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gi|124181                     : AAAT-TTA-CATT-G-C-CA--G-AGTT-A-C--ATA------T--T-TGT-T--A-C----AA-TT-GGG-TTT---A----T-TCG-AATAAA-CGATG-AAGTAACTA
gi|124182                     : AAAT-TTA-CATTTG-C-CA--G-AGTT-A-C--ATA------T--T-TGT----A-C----AA-TT-GGG-TTT---AT---C-TCG-AAAAT
gi|124183                     : AAAT-A-A-CAT--G-T-CA--G-AGTT-A-C--ATA------T--T-TTT-A--A-C----A-------G-TTT---A----C-TCG-AAT-TC-TG-TG-AAGCAATTAA
gi|124184                     : AAAT-T-A-CAT--G-T-CA--G-AGTC-G-T--GTA------T--T-TTTTA--A-C----TG-TT-AGA-TTT---AAAACC-TCG-AATATC-TACTG-AAGCAACTAA
gi|124185                     : AAAT-T-A-CAT--G-T-CA--G-AGGT-A-T--TTA------T--T-TGT-G--A-T----AG-CT-AGG-TTG---A----C-TGG-ACTAAC-TGTTC-AAGCAAGTAA
gi|124186                     : AAAT-T-G-CAT--G-T-CACAG-AGTC-G-T--ATA------T--T-TTT-G--A-C----AG-TTAAGA-TTTCAAA----C-TCA-AATGAC-TATTG-AATCAACTAA
gi|124187                     : AAAT-T-A-CAT--G-C-CA--GGAGTTTA-C--ATA------T--T-TGT-T--A-C----AGATT-GGG-TTT---ATG--T-TCG-AATAAC-CGATG-AAG
gi|124188                     :  AAT-C-G-CAT--A-TACA--T-GGTT-A-C--ATA------T--T-TGT-G--A-C----TG-TT-AAG-TTT---A----C-TGG-AATAAA-TATTG-AAGCAACTAAagaact
gi|124189                     :                  -CA--G-AGTT-A-C--ATA------T--T-GTT-G--A-C----AG-TT-AGG-TTT---A----C-TCG-AATATC-TGTTG-AAGCAACTAA
gi|124190                     :                  -CA--G-AGTC-G-T--ATA------T--T-TGT-G--A-C----AG-TT-AGA-GTTGAAA----C-TCG-AATAAC-TGTTG-ACGCAACTAA


blockSeqs                     :     G T A   TT G A  CA G    T C AT   CATGTA AT G   AAT  A GTAC  T  A   T   CAA AAAC T   A      T     A
blockSeqs                     :     . T .   T  . .  .  .    . . .    T      .  .   TA   . .     A  .   .   GAA AAA  .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   A    . .     .  .   .   .   TG   .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   A    . .     .  .   .   .   T    .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   G    . .     .  .   .   .   .    .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   A    . .     .  .   .   .   .    .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   A    . .     .  .   .   .   .    .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   A    . .     .  .   .   .   .    .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   G    . .     .  .   .   .   .    .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   A    . .     .  .   .   .   .    .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   T    . .     .  .   .   .   .    .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   G    . .     .  .   .   .   .    .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   G    . .     .  .   .   .   .    .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   A    . .     .  .   .   .   .    .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   A    . .     .  .   .   .   .    .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   G    . .     .  .   .   .   .    .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   T    . .     .  .   .   .   .    .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   A    . .     .  .   .   .   .    .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   G    . .     .  .   .   .   .    .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   G    . .     .  .   .   .   .    .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   T    . .     .  .   .   .   .    .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   G    . .     .  .   .   .   .    .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   G    . .     .  .   .   .   .    .   .      .     .
blockSeqs                     :     . . .   .  . .  .  .    . . .    .      .  .   G    . .     .  .   .   .   .    .   .             
blockSeqs                     :                  .  .  .    . . .    .      .  .   .    . .     .  .   .   .   .    .   .             
blockSeqs                     :                  .  .  .    . . .    .      .  .   .    . .     .  .   .                              


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAAT-T-A-CAT--G-T-CA--G-AGTT-A-C--ATA------T--T-TGT-G--A-C----AG-TT-AGG-TTT---A----C-TCG-AATATC-TGTTG-AAGCAACTAA
finalCons                     : AAAT-T-A-CAT--G-T-CA--G-AGTT-A-C--ATA------T--T-TGT-G--A-C----AG-TT-AGG-TTT---A----C-TCG-AATATC-TGTTG-AAGCAACTAA





Alignments
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lowQualScore                  :     . . .   .. . .  .. .    . . ..   ...... .. .   .... . ....  .  .   .   ... .... .   .      .     .          
lowQualScore                  :     6 2 6   88 6 5  00 5    5 5 00   777777 00 5   1111 5 1111  0  5   5   444 6666 5   5      7     7          
consensus                     : AAAT-T-A-CAT--G-T-CA--G-AGTT-A-C--ATA------T--T-TGT-G--A-C----AG-TT-AGG-TTT---A----C-TCG-AATATC-TGTTG-AAGCAACTAA
Reference ( family-682 )      : AAAT-T-A-CAT--G-T-CA--G-AGTT-A-C--ATA------T--T-TGT-G--A-C----AG-TT-AGG-TTT---A----C-TCG-AATATC-TGTTG-AAGCAACTAA
gi|124164                     : AAAT-T-A-CAT--G-T-CA--G-AGTT-A-C--ATA------T--T-TGT-A--A-C----AG-TT-AGG-TTT---A----C-TCG-AATATT-TGTTG-AAACAACTAA
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gi|124182                     : AAAT-TTA-CATTTG-C-CA--G-AGTT-A-C--ATA------T--T-TGT----A-C----AA-TT-GGG-TTT---AT---C-TCG-AAAAT
gi|124183                     : AAAT-A-A-CAT--G-T-CA--G-AGTT-A-C--ATA------T--T-TTT-A--A-C----A-------G-TTT---A----C-TCG-AAT-TC-TG-TG-AAGCAATTAA
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gi|124190                     :                  -CA--G-AGTC-G-T--ATA------T--T-TGT-G--A-C----AG-TT-AGA-GTTGAAA----C-TCG-AATAAC-TGTTG-ACGCAACTAA