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lowQualScore                  :          .    ....    .. ...   ....     .    ...  .   .... . ...      ....    .. .  ...  ..  ..  ....  ..    . . .  . . .   .    ........   .......... .   .........   .. .. ..           .       
lowQualScore                  :          1    5555    55 777   0000     9    333  2   6666 8 222      3333    99 8  777  66  66  9999  33    8 8 8  8 8 8   8    88888888   7777777777 8   222222222   00 99 11           5       
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Reference ( gi|121064 )       : GACACGATC-CGGA----CTACT-CT--GAC----CCTAT-CTAGG-TGGACAC---GT-G---TGCCCT-T--CTGC-AT-TT---CTT-TG-ATG----GG--CTTC-G-G-TC-C-T-GCC-TACC--------TTG-------T--T-TTTAC-------CCCCAGA-GG-AGTGCCACTGG-CACTCTT
gi|121066                     : GACACGATA-CTGG----CTACC-CC--GAC----CTTAT-GTAGA-CGGACAC---TT-G---TGCCCT-T--CTGT-TT-TT---CTT-TG-GTG----GG--CTTC-G-G-CC-C-T-GTC-TACC--------TTG-------T--T-TTTA--------CCCTGGA-GG-AGTGCCACTGA-CACTCTT
gi|121069                     : GACACGACC-CGGA----CTACC-CC--GAC----CCTAT-CTAAA-CGGACAC---TT-G---TGCCCT-T--CTGT-TT-TT---CTT-TG-ATG----GG--CTTC-G-G-TT-T-T-GCC-TACC--------TTG-------T--T-TTTAC-------CCT--G--------GCCAATGT-CACTCTT
gi|121068                     : GACACGATC-CGGA----CTACC-CC--GAC----CCTAT-CTAGA-CGAACAC---TT-G---TGCCCT-T--CAGT-TT-TT---CGT-TG-GTG----GG--CTTC-G-G-TC-C-T-GCC-TACC--------TTG-------T--A-TTTA--------CCATGGC-GC-AGTGCCGCTGG-TACT
gi|121067                     : GGCAGGATC-CAGA----CTCCC-CC--GAC----GCTAT-CTAGG-TGGGCAC---TT-G---TGTCCT-G--TTGC----TT---TTT-TG-GTG----GG--CTTC-G-G-TC-C-T-GCC-TACC--------TTG-------T--T-TTTG--------CCCCGGA-GA-AGAGCCACTGA-CACTCTT
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gi|121065                     : GACACGATCTCCGA----CTACTTCT--GACTCGTCCTATGCTAGG-TGGACAC---GT-GATTTGCTCT-TTTCTGC-AT-TTTC-CTTCTG-ATG----AGTGCTTCAG-G-TC-C-T-GCC-TACC--------TTG-------TA-T-TTTAC-------CCCCAGA-GG-AGTGCCACTG
gi|121073                     : GAGACGATC-CAGA----CTGCC-CC--GAC----CCTAA-GTAGA-CGGGCCC---TT-G---TGCCCT-G--TTGC-TT-TT---CTT-TT-GTGCCCAGG--CTTT-G-G-TC-C-T-GCC-TACC--------TTG-------T--T-TTTG--------CCTCAGA-GG-TGTGCCACTGG-CACTCTT
gi|121072                     : GACACGATT-CAGA----CTGCG-CC--AAC----CCTAT-CTTGG-CGGTCAC---TT-G---TGTCCT-G--TTGC-TT-TT---CTG-TG-GTG----GG--CTTC-A-G-TC-C-T-GCA-TACC--------TTG-------A--T-TTTG--------CCCTGGA-GT-AGTGCCACTGG-TACTCTT
gi|121071                     : GACACATTC-CGGA-----TACT-A---GAC----CCTAT-CTAGA-CGGACAC---TTTG---TGCCCT-T--CTGT-TTATT---CTT-TG-GTG----GG--ATTC-G-G-TCTC-T-GCC-TACC--------TTG-------T--T-TTT-T-------CCTGAG--GG-AGTGCCACTGG-CAGTTTT
gi|121074                     : GACACCATT-CAGA----CTGGC-CA--AAC----CCTAT-CTAGG-CGGTCACT--GTAG---TGCCCT-G--TTGC-TT-TT---CTG-TG-GTA----GG--TTTC-G-G-TC-C-T-GCC-TACC--------TTG-------G--T-TTTGC-------GCC--GG-GGTAGTGCCACTGG-TACTCTT
gi|121075                     : GACACGATT-CAGA----CTGCG-CC--AAC----CCTAT--TAG--CGGTCAC---TT-G---TGCCTG-T---TGC-TT-TT---CTG-TG-GTG----GG--CTTC-G-G-TC-C-T-GCC-TA-C--------TTG-------A--T-TTTG--------CCCTGGA-GT-AGTGCCACTGG-TAATCTT
gi|121077                     : GACACGACT-CGAC----TTGCG-CC--AAC----CC-AT-CTAGG-CGGTCAC---TT-G---TGCCCT-G--TTGCTTT-TT---CTG-TG-GT-----GG--CTTC-GTG-TC-C-T-GCC-TACC--------TTG----------G-TTTAA-------CCCCAGA-GT-AGTGTCACTGG-TACTCTT
gi|121076                     : GACACGATT-CAGA----CTGCG-CC--GAC----CCTAT-CTAGG-CGGTCAC---TT-G---TG-CCT-G--TTGT-TT-TT---CTG-TG-G-G----GG--CTTC-G-G-TC-CTT-GCC-TACC--------TTG-------A--T-TTTGC-------CCCGA-A-CT-AGTG-TACTGG-TA
gi|121078                     : GACA-GATC-CAGA----CTGCC-CC--AAC----CCAAT-CTAGG-CGGTCAC---TT-G---TGCCC--T--GTGC--T-TT---CTG-TG-GTG----GGA-TTTC-G-GTTT-C-A-GCCTTACCTCTTGGTTTTG-------TGGT-TTTG--------CTCCGGA-GT-ATTCCCACTGG-CAC
gi|121080                     : GAAACGACC-GGGA----CCGCC-CCTCAAC----CTTAC-CTAGA-CGGGATC---TT-G---TGCCCT-G--CTAT--T-TT---CCT-TG-ACG----GG--CTTC-G-G-CC-C-T-GTC-CACCGGG-----TTC-------T--T-TTTTA-------TCCCAGA-GG-ATTGCC
gi|121079                     : GAAACG-TT-CAGA----CTG-T-CC--CAC----CCTAT-CTAG--CGGTCAC---TT-GA--TGCCCT-G--TTGC-TT-TT---CTG-TGTGTG----GA--CGTA-C-G-TT-C-C-ACC-TACC--------TTG-------A--T-TTTGC-------CCC-----GG-AGT
gi|121082                     :   CATGACC-CGAATCGTCCACC-C---AAC----ATTAC-CAATG-GGGGCCC---TT-G---CGCTCT-G--CTGC-TT-TT---CTT-TGGATG----GG--CTT--A-T-TC-C-TTGCC-GACG--------G-G-------T--TATTCGC-------CCCTAGA-GG-AGTGCCATTGaggtctcact
gi|121081                     :   CACGATC-CGGA----CTACC-CC--GAC----TCTAA-CTAGG-CGGACAC---
gi|121084                     :      GATC-GGAG----CTACC-CC--GAC----CC-AT-CTAGA-CGGACAC----T-G---TGCCCT-T--CTGT-TT-TTTCTCCT-TG-ATG----GG--CTTC-G-G-TC-C-A-GCC-TACC--------TTG-------T--T-TTTA--------CCCTGGA-GA-AGTGCCA-TGGCCACTCTTt
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gi|121086                     :                              AC----CATGC-CTAGA-CGGGAAC---TT-G---TGCCAT-G--CTAT--T-TT---CCT-TG-GCG----GG--CTTC-G-G-CC-C-T-ATC-CACC--------GTGGTTTCTTT--T-TTTA--------TCCCAGATGG-ATTGCC
gi|121087                     :                                                cctcaAC---TT-G---TGGCCTGT--CTGC--T-TT---CTG-TG-CTG----GG---TTC-A-G-TC-C-T-GCC-TACC--------TTG-------G--T-AAAAA-------CCC--GA-AT-AGTGCCACTGG-CACTCTT
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|121083 ): ACGACCCGGACCGTCCCCGACCTTATCCAGGCGGGCACCTTGCTGTTTTCCTTGGCGGGTACAGCCCTGCCCACCTGTGT






Alignments
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lowQualScore                  :          .    ..   .   ... ..   ....     .    ..   .   . . . ...  .    ...   ...  .  ...   .  . .  ....  ..    . . .  . .    .   .. ... .  ......... .   .........        . .          .       
lowQualScore                  :          9    66   7   000 11   7777     7    00   0   7 7 5 888  7    000   555  7  999   7  7 7  5555  00    7 7 7  7 3    7   33 999 7  555555555 7   555555555        0 8          4       
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Reference ( family-733 )      : GACACGATC-CGGA--CTG-CCC---C--GAC----CCTAT-CTAGG-CGGNCAC-T-T-G---TG-CCCTN--CTGC--TT-TT---CTT-TG-G-TG----GG--CTTC-G-G-TC-C-TGCC-TAC--C---T-TG-------T-T-TTTGC-------CCCCGGAGGA-GTGCCACTGG-CACTCTT
gi|121064                     : GACACGATC-CGGA--CTA-CTC---T--GAC----CCTAT-CTAGG-TGGACAC-G-T-G---TG-CCCTT--CTGC--AT-TT---CTT-TG-A-TG----GG--CTTC-G-G-TC-C-TGCC-TAC--C---T-TG-------T-T-TTTAC-------CCCCAGAGGA-GTGCCACTGG-CACTCTT
gi|121065                     : GACACGATCTCCGA--CTA-CTT---CT-GACTCGTCCTATGCTAGG-TGGACAC-G-T-GATTTG-CTCTTTTCTGCATTT-TC---CTTCTG-A-TG----AGTGCTTCAG-G-TC-C-TGCC-TAC--C---T-TG-------TAT-TTTAC-------CCCCAGAGGA-GTGCCACTG
gi|121066                     : GACACGATA-CTGG--CTA-CCC---C--GAC----CTTAT-GTAGA-CGGACAC-T-T-G---TG-CCCTT--CTGT--TT-TT---CTT-TG-G-TG----GG--CTTC-G-G-CC-C-TGTC-TAC--C---T-TG-------T-T-TTTA--------CCCTGGAGGA-GTGCCACTGA-CACTCTT
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gi|121068                     : GACACGATC-CGGA--CTA-CCC---C--GAC----CCTAT-CTAGA-CGAACAC-T-T-G---TG-CCCTT--CAGT--TT-TT---CGT-TG-G-TG----GG--CTTC-G-G-TC-C-TGCC-TAC--C---T-TG-------T-A-TTTA--------CCATGGCGCA-GTGCCGCTGG-TACT
gi|121069                     : GACACGACC-CGGA--CTA-CCC---C--GAC----CCTAT-CTAAA-CGGACAC-T-T-G---TG-CCCTT--CTGT--TT-TT---CTT-TG-A-TG----GG--CTTC-G-G-TT-T-TGCC-TAC--C---T-TG-------T-T-TTTA--------CCCTG--------GCCAATGT-CACTCTT
gi|121070                     : GACACATTC-CGGA--CTA-CCC------GAC----CCTAT-CTAGA-CGGACAC-T-TTG---TGGCCCTT--CTGT--TT-TT---CTT-TG-G-TG----GG--ATTC-G-G-TC-C-TGCC-TAC--C---T-TG-------T-T-TTTA--------TCCTGAGGGA-GTGCCA-TGG-CAGTTTT
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gi|121072                     : GACACGATT-CAGA--CTG-CGC---C--AAC----CCTAT-CTTGG-CGGTCAC-T-T-G---TG-TCCTG--TTGC--TT-TT---CTG-TG-G-TG----GG--CTTC-A-G-TC-C-TGCA-TAC--C---T-TG-------A-T-TTTG--------CCCTGGAGTA-GTGCCACTGG-TACTCTT
gi|121073                     : GAGACGATC-CAGA--CTG-CCC---C--GAC----CCTAA-GTAGA-CGGGCCC-T-T-G---TG-CCCTG--TTGC--TT-TT---CTT-TT-G-TGCCCAGG--CTTT-G-G-TC-C-TGCC-TAC--C---T-TG-------T-T-TTTG--------CCTCAGAGGT-GTGCCACTGG-CACTCTT
gi|121074                     : GACACCATT-CAGA--CTG-GCC---A--AAC----CCTAT-CTAGG-CGGTCAC-TGTAG---TG-CCCTG--TTGC--TT-TT---CTG-TG-G-TA----GG--TTTC-G-G-TC-C-TGCC-TAC--C---T-TG-------G-T-TTTG--------CGCCGGGGTA-GTGCCACTGG-TACTCTT
gi|121075                     : GACACGATT-CAGA--CTG-CGC---C--AAC----CCTAT--TAG--CGGTCAC-T-T-G---TG-CC-TG--TTGC--TT-TT---CTG-TG-G-TG----GG--CTTC-G-G-TC-C-TGCC-TA---C---T-TG-------A-T-TTTG--------CCCTGGAGTA-GTGCCACTGG-TAATCTT
gi|121076                     : GACACGATT-CAGA--CTG-CGC---C--GAC----CCTAT-CTAGG-CGGTCAC-T-T-G---TG--CCTG--TTGT--TT-TT---CTG-TG-G--G----GG--CTTC-G-G-TC-CTTGCC-TAC--C---T-TG-------A-T-TTTG--------CCCCGAACTA-GTG-TACTGG-TA
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gi|121078                     : GACA-GATC-CAGA--CTG-CCC---C--AAC----CCAAT-CTAGG-CGGTCAC-T-T-G---TG-CCCTG---TGC---T-TT---CTG-TG-G-TG----GGA-TTTC-G-GTTT-C-AGCCTTACCTC---T-TG-------G-T-TTTGTGGTTTTGCTCCGGAGTA-TTCCCACTGG-CAC
gi|121079                     : GAAACG-TT-CAGA--CTG-TCC---C---AC----CCTAT-CTAG--CGGTCAC-T-T-GA--TG-CCCTG--TTGC--TT-TT---CTG-TGTG-TG----GA--CGTA-C-G-TT-C-CACC-TAC--C---T-TG-------A-T-TTTG--------CCCCGGAGTAGGTCTCACT
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gi|121081                     :   CACGATC-CGGA--CTA-CCC---C--GAC----TCTAA-CTAGG-CGGACAC-T-
gi|121082                     :   CATGACC-CGAA--TCG-TCCACCC--AAC----ATTAC-CAATG-GGGGCCC-T-T-G---CG-CTCTG--CTGC--TT-TT---CTT-TG-GATG----GG--CTT--A-T-TC-CTTGCC-GA---C---G-GG-------T-TATTCGC-------CCCTAGAGGA-GTGCCATTG
gi|121083                     :    ACGACC-CGGA--CCGTCCC---C--GAC----CTTAT-CCAGG-CGGGCA-------------CCTTG--CTG---TT-TT---CCT-TG-G-CG----GG---TAC-A-G-CC-C-TGCC-CAC--C---TGTG-------T-
gi|121084                     :      GATC-GGAG--CTA-CCC---C--GAC----CC-AT-CTAGA-CGGACAC-T---G---TG-CCCTT--CTGT--TT-TTTCTCCT-TG-A-TG----GG--CTTC-G-G-TC-C-AGCC-TAC--C---T-TG-------T-T-TTTA--------CCCTGGAGAA-GTGCCA-TGGCCACTCTT
gi|121085                     :                    -CCC---C--GAC----CCTAT-CTAGAACGGACAC-T-T-G---TG-CCCTT--CTGT--TT-TT---CTT-TT-G-TT----GA--TTTC-G-G-T--C-TG-C-TAC--T---T-TG-------T-G-TT
gi|121086                     :                    -CCT---C--AAC----CATGC-CTAGA-CGGGAAC-T-T-G---TG-CCATG--CTA---TT-TT---CCT-TG-G-CG----GG--CTTC-G-G-CC-C-TATC-CAC--C---G-TGGTTTCTTT-T-TTTAT-------CCCAGATGGA-TTGCCacc
gi|121087                     :                                                      AC-T-T-G---TG-GCCTGT-CTGC--TT-T----CTG-TG-C-TG----GG---TTC-A-G-TC-C-TGCC-TAC--C---T-TG-------G-T-AAAAA-------CCC--GAATA-GTGCCACTGG-CACTCTT
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Alignments
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lowQualScore                  :          9    66   7   000 11   7777     7    00   0    7 2 888  7     00   555  7  999   7  7 7  5555  00    7 7 7  7 3    7    66666666 7 7 111111111111111 7   99    8   8 6 8          4       
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Reference ( family-733 )      : GACACGATC-CGGA--CTG-CCC---C--GAC----CCTAT-CTAGG-CGGNCACT-T-G---TG-CCCTG--CTGC--TT-TT---CTT-TG-G-TG----GG--CTTC-G-G-TC-C-TGCC-TACC--------T-T-G-------T-------T-TTTG-CCCC-GGA-GNA-GTGCCACTGG-CACTCTT
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gi|121084                     :      GATC-GGAG--CTA-CCC---C--GAC----CC-AT-CTAGA-CGGACACT---G---TG-CCCTT--CTGT--TT-TTTCTCCT-TG-A-TG----GG--CTTC-G-G-TC-C-AGCC-TACC--------T-T-G-------T-------T-TTTA-CCCT-GGA-GAA-GTGCCA-TGGCCACTCTT
gi|121085                     :                    -CCC---C--GAC----CCTAT-CTAGAACGGACACT-T-G---TG-CCCTT--CTGT--TT-TT---CTT-TT-G-TT----GA--TTTC-G-G-T--C-TG-C-TACT--------T-T-G-------T-------G-TT
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Alignments
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lowQualScore                  :          .    ..   .   ... ..   ....     .    ..   .    . . ...  .     ..   ...  .  ...   .  . .  ....  ..    . . .  . .    .    ........ . . ............... .   ..    .   . . .          .       
lowQualScore                  :          9    66   7   000 11   7777     7    00   0    7 2 888  7     00   555  7  999   7  7 7  5555  00    7 7 7  7 3    7    66666666 7 7 111111111111111 7   99    8   8 6 8          4       
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Reference ( family-733 )      : GACACGATC-CGGA--CTG-CCC---C--GAC----CCTAT-CTAGG-CGGNCACT-T-G---TG-CCCTG--CTGC--TT-TT---CTT-TG-G-TG----GG--CTTC-G-G-TC-C-TGCC-TACC--------T-T-G-------T-------T-TTTG-CCCC-GGA-GNA-GTGCCACTGG-CACTCTT
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gi|121079                     : GAAACG-TT-CAGA--CTG-TCC---C---AC----CCTAT-CTAG--CGGTCACT-T-GA--TG-CCCTG--TTGC--TT-TT---CTG-TGTG-TG----GA--CGTA-C-G-TT-C-CACC-TACC--------T-T-G-------A-------T-TTTG-CCCC-GGA-GTAGGTCTCACT
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gi|121084                     :      GATC-GGAG--CTA-CCC---C--GAC----CC-AT-CTAGA-CGGACACT---G---TG-CCCTT--CTGT--TT-TTTCTCCT-TG-A-TG----GG--CTTC-G-G-TC-C-AGCC-TACC--------T-T-G-------T-------T-TTTA-CCCT-GGA-GAA-GTGCCA-TGGCCACTCTT
gi|121085                     :                    -CCC---C--GAC----CCTAT-CTAGAACGGACACT-T-G---TG-CCCTT--CTGT--TT-TT---CTT-TT-G-TT----GA--TTTC-G-G-T--C-TG-C-TACT--------T-T-G-------T-------G-TT
gi|121086                     :                    -CCT---C--AAC----CATGC-CTAGA-CGGGAACT-T-G---TG-CCATG--CTA---TT-TT---CCT-TG-G-CG----GG--CTTC-G-G-CC-C-TATC-CACC--------G-T-GGTTTCTTT-------T-TTTA-TCCC-AGATGGA-TTGCCacc
gi|121087                     :                                                      ACT-T-G---TG-GCCTGT-CTGC--TT-T----CTG-TG-C-TG----GG---TTC-A-G-TC-C-TGCC-TACC--------T-T-G-------G-------T-AAAA-ACCC-GAA--TA-GTGCCACTGG-CACTCTT
gi|121088                     :                                                                    CCTG--TTGC--TT-TT---CTG-TG-G-TG----GG--TTTC-G-G-TT-C-AGCC-TACC--------T-TGG-------TTTTGTGGT-TTTG-CTCC-GGA-GTA-TTGCCACTGG-CACTGTT


blockSeqs                     :          T    TA   T   ACC TC   TCGT     G    AA   A    G T ATT  G     TT   CAT  A  TCT   C  T A  CCCA  TG    A T T  T T    T    TCTTGGTT G G GTTTCTTT        A   AC    T   T G G          C
blockSeqs                     :          .    .    .   .   T    .        .    G    A    . T A    .     T    CT   .  .     .  . .  .     A     . . .  . T    .    GGGT     . . TTTTGTGG        .   A     .   . G .          .
blockSeqs                     :          .    .    .   .   .    .        .    A    G    . A .    .     .    T    .  .     .  . .  .     .     . . .  . .    .    .        . . TGG             .   G     .   . A .          .
blockSeqs                     :          .    .    .   .   .    .        .    G    A    . . .    .     .    C    .  .     .  . .  .     .     . . .  . .    .    .        . . TA              .   A     .   . C .          .
blockSeqs                     :          .    .    .   .   .    .        .    A    A    . . .    .     .    T    .  .     .  . .  .     .     . . .  . .    .    .        . . T               .   A     .   . G .          .
blockSeqs                     :          .    .    .   .   .    .        .    A    A    . . .    .     .    T    .  .     .  . .  .     .     . . .  . .    .    .        . . T               .   A     .   . G .          .
blockSeqs                     :          .    .    .   .   .    .        .    A    A    . . .    .     .    T    .  .     .  . .  .     .     . . .  . .    .    .        . . T               .   G     .   . T .          .
blockSeqs                     :          .    .    .   .   .    .        .    A    T    . . .    .     .    T    .  .     .  . .  .     .     . . .  . .    .    .        . . T               .   G     .   . G .          .
blockSeqs                     :          .    .    .   .   .    .        .    G    G    . . .    .     .    C    .  .     .  . .  .     .     . . .  . .    .    .        . . T               .   G     .   . T .          .
blockSeqs                     :          .    .    .   .   .    .        .    A    T    . . .    .     .    C    .  .     .  . .  .     .     . . .  . .    .    .        . . T               .   G     .   . T .          .
blockSeqs                     :          .    .    .   .   .    .        .    G    T    . . .    .     .    C    .  .     .  . .  .     .     . . .  . .    .    .        . . A               .   G     .   . T .          .
blockSeqs                     :          .    .    .   .   .    .        .    G    T    . . .    .     .    C    .  .     .  . .  .     .     . . .  . .    .    .        . . T               .   A     .   . T .          .
blockSeqs                     :          .    .    .   .   .    .        .    G    T    . . .    .     .    T    .  .     .  . .  .     .     . . .  . .    .    .        . . G               .   G     .   . T .          .
blockSeqs                     :          .    .    .   .   .    .        .    G    T    . . .    .     .    C    .  .     .  . .  .     .     . . .  . .    .    .        . . A               .   G     .   . T .          .
blockSeqs                     :          .    .    .   .   .    .        .    A    T    . . .    .     .    C    .  .     .  . .  .     .     . . .  . .    .    .        . . A               .   A     .   . G .          .
blockSeqs                     :          .    .    .   .   .    .        .    G    G    . . .    .     .    C    .  .     .  . .  .     .     . . .  . .    .    .        . . G               .   G     .   . G .          .
blockSeqs                     :          .    .    .   .   .    .        .    G    A    . . .    .     .    T    .  .     .  . .  .     .     . . .  . .    .    .        . . A               .   A     .   . A .           
blockSeqs                     :          .    .    .   .   .    .        .    G    G    . . .    .     .    T    .  .     .  . .  .     .     . . .  . .    .    .        . . T               .   A     .   . G .           
blockSeqs                     :          .    .    .   .   .    .        .    A    G    . . .    .     .    C    .  .     .  . .  .     .     . . .  . .    .    .        . . T               .   A     .   . T .           
blockSeqs                     :          .    .    .   .   .    .        .    A    A    . . .    .     .    C    .  .     .  . .  .     .     . . .  . .    .    .        . . T               .   G     .   . T .           
blockSeqs                     :                    .   .   .    .        .    .    A    . . .    .     .    .    .  .     .  . .  .     .     . . .  . .    .    .        . . T               .   .     .   . . .           
blockSeqs                     :                    .   .   .    .        .    .    G    . . .    .     .    .    .  .     .  . .  .     .     . . .  . .    .    .        . . T               .                             
blockSeqs                     :                                                         .              .    .    .  .     .  . .  .     .     . . .  . .    .    .        . . G                                             


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                   G*
originalCons                  : GACACGATC-CGGA--CTG-CCC---C--GAC----CCTAT-CTAGG-CGGNCACT-T-G---TG-CCCTG--CTGC--TT-TT---CTT-TG-G-TG----GG--CTTC-G-G-TC-C-TGCC-TACC--------T-T-G-------T-------T-TTTG-CCCC-GGA-GNA-GTGCCACTGG-CACTCTT
finalCons                     : GACACGATC-CGGA--CTG-CCC---C--GAC----CCTAT-CTAGG-CGGNCACT-T-G---TG-CCCTG--CTGC--TT-TT---CTT-TG-G-TG----GG--CTTC-G-G-TC-C-TGCC-TACC--------T-T-G-------T-------T-TTTG-CCCC-GGA-GNA-GTGCCACTGG-CACTCTT





Alignments
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lowQualScore                  :          1    22   1   333 44   3333     1    33   1    1 5 444  1     44   555  1  222   1  1 1  3333  44    1 1 1  1 3    1    99999999 1 1 333333333333333 1   33    1   1 1 1          2       
lowQualScore                  :          .    ..   .   ... ..   ....     .    ..   .    . . ...  .     ..   ...  .  ...   .  . .  ....  ..    . . .  . .    .    ........ . . ............... .   ..    .   . . .          .       
lowQualScore                  :          9    66   7   000 11   7777     7    00   0    7 2 888  7     00   555  7  999   7  7 7  5555  00    7 7 7  7 3    7    66666666 7 7 111111111111111 7   99    8   8 6 8          4       
consensus                     : GACACGATC-CGGA--CTG-CCC---C--GAC----CCTAT-CTAGG-CGGNCACT-T-G---TG-CCCTG--CTGC--TT-TT---CTT-TG-G-TG----GG--CTTC-G-G-TC-C-TGCC-TACC--------T-T-G-------T-------T-TTTG-CCCC-GGA-GNA-GTGCCACTGG-CACTCTT
Reference ( family-733 )      : GACACGATC-CGGA--CTG-CCC---C--GAC----CCTAT-CTAGG-CGGNCACT-T-G---TG-CCCTG--CTGC--TT-TT---CTT-TG-G-TG----GG--CTTC-G-G-TC-C-TGCC-TACC--------T-T-G-------T-------T-TTTG-CCCC-GGA-GNA-GTGCCACTGG-CACTCTT
gi|121064                     : GACACGATC-CGGA--CTA-CTC---T--GAC----CCTAT-CTAGG-TGGACACG-T-G---TG-CCCTT--CTGC--AT-TT---CTT-TG-A-TG----GG--CTTC-G-G-TC-C-TGCC-TACC--------T-T-G-------T-------T-TTTACCCCC-AGA-GGA-GTGCCACTGG-CACTCTT
gi|121065                     : GACACGATCTCCGA--CTA-CTT---CT-GACTCGTCCTATGCTAGG-TGGACACG-T-GATTTG-CTCTTTTCTGCATTT-TC---CTTCTG-A-TG----AGTGCTTCAG-G-TC-C-TGCC-TACC--------T-T-G-------TA------T-TTTACCCCC-AGA-GGA-GTGCCACTG
gi|121066                     : GACACGATA-CTGG--CTA-CCC---C--GAC----CTTAT-GTAGA-CGGACACT-T-G---TG-CCCTT--CTGT--TT-TT---CTT-TG-G-TG----GG--CTTC-G-G-CC-C-TGTC-TACC--------T-T-G-------T-------T-TTTA-CCCT-GGA-GGA-GTGCCACTGA-CACTCTT
gi|121067                     : GGCAGGATC-CAGA--CTC-CCC---C--GAC----GCTAT-CTAGG-TGGGCACT-T-G---TG-TCCTG--TTGC--TT-TT-----T-TG-G-TG----GG--CTTC-G-G-TC-C-TGCC-TACC--------T-T-G-------T-------T-TTTG-CCCC-GGA-GAA-GAGCCACTGA-CACTCTT
gi|121068                     : GACACGATC-CGGA--CTA-CCC---C--GAC----CCTAT-CTAGA-CGAACACT-T-G---TG-CCCTT--CAGT--TT-TT---CGT-TG-G-TG----GG--CTTC-G-G-TC-C-TGCC-TACC--------T-T-G-------T-------A-TTTA-CCAT-GGC-GCA-GTGCCGCTGG-TACT
gi|121069                     : GACACGACC-CGGA--CTA-CCC---C--GAC----CCTAT-CTAAA-CGGACACT-T-G---TG-CCCTT--CTGT--TT-TT---CTT-TG-A-TG----GG--CTTC-G-G-TT-T-TGCC-TACC--------T-T-G-------T-------T-TTTA-CCCT-G---------GCCAATGT-CACTCTT
gi|121070                     : GACACATTC-CGGA--CTA-CCC------GAC----CCTAT-CTAGA-CGGACACT-TTG---TGGCCCTT--CTGT--TT-TT---CTT-TG-G-TG----GG--ATTC-G-G-TC-C-TGCC-TACC--------T-T-G-------T-------T-TTTA-TCCT-GAG-GGA-GTGCCA-TGG-CAGTTTT
gi|121071                     : GACACATTC-CGGATACTA----------GAC----CCTAT-CTAGA-CGGACACT-TTG---TG-CCCTT--CTGT--TTATT---CTT-TG-G-TG----GG--ATTC-G-G-TCTC-TGCC-TACC--------T-T-G-------T-------T-TTT--TCCT-GAG-GGA-GTGCCACTGG-CAGTTTT
gi|121072                     : GACACGATT-CAGA--CTG-CGC---C--AAC----CCTAT-CTTGG-CGGTCACT-T-G---TG-TCCTG--TTGC--TT-TT---CTG-TG-G-TG----GG--CTTC-A-G-TC-C-TGCA-TACC--------T-T-G-------A-------T-TTTG-CCCT-GGA-GTA-GTGCCACTGG-TACTCTT
gi|121073                     : GAGACGATC-CAGA--CTG-CCC---C--GAC----CCTAA-GTAGA-CGGGCCCT-T-G---TG-CCCTG--TTGC--TT-TT---CTT-TT-G-TGCCCAGG--CTTT-G-G-TC-C-TGCC-TACC--------T-T-G-------T-------T-TTTG-CCTC-AGA-GGT-GTGCCACTGG-CACTCTT
gi|121074                     : GACACCATT-CAGA--CTG-GCC---A--AAC----CCTAT-CTAGG-CGGTCACTGTAG---TG-CCCTG--TTGC--TT-TT---CTG-TG-G-TA----GG--TTTC-G-G-TC-C-TGCC-TACC--------T-T-G-------G-------T-TTTG-CGCC-GGG-GTA-GTGCCACTGG-TACTCTT
gi|121075                     : GACACGATT-CAGA--CTG-CGC---C--AAC----CCTAT--TAG--CGGTCACT-T-G---TG-CC-TG--TTGC--TT-TT---CTG-TG-G-TG----GG--CTTC-G-G-TC-C-TGCC-TA-C--------T-T-G-------A-------T-TTTG-CCCT-GGA-GTA-GTGCCACTGG-TAATCTT
gi|121076                     : GACACGATT-CAGA--CTG-CGC---C--GAC----CCTAT-CTAGG-CGGTCACT-T-G---TG--CCTG--TTGT--TT-TT---CTG-TG-G--G----GG--CTTC-G-G-TC-CTTGCC-TACC--------T-T-G-------A-------T-TTTG-CCCC-GAA-CTA-GTG-TACTGG-TA
gi|121077                     : GACACGACT-CGAC--TTG-CGC---C--AAC----CC-AT-CTAGG-CGGTCACT-T-G---TG-CCCTG--TTGCT-TT-TT---CTG-TG-G-T-----GG--CTTC-GTG-TC-C-TGCC-TACC--------T-T-G-------G-------T-TTAA-CCCC-AGA-GTA-GTGTCACTGG-TACTCTT
gi|121078                     : GACA-GATC-CAGA--CTG-CCC---C--AAC----CCAAT-CTAGG-CGGTCACT-T-G---TG-CCCTG---TGC---T-TT---CTG-TG-G-TG----GGA-TTTC-G-GTTT-C-AGCCTTACCTCTTGGTTT-T-G-------TGG-----T-TTTG-CTCC-GGA-GTA-TTCCCACTGG-CAC
gi|121079                     : GAAACG-TT-CAGA--CTG-TCC---C---AC----CCTAT-CTAG--CGGTCACT-T-GA--TG-CCCTG--TTGC--TT-TT---CTG-TGTG-TG----GA--CGTA-C-G-TT-C-CACC-TACC--------T-T-G-------A-------T-TTTG-CCCC-GGA-GTAGGTCTCACT
gi|121080                     : GAAACGACC-GGGA--CCG-CCC---CTCAAC----CTTAC-CTAGA-CGGGATCT-T-G---TG-CCCTG--CTA---TT-TT---CCT-TG-A-CG----GG--CTTC-G-G-CC-C-TGTC-CACCGGGT----T-C-T-------T-------T-TTTA-TCCC-AGA-GGA-TTGCC
gi|121081                     :   CACGATC-CGGA--CTA-CCC---C--GAC----TCTAA-CTAGG-CGGACACT-
gi|121082                     :   CATGACC-CGAA--TCG-TCCACCC--AAC----ATTAC-CAATG-GGGGCCCT-T-G---CG-CTCTG--CTGC--TT-TT---CTT-TG-GATG----GG--CTT--A-T-TC-CTTGCC-GA-C--------G-G-G-------T-------TATTCG-CCCCTAGA-GGA-GTGCCATTG
gi|121083                     :    ACGACC-CGGA--CCGTCCC---C--GAC----CTTAT-CCAGG-CGGGCA------------CCTTG--CTG---TT-TT---CCT-TG-G-CG----GG---TAC-A-G-CC-C-TGCC-CACC--------TGT-G-------T-------
gi|121084                     :      GATC-GGAG--CTA-CCC---C--GAC----CC-AT-CTAGA-CGGACACT---G---TG-CCCTT--CTGT--TT-TTTCTCCT-TG-A-TG----GG--CTTC-G-G-TC-C-AGCC-TACC--------T-T-G-------T-------T-TTTA-CCCT-GGA-GAA-GTGCCA-TGGCCACTCTT
gi|121085                     :                    -CCC---C--GAC----CCTAT-CTAGAACGGACACT-T-G---TG-CCCTT--CTGT--TT-TT---CTT-TT-G-TT----GA--TTTC-G-G-T--C-TG-C-TACT--------T-T-G-------T-------G-TT
gi|121086                     :                    -CCT---C--AAC----CATGC-CTAGA-CGGGAACT-T-G---TG-CCATG--CTA---TT-TT---CCT-TG-G-CG----GG--CTTC-G-G-CC-C-TATC-CACC--------G-T-GGTTTCTTT-------T-TTTA-TCCC-AGATGGA-TTGCCacc
gi|121087                     :                                                      ACT-T-G---TG-GCCTGT-CTGC--TT-T----CTG-TG-C-TG----GG---TTC-A-G-TC-C-TGCC-TACC--------T-T-G-------G-------T-AAAA-ACCC-GAA--TA-GTGCCACTGG-CACTCTT
gi|121088                     :                                                                    CCTG--TTGC--TT-TT---CTG-TG-G-TG----GG--TTTC-G-G-TT-C-AGCC-TACC--------T-TGG-------TTTTGTGGT-TTTG-CTCC-GGA-GTA-TTGCCACTGG-CACTGTT