lowQualScore                  :           111                         2222222222                                                          11                                                                                11                                                                                                                                                                                                                    2222                                     111                   1111                                                                                                                          
lowQualScore                  :        66 333 2  33      33 22        7777777777     4 777777   2    1  9   333  3   44  1    7      22 7 66  666    88   1   1  1     1 888  22 1  1 999999999  1   777  55 66    777  666 66  1 2      4444 2 6666    4  2  666666 1  1 5 666   1 22 1 555  22       333 555   777777  3333   1  777 22  1  99999999999    77777777  1 1 66    888 1 5 55 55    2222 7    555   22 1 1 1   1 555 1 3    1     1 0000  1   888 333   1   1    1           000 22              1 8888  1   44     44 1 44 1  1  1     1   1   777 1 3   1 22    2 2    88    2 2  9999     2   2  7777  2             2        
lowQualScore                  :        .. ... .  ..      .. ..        ..........     . ......   .    .  .   ...  .   ..  .    .      .. . ..  ...    ..   .   .  .     . ...  .. .  . .........  .   ...  .. ..    ...  ... ..  . .      .... . ....    .  .  ...... .  . . ...   . .. . ...  ..       ... ...   ......  ....   .  ... ..  .  ...........    ........  . . ..    ... . . .. ..    .... .    ...   .. . . .   . ... . .    .     . ....  .   ... ...   .   .    .           ... ..              . ....  .   ..     .. . .. .  .  .     .   .   ... . .   . ..    . .    ..    . .  ....     .   .  ....  .             .        
lowQualScore                  :        11 666 2  11      11 88        1111111111     0 888888   0    9  9   333  8   55  9    6      44 6 00  555    66   8   8  8     8 666  55 8  9 000000000  9   111  22 44    111  000 00  9 0      2222 0 8888    0  0  777777 9  9 7 666   8 55 8 777  55       333 333   444444  7777   9  222 66  9  00000000000    00000000  9 9 44    888 9 7 22 66    8888 3    000   55 8 8 8   8 000 8 6    8     8 9999  8   111 333   9   9    9           666 66              9 9999  9   55     55 9 55 9  9  9     9   9   111 9 8   9 66    0 0    88    0 0  1111     1   6  3333  1             7        
consensus                     : TTTTTTA--A---T-AT--TCATAT--T--AGTGGTTTT--G--G---CAGTG-C------TGT-ATTT-TTTGAC---TG-CCG--TG-GGCC-GTATTGG-G-TT-CAA--TTTT--GTA-CCA-CC-ATTAT-T---AA--A-AA-A----CA---TG-AAA---TT--A--TGTT---AA---AA-TT-T-CACTTC----T-A-TTTATCT-AA-TT-AGA--C-AT-A-T-C-TAT-T--T-C---AT--ATTTAAG---G--AAAA------AAA---TTG-CA-GGA--TC-GT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAAA--T-T-A--T-TGACA-A--T-TTCT---AGG--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G--A-TA-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-N-T--AATAAAAATACCAT-A--A-TT-TAC--TCATT--A-T--A-CT-GA-CAACC-CCC-TAA---T-T-TTT-T--GCTT-T-TATC--ATAC-C-CT-A--AAATG-AACAATC---TA-AGTATTTAAACTC-AATTTTTT
Reference ( gi|77931 )        : TTTTTTA--A---T-AT--TCATAT--T--AGTGATTTT--G--G---CAGTG-C------TGT-ATTT-TTTGAC---TG-CCG--TG-GGCC-GTATTGG-G-T--CAA--TTTT--GTA-CCA-CC-ATTAT-T---AA--A-AA-A----CA---TG-AAA---TT--A--TGTT---AA---A--TT-T-CACTTC----T-A-TTCATCT-AA-TT-AGA--C-AT-A-T-C-TAT-T--T-C---AT--ATTTAAG---G--AAAA------AAA---TTG-CA-GGA--TC-AT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAAA--T-T-A--T-TGACA-A--T-TTCT---AGG--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G--T-TA-TTG--TC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-A-T--AATAAAAATACCAT-A--T-TT-TAC--TCATT--A-T--A-CT-GA-CAACC-CCC-TAA---T-T-TTT-T--GCTT-T-TATC--ATAC-C-CT-A--AAATG-AACAATT---TA-AGTATTTAAACTC-AATTTTTT
gi|77932                      : TTTTTTA--A---T-AT--TCACAT--T--AGTGATTTTTTG--C---CAGTG-C------TGA-ATTT-TTTGAC---TG-CCG--TG-GGCC-GTATTGG-G-TT-CAA--TTTT--GTA-CCA-CC-ATTAT-T---AA--A-AA-A----CA---TG-AAA---TT--A--TGTT---AA---A--AT-T-CACTTC----T-ATTTTATCT-AA--T-AG---C-AT-ATT-C-TAT-T--T-----AT--ATTTTAA---G--GGAA------AAA---TTG-CAGGGA--TC-GT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAAA--T-T-A--T-TAAAC-A--T-TTCT---AGG--A-CTT-TCT-T---C-A-ATG--ATTCT-G--A-TA-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-T-GGGGTACAC-T-T--AATAAAAGTACCAT-A----AT-TAC--TCATT--A-T--A-CT-GA-CAACC-CCC-TAA---T-T-TTT-T--GCTT-T-TATC--ATAC-C-CT-A--AAATG-AACAATC---TA-AGTATTTAAAATC-AATTTTTT
gi|77936                      : TTTTTTA--AA--T-AT--TCATAT--T--AGTGATTTT--GCAGAACCAGTG-C------TGT-AATT-TC-GACCTGTG-CCG--TG-GGCC-GCATTGG-GGT--CAAATTCTT--GTA-CCA-CC-ATTAT-TTTAAA--A-AA-A----CA---TG-AAA---TT--A--TGTT---AA---AA-TT-T-CACTTC----T-A-TTTATCTTAA-TT-AGAA-C-AC-A-T-T-TAT-T--TTC---AT--ATTTAAG---G--AAAAGAAAAAAAA---TTG-CA-GGA--TC-AT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAAA--T-T-A----TGACA-A--T-TTCT---A-G--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-TTTCT-GA-C-TA-TTG--TC---GTT-TGA-CAGA-TAGGGG-AC-----T--AAT--AAACACCAT-A--A-TT-TAC--TCATT--A-T--A-CT-GA-CAACC-CCC-TAA---T-TGTTT-T--GCTT-T-TATC--ATAC-C-CT-A--AAATGAAACAATC---TA-AGTATTT-AACTC-AATTTTTT
gi|77934                      : TTTTATA--T---T-AT--TCATAT--T--AGTGATT-------G---CAGTG-C------TGT-ATTT-TTTGAC---TG-CCG--TG---CC-GTATTGG-GTT--CAA---TTT--GTA-TCA-CC-ATTA------AA--A-AA-A----CA---TG-AAA---TT--AT-TGTT---AA---A--TT-TCCACTTC----T-A-TTTATCT-AA-TT-AGA--C-AT-A-T-C-TAT-TTAT-C---A---ATTTAAA---C--AAAA------AAA---TTG-CA--GA--TCAAT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAAA--T-T-A--T-TTACA-A--T-TTCT---A-G--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G--A-TA-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTA-AC---T--AATAAAAATA-CAT-A--A-TT-TAC--TCATTTAA-T--A-CT-GA-CAAGC-CCC--AA---T-T-TTT-T--GCTT-T-TATC--ATAC-C-CT-A--AAATG-AACAA-C---TA-AG-A-TTAAACTC-AATTTTTTt
gi|77935                      : TTTTTTT--A---T-AT--TCATAT--T--AGTGAATTT--T--G---CAGTG-CC-----TGT-ATTT-TT-GAC---TGGCCG--TG-GGCC-GTATTGGTG-T--CAA--TTTTT-GTA-CCA-CT-ATTAT-T---AA--A-AA-AAAAACA---TG-AAA---TT--A--TGTT---AA---AATTT-T-CACTTC----T-A-TT-ATCT-AA-TT-AGAGAC-AT-AAT-C-TAT-T--T-C----T--ATTTAAG---G--AAAA------AAA---TTG-CA-GGA--TC-AT-----------ACCT-----TCAAA-A-C--AAAAAA-T-T-AATT-TGACA-AATT-TTCTCTAAGG--AAC-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G--A-TA-TTG--CC---GTT-TGA-CAGATTGGGGGTACAC-C-TTAAATAAAAACACCAT-A--A-TT-TAC--TCATTA-A-T--A-CT-GA-CAACC-CCT-AAA---T-T-TTT-G--GCTT-T-TATCAAATAC-C-CT-A--AAATG-AAC-ATC---TA-AGTATTTAAACTCAAATTTTTT
gi|77933                      : TTTTTTA--A---T-AT--TCAT-T--T--AGTGAATTT--G------CAGTG-C------TGT-A-TT-TTCGAC---TGCCCG--TG-GGCC-GTATTGG-GTT--CAA--TTTT--GTA-CCA--C-ATTAT-T---AA--A-AA-A----CA---TG-AAAT--TT--A--TGTTA--AA---A--TT-T-CAC-TC----T-A-TTTATCT-AA-TTCAGA--C-AT-A-T-C-TAT-T--T-C---AT--ATTTAAG---G---AAA------AAA---TTG-CA--GA--TC-GT-----------ACCT-----CAAAA-A-CAGAAAAA--T-TAA--T-TGAC--A--T-TTCTA--AGG--A-C-T-TCT-T---A-A-ATGA-ATACT-G--A-TATTTG--CC---GTT-TGA--AGA-TGGGGGTACACTT-T--AAT-AAAATACCATAA--T-TT-TAC--TCATT--A-TA-A-CT-GA-CAACC-CCC-TAATTTT-T-TTT-T--ACTT-T-TATCA-ATAC-C-CT-A--AAATG-AACAATC---TA-AGTATTTAACTCC-AATTTTTT
gi|77937                      : TTTTTTA--AAAAT-AT--TCATAT--T--AGTGGTTT------G---CAGTG-C------TGT-ATTT-TTTGAC---TG-CCG--TG-GGCC--TATCGA-G-T--TCA--TTTTTTGTA-CCAACC-ATTAT-T---GA--A-AA-A----TAAAATG-AAA---TTTTA--TGTG---AA---AA-TC-T-CACTTT----A-A-T--ATTT-AA-T--AGA--C-AT-A-TTC-TAT-T--T-C---AT--ATTTAAG---G--GGAA------AA----TTG-CA-GCA--TC-AT-----------TCCT-----C--AA-A-C--AAAAT--T-TTA--T-GGACA----T-TTCT---AGGGGA-C-T-CCT-TT--C-A-ATGA-ATTCT-G--A-TA-TTG--CT---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-G-T--AATAAAAATACCAT-A--A-TT-TACTTTCATT--A-TAAA-CT-GC-CAA-C-CCC-TAA---T-T-TTT-G--GCTT-T-TATC--ATAC-C-CT-C--AAATG-AACAATCTCGTA-AGTATTTAAACTC-AATTTTTT
gi|77938                      : TTTTTTA--AG--T-AT---CATAT--T--AGTGATTT------G---CAGTG-C------TG--ATAT-TTTGA----TG-CCG--TG-G-CC-GTATCGG-T-T--CAA--TTTT---TA-CC---C-AT-ATAT---AA--A-AA-A----CA---TG-AAA---TT--AA-TGT----AA---A--TT-T--ACTTC----T-A-TTTATCT-AA-TT--GA--C-AT-A-T-C-TAT-T--T-C---AT--ATTTAAA---G--AAAA------AA----TTG-CAAGGA--------------------CT-----C--AA-A-C--AAAAA--T-T-A--T-TGACA-A--T-TTCT---AAG----T-T-TCTCT---C-AGATGA-AT-CT-G--A-TA-T-G--CC---GTT---A-CAGA-TGGGG-TACAC-T-T--AATAAAAATACCAT-A--TATT-TAC--TCATT----T--A-C--GG-CAACCACCC-TAA---T-T-TTT-T--GC-T-T-TATCT-ATAC-C-CT-AAGAAATG-AA-AATC---TA-AG-ATTTAAACTC-AATTTTT
gi|77939                      : TTTTTTA--AA--T-AT--TCATAT--T--AGTGGTTTTTTG--C---CAGTG-C------TGT-ATTT-T--GAC---TG-C----TT-GGCC-TTAT--G-G-T--TAT--TTTTTGGTA-CC--CC-ATTAT-T---AA--A-AA-A---------TG-AAA---TT--A--TGTT---AA---AA-TT-T-CACTTC----T-A----ATCTTAA-TT-AGA--C-AT-A-T-T-TAT-T--T-C---AT--ATTTAAG---G----AA------AAA---TTG-CA--GA--TA-AT-----------ACCT--------AA-A-C---AAAA--C-T-A--T-T-ACA-A--T-TT-T---A-G--A-C-T-TCT-T---CAA-ATGA---TTT-G--TATA-TTG---C---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC---T--AATAAGAATACCAT-A--A-AT-TAC--TCATT--A-T--A--T-GA--AACC-C----AA-----T-ATT-T--GCTT-TATA------AC-C-CT-C--GAATG-AAACATC---TA-AGTATTT-AACTC-AATTTTTT
gi|77940                      : TTTTTGA--A---T-AT--TCCTGT--T--AGTGGTTTT--G--C---TAGTGGC------TGT-ATTT-TTTGAC---TG-CCGCGTG-GGCC-GTATTGG-G-TT-CA----TTT--GTAACCA-CC-ATTAT-T---AA--A-AA------TA---TG-AAAA--TT--A--TGTTT--AA---A--TT-T-CTCTTC----T-A-ATCATTT-A--TT-AGA--C-ATTA-T---TAT-T--T-C---AT--ATTTAAG---GGGAAAA------AAA---TAA-CA-GGA--TC-ATCAAAAATTCATGCCTT----C--AA-A-C--AAAAA--A-T-ACTT-TCACA-A--T-TTCT---AGG--A-C-T-TGT-T---C-A-ATGA-ATTCTTG--A-TA-TTG--CT---GTT-TGA--AGA-TGGGGCTGCAC-AAT--AATAAAAATACCAT-A--A-TT-TAC--TCATT--A----A-CTCGA-CAACC-CAG-GGA---T-T-TAT-CCAGCTT-T-AA----ATAC-TACT----------AACCATT---TC-CGTATTTAA
gi|77941                      : TTTTTTA--A---T-TG--TCGTTT--T--AGTGGTTT---G--A---CAGTG-C------TGT-ATTT-TTTTAC---TG-TT---TA-GG------TT-----T--CAT--TTTT--GTA-CCA-CC-ATTAT-T---AA--A-GA------CA---TG-AAA---T---A--TGTT---AA---AA-TT-T-CATATC----T-A-ATTGTTT-AAATT-AG---C-AT-A-T-T-TATGT--T-C---AT---TTCAAG---GG-AAAA------AAA---TTG-CA-GCA--TC-AT-----------AT-T-----C--AA-A-C--AAAAT--T-T----T-TGG-A-A--TACTAT---AGA------T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-GA-T-TA-TTGGTCC---GTT-TG-------TGG---TACA--A-T--A-TG----TACCAT-AAAT-TTATAC--TCAT---A-T--ATCT-GA-CAACC-CCCATAAA--T-TGTTT-T--GCTT-T-TATC--ATAC-C-TTCA--AAATG-AACAATC---TA-AGTATTTAAACT
gi|77942                      : TTTTTTA--A---TTAT--TCATAT--T--AGTGGTTTT--G------CAGTG-C------TGT-ATTT-T-TGAC---TG-CCG--TG-GGCC-GTATTGA-G-T--TAAT-TTTT--GTA-CCA-CC-ATTAT-T---AA--A-CA-A----GAAG-TA-AAA-------A--TGTT---AA---C--TT-
gi|77943                      : TTTTTTAGAA---T-AT--TCATAT--T--AGTGGTCTT--G------CAGTG-C------TGT-ATTT-TTC-AC---TG-CCG--TG-GGCC-GTGATGA-GTT--CAA--TTTT--GTA-CCA-CC-ATTAT-T---AA--A-Agttttaaaacacatttcatcactgcctgtgttattgtatcatatttcaca
gi|77944                      :  TTTTTA--A---T-AT--TCATATATT--AGTGATTT------G---CAGTG-C-------GT-ATTTGTTTGAC---TG-CCT--GG-GGCC-GTATTGG-G-TT-CAA--TTTTT-GTA-CCA-CC-ATTAT-TT--AA--A-AA-A----CA---TG-AA----TT--A--TGTT---AA---A--TT-C-TACTTC----T-A-TTTATCT-AA-TT--TA--C-AT-A-T-T-TAT-T--T-C---AT--ATTTAAG---G--AAAA------AAA---TTG-CA-GGA--TC-AT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAA---T-T-A--T-TGACA-A--T-TTCT---GGG--A-C-T--CT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G--A-TA-TTG--CC---CTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-A-C--AATAAAAATACCAT-A--TATT-TACT-TCATT--ATT--A-CT-GACCAACC-CCC-TAT---T-T-TTT-T--GC-T-T-TATC--ATAC-C-CT-A--AAATG-AAC-ATC---TA-AGTATTTAAACTC--ATTTTT
gi|77945                      :  TTTTTA--AAA-T-AT--TCATAT--A--AGTGGTGGT--T--G---CAGTG-CTGTACATGT-ATTT-TTTCAC---TG-CCGA-GG-GGCC-----TG-------------TTT--GTA-CCA-TC-ATTAT-T---AA--A-A---------------AAA---TT--G--TGTT----T---G--TT-T-CACTTC----TAA-TTTATTT-AA-TA-AAC--C-AT-ATT-C-CAA-T--T-C---AT---TTTGAGAGTG--AAAA------AAAATGTTG-CA-CAG--TC-AT-----------A-CT-----G--AA-A-C--AAAAATTT-T-A--T-GGACACA--T-TCCT---AGG--A-T-T-TCT-T---C-A-GTGA-ATTCT-G--A-TA-
gi|77946                      :   TTTTA--A---T-ATATTCATAT--T--AGTGATTTT--G------CAGTGGC------TGT-ATTT-TT-GAC---TG-CCG--TG-GGCC-GTATTGG-A-TTTCAA--TTTT--GTA-CCA-CC-ATTAT-T---AA--A-AA-A----CA---TG-AAA---TT--A--TGTT---AA---AA-TT-T-CACTTC----T-A-TTTATCT-AA-TT-AGA--CCAT-A-T-C-TAT-T--T-C---AT--ATTTAAA---G--AAAA------AAA---ATG-CT-GGA--TC-AT-----------ACCT-----C--AA-AAC--AAAAA--A-T-A--T-TGACA-A--T-TTCT---AGG--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G--A-TA-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-T-T--AATAAAAATACCAT-A--A-TT-TAC--TCATT--A-T--A-CT-GA-CAAGC-CCC-TAA---T-T-TTT-T--GC-T-T-TATC--ATAC-C-CT-A--AAATG-AACAATC---TA-AGTATTTAAACTC-ATTTTTTT
gi|77947                      :   TTTTA--A-----AT--TCATAT--TTCAGTGATTTT--G--C---CAGTG-C------TGTTATTT-TTTGAC---TG-CCG--TGTGGCCAGT-TTGG-G-T--CAA--TTT---GTA-CCA-CCCATTAT-T---CA--A-AATA----CA---TG-AAA---TTGTA--TGTT---AACA-A--TT-T-CATTTC----T-A-TTTATCT-AA-TT-A-A--C-AT-A-T-C-TAT-T--T-C---ACTCATTTAGA---G--AAAA------AA----TTA-CA-GGA--CT-CT-----------CCTT-----C--AACA-CG-AAAAA--T-T-A--T--GACA-A--T-TTAT----GG--A-C-T-TCT-T---C-ACATGA-ATTCT-GAAT-AA-TTG--CT---GTTCTGA-CAGA-TGGGT-TACAC-A-T--AATAAAAATACCA--A--A-TT-TAC--TCATT--A-T--A-CT--A-C-ACC-CCC-TAAT--T-T-TTT-T--GCTT-T-TATC--ATACAC-CT-A--AAATG-AACAATC---TACAGTATTTAAACTC-AATTTTTT
gi|77948                      :   TTTTAGAA---T-AT--TCATAT--T--AGTGGTATT--G------CAGTA-C------TGT-ATTT-GT-GTC---TC-CCG--GG-GGCCTGTATCGA-G-TT-CAT--TTTT--GTA-CCA-CC-ATAAT-TT--AA--A-AA-A----GA---TG-AAA---TT--A--TGTT---AA---AA-TT-G-CACTTC----T-A-ATTATTT-AA-TT-AGA--T-GT-A-T-T-CAT-T--T-C---AT--ATTTGAG---G--GGGA------ATA---TTG-CA-GCA--TG-GT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAAT--T-TTA--T-TTACA-T--G-TTCT---AGG------T-TCT-T---C-A-ATGATATTCT-G--A-TT-TTG--CC---GTT-TGA-CAAA-TGGGGGTACAC-G-T--AATAAAAATACCAT-A--A-TT-TAC--TCATT--A-T--A-CT-GA-CAA---CCC-TAT---T-G-GTT-T--GCTA-T-TATC--ATGT-C-CT-C--AAAT
gi|77949                      :     TTA--A---T-AT------AT--T--AGTGGTTTT--G------CAGTG-C------TGT-ATTT-TT-GAC---TG-C-G--TG-GACC-GCATTGA-C-TT-CAT--TTTT--GTA-CCA-CT-ATTAT-A---AA--ACAA-AGAACCA---TG-GAA---TG--A--TGTT---AA---AA-TT-T-CACTTC----T-A-AGTATTT-AA-TT-AGA--C-AT-A-T-T-TAT-T--T-C---AT--ATTTAAG---G--GGGA------AA----TTG-CA-CCA--TC-AA-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAAT--T-T-A--T-GGACA-T--A-TTCT---AGG--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G--A-TA-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-A-C--TATAAAAATACCAT-A--A-TT-CAC--TCATT--A-T--A-CT-GA-CAATC-CCT-TAA---T-G-TTT-T--GCAT-T-TATC--ATTC-C-CT-C--AAATG-AACGATC---GA-AGTATTTAAAACC---TTTTTTatatgagaaatcagaagta
gi|77950                      :                             --AGTGGTGTT--G------CATTG-C------CTT-ACTT-TT-GAC---TG-CCA--AG-GACCTGCACTCT-G-TT-CAG--TTTT--GTG-CCA-CC-AATAT-C---AA--G-AA-A----CA---TG-AAA-------A--T------AA---A--TT-T----TCCAAAAT-A-TTCAATA-AG-TT-A---------------TAT-T--T-CCCGAG--ATTTATG---G--CGGA------ATA---T------GGACATC-GT-----------GCCCTCCTCC--TA-A-C--AA-----T-T-C--TATGAAT-A--TATTTT---ATG--A-A-T-ATG-T---C-A-GTGG-ACTCT-G--A-TA-CTG--TT---GAT-TGA-CAAA-TAGAGGTACAC-T-T--CATAAAAATACTCT-G--A-TT-TAC--TAATA--A-T--A-CA-GA-CAACC-CAC-TAA---TGT-TTTGT--GNNN-N-NNNN--NNNN-N-NN-N--NNNNN-NNNNGTT---TG-AGTGTTCAAtt
gi|77951                      :                             --AGTGATGTT--G------CATTG-C------CTT-ACTT-TT-GAC---TG-CCA--AG-GACCTGCACTCT-G-TT-CAG--TTTT--GTG-CCA-CC-A--AT-G---AA--A-A------------T--AAA---TT-------TTCAAAA---A--AT-T-CAATTA----A-A-ATTATTC-AA-TA-AGT--T-AT-A-T-----T-T--C-CCG-AG--ATTTATG---G--CGGA------AAA---TCGACA------TC-GT-----------GCCC-----C--CT-C-CT-AACAA--TCT-A--T--GAGT-A--TATTTT---ATG--A-A-TATGT-TGACC-A-GTGG-ACTCT-G--A-TA-CTG--TT---GAT-TGA-CAAA-TAGAGGTACAC-T-T--CATAAAGATACTCT-G--A-TT-TAC--TAATA--A-T--A-CA-GG-CATCT-CAC-TAA---T-A-TTT-T--G-TT-T-CAGCA-ATAC-C-CTCA--AAACG-AACTA-T---CG-AGTAATTAGA
gi|77952                      :                                                                    TT-TTTGAC---TG-CCG--TA-AACC-GTATTGA-G-T--TAAC-TTTT--GTA-CCA-CC-ATTAT-T---AATCA-AG-A----AG---TACAAATGTTT--AGTTGTT---AACACA--TT-T-CATCAC----T-G-CCCGTGT-TA-TT--------GT-A-T-CATAT-T--T-C---AC--A
gi|77953                      :                                                                                                               A--TTTT--GTA-C-A-CC-ATTAT-TT--AA--A-AA-A----CA---TG-AA----TT--A--TGTT---AA---A--TTAT-TATTTC----T-A-ATTATTT-AA-TT-A-A--C--T-A-T---TAT-T--T-C----T--ATTTA-----G--AGAA------GAA---TTG-CA-G-----C-G------------ACGT-----C--AA---C--AAAT---T-T-A--T--GGCA-T--A-CTCT---AG---A-C-T-CCT-T---C-A-ATGG-GTTCT-G--A-TA-TTG--CCGTTGTT-TTA-CTGA-T-TGGGTACA--A-T--AAT-AAAATACTA-------TT-TA---TCATT----T--A--G-GT-CAACC-CCG-GAA---T-T-TTT-----CTTGT-TTTC--A-A--C-CT-C--AAATG--ACCATC---TA-AGTATTTTAACTC-AATTTTTT
gi|77954                      :                                                                                                                                                                                                                                      -AT-A-T-C-TAT-T--T-C---AT--ATTTAAG---G--AAAA------AAA---TTG-CA-GCA--TC-AT-----------ACCA-----T--AA-A-C--AAAAT--T-T-A--T-GGA-A-A--TATTCT---AGG--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G--A-TT-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-A-T--AA------------------TT-TAC--TCATT--A-T--A-CT-TA-CAACC-CCC-TAA-----T-TTT-T--GCTT-T-TATC--TTAA-T-CT-C--AAATG-AACAATC---TA-AATATTTAAACTC-AATTTTTT
gi|77955                      :                                                                                                                                                                                                                                               -TAT-T--T-C---AT--ATTTAAG---G--AAAAA-----AAA---TTG-CA-GCG--TC-AT-----------ACGT-----C--AA-A-C--AAAAT--T-T-A--T-GGACA-T--A-CTCT---AGG--A-C-T-CCT-T---C-A-ATGA-GTTCT-G--A-TA-TTG--CC---GTT-TGA-CTGA-TGGGGGTACAC-A-T--AATAAAAATACCAT-A--A-TT-TAC--TCATT--A-T--A-CT-GT-CAACC-CCC-TAA---T-T-TTT-T--GTTT-T-TATC--ATAC-C-CT-C--AAATG-AACAATC---TA-AGTATTTAAACTC-AATTTTTT
gi|77956                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -TTAT---AGG--A-C-G-TCT-T---C-A-AGGG-AATTT-G--A--A-TTG--CC---GTT-TAAACAGA-TGG---TACAC-A-T--AATAAAAATACCAT-A--C-TT-TAC--TCATT--A-A--A-AT-GA-CAACC-CAC-TAA---G-T-TTT-T--GCT

lowQualScore                  :           111                         2222222222                                                                                                                                                                                                                                1111111                                                                                                                                                                         111                                                                                                                                                   
lowQualScore                  :        55 222 2  22      22 22        4444444444     3 777777   1    1  6   333  3   44  1    7          3  444    888   1   1  1  1  1  666  22 88888888  1 7777  333  44   666  55 44 1   22  3 5555    1       1 44     1 1  1  5555555 1  1 5 777  1 1 22  44 22        333 0000000   1   333   1  666 22  44 88888888888    66666 55  1 1 66    8888 1 3 55 1     1 22 7    444 1 22 1 1 1   1 444 1 3    1     1 1 1 3 1   22  333   1   1    1           000 22               3 44  1   44    1 44 1 44   1  1     1   1   666 1 3   1 22    1     88  1  1 1  9999  333   1   1   555  1             2        
lowQualScore                  :        .. ... .  ..      .. ..        ..........     . ......   .    .  .   ...  .   ..  .    .          .  ...    ...   .   .  .  .  .  ...  .. ........  . ....  ...  ..   ...  .. .. .   ..  . ....    .       . ..     . .  .  ....... .  . . ...  . . ..  .. ..        ... .......   .   ...   .  ... ..  .. ...........    ..... ..  . . ..    .... . . .. .     . .. .    ... . .. . . .   . ... . .    .     . . . . .   ..  ...   .   .    .           ... ..               . ..  .   ..    . .. . ..   .  .     .   .   ... . .   . ..    .     ..  .  . .  ....  ...   .   .   ...  .             .        
lowQualScore                  :        88 999 1  99      99 66        4444444444     8 444444   9    8  8   222  6   33  8    3          6  666    333   7   7  7  7  7  555  44 00000000  8 7777  222  33   888  00 33 8   55  6 7777    8       8 77     8 8  8  8888888 7  7 2 999  7 7 33  66 33        222 6666666   8   222   8  000 55  33 66666666666    44444 00  8 8 11    7777 8 6 00 8     8 55 0    888 6 44 7 7 7   7 888 7 5    7     7 7 7 5 7   55  222   8   8    8           111 55               6 33  8   33    8 33 8 33   8  8     8   8   888 8 6   8 55    9     33  9  9 9  0000  333   9   5   222  9             5        
consensus                     : TTTTTTA--A---T-AT--TCATAT--T--AGTGGTTTT--G--G---CAGTG-C------TGT-ATTT-TTTGAC---TG-CCG--TG-GGCC-GTATTGGGTT-CAA--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TT---AA--A--------AA-A----CA---TG--AAA---TT--A--T-GTT--AA-A----ATTT-CACTTCT-A-TTTATC-T-AA-TT-AG-A--C-AT-A-T-C-TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G------AAAA-AAA---TTG-CA-GGA--TC-GT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAA-A--T-T-A--T-TGACA-A--T-TTCT---AGG--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-A-T-A-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-N-T--AATAAAAATACCATA-A--TT-TAC--TCAT-T--A-T--ACT-GA-CAACC-CCC-TAA---T-T-TTT-T--GCTT-TTATC--AT-AC-C-CT-A--AA---ATG-AACAATC---TA-AGTATTTAAACTC-AATTTTTT
Reference ( family-711 )      : TTTTTTA--A---T-AT--TCATAT--T--AGTGGTTTT--G--G---CAGTG-C------TGT-ATTT-TTTGAC---TG-CCG--TG-GGCC-GTATTGGGTT-CAA--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TT---AA--A--------AA-A----CA---TG--AAA---TT--A--T-GTT--AA-A----ATTT-CACTTCT-A-TTTATC-T-AA-TT-AG-A--C-AT-A-T-C-TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G------AAAA-AAA---TTG-CA-GGA--TC-GT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAA-A--T-T-A--T-TGACA-A--T-TTCT---AGG--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-A-T-A-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-N-T--AATAAAAATACCATA-A--TT-TAC--TCAT-T--A-T--ACT-GA-CAACC-CCC-TAA---T-T-TTT-T--GCTT-TTATC--AT-AC-C-CT-A--AA---ATG-AACAATC---TA-AGTATTTAAACTC-AATTTTTT
gi|77931                      : TTTTTTA--A---T-AT--TCATAT--T--AGTGATTTT--G--G---CAGTG-C------TGT-ATTT-TTTGAC---TG-CCG--TG-GGCC-GTATTGGGT--CAA--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TT---AA--A--------AA-A----CA---TG--AAA---TT--A--T-GTT--AA-A-----TTT-CACTTCT-A-TTCATC-T-AA-TT-AG-A--C-AT-A-T-C-TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G------AAAA-AAA---TTG-CA-GGA--TC-AT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAA-A--T-T-A--T-TGACA-A--T-TTCT---AGG--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-T-T-A-TTG--TC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-A-T--AATAAAAATACCATA-T--TT-TAC--TCAT-T--A-T--ACT-GA-CAACC-CCC-TAA---T-T-TTT-T--GCTT-TTATC--AT-AC-C-CT-A--AA---ATG-AACAATT---TA-AGTATTTAAACTC-AATTTTTT
gi|77932                      : TTTTTTA--A---T-AT--TCACAT--T--AGTGATTTTTTG--C---CAGTG-C------TGA-ATTT-TTTGAC---TG-CCG--TG-GGCC-GTATTGGGTT-CAA--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TT---AA--A--------AA-A----CA---TG--AAA---TT--A--T-GTT--AA-A----A-TT-CACTTCT-ATTTTATC-T-AA--T-AG----C-AT-ATT-C-TA-T-T--T---A--TATTTTAA---G------GGAA-AAA---TTG-CAGGGA--TC-GT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAA-A--T-T-A--T-TAAAC-A--T-TTCT---AGG--A-CTT-TCT-T---C-A-ATG--ATTCT-G-A-T-A-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-T-GGGGTACAC-T-T--AATAAAAGTACCATA-A---T-TAC--TCAT-T--A-T--ACT-GA-CAACC-CCC-TAA---T-T-TTT-T--GCTT-TTATC--AT-AC-C-CT-A--AA---ATG-AACAATC---TA-AGTATTTAAAATC-AATTTTTT
gi|77933                      : TTTTTTA--A---T-AT--TCAT-T--T--AGTGAATTT--G------CAGTG-C------TGT-A-TT-TTCGAC---TGCCCG--TG-GGCC-GTATTGGGTT-CAA--TTTT---GTA-CCA--C-AT-TA-TT---AA--A--------AA-A----CA---TG--AAAT--TT--A--T-GTT--AA-A----ATTT-CAC-TCT-A-TTTATC-T-AA-TTCAG-A--C-AT-A-T-C-TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G-------AAA-AAA---TTG-CA--GA--TC-GT-----------ACCT-----CAAAA-A-CAGAAAA-A--T-TAA--T-TGAC--A--T-TTCTA--AGG--A-C-T-TCT-T---A-A-ATGA-ATACT-G-A-T-ATTTG--CC---GTT-TGA--AGA-TGGGGGTACACTT-T--AAT-AAAATACCATA-AT-TT-TAC--TCAT-T--A-TA-ACT-GA-CAACC-CCC-TAATTTT-T-TTT-T--ACTT-TTATCA-AT-AC-C-CT-A--AA---ATG-AACAATC---TA-AGTATTTAACTCC-AATTTTTT
gi|77934                      : TTTTATA--T---T-AT--TCATAT--T--AGTGATT-------G---CAGTG-C------TGT-ATTT-TTTGAC---TG-CCG--TG---CC-GTATTGGGTT-CAA--TTT----GTA-TCA-CC-AT-TA------AA--A--------AA-A----CA---TG--AAA---TT--A--TTGTT--AA-A----TTTC-CACTTCT-A-TTTATC-T-AA-TT-AG-A--C-AT-A-T-C-TA-T-TTATC--A---ATTTAAA---C------AAAA-AAA---TTG-CA--GA--TCAAT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAA-A--T-T-A--T-TTACA-A--T-TTCT---A-G--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-A-T-A-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTA-AC---T--AATAAAAATA-CATA-A--TT-TAC--TCAT-TTAA-T--ACT-GA-CAAGC-CCC--AA---T-T-TTT-T--GCTT-TTATC--AT-AC-C-CT-A--AA---ATG-AACAA-C---TA-AG-A-TTAAACTC-AATTTTTT
gi|77935                      : TTTTTTT--A---T-AT--TCATAT--T--AGTGAATTT--T--G---CAGTG-CC-----TGT-ATTT-TT-GAC---TGGCCG--TG-GGCC-GTATTGGTGT-CAA--TTTTT--GTA-CCA-CT-AT-TA-TT---AA--A--------AA-AAAAACA---TG--AAA---TT--A--T-GTT--AA-A----ATTTTCACTTCT-A-TT-ATC-T-AA-TT-AG-AGAC-AT-AAT-C-TA-T-T--TC-----TATTTAAG---G------AAAA-AAA---TTG-CA-GGA--TC-AT-----------ACCT-----TCAAA-A-C--AAAA-AA-T-T-AATT-TGACA-AATT-TTCTCTAAGG--AAC-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-A-T-A-TTG--CC---GTT-TGA-CAGATTGGGGGTACAC-C-TTAAATAAAAACACCATA-A--TT-TAC--TCAT-TA-A-T--ACT-GA-CAACC-CCT-AAA---T-T-TTT-G--GCTT-TTATCAAAT-AC-C-CT-A--AA---ATG-AAC-ATC---TA-AGTATTTAAACTCAAATTTTTT
gi|77936                      : TTTTTTA--AA--T-AT--TCATAT--T--AGTGATTTT--GCAGAACCAGTG-C------TGT-AATT-TC-GACCTGTG-CCG--TG-GGCC-GCATTGGGGT-CAAATTCTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TTTTAAA--A--------AA-A----CA---TG--AAA---TT--A--T-GTT--AA-A----ATTT-CACTTCT-A-TTTATCTT-AA-TT-AGAA--C-AC-A-T-T-TATT-T--TC--A--TATTTAAG---GAAAAGAAAAA-AAA---TTG-CA-GGA--TC-AT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAA-A--T-T-A----TGACA-A--T-TTCT---A-G--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-TTTCT-G-ACT-A-TTG--TC---GTT-TGA-CAGA-TAGGGG-AC-----T--AAT--AAACACCATA-A--TT-TAC--TCAT-T--A-T--ACT-GA-CAACC-CCC-TAA---T-TGTTT-T--GCTT-TTATC--AT-AC-C-CT-A--AA---ATGAAACAATC---TA-AGTATTT-AACTC-AATTTTTT
gi|77937                      : TTTTTTA--AAAAT-AT--TCATAT--T--AGTGGTTT------G---CAGTG-C------TGT-ATTT-TTTGAC---TG-CCG--TG-GGCC--TATCGAGTT-CAT--TTTTT--GTA-CCAACC-AT-TA-TT---GA--A--------AA-A----TAAAATG--AAA---TTTTA--T-GTG--AA-A----ATCT-CACTTTA-A-T--ATT-T-AA-T--AG-A--C-AT-A-TTC-TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G------GGAA-AA----TTG-CA-GCA--TC-AT-----------TCCT-----C--AA-A-C--AAAA-T--T-TTA--T-GGACA----T-TTCT---AGGGGA-C-T-CCT-TT--C-A-ATGA-ATTCT-G-A-T-A-TTG--CT---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-G-T--AATAAAAATACCATA-A--TT-TACTTTCAT-T--A-TAAACT-GC-CAA-C-CCC-TAA---T-T-TTT-G--GCTT-TTATC--AT-AC-C-CT-C--AA---ATG-AACAATCTCGTA-AGTATTTAAACTC-AATTTTTTt
gi|77938                      : TTTTTTA--AG--T-AT---CATAT--T--AGTGATTT------G---CAGTG-C------TG--ATAT-TTTGA----TG-CCG--TG-G-CC-GTATCGG-TT-CAA--TTTT----TA-CC---C-ATATA-T----AA--A--------AA-A----CA---TG--AAA---TT--AA-T-GT----A-A----ATTT--ACTTCT-A-TTTATC-T-AA-TT--G-A--C-AT-A-T-C-TA-T-T--TC--A--TATTTAAA---G------AAAA-AA----TTG-CAAGGA--------------------CT-----C--AA-A-C--AAAA-A--T-T-A--T-TGACA-A--T-TTCT---AAG----T-T-TCTCT---C-AGATGA-AT-CT-G-A-T-A-T-G--CC---GTT---A-CAGA-TGGGG-TACAC-T-T--AATAAAAATACCATATA--TT-TAC--TCAT-T----T--AC--GG-CAACCACCC-TAA---T-T-TTT-T--GC-T-TTATCT-AT-AC-C-CT-AAGAA---ATG-AA-AATC---TA-AG-ATTTAAACTC-AATTTTT
gi|77939                      : TTTTTTA--AA--T-AT--TCATAT--T--AGTGGTTTTTTG--C---CAGTG-C------TGT-ATTT-T--GAC---TG-C----TT-GGCC-TTAT--GGTT---A--TTTTTTGGTA-CC--CC-AT-TA-TT---AA--A--------AA-A---------TG--AAA---TT--A--T-GTT--AA-A----ATTT-CACTTCT-A----ATC-TTAA-TT-AG-A--C-AT-A-T-T-TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G--------AA-AAA---TTG-CA--GA--TA-AT-----------ACCT--------AA-A-C---AAA-A--C-T-A--T-T-ACA-A--T-TT-T---A-G--A-C-T-TCT-T---CAA-ATGA-TTTGT---A-T-A-TTG---C---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC---T--AATAAGAATACCATA-A--AT-TAC--TCAT-T--A-T--A-T-GA--AACC-C----AA-----T-ATT-T--GCTT-T------ATAAC-C-CT-C--GA---ATG-AAACATC---TA-AGTATTT-AACTC-AATTTTTT
gi|77940                      : TTTTTGA--A---T-AT--TCCTGT--T--AGTGGTTTT--G--C---TAGTGGC------TGT-ATTT-TTTGAC---TG-CCGCGTG-GGCC-GTATTGGGTT-CA----TTT---GTAACCA-CC-AT-TA-TT---AA--A--------AA------TA---TG--AAAA--TT--A--T-GTT--TA-A----ATTT-CTCTTCT-A-ATCATT-T-A--TT-AG-A--C-ATTA-T---TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---GGG----AAAA-AAA---TAA-CA-GGA--TC-ATCAAAAATTCATGCCTT----C--AA-A-C--AAAA-A--A-T-ACTT-TCACA-A--T-TTCT---AGG--A-C-T-TGT-T---C-A-ATGA-ATTCTTG-A-T-A-TTG--CT---GTT-TGA--AGA-TGGGGCTGCAC-AAT--AATAAAAATACCATA-A--TT-TAC--TCAT-T--A----ACTCGA-CAACC-CAG-GGA---T-T-TAT-CCAGCTT-TAA----AT-AC-TACT-------------AACCATT---TC-CGTATTTAA
gi|77941                      : TTTTTTA--A---T-TG--TCGTTT--T--AGTGGTTT---G--A---CAGTG-C------TGT-ATTT-TTTTAC---TG-T---------------TTAGGTTTCAT--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TT---AA--A--------GA------CA---TG--AAA---T---A--T-GTT--AA-A----ATTT-CATATCT-A-ATTGTT-T-AAATT-AG----C-AT-A-T-T-TA-TGT--TC--A--T-TTCAAG---GG-----AAAA-AAA---TTG-CA-GCA--TC-AT-----------AT-T-----C--AA-A-C--AAAA-T--T-T----T-TGG-A-A--TACTAT---AGA------T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-A-TTA-TTGGTCC---GTT-TG-------TGG---TACA--------ATATG--TACCATA-AATTTATAC--TCATAT--A-T---CT-GA-CAACC-CCCATAAA--T-TGTTT-T--GCTT-TTATC--AT-AC-C-TTCA--AA---ATG-AACAATC---TA-AGTATTTAAACT
gi|77942                      : TTTTTTA--A---TTAT--TCATAT--T--AGTGGTTTT--G------CAGTG-C------TGT-ATTT-T-TGAC---TG-CCG--TG-GGCC-GTATTGAGTT-AAT--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TT---AA--ACAAGAAGTAA-A----AA---TGTTAAC---TT--G--T-TTT--AA-AACACATTT-CATCACT-G-CCTGTG-T-TA-TT---------GT-A-T-CATA-T-T--TC--A--CA
gi|77943                      : TTTTTTAGAA---T-AT--TCATAT--T--AGTGGTCTT--G------CAGTG-C------TGT-ATTT-TTC-AC---TG-CCG--TG-GGCC-GTGATGAGTT-CAA--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TT---AA--A--------A
gi|77944                      :  TTTTTA--A---T-AT--TCATATATT--AGTGATTT------G---CAGTG-C-------GT-ATTTGTTTGAC---TG-CCT--GG-GGCC-GTATTGGGTT-CAA--TTTTT--GTA-CCA-CC-AT-TA-TTT--AA--A--------AA-A----CA---TG--AA----TT--A--T-GTT--AA-A-----TTC-TACTTCT-A-TTTATC-T-AA-TT--T-A--C-AT-A-T-T-TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G------AAAA-AAA---TTG-CA-GGA--TC-AT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAA----T-T-A--T-TGACA-A--T-TTCT---GGG--A-C-T--CT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-A-T-A-TTG--CC---CTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-A-C--AATAAAAATACCATATA--TT-TACT-TCAT-T--ATT--ACT-GACCAACC-CCC-TAT---T-T-TTT-T--GC-T-TTATC--AT-AC-C-CT-A--AA---ATG-AAC-ATC---TA-AGTATTTAAACTC--ATTTTT
gi|77945                      :  TTTTTA--AAA-T-AT--TCATAT--A--AGTGGTGGT--T--G---CAGTG-CTGTACATGT-ATTT-TTTCAC---TG-CCGA-GG-GGCC-----TG-----------TTT---GTA-CCA-TC-AT-TA-TT---AA--A--------A----------------AAA---TT--G--T-GTT-----T----GTTT-CACTTCTAA-TTTATT-T-AA-TA-AA-C--C-AT-ATT-C-CA-A-T--TC--A--T-TTTGAGAGTG------AAAA-AAAATGTTG-CA-CAG--TC-AT-----------A-CT-----G--AA-A-C--AAAA-ATTT-T-A--T-GGACACA--T-TCCT---AGG--A-T-T-TCT-T---C-A-GTGA-ATTCT-G-A-T-A-
gi|77946                      :   TTTTA--A---T-ATATTCATAT--T--AGTGATTTT--G------CAGTGGC------TGT-ATTT-TT-GAC---TG-CCG--TG-GGCC-GTATTGGATTTCAA--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TT---AA--A--------AA-A----CA---TG--AAA---TT--A--T-GTT--AA-A----ATTT-CACTTCT-A-TTTATC-T-AA-TT-AG-A--CCAT-A-T-C-TA-T-T--TC--A--TATTTAAA---G------AAAA-AAA---ATG-CT-GGA--TC-AT-----------ACCT-----C--AA-AAC--AAAA-A--A-T-A--T-TGACA-A--T-TTCT---AGG--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-A-T-A-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-T-T--AATAAAAATACCATA-A--TT-TAC--TCAT-T--A-T--ACT-GA-CAAGC-CCC-TAA---T-T-TTT-T--GC-T-TTATC--AT-AC-C-CT-A--AA---ATG-AACAATC---TA-AGTATTTAAACTC-ATTTTTTT
gi|77947                      :   TTTTA--A-----AT--TCATAT--TTCAGTGATTTT--G--C---CAGTG-C------TGTTATTT-TTTGAC---TG-CCG--TGTGGCCAGT-TTGGGT--CAA--TTT----GTA-CCA-CCCAT-TA-TT---CA--A--------AATA----CA---TG--AAA---TTGTA--T-GTT--AACA----ATTT-CATTTCT-A-TTTATC-T-AA-TT-A--A--C-AT-A-T-C-TA-T-T--TC--ACTCATTT-AG---A------GAAA-AAA---TTA-CA-GGA--CT-CT-----------CCTT-----C--AACA-CG-AAAA-A--T-T-A----TGACA-A--T-TTAT----GG--A-C-T-TCT-T---C-ACATGA-ATTCT-GAA-TAA-TTG--CT---GTTCTGA-CAGA-T-GGGTTACAC-A-T--AATAAAAATACCA-A-A--TT-TAC--TCAT-T--A-T--ACT--A-C-ACC-CCC-TAAT--T-T-TTT-T--GCTT-TTATC--AT-ACAC-CT-A--AA---ATG-AACAATC---TACAGTATTTAAACTC-AATTTTTT
gi|77948                      :   TTTTAGAA---T-AT--TCATAT--T--AGTGGTATT-----G---CAGTA-C------TGT-A-TT-TGTGTC---TC-CCG--GG-GGCCTGTATCGAGTT-CAT--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-AATTT---AA--A--------AA-A----GA---TG--AAA---TT--A--T-GTT--AA-A----ATTG-CACTTCT-A-ATTATT-T-AA-TT-AG-A--T-GT-A-T-T-CA-T-T--TC--A--TATTTGAG---G------GGGA-ATA---TTG-CA-GCA--TG-GT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAATT--T-T-A--T-TTACA-T--G-TTCT---AGG------T-TCT-T---C-A-ATGATATTCT-G-A-T-T-TTG--CC---GTT-TGA-CAAA-TGGGGGTACAC-G-T--AATAAAAATACCATA-A--TT-TAC--TCAT-T--A-T--ACT-GA-CAA---CCC-TAT---T-G-GTT-T--GCTA-TTATC--AT-GT-C-CTCA--AATATATG-AGAAATCA--GA-AGTA
gi|77949                      :     TTA--A---T-AT------AT--T--AGTGGTTTT--G------CAGTG-C------TGT-ATTT-TT-GAC---TG-C-G--TG-GACC-GCATTGACTT-CAT--TTTT---GTA-CCA-CT-AT-TA-TA---AA--AC-------AA-AGAACCA---TG--GAA---TG--A--T-GTT--AA-A----ATTT-CACTTCT-A-AGTATT-T-AA-TT-AG-A--C-AT-A-T-T-TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G------GGGA-AA----TTG-CA-CCA--TC-AA-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAA-T--T-T-A--T-GGACA-T--A-TTCT---AGG--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-A-T-A-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-A-C--TATAAAAATACCATA-A--TT-CAC--TCAT-T--A-T--ACT-GA-CAATC-CCT-TAA---T-G-TTT-T--GCAT-TTATC--AT-TC-C-CT-C--AA---ATG-AACGATC---GA-AGTATTTAAAACC---TTTTTT
gi|77950                      :                             --AGTGGTGTT--G------CATTG-C------CTT-ACTT-TT-GAC---TG-CCA--AG-GACCTGCACTCTGTT-CAG--TTTT---GTG-CCA-CC-AA-TA-TC---AA--G--------AA-A----CA---TG--AAA-------A--T-------A-A----ATTT----TCCA-A-AATATT-C-AA-TA-AG-T--T-AT-A-T------T-T--CCCGA--GATTTATG---G------CGGA-ATA---T------GGACATC-GT-----------GCCCTCCTCC--TA-A-C--AA------T-T-C--TATGAAT-A--TATTTT---ATG--A-A-T-ATG-T---C-A-GTGG-ACTCT-G-A-T-A-CTG--TT---GAT-TGA-CAAA-TAGAGGTACAC-T-T--CATAAAAATACTCTG-A--TT-TAC--TAAT-A--A-T--ACA-GA-CAACC-CAC-TAA---TGT-TTTGT--GNNN-NNNNN--NN-NN-N-NN-N--NN---NNN-NNNNGTT---TG-AGTGTTCAAtt
gi|77951                      :                             --AGTGATGTT--G------CATTG-C------CTT-ACTT-TT-GAC---TG-CCA--AG-GACCTGCACTCTGTT-CAG--TTTT---GTG-CCA-CC-A---A-TG---AA--A--------A------------T---AAA---TT--------TTCAAA-A----AATT-CAATTAA-A-ATTATT-C-AA-TA-AG-T--T-AT-A-T------T-T--CCCGA--GATTTATG---G------CGGA-AAA---TCGACA------TC-GT-----------GCCC-----C--CT-C-CT-AACA-A--TCT-A--T--GAGT-A--TATTTT---ATG--A-A-TATGT-TGACC-A-GTGG-ACTCT-G-A-T-A-CTG--TT---GAT-TGA-CAAA-TAGAGGTACAC-T-T--CATAAAGATACTCTG-A--TT-TAC--TAAT-A--A-T--ACA-GG-CATCT-CAC-TAA---T-A-TTT-T--G-TT-TCAGCA-AT-AC-C-CTCA--AA---ACG-AACTATC----G-AGTAATTAGA
gi|77952                      :                                                                    TT-TTTGAC---TG-CCG--TA-AACC-GTATTGAGTT-AAC--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TT---AATCA--------AG-A----AG---TAC-AAATGTTT--AGTT-GTT--AACAC---ATTT-CATCACT-G-CCCGTG-T-TA-TT---------GT-A-T-CATA-T-T--TC--A--CA
gi|77953                      :                                                                                                             A--TTTT---GTA-C-A-CC-AT-TA-TTT--AA--A--------AA-A----CA---TG--AA----TT--A--T-GTT--AA-A----TTAT-TATTTCT-A-ATTATT-T-AA-TT-A--A--C--T-A-T---TA-T-T--TC-----TATTTA-----G------AGAA-GAA---TTG-CA-G-----C-G------------ACGT-----C---A-A-C---AAA-T--T-T-A----TGGCA-T--A-CTCT---A-G--A-C-T-CCT-T---C-A-ATGG-GTTCT-G-A-T-A-TTG--CCGTTGTT-TTA-CTGA-T-TGGGTACA--A-T--AAT-AAAATACT----A--TT-TA---TCAT-T----T--A-G-GT-CAACC-CCG-GAA---T-T-TTT-----CTTGTTTTC--A--A--C-CT-C--AA---ATG--ACCATC---TA-AGTATTTTAACTC-AATTTTTT
gi|77954                      :                                                                                                                                                                                                                                            -AT-A-T-C-TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G------AAAA-AAA---TTG-CA-GCA--TC-AT-----------ACCA-----T--AA-A-C--AAAA-T--T-T-A--T-GGA-A-A--TATTCT---AGG--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-A-T-T-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACA------------------CATA-A--TT-TAC--TCAT-T--A-T--ACT-TA-CAACC-CCC-TAA-----T-TTT-T--GCTT-TTATC--TT-AA-T-CT-C--AA---ATG-AACAATC---TA-AATATTTAAACTC-AATTTTTT
gi|77955                      :                                                                                                                                                                                                                                                     -TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G------AAAAAAAA---TTG-CA-GCG--TC-AT-----------ACGT-----C--AA-A-C--AAAA-T--T-T-A--T-GGACA-T--A-CTCT---AGG--A-C-T-CCT-T---C-A-ATGA-GTTCT-G-A-T-A-TTG--CC---GTT-TGA-CTGA-TGGGGGTACAC-A-T--AATAAAAATACCATA-A--TT-TAC--TCAT-T--A-T--ACT-GT-CAACC-CCC-TAA---T-T-TTT-T--GTTT-TTATC--AT-AC-C-CT-C--AA---ATG-AACAATC---TA-AGTATTTAAACTC-AATTTTTT
gi|77956                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -TTAT---AGG--A-C-G-TCT-T---C-A-AGGG-AATTT-G-A---A-TTG--CC---GTT-TAAACAGA-TGG---TACAC-A-T--AATAAAAATACCATA-C--TT-TAC--TCAT-T--A-A--AAT-GA-CAACC-CAC-TAA---G-T-TTT-T--GCT

lowQualScore                  :           111                         2222222222                                                                                                                                                                                                                                1111111                                                                                                                                                                         111                                                                                                                                                   
lowQualScore                  :        55 222 2  22      22 22        4444444444     3 777777   1    1  6   333  3   44  1    7          3  444    888   1   1  1  1  1  666  22 88888888  1 7777  333  44   666  55 44 1   22  3 5555    1       1 44     1 1  1  5555555 1  1 5 777  1 1 22  44 22        333 0000000   1   333   1  666 22  44 88888888888    66666 55  1 1 66    8888 1 3 55 1     1 22 7    444 1 22 1 1 1   1 444 1 3    1     1 1 1 3 1   22  333   1   1    1           000 22               3 44  1   44    1 44 1 44   1  1     1   1   666 1 3   1 22    1     88  1  1 1  9999  333   1   1   555  1             2        
lowQualScore                  :        .. ... .  ..      .. ..        ..........     . ......   .    .  .   ...  .   ..  .    .          .  ...    ...   .   .  .  .  .  ...  .. ........  . ....  ...  ..   ...  .. .. .   ..  . ....    .       . ..     . .  .  ....... .  . . ...  . . ..  .. ..        ... .......   .   ...   .  ... ..  .. ...........    ..... ..  . . ..    .... . . .. .     . .. .    ... . .. . . .   . ... . .    .     . . . . .   ..  ...   .   .    .           ... ..               . ..  .   ..    . .. . ..   .  .     .   .   ... . .   . ..    .     ..  .  . .  ....  ...   .   .   ...  .             .        
lowQualScore                  :        88 999 1  99      99 66        4444444444     8 444444   9    8  8   222  6   33  8    3          6  666    333   7   7  7  7  7  555  44 00000000  8 7777  222  33   888  00 33 8   55  6 7777    8       8 77     8 8  8  8888888 7  7 2 999  7 7 33  66 33        222 6666666   8   222   8  000 55  33 66666666666    44444 00  8 8 11    7777 8 6 00 8     8 55 0    888 6 44 7 7 7   7 888 7 5    7     7 7 7 5 7   55  222   8   8    8           111 55               6 33  8   33    8 33 8 33   8  8     8   8   888 8 6   8 55    9     33  9  9 9  0000  333   9   5   222  9             5        
consensus                     : TTTTTTA--A---T-AT--TCATAT--T--AGTGGTTTT--G--G---CAGTG-C------TGT-ATTT-TTTGAC---TG-CCG--TG-GGCC-GTATTGGGTT-CAA--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TT---AA--A--------AA-A----CA---TG--AAA---TT--A--T-GTT--AA-A----ATTT-CACTTCT-A-TTTATC-T-AA-TT-AG-A--C-AT-A-T-C-TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G------AAAA-AAA---TTG-CA-GGA--TC-GT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAA-A--T-T-A--T-TGACA-A--T-TTCT---AGG--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-A-T-A-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-N-T--AATAAAAATACCATA-A--TT-TAC--TCAT-T--A-T--ACT-GA-CAACC-CCC-TAA---T-T-TTT-T--GCTT-TTATC--AT-AC-C-CT-A--AA---ATG-AACAATC---TA-AGTATTTAAACTC-AATTTTTT
Reference ( family-711 )      : TTTTTTA--A---T-AT--TCATAT--T--AGTGGTTTT--G--G---CAGTG-C------TGT-ATTT-TTTGAC---TG-CCG--TG-GGCC-GTATTGGGTT-CAA--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TT---AA--A--------AA-A----CA---TG--AAA---TT--A--T-GTT--AA-A----ATTT-CACTTCT-A-TTTATC-T-AA-TT-AG-A--C-AT-A-T-C-TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G------AAAA-AAA---TTG-CA-GGA--TC-GT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAA-A--T-T-A--T-TGACA-A--T-TTCT---AGG--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-A-T-A-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-N-T--AATAAAAATACCATA-A--TT-TAC--TCAT-T--A-T--ACT-GA-CAACC-CCC-TAA---T-T-TTT-T--GCTT-TTATC--AT-AC-C-CT-A--AA---ATG-AACAATC---TA-AGTATTTAAACTC-AATTTTTT
gi|77931                      : TTTTTTA--A---T-AT--TCATAT--T--AGTGATTTT--G--G---CAGTG-C------TGT-ATTT-TTTGAC---TG-CCG--TG-GGCC-GTATTGGGT--CAA--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TT---AA--A--------AA-A----CA---TG--AAA---TT--A--T-GTT--AA-A-----TTT-CACTTCT-A-TTCATC-T-AA-TT-AG-A--C-AT-A-T-C-TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G------AAAA-AAA---TTG-CA-GGA--TC-AT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAA-A--T-T-A--T-TGACA-A--T-TTCT---AGG--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-T-T-A-TTG--TC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-A-T--AATAAAAATACCATA-T--TT-TAC--TCAT-T--A-T--ACT-GA-CAACC-CCC-TAA---T-T-TTT-T--GCTT-TTATC--AT-AC-C-CT-A--AA---ATG-AACAATT---TA-AGTATTTAAACTC-AATTTTTT
gi|77932                      : TTTTTTA--A---T-AT--TCACAT--T--AGTGATTTTTTG--C---CAGTG-C------TGA-ATTT-TTTGAC---TG-CCG--TG-GGCC-GTATTGGGTT-CAA--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TT---AA--A--------AA-A----CA---TG--AAA---TT--A--T-GTT--AA-A----A-TT-CACTTCT-ATTTTATC-T-AA--T-AG----C-AT-ATT-C-TA-T-T--T---A--TATTTTAA---G------GGAA-AAA---TTG-CAGGGA--TC-GT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAA-A--T-T-A--T-TAAAC-A--T-TTCT---AGG--A-CTT-TCT-T---C-A-ATG--ATTCT-G-A-T-A-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-T-GGGGTACAC-T-T--AATAAAAGTACCATA-A---T-TAC--TCAT-T--A-T--ACT-GA-CAACC-CCC-TAA---T-T-TTT-T--GCTT-TTATC--AT-AC-C-CT-A--AA---ATG-AACAATC---TA-AGTATTTAAAATC-AATTTTTT
gi|77933                      : TTTTTTA--A---T-AT--TCAT-T--T--AGTGAATTT--G------CAGTG-C------TGT-A-TT-TTCGAC---TGCCCG--TG-GGCC-GTATTGGGTT-CAA--TTTT---GTA-CCA--C-AT-TA-TT---AA--A--------AA-A----CA---TG--AAAT--TT--A--T-GTT--AA-A----ATTT-CAC-TCT-A-TTTATC-T-AA-TTCAG-A--C-AT-A-T-C-TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G-------AAA-AAA---TTG-CA--GA--TC-GT-----------ACCT-----CAAAA-A-CAGAAAA-A--T-TAA--T-TGAC--A--T-TTCTA--AGG--A-C-T-TCT-T---A-A-ATGA-ATACT-G-A-T-ATTTG--CC---GTT-TGA--AGA-TGGGGGTACACTT-T--AAT-AAAATACCATA-AT-TT-TAC--TCAT-T--A-TA-ACT-GA-CAACC-CCC-TAATTTT-T-TTT-T--ACTT-TTATCA-AT-AC-C-CT-A--AA---ATG-AACAATC---TA-AGTATTTAACTCC-AATTTTTT
gi|77934                      : TTTTATA--T---T-AT--TCATAT--T--AGTGATT-------G---CAGTG-C------TGT-ATTT-TTTGAC---TG-CCG--TG---CC-GTATTGGGTT-CAA--TTT----GTA-TCA-CC-AT-TA------AA--A--------AA-A----CA---TG--AAA---TT--A--TTGTT--AA-A----TTTC-CACTTCT-A-TTTATC-T-AA-TT-AG-A--C-AT-A-T-C-TA-T-TTATC--A---ATTTAAA---C------AAAA-AAA---TTG-CA--GA--TCAAT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAA-A--T-T-A--T-TTACA-A--T-TTCT---A-G--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-A-T-A-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTA-AC---T--AATAAAAATA-CATA-A--TT-TAC--TCAT-TTAA-T--ACT-GA-CAAGC-CCC--AA---T-T-TTT-T--GCTT-TTATC--AT-AC-C-CT-A--AA---ATG-AACAA-C---TA-AG-A-TTAAACTC-AATTTTTT
gi|77935                      : TTTTTTT--A---T-AT--TCATAT--T--AGTGAATTT--T--G---CAGTG-CC-----TGT-ATTT-TT-GAC---TGGCCG--TG-GGCC-GTATTGGTGT-CAA--TTTTT--GTA-CCA-CT-AT-TA-TT---AA--A--------AA-AAAAACA---TG--AAA---TT--A--T-GTT--AA-A----ATTTTCACTTCT-A-TT-ATC-T-AA-TT-AG-AGAC-AT-AAT-C-TA-T-T--TC-----TATTTAAG---G------AAAA-AAA---TTG-CA-GGA--TC-AT-----------ACCT-----TCAAA-A-C--AAAA-AA-T-T-AATT-TGACA-AATT-TTCTCTAAGG--AAC-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-A-T-A-TTG--CC---GTT-TGA-CAGATTGGGGGTACAC-C-TTAAATAAAAACACCATA-A--TT-TAC--TCAT-TA-A-T--ACT-GA-CAACC-CCT-AAA---T-T-TTT-G--GCTT-TTATCAAAT-AC-C-CT-A--AA---ATG-AAC-ATC---TA-AGTATTTAAACTCAAATTTTTT
gi|77936                      : TTTTTTA--AA--T-AT--TCATAT--T--AGTGATTTT--GCAGAACCAGTG-C------TGT-AATT-TC-GACCTGTG-CCG--TG-GGCC-GCATTGGGGT-CAAATTCTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TTTTAAA--A--------AA-A----CA---TG--AAA---TT--A--T-GTT--AA-A----ATTT-CACTTCT-A-TTTATCTT-AA-TT-AGAA--C-AC-A-T-T-TATT-T--TC--A--TATTTAAG---GAAAAGAAAAA-AAA---TTG-CA-GGA--TC-AT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAA-A--T-T-A----TGACA-A--T-TTCT---A-G--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-TTTCT-G-ACT-A-TTG--TC---GTT-TGA-CAGA-TAGGGG-AC-----T--AAT--AAACACCATA-A--TT-TAC--TCAT-T--A-T--ACT-GA-CAACC-CCC-TAA---T-TGTTT-T--GCTT-TTATC--AT-AC-C-CT-A--AA---ATGAAACAATC---TA-AGTATTT-AACTC-AATTTTTT
gi|77937                      : TTTTTTA--AAAAT-AT--TCATAT--T--AGTGGTTT------G---CAGTG-C------TGT-ATTT-TTTGAC---TG-CCG--TG-GGCC--TATCGAGTT-CAT--TTTTT--GTA-CCAACC-AT-TA-TT---GA--A--------AA-A----TAAAATG--AAA---TTTTA--T-GTG--AA-A----ATCT-CACTTTA-A-T--ATT-T-AA-T--AG-A--C-AT-A-TTC-TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G------GGAA-AA----TTG-CA-GCA--TC-AT-----------TCCT-----C--AA-A-C--AAAA-T--T-TTA--T-GGACA----T-TTCT---AGGGGA-C-T-CCT-TT--C-A-ATGA-ATTCT-G-A-T-A-TTG--CT---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-G-T--AATAAAAATACCATA-A--TT-TACTTTCAT-T--A-TAAACT-GC-CAA-C-CCC-TAA---T-T-TTT-G--GCTT-TTATC--AT-AC-C-CT-C--AA---ATG-AACAATCTCGTA-AGTATTTAAACTC-AATTTTTTt
gi|77938                      : TTTTTTA--AG--T-AT---CATAT--T--AGTGATTT------G---CAGTG-C------TG--ATAT-TTTGA----TG-CCG--TG-G-CC-GTATCGG-TT-CAA--TTTT----TA-CC---C-ATATA-T----AA--A--------AA-A----CA---TG--AAA---TT--AA-T-GT----A-A----ATTT--ACTTCT-A-TTTATC-T-AA-TT--G-A--C-AT-A-T-C-TA-T-T--TC--A--TATTTAAA---G------AAAA-AA----TTG-CAAGGA--------------------CT-----C--AA-A-C--AAAA-A--T-T-A--T-TGACA-A--T-TTCT---AAG----T-T-TCTCT---C-AGATGA-AT-CT-G-A-T-A-T-G--CC---GTT---A-CAGA-TGGGG-TACAC-T-T--AATAAAAATACCATATA--TT-TAC--TCAT-T----T--AC--GG-CAACCACCC-TAA---T-T-TTT-T--GC-T-TTATCT-AT-AC-C-CT-AAGAA---ATG-AA-AATC---TA-AG-ATTTAAACTC-AATTTTT
gi|77939                      : TTTTTTA--AA--T-AT--TCATAT--T--AGTGGTTTTTTG--C---CAGTG-C------TGT-ATTT-T--GAC---TG-C----TT-GGCC-TTAT--GGTT---A--TTTTTTGGTA-CC--CC-AT-TA-TT---AA--A--------AA-A---------TG--AAA---TT--A--T-GTT--AA-A----ATTT-CACTTCT-A----ATC-TTAA-TT-AG-A--C-AT-A-T-T-TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G--------AA-AAA---TTG-CA--GA--TA-AT-----------ACCT--------AA-A-C---AAA-A--C-T-A--T-T-ACA-A--T-TT-T---A-G--A-C-T-TCT-T---CAA-ATGA-TTTGT---A-T-A-TTG---C---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC---T--AATAAGAATACCATA-A--AT-TAC--TCAT-T--A-T--A-T-GA--AACC-C----AA-----T-ATT-T--GCTT-T------ATAAC-C-CT-C--GA---ATG-AAACATC---TA-AGTATTT-AACTC-AATTTTTT
gi|77940                      : TTTTTGA--A---T-AT--TCCTGT--T--AGTGGTTTT--G--C---TAGTGGC------TGT-ATTT-TTTGAC---TG-CCGCGTG-GGCC-GTATTGGGTT-CA----TTT---GTAACCA-CC-AT-TA-TT---AA--A--------AA------TA---TG--AAAA--TT--A--T-GTT--TA-A----ATTT-CTCTTCT-A-ATCATT-T-A--TT-AG-A--C-ATTA-T---TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---GGG----AAAA-AAA---TAA-CA-GGA--TC-ATCAAAAATTCATGCCTT----C--AA-A-C--AAAA-A--A-T-ACTT-TCACA-A--T-TTCT---AGG--A-C-T-TGT-T---C-A-ATGA-ATTCTTG-A-T-A-TTG--CT---GTT-TGA--AGA-TGGGGCTGCAC-AAT--AATAAAAATACCATA-A--TT-TAC--TCAT-T--A----ACTCGA-CAACC-CAG-GGA---T-T-TAT-CCAGCTT-TAA----AT-AC-TACT-------------AACCATT---TC-CGTATTTAA
gi|77941                      : TTTTTTA--A---T-TG--TCGTTT--T--AGTGGTTT---G--A---CAGTG-C------TGT-ATTT-TTTTAC---TG-T---------------TTAGGTTTCAT--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TT---AA--A--------GA------CA---TG--AAA---T---A--T-GTT--AA-A----ATTT-CATATCT-A-ATTGTT-T-AAATT-AG----C-AT-A-T-T-TA-TGT--TC--A--T-TTCAAG---GG-----AAAA-AAA---TTG-CA-GCA--TC-AT-----------AT-T-----C--AA-A-C--AAAA-T--T-T----T-TGG-A-A--TACTAT---AGA------T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-A-TTA-TTGGTCC---GTT-TG-------TGG---TACA--------ATATG--TACCATA-AATTTATAC--TCATAT--A-T---CT-GA-CAACC-CCCATAAA--T-TGTTT-T--GCTT-TTATC--AT-AC-C-TTCA--AA---ATG-AACAATC---TA-AGTATTTAAACT
gi|77942                      : TTTTTTA--A---TTAT--TCATAT--T--AGTGGTTTT--G------CAGTG-C------TGT-ATTT-T-TGAC---TG-CCG--TG-GGCC-GTATTGAGTT-AAT--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TT---AA--ACAAGAAGTAA-A----AA---TGTTAAC---TT--G--T-TTT--AA-AACACATTT-CATCACT-G-CCTGTG-T-TA-TT---------GT-A-T-CATA-T-T--TC--A--CA
gi|77943                      : TTTTTTAGAA---T-AT--TCATAT--T--AGTGGTCTT--G------CAGTG-C------TGT-ATTT-TTC-AC---TG-CCG--TG-GGCC-GTGATGAGTT-CAA--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TT---AA--A--------A
gi|77944                      :  TTTTTA--A---T-AT--TCATATATT--AGTGATTT------G---CAGTG-C-------GT-ATTTGTTTGAC---TG-CCT--GG-GGCC-GTATTGGGTT-CAA--TTTTT--GTA-CCA-CC-AT-TA-TTT--AA--A--------AA-A----CA---TG--AA----TT--A--T-GTT--AA-A-----TTC-TACTTCT-A-TTTATC-T-AA-TT--T-A--C-AT-A-T-T-TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G------AAAA-AAA---TTG-CA-GGA--TC-AT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAA----T-T-A--T-TGACA-A--T-TTCT---GGG--A-C-T--CT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-A-T-A-TTG--CC---CTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-A-C--AATAAAAATACCATATA--TT-TACT-TCAT-T--ATT--ACT-GACCAACC-CCC-TAT---T-T-TTT-T--GC-T-TTATC--AT-AC-C-CT-A--AA---ATG-AAC-ATC---TA-AGTATTTAAACTC--ATTTTT
gi|77945                      :  TTTTTA--AAA-T-AT--TCATAT--A--AGTGGTGGT--T--G---CAGTG-CTGTACATGT-ATTT-TTTCAC---TG-CCGA-GG-GGCC-----TG-----------TTT---GTA-CCA-TC-AT-TA-TT---AA--A--------A----------------AAA---TT--G--T-GTT-----T----GTTT-CACTTCTAA-TTTATT-T-AA-TA-AA-C--C-AT-ATT-C-CA-A-T--TC--A--T-TTTGAGAGTG------AAAA-AAAATGTTG-CA-CAG--TC-AT-----------A-CT-----G--AA-A-C--AAAA-ATTT-T-A--T-GGACACA--T-TCCT---AGG--A-T-T-TCT-T---C-A-GTGA-ATTCT-G-A-T-A-
gi|77946                      :   TTTTA--A---T-ATATTCATAT--T--AGTGATTTT--G------CAGTGGC------TGT-ATTT-TT-GAC---TG-CCG--TG-GGCC-GTATTGGATTTCAA--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TT---AA--A--------AA-A----CA---TG--AAA---TT--A--T-GTT--AA-A----ATTT-CACTTCT-A-TTTATC-T-AA-TT-AG-A--CCAT-A-T-C-TA-T-T--TC--A--TATTTAAA---G------AAAA-AAA---ATG-CT-GGA--TC-AT-----------ACCT-----C--AA-AAC--AAAA-A--A-T-A--T-TGACA-A--T-TTCT---AGG--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-A-T-A-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-T-T--AATAAAAATACCATA-A--TT-TAC--TCAT-T--A-T--ACT-GA-CAAGC-CCC-TAA---T-T-TTT-T--GC-T-TTATC--AT-AC-C-CT-A--AA---ATG-AACAATC---TA-AGTATTTAAACTC-ATTTTTTT
gi|77947                      :   TTTTA--A-----AT--TCATAT--TTCAGTGATTTT--G--C---CAGTG-C------TGTTATTT-TTTGAC---TG-CCG--TGTGGCCAGT-TTGGGT--CAA--TTT----GTA-CCA-CCCAT-TA-TT---CA--A--------AATA----CA---TG--AAA---TTGTA--T-GTT--AACA----ATTT-CATTTCT-A-TTTATC-T-AA-TT-A--A--C-AT-A-T-C-TA-T-T--TC--ACTCATTT-AG---A------GAAA-AAA---TTA-CA-GGA--CT-CT-----------CCTT-----C--AACA-CG-AAAA-A--T-T-A----TGACA-A--T-TTAT----GG--A-C-T-TCT-T---C-ACATGA-ATTCT-GAA-TAA-TTG--CT---GTTCTGA-CAGA-T-GGGTTACAC-A-T--AATAAAAATACCA-A-A--TT-TAC--TCAT-T--A-T--ACT--A-C-ACC-CCC-TAAT--T-T-TTT-T--GCTT-TTATC--AT-ACAC-CT-A--AA---ATG-AACAATC---TACAGTATTTAAACTC-AATTTTTT
gi|77948                      :   TTTTAGAA---T-AT--TCATAT--T--AGTGGTATT-----G---CAGTA-C------TGT-A-TT-TGTGTC---TC-CCG--GG-GGCCTGTATCGAGTT-CAT--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-AATTT---AA--A--------AA-A----GA---TG--AAA---TT--A--T-GTT--AA-A----ATTG-CACTTCT-A-ATTATT-T-AA-TT-AG-A--T-GT-A-T-T-CA-T-T--TC--A--TATTTGAG---G------GGGA-ATA---TTG-CA-GCA--TG-GT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAATT--T-T-A--T-TTACA-T--G-TTCT---AGG------T-TCT-T---C-A-ATGATATTCT-G-A-T-T-TTG--CC---GTT-TGA-CAAA-TGGGGGTACAC-G-T--AATAAAAATACCATA-A--TT-TAC--TCAT-T--A-T--ACT-GA-CAA---CCC-TAT---T-G-GTT-T--GCTA-TTATC--AT-GT-C-CTCA--AATATATG-AGAAATCA--GA-AGTA
gi|77949                      :     TTA--A---T-AT------AT--T--AGTGGTTTT--G------CAGTG-C------TGT-ATTT-TT-GAC---TG-C-G--TG-GACC-GCATTGACTT-CAT--TTTT---GTA-CCA-CT-AT-TA-TA---AA--AC-------AA-AGAACCA---TG--GAA---TG--A--T-GTT--AA-A----ATTT-CACTTCT-A-AGTATT-T-AA-TT-AG-A--C-AT-A-T-T-TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G------GGGA-AA----TTG-CA-CCA--TC-AA-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAA-T--T-T-A--T-GGACA-T--A-TTCT---AGG--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-A-T-A-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-A-C--TATAAAAATACCATA-A--TT-CAC--TCAT-T--A-T--ACT-GA-CAATC-CCT-TAA---T-G-TTT-T--GCAT-TTATC--AT-TC-C-CT-C--AA---ATG-AACGATC---GA-AGTATTTAAAACC---TTTTTT
gi|77950                      :                             --AGTGGTGTT--G------CATTG-C------CTT-ACTT-TT-GAC---TG-CCA--AG-GACCTGCACTCTGTT-CAG--TTTT---GTG-CCA-CC-AA-TA-TC---AA--G--------AA-A----CA---TG--AAA-------A--T-------A-A----ATTT----TCCA-A-AATATT-C-AA-TA-AG-T--T-AT-A-T------T-T--CCCGA--GATTTATG---G------CGGA-ATA---T------GGACATC-GT-----------GCCCTCCTCC--TA-A-C--AA------T-T-C--TATGAAT-A--TATTTT---ATG--A-A-T-ATG-T---C-A-GTGG-ACTCT-G-A-T-A-CTG--TT---GAT-TGA-CAAA-TAGAGGTACAC-T-T--CATAAAAATACTCTG-A--TT-TAC--TAAT-A--A-T--ACA-GA-CAACC-CAC-TAA---TGT-TTTGT--GNNN-NNNNN--NN-NN-N-NN-N--NN---NNN-NNNNGTT---TG-AGTGTTCAAtt
gi|77951                      :                             --AGTGATGTT--G------CATTG-C------CTT-ACTT-TT-GAC---TG-CCA--AG-GACCTGCACTCTGTT-CAG--TTTT---GTG-CCA-CC-A---A-TG---AA--A--------A------------T---AAA---TT--------TTCAAA-A----AATT-CAATTAA-A-ATTATT-C-AA-TA-AG-T--T-AT-A-T------T-T--CCCGA--GATTTATG---G------CGGA-AAA---TCGACA------TC-GT-----------GCCC-----C--CT-C-CT-AACA-A--TCT-A--T--GAGT-A--TATTTT---ATG--A-A-TATGT-TGACC-A-GTGG-ACTCT-G-A-T-A-CTG--TT---GAT-TGA-CAAA-TAGAGGTACAC-T-T--CATAAAGATACTCTG-A--TT-TAC--TAAT-A--A-T--ACA-GG-CATCT-CAC-TAA---T-A-TTT-T--G-TT-TCAGCA-AT-AC-C-CTCA--AA---ACG-AACTATC----G-AGTAATTAGA
gi|77952                      :                                                                    TT-TTTGAC---TG-CCG--TA-AACC-GTATTGAGTT-AAC--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TT---AATCA--------AG-A----AG---TAC-AAATGTTT--AGTT-GTT--AACAC---ATTT-CATCACT-G-CCCGTG-T-TA-TT---------GT-A-T-CATA-T-T--TC--A--CA
gi|77953                      :                                                                                                             A--TTTT---GTA-C-A-CC-AT-TA-TTT--AA--A--------AA-A----CA---TG--AA----TT--A--T-GTT--AA-A----TTAT-TATTTCT-A-ATTATT-T-AA-TT-A--A--C--T-A-T---TA-T-T--TC-----TATTTA-----G------AGAA-GAA---TTG-CA-G-----C-G------------ACGT-----C---A-A-C---AAA-T--T-T-A----TGGCA-T--A-CTCT---A-G--A-C-T-CCT-T---C-A-ATGG-GTTCT-G-A-T-A-TTG--CCGTTGTT-TTA-CTGA-T-TGGGTACA--A-T--AAT-AAAATACT----A--TT-TA---TCAT-T----T--A-G-GT-CAACC-CCG-GAA---T-T-TTT-----CTTGTTTTC--A--A--C-CT-C--AA---ATG--ACCATC---TA-AGTATTTTAACTC-AATTTTTT
gi|77954                      :                                                                                                                                                                                                                                            -AT-A-T-C-TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G------AAAA-AAA---TTG-CA-GCA--TC-AT-----------ACCA-----T--AA-A-C--AAAA-T--T-T-A--T-GGA-A-A--TATTCT---AGG--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-A-T-T-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACA------------------CATA-A--TT-TAC--TCAT-T--A-T--ACT-TA-CAACC-CCC-TAA-----T-TTT-T--GCTT-TTATC--TT-AA-T-CT-C--AA---ATG-AACAATC---TA-AATATTTAAACTC-AATTTTTT
gi|77955                      :                                                                                                                                                                                                                                                     -TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G------AAAAAAAA---TTG-CA-GCG--TC-AT-----------ACGT-----C--AA-A-C--AAAA-T--T-T-A--T-GGACA-T--A-CTCT---AGG--A-C-T-CCT-T---C-A-ATGA-GTTCT-G-A-T-A-TTG--CC---GTT-TGA-CTGA-TGGGGGTACAC-A-T--AATAAAAATACCATA-A--TT-TAC--TCAT-T--A-T--ACT-GT-CAACC-CCC-TAA---T-T-TTT-T--GTTT-TTATC--AT-AC-C-CT-C--AA---ATG-AACAATC---TA-AGTATTTAAACTC-AATTTTTT
gi|77956                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -TTAT---AGG--A-C-G-TCT-T---C-A-AGGG-AATTT-G-A---A-TTG--CC---GTT-TAAACAGA-TGG---TACAC-A-T--AATAAAAATACCATA-C--TT-TAC--TCAT-T--A-A--AAT-GA-CAACC-CAC-TAA---G-T-TTT-T--GCT


blockSeqs                     :        GA AAA T  AT      AT TC        TGCAGAAC       G TGTACA   T    G  T   CTG  C   CG  T    A          T  AAT    TTG   A   A  C  A  T  TTA  TC CAAGAAGT  T AAAA  AAA  TT   TGT  TT GT T   CA  C ACAC    T       A TT     T T  A  AGAGA   C  T T TC   T G TA  CG CT        AGT AAAAGAA   A   ATG   A  GGG CA  AA CAAAAATTCAT    TCCTC AA  C A AG    ATT  C A AT A     C AT A    CTA G GG A T A   C GAC A G    T     T A C T T   GT  GTT   C   A    T           TT  TA               T AT  A   TT    A TA T AA   C  C     A   A   TTT G G   G CA    G     AA  A  A A  AAG   TAT   A   A   TCG  C             A
blockSeqs                     :        GA AA  .  .       .  .         TTTGC          G C        .    .  C   .    G   A   .    T          T  A      T     .   .  .  .  .  T    .  C         . GAAC  .    C    T    GT A  .   .   C C       .       . T      . .  .  CAGA    .  . A CA   . . .   CG .         .   GGA       .   .     .  AGG .   G  .              T     CA  . . G     AA   . T CT .     . .  A    A   G .  . . .   . T   . C    .     . . . A .   .   .     .   .    .           AA  .                T T   .   T     . A  . A    .  .     .   .   A   . G   . .     .     A   .  . .  CA    .     .   A   A    .             .
blockSeqs                     :        .  A   .  .       .  .         TTTGC          . .        .    .  T   .    .   .   .    T          .  A      T     .   .  .  .  .  T    .  .         . .     .    .    A    .  .  .   .   . .       .       . T      . .  .  AGAA    .  . T CA   . . .   .  .         .   GA        .   .     .  GG  .   G  .              .     .   . . T     TT   . . .  .     . .  A    .   G .  . . .   . .   . .    .     . . . . .   .   .     .   .    .           T   .                . .   .   .     . .  . .    .  .     .   .   T   . .   . .     .     T   .  . .  CA    .     .   A   .    .             .
blockSeqs                     :        .  G   .  .       .  .         TTG            . .        .    .  T   .    .   .   .    T          .  A      T     .   .  .  .  .  .    .  .         . .     .    .    .    .  .  .   .   . .       .       . T      . .  .  AGA     .  . . C    . . .   .  .         .   G         .   .     .  GG  .   A  .              .     .   . . .     A    . . .  .     . .  A    .   G .  . . .   . .   . .    .     . . . . .   .   .     .   .    .           C   .                . .   .   .     . .  . .    .  .     .   .   .   . .   . .     .     A   .  . .  CA    .     .   A   .    .             .
blockSeqs                     :        .  A   .  .       .  .         TGC            . .        .    .  T   .    .   .   .    .          .  A      .     .   .  .  .  .  .    .  .         . .     .    .    .    .  .  .   .   . .       .       . T      . .  .  AGA     .  . . C    . . .   .  .         .   A         .   .     .  GC  .   A  .              .     .   . . .     A    . . .  .     . .  .    .   A .  . . .   . .   . .    .     . . . . .   .   .     .   .    .           G   .                . .   .   .     . .  . .    .  .     .   .   .   . .   . .     .     .   .  . .  A     .     .   A   .    .             .
blockSeqs                     :        .  .   .  .       .  .         TTG            . .        .    .  T   .    .   .   .    .          .  T      .     .   .  .  .  .  .    .  .         . .     .    .    .    .  .  .   .   . .       .       . T      . .  .  AGA     .  . . C    . . .   .  .         .   A         .   .     .  GG  .   A  .              .     .   . . .     A    . . .  .     . .  .    .   G .  . . .   . .   . .    .     . . . . .   .   .     .   .    .           T   .                . .   .   .     . .  . .    .  .     .   .   .   . .   . .     .     .   .  . .  A     .     .   A   .    .             .
blockSeqs                     :        .  .   .  .       .  .         TGC            . .        .    .  T   .    .   .   .    .          .  A      .     .   .  .  .  .  .    .  .         . .     .    .    .    .  .  .   .   . .       .       . T      . .  .  AGA     .  . . C    . . .   .  .         .   G         .   .     .  GC  .   A  .              .     .   . . .     A    . . .  .     . .  .    .   G .  . . .   . .   . .    .     . . . . .   .   .     .   .    .           A   .                . .   .   .     . .  . .    .  .     .   .   .   . .   . .     .     .   .  . .  A     .     .   C   .    .             .
blockSeqs                     :        .  .   .  .       .  .         TG             . .        .    .  T   .    .   .   .    .          .  A      .     .   .  .  .  .  .    .  .         . .     .    .    .    .  .  .   .   . .       .       . A      . .  .  AAC     .  . . T    . . .   .  .         .   A         .   .     .  GG  .   A  .              .     .   . . .     T    . . .  .     . .  .    .   G .  . . .   . .   . .    .     . . . . .   .   .     .   .    .           T   .                . .   .   .     . .  . .    .  .     .   .   .   . .   . .     .     .   .  . .  A     .     .   C   .    .             .
blockSeqs                     :        .  .   .  .       .  .         GA             . .        .    .  C   .    .   .   .    .          .  T      .     .   .  .  .  .  .    .  .         . .     .    .    .    .  .  .   .   . .       .       . A      . .  .  AGA     .  . . C    . . .   .  .         .   A         .   .     .  CA  .   A  .              .     .   . . .     A    . . .  .     . .  .    .   G .  . . .   . .   . .    .     . . . . .   .   .     .   .    .           A   .                . .   .   .     . .  . .    .  .     .   .   .   . .   . .     .     .   .  . .  A     .     .   A   .    .             .
blockSeqs                     :        .  .   .  .       .  .         TG             . .        .    .  T   .    .   .   .    .          .  T      .     .   .  .  .  .  .    .  .         . .     .    .    .    .  .  .   .   . .       .       . C      . .  .  AGA     .  . . T    . . .   .  .         .   A         .   .     .  GG  .   A  .              .     .   . . .     A    . . .  .     . .  .    .   G .  . . .   . .   . .    .     . . . . .   .   .     .   .    .           G   .                . .   .   .     . .  . .    .  .     .   .   .   . .   . .     .     .   .  . .  C     .     .   A   .    .             .
blockSeqs                     :        .  .   .  .       .  .         TG             . .        .    .  T   .    .   .   .    .          .  A      .     .   .  .  .  .  .    .  .         . .     .    .    .    .  .  .   .   . .       .       . T      . .  .  AGA     .  . . T    . . .   .  .         .   A         .   .     .  GG  .   A  .              .     .   . . .     A    . . .  .     . .  .    .   G .  . . .   . .   . .    .     . . . . .   .   .     .   .    .           A   .                . .   .   .     . .  . .    .  .     .   .   .   . .   . .     .     .   .  . .  C     .     .   A   .    .             .
blockSeqs                     :        .  .   .  .       .  .         TG             . .        .    .  T   .    .   .   .    .          .  A      .     .   .  .  .  .  .    .  .         . .     .    .    .    .  .  .   .   . .       .       . T      . .  .  AGT     .  . . T    . . .   .  .         .   G         .   .     .  GC  .   A  .              .     .   . . .     T    . . .  .     . .  .    .   G .  . . .   . .   . .    .     . . . . .   .   .     .   .    .           T   .                . .   .   .     . .  . .    .  .     .   .   .   . .   . .     .     .   .  . .  A     .     .   A   .    .             .
blockSeqs                     :        .  .   .  .       .  .         TG             . .        .    .  T   .    .   .   .    .          .  A      .     .   .  .  .  .  .    .  .         . .     .    .    .    .  .  .   .   . .       .       . T      . .  .  AGT     .  . . C    . . .   .  .         .   G         .   .     .  CC  .   C  .              .     .   . . .     A    . . .  .     . .  .    .   G .  . . .   . .   . .    .     . . . . .   .   .     .   .    .           T   .                . .   .   .     . .  . .    .  .     .   .   .   . .   . .     .     .   .  . .  A     .     .   G   .    .             .
blockSeqs                     :        .  .   .  .       .  .         TG             . .        .    .  T   .    .   .   .    .          .  A      .     .   .  .  .  .  .    .  .         . .     .    .    .    .  .  .   .   . .       .       . T      . .  .  AG      .  . . C    . . .   .  .         .   G         .   .     .  GG  .   G  .              .     .   . . .     A    . . .  .     . .  .    .   T .  . . .   . .   . .    .     . . . . .   .   .     .   .    .           A   .                . .   .   .     . .  . .    .  .     .   .   .   . .   . .     .     .   .  . .  A     .     .   N   .    .             .
blockSeqs                     :        .  .   .  .       .  .         TG             . .        .    .  .   .    .   .   .    .          .  T      .     .   .  .  .  .  .    .  .         . .     .    .    .    .  .  .   .   . .       .       . A      . .  .  GA      .  . . C    . . .   .  .         .   C         .   .     .  GC  .   A  .              .     .   . . .     T    . . .  .     . .  .    .   T .  . . .   . .   . .    .     . . . . .   .   .     .   .    .           A   .                . .   .   .     . .  . .    .  .     .   .   .   . .   . .     .     .   .  . .  C     .     .   T   .    .             .
blockSeqs                     :        .  .   .  .       .  .         TG             . .        .    .  .   .    .   .   .    .          .  T      .     .   .  .  .  .  .    .  .         . .     .    .    .    .  .  .   .   . .       .       . A      . .  .  AG      .  . . T    . . .   .  .         .   C         .   .     .  GC  .   G  .              .     .   . . .     A    . . .  .     . .  .    .   G .  . . .   . .   . .    .     . . . . .   .   .     .   .    .           A   .                . .   .   .     . .  . .    .  .     .   .   .   . .   . .     .     .   .  . .  N     .     .   C   .    .              
blockSeqs                     :        .  .   .  .       .  .         G              . .        .    .  .   .    .   .   .    .          .  G      .     .   .  .  .  .  .    .  .         . .     .    .    .    .  .  .   .   . .       .       . A      . .  .  TA      .  . . T    . . .   .  .         .   A         .   .     .  G   .   G  .              .     .   . . .     T    . . .  .     . .  .    .   G .  . . .   . .   . .    .     . . . . .   .   .     .   .    .           .   .                . .   .   .     . .  . .    .  .     .   .   .   . .   . .     .     .   .  . .  C     .     .   A   .    .              
blockSeqs                     :        .  .   .  .       .  .         G              . .        .    .  .   .    .   .   .    .          .  G      .     .   .  .  .  .  .    .  .         . .     .    .    .    .  .  .   .   . .       .       . A      . .  .  AA      .  . . C    . . .   .  .         .   A         .   .     .  G   .   G  .              .     .   . . .     T    . . .  .     . .  .    .   G .  . . .   . .   . .    .     . . . . .   .   .     .   .    .           .   .                . .   .   .     . .  . .    .  .     .   .   .   . .   . .     .     .   .  . .  C     .     .   A   .    .              
blockSeqs                     :                             .         G              . .        .    .  .   .    .   .   .    .          .  C      .     .   .  .  .  .  .    .  .         . .     .    .    .    .  .  .   .   . .       .       . C      . .  .  AA      .  . . .    . . .   .  .         .   A         .   .     .  G   .   A  .              .     .   . . .     T    . . .  .     . .  .    .   . .  . . .   . .   . .    .     . . . . .   .   .     .   .    .           .   .                . .   .   .     . .  . .    .  .     .   .   .   . .   . .     .     .   .  . .  C     .     .   .   .    .              
blockSeqs                     :                             .         G              . .        .    .  .   .    .   .   .    .          .  A      .     .   .  .  .  .  .    .  .         . .     .    .    .    .  .  .   .   . .       .       . A      . .  .  .       .  . . .    . . .   .  .         .   .         .   .     .  G   .   A  .              .     .   . . .     .    . . .  .     . .  .    .   . .  . . .   . .   . .    .     . . . . .   .   .     .   .    .           .   .                . .   .   .     . .  . .    .  .     .   .   .   . .   . .     .     .   .  . .  .     .     .   .   .    .              
blockSeqs                     :                                                                      .  .   .    .   .   .    .          .  .      .     .   .  .  .  .  .    .  .         . .     .    .    .    .  .  .   .   . .       .       . .      . .  .  .       .  . . .    . . .   .  .         .   .         .   .     .  .   .   .  .              .     .   . . .     .    . . .  .     . .  .    .   . .  . . .   . .   . .    .     . . . . .   .   .     .   .    .           .   .                . .   .   .     . .  . .    .  .     .   .   .   . .   . .                                                               
blockSeqs                     :                                                                                                             .      .     .   .  .  .  .  .    .  .                                                                                         .  . . .    . . .   .  .                                                                                                         .    .   . .  . . .   . .   . .    .     . . . . .                                                                                                                                                                                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                        . . .   .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           


blockSeqCons                  :                                       TG********
originalCons                  : TTTTTTA--A---T-AT--TCATAT--T--AGTGGTTTT--G--G---CAGTG-C------TGT-ATTT-TTTGAC---TG-CCG--TG-GGCC-GTATTGGGTT-CAA--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TT---AA--A--------AA-A----CA---TG--AAA---TT--A--T-GTT--AA-A----ATTT-CACTTCT-A-TTTATC-T-AA-TT-AG-A--C-AT-A-T-C-TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G------AAAA-AAA---TTG-CA-GGA--TC-GT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAA-A--T-T-A--T-TGACA-A--T-TTCT---AGG--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-A-T-A-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-N-T--AATAAAAATACCATA-A--TT-TAC--TCAT-T--A-T--ACT-GA-CAACC-CCC-TAA---T-T-TTT-T--GCTT-TTATC--AT-AC-C-CT-A--AA---ATG-AACAATC---TA-AGTATTTAAACTC-AATTTTTT
finalCons                     : TTTTTTA--A---T-AT--TCATAT--T--AGTGGTTTTG--------CAGTG-C------TGT-ATTT-TTTGAC---TG-CCG--TG-GGCC-GTATTGGGTT-CAA--TTTT---GTA-CCA-CC-AT-TA-TT---AA--A--------AA-A----CA---TG--AAA---TT--A--T-GTT--AA-A----ATTT-CACTTCT-A-TTTATC-T-AA-TT-AG-A--C-AT-A-T-C-TA-T-T--TC--A--TATTTAAG---G------AAAA-AAA---TTG-CA-GGA--TC-GT-----------ACCT-----C--AA-A-C--AAAA-A--T-T-A--T-TGACA-A--T-TTCT---AGG--A-C-T-TCT-T---C-A-ATGA-ATTCT-G-A-T-A-TTG--CC---GTT-TGA-CAGA-TGGGGGTACAC-N-T--AATAAAAATACCATA-A--TT-TAC--TCAT-T--A-T--ACT-GA-CAACC-CCC-TAA---T-T-TTT-T--GCTT-TTATC--AT-AC-C-CT-A--AA---ATG-AACAATC---TA-AGTATTTAAACTC-AATTTTTT