lowQualScore : 111111 1111111111 111111111 11 11 111 11111 11111 1111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 77 7 111111 2 5 1111111111 66 33 4 2 555555555 55 444 2 33 444 2 11 33 11 5 2 666 55 777 33 33 666666 5555 33 2 2 33 33 33333 33 2 2 66 11111 5 666 8 666666 55 55 55 5555555555555555555555555555555 2 2 2 888
lowQualScore : . .. . ...... . . .......... .. .. . . ......... .. ... . .. ... . .. .. .. . . ... .. ... .. .. ...... .... .. . . .. .. ..... .. . . .. ..... . ... . ...... .. .. .. ............................... . . . ...
lowQualScore : 9 22 7 333333 7 3 7777777777 33 77 4 7 333333333 77 444 5 44 444 5 55 77 44 6 5 111 11 666 77 55 999999 3333 44 4 5 44 44 66666 44 5 5 99 99999 0 555 1 888888 66 66 66 8888888888888888888888888888888 5 9 9 999
consensus : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGGG--G--GGA-ATCCG---G--G-TTC-CCAAAA---A-TC--GCTACC---T-C-ACA--TTTCGATTC-GT-C-TCG-TTANNAT--AT-TTT----A-C----G--AA-CG-TT--A--A-N---TTTTACA--AT-C-CA--GGT-NT-CAAT-CGATC---GGGGAAAGAT------CATA-TT--T--TG---T------A---A---------------AAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-NTCGGCAA
Reference ( gi|127072 ) : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGGG--G--GGA-ATCCG---G--G-TTT-CCAAAA---A-TC--GCTACC---T-C-GCA--TTTTGAGTC-GT-C-TCG-TTAAAAT--AT-TTT----A-C----G--AA-CG-TT--A--A-T---TTTTACA--AT-C-CA--GGT-AT-CAAT-CAATC---GGGTAAAGAT------CATA-TT--T--TA---T------A---A---------------AAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-ACCGGCAA
gi|127070 : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGGG--G--GGA-ATCCG---G--G-TTT-CCAAAA---A-TC--GCTACC---T-C-G-----------------------TTAATAT--AT-TTT----A-C----G--AG-CG-TT--A--A-T---TTTTACA--AT-C-CA--GGT-AT-CAAT-CAATC---GGGTAAAGAT------CATA-TT--T--TG---T------A---A---------------AAATACT-TAAT-TTTTG-TTTGC-ACCGGCAA
gi|127075 : TTGA-CAGCCGTCTA------TT-CTAT-ATT-A----------CACAAGGG--G--G-A-ATCCG---G----TTC-CCAAAA---A-TC--GCTACC---T-C-ACA---TTGGAGTC-GTGC-TCGTTTAAAAT--A--TTT----A-C----G--AA-AC-TT--A--A-T---TTGTACA--AT-C-CA--GGT-AT-GAATCCAATC---GGGTAAAGAT------CATA-TT--T--TG---T------A---A---------------AAATACC-TAAT-A-TTG-TTTGCAACCGGCAA
gi|127071 : TTGA-CC-CTCTCTA------TT-CTAT-AATTA----------CACAAGGG--G--GGA-ATCCG---A--A-CTC-CCCAAA---A-TC--GCTACC---T-CAACA--TTTC-ATTC-GT-T-TCA-TTAATAT--AC-TCT----A-C----G--GA-CA-TT--A--A-T---TTTTACA--AT-C-TA--AGT-CT-TAAT-CGTTC---GGGGAAAGAT------CATA-GT--T--TG---T------A---A---------------AAATATC-TAAT-ATTTG-TTTGC-CTCGGCAA
gi|127069 : TTGA-CT-CTCTCTA------TT-CTAT-AATTA----------CACAAGGG--G--GGA-ATCCG---A--A-CTC-CCAAAA---A-TC--GCTACC---T-CAACA--TTTC-ATTC-GT-T-TCA-TTATTAT--AC-TCT----A-C----G--GA-CG-TT--A--A-A---TTTTGCA--AT-C-CA--AGT-TT-TAAT-CGACC---GGGGAAAGAT------CATA-GT--T--TG---T------A---A---------------AAATACC-TAAT-ATTTA-TTTGC-TTCGGCAA
gi|127073 : TTGA-C--CC-TCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGGG--G--GGA-ATCCG---A--AATCC-CCAAAA---A-TC--GCTACC---T-T-ACA--TTTTCATTC-GT-T-TCA-TTTTTAT--AC-TTT----A-C----G--AT-CT-TT--A--A-A---TTTTACA--TT-C-CA--GGT-TT-TAAT-CGATC---AGGGAAAGAT------CATA-GT--T--TG---T------A---A---------------AAATACC-TAAT-ATCTG-TTTGC-TTCAGCAA
gi|127074 : TTGA-CC-TCTTCTA------TT-CTTA-AATTA----------CACAAGGG--G--GGATATCCG---A--A-CTC-CCAAAA---A-TC--GCTACC---T-CAACA--TTTC-ATTC-GT-T-TCA-TT-ATAT--AC-TCT----AGC----G--GA-CG-TTTGA--A-----TTTTACA--AT-C-CA--AGT-CT--AAT-CGATC---GGA-AAAGAT------CATAGTTG-T--TA----------A---A---------------AAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-CTCGACAA
gi|127076 : TTAA-CA-CC-TCTA------TT-CTAT-ATTTA----------AACAAGGGTGG--GGG-GTCCA---G--T-TCC-CCAAAA---A-T---GCTACC---T-C--CA--TTCCGAGTC-GC-C-TCA-TTTTAAT--AT-TTC----A-C----A--AA-TGGTT--A--A-TCTCTTTCACA--AT-C-CA--GGT-ATACAAT-CAATT---GGTAAAAGAT-------ATA-TT--T--TG---T------A---A---------------AAGTACC-TA
gi|127081 : TTGA-CA-CCATCTAGA----TT----T-ATTTA----------CACAATGG--G--GAA-ATCCACTAG--G-TTT-CCAAAA---G--C--GCTACC---T-C-GCA--TATTGAGTC-GT-C-TCG-TTTTGAT--AT-TTT----A-C----G--AA-C
gi|127080 : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATCTA----------CACAGGGGT-G--GGG-GTCCT---G--G-GTC-CCAAAT---A-TC--GCTACC---T-C-GCA--TTTTGAGTC-GT-G-TCG-TT
gi|127079 : TTAA-CAACCGTCTA------TTTCTATCATTTA----------CACAAGGG--GCTGGA-ATCCG---GCTG-TTCGCCAAAATAAG-TC--GCTACT---T-A-A-A--TTTCGATTC-TA-C-TCG-TTTTTTT--AT-TTT------C----G--GA-CG-TA--A--A-T---TTTTACA--ATGC-CA--AGT-ttta
gi|127077 : TTGA-CC-CTCTCTA------TT-CTAT-ATTTAGTATTATTTACACAAGAG--G--G-A-ATCAG---A--A-CTC-CCCAAA---A-TC--GCTACC---T-C-ACA--TTTTCATTC-GT-T-TC--------------------------------------------A-T---TTTTATA-------CA--GGT-CT-TAAT-CGATG---GGGGAAAGAT---------------------------------------------------AATACA-T-GT-ATTTG-TTTGC-CTTGGCAA
gi|127078 : TTGA-CA-TCATCTACATGTATC-CTAT-ATTTA----------CACAATGG--G--A-A-ATCCA---G--A-ATC-CCAAAA---A-TC--GTTACC---T-C-AAA--TTTCCATTC-AT-T-TC
gi|127082 : TGAGCA-CCGTCTG------TT-TTAT---TTA----------CACAAGGG--G--G-A-ATCCAA--G--G-TTC-CCAAAA---ACTC--GCTACCGCCT-C-ACC--TTTGCAGTCCGT-CCTCA-TTAAAAT--AT-TTT----AAC----G--AATCG-TT--A--AAT---TTTTATC--AC-C-CA--GGT-AT-CCAT-CAATTCAAGGGTAAAGAT------CATA-TT--T--TGT--T------A---A---------------AAATA-C-TAAT-ATTTGTTTTGC-ACCGGCA
gi|127083 : TGA-CA-CCATCTA------TT-TTAT-ATTTA----------CACAA-GG--G--GGA-ATCCA---A--A-ATT-CCAAAA---A-TC--GCTACT---T-C-
gi|127084 : TCTA------TT-CTATTAATTA----------CACAAGGG--G--GG--ATCGA---A--C-TTC-CCAAAA---A-TCTTGCGACC---TAC-ACA--ATTTCATTC-GT-T-TTG-AAACAATTGAT-TAT----A-CTCTAG--GA-CG-TT--A--A-A---TTTTGCA--AT-C-GATCGGT-G---AA---AAGA---GGGTTCAGG-------CAGC-TTTGT--TA---TTACAAAA---A---------------AAATACCATAATCATTTC-TTTGG-ACTGGCAAaaatccatttgcctc
gi|127086 : TC-CCAAAA---A-TC--G-TACC---T-C-GCAATTCTTGAGTC-GT-C-TCG-TTGACAT--ATATTT----A-C----GAAAA-CG-TA--C--A-T---TTTTTCA--AT-C-TA--ACTCAT-CAATGAAATCA--GGATAAAGAT------CATA-TT--TCGTA---T------A---A---------------AAATA
gi|127087 : TTTCATTC-GT-T-TCA-TTATTAT--AC-TCT----A-C----G--GA-CG-TT--A--A--------------AT-C----------T-TAAT-CGATC---GGGGAAAGCT------CATA-GT--T--TG---T------A---A---------------AAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-CTTGGCAA
gi|127085 : aaaAAT--AT-TTTTAAAA-T----A--AA--A-TT--ATGA-G---TTTTACACAAT-CACATCGGT-CT-TAAT-TGATC---GGGGAAAGATTAATAGCATA-TT--T--TATGTT------A---T---------------AAATACC-
gi|127088 : cactagggtgcgaatcccataaaatcgacgactacaaccatacaatcatttattattc----G--AA-CG-TT--A--A-A---TTTTACA--AT-C-CA--GGT-A---AAT-CAATC---GGGTAAAGAT------CATA-TT--T--TG---T------A---A---------------AATTACC-CAAT-ATTTG-TTTGC-ATCGACAA
gi|127089 : A-CG-TT--A--A-A---TTTTGCA---T-C-CA--AGT-CC-TAAT-CGATC---GGGGAAAG--------CATAGTT--TG-TA---T------A---AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-CTCGGCA
gi|127091 : GT-AT-CAAT-CAATC---GGGGAAAGAT------CATA-GT--T--TA---T------A---G---------------AAATACA-TAAT-ATCTG-TTTGC-A
gi|127092 : ---GGGGAAAGAT------CATA-GT--T--TG---T------ATAAA---------------AAAAAAC-TAAT-ATTTC-TTTGC-CTCGGCAAt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|127090 ): CGTTACATTTTGCATCCAAGTCCTAATCGTCGGGGAAAGTCATGTTTGTATAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111 1111111111 11111111 111 111111 222222222222222222222
lowQualScore : 2 66 6 000000 2 5 0000000000 55 33 3 2 33333333 2 2 333 2 33 2 333 2 9999 2 2 444 444 9999999 111111 33 555555 55 4 33 4444 2 666 2 2 33 88888 2 33 333 2 2 4444 666666 22 66 2 777777777777777777777 333 2 2 2 33
lowQualScore : . .. . ...... . . .......... .. .. . . ........ . . ... . .. . ... . .... . . ... ... ....... ...... .. ...... .. . .. .... . ... . . .. ..... . .. ... . . .... ...... .. .. . ..................... ... . . . ..
lowQualScore : 7 11 5 666666 5 0 9999999999 99 44 5 5 11111111 2 2 999 2 11 2 999 2 5555 1 1 333 444 6666666 999999 77 999999 00 4 11 9999 2 333 2 2 11 22222 2 11 777 1 1 5555 111111 99 66 1 000000000000000000000 777 4 7 7 77
consensus : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGGG--G--GGA-ATCCG---G--G-TTC-CCA-AAA---A-TC--G-CTACC---T-C-A--C-ATTT-C--GATTCGT-C-TCG------TT-ANT--ATAC-TTT----A-CGAA--CG-TTA--AN---TTTT-ACA--AT-C-CA--GGTN-T-CAAT-CGA--TC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-NTCGGCAA
Reference ( family-737 ) : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGGG--G--GGA-ATCCG---G--G-TTC-CCA-AAA---A-TC--G-CTACC---T-C-A--C-ATTT-C--GATTCGT-C-TCG------TT-ANN--ATAT-TTT----A-CGAA--CG-TTA--AN---TTTT-ACA--AT-C-CA--GGTN-T-CAAT-CGA--TC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-NTCGGCAA
gi|127069 : TTGA-CT-CTCTCTA------TT-CTAT-AATTA----------CACAAGGG--G--GGA-ATCCG---A--A-CTC-CCA-AAA---A-TC--G-CTACC---T-CAA--C-ATTT-C---ATTCGT-T-TCA------TT-ATT--ATAC-TCT----A-CGGA--CG-TTA--AA---TTTT-GCA--AT-C-CA--AGTT-T-TAAT-CGA--CC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-GTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTA-TTTGC-TTCGGCAA
gi|127070 : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGGG--G--GGA-ATCCG---G--G-TTT-CCA-AAA---A-TC--G-CTACC---T-C--------------------------G------TT-AAT--ATAT-TTT----A-CGAG--CG-TTA--AT---TTTT-ACA--AT-C-CA--GGTA-T-CAAT-CAA--TC---GG-GT-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAATACT-TAAT-TTTTG-TTTGC-ACCGGCAA
gi|127071 : TTGA-CC-CTCTCTA------TT-CTAT-AATTA----------CACAAGGG--G--GGA-ATCCG---A--A-CTC-CCC-AAA---A-TC--G-CTACC---T-CAA--C-ATTT-C---ATTCGT-T-TCA------TT-AAT--ATAC-TCT----A-CGGA--CA-TTA--AT---TTTT-ACA--AT-C-TA--AGTC-T-TAAT-CGT--TC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-GTT-TG---T-----------------A---AAAATATC-TAAT-ATTTG-TTTGC-CTCGGCAA
gi|127072 : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGGG--G--GGA-ATCCG---G--G-TTT-CCA-AAA---A-TC--G-CTACC---T-C-G--C-ATTT-T--GAGTCGT-C-TCG------TT-AAA--ATAT-TTT----A-CGAA--CG-TTA--AT---TTTT-ACA--AT-C-CA--GGTA-T-CAAT-CAA--TC---GG-GT-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TA---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-ACCGGCAA
gi|127073 : TTGA-C--CC-TCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGGG--G--GGA-ATCCG---A--AATCC-CCA-AAA---A-TC--G-CTACC---T-T-A--C-ATTT-T--CATTCGT-T-TCA------TT-TTT--ATAC-TTT----A-CGAT--CT-TTA--AA---TTTT-ACA--TT-C-CA--GGTT-T-TAAT-CGA--TC---AG-GG-AAAGA----T------CA--TA-GTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATCTG-TTTGC-TTCAGCAA
gi|127074 : TTGA-CC-TCTTCTA------TT-CTTA-AATTA----------CACAAGGG--G--GGATATCCG---A--A-CTC-CCA-AAA---A-TC--G-CTACC---T-CAA--C-ATTT-C---ATTCGT-T-TCA------TT-A-T--ATAC-TCT----AGCGGA--CGTTTG--AA---TTTT-ACA--AT-C-CA--AGTC-T--AAT-CGA--TC----G-GA-AAAGA----T------CA--TA--GT-TG---TTA---------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-CTCGACAA
gi|127075 : TTGA-CAGCCGTCTA------TT-CTAT-ATT-A----------CACAAGGG--G--G-A-ATCCG---G----TTC-CCA-AAA---A-TC--G-CTACC---T-C-A--C-A-TT-G--GAGTCGTGC-TCGT-----TT-AAA--ATA--TTT----A-CGAA--AC-TTA--AT---TTGT-ACA--AT-C-CA--GGTA-T-GAATCCAA--TC---GG-GT-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-A-TTG-TTTGCAACCGGCAA
gi|127076 : TTAA-CA-CC-TCTA------TT-CTAT-ATTTA----------AACAAGGGTGG--GGG-GTCCA---G--T-TCC-CCA-AAA---A-T---G-CTACC---T-C----C-ATTC-C--GAGTCGC-C-TCA------TT-TTA--ATAT-TTC----A-CAAA--TGGTTA--ATCTCTTTC-ACA--AT-C-CA--GGTA-TACAAT-CAA--TT---GG-TA-AAAGA----T-------A--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAGTACC-TA
gi|127077 : TTGA-CC-CTCTCTA------TT-CTAT-ATTTAGTATTATTTACACAAGAG--G--G-A-ATCAG---A--A-CTC-CCC-AAA---A-TC--G-CTACC---T-C-A--C-ATTT-T--CATTCGT-T-TC-------------------------------------------AT---TTTT-ATA-------CA--GGTC-T-TAAT-CGA--TG---GG-GG-AAAGA----T----------------------------------------------AATACA-T-GT-ATTTG-TTTGC-CTTGGCAA
gi|127078 : TTGA-CA-TCATCTACATGTATC-CTAT-ATTTA----------CACAATGG--G--A-A-ATCCA---G--A-ATC-CCA-AAA---A-TC--G-TTACC---T-C-A--A-ATTT-C--CATTCAT-T-TC
gi|127079 : TTAA-CAACCGTCTA------TTTCTATCATTTA----------CACAAGGG--GCTGGA-ATCCG---GCTG-TTCGCCA-AAATAAG-TC--G-CTACT---T-A-A----ATTT-C--GATTCTA-C-TCG------TT-TTT--TTAT-TTT------CGGA--CG-TAA--AT---TTTT-ACA--ATGC-CA--AGT
gi|127080 : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATCTA----------CACAGGGGT-G--GGG-GTCCT---G--G-GTC-CCA-AAT---A-TC--G-CTACC---T-C-G--C-ATTT-T--GAGTCGT-G-TCG------TT-
gi|127081 : TTGA-CA-CCATCTAGA----TT----T-ATTTA----------CACAATGG--G--GAA-ATCCACTAG--G-TTT-CCA-AAA---G--C--G-CTACC---T-C-G--C-ATAT-T--GAGTCGT-C-TCG------TT-TTG--ATAT-TTT----A-CGAA--Cttta
gi|127082 : TGAGCA-CCGTCTG------TT-TTAT---TTA----------CACAAGGG--G--G-A-ATCCAA--G--G-TTC-CCA-AAA---ACTC--G-CTACCGCCT-C-A--C-CTTTGC--AGTCCGT-CCTCA------TT-AAA--ATAT-TTT----AACGAAT-CG-TTA--AA---TTTTTATC--AC-C-CA--GGTA-T-CCAT-CAA--TTCAAGG-GT-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TGT--T-----------------A---AAAATA-C-TAAT-ATTTGTTTTGC-ACCGGCA
gi|127083 : TGA-CA-CCATCTA------TT-TTAT-ATTTA----------CACAA-GG--G--GGA-ATCCA---A--A-ATT-CCA-AAA---A-TC--G-CTACT---T-C-A--A-A--T-C--CATTTGC-C-TC
gi|127084 : TCTA------TT-CTATTAATTA----------CACAAGGG--G--GG--ATCGA---A--C-TTC-CCA-AAA---A-TCTTG-CGACC---TAC-A--CAATTT-C---ATTCGT-T-TTGAAACAATTGATT--ATAC-TCT----A--GGA--CG-TTA--AA---TTTT-G--------------------CAAT-CGA--TC---GGTGA-AAAGAGGGTT------CAGGCAGCTT-TG---TTATTACAAA--------A---AAAATACCATAATCATTTC-TTTGG-ACTGGCAA
gi|127085 : TC-CCATAAA---A-TC--GACGACT---A-C-AACC-ATA--C--AAT-CAT-T-T-A------TT-ATTCAATAT-TTTTAAAA-TAAA---A-TTATGAG---TTTT-ACACAAT-CACATCGGTC-T-TAAT-TGA--TC---GG-GG-AAAGA----TTAATAGCA--TA-TTT-TATGTT-----------------A---TAAATACC-
gi|127086 : cactagggtgcgaaTC-CCA-AAA---A-TC--G--TACC---T-C-G--C-AATT-CTTGAGTCGT-C-TCG------TT-GAC--ATATATTT----A-CGAAAACG-TAC--AT---TTTT-TCA--AT-C-TA--ACTCAT-CAAT--GAAATC---AG-GATAAAGA----T------CA--TA-TTT-CGTA-T-----------------A---AAAATA
gi|127087 : -ATTT-C---ATTCGT-T-TCA------TT-ATT--ATAC-TCT----A-CGGA--CG-TTA--AA---TCTT-A----------------------AT-CGA--TC---GG-GG-AAAGC----T------CA--TA-GTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-CTTGGCAA
gi|127088 : aaGAA--CG-TTA--AA---TTTT-ACA--AT-C-CA--GGTA----AAT-CAA--TC---GG-GT-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAATTACC-CAAT-ATTTG-TTTGC-ATCGACAA
gi|127089 : A--CG-TTA--AA---TTTT-GCA---T-C-CA--AGTC-C-TAAT-CGA--TC---GG-GG-AAAG------------CA--TA-GTT-TG---TATAAAAAAAAAAAAAAAA---AAAAAACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-CTCGGCA
gi|127090 : --CG-TTA--CA---TTTT-GCA---T-C-CA--AGTC-C-TAAT-CG---TC---GG-GG-AAAG-----T------CA--TG-TTTGTA---T-----------------A---AAA
gi|127091 : GTA-T-CAAT-CAA--TC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-GTT-TA---T-----------------A---GAAATACA-TAAT-ATCTG-TTTGC-A
gi|127092 : ---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-GTT-TG---T-----------------ATAAAAAAAAAC-TAAT-ATTTC-TTTGC-CTCGGCAA
Alignments
lowQualScore : 111111 1111111111 11111111 111 111111 222222222222222222222
lowQualScore : 2 66 6 000000 2 5 0000000000 33 2 33 3 2 33333333 2 2 333 2 33 2 333 2 8888 2 2 444 333 9999999 111111 55 555555 55 2 2 33 4444 2 555 2 2 33 99999 2 33 333 2 2 4444 666666 22 66 2 777777777777777777777 333 2 2 2 33
lowQualScore : . .. . ...... . . .......... .. . .. . . ........ . . ... . .. . ... . .... . . ... ... ....... ...... .. ...... .. . . .. .... . ... . . .. ..... . .. ... . . .... ...... .. .. . ..................... ... . . . ..
lowQualScore : 7 11 5 666666 5 0 9999999999 44 5 44 5 5 11111111 2 2 999 2 11 2 999 2 1111 1 1 333 111 6666666 555555 22 999999 00 1 2 11 9999 2 000 2 2 11 66666 2 11 777 1 1 5555 111111 99 66 1 000000000000000000000 777 4 7 7 77
consensus : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---G--G-TTC-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-C-A--CA-TTT-C--GATTCGT-C-TCG------TT-ANT--ATAC-TTT----A-CGAA--C-G-TTA--A---NTTTT-ACA--AT-C-CA--GGTN-T-CAAT-CGA--TC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-NTCGGCAA
Reference ( family-737 ) : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---G--G-TTC-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-C-A--CA-TTT-C--GATTCGT-C-TCG------TT-ANT--ATAC-TTT----A-CGAA--C-G-TTA--A---NTTTT-ACA--AT-C-CA--GGTN-T-CAAT-CGA--TC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-NTCGGCAA
gi|127069 : TTGA-CT-CTCTCTA------TT-CTAT-AATTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---A--A-CTC-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-CAA--CA-TTT-C---ATTCGT-T-TCA------TT-ATT--ATAC-TCT----A-CGGA--C-G-TTA--A---ATTTT-GCA--AT-C-CA--AGTT-T-TAAT-CGA--CC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-GTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTA-TTTGC-TTCGGCAA
gi|127070 : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---G--G-TTT-CCA-A---AAA-TC--G-CTAC-----------------------------C-TCG------TT-AAT--ATAT-TTT----A-CGAG--C-G-TTA--A---TTTTT-ACA--AT-C-CA--GGTA-T-CAAT-CAA--TC---GG-GT-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAATACT-TAAT-TTTTG-TTTGC-ACCGGCAA
gi|127071 : TTGA-CC-CTCTCTA------TT-CTAT-AATTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---A--A-CTC-CCC-A---AAA-TC--G-CTACC---T-CAA--CA-TTT-C---ATTCGT-T-TCA------TT-AAT--ATAC-TCT----A-CGGA--C-A-TTA--A---TTTTT-ACA--AT-C-TA--AGTC-T-TAAT-CGT--TC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-GTT-TG---T-----------------A---AAAATATC-TAAT-ATTTG-TTTGC-CTCGGCAA
gi|127072 : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---G--G-TTT-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-C-G--CA-TTT-T--GAGTCGT-C-TCG------TT-AAA--ATAT-TTT----A-CGAA--C-G-TTA--A---TTTTT-ACA--AT-C-CA--GGTA-T-CAAT-CAA--TC---GG-GT-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TA---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-ACCGGCAA
gi|127073 : TTGA-C--CC-TCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---A--AATCC-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-T-A--CA-TTT-T--CATTCGT-T-TCA------TT-TTT--ATAC-TTT----A-CGAT--C-T-TTA--A---ATTTT-ACA--TT-C-CA--GGTT-T-TAAT-CGA--TC---AG-GG-AAAGA----T------CA--TA-GTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATCTG-TTTGC-TTCAGCAA
gi|127074 : TTGA-CC-TCTTCTA------TT-CTTA-AATTA----------CACAAGG--G-G--GGATATCCG---A--A-CTC-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-CAA--CA-TTT-C---ATTCGT-T-TCA------TT-A-T--ATAC-TCT----AGCGGA--C-GTTTG--A---ATTTT-ACA--AT-C-CA--AGTC-T--AAT-CGA--TC----G-GA-AAAGA----T------CA--TA--GT-TG---TTA---------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-CTCGACAA
gi|127075 : TTGA-CAGCCGTCTA------TT-CTAT-ATT-A----------CACAAGG--G-G--G-A-ATCCG---G----TTC-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-C-A--CA--TT-G--GAGTCGTGC-TCGT-----TT-AAA--ATA--TTT----A-CGAA--A-C-TTA--A---TTTGT-ACA--AT-C-CA--GGTA-T-GAATCCAA--TC---GG-GT-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-A-TTG-TTTGCAACCGGCAA
gi|127076 : TTAA-CA-CC-TCTA------TT-CTAT-ATTTA----------AACAAGGGTG-G--GGG-GTCCA---G--T-TCC-CCA-A---AAA-T---G-CTACC---T-C----CA-TTC-C--GAGTCGC-C-TCA------TT-TTA--ATAT-TTC----A-CAAA--TGG-TTA--ATCTCTTTC-ACA--AT-C-CA--GGTA-TACAAT-CAA--TT---GG-TA-AAAGA----T-------A--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAGTACC-TA
gi|127077 : TTGA-CC-CTCTCTA------TT-CTAT-ATTTAGTATTATTTACACAAGA--G-G--G-A-ATCAG---A--A-CTC-CCC-A---AAA-TC--G-CTACC---T-C-A--CA-TTT-T--CATTCGT-T-TC--------------------------------------------A---TTTTT-ATA-------CA--GGTC-T-TAAT-CGA--TG---GG-GG-AAAGA----T----------------------------------------------AATACA-T-GT-ATTTG-TTTGC-CTTGGCAA
gi|127078 : TTGA-CA-TCATCTACATGTATC-CTAT-ATTTA----------CACAATG--G-G--A-A-ATCCA---G--A-ATC-CCA-A---AAA-TC--G-TTACC---T-C-A--AA-TTT-C--CATTCAT-T-TC
gi|127079 : TTAA-CAACCGTCTA------TTTCTATCATTTA----------CACAAGG--G-GCTGGA-ATCCG---GCTG-TTCGCCA-AAATAAG-TC--G-CTA-C---T-T-A--AA-TTT-C--GATTCTA-C-TCG------TT-TTT--TTAT-TTT------CGGA--C-G-TAA--A---TTTTT-ACA--ATGC-CA--AGT
gi|127080 : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATCTA----------CACAGGG--GTG--GGG-GTCCT---G--G-GTC-CCA-A---ATA-TC--G-CTACC---T-C-G--CA-TTT-T--GAGTCGT-G-TCG------TT-
gi|127081 : TTGA-CA-CCATCTAGA----TT----T-ATTTA----------CACAATG--G-G--GAA-ATCCACTAG--G-TTT-CCA-A---AAG--C--G-CTACC---T-C-G--CA-TAT-T--GAGTCGT-C-TCG------TT-TTG--ATAT-TTT----A-CGAA--C-ttta
gi|127082 : TGAGCA-CCGTCTG------TT-TTAT---TTA----------CACAAGG--G-G--G-A-ATCCAA--G--G-TTC-CCA-A---AAACTC--G-CTACCGCCT-C-A--CC-TTTGC--AGTCCGT-CCTCA------TT-AAA--ATAT-TTT----AACGAAT-C-G-TTA--A---ATTTTTATC--AC-C-CA--GGTA-T-CCAT-CAA--TTCAAGG-GT-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TGT--T-----------------A---AAAATA-C-TAAT-ATTTGTTTTGC-ACCGGCA
gi|127083 : TGA-CA-CCATCTA------TT-TTAT-ATTTA----------CACAA-G--G-G--GGA-ATCCA---A--A-ATT-CCA-A---AAA-TC--G-CTACT---T-C-A--AA---T-C--CATTTGC-C-TC
gi|127084 : TCTA------TT-CTATTAATTA----------CACAAGG--G-G--GGA--TCGA---A--C-TTC-CCA-A---AAA-TCTTG-CGACC---TAC-A--CAATTT-C---ATTCGT-T-TTGAAACAATTGATT--ATAC-TCT----A--GGA--C-G-TTA--A---ATTTT-GCA--AT-------------------CGA--TC---GGTGA-AAAGAGGGTT------CAGGCAGCTT-TG---TTATTACAAA--------A---AAAATACCATAATCATTTC-TTTGG-ACTGGCAA
gi|127085 : TC-CCATA---AAA-TC--GACGACT---A-C-AACCA-TA--C--AAT-CAT-T-T-A------TT-ATTCAATAT-TTTTAAAA-TAAA----A-TTATGA---GTTTT-ACACAAT-CACATCGGTC-T-TAAT-TGA--TC---GG-GG-AAAGA----TTAATAGCA--TA-TTT-TATGTT-----------------A---TAAATACC-
gi|127086 : cactagggtgcgaaTC-CCA-A---AAA-TC--G--TACC---T-C-G--CA-ATT-CTTGAGTCGT-C-TCG------TT-GAC--ATATATTT----A-CGAAAAC-G-TAC--A---TTTTT-TCA--AT-C-TA--ACTCAT-CAAT--GAAATC---AG-GATAAAGA----T------CA--TA-TTT-CGTA-T-----------------A---AAAATA
gi|127087 : A-TTT-C---ATTCGT-T-TCA------TT-ATT--ATAC-TCT----A-CGGA--C-G-TTA--A---ATCTT-A----------------------AT-CGA--TC---GG-GG-AAAGC----T------CA--TA-GTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-CTTGGCAA
gi|127088 : aaGAA--C-G-TTA--A---ATTTT-ACA--AT-C-CA--GGTA----AAT-CAA--TC---GG-GT-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAATTACC-CAAT-ATTTG-TTTGC-ATCGACAA
gi|127089 : A--C-G-TTA--A---ATTTT-GCA---T-C-CA--AGTC-C-TAAT-CGA--TC---GG-GG-AAAG------------CA--TA-GTT-TG---TATAAAAAAAAAAAAAAAA---AAAAAACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-CTCGGCA
gi|127090 : --C-G-TTA--C---ATTTT-GCA---T-C-CA--AGTC-C-TAAT-CG---TC---GG-GG-AAAG-----T------CA--TG-TTTGTA---T-----------------A---AAA
gi|127091 : GTA-T-CAAT-CAA--TC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-GTT-TA---T-----------------A---GAAATACA-TAAT-ATCTG-TTTGC-A
gi|127092 : ---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-GTT-TG---T-----------------ATAAAAAAAAAC-TAAT-ATTTC-TTTGC-CTCGGCAA
Alignments
lowQualScore : 111111 1111111111 11111111 111 111111 222222222222222222222
lowQualScore : 2 66 6 000000 2 5 0000000000 33 2 33 3 2 33333333 2 2 333 2 33 2 333 2 8888 2 2 444 333 9999999 111111 55 555555 55 2 2 33 4444 2 555 2 2 33 99999 2 33 333 2 2 4444 666666 22 66 2 777777777777777777777 333 2 2 2 33
lowQualScore : . .. . ...... . . .......... .. . .. . . ........ . . ... . .. . ... . .... . . ... ... ....... ...... .. ...... .. . . .. .... . ... . . .. ..... . .. ... . . .... ...... .. .. . ..................... ... . . . ..
lowQualScore : 7 11 5 666666 5 0 9999999999 44 5 44 5 5 11111111 2 2 999 2 11 2 999 2 1111 1 1 333 111 6666666 555555 22 999999 00 1 2 11 9999 2 000 2 2 11 66666 2 11 777 1 1 5555 111111 99 66 1 000000000000000000000 777 4 7 7 77
consensus : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---G--G-TTC-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-C-A--CA-TTT-C--GATTCGT-C-TCG------TT-ANT--ATAC-TTT----A-CGAA--C-G-TTA--A---NTTTT-ACA--AT-C-CA--GGTN-T-CAAT-CGA--TC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-NTCGGCAA
Reference ( family-737 ) : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---G--G-TTC-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-C-A--CA-TTT-C--GATTCGT-C-TCG------TT-ANT--ATAC-TTT----A-CGAA--C-G-TTA--A---NTTTT-ACA--AT-C-CA--GGTN-T-CAAT-CGA--TC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-NTCGGCAA
gi|127069 : TTGA-CT-CTCTCTA------TT-CTAT-AATTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---A--A-CTC-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-CAA--CA-TTT-C---ATTCGT-T-TCA------TT-ATT--ATAC-TCT----A-CGGA--C-G-TTA--A---ATTTT-GCA--AT-C-CA--AGTT-T-TAAT-CGA--CC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-GTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTA-TTTGC-TTCGGCAA
gi|127070 : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---G--G-TTT-CCA-A---AAA-TC--G-CTAC-----------------------------C-TCG------TT-AAT--ATAT-TTT----A-CGAG--C-G-TTA--A---TTTTT-ACA--AT-C-CA--GGTA-T-CAAT-CAA--TC---GG-GT-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAATACT-TAAT-TTTTG-TTTGC-ACCGGCAA
gi|127071 : TTGA-CC-CTCTCTA------TT-CTAT-AATTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---A--A-CTC-CCC-A---AAA-TC--G-CTACC---T-CAA--CA-TTT-C---ATTCGT-T-TCA------TT-AAT--ATAC-TCT----A-CGGA--C-A-TTA--A---TTTTT-ACA--AT-C-TA--AGTC-T-TAAT-CGT--TC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-GTT-TG---T-----------------A---AAAATATC-TAAT-ATTTG-TTTGC-CTCGGCAA
gi|127072 : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---G--G-TTT-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-C-G--CA-TTT-T--GAGTCGT-C-TCG------TT-AAA--ATAT-TTT----A-CGAA--C-G-TTA--A---TTTTT-ACA--AT-C-CA--GGTA-T-CAAT-CAA--TC---GG-GT-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TA---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-ACCGGCAA
gi|127073 : TTGA-C--CC-TCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---A--AATCC-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-T-A--CA-TTT-T--CATTCGT-T-TCA------TT-TTT--ATAC-TTT----A-CGAT--C-T-TTA--A---ATTTT-ACA--TT-C-CA--GGTT-T-TAAT-CGA--TC---AG-GG-AAAGA----T------CA--TA-GTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATCTG-TTTGC-TTCAGCAA
gi|127074 : TTGA-CC-TCTTCTA------TT-CTTA-AATTA----------CACAAGG--G-G--GGATATCCG---A--A-CTC-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-CAA--CA-TTT-C---ATTCGT-T-TCA------TT-A-T--ATAC-TCT----AGCGGA--C-GTTTG--A---ATTTT-ACA--AT-C-CA--AGTC-T--AAT-CGA--TC----G-GA-AAAGA----T------CA--TA--GT-TG---TTA---------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-CTCGACAA
gi|127075 : TTGA-CAGCCGTCTA------TT-CTAT-ATT-A----------CACAAGG--G-G--G-A-ATCCG---G----TTC-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-C-A--CA--TT-G--GAGTCGTGC-TCGT-----TT-AAA--ATA--TTT----A-CGAA--A-C-TTA--A---TTTGT-ACA--AT-C-CA--GGTA-T-GAATCCAA--TC---GG-GT-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-A-TTG-TTTGCAACCGGCAA
gi|127076 : TTAA-CA-CC-TCTA------TT-CTAT-ATTTA----------AACAAGGGTG-G--GGG-GTCCA---G--T-TCC-CCA-A---AAA-T---G-CTACC---T-C----CA-TTC-C--GAGTCGC-C-TCA------TT-TTA--ATAT-TTC----A-CAAA--TGG-TTA--ATCTCTTTC-ACA--AT-C-CA--GGTA-TACAAT-CAA--TT---GG-TA-AAAGA----T-------A--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAGTACC-TA
gi|127077 : TTGA-CC-CTCTCTA------TT-CTAT-ATTTAGTATTATTTACACAAGA--G-G--G-A-ATCAG---A--A-CTC-CCC-A---AAA-TC--G-CTACC---T-C-A--CA-TTT-T--CATTCGT-T-TC--------------------------------------------A---TTTTT-ATA-------CA--GGTC-T-TAAT-CGA--TG---GG-GG-AAAGA----T----------------------------------------------AATACA-T-GT-ATTTG-TTTGC-CTTGGCAA
gi|127078 : TTGA-CA-TCATCTACATGTATC-CTAT-ATTTA----------CACAATG--G-G--A-A-ATCCA---G--A-ATC-CCA-A---AAA-TC--G-TTACC---T-C-A--AA-TTT-C--CATTCAT-T-TC
gi|127079 : TTAA-CAACCGTCTA------TTTCTATCATTTA----------CACAAGG--G-GCTGGA-ATCCG---GCTG-TTCGCCA-AAATAAG-TC--G-CTA-C---T-T-A--AA-TTT-C--GATTCTA-C-TCG------TT-TTT--TTAT-TTT------CGGA--C-G-TAA--A---TTTTT-ACA--ATGC-CA--AGT
gi|127080 : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATCTA----------CACAGGG--GTG--GGG-GTCCT---G--G-GTC-CCA-A---ATA-TC--G-CTACC---T-C-G--CA-TTT-T--GAGTCGT-G-TCG------TT-
gi|127081 : TTGA-CA-CCATCTAGA----TT----T-ATTTA----------CACAATG--G-G--GAA-ATCCACTAG--G-TTT-CCA-A---AAG--C--G-CTACC---T-C-G--CA-TAT-T--GAGTCGT-C-TCG------TT-TTG--ATAT-TTT----A-CGAA--C-ttta
gi|127082 : TGAGCA-CCGTCTG------TT-TTAT---TTA----------CACAAGG--G-G--G-A-ATCCAA--G--G-TTC-CCA-A---AAACTC--G-CTACCGCCT-C-A--CC-TTTGC--AGTCCGT-CCTCA------TT-AAA--ATAT-TTT----AACGAAT-C-G-TTA--A---ATTTTTATC--AC-C-CA--GGTA-T-CCAT-CAA--TTCAAGG-GT-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TGT--T-----------------A---AAAATA-C-TAAT-ATTTGTTTTGC-ACCGGCA
gi|127083 : TGA-CA-CCATCTA------TT-TTAT-ATTTA----------CACAA-G--G-G--GGA-ATCCA---A--A-ATT-CCA-A---AAA-TC--G-CTACT---T-C-A--AA---T-C--CATTTGC-C-TC
gi|127084 : TCTA------TT-CTATTAATTA----------CACAAGG--G-G--GGA--TCGA---A--C-TTC-CCA-A---AAA-TCTTG-CGACC---TAC-A--CAATTT-C---ATTCGT-T-TTGAAACAATTGATT--ATAC-TCT----A--GGA--C-G-TTA--A---ATTTT-GCA--AT-------------------CGA--TC---GGTGA-AAAGAGGGTT------CAGGCAGCTT-TG---TTATTACAAA--------A---AAAATACCATAATCATTTC-TTTGG-ACTGGCAA
gi|127085 : TC-CCATA---AAA-TC--GACGACT---A-C-AACCA-TA--C--AAT-CAT-T-T-A------TT-ATTCAATAT-TTTTAAAA-TAAA----A-TTATGA---GTTTT-ACACAAT-CACATCGGTC-T-TAAT-TGA--TC---GG-GG-AAAGA----TTAATAGCA--TA-TTT-TATGTT-----------------A---TAAATACC-
gi|127086 : cactagggtgcgaaTC-CCA-A---AAA-TC--G--TACC---T-C-G--CA-ATT-CTTGAGTCGT-C-TCG------TT-GAC--ATATATTT----A-CGAAAAC-G-TAC--A---TTTTT-TCA--AT-C-TA--ACTCAT-CAAT--GAAATC---AG-GATAAAGA----T------CA--TA-TTT-CGTA-T-----------------A---AAAATA
gi|127087 : A-TTT-C---ATTCGT-T-TCA------TT-ATT--ATAC-TCT----A-CGGA--C-G-TTA--A---ATCTT-A----------------------AT-CGA--TC---GG-GG-AAAGC----T------CA--TA-GTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-CTTGGCAA
gi|127088 : aaGAA--C-G-TTA--A---ATTTT-ACA--AT-C-CA--GGTA----AAT-CAA--TC---GG-GT-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAATTACC-CAAT-ATTTG-TTTGC-ATCGACAA
gi|127089 : A--C-G-TTA--A---ATTTT-GCA---T-C-CA--AGTC-C-TAAT-CGA--TC---GG-GG-AAAG------------CA--TA-GTT-TG---TATAAAAAAAAAAAAAAAA---AAAAAACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-CTCGGCA
gi|127090 : --C-G-TTA--C---ATTTT-GCA---T-C-CA--AGTC-C-TAAT-CG---TC---GG-GG-AAAG-----T------CA--TG-TTTGTA---T-----------------A---AAA
gi|127091 : GTA-T-CAAT-CAA--TC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-GTT-TA---T-----------------A---GAAATACA-TAAT-ATCTG-TTTGC-A
gi|127092 : ---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-GTT-TG---T-----------------ATAAAAAAAAAC-TAAT-ATTTC-TTTGC-CTCGGCAA
blockSeqs : G AG G CATGTA T C GTATTATTTA GT T CT G T CTAGG G T AAT C TT A GCC A AAC A G TTG GC GAAACAA ATTCA TA TAAAA AA G T TG TCTC T CAA G A TC ATAC C AA CAA T T GGGT TAATAG GG GC G TATAAAAAAAAAAAAAAA TAA A C T AA
blockSeqs : . AA C GA . T . . . . G . GCTG . . . . . . . . AA . . G CC GT GATT T AG T . . . T . A . . . CATC . . . . . . . . T . TTATTACAAA . . . . A
blockSeqs : . A G . . . . . . . G . AAA . . . . . . . . AA . . C C G AAT C AA . . . . T . A . . . ATC . . . . . . . . G . TGTT . . . . C
blockSeqs : . C T . . . . . . . G . AGG . . . . . . . . G . . G T A AAT T A . . . . T . A . . . CTT . . . . . . . . T . TTA . . . . A
blockSeqs : . A G . . . . . . . G . GG . . . . . . . . A . . G C G AAA C A . . . . A . T . . . ATC . . . . . . . . G . TAT . . . . T
blockSeqs : . C C . . . . . . . G . AA . . . . . . . . A . . C T A TTT C A . . . . A . A . . . TTT . . . . . . . . T . TT . . . . C
blockSeqs : . A A . . . . . . . G . GG . . . . . . . . A . . C T A AAA T A . . . . T . A . . . ATG . . . . . . . . T . T . . . . C
blockSeqs : . C G . . . . . . . G . AA . . . . . . . . A . . G C A TTA T A . . . . T . A . . . CTT . . . . . . . . T . T . . . . A
blockSeqs : . A G . . . . . . . A . GT . . . . . . . . A . . G T G TTT T A . . . . T . A . . . ATC . . . . . . . . T . T . . . . A
blockSeqs : . A A . . . . . . . G . AA . . . . . . . . G . . G T G TTG T A . . . . A . A . . . CTT . . . . . . . . T . T . . . . C
blockSeqs : . A G . . . . . . . G . GA . . . . . . . . G . . A C G AAA C A . . . . A . A . . . CCT . . . . . . . . G . T . . . . A
blockSeqs : . A A . . . . . . . . . GG . . . . . . . . A . . C G A GAC T A . . . . G . A . . . CCT . . . . . . . . T . T . . . . C
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . A . . A C A ATT C A . . . . T . A . . . ATC . . . . . . . . G . T . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . A . . . C G AT . . . . . . A . . . . . CT . . . . . . . . T . T . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . . . . . . G . . . T A . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . G . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . G . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : A*** G**
originalCons : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---G--G-TTC-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-C-A--CA-TTT-C--GATTCGT-C-TCG------TT-ANT--ATAC-TTT----A-CGAA--C-G-TTA--A---NTTTT-ACA--AT-C-CA--GGTN-T-CAAT-CGA--TC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-NTCGGCAA
finalCons : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---G--G-TTC-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-CA---CA-TTT-CG--ATTCGT-C-TCG------TT-ANT--ATAC-TTT----A-CGAA--C-G-TTA--A---NTTTT-ACA--AT-C-CA--GGTN-T-CAAT-CGA--TC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-NTCGGCAA
Alignments
lowQualScore : 111111 1111111111 11111111 111 111111 222222222222222222222
lowQualScore : 2 66 6 000000 2 5 0000000000 33 2 33 3 2 33333333 2 2 333 2 33 2 333 2 8888 2 2 444 333 9999999 111111 55 555555 55 2 2 33 4444 2 555 2 2 33 99999 2 33 333 2 2 4444 666666 22 66 2 777777777777777777777 333 2 2 2 33
lowQualScore : . .. . ...... . . .......... .. . .. . . ........ . . ... . .. . ... . .... . . ... ... ....... ...... .. ...... .. . . .. .... . ... . . .. ..... . .. ... . . .... ...... .. .. . ..................... ... . . . ..
lowQualScore : 7 11 5 666666 5 0 9999999999 44 5 44 5 5 11111111 2 2 999 2 11 2 999 2 1111 1 1 333 111 6666666 555555 22 999999 00 1 2 11 9999 2 000 2 2 11 66666 2 11 777 1 1 5555 111111 99 66 1 000000000000000000000 777 4 7 7 77
consensus : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---G--G-TTC-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-C-A--CA-TTT-C--GATTCGT-C-TCG------TT-ANT--ATAC-TTT----A-CGAA--C-G-TTA--A---NTTTT-ACA--AT-C-CA--GGTN-T-CAAT-CGA--TC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-NTCGGCAA
Reference ( family-737 ) : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---G--G-TTC-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-C-A--CA-TTT-C--GATTCGT-C-TCG------TT-ANT--ATAC-TTT----A-CGAA--C-G-TTA--A---NTTTT-ACA--AT-C-CA--GGTN-T-CAAT-CGA--TC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-NTCGGCAA
gi|127069 : TTGA-CT-CTCTCTA------TT-CTAT-AATTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---A--A-CTC-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-CAA--CA-TTT-C---ATTCGT-T-TCA------TT-ATT--ATAC-TCT----A-CGGA--C-G-TTA--A---ATTTT-GCA--AT-C-CA--AGTT-T-TAAT-CGA--CC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-GTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTA-TTTGC-TTCGGCAA
gi|127070 : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---G--G-TTT-CCA-A---AAA-TC--G-CTAC-----------------------------C-TCG------TT-AAT--ATAT-TTT----A-CGAG--C-G-TTA--A---TTTTT-ACA--AT-C-CA--GGTA-T-CAAT-CAA--TC---GG-GT-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAATACT-TAAT-TTTTG-TTTGC-ACCGGCAA
gi|127071 : TTGA-CC-CTCTCTA------TT-CTAT-AATTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---A--A-CTC-CCC-A---AAA-TC--G-CTACC---T-CAA--CA-TTT-C---ATTCGT-T-TCA------TT-AAT--ATAC-TCT----A-CGGA--C-A-TTA--A---TTTTT-ACA--AT-C-TA--AGTC-T-TAAT-CGT--TC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-GTT-TG---T-----------------A---AAAATATC-TAAT-ATTTG-TTTGC-CTCGGCAA
gi|127072 : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---G--G-TTT-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-C-G--CA-TTT-T--GAGTCGT-C-TCG------TT-AAA--ATAT-TTT----A-CGAA--C-G-TTA--A---TTTTT-ACA--AT-C-CA--GGTA-T-CAAT-CAA--TC---GG-GT-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TA---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-ACCGGCAA
gi|127073 : TTGA-C--CC-TCTA------TT-CTAT-ATTTA----------CACAAGG--G-G--GGA-ATCCG---A--AATCC-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-T-A--CA-TTT-T--CATTCGT-T-TCA------TT-TTT--ATAC-TTT----A-CGAT--C-T-TTA--A---ATTTT-ACA--TT-C-CA--GGTT-T-TAAT-CGA--TC---AG-GG-AAAGA----T------CA--TA-GTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATCTG-TTTGC-TTCAGCAA
gi|127074 : TTGA-CC-TCTTCTA------TT-CTTA-AATTA----------CACAAGG--G-G--GGATATCCG---A--A-CTC-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-CAA--CA-TTT-C---ATTCGT-T-TCA------TT-A-T--ATAC-TCT----AGCGGA--C-GTTTG--A---ATTTT-ACA--AT-C-CA--AGTC-T--AAT-CGA--TC----G-GA-AAAGA----T------CA--TA--GT-TG---TTA---------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-CTCGACAA
gi|127075 : TTGA-CAGCCGTCTA------TT-CTAT-ATT-A----------CACAAGG--G-G--G-A-ATCCG---G----TTC-CCA-A---AAA-TC--G-CTACC---T-C-A--CA--TT-G--GAGTCGTGC-TCGT-----TT-AAA--ATA--TTT----A-CGAA--A-C-TTA--A---TTTGT-ACA--AT-C-CA--GGTA-T-GAATCCAA--TC---GG-GT-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-A-TTG-TTTGCAACCGGCAA
gi|127076 : TTAA-CA-CC-TCTA------TT-CTAT-ATTTA----------AACAAGGGTG-G--GGG-GTCCA---G--T-TCC-CCA-A---AAA-T---G-CTACC---T-C----CA-TTC-C--GAGTCGC-C-TCA------TT-TTA--ATAT-TTC----A-CAAA--TGG-TTA--ATCTCTTTC-ACA--AT-C-CA--GGTA-TACAAT-CAA--TT---GG-TA-AAAGA----T-------A--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAAGTACC-TA
gi|127077 : TTGA-CC-CTCTCTA------TT-CTAT-ATTTAGTATTATTTACACAAGA--G-G--G-A-ATCAG---A--A-CTC-CCC-A---AAA-TC--G-CTACC---T-C-A--CA-TTT-T--CATTCGT-T-TC--------------------------------------------A---TTTTT-ATA-------CA--GGTC-T-TAAT-CGA--TG---GG-GG-AAAGA----T----------------------------------------------AATACA-T-GT-ATTTG-TTTGC-CTTGGCAA
gi|127078 : TTGA-CA-TCATCTACATGTATC-CTAT-ATTTA----------CACAATG--G-G--A-A-ATCCA---G--A-ATC-CCA-A---AAA-TC--G-TTACC---T-C-A--AA-TTT-C--CATTCAT-T-TC
gi|127079 : TTAA-CAACCGTCTA------TTTCTATCATTTA----------CACAAGG--G-GCTGGA-ATCCG---GCTG-TTCGCCA-AAATAAG-TC--G-CTA-C---T-T-A--AA-TTT-C--GATTCTA-C-TCG------TT-TTT--TTAT-TTT------CGGA--C-G-TAA--A---TTTTT-ACA--ATGC-CA--AGT
gi|127080 : TTGA-CA-CCGTCTA------TT-CTAT-ATCTA----------CACAGGG--GTG--GGG-GTCCT---G--G-GTC-CCA-A---ATA-TC--G-CTACC---T-C-G--CA-TTT-T--GAGTCGT-G-TCG------TT-
gi|127081 : TTGA-CA-CCATCTAGA----TT----T-ATTTA----------CACAATG--G-G--GAA-ATCCACTAG--G-TTT-CCA-A---AAG--C--G-CTACC---T-C-G--CA-TAT-T--GAGTCGT-C-TCG------TT-TTG--ATAT-TTT----A-CGAA--C-ttta
gi|127082 : TGAGCA-CCGTCTG------TT-TTAT---TTA----------CACAAGG--G-G--G-A-ATCCAA--G--G-TTC-CCA-A---AAACTC--G-CTACCGCCT-C-A--CC-TTTGC--AGTCCGT-CCTCA------TT-AAA--ATAT-TTT----AACGAAT-C-G-TTA--A---ATTTTTATC--AC-C-CA--GGTA-T-CCAT-CAA--TTCAAGG-GT-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TGT--T-----------------A---AAAATA-C-TAAT-ATTTGTTTTGC-ACCGGCA
gi|127083 : TGA-CA-CCATCTA------TT-TTAT-ATTTA----------CACAA-G--G-G--GGA-ATCCA---A--A-ATT-CCA-A---AAA-TC--G-CTACT---T-C-A--AA---T-C--CATTTGC-C-TC
gi|127084 : TCTA------TT-CTATTAATTA----------CACAAGG--G-G--GGA--TCGA---A--C-TTC-CCA-A---AAA-TCTTG-CGACC---TAC-A--CAATTT-C---ATTCGT-T-TTGAAACAATTGATT--ATAC-TCT----A--GGA--C-G-TTA--A---ATTTT-GCA--AT-------------------CGA--TC---GGTGA-AAAGAGGGTT------CAGGCAGCTT-TG---TTATTACAAA--------A---AAAATACCATAATCATTTC-TTTGG-ACTGGCAA
gi|127085 : TC-CCATA---AAA-TC--GACGACT---A-C-AACCA-TA--C--AAT-CAT-T-T-A------TT-ATTCAATAT-TTTTAAAA-TAAA----A-TTATGA---GTTTT-ACACAAT-CACATCGGTC-T-TAAT-TGA--TC---GG-GG-AAAGA----TTAATAGCA--TA-TTT-TATGTT-----------------A---TAAATACC-
gi|127086 : cactagggtgcgaaTC-CCA-A---AAA-TC--G--TACC---T-C-G--CA-ATT-CTTGAGTCGT-C-TCG------TT-GAC--ATATATTT----A-CGAAAAC-G-TAC--A---TTTTT-TCA--AT-C-TA--ACTCAT-CAAT--GAAATC---AG-GATAAAGA----T------CA--TA-TTT-CGTA-T-----------------A---AAAATA
gi|127087 : A-TTT-C---ATTCGT-T-TCA------TT-ATT--ATAC-TCT----A-CGGA--C-G-TTA--A---ATCTT-A----------------------AT-CGA--TC---GG-GG-AAAGC----T------CA--TA-GTT-TG---T-----------------A---AAAATACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-CTTGGCAA
gi|127088 : aaGAA--C-G-TTA--A---ATTTT-ACA--AT-C-CA--GGTA----AAT-CAA--TC---GG-GT-AAAGA----T------CA--TA-TTT-TG---T-----------------A---AAATTACC-CAAT-ATTTG-TTTGC-ATCGACAA
gi|127089 : A--C-G-TTA--A---ATTTT-GCA---T-C-CA--AGTC-C-TAAT-CGA--TC---GG-GG-AAAG------------CA--TA-GTT-TG---TATAAAAAAAAAAAAAAAA---AAAAAACC-TAAT-ATTTG-TTTGC-CTCGGCA
gi|127090 : --C-G-TTA--C---ATTTT-GCA---T-C-CA--AGTC-C-TAAT-CG---TC---GG-GG-AAAG-----T------CA--TG-TTTGTA---T-----------------A---AAA
gi|127091 : GTA-T-CAAT-CAA--TC---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-GTT-TA---T-----------------A---GAAATACA-TAAT-ATCTG-TTTGC-A
gi|127092 : ---GG-GG-AAAGA----T------CA--TA-GTT-TG---T-----------------ATAAAAAAAAAC-TAAT-ATTTC-TTTGC-CTCGGCAA