lowQualScore                  :          1          222                                                                                                                               
lowQualScore                  :      0 3 1     3 22 222 22   333  66 1 22 333 3  3  1  1    99999999999 55   1   55  333 3 88 333  1 1 555555 55  22 1 3 66666 66     22      2       
lowQualScore                  :      . . .     . .. ... ..   ...  .. . .. ... .  .  .  .    ........... ..   .   ..  ... . .. ...  . . ...... ..  .. . . ..... ..     ..      .       
lowQualScore                  :      3 6 1     6 55 111 55   000  55 7 44 000 5  5  7  7    99999999999 99   8   00  222 6 00 222  8 8 222222 22  66 3 8 77777 22     66      1       
consensus                     : AGGACTG-GGTTTAT-C--A-ATG--CACT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
Reference ( gi|117375 )       : AGGACTG-GATTTAT-C--A-CCG--CACT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117376                     : AGGACTG-GGTTTAT-C--A-CCA--CACT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-T--C---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117377                     : AGAACTG-G-TTTAT-C--A-ATG--CACT--AAA-T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TGT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTT-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117373                     : AGGACGG-GGTTTAT-C--A-ATG--CACT--AA--T-T--G---A-TG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-CTT--TA---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TGC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117374                     : AGGACGG-GGTTTAT-C--A-ATG--CACT--AA--C-T--G---A-TG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TA---A-T--A---AA-A-T------T--AT--TGC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117380                     : AGGACTG-GGTTTATTC--A-ATG--CACT--AAATC-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--AA-TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C---GTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117379                     : AGGACTG-GGTTTATTC--A-ATG--CACT--AAATC-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--AA-TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C---GTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117381                     : AGGACAG-GGTTTAT-C--A-TTG--CACTTAAA--T-T--G---A-TC-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-ATT--TA---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TGC-A-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTGTC
gi|117378                     : AGGACGG-AGTTTAT-C--A-ATG--CACT--AA--T-T--G---A-TA-TT-TG-ATGT--------G--A--TAG-TTT--TA---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TGC-G-----C-TGGTTT--ATTTGA-TGGTTTC
gi|117382                     : AGGACGG-GGTTTGT-C--A-ATA--CACA--AA--T-T--G---G-TG-TT-AG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TTTAAA-T--A---AA-A-T------A--AT--TGC-G-----C-TGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117385                     : AGAACTG-GGTT-AT-A--A-T-G--CACT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------GT-A--TAG-TTG--TC---A-TTAG---AA-A-T------A--AT--TTTGG-----C-GGGTAT--GTTTGATTGGTTTC
gi|117383                     : AGAACTGCGGTTTAT-TCAA-TGG--CACT--AA--T-T--G---G-CGATT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-ATT------A--AT--TTCAG-----C--GGTAT--G-TTGA-TGGTTT
gi|117384                     : AGGATGG-GGTTTAT-C--A-ATG--AAGT--AA--T-T--G---A-TG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TA---A-TA-A---AA-A-A------A--AT--TGC-G-----C-GGGTAT--G
gi|117386                     : AGGACGG-G--TTAT-C--AATTG--CACT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT-----------A--TAG--TT--TC---A-T------AA-A-T------A--AT--TTC-------C--GGTAT--GTTTG
gi|117387                     : AGGACTG-CGTTTAT-C--A-ATG--CAC---AA--T-T--G---ACCG-TTCTG-ATAA--------GC-A--TAG-TTT--TC---ATT--A---AA-A-T------ACCAT--TGC-G-----CTCGGCAT--GTTTGA-TG
gi|117388                     : AGGACTG-G-TTTAT-C--A-ATG--CAC---AA--T----G---A-CGGTT-TG-ATAA--------G--C--AAG-TTT--TC---A-TT-A---AA-A-T------A--ATGGCTG-G-----C-G---AT--GTTTGA-TGGTTCC
gi|117389                     : AGGACTGCGTTTTAT-C--A-A-G--CAC---AA--T----G---A-CG-TT-TGGATAA--------GC-A--TAG-TTT--TC---ATT--A---AA-A-T------ACGA---TTG-G-----C-TGG-AT--GTTTGA-TGGTTCC
gi|117391                     : AGGA-TG-GGTTTA-----A-CGGTTCACT--GA--T-T--ATAAA-TG-TT-TG-ATATAATGGTATG--A--TGG-TTT--TA---C-T--A---AA-A-T------A--AT--TGC-ATGTATT-GAGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117390                     : AGGACAG-TGTTTAT-C--A-ATG--CACT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------A--A--
gi|117392                     :  GGACTG-GGTTTAT-C--A-ATG--CAC---AA--TGT--G---A-CG--T-TG-ATAT--------AGCA--TAG-TTTTGTC---A-T--AACCAA-A-TTAAGAGA--AT--TTC-GC----C-GGGTAT--GTTTGT-TGGTTTC
gi|117393                     :  GAACTG-GGTTTAT-C--A-ATG--CA-T--AG--T-TTTG---A-CG-TT-TG-ATAT--------A--A--TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------
gi|117394                     :   GACTG-GGTTTAT-C--A-ATG--CACT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-TA-A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C-GGGTAT--CTTTGA-TGGTTTC
gi|117395                     :       G-GGTTTAT-C--A-ATG--CACT--AA--T----G---ATCG-TA--G-ATAT--------GG-A--TAG-CTTAATC---A----A---AA-T-T------A--AT--TGC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-T-GTTTC
gi|117396                     :                           cACT--AA--T-T--G---A-CT-TT-TG-ATAT--------G--AATTAGTTTT--TC---A-T--A---AAGA-T------G--AT--TTC-G-----C-GGGTATTGGTTGGA-TGGTT





Alignments
lowQualScore                  :      1 1     1  5   1 1 1  22 222  66 1 22 222 3  3  1  1    99999999999 55   1   44  333 3 77 333  1 1 555555 55  22 0 3 66666 55     22      2       
lowQualScore                  :      . .     .  .   . . .  .. ...  .. . .. ... .  .  .  .    ........... ..   .   ..  ... . .. ...  . . ...... ..  .. . . ..... ..     ..      .       
lowQualScore                  :      0 7     7  0   7 7 7  33 555  22 7 33 999 3  3  7  7    11111111111 66   7   88  000 5 66 000  7 7 000000 00  55 8 6 44444 55     55      0       
consensus                     : AGGACTG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
Reference ( family-742 )      : AGGACTG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117373                     : AGGACGG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-TG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-CTT--TA---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TGC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117374                     : AGGACGG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--C-T--G---A-TG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TA---A-T--A---AA-A-T------T--AT--TGC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117375                     : AGGACTG-GATTT-AT-CAC-C-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117376                     : AGGACTG-GGTTT-AT-CAC-C-A-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-T--C---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117377                     : AGAACTG-G-TTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AAA-T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TGT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTT-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117378                     : AGGACGG-AGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-TA-TT-TG-ATGT--------G--A--TAG-TTT--TA---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TGC-G-----C-TGGTTT--ATTTGA-TGGTTTC
gi|117379                     : AGGACTG-GGTTT-ATTCAA-T-G-CA--CT--AAATC-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--AA-TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C---GTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117380                     : AGGACTG-GGTTT-ATTCAA-T-G-CA--CT--AAATC-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--AA-TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C---GTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117381                     : AGGACAG-GGTTT-AT-CAT-T-G-CA--CTTAAA--T-T--G---A-TC-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-ATT--TA---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TGC-A-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTGTC
gi|117382                     : AGGACGG-GGTTT-GT-CAA-T-A-CA--CA--AA--T-T--G---G-TG-TT-AG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TTTAAA-T--A---AA-A-T------A--AT--TGC-G-----C-TGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117383                     : AGAACTGCGGTTT-ATTCAA-T-GGCA--CT--AA--T-T--G---G-CGATT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-ATT------A--AT--TTCAG-----C--GGTAT--G-TTGA-TGGTTT
gi|117384                     : AGGATGG-GGTTT-AT-CAA-T-G-AA--GT--AA--T-T--G---A-TG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TA---A-TA-A---AA-A-A------A--AT--TGC-G-----C-GGGTAT--G
gi|117385                     : AGAACTG-GGTT--AT--AA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------GT-A--TAG-TTG--TC---A-TTAG---AA-A-T------A--AT--TTTGG-----C-GGGTAT--GTTTGATTGGTTTC
gi|117386                     : AGGAC-G-GGTT--AT-CAA-TTG-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT-----------A--TAG--TT--TC---A-T------AA-A-T------A--AT--TTC-------C--GGTAT--GTTTG
gi|117387                     : AGGACTG-CGTTT-AT-CAA-T-G-CA--C---AA--T-T--G---ACCG-TTCTG-ATAA--------GC-A--TAG-TTT--TC---ATT--A---AA-A-T------ACCAT--TGC-G-----CTCGGCAT--GTTTGA-TG
gi|117388                     : AGGACTG-G-TTT-AT-CAA-T-G-CA--C---AA--T----G---A-CGGTT-TG-ATAA--------G--C--AAG-TTT--TC---A-TT-A---AA-A-T------A--ATGGCTG-G-----C-G---AT--GTTTGA-TGGTTCC
gi|117389                     : AGGACTG-CGTTTTAT-CAA---G-CA--C---AA--T----G---A-CG-TT-TGGATAA--------GC-A--TAG-TTT--TC---ATT--A---AA-A-T------ACGA---TTG-G-----C-TGG-AT--GTTTGA-TGGTTCC
gi|117390                     : AGGACAG-TGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------A--A--
gi|117391                     : AGGA-TG-GGTTT-AA-CGG-T-T-CA--CT--GA--T-T--ATAAA-TG-TT-TG-ATATAATGGTATG--A--TGG-TTT--TA---C-T--A---AA-A-T------A--AT--TGC-ATGTATT-GAGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117392                     :  GGACTG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--C---AA--TGT--G---A-CG--T-TG-ATAT--------AGCA--TAG-TTTTGTC---A-T--AACCAA-A-TTAAGAGA--AT--TTC-GC----C-GGGTAT--GTTTGT-TGGTTTC
gi|117393                     :  GAACTG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA---T--AG--T-TTTG---A-CG-TT-TG-ATAT--------A--A--TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------
gi|117394                     :   GACTG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-TA-A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C-GGGTAT--CTTTGA-TGGTTTC
gi|117395                     :       G-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T----G---ATCG-TA--G-ATAT--------GG-A--TAG-CTTAATC---A----A---AA-T-T------A--AT--TGC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-T-GTTTC
gi|117396                     :       c-GGTTA-GT-CAAAT-G-CAAACT--AA--T-T--G---A-CT-TT-TG-ATAT--------G--AATTAGTTTT--TC---A-T--A---AAGA-T------G--AT--TTC-G-----C-GGGTATTGGTTGGA-TGGTT





Alignments
lowQualScore                  :      1 1     1  5   1 1 1  22 222  66 1 22 222 3  3  1  1    99999999999 55   1   44  333 3 77 333  1 1 555555 55  22 0 3 66666 55     22      2       
lowQualScore                  :      . .     .  .   . . .  .. ...  .. . .. ... .  .  .  .    ........... ..   .   ..  ... . .. ...  . . ...... ..  .. . . ..... ..     ..      .       
lowQualScore                  :      0 7     7  0   7 7 7  33 555  22 7 33 999 3  3  7  7    11111111111 66   7   88  000 5 66 000  7 7 000000 00  55 8 6 44444 55     55      0       
consensus                     : AGGACTG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
Reference ( family-742 )      : AGGACTG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117373                     : AGGACGG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-TG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-CTT--TA---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TGC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117374                     : AGGACGG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--C-T--G---A-TG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TA---A-T--A---AA-A-T------T--AT--TGC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117375                     : AGGACTG-GATTT-AT-CAC-C-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117376                     : AGGACTG-GGTTT-AT-CAC-C-A-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-T--C---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117377                     : AGAACTG-G-TTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AAA-T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TGT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTT-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117378                     : AGGACGG-AGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-TA-TT-TG-ATGT--------G--A--TAG-TTT--TA---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TGC-G-----C-TGGTTT--ATTTGA-TGGTTTC
gi|117379                     : AGGACTG-GGTTT-ATTCAA-T-G-CA--CT--AAATC-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--AA-TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C---GTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117380                     : AGGACTG-GGTTT-ATTCAA-T-G-CA--CT--AAATC-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--AA-TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C---GTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117381                     : AGGACAG-GGTTT-AT-CAT-T-G-CA--CTTAAA--T-T--G---A-TC-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-ATT--TA---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TGC-A-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTGTC
gi|117382                     : AGGACGG-GGTTT-GT-CAA-T-A-CA--CA--AA--T-T--G---G-TG-TT-AG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TTTAAA-T--A---AA-A-T------A--AT--TGC-G-----C-TGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117383                     : AGAACTGCGGTTT-ATTCAA-T-GGCA--CT--AA--T-T--G---G-CGATT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-ATT------A--AT--TTCAG-----C--GGTAT--G-TTGA-TGGTTT
gi|117384                     : AGGATGG-GGTTT-AT-CAA-T-G-AA--GT--AA--T-T--G---A-TG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TA---A-TA-A---AA-A-A------A--AT--TGC-G-----C-GGGTAT--G
gi|117385                     : AGAACTG-GGTT--AT--AA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------GT-A--TAG-TTG--TC---A-TTAG---AA-A-T------A--AT--TTTGG-----C-GGGTAT--GTTTGATTGGTTTC
gi|117386                     : AGGAC-G-GGTT--AT-CAA-TTG-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT-----------A--TAG--TT--TC---A-T------AA-A-T------A--AT--TTC-------C--GGTAT--GTTTG
gi|117387                     : AGGACTG-CGTTT-AT-CAA-T-G-CA--C---AA--T-T--G---ACCG-TTCTG-ATAA--------GC-A--TAG-TTT--TC---ATT--A---AA-A-T------ACCAT--TGC-G-----CTCGGCAT--GTTTGA-TG
gi|117388                     : AGGACTG-G-TTT-AT-CAA-T-G-CA--C---AA--T----G---A-CGGTT-TG-ATAA--------G--C--AAG-TTT--TC---A-TT-A---AA-A-T------A--ATGGCTG-G-----C-G---AT--GTTTGA-TGGTTCC
gi|117389                     : AGGACTG-CGTTTTAT-CAA---G-CA--C---AA--T----G---A-CG-TT-TGGATAA--------GC-A--TAG-TTT--TC---ATT--A---AA-A-T------ACGA---TTG-G-----C-TGG-AT--GTTTGA-TGGTTCC
gi|117390                     : AGGACAG-TGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------A--A--
gi|117391                     : AGGA-TG-GGTTT-AA-CGG-T-T-CA--CT--GA--T-T--ATAAA-TG-TT-TG-ATATAATGGTATG--A--TGG-TTT--TA---C-T--A---AA-A-T------A--AT--TGC-ATGTATT-GAGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117392                     :  GGACTG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--C---AA--TGT--G---A-CG--T-TG-ATAT--------AGCA--TAG-TTTTGTC---A-T--AACCAA-A-TTAAGAGA--AT--TTC-GC----C-GGGTAT--GTTTGT-TGGTTTC
gi|117393                     :  GAACTG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA---T--AG--T-TTTG---A-CG-TT-TG-ATAT--------A--A--TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------
gi|117394                     :   GACTG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-TA-A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C-GGGTAT--CTTTGA-TGGTTTC
gi|117395                     :       G-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T----G---ATCG-TA--G-ATAT--------GG-A--TAG-CTTAATC---A----A---AA-T-T------A--AT--TGC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-T-GTTTC
gi|117396                     :       c-GGTTA-GT-CAAAT-G-CAAACT--AA--T-T--G---A-CT-TT-TG-ATAT--------G--AATTAGTTTT--TC---A-T--A---AAGA-T------G--AT--TTC-G-----C-GGGTATTGGTTGGA-TGGTT


blockSeqs                     :      G C     T  T   A T G  AA TTA  AT G TT TAA C  A  C  G    AATGGTATG   AT   T   TG  TAA T TA ACC  G T TAAGAG CC  GG   A TGTAT TC     TG      T
blockSeqs                     :      T .     .  T   . . .  .  T    AT . .  .   T  G  .  .    AGC         A    .   AA  .   T A  .    . . .      CG  .    G C     G      .       .
blockSeqs                     :      T .     .  T   . . .  .  T    A  . .  .   .  .  .  .    GT          A    .   .   .   . T  .    . . .      .   .    . .     G      .       .
blockSeqs                     :      T .     .  .   . . .  .  T    .  . .  .   .  .  .  .    GC          .    .   .   .   . A  .    . . .      .   .    . .     G      .       .
blockSeqs                     :      G .     .  .   . . .  .  T    .  . .  .   .  .  .  .    GC          .    .   .   .   . .  .    . . .      .   .    . .     G      .       .
blockSeqs                     :      T .     .  .   . . .  .  T    .  . .  .   .  .  .  .    GG          .    .   .   .   . .  .    . . .      .   .    . .     T      .       .
blockSeqs                     :      T .     .  .   . . .  .  T    .  . .  .   .  .  .  .    G           .    .   .   .   . .  .    . . .      .   .    . .     G      .       .
blockSeqs                     :      A .     .  .   . . .  .  T    .  . .  .   .  .  .  .    G           .    .   .   .   . .  .    . . .      .   .    . .     T      .       .
blockSeqs                     :      G .     .  .   . . .  .  A    .  . .  .   .  .  .  .    G           .    .   .   .   . .  .    . . .      .   .    . .     G      .       .
blockSeqs                     :      T .     .  .   . . .  .  T    .  . .  .   .  .  .  .    G           .    .   .   .   . .  .    . . .      .   .    . .     G      .       .
blockSeqs                     :      G .     .  .   . . .  .  T    .  . .  .   .  .  .  .    G           .    .   .   .   . .  .    . . .      .   .    . .     G      .       .
blockSeqs                     :      T .     .  .   . . .  .  T    .  . .  .   .  .  .  .    G           .    .   .   .   . .  .    . . .      .   .    . .     T      .       .
blockSeqs                     :      T .     .  .   . . .  .  T    .  . .  .   .  .  .  .    G           .    .   .   .   . .  .    . . .      .   .    . .     G      .       .
blockSeqs                     :      T .     .  .   . . .  .  T    .  . .  .   .  .  .  .    G           .    .   .   .   . .  .    . . .      .   .    . .     G      .       .
blockSeqs                     :      T .     .  .   . . .  .  T    .  . .  .   .  .  .  .    G           .    .   .   .   . .  .    . . .      .   .    . .     G      .       .
blockSeqs                     :      A .     .  .   . . .  .  T    .  . .  .   .  .  .  .    G           .    .   .   .   . .  .    . . .      .   .    . .     G      .       .
blockSeqs                     :      T .     .  .   . . .  .  T    .  . .  .   .  .  .  .    G           .    .   .   .   . .  .    . . .      .   .    . .     G      .       .
blockSeqs                     :      T .     .  .   . . .  .  T    .  . .  .   .  .  .  .    G           .    .   .   .   . .  .    . . .      .   .    . .     .      .       .
blockSeqs                     :      T .     .  .   . . .  .  T    .  . .  .   .  .  .  .    A           .    .   .   .   . .  .    . . .      .   .    . .     .      .       .
blockSeqs                     :      T .     .  .   . . .  .  .    .  . .  .   .  .  .  .    A           .    .   .   .   . .  .    . . .      .   .    . .     .      .        
blockSeqs                     :      . .     .  .   . . .  .  .    .  . .  .   .  .  .  .    G           .    .   .   .   . .  .    . . .      .   .    . .     .      .        
blockSeqs                     :        .     .  .   . . .  .  .    .  . .  .   .  .  .  .    G           .    .   .   .   . .  .    . . .                                       
blockSeqs                     :        .     .  .   . . .  .  .    .  . .  .   .  .  .  .    .           .                                                                      


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AGGACTG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
finalCons                     : AGGACTG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC





Alignments
lowQualScore                  :      1 1     1  5   1 1 1  22 222  66 1 22 222 3  3  1  1    99999999999 55   1   44  333 3 77 333  1 1 555555 55  22 0 3 66666 55     22      2       
lowQualScore                  :      . .     .  .   . . .  .. ...  .. . .. ... .  .  .  .    ........... ..   .   ..  ... . .. ...  . . ...... ..  .. . . ..... ..     ..      .       
lowQualScore                  :      0 7     7  0   7 7 7  33 555  22 7 33 999 3  3  7  7    11111111111 66   7   88  000 5 66 000  7 7 000000 00  55 8 6 44444 55     55      0       
consensus                     : AGGACTG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
Reference ( family-742 )      : AGGACTG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117373                     : AGGACGG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-TG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-CTT--TA---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TGC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117374                     : AGGACGG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--C-T--G---A-TG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TA---A-T--A---AA-A-T------T--AT--TGC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117375                     : AGGACTG-GATTT-AT-CAC-C-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117376                     : AGGACTG-GGTTT-AT-CAC-C-A-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-T--C---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117377                     : AGAACTG-G-TTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AAA-T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TGT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTT-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117378                     : AGGACGG-AGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-TA-TT-TG-ATGT--------G--A--TAG-TTT--TA---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TGC-G-----C-TGGTTT--ATTTGA-TGGTTTC
gi|117379                     : AGGACTG-GGTTT-ATTCAA-T-G-CA--CT--AAATC-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--AA-TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C---GTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117380                     : AGGACTG-GGTTT-ATTCAA-T-G-CA--CT--AAATC-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--AA-TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C---GTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117381                     : AGGACAG-GGTTT-AT-CAT-T-G-CA--CTTAAA--T-T--G---A-TC-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-ATT--TA---A-T--A---AA-A-T------A--AT--TGC-A-----C-GGGTAT--GTTTGA-TGGTGTC
gi|117382                     : AGGACGG-GGTTT-GT-CAA-T-A-CA--CA--AA--T-T--G---G-TG-TT-AG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TTTAAA-T--A---AA-A-T------A--AT--TGC-G-----C-TGGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117383                     : AGAACTGCGGTTT-ATTCAA-T-GGCA--CT--AA--T-T--G---G-CGATT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-ATT------A--AT--TTCAG-----C--GGTAT--G-TTGA-TGGTTT
gi|117384                     : AGGATGG-GGTTT-AT-CAA-T-G-AA--GT--AA--T-T--G---A-TG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TA---A-TA-A---AA-A-A------A--AT--TGC-G-----C-GGGTAT--G
gi|117385                     : AGAACTG-GGTT--AT--AA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------GT-A--TAG-TTG--TC---A-TTAG---AA-A-T------A--AT--TTTGG-----C-GGGTAT--GTTTGATTGGTTTC
gi|117386                     : AGGAC-G-GGTT--AT-CAA-TTG-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT-----------A--TAG--TT--TC---A-T------AA-A-T------A--AT--TTC-------C--GGTAT--GTTTG
gi|117387                     : AGGACTG-CGTTT-AT-CAA-T-G-CA--C---AA--T-T--G---ACCG-TTCTG-ATAA--------GC-A--TAG-TTT--TC---ATT--A---AA-A-T------ACCAT--TGC-G-----CTCGGCAT--GTTTGA-TG
gi|117388                     : AGGACTG-G-TTT-AT-CAA-T-G-CA--C---AA--T----G---A-CGGTT-TG-ATAA--------G--C--AAG-TTT--TC---A-TT-A---AA-A-T------A--ATGGCTG-G-----C-G---AT--GTTTGA-TGGTTCC
gi|117389                     : AGGACTG-CGTTTTAT-CAA---G-CA--C---AA--T----G---A-CG-TT-TGGATAA--------GC-A--TAG-TTT--TC---ATT--A---AA-A-T------ACGA---TTG-G-----C-TGG-AT--GTTTGA-TGGTTCC
gi|117390                     : AGGACAG-TGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------A--A--
gi|117391                     : AGGA-TG-GGTTT-AA-CGG-T-T-CA--CT--GA--T-T--ATAAA-TG-TT-TG-ATATAATGGTATG--A--TGG-TTT--TA---C-T--A---AA-A-T------A--AT--TGC-ATGTATT-GAGTAT--GTTTGA-TGGTTTC
gi|117392                     :  GGACTG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--C---AA--TGT--G---A-CG--T-TG-ATAT--------AGCA--TAG-TTTTGTC---A-T--AACCAA-A-TTAAGAGA--AT--TTC-GC----C-GGGTAT--GTTTGT-TGGTTTC
gi|117393                     :  GAACTG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA---T--AG--T-TTTG---A-CG-TT-TG-ATAT--------A--A--TAG-TTT--TC---A-T--A---AA-A-T------
gi|117394                     :   GACTG-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T-T--G---A-CG-TT-TG-ATAT--------G--A--TAG-TTT--TC---A-TA-A---AA-A-T------A--AT--TTC-G-----C-GGGTAT--CTTTGA-TGGTTTC
gi|117395                     :       G-GGTTT-AT-CAA-T-G-CA--CT--AA--T----G---ATCG-TA--G-ATAT--------GG-A--TAG-CTTAATC---A----A---AA-T-T------A--AT--TGC-G-----C-GGGTAT--GTTTGA-T-GTTTC
gi|117396                     :       c-GGTTA-GT-CAAAT-G-CAAACT--AA--T-T--G---A-CT-TT-TG-ATAT--------G--AATTAGTTTT--TC---A-T--A---AAGA-T------G--AT--TTC-G-----C-GGGTATTGGTTGGA-TGGTT