lowQualScore : 33 111111111111111111
lowQualScore : 55 44 444444444444444444 7777 444444 1 1 1 1 1 1 22 5555 3 1 222 1 1 22 1 1 22 3 4 1 1 666 1 44 1 2 2 5
lowQualScore : .. .. .................. .... ...... . . . . . . .. .... . . ... . . .. . . .. . . . . ... . .. . . . .
lowQualScore : 55 00 000000000000000000 5555 888888 7 7 7 7 7 7 33 2222 3 7 999 7 7 44 7 8 55 6 8 8 9 000 9 55 9 0 0 1
consensus : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGTATCAC--GTGG------------------TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-CG--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
Reference ( gi|8912 ) : TTAAGGAAATGTGATTGCGTGGTATCAC--GTGG------------------TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-CG--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTCAC
gi|8913 : TTAAGGAA--GTGATTGCATGGTATCAC--ATGG------------------TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-CA--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8914 : TTAAGGAAATG--ATTGCGTGGTATCAC--ATGG------------------TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-CG--G----G-GAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AAAAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8915 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGTATCAC--GTGG------------------TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-CG--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-T--A-C-A--ATT-AAAAT-CAT-GACGTT--ATA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8917 : TCAAGGAAATG--GTTGCGTGGTGTCAC--ATGG------------------TTT----GT------TG-C-T-TTA-GT-A-CG--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8918 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGTATCAC--ATGG------------------TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-CG--G----G-AAAA-----TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AAAAT-CAT-GACGTC--ATA-ATT--GG-C-G-TTTAC
gi|8919 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGTATCAC--GTGA------------------TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-CG--G----G-AAAA-T---TATGAT-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--AA-
gi|8920 : TTAAGGAAA--TGATTGCGTGGTATCCA--GTGG------------------TTTAC--AC------TG-C-T-TTA-GT-A-CG--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATATGCAT-GACGTA--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8916 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGTATCAC--GTGG------------------TTT----AT------TGTT-T-TTA-GT-A-CG--G----G-AAAA-T---TATGAA-AT-C--A-C-A--ATT-AA-AT-CAT-GACGT---ACA-ATT--GA-CTG-TTTAC
gi|8921 : TTAAGGAA--GTGATTGC-TGGTATCACT-GTGG------------------TTT----AT------TG---T-TTA-GT-A-CG--G----GGAAAA-T---TATGAC-AT-C--A-CAA--ATT-AATAT-CAT-GACGTCA-ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8922 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGTATCAC--GTGG------------------TTT----AT------TG-CTT-TTA-GT-A-CG--G----GAAAAA-T---TATGAC-ATGC--A-C-A--ATTAAAAAT-CA--GACGTC--ATA-ATTTGGA-C-G-TTTAC
gi|8923 : TTAAGAA---GTGATTGCGTGGTATCAC--GT-G------------------TTT----AT------TG-C-T-TTA-GTAA-CG--G----G-AAGC-T---TATGAC-AT-C--A---A--ATT-AA-AT--AT-GACGT----CA-ACT--GA-C-G-TTTAC
gi|8925 : TTAAGGAAATG--ATTGCGTGGTA-CAC--GTGGA-----------------TTT----AT-------G-C-T-TCA-GT-A-CG--G----A-AAA------TATGAC-AT----A-C-A--AT--AATAT-CAT-GACATC--ACA-ATTG-GA-C-GATTTAC
gi|8926 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGTATCAC--GT-G------------------TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-GG--G----G----A-T---TACGA--AT-C--A-C-A--ATT-TATAT-CATGGAC-TC--AC--ATT--GA-T-G-TT
gi|8927 : TTAAGGAAAT-----TGC-TGTTATCACTCGTGG------------------TTT----AT------TG-C-T-ATA-GT-A-CG--GC---G-AAAA-T---TATGAC-AT-CTTATC-A--ATA-AAAG---AT-GACGT---ATA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8928 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGTATCAC--GTGGGCGATGGTATTACGGTGGTTT----AT------TG-C-T-TTAGGT-ATCG--G----G-AAAATT---TATGA--AT-C--A-C-ATGATTAAATA--CAT-GACGT---ACATTTT--GATC-G-TT
gi|8929 : TTAAGGA---GTGATTGCGTAGTATCAC--GTG--------------------TT----AT------TG-C-T-TTA-GA-A-CT--G----G-AAAA-T---
gi|8930 : TTAAGGAA--GTGATTGCATGGTATCAC--GTGG------------------TTT----ATATTTTATT-T-T-TTG-AT-A------------AAAA-T---TATG-C-AT-T--A-
gi|8931 : TAAGGAA--GTGATTGCGTTGTATCAC--GTGG------------------TTG----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-CG--G----G-GAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C--------AATGG-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-
gi|8932 : TAAGGAA--GTGATTGTGGGGTATCAC--GTGG------------------TTTTATAAT------TG-C-T-TTA-GT-A-CG--G----G-GA------------------------A--ATT-AATAT-CAT-GATGTC--ACA-ATT--GA-C-A-TTCACcatac
gi|8933 : GAAA-GTGGTTGCATGGTATCAC--ATGA------------------TTT----AT------TG-T-T-TTA-GT-A-CG--G----T-AAAA-T---TATGGC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAG-CAT-GACGGC--ACT-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8924 : GTGATTGCGTGGTATCAC--GTGT------------------TTTT---AT------TG-C-T-TTA-GT-A-AC--G----G-AAGC-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AA-AT--AT-GA-GTC---TA-A-T--GA-C-G-TTTAC
gi|8934 : ttaagaTGCGTGGTATTAC--GTTG------------------TGT----TT------TG-C-TGTTA-GT-A-CGACG----G-AAAA-TAATTAGAACGAT-C--A-C-A--ATT-AAAAT-CAT-GACGTCATACA-TTT--GA-C-G-TTTAC
gi|8935 : GGTATCAC--GTGG------------------TTT--------------------TA-GT-A-CG--GCGGGG-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--TTC-AATAT-CA
gi|8936 : ATCAC--GTGG------------------TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-AG--C----T-AAAT-T---TATGAC-AT-C--A-G-A--ATT-GATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-ATTAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111
lowQualScore : 22 11111111111111111 33 1 1 5555 666666 1 1 1 1 1 1 1 22 5555 1 1 222 1 1 22 1 1 22 1 6 3 1 555 1 44 1 1 1
lowQualScore : .. ................. .. . . .... ...... . . . . . . . .. .... . . ... . . .. . . .. . . . . ... . .. . . .
lowQualScore : 55 22222222222222222 88 6 6 0000 888888 6 6 6 6 6 6 6 22 0000 6 6 888 7 7 33 7 7 44 7 3 5 8 333 8 33 8 9 9
consensus : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
Reference ( family-724 ) : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8912 : TTAAGGAAATGTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTCAC
gi|8913 : TTAAGGAA--GTGATTGCATGGT-----------------ATCAC--A-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-A--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8914 : TTAAGGAA--ATGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--A-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-GAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AAAAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8915 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-T--A-C-A--ATT-AAAAT-CAT-GACGTT--ATA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8916 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TGTT-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAA-AT-C--A-C-A--ATT-AA-AT-CAT-GACGT---ACA-ATT--GA-CTG-TTTAC
gi|8917 : TCAAGGAA--ATGGTTGCGTGGT-----------------GTCAC--A-TGG-TTT----GT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8918 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--A-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-----TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AAAAT-CAT-GACGTC--ATA-ATT--GG-C-G-TTTAC
gi|8919 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGA-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAT-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--AA-
gi|8920 : TTAAGGAA--ATGATTGCGTGGT-----------------ATCCA--G-TGG-TTT----ACAC----TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATATGCAT-GACGTA--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8921 : TTAAGGAA--GTGATTGC-TGGT-----------------ATCACT-G-TGG-TTT----AT------TG---T-TTA-GT-A-CGG--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-CAA--ATT-AATAT-CAT-GACGTCA-ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8922 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TG-CTT-TTA-GT-A-C-G--G----GAAAAA-T---TATGAC-ATGC--A-C-A--ATTAAAAAT-CA--GACGTC--ATA-ATTTGGA-C-G-TTTAC
gi|8923 : TTAAG-AA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-T-G-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GTAA-C-G--G----G-AAGC-T---TATGAC-AT-C--A---A--ATT-AA-AT--AT-GACGT----CA-ACT--GA-C-G-TTTAC
gi|8924 : TTAAG--A--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGT-TTTT---AT------TG-C-T-TTA-GT-A-A-C--G----G-AAGC-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AA-AT--AT-GA-GTC---TA-A-T--GA-C-G-TTTAC
gi|8925 : TTAAGGAA--ATGATTGCGTGGT-----------------A-CAC--G-TGGATTT----A-------TG-C-T-TCA-GT-A-C-G--G----A-AAA------TATGAC-AT----A-C-A--A-T-AATAT-CAT-GACATC--ACA-ATTG-GA-C-GATTTAC
gi|8926 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-T-G-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-G-G--G----G----A-T---TACGA--AT-C--A-C-A--ATT-TATAT-CATGGAC-TC--AC--ATT--GA-T-G-TT
gi|8927 : TTAAGGAA-----ATTGC-TGTT-----------------ATCACTCG-TGG-TTT----AT------TG-C-T-ATA-GT-A-C-G--GC---G-AAAA-T---TATGAC-AT-CTTATC-A--ATA-AAAG---AT-GACGT---ATA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8928 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGTATCACGTGGGCGATGGTATTAC--GGTGG-TTT----AT------TG-C-T-TTAGGT-ATC-G--G----G-AAAATT---TATGA--AT-C--A-C-ATGATT-AA-ATACAT-GACGT---ACATTTT--GATC-G-TT
gi|8929 : TTAAGGA---GTGATTGCGTAGT-----------------ATCAC--G-TG---TT----AT------TG-C-T-TTA-GA-A-C-T--G----G-AAAA-T---
gi|8930 : TTAAGGAA--GTGATTGCATGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----ATATTTTATT-T-T-TTG-AT-A-------------AAAA-T---TATG-C-AT-T--A-
gi|8931 : TAAGGAA--GTGATTGCGTTGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTG----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-GAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C--------AATGG-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-CATAC
gi|8932 : TAAGGAA--GTGATTGTGGGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTTTATAAT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-GA------------------------A--ATT-AATAT-CAT-GATGTC--ACA-ATT--GA-C-A-TTCAC
gi|8933 : GAAA--GTGGTTGCATGGT-----------------ATCAC--A-TGA-TTT----AT------TG-T-T-TTA-GT-A-C-G--G----T-AAAA-T---TATGGC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAG-CAT-GACGGC--ACT-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8934 : TGCGTGGT-----------------ATTAC--G-TTG-TGT----TT------TG-C-TGTTA-GT-A-C-GACG----G-AAAA-TAATTAGAACGAT-C--A-C-A--ATT-AAAAT-CAT-GACGTCATACA-TTT--GA-C-G-TTTAC
gi|8935 : GGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT--------------------TA-GT-A-C-G--GCGGGG-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--TTC-AATAT-CA
gi|8936 : -----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-A-G--C----T-AAAT-T---TATGAC-AT-C--A-G-A--ATT-GATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-ATTAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111
lowQualScore : 22 11111111111111111 33 1 1 5555 666666 1 1 1 1 1 1 1 22 5555 1 1 222 1 1 22 1 1 22 1 6 3 1 555 1 44 1 1 1
lowQualScore : .. ................. .. . . .... ...... . . . . . . . .. .... . . ... . . .. . . .. . . . . ... . .. . . .
lowQualScore : 55 22222222222222222 88 6 6 0000 888888 6 6 6 6 6 6 6 22 0000 6 6 888 7 7 33 7 7 44 7 3 5 8 333 8 33 8 9 9
consensus : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
Reference ( family-724 ) : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8912 : TTAAGGAAATGTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTCAC
gi|8913 : TTAAGGAA--GTGATTGCATGGT-----------------ATCAC--A-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-A--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8914 : TTAAGGAA--ATGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--A-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-GAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AAAAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8915 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-T--A-C-A--ATT-AAAAT-CAT-GACGTT--ATA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8916 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TGTT-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAA-AT-C--A-C-A--ATT-AA-AT-CAT-GACGT---ACA-ATT--GA-CTG-TTTAC
gi|8917 : TCAAGGAA--ATGGTTGCGTGGT-----------------GTCAC--A-TGG-TTT----GT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8918 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--A-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-----TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AAAAT-CAT-GACGTC--ATA-ATT--GG-C-G-TTTAC
gi|8919 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGA-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAT-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--AA-
gi|8920 : TTAAGGAA--ATGATTGCGTGGT-----------------ATCCA--G-TGG-TTT----ACAC----TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATATGCAT-GACGTA--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8921 : TTAAGGAA--GTGATTGC-TGGT-----------------ATCACT-G-TGG-TTT----AT------TG---T-TTA-GT-A-CGG--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-CAA--ATT-AATAT-CAT-GACGTCA-ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8922 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TG-CTT-TTA-GT-A-C-G--G----GAAAAA-T---TATGAC-ATGC--A-C-A--ATTAAAAAT-CA--GACGTC--ATA-ATTTGGA-C-G-TTTAC
gi|8923 : TTAAG-AA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-T-G-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GTAA-C-G--G----G-AAGC-T---TATGAC-AT-C--A---A--ATT-AA-AT--AT-GACGT----CA-ACT--GA-C-G-TTTAC
gi|8924 : TTAAG--A--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGT-TTTT---AT------TG-C-T-TTA-GT-A-A-C--G----G-AAGC-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AA-AT--AT-GA-GTC---TA-A-T--GA-C-G-TTTAC
gi|8925 : TTAAGGAA--ATGATTGCGTGGT-----------------A-CAC--G-TGGATTT----A-------TG-C-T-TCA-GT-A-C-G--G----A-AAA------TATGAC-AT----A-C-A--A-T-AATAT-CAT-GACATC--ACA-ATTG-GA-C-GATTTAC
gi|8926 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-T-G-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-G-G--G----G----A-T---TACGA--AT-C--A-C-A--ATT-TATAT-CATGGAC-TC--AC--ATT--GA-T-G-TT
gi|8927 : TTAAGGAA-----ATTGC-TGTT-----------------ATCACTCG-TGG-TTT----AT------TG-C-T-ATA-GT-A-C-G--GC---G-AAAA-T---TATGAC-AT-CTTATC-A--ATA-AAAG---AT-GACGT---ATA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8928 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGTATCACGTGGGCGATGGTATTAC--GGTGG-TTT----AT------TG-C-T-TTAGGT-ATC-G--G----G-AAAATT---TATGA--AT-C--A-C-ATGATT-AA-ATACAT-GACGT---ACATTTT--GATC-G-TT
gi|8929 : TTAAGGA---GTGATTGCGTAGT-----------------ATCAC--G-TG---TT----AT------TG-C-T-TTA-GA-A-C-T--G----G-AAAA-T---
gi|8930 : TTAAGGAA--GTGATTGCATGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----ATATTTTATT-T-T-TTG-AT-A-------------AAAA-T---TATG-C-AT-T--A-
gi|8931 : TAAGGAA--GTGATTGCGTTGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTG----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-GAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C--------AATGG-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-CATAC
gi|8932 : TAAGGAA--GTGATTGTGGGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTTTATAAT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-GA------------------------A--ATT-AATAT-CAT-GATGTC--ACA-ATT--GA-C-A-TTCAC
gi|8933 : GAAA--GTGGTTGCATGGT-----------------ATCAC--A-TGA-TTT----AT------TG-T-T-TTA-GT-A-C-G--G----T-AAAA-T---TATGGC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAG-CAT-GACGGC--ACT-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8934 : TGCGTGGT-----------------ATTAC--G-TTG-TGT----TT------TG-C-TGTTA-GT-A-C-GACG----G-AAAA-TAATTAGAACGAT-C--A-C-A--ATT-AAAAT-CAT-GACGTCATACA-TTT--GA-C-G-TTTAC
gi|8935 : GGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT--------------------TA-GT-A-C-G--GCGGGG-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--TTC-AATAT-CA
gi|8936 : -----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-A-G--C----T-AAAT-T---TATGAC-AT-C--A-G-A--ATT-GATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-ATTAC
blockSeqs : . ATCACGTGGGCGATGGT TC G A TATA ATTTTA T T G G A T G AC CGGG A T AAT G G TT T A TG A T G G CAT T TG T T A
blockSeqs : . . T . . T AC . . . . . . . . C . . . . . . . . . . A A . CA . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **
originalCons : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
finalCons : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111
lowQualScore : 22 11111111111111111 33 1 1 5555 666666 1 1 1 1 1 1 1 22 5555 1 1 222 1 1 22 1 1 22 1 6 3 1 555 1 44 1 1 1
lowQualScore : .. ................. .. . . .... ...... . . . . . . . .. .... . . ... . . .. . . .. . . . . ... . .. . . .
lowQualScore : 55 22222222222222222 88 6 6 0000 888888 6 6 6 6 6 6 6 22 0000 6 6 888 7 7 33 7 7 44 7 3 5 8 333 8 33 8 9 9
consensus : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
Reference ( family-724 ) : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8912 : TTAAGGAAATGTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTCAC
gi|8913 : TTAAGGAA--GTGATTGCATGGT-----------------ATCAC--A-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-A--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8914 : TTAAGGAA--ATGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--A-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-GAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AAAAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8915 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-T--A-C-A--ATT-AAAAT-CAT-GACGTT--ATA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8916 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TGTT-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAA-AT-C--A-C-A--ATT-AA-AT-CAT-GACGT---ACA-ATT--GA-CTG-TTTAC
gi|8917 : TCAAGGAA--ATGGTTGCGTGGT-----------------GTCAC--A-TGG-TTT----GT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8918 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--A-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-----TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AAAAT-CAT-GACGTC--ATA-ATT--GG-C-G-TTTAC
gi|8919 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGA-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAT-AT-C--A-C-A--ATT-AATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--AA-
gi|8920 : TTAAGGAA--ATGATTGCGTGGT-----------------ATCCA--G-TGG-TTT----ACAC----TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AATATGCAT-GACGTA--ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8921 : TTAAGGAA--GTGATTGC-TGGT-----------------ATCACT-G-TGG-TTT----AT------TG---T-TTA-GT-A-CGG--G----G-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-CAA--ATT-AATAT-CAT-GACGTCA-ACA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8922 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TG-CTT-TTA-GT-A-C-G--G----GAAAAA-T---TATGAC-ATGC--A-C-A--ATTAAAAAT-CA--GACGTC--ATA-ATTTGGA-C-G-TTTAC
gi|8923 : TTAAG-AA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-T-G-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GTAA-C-G--G----G-AAGC-T---TATGAC-AT-C--A---A--ATT-AA-AT--AT-GACGT----CA-ACT--GA-C-G-TTTAC
gi|8924 : TTAAG--A--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-TGT-TTTT---AT------TG-C-T-TTA-GT-A-A-C--G----G-AAGC-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--ATT-AA-AT--AT-GA-GTC---TA-A-T--GA-C-G-TTTAC
gi|8925 : TTAAGGAA--ATGATTGCGTGGT-----------------A-CAC--G-TGGATTT----A-------TG-C-T-TCA-GT-A-C-G--G----A-AAA------TATGAC-AT----A-C-A--A-T-AATAT-CAT-GACATC--ACA-ATTG-GA-C-GATTTAC
gi|8926 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGT-----------------ATCAC--G-T-G-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-G-G--G----G----A-T---TACGA--AT-C--A-C-A--ATT-TATAT-CATGGAC-TC--AC--ATT--GA-T-G-TT
gi|8927 : TTAAGGAA-----ATTGC-TGTT-----------------ATCACTCG-TGG-TTT----AT------TG-C-T-ATA-GT-A-C-G--GC---G-AAAA-T---TATGAC-AT-CTTATC-A--ATA-AAAG---AT-GACGT---ATA-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8928 : TTAAGGAA--GTGATTGCGTGGTATCACGTGGGCGATGGTATTAC--GGTGG-TTT----AT------TG-C-T-TTAGGT-ATC-G--G----G-AAAATT---TATGA--AT-C--A-C-ATGATT-AA-ATACAT-GACGT---ACATTTT--GATC-G-TT
gi|8929 : TTAAGGA---GTGATTGCGTAGT-----------------ATCAC--G-TG---TT----AT------TG-C-T-TTA-GA-A-C-T--G----G-AAAA-T---
gi|8930 : TTAAGGAA--GTGATTGCATGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT----ATATTTTATT-T-T-TTG-AT-A-------------AAAA-T---TATG-C-AT-T--A-
gi|8931 : TAAGGAA--GTGATTGCGTTGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTG----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-GAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C--------AATGG-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-CATAC
gi|8932 : TAAGGAA--GTGATTGTGGGGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTTTATAAT------TG-C-T-TTA-GT-A-C-G--G----G-GA------------------------A--ATT-AATAT-CAT-GATGTC--ACA-ATT--GA-C-A-TTCAC
gi|8933 : GAAA--GTGGTTGCATGGT-----------------ATCAC--A-TGA-TTT----AT------TG-T-T-TTA-GT-A-C-G--G----T-AAAA-T---TATGGC-AT-C--A-C-A--ATT-AATAG-CAT-GACGGC--ACT-ATT--GA-C-G-TTTAC
gi|8934 : TGCGTGGT-----------------ATTAC--G-TTG-TGT----TT------TG-C-TGTTA-GT-A-C-GACG----G-AAAA-TAATTAGAACGAT-C--A-C-A--ATT-AAAAT-CAT-GACGTCATACA-TTT--GA-C-G-TTTAC
gi|8935 : GGT-----------------ATCAC--G-TGG-TTT--------------------TA-GT-A-C-G--GCGGGG-AAAA-T---TATGAC-AT-C--A-C-A--TTC-AATAT-CA
gi|8936 : -----------------ATCAC--G-TGG-TTT----AT------TG-C-T-TTA-GT-A-A-G--C----T-AAAT-T---TATGAC-AT-C--A-G-A--ATT-GATAT-CAT-GACGTC--ACA-ATT--GA-C-G-ATTAC