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Reference ( family-685 ) : AACGAC--G-A-CG-GAT-ATA-------AT------TCGTTT-CT-A-AA-ATAGA-GA-T-TT--TATT-C-AAA---TTTTG-ATA-TC-A--A-TTA------------A-ATTATG-TATT-----AATT----A-------GTT-AAAA---TC-AA--CGG--AAA-AA---A-CATAA--------TG-GT-CA-T-C-----GTTCATT--A-TT-T--T--C-TGCGGGG-GACGT-TT-C-AAAAGTA------GGC-A-TG--AAAA--A---C-----GC-GT---AA-T-TGCA-AA----G-AAAAT-AA-T---AGGAAA-TCTC
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . N . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : AT*********
originalCons : AACGAC--G-A-CG-GAT-ATA-------AT------TCGTTT-CT-A-AA-ATAGA-GA-T-TT--TATT-C-AAA---TTTTG-ATA-TC-A--A-TTA------------A-ATTATG-TATT-----AATT----A-------GTT-AAAA---TC-AA--CGG--AAA-AA---A-CATAA--------TG-GT-CA-T-C-----GTTCATT--A-TT-T--T--C-TGCGGGG-GACGT-TT-C-AAAAGTA------GGC-A-TG--AAAA--A---C-----GC-GT---AA-T-TGCA-AA----G-AAAAT-AA-T---AGGAAA-TCTC
finalCons : AACGAC--G-A-CG-GAT-ATA-------AT------TCGTTT-CT-A-AA-ATAGA-GA-T-TT--TATT-C-AAA---TTTTG-ATA-TC-A--A-TTA------------A-ATTATG-TATT-----AATT----A-------GTT-AAAA---TC-AA--CGG--AAA-AA---A-CATAT---------G-GT-CA-T-C-----GTTCATT--A-TT-T--T--C-TGCGGGG-GACGT-TT-C-AAAAGTA------GGC-A-TG--AAAA--A---C-----GC-GT---AA-T-TGCA-AA----G-AAAAT-AA-T---AGGAAA-TCTC
Alignments
lowQualScore : 1111111 1 111 111111111
lowQualScore : 22 1 1 1 1 2222222 555555 1 1 1 1 1 1 1 22 3 1 666 1 1 44 22 3 888888888888 1 3 44444 3333 6666666 444 1 22 44 1 333 66666666 1 5 1 22 3 1 44444 44 1 1 22 22 1 0 1 1 1 1 555555 3 1 000 44 444444444 1 333 1 1 1 3333 3 1 3 333 5
lowQualScore : .. . . . . ....... ...... . . . . . . . .. . . ... . . .. .. . ............ . . ..... .... ....... ... . .. .. . ... ........ . . . .. . . ..... .. . . .. .. . . . . . . ...... . . ... .. ......... . ... . . . .... . . . ... .
lowQualScore : 44 7 7 7 7 4444444 000000 7 7 7 7 7 7 7 33 3 7 222 7 7 22 33 3 555555555555 7 2 00000 4444 8888888 666 7 44 11 7 000 33333333 7 2 7 44 5 7 33333 11 7 7 44 44 7 2 8 9 9 8 000000 9 7 000 11 111111111 7 000 7 7 7 7777 5 7 5 000 5
consensus : AACGAC--G-A-CG-GAT-ATA-------AT------TCGTTT-CT-A-AA-ATAGA-GA-T-TT--TATT-C-AAA---TTTTG-ATA-TC-A--A-TTA------------A-ATTATG-TATT-----AATT----A-------GTTAAAA---TC-AA--CGG--AAA-AA---A--------CA-T-A-TGG--TCA-T-C-----GTTCATT--A-TT-T--T--C-TGCGGGG-GACGT-TT-C-AAAAGTA------GGC-A-TG--AAAA--A---C-----GC-GT---AA-T-TGCA-AA----G-AAAAT-AA-T---AGGAAA-TCTC
Reference ( family-685 ) : AACGAC--G-A-CG-GAT-ATA-------AT------TCGTTT-CT-A-AA-ATAGA-GA-T-TT--TATT-C-AAA---TTTTG-ATA-TC-A--A-TTA------------A-ATTATG-TATT-----AATT----A-------GTTAAAA---TC-AA--CGG--AAA-AA---A--------CA-T-A-TGG--TCA-T-C-----GTTCATT--A-TT-T--T--C-TGCGGGG-GACGT-TT-C-AAAAGTA------GGC-A-TG--AAAA--A---C-----GC-GT---AA-T-TGCA-AA----G-AAAAT-AA-T---AGGAAA-TCTC
gi|103079 : AACGAC--G-A-CG-GAT-ATA-------AT------TCGTTC-GT-A-AA-ATAGA-GA-T-TT--TATT-C-AAA---TTTTG-ACA-TC-A--A-TTA------------A-ATTATG-TATT-----GATT----A-------GTTAAAA---TC-AA--TGG--AAA-AA---A--------CA-CAA-TAG--TCA-T-C-----GTTCATT--A-TT-T--T--C-TGTGGGG-GACGT-TT-C-AAAAGTA------GGC-A-TG--AAAA--A---T-----GC-GT---AA-T-TGCA-AA----G-AAAAT-AA-T---AGGAAA-TCTC
gi|103080 : AACAAC--G-A-CG-GAT-ATACATGTA-AT------TCGTTT-CT-A-AA-ATAGA-GA-T-TT--TATT-C-AAA---TTTTG-ATA-TA-A--A-TTA------------A-ATTATG-TATT-----AATC----A-------GTTAAAA---TA-AA--TGG--AAA-AA---A--------CA-T----GG--TCA-T-C-----GTTCATT--A-TT-T--T--C-TGCGGGG-GACGT-TT-C-AAAAGTA------GGC-C-TG--AAAA--A---T-----GC-GT---AA-A-TGCA-AA----G-AAAAT-AA-T---AGGAAA-TCTC
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gi|103082 : AACGAC--G-A-CG-GAT-ATA-------AT------TCGTTT-CT-A-AA-ATAGA-GA-T-TT--TATT-C-AAA---TTTTG-ATA-TC-A--A-TTA------------A-ATTATG-CATT-----AATTAATAA-------GTTAAAA---TC-AA--CG----AA-AA---A--------CA-T-A-TGG--TCA-T-C-----GTTCATT--G-TT-T--T--C-TGT-GGG-GACGT-TT-C-AAAAGTA------GGC-A-TG--AAAA--A---T-----GC-GT---AA-T-TGCA-AA----G-AAAAT-AATT---AGGAAA-TCTC
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gi|103084 : AACGAC--GCA-CG-GAT-ATA-------AT------TCGTTT-CT-A-AA-ATAGA-GA-T-TT--TATT-C-AAACATTTTTG-ATA-TC-A--A-TTA------------A-ATTATGTTATT-----AATT----A-------GTTAAAC---TC-AA--C-G--AAA-AA---A--------CA-T-A-TAG--TCATT-C-----GTTCATT--A--T-T--T--C-TGTGGGG-AACGT-TT-C-AAAAGTA------GGC-A-TG--GAAA--A---TG----GC-GT---AA-T-TGCA-AA----G-AAAAT-AA-T---AGGAAA-TCTC
gi|103085 : AACGAC--A-A-CG-GAT-ATA-------AT------TCATTT-CT-A-AA-ATAGA-GA-T-TT--TATT-T-AAA---TTTTG-ATA-TC-A--G-TTA------------A-ATTATT-TATC-----AATT----A-------GTTAAAA---TC-AA--CGG---AA-AA---A--------CA-T-A-TGG--TCA-T-C-----GTTCATT--A-TT-T--T--C-TGTGGGA-G-CGT-TT-C-AAAAGTC------GGC-A-TG--CAAA--A---T-----GC-GT---AT-T-TACT-AA----G-AAAAT-AA-T---AGGAAA-TCTC
gi|103086 : AACGAC--G-A-CG-GAT-ATA-------AT------TCGTTT-CT-A-AA-ATAGA-GA-T-TT--AATT-C-AAA---TTTTG-ATA-TC-A--A-TTA------------A-ATTATG-TATT-----AATT----A-------GTTAGAA---TA-AA--CGG--GAA-AA---A--------AA-T-A-TAG--TCA-T-C-----GTTCATT--A-TT-TTCT--C-TGTGGGG-GACGT-TT-C-AAAAGTA------GCA-A-TG--AAAG--ACTGC-----AC-GTTACAG-TCTGCATAA----G-AAATT-AA-TTAGAGGGAA-ACTC
gi|103087 : AACGAC--G-A-CG-GAT-ATA-------AT------TCGTTT-TT-A-GA-GTAGC-AA---TT--TATT-C-AAA---TTTTG-AT--TC-A--A-TTA------------A-ATT-TG-TATT-----AATT----A-------GTTAAAA---TC-AA--CGG--AAAGAA---A--------CA-T-A-TGG--TCA-T-C-----ACTCATT--A-TT-T--T--C-T-TGGGG-GACGT-TT-TAAAAAGTA-------GC-A-TG---AAA--A---T-----GC--T----A-T-TGCA-AA----G-AAAAT-AA-T---AGGAAG-TCT
gi|103088 : AACGAC--G-A-CG-GAT-ATA-------AT------TCGTTT-CT-A-AA-ATAGA-GA-A-TT--TCTT-A-AAA---TTTTA-ATA-TA-A--G-CTA------------G-CGTATG-CATT-----AATT----A-------GTTAAAA---TC-CA--TGA--AAA-AA---A--------CA-T-A-GGG--TCA-T-C-----ATTGATT--A-TT-T--T--C-AGCGGGG-AGCGT-TT-C-AAAAGTA------GGCTA-TG---AAA--A---C-----AC-GT---AA-T-TGCA-AA----G-AAAAT-AA-T---AGGAAA-TTTC
gi|103089 : AACGAC--G-A-CG-AAT-ATA-------AT------TCGTTT-CT-A-AA-ATAGA-GA-A-TT--TCTT-A-AAA---TTTTA-ATA-CA-A--G-CTA------------G-AGTATG-CATT-----AATT----ACATTGTAGTTAAAA---TC-CA--TGA--AAA-AA---G--------CA-T-A-GGA--TCA-T-C-----ATTCATT--A-TT-T--T--C-AGCGGGG-AGCGT-TT-C-AAAAGTA------GGCTA-TG---AAA--A---C-----AC-GA---AA-T-TGCA-AA----G-AAAAT-AA-T---AGGAAA-TTTC
gi|103090 : AACGAC--G-A-CG-GAT-ATA-------AT------TCCTTT-CT-A-AA-ATAGA-GA-T-AT--TATT-C-AAA---TTTTG-ATA-TT-A--A-TTA------------A-ATTATG-TATT-----AATT----A-------GTTAAAA---TC-AA--CGGAAAAA-AA---A--------CA-A-A-TGG--TCA-T-C-----TTTCATT--A-TT-T--T--C-TGTGAGG-GAC
gi|103091 : AACGACACG-A-CG-GAT-ATAC------AT------TCGTTT-CT-G-AA--TAGA-GA-A-TT--TCTT-A-AAA---TTTTA-ATA-TA-A--G-TTA------------G-AGTATG-CATTTTAAAAATT----C-------ATTAAAA---TC-CA--TG---AAA-AA---A--------CA-T-A--GG--TCA-T-C-----GTTGATTT-A-TT-T--T--C-AGCGGGG--ACGT-TT-C-AAAAGTA------GGCTA-T---AAAA--A---C-----AC-GC---AA-T-TGCA-AA----GAAAAAT-AA-T---AGGAAA-TTTC
gi|103092 : AACGAC--G-A-CG-GAC-ATA-------AT------TCGTTC-CT-A-AA-ATAGA-GA-T-TT--TATT-C-AAA---TTTTG-ATA-TC-A--GTTTG------------A-ATTGTGCTATT-----AAAT----A-------GTTAAGA---TC-AA--C-G--AAA-AA---G--------CA-T-A-TGG--TCA-T-C-----GTTCATT--A-TT-T--T--C-
gi|103093 : AACGAC--G-A-CG-G-T-ATA-------AT------TCGTGT--T-A-AA-ATAGA-GA-T-TT--TATTGC-AAAT--TTTTT-ATA-TA-A--A-TT-------------A-ATTATA-TATT-----AATT----A--------TT-AAA---TC-AA--CGG--GAA-AA---A--------CA-TGA-TGG---CA-T-C-----AATC-TT--A-TT-C--T------TGGGG-GACG--TT-C-AAAAGT-------CGC-A-TG--AAAA--A---T-----GC-CT---AATT-TGCA-AAAGTGG-AAAAT--A-T---GAGAAA-
gi|103094 : AACACC--G-A-CG-GAT-ATA-------CTACTGTCTCGTTT-CT-ACAATATAGACGA-T-TT--TATT-C-AAA---TTTT--ATATTC-AATA-TTATTACACGCTTGTA-ATTATA----T-----AATT----AT------GTTAAAGGTTTCAAA--CGG--GAA-GAAATA--------CA-TCA-T-G--TCA-T-TTCAAAGTCCTCT--A-TT-T--T--C-TGT-GGG-GACGT-TT-C-AACAATACAGCTCGGC-A-TAGTAAAA--A---TCTATGGCTTT---TA-T-TGCA-AA----GAAAAAT-AT-T---AGGAAA-TCTC
gi|103095 : AACG-C--G-A-CG-TATGATA-------AT------TC-TTT-CT-A-AA-A--GC-GA-T-TT---ATT-C-AA----TGTTG-ATA-TCCA--A-T----------------ACTTTG-TATT-----A-TT----A--------TTAAAA---TC-AA--CGG--AAA-AA---A--------CC-T-A-TAG--TCA-T-C-----GTTCA-T--A-TT-T--C--T-TGTGGGG-G-CGT-TT-C---AAGTA------GGC---TG---GAA--A---T-----GC-GC---TA-T-TGCA-AA----G--AAAC-AA-T---AGGAAATTCTC
gi|103096 : AACGAC--G-A-CG-GAT-ATA-------AT------TCGTTT-CT-A-AA-ATAGA-GA-T-TT--TATT-C-AAA---TTTTG-ATA-TC-A--A-TTA------------A-ATTATG-TATT-----AATT----A-------GTT
gi|103097 : AACGAC--G-A-CG-G-T-ATA-------A--------CGTT--CT-A-A---TAGA-GAAT-TT--TCTT-A-AAA---TTTTA-ATA-T-----A-CTA------------G-AGTATG-CATT-----AATT----A--------TTAAAA------AATTCTG--AAA-AA------------CA-T-A-GGG--TCA-TTC-----ATTCATT--A-TT-T--T--CATACGGGG-AGCGTATT-C-AAAAGTA------GGCTA-TG--AAAA--A---------AC-GT---AA-T-TGC--AA----G-GAAAT-AATT---AGG
gi|103098 : AACGAC--G-A-CGTGAT-ATA-------AT------TCGTTT-CT-A-AA-ATAGA-GA-T-TT--TTTT-TAAAA---TTTTG-ACA-TC-A--A-TTA------------A-ATTATG-TATT----------------------TTAAAA---
gi|103099 : ACGAC--G-A-CG-AAT-ATA-------AT------TCGTTT-CT-A-AA-ATAGA-GA-A-TT--TCTT-A-AAA---TTTTA-ATA-TA-A--G-CTA------------G-AGTATG-CATT-----AATT----A-------GTTAAAA---TC-CA--TGA--AAA-AA---A---------A-T-A-GGG--TCA-T-C-----ATTGATT--A-TT-T--T--C-AGCGGGG-AGCGT-TT-C-AAAAGTA------GGCTA-TG---AAA--A---C-----AC-GT---AA-T-TGCA-AA----G-AAAAT-GA-A---ATGAAA-TTTCagagtgaaga
gi|103100 : CGAC--G-AACG-AAT-ATA-------AT--------GTTT-CTTA-AG-ATAGA-GA-T-TTGTTATT-C-AAAA--TTTTG-ATA-TC-A--A-TTA------------A-ATTAGG-T--T-----AATT----A-------GTTAAAA---TC-AA--CGG--AAA-AA---A--------CA-T-AGTGG--TCA-T-C-----ACTCATT--A-TTGT--T--C-T-TGGGG-GACGT-TTAA-AAAAGTA------GGC-A-TG--AAAAG-A---T-----GC-GT---AA-T-TGCA-AA----G-AAAAT-AA-T---AGGAAAGTCT
gi|103101 : AC--G-A-CG-GAT-ATA-------AT-------CGTTT-CT-A-AA--TAGA-GA-TCTT--TATT-C-AAA---TTTTGCATA-TC-A--AATTA------------A-ATTATG-TATT-----AATT----A-------GTTAAAAA--TC-AA--CGG--AAA-AA---A--------CA-T-A-TAG---CATT-C-----GTTCATT--ATTT-T--T--C-TGTGGGGCGTCGT-TT-A-AAAAGTA------GGC-ATTG--AAAAATA---T-----GC-GT---AA-T-TGCA-AA----G-AAAAT-AA-T---AGGAAATTCTC
gi|103102 : A-ATGGA-GA-T-TT--CCTN-N-NNN---NNNNN-NNN-NN-N--N-NNN------------N-NNNNCG-T-TT-----GATT------------GT---AA---TC-AA--CGA--AAA-AA---AGAAAAAAACAAT-A-TGG--TCA---C-----ATC--TT--A-TT-T--T--C-TGTGGGG-GA-GT-TA-T-AAAAGTA------GGCTA-TG--AAAA--A---T-----GC-GT---AA-T-TGCA-GA----A-GAAAT-AA-T---AGGAAA-TCTC
gi|103103 : G-CATT-----AATT----A-------GTTAACC---TC-CA--TGA--AAA-AA---A---------A-C-A-TGGGTTCA-T-C-----GTT-ATTTTA-TT-T--TACC-AGCGGGG-AGCGT-TT-C-AAAAGTA------GGCTA-TG---AAA--A---C-----AC-GT---AA-T-TGCA-AA----G-AAAAT--A-T---AGGAAA-TCTC
gi|103104 : -AAACGTA------TGCTA-TG--AAAA--ATG-C-----GC-GT---AA-T-TGCA-AA----G-AAAAT-GA-T---AGGAAA-TCTC
gi|103105 : tg------GAC-A-TG--AAAA--A---T-----GC-GT---AA-C-TGCA-AA----G-AAAAT-TA-T---ATGAAA-TCTC