lowQualScore : 1111 11111 11111 11 2222 22 11 22
lowQualScore : 1 55 5555 444444 9999 3333 1 1111 5 3 1 1 222 444444 1 66666666 9999 555 9999 1 1 55 22222 555 11111 11 22 1 1 9999 7777 1 1 22 99 22 666 2 22 33 55 6666 33 444 2 33 2 666 1 2 2 2 8888 33 44 44 33 44 555 3 1 44 3 3 3 2 0 555 666 4 88 4 777 4 1 66 4 2
lowQualScore : . .. .... ...... .... .... . .... . . . . ... ...... . ........ .... ... .... . . .. ..... ... ..... .. .. . . .... .... . . .. .. .. ... . .. .. .. .... .. ... . .. . ... . . . . .... .. .. .. .. .. ... . . .. . . . . . ... ... . .. . ... . . .. . .
lowQualScore : 8 22 2222 333333 4444 1111 5 5555 9 0 5 5 666 333333 5 99999999 8888 000 5555 8 8 00 44444 777 55555 11 99 7 7 6666 6666 7 7 44 55 88 222 0 99 11 99 1111 44 444 5 44 5 999 0 7 9 9 3333 99 44 66 88 66 888 3 3 66 3 3 3 9 2 444 444 0 55 0 000 0 1 11 4 7
consensus : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAG-CTA-T-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCG--A-TTAC-A--GCTA----AAT---TTTGTG-GTGTAAT--TA-TAATT-AC-TTTTTC-AATTAC-T--TT-CA-ATT--AC-NC--T---A-CT--CTAA--AATA-TTGTCA---TT--T---TG-TT--A-A---GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TGTTT--GAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TATTGACTTG-CAG---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATGATATCA
Reference ( gi|121975 ) : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAG-CTA-T-TT---T------CAATT-AC--------TTG---CAATC---GTAATTTAATCA--A-TTAC-A--GCTG----AAT---TTTGTG-GTTTAAT--TA-TAATT-AC-TTTATT-AATTAC-T--TT-CA-ATT--AC-AC--T---A-CT--CTAA--AAT--TTGTCA---TT--T---TG-TT--A-A---GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TGTTT--AAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TATTGACTTG-CAG---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATAATATCA
gi|121976 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AA--CTA-T-TT---T------CAATT-AC--------TTG---CAATC---GTAATTTAATCA--A-TTAC-A--GCTG----AAT---TTTGTG-GTTTAAT--TA-TAATT-AC-TTTATT-AATTAC-T--TT-CA-ATT--AC-AC--T---A-CT--CTAA--ATA--TTGTCA---TT--T---TG-TT--A-A---GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TGTTT--AAA-TAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTAATATTCT--TATTGACTTG-CAGAGAGAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATAATATCA
gi|121977 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGGAA------TTGA--C-TGTAATC----AGTAA-T----TG-AAG-CTA-T-TT---T------CAATA-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCG--A-TTAC-A--GCTA----AAT---TTTGTG-GTGTAAT--TA-TAATTCAC-TTTTTC-AATTAC-T--TT-CA-TTT--AC-TT--C---A-CT--TTAA--AACA-TTGTCA---TT--T---TA-TT--A-A---GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GG-TGTTT--GAAATAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TA-TGCCTTG-CAT---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATGATATCA
gi|121978 : TCATTACTT-TTT-TTT----CAAGTAA------TTGA--T-AGTAACC----TGTAA-T----TG-AAG-CTA-T-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATT---GTA--TTCATGG--A-TTAC-A--GCTA----AAT---TTTGT--GTATAATA-TA--AATT-AC-TTTTTC-AA-TAC-T--TT-CA-ATT--AC--T--T---A-CT--CTAT--AATAATTGTCA---TT--T---TG-TT--A-A---GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TG--T--AAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GCA--ATTCTA-TAT--AATTG-CAG---GAGA-ATTGATGTTTCAAAA--AT-GAGATGATATCA
gi|121979 : TCATTACTTATT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----T----------TG-AAG-CTA-T-TT---T------TAATT-AC--------TAA---TAATC---GTAATTTAATCG--A-TTAC-T--GCTA----CAT---TTTGTA-GTGTAAT--TA-CAATT-AC-TTTTTTCCATTAC-T--TT-CA-ATT--AT-TC--T---A-CT--GTAA--AATA-TTATCA---TT--T---TG-TT--A--------C-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--A--GC--AAGGATGCATGTTT--AAATTAGTGACTC-A-TTG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TA-TGACTTG-CGG---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATA
gi|121980 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TA-AAG-CTA-T-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATTG--A-TTAC-A--GCTA----AAT---TTTGTG-GTGTAAT--TA-TAATT-AC-TTTTTG-AATTAT-T--TT-CA-ATTTAAT-AC--TAC-A-CT--CTAA--AATA-TTGTCATCTTT--T---TT-TT--A-A---AATGAGA-AGATAT-A--GT--TG-AAGTT-CT--G--GC--AAG---GC--GTTT--GAATTAGTGAATC-A-ATGTTTG-ATAATT---GT---ATTCTAGTA-TGACTTG-CAG---GAGA-T
gi|121982 : TCATTACTT-TTTTTTT----CAAGTAA------TTGA--T-AGTAACC----TGTAA-T----TG-AAG-CTA-T-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATT---GTAATTTCATGG--A-TTAC-A--GCTA----AAT---TTTGTG-GTATAAT--TA-TAATT-AC-TTT-TC-AATACC-T--TT-CG-AAT--AT-AC--TTACA-CTTACTAT--AAT--T--TCA----T--T---GG-TTTAA-A---GATG-GAGA-ATATGA--GT--TG-AAGTTCCTTCG--GCTAAAG---GC-GGATT--TAATTAGAGAATC-ACATG-TTGAATAATT---GGC--ATTCTA-TA--AACTTG-CAG---GAGA-TTTGATGTTTCAAAAGCATAGAGATGATATCA
gi|121981 : TCATTACTT-TT--TTT-----AAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----CG-AAT-CTA-T-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCG--A-TTAC-A--GCTT----AAT---TTTGTG-GTGTAAT--TA-TAATT-AC-TTTTTC-AATTAC-A--TT-CA-ATT--AC-TC--T---A-TT--CTGA--AATA-TTGTCA----T--T---TG-TT--A-A---GTTG-GA-A-ATAT------------AGTTCCT--GCTGC--AAG---GC-TTTTTTCGAATTAGTGAATC-A-GTG-TTG-GTTACT---GT
gi|121984 : TCCTTACTT-TTT-TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAG-CTATT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---T-ATC---GT-ATTTAATCG--A-TTAC-A--GCTA----AAT---TTTGT--GTGTAAT--TA-TAATT-AC-TTTTAA-AATTAC-A--TT-CA-ATT--AC-TC--T---A-TT--CTGA--AA--------A---TA--T---TG-T--------------GA-A-ATAT------------AGTTCCT--GTTGC--AAG---GC-TGTTT--GAATT-GTGAATCAA-ATG-TTG-GTTACT---GT
gi|121985 : TCCTTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAG-CTA-T-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCG--A-TTAC-A--GCTA----AAT---TTTGTG-GTGTAAT--TA-TAATT-AC-TTTTAA-AATTAC-A--TT-CA-ATT--ACTTC--T---ATTT--CTGA--AATA-TTGT-------------------------------GA-A-ATAT-A--GT--T
gi|121986 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AGG-CTA-T-TT---T------CAGTT-AC--------TTGTAATAATC---GTAATTTAATCG--A-TTAC-A--GCTA----AAT---TTTGTG-G-TTAAT--TA-T-ATT-AC-TTTTTC-AATTAC-A--TT-CA-ATT--AC-TC--T---A-
gi|121987 : TCATTATTT-TT--TTTAT--CTGGTA-------TTGA-------ATTC----TGTAAAT----TG-AAG-CTT-A-TT---T------CATTTTATGGGGGTTTTTT---TTATCAGGGT--TTTAAT-G--A-TTA-----GCTA----AAT---TTTGTG-GTGTAAT--TA-TAATT-AT-TTT-TC-AATT---------CA-AT---AG-A---T---A------TA--------TTGCCA---TT--T---TGGTT--A-AA--GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG--AGTTCCT--G--G---ATG---G--TA-TT--AAATTAGTGA--T-A-ATT-TTT-GTAATT---GGT--ATT-TA-TA-TGACTTGCCAG---GAGATTTTGATGTTTTA-AA--AT-GAAATGATGTTAtatatcataatgtcat
gi|121983 : TCATTACTT-TT--TTTTCTTCA-GTAA------TTGAGAT-AGTAATC-----GTAA-A----TT-AAG--TA-T-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATCT--GTAATTT-ATGG--A-TTACAA--GCTA----AAT---TTTGT--GTCTAATA-TA-AAATT-AC-TTT-TC-AATTAC-T--TT-CATATT--AC-TC--T---A-CA--CTAAATAGC--ATGT-----TT--T---TG-TT--G-A---
gi|121989 : CATTATTT-TT--TTT----CAAGTAA-------TGC--CTAGTAATG----TGTAA-TGCACTGAAAA-CTG-C---------------ATT-AC--------ATG---TAATG---GTAATGTAATAC--A-TTAC-T--TTCA----AAA---TTT-TG-GTGTAATGCTA-GCATT-AT-TTGGC---ATTACAT--TT-GA-ATT--AC-
gi|121988 : CATTACTT-TT--TAT----CAAGTAA-------TGC--CTAGTAATG----TGTAA-TGCACTG-AA----A-A-CT---G------CGATT-ACA-------TTG---TAATG---ATAATGTAATGC--A-TTAC-T--TTCA----AAT---TTTGGG-G--TAATGCTA-GCATT-AC-TTGGC---ATTAC-A--TT-GA-ATT-----AC--T---T-TT--ATAA--GATA-TTAGTA---TT--TTTATA-TT--ACA---GATG-ttttataagatattagtatttt
gi|121990 : CATTACTT-TT--TAT----CAAGTAA-------TGC--CTAGTAATG----TGTAA-TGCACTGAAAA-CTG-C---------------ATT-AC--------ATG---TAATG---GTAATGTAATGC--A-TTAC-T--TTCA----AAA---TTT-TG-GTGTAATGCTA-GCATT-AT-TTGGC---ATTACAT--TT-GA-ATT--AC-
gi|121991 : ATTACAT-AT--TTT----CAAGTAA------TTGG--A-AGTAATG----TGTAA-T----TG-AAG-TT--T-TT---T------CAATT-AC--------AAG---TAATT---GTAATTTAATTA--A-TTAC-A---TTGCAAAAAT---AATATG----TAAT--TC-CAATT-AC-TTT-TC-AATTAC-TC-TC-CA-ATT--AC-ATCAT---A-CT--tttaataagatattagtatttt
gi|121993 : ATTACAT-AT--TTT----CAAGTAAATTGCATTGG--A-AGTAATT----TTTAA-T----TG-AAG-TTT-T-TT---TTTTTTTCAATT-AC---------------AATT---GTAATTTAATAA--A-TTAC-ATTGCAA----AAT---AAAATG----TACT--TC-CAATT-AC-TTT-TC-AATTAC-T--TTCCA-ATT--AC-AC--C---A-TA--CTAA--GA
gi|121992 : ATTACAT-AT--ATT----CAAGTAA------TTGG--A-AGTAATG----TGTAA-T----TG-AAG-TTT-T-TTTTGT------CAATT-AC--------AAG---TAATT---GTAATTTAATTA--A-TTAC-ATTGCAA----GATAA-CATGTACACGTAAT--TC-CAGTT-AC-TTT-TC-AATTAC-T--CT-CC-ATT--ca
gi|121994 : ATTACAT-AT--TTT----CAAATAA------TTGC--A-AGTAATT----TGTAA-T----TG-GAG-TTT-T-TT---T------CAATT-AC--------
gi|121995 : TTATAT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAG-CTA-A-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCG--A-TTAC-A--GCTA----AAT---TTTGTG-GTGTAAT--TA-TAATT-AC-TTTTTC-AATTAC-A--TT-AA-ATT--GC-TC--T---A-TT--CTGA--AATA-TTGTCA----G--T---TG-TT--A-A---GTTG-GA-A-ATAT------------AGTTCTT--GTTGC--AAG---GC-TGTTT--GAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-GCTACT---GT
gi|121996 : -TT--CTT----CAAGTAA------TTGG--A-AGTAATTAAGGTGTAA-T----TG-AAG-TTA-AATT---T------CAATT-AC--------AAG---TAATC---GTAATTTAATTA--ATTTAC-A--ATTGCAAAAATAGGCATGTA---TAAAT--TC-CAATT-AC-TTT-TT-AATTAC-TTCTC-CA-ATT--AC-AT--C---A-CA--CTAA--A
gi|121997 : -TT--TTT----CAAGTAA------TCAA--A-TGTAATC----TGTAA-TCG--TG-TA--TTA-T-TT---T------AGATT-AC--------ATG---TAATT---TTAGATTAATCGATA-TTAC-A----TT----AAT---TTTACC-CTGTAAT--CATTGATT-ACATTTA---GATTAC-T--TT-T---TT------C--T---A-TT---------GC--TTG-CA---TTACT---TG-TC--C-ACTCGATC-TA-A-ATAT-A--GT--
gi|121978 : --TTA----CAAGTAA------TTGA--A-AATAG-C----TTCAA-T----TACAGG-TTA-C-TA---T------CAATT-AC--------TTG---AAA
gi|121980 : tcattacttttt--TTA----CAAGTAA------TTGA--A-AATAG-C----TTTAA-T----TA-CAGATTA-C-TG---T------CAATT-AC--------TTG---AAAttgtattcatggattacagctaaattttgtgtataatataaattactttttcaatactttcaattacttactctataataattgtcattttgttaagatggaaatatagttgaagttcctggcaaggctgtaaattagtgaatcaatgttgataattgcaattctatataattgcaggagaattgatgtttcaaaaatgagatgatatca
gi|121982 : tcattactttt--TTA----CAAGTAA------TTGA--A-AATAG-C----TTCAA-T----TACAGG-TTA-C-TA---T------CAATT-AC--------TTG---AAAtcgtaatttaattgattacagctaaattttgtggtgtaattataattactttttgaattattttcaatttaatactacactctaaaatattgtcatcttttttttaaaatgagaagatatagttgaagttctggcaaggcgtttgaattagtgaatcaatgtttgataattgtattctagtatgacttgcaggagat
gi|121985 : tcattactttttt--TTA----CAAGTAA------TTGA--A-AATAG-C----TTCAA-T----TA-CAGATTA-C-TG---T------CAATT-AC--------TTG---AAAttgtaatttcatggattacagctaaattttgtggtataattataattacttttcaatacctttcgaatatacttacacttactataatttcattggtttaaagatggagaatatgagttgaagttccttcggctaaaggcggatttaattagagaatcacatgttgaataattggcattctataaacttgcaggagatttgatgtttcaaaagcatagagatgatatca
gi|121998 : tccttacttttT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAG-CTA-T-TT---T------CAATT-AC--------TTA---TAATC---TTAATCTAATCG--A-TTAC-A--GCCA----AAT---TTTGTG-GTGTAAT--TA-TAATT-AC-TTTTTC-AATTAC-T--TT-CA-ATT--AC-TC--T---A-CT--CTAA--AATA-TTGTCA---TT--T---TG-TT--A-A---GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GT--AAG---GC-TGTTT--AAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-AGAATT---GTA--ATTCTA-TA-TGACTTG-CAG---GTGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATGATATCtcgtaatttaatcgattacagctaaattttgtggtgtaattataattacttttaaaattacattcaattacttctatttctgaaatattgtgaaatatagtt
gi|121999 : ATT-AC-TTTTTC-AATTAC-A--TT-CA-ATT--AC-TC--C---A-CT--CTAC--AATA-TTGTCA---TT--T----G-TA--A-A---GTTG-GA-A-ATAT-ACCGTAGTGCAAGTTCCT--G--CC--GAA---GC-TATTT--AAATTAGCGAATC-A-ATG-TTG-A
gi|122001 : TG-ATTAAT---GTA--ATTCTA-TGT-GACTTG-CAG---GAGA-TTTGATATTTCACAA--AT-GATATGATAT
gi|122000 : TG-ATGATTAATGTA--ATTCTA-TGT-GACTTG-CA---------TTTGATATTTCACAA--AC-GAGATGATAT
Alignments
lowQualScore : 1111 111 111111111111 11 22
lowQualScore : 1 44 7777 444444 7777 3333 1 2222 3 1 222 666666 1 77777777 333 444 2 22 1 1 000 22 22 3 1 88 222 1 000000000000 6666 1 1 444444 22 6666 1 22 33 1 333 1 1 22 0 7777 333 2 33 2 2 1 2 2 2 8888 33 33 44 22 44 555 3 0 444 3 3 3 2 555 55 3 44 3 666 3 55 4
lowQualScore : . .. .... ...... .... .... . .... . . ... ...... . ........ ... ... . .. . . ... .. .. . . .. ... . ............ .... . . ...... .. .... . .. .. . ... . . .. . .... ... . .. . . . . . . .... .. .. .. .. .. ... . . ... . . . . ... .. . .. . ... . .. .
lowQualScore : 7 11 5555 888888 6666 5555 7 9999 3 7 999 555555 7 77777777 000 888 6 44 7 7 222 44 44 5 7 99 000 7 222222222222 9999 7 7 888888 33 4444 8 55 44 8 222 8 9 88 4 5555 999 5 44 5 5 0 7 9 9 3333 99 44 22 77 22 444 1 5 888 1 1 1 7 000 00 6 33 6 444 6 55 0
consensus : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCG--A-TTAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TA-T-AATT-AC------------TTTTTCAATTAC-T--TT-CA-A------TT--AC---TC-T--A-CTCT-A---AA-AT-AT--TGTCA---TTT---TG-TT--A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TGTTT--GAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TATTGACTTG-CAG---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATGATATCA
Reference ( family-677 ) : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCG--A-TTAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TA-T-AATT-AC------------TTTTTCAATTAC-T--TT-CA-A------TT--AC---NC-T--A-CTCT-A---AA-AT-AT--TGTCA---TTT---TG-TT--A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TGTTT--GAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TATTGACTTG-CAG---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATGATATCA
gi|121975 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---CAATC---GTAATTTAATCA--A-TTAC-A---GCTGAAT--T--TTGTG-GTTT-AAT--TA-T-AATT-AC------------TTTATTAATTAC-T--TT-CA-A------TT--AC---AC-T--A-CTCT-A---AA-AT--T--TGTCA---TTT---TG-TT--A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TGTTT--AAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TATTGACTTG-CAG---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATAATATCA
gi|121976 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AA-CTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---CAATC---GTAATTTAATCA--A-TTAC-A---GCTGAAT--T--TTGTG-GTTT-AAT--TA-T-AATT-AC------------TTTATTAATTAC-T--TT-CA-A------TT--AC---AC-T--A-CTCT-----AA-AT-AT--TGTCA---TTT---TG-TT--A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TGTTT--AAA-TAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTAATATTCT--TATTGACTTG-CAGAGAGAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATAATATCA
gi|121977 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGGAA------TTGA--C-TGTAATC----AGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATA-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCG--A-TTAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TA-T-AATTCAC------------TTTTTCAATTAC-T--TT-CA-T------TT--AC---TT-C--A-CTTT-A---AA-AC-AT--TGTCA---TTT---TA-TT--A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GG-TGTTT--GAAATAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TA-TGCCTTG-CAT---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATGATATCA
gi|121978 : TCATTACTT-TTT-TTT----CAAGTAA------TTGA--T-AGTAACC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATT---GTA--TTCATGG--A-TTAC-A---GCTAAAT--T--TTGT--GTAT-AA---TA-TAAATT-AC------------TTTTTCAA-TAC-T--TT-CA-A------TT--AC---T--T--A-CTCT-A---TA-ATAAT--TGTCA---TTT---TG-TT--A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TG--T--AAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GCA--ATTCTA-TAT--AATTG-CAG---GAGA-ATTGATGTTTCAAAA--AT-GAGATGATATCA
gi|121979 : TCATTACTTATT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----T----------TG-AAGCTAT-TT---T------TAATT-AC--------TAA---TAATC---GTAATTTAATCG--A-TTAC-T---GCTACAT--T--TTGTA-GTGT-AAT--TA-C-AATT-ACT-----------TTTTTCCATTAC-T--TT-CA-A------TT--AT---TC-T--A-CTGT-A---AA-AT-AT--TATCA---TTT---TG-TT--A------C-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--A--GC--AAGGATGCATGTTT--AAATTAGTGACTC-A-TTG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TA-TGACTTG-CGG---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGAT
gi|121980 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TA-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATTG--A-TTAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TA-T-AATT-AC------------TTTTTGAATTAT-T--TT-CA-A------TTTAAT---AC-TACA-CTCT-A---AA-AT-AT--TGTCATCTTTT---TT-TT--A-A-AATGAGA-AGATAT-A--GT--TG-AAGTT-CT--G--GC--AAG---GC--GTTT--GAATTAGTGAATC-A-ATGTTTG-ATAATT---GT---ATTCTAGTA-TGACTTG-CAG---GAGA-Ta
gi|121981 : TCATTACTT-TT--TTT-----AAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----CG-AATCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCG--A-TTAC-A---GCTTAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TA-T-AATT-AC------------TTTTTCAATTAC-A--TT-CA-A------TT--AC---TC-T--A-TTCT-G---AA-AT-AT--TGTCA----TT---TG-TT--A-A-GTTG-GA-A-ATAT------------AGTTCCT--GCTGC--AAG---GC-TTTTTTCGAATTAGTGAATC-A-GTG-TTG-GTTACT---GT
gi|121982 : TCATTACTT-TTTTTTT----CAAGTAA------TTGA--T-AGTAACC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATT---GTAATTTCATGG--A-TTAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTAT-AAT--TA-T-AATT-AC-------------TTTTCAATACC-T--TT-CG-AATATACTT--AC---ACTT--A-CTAT-A---------AT--T-TCA----TT---GG-TTTAA-A-GATG-GAGA-ATATGA--GT--TG-AAGTTCCTTCG--GCTAAAG---GC-GGATT--TAATTAGAGAATC-ACATG-TTGAATAATT---GGC--ATTCTA-TA--AACTTG-CAG---GAGA-TTTGATGTTTCAAAAGCATAGAGATGATATCA
gi|121983 : TCATTACTT-TT--TTTTCTTCA-GTAA------TTGAGAT-AGTAATC-----GTAA-A----TT-AAG-TAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATCT--GTAATTT-ATGG--A-TTACAA---GCTAAAT--T--TTGT--GTCT-AATA-TA-A-AATT-AC-------------TTTTCAATTAC-T--TT-CATA------TT--AC---TC-T--A-CACT-----AA-AT-AGCATGT-----TTT---TG-TT--G-A-
gi|121984 : TCCTTACTT-TT--TTTT---CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---TT-----CAATT-AC--------TTG---TA-TC---GTA-TTTAATCG--A-TTAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG--TGT-AAT--TA-T-AATT-AC------------TTTTAAAATTAC-A--TT-CA-A------TT--AC---TC-T--A-TTCTGA---AA-AT-AT--TGT---------------------------GA-A-ATAT------------AGTTCCT--GTTGC--AAG---GC-TGTTT--GAATT-GTGAATCAA-ATG-TTG-GTTACT---GT
gi|121985 : TCCTTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCG--A-TTAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TA-T-AATT-AC------------TTTTAAAATTAC-A--TT-CA-A------TT--ACT--TC-T--ATTTCT-G---AA-AT-AT--TGT---------------------------GA-A-ATAT-A--GT--T
gi|121986 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AGGCTAT-TT---T------CAGTT-AC--------TTGTAATAATC---GTAATTTAATCG--A-TTAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GT-T-AAT--TA-T--ATT-AC------------TTTTTCAATTAC-A--TT-CA-A------TT--AC---TC-T--A--TAT-A---TC-AT-AA--TGTCA---T
gi|121987 : TCATTATTT-TT--TTTAT--CTGGTA-------TTGA-------ATTC----TGTAAAT----TG-AAGCTTA-TT---T------CATTTTATGGGGGTTTTTT---TTATCAGGGT--TTTAAT-G--A-TTA------GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TA-T-AATT-A-------------TTTTTCAATT---------CA-A------T---------------------A---GATAT-AT--TGCCA---TTT---TGGTT--A-AAGATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG--AGTTCCT--G--G---ATG---G--TA-TT--AAATTAGTGA--T-A-ATT-TTT-GTAATT---GGT--ATT-TA-TA-TGACTTGCCAG---GAGATTTTGATGTTTTA-AA--AT-GAAATGATGTTA
gi|121988 : CATTACTT-TT--TAT----CAAGTAA-------TGC--CTAGTAATG----TGTAA-TGCACTG-AA---AA-CT---G------CGATT-ACA-------TTG---TAATG---ATAATGTAATGC--A-TTAC-T---TTCAAAT--T--TTG-G-G-GT-AATGCTA-G-CATT-AC------------TTGGC--ATTAC-A--TT-GA-A------TT--AC---TT-T-----TAT-A---AG-AT-AT--TAGTA---TTTTTATA-TT--ACA-GATG-
gi|121989 : CATTATTT-TT--TTT----CAAGTAA-------TGC--CTAGTAATG----TGTAA-TGCACTGAAAACTGC---------------ATT-AC--------ATG---TAATG---GTAATGTAATAC--A-TTAC-T---TTCAAAA--T--TT-TG-GTGT-AATGCTA-G-CATT-A-------------TTTGGC-ATTACAT--TT-GA-A------TT--AC---TT-T-----TAT-A---AG-AT-AT--TAGTA---TTT---T
gi|121990 : CATTACTT-TT--TAT----CAAGTAA-------TGC--CTAGTAATG----TGTAA-TGCACTGAAAACTGC---------------ATT-AC--------ATG---TAATG---GTAATGTAATGC--A-TTAC-T---TTCAAAA--T--TT-TG-GTGT-AATGCTA-G-CATT-A-------------TTTGGC-ATTACAT--TT-GA-A------TT--AC---TT-T--A---AT-A---AG-AT-AT--TAGTA---TTT---T
gi|121991 : ATTACAT-AT--TTT----CAAGTAA------TTGG--A-AGTAATG----TGTAA-T----TG-AAGTT-T-TT---T------CAATT-AC--------AAG---TAATT---GTAATTTAATTA--A-TTAC-ATT-GCAAAAA--TAAT-----ATGT-AAT--TC-C-AATT-AC-------------TTTTCAATTAC-TC-TC-CA-A------TT--AC---
gi|121992 : ATTACAT-AT--ATT----CAAGTAA------TTGG--A-AGTAATG----TGTAA-T----TG-AAGTTTT-TTTTGT------CAATT-AC--------AAG---TAATT---GTAATTTAATTA--A-TTAC-ATT-GCAAGATAAC--ATGTACACGT-AAT--TC-C-AGTT-AC-------------TTTTCAATTAC-T--CT-CC-A------TT--atcatact
gi|121993 : ATTACAT-AT--TTT----CAAGTAAATTGCATTGG--A-AGTAATT----TTTAA-T----TG-AAGTTTT-TT---TTTTTTTCAATT-AC---------------AATT---GTAATTTAATAA--A-TTAC-ATT-GCAAAAT-------AAA-ATGT-ACT--TC-C-AATT-AC------------TTTT-CAATTAC-T--TTCCA-A------TT--AC---AC-C--A-TACT-A---AG-AC-A
gi|121994 : ATTACAT-AT--TTT----CAAATAA------TTGC--A-AGTAATT----TGTAA-T----TG-GAGTTTT-TT---T------CAATT-AC--------
gi|121995 : TTATAT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAA-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCG--A-TTAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TA-T-AATT-AC------------TTTTTCAATTAC-A--TT-AA-A------TT--GC---TC-T--A-TTCT-G---AA-AT-AT--TGTCA----GT---TG-TT--A-A-GTTG-GA-A-ATAT------------AGTTCTT--GTTGC--AAG---GC-TGTTT--GAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-GCTACT---GT
gi|121996 : -TT--CTT----CAAGTAA------TTGG--A-AGTAATTAAGGTGTAA-T----TG-AAGTTAAATT---T------CAATT-AC--------AAG---TAATC---GTAATTTAATTA--ATTTAC-AATTGCAAAAA--T--AGGCATGTATAAAT--TC-C-AATT-AC------------TTTTT-AATTAC-TTCTC-CA-A------TT--AC---AT-C--A-CACT-A---AA-
gi|121997 : -TT--TTT----CAAGTAA------TCAA--A-TGTAATC----TGTAA-TCG--TG-TA-TTAT-TT---T------AGATT-AC--------ATG---TAATT---TTAGATTAATCGATA-TTAC-A-----TTAAT--T--TTACC-CTGT-AAT--CATT-GATT-ACATTTAGATTACTTTTTTCTATTGC-T--TG-C--A------TT--ACTTGTC-C--A-CTCG-ATCTAA-AT-AT--AGT
gi|121998 : T----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTA---TAATC---TTAATCTAATCG--A-TTAC-A---GCCAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TA-T-AATT-AC------------TTTTTCAATTAC-T--TT-CA-A------TT--AC---TC-T--A-CTCT-A---AA-AT-AT--TGTCA---TTT---TG-TT--A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GT--AAG---GC-TGTTT--AAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-AGAATT---GTA--ATTCTA-TA-TGACTTG-CAG---GTGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATGATATC
gi|121999 : ATT-AC------------TTTTTCAATTAC-A--TT-CA-A------TT--AC---TC-C--A-CTCT-A---CA-AT-AT--TGTCA----TT---TG-TA--A-A-GTTG-GA-A-ATAT-ACCGTAGTGCAAGTTCCT--G--CC--GAA---GC-TATTT--AAATTAGCGAATC-A-ATG-TTG-A
gi|122000 : TG-ATGATTAATGTA--ATTCTA-TGT-GACTTG-CA---------TTTGATATTTCACAA--AC-GAGATGATAT
gi|122001 : TG-ATTAAT---GTA--ATTCTA-TGT-GACTTG-CAG---GAGA-TTTGATATTTCACAA--AT-GATATGATAT
Alignments
lowQualScore : 1111 111 111111111111 11 22
lowQualScore : 1 44 7777 444444 7777 3333 1 2222 3 1 222 666666 1 77777777 333 444 2 1 22 1 000 22 22 3 1 88 000000000000 1 222 6666 1 1 1 5555 666 1 22 44444 1 1 22 1 4444 333 2 777777 2 2 1 2 2 2 8888 33 33 44 22 44 555 3 0 444 3 3 3 2 555 55 3 44 3 666 3 55 4
lowQualScore : . .. .... ...... .... .... . .... . . ... ...... . ........ ... ... . . .. . ... .. .. . . .. ............ . ... .... . . . .... ... . .. ..... . . .. . .... ... . ...... . . . . . . .... .. .. .. .. .. ... . . ... . . . . ... .. . .. . ... . .. .
lowQualScore : 7 11 5555 888888 6666 5555 7 9999 3 7 999 555555 7 77777777 000 888 6 7 44 7 222 44 44 5 7 99 777777777777 7 555 9999 7 7 7 2222 555 7 88 77777 8 9 88 7 9999 999 5 222222 5 5 0 7 9 9 3333 99 44 22 77 22 444 1 5 888 1 1 1 7 000 00 6 33 6 444 6 55 0
consensus : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTTTCAATTAC-T--TT-C-A-AT----TAC---TC-TA-CTCT-A---AA-AT-AT--TGTCA---TTT---TG-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TGTTT--GAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TATTGACTTG-CAG---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATGATATCA
Reference ( family-677 ) : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTTTCAATTAC-T--TT-C-A-AT----TAC---TC-TA-CTCT-A---AA-AT-AT--TGTCA---TTT---TG-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TGTTT--GAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TATTGACTTG-CAG---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATGATATCA
gi|121975 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---CAATC---GTAATTTAATCAA-T--TAC-A---GCTGAAT--T--TTGTG-GTTT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTATTAATTAC-T--TT-C-A-AT----TAC---AC-TA-CTCT-A---AA-AT--T--TGTCA---TTT---TG-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TGTTT--AAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TATTGACTTG-CAG---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATAATATCA
gi|121976 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AA-CTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---CAATC---GTAATTTAATCAA-T--TAC-A---GCTGAAT--T--TTGTG-GTTT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTATTAATTAC-T--TT-C-A-AT----TAC---AC-TA-CTCT-----AA-AT-AT--TGTCA---TTT---TG-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TGTTT--AAA-TAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTAATATTCT--TATTGACTTG-CAGAGAGAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATAATATCA
gi|121977 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGGAA------TTGA--C-TGTAATC----AGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATA-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATTCAC-T-TTTTCAATTAC-T--TT-C-A-TT----TAC---TT-CA-CTTT-A---AA-AC-AT--TGTCA---TTT---TA-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GG-TGTTT--GAAATAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TA-TGCCTTG-CAT---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATGATATCA
gi|121978 : TCATTACTT-TTT-TTT----CAAGTAA------TTGA--T-AGTAACC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATT---GTA--TTCATGGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGT--GTAT-AA---TATA-----------AATT-AC-T-TTTTCAA-TAC-T--TT-C-A-AT----TAC---T--TA-CTCT-A---TA-ATAAT--TGTCA---TTT---TG-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TG--T--AAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GCA--ATTCTA-TAT--AATTG-CAG---GAGA-ATTGATGTTTCAAAA--AT-GAGATGATATCA
gi|121979 : TCATTACTTATT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----T----------TG-AAGCTAT-TT---T------TAATT-AC--------TAA---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-T---GCTACAT--T--TTGTA-GTGT-AAT--TAC------------AATT-ACTT-TTTTCCATTAC-T--TT-C-A-AT----TAT---TC-TA-CTGT-A---AA-AT-AT--TATCA---TTT---TG-TT------A------C-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--A--GC--AAGGATGCATGTTT--AAATTAGTGACTC-A-TTG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TA-TGACTTG-CGG---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGAT
gi|121980 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TA-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATTGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTTTGAATTAT-T--TT-C-A-ATTTAATAC---TA-CA-CTCT-A---AA-AT-AT--TGTCATCTTTT---TT-TT------A-A-AATGAGA-AGATAT-A--GT--TG-AAGTT-CT--G--GC--AAG---GC--GTTT--GAATTAGTGAATC-A-ATGTTTG-ATAATT---GT---ATTCTAGTA-TGACTTG-CAG---GAGA-Ta
gi|121981 : TCATTACTT-TT--TTT-----AAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----CG-AATCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTTAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTTTCAATTAC-A--TT-C-A-AT----TAC---TC-TA-TTCT-G---AA-AT-AT--TGTCA----TT---TG-TT------A-A-GTTG-GA-A-ATAT------------AGTTCCT--GCTGC--AAG---GC-TTTTTTCGAATTAGTGAATC-A-GTG-TTG-GTTACT---GT
gi|121982 : TCATTACTT-TTTTTTT----CAAGTAA------TTGA--T-AGTAACC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATT---GTAATTTCATGGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTAT-AAT--TAT------------AATT-AC---TTTTCAATACC-T--TT-CGA-ATA---TAC---T--TA-CACT---------T-AC--TATAA---TTT---CA-TTGGTTTAA-A-GATG-GAGA-ATATGA--GT--TG-AAGTTCCTTCG--GCTAAAG---GC-GGATT--TAATTAGAGAATC-ACATG-TTGAATAATT---GGC--ATTCTA-TA--AACTTG-CAG---GAGA-TTTGATGTTTCAAAAGCATAGAGATGATATCA
gi|121983 : TCATTACTT-TT--TTTTCTTCA-GTAA------TTGAGAT-AGTAATC-----GTAA-A----TT-AAG-TAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATCT--GTAATTT-ATGGA-T--TACAA---GCTAAAT--T--TTGT--GTCT-AATA-TAA------------AATT-AC---TTTTCAATTAC-T--TT-C-ATAT----TAC---TC-TA-CACT-----AA-AT-AGCATGT-----TTT---TG-TT------G-A-
gi|121984 : TCCTTACTT-TT--TTTT---CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---TT-----CAATT-AC--------TTG---TA-TC---GTA-TTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG--TGT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTTAAAATTAC-A--TT-C-A-AT----TAC---TC-TA-TTCTGA---AA-AT-AT--TGT-------------------------------GA-A-ATAT------------AGTTCCT--GTTGC--AAG---GC-TGTTT--GAATT-GTGAATCAA-ATG-TTG-GTTACT---GT
gi|121985 : TCCTTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTTAAAATTAC-A--TT-C-A-AT----TACT--TC-TATTTCT-G---AA-AT-AT--TGT-------------------------------GA-A-ATAT-A--GT--T
gi|121986 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AGGCTAT-TT---T------CAGTT-AC--------TTGTAATAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GT-T-AAT--TAT-------------ATT-AC-T-TTTTCAATTAC-A--TT-C-A-AT----TAC---TC-TA--TAT-A---TC-AT-AA--TGTCA---T
gi|121987 : TCATTATTT-TT--TTTAT--CTGGTA-------TTGA-------ATTC----TGTAAAT----TG-AAGCTTA-TT---T------CATTTTATGGGGGTTTTTT---TTATCAGGGT--TTTAAT-GA-T--TA------GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-A--T-TTTTCAATT---------C-A-AT---------------------A---GATAT-AT--TGCCA---TTT---TGGTT------A-AAGATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG--AGTTCCT--G--G---ATG---G--TA-TT--AAATTAGTGA--T-A-ATT-TTT-GTAATT---GGT--ATT-TA-TA-TGACTTGCCAG---GAGATTTTGATGTTTTA-AA--AT-GAAATGATGTTA
gi|121988 : CATTACTT-TT--TAT----CAAGTAA-------TGC--CTAGTAATG----TGTAA-TGCACTG-AA---AA-CT---G------CGATT-ACA-------TTG---TAATG---ATAATGTAATGCA-T--TAC-T---TTCAAAT--T--TTG-G-G-GT-AATGCTAG------------CATT-AC-T-TGGC--ATTAC-A--TT-G-A-AT----TAC---TT-T---TAT-A---AG-AT-AT--TAGTA---TTTTTATA-TT------ACA-GATG-
gi|121989 : CATTATTT-TT--TTT----CAAGTAA-------TGC--CTAGTAATG----TGTAA-TGCACTGAAAACTGC---------------ATT-AC--------ATG---TAATG---GTAATGTAATACA-T--TAC-T---TTCAAAA--T--TT-TG-GTGT-AATGCTAG------------CATT-A--T-TTGGC-ATTACAT--TT-G-A-AT----TAC---TT-T---TAT-A---AG-AT-AT--TAGTA---TTT---T
gi|121990 : CATTACTT-TT--TAT----CAAGTAA-------TGC--CTAGTAATG----TGTAA-TGCACTGAAAACTGC---------------ATT-AC--------ATG---TAATG---GTAATGTAATGCA-T--TAC-T---TTCAAAA--T--TT-TG-GTGT-AATGCTAG------------CATT-A--T-TTGGC-ATTACAT--TT-G-A-AT----TAC---TT-TA---AT-A---AG-AT-AT--TAGTA---TTT---T
gi|121991 : ATTACAT-AT--TTT----CAAGTAA------TTGG--A-AGTAATG----TGTAA-T----TG-AAGTT-T-TT---T------CAATT-AC--------AAG---TAATT---GTAATTTAATTAA-T--TAC-ATT-GCAAAAA--TAAT-----ATGT-AAT--TCC------------AATT-AC---TTTTCAATTAC-TC-TC-C-A-AT----TACA--TCATA-CT
gi|121992 : ATTACAT-AT--ATT----CAAGTAA------TTGG--A-AGTAATG----TGTAA-T----TG-AAGTTTT-TTTTGT------CAATT-AC--------AAG---TAATT---GTAATTTAATTAA-T--TAC-ATT-GCAAGATAAC--ATGTACACGT-AAT--TCC------------AGTT-AC---TTTTCAATTAC-T--CT-C-C-AT----T
gi|121993 : ATTACAT-AT--TTT----CAAGTAAATTGCATTGG--A-AGTAATT----TTTAA-T----TG-AAGTTTT-TT---TTTTTTTCAATT-AC---------------AATT---GTAATTTAATAAA-T--TAC-ATT-GCAAAAT-------AAA-ATGT-ACT--TCC------------AATT-AC-T-TTT-CAATTAC-T--TTCC-A-AT----TAC---AC-CA-TACT-A---AG-AC-A
gi|121994 : ATTACAT-AT--TTT----CAAATAA------TTGC--A-AGTAATT----TGTAA-T----TG-GAGTTTT-TT---T------CAATT-AC--------
gi|121995 : TTATAT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAA-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTTTCAATTAC-A--TT-A-A-AT----TGC---TC-TA-TTCT-G---AA-AT-AT--TGTCA----GT---TG-TT------A-A-GTTG-GA-A-ATAT------------AGTTCTT--GTTGC--AAG---GC-TGTTT--GAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-GCTACT---GT
gi|121996 : -TT--CTT----CAAGTAA------TTGG--A-AGTAATTAAGGTGTAA-T----TG-AAGTTAAATT---T------CAATT-AC--------AAG---TAATC---GTAATTTAATTAATT--TAC-AATTGCAAAAA--T--AGGCATGTATAAAT--TCC------------AATT-AC-T-TTTT-AATTAC-TTCTC-C-A-AT----TAC---AT-CA-CACT-A---AA-
gi|121997 : -TT--TTT----CAAGTAA------TCAA--A-TGTAATC----TGTAA-TCG--TG-TA-TTAT-TT---T------AGATT-AC--------ATG---TAATT---TTAGATTAATCGA-TATTAC-A-----TTAAT--T--TTACC-CTGT-AAT--CATTGATTACATTTAGATT-AC-TTTTTTCTATTGC-T--TG-C---AT----TACTTGTC-CA-CTCG-ATCTAA-AT-AT--AGT
gi|121998 : T----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTA---TAATC---TTAATCTAATCGA-T--TAC-A---GCCAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTTTCAATTAC-T--TT-C-A-AT----TAC---TC-TA-CTCT-A---AA-AT-AT--TGTCA---TTT---TG-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GT--AAG---GC-TGTTT--AAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-AGAATT---GTA--ATTCTA-TA-TGACTTG-CAG---GTGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATGATATC
gi|121999 : ATT-AC-T-TTTTCAATTAC-A--TT-C-A-AT----TAC---TC-CA-CTCT-A---CA-AT-AT--TGTCA----TT---TG-TA------A-A-GTTG-GA-A-ATAT-ACCGTAGTGCAAGTTCCT--G--CC--GAA---GC-TATTT--AAATTAGCGAATC-A-ATG-TTG-A
gi|122000 : TG-ATGATTAATGTA--ATTCTA-TGT-GACTTG-CA---------TTTGATATTTCACAA--AC-GAGATGATAT
gi|122001 : TG-ATTAAT---GTA--ATTCTA-TGT-GACTTG-CAG---GAGA-TTTGATATTTCACAA--AT-GATATGATAT
Alignments
lowQualScore : 1111 111 111111111111 11 22
lowQualScore : 1 44 7777 444444 7777 3333 1 2222 3 1 222 666666 1 77777777 333 444 2 1 22 1 000 22 22 3 1 88 000000000000 1 222 6666 1 1 1 5555 666 1 22 44444 1 1 22 1 4444 333 2 777777 2 2 1 2 2 2 8888 33 33 44 22 44 555 3 0 444 3 3 3 2 555 55 3 44 3 666 3 55 4
lowQualScore : . .. .... ...... .... .... . .... . . ... ...... . ........ ... ... . . .. . ... .. .. . . .. ............ . ... .... . . . .... ... . .. ..... . . .. . .... ... . ...... . . . . . . .... .. .. .. .. .. ... . . ... . . . . ... .. . .. . ... . .. .
lowQualScore : 7 11 5555 888888 6666 5555 7 9999 3 7 999 555555 7 77777777 000 888 6 7 44 7 222 44 44 5 7 99 777777777777 7 555 9999 7 7 7 2222 555 7 88 77777 8 9 88 7 9999 999 5 222222 5 5 0 7 9 9 3333 99 44 22 77 22 444 1 5 888 1 1 1 7 000 00 6 33 6 444 6 55 0
consensus : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTTTCAATTAC-T--TT-C-A-AT----TAC---TC-TA-CTCT-A---AA-AT-AT--TGTCA---TTT---TG-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TGTTT--GAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TATTGACTTG-CAG---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATGATATCA
Reference ( family-677 ) : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTTTCAATTAC-T--TT-C-A-AT----TAC---TC-TA-CTCT-A---AA-AT-AT--TGTCA---TTT---TG-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TGTTT--GAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TATTGACTTG-CAG---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATGATATCA
gi|121975 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---CAATC---GTAATTTAATCAA-T--TAC-A---GCTGAAT--T--TTGTG-GTTT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTATTAATTAC-T--TT-C-A-AT----TAC---AC-TA-CTCT-A---AA-AT--T--TGTCA---TTT---TG-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TGTTT--AAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TATTGACTTG-CAG---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATAATATCA
gi|121976 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AA-CTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---CAATC---GTAATTTAATCAA-T--TAC-A---GCTGAAT--T--TTGTG-GTTT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTATTAATTAC-T--TT-C-A-AT----TAC---AC-TA-CTCT-----AA-AT-AT--TGTCA---TTT---TG-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TGTTT--AAA-TAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTAATATTCT--TATTGACTTG-CAGAGAGAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATAATATCA
gi|121977 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGGAA------TTGA--C-TGTAATC----AGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATA-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATTCAC-T-TTTTCAATTAC-T--TT-C-A-TT----TAC---TT-CA-CTTT-A---AA-AC-AT--TGTCA---TTT---TA-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GG-TGTTT--GAAATAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TA-TGCCTTG-CAT---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATGATATCA
gi|121978 : TCATTACTT-TTT-TTT----CAAGTAA------TTGA--T-AGTAACC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATT---GTA--TTCATGGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGT--GTAT-AA---TATA-----------AATT-AC-T-TTTTCAA-TAC-T--TT-C-A-AT----TAC---T--TA-CTCT-A---TA-ATAAT--TGTCA---TTT---TG-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TG--T--AAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GCA--ATTCTA-TAT--AATTG-CAG---GAGA-ATTGATGTTTCAAAA--AT-GAGATGATATCA
gi|121979 : TCATTACTTATT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----T----------TG-AAGCTAT-TT---T------TAATT-AC--------TAA---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-T---GCTACAT--T--TTGTA-GTGT-AAT--TAC------------AATT-ACTT-TTTTCCATTAC-T--TT-C-A-AT----TAT---TC-TA-CTGT-A---AA-AT-AT--TATCA---TTT---TG-TT------A------C-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--A--GC--AAGGATGCATGTTT--AAATTAGTGACTC-A-TTG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TA-TGACTTG-CGG---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGAT
gi|121980 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TA-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATTGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTTTGAATTAT-T--TT-C-A-ATTTAATAC---TA-CA-CTCT-A---AA-AT-AT--TGTCATCTTTT---TT-TT------A-A-AATGAGA-AGATAT-A--GT--TG-AAGTT-CT--G--GC--AAG---GC--GTTT--GAATTAGTGAATC-A-ATGTTTG-ATAATT---GT---ATTCTAGTA-TGACTTG-CAG---GAGA-Ta
gi|121981 : TCATTACTT-TT--TTT-----AAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----CG-AATCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTTAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTTTCAATTAC-A--TT-C-A-AT----TAC---TC-TA-TTCT-G---AA-AT-AT--TGTCA----TT---TG-TT------A-A-GTTG-GA-A-ATAT------------AGTTCCT--GCTGC--AAG---GC-TTTTTTCGAATTAGTGAATC-A-GTG-TTG-GTTACT---GT
gi|121982 : TCATTACTT-TTTTTTT----CAAGTAA------TTGA--T-AGTAACC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATT---GTAATTTCATGGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTAT-AAT--TAT------------AATT-AC---TTTTCAATACC-T--TT-CGA-ATA---TAC---T--TA-CACT---------T-AC--TATAA---TTT---CA-TTGGTTTAA-A-GATG-GAGA-ATATGA--GT--TG-AAGTTCCTTCG--GCTAAAG---GC-GGATT--TAATTAGAGAATC-ACATG-TTGAATAATT---GGC--ATTCTA-TA--AACTTG-CAG---GAGA-TTTGATGTTTCAAAAGCATAGAGATGATATCA
gi|121983 : TCATTACTT-TT--TTTTCTTCA-GTAA------TTGAGAT-AGTAATC-----GTAA-A----TT-AAG-TAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATCT--GTAATTT-ATGGA-T--TACAA---GCTAAAT--T--TTGT--GTCT-AATA-TAA------------AATT-AC---TTTTCAATTAC-T--TT-C-ATAT----TAC---TC-TA-CACT-----AA-AT-AGCATGT-----TTT---TG-TT------G-A-
gi|121984 : TCCTTACTT-TT--TTTT---CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---TT-----CAATT-AC--------TTG---TA-TC---GTA-TTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG--TGT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTTAAAATTAC-A--TT-C-A-AT----TAC---TC-TA-TTCTGA---AA-AT-AT--TGT-------------------------------GA-A-ATAT------------AGTTCCT--GTTGC--AAG---GC-TGTTT--GAATT-GTGAATCAA-ATG-TTG-GTTACT---GT
gi|121985 : TCCTTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTTAAAATTAC-A--TT-C-A-AT----TACT--TC-TATTTCT-G---AA-AT-AT--TGT-------------------------------GA-A-ATAT-A--GT--T
gi|121986 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AGGCTAT-TT---T------CAGTT-AC--------TTGTAATAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GT-T-AAT--TAT-------------ATT-AC-T-TTTTCAATTAC-A--TT-C-A-AT----TAC---TC-TA--TAT-A---TC-AT-AA--TGTCA---T
gi|121987 : TCATTATTT-TT--TTTAT--CTGGTA-------TTGA-------ATTC----TGTAAAT----TG-AAGCTTA-TT---T------CATTTTATGGGGGTTTTTT---TTATCAGGGT--TTTAAT-GA-T--TA------GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-A--T-TTTTCAATT---------C-A-AT---------------------A---GATAT-AT--TGCCA---TTT---TGGTT------A-AAGATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG--AGTTCCT--G--G---ATG---G--TA-TT--AAATTAGTGA--T-A-ATT-TTT-GTAATT---GGT--ATT-TA-TA-TGACTTGCCAG---GAGATTTTGATGTTTTA-AA--AT-GAAATGATGTTA
gi|121988 : CATTACTT-TT--TAT----CAAGTAA-------TGC--CTAGTAATG----TGTAA-TGCACTG-AA---AA-CT---G------CGATT-ACA-------TTG---TAATG---ATAATGTAATGCA-T--TAC-T---TTCAAAT--T--TTG-G-G-GT-AATGCTAG------------CATT-AC-T-TGGC--ATTAC-A--TT-G-A-AT----TAC---TT-T---TAT-A---AG-AT-AT--TAGTA---TTTTTATA-TT------ACA-GATG-
gi|121989 : CATTATTT-TT--TTT----CAAGTAA-------TGC--CTAGTAATG----TGTAA-TGCACTGAAAACTGC---------------ATT-AC--------ATG---TAATG---GTAATGTAATACA-T--TAC-T---TTCAAAA--T--TT-TG-GTGT-AATGCTAG------------CATT-A--T-TTGGC-ATTACAT--TT-G-A-AT----TAC---TT-T---TAT-A---AG-AT-AT--TAGTA---TTT---T
gi|121990 : CATTACTT-TT--TAT----CAAGTAA-------TGC--CTAGTAATG----TGTAA-TGCACTGAAAACTGC---------------ATT-AC--------ATG---TAATG---GTAATGTAATGCA-T--TAC-T---TTCAAAA--T--TT-TG-GTGT-AATGCTAG------------CATT-A--T-TTGGC-ATTACAT--TT-G-A-AT----TAC---TT-TA---AT-A---AG-AT-AT--TAGTA---TTT---T
gi|121991 : ATTACAT-AT--TTT----CAAGTAA------TTGG--A-AGTAATG----TGTAA-T----TG-AAGTT-T-TT---T------CAATT-AC--------AAG---TAATT---GTAATTTAATTAA-T--TAC-ATT-GCAAAAA--TAAT-----ATGT-AAT--TCC------------AATT-AC---TTTTCAATTAC-TC-TC-C-A-AT----TACA--TCATA-CT
gi|121992 : ATTACAT-AT--ATT----CAAGTAA------TTGG--A-AGTAATG----TGTAA-T----TG-AAGTTTT-TTTTGT------CAATT-AC--------AAG---TAATT---GTAATTTAATTAA-T--TAC-ATT-GCAAGATAAC--ATGTACACGT-AAT--TCC------------AGTT-AC---TTTTCAATTAC-T--CT-C-C-AT----T
gi|121993 : ATTACAT-AT--TTT----CAAGTAAATTGCATTGG--A-AGTAATT----TTTAA-T----TG-AAGTTTT-TT---TTTTTTTCAATT-AC---------------AATT---GTAATTTAATAAA-T--TAC-ATT-GCAAAAT-------AAA-ATGT-ACT--TCC------------AATT-AC-T-TTT-CAATTAC-T--TTCC-A-AT----TAC---AC-CA-TACT-A---AG-AC-A
gi|121994 : ATTACAT-AT--TTT----CAAATAA------TTGC--A-AGTAATT----TGTAA-T----TG-GAGTTTT-TT---T------CAATT-AC--------
gi|121995 : TTATAT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAA-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTTTCAATTAC-A--TT-A-A-AT----TGC---TC-TA-TTCT-G---AA-AT-AT--TGTCA----GT---TG-TT------A-A-GTTG-GA-A-ATAT------------AGTTCTT--GTTGC--AAG---GC-TGTTT--GAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-GCTACT---GT
gi|121996 : -TT--CTT----CAAGTAA------TTGG--A-AGTAATTAAGGTGTAA-T----TG-AAGTTAAATT---T------CAATT-AC--------AAG---TAATC---GTAATTTAATTAATT--TAC-AATTGCAAAAA--T--AGGCATGTATAAAT--TCC------------AATT-AC-T-TTTT-AATTAC-TTCTC-C-A-AT----TAC---AT-CA-CACT-A---AA-
gi|121997 : -TT--TTT----CAAGTAA------TCAA--A-TGTAATC----TGTAA-TCG--TG-TA-TTAT-TT---T------AGATT-AC--------ATG---TAATT---TTAGATTAATCGA-TATTAC-A-----TTAAT--T--TTACC-CTGT-AAT--CATTGATTACATTTAGATT-AC-TTTTTTCTATTGC-T--TG-C---AT----TACTTGTC-CA-CTCG-ATCTAA-AT-AT--AGT
gi|121998 : T----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTA---TAATC---TTAATCTAATCGA-T--TAC-A---GCCAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTTTCAATTAC-T--TT-C-A-AT----TAC---TC-TA-CTCT-A---AA-AT-AT--TGTCA---TTT---TG-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GT--AAG---GC-TGTTT--AAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-AGAATT---GTA--ATTCTA-TA-TGACTTG-CAG---GTGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATGATATC
gi|121999 : ATT-AC-T-TTTTCAATTAC-A--TT-C-A-AT----TAC---TC-CA-CTCT-A---CA-AT-AT--TGTCA----TT---TG-TA------A-A-GTTG-GA-A-ATAT-ACCGTAGTGCAAGTTCCT--G--CC--GAA---GC-TATTT--AAATTAGCGAATC-A-ATG-TTG-A
gi|122000 : TG-ATGATTAATGTA--ATTCTA-TGT-GACTTG-CA---------TTTGATATTTCACAA--AC-GAGATGATAT
gi|122001 : TG-ATTAAT---GTA--ATTCTA-TGT-GACTTG-CAG---GAGA-TTTGATATTTCACAA--AT-GATATGATAT
blockSeqs : A TT TCTT ATTGCA GAT AAGG A GCAC A A TTG TTTTTT T GGGGGTTT TAA AGG C T AT A ATT AA AA C A GC TGATTACATTTA C TT TTC C G T TTAA TTG A TT ATCT T A CA C TCTT TTA G GGTTTA C A A A G G ACC AG CA TC CT TA GAT A TCG A C T A AAT AT G TT C AGA T GC A
blockSeqs : . T AT . CT . . GCAC A . . T . A . T C . . . TT . . T . GC A . TT AT . . . A T . C GA . . . C T . . . . . A . . . GA . A . TT . . . A . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . T . CT . . GCAC . . . . . . . . G . . . TT . . . . GC . . T AT . . . . A . C A . . . C T . . . . . A . . . A . A . TT . . . G . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . CT . . CG . . . . . . . . C . . . TT . . . . A . . T TC . . . . . . C A . . . C T . . . . . A . . . A . A . . . . . A . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T T . . . . . . C A . . . C T . . . . . T . . . A . A . . . . . A . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T T . . . . . . C A . . . C T . . . . . A . . . A . A . . . . . G . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T T . . . . . . T G . . . A T . . . . . A . . . A . A . . . . . T . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T T . . . . . . C G . . . C T . . . . . A . . . A . A . . . . . G . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T T . . . . . . C A . . . C T . . . . . T . . . A . . . . . . . A . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T A . . . . . . T A . . . T T . . . . . A . . . A . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T T . . . . . . C A . . . T T . . . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T T . . . . . . T A . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T A . . . . . . T A . . . C T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T A . . . . . . C A . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T A . . . . . . C G . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T A . . . . . . C A . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T T . . . . . . C A . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : T*
originalCons : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTTTCAATTAC-T--TT-C-A-AT----TAC---TC-TA-CTCT-A---AA-AT-AT--TGTCA---TTT---TG-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TGTTT--GAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TATTGACTTG-CAG---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATGATATCA
finalCons : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-AC-T-TTTTCAATTAC-T--TT-C-A-AT----TAC---TC-TA-CTCT-A---AA-AT-AT--TGTCA---TTT---TG-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TGTTT--GAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TAT-GACTTG-CAG---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATGATATCA
Alignments
lowQualScore : 1111 111 111111111111 11
lowQualScore : 1 44 7777 444444 7777 3333 1 2222 3 1 222 666666 1 77777777 333 444 2 1 22 1 000 22 22 3 1 88 000000000000 1 1 1 6666 1 1 1 5555 666 1 22 44444 1 1 22 1 4444 333 2 777777 2 2 1 2 2 2 8888 33 33 44 22 44 555 3 0 444 3 3 3 2 555 55 3 7 3 666 3 55 4
lowQualScore : . .. .... ...... .... .... . .... . . ... ...... . ........ ... ... . . .. . ... .. .. . . .. ............ . . . .... . . . .... ... . .. ..... . . .. . .... ... . ...... . . . . . . .... .. .. .. .. .. ... . . ... . . . . ... .. . . . ... . .. .
lowQualScore : 7 11 5555 888888 6666 5555 7 9999 3 7 999 555555 7 77777777 000 888 6 7 44 7 222 44 44 5 7 99 777777777777 7 7 7 9999 7 7 7 2222 555 7 88 77777 8 9 88 7 9999 999 5 222222 5 5 0 7 9 9 3333 99 44 22 77 22 444 1 5 888 1 1 1 7 000 00 6 3 6 444 6 55 0
consensus : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-ACT-TTTT-CAATTAC-T--TT-C-A-AT----TAC---TC-TA-CTCT-A---AA-AT-AT--TGTCA---TTT---TG-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TGTTT--GAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TA-TGACTTG-CAG---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATGATATCA
Reference ( family-677 ) : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-ACT-TTTT-CAATTAC-T--TT-C-A-AT----TAC---TC-TA-CTCT-A---AA-AT-AT--TGTCA---TTT---TG-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TGTTT--GAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TA-TGACTTG-CAG---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATGATATCA
gi|121975 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---CAATC---GTAATTTAATCAA-T--TAC-A---GCTGAAT--T--TTGTG-GTTT-AAT--TAT------------AATT-ACT-TTAT-TAATTAC-T--TT-C-A-AT----TAC---AC-TA-CTCT-A---AA-AT--T--TGTCA---TTT---TG-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TGTTT--AAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TATTGACTTG-CAG---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATAATATCA
gi|121976 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AA-CTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---CAATC---GTAATTTAATCAA-T--TAC-A---GCTGAAT--T--TTGTG-GTTT-AAT--TAT------------AATT-ACT-TTAT-TAATTAC-T--TT-C-A-AT----TAC---AC-TA-CTCT-----AA-AT-AT--TGTCA---TTT---TG-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TGTTT--AAA-TAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTAATATTCT--TATTGACTTG-CAGAGAGAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATAATATCA
gi|121977 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGGAA------TTGA--C-TGTAATC----AGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATA-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATTCACT-TTTT-CAATTAC-T--TT-C-A-TT----TAC---TT-CA-CTTT-A---AA-AC-AT--TGTCA---TTT---TA-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GG-TGTTT--GAAATAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TA-TGCCTTG-CAT---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATGATATCA
gi|121978 : TCATTACTT-TTT-TTT----CAAGTAA------TTGA--T-AGTAACC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATT---GTA--TTCATGGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGT--GTAT-AA---TATA-----------AATT-ACT-TTTT-CAA-TAC-T--TT-C-A-AT----TAC---T--TA-CTCT-A---TA-ATAAT--TGTCA---TTT---TG-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GC--AAG---GC-TG--T--AAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-ATAATT---GCA--ATTCTA-TA-TAA-TTG-CAG---GAGA-ATTGATGTTTCAAAA--AT-GAGATGATATCA
gi|121979 : TCATTACTTATT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----T----------TG-AAGCTAT-TT---T------TAATT-AC--------TAA---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-T---GCTACAT--T--TTGTA-GTGT-AAT--TAC------------AATT-ACT-TTTTTCCATTAC-T--TT-C-A-AT----TAT---TC-TA-CTGT-A---AA-AT-AT--TATCA---TTT---TG-TT------A------C-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--A--GC--AAGGATGCATGTTT--AAATTAGTGACTC-A-TTG-TTG-ATAATT---GTA--ATTCTA-TA-TGACTTG-CGG---GAGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGAT
gi|121980 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TA-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATTGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-ACT-TTTT-GAATTAT-T--TT-C-A-ATTTAATAC---TA-CA-CTCT-A---AA-AT-AT--TGTCATCTTTT---TT-TT------A-A-AATGAGA-AGATAT-A--GT--TG-AAGTT-CT--G--GC--AAG---GC--GTTT--GAATTAGTGAATC-A-ATGTTTG-ATAATT---GT---ATTCTAGTA-TGACTTG-CAG---GAGA-Ta
gi|121981 : TCATTACTT-TT--TTT-----AAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----CG-AATCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTTAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-ACT-TTTT-CAATTAC-A--TT-C-A-AT----TAC---TC-TA-TTCT-G---AA-AT-AT--TGTCA----TT---TG-TT------A-A-GTTG-GA-A-ATAT------------AGTTCCT--GCTGC--AAG---GC-TTTTTTCGAATTAGTGAATC-A-GTG-TTG-GTTACT---GT
gi|121982 : TCATTACTT-TTTTTTT----CAAGTAA------TTGA--T-AGTAACC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATT---GTAATTTCATGGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTAT-AAT--TAT------------AATT-AC--TTTT-CAATACC-T--TT-CGA-ATA---TAC---T--TA-CACT---------T-AC--TATAA---TTT---CA-TTGGTTTAA-A-GATG-GAGA-ATATGA--GT--TG-AAGTTCCTTCG--GCTAAAG---GC-GGATT--TAATTAGAGAATC-ACATG-TTGAATAATT---GGC--ATTCTA-TA--AACTTG-CAG---GAGA-TTTGATGTTTCAAAAGCATAGAGATGATATCA
gi|121983 : TCATTACTT-TT--TTTTCTTCA-GTAA------TTGAGAT-AGTAATC-----GTAA-A----TT-AAG-TAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATCT--GTAATTT-ATGGA-T--TACAA---GCTAAAT--T--TTGT--GTCT-AATA-TAA------------AATT-AC--TTTT-CAATTAC-T--TT-C-ATAT----TAC---TC-TA-CACT-----AA-AT-AGCATGT-----TTT---TG-TT------G-A-
gi|121984 : TCCTTACTT-TT--TTTT---CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---TT-----CAATT-AC--------TTG---TA-TC---GTA-TTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG--TGT-AAT--TAT------------AATT-ACT-TTTA-AAATTAC-A--TT-C-A-AT----TAC---TC-TA-TTCTGA---AA-AT-AT--TGT-------------------------------GA-A-ATAT------------AGTTCCT--GTTGC--AAG---GC-TGTTT--GAATT-GTGAATCAA-ATG-TTG-GTTACT---GT
gi|121985 : TCCTTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-ACT-TTTA-AAATTAC-A--TT-C-A-AT----TACT--TC-TATTTCT-G---AA-AT-AT--TGT-------------------------------GA-A-ATAT-A--GT--T
gi|121986 : TCATTACTT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AGGCTAT-TT---T------CAGTT-AC--------TTGTAATAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GT-T-AAT--TAT-------------ATT-ACT-TTTT-CAATTAC-A--TT-C-A-AT----TAC---TC-TA--TAT-A---TC-AT-AA--TGTCA---T
gi|121987 : TCATTATTT-TT--TTTAT--CTGGTA-------TTGA-------ATTC----TGTAAAT----TG-AAGCTTA-TT---T------CATTTTATGGGGGTTTTTT---TTATCAGGGT--TTTAAT-GA-T--TA------GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-A-T-TTTT-CAATT---------C-A-AT---------------------A---GATAT-AT--TGCCA---TTT---TGGTT------A-AAGATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG--AGTTCCT--G--G---ATG---G--TA-TT--AAATTAGTGA--T-A-ATT-TTT-GTAATT---GGT--ATT-TA-TA-TGACTTGCCAG---GAGATTTTGATGTTTTA-AA--AT-GAAATGATGTTA
gi|121988 : CATTACTT-TT--TAT----CAAGTAA-------TGC--CTAGTAATG----TGTAA-TGCACTG-AA---AA-CT---G------CGATT-ACA-------TTG---TAATG---ATAATGTAATGCA-T--TAC-T---TTCAAAT--T--TTG-G-G-GT-AATGCTAG------------CATT-ACT-TGGC---ATTAC-A--TT-G-A-AT----TAC---TT-T---TAT-A---AG-AT-AT--TAGTA---TTTTTATA-TT------ACA-GATG-
gi|121989 : CATTATTT-TT--TTT----CAAGTAA-------TGC--CTAGTAATG----TGTAA-TGCACTGAAAACTGC---------------ATT-AC--------ATG---TAATG---GTAATGTAATACA-T--TAC-T---TTCAAAA--T--TT-TG-GTGT-AATGCTAG------------CATT-A-T-TTGG-C-ATTACAT--TT-G-A-AT----TAC---TT-T---TAT-A---AG-AT-AT--TAGTA---TTT---T
gi|121990 : CATTACTT-TT--TAT----CAAGTAA-------TGC--CTAGTAATG----TGTAA-TGCACTGAAAACTGC---------------ATT-AC--------ATG---TAATG---GTAATGTAATGCA-T--TAC-T---TTCAAAA--T--TT-TG-GTGT-AATGCTAG------------CATT-A-T-TTGG-C-ATTACAT--TT-G-A-AT----TAC---TT-TA---AT-A---AG-AT-AT--TAGTA---TTT---T
gi|121991 : ATTACAT-AT--TTT----CAAGTAA------TTGG--A-AGTAATG----TGTAA-T----TG-AAGTT-T-TT---T------CAATT-AC--------AAG---TAATT---GTAATTTAATTAA-T--TAC-ATT-GCAAAAA--TAAT-----ATGT-AAT--TCC------------AATT-AC--TTTT-CAATTAC-TC-TC-C-A-AT----TACA--TCATA-CT
gi|121992 : ATTACAT-AT--ATT----CAAGTAA------TTGG--A-AGTAATG----TGTAA-T----TG-AAGTTTT-TTTTGT------CAATT-AC--------AAG---TAATT---GTAATTTAATTAA-T--TAC-ATT-GCAAGATAAC--ATGTACACGT-AAT--TCC------------AGTT-AC--TTTT-CAATTAC-T--CT-C-C-AT----T
gi|121993 : ATTACAT-AT--TTT----CAAGTAAATTGCATTGG--A-AGTAATT----TTTAA-T----TG-AAGTTTT-TT---TTTTTTTCAATT-AC---------------AATT---GTAATTTAATAAA-T--TAC-ATT-GCAAAAT-------AAA-ATGT-ACT--TCC------------AATT-ACT-TTT--CAATTAC-T--TTCC-A-AT----TAC---AC-CA-TACT-A---AG-AC-A
gi|121994 : ATTACAT-AT--TTT----CAAATAA------TTGC--A-AGTAATT----TGTAA-T----TG-GAGTTTT-TT---T------CAATT-AC--------
gi|121995 : TTATAT-TT--TTT----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAA-TT---T------CAATT-AC--------TTG---TAATC---GTAATTTAATCGA-T--TAC-A---GCTAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-ACT-TTTT-CAATTAC-A--TT-A-A-AT----TGC---TC-TA-TTCT-G---AA-AT-AT--TGTCA----GT---TG-TT------A-A-GTTG-GA-A-ATAT------------AGTTCTT--GTTGC--AAG---GC-TGTTT--GAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-GCTACT---GT
gi|121996 : -TT--CTT----CAAGTAA------TTGG--A-AGTAATTAAGGTGTAA-T----TG-AAGTTAAATT---T------CAATT-AC--------AAG---TAATC---GTAATTTAATTAATT--TAC-AATTGCAAAAA--T--AGGCATGTATAAAT--TCC------------AATT-ACT-TTTT--AATTAC-TTCTC-C-A-AT----TAC---AT-CA-CACT-A---AA-
gi|121997 : -TT--TTT----CAAGTAA------TCAA--A-TGTAATC----TGTAA-TCG--TG-TA-TTAT-TT---T------AGATT-AC--------ATG---TAATT---TTAGATTAATCGA-TATTAC-A-----TTAAT--T--TTACC-CTGT-AAT--CATTGATTACATTTAGATT-ACTTTTTT-CTATTGC-T--TG-C---AT----TACTTGTC-CA-CTCG-ATCTAA-AT-AT--AGT
gi|121998 : T----CAAGTAA------TTGA--C-AGTAATC----TGTAA-T----TG-AAGCTAT-TT---T------CAATT-AC--------TTA---TAATC---TTAATCTAATCGA-T--TAC-A---GCCAAAT--T--TTGTG-GTGT-AAT--TAT------------AATT-ACT-TTTT-CAATTAC-T--TT-C-A-AT----TAC---TC-TA-CTCT-A---AA-AT-AT--TGTCA---TTT---TG-TT------A-A-GATG-GA-A-ATAT-A--GT--TG-AAGTTCCT--G--GT--AAG---GC-TGTTT--AAATTAGTGAATC-A-ATG-TTG-AGAATT---GTA--ATTCTA-TA-TGACTTG-CAG---GTGA-TTTGATGTTTCACAA--AT-GAGATGATATC
gi|121999 : ATT-ACT-TTTT-CAATTAC-A--TT-C-A-AT----TAC---TC-CA-CTCT-A---CA-AT-AT--TGTCA----TT---TG-TA------A-A-GTTG-GA-A-ATAT-ACCGTAGTGCAAGTTCCT--G--CC--GAA---GC-TATTT--AAATTAGCGAATC-A-ATG-TTG-A
gi|122000 : TG-ATGATTAATGTA--ATTCTA-TG-TGACTTG-CA---------TTTGATATTTCACAA--AC-GAGATGATAT
gi|122001 : TG-ATTAAT---GTA--ATTCTA-TG-TGACTTG-CAG---GAGA-TTTGATATTTCACAA--AT-GATATGATAT