lowQualScore : 22 1 1 1 55 1 1 22 22 1 3 22 1 3 1 44 1 4 1 3333 3 66 1 1 44 2 2 2 55 2 2 55 2 2 2 2 1 4444 9999 33 33 9 3
lowQualScore : .. . . . .. . . .. .. . . .. . . . .. . . . .... . .. . . .. . . . .. . . .. . . . . . .... .... .. .. . .
lowQualScore : 55 8 8 7 99 7 7 44 44 7 5 44 7 3 7 00 7 3 7 5555 3 99 7 7 55 1 1 2 33 2 2 33 2 2 2 2 4 7777 3333 44 77 2 1
consensus : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TTATCTCA--TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--ACCAA-GAA
Reference ( gi|116922 ) : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TTATCTCA--TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--ACCAA-GAA
gi|116920 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TTATCTCA--TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TAA----T-C--C--CCAAT--ACAAA-GAA
gi|116924 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TTATCTCA--TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-
gi|116925 : TTGA--T-ATA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-AC-A--A-CAATA-G----AT-GT--TCT-AT-TTCTCTCA--TTCC-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T----C--CCAAT--ACCAA-GAA
gi|116929 : TTGA--T-GGA-G-CA--AA-TAT-C--ATAA-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TTATC-CA--TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-TG--T-TTT-GAA----GA----T-C--C--CCAAT--AACAA-AAA
gi|116923 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TA-----A--C-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TTATCTCA--TTCC-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG----TTT-GAG-A-T-A----T-C--C--CCAAT--ACAAA-
gi|116931 : TTGA--T-AGA-GACA--AA-TAT-C--A--A-G-TC--A-C-GC-AT-A-TAA---G----AT-AT--TCT-AT-TTATCTCA--TTCA-C-TCTGCC--AT--CGCT-TT-AG--T-TT--GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--AACAA-GAA
gi|116927 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--AAC-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TTATCTC---TTCA-CTTCTGTC-TATTGCACT-TT-AGT-T-TTT-GAG-A-TAA----T----C--CCAAT--ACCAA-AA
gi|116928 : TTGA--T-AGA-G-CAT-AA-TATTC--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TC--AT-TTATCTCA--TTCA-C-TCTGGC-TAT--CACT-TT-A-----TTT-GAGCA-TAA----T----C--CCAAT--A-CAA-GAAgaa
gi|116930 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TCCGA-CCGC-A--AATAATA-G----AA-TT--TCT-AT-TTATCTCA--T-CA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-G-G-A-TAA----T----C--CCAAT--A--AA-GAA
gi|116932 : TTTA--T-AGG-G-CA--AA-TAT----------------------------AATA-G----AT-AT--TCT-AT-TTATCCCA--TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACG-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--AACAA-GAA
gi|116933 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-T-ATA-G----AT-GC--TCT-AT-TTATCTCA--T--A-C-TTT------T--TTCT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--A
gi|116934 : TTGA--T-AGG-G-CA--AAATAT-C--A--A-AATC--A-C-GG-C--A-TAATA-G----ATTAT--TCT-AT-TT-TCTCCCCTTCA-C-TCTGCCCTAT--CCGT-TT-AG--T-TTTTGAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--AACAATGAA
gi|116935 : TTGA--T-AGG-G-CACAAA-TAT-CCAA--A-A-TC--A-C-GC-C--A-AAATAAG----ATCAT--TCT-AT-TTTCCTCCC-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACG-TT-AGCTT-TTT-GAG-A-TGA----T-C--CAACCAA
gi|116936 : TTGAATT-AGGCG-CA--AA-TAT-C--A--A-ACTC--A-C-GCTA--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-----TATCTCA--TTCA-A-TCTGCC-TAT--CACTCTT-GT--T-TTT-GAG-AGTGAATTGT-C--C--CAGAT--Aataa
gi|116937 : TTGA--TTAGA-G-GC--AA-TAT-C--A--A---TC--A-CCGC-A--A-TAATA-A----G----------AT-TTATCTCA--GTCA-C-TCTGCT-TAT--CACT-TTGAG--TCTTT-GAG---TAA----TCC--C--CCAATTAACAAA-GAA
gi|116939 : TTGA--T-AGA-G--A--AA-GAT-C--A--A-A-TC----C-GC-AATA-TAGTA-G----A--AT--TCTAATATTA-CT-A--TTCATC-TCTGCC--ATC-CACT-TT-TA--T-TTT-GAG-A-TTA----C-CCAC--CTAAT--A-CAA-GAA
gi|116921 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-T-ATA-G----AT-ATCCTCC-AT-TTATCTGA--T
gi|116940 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-AC-A--A-T-ATA-G----AT-AT--CCT-CT-ATATCTCA--T
gi|116941 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-T-ATA-G----AT-ATCCTCT-AT-ATACCT
gi|116938 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--G-C-GC-A--A-T-ATA-G----AT-ATCCTCT-AT-TGATC
gi|116926 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C-----A-A-TC--A-C-GC-A--A-T-ATA-G----AT-AT--CCT-CT-ATATCT
gi|116942 : TGA--T-AGA-G-CAG-AA-TAT-C--A--ACA-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TTA--TCA--TTCA-C-TTCGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-T-A----C-T--C--CCAAT--ACAAA-GA
gi|116943 : -CA--AC-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TA-TA-G----AT-AT--CCT-AT-TTATCTCA--TTCA-C-TCTGC
gi|116944 : -C-GC-A--A-TTATA-ATTATAT-GT--TCC-AT-GTGTCTCG--TTTG-C-TCTTTT-TAT--CACT-TT-AG--T-TTC-GAG-A-TGA----
Alignments
lowQualScore : 22 1 1 1 55 1 1 22 22 1 3 22 1 3 1 33 1 3 1 3333 3 66 1 1 1 1 2 2 2 55 2 2 55 2 2 2 2 0 4444 8888 33 33 7 2
lowQualScore : .. . . . .. . . .. .. . . .. . . . .. . . . .... . .. . . . . . . . .. . . .. . . . . . .... .... .. .. . .
lowQualScore : 44 7 7 7 66 7 7 33 33 7 3 33 6 2 6 88 6 8 6 4444 2 66 6 6 6 8 0 0 1 00 1 1 00 1 1 1 1 8 5555 2222 22 44 9 9
consensus : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--ACCAA-GAA
Reference ( family-717 ) : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--ACCAA-GAA
gi|116920 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TAA----T-C--C--CCAAT--ACAAA-GAA
gi|116921 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-T-ATA-G----AT-ATCCTCC-AT-TT-ATCTGA-T
gi|116922 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--ACCAA-GAA
gi|116923 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TA-----A--C-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCC-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG----TTT-GAG-A-T-A----T-C--C--CCAAT--ACAAA-
gi|116924 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-
gi|116925 : TTGA--T-ATA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-AC-A--A-CAATA-G----AT-GT--TCT-AT-TT-CTCTCA-TTCC-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T----C--CCAAT--ACCAA-GAA
gi|116926 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C-----A-A-TC--A-C-GC-A--A-T-ATA-G----AT-AT--CCT-CT-AT-ATCT
gi|116927 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--AAC-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTC--TTCA-CTTCTGTC-TATTGCACT-TT-AGT-T-TTT-GAG-A-TAA----T----C--CCAAT--ACCAA-AA
gi|116928 : TTGA--T-AGA-G-CAT-AA-TATTC--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TC--AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGGC-TAT--CACT-TT-A-----TTT-GAGCA-TAA----T----C--CCAAT--A-CAA-GAAgaa
gi|116929 : TTGA--T-GGA-G-CA--AA-TAT-C--ATAA-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATC-CA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-TG--T-TTT-GAA----GA----T-C--C--CCAAT--AACAA-AAA
gi|116930 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TCCGA-CCGC-A--AATAATA-G----AA-TT--TCT-AT-TT-ATCTCA-T-CA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-G-G-A-TAA----T----C--CCAAT--A--AA-GAA
gi|116931 : TTGA--T-AGA-GACA--AA-TAT-C--A--A-G-TC--A-C-GC-AT-A-TAA---G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGCC--AT--CGCT-TT-AG--T-TT--GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--AACAA-GAA
gi|116932 : TTTA--T-AGG-G-CA--AA-TAT----------------------------AATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCCCA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACG-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--AACAA-GAA
gi|116933 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-T-ATA-G----AT-GC--TCT-AT-TT-ATCTCA-T--A-C-TTT------T--TTCT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--A
gi|116934 : TTGA--T-AGG-G-CA--AAATAT-C--A--A-AATC--A-C-GG-C--A-TAATA-G----ATTAT--TCT-AT-TTTCTCCCC-TTCA-C-TCTGCCCTAT--CCGT-TT-AG--T-TTTTGAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--AACAATGAA
gi|116935 : TTGA--T-AGG-G-CACAAA-TAT-CCAA--A-A-TC--A-C-GC-C--A-AAATAAG----ATCAT--TCT-AT-TT-TCCTCCCTTCA-C-TCTGCC-TAT--CACG-TT-AGCTT-TTT-GAG-A-TGA----T-C--CAACCAA
gi|116936 : TTGAATT-AGGCG-CA--AA-TAT-C--A--A-ACTC--A-C-GCTA--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-----T-ATCTCA-TTCA-A-TCTGCC-TAT--CACTCTT-GT--T-TTT-GAG-AGTGAATTGT-C--C--CAGAT--Aataa
gi|116937 : TTGA--TTAGA-G-GC--AA-TAT-C--A--A---TC--A-CCGC-A--A-TAATA-A----G----------AT-TT-ATCTCA-GTCA-C-TCTGCT-TAT--CACT-TTGAG--TCTTT-GAG---TAA----TCC--C--CCAATTAACAAA-GAA
gi|116938 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--G-C-GC-A--A-T-ATA-G----AT-ATCCTCT-AT-TG-ATC
gi|116939 : TTGA--T-AGA-G--A--AA-GAT-C--A--A-A-TC----C-GC-AATA-TAGTA-G----A--AT--TCTAATATT-A-CT-A-TTCATC-TCTGCC--ATC-CACT-TT-TA--T-TTT-GAG-A-TTA----C-CCAC--CTAAT--A-CAA-GAA
gi|116940 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-AC-A--A-T-ATA-G----AT-AT--CCT-CT-AT-ATCTCA-T
gi|116941 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-T-ATA-G----AT-ATCCTCT-AT-AT-ACCT
gi|116942 : TGA--T-AGA-G-CAG-AA-TAT-C--A--ACA-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-A--TCA-TTCA-C-TTCGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-T-A----C-T--C--CCAAT--ACAAA-GA
gi|116943 : -CA--AC-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TA-TA-G----AT-AT--CCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGC
gi|116944 : -C-GC-A--A-TTATA-ATTATAT-GT--TCC-AT-GT-GTCTCG-TTTG-C-TCTTTT-TAT--CACT-TT-AG--T-TTC-GAG-A-TGA----
Alignments
lowQualScore : 22 1 1 1 55 1 1 22 22 1 3 22 1 3 1 33 1 3 1 3333 3 66 1 1 1 1 2 2 2 55 2 2 55 2 2 2 2 0 4444 8888 33 33 7 2
lowQualScore : .. . . . .. . . .. .. . . .. . . . .. . . . .... . .. . . . . . . . .. . . .. . . . . . .... .... .. .. . .
lowQualScore : 44 7 7 7 66 7 7 33 33 7 3 33 6 2 6 88 6 8 6 4444 2 66 6 6 6 8 0 0 1 00 1 1 00 1 1 1 1 8 5555 2222 22 44 9 9
consensus : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--ACCAA-GAA
Reference ( family-717 ) : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--ACCAA-GAA
gi|116920 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TAA----T-C--C--CCAAT--ACAAA-GAA
gi|116921 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-T-ATA-G----AT-ATCCTCC-AT-TT-ATCTGA-T
gi|116922 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--ACCAA-GAA
gi|116923 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TA-----A--C-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCC-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG----TTT-GAG-A-T-A----T-C--C--CCAAT--ACAAA-
gi|116924 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-
gi|116925 : TTGA--T-ATA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-AC-A--A-CAATA-G----AT-GT--TCT-AT-TT-CTCTCA-TTCC-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T----C--CCAAT--ACCAA-GAA
gi|116926 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C-----A-A-TC--A-C-GC-A--A-T-ATA-G----AT-AT--CCT-CT-AT-ATCT
gi|116927 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--AAC-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTC--TTCA-CTTCTGTC-TATTGCACT-TT-AGT-T-TTT-GAG-A-TAA----T----C--CCAAT--ACCAA-AA
gi|116928 : TTGA--T-AGA-G-CAT-AA-TATTC--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TC--AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGGC-TAT--CACT-TT-A-----TTT-GAGCA-TAA----T----C--CCAAT--A-CAA-GAAgaa
gi|116929 : TTGA--T-GGA-G-CA--AA-TAT-C--ATAA-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATC-CA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-TG--T-TTT-GAA----GA----T-C--C--CCAAT--AACAA-AAA
gi|116930 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TCCGA-CCGC-A--AATAATA-G----AA-TT--TCT-AT-TT-ATCTCA-T-CA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-G-G-A-TAA----T----C--CCAAT--A--AA-GAA
gi|116931 : TTGA--T-AGA-GACA--AA-TAT-C--A--A-G-TC--A-C-GC-AT-A-TAA---G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGCC--AT--CGCT-TT-AG--T-TT--GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--AACAA-GAA
gi|116932 : TTTA--T-AGG-G-CA--AA-TAT----------------------------AATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCCCA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACG-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--AACAA-GAA
gi|116933 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-T-ATA-G----AT-GC--TCT-AT-TT-ATCTCA-T--A-C-TTT------T--TTCT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--A
gi|116934 : TTGA--T-AGG-G-CA--AAATAT-C--A--A-AATC--A-C-GG-C--A-TAATA-G----ATTAT--TCT-AT-TTTCTCCCC-TTCA-C-TCTGCCCTAT--CCGT-TT-AG--T-TTTTGAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--AACAATGAA
gi|116935 : TTGA--T-AGG-G-CACAAA-TAT-CCAA--A-A-TC--A-C-GC-C--A-AAATAAG----ATCAT--TCT-AT-TT-TCCTCCCTTCA-C-TCTGCC-TAT--CACG-TT-AGCTT-TTT-GAG-A-TGA----T-C--CAACCAA
gi|116936 : TTGAATT-AGGCG-CA--AA-TAT-C--A--A-ACTC--A-C-GCTA--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-----T-ATCTCA-TTCA-A-TCTGCC-TAT--CACTCTT-GT--T-TTT-GAG-AGTGAATTGT-C--C--CAGAT--Aataa
gi|116937 : TTGA--TTAGA-G-GC--AA-TAT-C--A--A---TC--A-CCGC-A--A-TAATA-A----G----------AT-TT-ATCTCA-GTCA-C-TCTGCT-TAT--CACT-TTGAG--TCTTT-GAG---TAA----TCC--C--CCAATTAACAAA-GAA
gi|116938 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--G-C-GC-A--A-T-ATA-G----AT-ATCCTCT-AT-TG-ATC
gi|116939 : TTGA--T-AGA-G--A--AA-GAT-C--A--A-A-TC----C-GC-AATA-TAGTA-G----A--AT--TCTAATATT-A-CT-A-TTCATC-TCTGCC--ATC-CACT-TT-TA--T-TTT-GAG-A-TTA----C-CCAC--CTAAT--A-CAA-GAA
gi|116940 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-AC-A--A-T-ATA-G----AT-AT--CCT-CT-AT-ATCTCA-T
gi|116941 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-T-ATA-G----AT-ATCCTCT-AT-AT-ACCT
gi|116942 : TGA--T-AGA-G-CAG-AA-TAT-C--A--ACA-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-A--TCA-TTCA-C-TTCGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-T-A----C-T--C--CCAAT--ACAAA-GA
gi|116943 : -CA--AC-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TA-TA-G----AT-AT--CCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGC
gi|116944 : -C-GC-A--A-TTATA-ATTATAT-GT--TCC-AT-GT-GTCTCG-TTTG-C-TCTTTT-TAT--CACT-TT-AG--T-TTC-GAG-A-TGA----
blockSeqs : AT T C A CA A T CA TA C A CG A C T AT A A A TTAT T CC A A T C T T C TG C G CT C T C G ATTG CCA AA TA C T
blockSeqs : . . . . T . . . . . C . . C . T . A . . C CC . . . . . . . C . . T . . . . . CC . . C .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . A . . . CC . . . . . . . . . . . . . . . . C . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--ACCAA-GAA
finalCons : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--ACCAA-GAA
Alignments
lowQualScore : 22 1 1 1 55 1 1 22 22 1 3 22 1 3 1 33 1 3 1 3333 3 66 1 1 1 1 2 2 2 55 2 2 55 2 2 2 2 0 4444 8888 33 33 7 2
lowQualScore : .. . . . .. . . .. .. . . .. . . . .. . . . .... . .. . . . . . . . .. . . .. . . . . . .... .... .. .. . .
lowQualScore : 44 7 7 7 66 7 7 33 33 7 3 33 6 2 6 88 6 8 6 4444 2 66 6 6 6 8 0 0 1 00 1 1 00 1 1 1 1 8 5555 2222 22 44 9 9
consensus : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--ACCAA-GAA
Reference ( family-717 ) : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--ACCAA-GAA
gi|116920 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TAA----T-C--C--CCAAT--ACAAA-GAA
gi|116921 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-T-ATA-G----AT-ATCCTCC-AT-TT-ATCTGA-T
gi|116922 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--ACCAA-GAA
gi|116923 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TA-----A--C-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCC-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG----TTT-GAG-A-T-A----T-C--C--CCAAT--ACAAA-
gi|116924 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-
gi|116925 : TTGA--T-ATA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-AC-A--A-CAATA-G----AT-GT--TCT-AT-TT-CTCTCA-TTCC-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T----C--CCAAT--ACCAA-GAA
gi|116926 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C-----A-A-TC--A-C-GC-A--A-T-ATA-G----AT-AT--CCT-CT-AT-ATCT
gi|116927 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--AAC-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTC--TTCA-CTTCTGTC-TATTGCACT-TT-AGT-T-TTT-GAG-A-TAA----T----C--CCAAT--ACCAA-AA
gi|116928 : TTGA--T-AGA-G-CAT-AA-TATTC--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TC--AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGGC-TAT--CACT-TT-A-----TTT-GAGCA-TAA----T----C--CCAAT--A-CAA-GAAgaa
gi|116929 : TTGA--T-GGA-G-CA--AA-TAT-C--ATAA-A-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATC-CA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-TG--T-TTT-GAA----GA----T-C--C--CCAAT--AACAA-AAA
gi|116930 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TCCGA-CCGC-A--AATAATA-G----AA-TT--TCT-AT-TT-ATCTCA-T-CA-C-TCTGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-G-G-A-TAA----T----C--CCAAT--A--AA-GAA
gi|116931 : TTGA--T-AGA-GACA--AA-TAT-C--A--A-G-TC--A-C-GC-AT-A-TAA---G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGCC--AT--CGCT-TT-AG--T-TT--GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--AACAA-GAA
gi|116932 : TTTA--T-AGG-G-CA--AA-TAT----------------------------AATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-ATCCCA-TTCA-C-TCTGCC-TAT--CACG-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--AACAA-GAA
gi|116933 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-T-ATA-G----AT-GC--TCT-AT-TT-ATCTCA-T--A-C-TTT------T--TTCT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--A
gi|116934 : TTGA--T-AGG-G-CA--AAATAT-C--A--A-AATC--A-C-GG-C--A-TAATA-G----ATTAT--TCT-AT-TTTCTCCCC-TTCA-C-TCTGCCCTAT--CCGT-TT-AG--T-TTTTGAG-A-TGA----T-C--C--CCAAT--AACAATGAA
gi|116935 : TTGA--T-AGG-G-CACAAA-TAT-CCAA--A-A-TC--A-C-GC-C--A-AAATAAG----ATCAT--TCT-AT-TT-TCCTCCCTTCA-C-TCTGCC-TAT--CACG-TT-AGCTT-TTT-GAG-A-TGA----T-C--CAACCAA
gi|116936 : TTGAATT-AGGCG-CA--AA-TAT-C--A--A-ACTC--A-C-GCTA--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-----T-ATCTCA-TTCA-A-TCTGCC-TAT--CACTCTT-GT--T-TTT-GAG-AGTGAATTGT-C--C--CAGAT--Aataa
gi|116937 : TTGA--TTAGA-G-GC--AA-TAT-C--A--A---TC--A-CCGC-A--A-TAATA-A----G----------AT-TT-ATCTCA-GTCA-C-TCTGCT-TAT--CACT-TTGAG--TCTTT-GAG---TAA----TCC--C--CCAATTAACAAA-GAA
gi|116938 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--G-C-GC-A--A-T-ATA-G----AT-ATCCTCT-AT-TG-ATC
gi|116939 : TTGA--T-AGA-G--A--AA-GAT-C--A--A-A-TC----C-GC-AATA-TAGTA-G----A--AT--TCTAATATT-A-CT-A-TTCATC-TCTGCC--ATC-CACT-TT-TA--T-TTT-GAG-A-TTA----C-CCAC--CTAAT--A-CAA-GAA
gi|116940 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-AC-A--A-T-ATA-G----AT-AT--CCT-CT-AT-ATCTCA-T
gi|116941 : TTGA--T-AGA-G-CA--AA-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-T-ATA-G----AT-ATCCTCT-AT-AT-ACCT
gi|116942 : TGA--T-AGA-G-CAG-AA-TAT-C--A--ACA-TC--A-C-GC-A--A-TAATA-G----AT-AT--TCT-AT-TT-A--TCA-TTCA-C-TTCGCC-TAT--CACT-TT-AG--T-TTT-GAG-A-T-A----C-T--C--CCAAT--ACAAA-GA
gi|116943 : -CA--AC-TAT-C--A--A-A-TC--A-C-GC-A--A-TA-TA-G----AT-AT--CCT-AT-TT-ATCTCA-TTCA-C-TCTGC
gi|116944 : -C-GC-A--A-TTATA-ATTATAT-GT--TCC-AT-GT-GTCTCG-TTTG-C-TCTTTT-TAT--CACT-TT-AG--T-TTC-GAG-A-TGA----