lowQualScore : 11111 333333333 111 11
lowQualScore : 2 2 2 66666 2 2 77 2 2 2 4 2 666666666 4444 1 1 333 1 1 22 55 1 5555 111 22 555 22 3 22 333 22 44 1 1 1 222 44 22 5555 555 55 2222 44 22 555 1 1 44 333 333 22 3 1 1 1 3 44 1 1 1 11 22 1 777 3 44 3 22 1 1 1 44 1
lowQualScore : . . . ..... . . .. . . . . . ......... .... . . ... . . .. .. . .... ... .. ... .. . .. ... .. .. . . . ... .. .. .... ... .. .... .. .. ... . . .. ... ... .. . . . . . .. . . . .. .. . ... . .. . .. . . . .. .
lowQualScore : 5 4 2 33333 1 1 11 1 1 1 2 1 666666666 0000 8 8 777 8 8 55 66 7 2222 222 33 888 33 3 33 000 33 66 7 7 7 999 00 33 2222 222 66 7777 00 44 000 7 7 11 000 000 44 5 7 7 7 6 33 8 8 9 22 66 9 666 8 55 8 66 9 9 9 55 9
consensus : TAACA-CT-AA-T---G-T-A-CC--CATAT-G-C-ACGT-G-GAAC-CAA---AAGAAA----C-T-GCC-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--A-C-G-C-GC--AAA-A--TC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATT
Reference ( gi|116388 ) : TAACA-CT-AA-T---A-T-A-CC--CATAT-G-C-ACGT-G-GAAC-CAATT-AAGAAA----C-T-GCC-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--A-C-G-C-CC--AAA-A--CC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATT
gi|116389 : TAACA-CT-A--T---G-T-GGCC--CATAT-A-C-ACGT-G-GAAC-----T-AAGAAA----C-T-GCC-C-T-TTC-C--ACT-TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-T-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----T----T--A-T--C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--A-C-C-C-GC--AAA-T--TC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATT
gi|116390 : TAACA-CT-AA-T---G-T-A-CC--CACAT-G-CCACGT-G-GAAC-CAA-----GAAA----C-T-GCC-CCT-TTC-C--AC--TT-TTTTTTT---C--T---A--CA-A--T-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT---CC-CC-TA--C---A---ACT--T-AT-A-GT-ATT-TTC--A-CGG-C-CC--AAA-AATCA-A--C-A--AG-CG-AT-TGGG--T-CTATaa
gi|116394 : TAACA-CTTAA-TT--A-TTA-CC--CATATTG-C-ACGTTG-GAAC-CAATTTAAGAAA----C-TTGCC-CAT-TTC-C--AC--TT-TT----TT--C--T---A--CA-A--C-A-C--GACC-A-C-T---TTC---AG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CCC-CCCTA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--A-C-G-C-CC--AAA-A--CC-A--CAA--AG-CG-CT-TGGGATT-CTATTaaa
gi|116391 : TAACA-CT-AA-T---G-T-A-CC--CACAT-G-C-ACGT-G-GAAC-CAA-----GAAA----C-T-GCC-C-T-TTC-C--AC--TT-TTT---T---C--T---A--CA-A--T-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT---CC-CC-TA--C---A---AAT--T-AT-A-GT-A
gi|116392 : TAATA-TT-AA-TG--A-T---CC--AAAAT-G-C-AGGT-A-GAAC-CAAC-----AAA----C-T-GCT-C-T-TTC-C--ACC-TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--T-T--C--A--TTT----C-CC-TG--C---T---AAC--T-AT-A-GT-ATT-ATT--A-C-G-C-AC--AAA-A--TC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-GTATT
gi|116398 : TAACA-CT-AA-TGATA-C-A-CCA-CATAT-G-C-ACGT-G-GAACTCAATT-AAGGAA----C-T-GCCAC-T-TTCGC--AC--TT-TT----TTCCC--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTCT-CAGAATA----TA---T--A-T--CATA--TTT--CCCGCC-TA--C---A---AAG--TAAT-A--T-ATTATTC--A-C-G-C-CC--AAA-A--CCAA--C-A--CG--G-CT-T-GG--T-CTATTaa
gi|116395 : TAACA-CT-AA-T---G-T-G-CC--CATAT-A-C-ACGT-G-AA---CAA---AGGAAA----C-T-GCC-T-T-----C--AC--TT-TT----T---TCTT---A--CA-A--C-T-T--A--C-A-C-T---TTCAGTAG--TA----TA---TT-A-T--C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAA--T-AT-A-GT-ATT-TTC--A-C-C-C-GC--AAA-T--TC-A--C-A--AG-CG-C---GGG--T-CTA
gi|116393 : TAACA-TT-AA-T---G-T-A-CC--CATA----C-ACGT-A-GAAC-C---T-A-GAAA----C-T-GCC-C-T-CTC-C--AC--TT-TT----TT--C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--GAA--TA----TAATAT--A-T--T--A--TTT--TCC-CC-TG--C---A---AAC--G-AT-T-CT-ATT-TTC--A-C-G-C-GT--AAA-A--TC-A--C-A--TG-TC-CT-TGGG--T-TTATTattaa
gi|116396 : TGACA-CT-AA-T---G---A-CCG-CACAT-G-C-ACTTTG-GAAT-ATACT-AAGGAA----CAT-GCC-C-T-TTT-CCAAC--TTGTT----T---C--T---A--CA-A--T-G-T--A--C-AAC-T---TTC--CAG--TA----TA---TA-A-T--C--A---TT--CCC-CC-TA--C---A---AACTTT-AT-A-GT-ATT-TTCG-A-C-C-C-CG--AAA-A--TC-A--C-GACAG-CG-CT-TGGGA-T-CTATaa
gi|116399 : TAACA-CT-AC-T---G-T-A-CC--TATAT-G-C-ACGT-G-GAAC-CAAAA-AAAAAAAACCC-T-ACA-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----T------T---A--AA-A--C-T-T--A--C-A-C-T---TCC--TAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CTC-CC-TG--C---A---AAC--T-AT-T-GT-ATT-TTA--A-C-aaa
gi|116397 : TAACA-TT-AAAT---C-T-A-TC--CATTT-G-C-A--T-G-GAG---AATC-AAGAAA----T-T-GCC-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----TT--C--T---A--GA-A--C-G-T--A--T---------------------------------------------------C-CC-TT--C---A---AAC--T-AT-A-GA-ATT-TTC--A-C-G-C-GC--AAA-A--TC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGA--T-CTATT
gi|116400 : AACA-CT-AA-T---G-T-G-CC--CAAAT-A-C-ACGT-G-GAAC-------AAGAAA----C-T-GCC-C-T-TTT-C--AC--TT-TT----TT--C--T---A--CA-A--C-T-T--A--C-A-C-T---T-C--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CCC-C--TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--A-C-C-C-GC--AAA-T--TC-A--C-A--AG-CG-C--TGGG--G-CTATTa
gi|116401 : AACATCT-AA-T---G-T-A-CC--CACAT-G-C-ACGT-G-GCAC-----T-AAGAAA----C-T-GCC-C-T-T---C--AT--TT-TT----T---C--T---A--CA-ATCC-G----A--C-A-C-----TTC--CAG--TA----TA---T--A----C--A--TTT---CC-CC-TA--C---A---AAC----AT-A-GT-ATC--------C-G-C-CC--AAA-A---C-A--C-A--AG-C--CT---GG--T-CTATTaa
gi|116402 : AATA-AT-AA-T-----T-A-CC--CATAT-G-C-ACG--A-GAAC-------AAGA------C-T-GCT---T-TTA-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-T-G--A--C-A-CTT---TTC--CAG---A----TA---T--A-TTCC--A--TTT--CCC-CT-TA--T---A---ACG--T-AT-A-GTCATTGTTC--A-C-G-C-GC--AAA-A--TC-A--CAA--AG-CG-CG-TTGG--T-CTATaa
gi|116403 : ATA-CT-AA-T---GCT-A-CC--CATAT-GAC-ACGT-GTGAAC-CAA---GATAAT----C-T-GCC---T-TTC-C--GC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C---T--A--CCA-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTTTCCCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTA--A-C-G-C-GC--AAA-A--TC-A--C-A--AG-CG-CTCTGGG--T-CTAT
gi|116404 : ACA-CT-AA-T---G-T-A-CC--CACAT-G-C-ACGT-G-GAAC-CAA-----GAAA----C-T-GCC-A-TATTC-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--T-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--AGT--C------TT--CCC-CC-CA--TCTAG---AAC--T-ATAA-GT-A---TTC--A-C-GAC-TC--AAATA--AC-AC-C-A--AGTCG-CT-TGGG--T-C-ATT
gi|116405 : -AA-T---G-T-A-CA--CATAT-G-C-ATGT-A-GAAT-CAA-----GACA----C-T-GCC-C-T-TTC-A--AC--TT-TT----T---T--TCGTA--CA-A--C-G-T--AAAC-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---TGTA-T--A--A--TAT--CCC-CC-TG--C---A---AAC--T-AT-G-CT-ATT-TTC--A-C-A-G-AC--AAA-A--TC-A--C-A--AA-CT-CT-AGGG--T-CCATT
gi|116407 : -T---G-T-A-CC--CATAT-G-C-ACGT-G--AAC-CAA-----GAAA----C-T-GCC-T-T-TTC-C--AC--TT-TT----TT--C--T---A--CA-A--CTG-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT---CC-CC-TAT-C---A---AAC--TAAT-A-GT-A-T-TTC--A-C-G-C-GG--CAA-A--TC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATaa
gi|116408 : -T-A-CCATTACAT-G-C-ACTT-A-AAAC-CAA-----GAAA----C-T-ACT-A-T-TTT-C--ACTTTT-TT----T---C--T---A--CATA--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CGG--TAT---TA---T--G-T--C--
gi|116409 : g-AAGAAA----C-T-GCC-C-T-T-------------------------------------------------C-A-C-T---T-C--CAG--TA----AA---T--A----C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--AGC-G-C---------A--TC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATctcgcaaaatcacaagcgcatgggtgcttttaa
gi|116406 : ggggccGAAA----C-T-GTC-C-T-TTC-C--AT--TG-TT----T---C--T---AGTCAGA--A-G-T--C--T-A-C-TAACTTT--CAG--TATTTTTG---T--G-T--CA-A--TTT--CAC-CC-TA------G---AAC--T-AT-ACGT-ATT-TTTCAA-C-G-CGCC--GAA-A--TC-AACT-A--AG-TG-TT-T-GG--T-CTA
gi|116410 : aatgcagcctataatgcaacgtg-T-GTC-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA------A----C--A--TTT--CCC-TC-TG--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--A-C-G-C-AC--AAA-A--TC-A--C-A--AG-CG-CT-TGAG--T-CTATT
gi|116412 : --TT-TC----T---C--T---A--CA-A--C-A-T--A--C-A-C-T---TTC--CAT--TA----TA---T--A-C--C--A--TTT--CCC-CC-TG--C---A---AAT--T-AT-A-GT-ATT-TTC--A-C-G-A-GC--AAA-A--TC-A--C-A--AG-CG-CT-TACA--T-CAATTaa
gi|116411 : --TT-TT----T---C--TTACA--CA-C--C-GATCAA--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TAAG-T--A-T--C--ATCTCT--CCC-CC-TAAGC---ATACAAC--T--T-A-GT-ATT-TTC--A-C-G-CACCCAAAA-A--CCAA--C-A--AG-CGCCT-TGGG--TACTATTaa
Alignments
lowQualScore : 22222 111
lowQualScore : 2 2 2 777 3 66 3 1 1 1 1 3 1 1 77777 555555 1 1 1 3 1 1 22 55 1 5555 000 22 555 22 3 22 222 22 44 1 1 1 222 33 22 3333 555 55 3333 33 22 222 1 1 33 222 222 22 3 1 1 1 3 44 1 33 666 1 5 44 3 22 1 1 1 44 1
lowQualScore : . . . ... . .. . . . . . . . . ..... ...... . . . . . . .. .. . .... ... .. ... .. . .. ... .. .. . . . ... .. .. .... ... .. .... .. .. ... . . .. ... ... .. . . . . . .. . .. ... . . .. . .. . . . .. .
lowQualScore : 4 1 0 999 8 44 8 9 9 9 9 8 9 9 22222 222222 7 7 7 5 7 7 44 44 6 0000 888 22 666 22 2 22 555 22 44 6 6 6 888 88 22 4444 000 44 2222 88 22 888 6 6 88 888 888 22 2 6 6 6 3 00 7 22 111 7 2 11 5 44 7 7 7 11 7
consensus : TAACA-CT-AA-TG---TA-CC--CATA-T-G-C-A-CGT-G-GAAC-CAA---AAGAAA------C-T-GCC-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG-CG-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATT
Reference ( family-731 ) : TAACA-CT-AA-TG---TA-CC--CATA-T-G-C-A-CGT-G-GAAC-CAA---AAGAAA------C-T-GCC-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG-CG-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATT
gi|116388 : TAACA-CT-AA-TA---TA-CC--CATA-T-G-C-A-CGT-G-GAAC-CAATT-AAGAAA------C-T-GCC-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG-CC-C---AAA-ACC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATT
gi|116389 : TAACA-CT-A--TG---TGGCC--CATA-T-A-C-A-CGT-G-GAAC-TAA-----GAAA------C-T-GCC-C-T-TTC-C--ACT-TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-T-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----T----T--A-T--C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACC-CG-C---AAA-TTC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATT
gi|116390 : TAACA-CT-AA-TG---TA-CC--CACA-T-G-CCA-CGT-G-GAAC-CAA-----GAAA------C-T-GCC-CCT-TTC-C--AC--TT-TTTTTTT---C--T---A--CA-A--T-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT---CC-CC-TA--C---A---ACT--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG--G-CCCAAAA-ATCAA--C-A--AG-CG-AT-TGGG--T-CTATaa
gi|116391 : TAACA-CT-AA-TG---TA-CC--CACA-T-G-C-A-CGT-G-GAAC-CAA-----GAAA------C-T-GCC-C-T-TTC-C--AC--TT-TTT---T---C--T---A--CA-A--T-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT---CC-CC-TA--C---A---AAT--T-AT-A-GT-Aaaa
gi|116392 : TAATA-TT-AA-TG----A-TC--CAAAAT-G-C-A-GGT-A-GAAC-CAA---CA--AA------C-T-GCT-C-T-TTC-C--ACC-TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--T-T--C--A--TTT--CCC----TG--C---T---AAC--T-AT-A-GT-ATT-ATT--ACG-CA-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-GTATT
gi|116393 : TAACA-TT-AA-TG---TA-CC--CATA-----C-A-CGT-A-GAAC-CTA-----GAAA------C-T-GCC-C-T-CTC-C--AC--TT-TT----TT--C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--GAA--TA----TAATAT--A-T--T--A--TTT--TCC-CC-TG--C---A---AAC--G-AT-T-CT-ATT-TTC--ACG-CG-T---AAA-ATC-A--C-A--TG-TC-CT-TGGG--T-TTATTaa
gi|116394 : TAACA-CTTAA-TTAT-TA-CC--CATA-TTG-C-A-CGTTG-GAAC-CAATTTAAGAAA------C-TTGCC-CAT-TTC-C--AC--TT-TT----TT--C--T---A--CA-A--C-A-C--GACC-A-C-T---TTC---AG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CCC-CCCTA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG-CC-C---AAA-ACC-A--CAA--AG-CG-CT-TGGGATT-CTATTaa
gi|116395 : TAACA-CT-AA-TG---TG-CC--CATA-T-A-C-A-CGT-G-AA---CAA---AGGAAA------C-T-GCC-T-T-----C--AC--TT-TT----T---TCTT---A--CA-A--C-T-T--A--C-A-C-T---TTCAGTAG--TA----TA---TT-A-T--C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAA--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACC-CG-C---AAA-TTC-A--C-A--AG-CG-C---GGG--T-CTA
gi|116396 : TGACA-CT-AA-TG----A-CCG-CACA-T-G-C-A-CTTTG-GAAT-ATACT-AAGGAA------CAT-GCC-C-T-TTT-CCAAC--TTGTT----T---C--T---A--CA-A--T-G-T--A--C-AAC-T---TTC--CAG--TA----TA---TA-A-T--C--A---TT--CCC-CC-TA--C---A---AACTTT-AT-A-GT-ATT-TTCG-ACC-CC-G---AAA-ATC-A--C-GACAG-CG-CT-TGGGA-T-CTATattaa
gi|116397 : TAACA-TT-AAATC---TA-TC--CATT-T-G-C-A-TGG-A-GAAT-CAA-----GAAA------T-T-GCC-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----TT--C--T---A--GA-A--C-G-T--A--T---------------------------------------------------C-CC-TT--C---A---AAC--T-AT-A-GA-ATT-TTC--ACG-CG-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGA--T-CTATTaaa
gi|116398 : TAACA-CT-AA-TGATACA-CCA-CATA-T-G-C-A-CGT-G-GAACTCAATT-AAGGAA------C-T-GCCAC-T-TTCGC--AC--TT-TT----TTCCC--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTCT-CAGAATA----TA---T--A-T--CATA--TTT--CCCGCC-TA--C---A---AAG--TAAT-A--T-ATTATTC--ACG-CC-C---AAA-ACCAA--C-A--CG--G-CT-T-GG--T-CTATTa
gi|116399 : TAACA-CT-AC-TG---TA-CC--TATA-T-G-C-A-CGT-G-GAAC-CAA---AAAAAAAAAACCC-T-ACA-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----T------T---A--AA-A--C-T-T--A--C-A-C-T---TCC--TAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CTC-CC-TG--C---A---AAC--T-AT-T-GT-ATT-TTA--AC
gi|116400 : AACA-CT-AA-TG---TG-CC--CAAA-T-A-C-A-CGT-G-GAAC-------AAGAAA------C-T-GCC-C-T-TTT-C--AC--TT-TT----TT--C--T---A--CA-A--C-T-T--A--C-A-C-T---T-C--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CCC-C--TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACC-CG-C---AAA-TTC-A--C-A--AG-CG-C--TGGG--G-CTATT
gi|116401 : AACATCT-AA-TG---TA-CC--CACA-T-G-C-A-CGT-G-GCAC-T-----AAGAAA------C-T-GCC-C-T-T---C--AT--TT-TT----T---C--T---A--CA-ATCC-G----A--C-A-C-----TTC--CAG--TA----TA---T--A----C--A--TTT---CC-CC-TA--C---A---AAC----AT-A-GT-ATC-------CG-CC-C---AAA-A-C-A--C-A--AG-C--CT---GG--T-CTATTaa
gi|116402 : AATA-AT-AA-T----TA-CC--CATA-T-G-C-A-CG--A-GAAC-------AAGA--------C-T-GCT---T-TTA-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-T-G--A--C-A-CTT---TTC--CAG---A----TA---T--A-TTCC--A--TTT--CCC-CT-TA--T---A---ACG--T-AT-A-GTCATTGTTC--ACG-CG-C---AAA-ATC-A--CAA--AG-CG-CG-TTGG--T-CTATaa
gi|116403 : ATA-CT-AA-TGC--TA-CC--CATA-T-GAC-A-CGT-GTGAAC-CAA---GATAAT------C-T-GCC---T-TTC-C--GC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C---T--A--CCA-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTTTCCCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTA--ACG-CG-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CTCTGGG--T-CTAT
gi|116404 : ACA-CT-AA-TG---TA-CC--CACA-T-G-C-A-CGT-G-GAAC-CAA-----GAAA------C-T-GCC-A-TATTC-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--T-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--AGT--C------TT--CCC-CC-CA--TCTAG---AAC--T-ATAA-GT-A---TTC--ACGACT-C---AAATAAC-AC-C-A--AGTCG-CT-TGGG--T-C-ATT
gi|116405 : -AA-TG---TA-CA--CATA-T-G-C-A-TGT-A-GAAT-CAA-----GACA------C-T-GCC-C-T-TTC-A--AC--TT-TT----T---T--TCGTA--CA-A--C-G-T--AAAC-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---TGTA-T--A--A--TAT--CCC-CC-TG--C---A---AAC--T-AT-G-CT-ATT-TTC--ACA-GA-C---AAA-ATC-A--C-A--AA-CT-CT-AGGG--T-CCATT
gi|116406 : -AA-TG---CAGCC--TATAAT-G-C-AACGT-G-GAA-------------A------C-T-GTC-C-T-TTC-C--AT--TG-TT----T---C--T---AGTCAGA--A-G-T--C--T-A-C-TAACTTT--CAG--TATTTTTG---T--G-T--CA-A--TTT--CAC-CC-TA------G---AAC--T-AT-ACGT-ATT-TTTCAACG-CGCC---GAA-ATC-AACT-A--AG-TG-TT-T-GG--T-CTAaa
gi|116407 : -TG---TA-CC--CATA-T-G-C-A-CGT-G--AAC-CAA-----GAAA------C-T-GCC-T-T-TTC-C--AC--TT-TT----TT--C--T---A--CA-A--CTG-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT---CC-CC-TAT-C---A---AAC--TAAT-A-GT-A-T-TTC--ACG-CG-G---CAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTAT
gi|116408 : G---TA-CCATTACA-T-G-C-A-CTT-A-AAAC-CAA-----GAAA------C-T-ACT-A-T-TTT-C--ACTTTT-TT----T---C--T---A--CATA--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CGG--TA----T-------------------------------------------------------T-ATG-TCC--TCG-C------AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CA-TGGG--T-
gi|116409 : ---AAGAAA------C-T-GCC-C-T-T-------------------------------------------------C-A-C-T---T-C--CAG--TA----AA---T--A----C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--A-G-CG-C-------ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATgcttttaa
gi|116410 : ggggcc-T-GTC-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA------A----C--A--TTT--CCC-TC-TG--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG-CA-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGAG--T-CTATT
gi|116411 : --TT-TT----T---C--TTACA--CA-C--C-GATCAA--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TAAG-T--A-T--C--ATCTCT--CCC-CC-TAAGC---ATACAAC--T--T-A-GT-ATT-TTC--ACG-CA-CCCAAAA-ACCAA--C-A--AG-CGCCT-TGGG--TACTATTaa
gi|116412 : t--TT-TC----T---C--T---A--CA-A--C-A-T--A--C-A-C-T---TTC--CAT--TA----TA---T--A-C--C--A--TTT--CCC-CC-TG--C---A---AAT--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG-AG-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TACA--T-CAATT
Alignments
lowQualScore : 22222 111
lowQualScore : 2 2 2 777 3 66 3 1 1 1 1 3 1 1 77777 555555 1 1 1 3 1 1 22 55 1 5555 000 22 555 22 3 22 222 22 44 1 1 1 222 33 22 3333 555 55 3333 33 22 222 1 1 33 222 222 22 3 1 1 1 3 44 1 33 666 1 5 44 3 22 1 1 1 44 1
lowQualScore : . . . ... . .. . . . . . . . . ..... ...... . . . . . . .. .. . .... ... .. ... .. . .. ... .. .. . . . ... .. .. .... ... .. .... .. .. ... . . .. ... ... .. . . . . . .. . .. ... . . .. . .. . . . .. .
lowQualScore : 4 1 0 999 8 44 8 9 9 9 9 8 9 9 22222 222222 7 7 7 5 7 7 44 44 6 0000 888 22 666 22 2 22 555 22 44 6 6 6 888 88 22 4444 000 44 2222 88 22 888 6 6 88 888 888 22 2 6 6 6 3 00 7 22 111 7 2 11 5 44 7 7 7 11 7
consensus : TAACA-CT-AA-TG---TA-CC--CATA-T-G-C-A-CGT-G-GAAC-CAA---AAGAAA------C-T-GCC-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG-CG-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATT
Reference ( family-731 ) : TAACA-CT-AA-TG---TA-CC--CATA-T-G-C-A-CGT-G-GAAC-CAA---AAGAAA------C-T-GCC-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG-CG-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATT
gi|116388 : TAACA-CT-AA-TA---TA-CC--CATA-T-G-C-A-CGT-G-GAAC-CAATT-AAGAAA------C-T-GCC-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG-CC-C---AAA-ACC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATT
gi|116389 : TAACA-CT-A--TG---TGGCC--CATA-T-A-C-A-CGT-G-GAAC-TAA-----GAAA------C-T-GCC-C-T-TTC-C--ACT-TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-T-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----T----T--A-T--C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACC-CG-C---AAA-TTC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATT
gi|116390 : TAACA-CT-AA-TG---TA-CC--CACA-T-G-CCA-CGT-G-GAAC-CAA-----GAAA------C-T-GCC-CCT-TTC-C--AC--TT-TTTTTTT---C--T---A--CA-A--T-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT---CC-CC-TA--C---A---ACT--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG--G-CCCAAAA-ATCAA--C-A--AG-CG-AT-TGGG--T-CTATaa
gi|116391 : TAACA-CT-AA-TG---TA-CC--CACA-T-G-C-A-CGT-G-GAAC-CAA-----GAAA------C-T-GCC-C-T-TTC-C--AC--TT-TTT---T---C--T---A--CA-A--T-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT---CC-CC-TA--C---A---AAT--T-AT-A-GT-Aaaa
gi|116392 : TAATA-TT-AA-TG----A-TC--CAAAAT-G-C-A-GGT-A-GAAC-CAA---CA--AA------C-T-GCT-C-T-TTC-C--ACC-TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--T-T--C--A--TTT--CCC----TG--C---T---AAC--T-AT-A-GT-ATT-ATT--ACG-CA-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-GTATT
gi|116393 : TAACA-TT-AA-TG---TA-CC--CATA-----C-A-CGT-A-GAAC-CTA-----GAAA------C-T-GCC-C-T-CTC-C--AC--TT-TT----TT--C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--GAA--TA----TAATAT--A-T--T--A--TTT--TCC-CC-TG--C---A---AAC--G-AT-T-CT-ATT-TTC--ACG-CG-T---AAA-ATC-A--C-A--TG-TC-CT-TGGG--T-TTATTaa
gi|116394 : TAACA-CTTAA-TTAT-TA-CC--CATA-TTG-C-A-CGTTG-GAAC-CAATTTAAGAAA------C-TTGCC-CAT-TTC-C--AC--TT-TT----TT--C--T---A--CA-A--C-A-C--GACC-A-C-T---TTC---AG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CCC-CCCTA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG-CC-C---AAA-ACC-A--CAA--AG-CG-CT-TGGGATT-CTATTaa
gi|116395 : TAACA-CT-AA-TG---TG-CC--CATA-T-A-C-A-CGT-G-AA---CAA---AGGAAA------C-T-GCC-T-T-----C--AC--TT-TT----T---TCTT---A--CA-A--C-T-T--A--C-A-C-T---TTCAGTAG--TA----TA---TT-A-T--C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAA--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACC-CG-C---AAA-TTC-A--C-A--AG-CG-C---GGG--T-CTA
gi|116396 : TGACA-CT-AA-TG----A-CCG-CACA-T-G-C-A-CTTTG-GAAT-ATACT-AAGGAA------CAT-GCC-C-T-TTT-CCAAC--TTGTT----T---C--T---A--CA-A--T-G-T--A--C-AAC-T---TTC--CAG--TA----TA---TA-A-T--C--A---TT--CCC-CC-TA--C---A---AACTTT-AT-A-GT-ATT-TTCG-ACC-CC-G---AAA-ATC-A--C-GACAG-CG-CT-TGGGA-T-CTATattaa
gi|116397 : TAACA-TT-AAATC---TA-TC--CATT-T-G-C-A-TGG-A-GAAT-CAA-----GAAA------T-T-GCC-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----TT--C--T---A--GA-A--C-G-T--A--T---------------------------------------------------C-CC-TT--C---A---AAC--T-AT-A-GA-ATT-TTC--ACG-CG-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGA--T-CTATTaaa
gi|116398 : TAACA-CT-AA-TGATACA-CCA-CATA-T-G-C-A-CGT-G-GAACTCAATT-AAGGAA------C-T-GCCAC-T-TTCGC--AC--TT-TT----TTCCC--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTCT-CAGAATA----TA---T--A-T--CATA--TTT--CCCGCC-TA--C---A---AAG--TAAT-A--T-ATTATTC--ACG-CC-C---AAA-ACCAA--C-A--CG--G-CT-T-GG--T-CTATTa
gi|116399 : TAACA-CT-AC-TG---TA-CC--TATA-T-G-C-A-CGT-G-GAAC-CAA---AAAAAAAAAACCC-T-ACA-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----T------T---A--AA-A--C-T-T--A--C-A-C-T---TCC--TAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CTC-CC-TG--C---A---AAC--T-AT-T-GT-ATT-TTA--AC
gi|116400 : AACA-CT-AA-TG---TG-CC--CAAA-T-A-C-A-CGT-G-GAAC-------AAGAAA------C-T-GCC-C-T-TTT-C--AC--TT-TT----TT--C--T---A--CA-A--C-T-T--A--C-A-C-T---T-C--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CCC-C--TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACC-CG-C---AAA-TTC-A--C-A--AG-CG-C--TGGG--G-CTATT
gi|116401 : AACATCT-AA-TG---TA-CC--CACA-T-G-C-A-CGT-G-GCAC-T-----AAGAAA------C-T-GCC-C-T-T---C--AT--TT-TT----T---C--T---A--CA-ATCC-G----A--C-A-C-----TTC--CAG--TA----TA---T--A----C--A--TTT---CC-CC-TA--C---A---AAC----AT-A-GT-ATC-------CG-CC-C---AAA-A-C-A--C-A--AG-C--CT---GG--T-CTATTaa
gi|116402 : AATA-AT-AA-T----TA-CC--CATA-T-G-C-A-CG--A-GAAC-------AAGA--------C-T-GCT---T-TTA-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-T-G--A--C-A-CTT---TTC--CAG---A----TA---T--A-TTCC--A--TTT--CCC-CT-TA--T---A---ACG--T-AT-A-GTCATTGTTC--ACG-CG-C---AAA-ATC-A--CAA--AG-CG-CG-TTGG--T-CTATaa
gi|116403 : ATA-CT-AA-TGC--TA-CC--CATA-T-GAC-A-CGT-GTGAAC-CAA---GATAAT------C-T-GCC---T-TTC-C--GC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C---T--A--CCA-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTTTCCCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTA--ACG-CG-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CTCTGGG--T-CTAT
gi|116404 : ACA-CT-AA-TG---TA-CC--CACA-T-G-C-A-CGT-G-GAAC-CAA-----GAAA------C-T-GCC-A-TATTC-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--T-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--AGT--C------TT--CCC-CC-CA--TCTAG---AAC--T-ATAA-GT-A---TTC--ACGACT-C---AAATAAC-AC-C-A--AGTCG-CT-TGGG--T-C-ATT
gi|116405 : -AA-TG---TA-CA--CATA-T-G-C-A-TGT-A-GAAT-CAA-----GACA------C-T-GCC-C-T-TTC-A--AC--TT-TT----T---T--TCGTA--CA-A--C-G-T--AAAC-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---TGTA-T--A--A--TAT--CCC-CC-TG--C---A---AAC--T-AT-G-CT-ATT-TTC--ACA-GA-C---AAA-ATC-A--C-A--AA-CT-CT-AGGG--T-CCATT
gi|116406 : -AA-TG---CAGCC--TATAAT-G-C-AACGT-G-GAA-------------A------C-T-GTC-C-T-TTC-C--AT--TG-TT----T---C--T---AGTCAGA--A-G-T--C--T-A-C-TAACTTT--CAG--TATTTTTG---T--G-T--CA-A--TTT--CAC-CC-TA------G---AAC--T-AT-ACGT-ATT-TTTCAACG-CGCC---GAA-ATC-AACT-A--AG-TG-TT-T-GG--T-CTAaa
gi|116407 : -TG---TA-CC--CATA-T-G-C-A-CGT-G--AAC-CAA-----GAAA------C-T-GCC-T-T-TTC-C--AC--TT-TT----TT--C--T---A--CA-A--CTG-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT---CC-CC-TAT-C---A---AAC--TAAT-A-GT-A-T-TTC--ACG-CG-G---CAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTAT
gi|116408 : G---TA-CCATTACA-T-G-C-A-CTT-A-AAAC-CAA-----GAAA------C-T-ACT-A-T-TTT-C--ACTTTT-TT----T---C--T---A--CATA--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CGG--TA----T-------------------------------------------------------T-ATG-TCC--TCG-C------AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CA-TGGG--T-
gi|116409 : ---AAGAAA------C-T-GCC-C-T-T-------------------------------------------------C-A-C-T---T-C--CAG--TA----AA---T--A----C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--A-G-CG-C-------ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATgcttttaa
gi|116410 : ggggcc-T-GTC-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA------A----C--A--TTT--CCC-TC-TG--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG-CA-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGAG--T-CTATT
gi|116411 : --TT-TT----T---C--TTACA--CA-C--C-GATCAA--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TAAG-T--A-T--C--ATCTCT--CCC-CC-TAAGC---ATACAAC--T--T-A-GT-ATT-TTC--ACG-CA-CCCAAAA-ACCAA--C-A--AG-CGCCT-TGGG--TACTATTaa
gi|116412 : t--TT-TC----T---C--T---A--CA-A--C-A-T--A--C-A-C-T---TTC--CAT--TA----TA---T--A-C--C--A--TTT--CCC-CC-TG--C---A---AAT--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG-AG-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TACA--T-CAATT
blockSeqs : T T A ATA G AT A T A C A T T T TTTAA AAAACC A T A C A G CA TT G TTTT TCC CT CGT GT G TC TG CA AC C A T AAC AG AA TTTT ATA GT TTC AT TC TCC G C AG CTA TAC TT A A C C A CA A GC CCA T A AC A AC T C C AT A
blockSeqs : . . . AT G G A . . . . T . . CTAA . . . . A . . . T . T T . TAC . T . GA . AA . . . . T . . AG T GT A . C . . T . . . A . . . G G . G CCA . A C A . . . . A .
blockSeqs : . . . C . A . . . . . . . . TTAA . . . . . . . . C . . T . . . . . T . . . . . . . . . . A T . . C . . . . . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . T . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . T . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . T . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : AA***
originalCons : TAACA-CT-AA-TG---TA-CC--CATA-T-G-C-A-CGT-G-GAAC-CAA---AAGAAA------C-T-GCC-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG-CG-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATT
finalCons : TAACA-CT-AA-TG---TA-CC--CATA-T-G-C-A-CGT-G-GAAC-CAAAA---GAAA------C-T-GCC-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG-CG-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATT
Alignments
lowQualScore : 22222 111
lowQualScore : 2 2 2 777 3 66 3 1 1 1 1 3 1 1 77777 555555 1 1 1 3 1 1 22 55 1 5555 000 22 555 22 3 22 222 22 44 1 1 1 222 33 22 3333 555 55 3333 33 22 222 1 1 33 222 222 22 3 1 1 1 3 44 1 33 666 1 5 44 3 22 1 1 1 44 1
lowQualScore : . . . ... . .. . . . . . . . . ..... ...... . . . . . . .. .. . .... ... .. ... .. . .. ... .. .. . . . ... .. .. .... ... .. .... .. .. ... . . .. ... ... .. . . . . . .. . .. ... . . .. . .. . . . .. .
lowQualScore : 4 1 0 999 8 44 8 9 9 9 9 8 9 9 22222 222222 7 7 7 5 7 7 44 44 6 0000 888 22 666 22 2 22 555 22 44 6 6 6 888 88 22 4444 000 44 2222 88 22 888 6 6 88 888 888 22 2 6 6 6 3 00 7 22 111 7 2 11 5 44 7 7 7 11 7
consensus : TAACA-CT-AA-TG---TA-CC--CATA-T-G-C-A-CGT-G-GAAC-CAA---AAGAAA------C-T-GCC-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG-CG-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATT
Reference ( family-731 ) : TAACA-CT-AA-TG---TA-CC--CATA-T-G-C-A-CGT-G-GAAC-CAA---AAGAAA------C-T-GCC-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG-CG-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATT
gi|116388 : TAACA-CT-AA-TA---TA-CC--CATA-T-G-C-A-CGT-G-GAAC-CAATT-AAGAAA------C-T-GCC-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG-CC-C---AAA-ACC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATT
gi|116389 : TAACA-CT-A--TG---TGGCC--CATA-T-A-C-A-CGT-G-GAAC-TAA-----GAAA------C-T-GCC-C-T-TTC-C--ACT-TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-T-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----T----T--A-T--C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACC-CG-C---AAA-TTC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATT
gi|116390 : TAACA-CT-AA-TG---TA-CC--CACA-T-G-CCA-CGT-G-GAAC-CAA-----GAAA------C-T-GCC-CCT-TTC-C--AC--TT-TTTTTTT---C--T---A--CA-A--T-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT---CC-CC-TA--C---A---ACT--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG--G-CCCAAAA-ATCAA--C-A--AG-CG-AT-TGGG--T-CTATaa
gi|116391 : TAACA-CT-AA-TG---TA-CC--CACA-T-G-C-A-CGT-G-GAAC-CAA-----GAAA------C-T-GCC-C-T-TTC-C--AC--TT-TTT---T---C--T---A--CA-A--T-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT---CC-CC-TA--C---A---AAT--T-AT-A-GT-Aaaa
gi|116392 : TAATA-TT-AA-TG----A-TC--CAAAAT-G-C-A-GGT-A-GAAC-CAA---CA--AA------C-T-GCT-C-T-TTC-C--ACC-TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--T-T--C--A--TTT--CCC----TG--C---T---AAC--T-AT-A-GT-ATT-ATT--ACG-CA-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-GTATT
gi|116393 : TAACA-TT-AA-TG---TA-CC--CATA-----C-A-CGT-A-GAAC-CTA-----GAAA------C-T-GCC-C-T-CTC-C--AC--TT-TT----TT--C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--GAA--TA----TAATAT--A-T--T--A--TTT--TCC-CC-TG--C---A---AAC--G-AT-T-CT-ATT-TTC--ACG-CG-T---AAA-ATC-A--C-A--TG-TC-CT-TGGG--T-TTATTaa
gi|116394 : TAACA-CTTAA-TTAT-TA-CC--CATA-TTG-C-A-CGTTG-GAAC-CAATTTAAGAAA------C-TTGCC-CAT-TTC-C--AC--TT-TT----TT--C--T---A--CA-A--C-A-C--GACC-A-C-T---TTC---AG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CCC-CCCTA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG-CC-C---AAA-ACC-A--CAA--AG-CG-CT-TGGGATT-CTATTaa
gi|116395 : TAACA-CT-AA-TG---TG-CC--CATA-T-A-C-A-CGT-G-AA---CAA---AGGAAA------C-T-GCC-T-T-----C--AC--TT-TT----T---TCTT---A--CA-A--C-T-T--A--C-A-C-T---TTCAGTAG--TA----TA---TT-A-T--C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAA--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACC-CG-C---AAA-TTC-A--C-A--AG-CG-C---GGG--T-CTA
gi|116396 : TGACA-CT-AA-TG----A-CCG-CACA-T-G-C-A-CTTTG-GAAT-ATACT-AAGGAA------CAT-GCC-C-T-TTT-CCAAC--TTGTT----T---C--T---A--CA-A--T-G-T--A--C-AAC-T---TTC--CAG--TA----TA---TA-A-T--C--A---TT--CCC-CC-TA--C---A---AACTTT-AT-A-GT-ATT-TTCG-ACC-CC-G---AAA-ATC-A--C-GACAG-CG-CT-TGGGA-T-CTATattaa
gi|116397 : TAACA-TT-AAATC---TA-TC--CATT-T-G-C-A-TGG-A-GAAT-CAA-----GAAA------T-T-GCC-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----TT--C--T---A--GA-A--C-G-T--A--T---------------------------------------------------C-CC-TT--C---A---AAC--T-AT-A-GA-ATT-TTC--ACG-CG-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGA--T-CTATTaaa
gi|116398 : TAACA-CT-AA-TGATACA-CCA-CATA-T-G-C-A-CGT-G-GAACTCAATT-AAGGAA------C-T-GCCAC-T-TTCGC--AC--TT-TT----TTCCC--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTCT-CAGAATA----TA---T--A-T--CATA--TTT--CCCGCC-TA--C---A---AAG--TAAT-A--T-ATTATTC--ACG-CC-C---AAA-ACCAA--C-A--CG--G-CT-T-GG--T-CTATTa
gi|116399 : TAACA-CT-AC-TG---TA-CC--TATA-T-G-C-A-CGT-G-GAAC-CAA---AAAAAAAAAACCC-T-ACA-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----T------T---A--AA-A--C-T-T--A--C-A-C-T---TCC--TAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CTC-CC-TG--C---A---AAC--T-AT-T-GT-ATT-TTA--AC
gi|116400 : AACA-CT-AA-TG---TG-CC--CAAA-T-A-C-A-CGT-G-GAAC-------AAGAAA------C-T-GCC-C-T-TTT-C--AC--TT-TT----TT--C--T---A--CA-A--C-T-T--A--C-A-C-T---T-C--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT--CCC-C--TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACC-CG-C---AAA-TTC-A--C-A--AG-CG-C--TGGG--G-CTATT
gi|116401 : AACATCT-AA-TG---TA-CC--CACA-T-G-C-A-CGT-G-GCAC-T-----AAGAAA------C-T-GCC-C-T-T---C--AT--TT-TT----T---C--T---A--CA-ATCC-G----A--C-A-C-----TTC--CAG--TA----TA---T--A----C--A--TTT---CC-CC-TA--C---A---AAC----AT-A-GT-ATC-------CG-CC-C---AAA-A-C-A--C-A--AG-C--CT---GG--T-CTATTaa
gi|116402 : AATA-AT-AA-T----TA-CC--CATA-T-G-C-A-CG--A-GAAC-------AAGA--------C-T-GCT---T-TTA-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-T-G--A--C-A-CTT---TTC--CAG---A----TA---T--A-TTCC--A--TTT--CCC-CT-TA--T---A---ACG--T-AT-A-GTCATTGTTC--ACG-CG-C---AAA-ATC-A--CAA--AG-CG-CG-TTGG--T-CTATaa
gi|116403 : ATA-CT-AA-TGC--TA-CC--CATA-T-GAC-A-CGT-GTGAAC-CAA---GATAAT------C-T-GCC---T-TTC-C--GC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C---T--A--CCA-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTTTCCCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTA--ACG-CG-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CTCTGGG--T-CTAT
gi|116404 : ACA-CT-AA-TG---TA-CC--CACA-T-G-C-A-CGT-G-GAAC-CAA-----GAAA------C-T-GCC-A-TATTC-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--T-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--AGT--C------TT--CCC-CC-CA--TCTAG---AAC--T-ATAA-GT-A---TTC--ACGACT-C---AAATAAC-AC-C-A--AGTCG-CT-TGGG--T-C-ATT
gi|116405 : -AA-TG---TA-CA--CATA-T-G-C-A-TGT-A-GAAT-CAA-----GACA------C-T-GCC-C-T-TTC-A--AC--TT-TT----T---T--TCGTA--CA-A--C-G-T--AAAC-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---TGTA-T--A--A--TAT--CCC-CC-TG--C---A---AAC--T-AT-G-CT-ATT-TTC--ACA-GA-C---AAA-ATC-A--C-A--AA-CT-CT-AGGG--T-CCATT
gi|116406 : -AA-TG---CAGCC--TATAAT-G-C-AACGT-G-GAA-------------A------C-T-GTC-C-T-TTC-C--AT--TG-TT----T---C--T---AGTCAGA--A-G-T--C--T-A-C-TAACTTT--CAG--TATTTTTG---T--G-T--CA-A--TTT--CAC-CC-TA------G---AAC--T-AT-ACGT-ATT-TTTCAACG-CGCC---GAA-ATC-AACT-A--AG-TG-TT-T-GG--T-CTAaa
gi|116407 : -TG---TA-CC--CATA-T-G-C-A-CGT-G--AAC-CAA-----GAAA------C-T-GCC-T-T-TTC-C--AC--TT-TT----TT--C--T---A--CA-A--CTG-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA---T--A-T--C--A--TTT---CC-CC-TAT-C---A---AAC--TAAT-A-GT-A-T-TTC--ACG-CG-G---CAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTAT
gi|116408 : G---TA-CCATTACA-T-G-C-A-CTT-A-AAAC-CAA-----GAAA------C-T-ACT-A-T-TTT-C--ACTTTT-TT----T---C--T---A--CATA--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CGG--TA----T-------------------------------------------------------T-ATG-TCC--TCG-C------AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CA-TGGG--T-
gi|116409 : ---AAGAAA------C-T-GCC-C-T-T-------------------------------------------------C-A-C-T---T-C--CAG--TA----AA---T--A----C--A--TTT--CCC-CC-TA--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--A-G-CG-C-------ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGGG--T-CTATgcttttaa
gi|116410 : ggggcc-T-GTC-C-T-TTC-C--AC--TT-TT----T---C--T---A--CA-A--C-G-T--A--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TA------A----C--A--TTT--CCC-TC-TG--C---A---AAC--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG-CA-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TGAG--T-CTATT
gi|116411 : --TT-TT----T---C--TTACA--CA-C--C-GATCAA--C-A-C-T---TTC--CAG--TA----TAAG-T--A-T--C--ATCTCT--CCC-CC-TAAGC---ATACAAC--T--T-A-GT-ATT-TTC--ACG-CA-CCCAAAA-ACCAA--C-A--AG-CGCCT-TGGG--TACTATTaa
gi|116412 : t--TT-TC----T---C--T---A--CA-A--C-A-T--A--C-A-C-T---TTC--CAT--TA----TA---T--A-C--C--A--TTT--CCC-CC-TG--C---A---AAT--T-AT-A-GT-ATT-TTC--ACG-AG-C---AAA-ATC-A--C-A--AG-CG-CT-TACA--T-CAATT