lowQualScore : 222222222222 333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 4 777777777777 1 0 1 1 5 1 333333333333333333333333333333333333333333333 1 222 44 2 999999999999999 3 444 1 1
lowQualScore : . ............ . . . . . . ............................................. . ... .. . ............... . ... . .
lowQualScore : 6 333333333333 5 2 5 5 6 5 555555555555555555555555555555555555555555555 5 666 11 5 000000000000000 0 777 5 5
consensus : TATCGAT-A---T-NN--G-CA-GCAAGTTGTAGC-CATCAAAC-ANC-CA--------------T----------------A-------------A-G---A--AACAC--------------GA-TCA--TGAT-TC-GATATCGAC
Reference ( gi|22656 ) : TATCGAT-A---T-AT--G-TA-GCAGGTTGTAGT-CATCAAAC-AGC-CA--------------T----------------A-------------A-A---A--AATAC--------------AA-TCA--TGAT-TC-GATATCGAC
gi|22655 : TATCGAT-A---C-AT--T-TA-GCAGGTTGTAGT-CATCAAAC-AGG-CA--------------T----------------A-------------G-G---A--AATAC--------------AA-TCG--TGAT-TC-GATATCGAC
gi|22662 : TATCGAT-A---T-TT--G-TA-GCAGGTTGTAGT-CATCAAAC-ATG-CA--------------T----------------T-------------G-A---A--AATAC--------------AA-TCA--TGAT-TC-GATATCGAC
gi|22659 : TATCAAT-A---C-AT--G-AA-GCAGGTTGTAGT-CATCTAAC-AGC-CA--------------T----------------A-------------T-G---A--AATAC--------------AA-TCA--TGAT-TC-GATATCGAC
gi|22666 : TATCGTT-A---T-AT--A-TA-GCAGGTTGTAGT-TATTAAACAAGC-CA--------------T----------------AG------------A-A---A--AATAC--------------AA-TTA--TGAT-T--GATATCGAC
gi|22663 : TATCGAT-A---C-AT--G-TA-GCAGGTTGTAGT-CATCAAAC-AGC-GA--------------T----------------C-------------G-G---A--AATAC--------------AA-
gi|22664 : TATCGAT-ACAAT-ATCGG-CA-GCAAGTTGTAGC-CATCAAAC-ATC-CA--------------T----------------AGAAAACACGATTTA-A---A--AACGC--------------GA-TCA--TGAT-TC-GATATCAAC
gi|22660 : TATCGAT-A--------------GCAAGTTGAAGT-CA---AAC-TAC-CA--------------T----------------A-------------A-A---A--AACAA--------------GA-TCA--TGAT-TC-GATATCGAC
gi|22657 : TATCGACGA---T-ATCGA-TA-GCAAGTTGAAGT-CAT---AC-TAC-CA--------------T----------------A-------------A-A---A----CAC--------------GA-TCA--TGAT-TC-GATATCGAC
gi|22670 : TATCGAC-G---T-AG--A-AA-GCAGGT-G-AGTACATCAAAC-AGC-CAT-------------T----------------A-------------A-ATTGA--ATTAC--------------AA-CCGTTTGAT-TC-GATATCGAC
gi|22667 : TATCGATGA---CGAT--G-TAAGCAGGT-GTAGT-CATCAAGA-TGCACA--------------T----------------T-------------ATG---A--AATAC--------------AA-TCG--TGAT-TCTGATATCAA
gi|22665 : TATCGAT-G---TTATCGA-TA-GCAAGTTGTAGC-TTTCAAAC-AAC-CA--------------C----------------G-------------A-G---A--AACAC--------------AA-TT---TGATATC-GATA
gi|22661 : TATCGAT-G---T--T--GATA-GCAAGTTGTAGC-TTTCAAAC-AAC-CA--------------C----------------G-------------A-G---A--AACAC--------------A---------AC-TC-GATATCAA
gi|22668 : TATCGAC-A---------G--A-GCAG-TTATAGC-CAGGAGGC-ACC-CA--------------T----------------A-------------A-G---A--AATAT--------------GG-TCT--TGAT-TC-GATATCAACta
gi|22658 : TATCGACGA---T-ATCGA-CA-GCAAGATGTAGC-CAGGAGGC-TAC-CA--------------T----------------A-------------A-G---A--AACAT--------------GG-TCT--TGAT-TC-GATATCGA
gi|22672 : TCGAT-A---C-AT----TA-GCAGGTTGTAGT-CATCAAAC-AG--CA--------------T----------------AGG-----------A-A---A--AATAC--------------AATTCA--TGAT-TC-GATATCGAC
gi|22671 : TCGAT-A---C-AT----TA-GCAGGTTGTAGT-CATCAAAC-AG--CA--------------T----------------AGG-----------A-A---A--AATAC--------------AATTCA--TGAT-TC-GATATCGAC
gi|22678 : TCGAT-A---T-CG--G-CA-GCATGTTGTAGC-CATCAAAC-ATC-CA--------------T----------------AAGAAACAGGATTTA-A---A--AACAC--------------GA-TCA--TGGT-TC-GATATCAA
gi|22676 : TCGAT-A---T-CG--A-CA-GCAAGATGTAGT-CATTAAAC-ATC-CA--------------T----------------A-------------T-A---AGGAAAAC--------------TA-TCT--TGAT-TC-GATATCGAC
gi|22674 : TCGAT-A---T-CG--A-CA-GCAAGATATAGC-CATTAAAC-ACC-CA--------------T----------------AT------------A-A---G--AAAAC--------------GA-TCT--TGAT-TC-GATATCGAC
gi|22673 : TCGAT-A---T-CG--A-CA-GCAAGATGTAGC-CATTAAAC-ACC-CA--------------T----------------A-------------T-A---AGGAAAAC--------------GA-TCT--TGAT-TC-GATATCGAC
gi|22677 : TCGAT-A---T-CG--A-TA-GCTAGTTGAA----ATCAAAT-AAC-CG--------------T----------------A-------------A-G---A--AACAC--------------GA-TCA--TGAT-TC-GATATCCAC
gi|22675 : TCGAT-A---T-CG--A-CA-GCAAGATGTAGC-CTGGAGGC-ACC-CA--------------T----------------A-------------A-G---A--AACAT--------------GA-TCT--TGAT-TC-GATATCGAC
gi|22679 : TCGAT-A---T-CG--A-CA-GCAAGATATAAC-CATGAAAC-ATC-CA--------------T----------------ATGTA---------A-G---G--AAAAC--------------GA-TCT--TGAT-TC-GATATCGAC
gi|22680 : CGAT-A---T-CG--G-CA-GCAAGTTGTAGC-CATCAAAC-ATC-CA--------------TAAGAAACACGATTTAAA-------------A-A---A--AACAC--------------GA-TCA--TGAT-TC-GATATCAAC
gi|22669 : CGAT-A---T-CG--A-CA-GCAAGTTGTAGC-CATCAAAC-ATC-CA--------------T----------------A-------------A-G---A--AACACGATTTAAAAAAGATGA-TCA--TGAT-TC-GATATCAAC
gi|22681 : tatcgagaCGAT-A---T-CG--G-CA-GCAAGATGTAGC-CATCAAAC-ATC-CATAGAAAACACGATTT----------------A-------------A-A---A--AGCAC--------------GA-TCA--TGAT-TC-GATATCAAC
gi|22682 : GC-CATCAAAC-ACC-CA--------------T----------------A-------------G-G---A--AAAAC--------------GA-TCA--CGAT-TC-GATATCGAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 222 9999 1 1 1 66 3333 22 1 22 2222222222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 2 22 1
lowQualScore : ... .... . . . .. .... .. . .. ............. ............................................................ . . .. .
lowQualScore : 777 5555 5 5 0 11 1111 00 5 00 2222222222222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 0 11 5
consensus : TATCGAT---ATCGACAGCAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ANCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
Reference ( family-663 ) : TATCGAT---ATNNGCAGCAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ANCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22655 : TATCGAT---ACATTTAGCAGGTT-GTAGTCATCAAAC-AGGC--A----T--A-G--G-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-TCGT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22656 : TATCGAT---ATATGTAGCAGGTT-GTAGTCATCAAAC-AGCC--A----T--A-A--A-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22657 : CGAT---ATCGATAGCAAGTT-GAAGTCAT---AC-TACC--A----T--A-A-----------------AA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22658 : tatcgaCGAT---ATCGACAGCAAGAT-GTAGCCAGGAGGC-TACC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------T--------------GG-TCTT--GAT-TCGATATCGA
gi|22659 : tatcgaTATCAAT---ACATGAAGCAGGTT-GTAGTCATCTAAC-AGCC--A----T--A-T--G-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22660 : TATCGAT---A------GCAAGTT-GAAG---TCAAAC-TACC--A----T--A-A--A-------------AAA--------------C----------------A-------------A--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22661 : TATCGAT---GTTGATAGCAAGTT-GTAGCTTTCAAAC-AACC--A----C--G-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C-----------------------AAC-TCGATATCAA
gi|22662 : TATCGAT---ATTTGTAGCAGGTT-GTAGTCATCAAAC-ATGC--A----T--T-G--A-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-TCAT--GAT-TCGATATCGACta
gi|22663 : TATCGAT---ACATGTAGCAGGTT-GTAGTCATCAAAC-AGCG--A----T--C-G--G-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-
gi|22664 : CAAT---ATCGGCAGCAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ATCC--A----T--A-G--A-------------AAA--------------C----------------ACGATTTAAAAACGC--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCAAC
gi|22665 : tatcgataTATCGATGTTATCGATAGCAAGTT-GTAGCTTTCAAAC-AACC--A----C--G-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C--------------AA-TT-T--GATATCGATA
gi|22666 : TATCGTT---ATATATAGCAGGTT-GTAGTTATTAAACAAGCC--A----T--AGA--A-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-TTAT--GAT-T-GATATCGAC
gi|22668 : TATCGAC---A---G-AGCA-GTT-ATAGCCAGGAGGC-ACCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------T----------------A-------------T--------------GG-TCTT--GAT-TCGATATCAAC
gi|22669 : CGAT---ATCGACAGCAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ATCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------CGATTTAAAAAAGATGA-TCAT--GAT-TCGATATCAAC
gi|22670 : tatcgagaTATCGAC---GTAGAAAGCAGGTGAGTA--CATCAAAC-AGCC--A----TTAA-ATTG-------------AAT--------------T----------------A-------------C--------------AA-CCGTTTGAT-TCGATATCGAC
gi|22671 : TCGAT---ACAT-TAGCAGGTT-GTAGTCATCAAAC-AG-C--A----T--A-G--GAA-----------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AATTCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22672 : TCGAT---ACAT-TAGCAGGTT-GTAGTCATCAAAC-AG-C--A----T--A-G--GAA-----------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AATTCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22673 : TCGAT---ATCGACAGCAAGAT-GTAGCCATTAAAC-ACCCATA----T--A-A--G-------------GAA--------------A----------------A-------------C--------------GA-TCTT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22674 : TCGAT---ATCGACAGCAAGAT-ATAGCCATTAAAC-ACCCATA----T--A-A--G-------------AAA-------------------------------A-------------C--------------GA-TCTT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22675 : TCGAT---ATCGACAGCAAGAT-GTAGCCTGGAGGC-ACCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------T--------------GA-TCTT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22676 : TCGAT---ATCGACAGCAAGAT-GTAGTCATTAAAC-ATCCATA----T--A-A--G-------------GAA--------------A----------------A-------------C--------------TA-TCTT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22677 : TCGAT---ATCGATAGCTAGTT-GAA---ATCAAAT-AACC--G----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCCAC
gi|22678 : TCGAT---ATCGGCAGCATGTT-GTAGCCATCAAAC-ATCC--A----T--A-A--GAAACAGGATTTAAAAA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GGT-TCGATATCAA
gi|22679 : TCGAT---ATCGACAGCAAGAT-ATAACCATGAAAC-ATCC--ATATGT--A-A--G-------------GAA--------------A----------------A-------------C--------------GA-TCTT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22680 : CGAT---ATCGGCAGCAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ATCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------CACGATTTAAAAAAAACA-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCAAC
gi|22681 : CGAT---ATCGGCAGCAAGAT-GTAGCCATCAAAC-ATCC--A----T--A-G--A-------------AAACACGATTTAAAAAGC----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCAAC
gi|22682 : GCCATCAAAC-ACCC--A----T--A-G--G-------------AAA--------------A----------------A-------------C--------------GA-TCAC--GAT-TCGATATCGAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22667 ): TATCGATGACGATGTAAGCAGGTGTAGTCATCAAGATGCACATTATGAAATACAATCGTGATTCTGATATCAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 222 1 0 22 1 1 1 66 3333 22 1 22 2222222222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 2 22 1
lowQualScore : ... . . .. . . . .. .... .. . .. ............. ............................................................ . . .. .
lowQualScore : 777 5 3 11 5 5 0 11 1111 00 5 00 2222222222222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 0 11 5
consensus : TATCGAT---AT-CGACAG--CAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ANCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
Reference ( family-663 ) : TATCGAT---AT-CGACAG--CAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ANCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22655 : TATCGAT---AC-ATTTAG--CAGGTT-GTAGTCATCAAAC-AGGC--A----T--A-G--G-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-TCGT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22656 : TATCGAT---AT-ATGTAG--CAGGTT-GTAGTCATCAAAC-AGCC--A----T--A-A--A-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22657 : CGAT---AT-CGATAG--CAAGTT-GAAGTCAT---AC-TACC--A----T--A-A-----------------AA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22658 : tatcgaCGAT---AT-CGACAG--CAAGAT-GTAGCCAGGAGGC-TACC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------T--------------GG-TCTT--GAT-TCGATATCGA
gi|22659 : tatcgaTATCAAT---ACATGA-AG--CAGGTT-GTAGTCATCTAAC-AGCC--A----T--A-T--G-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22660 : T---AT-CGATAG--CAAGTT-GAAG---TCAAAC-TACC--A----T--A-A--A-------------AAA--------------C----------------A-------------A--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22661 : TATCGAT---GT-TGATAG--CAAGTT-GTAGCTTTCAAAC-AACC--A----C--G-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C-----------------------AAC-TCGATATCAA
gi|22662 : TATCGAT---AT-TTGTAG--CAGGTT-GTAGTCATCAAAC-ATGC--A----T--T-G--A-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-TCAT--GAT-TCGATATCGACta
gi|22663 : TATCGAT---AC-ATGTAG--CAGGTT-GTAGTCATCAAAC-AGCG--A----T--C-G--G-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-
gi|22664 : CAAT---AT-CGGCAG--CAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ATCC--A----T--A-G--A-------------AAA--------------C----------------ACGATTTAAAAACGC--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCAAC
gi|22665 : tatcgataTATCGATGTTAT-CGATAG--CAAGTT-GTAGCTTTCAAAC-AACC--A----C--G-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C--------------AA-TT-T--GATATCGATA
gi|22666 : TATCGTT---AT-ATATAG--CAGGTT-GTAGTTATTAAACAAGCC--A----T--AGA--A-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-TTAT--GAT-T-GATATCGAC
gi|22668 : T---AT-CGACAGAGCA-GTT-ATAGCCAGGAGGC-ACCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------T----------------A-------------T--------------GG-TCTT--GAT-TCGATATCAAC
gi|22669 : CGAT---AT-CGACAG--CAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ATCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------CGATTTAAAAAAGATGA-TCAT--GAT-TCGATATCAAC
gi|22670 : tatcgagaTATCGAC---GT-AGAAAG--CAGGTGAGTA--CATCAAAC-AGCC--A----TTAA-ATTG-------------AAT--------------T----------------A-------------C--------------AA-CCGTTTGAT-TCGATATCGAC
gi|22671 : TCGAT---A--CATTAG--CAGGTT-GTAGTCATCAAAC-AG-C--A----T--A-G--GAA-----------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AATTCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22672 : TCGAT---A--CATTAG--CAGGTT-GTAGTCATCAAAC-AG-C--A----T--A-G--GAA-----------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AATTCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22673 : TCGAT---AT-CGACAG--CAAGAT-GTAGCCATTAAAC-ACCCATA----T--A-A--G-------------GAA--------------A----------------A-------------C--------------GA-TCTT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22674 : TCGAT---AT-CGACAG--CAAGAT-ATAGCCATTAAAC-ACCCATA----T--A-A--G-------------AAA-------------------------------A-------------C--------------GA-TCTT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22675 : TCGAT---AT-CGACAG--CAAGAT-GTAGCCTGGAGGC-ACCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------T--------------GA-TCTT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22676 : TCGAT---AT-CGACAG--CAAGAT-GTAGTCATTAAAC-ATCCATA----T--A-A--G-------------GAA--------------A----------------A-------------C--------------TA-TCTT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22677 : TCGAT---AT-CGATAG--CTAGTT-GAA---ATCAAAT-AACC--G----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCCAC
gi|22678 : TCGAT---AT-CGGCAG--CATGTT-GTAGCCATCAAAC-ATCC--A----T--A-A--GAAACAGGATTTAAAAA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GGT-TCGATATCAA
gi|22679 : TCGAT---AT-CGACAG--CAAGAT-ATAACCATGAAAC-ATCC--ATATGT--A-A--G-------------GAA--------------A----------------A-------------C--------------GA-TCTT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22680 : CGAT---AT-CGGCAG--CAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ATCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------CACGATTTAAAAAAAACA-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCAAC
gi|22681 : CGAT---AT-CGGCAG--CAAGAT-GTAGCCATCAAAC-ATCC--A----T--A-G--A-------------AAACACGATTTAAAAAGC----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCAAC
gi|22682 : GCCATCAAAC-ACCC--A----T--A-G--G-------------AAA--------------A----------------A-------------C--------------GA-TCAC--GAT-TCGATATCGAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22667 ): TATCGATGACGATGTAAGCAGGTGTAGTCATCAAGATGCACATTATGAAATACAATCGTGATTCTGATATCAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 222 1 0 22 1 1 1 66 3333 22 1 22 2222222222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 2 22 1
lowQualScore : ... . . .. . . . .. .... .. . .. ............. ............................................................ . . .. .
lowQualScore : 777 5 3 11 5 5 0 11 1111 00 5 00 2222222222222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 0 11 5
consensus : TATCGAT---AT-CGACAG--CAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ANCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
Reference ( family-663 ) : TATCGAT---AT-CGACAG--CAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ANCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22655 : TATCGAT---AC-ATTTAG--CAGGTT-GTAGTCATCAAAC-AGGC--A----T--A-G--G-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-TCGT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22656 : TATCGAT---AT-ATGTAG--CAGGTT-GTAGTCATCAAAC-AGCC--A----T--A-A--A-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22657 : CGAT---AT-CGATAG--CAAGTT-GAAGTCAT---AC-TACC--A----T--A-A-----------------AA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22658 : tatcgaCGAT---AT-CGACAG--CAAGAT-GTAGCCAGGAGGC-TACC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------T--------------GG-TCTT--GAT-TCGATATCGA
gi|22659 : tatcgaTATCAAT---ACATGA-AG--CAGGTT-GTAGTCATCTAAC-AGCC--A----T--A-T--G-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22660 : T---AT-CGATAG--CAAGTT-GAAG---TCAAAC-TACC--A----T--A-A--A-------------AAA--------------C----------------A-------------A--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22661 : TATCGAT---GT-TGATAG--CAAGTT-GTAGCTTTCAAAC-AACC--A----C--G-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C-----------------------AAC-TCGATATCAA
gi|22662 : TATCGAT---AT-TTGTAG--CAGGTT-GTAGTCATCAAAC-ATGC--A----T--T-G--A-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-TCAT--GAT-TCGATATCGACta
gi|22663 : TATCGAT---AC-ATGTAG--CAGGTT-GTAGTCATCAAAC-AGCG--A----T--C-G--G-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-
gi|22664 : CAAT---AT-CGGCAG--CAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ATCC--A----T--A-G--A-------------AAA--------------C----------------ACGATTTAAAAACGC--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCAAC
gi|22665 : tatcgataTATCGATGTTAT-CGATAG--CAAGTT-GTAGCTTTCAAAC-AACC--A----C--G-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C--------------AA-TT-T--GATATCGATA
gi|22666 : TATCGTT---AT-ATATAG--CAGGTT-GTAGTTATTAAACAAGCC--A----T--AGA--A-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-TTAT--GAT-T-GATATCGAC
gi|22668 : T---AT-CGACAGAGCA-GTT-ATAGCCAGGAGGC-ACCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------T----------------A-------------T--------------GG-TCTT--GAT-TCGATATCAAC
gi|22669 : CGAT---AT-CGACAG--CAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ATCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------CGATTTAAAAAAGATGA-TCAT--GAT-TCGATATCAAC
gi|22670 : tatcgagaTATCGAC---GT-AGAAAG--CAGGTGAGTA--CATCAAAC-AGCC--A----TTAA-ATTG-------------AAT--------------T----------------A-------------C--------------AA-CCGTTTGAT-TCGATATCGAC
gi|22671 : TCGAT---A--CATTAG--CAGGTT-GTAGTCATCAAAC-AG-C--A----T--A-G--GAA-----------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AATTCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22672 : TCGAT---A--CATTAG--CAGGTT-GTAGTCATCAAAC-AG-C--A----T--A-G--GAA-----------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AATTCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22673 : TCGAT---AT-CGACAG--CAAGAT-GTAGCCATTAAAC-ACCCATA----T--A-A--G-------------GAA--------------A----------------A-------------C--------------GA-TCTT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22674 : TCGAT---AT-CGACAG--CAAGAT-ATAGCCATTAAAC-ACCCATA----T--A-A--G-------------AAA-------------------------------A-------------C--------------GA-TCTT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22675 : TCGAT---AT-CGACAG--CAAGAT-GTAGCCTGGAGGC-ACCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------T--------------GA-TCTT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22676 : TCGAT---AT-CGACAG--CAAGAT-GTAGTCATTAAAC-ATCCATA----T--A-A--G-------------GAA--------------A----------------A-------------C--------------TA-TCTT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22677 : TCGAT---AT-CGATAG--CTAGTT-GAA---ATCAAAT-AACC--G----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCCAC
gi|22678 : TCGAT---AT-CGGCAG--CATGTT-GTAGCCATCAAAC-ATCC--A----T--A-A--GAAACAGGATTTAAAAA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GGT-TCGATATCAA
gi|22679 : TCGAT---AT-CGACAG--CAAGAT-ATAACCATGAAAC-ATCC--ATATGT--A-A--G-------------GAA--------------A----------------A-------------C--------------GA-TCTT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22680 : CGAT---AT-CGGCAG--CAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ATCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------CACGATTTAAAAAAAACA-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCAAC
gi|22681 : CGAT---AT-CGGCAG--CAAGAT-GTAGCCATCAAAC-ATCC--A----T--A-G--A-------------AAACACGATTTAAAAAGC----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCAAC
gi|22682 : GCCATCAAAC-ACCC--A----T--A-G--G-------------AAA--------------A----------------A-------------C--------------GA-TCAC--GAT-TCGATATCGAC
blockSeqs : GTT A AG A A G AT TATG TA G TT AAACAGGATTTAA CACGATTTAAAAAAAACAC T A TT A
blockSeqs : . . . . . A AT . . . . AA CACGATTTAAAAAAGAT T A . .
blockSeqs : . . . . . A AT . . . . AA CACGATTTAAAAAGCAC . T . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . CACGATTTAAAAACGC . A . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . TAC . A . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . CAC . A . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . CAT . A . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . TAC . A . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . CAA . T . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . CAC . A . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . TAC . G . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . TAC . A . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . CAC . A . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . TAC . T . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . TAT . T . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . TAC . T . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . TAC . T . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . TAC . A . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . AAC . A . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . CAT . T . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . AAC . A . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . CAC . A . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . CAC . A . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . AAC . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . AAC . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . AC .
blockSeqCons :
originalCons : TATCGAT---AT-CGACAG--CAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ANCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
finalCons : TATCGAT---AT-CGACAG--CAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ANCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22667 ): TATCGATGACGATGTAAGCAGGTGTAGTCATCAAGATGCACATTATGAAATACAATCGTGATTCTGATATCAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 222 1 0 22 1 1 1 66 3333 22 1 22 2222222222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 2 22 1
lowQualScore : ... . . .. . . . .. .... .. . .. ............. ............................................................ . . .. .
lowQualScore : 777 5 3 11 5 5 0 11 1111 00 5 00 2222222222222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 0 11 5
consensus : TATCGAT---AT-CGACAG--CAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ANCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
Reference ( family-663 ) : TATCGAT---AT-CGACAG--CAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ANCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22655 : TATCGAT---AC-ATTTAG--CAGGTT-GTAGTCATCAAAC-AGGC--A----T--A-G--G-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-TCGT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22656 : TATCGAT---AT-ATGTAG--CAGGTT-GTAGTCATCAAAC-AGCC--A----T--A-A--A-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22657 : CGAT---AT-CGATAG--CAAGTT-GAAGTCAT---AC-TACC--A----T--A-A-----------------AA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22658 : tatcgaCGAT---AT-CGACAG--CAAGAT-GTAGCCAGGAGGC-TACC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------T--------------GG-TCTT--GAT-TCGATATCGA
gi|22659 : tatcgaTATCAAT---ACATGA-AG--CAGGTT-GTAGTCATCTAAC-AGCC--A----T--A-T--G-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22660 : T---AT-CGATAG--CAAGTT-GAAG---TCAAAC-TACC--A----T--A-A--A-------------AAA--------------C----------------A-------------A--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22661 : TATCGAT---GT-TGATAG--CAAGTT-GTAGCTTTCAAAC-AACC--A----C--G-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C-----------------------AAC-TCGATATCAA
gi|22662 : TATCGAT---AT-TTGTAG--CAGGTT-GTAGTCATCAAAC-ATGC--A----T--T-G--A-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-TCAT--GAT-TCGATATCGACta
gi|22663 : TATCGAT---AC-ATGTAG--CAGGTT-GTAGTCATCAAAC-AGCG--A----T--C-G--G-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-
gi|22664 : CAAT---AT-CGGCAG--CAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ATCC--A----T--A-G--A-------------AAA--------------C----------------ACGATTTAAAAACGC--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCAAC
gi|22665 : tatcgataTATCGATGTTAT-CGATAG--CAAGTT-GTAGCTTTCAAAC-AACC--A----C--G-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C--------------AA-TT-T--GATATCGATA
gi|22666 : TATCGTT---AT-ATATAG--CAGGTT-GTAGTTATTAAACAAGCC--A----T--AGA--A-------------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AA-TTAT--GAT-T-GATATCGAC
gi|22668 : T---AT-CGACAGAGCA-GTT-ATAGCCAGGAGGC-ACCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------T----------------A-------------T--------------GG-TCTT--GAT-TCGATATCAAC
gi|22669 : CGAT---AT-CGACAG--CAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ATCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------CGATTTAAAAAAGATGA-TCAT--GAT-TCGATATCAAC
gi|22670 : tatcgagaTATCGAC---GT-AGAAAG--CAGGTGAGTA--CATCAAAC-AGCC--A----TTAA-ATTG-------------AAT--------------T----------------A-------------C--------------AA-CCGTTTGAT-TCGATATCGAC
gi|22671 : TCGAT---A--CATTAG--CAGGTT-GTAGTCATCAAAC-AG-C--A----T--A-G--GAA-----------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AATTCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22672 : TCGAT---A--CATTAG--CAGGTT-GTAGTCATCAAAC-AG-C--A----T--A-G--GAA-----------AAA--------------T----------------A-------------C--------------AATTCAT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22673 : TCGAT---AT-CGACAG--CAAGAT-GTAGCCATTAAAC-ACCCATA----T--A-A--G-------------GAA--------------A----------------A-------------C--------------GA-TCTT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22674 : TCGAT---AT-CGACAG--CAAGAT-ATAGCCATTAAAC-ACCCATA----T--A-A--G-------------AAA-------------------------------A-------------C--------------GA-TCTT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22675 : TCGAT---AT-CGACAG--CAAGAT-GTAGCCTGGAGGC-ACCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------T--------------GA-TCTT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22676 : TCGAT---AT-CGACAG--CAAGAT-GTAGTCATTAAAC-ATCCATA----T--A-A--G-------------GAA--------------A----------------A-------------C--------------TA-TCTT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22677 : TCGAT---AT-CGATAG--CTAGTT-GAA---ATCAAAT-AACC--G----T--A-A--G-------------AAA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCCAC
gi|22678 : TCGAT---AT-CGGCAG--CATGTT-GTAGCCATCAAAC-ATCC--A----T--A-A--GAAACAGGATTTAAAAA--------------C----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GGT-TCGATATCAA
gi|22679 : TCGAT---AT-CGACAG--CAAGAT-ATAACCATGAAAC-ATCC--ATATGT--A-A--G-------------GAA--------------A----------------A-------------C--------------GA-TCTT--GAT-TCGATATCGAC
gi|22680 : CGAT---AT-CGGCAG--CAAGTT-GTAGCCATCAAAC-ATCC--A----T--A-A--G-------------AAA--------------CACGATTTAAAAAAAACA-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCAAC
gi|22681 : CGAT---AT-CGGCAG--CAAGAT-GTAGCCATCAAAC-ATCC--A----T--A-G--A-------------AAACACGATTTAAAAAGC----------------A-------------C--------------GA-TCAT--GAT-TCGATATCAAC
gi|22682 : GCCATCAAAC-ACCC--A----T--A-G--G-------------AAA--------------A----------------A-------------C--------------GA-TCAC--GAT-TCGATATCGAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22667 ): TATCGATGACGATGTAAGCAGGTGTAGTCATCAAGATGCACATTATGAAATACAATCGTGATTCTGATATCAA