lowQualScore : 1 111
lowQualScore : 22 22 1 3 1 1 777777 0 1 55 1 222 1 000 1
lowQualScore : .. .. . . . . ...... . . .. . ... . ... .
lowQualScore : 22 22 5 1 5 5 999999 7 5 88 5 777 5 999 2
consensus : CCCCACCAG--GGC--TTCG-CCCT-GG-AC-CCA-C----TGGGGGC-CTC--A-AG---GCG-G--CCCCCAGACCCC
Reference ( gi|129833 ) : CCCCACCAG--GGC--TTTG-CCCT-GG-AC-CCA-T----TGGGAGC-CTT--A-AG---GCG-G--TCCCCAAACCCC
gi|129827 : CCCCACCAG--GGC--TTCG-CCCT-GG-AC-CCA-C----TGGGGGC-CTC--A-AG---GCG-G--CCCCTAAACCCC
gi|129826 : CCCCACCAG--GGC--TTCG-CCCT-GG-AC-CCA-C----TGGAGGC-CTC--A-AG---GCG-G--CCCCCAGACCCC
gi|129829 : CCCCACCAG--GGC--TTTG-CCCT-GG-AC-CCA-C----TGGGGGC-CTC--A-AG---ACG-G--CCCCCCGACCCC
gi|129844 : CCCCTCCAA--GGC--TTCG-CCCT-GG-AC-CCA-T----TGGGGAC-CTT--A-AG---GCG-G--CCCCAAAACCCC
gi|129828 : CCCCACCAG--GGC---TTG-CCTT-GGAAC-CCA-C----TGGGAGC-CTC--A-AG---GCG-G--CCCCCTAACCCC
gi|129830 : CCCCACCAG--GAC--TTCG-CCCT-GG-AC-CCA-C----TGGGGGC-CTC--A-AG---GCG-G--CCCCC
gi|129831 : CCCCACTAG--GGC--TTCG-CCCT-GG-AC-CCA-C----TGGGGGC-CTC--A-AA---GCG-G--CCCCCA
gi|129839 : CCCCACCAG--GGC--GCAG-CCCT-GG-GC-CCA-C----TGGGGGC-CTT--A-AG---GCG-G--CCCTCAGACCCC
gi|129835 : CCCCACCAG--GGC--TTCG-CCCT-GG-AC-CC--C----TGGGGGC-CTC--A-AG---GCG-G----CCCAGACCCC
gi|129846 : CCCCACCAG--GGC--CTTG-CCCT-TG-AC-C-A-C----TGGG-GCGCTT--A-AG---GCG-G--TCCCCAGACCCC
gi|129832 : CCCCACCAG--GGC--TT-G-CCCT-GG-AC-CCA-C----TGGGGG--CTT--A-AG---GCG-G--CCCCCGACCC
gi|129845 : CCCCACCAGACGGC--TCTGGCCCT-GC-AC-CCA-C----TGGGGGC-CTT--ATAG---GCG-G--CCCCCAAACCCC
gi|129837 : CCCCACCAG--GGC--CTTG-CCCTGGG-ACGCCA-C----TGGGGGC-CTTTAA-GG---GCG-G--CCCCCAGACCCC
gi|129836 : CCCCACCAG--G----CTTG-CCCT-GG-AC-CCA-T-----GGAGGC-CTT--A-AG---GCG-G--CCCCCAGACC
gi|129840 : CCCCACCAG--GGC--TTTA-CCCT-GG-A--CCA-C----TGGGGGC-CTTCCA-AGCCTGCG-G--CCCCCAGACCCC
gi|129834 : CCCCACCAG--GGC--TTTG-CCTTTGG-AC-CCA-C----TGGGGGC-TTC--A-AG---GCA-G--CCCCGACACCCC
gi|129842 : CCCCACCGG--GGG--TTTG-CCCT-GG-AC-CCA-C----TGGGGGG-CTTC-A-AT---GCA-G--CCCCCAGACCCC
gi|129838 : CCCCACCAG--GGT--TTTG-TCCT-GG-AT-TCA-C----TGGGGGC-CTC--A-AG---GCGAG--CCCCCA
gi|129848 : CCCCACCAG--GGC--GTTG-CCCT-GG-AC-CCA-C----TGGG-GC-C-T--A-AG---G-G-G---CCCCAGACCCC
gi|129847 : CCCCAC--A--GGC--CTTG-CCCT-GG-AC-C-A-C----TGGG-GC-CTT--A-AG---GCG-G---CCCCAGACCCC
gi|129841 : CCCCACCAG--GG---TTCG-C--T-GG-AC-CCACT----TGGGGG--CTC--A-AG---GCG-G--CCCCCAGACC
gi|129843 : CCCCACCAG--GGCAAGTTG-CCCT-AG-AA-CCA-C----TGAG-GC-C-A--A-AG---GCG-G--CCCCCAA
gi|129850 : CCCACTAG--GGC--TTTG-TCCT-GG-AT-CCA-T----TGGGGGC-CTC--A-AG---GTG-G--CCCTCAAACCCCcc
gi|129849 : CCAACCAG--GGC--CTTG-CCCT-GG-AC-CCA-C----TGGGGGC-CTT--A-AG---GCG-GGCCCCCCAGACCCC
gi|129851 : CCAGCAG--GGC--TTTG-CCCT-GG-AC-CCA-TTGAATGGGGGC-CTT--A-GG---GCG-G--CCCCCAAACCCC
gi|129852 : TTG-TCCT-GG-AC-CCA-C----TGGGGGC-CTC--A-GG---GCG-G--TCCCCAGGCCCC
Alignments
lowQualScore : 22 222 1 8 3 1 1 1 3333 33333 1 222 1 22
lowQualScore : .. ... . . . . . . .... ..... . ... . ..
lowQualScore : 11 777 5 8 0 5 5 5 1111 44444 5 666 5 00
consensus : CCCCACCAG--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCCAGACCCC
Reference ( family-683 ) : CCCCACCAG--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCCAGACCCC
gi|129826 : CCCCACCAG--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GAGGCCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCCAGACCCC
gi|129827 : CCCCACCAG--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCTAAACCCC
gi|129828 : CCCCACCAG--GGC---T-T-GCCTT-GGAAC-CCACT-G----GGAGCCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCCTAACCCC
gi|129829 : CCCCACCAG--GGC---T-TTGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-AG---ACG-G--CCCCCCGACCCC
gi|129830 : CCCCACCAG--GAC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCC
gi|129831 : CCCCACTAG--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-AA---GCG-G--CCCCCA
gi|129832 : CCCCACCAG--GGC---T-T-GCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGG-CT--T--A-AG---GCG-G--CCCCC-GACCC
gi|129833 : CCCCACCAG--GGC---T-TTGCCCT-GG-AC-CCATT-G----GGAGCCT--T--A-AG---GCG-G--TCCCCAAACCCC
gi|129834 : CCCCACCAG--GGC---T-TTGCCTTTGG-AC-CCACT-G----GGGGCTT--C--A-AG---GCA-G--CCCCGACACCCC
gi|129835 : CCCCACCAG--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CC-CT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GCG-G----CCCAGACCCC
gi|129836 : CCCCACCAG--G-C---T-T-GCCCT-GG-AC-CCA-T-G----GAGGCCT--T--A-AG---GCG-G--CCCCCAGACC
gi|129837 : CCCCACCAG--GGC---C-TTGCCCTGGG-ACGCCACT-G----GGGGCCT--TTAA-GG---GCG-G--CCCCCAGACCCC
gi|129838 : CCCCACCAG--GGT---T-TTGTCCT-GG-AT-TCACT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GCGAG--CCCCCA
gi|129839 : CCCCACCAG--GGC---G-CAGCCCT-GG-GC-CCACT-G----GGGGCCT--T--A-AG---GCG-G--CCCTCAGACCCC
gi|129840 : CCCCACCAG--GGC---T-TTACCCT-GG-A--CCACT-G----GGGGCCTTCC--A-AGCCTGCG-G--CCCCCAGACCCC
gi|129841 : CCCCACCAG--GG----T-TCGC--T-GG-AC-CCACT-T----GGGGGCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCCAGACC
gi|129842 : CCCCACCGG--GGG---T-TTGCCCT-GG-AC-CCACTGG----GGGGCTT--C--A-AT---GCA-G--CCCCCAGACCCC
gi|129843 : CCCCACCAG--GGCAAGT-T-GCCCT-AG-AA-CCACT-G----AGG--CC--A--A-AG---GCG-G--CCCCCA-ACC
gi|129844 : CCCCTCCAA--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCATT-G----GGGACCT--T--A-AG---GCG-G--CCCCAAAACCCC
gi|129845 : CCCCACCAGACGGC---TCTGGCCCT-GC-AC-CCACT-G----GGGGCCT--T--ATAG---GCG-G--CCCCCAAACCCC
gi|129846 : CCCCACCAG--GGC---C-TTGCCCT-TG-AC-C-ACT-G----GGGCGCT--T--A-AG---GCG-G--TCCCCAGACCCC
gi|129847 : CCCCAC-AG--GCC---T-T-GCCCT-GG-AC-C-ACT-G----GGG-CCT--T--A-AG---GCG-G---CCCCAGACCCC
gi|129848 : CCCCACCAG--GGC---G-TTGCCCT-GG-AC-CCACT------GGGGCCT-----A-AG---G-G-G---CCCCAGACCCC
gi|129849 : CCAACCAG--GGC---C-TTGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--T--A-AG---GCG-GGCCCCCCAGACCCC
gi|129850 : CCCACTAG--GGC---T-TTGTCCT-GG-AT-CCATT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GTG-G--CCCTCAAACCCC
gi|129851 : CCAGCAG--GGC---T-TTGCCCT-GG-AC-CCATT-GAATGGGGGCCT--T--A-GG---GCG-G--CCCCCAAACCCC
gi|129852 : -TTGTCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-GG---GCG-G--TCCCCAGGCCCC
Alignments
lowQualScore : 22 222 1 8 3 1 1 1 3333 33333 1 222 1 22
lowQualScore : .. ... . . . . . . .... ..... . ... . ..
lowQualScore : 11 777 5 8 0 5 5 5 1111 44444 5 666 5 00
consensus : CCCCACCAG--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCCAGACCCC
Reference ( family-683 ) : CCCCACCAG--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCCAGACCCC
gi|129826 : CCCCACCAG--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GAGGCCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCCAGACCCC
gi|129827 : CCCCACCAG--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCTAAACCCC
gi|129828 : CCCCACCAG--GGC---T-T-GCCTT-GGAAC-CCACT-G----GGAGCCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCCTAACCCC
gi|129829 : CCCCACCAG--GGC---T-TTGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-AG---ACG-G--CCCCCCGACCCC
gi|129830 : CCCCACCAG--GAC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCC
gi|129831 : CCCCACTAG--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-AA---GCG-G--CCCCCA
gi|129832 : CCCCACCAG--GGC---T-T-GCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGG-CT--T--A-AG---GCG-G--CCCCC-GACCC
gi|129833 : CCCCACCAG--GGC---T-TTGCCCT-GG-AC-CCATT-G----GGAGCCT--T--A-AG---GCG-G--TCCCCAAACCCC
gi|129834 : CCCCACCAG--GGC---T-TTGCCTTTGG-AC-CCACT-G----GGGGCTT--C--A-AG---GCA-G--CCCCGACACCCC
gi|129835 : CCCCACCAG--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CC-CT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GCG-G----CCCAGACCCC
gi|129836 : CCCCACCAG--G-C---T-T-GCCCT-GG-AC-CCA-T-G----GAGGCCT--T--A-AG---GCG-G--CCCCCAGACC
gi|129837 : CCCCACCAG--GGC---C-TTGCCCTGGG-ACGCCACT-G----GGGGCCT--TTAA-GG---GCG-G--CCCCCAGACCCC
gi|129838 : CCCCACCAG--GGT---T-TTGTCCT-GG-AT-TCACT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GCGAG--CCCCCA
gi|129839 : CCCCACCAG--GGC---G-CAGCCCT-GG-GC-CCACT-G----GGGGCCT--T--A-AG---GCG-G--CCCTCAGACCCC
gi|129840 : CCCCACCAG--GGC---T-TTACCCT-GG-A--CCACT-G----GGGGCCTTCC--A-AGCCTGCG-G--CCCCCAGACCCC
gi|129841 : CCCCACCAG--GG----T-TCGC--T-GG-AC-CCACT-T----GGGGGCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCCAGACC
gi|129842 : CCCCACCGG--GGG---T-TTGCCCT-GG-AC-CCACTGG----GGGGCTT--C--A-AT---GCA-G--CCCCCAGACCCC
gi|129843 : CCCCACCAG--GGCAAGT-T-GCCCT-AG-AA-CCACT-G----AGG--CC--A--A-AG---GCG-G--CCCCCA-ACC
gi|129844 : CCCCTCCAA--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCATT-G----GGGACCT--T--A-AG---GCG-G--CCCCAAAACCCC
gi|129845 : CCCCACCAGACGGC---TCTGGCCCT-GC-AC-CCACT-G----GGGGCCT--T--ATAG---GCG-G--CCCCCAAACCCC
gi|129846 : CCCCACCAG--GGC---C-TTGCCCT-TG-AC-C-ACT-G----GGGCGCT--T--A-AG---GCG-G--TCCCCAGACCCC
gi|129847 : CCCCAC-AG--GCC---T-T-GCCCT-GG-AC-C-ACT-G----GGG-CCT--T--A-AG---GCG-G---CCCCAGACCCC
gi|129848 : CCCCACCAG--GGC---G-TTGCCCT-GG-AC-CCACT------GGGGCCT-----A-AG---G-G-G---CCCCAGACCCC
gi|129849 : CCAACCAG--GGC---C-TTGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--T--A-AG---GCG-GGCCCCCCAGACCCC
gi|129850 : CCCACTAG--GGC---T-TTGTCCT-GG-AT-CCATT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GTG-G--CCCTCAAACCCC
gi|129851 : CCAGCAG--GGC---T-TTGCCCT-GG-AC-CCATT-GAATGGGGGCCT--T--A-GG---GCG-G--CCCCCAAACCCC
gi|129852 : -TTGTCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-GG---GCG-G--TCCCCAGGCCCC
blockSeqs : AC AAG C C T A G G AATG TTA T CCT A GC
blockSeqs : . . . T G . . . . TCC . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CCCCACCAG--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCCAGACCCC
finalCons : CCCCACCAG--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCCAGACCCC
Alignments
lowQualScore : 22 222 1 8 3 1 1 1 3333 33333 1 222 1 22
lowQualScore : .. ... . . . . . . .... ..... . ... . ..
lowQualScore : 11 777 5 8 0 5 5 5 1111 44444 5 666 5 00
consensus : CCCCACCAG--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCCAGACCCC
Reference ( family-683 ) : CCCCACCAG--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCCAGACCCC
gi|129826 : CCCCACCAG--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GAGGCCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCCAGACCCC
gi|129827 : CCCCACCAG--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCTAAACCCC
gi|129828 : CCCCACCAG--GGC---T-T-GCCTT-GGAAC-CCACT-G----GGAGCCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCCTAACCCC
gi|129829 : CCCCACCAG--GGC---T-TTGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-AG---ACG-G--CCCCCCGACCCC
gi|129830 : CCCCACCAG--GAC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCC
gi|129831 : CCCCACTAG--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-AA---GCG-G--CCCCCA
gi|129832 : CCCCACCAG--GGC---T-T-GCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGG-CT--T--A-AG---GCG-G--CCCCC-GACCC
gi|129833 : CCCCACCAG--GGC---T-TTGCCCT-GG-AC-CCATT-G----GGAGCCT--T--A-AG---GCG-G--TCCCCAAACCCC
gi|129834 : CCCCACCAG--GGC---T-TTGCCTTTGG-AC-CCACT-G----GGGGCTT--C--A-AG---GCA-G--CCCCGACACCCC
gi|129835 : CCCCACCAG--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CC-CT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GCG-G----CCCAGACCCC
gi|129836 : CCCCACCAG--G-C---T-T-GCCCT-GG-AC-CCA-T-G----GAGGCCT--T--A-AG---GCG-G--CCCCCAGACC
gi|129837 : CCCCACCAG--GGC---C-TTGCCCTGGG-ACGCCACT-G----GGGGCCT--TTAA-GG---GCG-G--CCCCCAGACCCC
gi|129838 : CCCCACCAG--GGT---T-TTGTCCT-GG-AT-TCACT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GCGAG--CCCCCA
gi|129839 : CCCCACCAG--GGC---G-CAGCCCT-GG-GC-CCACT-G----GGGGCCT--T--A-AG---GCG-G--CCCTCAGACCCC
gi|129840 : CCCCACCAG--GGC---T-TTACCCT-GG-A--CCACT-G----GGGGCCTTCC--A-AGCCTGCG-G--CCCCCAGACCCC
gi|129841 : CCCCACCAG--GG----T-TCGC--T-GG-AC-CCACT-T----GGGGGCT--C--A-AG---GCG-G--CCCCCAGACC
gi|129842 : CCCCACCGG--GGG---T-TTGCCCT-GG-AC-CCACTGG----GGGGCTT--C--A-AT---GCA-G--CCCCCAGACCCC
gi|129843 : CCCCACCAG--GGCAAGT-T-GCCCT-AG-AA-CCACT-G----AGG--CC--A--A-AG---GCG-G--CCCCCA-ACC
gi|129844 : CCCCTCCAA--GGC---T-TCGCCCT-GG-AC-CCATT-G----GGGACCT--T--A-AG---GCG-G--CCCCAAAACCCC
gi|129845 : CCCCACCAGACGGC---TCTGGCCCT-GC-AC-CCACT-G----GGGGCCT--T--ATAG---GCG-G--CCCCCAAACCCC
gi|129846 : CCCCACCAG--GGC---C-TTGCCCT-TG-AC-C-ACT-G----GGGCGCT--T--A-AG---GCG-G--TCCCCAGACCCC
gi|129847 : CCCCAC-AG--GCC---T-T-GCCCT-GG-AC-C-ACT-G----GGG-CCT--T--A-AG---GCG-G---CCCCAGACCCC
gi|129848 : CCCCACCAG--GGC---G-TTGCCCT-GG-AC-CCACT------GGGGCCT-----A-AG---G-G-G---CCCCAGACCCC
gi|129849 : CCAACCAG--GGC---C-TTGCCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--T--A-AG---GCG-GGCCCCCCAGACCCC
gi|129850 : CCCACTAG--GGC---T-TTGTCCT-GG-AT-CCATT-G----GGGGCCT--C--A-AG---GTG-G--CCCTCAAACCCC
gi|129851 : CCAGCAG--GGC---T-TTGCCCT-GG-AC-CCATT-GAATGGGGGCCT--T--A-GG---GCG-G--CCCCCAAACCCC
gi|129852 : -TTGTCCT-GG-AC-CCACT-G----GGGGCCT--C--A-GG---GCG-G--TCCCCAGGCCCC