lowQualScore                  :              111111111111         11111111                                                                                  
lowQualScore                  :      1  22   777777777777 22 44 3 11111111 22  22    1 1  1       1 22 1 3   33   1  888888  1  1  1  1  333    1    2      
lowQualScore                  :      .  ..   ............ .. .. . ........ ..  ..    . .  .       . .. . .   ..   .  ......  .  .  .  .  ...    .    .      
lowQualScore                  :      9  66   222222222222 66 55 8 66666666 33  33    6 6  6       6 22 6 1   77   6  666666  6  6  7  7  000    8    2      
consensus                     : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
Reference ( gi|90446 )        : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90445                      : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90447                      : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATCAT
gi|90449                      : TATAA-TA--AAA------G-----T--A--T-T-----A-GA--AG--GCGG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90448                      : TATTA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GATTATAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATGAT
gi|90450                      : TATAA-TA--AAA------------T--A--T-T-----TTGA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAGTTT------TC-CA-CAGAT-TC---TTCA-GGAG-TA-AAT
gi|90451                      : TATAA-TA--AAA------A-----T--ATCT-T-----T-G---AG--GCCA-A--T-GAGTATA-C--T-C-GACT-TAG-TT------TC-TA-CA-A--TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90452                      : TATAA-TA--AAA------AAA---T--AT-T-T-----T-GA--AG--G-CG-A-TT-AAGTATA-C--T-CGGAC--TAG-TT------TC-TATCA-A--TC---TTCA-GGAG--ATAAT
gi|90453                      : TATAA-TA--AAG------A-----T--A--T-T-----TAGC--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C---------------------TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90455                      : TATAA-TA--AAA------AATACAT--A--TAT-----T-AA--AA--GGCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TCACA-CA-AT-TC---TTCA-G
gi|90457                      : TACAA-TA--AAA------------T--A--T-T-----T--A--AG--GCCG-A-TT-GAGAATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-ATCTCACTTTCA-G
gi|90458                      : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-C-----A-TA--AA--GCCA-A-TT-AAGTATT-C--T-G-TAA--TAG-TT------TC-TG-TT-AA-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90459                      : TACAA-TA--AAA------A-----T--A--T-C--------A--CGCTGCCG-A-TT-GAGTACA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TG-TA-AG-TC---TTC
gi|90460                      : TATAA-TA--AAA------------T--A--T-T-----T-AA--AA--GCCG-A-TTGGAGTATA-CGTT-CAGAC----A-TT------TC-AC-CA-AT-TC---TT-A-GGAG-TATA
gi|90454                      : TATAA-TA--AAG------A-----T--A--T-T-----A-AAGCAG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C-----------------------TC-TA-C--AT-TC---TTCA-GGAG-T-TAAT
gi|90456                      : TATAAATA--AAATAC---A-----TGAA--T-T-----T-CA--AG--GCCG-ACTT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-CA-C
gi|90461                      : TATAA-TA--AAA------------T--A--T-T-------GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--TAC-GAC--
gi|90462                      :  ATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCGAA-TT-AAGTATA-C--T-C-GAC--T-G-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGA
gi|90463                      :  ACAA-TATCAGA------A-----T--A--T-T--------A--AG--GCAA-A-TA-GAGTATA-C--T-T-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TACAGT
gi|90464                      :   TAA-TA--AAA------A--------A--TAT-----T-GA--AG--GCC--A-TT-GAGAATA-C--T-C-GAT--AGG-TT------TC-TA-CA-AT-TC----TCA-GTA--TATAAT
gi|90465                      :    AA-TA--AAA------A-----C--A--T-TGAATTT-CA--AG--GC-G-A-TT-GAGTATAAC--T-C-GAC--TAG-TT------TC-CA-C
gi|90466                      :     A-TA--AAATACACTA-----T--A--T-T-----A-AG--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-CA-C--AT-TC---TTCA-G
gi|90467                      :                                         -GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--C-C-GAC--TAG-TTTCTACATC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAGTTATA
gi|90468                      :                                         -GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--C-C-GAC--TAT-TTCTACA-TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-
gi|90469                      :                                           A--AA--GCCA-A-CC-GAGTATA-C--T-C-AAC--TAA-AT------TC-TG-CA-AT-TT---TTCATGGAG-TATAAT
gi|90470                      :                                                     G-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AG-TC---TTCA-GGAG-TATAA
gi|90471                      :                                                                          -GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATA





Alignments
lowQualScore                  :              111111111111         1111111                                                                                   
lowQualScore                  :      1  22   777777777777 22 44 1 0000000  22  22    1 1  1       1 22 1 3   33   1  888888  1  1  1  1  222    1    2      
lowQualScore                  :      .  ..   ............ .. .. . .......  ..  ..    . .  .       . .. . .   ..   .  ......  .  .  .  .  ...    .    .      
lowQualScore                  :      8  55   555555555555 55 33 8 8888888  22  22    5 5  5       5 11 5 0   55   5  333333  5  5  7  7  999    7    1      
consensus                     : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
Reference ( family-688 )      : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90445                      : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90446                      : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90447                      : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATCAT
gi|90448                      : TATTA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GATTATAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATGAT
gi|90449                      : TATAA-TA--AAA------G-----T--A--T-T-----A-GA--AG--GCGG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90450                      : TATAA-TA--AAAT-----A-----T-----T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAGTTT------TC-CA-CAGAT-TC---TTCA-GGAG-TA-AAT
gi|90451                      : TATAA-TA--AAA------A-----T--ATCT-T-----T-G---AG--GCCA-A--T-GAGTATA-C--T-C-GACT-TAG-TT------TC-TA-CA-A--TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90452                      : TATAA-TA--AAA------AAA---T--AT-T-T-----T-GA--AG--G-CG-A-TT-AAGTATA-C--T-CGGAC--TAG-TT------TC-TATCA-A--TC---TTCA-GGAG--ATAAT
gi|90453                      : TATAA-TA--AAG------A-----T--A--T-T-----TAGC--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C---------------------TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90454                      : TATAA-TA--AAG------A-----T--A--T-T-----A-AAGCAG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C-----------------------TC-TA-C--AT-TC---TTCA-GGAG-T-TAAT
gi|90455                      : TATAA-TA--AAA------AATACAT--A--TAT-----T-AA--AA--GGCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TCACA-CA-AT-TC---TTCA-G
gi|90456                      : TATAAATA--AAATAC---A-----TGAA--T-T-----T-CA--AG--GCCG-ACTT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-CA-C
gi|90457                      : TACAA-TA--AAA------------T--A--T-T-----T--A--AG--GCCG-A-TT-GAGAATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-ATCTCACTTTCA-G
gi|90458                      : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-C-----A-TA--AA--GCCA-A-TT-AAGTATT-C--T-G-TAA--TAG-TT------TC-TG-TT-AA-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90459                      : TACAA-TA--AAA------A-----T--A--T-C--------A--CGCTGCCG-A-TT-GAGTACA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TG-TA-AG-TC---TTC
gi|90460                      : TATAA-TA--AAA------------T--A--T-T-----T-AA--AA--GCCG-A-TTGGAGTATA-CGTT-CAGAC----A-TT------TC-AC-CA-AT-TC---TT-A-GGAG-TATA
gi|90461                      : TATAA-TA--AAA------------T--A--T-T-------GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--TAC-GAC--
gi|90462                      :  ATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCGAA-TT-AAGTATA-C--T-C-GAC--T-G-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGA
gi|90463                      :  ACAA-TATCAGA------A-----T--A--T-T--------A--AG--GCAA-A-TA-GAGTATA-C--T-T-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TACAGT
gi|90464                      :   TAA-TA--AAA------AA----T--A--T-T-------GA--AG--GCC--A-TT-GAGAATA-C--T-C-GAT--AGG-TT------TC-TA-CA-AT-TC----TCA-GTA--TATAAT
gi|90465                      :    AA-TA--AAA------A-----C--A--T-TGAATTT-CA--AG--GC-G-A-TT-GAGTATAAC--T-C-GAC--TAG-TT------TC-CA-C
gi|90466                      :     A-TA--AAATACACTA-----T--A--T-T-----A-AG--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-CA-C--AT-TC---TTCA-G
gi|90467                      :                                         -GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--C-C-GAC--TAG-TTTCTACATC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAGTTATA
gi|90468                      :                                         -GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--C-C-GAC--TAT-TTCTACA-TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-
gi|90469                      :                                           A--AA--GCCA-A-CC-GAGTATA-C--T-C-AAC--TAA-AT------TC-TG-CA-AT-TT---TTCATGGAG-TATAAT
gi|90470                      :                                                     G-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AG-TC---TTCA-GGAG-TATAA
gi|90471                      :                                                                          -GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATA





Alignments
lowQualScore                  :              111111111111         1111111                                                                                   
lowQualScore                  :      1  22   777777777777 22 44 1 0000000  22  22    1 1  1       1 22 1 3   33   1  888888  1  1  1  1  222    1    2      
lowQualScore                  :      .  ..   ............ .. .. . .......  ..  ..    . .  .       . .. . .   ..   .  ......  .  .  .  .  ...    .    .      
lowQualScore                  :      8  55   555555555555 55 33 8 8888888  22  22    5 5  5       5 11 5 0   55   5  333333  5  5  7  7  999    7    1      
consensus                     : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
Reference ( family-688 )      : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90445                      : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90446                      : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90447                      : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATCAT
gi|90448                      : TATTA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GATTATAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATGAT
gi|90449                      : TATAA-TA--AAA------G-----T--A--T-T-----A-GA--AG--GCGG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90450                      : TATAA-TA--AAAT-----A-----T-----T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAGTTT------TC-CA-CAGAT-TC---TTCA-GGAG-TA-AAT
gi|90451                      : TATAA-TA--AAA------A-----T--ATCT-T-----T-G---AG--GCCA-A--T-GAGTATA-C--T-C-GACT-TAG-TT------TC-TA-CA-A--TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90452                      : TATAA-TA--AAA------AAA---T--AT-T-T-----T-GA--AG--G-CG-A-TT-AAGTATA-C--T-CGGAC--TAG-TT------TC-TATCA-A--TC---TTCA-GGAG--ATAAT
gi|90453                      : TATAA-TA--AAG------A-----T--A--T-T-----TAGC--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C---------------------TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90454                      : TATAA-TA--AAG------A-----T--A--T-T-----A-AAGCAG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C-----------------------TC-TA-C--AT-TC---TTCA-GGAG-T-TAAT
gi|90455                      : TATAA-TA--AAA------AATACAT--A--TAT-----T-AA--AA--GGCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TCACA-CA-AT-TC---TTCA-G
gi|90456                      : TATAAATA--AAATAC---A-----TGAA--T-T-----T-CA--AG--GCCG-ACTT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-CA-C
gi|90457                      : TACAA-TA--AAA------------T--A--T-T-----T--A--AG--GCCG-A-TT-GAGAATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-ATCTCACTTTCA-G
gi|90458                      : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-C-----A-TA--AA--GCCA-A-TT-AAGTATT-C--T-G-TAA--TAG-TT------TC-TG-TT-AA-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90459                      : TACAA-TA--AAA------A-----T--A--T-C--------A--CGCTGCCG-A-TT-GAGTACA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TG-TA-AG-TC---TTC
gi|90460                      : TATAA-TA--AAA------------T--A--T-T-----T-AA--AA--GCCG-A-TTGGAGTATA-CGTT-CAGAC----A-TT------TC-AC-CA-AT-TC---TT-A-GGAG-TATA
gi|90461                      : TATAA-TA--AAA------------T--A--T-T-------GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--TAC-GAC--
gi|90462                      :  ATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCGAA-TT-AAGTATA-C--T-C-GAC--T-G-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGA
gi|90463                      :  ACAA-TATCAGA------A-----T--A--T-T--------A--AG--GCAA-A-TA-GAGTATA-C--T-T-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TACAGT
gi|90464                      :   TAA-TA--AAA------AA----T--A--T-T-------GA--AG--GCC--A-TT-GAGAATA-C--T-C-GAT--AGG-TT------TC-TA-CA-AT-TC----TCA-GTA--TATAAT
gi|90465                      :    AA-TA--AAA------A-----C--A--T-TGAATTT-CA--AG--GC-G-A-TT-GAGTATAAC--T-C-GAC--TAG-TT------TC-CA-C
gi|90466                      :     A-TA--AAATACACTA-----T--A--T-T-----A-AG--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-CA-C--AT-TC---TTCA-G
gi|90467                      :                                         -GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--C-C-GAC--TAG-TTTCTACATC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAGTTATA
gi|90468                      :                                         -GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--C-C-GAC--TAT-TTCTACA-TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-
gi|90469                      :                                           A--AA--GCCA-A-CC-GAGTATA-C--T-C-AAC--TAA-AT------TC-TG-CA-AT-TT---TTCATGGAG-TATAAT
gi|90470                      :                                                     G-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AG-TC---TTCA-GGAG-TATAA
gi|90471                      :                                                                          -GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATA


blockSeqs                     :      A  TC   TACACTA      GA TC A GAATTT   GC  CT    A C  G       A GT A G   TA   T  TCTACA  A  T  G  C  ACT    T    T
blockSeqs                     :      .  .    AATACA       .  T  . TA       .   .     . .  .       . .  . A   T    .  CTACA   .  .  .  .  .      .    .
blockSeqs                     :      .  .    TACA         .  .  . T        .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .  .  .  .      .    .
blockSeqs                     :      .  .    AAA          .  .  . T        .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .  .  .  .      .    .
blockSeqs                     :      .  .    TA           .  .  . T        .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .  .  .  .      .    .
blockSeqs                     :      .  .    AA           .  .  . A        .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .  .  .  .      .    .
blockSeqs                     :      .  .    A            .  .  . T        .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .  .  .  .      .    .
blockSeqs                     :      .  .    A            .  .  . T        .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .  .  .  .      .    .
blockSeqs                     :      .  .    A            .  .  . T        .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .  .  .  .      .    .
blockSeqs                     :      .  .    G            .  .  . A        .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .  .  .  .      .    .
blockSeqs                     :      .  .    A            .  .  . T        .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .  .  .  .      .    .
blockSeqs                     :      .  .    A            .  .  . T        .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .  .  .  .      .    .
blockSeqs                     :      .  .    A            .  .  . T        .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .  .  .  .      .    .
blockSeqs                     :      .  .    A            .  .  . A        .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .  .  .  .      .    .
blockSeqs                     :      .  .    A            .  .  . T        .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .  .  .  .      .    .
blockSeqs                     :      .  .    A            .  .  . T        .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .  .  .  .      .    .
blockSeqs                     :      .  .    A            .  .  . A        .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .  .  .  .      .    .
blockSeqs                     :      .  .    A            .  .  . .        .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .  .  .  .      .    .
blockSeqs                     :      .  .    .            .  .  . .        .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .  .  .  .      .     
blockSeqs                     :      .  .    .            .  .  . .        .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .  .  .  .      .     
blockSeqs                     :      .  .    .            .  .  . .        .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .  .  .  .      .     
blockSeqs                     :                                            .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .  .  .  .      .     
blockSeqs                     :                                            .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .  .  .  .            
blockSeqs                     :                                            .   .     . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .                     
blockSeqs                     :                                                      . .  .       . .  . .   .    .  .       .  .                     
blockSeqs                     :                                                                          .   .                                        


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
finalCons                     : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT





Alignments
lowQualScore                  :              111111111111         1111111                                                                                   
lowQualScore                  :      1  22   777777777777 22 44 1 0000000  22  22    1 1  1       1 22 1 3   33   1  888888  1  1  1  1  222    1    2      
lowQualScore                  :      .  ..   ............ .. .. . .......  ..  ..    . .  .       . .. . .   ..   .  ......  .  .  .  .  ...    .    .      
lowQualScore                  :      8  55   555555555555 55 33 8 8888888  22  22    5 5  5       5 11 5 0   55   5  333333  5  5  7  7  999    7    1      
consensus                     : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
Reference ( family-688 )      : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90445                      : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90446                      : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90447                      : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATCAT
gi|90448                      : TATTA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GATTATAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATGAT
gi|90449                      : TATAA-TA--AAA------G-----T--A--T-T-----A-GA--AG--GCGG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90450                      : TATAA-TA--AAAT-----A-----T-----T-T-----T-GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAGTTT------TC-CA-CAGAT-TC---TTCA-GGAG-TA-AAT
gi|90451                      : TATAA-TA--AAA------A-----T--ATCT-T-----T-G---AG--GCCA-A--T-GAGTATA-C--T-C-GACT-TAG-TT------TC-TA-CA-A--TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90452                      : TATAA-TA--AAA------AAA---T--AT-T-T-----T-GA--AG--G-CG-A-TT-AAGTATA-C--T-CGGAC--TAG-TT------TC-TATCA-A--TC---TTCA-GGAG--ATAAT
gi|90453                      : TATAA-TA--AAG------A-----T--A--T-T-----TAGC--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C---------------------TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90454                      : TATAA-TA--AAG------A-----T--A--T-T-----A-AAGCAG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C-----------------------TC-TA-C--AT-TC---TTCA-GGAG-T-TAAT
gi|90455                      : TATAA-TA--AAA------AATACAT--A--TAT-----T-AA--AA--GGCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TCACA-CA-AT-TC---TTCA-G
gi|90456                      : TATAAATA--AAATAC---A-----TGAA--T-T-----T-CA--AG--GCCG-ACTT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-CA-C
gi|90457                      : TACAA-TA--AAA------------T--A--T-T-----T--A--AG--GCCG-A-TT-GAGAATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-ATCTCACTTTCA-G
gi|90458                      : TATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-C-----A-TA--AA--GCCA-A-TT-AAGTATT-C--T-G-TAA--TAG-TT------TC-TG-TT-AA-TC---TTCA-GGAG-TATAAT
gi|90459                      : TACAA-TA--AAA------A-----T--A--T-C--------A--CGCTGCCG-A-TT-GAGTACA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TG-TA-AG-TC---TTC
gi|90460                      : TATAA-TA--AAA------------T--A--T-T-----T-AA--AA--GCCG-A-TTGGAGTATA-CGTT-CAGAC----A-TT------TC-AC-CA-AT-TC---TT-A-GGAG-TATA
gi|90461                      : TATAA-TA--AAA------------T--A--T-T-------GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--TAC-GAC--
gi|90462                      :  ATAA-TA--AAA------A-----T--A--T-T-----T-GA--AG--GCCGAA-TT-AAGTATA-C--T-C-GAC--T-G-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGA
gi|90463                      :  ACAA-TATCAGA------A-----T--A--T-T--------A--AG--GCAA-A-TA-GAGTATA-C--T-T-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TACAGT
gi|90464                      :   TAA-TA--AAA------AA----T--A--T-T-------GA--AG--GCC--A-TT-GAGAATA-C--T-C-GAT--AGG-TT------TC-TA-CA-AT-TC----TCA-GTA--TATAAT
gi|90465                      :    AA-TA--AAA------A-----C--A--T-TGAATTT-CA--AG--GC-G-A-TT-GAGTATAAC--T-C-GAC--TAG-TT------TC-CA-C
gi|90466                      :     A-TA--AAATACACTA-----T--A--T-T-----A-AG--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-CA-C--AT-TC---TTCA-G
gi|90467                      :                                         -GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--C-C-GAC--TAG-TTTCTACATC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAGTTATA
gi|90468                      :                                         -GA--AG--GCCG-A-TT-GAGTATA-C--C-C-GAC--TAT-TTCTACA-TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-
gi|90469                      :                                           A--AA--GCCA-A-CC-GAGTATA-C--T-C-AAC--TAA-AT------TC-TG-CA-AT-TT---TTCATGGAG-TATAAT
gi|90470                      :                                                     G-A-TT-GAGTATA-C--T-C-GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AG-TC---TTCA-GGAG-TATAA
gi|90471                      :                                                                          -GAC--TAG-TT------TC-TA-CA-AT-TC---TTCA-GGAG-TATA