lowQualScore : 222222 1111111111111111111
lowQualScore : 8 8 1 22 222 66666666666 1 33 111111 11 33 2 2222 6666666 222 7 1 33 11 11 22 1 33333 666666 0000000000000000000 1 3 1 2
lowQualScore : . . . .. ... ........... . .. ...... .. .. . .... ....... ... . . .. .. .. .. . ..... ...... ................... . . . .
lowQualScore : 2 2 5 11 666 88888888888 4 44 555555 99 33 3 7777 4444444 222 1 2 22 99 99 00 5 77777 555555 0000000000000000000 8 6 8 0
consensus : TGAGATTTTACTCAAAT-T--TT---GAC-----------T-G--CT---C-AAAT--A--AAAGAA----A-A-----C---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-T-----T------T-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
Reference ( gi|127607 ) : TGAGATTTTGCTCGAAT-T--TT---GAC-----------T-G--CA---T-AAAT--A--AAAGAA----A-A-----C---TCAGAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-T-----T------T-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127609 : TGAGATTTTACTCAAAT-T--TT---CAC-----------T-G--TA---T-AGAT--A--GAGGAA----A-A-----C---TCTAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-T-----T------T-----C--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127608 : TAAGATTTTACTCAAAT-T--TT---GAC-----------T-G--TT---C-AAAT--A--GAAGAA----A-A-----C---TCAAAC-TTAAG--TTA--GA--TAT--T-G-----T------T-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGTC
gi|127611 : TGAGATTTCACTCCAAT-T--TT---AAC-----------C-G--CT---C-GAAG--A--AAAGAA----A-A-----C---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--AAT--T-T-----T------T-----A--T----------G-AG-A-AATT-CAAGCC
gi|127610 : TGAGATTTTACTCAAAT-T--TT---GGC-----------T-T--TT---C-AAAA--G--AAAGAA----A-T-----C---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-T-----T------TTTG--T--T----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127613 : TAAGATTTTACTCGAAT-T--CT---GAC-----------A-G--CT---A-AAAT--AGAAAAAAA----A-A-----C---TCGTAC-TTAAG--TTC--GA--GTT--T-T-----T------A-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127612 : TGAGAATTTACTCCAAA-T--TT---TAC-----------T-G--CT---C-AAAT--A--AAGGAA----A-A-----C---TCAAACATGGAG--TTT--GA--GAT--T-T-----T------T-----T--C----------A-AG-G-AATC-CAAGCC
gi|127614 : TGAGATTTC-CTCAAAT-T--CT---GAC-----------A-G--CG---TCAAAT--AG-AAAAAA----A-A-----C---TCATAC----AG--TTT--GA--GAT--T-T-----T------T-----T--CC---------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127615 : TGAGATTTTACTC-AAT-T--TT---AAC-----------T-G--CT---T-AAAT--A--AAAGAG----G-G-----C---TCAAAC-TTATGT-TTT--GA--GATTAT-T-----T------T-----T--T----------A-AG-A-AATT-CAAG
gi|127616 : TGAGACTTTACTCAGAT-T--TT----AC-----------A-G--CT---C-AAAT--A--GAAGAA----A-A-----C---TCAAAC-TTAGG------------------T-----T------T-----T--C----------G-AGAA-AATG-CAGGCC
gi|127619 : TGAAATATTTCTCAACT-T--TT---GAT-----------T-T--T----C-AATT--T--ATAGAA----A-A-----A---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-T-----T------T-----TCCC----------G-GA-A-AATG-CAAGTC
gi|127617 : TGGAATTTTTCTTAAAT-T--TT---GAA-----------T-A--TT---C-AAAT--A--A--TAA----A-A-----CCCCTCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-T-----T------T-----T--TTTTTTTTTTTG-AG-A-AATC-AAAGTC
gi|127618 : TGAAATTTTCCAAAAAT-T--TT---GGC-----------T-G--TT---C-AATT--A--AAA-------A-G-----C---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-T-----TTA----T-----T--C----------G-AGCA-AGTC-
gi|127620 : TAAGATTTTATTTAAAT-T--TT---GAC-----------T-G--CT---C-AAAT--G--AAAGAA----A-T-----C---TCAAAC-TTAA
gi|127621 : TGATATTTTTATCTAAT-T--TG---GAC-----------T-G--CT---C-AAAT--T--ATAGAA----A-A-----C---TCAAGC-TTAAG--TTT--GA--AAT--C-T-----
gi|127622 : TGAGAATTTATTAAAAT-AAATT---GAC-----------A-G--CT---C-AAGT--A--AAAGAA----A-A-----C---TTATAC-TTAAG--TTTGCGG--GGT--T-T-----T------TTTCTCT--C----------G-AG-A-A
gi|127623 : TGAGGTTTTACTCAAAT-T--TT---GAC-----------T-G--CT---C-AAAC--C--AAACAAGAGCA-A-----C---GCAAAC-GTA
gi|127624 : GAGATTTTACTC-AATGT--TT---GACAACTCAATGTTT-GA-CAACTC-AAAT--A--AAAGAA----A-------C---TCAAAC-TCAAG--TTT--GA--GAT--T-T-----T------T-----T--C----------A-AG-A-AATC-TACGCC
gi|127625 : AGATTTTACTAAAAT-T--TTTACAAC-----------T----CA---A-AAACCAA--AAAGAT----A-A-----C---TTACAC-TTA-G--TTT--GA--GA---T-T-----T------T-----T--C----------GTAA-A-AATC-AAAGCC
gi|127626 : AAATTTTACTCAAAT-T--CT---AAC-----------T-G--TT---C-AACT--A--AGAGAA----T-A-----G---TCAAAC-TTGAG--TTT--GA--GAT--
gi|127627 : GATTTTACTTCAAT-T--TT---GAC-----------T-G--CT---C-AAAT--A--ATGGAA----A-T-----C---TCGAAT-CTAGG--TTT--GA--GAC--T-T-----T------T-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127628 : GATTTTACTCAAAT-T--TT---GAC-----------T-G--CT---T-AAAT--A--AGAGAA----A-T-----C---TCAAAC------------------------T-----T------T-----C--C----------G-AG-A-AATC-TATGCC
gi|127629 : GGTTTTACTCGAAT-T--TT---TAC-----------T-GCTCA---A-AAGT--A--TAAGAC----ATA-----C---TAAAAA-TTAAGGATTT--AA--GAT--T-T-----T------TG----T--C----------G-AG-ATAATCGTAAGCC
gi|127630 : TCTTACTCAAAT-T--TT---GAT-----------T-G--TT---C-ACAT--A--GAA--A----A-A-----C---TCAAGC-TTTAG--TTT--GAGGGAT--T-T-----T------T-----T--
gi|127631 : TTTACTCAAAT-T--TT---GAA-----------T-G--CT---C-AAAT--A--AGAGAA----------------TCAAAC-TCAAA--T
gi|127611 : GCTTGAAT-T--T------C-----------T----CA---T-AAA-----------A----A-T-----T---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GTT--T-T-----C------T-----T--
gi|127617 : tgagatttcactccaattttaaccgctcgaagaaAC-T--TT---GAT-----------T-T--CT---C-AAAA--A--AAAAAA----A-AAAAATC---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--Gc
gi|127618 : tggaatttttcttaaattttgaatattcaaataataaaaccc---GAC-----------TTG--CT---C-GAAT--A--AAA-------A-T-----C---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GCT--T-T-----T------T-----c
gi|127632 : tgaaattttccaaaaattttggctgttcaattAC-----------T-G--CA-------AT--A--AGATAA----A-A-----T---TTAAAC-TTGAT--TTT--GA--GAT--TGT-----T------T-----TA-T----------G-AA-A-AATC-CGAGCC
gi|127610 : ttgactAAC--A--AAA-AA----A-T-----C---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TCTTTCT------T-----T--T----------G-A--A-AAGC-CAA
gi|127624 : tgagattttactcaaattAAAAA----A-T-----C---TCAAAC-TTGAG--TTT--GA--GTT--T-C-----T------T-----T--gagaaatccaagcc
gi|127619 : gagattttactcaatgtttgacaactcaatgtttgacaactcaaataAAAAA----A-T-----C---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA-------T-T-----T------T-----T--C----------T-AT-A-AATcaagaaatctacgcc
gi|127621 : tgaaatatttctcaacttttgattttca---TCAAAC-TTAAG--CTT--GA--G-T--T-T-----TCTATAAT-----T--T----------G-AG-C-AGTC-CAAcccggaaaatgcaagtc
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111
lowQualScore : 1 99999999999999 1 22 1 5555 33 3333 1 222 1 44 22 22 22 1 22 2222222222222222222 2 4 2 2
lowQualScore : . .............. . .. . .... .. .... . ... . .. .. .. .. . .. ................... . . . .
lowQualScore : 6 44444444444444 6 11 5 4444 77 3333 5 777 5 00 44 44 44 8 66 9999999999999999999 0 0 0 1
consensus : TGAGATTTTACTC-AA--------------AT-T--TTGACTGC-TCAAA----TA--AAAGAA----A-AC---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
Reference ( family-714 ) : TGAGATTTTACTC-AA--------------AT-T--TTGACTGC-TCAAA----TA--AAAGAA----A-AC---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127607 : TGAGATTTTGCTC-GA--------------AT-T--TTGACTGC-ATAAA----TA--AAAGAA----A-AC---TCAGAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127608 : TAAGATTTTACTC-AA--------------AT-T--TTGACTGT-TCAAA----TA--GAAGAA----A-AC---TCAAAC-TTAAG--TTA--GA--TAT--T-GT--T-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGTC
gi|127609 : TGAGATTTTACTC-AA--------------AT-T--TTCACTGT-ATAGA----TA--GAGGAA----A-AC---TCTAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----C--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127610 : TGAGATTTTACTC-AA--------------AT-T--TTGGCTTT-TCAAA----AG--AAAGAA----A-TC---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--TTTG--T--T----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127611 : TGAGATTTCACTC-CA--------------AT-T--TTAACCGC-TCGAA----GA--AAAGAA----A-AC---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--AAT--T-TT--T-----A--T----------G-AG-A-AATT-CAAGCC
gi|127612 : TGAGAATTTACTCCAA--------------AT-T--TT-ACTGC-TCAAA----TA--AAGGAA----A-AC---TCAAACATGGAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--C----------A-AG-G-AATC-CAAGCC
gi|127613 : TAAGATTTTACTC-GA--------------AT-T--CTGACAGC-TAAAA----TAGAAAAAAA----A-AC---TCGTAC-TTAAG--TTC--GA--GTT--T-TT--A-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127614 : TGAGATTTC-CTC-AA--------------AT-T--CTGACAGCGTCAAA----TAG-AAAAAA----A-AC---TCATAC----AG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--CC---------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127615 : TGAGATTTTACTC-AA---------------T-T--TTAACTGC-TTAAA----TA--AAAGAG----G-GC---TCAAAC-TTATGT-TTT--GA--GATTAT-TT--T-----T--T----------A-AG-A-AATT-CAAG
gi|127616 : TGAGACTTTACTC-AG--------------AT-T--TT-ACAGC-TCAAA----TA--GAAGAA----A-AC---TCAAAC-TTAGG------------------TT--T-----T--C----------G-AGAA-AATG-CAGGCC
gi|127617 : TGGAATTTTTCTT-AA--------------AT-T--TTGAATAT-TCAAA----TA--A--TAA----A-ACCCCTCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--TTTTTTTTTTTG-AG-A-AATC-AAAGTC
gi|127618 : TGAAATTTTCCAA-AA--------------AT-T--TTGGCTGT-TCAAT----TA--AAA-------A-GC---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TTTAT-----T--C----------G-AGCA-AGTC-
gi|127619 : TGAAATATTTCTC-AA--------------CT-T--TTGATT-T-TCAAT----TT--ATAGAA----A-AA---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----TCCC----------G-GA-A-AATG-CAAGTC
gi|127620 : TAAGATTTTATTT-AA--------------AT-T--TTGACTGC-TCAAA----TG--AAAGAA----A-TC---TCAAAC-TTAA
gi|127621 : TGATATTTTTATC-TA--------------AT-T--TGGACTGC-TCAAA----TT--ATAGAA----A-AC---TCAAGC-TTAAG--TTT--GA--AAT--C-T
gi|127622 : TGAGAATTTATTA-AA--------------AT-AAATTGACAGC-TCAAG----TA--AAAGAA----A-AC---TTATAC-TTAAG--TTTGCGG--GGT--T-TT--TTTCTCT--C----------G-AG-A-A
gi|127623 : TGAGGTTTTACTC-AA--------------AT-T--TTGACTGC-TCAAA----CC--AAACAAGAGCA-AC---GCAAAC-GTA
gi|127624 : GAGATTTTACTC-AATGTTTGACAACTCAATGT--TTGACAAC-TCAAA----TA--AAAGAA----A--C---TCAAAC-TCAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--C----------A-AG-A-AATC-TACGCC
gi|127625 : AGATTTTACTA-AA--------------AT-T--TTTACAAC-TCAAAAACCAA--AAAGAT----A-AC---TTACAC-TT-AG--TTT--GA--GA---T-TT--T-----T--C----------GTAA-A-AATC-AAAGCC
gi|127626 : AAATTTTACTC-AA--------------AT-T--CTAACTGT-TCAAC----TA--AGAGAA----T-AG---TCAAAC-TTGAG--TTT--GA--GAT--
gi|127627 : GATTTTACTT-CA--------------AT-T--TTGACTGC-TCAAA----TA--ATGGAA----A-TC---TCGAAT-CTAGG--TTT--GA--GAC--T-TT--T-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127628 : GATTTTACTC-AA--------------AT-T--TTGACTGC-TTAAA----TA--AGAGAA----A-TC---TCAAAC------------------------TT--T-----C--C----------G-AG-A-AATC-TATGCC
gi|127629 : GGTTTTACTC-GA--------------AT-T--TTTACTGC-TCAAAAG--TA--TAAGAC----ATAC---TAAAAA-TTAAGGATTT--AA--GAT--T-TT--TG----T--C----------G-AG-ATAATCGTAAGCC
gi|127630 : TCTTACTC-AA--------------AT-T--TTGATTGT-TCACA----TA--GA--AA----A-AC---TCAAGC-TTTAG--TTT--GAGGGAT--T-TT--T-----T--
gi|127631 : TTTACTC-AA--------------AT-T--TTGAATGC-TCAAA----TA--AGAGAA-----------TCAAAC-TCAAA--T
gi|127632 : --TTGACTAC-TGCAA----TA--AGATAA----A-AT---TTAAAC-TTGAT--TTT--GA--GAT--TGTT--T-----TA-T----------G-AA-A-AATC-CGAGCC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111
lowQualScore : 1 99999999999999 1 22 1 5555 33 3333 1 222 1 44 22 22 22 1 22 2222222222222222222 2 4 2 2
lowQualScore : . .............. . .. . .... .. .... . ... . .. .. .. .. . .. ................... . . . .
lowQualScore : 6 44444444444444 6 11 5 4444 77 3333 5 777 5 00 44 44 44 8 66 9999999999999999999 0 0 0 1
consensus : TGAGATTTTACTC-AA--------------AT-T--TTGACTGC-TCAAA----TA--AAAGAA----A-AC---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
Reference ( family-714 ) : TGAGATTTTACTC-AA--------------AT-T--TTGACTGC-TCAAA----TA--AAAGAA----A-AC---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127607 : TGAGATTTTGCTC-GA--------------AT-T--TTGACTGC-ATAAA----TA--AAAGAA----A-AC---TCAGAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127608 : TAAGATTTTACTC-AA--------------AT-T--TTGACTGT-TCAAA----TA--GAAGAA----A-AC---TCAAAC-TTAAG--TTA--GA--TAT--T-GT--T-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGTC
gi|127609 : TGAGATTTTACTC-AA--------------AT-T--TTCACTGT-ATAGA----TA--GAGGAA----A-AC---TCTAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----C--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127610 : TGAGATTTTACTC-AA--------------AT-T--TTGGCTTT-TCAAA----AG--AAAGAA----A-TC---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--TTTG--T--T----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127611 : TGAGATTTCACTC-CA--------------AT-T--TTAACCGC-TCGAA----GA--AAAGAA----A-AC---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--AAT--T-TT--T-----A--T----------G-AG-A-AATT-CAAGCC
gi|127612 : TGAGAATTTACTCCAA--------------AT-T--TT-ACTGC-TCAAA----TA--AAGGAA----A-AC---TCAAACATGGAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--C----------A-AG-G-AATC-CAAGCC
gi|127613 : TAAGATTTTACTC-GA--------------AT-T--CTGACAGC-TAAAA----TAGAAAAAAA----A-AC---TCGTAC-TTAAG--TTC--GA--GTT--T-TT--A-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127614 : TGAGATTTC-CTC-AA--------------AT-T--CTGACAGCGTCAAA----TAG-AAAAAA----A-AC---TCATAC----AG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--CC---------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127615 : TGAGATTTTACTC-AA---------------T-T--TTAACTGC-TTAAA----TA--AAAGAG----G-GC---TCAAAC-TTATGT-TTT--GA--GATTAT-TT--T-----T--T----------A-AG-A-AATT-CAAG
gi|127616 : TGAGACTTTACTC-AG--------------AT-T--TT-ACAGC-TCAAA----TA--GAAGAA----A-AC---TCAAAC-TTAGG------------------TT--T-----T--C----------G-AGAA-AATG-CAGGCC
gi|127617 : TGGAATTTTTCTT-AA--------------AT-T--TTGAATAT-TCAAA----TA--A--TAA----A-ACCCCTCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--TTTTTTTTTTTG-AG-A-AATC-AAAGTC
gi|127618 : TGAAATTTTCCAA-AA--------------AT-T--TTGGCTGT-TCAAT----TA--AAA-------A-GC---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TTTAT-----T--C----------G-AGCA-AGTC-
gi|127619 : TGAAATATTTCTC-AA--------------CT-T--TTGATT-T-TCAAT----TT--ATAGAA----A-AA---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----TCCC----------G-GA-A-AATG-CAAGTC
gi|127620 : TAAGATTTTATTT-AA--------------AT-T--TTGACTGC-TCAAA----TG--AAAGAA----A-TC---TCAAAC-TTAA
gi|127621 : TGATATTTTTATC-TA--------------AT-T--TGGACTGC-TCAAA----TT--ATAGAA----A-AC---TCAAGC-TTAAG--TTT--GA--AAT--C-T
gi|127622 : TGAGAATTTATTA-AA--------------AT-AAATTGACAGC-TCAAG----TA--AAAGAA----A-AC---TTATAC-TTAAG--TTTGCGG--GGT--T-TT--TTTCTCT--C----------G-AG-A-A
gi|127623 : TGAGGTTTTACTC-AA--------------AT-T--TTGACTGC-TCAAA----CC--AAACAAGAGCA-AC---GCAAAC-GTA
gi|127624 : GAGATTTTACTC-AATGTTTGACAACTCAATGT--TTGACAAC-TCAAA----TA--AAAGAA----A--C---TCAAAC-TCAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--C----------A-AG-A-AATC-TACGCC
gi|127625 : AGATTTTACTA-AA--------------AT-T--TTTACAAC-TCAAAAACCAA--AAAGAT----A-AC---TTACAC-TT-AG--TTT--GA--GA---T-TT--T-----T--C----------GTAA-A-AATC-AAAGCC
gi|127626 : AAATTTTACTC-AA--------------AT-T--CTAACTGT-TCAAC----TA--AGAGAA----T-AG---TCAAAC-TTGAG--TTT--GA--GAT--
gi|127627 : GATTTTACTT-CA--------------AT-T--TTGACTGC-TCAAA----TA--ATGGAA----A-TC---TCGAAT-CTAGG--TTT--GA--GAC--T-TT--T-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127628 : GATTTTACTC-AA--------------AT-T--TTGACTGC-TTAAA----TA--AGAGAA----A-TC---TCAAAC------------------------TT--T-----C--C----------G-AG-A-AATC-TATGCC
gi|127629 : GGTTTTACTC-GA--------------AT-T--TTTACTGC-TCAAAAG--TA--TAAGAC----ATAC---TAAAAA-TTAAGGATTT--AA--GAT--T-TT--TG----T--C----------G-AG-ATAATCGTAAGCC
gi|127630 : TCTTACTC-AA--------------AT-T--TTGATTGT-TCACA----TA--GA--AA----A-AC---TCAAGC-TTTAG--TTT--GAGGGAT--T-TT--T-----T--
gi|127631 : TTTACTC-AA--------------AT-T--TTGAATGC-TCAAA----TA--AGAGAA-----------TCAAAC-TCAAA--T
gi|127632 : --TTGACTAC-TGCAA----TA--AGATAA----A-AT---TTAAAC-TTGAT--TTT--GA--GAT--TGTT--T-----TA-T----------G-AA-A-AATC-CGAGCC
blockSeqs : C TGTTTGACAACTCA G AA G AACC GA GAGC T CCC A GA GC GG TA G TA TTTTTTTTTTTT T A T G
blockSeqs : . . . . . AG G . . . . T . . . . . TTCTCTC . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . TTGTT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . TCCC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . TCC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . GTC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . TAT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . CC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . CC . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TGAGATTTTACTC-AA--------------AT-T--TTGACTGC-TCAAA----TA--AAAGAA----A-AC---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
finalCons : TGAGATTTTACTC-AA--------------AT-T--TTGACTGC-TCAAA----TA--AAAGAA----A-AC---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111
lowQualScore : 1 99999999999999 1 22 1 5555 33 3333 1 222 1 44 22 22 22 1 22 2222222222222222222 2 4 2 2
lowQualScore : . .............. . .. . .... .. .... . ... . .. .. .. .. . .. ................... . . . .
lowQualScore : 6 44444444444444 6 11 5 4444 77 3333 5 777 5 00 44 44 44 8 66 9999999999999999999 0 0 0 1
consensus : TGAGATTTTACTC-AA--------------AT-T--TTGACTGC-TCAAA----TA--AAAGAA----A-AC---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
Reference ( family-714 ) : TGAGATTTTACTC-AA--------------AT-T--TTGACTGC-TCAAA----TA--AAAGAA----A-AC---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127607 : TGAGATTTTGCTC-GA--------------AT-T--TTGACTGC-ATAAA----TA--AAAGAA----A-AC---TCAGAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127608 : TAAGATTTTACTC-AA--------------AT-T--TTGACTGT-TCAAA----TA--GAAGAA----A-AC---TCAAAC-TTAAG--TTA--GA--TAT--T-GT--T-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGTC
gi|127609 : TGAGATTTTACTC-AA--------------AT-T--TTCACTGT-ATAGA----TA--GAGGAA----A-AC---TCTAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----C--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127610 : TGAGATTTTACTC-AA--------------AT-T--TTGGCTTT-TCAAA----AG--AAAGAA----A-TC---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--TTTG--T--T----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127611 : TGAGATTTCACTC-CA--------------AT-T--TTAACCGC-TCGAA----GA--AAAGAA----A-AC---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--AAT--T-TT--T-----A--T----------G-AG-A-AATT-CAAGCC
gi|127612 : TGAGAATTTACTCCAA--------------AT-T--TT-ACTGC-TCAAA----TA--AAGGAA----A-AC---TCAAACATGGAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--C----------A-AG-G-AATC-CAAGCC
gi|127613 : TAAGATTTTACTC-GA--------------AT-T--CTGACAGC-TAAAA----TAGAAAAAAA----A-AC---TCGTAC-TTAAG--TTC--GA--GTT--T-TT--A-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127614 : TGAGATTTC-CTC-AA--------------AT-T--CTGACAGCGTCAAA----TAG-AAAAAA----A-AC---TCATAC----AG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--CC---------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127615 : TGAGATTTTACTC-AA---------------T-T--TTAACTGC-TTAAA----TA--AAAGAG----G-GC---TCAAAC-TTATGT-TTT--GA--GATTAT-TT--T-----T--T----------A-AG-A-AATT-CAAG
gi|127616 : TGAGACTTTACTC-AG--------------AT-T--TT-ACAGC-TCAAA----TA--GAAGAA----A-AC---TCAAAC-TTAGG------------------TT--T-----T--C----------G-AGAA-AATG-CAGGCC
gi|127617 : TGGAATTTTTCTT-AA--------------AT-T--TTGAATAT-TCAAA----TA--A--TAA----A-ACCCCTCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--TTTTTTTTTTTG-AG-A-AATC-AAAGTC
gi|127618 : TGAAATTTTCCAA-AA--------------AT-T--TTGGCTGT-TCAAT----TA--AAA-------A-GC---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TTTAT-----T--C----------G-AGCA-AGTC-
gi|127619 : TGAAATATTTCTC-AA--------------CT-T--TTGATT-T-TCAAT----TT--ATAGAA----A-AA---TCAAAC-TTAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----TCCC----------G-GA-A-AATG-CAAGTC
gi|127620 : TAAGATTTTATTT-AA--------------AT-T--TTGACTGC-TCAAA----TG--AAAGAA----A-TC---TCAAAC-TTAA
gi|127621 : TGATATTTTTATC-TA--------------AT-T--TGGACTGC-TCAAA----TT--ATAGAA----A-AC---TCAAGC-TTAAG--TTT--GA--AAT--C-T
gi|127622 : TGAGAATTTATTA-AA--------------AT-AAATTGACAGC-TCAAG----TA--AAAGAA----A-AC---TTATAC-TTAAG--TTTGCGG--GGT--T-TT--TTTCTCT--C----------G-AG-A-A
gi|127623 : TGAGGTTTTACTC-AA--------------AT-T--TTGACTGC-TCAAA----CC--AAACAAGAGCA-AC---GCAAAC-GTA
gi|127624 : GAGATTTTACTC-AATGTTTGACAACTCAATGT--TTGACAAC-TCAAA----TA--AAAGAA----A--C---TCAAAC-TCAAG--TTT--GA--GAT--T-TT--T-----T--C----------A-AG-A-AATC-TACGCC
gi|127625 : AGATTTTACTA-AA--------------AT-T--TTTACAAC-TCAAAAACCAA--AAAGAT----A-AC---TTACAC-TT-AG--TTT--GA--GA---T-TT--T-----T--C----------GTAA-A-AATC-AAAGCC
gi|127626 : AAATTTTACTC-AA--------------AT-T--CTAACTGT-TCAAC----TA--AGAGAA----T-AG---TCAAAC-TTGAG--TTT--GA--GAT--
gi|127627 : GATTTTACTT-CA--------------AT-T--TTGACTGC-TCAAA----TA--ATGGAA----A-TC---TCGAAT-CTAGG--TTT--GA--GAC--T-TT--T-----T--C----------G-AG-A-AATC-CAAGCC
gi|127628 : GATTTTACTC-AA--------------AT-T--TTGACTGC-TTAAA----TA--AGAGAA----A-TC---TCAAAC------------------------TT--T-----C--C----------G-AG-A-AATC-TATGCC
gi|127629 : GGTTTTACTC-GA--------------AT-T--TTTACTGC-TCAAAAG--TA--TAAGAC----ATAC---TAAAAA-TTAAGGATTT--AA--GAT--T-TT--TG----T--C----------G-AG-ATAATCGTAAGCC
gi|127630 : TCTTACTC-AA--------------AT-T--TTGATTGT-TCACA----TA--GA--AA----A-AC---TCAAGC-TTTAG--TTT--GAGGGAT--T-TT--T-----T--
gi|127631 : TTTACTC-AA--------------AT-T--TTGAATGC-TCAAA----TA--AGAGAA-----------TCAAAC-TCAAA--T
gi|127632 : --TTGACTAC-TGCAA----TA--AGATAA----A-AT---TTAAAC-TTGAT--TTT--GA--GAT--TGTT--T-----TA-T----------G-AA-A-AATC-CGAGCC