lowQualScore : 111111 1 33333
lowQualScore : 222222 3 3 888888 7 2 5 0 2 11111 00 55 5555 2 2 2 33 2 88 2 2 2 55 444 8888 22 555 555 4444 1 44 77 22 22 1 555555 1 1 1 1 333 22 333 44 1 44444 4444444 1 44444 1 1 22 3 1 22 1 1 22 3 1 1 1 1 1 22 555555
lowQualScore : ...... . . ...... . . . . . ..... .. .. .... . . . .. . .. . . . .. ... .... .. ... ... .... . .. .. .. .. . ...... . . . . ... .. ... .. . ..... ....... . ..... . . .. . . .. . . .. . . . . . . .. ......
lowQualScore : 999999 3 3 888888 0 9 7 7 9 77777 55 99 3333 5 5 5 44 4 00 4 4 4 66 111 9999 99 888 555 0000 9 55 99 66 66 9 222222 8 8 8 8 222 55 222 11 7 33333 0000000 7 33333 7 7 33 2 6 33 7 7 33 3 7 7 7 7 7 44 000000
consensus : AAATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATCT-AAAA-TGTGAA-ATATA--CATGTAATTGA--CAT----G-GTT-T-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTG-TGT--CAAAA---GGAG----A--G---AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---A--CG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
Reference ( gi|64011 ) : AAATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACTGCTGATCT-AAAA-TGTGAA-ATAT---TATGTAATTGA--CAT----G-GTT-T-CGAA--TTTCAAA-TCT-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTG-TGT--CAAAA---GGAG----A--G---AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---A--CG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64010 : AAATG-TAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATCT-AAAA-TGTGAA-ATATA--CATGTAATTGA--CAT----G-GTT-T-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTG-TGT--CAAAA---GGAG----A--G---AT---TG----T-GTA--TCA--T--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---A--CG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-GT-----T-C-TT-T-TCA-ATAG--CCGTCACGGTGGTAGAAT
gi|64008 : taATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATCT-AAAA-TGCGAA-ATATA--CATGTAATTGA--CAT----G-GTT-T-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACAGTTT-TCTTCAA-ATTG-TGT--GAAAA---GGAG----A--G---AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---A--CG---TA--GCA-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--AC------GTGGTAGAAT
gi|64000 : atttaacATGCTAATA------TAG-AATACA-CAAAGTA------TACAACTGATCT-AAAA-TGTGAA-ATATA--CATGTAATTGA--CAT----G-GTT-T-TGTA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTG-TGT--CAAAA---GGAG----A--G---AT---TG----A-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-ACCATT-G-T-G---A--CG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64001 : tattcaacATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATCT-AAAA-TGTGAA-AAATA--CATGTAATTGA--CAT----G-GTT-T-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTG-TGT--CAAAA---GGAG----A-------T---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TATATT-G-T-G---A--CG---TT--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--ACATATC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64002 : tatttaacATGCTAATAGGCCTATGG-AATACA-CAAAGTACTAGTATACAGCTGATCT-AAAA-TGTGAA-ATATA--CAAGTAATTGA--CAT----G-GTT-T-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-CCTTCAT-ATTG-TGT--CAAAA---GGAG----A--A---AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---A--CG---TA--GCG-T-----G--------------------GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------ATGGTAGAAT
gi|64003 : tatttaacATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATCT-AAAA-TGTGAA-ATATA--CAAGTAATTGA--CAT----G-ATT-T-CGAA--TTT---------------T-TCTTCAT-ATTG-TGT--CAAAA---GGAG----A--G---AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---A--CG---TA--GCG-A-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTT-T-TT--GA-T-C-TC-T-TCA-ATAA--CC------ATGGTAGAAT
gi|64004 : tatttaacATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTT------TACAGCTGATCTTAAAA-TGTGAG-ATGA---CATGTAATTGA--CAT----G-GTT-T-CGAA--TTTCGAA-TCC-ACGGTTT-CTTTCAT-ATTG-TGT--CAAAA---GGAG----A--G---AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---A--CG---TA--GCG-T-----G--------------------GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTCTT-TT--GATT-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGGA
gi|64007 : tatttaacATGCTAATG------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATCT-AAAA-TGT----------------AATTGA--CAT----G-GTT-T-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTCCAC-ATTG-TGT--CAAAA---GGAG----A--G---TT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---A--CG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AA-GT-AGGATA--ATGAACCG-C
gi|64006 : tatttaacATGCTAATAA-----TGGGAATACAACAAAAT-------CACAGTTGATCT-AAAAATGTGAT-ATAC---AATG-AATTGA--CAT----G-GTT-TTCGGAATTTTCAAA-TCCCACGTTTT-TCGTCAT-ATTG-TGTT-CAAAA---GGAG----A--G---AT----G----T-GTA--TCA--C--T--TCTTCA------TAA-CCCATT---T-G---A--CG----A--GCG-T-----C---G---CAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-TG--GCATCTC-T-GT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64012 : tatttaacATGCTAATA------TGG-AATACA-CACAGTA------TACAGATGATCT-AAAA-TGTGAATATA----CATGTAATTGA--CAT-------TT-A-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTTGTCTTCATGATTG-TGT--CAAA------AG----A--G---AT---TG----T-GT---T------------------------A-TCCATA-G-T-G---A--CGCGTTA--GAG-T-----G---G---TAT-A-----AT-GT-A-AATA--ATGAACCG-CG--ACATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCACATAA--TC------GTGGTAGAAT
gi|64005 : TAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGTTGATTT-AAAA-TGT------------AT---ATTGA--CAT----G-GTT-T-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTG-TGT--CAAAA---GGAG----A--T---AT---TG----T-GTA--TCA--C--A--TCT-CA------CAA-TCCATT-G-T-G---A--CG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--TCATCTC-T-TC--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAAAAT
gi|64009 : tatttaacacctTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGTTGATTT-AAAA-TGT------------AT---ATTGA--CAT----G-GTT-T-CGAA--TTTCAAA-CTC-ACGGTGT-TCTTCAT-ATTG-TGT--CAAAA---GGAG----A--G---AT---TG----T-GTA--TCA--C--A--TCT-CA------CAA-TCCATT-G-T-G---A--CG---TA--GCG-T-----G---G---TATAA-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--TCATCTC-T-TC--GATT-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAAAAT
gi|64013 : tttaacacctAAGTA------TGCAGCTGCTCT-AAAAATTTGAA-ATATA--TATGTAATTGAG-CAT----GCGTT-T-CGAA--TTTCAAAATCC-ACAGTTT-T------------------AAAA---GGAG----ATGG---CT---TG----TTGTAGCTCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---A--CG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-ATAAAAATA--ATG-ACTG-CG--GCATTTC-T-TT--GA-T-C--T-T-TCA-AT-A--CC------GTGGTAGAA
gi|64014 : GCTGATCT-AAAA-TGTGAA-TTATGTACATATAATTGA--CAT----G-GTT-T-CGAA--TGTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTG-TGT--
gi|64015 : AT---TATACAACTGAATTATCTGCA-GTTAT-TGAT--TTTTAAA-ATT-GGGGTTT-TTTTTTT-TTTGGTATTACAAAACACAGAGTGCAA--GTGAAA---TG----T-GTA--TCAATT--T--TCT-CA------TAA-TGATTT-G-T-T---ATACA---TA--TGA-T-----G---A---TAT-A-----TT-GT-AAAATA--ATG-ACAG-AG--AAATTCC-T-TT--GA-T-C-TT-T-GCA-ATA
gi|64016 : aTTGA--CAT----G-GTT-T-CGAA--TTACAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTG-TGT--CAAAA---GGAG----A--G---AT---TGCATGT-GTG--TTA--C--T--TCT-CA------TAA-TCTATT-G-T-G---A--CG---TT--GTA-T-----G---G---TAA-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-G-TT--GA-T-A-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64017 : -TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTG-TGT--CAAAA---GGTGCCTGA--G---AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TAT-CA------TAA-TCCACT-G-T-G---A--CG---TA--
gi|64018 : AG---GAAG----A--GT--AT---GC----T-GTAA-TCA--C--T--TTC-CA------TAAATCCATT-G-T-G---A--CG---TA--ACG-T-----A---G---GAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CGCAGCATCTC-T-TTTGAA-TAC-TT-A-TCA-ATAA--CC------GT
gi|64019 : AG----A--G---ATATATG----T-GTA--TCA--TAGT--TCT-CA------TAA-TCAGTTAG-T-ACACA--TG---TAC-GTG-T-----G---AAGATAT-A-----TC-GC-AGAATATAATG-ATCG-CG--GCATTCA-T-TT--GA-T-C-TT-T-ACA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64020 : AG----T--G---ATG--TG----T-GTA--TCAATT--T--TCT-CAATGACATGA-TCAGTT-A-C-G---A---G---TA---CGAT-----GAAGG---GAT-C-----AC-AC-AGAATG--ATA-ACTG-CG--GTATTCC-T-TT--GA-T-C-TT-C-GTA-ATAA--CC------ATGGTAAA
gi|64021 : ---TG----G-GTA--TCAATT--T--TCT-CA------TAA-TCAGTT-A-TTA---A--CT---TATTACA-TATGAAG---G---TGT-A-----TC-GC-AGAATA--ATG-CCCGTCG--GCATC-C-T-TT--G--T-C-TTGTGTAA-ATAGCTCT------GTGGTA
gi|64022 : ----T-ATA--TTA--C--TGTTCT-GA------TAA-TCTTTT-GAT-T---A--CG---TA--AT--T-----G---G---TAT-ACTAGTATTGT-ATAATA--ATG-GACG-TA--TCATTTC-T-GT--GA-T-T-TC-A-GCA-TTAA--CC------GTGGTGGAAT
gi|64023 : A------TAA-TCTTTA-A-T-G---A--TG---TA--ACA-T-----G---------T-A-----CT-GG-AAAATA--ATG-GATG-CA--ACATTCT-T-TT--GA-T-C-TC-T-GCC-ATAA--CT------GTGGTAGAGT
gi|64024 : --GCA-T-----G---G---TAT-A-----AC-GA-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATATC-T-TC--GA-T-C-TA-T-TCA-ATAG--CC------GTGGTAGA
gi|64025 : -T-----G---G---TAT-A-----TT-AC-AGAATA--ATG-GCCG-CG--GCAT-TC-TATT--GA-T-C-TT-T-GCT-ATAT--CT------TTGGAAGAAT
gi|64026 : TA--ATG-ACCG-CT--GCATCTC-T-TT--GA-T-CTTT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64027 : TG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-AAAC--CC------GTGGTAGAAT
Alignments
lowQualScore : 111111
lowQualScore : 111111 3 3 888888 2 5 333 2 2 2 2 33 2 2 2 2 2 4444 22 2 555 4444 1 44 55 22 22 1 555555 1 1 1 1 333 333 44 1 44444 3333333 1 44444 1 1 22 3 1 22 1 1 22 3 1 1 1 1 1 22 444444
lowQualScore : ...... . . ...... . . ... . . . . .. . . . . . .... .. . ... .... . .. .. .. .. . ...... . . . . ... ... .. . ..... ....... . ..... . . .. . . .. . . .. . . . . . . .. ......
lowQualScore : 999999 1 1 222222 7 3 777 7 5 5 5 44 4 4 4 4 4 5555 99 1 555 0000 9 55 22 66 66 9 222222 8 8 8 8 222 222 11 7 33333 3333333 7 33333 7 7 33 2 6 33 7 7 33 3 7 7 7 7 7 33 888888
consensus : AAATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATATACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
Reference ( family-671 ) : AAATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATATACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64000 : ATGCTAATA------TAG-AATACA-CAAAGTA------TACAACTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATATACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-TGTA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----A-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-ACCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64001 : tattcaacATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--AAATACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAG--G----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TATATT-G-T-G---ACG---TT--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--ACATATC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64002 : tatttaacATGCTAATAGGCCTATGG-AATACA-CAAAGTACTAGTATACAGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATATACA-AGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-CCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--A-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G--------------------GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------ATGGTAGAAT
gi|64003 : tatttaacATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATATACA-AGTAATTGA-CATG-ATTT-CGAA--TTT---------------T-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-A-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTT-T-TT--GA-T-C-TC-T-TCA-ATAA--CC------ATGGTAGAAT
gi|64004 : tatttaacATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTT------TACAGCTGATCTTAAAA-TGTGAG--ATG-ACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCGAA-TCC-ACGGTTT-CTTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G--------------------GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTCTT-TT--GATT-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGGA
gi|64005 : tatttaacTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGTTGATT-TAAAA-TGT-----------A-T---ATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--T-AT---TG----T-GTA--TCA--C--A--TCT-CA------CAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--TCATCTC-T-TC--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAAAAT
gi|64006 : tatttaacacctATGCTAATAA-----TGGGAATACAACAAAAT-------CACAGTTGATC-TAAAAATGTGA----TATACAATG-AATTGA-CATG-GTTTTCGGAATTTTCAAA-TCCCACGTTTT-TCGTCAT-ATTGTGTTCAAAAGGAG----A--G-AT----G----T-GTA--TCA--C--T--TCTTCA------TAA-CCCATT---T-G---ACG----A--GCG-T-----C---G---CAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-TG--GCATCTC-T-GT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64007 : tatttaacATGCTAATG------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAA----------------A-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTCCAC-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-TT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AA-GT-AGGATA--ATGAACCG-C
gi|64008 : tatttaacATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAAA-TGCGAA--ATATACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACAGTTT-TCTTCAA-ATTGTGT-GAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCA-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--AC------GTGGTAGAAT
gi|64009 : atttaacTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGTTGATT-TAAAA-TGT-----------A-T---ATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-CTC-ACGGTGT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--A--TCT-CA------CAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TATAA-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--TCATCTC-T-TC--GATT-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAAAAT
gi|64010 : tttaacacctAAATG-TAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATATACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--T--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-GT-----T-C-TT-T-TCA-ATAG--CCGTCACGGTGGTAGAAT
gi|64011 : taAAATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACTGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATAT-TA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCT-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64012 : ATGCTAATA------TGG-AATACA-CACAGTA------TACAGATGATC-TAAAA-TGTG-A--ATATACA-TGTAATTGA-CAT---TTA-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTTGTCTTCATGATTGTGT-CAAA---AG----A--G-AT---TG----T-GT---T------------------------A-TCCATA-G-T-G---ACGCGTTA--GAG-T-----G---G---TAT-A-----AT-GT-A-AATA--ATGAACCG-CG--ACATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCACATAA--TC------GTGGTAGAAT
gi|64013 : AAGTA------TGCAGCTGCTC-TAAAAATTTGAA--ATATATA-TGTAATTGAGCATGCGTTT-CGAA--TTTCAAAATCC-ACAGTTT-T----------------AAAAGGAG----ATGG-CT---TG----TTGTAGCTCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-ATAAAAATA--ATG-ACTG-CG--GCATTTC-T-TT--GA-T-C--T-T-TCA-AT-A--CC------GTGGTAGAA
gi|64014 : GCTGATC-TAAAA-TGTGAATTATGTACA-TATAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TGTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-
gi|64016 : TTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTACAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TGCATGT-GTG--TTA--C--T--TCT-CA------TAA-TCTATT-G-T-G---ACG---TT--GTA-T-----G---G---TAA-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-G-TT--GA-T-A-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64017 : -TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGTGCCTGA--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TAT-CA------TAA-TCCACT-G-T-G---ACG---TA--
gi|64018 : AGGAAG----A--GTAT---GC----T-GTAA-TCA--C--T--TTC-CA------TAAATCCATT-G-T-G---ACG---TA--ACG-T-----A---G---GAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CGCAGCATCTC-T-TTTGAA-TAC-TT-A-TCA-ATAA--CC------GT
gi|64019 : AG----A--G-ATATATG----T-GTA--TCA--TAGT--TCT-CA------TAA-TCAGTTAG-T-ACACATG---TAC-GTG-T-----G---AAGATAT-A-----TC-GC-AGAATATAATG-ATCG-CG--GCATTCA-T-TT--GA-T-C-TT-T-ACA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64020 : AG----T--G-ATG--TG----T-GTA--TCAATT--T--TCT-CAATGACATGA-TCAGTT-A-C-G---A-G---TA---CGAT-----GAAGG---GAT-C-----AC-AC-AGAATG--ATA-ACTG-CG--GTATTCC-T-TT--GA-T-C-TT-C-GTA-ATAA--CC------ATGGTAAA
gi|64021 : ---TG----G-GTA--TCAATT--T--TCT-CA------TAA-TCAGTT-A-TTA---ACT---TATTACA-TATGAAG---G---TGT-A-----TC-GC-AGAATA--ATG-CCCGTCG--GCATC-C-T-TT--G--T-C-TTGTGTAA-ATAGCTCT------GTGGTA
gi|64022 : ----T-ATA--TTA--C--TGTTCT-GA------TAA-TCTTTT-GAT-T---ACG---TA--AT--T-----G---G---TAT-ACTAGTATTGT-ATAATA--ATG-GACG-TA--TCATTTC-T-GT--GA-T-T-TC-A-GCA-TTAA--CC------GTGGTGGAAT
gi|64023 : A------TAA-TCTTTA-A-T-G---ATG---TA--ACA-T-----G---------T-A-----CT-GG-AAAATA--ATG-GATG-CA--ACATTCT-T-TT--GA-T-C-TC-T-GCC-ATAA--CT------GTGGTAGAGT
gi|64024 : --GCA-T-----G---G---TAT-A-----AC-GA-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATATC-T-TC--GA-T-C-TA-T-TCA-ATAG--CC------GTGGTAGA
gi|64025 : -T-----G---G---TAT-A-----TT-AC-AGAATA--ATG-GCCG-CG--GCAT-TC-TATT--GA-T-C-TT-T-GCT-ATAT--CT------TTGGAAGAAT
gi|64026 : TA--ATG-ACCG-CT--GCATCTC-T-TT--GA-T-CTTT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64027 : TG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-AAAC--CC------GTGGTAGAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|64015 ): AATTATACAACTGAATTATCTGCAGTTATTGATTTTTAAAATTGGGGTTTTTTTTTTTTTGGTATTACAAAACACAGAGTGCAAGTGAAATGTGTATCAATTTTCTCATAATGATTTGTTATACATATGATGATATATTGTAAAATAATGACAGAGAAATTCCTTTGATCTTTGCAATA
Alignments
lowQualScore : 111111
lowQualScore : 111111 3 3 888888 2 5 333 2 2 2 2 33 2 2 2 2 2 4444 22 2 555 4444 1 44 55 22 22 1 555555 1 1 1 1 333 333 44 1 44444 3333333 1 44444 1 1 22 3 1 22 1 1 22 3 1 1 1 1 1 22 444444
lowQualScore : ...... . . ...... . . ... . . . . .. . . . . . .... .. . ... .... . .. .. .. .. . ...... . . . . ... ... .. . ..... ....... . ..... . . .. . . .. . . .. . . . . . . .. ......
lowQualScore : 999999 1 1 222222 7 3 777 7 5 5 5 44 4 4 4 4 4 5555 99 1 555 0000 9 55 22 66 66 9 222222 8 8 8 8 222 222 11 7 33333 3333333 7 33333 7 7 33 2 6 33 7 7 33 3 7 7 7 7 7 33 888888
consensus : AAATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATATACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
Reference ( family-671 ) : AAATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATATACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64000 : ATGCTAATA------TAG-AATACA-CAAAGTA------TACAACTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATATACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-TGTA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----A-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-ACCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64001 : tattcaacATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--AAATACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAG--G----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TATATT-G-T-G---ACG---TT--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--ACATATC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64002 : tatttaacATGCTAATAGGCCTATGG-AATACA-CAAAGTACTAGTATACAGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATATACA-AGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-CCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--A-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G--------------------GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------ATGGTAGAAT
gi|64003 : tatttaacATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATATACA-AGTAATTGA-CATG-ATTT-CGAA--TTT---------------T-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-A-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTT-T-TT--GA-T-C-TC-T-TCA-ATAA--CC------ATGGTAGAAT
gi|64004 : tatttaacATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTT------TACAGCTGATCTTAAAA-TGTGAG--ATG-ACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCGAA-TCC-ACGGTTT-CTTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G--------------------GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTCTT-TT--GATT-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGGA
gi|64005 : tatttaacTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGTTGATT-TAAAA-TGT-----------A-T---ATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--T-AT---TG----T-GTA--TCA--C--A--TCT-CA------CAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--TCATCTC-T-TC--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAAAAT
gi|64006 : tatttaacacctATGCTAATAA-----TGGGAATACAACAAAAT-------CACAGTTGATC-TAAAAATGTGA----TATACAATG-AATTGA-CATG-GTTTTCGGAATTTTCAAA-TCCCACGTTTT-TCGTCAT-ATTGTGTTCAAAAGGAG----A--G-AT----G----T-GTA--TCA--C--T--TCTTCA------TAA-CCCATT---T-G---ACG----A--GCG-T-----C---G---CAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-TG--GCATCTC-T-GT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64007 : tatttaacATGCTAATG------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAA----------------A-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTCCAC-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-TT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AA-GT-AGGATA--ATGAACCG-C
gi|64008 : tatttaacATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAAA-TGCGAA--ATATACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACAGTTT-TCTTCAA-ATTGTGT-GAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCA-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--AC------GTGGTAGAAT
gi|64009 : atttaacTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGTTGATT-TAAAA-TGT-----------A-T---ATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-CTC-ACGGTGT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--A--TCT-CA------CAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TATAA-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--TCATCTC-T-TC--GATT-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAAAAT
gi|64010 : tttaacacctAAATG-TAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATATACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--T--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-GT-----T-C-TT-T-TCA-ATAG--CCGTCACGGTGGTAGAAT
gi|64011 : taAAATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACTGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATAT-TA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCT-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64012 : ATGCTAATA------TGG-AATACA-CACAGTA------TACAGATGATC-TAAAA-TGTG-A--ATATACA-TGTAATTGA-CAT---TTA-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTTGTCTTCATGATTGTGT-CAAA---AG----A--G-AT---TG----T-GT---T------------------------A-TCCATA-G-T-G---ACGCGTTA--GAG-T-----G---G---TAT-A-----AT-GT-A-AATA--ATGAACCG-CG--ACATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCACATAA--TC------GTGGTAGAAT
gi|64013 : AAGTA------TGCAGCTGCTC-TAAAAATTTGAA--ATATATA-TGTAATTGAGCATGCGTTT-CGAA--TTTCAAAATCC-ACAGTTT-T----------------AAAAGGAG----ATGG-CT---TG----TTGTAGCTCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-ATAAAAATA--ATG-ACTG-CG--GCATTTC-T-TT--GA-T-C--T-T-TCA-AT-A--CC------GTGGTAGAA
gi|64014 : GCTGATC-TAAAA-TGTGAATTATGTACA-TATAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TGTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-
gi|64016 : TTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTACAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TGCATGT-GTG--TTA--C--T--TCT-CA------TAA-TCTATT-G-T-G---ACG---TT--GTA-T-----G---G---TAA-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-G-TT--GA-T-A-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64017 : -TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGTGCCTGA--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TAT-CA------TAA-TCCACT-G-T-G---ACG---TA--
gi|64018 : AGGAAG----A--GTAT---GC----T-GTAA-TCA--C--T--TTC-CA------TAAATCCATT-G-T-G---ACG---TA--ACG-T-----A---G---GAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CGCAGCATCTC-T-TTTGAA-TAC-TT-A-TCA-ATAA--CC------GT
gi|64019 : AG----A--G-ATATATG----T-GTA--TCA--TAGT--TCT-CA------TAA-TCAGTTAG-T-ACACATG---TAC-GTG-T-----G---AAGATAT-A-----TC-GC-AGAATATAATG-ATCG-CG--GCATTCA-T-TT--GA-T-C-TT-T-ACA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64020 : AG----T--G-ATG--TG----T-GTA--TCAATT--T--TCT-CAATGACATGA-TCAGTT-A-C-G---A-G---TA---CGAT-----GAAGG---GAT-C-----AC-AC-AGAATG--ATA-ACTG-CG--GTATTCC-T-TT--GA-T-C-TT-C-GTA-ATAA--CC------ATGGTAAA
gi|64021 : ---TG----G-GTA--TCAATT--T--TCT-CA------TAA-TCAGTT-A-TTA---ACT---TATTACA-TATGAAG---G---TGT-A-----TC-GC-AGAATA--ATG-CCCGTCG--GCATC-C-T-TT--G--T-C-TTGTGTAA-ATAGCTCT------GTGGTA
gi|64022 : ----T-ATA--TTA--C--TGTTCT-GA------TAA-TCTTTT-GAT-T---ACG---TA--AT--T-----G---G---TAT-ACTAGTATTGT-ATAATA--ATG-GACG-TA--TCATTTC-T-GT--GA-T-T-TC-A-GCA-TTAA--CC------GTGGTGGAAT
gi|64023 : A------TAA-TCTTTA-A-T-G---ATG---TA--ACA-T-----G---------T-A-----CT-GG-AAAATA--ATG-GATG-CA--ACATTCT-T-TT--GA-T-C-TC-T-GCC-ATAA--CT------GTGGTAGAGT
gi|64024 : --GCA-T-----G---G---TAT-A-----AC-GA-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATATC-T-TC--GA-T-C-TA-T-TCA-ATAG--CC------GTGGTAGA
gi|64025 : -T-----G---G---TAT-A-----TT-AC-AGAATA--ATG-GCCG-CG--GCAT-TC-TATT--GA-T-C-TT-T-GCT-ATAT--CT------TTGGAAGAAT
gi|64026 : TA--ATG-ACCG-CT--GCATCTC-T-TT--GA-T-CTTT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64027 : TG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-AAAC--CC------GTGGTAGAAT
blockSeqs : GGCCTA G A CTAGTA T A ATT A G C T AT A C G G T CCTG TG T ATA CATG T GC AT AG GT T ATGACA A A A T CAC CGT TT A ATGAA AAGA A CTAGT T A TA A T CA T A TG T A T G G C CT GTCACG
blockSeqs : A . . . . A A . . . . . . . . . . . . . G . . A AT . . . . . . . . . . C . . AAGG . . . . . A . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : AAATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATATACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
finalCons : AAATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATATACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|64015 ): AATTATACAACTGAATTATCTGCAGTTATTGATTTTTAAAATTGGGGTTTTTTTTTTTTTGGTATTACAAAACACAGAGTGCAAGTGAAATGTGTATCAATTTTCTCATAATGATTTGTTATACATATGATGATATATTGTAAAATAATGACAGAGAAATTCCTTTGATCTTTGCAATA
Alignments
lowQualScore : 111111
lowQualScore : 111111 3 3 888888 2 5 333 2 2 2 2 33 2 2 2 2 2 4444 22 2 555 4444 1 44 55 22 22 1 555555 1 1 1 1 333 333 44 1 44444 3333333 1 44444 1 1 22 3 1 22 1 1 22 3 1 1 1 1 1 22 444444
lowQualScore : ...... . . ...... . . ... . . . . .. . . . . . .... .. . ... .... . .. .. .. .. . ...... . . . . ... ... .. . ..... ....... . ..... . . .. . . .. . . .. . . . . . . .. ......
lowQualScore : 999999 1 1 222222 7 3 777 7 5 5 5 44 4 4 4 4 4 5555 99 1 555 0000 9 55 22 66 66 9 222222 8 8 8 8 222 222 11 7 33333 3333333 7 33333 7 7 33 2 6 33 7 7 33 3 7 7 7 7 7 33 888888
consensus : AAATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATATACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
Reference ( family-671 ) : AAATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATATACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64000 : ATGCTAATA------TAG-AATACA-CAAAGTA------TACAACTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATATACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-TGTA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----A-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-ACCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64001 : tattcaacATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--AAATACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAG--G----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TATATT-G-T-G---ACG---TT--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--ACATATC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64002 : tatttaacATGCTAATAGGCCTATGG-AATACA-CAAAGTACTAGTATACAGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATATACA-AGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-CCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--A-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G--------------------GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------ATGGTAGAAT
gi|64003 : tatttaacATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATATACA-AGTAATTGA-CATG-ATTT-CGAA--TTT---------------T-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-A-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTT-T-TT--GA-T-C-TC-T-TCA-ATAA--CC------ATGGTAGAAT
gi|64004 : tatttaacATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTT------TACAGCTGATCTTAAAA-TGTGAG--ATG-ACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCGAA-TCC-ACGGTTT-CTTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G--------------------GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTCTT-TT--GATT-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGGA
gi|64005 : tatttaacTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGTTGATT-TAAAA-TGT-----------A-T---ATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--T-AT---TG----T-GTA--TCA--C--A--TCT-CA------CAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--TCATCTC-T-TC--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAAAAT
gi|64006 : tatttaacacctATGCTAATAA-----TGGGAATACAACAAAAT-------CACAGTTGATC-TAAAAATGTGA----TATACAATG-AATTGA-CATG-GTTTTCGGAATTTTCAAA-TCCCACGTTTT-TCGTCAT-ATTGTGTTCAAAAGGAG----A--G-AT----G----T-GTA--TCA--C--T--TCTTCA------TAA-CCCATT---T-G---ACG----A--GCG-T-----C---G---CAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-TG--GCATCTC-T-GT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64007 : tatttaacATGCTAATG------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAA----------------A-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTCCAC-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-TT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AA-GT-AGGATA--ATGAACCG-C
gi|64008 : tatttaacATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAAA-TGCGAA--ATATACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACAGTTT-TCTTCAA-ATTGTGT-GAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCA-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--AC------GTGGTAGAAT
gi|64009 : atttaacTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGTTGATT-TAAAA-TGT-----------A-T---ATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-CTC-ACGGTGT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--A--TCT-CA------CAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TATAA-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--TCATCTC-T-TC--GATT-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAAAAT
gi|64010 : tttaacacctAAATG-TAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACAGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATATACA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--T--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-GT-----T-C-TT-T-TCA-ATAG--CCGTCACGGTGGTAGAAT
gi|64011 : taAAATGCTAATA------TGG-AATACA-CAAAGTA------TACTGCTGATC-TAAAA-TGTGAA--ATAT-TA-TGTAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTTCAAA-TCT-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64012 : ATGCTAATA------TGG-AATACA-CACAGTA------TACAGATGATC-TAAAA-TGTG-A--ATATACA-TGTAATTGA-CAT---TTA-CGAA--TTTCAAA-TCC-ACGGTTTGTCTTCATGATTGTGT-CAAA---AG----A--G-AT---TG----T-GT---T------------------------A-TCCATA-G-T-G---ACGCGTTA--GAG-T-----G---G---TAT-A-----AT-GT-A-AATA--ATGAACCG-CG--ACATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCACATAA--TC------GTGGTAGAAT
gi|64013 : AAGTA------TGCAGCTGCTC-TAAAAATTTGAA--ATATATA-TGTAATTGAGCATGCGTTT-CGAA--TTTCAAAATCC-ACAGTTT-T----------------AAAAGGAG----ATGG-CT---TG----TTGTAGCTCA--C--T--TCT-CA------TAA-TCCATT-G-T-G---ACG---TA--GCG-T-----G---G---TAT-A-----AC-ATAAAAATA--ATG-ACTG-CG--GCATTTC-T-TT--GA-T-C--T-T-TCA-AT-A--CC------GTGGTAGAA
gi|64014 : GCTGATC-TAAAA-TGTGAATTATGTACA-TATAATTGA-CATG-GTTT-CGAA--TGTCAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-
gi|64016 : TTGA-CATG-GTTT-CGAA--TTACAAA-TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGAG----A--G-AT---TGCATGT-GTG--TTA--C--T--TCT-CA------TAA-TCTATT-G-T-G---ACG---TT--GTA-T-----G---G---TAA-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATCTC-G-TT--GA-T-A-TT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64017 : -TCC-ACGGTTT-TCTTCAT-ATTGTGT-CAAAAGGTGCCTGA--G-AT---TG----T-GTA--TCA--C--T--TAT-CA------TAA-TCCACT-G-T-G---ACG---TA--
gi|64018 : AGGAAG----A--GTAT---GC----T-GTAA-TCA--C--T--TTC-CA------TAAATCCATT-G-T-G---ACG---TA--ACG-T-----A---G---GAT-A-----AC-GT-AGAATA--ATG-ACCG-CGCAGCATCTC-T-TTTGAA-TAC-TT-A-TCA-ATAA--CC------GT
gi|64019 : AG----A--G-ATATATG----T-GTA--TCA--TAGT--TCT-CA------TAA-TCAGTTAG-T-ACACATG---TAC-GTG-T-----G---AAGATAT-A-----TC-GC-AGAATATAATG-ATCG-CG--GCATTCA-T-TT--GA-T-C-TT-T-ACA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64020 : AG----T--G-ATG--TG----T-GTA--TCAATT--T--TCT-CAATGACATGA-TCAGTT-A-C-G---A-G---TA---CGAT-----GAAGG---GAT-C-----AC-AC-AGAATG--ATA-ACTG-CG--GTATTCC-T-TT--GA-T-C-TT-C-GTA-ATAA--CC------ATGGTAAA
gi|64021 : ---TG----G-GTA--TCAATT--T--TCT-CA------TAA-TCAGTT-A-TTA---ACT---TATTACA-TATGAAG---G---TGT-A-----TC-GC-AGAATA--ATG-CCCGTCG--GCATC-C-T-TT--G--T-C-TTGTGTAA-ATAGCTCT------GTGGTA
gi|64022 : ----T-ATA--TTA--C--TGTTCT-GA------TAA-TCTTTT-GAT-T---ACG---TA--AT--T-----G---G---TAT-ACTAGTATTGT-ATAATA--ATG-GACG-TA--TCATTTC-T-GT--GA-T-T-TC-A-GCA-TTAA--CC------GTGGTGGAAT
gi|64023 : A------TAA-TCTTTA-A-T-G---ATG---TA--ACA-T-----G---------T-A-----CT-GG-AAAATA--ATG-GATG-CA--ACATTCT-T-TT--GA-T-C-TC-T-GCC-ATAA--CT------GTGGTAGAGT
gi|64024 : --GCA-T-----G---G---TAT-A-----AC-GA-AGAATA--ATG-ACCG-CG--GCATATC-T-TC--GA-T-C-TA-T-TCA-ATAG--CC------GTGGTAGA
gi|64025 : -T-----G---G---TAT-A-----TT-AC-AGAATA--ATG-GCCG-CG--GCAT-TC-TATT--GA-T-C-TT-T-GCT-ATAT--CT------TTGGAAGAAT
gi|64026 : TA--ATG-ACCG-CT--GCATCTC-T-TT--GA-T-CTTT-T-TCA-ATAA--CC------GTGGTAGAAT
gi|64027 : TG-ACCG-CG--GCATCTC-T-TT--GA-T-C-TT-T-TCA-AAAC--CC------GTGGTAGAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|64015 ): AATTATACAACTGAATTATCTGCAGTTATTGATTTTTAAAATTGGGGTTTTTTTTTTTTTGGTATTACAAAACACAGAGTGCAAGTGAAATGTGTATCAATTTTCTCATAATGATTTGTTATACATATGATGATATATTGTAAAATAATGACAGAGAAATTCCTTTGATCTTTGCAATA