lowQualScore : 111111111111 11 111111111 111
lowQualScore : 1 22 6666666666 444444 1 555555555555 66666 1 22 1 999999999999 555555 66 1 44 4444 1 44 33 666 5555 2 8888888 2 77 2 2 5 3 3 44 3 3 3 3 666666666 6 44 5 5 999 5 5 5 000 5
lowQualScore : . .. .......... ...... . ............ ..... . .. . ............ ...... .. . .. .... . .. .. ... .... . ....... . .. . . . . . .. . . . . ......... . .. . . ... . . . ... .
lowQualScore : 5 11 7777777777 444444 5 999999999999 99999 5 11 5 777777777777 000000 55 8 44 0000 9 55 44 999 3333 5 1111111 5 33 7 7 3 1 1 22 1 1 1 1 555555555 2 22 0 0 444 7 7 7 000 7
consensus : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-T--G-CCCTG-AATC-TTC-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--TGTCGT-TA-TTTCCGC-T-A-T-GTT-ATTAACGATG---T-TATTAT
Reference ( gi|18565 ) : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-T--G-CCCTG-AATC-TTC-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--TGTCGT-TA-TTTCCGC-T-A-T-GTT-ATTAACGATG---T-TATTAT
gi|18566 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-T--G-CCCTG-AATC-TTC-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AT--TGTCGT-TA-TTTCCGC-T-A-T-GTT-ATTAACGATG---T-TATTAT
gi|18568 : TAGCCTGGTT-CCCT-TCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GAT--TTCAG----GGCCT-------AAATGT--G-CCCTG-AATC-TTC-GCGGC--A-TG-C-G-TA-TTC---------A-AA--TGTCGT-TA-TTTCCGC-TAA-T-GTT-ATTAACAATG---T-TATTAT
gi|18569 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A-------GC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG----CA-GG-TG----G-ACT--ACA-TC--GA---TTCAG----G--CT-------AAAT-T--G-CCCTG-AATT-TTC-GC-GC--A-TGACGG-TATTTC---------A-AT--TGTCGT-TA-TTTCCGC-T-A-T-G-T-ATTAACGATG---T-TATTAT
gi|18570 : TAGCCTA-TT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----AAC-----GCT----G-T--C-A-----------CAA------GG---CCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTTCA----GG-CT-------AAAT-T--G-CCCTG-AATC--TC-GC-GC--ATTG-C-G-TATTTC---------ATAA--TGTC-T-TA-TTTCCGCAT-A-T-GTT-ATTAACGATGGTTT-TATTAT
gi|18571 : TAGC-TGGTT-CCCGATCC-AT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCAGGG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTCA-----GG-CT-------AA---T--G-CCCTG-AATT-CTC-G--GC--A-TG-C-G-TATTTG---------C-AT--TGTCG--TA--TTCCGC-T-A-T-GTT-ATTAACGATG---TATATTAT
gi|18572 : TAGCCTGATT-CCCTGTCGCAT--GCTC----T-----A------AGC-T----A-C-----GCA----G-T--C-G-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ATT--ACAATC--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAC-T--G-CCCTG-AATCTTTT-GC-GC--A-TG-C-G-TACTTCATATTGAAAA-AA--TGGCGT-CG-CTTCC
gi|18573 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----T-----A------ACT-C----A-CTCACTGC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TC----G-AAT--ACAATC--GA---TTCAGCTAGGG-CT-------AAAT-T--G-CCCTG-AATT-TTC-GC-AC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--T
gi|18574 : TAGCCTGGTT-CCCTGTTCCATATGCTC----T-----A------AGC-T----C-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCT-GG-TG----G-AAT--ACA-------------AG----GG-CTAAAATTAAAAT-T--G-CCCTG-AATCTTTC-GC-GA--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--T
gi|18575 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCC-AT--GC-C----T-----A------AGCCT----C-C-----GC-----A-T--C-G-----------CAA------GG--GCCA-GG--G----G-AAT--ACAATC--GA---TTCGG----GC-CT-------AAAT-
gi|18576 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--
gi|18577 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-ACTAGT------CAG------GA--GCCA-GG--G----G-ACC--A
gi|18578 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-ACTGCCTTTAGTCAG------GA--GCCA-GG--G----G-ACC--A
gi|18579 : TAGCCTGGTT-CCCTGTTCCAT--GCTC----T-----A------TGA-T----C-C-----AC-----A-T--C-G-----------CAA------GG--GCC-------------------CGATC--GC---TGCA---------------------------------AATC-TCT-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--T
gi|18580 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-
gi|18581 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCTCAT--GCTC----T-----A------AGC-T----C-C-----GC-----G-T--C-G-----------CAAGTCTGGGA--GCCT-GG--G----G-ACT--A
gi|18582 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----T-----A------AGC-T----C-C-----GCCTTTAG-T--C-A------------GG------GG--ACCA-GG-
gi|18583 : TAGCCTGGTT-CCCTGCCTCAT--GCTC----T-----A------AAC-T----C-C-----GC-----G-T--CTACTGCCTTTAGTCAG------GGA-GCCA-GG-GGATCAG-GCTAAACAGTC--CG---TT-AG----GG-GT-------ACA--T--G----TG-A-----------GC--A-TA-C-G-CATTTC---------A-AA--
gi|18584 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--CCTC----T-----A------AGC-T----A-C-----A------G-T-----------------AA------GGGAGCCA-GA--G----G-ACC--A
gi|18585 : TAGTCTGGTT-CCCCGTCCCAT--ACTA----T-----A------TGC-T----C-T-----GC-----G-T--C-G-----------CAA------GGGAGTCA-GG-GG----G-ACC--A
gi|18586 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCCC----T-----T------AGT-TCAGGA-G-----GC----------C-A-----------TGG------GG--ACCA-GG-T-------ACT--ACAAT
gi|18587 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----T-----A------A-----------------------G-T--C-A------------GG------GA--GCCA-GG--G----G-ACC--A
gi|18588 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----ACACACTAGC-TA---A-A-----GC-----G-T--C-A-----------
gi|18567 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTG----C-----A------TTT-T----A--------------G-T--C-A------------GG------GA--GCCA-GG--G----G-ACC--A
gi|18589 : AGCCTGGTTTCCCTGTCCCAT--GCTCG---C-----A------AGC-T----A-------GC-----G-TTTC-------------CAA------GG--GCCA-GGGTG----GGACT--ACAATCCGAA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-T--G-CCCTGAAATC-TTC-GC-GA--A-TG-C-GTTATTTCAG-------A-AA--TGTCGT-GT-TTTCCGC-T-ATT-GTT-ATTAACGATG---T-TATTA
gi|18590 : AGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTCTAGAT-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------
gi|18591 : GCCTGGTT-CGCGCTTCCAT--GTTT----CGCCGAA------GGC-T----A-C-----GC-----GGT--C-A------------AA------G----CCA-GGGTG----G-ACTG-ACAATC--GGATTTTCAG----GG-CT-------AAAT-T--GCCCCTG-AATC-TTCGGC-GCGGA-TG-C-G-TATATC---------ATAAGTTGTCGTATATTTTCCGC---A-TGGTTAATTAACGA-G---T-CATTA
gi|18592 : C--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-C--G-CTCCG-AATC-TAT-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-TA--T
gi|18566 : --GA---TTCAG----GG-C---------AAT-TTAG-CCCTG-AATC-
gi|18572 : tagcctggttccctgtcccatgctccaagctacgcgtcacaagggccaggtggactacaatc--GA---TTCAG----GG-C---------AGT-TTAG-CCCTG-AATC-ttcgcgcatgcgtatttcaattgtcgttatttccgctatgttattaacgatgttattat
Alignments
lowQualScore : 111111111111 11 111111111
lowQualScore : 1 22 6666666666 444444 1 555555555555 66666 1 22 1 888888888888 444444 66 1 33 3333 1 44 33 777 5555 2 8888888 2 2 2 5 2 2 33 2 2 2 2 555555555 5 33 4 4 777 5 5 5 888 5
lowQualScore : . .. .......... ...... . ............ ..... . .. . ............ ...... .. . .. .... . .. .. ... .... . ....... . . . . . . .. . . . . ......... . .. . . ... . . . ... .
lowQualScore : 5 00 0000000000 333333 5 000000000000 77777 5 00 5 555555555555 888888 22 7 33 9999 8 33 77 333 7777 7 7777777 7 9 9 7 9 9 99 9 9 9 9 444444444 7 99 4 4 111 0 0 0 888 0
consensus : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATC-TTC-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--TGTCGT-TA-TTTCCGC-T-A-T-GTT-ATTAACGATG---T-TATTAT
Reference ( family-660 ) : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATC-TTC-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--TGTCGT-TA-TTTCCGC-T-A-T-GTT-ATTAACGATG---T-TATTAT
gi|18565 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATC-TTC-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--TGTCGT-TA-TTTCCGC-T-A-T-GTT-ATTAACGATG---T-TATTAT
gi|18566 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATC-TTC-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AT--TGTCGT-TA-TTTCCGC-T-A-T-GTT-ATTAACGATG---T-TATTAT
gi|18567 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTG----C-----A------TTT-T----A--------------G-T--C-A------------GG------GA--GCCA-GG--G----G-ACC--A
gi|18568 : TAGCCTGGTT-CCCT-TCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GAT--TTCAG----GGCCT-------AAATGTG-CCCTG-AATC-TTC-GCGGC--A-TG-C-G-TA-TTC---------A-AA--TGTCGT-TA-TTTCCGC-TAA-T-GTT-ATTAACAATG---T-TATTAT
gi|18569 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A-------GC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG----CA-GG-TG----G-ACT--ACA-TC--GA---TTCAG----G--CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATT-TTC-GC-GC--A-TGACGG-TATTTC---------A-AT--TGTCGT-TA-TTTCCGC-T-A-T-G-T-ATTAACGATG---T-TATTAT
gi|18570 : TAGCCTA-TT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----AAC-----GCT----G-T--C-A-----------CAA------GG---CCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTTCA----GG-CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATC--TC-GC-GC--ATTG-C-G-TATTTC---------ATAA--TGTC-T-TA-TTTCCGCAT-A-T-GTT-ATTAACGATGGTTT-TATTAT
gi|18571 : TAGC-TGGTT-CCCGATCC-AT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCAGGG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTCA-----GG-CT-------AA---TG-CCCTG-AATT-CTC-G--GC--A-TG-C-G-TATTTG---------C-AT--TGTCG--TA--TTCCGC-T-A-T-GTT-ATTAACGATG---TATATTAT
gi|18572 : TAGCCTGATT-CCCTGTCGCAT--GCTC----T-----A------AGC-T----A-C-----GCA----G-T--C-G-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ATT--ACAATC--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAC-TG-CCCTG-AATCTTTT-GC-GC--A-TG-C-G-TACTTCATATTGAAAA-AA--TGGCGT-CG-CTTCC
gi|18573 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----T-----A------ACT-C----A-CTCACTGC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TC----G-AAT--ACAATC--GA---TTCAGCTAGGG-CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATT-TTC-GC-AC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--T
gi|18574 : TAGCCTGGTT-CCCTGTTCCATATGCTC----T-----A------AGC-T----C-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCT-GG-TG----G-AAT--ACA-------------AG----GG-CTAAAATTAAAAT-TG-CCCTG-AATCTTTC-GC-GA--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--T
gi|18575 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCC-AT--GC-C----T-----A------AGCCT----C-C-----GC-----A-T--C-G-----------CAA------GG--GCCA-GG--G----G-AAT--ACAATC--GA---TTCGG----GC-CT-------AAAT-
gi|18576 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--
gi|18577 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-ACTAGT------CAG------GA--GCCA-GG--G----G-ACC--A
gi|18578 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-ACTGCCTTTAGTCAG------GA--GCCA-GG--G----G-ACC--A
gi|18579 : TAGCCTGGTT-CCCTGTTCCAT--GCTC----T-----A------TGA-T----C-C-----AC-----A-T--C-G-----------CAA------GG--GCC-------------------CGATC--GC---TGCA-------------------------------AATC-TCT-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--T
gi|18580 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-
gi|18581 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCTCAT--GCTC----T-----A------AGC-T----C-C-----GC-----G-T--C-G-----------CAAGTCTGGGA--GCCT-GG--G----G-ACT--A
gi|18582 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----T-----A------AGC-T----C-C-----GCCTTTAG-T--C-A------------GG------GG--ACCA-GG-
gi|18583 : TAGCCTGGTT-CCCTGCCTCAT--GCTC----T-----A------AAC-T----C-C-----GC-----G-T--CTACTGCCTTTAGTCAG------GGA-GCCA-GG-GGATCAG-GCTAAACAGTC--CG---TT-AG----GG-GT-------ACA--TG----TG-A-----------GC--A-TA-C-G-CATTTC---------A-AA--
gi|18584 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--CCTC----T-----A------AGC-T----A-C-----A------G-T-----------------AA------GGGAGCCA-GA--G----G-ACC--A
gi|18585 : TAGTCTGGTT-CCCCGTCCCAT--ACTA----T-----A------TGC-T----C-T-----GC-----G-T--C-G-----------CAA------GGGAGTCA-GG-GG----G-ACC--A
gi|18586 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCCC----T-----T------AGT-TCAGGA-G-----GC----------C-A-----------TGG------GG--ACCA-GG-T-------ACT--ACAAT
gi|18587 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----T-----A------A-----------------------G-T--C-A------------GG------GA--GCCA-GG--G----G-ACC--A
gi|18588 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----ACACACTAGC-TA---A-A-----GC-----G-T--C-A-----------
gi|18589 : AGCCTGGTTTCCCTGTCCCAT--GCTCG---C-----A------AGC-T----A-------GC-----G-TTTC-------------CAA------GG--GCCA-GGGTG----GGACT--ACAATCCGAA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-TG-CCCTGAAATC-TTC-GC-GA--A-TG-C-GTTATTTCAG-------A-AA--TGTCGT-GT-TTTCCGC-T-ATT-GTT-ATTAACGATG---T-TATTA
gi|18590 : AGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTCTAGAT-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------
gi|18591 : GCCTGGTT-CGCGCTTCCAT--GTTT----CGCCGAA------GGC-T----A-C-----GC-----GGT--C-A------------AA------G----CCA-GGGTG----G-ACTG-ACAATC--GGATTTTCAG----GG-CT-------AAAT-TGCCCCTG-AATC-TTCGGC-GCGGA-TG-C-G-TATATC---------ATAAGTTGTCGTATATTTTCCGC---A-TGGTTAATTAACGA-G---T-CATTA
gi|18592 : C--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-CG-CTCCG-AATC-TAT-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-TA--T
Alignments
lowQualScore : 111111111111 11 111111111
lowQualScore : 1 22 6666666666 444444 1 555555555555 66666 1 22 1 888888888888 444444 66 1 33 3333 1 44 33 777 5555 2 8888888 2 2 2 5 2 2 33 2 2 2 2 555555555 5 33 4 4 777 5 5 5 888 5
lowQualScore : . .. .......... ...... . ............ ..... . .. . ............ ...... .. . .. .... . .. .. ... .... . ....... . . . . . . .. . . . . ......... . .. . . ... . . . ... .
lowQualScore : 5 00 0000000000 333333 5 000000000000 77777 5 00 5 555555555555 888888 22 7 33 9999 8 33 77 333 7777 7 7777777 7 9 9 7 9 9 99 9 9 9 9 444444444 7 99 4 4 111 0 0 0 888 0
consensus : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATC-TTC-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--TGTCGT-TA-TTTCCGC-T-A-T-GTT-ATTAACGATG---T-TATTAT
Reference ( family-660 ) : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATC-TTC-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--TGTCGT-TA-TTTCCGC-T-A-T-GTT-ATTAACGATG---T-TATTAT
gi|18565 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATC-TTC-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--TGTCGT-TA-TTTCCGC-T-A-T-GTT-ATTAACGATG---T-TATTAT
gi|18566 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATC-TTC-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AT--TGTCGT-TA-TTTCCGC-T-A-T-GTT-ATTAACGATG---T-TATTAT
gi|18567 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTG----C-----A------TTT-T----A--------------G-T--C-A------------GG------GA--GCCA-GG--G----G-ACC--A
gi|18568 : TAGCCTGGTT-CCCT-TCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GAT--TTCAG----GGCCT-------AAATGTG-CCCTG-AATC-TTC-GCGGC--A-TG-C-G-TA-TTC---------A-AA--TGTCGT-TA-TTTCCGC-TAA-T-GTT-ATTAACAATG---T-TATTAT
gi|18569 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A-------GC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG----CA-GG-TG----G-ACT--ACA-TC--GA---TTCAG----G--CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATT-TTC-GC-GC--A-TGACGG-TATTTC---------A-AT--TGTCGT-TA-TTTCCGC-T-A-T-G-T-ATTAACGATG---T-TATTAT
gi|18570 : TAGCCTA-TT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----AAC-----GCT----G-T--C-A-----------CAA------GG---CCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTTCA----GG-CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATC--TC-GC-GC--ATTG-C-G-TATTTC---------ATAA--TGTC-T-TA-TTTCCGCAT-A-T-GTT-ATTAACGATGGTTT-TATTAT
gi|18571 : TAGC-TGGTT-CCCGATCC-AT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCAGGG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTCA-----GG-CT-------AA---TG-CCCTG-AATT-CTC-G--GC--A-TG-C-G-TATTTG---------C-AT--TGTCG--TA--TTCCGC-T-A-T-GTT-ATTAACGATG---TATATTAT
gi|18572 : TAGCCTGATT-CCCTGTCGCAT--GCTC----T-----A------AGC-T----A-C-----GCA----G-T--C-G-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ATT--ACAATC--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAC-TG-CCCTG-AATCTTTT-GC-GC--A-TG-C-G-TACTTCATATTGAAAA-AA--TGGCGT-CG-CTTCC
gi|18573 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----T-----A------ACT-C----A-CTCACTGC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TC----G-AAT--ACAATC--GA---TTCAGCTAGGG-CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATT-TTC-GC-AC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--T
gi|18574 : TAGCCTGGTT-CCCTGTTCCATATGCTC----T-----A------AGC-T----C-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCT-GG-TG----G-AAT--ACA-------------AG----GG-CTAAAATTAAAAT-TG-CCCTG-AATCTTTC-GC-GA--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--T
gi|18575 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCC-AT--GC-C----T-----A------AGCCT----C-C-----GC-----A-T--C-G-----------CAA------GG--GCCA-GG--G----G-AAT--ACAATC--GA---TTCGG----GC-CT-------AAAT-
gi|18576 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--
gi|18577 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-ACTAGT------CAG------GA--GCCA-GG--G----G-ACC--A
gi|18578 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-ACTGCCTTTAGTCAG------GA--GCCA-GG--G----G-ACC--A
gi|18579 : TAGCCTGGTT-CCCTGTTCCAT--GCTC----T-----A------TGA-T----C-C-----AC-----A-T--C-G-----------CAA------GG--GCC-------------------CGATC--GC---TGCA-------------------------------AATC-TCT-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--T
gi|18580 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-
gi|18581 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCTCAT--GCTC----T-----A------AGC-T----C-C-----GC-----G-T--C-G-----------CAAGTCTGGGA--GCCT-GG--G----G-ACT--A
gi|18582 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----T-----A------AGC-T----C-C-----GCCTTTAG-T--C-A------------GG------GG--ACCA-GG-
gi|18583 : TAGCCTGGTT-CCCTGCCTCAT--GCTC----T-----A------AAC-T----C-C-----GC-----G-T--CTACTGCCTTTAGTCAG------GGA-GCCA-GG-GGATCAG-GCTAAACAGTC--CG---TT-AG----GG-GT-------ACA--TG----TG-A-----------GC--A-TA-C-G-CATTTC---------A-AA--
gi|18584 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--CCTC----T-----A------AGC-T----A-C-----A------G-T-----------------AA------GGGAGCCA-GA--G----G-ACC--A
gi|18585 : TAGTCTGGTT-CCCCGTCCCAT--ACTA----T-----A------TGC-T----C-T-----GC-----G-T--C-G-----------CAA------GGGAGTCA-GG-GG----G-ACC--A
gi|18586 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCCC----T-----T------AGT-TCAGGA-G-----GC----------C-A-----------TGG------GG--ACCA-GG-T-------ACT--ACAAT
gi|18587 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----T-----A------A-----------------------G-T--C-A------------GG------GA--GCCA-GG--G----G-ACC--A
gi|18588 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----ACACACTAGC-TA---A-A-----GC-----G-T--C-A-----------
gi|18589 : AGCCTGGTTTCCCTGTCCCAT--GCTCG---C-----A------AGC-T----A-------GC-----G-TTTC-------------CAA------GG--GCCA-GGGTG----GGACT--ACAATCCGAA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-TG-CCCTGAAATC-TTC-GC-GA--A-TG-C-GTTATTTCAG-------A-AA--TGTCGT-GT-TTTCCGC-T-ATT-GTT-ATTAACGATG---T-TATTA
gi|18590 : AGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTCTAGAT-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------
gi|18591 : GCCTGGTT-CGCGCTTCCAT--GTTT----CGCCGAA------GGC-T----A-C-----GC-----GGT--C-A------------AA------G----CCA-GGGTG----G-ACTG-ACAATC--GGATTTTCAG----GG-CT-------AAAT-TGCCCCTG-AATC-TTCGGC-GCGGA-TG-C-G-TATATC---------ATAAGTTGTCGTATATTTTCCGC---A-TGGTTAATTAACGA-G---T-CATTA
gi|18592 : C--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-CG-CTCCG-AATC-TAT-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-TA--T
blockSeqs : T AT CGCCGA CACACT C ACTCACT CTTTA G TT T CTGCCTTTAGTC GTCTGG GA G GT ATCA G AA CG ATT CTAG C AAAATTA G C A T G G GG T A G T ATATTGAAA T GT A T TA T G A GTT A
blockSeqs : . . TAGAT . . CAGGAG T . . . CTGCCTTTAGTC . GA . GT . . G . T . . . . . . T . . . . . . . AG T . . . AT . . . . .
blockSeqs : . . GC . . AAC A . . . CTAGTC . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . C . . AAA . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . C . . AC . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . C . . AC . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . C . . AC . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . AC . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . AC . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . CC . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . CC . . . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . AC . . . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . AC . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . AC . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . CC . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . AC . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . CC . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . CC . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . CC . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . AC . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . CT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . AC . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . AC . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . A . . . .
blockSeqs : . . T . . A . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATC-TTC-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--TGTCGT-TA-TTTCCGC-T-A-T-GTT-ATTAACGATG---T-TATTAT
finalCons : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATC-TTC-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--TGTCGT-TA-TTTCCGC-T-A-T-GTT-ATTAACGATG---T-TATTAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111 11 111111111
lowQualScore : 1 22 6666666666 444444 1 555555555555 66666 1 22 1 888888888888 444444 66 1 33 3333 1 44 33 777 5555 2 8888888 2 2 2 5 2 2 33 2 2 2 2 555555555 5 33 4 4 777 5 5 5 888 5
lowQualScore : . .. .......... ...... . ............ ..... . .. . ............ ...... .. . .. .... . .. .. ... .... . ....... . . . . . . .. . . . . ......... . .. . . ... . . . ... .
lowQualScore : 5 00 0000000000 333333 5 000000000000 77777 5 00 5 555555555555 888888 22 7 33 9999 8 33 77 333 7777 7 7777777 7 9 9 7 9 9 99 9 9 9 9 444444444 7 99 4 4 111 0 0 0 888 0
consensus : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATC-TTC-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--TGTCGT-TA-TTTCCGC-T-A-T-GTT-ATTAACGATG---T-TATTAT
Reference ( family-660 ) : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATC-TTC-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--TGTCGT-TA-TTTCCGC-T-A-T-GTT-ATTAACGATG---T-TATTAT
gi|18565 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATC-TTC-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--TGTCGT-TA-TTTCCGC-T-A-T-GTT-ATTAACGATG---T-TATTAT
gi|18566 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATC-TTC-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AT--TGTCGT-TA-TTTCCGC-T-A-T-GTT-ATTAACGATG---T-TATTAT
gi|18567 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTG----C-----A------TTT-T----A--------------G-T--C-A------------GG------GA--GCCA-GG--G----G-ACC--A
gi|18568 : TAGCCTGGTT-CCCT-TCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GAT--TTCAG----GGCCT-------AAATGTG-CCCTG-AATC-TTC-GCGGC--A-TG-C-G-TA-TTC---------A-AA--TGTCGT-TA-TTTCCGC-TAA-T-GTT-ATTAACAATG---T-TATTAT
gi|18569 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A-------GC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG----CA-GG-TG----G-ACT--ACA-TC--GA---TTCAG----G--CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATT-TTC-GC-GC--A-TGACGG-TATTTC---------A-AT--TGTCGT-TA-TTTCCGC-T-A-T-G-T-ATTAACGATG---T-TATTAT
gi|18570 : TAGCCTA-TT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----AAC-----GCT----G-T--C-A-----------CAA------GG---CCA-GG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTTCA----GG-CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATC--TC-GC-GC--ATTG-C-G-TATTTC---------ATAA--TGTC-T-TA-TTTCCGCAT-A-T-GTT-ATTAACGATGGTTT-TATTAT
gi|18571 : TAGC-TGGTT-CCCGATCC-AT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCAGGG-TG----G-ACT--ACAATC--GA---TTCA-----GG-CT-------AA---TG-CCCTG-AATT-CTC-G--GC--A-TG-C-G-TATTTG---------C-AT--TGTCG--TA--TTCCGC-T-A-T-GTT-ATTAACGATG---TATATTAT
gi|18572 : TAGCCTGATT-CCCTGTCGCAT--GCTC----T-----A------AGC-T----A-C-----GCA----G-T--C-G-----------CAA------GG--GCCA-GG-TG----G-ATT--ACAATC--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAC-TG-CCCTG-AATCTTTT-GC-GC--A-TG-C-G-TACTTCATATTGAAAA-AA--TGGCGT-CG-CTTCC
gi|18573 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----T-----A------ACT-C----A-CTCACTGC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCA-GG-TC----G-AAT--ACAATC--GA---TTCAGCTAGGG-CT-------AAAT-TG-CCCTG-AATT-TTC-GC-AC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--T
gi|18574 : TAGCCTGGTT-CCCTGTTCCATATGCTC----T-----A------AGC-T----C-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--GCCT-GG-TG----G-AAT--ACA-------------AG----GG-CTAAAATTAAAAT-TG-CCCTG-AATCTTTC-GC-GA--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--T
gi|18575 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCC-AT--GC-C----T-----A------AGCCT----C-C-----GC-----A-T--C-G-----------CAA------GG--GCCA-GG--G----G-AAT--ACAATC--GA---TTCGG----GC-CT-------AAAT-
gi|18576 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------CAA------GG--
gi|18577 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-ACTAGT------CAG------GA--GCCA-GG--G----G-ACC--A
gi|18578 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-ACTGCCTTTAGTCAG------GA--GCCA-GG--G----G-ACC--A
gi|18579 : TAGCCTGGTT-CCCTGTTCCAT--GCTC----T-----A------TGA-T----C-C-----AC-----A-T--C-G-----------CAA------GG--GCC-------------------CGATC--GC---TGCA-------------------------------AATC-TCT-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-AA--T
gi|18580 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-
gi|18581 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCTCAT--GCTC----T-----A------AGC-T----C-C-----GC-----G-T--C-G-----------CAAGTCTGGGA--GCCT-GG--G----G-ACT--A
gi|18582 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----T-----A------AGC-T----C-C-----GCCTTTAG-T--C-A------------GG------GG--ACCA-GG-
gi|18583 : TAGCCTGGTT-CCCTGCCTCAT--GCTC----T-----A------AAC-T----C-C-----GC-----G-T--CTACTGCCTTTAGTCAG------GGA-GCCA-GG-GGATCAG-GCTAAACAGTC--CG---TT-AG----GG-GT-------ACA--TG----TG-A-----------GC--A-TA-C-G-CATTTC---------A-AA--
gi|18584 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--CCTC----T-----A------AGC-T----A-C-----A------G-T-----------------AA------GGGAGCCA-GA--G----G-ACC--A
gi|18585 : TAGTCTGGTT-CCCCGTCCCAT--ACTA----T-----A------TGC-T----C-T-----GC-----G-T--C-G-----------CAA------GGGAGTCA-GG-GG----G-ACC--A
gi|18586 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCCC----T-----T------AGT-TCAGGA-G-----GC----------C-A-----------TGG------GG--ACCA-GG-T-------ACT--ACAAT
gi|18587 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----T-----A------A-----------------------G-T--C-A------------GG------GA--GCCA-GG--G----G-ACC--A
gi|18588 : TAGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTC----C-----ACACACTAGC-TA---A-A-----GC-----G-T--C-A-----------
gi|18589 : AGCCTGGTTTCCCTGTCCCAT--GCTCG---C-----A------AGC-T----A-------GC-----G-TTTC-------------CAA------GG--GCCA-GGGTG----GGACT--ACAATCCGAA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-TG-CCCTGAAATC-TTC-GC-GA--A-TG-C-GTTATTTCAG-------A-AA--TGTCGT-GT-TTTCCGC-T-ATT-GTT-ATTAACGATG---T-TATTA
gi|18590 : AGCCTGGTT-CCCTGTCCCAT--GCTCTAGAT-----A------AGC-T----A-C-----GC-----G-T--C-A-----------
gi|18591 : GCCTGGTT-CGCGCTTCCAT--GTTT----CGCCGAA------GGC-T----A-C-----GC-----GGT--C-A------------AA------G----CCA-GGGTG----G-ACTG-ACAATC--GGATTTTCAG----GG-CT-------AAAT-TGCCCCTG-AATC-TTCGGC-GCGGA-TG-C-G-TATATC---------ATAAGTTGTCGTATATTTTCCGC---A-TGGTTAATTAACGA-G---T-CATTA
gi|18592 : C--GA---TTCAG----GG-CT-------AAAT-CG-CTCCG-AATC-TAT-GC-GC--A-TG-C-G-TATTTC---------A-TA--T