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gi|120742                     :                TCTT-G--CG--TT-CA-TTTAA-T----TA-G-GA-G-C-AC-C--T-C-TTCAT------TCATAG----------TCA-T----TTT--AA-GT-TG-TA-G--T-TTTAAA-T-TTTTAACC-----GG-TA-T--T--GGAAA-AACC-AT-C--AAC--ATA-C-----C-G-CT-GAAAT------TA-----A-T-T---TT--A-T---G--A--AAACTA--T--CAT--AT-CA-AATC-GCCA-ATT
gi|120743                     :                TCTT-C--CG--T--CAAATTAA-CATAGTA-G-GA-G-C-AC-C--T-C-TTCACAAAAAGT-AGAA----------TC--T----TTC--AA-GTCTG-GA-GAAT-TT---A-TGTTT--ACCCGTGGGG-TC-TA-T--GG--A-AA-C-AT-C-AACC--ATA-C-----C-G-CTTGAACTTTGTTAT------A-T-T---CT--ACT---T--A--AAACTA--A--TAT--AT-CAGAA-C-ATCA-ATT
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gi|120745                     :               tTTTT-T--CG--TT-CAATTTAA-T----TA-A-GA-G-C-AC-C--T-C-TTCAT------T-ATAG----------TCA-T----TTT--AA-GT-TG-GA-G--T-TT---T-T-TTT--ACT-----GG-TA-T--T--TG--A-AAAC-AT-C-AAAC--ATACC-----C-
gi|120746                     :                TCTTAT--TG--TT-CA-TTTAT-TA---TA-G-GA-G-C-CC-C--T-CATTCAT------T-AAAG----------TCA-T----TTT--AA-GCATG--A-GGAT-TT---ATT-TTT--ACC-----TG-TA-T--T--GG--A-A--C-AT-C-AAAC--ATGCCG----A-G-C--GCAATGG----T------A-T-T---TTA-A-T---G--A--AAACTA--TG-CTT--AT-CAGAA-CGGTCA-ATTcca
gi|120747                     :                TCTTAT--TG--TT-CA-TTTAT-T----TA-G-GA-G-C-CC-C--T-C-TTCATG-----T-AAAG----------TCA-T----TTT--AA-GCATG-GA-GA-T-TT---ATT-TTT--ACC-----G-----T--T--TG--G-AACC-AT-C-AAAC--AT--------C-G-CCAGCCAT------T------A-T-T---TTA-A-T---G--A--AAACTT--G--CTT--AT-CA-AACC-GTCA-
gi|120748                     :                          --TT-TAATATAA-T-------GTGA-G-CTAC-C--T-C-TTCAT------T-ATAG----------TCA-T----TTTTTAA-GT-TG-TA-G--T-TT---A-T-TT---ACC-----G--TA-T--TT-GG--A-AACC-AT-C-AAAG--ATACC-----C-G-C--GAAAT------T------ATT-T---TT--A-T---G--A--AAACTA--T--CAT--AT-CA-AA-C-GTCA-ATT
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gi|120751                     :                                                                                   G----------TCA-G----TTT--AG-AT-GG-AATG--T-TT---A-T-TTT--ACC-----GG-TA-C--T--GG--A-AACC-AT-C-AAAC--ATACTCAATAC-A-T--GCAAT------T------A-T-T---TT--A-G---T--A--AAACCA--T--CAT--AC-CA-
gi|120752                     :                                                                                                                      A-A--T-TT---A-T-ATC--ACC-----GG-TA-C--T--GG--A-AACC-AT-C-AAAC--ATACC-----C-G-C--GCAAT------T------A-T-T---TT--A-T---T--A--AAGCTA--T--CAT--AT-CA-AA-C-ATCA-ATT
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gi|120759                     :                                                                                                                                         --ACC-----GG-TA-C--T--GG--A-AAC--AT-C-AAAC--ATACC-----C-G-C--GCAAT------T------A-A-T---TT----T---G--ATTAAGCTA--TC-CAT--AT-C


blockSeqs                     :                    A AT  AG  T  A     C ATAG  A T  G G T  T AT A A     AAAAAG C    AAACTACGTA   G CGTG   TT  A  G  CT C AA A  TAA T A   TA   CGTGG  T  T AA AC  AA C    A  C A    CA   C CAATA G C TT A   TTGTTA CTCTTA T C TGG  TA C TTAA   TT      AT GC   TA  C  G  T G    G
blockSeqs                     :                    A .   .   T  A     . A     . .  . . .  . A  . .     G      T    GA           . AT     .   A  A  CT T GA .  .   T G   .    A      .  . A  A   C  .    .  . .    .    C G     G . CA A   GGA    A      . . .    A  . GAC    .       T  G    .   .  G  C .    G
blockSeqs                     :                    . .   .   .  A     . .     . .  . . .  . .  . .     .      T    .            . G      .   .  C  T  . A  .  .   . .   .    G      .  . .  T   .  .    .  . .    .    C .     . . T  A   CG     .      . . .    A  . GA     .       T  A    .   .  .  C .    C
blockSeqs                     :                    . .   .   .  A     . .     . .  . . .  . .  . .     .      .    .            . .      .   .  A  T  . A  .  .   . .   .    .      .  . .  .   .  .    .  . .    .    C .     . . .  A   GG     .      . . .    A  . G      .       .  G    .   .  .  . .    .
blockSeqs                     :                    . .   .   .  A     . .     . .  . . .  . .  . .     .      .    .            . .      .   .  A  T  . .  .  .   . .   .    .      .  . .  .   .  .    .  . .    .    C .     . . .  A   .      .      . . .    T  . G      .       .  C    .   .  .  . .    .
blockSeqs                     :                    . .   .   .  A     . .     . .  . . .  . .  . .     .      .    .            . .      .   .  .  T  . .  .  .   . .   .    .      .  . .  .   .  .    .  . .    .    C .     . . .  C   .      .      . . .    .  . G      .       .  .    .   .  .  . .    .
blockSeqs                     :                    . .   .   .  A     . .     . .  . . .  . .  . .     .      .    .            . .      .   .  .  A  . .  .  .   . .   .    .      .  . .  .   .  .    .  . .    .    C .     . . .  A   .      .      . . .    .  . G      .       .  .    .   .  .  . .    .
blockSeqs                     :                    . .   .   .  A     . .     . .  . . .  . .  . .     .      .    .            . .      .   .  .  T  . .  .  .   . .   .    .      .  . .  .   .  .    .  . .    .    C .     . . .  A   .      .      . . .    .  . G      .       .  .    .   .  .  . .    .
blockSeqs                     :                    . .   .   .  A     . .     . .  . . .  . .  . .     .      .    .            . .      .   .  .  T  . .  .  .   . .   .    .      .  . .  .   .  .    .  . .    .    C .     . . .  A   .      .      . . .    .  . G      .       .  .    .   .  .  . .    .
blockSeqs                     :                    . .   .   .  A     . .     . .  . . .  . .  . .     .      .    .            . .      .   .  .  G  . .  .  .   . .   .    .      .  . .  .   .  .    .  . .    .    C .     . . .  A   .      .      . . .    .  . G      .       .  .    .   .  .  . .    .
blockSeqs                     :                    . .   .   .  .     . .     . .  . . .  . .  . .     .      .    .            . .      .   .  .  T  . .  .  .   . .   .    .      .  . .  .   .  .    .  . .    .    C .     . . .  C   .      .      . . .    .  . T      .       .  .    .   .  .  . .    .
blockSeqs                     :                    . .   .   .  .     . .     . .  . . .  . .  . .     .      .    .            . .      .   .  .  G  . .  .  .   . .   .    .      .  . .  .   .  .    .  . .    .    C .     . . .  C   .      .      . . .    .  . G      .       .  .    .   .  .  . .    .
blockSeqs                     :                    . .   .   .  .     . .     . .  . . .  . .  . .     .      .    .            . .      .   .  .  G  . .  .  .   . .   .    .      .  . .  .   .  .    .  . .    .    C .     . . .  A   .      .      . . .    .  . G      .       .  .    .   .  .  . .    .
blockSeqs                     :                          .   .  .     . .     . .  . . .  . .  . .     .      .    .            . .      .   .  .  T  . .  .  .   . .   .    .      .  . .  .   .  .    .  . .    .    T .     . . .  A   .      .      . . .    .  . G      .       .  .    .   .  .  . .    .
blockSeqs                     :                                       . .     . .  . . .  . .  . .     .      .    .            . .      .   .  .  T  . .  .  .   . .   .    .      .  . .  .   .  .    .  . .    .    C .     . . .  G   .      .      . . .    .  . G      .       .  .    .   .  .  . .    .
blockSeqs                     :                                       . .     . .  . . .  . .  . .     .      .    .            . .      .   .  .  T  . .  .  .   . .   .    .      .  . .  .   .  .    .  . .    .    C .     . . .  C   .      .      . . .    .  . G      .       .  .    .   .  .  . .    .
blockSeqs                     :                                               . .  . . .  . .  . .     .      .    .            . .      .   .  .  A  . .  .  .   . .   .    .      .  . .  .   .  .    .  . .    .    C .     . . .  C   .      .      . . .    .  . T      .       .  .    .   .  .  . .    .
blockSeqs                     :                                                                                    .            . .      .   .  .  .  . .  .  .   . .   .    .      .  . .  .   .  .    .  . .    .    C .     . . .  C   .      .      . . .    .  . T      .       .  .    .   .  .  . .    .
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blockSeqs                     :                                                                                                                       . .  .  .   . .   .    .      .  . .  .   .  .    .  . .    .    . .     . . .  C   .      .      . . .    .  . G      .       .  .    .   .  .  . .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                       . .  .  .   . .   .    .      .  . .  .   .  .    .  . .    .    . .     . . .  C   .      .      . . .    .  . T      .       .  .    .   .  .  . .    .
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blockSeqs                     :                                                                                                                         .  .  .   . .   .    .      .  . .  .   .  .    .  . .    .    . .     . . .  C   .      .      . . .    .  . G      .       .  .    .                 
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Alignments
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lowQualScore                  :                    5 33  33  5  2     2 7777  2 2  2 2 2  2 55 2 2     888888 6    2222222222   2 9999   22  4  0  44 3 77 1  222 3 3   22   66666  1  1 33 55  33 1    1  1 1    22   1 55555 3 1 66 1   111111 666666 1 1 222  88 1 444444 22      55 88   22  1  3  5 1    5   
lowQualScore                  :                    . ..  ..  .  .     . ....  . .  . . .  . .. . .     ...... .    ..........   . ....   ..  .  .  .. . .. .  ... . .   ..   .....  .  . .. ..  .. .    .  . .    ..   . ..... . . .. .   ...... ...... . . ...  .. . ...... ..      .. ..   ..  .  .  . .    .   
lowQualScore                  :                    7 99  77  3  4     4 4444  2 2  2 2 2  2 33 2 2     666666 7    1111111111   1 5555   99  2  5  33 6 66 6  777 1 1   00   77777  5  5 55 00  55 5    5  5 5    00   2 44444 1 6 00 0   888888 222222 6 6 888  66 6 222222 22      44 66   22  7  5  5 8    5   
consensus                     :             TTTTCTT-T--CG--TT-CAATTTAA-T----TA-G-GA-G-C-AC-C--T-C-TTCAT------T-ATAG----------TCA-T----TTT--AA-GT-TG-TA-G--T-TT---A-T-TTT--ACC-----GG-TA-T--T--GG--A-AACC-AT-C-AAAC--ATACC-----C-G-C--GNAAT------T------A-T-T---TT--A-T---G--A--AAACTA--T--CAT--AT-CA-AA-C-GTCA-ATT
Reference ( family-690 )      :             TTTTCTT-T--CG--TT-CAATTTAA-T----TA-G-GA-G-C-AC-C--T-C-TTCAT------T-ATAG----------TCA-T----TTT--AA-GT-TG-TA-G--T-TT---A-T-TTT--ACC-----GG-TA-T--T--GG--A-AACC-AT-C-AAAC--ATACC-----C-G-C--GNAAT------T------A-T-T---TT--A-T---G--A--AAACTA--T--CAT--AT-CA-AA-C-GTCA-ATT
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gi|120751                     :                                                                                   G----------TCA-G----TTT--AG-AT-GG-AATG--T-TT---A-T-TTT--ACC-----GG-TA-C--T--GG--A-AACC-AT-C-AAAC--ATACTCAATAC-A-T--GCAAT------T------A-T-T---TT--A-G---T--A--AAACCA--T--CAT--AC-CA-
gi|120752                     :                                                                                                                      A-A--T-TT---A-T-ATC--ACC-----GG-TA-C--T--GG--A-AACC-AT-C-AAAC--ATACC-----C-G-C--GCAAT------T------A-T-T---TT--A-T---T--A--AAGCTA--T--CAT--AT-CA-AA-C-ATCA-ATT
gi|120753                     :                                                                                                                      A-A--T-TT---G-T-GAT--ACC-----CG-TA-C--T--GG--A-AACC-AT-C-AAAT--AAACC-----A-G-C--GCAAT------T------A-T-T---TT--A-T---T--A--AAACTA--T--CAC--AT-CA-AA-T-ATCA-ATT
gi|120754                     :                                                                                                                       -G--T-TC---A-T-ATT--ACC-----AG-TA-C--T--GG--A-AAAC-AT-G-AAAC--ATATC-----C-A-T--GCAAT------T------A-T-T---TT--A-T---G--A--AAACTA--T--CAT--A
gi|120755                     :                                                                                                                         --T-TT---A-T-ATT--ACC-----GG-TA-C--C--GG--A-AACC-AT-C-AAAC--ATACC-----C-G-C--GCAAT------A------A-T-T---TT--A-T---T--A--AAACTA--T--CAT--AT-CA-AA-C-ATCA-GTT
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gi|120757                     :                                                                                                                         --T-TT---A-T-ATT--ATC-----AA-TA-C--T--GG-----------------C--ATACC-----C-G-C--GCAAT------T------T-T-T---TTT-A-T---T--A--AAACTA--T--CAT--AT-CA-AA-C-ATCA-ATT
gi|120758                     :                                                                                                                              T---A-T-ATT--ACC-----TG-TA-T--T--GG--A-AACC-AT-C-AAAC--ATACC-----A-G-C--GCAAT------T------A-T-T---TT--A-TTTAA--A--AAACTA--T--CAT--AT-CT-AA-C-ACCA-ATT
gi|120759                     :                                                                                                                                         --ACC-----GG-TA-C--T--GG--A-AAC--AT-C-AAAC--ATACC-----C-G-C--GCAAT------T------A-A-T---TT----T---G--ATTAAGCTA--TC-CAT--AT-C