2 2 000 2 0 222222 4 2 2 2 4 2 2 333333333333333 22 1 7777777 2222222 55 8
consensus : AAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTC-G-TAG-A-G--C---GG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---G----TAG---AACCTG--TG-AA-TAGT--TAG--GTGTGCGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TC--GC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CA-TCCCT-GCT-T---------GCACCTT--GT-GGTA-AGT-GCGCT-------GG-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
Reference ( family-748 ) : AAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTC-G-TAG-A-G--C---GG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---G----TAG---AACCTG--TG-AA-TAGT--TAG--GTGTGCGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TC--GC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CA-TCCCT-GCT-T---------GCACCTT--GT-GGTA-AGT-GCGCT-------GN-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36798 : AAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTGC-T-AT---------T--A---CTGCC----AG-A-G----------GT------GTGGAC-TTCCTGC--------TCTG---GGGTTTGG---CATCTT--T--AA-TAAC---AA--GTGTGCGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--GAT-CA-GGTGTGC-G-G-A-CA-TCCCT-GCC-T---------G--TCTT--GT-CGTA-----GAGCTC------GG-TGTGCGGACATCCC-GCCAGTG
gi|36798 : tAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTC-G-TAG-A-GCTC---GG-TGT------GCGGACATCCC-GCCAGT-GTCTCTG---A----TAG---AACCGG--TG-AA-tctctgatagaaccggtgaa
gi|36799 : taagtgtgtggtcatccctgctattactgccagaggtgtggacttcctgctctggggtttggcatctttaataacAAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTGC---TA---------T--T---TACTC---CAG-A-G------GG-TGT------G--GACTTCCCTGC--------TCTG---GGGTTTGG---CATCT---T--AA-TAAC---AA--GTGTGCGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--GAT-CA-GGTGTGC-G-G-A-CA-T-CCT-GCC-T---------G--TCTT--GTCGGT--AGA-GCTCT-------GG-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36799 : tAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-T-C-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTCGG-TAG-A-G--CTCTGG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---A----TAG---AACCGG--TG-AA-tctctgatagaaccggtgaa
gi|36800 : taagtgtgtggtcatccctgctatttactccagagggtgtggacttccctgctctggggtttggcatcttaataac--TAG--GTGTGCGG-CAT--CCCT--G-CCTA-TC--AC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CA-TCCCT-GCT-T---------GCACCTT--GT-GGAA-AGT-GCGCT-------GT-GGTGTGGACTTCCCTGC
gi|36801 : AAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTGC-T-TA---------T--TA--CTGCC-G-----A-G--T---AG-TGT------GTG-ACTTCCCTGC--------TCTG---GGTT-TGG---CATCTT--T--AG-TAAC---AA--GTGTGTGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--GAT-CA-GGTGTGT-G-G-A-CATTCCCT-GCC-T---------G--TCTT--GT-GGT--AGA-GCGCT-------GG-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36801 : tAAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGT-G-GACATTCC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CGCTGG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTGA--A----TAG---AACCGG--TG-AA-tctctgaatagaaccggtgaa
gi|36802 : taagtgtgtggtcatccctgcttattactgccgagtagtgtgtgacttccctgctctgggtttggcatctttagtaacAAGTGTGT-G-GTCA-TCCGCTGC-T-TA---------T--TA--CTGCC----AG-A-G----------GT------GTGGACTTCCCTGC--------TCTG---GGGTTTGG---CATCTT--T--AG-TAAA--CAA--GTGTGTGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--AT--CA-GGTGTGTGG-G-A-CA-ATCCT-GCC-T---------G--TCTT--GT-GGT--AGA-GCGCT-------GG-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36802 : tAAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAA-ATCAGGTGTGTGG-GACA-ATC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CGCTGG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-G-CTCTG---A----TAG---AAACCG--TG-AA-ctctgatagaaaccgtgaa
gi|36803 : taagtgtgtggtcatccgctgcttattactgccagaggtgtggacttccctgctctggggtttggcatctttagtaaacGGTGTGT-----CA-TCC-CTGC-T-TA---------TTAC---CTGCC----AG-A-G---------TGT------GTGGACTTCCCTGC------TCTGGG---G----TTG-------TC--TT-AA-TAA----AA--GTGTGCGGACAT--CCCTCCG-CTTGGTT--GC-TGCGCAA--TAT-CA-AGGGTGC-GAG-A-CA-TCCCTCGCT-G---------TCGATTT--G---GTATAG--ATGCT-------GGCTGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36803 : taagtAAGTGTGCG-GACATCCCTCCGCTTGG--TTG--CTGC-GCAATATCAAGGGTGC-GAGACA-TCC-CTCG-C-TG---------T--CGATTTGGT-A-TAG-ATG--CT--GGCTGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---A----TAGAT-AACCCGGTTG-AA-tctctgatagataacccggttgaa
gi|36804 : taagtggtgtgtcatccctgcttattacctgccagagtgtgtggacttccctgctctggggttgtcttaataaAAGTGTGT-A-GTCA-TCC-CTGA-T-TT---------T--TA--CTGCC----AG-A-G---------TGA------GTGGACTTTCCTGC--------TCTG---GGATTTGG---CATCTT--T--AG-TAGT---AA--GTGTGCGGCCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--G
gi|36804 : tAAGTGTGCG-GCCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCatc
gi|36805 : taagtgtgtagtcatccctgatttttactgccagagtgagtggactttcctgctctgggatttggcatctttagtagtAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC--TGC-C-TG---------T--C---TTGTC-GGTAG-A-G--CTCTGG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---A----TAG---AACCGG--TG-AAATAGTG-TAG--GTGT-CG--CAT--CCCT--G-CCTA-TC--AC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CA-TCCCT-GCT-T---------GCACCTT--GT-GG-A-AGT-GCGCT-------GG-T-TGTGGACTTCCCTGCCAGTG
gi|36806 : AAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTC-G-TAG-A-G--CTC-GG-TGT------GCGGACATCCC-GCCAGT-GTCTCTG---A----TAG---AACCGG--TGAAA-TAGT--TAG--GTGTGCGG-CAT--CCCT--G-CCTA-TC--AC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CA-TCCCT-GCT-T---------GCACCTT--GT-GGAA-AGT-GCGCT-------GT-GGTGTGGACTTCCCTGCCAGTG
gi|36807 : AAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGT-G-GACATTCC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CGCTGG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTGA--A----TAG---AACCGG--TG-AA-TAGTGATAG--GTGTGCGGACAT--CCCT--G-CCTG-TCATGC-CGCA-AG--GG--CACAGTGTGC-G-GTA-CA-TCCCT-GC
gi|36808 : AAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAA-ATCAGGTGTGTGG-GACA-ATC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CGCTGG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-G-CTCTG---A----TAG---AAACCG--TG-AA-TAGTGATAG--GTGTGCGGACATC-CCCT--G-CCTG-TC--AC-TGCGCAAGCGG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CA-T-CCT-GCT-T---------GCACCTT--GT-GG-A-AGT-GCGCT-------GG-TGTGTGGACTTCCCTGCCAGTG
gi|36809 : AAGTGTGCG-GACATCCCTCCGCTTGG--TTG--CTGC-GCAATATCAAGGGTGC-GAGACA-TCC-CTCG-C-TG---------T--CGATTTGGT-A-TAG-ATG--CT--GGCTGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---A----TAGAT-AACCCGGTTG-AA-TAGGA-TAG--GTGTGCGGACAT--CCCT--GACCTGTTC--AC-TGCGCAA--GG--CATAGTGT---G-G-ATCA-TCCCT-GC
gi|36810 : --CCCT--G-CTTA-TT--AC-TGC-CAG---------AGTGTGT-G-G-A-T--TACCT-GCTCT---------GCA
gi|36811 : GT------GCGGTCATCCCTGCTTGT-ATTT-----------------AACTTG--TA-AG-TAGT---AA--GTGTGTAGTCAT--CCCT--G-ATTT-TT--AC-TGC-CAG---------AGTGAGT-G-G-A-CT-TTCCT-GCT-CTGGGATTTGGCATCTTTAGT-AGTA-AG-----------------TGTGCGGCCATCCCTGCtggggtttggaatctttagtgacaagtgtgc
gi|36812 : TCCCTGCTTG----TAGTTTAACTTA--TG-A--TAGT--AAGTGGTGTG---TCAT--CCCT--G-CTTA-TT--ACCTGC-CAG---------AGTGTGT-G-G-A-CT-TCCCT-GCT----------------CT--GG-GGT----T-GT-CTTAATAAAAG-TGTGCGGACATCCCT
gi|36812 : AAGTG-GTGTGTCATCCCT--GCTTA---TTA--CC-T-GCCAGA----GTGTGT-G-GACT-TCC-CTGCTC-TG---------G--GG--TTGTC-T-TAATA-A--A---AG-TGT------GCGGACATCCCT
gi|36813 : tccctgcttgtagtttaacttatgatagt-TAGTGATAG--GTGTGCGGACATGATCCT--GACCTG-TC--AC-TGCGCAA--GGTGCA-AGTGTGT-G-G-AGCA-TCCCT-GCT-----------G-ACCTT--GT-GG-A-AGTGGCGCT-------GA-TGTGTGGACTTCCTGGCCAGTG
gi|36814 : tG-TGT------GCGGTCATCCCTGCTTGT-ATTT-----------------AACTTG--TA-AG-TAGT---AA--GTGTGTAGTCAT--CCCT--G-ATTT-TT--AC-TGC-CAG---------AGTGAGT-G-G-A-CT-TTCCT-GC
gi|36815 : tagtacctgtaaAGAT-AAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTGC-T-AT---------T--A---CTGCC----AG-A-G----------GT------GTGGAC-TTCCTGC--------TCTG---GGGTTTGG---CATCTT--T--AA-TAAC---AA--GTGTGCGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--GAT-CA-GGTGTGC-G-G-A-CA-TCCCT-GCC-T---------G--TCTT--GT-CGTA-
gi|36815 : agtAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTC-G-TAG-A-GCTC---GG-TGgagctcggtg
gi|36816 : agtagataagtgtgtggtcatccctgctattactgccagaggtgtggacttcctgctctggggtttggcatctttaataacAAGTGTGCG-ATCATCCCT--GCTTG---T------------ATATTAAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTGC-T-TA---------T--TA--CTGCC-----G-A-G--T---AG-TGT------GT-GACTTCCCTGC
gi|36817 : aataatTGC-GCAAGACCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-CTTG---------T--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CTCTGG-CGTGAACCCGCGGACG-CCGTACCCGT-GT
gi|36818 : taacaagcacccgtgggtcaccgacgaAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTGTATTTAACTTGTAGTAAGAT-AAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTG--C-TA---------T--T---TACTC---CAG-A-G------GG-TGT--------GGACTTCCCTGC
gi|36819 : atAAGTGTGCG-ATCATCCCT--GCTTG---GTA--T----------TTAAGTGTGT-G-GTCA-TCCGCTGC-T-TA---------T--TA--CTGCC----AG-A-G----------GT------GTGGACTTCCCTGC
gi|36820 : atAAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTA---TTA--CTGC--CGAG-T--AGTGTGT---GACT-TCC-CTGCTC-TGGGTTTGGCAT--C---TT-TA-G-TA--A-C--A---AG-TGT------GTGGTCATCCCTGC
gi|36821 : -A-G--T---AG-TGC-------CGGTCATCCCTGCTTGTAGTTT-----------------AACTTA--TG-A--TAGT--AAGTGGTGTG---TCAT--CCCT--G-CTTA-TT--ACCTGC-CAG---------AGTGTGT-G-G-A-CT-TCCCT-GCT-
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 444444 1111111 33333333 2222 222222222 333333333333333 2222222 1111111
lowQualScore : 2 66 999 33 2 1 33 3 2 3 3 1 1 777777 7777 1 3 000000 3 444444 3 3333333 11111111 8888 7777 88 1 9999 55 5 44 22 4 4 333 4 5 555555555 2 2 2 4 0 2 2 222222222222222 33 2 5555555 5555555 2 1
lowQualScore : . .. ... .. . . .. . . . . . . ...... .... . . ...... . ...... . ....... ........ .... .... .. . .... .. . .. .. . . ... . . ......... . . . . . . . ............... .. . ....... ....... . .
lowQualScore : 5 99 444 44 4 1 99 5 2 5 5 7 7 000000 3333 7 3 333333 2 666666 8 9999999 99999999 8888 0000 99 8 1111 88 1 88 88 0 0 111 0 8 222222222 1 1 1 2 4 1 1 222222222222222 99 9 1111111 0000000 9 0
consensus : AAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-C-TGT--C---TTGTC-G-TAG-A-G--C---GG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---G----TAG---AACCTG--TG-AA-TAGT--TAG--GTGTGCGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TC--GC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CAT-CCCT-GCT-T---------GCACCTT--GT-GGTA-AGT-GCGCT-------GG-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
Reference ( family-748 ) : AAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-C-TGT--C---TTGTC-G-TAG-A-G--C---GG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---G----TAG---AACCTG--TG-AA-TAGT--TAG--GTGTGCGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TC--GC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CAT-CCCT-GCT-T---------GCACCTT--GT-GGTA-AGT-GCGCT-------GG-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36798 : AAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTGC-T-ATT--A---CTGCC----AG-A-G----------GT------GTGGAC-TTCCTGC--------TCTG---GGGTTTGG---CATCTT--T--AA-TAAC---AA--GTGTGCGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--GAT-CA-GGTGTGC-G-G-A-CAT-CCCT-GCC-T---------G--TCTT--GT-CGTA-----GAGCTC------GG-TGTGCGGACATCCC-GCCAGTG
gi|36798 : tAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-C-TGT--C---TTGTC-G-TAG-A-GCTC---GG-TGT------GCGGACATCCC-GCCAGT-GTCTCTG---A----TAG---AACCGG--TG-AA-tctctgatagaaccggtgaa
gi|36799 : taagtgtgtggtcatccctgctattactgccagaggtgtggacttcctgctctggggtttggcatctttaataacAAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTGC---TAT--T---TACTC---CAG-A-G------GG-TGT------G--GACTTCCCTGC--------TCTG---GGGTTTGG---CATCT---T--AA-TAAC---AA--GTGTGCGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--GAT-CA-GGTGTGC-G-G-A-CAT--CCT-GCC-T---------G--TCTT--GTCGGT--AGA-GCTCT-------GG-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36799 : tAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-T-C-CTGC-C-TGT--C---TTGTCGG-TAG-A-G--CTCTGG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---A----TAG---AACCGG--TG-AA-tctctgatagaaccggtgaa
gi|36800 : taagtgtgtggtcatccctgctatttactccagagggtgtggacttccctgctctggggtttggcatcttaataac--TAG--GTGTGCGG-CAT--CCCT--G-CCTA-TC--AC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CAT-CCCT-GCT-T---------GCACCTT--GT-GGAA-AGT-GCGCT-------GT-GGTGTGGACTTCCCTGC
gi|36801 : AAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTGC-T-TAT--TA--CTGCC-G-----A-G--T---AG-TGT------GTG-ACTTCCCTGC--------TCTG---GGTT-TGG---CATCTT--T--AG-TAAC---AA--GTGTGTGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--GAT-CA-GGTGTGT-G-G-A-CATTCCCT-GCC-T---------GT--CTT--GT-GGTA--GA-GCGCT-------GG-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36801 : tAAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGT-G-GACATTCC-CTGC-C-TGT--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CGCTGG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTGA--A----TAG---AACCGG--TG-AA-tctctgaatagaaccggtgaa
gi|36802 : taagtgtgtggtcatccctgcttattactgccgagtagtgtgtgacttccctgctctgggtttggcatctttagtaacAAGTGTGT-G-GTCA-TCCGCTGC-T-TAT--TA--CTGCC----AG-A-G----------GT------GTGGACTTCCCTGC--------TCTG---GGGTTTGG---CATCTT--T--AG-TAAA--CAA--GTGTGTGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--AT--CA-GGTGTGTGG-G-A-CAA-TCCT-GCC-T---------G--TCTT--GT-GGT--AGA-GCGCT-------GG-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36802 : tAAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAA-ATCAGGTGTGTGG-GACA-ATC-CTGC-C-TGT--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CGCTGG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-G-CTCTG---A----TAG---AAACCG--TG-AA-ctctgatagaaaccgtgaa
gi|36803 : taagtgtgtggtcatccgctgcttattactgccagaggtgtggacttccctgctctggggtttggcatctttagtaaacGGTGTGT-----CA-TCC-CTGC-T-TATTAC---CTGCC----AG-A-G---------TGT------GTGGACTTCCCTGC------TCTGGG---G----TTG-------TC--TT-AA-TAA----AA--GTGTGCGGACAT--CCCTCCG-CTTGGTT--GC-TGCGCAA--TAT-CA-AGGGTGC-GAG-A-CAT-CCCTCGCT-G---------TCGATTT--G---GTATAG--ATGCT-------GGCTGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36803 : taagtAAGTGTGCG-GACATCCCTCCGCTTGG--TTG--CTGC-GCAATATCAAGGGTGC-GAGACA-TCC-CTCG-C-TGT--CGATTTGGT-A-TAG-ATG--CT--GGCTGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---A----TAGAT-AACCCGGTTG-AA-tctctgatagataacccggttgaa
gi|36804 : taagtggtgtgtcatccctgcttattacctgccagagtgtgtggacttccctgctctggggttgtcttaataaAAGTGTGT-A-GTCA-TCC-CTGA-T-TTT--TA--CTGCC----AG-A-G---------TGA------GTGGACTTTCCTGC--------TCTG---GGATTTGG---CATCTT--T--AG-TAGT---AA--GTGTGCGGCCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--G
gi|36804 : tAAGTGTGCG-GCCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCatc
gi|36805 : taagtgtgtagtcatccctgatttttactgccagagtgagtggactttcctgctctgggatttggcatctttagtagtAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC--TGC-C-TGT--C---TTGTC-GGTAG-A-G--CTCTGG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---A----TAG---AACCGG--TG-AAATAGTG-TAG--GTGT-CG--CAT--CCCT--G-CCTA-TC--AC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CAT-CCCT-GCT-T---------GCACCTT--GT-GG-A-AGT-GCGCT-------GG-T-TGTGGACTTCCCTGCCAGTG
gi|36806 : AAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-C-TGT--C---TTGTC-G-TAG-A-G--CTC-GG-TGT------GCGGACATCCC-GCCAGT-GTCTCTG---A----TAG---AACCGG--TGAAA-TAGT--TAG--GTGTGCGG-CAT--CCCT--G-CCTA-TC--AC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CAT-CCCT-GCT-T---------GCACCTT--GT-GGAA-AGT-GCGCT-------GT-GGTGTGGACTTCCCTGCCAGTG
gi|36807 : AAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGT-G-GACATTCC-CTGC-C-TGT--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CGCTGG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTGA--A----TAG---AACCGG--TG-AA-TAGTGATAG--GTGTGCGGACAT--CCCT--G-CCTG-TCATGC-CGCA-AG--GG--CACAGTGTGC-G-GTA-CAT-CCCT-GC
gi|36808 : AAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAA-ATCAGGTGTGTGG-GACA-ATC-CTGC-C-TGT--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CGCTGG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-G-CTCTG---A----TAG---AAACCG--TG-AA-TAGTGATAG--GTGTGCGGACATC-CCCT--G-CCTG-TC--AC-TGCGCAAGCGG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CAT--CCT-GCT-T---------GCACCTT--GT-GG-A-AGT-GCGCT-------GG-TGTGTGGACTTCCCTGCCAGTG
gi|36809 : AAGTGTGCG-GACATCCCTCCGCTTGG--TTG--CTGC-GCAATATCAAGGGTGC-GAGACA-TCC-CTCG-C-TGT--CGATTTGGT-A-TAG-ATG--CT--GGCTGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---A----TAGAT-AACCCGGTTG-AA-TAGGA-TAG--GTGTGCGGACAT--CCCT--GACCTGTTC--AC-TGCGCAA--GG--CATAGTGT---G-G-ATCAT-CCCT-GC
gi|36810 : --CCCT--G-CTTA-TT--AC-TGC-CAG---------AGTGTGT-G-G-A-T-T-ACCT-GCTCT---------GCA
gi|36811 : GT------GCGGTCATCCCTGCTTGT-ATTT-----------------AACTTG--TA-AG-TAGT---AA--GTGTGTAGTCAT--CCCT--G-ATTT-TT--AC-TGC-CAG---------AGTGAGT-G-G-A-CTT-TCCT-GCT-CTGGGATTTGGCATCTTTAGT-AGTA-A----------------G-TGTGCGGCCATCCCTGCtggggtttggaatctttagtgacaagtgtgc
gi|36812 : TCCCTGCTTG----TAGTTTAACTTA--TG-A--TAGT--AAGTGGTGTG---TCAT--CCCT--G-CTTA-TT--ACCTGC-CAG---------AGTGTGT-G-G-A-CTT-CCCT-GCT----------------CT--GG-GGT----T-GT-CTTAATAAAAG-TGTGCGGACATCCCT
gi|36812 : AAGTG-GTGTGTCATCCCT--GCTTA---TTA--CC-T-GCCAGA----GTGTGT-G-GACT-TCC-CTGCTC-TGG--GG--TTGTC-T-TAATA-A--A---AG-TGT------GCGGACATCCCT
gi|36813 : tccctgcttgtagtttaacttatgatagt-TAGTGATAG--GTGTGCGGACATGATCCT--GACCTG-TC--AC-TGCGCAA--GGTGCA-AGTGTGT-G-G-AGCAT-CCCT-GCT-----------G-ACCTT--GT-GG-A-AGTGGCGCT-------GA-TGTGTGGACTTCCTGGCCAGTG
gi|36814 : tG-TGT------GCGGTCATCCCTGCTTGT-ATTT-----------------AACTTG--TA-AG-TAGT---AA--GTGTGTAGTCAT--CCCT--G-ATTT-TT--AC-TGC-CAG---------AGTGAGT-G-G-A-CTT-TCCT-GC
gi|36815 : tagtacctgtaaAGAT-AAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTGC-T-ATT--A---CTGCC----AG-A-G----------GT------GTGGAC-TTCCTGC--------TCTG---GGGTTTGG---CATCTT--T--AA-TAAC---AA--GTGTGCGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--GAT-CA-GGTGTGC-G-G-A-CAT-CCCT-GCC-T---------G--TCTT--GT-CGTA-----GAGCTC------GG-TG
gi|36815 : agtAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-C-TGT--C---TTGTC-G-TAG-A-GCTC---GG-TG
gi|36816 : agtagataagtgtgtggtcatccctgctattactgccagaggtgtggacttcctgctctggggtttggcatctttaataacAAGTGTGCG-ATCATCCCT--GCTTG---T------------ATATTAAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTGC-T-TAT--TA--CTGCC-----G-A-G--T---AG-TGT------GT-GACTTCCCTGC
gi|36817 : aataatTGC-GCAAGACCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-CTTGT--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CTCTGG-CGTGAACCCGCGGACG-CCGTACCCGT-GT
gi|36818 : taacaagcacccgtgggtcaccgacgaAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTGTATTTAACTTGTAGTAAGAT-AAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTG--C-TAT--T---TACTC---CAG-A-G------GG-TGT--------GGACTTCCCTGC
gi|36819 : atAAGTGTGCG-ATCATCCCT--GCTTG---GTA--T----------TTAAGTGTGT-G-GTCA-TCCGCTGC-T-TAT--TA--CTGCC----AG-A-G----------GT------GTGGACTTCCCTGC
gi|36820 : atAA--GTGTGTGGTCAT--CCCT--G-CTTA-TT--AC-TGC-C-G--AG--T--AGTGTGT---G-A-CTT-CCCT-GCT-CTGGGTTTG-GCATCTT---T-AGTA-A------CA-------AG-TGTGTGGTCATCCCTGC
gi|36821 : -A-G--T---AG-TGC-------CGGTCATCCCTGCTTGTAGTTT-----------------AACTTA--TG-A--TAGT--AAGTGGTGTG---TCAT--CCCT--G-CTTA-TT--ACCTGC-CAG---------AGTGTGT-G-G-A-CTT-CCCT-GCT-
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 444444 1111111 33333333 2222 222222222 333333333333333 2222222 1111111
lowQualScore : 2 66 999 33 2 1 33 3 2 3 3 1 1 777777 7777 1 3 000000 3 444444 3 3333333 11111111 8888 7777 88 1 9999 55 5 44 22 4 4 333 4 5 555555555 2 2 2 4 0 2 2 222222222222222 33 2 5555555 5555555 2 1
lowQualScore : . .. ... .. . . .. . . . . . . ...... .... . . ...... . ...... . ....... ........ .... .... .. . .... .. . .. .. . . ... . . ......... . . . . . . . ............... .. . ....... ....... . .
lowQualScore : 5 99 444 44 4 1 99 5 2 5 5 7 7 000000 3333 7 3 333333 2 666666 8 9999999 99999999 8888 0000 99 8 1111 88 1 88 88 0 0 111 0 8 222222222 1 1 1 2 4 1 1 222222222222222 99 9 1111111 0000000 9 0
consensus : AAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-C-TGT--C---TTGTC-G-TAG-A-G--C---GG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---G----TAG---AACCTG--TG-AA-TAGT--TAG--GTGTGCGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TC--GC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CAT-CCCT-GCT-T---------GCACCTT--GT-GGTA-AGT-GCGCT-------GG-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
Reference ( family-748 ) : AAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-C-TGT--C---TTGTC-G-TAG-A-G--C---GG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---G----TAG---AACCTG--TG-AA-TAGT--TAG--GTGTGCGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TC--GC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CAT-CCCT-GCT-T---------GCACCTT--GT-GGTA-AGT-GCGCT-------GG-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36798 : AAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTGC-T-ATT--A---CTGCC----AG-A-G----------GT------GTGGAC-TTCCTGC--------TCTG---GGGTTTGG---CATCTT--T--AA-TAAC---AA--GTGTGCGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--GAT-CA-GGTGTGC-G-G-A-CAT-CCCT-GCC-T---------G--TCTT--GT-CGTA-----GAGCTC------GG-TGTGCGGACATCCC-GCCAGTG
gi|36798 : tAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-C-TGT--C---TTGTC-G-TAG-A-GCTC---GG-TGT------GCGGACATCCC-GCCAGT-GTCTCTG---A----TAG---AACCGG--TG-AA-tctctgatagaaccggtgaa
gi|36799 : taagtgtgtggtcatccctgctattactgccagaggtgtggacttcctgctctggggtttggcatctttaataacAAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTGC---TAT--T---TACTC---CAG-A-G------GG-TGT------G--GACTTCCCTGC--------TCTG---GGGTTTGG---CATCT---T--AA-TAAC---AA--GTGTGCGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--GAT-CA-GGTGTGC-G-G-A-CAT--CCT-GCC-T---------G--TCTT--GTCGGT--AGA-GCTCT-------GG-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36799 : tAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-T-C-CTGC-C-TGT--C---TTGTCGG-TAG-A-G--CTCTGG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---A----TAG---AACCGG--TG-AA-tctctgatagaaccggtgaa
gi|36800 : taagtgtgtggtcatccctgctatttactccagagggtgtggacttccctgctctggggtttggcatcttaataac--TAG--GTGTGCGG-CAT--CCCT--G-CCTA-TC--AC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CAT-CCCT-GCT-T---------GCACCTT--GT-GGAA-AGT-GCGCT-------GT-GGTGTGGACTTCCCTGC
gi|36801 : AAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTGC-T-TAT--TA--CTGCC-G-----A-G--T---AG-TGT------GTG-ACTTCCCTGC--------TCTG---GGTT-TGG---CATCTT--T--AG-TAAC---AA--GTGTGTGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--GAT-CA-GGTGTGT-G-G-A-CATTCCCT-GCC-T---------GT--CTT--GT-GGTA--GA-GCGCT-------GG-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36801 : tAAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGT-G-GACATTCC-CTGC-C-TGT--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CGCTGG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTGA--A----TAG---AACCGG--TG-AA-tctctgaatagaaccggtgaa
gi|36802 : taagtgtgtggtcatccctgcttattactgccgagtagtgtgtgacttccctgctctgggtttggcatctttagtaacAAGTGTGT-G-GTCA-TCCGCTGC-T-TAT--TA--CTGCC----AG-A-G----------GT------GTGGACTTCCCTGC--------TCTG---GGGTTTGG---CATCTT--T--AG-TAAA--CAA--GTGTGTGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--AT--CA-GGTGTGTGG-G-A-CAA-TCCT-GCC-T---------G--TCTT--GT-GGT--AGA-GCGCT-------GG-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36802 : tAAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAA-ATCAGGTGTGTGG-GACA-ATC-CTGC-C-TGT--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CGCTGG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-G-CTCTG---A----TAG---AAACCG--TG-AA-ctctgatagaaaccgtgaa
gi|36803 : taagtgtgtggtcatccgctgcttattactgccagaggtgtggacttccctgctctggggtttggcatctttagtaaacGGTGTGT-----CA-TCC-CTGC-T-TATTAC---CTGCC----AG-A-G---------TGT------GTGGACTTCCCTGC------TCTGGG---G----TTG-------TC--TT-AA-TAA----AA--GTGTGCGGACAT--CCCTCCG-CTTGGTT--GC-TGCGCAA--TAT-CA-AGGGTGC-GAG-A-CAT-CCCTCGCT-G---------TCGATTT--G---GTATAG--ATGCT-------GGCTGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36803 : taagtAAGTGTGCG-GACATCCCTCCGCTTGG--TTG--CTGC-GCAATATCAAGGGTGC-GAGACA-TCC-CTCG-C-TGT--CGATTTGGT-A-TAG-ATG--CT--GGCTGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---A----TAGAT-AACCCGGTTG-AA-tctctgatagataacccggttgaa
gi|36804 : taagtggtgtgtcatccctgcttattacctgccagagtgtgtggacttccctgctctggggttgtcttaataaAAGTGTGT-A-GTCA-TCC-CTGA-T-TTT--TA--CTGCC----AG-A-G---------TGA------GTGGACTTTCCTGC--------TCTG---GGATTTGG---CATCTT--T--AG-TAGT---AA--GTGTGCGGCCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--G
gi|36804 : tAAGTGTGCG-GCCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCatc
gi|36805 : taagtgtgtagtcatccctgatttttactgccagagtgagtggactttcctgctctgggatttggcatctttagtagtAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC--TGC-C-TGT--C---TTGTC-GGTAG-A-G--CTCTGG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---A----TAG---AACCGG--TG-AAATAGTG-TAG--GTGT-CG--CAT--CCCT--G-CCTA-TC--AC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CAT-CCCT-GCT-T---------GCACCTT--GT-GG-A-AGT-GCGCT-------GG-T-TGTGGACTTCCCTGCCAGTG
gi|36806 : AAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-C-TGT--C---TTGTC-G-TAG-A-G--CTC-GG-TGT------GCGGACATCCC-GCCAGT-GTCTCTG---A----TAG---AACCGG--TGAAA-TAGT--TAG--GTGTGCGG-CAT--CCCT--G-CCTA-TC--AC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CAT-CCCT-GCT-T---------GCACCTT--GT-GGAA-AGT-GCGCT-------GT-GGTGTGGACTTCCCTGCCAGTG
gi|36807 : AAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGT-G-GACATTCC-CTGC-C-TGT--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CGCTGG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTGA--A----TAG---AACCGG--TG-AA-TAGTGATAG--GTGTGCGGACAT--CCCT--G-CCTG-TCATGC-CGCA-AG--GG--CACAGTGTGC-G-GTA-CAT-CCCT-GC
gi|36808 : AAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAA-ATCAGGTGTGTGG-GACA-ATC-CTGC-C-TGT--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CGCTGG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-G-CTCTG---A----TAG---AAACCG--TG-AA-TAGTGATAG--GTGTGCGGACATC-CCCT--G-CCTG-TC--AC-TGCGCAAGCGG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CAT--CCT-GCT-T---------GCACCTT--GT-GG-A-AGT-GCGCT-------GG-TGTGTGGACTTCCCTGCCAGTG
gi|36809 : AAGTGTGCG-GACATCCCTCCGCTTGG--TTG--CTGC-GCAATATCAAGGGTGC-GAGACA-TCC-CTCG-C-TGT--CGATTTGGT-A-TAG-ATG--CT--GGCTGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---A----TAGAT-AACCCGGTTG-AA-TAGGA-TAG--GTGTGCGGACAT--CCCT--GACCTGTTC--AC-TGCGCAA--GG--CATAGTGT---G-G-ATCAT-CCCT-GC
gi|36810 : --CCCT--G-CTTA-TT--AC-TGC-CAG---------AGTGTGT-G-G-A-T-T-ACCT-GCTCT---------GCA
gi|36811 : GT------GCGGTCATCCCTGCTTGT-ATTT-----------------AACTTG--TA-AG-TAGT---AA--GTGTGTAGTCAT--CCCT--G-ATTT-TT--AC-TGC-CAG---------AGTGAGT-G-G-A-CTT-TCCT-GCT-CTGGGATTTGGCATCTTTAGT-AGTA-A----------------G-TGTGCGGCCATCCCTGCtggggtttggaatctttagtgacaagtgtgc
gi|36812 : TCCCTGCTTG----TAGTTTAACTTA--TG-A--TAGT--AAGTGGTGTG---TCAT--CCCT--G-CTTA-TT--ACCTGC-CAG---------AGTGTGT-G-G-A-CTT-CCCT-GCT----------------CT--GG-GGT----T-GT-CTTAATAAAAG-TGTGCGGACATCCCT
gi|36812 : AAGTG-GTGTGTCATCCCT--GCTTA---TTA--CC-T-GCCAGA----GTGTGT-G-GACT-TCC-CTGCTC-TGG--GG--TTGTC-T-TAATA-A--A---AG-TGT------GCGGACATCCCT
gi|36813 : tccctgcttgtagtttaacttatgatagt-TAGTGATAG--GTGTGCGGACATGATCCT--GACCTG-TC--AC-TGCGCAA--GGTGCA-AGTGTGT-G-G-AGCAT-CCCT-GCT-----------G-ACCTT--GT-GG-A-AGTGGCGCT-------GA-TGTGTGGACTTCCTGGCCAGTG
gi|36814 : tG-TGT------GCGGTCATCCCTGCTTGT-ATTT-----------------AACTTG--TA-AG-TAGT---AA--GTGTGTAGTCAT--CCCT--G-ATTT-TT--AC-TGC-CAG---------AGTGAGT-G-G-A-CTT-TCCT-GC
gi|36815 : tagtacctgtaaAGAT-AAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTGC-T-ATT--A---CTGCC----AG-A-G----------GT------GTGGAC-TTCCTGC--------TCTG---GGGTTTGG---CATCTT--T--AA-TAAC---AA--GTGTGCGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAA--GAT-CA-GGTGTGC-G-G-A-CAT-CCCT-GCC-T---------G--TCTT--GT-CGTA-----GAGCTC------GG-TG
gi|36815 : agtAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-C-TGT--C---TTGTC-G-TAG-A-GCTC---GG-TG
gi|36816 : agtagataagtgtgtggtcatccctgctattactgccagaggtgtggacttcctgctctggggtttggcatctttaataacAAGTGTGCG-ATCATCCCT--GCTTG---T------------ATATTAAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTGC-T-TAT--TA--CTGCC-----G-A-G--T---AG-TGT------GT-GACTTCCCTGC
gi|36817 : aataatTGC-GCAAGACCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-CTTGT--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CTCTGG-CGTGAACCCGCGGACG-CCGTACCCGT-GT
gi|36818 : taacaagcacccgtgggtcaccgacgaAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTGTATTTAACTTGTAGTAAGAT-AAGTGTGT-G-GTCA-TCC-CTG--C-TAT--T---TACTC---CAG-A-G------GG-TGT--------GGACTTCCCTGC
gi|36819 : atAAGTGTGCG-ATCATCCCT--GCTTG---GTA--T----------TTAAGTGTGT-G-GTCA-TCCGCTGC-T-TAT--TA--CTGCC----AG-A-G----------GT------GTGGACTTCCCTGC
gi|36820 : atAA--GTGTGTGGTCAT--CCCT--G-CTTA-TT--AC-TGC-C-G--AG--T--AGTGTGT---G-A-CTT-CCCT-GCT-CTGGGTTTG-GCATCTT---T-AGTA-A------CA-------AG-TGTGTGGTCATCCCTGC
gi|36821 : -A-G--T---AG-TGC-------CGGTCATCCCTGCTTGTAGTTT-----------------AACTTA--TG-A--TAGT--AAGTGGTGTG---TCAT--CCCT--G-CTTA-TT--ACCTGC-CAG---------AGTGTGT-G-G-A-CTT-CCCT-GCT-
blockSeqs : T CC TAT AC A G TG A A T G T T CGAT GGT T T CTCT C GAACCC A TTGTAGT GGGTT TTTA CGGT GA A TGAT TG T GA CC A G CAT C G GCGGCA G A T T T C CTGGGATTTGGCAT TA C AAAGT TAATAAA C A
blockSeqs : . CC G . . G TG A T T G . . CGAT GGT . T CGCT C . T CAGTGT GGGTT ATA CGGT G . TGAT TG T C . A T T C G GGTGCA . . . G . . CTGGGTTTGGCAT . . TATAG C . T
blockSeqs : . . G . . T C . A . . . . TAC GT . . CGCT . . A CAGTGT GGATT ATA GG G . TGAT . T . . . . C . G GATCA . . . . . . TGCAC . . AAAGT . . A
blockSeqs : . . . . . G T . T . . . . TA GT . . CTCT . . T CAGTGT GGGTT A GG G . TGT . A . . . . T . G GATCA . . . . . . GTCGA . . AAGTG . . A
blockSeqs : . . . . . G C . A . . . . TA GT . . CGCT . . A CAGTGT GGTT C TT G . GAT . C . . . . T . G TATCA . . . . . . TGCAC . . TAGA . . A
blockSeqs : . . . . . G T . T . . . . TA AT . . CGCT . . T CAGTGT CTTG A GG T . AC . A . . . . T . G GGCAC . . . . . . TGCAC . . TAGA . . T
blockSeqs : . . . . . G T . A . . . . GG GT . . CTCT . . A CAGTGT AA C TT G . TT . A . . . . T . G GGCAT . . . . . . TGCAC . . TAGA . . T
blockSeqs : . . . . . T T . A . . . . TA GT . . CTC . . T CAGTGT AA A CG G . TA . A . . . . C . G GATCA . . . . . . TGT . . AAGT . . T
blockSeqs : . . . . . G T . T . . . . TA GT . . CTC . . A CAGTGT A C TC G . TA . T . . . . C . A GGCA . . . . . . TGT . . AAGT . . A
blockSeqs : . . . . . G C . A . . . . C AT . . CTC . . T TTGTAT A A TT G . C . T . . . . C . G ATCA . . . . . . TGT . . TAA . . A
blockSeqs : . . . . . G T . A . . . . T TT . . CT . . A TTGTAT A C GG G . C . A . . . . C . G GGCA . . . . . . GAC . . TAA . . T
blockSeqs : . . . . . T C . A . . . . C GT . . CT . . A CCGTGT G A GG A . T . T . . . . T . G GGCA . . . . . . TGT . . TT . . A
blockSeqs : . . . . . G C . A . . . . C GT . . T . . A CAGTG A A GG G . T . T . . . . T . G AGT . . . . . . . . . TA . .
blockSeqs : . . . . . G T . A . . . . C C . . A . . A CAGTG A A CG A . T . T . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . A . . . . C G . . T . . A T A A TG G . C . T . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . T . . . . C C . . T . . A . A A TA . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . A . . . . C . . . . . . A . A A TG . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : C . T . . . . C . . . . . . A . . C TT . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : T . A . . . . A . . . . . . T . . A TA . . . . . . T . .
blockSeqs : C . T . . . . C . . . . . . G . . . T . .
blockSeqs : T . T . . . . C . . . . . . T .
blockSeqs : T . . . . . . T . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . A
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : GT** CAGTGT* G******* G* TAGN*** *******
originalCons : AAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-C-TGT--C---TTGTC-G-TAG-A-G--C---GG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---G----TAG---AACCTG--TG-AA-TAGT--TAG--GTGTGCGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TC--GC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CAT-CCCT-GCT-T---------GCACCTT--GT-GGTA-AGT-GCGCT-------GG-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
finalCons : AAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-GACA-TCC-CTGC-C-TGT--C---TTGTCGT--AG-A-G--C---GG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGTGT-CTCTGG-------TAG---AACCTG--TG-AA-TAGT--TAG--GTGTGCGGTCAT--CCCT--G-CTTG-TC--GC-TGCGCAG--GG--CA-AGTGTGC-G-G-A-CAT-CCCT-GCT-T---------GCACCTT--GT-GGTAGN---GCGCT-------GG-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 3333333333 1111111 33333333 2222 22222 2222222222222 11111111
lowQualScore : 2 66 888 33 2 0 0 22 3 33 3 3 3 1 666666666 555555 5555 1 3 8888888888 3 444444 3 3333333 11111111 8888 7777 88 1 9999 66 5 22 2 22 4 4 333 4 4 55555 4 2 4 4 2 2 2 1111111111111 3 77 44 3 00000000 3 1
lowQualScore : . .. ... .. . . . .. . .. . . . . ......... ...... .... . . .......... . ...... . ....... ........ .... .... .. . .... .. . .. . .. . . ... . . ..... . . . . . . . ............. . .. .. . ........ . .
lowQualScore : 4 55 888 22 2 5 9 33 3 44 3 3 3 7 777777777 999999 8888 6 2 4444444444 1 444444 3 9999999 99999999 8888 0000 99 8 1111 11 8 99 1 99 2 2 000 2 0 00000 4 2 4 4 2 2 7 9999999999999 1 22 11 1 44444444 1 8
consensus : AAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-G-ACA-TCC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTC-G-TAG-A-G--C---G---G-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---G----TAG---AACCTG--TG-AA-TAGT--TAG--GTGTGCGGTCAT--CCC-T--G-CTTG-TC--GC-TGCGCAGG--G-CA-AGTGTGCG-G-A-CA-TCCCT-GCT-T---------GCACCTTGT-GG-TAG-NG-CGCT-------GG-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
Reference ( family-748 ) : AAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-G-ACA-TCC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTC-G-TAG-A-G--C---G---G-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---G----TAG---AACCTG--TG-AA-TAGT--TAG--GTGTGCGGTCAT--CCC-T--G-CTTG-TC--GC-TGCGCAGG--G-CA-AGTGTGCG-G-A-CA-TCCCT-GCT-T---------GCACCTTGT-GG-TAG-NG-CGCT-------GG-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36798 : AAGTGTGT-G-G-TCA-TCC-CTGC-T-AT---------T--A---CTGCC----AG-A-G-------------GT------GTGGAC-TTCCTGC--------TCTG---GGGTTTGG---CATCTT--T--AA-TAAC---AA--GTGTGCGGTCAT--CCC-T--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAAG--ATCA-GGTGTGCG-G-A-CA-TCCCT-GCC-T---------G--TCTTGT-CG-TAG-AG-CTC--------GG-TGTGCGGACATCCC-GCCAGTG
gi|36798 : tAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-G-ACA-TCC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTC-G-TAG-A-GCTC---G---G-TGT------GCGGACATCCC-GCCAGT-GTCTCTG---A----TAG---AACCGG--TG-AA-tctctgatagaaccggtgaa
gi|36799 : taagtgtgtggtcatccctgctattactgccagaggtgtggacttcctgctctggggtttggcatctttaataacAAGTGTGT-G-G-TCA-TCC-CTGC---TA---------T--T---TACTC---CAG-A-G------G---G-TGT------G--GACTTCCCTGC--------TCTG---GGGTTTGG---CATCT---T--AA-TAAC---AA--GTGTGCGGTCAT--CCC-T--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAAG--ATCA-GGTGTGCG-G-A-CA-T-CCT-GCC-T---------G--TCTTGTCGG-TAG-AG-CTCT-------GG-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36799 : tAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-G-ACA-T-C-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTCGG-TAG-A-G--CTCTG---G-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---A----TAG---AACCGG--TG-AA-tctctgatagaaccggtgaa
gi|36800 : taagtgtgtggtcatccctgctatttactccagagggtgtggacttccctgctctggggtttggcatcttaataac--TAG--GTGTGCGG-CAT--CCC-T--G-CCTA-TC--AC-TGCGCAGG--G-CA-AGTGTGCG-G-A-CA-TCCCT-GCT-T---------GCACCTTGT-GGAAAG-TG-CGCT-------GT-GGTGTGGACTTCCCTGC
gi|36801 : AAGTGTGT-G-G-TCA-TCC-CTGC-T-TA---------T--TA--CTGCC-G-----A-G--T---A---G-TGT------GTG-ACTTCCCTGC--------TCTG---GGTT-TGG---CATCTT--T--AG-TAAC---AA--GTGTGTGGTCAT--CCC-T--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAAG--ATCA-GGTGTGTG-G-A-CATTCCCT-GCC-T---------G--TCTTGT-GG-TAG-AG-CGCT-------GG-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36801 : tAAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGT-G-G-ACATTCC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CGCTG---G-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTGA--A----TAG---AACCGG--TG-AA-tctctgaatagaaccggtgaa
gi|36802 : taagtgtgtggtcatccctgcttattactgccgagtagtgtgtgacttccctgctctgggtttggcatctttagtaacAAGTGTGT-G-G-TCA-TCCGCTGC-T-TA---------T--TA--CTGCC----AG-A-G-------------GT------GTGGACTTCCCTGC--------TCTG---GGGTTTGG---CATCTT--T--AG-TAAA--CAA--GTGTGTGGTCAT--CCC-T--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAAA--T-CA-GGTGTGTG-GGA-CA-ATCCT-GCC-T---------GT--CTTGT-GG-TAG-AG-CGCT-------GG-TGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36802 : tAAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAA-ATCAGGTGTGTGG-G-ACA-ATC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CGCTG---G-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-G-CTCTG---A----TAG---AAACCG--TG-AA-ctctgatagaaaccgtgaa
gi|36803 : taagtgtgtggtcatccgctgcttattactgccagaggtgtggacttccctgctctggggtttggcatctttagtaaacGGTGTGT------CA-TCC-CTGC-T-TA---------TTAC---CTGCC----AG-A-G------------TGT------GTGGACTTCCCTGC------TCTGGG---G----TTG-------TC--TT-AA-TAA----AA--GTGTGCGGACAT--CCC-TCCG-CTTGGTT--GC-TGCGCAAT--ATCA-AGGGTGCGAG-A-CA-TCCCTCGCT-G---------TCGATTTG---G-TAT-AGATGCT-------GGCTGTGCGGACATCCCTGCCAGTG
gi|36803 : taagtAAGTGTGCG-GACATCCCTCCGCTTGG--TTG--CTGC-GCAATATCAAGGGTGC-GAG-ACA-TCC-CTCG-C-TG---------T--CGATTTGGT-A-TAG-ATG--CT--G---GCTGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---A----TAGAT-AACCCGGTTG-AA-tctctgatagataacccggttgaa
gi|36804 : taagtggtgtgtcatccctgcttattacctgccagagtgtgtggacttccctgctctggggttgtcttaataaAAGTGTGT-A-G-TCA-TCC-CTGA-T-TT---------T--TA--CTGCC----AG-A-G------------TGA------GTGGACTTTCCTGC--------TCTG---GGATTTGG---CATCTT--T--AG-TAGT---AA--GTGTGCGGCCAT--CCC-T--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAAG--
gi|36804 : tAAGTGTGCG-GCCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCatc
gi|36805 : taagtgtgtagtcatccctgatttttactgccagagtgagtggactttcctgctctgggatttggcatctttagtagtAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-G-ACA-TCC--TGC-C-TG---------T--C---TTGTC-GGTAG-A-G--CTCTG---G-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---A----TAG---AACCGG--TG-AAATAGTG-TAG--GTGT-CG--CAT--CCC-T--G-CCTA-TC--AC-TGCGCAGG--G-CA-AGTGTGCG-G-A-CA-TCCCT-GCT-T---------GCACCTTGT-GG-AAG-TG-CGCT-------GG-T-TGTGGACTTCCCTGCCAGTG
gi|36806 : AAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-G-ACA-TCC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTC-G-TAG-A-GCTC---G---G-TGT------GCGGACATCCC-GCCAGT-GTCTCTG---A----TAG---AACCGG--TGAAA-TAGT--TAG--GTGTGCGG-CAT--CCC-T--G-CCTA-TC--AC-TGCGCAGG--G-CA-AGTGTGCG-G-A-CA-TCCCT-GCT-T---------GCACCTTGT-GGAAAG-TG-CGCT-------GT-GGTGTGGACTTCCCTGCCAGTG
gi|36807 : AAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGT-G-G-ACATTCC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CGCTG---G-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTGA--A----TAG---AACCGG--TG-AA-TAGTGATAG--GTGTGCGGACAT--CCC-T--G-CCTG-TCATGC-CGCA-AGG--G-CACAGTGTGCG-GTA-CA-TCCCT-GC
gi|36808 : AAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAA-ATCAGGTGTGT-G-GGACA-ATC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTG-G-TAG-A-G--C---GCTGG-TGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-G-CTCTG---A----TAG---AAACCG--TG-AA-TAGTGATAG--GTGTGCGGACAT--CCCCT--G-CCTG-TC--AC-TGCGCAAGCGG-CA-AGTGTGCG-G-A-CA-TCC-T-GCT-T---------GCACCTTGT-GG-AAG-TG-CGCT-------GG-TGTGTGGACTTCCCTGCCAGTG
gi|36809 : AAGTGTGCG-GACATCCCTCCGCTTGG--TTG--CTGC-GCAATATCAAGGGTGC-GAG-ACA-TCC-CTCG-C-TG---------T--CGATTTGGT-A-TAG-ATG--CT--G---GCTGT------GCGGACATCCCTGCCAGT-GTCTCTG---A----TAGAT-AACCCGGTTG-AA-TAGGA-TAG--GTGTGCGGACAT--CCC-T--GACCTGTTC--AC-TGCGCAAG--G-CATAGTGT--G-G-ATCA-TCCCT-GC
gi|36810 : --CCC-T--G-CTTA-TT--AC-TGC-CAG--------AGTGTGTG-G-A-T--TACCT-GCTCT---------GCA
gi|36811 : GT------GCGGTCATCCCTGCTTGT-ATTT-----------------AACTTG--TA-AG-TAGT---AA--GTGTGTAGTCAT--CCC-T--G-ATTT-TT--AC-TGC-CAG--------AGTGAGTG-G-A-CT-TTCCT-GCT-CTGGGATTTGGCATCTT-T-AG-TAG-TA------------AG-TGTGCGGCCATCCCTGCtggggtttggaatctttagtgacaagtgtgc
gi|36812 : TCCCTGCTTG----TAGTTTAACTTA--TG-A--TAGT--AAGTGGTGTG---TCAT--CCC-T--G-CTTA-TT--ACCTGC-CAG--------AGTGTGTG-G-A-CT-TCCCT-GCT----------------CTGG-GG-TTG-T----CTTAATAAAAG-TGTGCGGACATCCCT
gi|36812 : AAGTG-GTGTGTCATCCCT--GCTTA---TTA--CC-T-GCCAGA----GTGTGT-G-G-ACT-TCC-CTGCTC-TG---------G--GG--TTGTC-T-TAATA-A--A---A---G-TGT------GCGGACATCCCT
gi|36813 : tccctgcttgtagtttaacttatgatagt-TAGTGATAG--GTGTGCGGACATGATCC-T--GACCTG-TC--AC-TGCGCAAGGTG-CA-AGTGTGTG-G-AGCA-TCCCT-GC--T---------G-ACCTTGT-GG-AAGTGG-CGCT-------GA-TGTGTGGACTTCCTGGCCAGTG
gi|36814 : t---G-TGT------GCGGTCATCCCTGCTTGT-ATTT-----------------AACTTG--TA-AG-TAGT---AA--GTGTGTAGTCAT--CCC-T--G-ATTT-TT--AC-TGC-CAG--------AGTGAGTG-G-A-CT-TTCCT-GC
gi|36815 : tagtacctgtaaAGAT-AAGTGTGT-G-G-TCA-TCC-CTGC-T-AT---------T--A---CTGCC----AG-A-G-------------GT------GTGGAC-TTCCTGC--------TCTG---GGGTTTGG---CATCTT--T--AA-TAAC---AA--GTGTGCGGTCAT--CCC-T--G-CTTG-TT--GC-TGCGCAAG--ATCA-GGTGTGCG-G-A-CA-TCCCT-GCC-T---------G--TCTTGT-CG-TAG-AG-CTC--------GG-TG
gi|36815 : agtAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTG---TTG--CTGC-GCAAGATCAGGTGTGC-G-G-ACA-TCC-CTGC-C-TG---------T--C---TTGTC-G-TAG-A-GCTC---G---G-TG
gi|36816 : agtagataagtgtgtggtcatccctgctattactgccagaggtgtggacttcctgctctggggtttggcatctttaataacAAGTGTGCG-ATCATCCCT--GCTTG---T------------ATATTAAGTGTGT-G-G-TCA-TCC-CTGC-T-TA---------T--TA--CTGCC-----G-A-G--T---A---G-TGT------GT-GACTTCCCTGC
gi|36817 : aataatTGC-GCAAGACCAGGTGTGC-G-G-ACA-TCC-CTGC-CTTG---------T--C---TTGTG-G-TAG-A-G--CTCTG---G-CGTGAACCCGCGGACG-CCGTACCCGT-GT
gi|36818 : taacaagcacccgtgggtcaccgacgaAAGTGTGCG-GTCATCCCT--GCTTGTATTTAACTTGTAGTAAGAT-AAGTGTGT-G-G-TCA-TCC-CTG--C-TA---------T--T---TACTC---CAG-A-G------G---G-TGT--------GGACTTCCCTGC
gi|36819 : atAAGTGTGCG-ATCATCCCT--GCTTG---GTA--T----------TTAAGTGTGT-G-G-TCA-TCCGCTGC-T-TA---------T--TA--CTGCC----AG-A-G-------------GT------GTGGACTTCCCTGC
gi|36820 : atAAGTGTGTG-GTCATCCCT--GCTTA---TTA--CTGC--CGAG-T--AGTGTGT---G-ACT-TCC-CTGCTC-TGGGTTTGGCAT--C---TT-TA-G-TA--A-C--A---A---G-TGT------GTGGTCATCCCTGC
gi|36821 : -A-G--T---A---G-TGC-------CGGTCATCCCTGCTTGTAGTTT-----------------AACTTA--TG-A--TAGT--AAGTGGTGTG---TCAT--CCC-T--G-CTTA-TT--ACCTGC-CAG--------AGTGTGTG-G-A-CT-TCCCT-GCT-