lowQualScore : 1
lowQualScore : 33 1 4 1 1 1 1 2222 444 4444 22 4 444444 1 22 7 1 22 1 55555 3 22 1 666666666 1 22 3 3 88 1 222 44 44444 1
lowQualScore : .. . . . . . . .... ... .... .. . ...... . .. . . .. . ..... . .. . ......... . .. . . .. . ... .. ..... .
lowQualScore : 33 6 6 5 5 5 5 7777 666 6666 00 4 333333 5 00 1 5 00 5 77777 0 11 5 222222222 5 11 1 1 66 7 999 00 22222 7
consensus : CCAAGCCAGG-TT-A-TA-C-A-A-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------TC-C--CAAA-C--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
Reference ( gi|50863 ) : CCAAGCCAGA-TT-A-TA-C-A-A-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------TC-C--CTAA-C--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCC-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50864 : CCAAGCAAGG-TT-A-TA-C-A-A-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------TC-A--CAAA-C--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50865 : CCAAGCCAGA-TT-A-TA-C-A-A-AA--A-TA---ACT----T--GC-ATCATGATTC-C--CAAA-C--T-T-----GAAA-T--TTAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-TAATTAAA
gi|50866 : CCAAGTCAGA-TT-A-TA-C-A-A-AA--A-TA---ACTGACTT--GC-AT------CC-C--CAAA-C--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ACAA-GGATTAAA
gi|50868 : CCAAGCCAG--TT-A-TAGC-A-A-AA--A-TA---ACT----T--GCCAT------TC-C--TGAAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCG-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50867 : CCAAGCCAGG-TA-A-TA-C-A-A-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------TC-C--CAAT-C--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCG-AAGG-ATA---C--AAAAAGATAA-GAATCGAA
gi|50871 : CCAAGCCAGA-TT-A-TA---G-A-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------TC-C--CAAA-C--T-T-----GAAA-T--TTAT-C---------AA-TC--A--------AGGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50869 : CCAAGCCAGG-TT-A-TA-C-A-A-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------TC-C--CAAA-C--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-
gi|50870 : CCAAGTCAGA-TT-A-TA-C-A-A-AA--T-TA---ACT----T--GC-AT------TC-C--CAAA-C--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GC
gi|50872 : CCAAGCCAGG-TTTA-TA-C-A-ATAA--A-TA---ACT----TTGGC-AT------TC-C--CAAA-C--T-T-----GAAATT--TGACTC---------AAGTCGTA-GA-GCCGAAGG-ATA---C--A-----A-AA-GAATTAAattgaaattgaccaatcagagctaa
gi|50873 : CCAAGCCAGG-TT-A-TA-C-A-A-AA--A-TA---ACT----T--GC-AG------TC-C--C-AA-A--T-T-----GAAA-T--TGAT-C---------AA-AT--A-GATGCT-AAGG-ATA---TAAA-----AAAA-GAA-TAAA
gi|50874 : CCAAGCAAGG-TG-A-TA-A-A-A-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------TC-C--AAAA-C--T-T-----GAAA-T--TGAC-CAATCAGACAAA-TC--A-GA-GCT-AAAG-ATA---C--A-----ACGA-
gi|50875 : CCAAGCCAGG-TT-A-TA-C-AAA-AA--A-TA---ACTC---T--GC-AT------TC-C--C-AA-C--TAT-----GAAA-T----GC-A---------AA-TC--A-GA-GTT-TAAG-A-A---C--A-----AAAA-GAATTAA
gi|50876 : CCAAGCCAGA-TT-A-TA-C-A-A-AA--A-TAATTACT----T--GC-AT------TC-C--CAAA-C--T-T-----GAGA-
gi|50877 : CAAGCCAGG-TT-A-TA-C-A-A-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------TC-C--CAAA-C--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AG-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----AT
gi|50878 : CAAGCCAGG-TT-A-TA-C-A-A-AA----TA---ACT----T--GC-AT------TC-C--CTAA-C--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-ACT-AAGG--TA---CA-A-----ATAA-GAATTGAA
gi|50879 : CAAGGCAGG-TT-ACTA-C-A-A-AA----TA---ACT----T--GCCAT------TC-C--CAAA-C--T-TCC---GAAA-TATTGAC-----------AA-TC--AAGA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAC-AAATTA
gi|50880 : AAGCCAGG-TT-A-TT-C-A-A-AA--A------ACT----T--GC-AT------TC-C--CAAA-C--C-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAA
gi|50882 : AAACCAGA-TT-A-TT-C-A-A-GA----TA---CCC----T--GC-GT------TC-C--AGGA-A--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCC-AAGA-ATA---C--A-----ATAA-CAATTAA
gi|50881 : AAGCCAGG-TT-ACTA-C-C-A-AA--A-TACA-ACT----T--GCCAT------TC-C--A-AA-C--T-TCCGTGAAAA-T--TGAA-C---------AA-TC--AAGA-GCT-AAGG-ATA---A--C-----ATAA-GAATT
gi|50883 : AGCCAAA-TT-A-TA-C-A-A-AA--A-TA---ACT----T--GA-AT------CC-C--CAAT-T--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------GA-TC--A-GA-GCT-AAGG-CTA---C--A-----ATAA-GAATTGAA
gi|50884 : AACCAGAGTT-ACTA---A-A-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------TT-CGCCAAA-CCTT-T-----AAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-G--GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50885 : AACCAGA-TT-A-TA-CAA-A-AA--A-TA---ACT----T--A--AT------TC-C--CAAA-C--T--------GAA-T--TGAC-C----------A-TC--A-GA--CT-AAGT-ATAAGGC--A-----ATAAGGAATTAAA
gi|50886 : GG-TT-A-TA-C-A-A-AA----TA---ACT----T--GC-TT------TTGC--CCAA-T--C-T-----GAAAAT--TGAC-T---------A--TC--A-GACGCT-AAA--ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50888 : -A-TA-C-C-A-AGCCA-TA---ACT----C--GC-AT------TC-C--GTAA-T--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-T-ATTAAA
gi|50887 : -A-TA-C-A-A-AA--AATA---ACT----T--TC--T------TC-C--CAAA-C--T-------GAAA-T--TGAC-C---------A--TC--A-GA-GCA-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50889 : -TA-C-A-A-TA--A-TA---ACT----T--GC-AT------TC-C--AAAA-C--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCG-AAGG-ATA---C--A-----GTAA-GAATTAAA
gi|50890 : -A-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------TC-C--CAAA-C--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCG-AAGGAATA---C--A-----TTAA-AAA
Alignments
lowQualScore : 1 1 4 1 3 1 22 1 444 4444 22 4 444444 22 22 1 22 1 55555 1 22 1 555555555 1 22 3 3 1 1 222 33 44444 1
lowQualScore : . . . . . . .. . ... .... .. . ...... .. .. . .. . ..... . .. . ......... . .. . . . . ... .. ..... .
lowQualScore : 7 5 4 5 0 4 00 4 555 5555 00 3 111111 00 00 4 00 4 55555 4 00 5 999999999 5 00 0 0 6 6 888 88 00000 7
consensus : CCAAGCCAG-GTT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
Reference ( family-669 ) : CCAAGCCAG-GTT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50863 : CCAAGCCAG-ATT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-TAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCC-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50864 : CCAAGCAAG-GTT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CA--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50865 : CCAAGCCAG-ATT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-ATCATGATT--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TTAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-TAATTAAA
gi|50866 : CCAAGTCAG-ATT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACTGACTT--GC-AT------C--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ACAA-GGATTAAA
gi|50867 : CCAAGCCAG-GTA-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AATC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCG-AAGG-ATA---C--AAAAAGATAA-GAATCGAA
gi|50868 : CCAAGCCAG--TT-A-TAGC-AA-AA--A-TA---ACT----T--GCCAT------T--CC--TGAAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCG-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50869 : CCAAGCCAG-GTT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-
gi|50870 : CCAAGTCAG-ATT-A-TA-C-AA-AA--T-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GC
gi|50871 : CCAAGCCAG-ATT-A-TA---GA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TTAT-C---------AA-TC--A--------AGGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAAattgaaattgaccaatcagagctaa
gi|50872 : CCAAGCCAG-GTTTA-TA-C-AATAA--A-TA---ACT----TTGGC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAATT--TGACTC---------AAGTCGTA-GA-GCCGAAGG-ATA---C--A-----A-AA-GAATTAA
gi|50873 : CCAAGCCAG-GTT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AG------T--CC--C-AAA---T-T-----GAAA-T--TGAT-C---------AA-AT--A-GATGCT-AAGG-ATA---TAAA-----AAAA-GAA-TAAA
gi|50874 : CCAAGCAAG-GTG-A-TA-A-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--A-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-CAATCAGACAAA-TC--A-GA-GCT-AAAG-ATA---C--A-----ACGA-
gi|50875 : CCAAGCCAG-GTT-A-TA-CAAA-AA--A-TA---ACTC---T--GC-AT------T--CC--C--AAC--TAT-----GAAA-T----GC-A---------AA-TC--A-GA-GTT-TAAG-A-A---C--A-----AAAA-GAATTAA
gi|50876 : CCAAGCCAG-ATT-A-TA-C-AA-AA--A-TAATTACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAGA-
gi|50877 : CAAGCCAG-GTT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AG-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----AT
gi|50878 : CAAGCCAG-GTT-A-TA-C-AA-AA----TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-TAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-ACT-AAGG--TA---CA-A-----ATAA-GAATTGAA
gi|50879 : CAAGGCAG-GTT-ACTA-C-AA-AA----TA---ACT----T--GCCAT------T--CC--C-AAAC--T-TCC---GAAA-TATTGAC-----------AA-TC--AAGA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAC-AAATTA
gi|50880 : AAGCCAG-GTT-A-TT-C-AA-AA--A------ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--C-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAA
gi|50881 : AAGCCAG-GTT-ACTA-C-CA-AA--A-TACA-ACT----T--GCCAT------T--CC----AAAC--T-TCCGTGAAAA-T--TGAA-C---------AA-TC--AAGA-GCT-AAGG-ATA---A--C-----ATAA-GAATT
gi|50882 : AAACCAG-ATT-A-TT-C-AA-GA----TA---CCC----T--GC-GT------T--CC--A-GGAA--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCC-AAGA-ATA---C--A-----ATAA-CAATTAA
gi|50883 : AGCCAA-ATT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GA-AT------C--CC--C-AATT--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------GA-TC--A-GA-GCT-AAGG-CTA---C--A-----ATAA-GAATTGAA
gi|50884 : AACCAGAGTT-ACTA---AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--TCGCC-AAACCTT-T-----AAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-G--GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50885 : AACCAG-ATT-A-TA-CAAA-AA--A-TA---ACT----T--A--AT------T--CC--C-AAAC--T--------GAA-T--TGAC-C----------A-TC--A-GA--CT-AAGT-ATAAGGC--A-----ATAAGGAATTAAA
gi|50886 : G-GTT-A-TA-C--A-AA--A-TA---ACT----T--GC-TT------TTGCC--C-AATC--T-G-----AAAA-T--TGAC-T----------A-TC--A-GACGCT-AA-A-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50887 : -A-TA-C-AA-AA--AATA---ACT----T--TC--T------T--CC--C-AAAC--T-------GAAA-T--TGAC-C---------A--TC--A-GA-GCA-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50888 : -A-TA-C-CA-AGCCA-TA---ACT----C--GC-AT------T--CC--G-TAAT--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-T-ATTAAA
gi|50889 : -TA-C-AA-TA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--A-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCG-AAGG-ATA---C--A-----GTAA-GAATTAAA
gi|50890 : A-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCG-AAGGAATA---C--A-----TTAA-AAA
Alignments
lowQualScore : 1 1 4 1 3 1 22 1 444 4444 22 4 444444 22 22 1 22 1 55555 1 22 1 555555555 1 22 3 3 1 1 222 33 44444 1
lowQualScore : . . . . . . .. . ... .... .. . ...... .. .. . .. . ..... . .. . ......... . .. . . . . ... .. ..... .
lowQualScore : 7 5 4 5 0 4 00 4 555 5555 00 3 111111 00 00 4 00 4 55555 4 00 5 999999999 5 00 0 0 6 6 888 88 00000 7
consensus : CCAAGCCAG-GTT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
Reference ( family-669 ) : CCAAGCCAG-GTT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50863 : CCAAGCCAG-ATT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-TAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCC-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50864 : CCAAGCAAG-GTT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CA--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50865 : CCAAGCCAG-ATT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-ATCATGATT--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TTAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-TAATTAAA
gi|50866 : CCAAGTCAG-ATT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACTGACTT--GC-AT------C--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ACAA-GGATTAAA
gi|50867 : CCAAGCCAG-GTA-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AATC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCG-AAGG-ATA---C--AAAAAGATAA-GAATCGAA
gi|50868 : CCAAGCCAG--TT-A-TAGC-AA-AA--A-TA---ACT----T--GCCAT------T--CC--TGAAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCG-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50869 : CCAAGCCAG-GTT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-
gi|50870 : CCAAGTCAG-ATT-A-TA-C-AA-AA--T-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GC
gi|50871 : CCAAGCCAG-ATT-A-TA---GA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TTAT-C---------AA-TC--A--------AGGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAAattgaaattgaccaatcagagctaa
gi|50872 : CCAAGCCAG-GTTTA-TA-C-AATAA--A-TA---ACT----TTGGC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAATT--TGACTC---------AAGTCGTA-GA-GCCGAAGG-ATA---C--A-----A-AA-GAATTAA
gi|50873 : CCAAGCCAG-GTT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AG------T--CC--C-AAA---T-T-----GAAA-T--TGAT-C---------AA-AT--A-GATGCT-AAGG-ATA---TAAA-----AAAA-GAA-TAAA
gi|50874 : CCAAGCAAG-GTG-A-TA-A-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--A-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-CAATCAGACAAA-TC--A-GA-GCT-AAAG-ATA---C--A-----ACGA-
gi|50875 : CCAAGCCAG-GTT-A-TA-CAAA-AA--A-TA---ACTC---T--GC-AT------T--CC--C--AAC--TAT-----GAAA-T----GC-A---------AA-TC--A-GA-GTT-TAAG-A-A---C--A-----AAAA-GAATTAA
gi|50876 : CCAAGCCAG-ATT-A-TA-C-AA-AA--A-TAATTACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAGA-
gi|50877 : CAAGCCAG-GTT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AG-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----AT
gi|50878 : CAAGCCAG-GTT-A-TA-C-AA-AA----TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-TAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-ACT-AAGG--TA---CA-A-----ATAA-GAATTGAA
gi|50879 : CAAGGCAG-GTT-ACTA-C-AA-AA----TA---ACT----T--GCCAT------T--CC--C-AAAC--T-TCC---GAAA-TATTGAC-----------AA-TC--AAGA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAC-AAATTA
gi|50880 : AAGCCAG-GTT-A-TT-C-AA-AA--A------ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--C-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAA
gi|50881 : AAGCCAG-GTT-ACTA-C-CA-AA--A-TACA-ACT----T--GCCAT------T--CC----AAAC--T-TCCGTGAAAA-T--TGAA-C---------AA-TC--AAGA-GCT-AAGG-ATA---A--C-----ATAA-GAATT
gi|50882 : AAACCAG-ATT-A-TT-C-AA-GA----TA---CCC----T--GC-GT------T--CC--A-GGAA--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCC-AAGA-ATA---C--A-----ATAA-CAATTAA
gi|50883 : AGCCAA-ATT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GA-AT------C--CC--C-AATT--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------GA-TC--A-GA-GCT-AAGG-CTA---C--A-----ATAA-GAATTGAA
gi|50884 : AACCAGAGTT-ACTA---AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--TCGCC-AAACCTT-T-----AAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-G--GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50885 : AACCAG-ATT-A-TA-CAAA-AA--A-TA---ACT----T--A--AT------T--CC--C-AAAC--T--------GAA-T--TGAC-C----------A-TC--A-GA--CT-AAGT-ATAAGGC--A-----ATAAGGAATTAAA
gi|50886 : G-GTT-A-TA-C--A-AA--A-TA---ACT----T--GC-TT------TTGCC--C-AATC--T-G-----AAAA-T--TGAC-T----------A-TC--A-GACGCT-AA-A-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50887 : -A-TA-C-AA-AA--AATA---ACT----T--TC--T------T--CC--C-AAAC--T-------GAAA-T--TGAC-C---------A--TC--A-GA-GCA-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50888 : -A-TA-C-CA-AGCCA-TA---ACT----C--GC-AT------T--CC--G-TAAT--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-T-ATTAAA
gi|50889 : -TA-C-AA-TA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--A-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCG-AAGG-ATA---C--A-----GTAA-GAATTAAA
gi|50890 : A-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCG-AAGGAATA---C--A-----TTAA-AAA
blockSeqs : A T C G A T CC A ATT GACT TG C CATGAT TG GC G CT A CCGTG T AT T AATCAGACA G GT A T G A AGG AA AAAAG G
blockSeqs : . . C . A . . . CA C . C . . . . . . CC . . . . . . A C . . . A . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CCAAGCCAG-GTT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
finalCons : CCAAGCCAG-GTT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
Alignments
lowQualScore : 1 1 4 1 3 1 22 1 444 4444 22 4 444444 22 22 1 22 1 55555 1 22 1 555555555 1 22 3 3 1 1 222 33 44444 1
lowQualScore : . . . . . . .. . ... .... .. . ...... .. .. . .. . ..... . .. . ......... . .. . . . . ... .. ..... .
lowQualScore : 7 5 4 5 0 4 00 4 555 5555 00 3 111111 00 00 4 00 4 55555 4 00 5 999999999 5 00 0 0 6 6 888 88 00000 7
consensus : CCAAGCCAG-GTT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
Reference ( family-669 ) : CCAAGCCAG-GTT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50863 : CCAAGCCAG-ATT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-TAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCC-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50864 : CCAAGCAAG-GTT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CA--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50865 : CCAAGCCAG-ATT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-ATCATGATT--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TTAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-TAATTAAA
gi|50866 : CCAAGTCAG-ATT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACTGACTT--GC-AT------C--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ACAA-GGATTAAA
gi|50867 : CCAAGCCAG-GTA-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AATC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCG-AAGG-ATA---C--AAAAAGATAA-GAATCGAA
gi|50868 : CCAAGCCAG--TT-A-TAGC-AA-AA--A-TA---ACT----T--GCCAT------T--CC--TGAAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCG-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50869 : CCAAGCCAG-GTT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-
gi|50870 : CCAAGTCAG-ATT-A-TA-C-AA-AA--T-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GC
gi|50871 : CCAAGCCAG-ATT-A-TA---GA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TTAT-C---------AA-TC--A--------AGGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAAattgaaattgaccaatcagagctaa
gi|50872 : CCAAGCCAG-GTTTA-TA-C-AATAA--A-TA---ACT----TTGGC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAATT--TGACTC---------AAGTCGTA-GA-GCCGAAGG-ATA---C--A-----A-AA-GAATTAA
gi|50873 : CCAAGCCAG-GTT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AG------T--CC--C-AAA---T-T-----GAAA-T--TGAT-C---------AA-AT--A-GATGCT-AAGG-ATA---TAAA-----AAAA-GAA-TAAA
gi|50874 : CCAAGCAAG-GTG-A-TA-A-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--A-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-CAATCAGACAAA-TC--A-GA-GCT-AAAG-ATA---C--A-----ACGA-
gi|50875 : CCAAGCCAG-GTT-A-TA-CAAA-AA--A-TA---ACTC---T--GC-AT------T--CC--C--AAC--TAT-----GAAA-T----GC-A---------AA-TC--A-GA-GTT-TAAG-A-A---C--A-----AAAA-GAATTAA
gi|50876 : CCAAGCCAG-ATT-A-TA-C-AA-AA--A-TAATTACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAGA-
gi|50877 : CAAGCCAG-GTT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AG-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----AT
gi|50878 : CAAGCCAG-GTT-A-TA-C-AA-AA----TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-TAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-ACT-AAGG--TA---CA-A-----ATAA-GAATTGAA
gi|50879 : CAAGGCAG-GTT-ACTA-C-AA-AA----TA---ACT----T--GCCAT------T--CC--C-AAAC--T-TCC---GAAA-TATTGAC-----------AA-TC--AAGA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAC-AAATTA
gi|50880 : AAGCCAG-GTT-A-TT-C-AA-AA--A------ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--C-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAA
gi|50881 : AAGCCAG-GTT-ACTA-C-CA-AA--A-TACA-ACT----T--GCCAT------T--CC----AAAC--T-TCCGTGAAAA-T--TGAA-C---------AA-TC--AAGA-GCT-AAGG-ATA---A--C-----ATAA-GAATT
gi|50882 : AAACCAG-ATT-A-TT-C-AA-GA----TA---CCC----T--GC-GT------T--CC--A-GGAA--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCC-AAGA-ATA---C--A-----ATAA-CAATTAA
gi|50883 : AGCCAA-ATT-A-TA-C-AA-AA--A-TA---ACT----T--GA-AT------C--CC--C-AATT--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------GA-TC--A-GA-GCT-AAGG-CTA---C--A-----ATAA-GAATTGAA
gi|50884 : AACCAGAGTT-ACTA---AA-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--TCGCC-AAACCTT-T-----AAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-G--GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50885 : AACCAG-ATT-A-TA-CAAA-AA--A-TA---ACT----T--A--AT------T--CC--C-AAAC--T--------GAA-T--TGAC-C----------A-TC--A-GA--CT-AAGT-ATAAGGC--A-----ATAAGGAATTAAA
gi|50886 : G-GTT-A-TA-C--A-AA--A-TA---ACT----T--GC-TT------TTGCC--C-AATC--T-G-----AAAA-T--TGAC-T----------A-TC--A-GACGCT-AA-A-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50887 : -A-TA-C-AA-AA--AATA---ACT----T--TC--T------T--CC--C-AAAC--T-------GAAA-T--TGAC-C---------A--TC--A-GA-GCA-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-GAATTAAA
gi|50888 : -A-TA-C-CA-AGCCA-TA---ACT----C--GC-AT------T--CC--G-TAAT--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCT-AAGG-ATA---C--A-----ATAA-T-ATTAAA
gi|50889 : -TA-C-AA-TA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--A-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCG-AAGG-ATA---C--A-----GTAA-GAATTAAA
gi|50890 : A-AA--A-TA---ACT----T--GC-AT------T--CC--C-AAAC--T-T-----GAAA-T--TGAC-C---------AA-TC--A-GA-GCG-AAGGAATA---C--A-----TTAA-AAA