lowQualScore : 1111111 22222222222222 1 2222 111 2222 1
lowQualScore : 4 1 3 1 555 44 1 1 1 22 3 1 333 22 1 1 3 3 1 44 0 1 333 3 1 22 1 1 5555 1 3 22 55 1 1 333 1111111 3 00000000000000 3 3 3 1 6 1 3 1 1 1 555 1 1 5 888 666 1 3 555 7777 1 0000 1 111 333 2 2 55 333 22 6666 2 66 33 9 2 2 2
lowQualScore : . . . . ... .. . . . .. . . ... .. . . . . . .. . . ... . . .. . . .... . . .. .. . . ... ....... . .............. . . . . . . . . . . ... . . . ... ... . . ... .... . .... . ... ... . . .. ... .. .... . .. .. . . . .
lowQualScore : 7 7 5 7 444 11 7 7 7 44 5 7 000 44 7 7 5 5 7 11 3 7 000 5 7 44 7 7 4444 7 5 44 99 7 7 000 0000000 5 88888888888888 6 6 6 4 6 8 6 8 8 8 000 8 8 5 222 444 8 6 000 7777 8 5555 8 999 333 0 1 00 777 99 7777 4 55 22 4 4 4 4
consensus : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAA---TT-T-TT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---A-------CCTA-C-A-GTAAAAAATTTG-A-A-T-T-GATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCCA--ATTT-TAG---TA---T-CC-GA--GA---AAT--GAC-G--AA-A--AAGT--AATGCA-CG-TGCA-CACA
Reference ( gi|118735 ) : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AAA-TAA---TT-T-TT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---A-------CCTA-C-A-GTAAAAAATTTG-A-A-T-T-GATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCCA--ATTT-TAG---TA---T-CC-GA--GA---AAT--GAC-T--AA-A--AAGT--ATTGCA-CG-TGCA-CACA
gi|118733 : CGCG-CAT--CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAA---TT-T-TT--CTTGACAC-CA-T------C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-ATA-A---A-------CCTA-C-A-GT-AAAAATTTG-A-A-T-T-GATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TGGAAACG---G----TAT-GGCC---ATTT-TAG---TA---T-CC-GA--GA---AAT--GAC-G--AA-A--AAGT--AATGCA-CG-TGCA-CACA
gi|118736 : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-ACC-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAA---TT-T-TT--CTTGACAC-CA------T-C-T--TT--AT-GCA-C---TC----A--TGTC-ATA-A---A-------CCTA-C-A-GT-AAAAATTTG-A-A-T-T-GATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCC---ATTT-TAG---TA---T-CT-GA--GA---AAA--GAC-G--AA-A--AAGT--AATGCA-CGTTGCA-CACA
gi|118739 : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-AGGAGA-TAA---TT-T-TT--CTTGACAC-CAAT----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---A-------ACTA-C-ACGT-AAATATTTG-A-A-T-T--ATT---TC-AG-T-C---TTTT---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCCA--TTTTGTAG---TA---T-CC-GA--GA---AAT--GAC-G--AA-A--AAGT--AATGCA-CG-TGCA-CACA
gi|118737 : CGCG-CATTTCAC-G-C---G--CTA-C-GC--GA-A-T---T--T-A-A-T-A-AC-AGA-TAA---TT-T-TT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--CG-GTA-C---TC----A--TGTC-AT--A---AATTTTAACCTA-C-A-GTATAAA-TTTG-A-A-T-T-GATT---TC-AG-T-C---TTTA---AG-TCGAAA-G---T----TAT-GGCC---ATTT-TAG---TA---T-CC-GA--GA---AAT--GAC-G--AA-A--AAGT--AATGCA-CG-TGCA-CACA
gi|118742 : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-A-T-GT--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAAATTTT-T-TT--CTTGATAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----AT-TGTC-AT--A---A-------ACTA-C-A-GTAAAAAATTTG-A-A-TAG-GATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TCAAAA-G---T----TAT-GGCC---ATTT-TAGGT-TA---T-CC-GA--GA---AAA--GAC----AA-A--AAGT--AATGCACCG-TGCA-CACA
gi|118745 : CGCG-CATT-CAC---T---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TCA---TT-T-T---CTTGACAC-CA-TC---T-C-T--TTTAAG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---AA------CTTA-CCA-GTAAAAAATTTG-A-A-T-T-GATT---T--AG-TCC---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGC----ATTT-TAG---TA---T-CC-GA--GA---AAT--GAC----GA-A--AAGT--A--GCA-CG-TGCA-CACA
gi|118743 : CGCGTCATT-CACTG-C---G--C-A-C-GC--GACA-T---T--T-G-A-T-A-A--AAA-TAA---TT-T-TT--CT-GACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCC-C---T-----A--TGTC-AT--A---A-------CCTA-C-A-GT-AAAAATTTG-A-A-T-T-GATT---TCAAG-T-C---TTTA---ATCTCGAAA-G---T----TATCGGCCA----TT-TAG---TA---T-CC--A--GA---AAT--GAC-GAAAA-A--AAGT--GATGCA-CG-TGCA-CACA
gi|118748 : CGCG-CATT-CAC-GGC---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T----G-A-TTA-A--AAA-AAA---TTCT-TT--CTTGACACACA-T----T-C-TATTT--AG-GCAGC---TC----A--TGTC-AT--A---A-------ACTA-CCA-GTAAAAA-TTTG-A-A-T-TTGATT---TC-AG-TTC---TTTA---AT-TCCGAA-G---T----TAT-GGCC----TTT-TAG---TA---TGCC-GA--GA---AATTTGAC-T--AA-A--AAGT--ATTGCA-CG-TGCACCACA
gi|118744 : CGCG-CATT-CAC-G-C---GG-C-A---GC--GA-AAT---T--T-G-AAT-A-A--AAA-TAA---TT-T-TT--CTTGACAC----T----T-C-T--T---AG-GCA-C---TC----AA-TGTC-AT--A---AA------CCTA-C-A-GTAAAAA-TTTG-A-AAT-T-GATT---TC-AA-T-G---TTTA---AT-TCGAAA-AAGTT----TAT-GGCCA---TTT-TAG---TAAAAC-CC-GA--GA---AAT--GAC-G--AA-A--AAGT--AATGCA-CG-TGCA-CACA
gi|118741 : CGCG-TATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAT---TT-T-CT--CTTGACAC-CA-T----T-CTT--TT--AA---A-C---CC----A--TGTCAATA-A---A-------CCTA-C-A-GCTAAAAATTTG-A-A-T-T-GATT---TC-AG-T-A---TTTA---AT-TCGAAA-G---TTATGTAT-GGCC---ATTT-TAG---TA---T--C-GA--GA---AAT--GAC-GA-AA-A--AAGT--A-TGCA-CG-TGCG-TGCA
gi|118740 : CGCG-TATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAT---TT-T-CT--CTTGACAC-CA-T----T-CTT--TT--AA---A-C---CC----A--TGTCAATA-A---A-------CCTA-C-A-GCTAAAAATTTG-A-A-T-T-GATT---TC-AG-T-A---TTTA---AT-TCGAAA-G---TTATGTAT-GGCC---ATTT-TAG---TA---T--C-GA--GA---AAT--GAC-GA-AA-A--AAGT--A-TGCA-CG-TGCG-TGCA
gi|118746 : CGCG-CATT-CAG-G-C---G--C---C-GC--GA-A-TGCTT--T-G-A-T-A-A--AAA-TAT---TT-T-TT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GGC-C---TCA---A--TGTC-AT--A---AAC-----CTTA-C-A-GT-ATAACTTTGAA-A-T-T-GATT---TC-AG-T-CTTTTTTA---AT-T--GAA-G---T----TAT-GGCCA--ATTT-TAGGT-TA---T-CC-GAG-GA---AAT--GACGG--AA-A--AAGT--AATGCA-CG-TGAA-CACA
gi|118749 : CGCGACATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--A-G-A-TTA-A--CGA-TA----CT-T-TT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--T----A-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--ACA-A-------CCTA-C-AAGTAAAAA--TTG-G-A-T-T-GATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-CTGGAA-A---T----TAA-GGCCA--TTTT-TAG---TA---T--C-GA---A---AAT--ACC-G--AAGA--AAGT--AAT-CA-CT-TGCA-CAC
gi|118738 : CGCG-CATT-CACAG-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--TTG-AGT-A-A--AGA-TAA---TTCT-TT--CTTGACAC-CA-T----TTC-T--TT--AG--CA-----TC----AACTGTC-ATCAA---A-------CCAA-C-A-GTAAAAT-TTTG-A-A-T-T-TGTTG--TC-AGCT-C---TTTA---AT-TCAAAA-G---T----TAT-TAGCA--A-TT-TAG---TA---T-CCGGA--GA---AAT--GAC-
gi|118750 : CGCG-CATT-CAC-G-C---G------------GA-A-T---T--G-G-A-T-ACA--AGA-TAA---TT-T-TT--TCTTACAC-CA-T----T-C-T--TTG-AGAGCA-C---CT----ACTTGT--AT--A---AC------CCTA-C-A-GTCAAAAATCTT-A-A-T-T--ACT---TC-AG-T-CTTTTTTA---AT-TCG-AA-G---T----TAT-GGCCATCA-TT-TAG---TA---T-CC-GA--AAGACAAT--GAg
gi|118734 : CGTG-CACA-CAC-G-C---G--C-A-C-GT--GA-G-T---A--T-G-A-T---A--GAG-T-A---TT-A-CT--TTTGATAC-CA-T----T-C-A--AA--AG-ACG-T---TTCA--A--TGAT-AT--A------------CTACC-A-GT-ATTAATTTG-ATA-T-T-G--T---TG-GA-T-C---ATT-----T-TAGAAA-G---T----TAC-GG-CA--ATTT-CAA---AA---T-Cacgatgtcaacagataatgacgtggcactaca
gi|118747 : CG-CATC-TAC-A-CAGTG--G-A-CAGC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AAA-TAA---TT-T-TT--CTTGA-AC-CA-T----T-T-T--TTC-AG-GCA-C---TCCATCA--TGTC-AT--ACAAA-------CC-A-C-A-GTAAAAATTTTG-A-A-T-T-GATT---TC-AG-TCC---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCC---ATTT-TAG---TA---T-CC-----GC---ACT--GAC-G--AA-AACAAGT--AATGCA-CG-TGCA-CACA
gi|118751 : ATG-CAC-G-C---G--C-A-T-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AAAGTAA---TT-T-TT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---A-------CCTA-C-A-GT-AAAAATTTG-A-A-T-T-GATT---TC-AG-T-CT--TTTA---AT-TCGAAA-GT--T----TAT-GGCCA--TTTT-TAG---TA---T-CC-GA--GA---AAT--GAC-G--AA-A--AAGT--AATGCA-CG-TGCA-CACA
gi|118752 : ATG-CAC-A-C---G--C-A-T-GC---A-C-T---T--T-G-G-C-A--------TA-------T-TC--CATTACAC-CA-T----T-C-T--AT--GG-ACA-A---AC----A--TATT-AT--CT--A-------CCTG-T---GTGGTAAATATG-A-A-T-T-CATT---C-----T-C---TTTATTCAT-TAGAAA-A---T----TAC-AGACG---TTT-TAGCATTA---T-CC-AATCAA---AAT--GAA-G--CA-C--ACGTGCATTGCA-CG-TGCA-
gi|118753 : ATG-CAC-A-C---G--C-A-T-GT--GC-G-T---T----G-A-C-A--------------TT-T-TTGACT--ACAT-CA-T----T-C-T--AT--GG-GCA-A---AC----A--TATT-AT--CT--A-------CCTG-T---GTGGTAAATATT-A-A-T-T-CATT---C-----T-C---TTTATTCAT-TAGAAA-G---T----TAC-AGAC---GTTT-TAGCATTA---T-CC----------AAT--CA-----AA-ATTAAGC--A---CA-CG-TGCA-TGCA
gi|118754 : T-CCC-G-CAT-G--C-A-T-GC--AA-A-T---T--T-G-A-T-T-T--AAC---A---TC-TATG--CTTCACAT-CA-T----T-C-A--TT--AA-GCA-T---TC----A--TATT-GT--A---AA------CCTA-C-A-GCAAAATATTC--A-T-T-T-TATT---TT-AG-C-C---CTCT---AT-TAGAAT-T---T----TAT-GGCC---ATTC-CAG---CA---cgtgca
gi|118755 : T-CAC-G-C---GAAC-A-C-GCTCGATA-T---TGAT-GTA-T-A-A--AAT-TAA---TT-T-TC--CTTGACAC-CA-TGTTCT-T-T--TT--AG-GCA-C---TC-------TGTC-AT--
gi|118756 : -CAC-G-C---G--C-A-C-GT--GA-G-T---A--C-G-A-T---A--GAG-T-A---TT-A-CT--TTTGATAC-CA-T----T-C--------AA-AAA-CGTTTCA---A--TGAT-AT--A---A--------CTACC-A-GTATTAA--TTG-ATA-T-T-GCTTGGATC-A--T-T---TTTA---A----GAAAGG---T----TAC-GG-CA--ATTT-CAttgagacttaacagagatttaaa
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111111111 1 11 111
lowQualScore : 4 1 3 1 555 44 1 1 1 22 3 1 222 22 1 1 3 3 3 44 1 4444 3 22 1 1 5555 1 3 22 55 1 1 222 0000000 3 99999999999999 5 1 3 2 3 1 3 3 1 444 1 3 3 777 666 1 3 444 7777 1 88 22 1 111 333 1 2 77 333 22 2 2 7777777 2 22 2 22 2 2 2 2 2 2
lowQualScore : . . . . ... .. . . . .. . . ... .. . . . . . .. . .... . .. . . .... . . .. .. . . ... ....... . .............. . . . . . . . . . ... . . . ... ... . . ... .... . .. .. . ... ... . . .. ... .. . . ....... . .. . .. . . . . . .
lowQualScore : 4 7 3 7 222 00 7 7 7 33 3 7 999 33 7 7 3 3 3 00 7 3333 3 33 7 7 2222 7 3 33 66 7 7 999 1111111 3 11111111111111 2 7 5 7 8 7 5 5 7 888 7 5 5 888 111 7 5 888 4444 7 66 44 7 444 222 9 0 55 555 88 0 0 3333333 1 99 1 99 1 1 1 1 1 4
consensus : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---A-------CCTA-C-A-GTAAAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCCAAT--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
Reference ( family-744 ) : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---A-------CCTA-C-A-GTAAAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCCAAT--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118733 : CGCG-CAT--CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T------C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-ATA-A---A-------CCTA-C-A-GT-AAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TGGAAACG---G----TAT-GGCC-AT--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118734 : CGTG-CACA-CAC-G-C---G--C-A-C-GT--GA-G-T---A--T-G-A-T-A-G--AG--T-A---TT-ACT--TTTGATAC-CA-T----T-C-A--AA--AG-ACG-T---TTCA--A--TGAT-AT--A------------CTACC-A-GT-ATTAATTTG-ATA-T-TG--T---TG-GA-T-C---ATT-----T-TAGAAA-G---T----TAC-GG-CAAT--TT-CAA---AA---T-C
gi|118735 : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AAA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---A-------CCTA-C-A-GTAAAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCCAAT--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-T--A----A-A--AAG-T--A-TTGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118736 : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-ACC-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA------T-C-T--TT--AT-GCA-C---TC----A--TGTC-ATA-A---A-------CCTA-C-A-GT-AAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCC-AT--TT-TAG---TA---T-CTG-A--GA---AA--AG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CGTT-GCA-C-ACA
gi|118737 : CGCG-CATTTCAC-G-C---G--CTA-C-GC--GA-A-T---T--T-A-A-T-A-AC-AGA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--CG-GTA-C---TC----A--TGTC-AT--A---AATTTTAACCTA-C-A-GTATAAA-TTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AG-TCGAAA-G---T----TAT-GGCCA-T--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118738 : CGCG-CATT-CACAG-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--TTG-AGT-A-A--AGA-TAA---TTCTTT--CTTGACAC-CA-T----TTC-T--TT--AG--CA-----TC----AACTGTC-ATCAA---A-------CCAA-C-A-GTAAAAT-TTTG-A-A-T-TTGTTG--TC-AGCT-C---TTTA---AT-TCAAAA-G---T----TAT-TAGCAAT--TT--AG---TA---T-CCGGA--GA---AA--TG-AC-G--
gi|118739 : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-AGGAGA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CAAT----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---A-------ACTA-C-ACGT-AAATATTTG-A-A-T-T-ATT---TC-AG-T-C---TTTT---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCCATT--TTGTAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118740 : CGCG-TATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAT---TT-TCT--CTTGACAC-CA-T----T-CTT--TT--AA---A-C---CC----A--TGTCAATA-A---A-------CCTA-C-A-GCTAAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-A---TTTA---AT-TCGAAA-G---TTATGTAT-GGCC-AT--TT-TAG---TA---T--CG-A--GA---AA--TG-AC-GA-A----A-A--AAG-T----ATGCA-CG-T-GCG-T-GCA
gi|118741 : CGCG-TATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAT---TT-TCT--CTTGACAC-CA-T----T-CTT--TT--AA---A-C---CC----A--TGTCAATA-A---A-------CCTA-C-A-GCTAAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-A---TTTA---AT-TCGAAA-G---TTATGTAT-GGCC-AT--TT-TAG---TA---T--CG-A--GA---AA--TG-AC-GA-A----A-A--AAG-T----ATGCA-CG-T-GCG-T-GCA
gi|118742 : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-A-T-GT--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAAATTTT-TTT--CTTGATAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----AT-TGTC-AT--A---A-------ACTA-C-A-GTAAAAAATTTG-A-A-TAGGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TCAAAA-G---T----TAT-GGCC-AT--TT-TAGGT-TA---T-CCG-A--GA---AA--AG-AC----A----A-A--AAG-T--A-ATGCACCG-T-GCA-C-ACA
gi|118743 : CGCGTCATT-CACTG-C---G--C-A-C-GC--GACA-T---T--T-G-A-T-A-A--AAA-TAA---TT-TTT--CT-GACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCC-C---T-----A--TGTC-AT--A---A-------CCTA-C-A-GT-AAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TCAAG-T-C---TTTA---ATCTCGAAA-G---T----TATCGGCCA----TT-TAG---TA---T-CC--A--GA---AA--TG-AC-GAAA----A-A--AAG-T--G-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118744 : CGCG-CATT-CAC-G-C---GG-C-A---GC--GA-AAT---T--T-G-AAT-A-A--AAA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC----T----T-C-T--T---AG-GCA-C---TC----AA-TGTC-AT--A---AA------CCTA-C-A-GTAAAAA-TTTG-A-AAT-TGATT---TC-AA-T-G---TTTA---AT-TCGAAA-AAGTT----TAT-GGCCA-T--TT-TAG---TAAAAC-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118745 : CGCG-CATT-CAC---T---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TCA---TT-TT---CTTGACAC-CA-TC---T-C-T--TTTAAG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---AA------CTTA-CCA-GTAAAAAATTTG-A-A-T-TGATT---T--AG-TCC---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGC--AT--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G-------A-A--AAG-T--A---GCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118746 : CGCG-CATT-CAG-G-C---G--C---C-GC--GA-A-TGCTT--T-G-A-T-A-A--AAA-TAT---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GGC-C---TCA---A--TGTC-AT--A---AAC-----CTTA-C-A-GT-ATAACTTTGAA-A-T-TGATT---TC-AG-T-CTTTTTTA---AT-T--GAA-G---T----TAT-GGCCAAT--TT-TAGGT-TA---T-CCG-AG-GA---AA--TG-ACGG--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GAA-C-ACA
gi|118747 : CG-CATC-TAC-A-CAGTG--G-A-CAGC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AAA-TAA---TT-TTT--CTTGA-AC-CA-T----T-T-T--TTC-AG-GCA-C---TCCATCA--TGTC-AT--ACAAA-------CC-A-C-A-GTAAAAATTTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-TCC---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCC-AT--TT-TAG---TA---T-CC-----GC---AC--TG-AC-G--A----A-AACAAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118748 : CGCG-CATT-CAC-GGC---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T----G-A-TTA-A--AAA-AAA---TTCTTT--CTTGACACACA-T----T-C-TATTT--AG-GCAGC---TC----A--TGTC-AT--A---A-------ACTACC-A-GT-AAAAATTTG-A-ATT-TGATT---TC-AGTT-C---TTTA---AT-TCCGAA-G---T----TAT-GGCC--T--TT-TAG---TA---TGCCG-A--GA---AATTTG-AC-T--A----A-A--AAG-T--A-TTGCA-CG-T-GCACC-ACA
gi|118749 : CGCGACATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--A-G-A-TTA-A--CGA-TA----CT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--T----A-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--ACA-A-------CCTA-C-AAGTAAAAA--TTG-G-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-CTGGAA-A---T----TAA-GGCCATT--TT-TAG---TA---T--CG-A---A---AA--TA-CC-G--A----AGA--AAG-T--A-AT-CA-CT-T-GCA-C-AC
gi|118750 : CGCG-CATT-CAC-G-C---G------------GA-A-T---T--G-G-A-T-ACA--AGA-TAA---TT-TTT--TCTTACAC-CA-T----T-C-T--TTG-AGAGCA-C---CT----ACTTGT--AT--A---AC------CCTA-C-A-GTCAAAAATCTT-A-A-T-T-ACT---TC-AG-T-CTTTTTTA---AT-TCG-AA-G---T----TAT-GGCC-ATCATT-TAG---TA---T-CCG-A--AAGACAA--TGAAC-G--ATGTCA-A--CAGAT--A-ATG-A-CG-TGGCA-CTACA
gi|118751 : ATG-CAC-G-C---G--C-A-T-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AAAGTAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---A-------CCTA-C-A-GT-AAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-CT--TTTA---AT-TCGAAA-GT--T----TAT-GGCCATT--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118752 : ATG-CAC-A-C---G--C-A-T-GC---A-C-T---T--T-G-G-C-A--------TA-------TTC--CATTACAC-CA-T----T-C-T--AT--GG-ACA-A---AC----A--TATT-AT--CT--A-------CCTG-T---GTGGTAAATATG-A-A-T-TCATT---C-----T-C---TTTATTCAT-TAGAAA-A---T----TAC-AGAC-GT--TT-TAGCATTA---T-CCA-ATCAA---AA--TG-AA-G--C----A-C--ACG-TGCA-TTGCA-CG-T-GCA-
gi|118753 : ATG-CAC-A-C---G--C-A-T-GT--GC-G-T---T----------------GA-CA----TT-TTTGACT--ACAT-CA-T----T-C-T--AT--GG-GCA-A---AC----A--TATT-AT--CT--A-------CCTG-T---GTGGTAAATATT-A-A-T-TCATT---C-----T-C---TTTATTCAT-TAGAAA-G---T----TAC-AGAC-GT--TT-TAGCATTA---T-CCA-ATCAA---AA--TT-AA-G--C----A-C--ACG-T--GCATGCA-CG-T-GCA-
gi|118754 : T-CCC-G-CAT-G--C-A-T-GC--AA-A-T---T--T-G-A-T-TTA--ACA-T-----CT-ATG--CTTCACAT-CA-T----T-C-A--TT--AA-GCA-T---TC----A--TATT-GT--A---AA------CCTA-C-A-GCAAAATATTC--A-T-T-TTATT---TT-AG-C-C---CTCT---AT-TAGAAT-T---T----TAT-GGCC-AT--TC-CAG---CA---
gi|118755 : T-CAC-G-C---GAAC-A-C-GCTCGATA-T---TGAT-GTA-T-A-A--AAT-TAA---TT-TTC--CTTGACAC-CA-TGTTCT-T-T--TT--AG-GCA-C---TC-------TGTC-AT--
gi|118756 : -CAC-G-C---G--C-A-C-GT--GA-G-T---A--C-G-A-T-A-G--AG--T-A---TT-ACT--TTTGATAC-CA-T----T-C--------AA-AAA-CGTTTCA---A--TGAT-AT--A---A--------CTACC-A-GTATTAA--TTG-ATA-T-TGCTTGGATC-A--T-T---TTTA---A----GAAAGG---T----TAC-GG-CAAT--TT-CAttgagacttaacagagatttaaa
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111111111 1 11 111
lowQualScore : 4 1 3 1 555 44 1 1 1 22 3 1 222 22 1 1 3 3 3 44 1 4444 3 22 1 1 5555 1 3 22 55 1 1 222 0000000 3 99999999999999 5 1 3 2 3 1 3 3 1 444 1 3 3 777 666 1 3 444 7777 1 88 22 1 111 333 1 2 77 333 22 2 2 7777777 2 22 2 22 2 2 2 2 2 2
lowQualScore : . . . . ... .. . . . .. . . ... .. . . . . . .. . .... . .. . . .... . . .. .. . . ... ....... . .............. . . . . . . . . . ... . . . ... ... . . ... .... . .. .. . ... ... . . .. ... .. . . ....... . .. . .. . . . . . .
lowQualScore : 4 7 3 7 222 00 7 7 7 33 3 7 999 33 7 7 3 3 3 00 7 3333 3 33 7 7 2222 7 3 33 66 7 7 999 1111111 3 11111111111111 2 7 5 7 8 7 5 5 7 888 7 5 5 888 111 7 5 888 4444 7 66 44 7 444 222 9 0 55 555 88 0 0 3333333 1 99 1 99 1 1 1 1 1 4
consensus : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---A-------CCTA-C-A-GTAAAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCCAAT--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
Reference ( family-744 ) : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---A-------CCTA-C-A-GTAAAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCCAAT--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118733 : CGCG-CAT--CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T------C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-ATA-A---A-------CCTA-C-A-GT-AAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TGGAAACG---G----TAT-GGCC-AT--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118734 : CGTG-CACA-CAC-G-C---G--C-A-C-GT--GA-G-T---A--T-G-A-T-A-G--AG--T-A---TT-ACT--TTTGATAC-CA-T----T-C-A--AA--AG-ACG-T---TTCA--A--TGAT-AT--A------------CTACC-A-GT-ATTAATTTG-ATA-T-TG--T---TG-GA-T-C---ATT-----T-TAGAAA-G---T----TAC-GG-CAAT--TT-CAA---AA---T-C
gi|118735 : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AAA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---A-------CCTA-C-A-GTAAAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCCAAT--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-T--A----A-A--AAG-T--A-TTGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118736 : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-ACC-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA------T-C-T--TT--AT-GCA-C---TC----A--TGTC-ATA-A---A-------CCTA-C-A-GT-AAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCC-AT--TT-TAG---TA---T-CTG-A--GA---AA--AG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CGTT-GCA-C-ACA
gi|118737 : CGCG-CATTTCAC-G-C---G--CTA-C-GC--GA-A-T---T--T-A-A-T-A-AC-AGA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--CG-GTA-C---TC----A--TGTC-AT--A---AATTTTAACCTA-C-A-GTATAAA-TTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AG-TCGAAA-G---T----TAT-GGCCA-T--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118738 : CGCG-CATT-CACAG-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--TTG-AGT-A-A--AGA-TAA---TTCTTT--CTTGACAC-CA-T----TTC-T--TT--AG--CA-----TC----AACTGTC-ATCAA---A-------CCAA-C-A-GTAAAAT-TTTG-A-A-T-TTGTTG--TC-AGCT-C---TTTA---AT-TCAAAA-G---T----TAT-TAGCAAT--TT--AG---TA---T-CCGGA--GA---AA--TG-AC-G--
gi|118739 : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-AGGAGA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CAAT----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---A-------ACTA-C-ACGT-AAATATTTG-A-A-T-T-ATT---TC-AG-T-C---TTTT---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCCATT--TTGTAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118740 : CGCG-TATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAT---TT-TCT--CTTGACAC-CA-T----T-CTT--TT--AA---A-C---CC----A--TGTCAATA-A---A-------CCTA-C-A-GCTAAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-A---TTTA---AT-TCGAAA-G---TTATGTAT-GGCC-AT--TT-TAG---TA---T--CG-A--GA---AA--TG-AC-GA-A----A-A--AAG-T----ATGCA-CG-T-GCG-T-GCA
gi|118741 : CGCG-TATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAT---TT-TCT--CTTGACAC-CA-T----T-CTT--TT--AA---A-C---CC----A--TGTCAATA-A---A-------CCTA-C-A-GCTAAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-A---TTTA---AT-TCGAAA-G---TTATGTAT-GGCC-AT--TT-TAG---TA---T--CG-A--GA---AA--TG-AC-GA-A----A-A--AAG-T----ATGCA-CG-T-GCG-T-GCA
gi|118742 : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-A-T-GT--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAAATTTT-TTT--CTTGATAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----AT-TGTC-AT--A---A-------ACTA-C-A-GTAAAAAATTTG-A-A-TAGGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TCAAAA-G---T----TAT-GGCC-AT--TT-TAGGT-TA---T-CCG-A--GA---AA--AG-AC----A----A-A--AAG-T--A-ATGCACCG-T-GCA-C-ACA
gi|118743 : CGCGTCATT-CACTG-C---G--C-A-C-GC--GACA-T---T--T-G-A-T-A-A--AAA-TAA---TT-TTT--CT-GACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCC-C---T-----A--TGTC-AT--A---A-------CCTA-C-A-GT-AAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TCAAG-T-C---TTTA---ATCTCGAAA-G---T----TATCGGCCA----TT-TAG---TA---T-CC--A--GA---AA--TG-AC-GAAA----A-A--AAG-T--G-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118744 : CGCG-CATT-CAC-G-C---GG-C-A---GC--GA-AAT---T--T-G-AAT-A-A--AAA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC----T----T-C-T--T---AG-GCA-C---TC----AA-TGTC-AT--A---AA------CCTA-C-A-GTAAAAA-TTTG-A-AAT-TGATT---TC-AA-T-G---TTTA---AT-TCGAAA-AAGTT----TAT-GGCCA-T--TT-TAG---TAAAAC-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118745 : CGCG-CATT-CAC---T---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TCA---TT-TT---CTTGACAC-CA-TC---T-C-T--TTTAAG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---AA------CTTA-CCA-GTAAAAAATTTG-A-A-T-TGATT---T--AG-TCC---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGC--AT--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G-------A-A--AAG-T--A---GCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118746 : CGCG-CATT-CAG-G-C---G--C---C-GC--GA-A-TGCTT--T-G-A-T-A-A--AAA-TAT---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GGC-C---TCA---A--TGTC-AT--A---AAC-----CTTA-C-A-GT-ATAACTTTGAA-A-T-TGATT---TC-AG-T-CTTTTTTA---AT-T--GAA-G---T----TAT-GGCCAAT--TT-TAGGT-TA---T-CCG-AG-GA---AA--TG-ACGG--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GAA-C-ACA
gi|118747 : CG-CATC-TAC-A-CAGTG--G-A-CAGC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AAA-TAA---TT-TTT--CTTGA-AC-CA-T----T-T-T--TTC-AG-GCA-C---TCCATCA--TGTC-AT--ACAAA-------CC-A-C-A-GTAAAAATTTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-TCC---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCC-AT--TT-TAG---TA---T-CC-----GC---AC--TG-AC-G--A----A-AACAAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118748 : CGCG-CATT-CAC-GGC---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T----G-A-TTA-A--AAA-AAA---TTCTTT--CTTGACACACA-T----T-C-TATTT--AG-GCAGC---TC----A--TGTC-AT--A---A-------ACTACC-A-GT-AAAAATTTG-A-ATT-TGATT---TC-AGTT-C---TTTA---AT-TCCGAA-G---T----TAT-GGCC--T--TT-TAG---TA---TGCCG-A--GA---AATTTG-AC-T--A----A-A--AAG-T--A-TTGCA-CG-T-GCACC-ACA
gi|118749 : CGCGACATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--A-G-A-TTA-A--CGA-TA----CT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--T----A-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--ACA-A-------CCTA-C-AAGTAAAAA--TTG-G-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-CTGGAA-A---T----TAA-GGCCATT--TT-TAG---TA---T--CG-A---A---AA--TA-CC-G--A----AGA--AAG-T--A-AT-CA-CT-T-GCA-C-AC
gi|118750 : CGCG-CATT-CAC-G-C---G------------GA-A-T---T--G-G-A-T-ACA--AGA-TAA---TT-TTT--TCTTACAC-CA-T----T-C-T--TTG-AGAGCA-C---CT----ACTTGT--AT--A---AC------CCTA-C-A-GTCAAAAATCTT-A-A-T-T-ACT---TC-AG-T-CTTTTTTA---AT-TCG-AA-G---T----TAT-GGCC-ATCATT-TAG---TA---T-CCG-A--AAGACAA--TGAAC-G--ATGTCA-A--CAGAT--A-ATG-A-CG-TGGCA-CTACA
gi|118751 : ATG-CAC-G-C---G--C-A-T-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AAAGTAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---A-------CCTA-C-A-GT-AAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-CT--TTTA---AT-TCGAAA-GT--T----TAT-GGCCATT--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118752 : ATG-CAC-A-C---G--C-A-T-GC---A-C-T---T--T-G-G-C-A--------TA-------TTC--CATTACAC-CA-T----T-C-T--AT--GG-ACA-A---AC----A--TATT-AT--CT--A-------CCTG-T---GTGGTAAATATG-A-A-T-TCATT---C-----T-C---TTTATTCAT-TAGAAA-A---T----TAC-AGAC-GT--TT-TAGCATTA---T-CCA-ATCAA---AA--TG-AA-G--C----A-C--ACG-TGCA-TTGCA-CG-T-GCA-
gi|118753 : ATG-CAC-A-C---G--C-A-T-GT--GC-G-T---T----------------GA-CA----TT-TTTGACT--ACAT-CA-T----T-C-T--AT--GG-GCA-A---AC----A--TATT-AT--CT--A-------CCTG-T---GTGGTAAATATT-A-A-T-TCATT---C-----T-C---TTTATTCAT-TAGAAA-G---T----TAC-AGAC-GT--TT-TAGCATTA---T-CCA-ATCAA---AA--TT-AA-G--C----A-C--ACG-T--GCATGCA-CG-T-GCA-
gi|118754 : T-CCC-G-CAT-G--C-A-T-GC--AA-A-T---T--T-G-A-T-TTA--ACA-T-----CT-ATG--CTTCACAT-CA-T----T-C-A--TT--AA-GCA-T---TC----A--TATT-GT--A---AA------CCTA-C-A-GCAAAATATTC--A-T-T-TTATT---TT-AG-C-C---CTCT---AT-TAGAAT-T---T----TAT-GGCC-AT--TC-CAG---CA---
gi|118755 : T-CAC-G-C---GAAC-A-C-GCTCGATA-T---TGAT-GTA-T-A-A--AAT-TAA---TT-TTC--CTTGACAC-CA-TGTTCT-T-T--TT--AG-GCA-C---TC-------TGTC-AT--
gi|118756 : -CAC-G-C---G--C-A-C-GT--GA-G-T---A--C-G-A-T-A-G--AG--T-A---TT-ACT--TTTGATAC-CA-T----T-C--------AA-AAA-CGTTTCA---A--TGAT-AT--A---A--------CTACC-A-GTATTAA--TTG-ATA-T-TGCTTGGATC-A--T-T---TTTA---A----GAAAGG---T----TAC-GG-CAAT--TT-CAttgagacttaacagagatttaaa
blockSeqs : T T A G AGT AA T C A TC C A GCT GA T T G T C GG G AATT C GA A A GTTC T T AT TA A G GTT CATCA A AAATTTTAA C C C A A A T A A GGA A C C TTT TTC C G AGT TATG C AA CA G CAT AAA G G TC GAC TT A G ATGTC G AC A GC C C T G C T
blockSeqs : A . T . AT G . . . . T . . . . . A T T C . A C . . . C . T . C . . . CAA A ACAAA C . A A A . T T . G . T C TTT TTC . . T TATG . AA . . CAT . . . TC . . . . AAA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . AAC . CAAA C . . A A . . . . . . . . T . . . . . . AA . . GT . . . G . . . . AA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . ACT . AAAC . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . AT . . GT . . . . . . . . AA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . AT . ACAA . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . AA . AAA . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . AA . AAA . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . AA . AAA . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . A . AAA . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . AAA . . . A C . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . AAC . . . C T . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . CTA . . . G A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . A . CTA . . . G A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . AAA . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . AA . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . AA . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . AA . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---A-------CCTA-C-A-GTAAAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCCAAT--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
finalCons : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---A-------CCTA-C-A-GTAAAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCCAAT--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111111111 1 11 111
lowQualScore : 4 1 3 1 555 44 1 1 1 22 3 1 222 22 1 1 3 3 3 44 1 4444 3 22 1 1 5555 1 3 22 55 1 1 222 0000000 3 99999999999999 5 1 3 2 3 1 3 3 1 444 1 3 3 777 666 1 3 444 7777 1 88 22 1 111 333 1 2 77 333 22 2 2 7777777 2 22 2 22 2 2 2 2 2 2
lowQualScore : . . . . ... .. . . . .. . . ... .. . . . . . .. . .... . .. . . .... . . .. .. . . ... ....... . .............. . . . . . . . . . ... . . . ... ... . . ... .... . .. .. . ... ... . . .. ... .. . . ....... . .. . .. . . . . . .
lowQualScore : 4 7 3 7 222 00 7 7 7 33 3 7 999 33 7 7 3 3 3 00 7 3333 3 33 7 7 2222 7 3 33 66 7 7 999 1111111 3 11111111111111 2 7 5 7 8 7 5 5 7 888 7 5 5 888 111 7 5 888 4444 7 66 44 7 444 222 9 0 55 555 88 0 0 3333333 1 99 1 99 1 1 1 1 1 4
consensus : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---A-------CCTA-C-A-GTAAAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCCAAT--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
Reference ( family-744 ) : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---A-------CCTA-C-A-GTAAAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCCAAT--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118733 : CGCG-CAT--CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T------C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-ATA-A---A-------CCTA-C-A-GT-AAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TGGAAACG---G----TAT-GGCC-AT--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118734 : CGTG-CACA-CAC-G-C---G--C-A-C-GT--GA-G-T---A--T-G-A-T-A-G--AG--T-A---TT-ACT--TTTGATAC-CA-T----T-C-A--AA--AG-ACG-T---TTCA--A--TGAT-AT--A------------CTACC-A-GT-ATTAATTTG-ATA-T-TG--T---TG-GA-T-C---ATT-----T-TAGAAA-G---T----TAC-GG-CAAT--TT-CAA---AA---T-C
gi|118735 : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AAA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---A-------CCTA-C-A-GTAAAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCCAAT--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-T--A----A-A--AAG-T--A-TTGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118736 : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-ACC-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA------T-C-T--TT--AT-GCA-C---TC----A--TGTC-ATA-A---A-------CCTA-C-A-GT-AAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCC-AT--TT-TAG---TA---T-CTG-A--GA---AA--AG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CGTT-GCA-C-ACA
gi|118737 : CGCG-CATTTCAC-G-C---G--CTA-C-GC--GA-A-T---T--T-A-A-T-A-AC-AGA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--CG-GTA-C---TC----A--TGTC-AT--A---AATTTTAACCTA-C-A-GTATAAA-TTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AG-TCGAAA-G---T----TAT-GGCCA-T--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118738 : CGCG-CATT-CACAG-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--TTG-AGT-A-A--AGA-TAA---TTCTTT--CTTGACAC-CA-T----TTC-T--TT--AG--CA-----TC----AACTGTC-ATCAA---A-------CCAA-C-A-GTAAAAT-TTTG-A-A-T-TTGTTG--TC-AGCT-C---TTTA---AT-TCAAAA-G---T----TAT-TAGCAAT--TT--AG---TA---T-CCGGA--GA---AA--TG-AC-G--
gi|118739 : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-AGGAGA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC-CAAT----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---A-------ACTA-C-ACGT-AAATATTTG-A-A-T-T-ATT---TC-AG-T-C---TTTT---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCCATT--TTGTAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118740 : CGCG-TATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAT---TT-TCT--CTTGACAC-CA-T----T-CTT--TT--AA---A-C---CC----A--TGTCAATA-A---A-------CCTA-C-A-GCTAAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-A---TTTA---AT-TCGAAA-G---TTATGTAT-GGCC-AT--TT-TAG---TA---T--CG-A--GA---AA--TG-AC-GA-A----A-A--AAG-T----ATGCA-CG-T-GCG-T-GCA
gi|118741 : CGCG-TATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAT---TT-TCT--CTTGACAC-CA-T----T-CTT--TT--AA---A-C---CC----A--TGTCAATA-A---A-------CCTA-C-A-GCTAAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-A---TTTA---AT-TCGAAA-G---TTATGTAT-GGCC-AT--TT-TAG---TA---T--CG-A--GA---AA--TG-AC-GA-A----A-A--AAG-T----ATGCA-CG-T-GCG-T-GCA
gi|118742 : CGCG-CATT-CAC-G-C---G--C-A-T-GT--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TAAATTTT-TTT--CTTGATAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----AT-TGTC-AT--A---A-------ACTA-C-A-GTAAAAAATTTG-A-A-TAGGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-TCAAAA-G---T----TAT-GGCC-AT--TT-TAGGT-TA---T-CCG-A--GA---AA--AG-AC----A----A-A--AAG-T--A-ATGCACCG-T-GCA-C-ACA
gi|118743 : CGCGTCATT-CACTG-C---G--C-A-C-GC--GACA-T---T--T-G-A-T-A-A--AAA-TAA---TT-TTT--CT-GACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCC-C---T-----A--TGTC-AT--A---A-------CCTA-C-A-GT-AAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TCAAG-T-C---TTTA---ATCTCGAAA-G---T----TATCGGCCA----TT-TAG---TA---T-CC--A--GA---AA--TG-AC-GAAA----A-A--AAG-T--G-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118744 : CGCG-CATT-CAC-G-C---GG-C-A---GC--GA-AAT---T--T-G-AAT-A-A--AAA-TAA---TT-TTT--CTTGACAC----T----T-C-T--T---AG-GCA-C---TC----AA-TGTC-AT--A---AA------CCTA-C-A-GTAAAAA-TTTG-A-AAT-TGATT---TC-AA-T-G---TTTA---AT-TCGAAA-AAGTT----TAT-GGCCA-T--TT-TAG---TAAAAC-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118745 : CGCG-CATT-CAC---T---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AGA-TCA---TT-TT---CTTGACAC-CA-TC---T-C-T--TTTAAG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---AA------CTTA-CCA-GTAAAAAATTTG-A-A-T-TGATT---T--AG-TCC---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGC--AT--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G-------A-A--AAG-T--A---GCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118746 : CGCG-CATT-CAG-G-C---G--C---C-GC--GA-A-TGCTT--T-G-A-T-A-A--AAA-TAT---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GGC-C---TCA---A--TGTC-AT--A---AAC-----CTTA-C-A-GT-ATAACTTTGAA-A-T-TGATT---TC-AG-T-CTTTTTTA---AT-T--GAA-G---T----TAT-GGCCAAT--TT-TAGGT-TA---T-CCG-AG-GA---AA--TG-ACGG--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GAA-C-ACA
gi|118747 : CG-CATC-TAC-A-CAGTG--G-A-CAGC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AAA-TAA---TT-TTT--CTTGA-AC-CA-T----T-T-T--TTC-AG-GCA-C---TCCATCA--TGTC-AT--ACAAA-------CC-A-C-A-GTAAAAATTTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-TCC---TTTA---AT-TCGAAA-G---T----TAT-GGCC-AT--TT-TAG---TA---T-CC-----GC---AC--TG-AC-G--A----A-AACAAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118748 : CGCG-CATT-CAC-GGC---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T----G-A-TTA-A--AAA-AAA---TTCTTT--CTTGACACACA-T----T-C-TATTT--AG-GCAGC---TC----A--TGTC-AT--A---A-------ACTACC-A-GT-AAAAATTTG-A-ATT-TGATT---TC-AGTT-C---TTTA---AT-TCCGAA-G---T----TAT-GGCC--T--TT-TAG---TA---TGCCG-A--GA---AATTTG-AC-T--A----A-A--AAG-T--A-TTGCA-CG-T-GCACC-ACA
gi|118749 : CGCGACATT-CAC-G-C---G--C-A-C-GC--GA-A-T---T--A-G-A-TTA-A--CGA-TA----CT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--T----A-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--ACA-A-------CCTA-C-AAGTAAAAA--TTG-G-A-T-TGATT---TC-AG-T-C---TTTA---AT-CTGGAA-A---T----TAA-GGCCATT--TT-TAG---TA---T--CG-A---A---AA--TA-CC-G--A----AGA--AAG-T--A-AT-CA-CT-T-GCA-C-AC
gi|118750 : CGCG-CATT-CAC-G-C---G------------GA-A-T---T--G-G-A-T-ACA--AGA-TAA---TT-TTT--TCTTACAC-CA-T----T-C-T--TTG-AGAGCA-C---CT----ACTTGT--AT--A---AC------CCTA-C-A-GTCAAAAATCTT-A-A-T-T-ACT---TC-AG-T-CTTTTTTA---AT-TCG-AA-G---T----TAT-GGCC-ATCATT-TAG---TA---T-CCG-A--AAGACAA--TGAAC-G--ATGTCA-A--CAGAT--A-ATG-A-CG-TGGCA-CTACA
gi|118751 : ATG-CAC-G-C---G--C-A-T-GC--GA-A-T---T--T-G-A-T-A-A--AAAGTAA---TT-TTT--CTTGACAC-CA-T----T-C-T--TT--AG-GCA-C---TC----A--TGTC-AT--A---A-------CCTA-C-A-GT-AAAAATTTG-A-A-T-TGATT---TC-AG-T-CT--TTTA---AT-TCGAAA-GT--T----TAT-GGCCATT--TT-TAG---TA---T-CCG-A--GA---AA--TG-AC-G--A----A-A--AAG-T--A-ATGCA-CG-T-GCA-C-ACA
gi|118752 : ATG-CAC-A-C---G--C-A-T-GC---A-C-T---T--T-G-G-C-A--------TA-------TTC--CATTACAC-CA-T----T-C-T--AT--GG-ACA-A---AC----A--TATT-AT--CT--A-------CCTG-T---GTGGTAAATATG-A-A-T-TCATT---C-----T-C---TTTATTCAT-TAGAAA-A---T----TAC-AGAC-GT--TT-TAGCATTA---T-CCA-ATCAA---AA--TG-AA-G--C----A-C--ACG-TGCA-TTGCA-CG-T-GCA-
gi|118753 : ATG-CAC-A-C---G--C-A-T-GT--GC-G-T---T----------------GA-CA----TT-TTTGACT--ACAT-CA-T----T-C-T--AT--GG-GCA-A---AC----A--TATT-AT--CT--A-------CCTG-T---GTGGTAAATATT-A-A-T-TCATT---C-----T-C---TTTATTCAT-TAGAAA-G---T----TAC-AGAC-GT--TT-TAGCATTA---T-CCA-ATCAA---AA--TT-AA-G--C----A-C--ACG-T--GCATGCA-CG-T-GCA-
gi|118754 : T-CCC-G-CAT-G--C-A-T-GC--AA-A-T---T--T-G-A-T-TTA--ACA-T-----CT-ATG--CTTCACAT-CA-T----T-C-A--TT--AA-GCA-T---TC----A--TATT-GT--A---AA------CCTA-C-A-GCAAAATATTC--A-T-T-TTATT---TT-AG-C-C---CTCT---AT-TAGAAT-T---T----TAT-GGCC-AT--TC-CAG---CA---
gi|118755 : T-CAC-G-C---GAAC-A-C-GCTCGATA-T---TGAT-GTA-T-A-A--AAT-TAA---TT-TTC--CTTGACAC-CA-TGTTCT-T-T--TT--AG-GCA-C---TC-------TGTC-AT--
gi|118756 : -CAC-G-C---G--C-A-C-GT--GA-G-T---A--C-G-A-T-A-G--AG--T-A---TT-ACT--TTTGATAC-CA-T----T-C--------AA-AAA-CGTTTCA---A--TGAT-AT--A---A--------CTACC-A-GTATTAA--TTG-ATA-T-TGCTTGGATC-A--T-T---TTTA---A----GAAAGG---T----TAC-GG-CAAT--TT-CAttgagacttaacagagatttaaa