lowQualScore : 111111111111111 222222222 2222222 11
lowQualScore : 55555 22 0 2 777777777777777 33333 222 444444 1 2 1 222222222 22 1 3333 22 1111111 666 22 44 3333 22 44 2
lowQualScore : ..... .. . . ............... ..... ... ...... . . . ......... .. . .... .. ....... ... .. .. .... .. .. .
lowQualScore : 88888 33 7 9 777777777777777 44444 444 000000 4 9 4 999999999 22 7 5555 33 7777777 555 44 11 7777 66 55 2
consensus : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTCG------GAC-----AT-----TT---TACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--T-------T--GTG--TAG--AA----ACT--T-ATA-AAAAT
Reference ( gi|120362 ) : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTCG------GAA-----AT-----TT---TACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--T-------T--ATG--TAG--AA----ACT--T-CTA-AAAAT
gi|120363 : TCATCCGGAATTCAGAAGTTT-----TTTC-AAGCTG-ACTTG------GAC-----AT-----TC---TACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGCCAA--CAGA-CG----TG--T-------TGCATG--TAG--AA----ACT--T-
gi|120365 : TCATCCGGAATTCAAG-GCTT-----CTTC-ATGTTG-ACTCG------GAC-----AT-----TT---TACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-TG----TG--T-------T--GTG--TAG--AA----ACT--T-at
gi|120360 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC-------GAC-----AT-----TT---TACAT------AA-CG-TGAT-CATGGTGATGTAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--TTACAATGT--ATG--TAG--AA----ACT--T-ATA-AAAATgata
gi|120364 : TCATCCGGAATTTAAATGTTT-----CTTA-AAGTTG-ACTCG------GAC-----AT-----TT---TACAT------CA-CG-TGAA-T---------TAGAATGGCAA--CAGA-CGAACATGTTT-------T--TTG--TAG--AA----ACT--T-TTA-AAAAT
gi|120368 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAG--G-ACTCG------GGC-----AT-----TT---TACAT------CA-CT-TGTT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-TG----TA--T-------T--GTG--TAG--AA----AGT--T-ATA-
gi|120367 : TCATTCGAAATTCAAATGTTT-----CTTT-GGGCTG-ACTCG------GAC-----AT-----TT---TACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAAA-CG----TA--T-------T--GTG--TA---AG----ACT--T-ATA-TAAAT
gi|120359 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTT--AAGCTG-ACTCG-------AC-----AT-----TT---TACAT------AA-CG-TGAT-CATGGTGATGTAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--TTACAATGT--ATG--TAG--AA----ACT--T-ATA-AAAAT
gi|120358 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTT--AAGCTG-ACTCG-------AC-----AT-----TT---TACAT------AA-CG-TGAT-CATGGTGATGTAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--TTACAATGT--ATG--TAG--AA----ACT--T-ATA-AAAAT
gi|120361 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTT--AAGCTG-ACTCG-------AC-----AT-----TT---TACAT------TAACG-TGAT-CATGGTGATGTAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--TTACAATGT--ATG--TAG--AA----ACT--T-ATA-AAAAT
gi|120370 : TTATCCGTAATTCAAAAGTTT-----CCTC-AAGCTG-ACTAG------GAC-----AT-----TT---TACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAAAATTACAA--CATA-TG----AT--T-------T--GAG--TAG--AA----ACA--C-ATA-AAAAT
gi|120366 : TCA-CCGGAATTCAAAAGTTTT----CTTCCAAGTCT-ACTCG------GGAGC---AT-----TT---TACA-------CA-CGGTGAT-T---------TAGAATGATAA--CAGA-CA----TG----------T--GTG--TAG--AA----ACT--T-ATACAAAAT
gi|120373 : TCATCCTAAATTCACCACTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC--------AAT----AT-----CT---TACAT------CA-CG-TGAT-T---------CTGAATGAAAA--CAGG-CA----TG--T-------T--ATG--TAG--AA----AC
gi|120372 : TCATCTGGAATTTAAAGGTTT-----CTTG-GAGCTG-ACTCG------GAT-----AT-----TT---TACATTACATGTA-CG-TGAT-T---------TTGAATTACGA--CGGA-CA----TA--T-------T--GTT--TTG--AAAGTTATT--T-ATA-AAAATatatcacaat
gi|120375 : TCATCCAGAAATCAAAGGTTT-----CTTC-ATGCTTCACTCA------GAC-----AT-----TT---TGCAT------CA-CG-TGAC-T---------TAGAATGACAG--CGAT-CG----TG--C-------T--
gi|120374 : TTATCTAGAATTCAAAGGTTT-----CTTC-ATCCTG-AC-----------------AT-----TT---TACAT------CA-CA-TGAT-G---------TAGAACGACAG--CAAA-GT----TG--T-------T--GTGTATAG--AA----ACTTGT-CTA-AA
gi|120371 : TTATCCGTAATTCAAAAGTTT-----CCTC-AAGCTGAACTAG------G-A-----CT-----TT---TACAT------CA-CGTTGATCT---------TAAAATTACAA-----ATTG----TT--T-------T--GAG--TAG--AA----ACA--C-ATA-AAAATt
gi|120369 : TCATCTGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC-------GAC-----AT-----TT---TACAT------CA-
gi|120376 : TCATCCGGAATTCCAGCGTTT-----CTTT-ATGTTG-ACTC-------AAA-----ATAAACATTAAATACAT------CA-TG-TGAT-C---------CAGAATGGCAA--CAgatctgg
gi|120377 : ATTCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-TAACTG-ACTTG------GAC-----AT-----TT---TACAT------CA-TG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--T-------C--ATG--TAG--AA----Acttacatgtatctacataatgtactagtatatactcgta
gi|120378 : ATCCGGAATTGAAAGGTTTGGTTCTTTC-ATGCTG-ACTAG------GAC-----AT-----TT---TACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGATAATTCTAA-CG----AG--T-------T--GTG--GAG--AA----ACT--T-ATC-AAA
gi|120379 : CAGAATTCAAGGGTTT-----CTTT-TTGCTG-ACACG------CAC-----AT-----TT---TACAT------CA-CG-TGAT-T---------TTGAATGACAA--CAGA-CG----TG--T-------T--GTG--TTG--AA----ACT--T-
gi|120363 : AAGTTT-----CTAC-ATGC-A-ACACGTCTGTTGGC-----AT-----TC---TAAAT------CA-CG-TGAT-G---------TAGAATGTCCA---AGT-CA-----G--C-------T---TG--AAA--AA----ACT--T-CTG-AAacataaa
gi|120378 : tcatccggaaAAGTTT-----CTCC-A---CA-ACTCGTTA---GAATTATCAT-----TC---TAAAT------CA-CG-TGAT-G---------TAAAATGat
gi|120380 : atccggaattgaaaggtttggttctttcatgctgactagga-----CTTC-ATACTG-ACTCG------GAC-----AT-----TT---TATAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAGTGACAC--CAGA-CG----TG--T-------T-------TAG--AA----ACT--TATTA-AAatcaaa
gi|120381 : tcagaaacTT-AAGCTG-ACTCG------GCA------T-----TT---TACAT------CA-CA-TGAT-T---------TAAAGTAACAA--TAGA-CG----TG--C-------T--GTG--TAGT-GA----TCT--T-ATA-AAAAT
gi|120382 : TT-AAGCTG-ACTCG------GCA------T-----TT---TACAT------CA-CA-TGAT-T---------TAAAGTAACAA--TAGA-CG----TG--C-------T--GT---TAGGTGA----TCT--T-ATA-AAA
gi|120383 : AGCTG-ACTCT------GAC-----AT-----TT---TACAT------AA-TG-TGAT-T---------TA
gi|120383 : agctgactctgacattttacataatgtgataaactgatttaatgtagaaactttaancAGCTG-ACTCT------GAC-----AT-----TT---TACAT------AA-TG-TGA------------TAAACTGA----------------TT--T-------A--ATG--TAG--AA----ACT--T--TA-atgtagaaacttatttaaat
gi|120370 : A-----AT-----TT---TAAAT------CA-CG-TGAT-G---------TAAAATGncagctgactctgacattttacataatgtgatttaatgtagaaacttatttaaat
Alignments
lowQualScore : 222222222 2222222
lowQualScore : 0 66666 22 3 33333 22 22 444444 1 3 1 444444444 22 1 3333 22 0000000 22 22 44 3333 1 1
lowQualScore : . ..... .. . ..... .. .. ...... . . . ......... .. . .... .. ....... .. .. .. .... . .
lowQualScore : 1 11111 88 0 77777 00 00 333333 5 1 5 666666666 11 6 4444 22 8888888 33 33 00 5555 7 8
consensus : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--T-------TG--TG--TAG--AA----ACTT-ATA-AAAAT
Reference ( family-701 ) : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--T-------TG--TG--TAG--AA----ACTT-ATA-AAAAT
gi|120358 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTT--AAGCTG-ACTC-----G-A--CATT--TTACAT------AA-CG-TGAT-CATGGTGATGTAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--TTACAATGTA--TG--TAG--AA----ACTT-ATA-AAAAT
gi|120359 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTT--AAGCTG-ACTC-----G-A--CATT--TTACAT------AA-CG-TGAT-CATGGTGATGTAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--TTACAATGTA--TG--TAG--AA----ACTT-ATA-AAAAT
gi|120360 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC------GA--CATT--TTACAT------AA-CG-TGAT-CATGGTGATGTAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--TTACAATGTA--TG--TAG--AA----ACTT-ATA-AAAAT
gi|120361 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTT--AAGCTG-ACTC-----G-A--CATT--TTACAT------TAACG-TGAT-CATGGTGATGTAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--TTACAATGTA--TG--TAG--AA----ACTT-ATA-AAAAT
gi|120362 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC-----GGA--AATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--T-------TA--TG--TAG--AA----ACTT-CTA-AAAAT
gi|120363 : TCATCCGGAATTCAGAAGTTT-----TTTC-AAGCTG-ACTT-----GGA--CATT--CTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGCCAA--CAGA-CG----TG--T-------TGCATG--TAG--AA----ACTT-AT
gi|120364 : TCATCCGGAATTTAAATGTTT-----CTTA-AAGTTG-ACTC-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAA-T---------TAGAATGGCAA--CAGA-CGAACATGTTT-------TT--TG--TAG--AA----ACTT-TTA-AAAAT
gi|120365 : TCATCCGGAATTCAAG-GCTT-----CTTC-ATGTTG-ACTC-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-TG----TG--T-------TG--TG--TAG--AA----ACTTGATA-
gi|120366 : TCA-CCGGAATTCAAAAGTTTT----CTTCCAAGTCT-ACTC-----GGGAGCATT--TTACA-------CA-CGGTGAT-T---------TAGAATGATAA--CAGA-CA----TG----------TG--TG--TAG--AA----ACTT-ATACAAAAT
gi|120367 : TCATTCGAAATTCAAATGTTT-----CTTT-GGGCTG-ACTC-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAAA-CG----TA--T-------TG--TG--TA---AG----ACTT-ATA-TAAAT
gi|120368 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAG--G-ACTC-----GGG--CATT--TTACAT------CA-CT-TGTT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-TG----TA--T-------TG--TG--TAG--AA----AGTT-ATA-
gi|120369 : TCATCTGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC------GA--CATT--TTACAT------CA-
gi|120370 : TTATCCGTAATTCAAAAGTTT-----CCTC-AAGCTG-ACTA-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAAAATTACAA--CATA-TG----AT--T-------TG--AG--TAG--AA----ACAC-ATA-AAAATgatctgg
gi|120371 : TTATCCGTAATTCAAAAGTTT-----CCTC-AAGCTGAACTA-----GGA--C-TT--TTACAT------CA-CGTTGATCT---------TAAAATTACAA-----ATTG----TT--T-------TG--AG--TAG--AA----ACAC-ATA-AAAAT
gi|120372 : TCATCTGGAATTTAAAGGTTT-----CTTG-GAGCTG-ACTC-----GGA--TATT--TTACATTACATGTA-CG-TGAT-T---------TTGAATTACGA--CGGA-CA----TA--T-------TG--TT--TTG--AAAGTTATTT-ATA-AAAAT
gi|120373 : TCATCCTAAATTCACCACTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC-----A-A--TATC--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------CTGAATGAAAA--CAGG-CA----TG--T-------TA--TG--TAG--AA----ACAT-ATC-ACAAT
gi|120374 : TTATCTAGAATTCAAAGGTTT-----CTTC-ATCCTG-AC-------------ATT--TTACAT------CA-CA-TGAT-G---------TAGAACGACAG--CAAA-GT----TG--T-------TG--TGTATAG--AA----ACTT-GTC-TAAAT
gi|120375 : TCATCCAGAAATCAAAGGTTT-----CTTC-ATGCTTCACTC-----AGA--CATT--TTGCAT------CA-CG-TGAC-T---------TAGAATGACAG--CGAT-CG----TG--C-------T
gi|120376 : TCATCCGGAATTCCAGCGTTT-----CTTT-ATGTTG-ACTCAAAATAAA--CATTAAATACAT------CA-TG-TGAT-C---------CAGAATGGCAA--CA
gi|120377 : ATTCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-TAACTG-ACTT-----GGA--CATT--TTACAT------CA-TG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--T-------CA--TG--TAG--AA----Acttacatgtatctacataatgtactagtatatactcgta
gi|120378 : ATCCGGAATTGAAAGGTTTGGTTCTTTC-ATGCTG-ACTA-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGATAATTCTAA-CG----AG--T-------TG--TG--GAG--AA----ACTT-ATC-AAA
gi|120379 : CAGAATTCAAGGGTTT-----CTTT-TTGCTG-ACAC-----GCA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TTGAATGACAA--CAGA-CG----TG--T-------TG--TG--TTG--AA----ACTT-ACA-TAAA
gi|120380 : -----CTTC-ATACTG-ACTC-----GGA--CATT--TTATAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAGTGACAC--CAGA-CG----TG--T-------T-------TAG--AA----ACTT-ATT-AAA
gi|120381 : tcagaaacTT-AAGCTG-ACTC-----GG---CATT--TTACAT------CA-CA-TGAT-T---------TAAAGTAACAA--TAGA-CG----TG--C-------TG--TG--TAGT-GA----TCTT-ATA-AAAAT
gi|120382 : TT-AAGCTG-ACTC-----GG---CATT--TTACAT------CA-CA-TGAT-T---------TAAAGTAACAA--TAGA-CG----TG--C-------TG--T---TAGGTGA----TCTT-ATA-AAA
gi|120383 : AGCTG-ACTC-----TGA--CATT--TTACAT------AA-TG-TGA------------TAAACTGA----------------TT--T-------AA--TG--TAG--AA----ACTT--TA-
gi|120383 : AGCTG-ACTC-----TGA--CATT--TTACAT------AA-TG-TGAT-T---------TA-----------------------------------A--TG--TAG--AA----ACTT-ATT-TAAATncagctgactctgacattttacataatgtgatttaatgtagaaacttatttaaat
Alignments
lowQualScore : 222222222 2222222
lowQualScore : 0 66666 22 3 33333 22 22 444444 1 3 1 444444444 22 1 3333 22 0000000 22 22 44 3333 1 1
lowQualScore : . ..... .. . ..... .. .. ...... . . . ......... .. . .... .. ....... .. .. .. .... . .
lowQualScore : 1 11111 88 0 77777 00 00 333333 5 1 5 666666666 11 6 4444 22 8888888 33 33 00 5555 7 8
consensus : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--T-------TG--TG--TAG--AA----ACTT-ATA-AAAAT
Reference ( family-701 ) : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--T-------TG--TG--TAG--AA----ACTT-ATA-AAAAT
gi|120358 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTT--AAGCTG-ACTC-----G-A--CATT--TTACAT------AA-CG-TGAT-CATGGTGATGTAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--TTACAATGTA--TG--TAG--AA----ACTT-ATA-AAAAT
gi|120359 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTT--AAGCTG-ACTC-----G-A--CATT--TTACAT------AA-CG-TGAT-CATGGTGATGTAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--TTACAATGTA--TG--TAG--AA----ACTT-ATA-AAAAT
gi|120360 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC------GA--CATT--TTACAT------AA-CG-TGAT-CATGGTGATGTAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--TTACAATGTA--TG--TAG--AA----ACTT-ATA-AAAAT
gi|120361 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTT--AAGCTG-ACTC-----G-A--CATT--TTACAT------TAACG-TGAT-CATGGTGATGTAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--TTACAATGTA--TG--TAG--AA----ACTT-ATA-AAAAT
gi|120362 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC-----GGA--AATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--T-------TA--TG--TAG--AA----ACTT-CTA-AAAAT
gi|120363 : TCATCCGGAATTCAGAAGTTT-----TTTC-AAGCTG-ACTT-----GGA--CATT--CTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGCCAA--CAGA-CG----TG--T-------TGCATG--TAG--AA----ACTT-AT
gi|120364 : TCATCCGGAATTTAAATGTTT-----CTTA-AAGTTG-ACTC-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAA-T---------TAGAATGGCAA--CAGA-CGAACATGTTT-------TT--TG--TAG--AA----ACTT-TTA-AAAAT
gi|120365 : TCATCCGGAATTCAAG-GCTT-----CTTC-ATGTTG-ACTC-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-TG----TG--T-------TG--TG--TAG--AA----ACTTGATA-
gi|120366 : TCA-CCGGAATTCAAAAGTTTT----CTTCCAAGTCT-ACTC-----GGGAGCATT--TTACA-------CA-CGGTGAT-T---------TAGAATGATAA--CAGA-CA----TG----------TG--TG--TAG--AA----ACTT-ATACAAAAT
gi|120367 : TCATTCGAAATTCAAATGTTT-----CTTT-GGGCTG-ACTC-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAAA-CG----TA--T-------TG--TG--TA---AG----ACTT-ATA-TAAAT
gi|120368 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAG--G-ACTC-----GGG--CATT--TTACAT------CA-CT-TGTT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-TG----TA--T-------TG--TG--TAG--AA----AGTT-ATA-
gi|120369 : TCATCTGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC------GA--CATT--TTACAT------CA-
gi|120370 : TTATCCGTAATTCAAAAGTTT-----CCTC-AAGCTG-ACTA-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAAAATTACAA--CATA-TG----AT--T-------TG--AG--TAG--AA----ACAC-ATA-AAAATgatctgg
gi|120371 : TTATCCGTAATTCAAAAGTTT-----CCTC-AAGCTGAACTA-----GGA--C-TT--TTACAT------CA-CGTTGATCT---------TAAAATTACAA-----ATTG----TT--T-------TG--AG--TAG--AA----ACAC-ATA-AAAAT
gi|120372 : TCATCTGGAATTTAAAGGTTT-----CTTG-GAGCTG-ACTC-----GGA--TATT--TTACATTACATGTA-CG-TGAT-T---------TTGAATTACGA--CGGA-CA----TA--T-------TG--TT--TTG--AAAGTTATTT-ATA-AAAAT
gi|120373 : TCATCCTAAATTCACCACTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC-----A-A--TATC--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------CTGAATGAAAA--CAGG-CA----TG--T-------TA--TG--TAG--AA----ACAT-ATC-ACAAT
gi|120374 : TTATCTAGAATTCAAAGGTTT-----CTTC-ATCCTG-AC-------------ATT--TTACAT------CA-CA-TGAT-G---------TAGAACGACAG--CAAA-GT----TG--T-------TG--TGTATAG--AA----ACTT-GTC-TAAAT
gi|120375 : TCATCCAGAAATCAAAGGTTT-----CTTC-ATGCTTCACTC-----AGA--CATT--TTGCAT------CA-CG-TGAC-T---------TAGAATGACAG--CGAT-CG----TG--C-------T
gi|120376 : TCATCCGGAATTCCAGCGTTT-----CTTT-ATGTTG-ACTCAAAATAAA--CATTAAATACAT------CA-TG-TGAT-C---------CAGAATGGCAA--CA
gi|120377 : ATTCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-TAACTG-ACTT-----GGA--CATT--TTACAT------CA-TG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--T-------CA--TG--TAG--AA----Acttacatgtatctacataatgtactagtatatactcgta
gi|120378 : ATCCGGAATTGAAAGGTTTGGTTCTTTC-ATGCTG-ACTA-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGATAATTCTAA-CG----AG--T-------TG--TG--GAG--AA----ACTT-ATC-AAA
gi|120379 : CAGAATTCAAGGGTTT-----CTTT-TTGCTG-ACAC-----GCA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TTGAATGACAA--CAGA-CG----TG--T-------TG--TG--TTG--AA----ACTT-ACA-TAAA
gi|120380 : -----CTTC-ATACTG-ACTC-----GGA--CATT--TTATAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAGTGACAC--CAGA-CG----TG--T-------T-------TAG--AA----ACTT-ATT-AAA
gi|120381 : tcagaaacTT-AAGCTG-ACTC-----GG---CATT--TTACAT------CA-CA-TGAT-T---------TAAAGTAACAA--TAGA-CG----TG--C-------TG--TG--TAGT-GA----TCTT-ATA-AAAAT
gi|120382 : TT-AAGCTG-ACTC-----GG---CATT--TTACAT------CA-CA-TGAT-T---------TAAAGTAACAA--TAGA-CG----TG--C-------TG--T---TAGGTGA----TCTT-ATA-AAA
gi|120383 : AGCTG-ACTC-----TGA--CATT--TTACAT------AA-TG-TGA------------TAAACTGA----------------TT--T-------AA--TG--TAG--AA----ACTT--TA-
gi|120383 : AGCTG-ACTC-----TGA--CATT--TTACAT------AA-TG-TGAT-T---------TA-----------------------------------A--TG--TAG--AA----ACTT-ATT-TAAATncagctgactctgacattttacataatgtgatttaatgtagaaacttatttaaat
blockSeqs : GGTTC CC A AAAAT AG AA TACATG A G C ATGGTGATG TT T AACA TT TACAATG CA TA GT AGTT G C
blockSeqs : T C C . . . . . T . ATGGTGATG . . . . TACAATG . . T . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . ATGGTGATG . . . . TACAATG . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : C* ********* *******
originalCons : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--T-------TG--TG--TAG--AA----ACTT-ATA-AAAAT
finalCons : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--T-------TG--TG--TAG--AA----ACTT-ATA-AAAAT
Alignments
lowQualScore : 222222222 2222222
lowQualScore : 0 66666 22 3 33333 22 22 444444 1 3 1 444444444 22 1 3333 22 0000000 22 22 44 3333 1 1
lowQualScore : . ..... .. . ..... .. .. ...... . . . ......... .. . .... .. ....... .. .. .. .... . .
lowQualScore : 1 11111 88 0 77777 00 00 333333 5 1 5 666666666 11 6 4444 22 8888888 33 33 00 5555 7 8
consensus : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--T-------TG--TG--TAG--AA----ACTT-ATA-AAAAT
Reference ( family-701 ) : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--T-------TG--TG--TAG--AA----ACTT-ATA-AAAAT
gi|120358 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTT--AAGCTG-ACTC-----G-A--CATT--TTACAT------AA-CG-TGAT-CATGGTGATGTAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--TTACAATGTA--TG--TAG--AA----ACTT-ATA-AAAAT
gi|120359 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTT--AAGCTG-ACTC-----G-A--CATT--TTACAT------AA-CG-TGAT-CATGGTGATGTAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--TTACAATGTA--TG--TAG--AA----ACTT-ATA-AAAAT
gi|120360 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC------GA--CATT--TTACAT------AA-CG-TGAT-CATGGTGATGTAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--TTACAATGTA--TG--TAG--AA----ACTT-ATA-AAAAT
gi|120361 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTT--AAGCTG-ACTC-----G-A--CATT--TTACAT------TAACG-TGAT-CATGGTGATGTAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--TTACAATGTA--TG--TAG--AA----ACTT-ATA-AAAAT
gi|120362 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC-----GGA--AATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--T-------TA--TG--TAG--AA----ACTT-CTA-AAAAT
gi|120363 : TCATCCGGAATTCAGAAGTTT-----TTTC-AAGCTG-ACTT-----GGA--CATT--CTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGCCAA--CAGA-CG----TG--T-------TGCATG--TAG--AA----ACTT-AT
gi|120364 : TCATCCGGAATTTAAATGTTT-----CTTA-AAGTTG-ACTC-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAA-T---------TAGAATGGCAA--CAGA-CGAACATGTTT-------TT--TG--TAG--AA----ACTT-TTA-AAAAT
gi|120365 : TCATCCGGAATTCAAG-GCTT-----CTTC-ATGTTG-ACTC-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-TG----TG--T-------TG--TG--TAG--AA----ACTTGATA-
gi|120366 : TCA-CCGGAATTCAAAAGTTTT----CTTCCAAGTCT-ACTC-----GGGAGCATT--TTACA-------CA-CGGTGAT-T---------TAGAATGATAA--CAGA-CA----TG----------TG--TG--TAG--AA----ACTT-ATACAAAAT
gi|120367 : TCATTCGAAATTCAAATGTTT-----CTTT-GGGCTG-ACTC-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAAA-CG----TA--T-------TG--TG--TA---AG----ACTT-ATA-TAAAT
gi|120368 : TCATCCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAG--G-ACTC-----GGG--CATT--TTACAT------CA-CT-TGTT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-TG----TA--T-------TG--TG--TAG--AA----AGTT-ATA-
gi|120369 : TCATCTGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC------GA--CATT--TTACAT------CA-
gi|120370 : TTATCCGTAATTCAAAAGTTT-----CCTC-AAGCTG-ACTA-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAAAATTACAA--CATA-TG----AT--T-------TG--AG--TAG--AA----ACAC-ATA-AAAATgatctgg
gi|120371 : TTATCCGTAATTCAAAAGTTT-----CCTC-AAGCTGAACTA-----GGA--C-TT--TTACAT------CA-CGTTGATCT---------TAAAATTACAA-----ATTG----TT--T-------TG--AG--TAG--AA----ACAC-ATA-AAAAT
gi|120372 : TCATCTGGAATTTAAAGGTTT-----CTTG-GAGCTG-ACTC-----GGA--TATT--TTACATTACATGTA-CG-TGAT-T---------TTGAATTACGA--CGGA-CA----TA--T-------TG--TT--TTG--AAAGTTATTT-ATA-AAAAT
gi|120373 : TCATCCTAAATTCACCACTTT-----CTTC-AAGCTG-ACTC-----A-A--TATC--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------CTGAATGAAAA--CAGG-CA----TG--T-------TA--TG--TAG--AA----ACAT-ATC-ACAAT
gi|120374 : TTATCTAGAATTCAAAGGTTT-----CTTC-ATCCTG-AC-------------ATT--TTACAT------CA-CA-TGAT-G---------TAGAACGACAG--CAAA-GT----TG--T-------TG--TGTATAG--AA----ACTT-GTC-TAAAT
gi|120375 : TCATCCAGAAATCAAAGGTTT-----CTTC-ATGCTTCACTC-----AGA--CATT--TTGCAT------CA-CG-TGAC-T---------TAGAATGACAG--CGAT-CG----TG--C-------T
gi|120376 : TCATCCGGAATTCCAGCGTTT-----CTTT-ATGTTG-ACTCAAAATAAA--CATTAAATACAT------CA-TG-TGAT-C---------CAGAATGGCAA--CA
gi|120377 : ATTCGGAATTCAAAAGTTT-----CTTC-TAACTG-ACTT-----GGA--CATT--TTACAT------CA-TG-TGAT-T---------TAGAATGACAA--CAGA-CG----TG--T-------CA--TG--TAG--AA----Acttacatgtatctacataatgtactagtatatactcgta
gi|120378 : ATCCGGAATTGAAAGGTTTGGTTCTTTC-ATGCTG-ACTA-----GGA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAATGATAATTCTAA-CG----AG--T-------TG--TG--GAG--AA----ACTT-ATC-AAA
gi|120379 : CAGAATTCAAGGGTTT-----CTTT-TTGCTG-ACAC-----GCA--CATT--TTACAT------CA-CG-TGAT-T---------TTGAATGACAA--CAGA-CG----TG--T-------TG--TG--TTG--AA----ACTT-ACA-TAAA
gi|120380 : -----CTTC-ATACTG-ACTC-----GGA--CATT--TTATAT------CA-CG-TGAT-T---------TAGAGTGACAC--CAGA-CG----TG--T-------T-------TAG--AA----ACTT-ATT-AAA
gi|120381 : tcagaaacTT-AAGCTG-ACTC-----GG---CATT--TTACAT------CA-CA-TGAT-T---------TAAAGTAACAA--TAGA-CG----TG--C-------TG--TG--TAGT-GA----TCTT-ATA-AAAAT
gi|120382 : TT-AAGCTG-ACTC-----GG---CATT--TTACAT------CA-CA-TGAT-T---------TAAAGTAACAA--TAGA-CG----TG--C-------TG--T---TAGGTGA----TCTT-ATA-AAA
gi|120383 : AGCTG-ACTC-----TGA--CATT--TTACAT------AA-TG-TGA------------TAAACTGA----------------TT--T-------AA--TG--TAG--AA----ACTT--TA-
gi|120383 : AGCTG-ACTC-----TGA--CATT--TTACAT------AA-TG-TGAT-T---------TA-----------------------------------A--TG--TAG--AA----ACTT-ATT-TAAATncagctgactctgacattttacataatgtgatttaatgtagaaacttatttaaat