lowQualScore : 1111111111 1
lowQualScore : 2 1 333 44 66666 1 1 1 44 5555 2222222222 1 1 1 1 1 22 1 33 4444 33 1 3 1 1 1 3 22 1 44 22 1 3 222 333 1 1 22 6
lowQualScore : . . ... .. ..... . . . .. .... .......... . . . . . .. . .. .... .. . . . . . . .. . .. .. . . ... ... . . .. .
lowQualScore : 0 7 666 00 55555 7 7 7 44 4444 0000000000 6 6 6 6 6 22 6 88 9999 88 6 2 7 7 7 3 33 7 00 33 0 3 999 000 7 7 44 0
consensus : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--C--ACTTGG-T---AAA---TT-T-T--AGGGGGG
Reference ( gi|99513 ) : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--C--ACTTTG-T---AAA---TT-T-T--AGGGGAG
gi|99514 : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--TG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-G--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--C--ACTTGG-T---GAA---TT-T-T--GGGGGG
gi|99515 : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T---TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA----T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--C--ACTTGG-T---AAA---TT-T-T--AGGGGG
gi|99516 : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TATT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C---G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-C-TA-T-A-T--A-TTA--C--ACTTGG-T---AAA---TT-T-T--AGGGGG
gi|99517 : ATTAAGA-GG-GG---CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-A-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--C--ACTTGG-T---CAA---TT-T-T--AGGGGG
gi|99518 : ATTGAGA-GG-GG---TGC--CGAA---TG-T-G-TAAAAATTAT-TT-AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--A-AA--AA-A--T--A--GA-T-TA-T-A-T--A-TTA--C--ACTTTGAT---AAA---TT-T-T--AGG
gi|99519 : ATTGAGA-GG-GCTG-TGC--CGCAACATG-TTG-TAAAAATTAT-TT-AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--A-AA--AAAA--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--C--ACTTTGAT---AA-----T-T-T--AGGtggg
gi|99520 : ATTAAGA-GG-GG---CGC--CG-----TG-T---TA-T--ATCT-T--AA----T-----TGTTTC-C-A-G----G-AA--AA-AATT--A-AGAAT-CA-TTA-T--A-TTA--C--ACTTGG-T---TAA---TT-TAT--AAGGGGtggg
gi|99522 : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-
gi|99521 : ATTAAGA-GG-TA-A--AT--TG-----TG-G-G--AAT--TTAT-----A----C-----T-TTTG-A-A-G-TTGA-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A----A-TTAACC--ACTTGG-T---AAA---TT-T-TACAGGGG
gi|99523 : AAGAAGG-GG-G-AGC--TG-----TG-T-G-TAAT--TTGT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--CA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--C--ACTTGG-T---AAA---TT-T-T--AAGGGGg
gi|99525 : AAGA-GG-GG-GGCGC--CG-----T--T-G-TAAT--TTAT-C--AGATTTT-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA----T--A-TGA-T-TG-A-A-T--A-TTC--A--ACCTAG-T---AAA---TT-T-T--AGGGGG
gi|99524 : AAGA-GG-GG-GGCGC--CG-----T--T-G-TAAT--TTAT-C--AGATTTT-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA----T--A-TGA-T-TG-A-A-T--A-TTC--A--ACCTAG-T---AAA---TT-T-T--AGGGGG
gi|99526 : AAGA-GGTGG-G-CGC--CA-----TG-C-G-TAAT--TTAT-T--------T-----T-TTTC-CTA-G-T--G-GAACAA-A--T--A-AGA-T-CA-T-A-T--A-TTA-----AC-TTG-C----AA---TT-T-T--GGGGGG
gi|99527 : AGA-GG-GG-G-CGC--CC-----TG-T-G-TAAT--TTATAT--AA----------T-TTTC-C-A-GTT--GCAA--AA-A--T--A-AGA-T-TATT-A-T--A-TTA--C--AC-TTG-T---AA
gi|99528 : AGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TCAT-C--AA------------TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-ggaaaattt
gi|99529 : GG-GG-GG-G-GGG--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-A--AAA---T-----T-TTCC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTAC-C--AATTGG-T---AAA---TT-------GGGGG
gi|99530 : GG-GG-GG-G-GGG--CG-----TGAT-G-TAAT--TTAT-AGAAA----T-----T-TTCCAC-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-ATT--A-TTA--CCAATTGCG-T---AAA---TT-T-G--GGGGGG
gi|99531 : A-GG-GGCG-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--C--ACTTGC-T---AAA---TT-C-T--AGGGGG
gi|99532 : -GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TCTC-C-A-G-T--G-AC--AA-T--T--A-AGA-T-TA-A-A-T--A-TTA--C--ACTTAG-T---AAA---TT-T-T--AAG
gi|99533 : -GG-GG-G-CGT--CG-----TG-T-G--AAT--T-AT-C--AA----T-----T-TTTC-C-AAG-T--G-AA--AATA--T--A-AAAAT-CA-T-A-T--A-TGA--C--ACTTGG-T---AAA---TT-T-T--AGGGG
gi|99534 : G-GG-G-CGCATTG-----TG-T-G-TAAT--TT---T--GT----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--A-----T--A-AGA-T-AA-T-A-T--A-TTA--C--AC-TGG-T----AA---TT-T-T--AGG
gi|99535 : -GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-A--AA----A-----T-TTCC-C-A-G-T--G--A--AA-A--T--ACAGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--C--A-TTGG-T---AAA---TT-T-T--tttgggg
gi|99536 : -GG-G-CGCA-CG-----TG-T-G-TAAT--TTA--T--AA----A-----A-TTTC-C-A-G-T--G--A--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-AGT--ATTTA--C--A-TTGG-T---AAATTTTT-T-T--GGGGGGttttgggggg
gi|99537 : -GG-G-CGC---G-----TG-T-GATAAT--TTAT-T--AA----------T-TTTC-C-G-T-T--G-AAG-AA-A--TTAA-AGA-T-TT-T-A-TTGA-TTA--C--ACTCGG-TGCCAAG---TT-T-T--AGGGG
gi|99538 : AGT--TTAT-T--AG----TAAATCT-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--TT-A-AGA-CGTA-T-A-T--A-TTA--C--ACTTGG-T---AAC---TTCT-T--AGGGGGg
gi|99539 : T-T--AA----T-----T-TT-C-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AAA--------A-T--A-TTA--C--ACTTAA-T---AAG---TT-T-T--AGGGGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111
lowQualScore : 1 1 3 3 33 66666 1 1 1 44 1 55 1111111111 1 1 1 1 1 22 1 33 4444 33 1 3 1 1 1 3 22 1 55 3 3333 1 222 555 1 1 22 222
lowQualScore : . . . . .. ..... . . . .. . .. .......... . . . . . .. . .. .... .. . . . . . . .. . .. . .... . ... ... . . .. ...
lowQualScore : 9 6 2 2 88 22222 6 6 6 22 5 22 2222222222 5 5 5 5 5 11 5 77 3333 77 5 1 6 6 6 2 22 6 44 2 4444 6 888 666 6 6 33 999
consensus : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGGG
Reference ( family-674 ) : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGGG
gi|99513 : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----T-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGAG
gi|99514 : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--TG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-G--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---GAA---TT-T-T--GGG---GGGG
gi|99515 : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T---TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA----T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGGG
gi|99516 : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TATT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C---G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-C-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGGG
gi|99517 : ATTAAGA-GG-GG---CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-A-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---CAA---TT-T-T--AGG---GGGG
gi|99518 : ATTGAGA-GG-GG---TGC--CGAA---TG-T-G-TAAAAATTAT-TT-AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--A-AA--AA-A--T--A--GA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CACTTT----G-AT---AAA---TT-T-T--AGG---TGGG
gi|99519 : ATTGAGA-GG-GCTG-TGC--CGCAACATG-TTG-TAAAAATTAT-TT-AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--A-AA--AAAA--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CACTTT----G-AT---AA-----T-T-T--AGG---TGGG
gi|99520 : ATTAAGA-GG-GG---CGC--CG-----TG-T---TA-T--ATCT-T--AA----T-----TGTTTC-C-A-G----G-AA--AA-AATT--A-AGAAT-CA-TTA-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---TAA---TT-TAT--AAG---GGGG
gi|99521 : ATTAAGA-GG-TA-A--AT--TG-----TG-G-G--AAT--TTAT-----A----C-----T-TTTG-A-A-G-TTGA-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A----A-TTAACCAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-TACAGG---GGG
gi|99522 : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-
gi|99523 : AAGAAGG-GG-G-AGC--TG-----TG-T-G-TAAT--TTGT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--CA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-T--AAG---GGGG
gi|99524 : AAGA-GG-GG-GGCGC--CG-----T--T-G-TAAT--TTAT-C--AGATTTT-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA----T--A-TGA-T-TG-A-A-T--A-TTC--AAC-CT----A-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGGG
gi|99525 : AAGA-GG-GG-GGCGC--CG-----T--T-G-TAAT--TTAT-C--AGATTTT-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA----T--A-TGA-T-TG-A-A-T--A-TTC--AAC-CT----A-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGGG
gi|99526 : AAGA-GGTGG-G-CGC--CA-----TG-C-G-TAAT--TTAT-T--------T-----T-TTTC-CTA-G-T--G-GAACAA-A--T--A-AGA-T-CA-T-A-T--A-TTA---AC-TT----G------CAA---TT-T-T--GGG---GGGG
gi|99527 : AGA-GG-GG-G-CGC--CC-----TG-T-G-TAAT--TTATAT--AA----------T-TTTC-C-A-GTT--GCAA--AA-A--T--A-AGA-T-TATT-A-T--A-TTA--CAC-TTGTAAG-GA---AAA---TT-T-
gi|99528 : AGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TCAT-C--AA------------TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-
gi|99529 : GG-GG-GG-G-GGG--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-A--AAA---T-----T-TTCC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTAC-CAA-TT----G-GT---AAA---TT-------GG---GGGG
gi|99530 : GG-GG-GG-G-GGG--CG-----TGAT-G-TAAT--TTAT-AGAAA----T-----T-TTCCAC-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-ATT--A-TTAC-CAA-TT----GCGT---AAA---TT-T-G--GGG---GGGG
gi|99531 : A-GG-GGCG-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-CT---AAA---TT-C-T--AGG---GGGG
gi|99532 : -GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TCTC-C-A-G-T--G-AC--AA-T--T--A-AGA-T-TA-A-A-T--A-TTA--CAC-TT----A-GT---AAA---TT-T-T--AAG---
gi|99533 : -GG-GG-G-CGT--CG-----TG-T-G--AAT--T-AT-C--AA----T-----T-TTTC-C-AAG-T--G-AA--AATA--T--A-AAAAT-CA-T-A-T--A-TGA--CAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GG
gi|99534 : G-GG-G-CGCATTG-----TG-T-G-TAAT--TT---T--GT----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--A-----T--A-AGA-T-AA-T-A-T--A-TTA--CAC--T----G-GT----AA---TT-T-T--AGGTTTGGGG
gi|99535 : -GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-A--AA----A-----T-TTCC-C-A-G-T--G--A--AA-A--T--ACAGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CA--TT----G-GT---AAATTTTT-T-T--TGG---GGGG
gi|99536 : -GG-G-CGCA-CG-----TG-T-G-TAAT--TTA--T--AA----A-----A-TTTC-C-A-G-T--G--A--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-AGT--ATTTA--CA--TT----G-GT---AAATTTTT-T-T--GGG---GGGG
gi|99537 : -GG-G-CGC---G-----TG-T-GATAAT--TTAT-T--AA----------T-TTTC-C-G-T-T--G-AAG-AA-A--TTAA-AGA-T-TT-T-A-TTGA-TTA--CAC-TC----G-GTGCCAAG---TT-T-T--AGG---GGG
gi|99538 : AGT--TTAT-T--AG----TAAATCT-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--TT-A-AGA-CGTA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---AAC---TTCT-T--AGG---GGGG
gi|99539 : T-T--AA----T-----T-TT-C-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AAA--------A-T--A-TTA--CAC-TT----A-AT---AAG---TT-T-T--AGG---GGGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111
lowQualScore : 1 1 3 3 33 66666 1 1 1 44 1 55 1111111111 1 1 1 1 1 22 1 33 4444 33 1 3 1 1 1 3 22 1 55 3 3333 1 222 555 1 1 22 222
lowQualScore : . . . . .. ..... . . . .. . .. .......... . . . . . .. . .. .... .. . . . . . . .. . .. . .... . ... ... . . .. ...
lowQualScore : 9 6 2 2 88 22222 6 6 6 22 5 22 2222222222 5 5 5 5 5 11 5 77 3333 77 5 1 6 6 6 2 22 6 44 2 4444 6 888 666 6 6 33 999
consensus : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGGG
Reference ( family-674 ) : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGGG
gi|99513 : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----T-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGAG
gi|99514 : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--TG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-G--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---GAA---TT-T-T--GGG---GGGG
gi|99515 : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T---TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA----T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGGG
gi|99516 : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TATT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C---G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-C-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGGG
gi|99517 : ATTAAGA-GG-GG---CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-A-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---CAA---TT-T-T--AGG---GGGG
gi|99518 : ATTGAGA-GG-GG---TGC--CGAA---TG-T-G-TAAAAATTAT-TT-AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--A-AA--AA-A--T--A--GA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CACTTT----G-AT---AAA---TT-T-T--AGG---TGGG
gi|99519 : ATTGAGA-GG-GCTG-TGC--CGCAACATG-TTG-TAAAAATTAT-TT-AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--A-AA--AAAA--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CACTTT----G-AT---AA-----T-T-T--AGG---TGGG
gi|99520 : ATTAAGA-GG-GG---CGC--CG-----TG-T---TA-T--ATCT-T--AA----T-----TGTTTC-C-A-G----G-AA--AA-AATT--A-AGAAT-CA-TTA-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---TAA---TT-TAT--AAG---GGGG
gi|99521 : ATTAAGA-GG-TA-A--AT--TG-----TG-G-G--AAT--TTAT-----A----C-----T-TTTG-A-A-G-TTGA-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A----A-TTAACCAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-TACAGG---GGG
gi|99522 : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-
gi|99523 : AAGAAGG-GG-G-AGC--TG-----TG-T-G-TAAT--TTGT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--CA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-T--AAG---GGGG
gi|99524 : AAGA-GG-GG-GGCGC--CG-----T--T-G-TAAT--TTAT-C--AGATTTT-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA----T--A-TGA-T-TG-A-A-T--A-TTC--AAC-CT----A-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGGG
gi|99525 : AAGA-GG-GG-GGCGC--CG-----T--T-G-TAAT--TTAT-C--AGATTTT-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA----T--A-TGA-T-TG-A-A-T--A-TTC--AAC-CT----A-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGGG
gi|99526 : AAGA-GGTGG-G-CGC--CA-----TG-C-G-TAAT--TTAT-T--------T-----T-TTTC-CTA-G-T--G-GAACAA-A--T--A-AGA-T-CA-T-A-T--A-TTA---AC-TT----G------CAA---TT-T-T--GGG---GGGG
gi|99527 : AGA-GG-GG-G-CGC--CC-----TG-T-G-TAAT--TTATAT--AA----------T-TTTC-C-A-GTT--GCAA--AA-A--T--A-AGA-T-TATT-A-T--A-TTA--CAC-TTGTAAG-GA---AAA---TT-T-
gi|99528 : AGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TCAT-C--AA------------TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-
gi|99529 : GG-GG-GG-G-GGG--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-A--AAA---T-----T-TTCC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTAC-CAA-TT----G-GT---AAA---TT-------GG---GGGG
gi|99530 : GG-GG-GG-G-GGG--CG-----TGAT-G-TAAT--TTAT-AGAAA----T-----T-TTCCAC-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-ATT--A-TTAC-CAA-TT----GCGT---AAA---TT-T-G--GGG---GGGG
gi|99531 : A-GG-GGCG-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-CT---AAA---TT-C-T--AGG---GGGG
gi|99532 : -GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TCTC-C-A-G-T--G-AC--AA-T--T--A-AGA-T-TA-A-A-T--A-TTA--CAC-TT----A-GT---AAA---TT-T-T--AAG---
gi|99533 : -GG-GG-G-CGT--CG-----TG-T-G--AAT--T-AT-C--AA----T-----T-TTTC-C-AAG-T--G-AA--AATA--T--A-AAAAT-CA-T-A-T--A-TGA--CAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GG
gi|99534 : G-GG-G-CGCATTG-----TG-T-G-TAAT--TT---T--GT----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--A-----T--A-AGA-T-AA-T-A-T--A-TTA--CAC--T----G-GT----AA---TT-T-T--AGGTTTGGGG
gi|99535 : -GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-A--AA----A-----T-TTCC-C-A-G-T--G--A--AA-A--T--ACAGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CA--TT----G-GT---AAATTTTT-T-T--TGG---GGGG
gi|99536 : -GG-G-CGCA-CG-----TG-T-G-TAAT--TTA--T--AA----A-----A-TTTC-C-A-G-T--G--A--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-AGT--ATTTA--CA--TT----G-GT---AAATTTTT-T-T--GGG---GGGG
gi|99537 : -GG-G-CGC---G-----TG-T-GATAAT--TTAT-T--AA----------T-TTTC-C-G-T-T--G-AAG-AA-A--TTAA-AGA-T-TT-T-A-TTGA-TTA--CAC-TC----G-GTGCCAAG---TT-T-T--AGG---GGG
gi|99538 : AGT--TTAT-T--AG----TAAATCT-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--TT-A-AGA-CGTA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---AAC---TTCT-T--AGG---GGGG
gi|99539 : T-T--AA----T-----T-TT-C-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AAA--------A-T--A-TTA--CAC-TT----A-AT---AAG---TT-T-T--AGG---GGGG
blockSeqs : A T T G AT CAACA A T A AA A GA TAAATC G A T A T TG C AC AAT TA C A G T T T TG T AC T GTAA C GCC TTT C A AC TTT
blockSeqs : . . C G A AA . . . AA . T ATTTT . . . . . . . G AA T . A . . . G . . C T . . . TTT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T ATTTT . . . . . . . . TA . . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGGG
finalCons : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111
lowQualScore : 1 1 3 3 33 66666 1 1 1 44 1 55 1111111111 1 1 1 1 1 22 1 33 4444 33 1 3 1 1 1 3 22 1 55 3 3333 1 222 555 1 1 22 222
lowQualScore : . . . . .. ..... . . . .. . .. .......... . . . . . .. . .. .... .. . . . . . . .. . .. . .... . ... ... . . .. ...
lowQualScore : 9 6 2 2 88 22222 6 6 6 22 5 22 2222222222 5 5 5 5 5 11 5 77 3333 77 5 1 6 6 6 2 22 6 44 2 4444 6 888 666 6 6 33 999
consensus : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGGG
Reference ( family-674 ) : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGGG
gi|99513 : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----T-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGAG
gi|99514 : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--TG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-G--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---GAA---TT-T-T--GGG---GGGG
gi|99515 : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T---TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA----T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGGG
gi|99516 : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TATT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C---G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-C-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGGG
gi|99517 : ATTAAGA-GG-GG---CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-A-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---CAA---TT-T-T--AGG---GGGG
gi|99518 : ATTGAGA-GG-GG---TGC--CGAA---TG-T-G-TAAAAATTAT-TT-AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--A-AA--AA-A--T--A--GA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CACTTT----G-AT---AAA---TT-T-T--AGG---TGGG
gi|99519 : ATTGAGA-GG-GCTG-TGC--CGCAACATG-TTG-TAAAAATTAT-TT-AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--A-AA--AAAA--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CACTTT----G-AT---AA-----T-T-T--AGG---TGGG
gi|99520 : ATTAAGA-GG-GG---CGC--CG-----TG-T---TA-T--ATCT-T--AA----T-----TGTTTC-C-A-G----G-AA--AA-AATT--A-AGAAT-CA-TTA-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---TAA---TT-TAT--AAG---GGGG
gi|99521 : ATTAAGA-GG-TA-A--AT--TG-----TG-G-G--AAT--TTAT-----A----C-----T-TTTG-A-A-G-TTGA-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A----A-TTAACCAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-TACAGG---GGG
gi|99522 : ATTAAGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-
gi|99523 : AAGAAGG-GG-G-AGC--TG-----TG-T-G-TAAT--TTGT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--CA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-T--AAG---GGGG
gi|99524 : AAGA-GG-GG-GGCGC--CG-----T--T-G-TAAT--TTAT-C--AGATTTT-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA----T--A-TGA-T-TG-A-A-T--A-TTC--AAC-CT----A-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGGG
gi|99525 : AAGA-GG-GG-GGCGC--CG-----T--T-G-TAAT--TTAT-C--AGATTTT-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA----T--A-TGA-T-TG-A-A-T--A-TTC--AAC-CT----A-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GGGG
gi|99526 : AAGA-GGTGG-G-CGC--CA-----TG-C-G-TAAT--TTAT-T--------T-----T-TTTC-CTA-G-T--G-GAACAA-A--T--A-AGA-T-CA-T-A-T--A-TTA---AC-TT----G------CAA---TT-T-T--GGG---GGGG
gi|99527 : AGA-GG-GG-G-CGC--CC-----TG-T-G-TAAT--TTATAT--AA----------T-TTTC-C-A-GTT--GCAA--AA-A--T--A-AGA-T-TATT-A-T--A-TTA--CAC-TTGTAAG-GA---AAA---TT-T-
gi|99528 : AGA-GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TCAT-C--AA------------TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-
gi|99529 : GG-GG-GG-G-GGG--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-A--AAA---T-----T-TTCC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTAC-CAA-TT----G-GT---AAA---TT-------GG---GGGG
gi|99530 : GG-GG-GG-G-GGG--CG-----TGAT-G-TAAT--TTAT-AGAAA----T-----T-TTCCAC-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-ATT--A-TTAC-CAA-TT----GCGT---AAA---TT-T-G--GGG---GGGG
gi|99531 : A-GG-GGCG-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-CT---AAA---TT-C-T--AGG---GGGG
gi|99532 : -GG-GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-T--AA----T-----T-TCTC-C-A-G-T--G-AC--AA-T--T--A-AGA-T-TA-A-A-T--A-TTA--CAC-TT----A-GT---AAA---TT-T-T--AAG---
gi|99533 : -GG-GG-G-CGT--CG-----TG-T-G--AAT--T-AT-C--AA----T-----T-TTTC-C-AAG-T--G-AA--AATA--T--A-AAAAT-CA-T-A-T--A-TGA--CAC-TT----G-GT---AAA---TT-T-T--AGG---GG
gi|99534 : G-GG-G-CGCATTG-----TG-T-G-TAAT--TT---T--GT----T-----T-TTTC-C-A-G-T--G-AA--A-----T--A-AGA-T-AA-T-A-T--A-TTA--CAC--T----G-GT----AA---TT-T-T--AGGTTTGGGG
gi|99535 : -GG-G-CGC--CG-----TG-T-G-TAAT--TTAT-A--AA----A-----T-TTCC-C-A-G-T--G--A--AA-A--T--ACAGA-T-TA-T-A-T--A-TTA--CA--TT----G-GT---AAATTTTT-T-T--TGG---GGGG
gi|99536 : -GG-G-CGCA-CG-----TG-T-G-TAAT--TTA--T--AA----A-----A-TTTC-C-A-G-T--G--A--AA-A--T--A-AGA-T-TA-T-AGT--ATTTA--CA--TT----G-GT---AAATTTTT-T-T--GGG---GGGG
gi|99537 : -GG-G-CGC---G-----TG-T-GATAAT--TTAT-T--AA----------T-TTTC-C-G-T-T--G-AAG-AA-A--TTAA-AGA-T-TT-T-A-TTGA-TTA--CAC-TC----G-GTGCCAAG---TT-T-T--AGG---GGG
gi|99538 : AGT--TTAT-T--AG----TAAATCT-TTTC-C-A-G-T--G-AA--AA-A--TT-A-AGA-CGTA-T-A-T--A-TTA--CAC-TT----G-GT---AAC---TTCT-T--AGG---GGGG
gi|99539 : T-T--AA----T-----T-TT-C-C-A-G-T--G-AA--AA-A--T--A-AAA--------A-T--A-TTA--CAC-TT----A-AT---AAG---TT-T-T--AGG---GGGG