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Reference ( gi|114503 )       : GCTGTAAT-CGCGG-A--TGT-GGAAT---AT-CCC-AAATTG-GG---AG--AAGT--T-G-TGCG---TC--AAACGGTA---GGGGTCT
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Reference ( family-706 )      : GCTGTAAT-CGCGG-A--TGT-GGAAT---AT-CCC-AAA--TG-G-G-G--ATA-AG-T--T-G-TGCG---TC--AAACGGTA---GGGGTCT
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blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    T    .         .  
blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    .    .         .  
blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    .    .         .  
blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    .    .         .  
blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    .    .         .  
blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    .    .         .  
blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    .    .         .  
blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    .    .         .  
blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    .    .         .  
blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    .    .         .  
blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    .    .         .  
blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    .    .         .  
blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    .    .         .  
blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    .    .         .  
blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    .    .         .  
blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    .    .         .  
blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    .    .         .  
blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    .    .         .  
blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    .    .         .  
blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    .    .         .  
blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    .    .            
blockSeqs                     :         .     . .    .     .    .   .   .   . . . .    .  . .  . .    .    .            
blockSeqs                     :                                                        .  . .  . .                      


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : GCTGTAAT-CGCGG-A--TGT-GGAAT---AT-CCC-AAA--TG-G-G-G--ATA-AG-T--T-G-TGCG---TC--AAACGGTA---GGGGTCT
finalCons                     : GCTGTAAT-CGCGG-A--TGT-GGAAT---AT-CCC-AAA--TG-G-G-G--ATA-AG-T--T-G-TGCG---TC--AAACGGTA---GGGGTCT





Alignments
lowQualScore                  :         1     1 22   3     444  1   1   22  1 1 1 22   1  1 22 1 1    666  22        444       
lowQualScore                  :         .     . ..   .     ...  .   .   ..  . . . ..   .  . .. . .    ...  ..        ...       
lowQualScore                  :         6     6 22   2     444  6   6   22  6 6 6 22   5  5 11 5 5    000  22        888       
consensus                     : GCTGTAAT-CGCGG-A--TGT-GGAAT---AT-CCC-AAA--TG-G-G-G--ATA-AG-T--T-G-TGCG---TC--AAACGGTA---GGGGTCT
Reference ( family-706 )      : GCTGTAAT-CGCGG-A--TGT-GGAAT---AT-CCC-AAA--TG-G-G-G--ATA-AG-T--T-G-TGCG---TC--AAACGGTA---GGGGTCT
gi|114503                     : GCTGTAAT-CGCGG-A--TGT-GGAAT---AT-CCC-AAA--TT-G-G-G--AGA-AG-T--T-G-TGCG---TC--AAACGGTA---GGGGTCT
gi|114504                     : GCTGTAAT-CGCGG-A--TGT-GGAAT---AT-CCC--AA--TT-G-G-G--AGA-AG-T--T-G-TGCG---GC--AAACGGTA---GGGGTCT
gi|114505                     : GCTGTAAT-TGCGG-A--TGT-GGATT---AT-CCC-AAA--TG-G-G-ATTATA-AG-T--T-G-TGCG---TC--AAACGGTA---GGGCTCT
gi|114506                     : GCTATAAT-CGCGG-A--TGT-GGAAT---AT-CCC-AAA--TG-G-G-G--ATA-AG-T--T-T-TGCG---TC--CAACGGTA---GGGGTCT
gi|114507                     : GCTGTAAT-CGCGG-A--TGT-GGAAT---AT-ACC-AAA--TG-G-G-G--ATA-AG-T--T-G-TGTG---TC--AAACGGTAG--GGGGTCT
gi|114508                     : GCTGTAAT-CGCGG-A--TGT-GGAAT---AT-CCC-AAA--TG-G-A-G--ATA-AG-T--T-G-TG
gi|114509                     : GCTGT--T-CGCGG-A--TGT-GGAATA--AT-CCC-AAA--T--G-G-G--AGA-AG-T--T-G-TGCG---TC--AAACGGTA---GGGGTCT
gi|114510                     : GCTGTAATACGCGG-A--TGTTGGAAT---ATTCCC-AAA--TT-G-G-G--AGA-AG-T--TCGCTGCG---TC--AAACGGTA---GGGGTCT
gi|114511                     : GCTGTTAA-CGCGGGA--TGT-GGAAT---AT-CCC-AAA--TG-G-A-G--A----G-T--T-G-TGCG---TC--AAACGGTA---GGGGTCT
gi|114512                     : GCTGTAAT-CGCGG-G--TGT-GGAAT---AT-CCC-TAA--TG-G-G-G--ATA-AA-T--T-G-TGCA---TC--AAACAGTA---GGGGTCT
gi|114513                     : GCTCTAAT-CGCGA-A--TGT-GGAAT---AT-CCC-GAA--TG-G-G-G--ATA-AG-T--T-G-TGCG---TC--AAACAGTA---GGTGTCT
gi|114514                     : GCTGTAAT-GGCGG-CGTTGT-GGA-T---AT-CCC-AAA--TG-G-G-G--ATA-AG-T--T-G-TGCG---TC--AAACGGTA---GGGGTC
gi|114515                     : GCTGTAAT-CGCGG-A--TGT-AGAAT---AT-CCC-AAA--TG-G-G-G--ATA-AG-T--T-G-TGCG---TC--AA
gi|114516                     : GCTGTAAT-CGCGG-A--TGT-GGAAT---AT-CCC-AAA--TG-G-G-G--ATA-AG-T--T-G-TGCA---TA--AAA
gi|114517                     : GCCGTAAT-CGCGG-A--TGT-GG-AT---AT-CCCAAAA--TG-G-------TAGAA-T--T-G-TGCGT--TC--AAACGGTA---GG
gi|114518                     : GCTG-AAT-TGCGG-A--TGT-GATTT---AT-CCT-AAA--TG-G-GAG--ATA-AG-TTAT-A-TGCGT--TC--AAACGGTA---GGGCTCT
gi|114519                     : GCTGTA-T-CGCGG-A--TG-----ATTTAAT-TCC-AAA--TG-GCG-G--A---AG-T-------GCG---TC--AAACGGTA---GGGGTCT
gi|114520                     : GCTGTAAT-CGCG--A--TGT-GTATT---AT-CC---AA--TG-G-T-G--ATA-AG-T--T-G---CG---TC--AAACGGAA---GGGATTT
gi|114521                     : GCTGTAAT-CGCG--A--TGT-GTATT---AT-CC---AA--TG-G-T-G--ATA-AG-T--T-G---CG---TC--AAACGGAA---GGGATTT
gi|114522                     : GTTGTAAT-CGCGG-A--TGT-ACAAT---AT-CCC-AAA--AT-G-G-G--ATA-CG-T--T-A-TGCG---TC--AAACGATA---
gi|114523                     : GCAGTAAT-CGCAG-A--TTT-G-AAT---AT-CCC-AA---TG-G-G-G--ATA-AG-T--T-G-TGCG---TC--AATCCGTA---
gi|114524                     : GCT-TAAC-CGCG--A--TGC-GGAA----AT-CC--AAA--TG-G-G-G--ATA-AGTT--T-G-TGCGCCTTC--AAACGGTA----GGGTCT
gi|114525                     :  CTTTAAT-CGCGG-A--TGT-GGAAT---AT-CCC-AAA--CG-G-G-G--ATA-AG-T--T-G-TGCG---TC--AAACGGTA---GGGG
gi|114526                     :  CTGCTAT-TGCGG-A--TGT-GATTT---AT-CCT-AAA--TG-G-A-G--ATA-AG-T--T-A-TGCG---TC--AAACGGTA---GGACTCT
gi|114527                     :    GTAAT-CGCGG-A--TGTGGGAAT---AT-CCC-AAAATTGCG-G-T--AGA-AG-T--T-G-TGCG---TCATAAGCGGTAGCGGGAGTCT
gi|114528                     :                                                       A-AG-T--T-G-TGCG---TC--AAACGGTA---GGGGTCT