lowQualScore : 11 111 11111111111 111111 11
lowQualScore : 2 2 1 2 22 2 555 55 2 555 2 2 22 666 2 2 55 2 5 22 4 666666 666666 6 2 33 4 2 22 3 22 1 1 444 1 22 2 7777 2 2 2 2 2 22 44 2 2 55555 2 22222222222 555 2 4 2 111111 2 7777 88 2 4 2 2 55 2 33 2 5 55
lowQualScore : . . . . .. . ... .. . ... . . .. ... . . .. . . .. . ...... ...... . . .. . . .. . .. . . ... . .. . .... . . . . . .. .. . . ..... . ........... ... . . . ...... . .... .. . . . . .. . .. . . ..
lowQualScore : 0 0 9 1 99 1 888 00 1 888 0 6 99 666 1 1 00 1 4 99 2 111111 111111 2 1 22 0 0 55 6 55 8 9 555 9 99 0 8888 0 0 0 0 0 88 00 0 0 00000 0 66666666666 555 0 0 1 444444 1 2222 99 4 7 4 4 66 4 22 4 1 77
consensus : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAG-TA---T--T-GTTTTC-TT-CCTTGA--A---A-TAT-TT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------AAC------AAAAAA-G-GC-C-AAAAA-A--T-ACACAC-C--TTGACT-GT-T-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGAC-A-----T-AT---A--C----C---CC-TTCT-A-TC----ANTG-TA---AAATTTC-A-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGC--ATATAT
Reference ( gi|74582 ) : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAG-TA---T--T-GTTTTC-TT-CCTTGA--A---A-TAT-TT--AGAA-TAGCACCTT--ATG-T------AAC------AAAAGA-G-GC-C-ACGAA-A--T-ACACAC-C--ATGACT-GC-T-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGAC-A-----T-AT---A--C----C---CC-TTCT-A-TC----AATG-TA---AAATTTG-A-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATCTTGC--ATATAT
gi|74584 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAG-TA---T--T-GTTT-C-TT-CCT--G--A---A-TAA-TT--AGAA-TAGCACCTT--ATG-T------AAC------AAAAGA-G--C-C-ACGAA-A--T-ACACAC-C--ATGACT-GC-T-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGAC-A-----T-AT---A--C----C---CC-TTCT-A-TC----AATG-TA---AAATTTG-A-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATCTTGC--ATATAT
gi|74583 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAG-TA---T--T-GTTT-C-TT-CCT--G--A---A-TAA-TT--AGAA-TAGCACCTT--ATG-T------AAC------AAAAGA-G--C-C-ACGAA-A--T-ACACAC-C--ATGACT-GC-T-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGAC-A-----T-AT---A--C----C---CC-TTCT-A-TC----AATG-TA---AAATTTG-A-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATCTTGC--ATATAT
gi|74585 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAG--A---T--T-GTTT-C-TT-CCT--G--A---A-TAT-T---AGAA-TAGCACCTT--ATG-T------AAC------AAAAGA-G--C-C-ACGAA-A--T-ACACAC-C--ATGACT-GC-T-TA----CTTT-C-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGAC-A-----T-AT---A--C----C---CC-TTCT-A-TC----AATG-TA---AAATTTG-A-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATCTTGC--ATATAT
gi|74586 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAA--TTTTG-TTTA--AAG-TA---T--T-GTTTTC-TT-CCTTGA--A---A-TAT-TT--AGAA-TAATACATT--AAG-T------AAC------AAAA-A-G-GC-C-AAAGA-A--T-ACACAC-C--TTGACT-GT-T-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGAC-A-----T-AT---A--C----C---CT-TTCT-A-TC----ATTG-TA---AAATTTC-A-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGCCAATAT
gi|74587 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTT-AGCAAAA-TTTTG-TTTA--AAG-TA---T--T-GTTTTC-TT-CCTTGA--A---A-TAT-TT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------AAT------AAAAAA-G-GC-C-AAAAA-A--T-ACATAC-C--TTGACT-GT-T-TA----CTTATC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AA-AAGAC-A-----T-AT---A--C----CT--CC-TTTT-A-TC----ATTG-TA---AAATTTC-A-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGCTGATAT
gi|74589 : TTAAGG-TAGGCCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAG-TA---T--T-GTTTTC-TT-CCTTGA--A---A-TAT-TT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------AAC------AAAAAA-G-GC-C-AAAAA-A--T-ACACAC-C--TTGACT-GT-T-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAGC-C--TCA-AG-AAGAC-A-----T-AT---GC-C----C---CC-TTTT-A-TC----CTTG-TA---AAATTCC-ATCCT-GAA-C--AGTCAAAAT-ATTTTGC--
gi|74588 : TTAAGG-TAGGCCCCTACTC-GGCAAAA-TTT-G-TTTA--AAG-TA---T----GTTT-C-TT-CCTTGA--A---A-TAT-TT--AGAA-TA--ACCTT--ATG-T------AAC------AAAAAA-A-GC-C-AAAAA-A--T-ACACAC-C--TTGACT-GT-T-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGAC-A-----T-AT---AC-C----C---CC-TTTT-A-TC----CTTG-TA---AAATTTC-A-CCG-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGC--AGATAT
gi|74591 : TTAAGG-TAGGTCCATAC----ACTCAA-TTTTT-TTTA--AAG-TA---A--T-GTTT-C-TT-CCTTGA--A---A-TAT-TT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------AAC------AAAAAA-G-GC-C-TAAAA-A--T-ACACAC-C--TTGACT-GT-T-TA----CCTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGAC-A-----T-ATC--C--C----C---CC-TTCT-A-TC----ATTG-T----AAATTTC-A-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGC--AGATAT
gi|74590 : TTAAGG-TAGGTCCCCACTC-AACAAAA-TTTTG-TTTA--AAG-TAT--T--T-GTTTTT-TT-CCTTGA--A---ACTAT-TT--AGAA-TAATACATT--AAG-T------AAC------AAAA-A-G-GC-C-AAAAACA--T-ACACAC-C--TTGACT-GT-T-TT----CTTTTCTT-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGAC-A-----T-GT---A--CA---C---CC-TTCT-A-TC----ATTG-TA---AAATTTC-A-CCT-G-A-T--A-TC--AAT-AT-TTGCCGATAT
gi|74592 : TTAAGGGTAGTTCCCTACTC-AACAAAAATTTTG-TTTA--AAG-TA---TG-T-GTTTTC-TT-CCTTGA--A---A-TAT-TT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------ATT------AAAGG-------C-AAAAA-A--T-ACACAC-C--TTGACT-GCTT-TA----CTTTT--T-G-AC-TAGAAT-C--TC--AG-AAGAC-A-----T-AT---A--TGTTAC---CC-TTTT---TC----ATTG-T----AAATTTC-A-CCT-G-ACC--A-TC--AAT-ATTTT
gi|74593 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAG-TTTTG-TTTA--AAG-TA---T--T-GTTTTC-TT-CCTTGA--A---A-TAT-TT--AGAA-TAACACCTT--AAG-T------AAC------AAAAAA-G-TC-C-AAAAA-A--T-ACACAC-C--TTGACT-G
gi|74595 : TTAAGG------CCCTACTCCGACAGAA-TTTTGTTTTAGTAAG-TA------T-GTTTT--TT-CCTTGATGATC-A-TAT-TTA-AGAA-TAGCACCTTTAATG-TATTGTAAACCAACTTAGAAAA-G-GCAC-A-AAA-A--TAACACACTT--TTGTCTCGT-TGTA----CTTTTC-A-G-ACATAGAAT-CGGTCA-GA-ATAAC-ATAGTTT-AT---A--CCT--C---CC-TTCTCA-TCATAGAATG------AAGTTCC-A-CCT-G-A-CAAA-TC---AT-ATTTGGC--
gi|74596 : TTAAGG-TAGGTCCCTACCC-GACAATG-TTTTG-GTAA--AAG-TA---T--A-GTTTTT-AT-CCTTGA--A---A-TCA-TT--AGAATTACCACC-T--ATT-T------AAC------TTAAAA-G-GC-A-AATAA-A--T-A
gi|74594 : TTATGG-TAGGTCCCTGCTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--CAG-TA---T--T-GTTTaatagataaataaataaataatgaataaaaatacaaatcctatgtgcctagttttttttttaccagaatctccaaaagacatattctttctcattaaaaatgttaaccaaactagatctcaacacaatat
gi|74597 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TT
gi|74598 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAG-TTT
gi|74599 : AAGG-TAGGCCCTTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGTTA---T--T-GTTTTCTTT-CCTTGT--T---A-TAT-TT--AGAA-TAACACCTT--ATGTT------AAC------AAAAAA-G-GC-CAAAAAA-A--T-ACACAC-C--TTGACT-GT-T-TA----CTTGTC-T-GAAC-TAGAAT-C--TCACAGAAAGAC-A-----T-ATTACA--C----C---CC-TTTT-A-TC----ACTG-T----AAATTTACA-CCT-G-A-CA-A-TC--AAT-ATTTTGC--AGATAT
gi|74600 : AAGG-TAGGTC---------ACAAAA-CTTTG-TTAA--AAG--A---T--T---TTTC-TTGCCTTTA--A---A--AT-T---AGAA-TAAGACCTT--ATG---------AC------AAAAAA-G-GCGC-AAAAA-AAGT-ACACAC-C--TTGACT-GT-T-TA----CTTGTC-T-G----CAGAAA-C--TC--AG-AAGAC-A------------A--C----C---CC-TTTT-A-TC-----ATG-------AATTCG-A--CT-G-A----G-TC--AATGATTTTGCTGATAT
gi|74601 : AATG-TAGGTCTCTACTC-GGCAATA-TTTTA-GTTG--AGG-TATAGT--T-GTTTTT-TT-
gi|74602 : G-TAGGTTTCCACAC-GGCAATA-TTTTA-GTTA--AAG-TA---TACTAGTTTTT-GT-----GA--A---A-TCA-TT--AGAA-TAA-ACCCT--GTG-T------AAC------TAAAAA-G-G----ACGAAGA--T-ACAT----------------T-TA----CTTTTC-T-G-AC--AGAAT-C--TCC-TG-AAGAC-A-----T-AT---G--C----C---CC-TTTT-gtgcaacaatgcacctcttgacagcttacttttctggccagaatctccggaagacatatcctccctttttatcaataacttttaaccaaaagcattattttcaatat
gi|74603 : AA-TTTTG-TTTA--AAG-T----T--T-GTTTT---T-CCT-GA--A---A-TGTGTT--GTAA-----AACTT--ATGGT------AAC------AAGAAA-A-TT-A-GCAAA-A------ACAC-C--CTGACT-GT-T-TA----CTTTTC-TGG-AC-T-GAATGC--TC--AG-AAGAC-A-----TAAT---A--C----C---CC-CTTT-T-TT----CCTG-TT---AATTTTC-A-CCTGG-G-C--A-TC--AGT-GTTTTG
gi|74604 : -TT-CCTTGA--AGGTA-TAT-TTTTAGAA-TTACACCTT--ATG-T------AAC------AAAAAA-GTGC-C-AAAAG-A--T-ACACAC-C--TTGAC--GC-T-TAATCTTTTTTC-T-G-GT-T-GAAT-C--TCA-AG-AAGACTA-----T--T---A--C----CTTTCC-CTTT-AGTC----ATTG-TA---A
gi|74605 : T-CCTTGA--A---A-TGT-TT--AGAA-TAACAACTT--ATA-T------AAC------AAAAAAAG-GC-C-AAGAC-A--T-ACACAC-C--TAGACT-GT-T-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGAC-A-----T-AT---A--C----C---CCTTTCA-A-TC----ATTG-TA---AAATTAC-A-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGC--AGATAT
gi|74606 : -GC-C-AAAAA-A--T-ACACAT-C--TTGACT-GT-T-TA----CTGTTC-T-A-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGAC-A-----T-AC---AT-C----C---CC-TTCT-A-TC----AATG-
gi|74596 : AA-A--T-ACAAAT-CCTATG--T-GC-C-TAGTT-TTTTTT-T-T-AC-CAGAAT-C--TCC-AA-AAGAC-A-----T-AT-----------T---CT-TTCTCA-TTAAA-AATGTTAACCAAACTAG-A-TCTCA-A-C--A--C--AAT-AT
gi|74601 : ttaaggtaggtccctacccgacaatgttttggtaaaagtatagtttttatccttgaaatcattagaattaccacctatttaacttaaaaggcaaataaataaatagataaataaataaataatgaataaA-A--T-GCACCT-C--TTGACA-GC-T-TA----CTTTTC-T-G-GC-CAGAAT-C--TCC-GG-AAGAC-A-----T-AT---CCTC----C---CT-TTTT-A-TC----AA---TA---ACTTTTA-A-CC--A-A-A--A-GC--ATT-ATTTTCA--ATAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111 11
lowQualScore : 1 1 1 2 22 2 333 44 4 3 3 2 22 666 2 44 2 22 2 777777 555555 2 555 1 1 1 22 1 1 1 333 3 1 1 4444 1 1 1 1 1 22 33 1 44444 1 1 11111111111 555 1 1 2 3 22 0 2 2 2 2 2 55 2 33 2 44
lowQualScore : . . . . .. . ... .. . . . . .. ... . .. . .. . ...... ...... . ... . . . .. . . . ... . . . .... . . . . . .. .. . ..... . . ........... ... . . . . .. . . . . . . .. . .. . ..
lowQualScore : 9 9 8 0 88 0 555 88 0 9 8 0 88 222 0 88 0 88 0 888888 888888 0 222 9 7 7 44 7 8 8 222 6 8 9 0000 9 9 9 9 9 66 33 9 88888 9 9 11111111111 222 9 9 0 0 88 4 2 2 4 4 4 66 4 22 4 77
consensus : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-AAG---GC-CAAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CC-TTCT-A-TCATTG--TAAAAT-TTCA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGC--ATATAT
Reference ( family-719 ) : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-AAG---GC-CAAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CC-TTCT-A-TCANTG--TAAAAT-TTCA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGC--ATATAT
gi|74582 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAGCACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-GAG---GC-CACGA-A-A--T-ACACA-C-CA---TGACT-G-CT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CC-TTCT-A-TCAATG--TAAAAT-TTGA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATCTTGC--ATATAT
gi|74583 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTT-CTT-CCT--G--A---A-TAATT--AGAA-TAGCACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-GAG----C-CACGA-A-A--T-ACACA-C-CA---TGACT-G-CT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CC-TTCT-A-TCAATG--TAAAAT-TTGA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATCTTGC--ATATAT
gi|74584 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTT-CTT-CCT--G--A---A-TAATT--AGAA-TAGCACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-GAG----C-CACGA-A-A--T-ACACA-C-CA---TGACT-G-CT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CC-TTCT-A-TCAATG--TAAAAT-TTGA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATCTTGC--ATATAT
gi|74585 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAG--A---T--T-GTTT-CTT-CCT--G--A---A-TATT---AGAA-TAGCACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-GAG----C-CACGA-A-A--T-ACACA-C-CA---TGACT-G-CT-TA----CTTT-C-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CC-TTCT-A-TCAATG--TAAAAT-TTGA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATCTTGC--ATATAT
gi|74586 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAA--TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAATACATT--AAG-T------AAC------AAAA--AG---GC-CAAAG-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CT-TTCT-A-TCATTG--TAAAAT-TTCA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGCCAATAT
gi|74587 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTT-AGCAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------AAT------AAAA-AAG---GC-CAAAA-A-A--T-ACATA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTATC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AA-AAGACA-----T-A-T---A--C----CT--CC-TTTT-A-TCATTG--TAAAAT-TTCA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGCTGATAT
gi|74588 : TTAAGG-TAGGCCCCTACTC-GGCAAAA-TTT-G-TTTA--AAGT-A---T----GTTT-CTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAAC--CTT--ATG-T------AAC------AAAA-AAA---GC-CAAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---AC-C----C---CC-TTTT-A-TCCTTG--TAAAAT-TTCA-CCG-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGC--AGATAT
gi|74589 : TTAAGG-TAGGCCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-AAG---GC-CAAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAGC-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---GC-C----C---CC-TTTT-A-TCCTTG--TAAAAT-TCCATCCT-GAA-C--AGTCAAAAT-ATTTTGC--
gi|74590 : TTAAGG-TAGGTCCCCACTC-AACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--TTGTTTTTTT-CCTTGA--A---ACTATTT--AGAA-TAATACATT--AAG-T------AAC-------AAA-AAG---GC-CAAAA-ACA--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TT----CTTTTCTT-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-G-T---A--CA---C---CC-TTCT-A-TCATTG--TAAAAT-TTCA-CCT-G-A-T--A-TC--AAT-A-TTTGCCGATAT
gi|74591 : TTAAGG-TAGGTCCATAC----ACTCAA-TTTTT-TTTA--AAGT-A---A--T-GTTT-CTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-AAG---GC-CTAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CCTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-TC--C--C----C---CC-TTCT-A-TCATTG--T-AAAT-TTCA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGC--AGATAT
gi|74592 : TTAAGGGTAGTTCCCTACTC-AACAAAAATTTTG-TTTA--AAGT-A---TG-T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------ATT---------A-AAG---G--CAAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-GCTT-TA----CTTTT--T-G-AC-TAGAAT-C--TC--AG-AAGACA-----T-A-T---A--TGTTAC---CC-TTTT---TCATTG--T-AAAT-TTCA-CCT-G-ACC--A-TC--AAT-ATTTT
gi|74593 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAG-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--AAG-T------AAC------AAAA-AAG---TC-CAAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-
gi|74594 : TTATGG-TAGGTCCCTGCTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--CAGT-A---T--T-GTTT
gi|74595 : TTAAGG------CCCTACTCCGACAGAA-TTTTGTTTTAGTAAGT-A------T-GTTTT-TT-CCTTGATGATC-A-TATTTA-AGAA-TAGCACCTTTAATG-TATTGTAAACCAACTTAGAA-AAG---GC-ACAAA-A-A--TAACACA-CTTT---TGTCTCG-TTGTA----CTTTTC-A-G-ACATAGAAT-CGGTCA-GA-ATAACATAGTTT-A-T---A--CCT--C---CC-TTCTCA-TCATAGAATGAAGT-TCCA-CCT-G-A-CAAA-TC---AT-ATTTGGC--
gi|74596 : TTAAGG-TAGGTCCCTACCC-GACAATG-TTTTG-GTAA--AAGT-A---T--A-GTTTTTAT-CCTTGA--A---A-TCATT--AGAATTACCACC-T--ATT-T------AAC------TTAA-AAG---GC-AAATA-A-A--T-A
gi|74596 : AAA-A-A--T-ACAAATC-CTATGTGCCTAG-TT-T------TTTTT-T-T-AC-CAGAAT-C--TCC-AA-AAGACA-----T-A-T-----------T---CT-TTC----TCATTA---AAAATGTTAA-CCaatagataaataaataaataatgaataaaaatacaaatcctatgtgcctagttttttttttaccagaatctccaaaagacatattctttctcattaaaaatgttaaccaaactagatctcaacacaatat
gi|74597 : ttaaggtaggtccctacccgacaatgttttggtaaaagtatagtttttatccttgaaatcattagaattaccacctatttaacttaaaaggcaaataaataaatagataaataaataaataatgaatTTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTaaactagatctcaacacaatat
gi|74598 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAG-TTT
gi|74599 : AAGG-TAGGCCCTTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGTTA---T--T-GTTTTCTTTCCTTGT--T---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-TT-----AAC------AAAA-AAG---GC-CAAAAAA-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTGTC-T-GAAC-TAGAAT-C--TCACAGAAAGACA-----T-A-TTACA--C----C---CC-TTTT-A-TCACTG--TAAATT-TACA-CCT-G-A-CA-A-TC--AAT-ATTTTGC--AGATAT
gi|74600 : AAGG-TAGGTC---------ACAAAA-CTTTG-TTAA--AAG--A---T--T---TTTCTTGCCTTTA--A---A--ATT---AGAA-TAAGACCTT--ATG---------AC------AAAA-AAG---GCGCAAAA-A-AAGT-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTGTC-T-G----CAGAAA-C--TC--AG-AAGACA-------------A--C----C---CC-TTTT-A-TCA-----TGAA---TTCG-ACT-G-A----G-TC--AATGATTTTGCTGATAT
gi|74601 : AATG-TAGGTCTCTACTC-GGCAATA-TTTTA-GTTG--AGGT-ATAGT--T-GTTTTTTT-
gi|74601 : AAC-A-A--T-GCACC-T-CT---TGACA-G-CT-TA----CTTTTC-T-G-GC-CAGAAT-C--TCC-GG-AAGACA-----T-A-T---CCTC----C---CT-TTTT-A-TCAAT-----AACT-TTTA-ACC-A-A-A--A-GC--ATT-ATTTTCA--ATATgtgcaacaatgcacctcttgacagcttacttttctggccagaatctccggaagacatatcctccctttttatcaataacttttaaccaaaagcattattttcaatat
gi|74602 : aatgtaggtctctactcggcaatattttagttgaggtatagttgtttttttgtgcG-TAGGTTTCCACAC-GGCAATA-TTTTA-GTTA--AAGT-A---TACTAGTTTTTGT-----GA--A---A-TCATT--AGAA-TAA-ACCCT--GTG-T------AAC------TAAA-AAG---GA-CGAAG-A----T-ACA------------------TT-TA----CTTTTC-T-G-AC--AGAAT-C--TCC-TG-AAGACA-----T-A-T---G--C----C---CC-TTTT-
gi|74603 : AA-TTTTG-TTTA--AAGT-----T--T-GTTTT--T-CCT-GA--A---A-TGTGT--TG---TAAAAC-TT--ATGGT------AAC------AAGA-AAATTAGC----AA-A-A------ACA-C-CC---TGACT-G-TT-TA----CTTTTC-TGG-AC-T-GAATGC--TC--AG-AAGACA-----TAA-T---A--C----C---CC-CTTT-T-TTCCTG--TTAATT-TTCA-CCTGG-G-C--A-TC--AGT-GTTTTG
gi|74604 : TT-CCTTGA--AGGTA-TATTTTTAGAA-TTACACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-AAGT--GC-CAAAA-G-A--T-ACACA-C-CT---TGAC--G-CT-TAATCTTTTTTC-T-G-GT-T-GAAT-C--TCA-AG-AAGAC------T-ATT---A--C----CTTTCC-CTTT-AGTCATTG--TAA
gi|74605 : T-CCTTGA--A---A-TGTTT--AGAA-TAACAACTT--ATA-T------AAC------AAAAAAAG---GC-CAAGA-C-A--T-ACACA-C-CT---AGACT-G-TT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CCTTTCA-A-TCATTG--TAAAAT-TACA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGC--AGATAT
gi|74606 : ---GC-CAAAA-A-A--T-ACACA-T-CT---TGACT-G-TT-TA----CTGTTC-T-A-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-C---AT-C----C---CC-TTCT-A-TCAATG--
Alignments
lowQualScore : 11111111111 11
lowQualScore : 1 1 1 2 22 2 333 44 4 3 3 2 22 666 2 44 2 22 2 777777 555555 2 555 1 1 1 22 1 1 1 333 3 1 1 4444 1 1 1 1 1 22 33 1 44444 1 1 11111111111 555 1 1 2 2 22 0 2 2 2 2 2 55 2 33 2 44
lowQualScore : . . . . .. . ... .. . . . . .. ... . .. . .. . ...... ...... . ... . . . .. . . . ... . . . .... . . . . . .. .. . ..... . . ........... ... . . . . .. . . . . . . .. . .. . ..
lowQualScore : 9 9 8 0 88 0 555 88 0 9 8 0 88 222 0 88 0 88 0 888888 888888 0 222 9 7 7 44 7 8 8 222 6 8 9 0000 9 9 9 9 9 66 33 9 88888 9 9 11111111111 222 9 9 0 8 88 4 2 2 4 4 4 66 4 22 4 77
consensus : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-AAG---GC-CAAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CC-TTCT-A-TCATTG--TAAAAT-TTCA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGC--ATATAT
Reference ( family-719 ) : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-AAG---GC-CAAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CC-TTCT-A-TCATTG--TAAAAT-TTCA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGC--ATATAT
gi|74582 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAGCACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-GAG---GC-CACGA-A-A--T-ACACA-C-CA---TGACT-G-CT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CC-TTCT-A-TCAATG--TAAAAT-TTGA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATCTTGC--ATATAT
gi|74583 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTT-CTT-CCT--G--A---A-TAATT--AGAA-TAGCACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-GAG----C-CACGA-A-A--T-ACACA-C-CA---TGACT-G-CT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CC-TTCT-A-TCAATG--TAAAAT-TTGA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATCTTGC--ATATAT
gi|74584 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTT-CTT-CCT--G--A---A-TAATT--AGAA-TAGCACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-GAG----C-CACGA-A-A--T-ACACA-C-CA---TGACT-G-CT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CC-TTCT-A-TCAATG--TAAAAT-TTGA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATCTTGC--ATATAT
gi|74585 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAG--A---T--T-GTTT-CTT-CCT--G--A---A-TATT---AGAA-TAGCACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-GAG----C-CACGA-A-A--T-ACACA-C-CA---TGACT-G-CT-TA----CTTT-C-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CC-TTCT-A-TCAATG--TAAAAT-TTGA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATCTTGC--ATATAT
gi|74586 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAA--TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAATACATT--AAG-T------AAC------AAAA--AG---GC-CAAAG-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CT-TTCT-A-TCATTG--TAAAAT-TTCA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGCCAATAT
gi|74587 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTT-AGCAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------AAT------AAAA-AAG---GC-CAAAA-A-A--T-ACATA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTATC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AA-AAGACA-----T-A-T---A--C----CT--CC-TTTT-A-TCATTG--TAAAAT-TTCA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGCTGATAT
gi|74588 : TTAAGG-TAGGCCCCTACTC-GGCAAAA-TTT-G-TTTA--AAGT-A---T----GTTT-CTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAAC--CTT--ATG-T------AAC------AAAA-AAA---GC-CAAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---AC-C----C---CC-TTTT-A-TCCTTG--TAAAAT-TTCA-CCG-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGC--AGATAT
gi|74589 : TTAAGG-TAGGCCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-AAG---GC-CAAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAGC-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---GC-C----C---CC-TTTT-A-TCCTTG--TAAAAT-TCCATCCT-GAA-C--AGTCAAAAT-ATTTTGC--
gi|74590 : TTAAGG-TAGGTCCCCACTC-AACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--TTGTTTTTTT-CCTTGA--A---ACTATTT--AGAA-TAATACATT--AAG-T------AAC-------AAA-AAG---GC-CAAAA-ACA--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TT----CTTTTCTT-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-G-T---A--CA---C---CC-TTCT-A-TCATTG--TAAAAT-TTCA-CCT-G-A-T--A-TC--AAT-A-TTTGCCGATAT
gi|74591 : TTAAGG-TAGGTCCATAC----ACTCAA-TTTTT-TTTA--AAGT-A---A--T-GTTT-CTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-AAG---GC-CTAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CCTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-TC--C--C----C---CC-TTCT-A-TCATTG--T-AAAT-TTCA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGC--AGATAT
gi|74592 : TTAAGGGTAGTTCCCTACTC-AACAAAAATTTTG-TTTA--AAGT-A---TG-T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------ATT---------A-AAG---G--CAAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-GCTT-TA----CTTTT--T-G-AC-TAGAAT-C--TC--AG-AAGACA-----T-A-T---A--TGTTAC---CC-TTTT---TCATTG--T-AAAT-TTCA-CCT-G-ACC--A-TC--AAT-ATTTT
gi|74593 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAG-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--AAG-T------AAC------AAAA-AAG---TC-CAAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-
gi|74594 : TTATGG-TAGGTCCCTGCTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--CAGT-A---T--T-GTTT
gi|74595 : TTAAGG------CCCTACTCCGACAGAA-TTTTGTTTTAGTAAGT-A------T-GTTTT-TT-CCTTGATGATC-A-TATTTA-AGAA-TAGCACCTTTAATG-TATTGTAAACCAACTTAGAA-AAG---GC-ACAAA-A-A--TAACACA-CTTT---TGTCTCG-TTGTA----CTTTTC-A-G-ACATAGAAT-CGGTCA-GA-ATAACATAGTTT-A-T---A--CCT--C---CC-TTCTCA-TCATAGAATGAAGT-TCCA-CCT-G-A-CAAA-TC---AT-ATTTGGC--
gi|74596 : TTAAGG-TAGGTCCCTACCC-GACAATG-TTTTG-GTAA--AAGT-A---T--A-GTTTTTAT-CCTTGA--A---A-TCATT--AGAATTACCACC-T--ATT-T------AAC------TTAA-AAG---GC-AAATA-A-A--T-A
gi|74596 : AAA-A-A--T-ACAAATC-CTATGTGCCTAG-TT-T------TTTTT-T-T-AC-CAGAAT-C--TCC-AA-AAGACA-----T-A-T-----------T---CT-TTC----TCATTA---AAAATGTTAA-CCaatagataaataaataaataatgaataaaaatacaaatcctatgtgcctagttttttttttaccagaatctccaaaagacatattctttctcattaaaaatgttaaccaaactagatctcaacacaatat
gi|74597 : ttaaggtaggtccctacccgacaatgttttggtaaaagtatagtttttatccttgaaatcattagaattaccacctatttaacttaaaaggcaaataaataaatagataaataaataaataatgaatTTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTaaactagatctcaacacaatat
gi|74598 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAG-TTT
gi|74599 : AAGG-TAGGCCCTTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGTTA---T--T-GTTTTCTTTCCTTGT--T---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-TT-----AAC------AAAA-AAG---GC-CAAAAAA-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTGTC-T-GAAC-TAGAAT-C--TCACAGAAAGACA-----T-A-TTACA--C----C---CC-TTTT-A-TCACTG--TAAATT-TACA-CCT-G-A-CA-A-TC--AAT-ATTTTGC--AGATAT
gi|74600 : AAGG-TAGGTC---------ACAAAA-CTTTG-TTAA--AAG--A---T--T---TTTCTTGCCTTTA--A---A--ATT---AGAA-TAAGACCTT--ATG---------AC------AAAA-AAG---GCGCAAAA-A-AAGT-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTGTC-T-G----CAGAAA-C--TC--AG-AAGACA-------------A--C----C---CC-TTTT-A-TCA-----TGAA---TTCG-ACT-G-A----G-TC--AATGATTTTGCTGATAT
gi|74601 : AATG-TAGGTCTCTACTC-GGCAATA-TTTTA-GTTG--AGGT-ATAGT--T-GTTTTTTT-
gi|74601 : AAC-A-A--T-GCACC-T-CT---TGACA-G-CT-TA----CTTTTC-T-G-GC-CAGAAT-C--TCC-GG-AAGACA-----T-A-T---CCTC----C---CT-TTTT-A-TCAAT-----AACT-TTTA-ACC-A-A-A--A-GC--ATT-ATTTTCA--ATATgtgcaacaatgcacctcttgacagcttacttttctggccagaatctccggaagacatatcctccctttttatcaataacttttaaccaaaagcattattttcaatat
gi|74602 : aatgtaggtctctactcggcaatattttagttgaggtatagttgtttttttgtgcG-TAGGTTTCCACAC-GGCAATA-TTTTA-GTTA--AAGT-A---TACTAGTTTTTGT-----GA--A---A-TCATT--AGAA-TAA-ACCCT--GTG-T------AAC------TAAA-AAG---GA-CGAAG-A----T-ACA------------------TT-TA----CTTTTC-T-G-AC--AGAAT-C--TCC-TG-AAGACA-----T-A-T---G--C----C---CC-TTTT-
gi|74603 : AA-TTTTG-TTTA--AAGT-----T--T-GTTTT--T-CCT-GA--A---A-TGTGT--TG---TAAAAC-TT--ATGGT------AAC------AAGA-AAATTAGC----AA-A-A------ACA-C-CC---TGACT-G-TT-TA----CTTTTC-TGG-AC-T-GAATGC--TC--AG-AAGACA-----TAA-T---A--C----C---CC-CTTT-T-TTCCTG--TTAATT-TTCA-CCTGG-G-C--A-TC--AGT-GTTTTG
gi|74604 : TT-CCTTGA--AGGTA-TATTTTTAGAA-TTACACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-AAGT--GC-CAAAA-G-A--T-ACACA-C-CT---TGAC--G-CT-TAATCTTTTTTC-T-G-GT-T-GAAT-C--TCA-AG-AAGAC------T-ATT---A--C----CTTTCC-CTTT-AGTCATTG--TAA
gi|74605 : T-CCTTGA--A---A-TGTTT--AGAA-TAACAACTT--ATA-T------AAC------AAAAAAAG---GC-CAAGA-C-A--T-ACACA-C-CT---AGACT-G-TT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CCTTTCA-A-TCATTG--TAAAAT-TACA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGC--AGATAT
gi|74606 : ---GC-CAAAA-A-A--T-ACACA-T-CT---TGACT-G-TT-TA----CTGTTC-T-A-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-C---AT-C----C---CC-TTCT-A-TCAATG--
blockSeqs : G C A T GT T TAG AC T T T T TG GGT C TT T TA G ATTGTA CAACTT A TTA G A C AG A T T ATG C C G ATCT T G A A G GG AC A TAGTT A T ATGTTA TTT T C G A AA G T G A C AA G AA G CA
blockSeqs : . . . . . . . G A T G T . TC . A . . . T . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . TACAC T . . . A . . . . . . A . . . TG
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . ACCT . . . . A . . . . . . . . . . CG
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . CCTC . . . . T . . . . . . . . . . TG
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . ACC . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . GCC . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . ACA . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . CCC . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . ATC . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . AC . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . AC . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . AC . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . AC . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . AC . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . AC . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . GC . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . AC . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-AAG---GC-CAAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CC-TTCT-A-TCATTG--TAAAAT-TTCA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGC--ATATAT
finalCons : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-AAG---GC-CAAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CC-TTCT-A-TCATTG--TAAAAT-TTCA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGC--ATATAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111 11
lowQualScore : 1 1 1 2 22 2 333 44 4 3 3 2 22 666 2 44 2 22 2 777777 555555 2 555 1 1 1 22 1 1 1 333 3 1 1 4444 1 1 1 1 1 22 33 1 44444 1 1 11111111111 555 1 1 2 2 22 0 2 2 2 2 2 55 2 33 2 44
lowQualScore : . . . . .. . ... .. . . . . .. ... . .. . .. . ...... ...... . ... . . . .. . . . ... . . . .... . . . . . .. .. . ..... . . ........... ... . . . . .. . . . . . . .. . .. . ..
lowQualScore : 9 9 8 0 88 0 555 88 0 9 8 0 88 222 0 88 0 88 0 888888 888888 0 222 9 7 7 44 7 8 8 222 6 8 9 0000 9 9 9 9 9 66 33 9 88888 9 9 11111111111 222 9 9 0 8 88 4 2 2 4 4 4 66 4 22 4 77
consensus : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-AAG---GC-CAAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CC-TTCT-A-TCATTG--TAAAAT-TTCA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGC--ATATAT
Reference ( family-719 ) : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-AAG---GC-CAAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CC-TTCT-A-TCATTG--TAAAAT-TTCA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGC--ATATAT
gi|74582 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAGCACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-GAG---GC-CACGA-A-A--T-ACACA-C-CA---TGACT-G-CT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CC-TTCT-A-TCAATG--TAAAAT-TTGA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATCTTGC--ATATAT
gi|74583 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTT-CTT-CCT--G--A---A-TAATT--AGAA-TAGCACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-GAG----C-CACGA-A-A--T-ACACA-C-CA---TGACT-G-CT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CC-TTCT-A-TCAATG--TAAAAT-TTGA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATCTTGC--ATATAT
gi|74584 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTT-CTT-CCT--G--A---A-TAATT--AGAA-TAGCACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-GAG----C-CACGA-A-A--T-ACACA-C-CA---TGACT-G-CT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CC-TTCT-A-TCAATG--TAAAAT-TTGA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATCTTGC--ATATAT
gi|74585 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAG--A---T--T-GTTT-CTT-CCT--G--A---A-TATT---AGAA-TAGCACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-GAG----C-CACGA-A-A--T-ACACA-C-CA---TGACT-G-CT-TA----CTTT-C-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CC-TTCT-A-TCAATG--TAAAAT-TTGA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATCTTGC--ATATAT
gi|74586 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAA--TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAATACATT--AAG-T------AAC------AAAA--AG---GC-CAAAG-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CT-TTCT-A-TCATTG--TAAAAT-TTCA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGCCAATAT
gi|74587 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTT-AGCAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------AAT------AAAA-AAG---GC-CAAAA-A-A--T-ACATA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTATC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AA-AAGACA-----T-A-T---A--C----CT--CC-TTTT-A-TCATTG--TAAAAT-TTCA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGCTGATAT
gi|74588 : TTAAGG-TAGGCCCCTACTC-GGCAAAA-TTT-G-TTTA--AAGT-A---T----GTTT-CTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAAC--CTT--ATG-T------AAC------AAAA-AAA---GC-CAAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---AC-C----C---CC-TTTT-A-TCCTTG--TAAAAT-TTCA-CCG-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGC--AGATAT
gi|74589 : TTAAGG-TAGGCCCCTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-AAG---GC-CAAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAGC-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---GC-C----C---CC-TTTT-A-TCCTTG--TAAAAT-TCCATCCT-GAA-C--AGTCAAAAT-ATTTTGC--
gi|74590 : TTAAGG-TAGGTCCCCACTC-AACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--TTGTTTTTTT-CCTTGA--A---ACTATTT--AGAA-TAATACATT--AAG-T------AAC-------AAA-AAG---GC-CAAAA-ACA--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TT----CTTTTCTT-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-G-T---A--CA---C---CC-TTCT-A-TCATTG--TAAAAT-TTCA-CCT-G-A-T--A-TC--AAT-A-TTTGCCGATAT
gi|74591 : TTAAGG-TAGGTCCATAC----ACTCAA-TTTTT-TTTA--AAGT-A---A--T-GTTT-CTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-AAG---GC-CTAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CCTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-TC--C--C----C---CC-TTCT-A-TCATTG--T-AAAT-TTCA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGC--AGATAT
gi|74592 : TTAAGGGTAGTTCCCTACTC-AACAAAAATTTTG-TTTA--AAGT-A---TG-T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-T------ATT---------A-AAG---G--CAAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-GCTT-TA----CTTTT--T-G-AC-TAGAAT-C--TC--AG-AAGACA-----T-A-T---A--TGTTAC---CC-TTTT---TCATTG--T-AAAT-TTCA-CCT-G-ACC--A-TC--AAT-ATTTT
gi|74593 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAG-TTTTG-TTTA--AAGT-A---T--T-GTTTTCTT-CCTTGA--A---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--AAG-T------AAC------AAAA-AAG---TC-CAAAA-A-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-
gi|74594 : TTATGG-TAGGTCCCTGCTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--CAGT-A---T--T-GTTT
gi|74595 : TTAAGG------CCCTACTCCGACAGAA-TTTTGTTTTAGTAAGT-A------T-GTTTT-TT-CCTTGATGATC-A-TATTTA-AGAA-TAGCACCTTTAATG-TATTGTAAACCAACTTAGAA-AAG---GC-ACAAA-A-A--TAACACA-CTTT---TGTCTCG-TTGTA----CTTTTC-A-G-ACATAGAAT-CGGTCA-GA-ATAACATAGTTT-A-T---A--CCT--C---CC-TTCTCA-TCATAGAATGAAGT-TCCA-CCT-G-A-CAAA-TC---AT-ATTTGGC--
gi|74596 : TTAAGG-TAGGTCCCTACCC-GACAATG-TTTTG-GTAA--AAGT-A---T--A-GTTTTTAT-CCTTGA--A---A-TCATT--AGAATTACCACC-T--ATT-T------AAC------TTAA-AAG---GC-AAATA-A-A--T-A
gi|74596 : AAA-A-A--T-ACAAATC-CTATGTGCCTAG-TT-T------TTTTT-T-T-AC-CAGAAT-C--TCC-AA-AAGACA-----T-A-T-----------T---CT-TTC----TCATTA---AAAATGTTAA-CCaatagataaataaataaataatgaataaaaatacaaatcctatgtgcctagttttttttttaccagaatctccaaaagacatattctttctcattaaaaatgttaaccaaactagatctcaacacaatat
gi|74597 : ttaaggtaggtccctacccgacaatgttttggtaaaagtatagtttttatccttgaaatcattagaattaccacctatttaacttaaaaggcaaataaataaatagataaataaataaataatgaatTTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAA-TTaaactagatctcaacacaatat
gi|74598 : TTAAGG-TAGGTCCCTACTC-GACAAAG-TTT
gi|74599 : AAGG-TAGGCCCTTACTC-GACAAAA-TTTTG-TTTA--AAGTTA---T--T-GTTTTCTTTCCTTGT--T---A-TATTT--AGAA-TAACACCTT--ATG-TT-----AAC------AAAA-AAG---GC-CAAAAAA-A--T-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTGTC-T-GAAC-TAGAAT-C--TCACAGAAAGACA-----T-A-TTACA--C----C---CC-TTTT-A-TCACTG--TAAATT-TACA-CCT-G-A-CA-A-TC--AAT-ATTTTGC--AGATAT
gi|74600 : AAGG-TAGGTC---------ACAAAA-CTTTG-TTAA--AAG--A---T--T---TTTCTTGCCTTTA--A---A--ATT---AGAA-TAAGACCTT--ATG---------AC------AAAA-AAG---GCGCAAAA-A-AAGT-ACACA-C-CT---TGACT-G-TT-TA----CTTGTC-T-G----CAGAAA-C--TC--AG-AAGACA-------------A--C----C---CC-TTTT-A-TCA-----TGAA---TTCG-ACT-G-A----G-TC--AATGATTTTGCTGATAT
gi|74601 : AATG-TAGGTCTCTACTC-GGCAATA-TTTTA-GTTG--AGGT-ATAGT--T-GTTTTTTT-
gi|74601 : AAC-A-A--T-GCACC-T-CT---TGACA-G-CT-TA----CTTTTC-T-G-GC-CAGAAT-C--TCC-GG-AAGACA-----T-A-T---CCTC----C---CT-TTTT-A-TCAAT-----AACT-TTTA-ACC-A-A-A--A-GC--ATT-ATTTTCA--ATATgtgcaacaatgcacctcttgacagcttacttttctggccagaatctccggaagacatatcctccctttttatcaataacttttaaccaaaagcattattttcaatat
gi|74602 : aatgtaggtctctactcggcaatattttagttgaggtatagttgtttttttgtgcG-TAGGTTTCCACAC-GGCAATA-TTTTA-GTTA--AAGT-A---TACTAGTTTTTGT-----GA--A---A-TCATT--AGAA-TAA-ACCCT--GTG-T------AAC------TAAA-AAG---GA-CGAAG-A----T-ACA------------------TT-TA----CTTTTC-T-G-AC--AGAAT-C--TCC-TG-AAGACA-----T-A-T---G--C----C---CC-TTTT-
gi|74603 : AA-TTTTG-TTTA--AAGT-----T--T-GTTTT--T-CCT-GA--A---A-TGTGT--TG---TAAAAC-TT--ATGGT------AAC------AAGA-AAATTAGC----AA-A-A------ACA-C-CC---TGACT-G-TT-TA----CTTTTC-TGG-AC-T-GAATGC--TC--AG-AAGACA-----TAA-T---A--C----C---CC-CTTT-T-TTCCTG--TTAATT-TTCA-CCTGG-G-C--A-TC--AGT-GTTTTG
gi|74604 : TT-CCTTGA--AGGTA-TATTTTTAGAA-TTACACCTT--ATG-T------AAC------AAAA-AAGT--GC-CAAAA-G-A--T-ACACA-C-CT---TGAC--G-CT-TAATCTTTTTTC-T-G-GT-T-GAAT-C--TCA-AG-AAGAC------T-ATT---A--C----CTTTCC-CTTT-AGTCATTG--TAA
gi|74605 : T-CCTTGA--A---A-TGTTT--AGAA-TAACAACTT--ATA-T------AAC------AAAAAAAG---GC-CAAGA-C-A--T-ACACA-C-CT---AGACT-G-TT-TA----CTTTTC-T-G-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-T---A--C----C---CCTTTCA-A-TCATTG--TAAAAT-TACA-CCT-G-A-C--A-TC--AAT-ATTTTGC--AGATAT
gi|74606 : ---GC-CAAAA-A-A--T-ACACA-T-CT---TGACT-G-TT-TA----CTGTTC-T-A-AC-TAGAAT-C--TCA-AG-AAGACA-----T-A-C---AT-C----C---CC-TTCT-A-TCAATG--