lowQualScore : 2 11 222222222222222222 222222222 111111111111111
lowQualScore : 2 333 1 33 3333 44 22 22 555555555555555555 22 3333 1 22 222222222 1 2 1 444444 222 222 33333 888888888888888 1 2 0 1 55555 3333 777777 4 2
lowQualScore : . ... . .. .... .. .. .. .................. .. .... . .. ......... . . . ...... ... ... ..... ............... . . . . ..... .... ...... . .
lowQualScore : 7 333 9 99 5555 00 33 33 222222222222222222 22 4444 6 11 999999999 4 9 4 000000 444 444 44444 999999999999999 4 8 4 4 44444 4444 444444 8 1
consensus : TTTAAGGGGTATTT---T-TAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------C--A-------A--CA----CG-TCTG--TTGTCATTCTA---------A-ATCA-CGT-G------ATG---TA---AA-----AT-----GTC------CGAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTT------CANA-GCGCAGT
Reference ( gi|32723 ) : TTTAAGTGGTATTT---T-TAG-AAGT----TT--C--TA--CA-------T--A-------A--CA----CG-TCTG--TTGTCATTCTA---------A-ATCA-CGT-G------ATG---TA---AA-----AT-----TTC------CGAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTT------CATA-GCGCAGT
gi|32722 : TTCAAGGGGTATTT---T-TAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------T--ACATTGTAA--CA----CG-TCTG--TTGTCATTCTACATCACCATG-ATCA-CGT-T------ATG---TA---AA-----AT-----GTC-------GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTT------GACA-GCGCAGT
gi|32717 : TTTAAGGGGTATTT---T-TAA-AAGT----TT--C--TA--CA-------A--A-------AAACATGTTCG-TCTG--TTGCCATTCTA---------A-TTCA-CGT-G------ATG---TA---AA-----AT-----GTC------CGAG-T-CAACTT-TAAG-----AAA----CATTTAAATTCCGGATGATCTT------CATA-ct
gi|32718 : TTTAAGGGGTATGC---A-TATCAAGT----TT--C--TA--CA-------C--A-------A--CA----CA-TCTG--TTGTCATTCTA---------A-ATCA-CGT-G------ATG---TA---AA-----AT-----GTC------CGAG-T-CAACAT-GAAG-----AAG----C-CTTGAATTCCGGATGATCTT------AAAA-GCGAAGT
gi|32726 : TTCAAGGGGTATTCATGT-TAT-AACT----TT--C--TA--CA-------C--A-------A--TA----CA-TCTG--TTGTCATTCTA---------A-AACA-AGT-G------ATG---TA---AA-----AT-----GCC------CGAG-T-C--CTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTTCATACACATA-GCGCAGT
gi|32716 : TTCAAG-GGTATTT---T-TAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------T--ACATTGTAA--CA----CG-TCTG--TTGTCATTCTACATCACCATG-ATCA-CGTTA------ATG---TA---AA-----AT-----GTC-------GAG-T-CAGCTT--AAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTT------GACA-GCGCAGT
gi|32715 : tTTCAAG-GGTATTT---T-TAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------T--ACATTGTAA--CA----CG-TCTG--TTGTCATTCTACATCACCATG-ATCA-CGT-T------ATG---TA---AA-----AT-----GT-------CGAG-T-CAGCTT--AAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGA-CTT------GACA-GCGCAGTct
gi|32714 : tTTCAAG-GGTATTT---T-TAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------T--ACATTGTAA--CA----CG-TCTG--TTGTCATTCTACATCACCATG-ATCA-CGT-T------ATG---TA---AA-----AT-----GT-------CGAG-T-CAGCTT--AAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGA-CTT------GACA-GCGCAGTct
gi|32720 : tTTTAAA-GG-ATTT---T-TAT-AAATAACTTT--C--AA--AA-------C--A-------A--TA----TG-TCCG--TCGTAATTCAA---------A-ATCA-CGT-ACATGTAATG---TA---AA-----AT-----ATC------CGAG-T-CAGCTC-CAAG-----AAA----CCTTTAAATTCCAGATGATTTT------CATA-GAGCTGTct
gi|32721 : TTTAAAGGGTATCA---T-AAT-AATT----TT--CCTTA--CAGAGAAAAC--A-------A--CA----CC-TTTG--CTCTCATTCAA---------A-AT--------------ATGCCTTA---AA-----AT-----TT--------GAAAT-CAGCAT-GAAG-----AGC----CTTTTGAATTCGGGATGATCTTG-----CA-A-GTGCTGT
gi|32724 : TTAAAGGGTATTT---T-TAT-GTGT----TT--C--TA--CT-------C--A-------A--AT----CA-TATG--TTGTAATTTTA---------A-ATCA-CGT-G------ATG---TA---AA-----AT-----GTC------CTAG-T-CAGCTT-GAGG-----AAA----CTTTTGAATTACGGATAAATTT------CAAA-GCGCAGT
gi|32725 : TTAAAGGGTATTT---T-TAT-GTGT----TT--C--TA--CT-------C--A-------A--AA----CAAT-----TTGTAATTTTA---------AGATCAACGT-G------ATG---TA---AA-----AG-----T-C------CTAG-TTCAGCTT-GAGG-----AAA----CTTTTGAATTACGGATAATTTT------CAAATGCGCAGT
gi|32727 : TTGAGGAGTATTT---A-GAC-AAGT----TT--C--TATACA-------C--A-------A--CA----AC-TTTG--CTGTCGTTCTA---------C-ATCA-TGT-G------ATG---TA---AA-----AT-----------------G-T-CAGGAT-GAAG-----AAA----CCTTTGAATTCTAGATAATCTC------CAGA-GCAAAGT
gi|32729 : AGGGGTATTT---A-AAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------T-------------------------------------TA---------A-ATCA-CAT-T------ATG---TA---AA-----AT-----GTC------AGAG-T-CAGCT
gi|32731 : GGTATTT---A-TAT-AAGT----CT-----TA--CA-------C--A-------A--TA----CG-TTTG--TTGTCATTCTA---------A-ATCA-CGT-G------ATG---TA---AA-----AT-----GTC------CGAG-T-CAGCCC-AAAG-----AAA----CATTTGAATTTCGAATGATCTT------CAAA-GCGCGGTgnttaaagtttctacattaaatcagtttatcacattatgtaaaatgtcagagtcagct
gi|32730 : GGGATTT---TGTAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------C--A----------CA----TG-TCTG--TTATCATTCTA---------A-ATCACCGT-G-------TG---TA---AA-----ATGC---TCC------CGAG-T-AGACTTGGAAGA----AAA----CTTTTGAATTCCGG-TGATCTT------CATA-GCGCA
gi|32732 : aGGTATTT---A--AT-AAGT----TT--C--TA--------------A-------A--CA----CG-TCTG--GTGTCACTCTA---------A-ATCA-CGT-G------ATA---TA---AA-----AT-----GTC------CGAG-T-CAGTAT-GAAG-----
gi|32733 : TATTT---T-TAT-AAGA----TCA-C--TA--CA-------C--A-------G--CA----CG-TCTA--TTGTTACTTTA---------A-ATCA-TGT-G------ATG---TA---AA-----A------TGC------CGAG-T-CAGCTT-AAgtttctga
gi|32737 : TT---T-GAT-AAGT----TT--C--TC--CA-------C--A-------A--CT----CG-TTAGAATTATCATTCTA---------A-ATCA-CGT-G------ATG---TA---AA-----AT-----GTC------CTAG-T-CAGCAT-GAAAGAACCAAA----CCTTTCAATTCCGGATTATCTT------
gi|32736 : TT---T-TAT-AAGA----TCACC--TA---A-------C--A-------G--CA----CG-TCTA--TTGTTACTTTA---------A-ATCA-TGT-G------ATG---TA---AA-----A------TGC------CGAG-T-CAGCTT-AA
gi|32719 : T---T-TAG---TT----TT--C--TA--CA-------T--G-------A--CA----CG-TCTG--TTGTCATTCTA---------A-ATCA-CAT-G------ATG---TA---AA-----AT-----GTC------CAAG-T-CAGTTA-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGAATTATTTT------CATA-TCGCAGT
gi|32728 : tttagaggttaaT---T-CAG-AAGT----TT--T--TT--CA----------A-------G--C-----TG-ACT---TGGACATTCTA---------C-ATCA-CGT-G------ATT---TA---GA-----AT-----GCCAACAGACGTG-T-T-GCAT-GTAG-----AAA----CTT
gi|32728 : caagcatacctttaagggat-AAGT----TT--C--TA--CA-------TGCA-------A--CA----CG-TCTG--TTGGCATTCTA---------A-ATCA-CGT-G------ATG---TA---GA-----AT-----GTC------CAAG-T-CAGCTT-GAAA-----AAA----CTTCTGAATTCCGGATGATCTT------ttccggatgatctt
gi|32735 : caagcatacctttaagggat-AAGT----TT--C--AA--CA-------C--A-------A--CA----CG-TCTG--TTGTCATTCAA---------A-ATCA-CGT-G------ATG---TA---AA-----AT-----GTG------CGTG-T-CAGCAA-AAAG-----AAA----CCCTTGAATTCTG
gi|32734 : tttatgtGT----TT--C--TA--CA-------T--A-------A--CA----TG-CCTG--TTTTCATTCAG---------A-ATCA-CGT-G------ATG---TA---AG-----ATA----TT--------GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----GTGGTGAATTTAGGATGATCTT------CATG-GCGCAG
gi|32739 : attgtgatat--A-------G--CA----CG-ATCG--CTGTCATTCTA---------A-GTCA-CGT-G------ATG---CA---AA-----AT-----GTC------TGAG-TGAAGCAT-GAAG-----AAA----CCTTTGATTTCTGGATGA
gi|32738 : TG--TTGCCATTCTG---------G-ATCA-CAT-G------ATG---TATTTAATGTTTAT-----TTT-------GAG-T-CAACAT-AAAG-----AAA----CGCTGGAATTCCGGATGATCTT------CAAA-GCGCAGT
gi|32724 : tacgagtatatactagtacattatgtagatacatgtaagCATTTTA---------C-ATCA-CGT-G------ATT---TA---AA-----AT-----T
gi|32737 : ttaaagggtatttttatgtgtttctactcaaatcatatgttgtCATTTTA---------C-ATCA-CGT-G------ATT---TA---GA-----ATGATAATTCTAA---CGAG-T-TG---T-GGAG-----AAA----CTTtcctagtcagcttgaggaaacttttgaattacggataaatttcaaagcgcagt
gi|32740 : tttgatT-G------ATG---TA---AA-----AT-----GTC-------GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCAGATGATCTT------TATA-GCACAtcctagtcagcatgaaagaaccaaacctttcaattccggattatctt
gi|32741 : ccagatc------CGAA-T-CAGCTT-GAAA-----AAAAAATCTTTTGAATTCCGGATGATCTT------CATA-GCGCA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222 222222222
lowQualScore : 222 0 1 3333 55 22 22 0000000000000000 22 3333 1 22 333333333 1 1 1 1 444444 222 22 22 333333 1 1 11 55555 3333 555555 1 2
lowQualScore : ... . . .... .. .. .. ................ .. .... . .. ......... . . . . ...... ... .. .. ...... . . .. ..... .... ...... . .
lowQualScore : 888 8 6 4444 44 22 22 0000000000000000 11 3333 5 00 777777777 5 5 5 4 111111 555 00 00 777777 4 4 99 66666 5555 222222 0 0
consensus : TTTAAGGGGTATTT---TTAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------CA-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTT------CANA-GCGCAGT
Reference ( family-667 ) : TTTAAGGGGTATTT---TTAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------CA-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTT------CANA-GCGCAGT
gi|32714 : TTTCAAGGGTATTT---TTAT-AAGT----TT--C--TA--CATACATTGTA-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTACATCACCATG-ATC-A-CGT-T------ATG---TAA--AATG--T-C-----GAG-T-CAGCTT--AAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGA-CTT------GACA-GCGCAGT
gi|32715 : TTTCAAGGGTATTT---TTAT-AAGT----TT--C--TA--CATACATTGTA-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTACATCACCATG-ATC-A-CGT-T------ATG---TAA--AATG--T-C-----GAG-T-CAGCTT--AAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGA-CTT------GACA-GCGCAGTct
gi|32716 : TTTCAAGGGTATTT---TTAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------TACATTGTAA--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTACATCACCATG-ATC-A-CGTTA------ATG---TAA--AATG--TC------GAG-T-CAGCTT--AAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTT------GACA-GCGCAGTct
gi|32717 : TTTAAGGGGTATTT---TTAA-AAGT----TT--C--TA--CA-------AA-------AAACATGTTC-GTCTG--TTGCCATTCTA---------A-TTC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----GAG-T-CAACTT-TAAG-----AAA----CATTTAAATTCCGGATGATCTT------CATA-ct
gi|32718 : TTTAAGGGGTATGC---ATATCAAGT----TT--C--TA--CA-------CA-------A--CA----C-ATCTG--TTGTCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----GAG-T-CAACAT-GAAG-----AAG----C-CTTGAATTCCGGATGATCTT------AAAA-GCGAAGT
gi|32719 : TTTAGAGGTTAATT---T-----AGT----TTT-C--TA--CA-------TG-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTA---------A-ATC-A-CAT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----AAG-T-CAGTTA-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGAATTATTTT------CATA-TCGCAGT
gi|32720 : TTTAAAGG--ATTT---TTAT-AAATAACTTT--C--AA--AA-------CA-------A--TA----T-GTCCG--TCGTAATTCAA---------A-ATC-A-CGT-ACATGTAATG---TAA--AATA--TCC-----GAG-T-CAGCTC-CAAG-----AAA----CCTTTAAATTCCAGATGATTTT------CATA-GAGCTGT
gi|32721 : TTTAAAGGGTATCA---TAAT-AATT----TT--CCTTA--CAGAGAAAACA-------A--CA----C-CTTTG--CTCTCATTCAA---------A-AT---------------ATGCCTTAA--AAT---TTG-----AAA-T-CAGCAT-GAAG-----AGC----CTTTTGAATTCGGGATGATCTT------GCAA-GTGCTGT
gi|32722 : TTCAAGGGGTATTT---TTAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------TACATTGTAA--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTACATCACCATG-ATC-A-CGT-T------ATG---TAA--AATG--TC------GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTT------GACA-GCGCAGT
gi|32723 : TTTAAGTGGTATTT---TTAG-AAGT----TT--C--TA--CA-------TA-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATT--TCC-----GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTT------CATA-GCGCAGTct
gi|32724 : TTAAAGGGTATTT---TTAT-GTGT----TT--C--TA--CT-------CA-------A--AT----C-ATATG--TTGTAATTTTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----TAG-T-CAGCTT-GAGG-----AAA----CTTTTGAATTACGGATAAATTT------CAAA-GCGCAGT
gi|32725 : TTAAAGGGTATTT---TTAT-GTGT----TT--C--TA--CT-------CA-------A--AA----CAAT-----TTGTAATTTTA---------AGATCAA-CGT-G------ATG---TAA--AA-G--TCC-----TAGTT-CAGCTT-GAGG-----AAA----CTTTTGAATTACGGATAATTTT------CAAATGCGCAGT
gi|32726 : TTCAAGGGGTATTCATGTTAT-AACT----TT--C--TA--CA-------CA-------A--TA----C-ATCTG--TTGTCATTCTA---------A-AAC-A-AGT-G------ATG---TAA--AATG--CCC-----GAG-T-C--CTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTTCATACACATA-GCGCAGT
gi|32727 : TTGAGGAGTATTT---AGAC-AAGT----TT--C--TATACA-------CA-------A--CA----A-CTTTG--CTGTCGTTCTA---------C-ATC-A-TGT-G------ATG---TAA--AAT-------------G-T-CAGGAT-GAAG-----AAA----CCTTTGAATTCTAGATAATCTC------CAGA-GCAAAGT
gi|32728 : TTTAAGGG-----------AT-AAGT----TT--C--TA--CATG-----CA-------A--CA----C-GTCTG--TTGGCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAG--AATG--TCC-----AAG-T-CAGCTT-GAAA-----AAA----CTTCTGAATTCCGGATGATCTT------
gi|32729 : caagcataccAGGGGTATTT---AAAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------T-----------------------------------TA---------A-ATC-A-CAT-T------ATG---TAA--AATG--TCA-----GAG-T-CAGCT
gi|32729 : ---TTA--AAGT----TT--C--TA--CA-------TT-------A--AA----------------TCAGTTTA------------TC-A-CAT-T------ATG---TAA--AATG--TCA-----GAG-T-CAGCTgnttaaagtttctacattaaatcagtttatcacattatgtaaaatgtcagagtcagct
gi|32730 : aggggtatttaaataagtttctacattaaatcacattatgtaaaatgtcagagtcagctgnAGGGAT-TTT---GTAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------CA----------CA----T-GTCTG--TTATCATTCTA---------A-ATC-ACCGT-G-------TG---TAA--AATGCTCCC-----GAG-T-AGACTTGGAAGA----AAA----CTTTTGAATTCCGG-TGATCTT------CATA-GCGCA
gi|32731 : GGTATTT---ATAT-AAGT----CT-----TA--CA-------CA-------A--TA----C-GTTTG--TTGTCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----GAG-T-CAGCCC-AAAG-----AAA----CATTTGAATTTCGAATGATCTT------CAAA-GCGCGGT
gi|32732 : GGTATTT---A-AT-AAGT----TT--C--TA------------A-------A--CA----C-GTCTG--GTGTCACTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATA---TAA--AATG--TCC-----GAG-T-CAGTAT-GAAG-----
gi|32733 : TATTT---TTAT-AAGA----TCA-C--TA--CA-------CA-------G--CA----C-GTCTA--TTGTTACTTTA---------A-ATC-A-TGT-G------ATG---TAA--AATG---CC-----GAG-T-CAGCTT-AAgtttctga
gi|32734 : ATTG---TGAT-ATGT----TT--C--TA--CA-------TA-------A--CA----T-GCCTG--TTTTCATTCAG---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--GATA--T-T-----GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----GTGGTGAATTTAGGATGATCTT------CATG-GCGCAG
gi|32735 : TTT---ATGT-AAGT----TT--C--AA--CA-------CA-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCAA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TGC-----GTG-T-CAGCAA-AAAG-----AAA----CCCTTGAATTCTG
gi|32736 : TT---TTAT-AAGA----TCACC--TA---A-------CA-------G--CA----C-GTCTA--TTGTTACTTTA---------A-ATC-A-TGT-G------ATG---TAA--AATG---CC-----GAG-T-CAGCTT-AA
gi|32737 : TT---TGAT-AAGT----TT--C--TC--CA-------CA-------A--CT----C-GTTAGAATTATCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----TAG-T-CAGCAT-GAAAGAACCAAA----CCTTTCAATTCCGGATTATCTT------
gi|32738 : TG--TTGCCATTCTG---------G-ATC-A-CAT-G------ATG---TATTTAATG--TTTATTTTGAG-T-CAACAT-AAAG-----AAA----CGCTGGAATTCCGGATGATCTT------CAAA-GCGCAGT
gi|32739 : tacgagtatatactagtacattatgtagatacatgtaagA-------G--CA----C-GATCG--CTGTCATTCTA---------A-GTC-A-CGT-G------ATG---CAA--AATG--TCT-----GAG-TGAAGCAT-GAAG-----AAA----CCTTTGATTTCTGGATGA
gi|32740 : T-G------ATG---TAA--AATG--TC------GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCAGATGATCTT------TATA-GCACA
gi|32741 : ccagatcC-----GAA-T-CAGCTT-GAAA-----AAAAAATCTTTTGAATTCCGGATGATCTT------CATA-GCGCA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222 222222222
lowQualScore : 222 0 1 3333 55 22 22 0000000000000000 22 3333 1 22 333333333 1 1 1 1 444444 222 22 22 333333 1 1 11 55555 3333 555555 1 2
lowQualScore : ... . . .... .. .. .. ................ .. .... . .. ......... . . . . ...... ... .. .. ...... . . .. ..... .... ...... . .
lowQualScore : 888 8 6 4444 44 22 22 0000000000000000 11 3333 5 00 777777777 5 5 5 4 111111 555 00 00 777777 4 4 99 66666 5555 222222 0 0
consensus : TTTAAGGGGTATTT---TTAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------CA-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTT------CANA-GCGCAGT
Reference ( family-667 ) : TTTAAGGGGTATTT---TTAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------CA-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTT------CANA-GCGCAGT
gi|32714 : TTTCAAGGGTATTT---TTAT-AAGT----TT--C--TA--CATACATTGTA-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTACATCACCATG-ATC-A-CGT-T------ATG---TAA--AATG--T-C-----GAG-T-CAGCTT--AAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGA-CTT------GACA-GCGCAGT
gi|32715 : TTTCAAGGGTATTT---TTAT-AAGT----TT--C--TA--CATACATTGTA-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTACATCACCATG-ATC-A-CGT-T------ATG---TAA--AATG--T-C-----GAG-T-CAGCTT--AAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGA-CTT------GACA-GCGCAGTct
gi|32716 : TTTCAAGGGTATTT---TTAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------TACATTGTAA--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTACATCACCATG-ATC-A-CGTTA------ATG---TAA--AATG--TC------GAG-T-CAGCTT--AAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTT------GACA-GCGCAGTct
gi|32717 : TTTAAGGGGTATTT---TTAA-AAGT----TT--C--TA--CA-------AA-------AAACATGTTC-GTCTG--TTGCCATTCTA---------A-TTC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----GAG-T-CAACTT-TAAG-----AAA----CATTTAAATTCCGGATGATCTT------CATA-ct
gi|32718 : TTTAAGGGGTATGC---ATATCAAGT----TT--C--TA--CA-------CA-------A--CA----C-ATCTG--TTGTCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----GAG-T-CAACAT-GAAG-----AAG----C-CTTGAATTCCGGATGATCTT------AAAA-GCGAAGT
gi|32719 : TTTAGAGGTTAATT---T-----AGT----TTT-C--TA--CA-------TG-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTA---------A-ATC-A-CAT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----AAG-T-CAGTTA-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGAATTATTTT------CATA-TCGCAGT
gi|32720 : TTTAAAGG--ATTT---TTAT-AAATAACTTT--C--AA--AA-------CA-------A--TA----T-GTCCG--TCGTAATTCAA---------A-ATC-A-CGT-ACATGTAATG---TAA--AATA--TCC-----GAG-T-CAGCTC-CAAG-----AAA----CCTTTAAATTCCAGATGATTTT------CATA-GAGCTGT
gi|32721 : TTTAAAGGGTATCA---TAAT-AATT----TT--CCTTA--CAGAGAAAACA-------A--CA----C-CTTTG--CTCTCATTCAA---------A-AT---------------ATGCCTTAA--AAT---TTG-----AAA-T-CAGCAT-GAAG-----AGC----CTTTTGAATTCGGGATGATCTT------GCAA-GTGCTGT
gi|32722 : TTCAAGGGGTATTT---TTAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------TACATTGTAA--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTACATCACCATG-ATC-A-CGT-T------ATG---TAA--AATG--TC------GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTT------GACA-GCGCAGT
gi|32723 : TTTAAGTGGTATTT---TTAG-AAGT----TT--C--TA--CA-------TA-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATT--TCC-----GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTT------CATA-GCGCAGTct
gi|32724 : TTAAAGGGTATTT---TTAT-GTGT----TT--C--TA--CT-------CA-------A--AT----C-ATATG--TTGTAATTTTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----TAG-T-CAGCTT-GAGG-----AAA----CTTTTGAATTACGGATAAATTT------CAAA-GCGCAGT
gi|32725 : TTAAAGGGTATTT---TTAT-GTGT----TT--C--TA--CT-------CA-------A--AA----CAAT-----TTGTAATTTTA---------AGATCAA-CGT-G------ATG---TAA--AA-G--TCC-----TAGTT-CAGCTT-GAGG-----AAA----CTTTTGAATTACGGATAATTTT------CAAATGCGCAGT
gi|32726 : TTCAAGGGGTATTCATGTTAT-AACT----TT--C--TA--CA-------CA-------A--TA----C-ATCTG--TTGTCATTCTA---------A-AAC-A-AGT-G------ATG---TAA--AATG--CCC-----GAG-T-C--CTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTTCATACACATA-GCGCAGT
gi|32727 : TTGAGGAGTATTT---AGAC-AAGT----TT--C--TATACA-------CA-------A--CA----A-CTTTG--CTGTCGTTCTA---------C-ATC-A-TGT-G------ATG---TAA--AAT-------------G-T-CAGGAT-GAAG-----AAA----CCTTTGAATTCTAGATAATCTC------CAGA-GCAAAGT
gi|32728 : TTTAAGGG-----------AT-AAGT----TT--C--TA--CATG-----CA-------A--CA----C-GTCTG--TTGGCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAG--AATG--TCC-----AAG-T-CAGCTT-GAAA-----AAA----CTTCTGAATTCCGGATGATCTT------
gi|32729 : caagcataccAGGGGTATTT---AAAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------T-----------------------------------TA---------A-ATC-A-CAT-T------ATG---TAA--AATG--TCA-----GAG-T-CAGCT
gi|32729 : ---TTA--AAGT----TT--C--TA--CA-------TT-------A--AA----------------TCAGTTTA------------TC-A-CAT-T------ATG---TAA--AATG--TCA-----GAG-T-CAGCTgnttaaagtttctacattaaatcagtttatcacattatgtaaaatgtcagagtcagct
gi|32730 : aggggtatttaaataagtttctacattaaatcacattatgtaaaatgtcagagtcagctgnAGGGAT-TTT---GTAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------CA----------CA----T-GTCTG--TTATCATTCTA---------A-ATC-ACCGT-G-------TG---TAA--AATGCTCCC-----GAG-T-AGACTTGGAAGA----AAA----CTTTTGAATTCCGG-TGATCTT------CATA-GCGCA
gi|32731 : GGTATTT---ATAT-AAGT----CT-----TA--CA-------CA-------A--TA----C-GTTTG--TTGTCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----GAG-T-CAGCCC-AAAG-----AAA----CATTTGAATTTCGAATGATCTT------CAAA-GCGCGGT
gi|32732 : GGTATTT---A-AT-AAGT----TT--C--TA------------A-------A--CA----C-GTCTG--GTGTCACTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATA---TAA--AATG--TCC-----GAG-T-CAGTAT-GAAG-----
gi|32733 : TATTT---TTAT-AAGA----TCA-C--TA--CA-------CA-------G--CA----C-GTCTA--TTGTTACTTTA---------A-ATC-A-TGT-G------ATG---TAA--AATG---CC-----GAG-T-CAGCTT-AAgtttctga
gi|32734 : ATTG---TGAT-ATGT----TT--C--TA--CA-------TA-------A--CA----T-GCCTG--TTTTCATTCAG---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--GATA--T-T-----GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----GTGGTGAATTTAGGATGATCTT------CATG-GCGCAG
gi|32735 : TTT---ATGT-AAGT----TT--C--AA--CA-------CA-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCAA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TGC-----GTG-T-CAGCAA-AAAG-----AAA----CCCTTGAATTCTG
gi|32736 : TT---TTAT-AAGA----TCACC--TA---A-------CA-------G--CA----C-GTCTA--TTGTTACTTTA---------A-ATC-A-TGT-G------ATG---TAA--AATG---CC-----GAG-T-CAGCTT-AA
gi|32737 : TT---TGAT-AAGT----TT--C--TC--CA-------CA-------A--CT----C-GTTAGAATTATCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----TAG-T-CAGCAT-GAAAGAACCAAA----CCTTTCAATTCCGGATTATCTT------
gi|32738 : TG--TTGCCATTCTG---------G-ATC-A-CAT-G------ATG---TATTTAATG--TTTATTTTGAG-T-CAACAT-AAAG-----AAA----CGCTGGAATTCCGGATGATCTT------CAAA-GCGCAGT
gi|32739 : tacgagtatatactagtacattatgtagatacatgtaagA-------G--CA----C-GATCG--CTGTCATTCTA---------A-GTC-A-CGT-G------ATG---CAA--AATG--TCT-----GAG-TGAAGCAT-GAAG-----AAA----CCTTTGATTTCTGGATGA
gi|32740 : T-G------ATG---TAA--AATG--TC------GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCAGATGATCTT------TATA-GCACA
gi|32741 : ccagatcC-----GAA-T-CAGCTT-GAAA-----AAAAAATCTTTTGAATTCCGGATGATCTT------CATA-GCGCA
blockSeqs : ATG C AACT AC CT TA TACATTGTA AA TGTT A AA CATCACCAT G A C T CATGTA CCT TT CT TATTTT T G GG GAACC AAAT CATACA C T
blockSeqs : . . . T . . TACATTGTA . . . . CATCACCAT . . . . . . . . C . . T A . . C .
blockSeqs : . . . A . . GAGAAAACA . . . . CATCACCAT . . . . . . . . C . . G . . . T .
blockSeqs : . . . . . . TACATTGTA . . . . . . . . . . . . . C . . G . . . A .
blockSeqs : . . . . . . TGCA . . . . . . . . . . . . . C . . C . . . T .
blockSeqs : . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . C . . G . . . T .
blockSeqs : . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . G . . G . . . A .
blockSeqs : . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . C . . G . . . C .
blockSeqs : . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . C . . G . . . T .
blockSeqs : . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . C . . G . . . A .
blockSeqs : . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . C . . G . . . A .
blockSeqs : . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . C . . G . . . T .
blockSeqs : . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . A . . G . . . G .
blockSeqs : . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . A . . A . . . T .
blockSeqs : . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . C . . G . . . A .
blockSeqs : . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . C . . A . . . T .
blockSeqs : . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . C . . G . . . A .
blockSeqs : . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . C . . A . . . T .
blockSeqs : . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . T .
blockSeqs : . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . C . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . C . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . C . . G . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . T . . G . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . C . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : CA************** ********* G*
originalCons : TTTAAGGGGTATTT---TTAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------CA-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTT------CANA-GCGCAGT
finalCons : TTTAAGGGGTATTT---TTAT-AAGT----TT--C--TA--CACA--------------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----GAG-T-CAGCTTG-AAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTT------CANA-GCGCAGT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222 222222222
lowQualScore : 222 0 1 3333 55 22 22 0000000000000000 22 3333 1 22 333333333 1 1 1 1 444444 222 22 22 333333 1 1 11 55555 3333 555555 1 2
lowQualScore : ... . . .... .. .. .. ................ .. .... . .. ......... . . . . ...... ... .. .. ...... . . .. ..... .... ...... . .
lowQualScore : 888 8 6 4444 44 22 22 0000000000000000 11 3333 5 00 777777777 5 5 5 4 111111 555 00 00 777777 4 4 99 66666 5555 222222 0 0
consensus : TTTAAGGGGTATTT---TTAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------CA-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTT------CANA-GCGCAGT
Reference ( family-667 ) : TTTAAGGGGTATTT---TTAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------CA-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTT------CANA-GCGCAGT
gi|32714 : TTTCAAGGGTATTT---TTAT-AAGT----TT--C--TA--CATACATTGTA-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTACATCACCATG-ATC-A-CGT-T------ATG---TAA--AATG--T-C-----GAG-T-CAGCTT--AAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGA-CTT------GACA-GCGCAGT
gi|32715 : TTTCAAGGGTATTT---TTAT-AAGT----TT--C--TA--CATACATTGTA-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTACATCACCATG-ATC-A-CGT-T------ATG---TAA--AATG--T-C-----GAG-T-CAGCTT--AAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGA-CTT------GACA-GCGCAGTct
gi|32716 : TTTCAAGGGTATTT---TTAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------TACATTGTAA--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTACATCACCATG-ATC-A-CGTTA------ATG---TAA--AATG--TC------GAG-T-CAGCTT--AAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTT------GACA-GCGCAGTct
gi|32717 : TTTAAGGGGTATTT---TTAA-AAGT----TT--C--TA--CA-------AA-------AAACATGTTC-GTCTG--TTGCCATTCTA---------A-TTC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----GAG-T-CAACTT-TAAG-----AAA----CATTTAAATTCCGGATGATCTT------CATA-ct
gi|32718 : TTTAAGGGGTATGC---ATATCAAGT----TT--C--TA--CA-------CA-------A--CA----C-ATCTG--TTGTCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----GAG-T-CAACAT-GAAG-----AAG----C-CTTGAATTCCGGATGATCTT------AAAA-GCGAAGT
gi|32719 : TTTAGAGGTTAATT---T-----AGT----TTT-C--TA--CA-------TG-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTA---------A-ATC-A-CAT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----AAG-T-CAGTTA-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGAATTATTTT------CATA-TCGCAGT
gi|32720 : TTTAAAGG--ATTT---TTAT-AAATAACTTT--C--AA--AA-------CA-------A--TA----T-GTCCG--TCGTAATTCAA---------A-ATC-A-CGT-ACATGTAATG---TAA--AATA--TCC-----GAG-T-CAGCTC-CAAG-----AAA----CCTTTAAATTCCAGATGATTTT------CATA-GAGCTGT
gi|32721 : TTTAAAGGGTATCA---TAAT-AATT----TT--CCTTA--CAGAGAAAACA-------A--CA----C-CTTTG--CTCTCATTCAA---------A-AT---------------ATGCCTTAA--AAT---TTG-----AAA-T-CAGCAT-GAAG-----AGC----CTTTTGAATTCGGGATGATCTT------GCAA-GTGCTGT
gi|32722 : TTCAAGGGGTATTT---TTAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------TACATTGTAA--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTACATCACCATG-ATC-A-CGT-T------ATG---TAA--AATG--TC------GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTT------GACA-GCGCAGT
gi|32723 : TTTAAGTGGTATTT---TTAG-AAGT----TT--C--TA--CA-------TA-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATT--TCC-----GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTT------CATA-GCGCAGTct
gi|32724 : TTAAAGGGTATTT---TTAT-GTGT----TT--C--TA--CT-------CA-------A--AT----C-ATATG--TTGTAATTTTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----TAG-T-CAGCTT-GAGG-----AAA----CTTTTGAATTACGGATAAATTT------CAAA-GCGCAGT
gi|32725 : TTAAAGGGTATTT---TTAT-GTGT----TT--C--TA--CT-------CA-------A--AA----CAAT-----TTGTAATTTTA---------AGATCAA-CGT-G------ATG---TAA--AA-G--TCC-----TAGTT-CAGCTT-GAGG-----AAA----CTTTTGAATTACGGATAATTTT------CAAATGCGCAGT
gi|32726 : TTCAAGGGGTATTCATGTTAT-AACT----TT--C--TA--CA-------CA-------A--TA----C-ATCTG--TTGTCATTCTA---------A-AAC-A-AGT-G------ATG---TAA--AATG--CCC-----GAG-T-C--CTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCGGATGATCTTCATACACATA-GCGCAGT
gi|32727 : TTGAGGAGTATTT---AGAC-AAGT----TT--C--TATACA-------CA-------A--CA----A-CTTTG--CTGTCGTTCTA---------C-ATC-A-TGT-G------ATG---TAA--AAT-------------G-T-CAGGAT-GAAG-----AAA----CCTTTGAATTCTAGATAATCTC------CAGA-GCAAAGT
gi|32728 : TTTAAGGG-----------AT-AAGT----TT--C--TA--CATG-----CA-------A--CA----C-GTCTG--TTGGCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAG--AATG--TCC-----AAG-T-CAGCTT-GAAA-----AAA----CTTCTGAATTCCGGATGATCTT------
gi|32729 : caagcataccAGGGGTATTT---AAAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------T-----------------------------------TA---------A-ATC-A-CAT-T------ATG---TAA--AATG--TCA-----GAG-T-CAGCT
gi|32729 : ---TTA--AAGT----TT--C--TA--CA-------TT-------A--AA----------------TCAGTTTA------------TC-A-CAT-T------ATG---TAA--AATG--TCA-----GAG-T-CAGCTgnttaaagtttctacattaaatcagtttatcacattatgtaaaatgtcagagtcagct
gi|32730 : aggggtatttaaataagtttctacattaaatcacattatgtaaaatgtcagagtcagctgnAGGGAT-TTT---GTAT-AAGT----TT--C--TA--CA-------CA----------CA----T-GTCTG--TTATCATTCTA---------A-ATC-ACCGT-G-------TG---TAA--AATGCTCCC-----GAG-T-AGACTTGGAAGA----AAA----CTTTTGAATTCCGG-TGATCTT------CATA-GCGCA
gi|32731 : GGTATTT---ATAT-AAGT----CT-----TA--CA-------CA-------A--TA----C-GTTTG--TTGTCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----GAG-T-CAGCCC-AAAG-----AAA----CATTTGAATTTCGAATGATCTT------CAAA-GCGCGGT
gi|32732 : GGTATTT---A-AT-AAGT----TT--C--TA------------A-------A--CA----C-GTCTG--GTGTCACTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATA---TAA--AATG--TCC-----GAG-T-CAGTAT-GAAG-----
gi|32733 : TATTT---TTAT-AAGA----TCA-C--TA--CA-------CA-------G--CA----C-GTCTA--TTGTTACTTTA---------A-ATC-A-TGT-G------ATG---TAA--AATG---CC-----GAG-T-CAGCTT-AAgtttctga
gi|32734 : ATTG---TGAT-ATGT----TT--C--TA--CA-------TA-------A--CA----T-GCCTG--TTTTCATTCAG---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--GATA--T-T-----GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----GTGGTGAATTTAGGATGATCTT------CATG-GCGCAG
gi|32735 : TTT---ATGT-AAGT----TT--C--AA--CA-------CA-------A--CA----C-GTCTG--TTGTCATTCAA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TGC-----GTG-T-CAGCAA-AAAG-----AAA----CCCTTGAATTCTG
gi|32736 : TT---TTAT-AAGA----TCACC--TA---A-------CA-------G--CA----C-GTCTA--TTGTTACTTTA---------A-ATC-A-TGT-G------ATG---TAA--AATG---CC-----GAG-T-CAGCTT-AA
gi|32737 : TT---TGAT-AAGT----TT--C--TC--CA-------CA-------A--CT----C-GTTAGAATTATCATTCTA---------A-ATC-A-CGT-G------ATG---TAA--AATG--TCC-----TAG-T-CAGCAT-GAAAGAACCAAA----CCTTTCAATTCCGGATTATCTT------
gi|32738 : TG--TTGCCATTCTG---------G-ATC-A-CAT-G------ATG---TATTTAATG--TTTATTTTGAG-T-CAACAT-AAAG-----AAA----CGCTGGAATTCCGGATGATCTT------CAAA-GCGCAGT
gi|32739 : tacgagtatatactagtacattatgtagatacatgtaagA-------G--CA----C-GATCG--CTGTCATTCTA---------A-GTC-A-CGT-G------ATG---CAA--AATG--TCT-----GAG-TGAAGCAT-GAAG-----AAA----CCTTTGATTTCTGGATGA
gi|32740 : T-G------ATG---TAA--AATG--TC------GAG-T-CAGCTT-GAAG-----AAA----CTTTTGAATTCCAGATGATCTT------TATA-GCACA
gi|32741 : ccagatcC-----GAA-T-CAGCTT-GAAA-----AAAAAATCTTTTGAATTCCGGATGATCTT------CATA-GCGCA