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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A
blockSeqCons :
originalCons : TTAAG--GTCA---G-GT-TTGC-A-ACAA-CAG-G----GAG-A---T--AACTCT--GG--A--T-GT--ACCT---C-CG--TA--CAT--TTCC--C-ACTT-T---AT-GA---CGTC-ACAA-T--GA--AAAA--GT-G-CG----TCACCCA
finalCons : TTAAG--GTCA---G-GT-TTGC-A-ACAA-CAG-G----GAG-A---T--AACTCT--GG--A--T-GT--ACCT---C-CG--TA--CAT--TTCC--C-ACTT-T---AT-GA---CGTC-ACAA-T--GA--AAAA--GT-G-CG----TCACCCA
Alignments
lowQualScore : 33 444 2 5 2 2 2 5 5555 5 666 55 33 22 33 1 33 555 1 22 22 22 22 1 22 222 3 444 1 1 22 22 22 1 1 5555
lowQualScore : .. ... . . . . . . .... . ... .. .. .. .. . .. ... . .. .. .. .. . .. ... . ... . . .. .. .. . . ....
lowQualScore : 44 444 5 0 5 5 5 0 3333 0 555 66 11 00 44 4 44 999 4 00 00 00 00 4 22 666 0 111 5 5 00 00 00 5 5 4444
consensus : TTAAG--GTCA---G-GT-TTGC-A-ACAA-CAG-G----GAG-A---T--AACTCT--GG--A--T-GT--ACCT---C-CG--TA--CAT--TTCC--C-ACTT-T---AT-GA---CGTC-ACAA-T--GA--AAAA--GT-G-CG----TCACCCA
Reference ( family-662 ) : TTAAG--GTCA---G-GT-TTGC-A-ACAA-CAG-G----GAG-A---T--AACTCT--GG--A--T-GT--ACCT---C-CG--TA--CAT--TTCC--C-ACTT-T---AT-GA---CGTC-ACAA-T--GA--AAAA--GT-G-CG----TCACCCA
gi|21910 : TTAAG--GTCA---G-GT-TTGC-A-ACAA-CAG-G----GAG-A---T--AACTCT--GG--A--T-GT--ACCT---C-CG--TA--CAT--TTCC--C-ACTT-T---AT-GA---CGTC-ACAA-T--GA--AAAA--GT-G-CG----TCACCCA
gi|21911 : TTAAG--GTCA---G-GT-TTGC-A-ACAA-CGG-G----GAG-A---T--AACTCT--GG--A--T-GT--ACCT---C-CG--TA--CAT--TTCC--C-ACTT-T---AT-GA---CGTC-ACAA-T--GA--AAAA--GT-G-CG----TCACCCA
gi|21912 : TTAAG--GTCA---G-GT-TTGC-G-ACAA-CAG-G----GAG-A---T--AACTCT--GG--A--T-GT--ACCT---C-CG--TA--CAT--TTCC--C-ACTT-T---AT-GA---CGTC-ACAA-T--GA--AAAA--GT-G-CG----TCACCCA
gi|21913 : TTAAG--GTCA---G-GT-TTGC-A-ACAA-CAG-G----GAG-A---T--AACTCT--GG--A--T-GT--ACCT---C-CG--CA--CAT--TT-C--C-ACTT-T---AT-GA---CGTC-ACAA-T--GA--AAAA--GT-G-CG----TCACCCA
gi|21914 : TTAAG--GTCA---G-GT-TTGC-A-ACAA-CAG-G----GAG-A---T--AACTCT--GG--A--T-GT--ACCT---C-CG--TA--CAT--TTCC--C-ACTT-T---AA-AA---CGTC-ACAA-T--GA--AAAA--GT-G-TG----TCACCCA
gi|21915 : TTAAG--GTCA---G-GT-TTGC-ACACAA-CAG-G----GATTA---T--AACTCT--GG--A--T-GT--ACCT---C--G--TA--CATCTTTCC--C-ACTT-T---AT-GA---CGTC-ACAA-T--GA--AAGA--GT-G-CG----TCACC
gi|21916 : TTAAG--GTAA---T-GT-TTGG-A-ACAA-CAG-G----GAG-AAAAT--AACTCT--GG--A--T-GT--ACCT---T-CG--TA--CAT--TTCC--C-ACTT-T---AT-GA---CGTC-ACAA-T--GA--AAAC--AC-G-TG----TCACTCA
gi|21917 : TTAAGTTGTCA---C-GT-TTGC-A-ACAA-CAGTG----GAG-A---TT-AACTCTCGGG--A--T-GT--ATCC---T-CG--TA--CAT--TTCC----ACGT-G---AT-GA---CGTC-ACAA-T--GA--AAAA--GT-T-CG----TCACCCA
gi|21918 : TTAAG--GTCA---GTGT-TTGC-A-ACAAACAG-G----GAG-AA--T--AACTGT--GG--A--T-GT---CCTG--T-CG--TA--TAT--TTCC--C-ACTTCT---AT-CA---CGTC-ACAA-T--G---AAAA--CT-G-CG----TCACCCA
gi|21919 : TTAAG--GTCACGAG-GTATTGC-A-ACAA-CAG-GAGCAGGA-A---TTAAACTCT--GG--A--T-GT--ACCT---C-CG--TA--CAT--TTCC--C-ACTT-T---AT-GAG--GGGT-ACAA-T--GA--AAAA--GT-G--G----TCACC
gi|21920 : TTAAG--GTCA---G-GT-TGGCGA-ACAA--AG-G----GAG-A---T--AAC-CT--GG--A--T-GTT-ACCTAGCCGCG--TA--CAT--TTCC--C-ATTA-T---AT-GA---CGTC-ACAA-T--GA--AAAG--GTGG-CG----TTACC
gi|21921 : TTAAG--GTCA---G-GGGTTGC----CGA-CAAAG----GAG-A---T--AACTCT--GG--A--TAGT--ACCTAG-C-CGCATA--CAT--TTCC--C-ACTC-T---ATTGA---CTCC-ACAA-T--GA--AAAG--GT-GCCG----TTACCCA
gi|21922 : TTAAG--GTCA---G-GA-TTGC-A-ACAA-CAG-G----GAG-A------AACTCT--GG--AATT-GTGAGCCT---C-CG--TA--CAT--T--C--C-GCTT-TTAGAT-GATCGCGTCAACAATT--GA--AACATTGT-G-CGAC--TCACCCA
gi|21923 : TTAAG--GTAA---G-GT-TTGC-A-AGAA-CAG-G----GAG-A---T--AGGTCT--TGTTAT-T-AT--ACCT---C-AG---A--C-T--GTTT--T-ACTA-T---ATAAA---TGTT-AC-G-T--GAATAAAA--TT-G-C
gi|21924 : TAAG--GTCA---G-GT-T-GC-A-ACAA-CAG-G----GAGTA---T--AACTCT--GG--A--T-GT--ACCT---C-CG--TATACAT--TTCC--CCACTT-T---A--GA---CGTC-ACAA-T--GA--AAAA--GT-G-CGTGCCTCACCCA
gi|21925 : TAAG--GCTA---G-GC-CT-----ACAA-CAG-G----GAG-A---T--AACTCT--TG--A--T-GT--ACCT---C-TA--CG--CAC--TTCA--C-ACTT-
gi|21926 : ---T--GACTAT--GA--A--T-GT--ACCT---C-TG--TG--CAC--TTCG--C-TCCA-T---AT-GA---CGTC-ACAA-T--TG--AAAA--TT-A-CG----TCA
gi|21927 : CT--AA--A--T-GT--ACCC---C-AG--TG--CAC--TTCA--C-AGCA-T---CT-GA---AGTC-ACGA-T--GA--AAAA--AT-G-CG----TCA
gi|21928 : --A--T-GT--ACCT---T-CG--TA--CAT--TTCC--C-ACTT-T---TT-GA---CGTC-ACAA-T--GA--AAAA--GT-G-CG----TCAC
gi|21929 : --A--T-GT--ACCT---T-CG--TA--CAT--TTCC--C-ACTT-T---TT-GA---CGTC-ACAA-T--GA--AAAA--GT-G-CG----TCAC
gi|21930 : --A--T-GT--ACCT---T-CG--TA--CAT--TTCC----ACTT-T---TT-GA---CGTC-ACAA-T--GA--AAAA--GT-G-CG----TCAC
gi|21931 : --A--T-GT--ACCT---C-TG--TG--CAC--TTCG--C-ACCA-T---AT-GA---CGTT-ACAA-T--TG--AAAA--GT-A-CG----TTA
gi|21932 : --A--T-GT--ACCT---C-TG--TG--CAC--TTCG--C-ACCA-T---AT-GA---CGT--ACAA-T--TG--AAAA--GT-A-CG----TCA
gi|21933 : --A--T-GT--ACCT---C-TG--TG--CAC--TGCG--C-ACCA-T---AT-GA---CGCC-ACAA-T--TG--AAAA--GT-A-CG----TCA
gi|21934 : --A--T-GT--ACCC---C-AG--TG--CAC--TTCG--C-AGTG-T---GT-GA---CGCC-ACAA-T--AC--AAAA--GT-A-CG----TCAC
gi|21935 : --A--T-GT--AC-T---C-TG--TG--CAC--TTCC--A-CCCA-T---AT-GA---CGTC-ACAA-TTGGA--AAAA--GT-A-CG----TC
gi|21936 : --A--T-GT--ATCT---C-AG--TG--CAC--TTCA--T-ACTT-C---AT-TA---CGTA-ACAA-T--GA--AAAT--GT-A-CG----TAAC
gi|21937 : --A--T-GT--GCCT---C-TG--TA--CAC--TTCCAGC-AGTA-C---GT-GA---CGTC-ATAA-T--AC--AAAA--GT-A-TG----TCAC