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Reference ( gi|90928 ) : GAAAT-GG-C-CGA-T--GA--T-----C-GT-TT-T--GCTG--C--G--GCG-AA--T--GAGG-A-T---GGAAT--C--C--AAGC--G----AT-G-CTT---G--G-AA--G--CAAGGG--A-CA-G-CA-AA-A---A----C--A-A--TA------A-A--AAT---G-T---G-GT-AA-A-AAC--G-CATGAA-AAT-A--TT-CTC--G--GTG--A-ATAT
gi|90912 : GAAAT-GA-C-CGA-T--GG--T-----C-GT-TT-T--GCTG--CC-G--GCG-AA--TT-GAAG-A-T---GGAAT--C--C--AAGC--G----AT-G-CTT---G--A-AA--G--C-GGGG--A-CA-G-CA-AA-AAC-A----C--A-A--TG------A-A--AAT---G-T---G-GT-AATA-AAC--G-TATGAA-AAT-A--TT-CTC--G--GTG--A-ATAT
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Reference ( family-651 ) : GAAAT-GG-C-CGA-T--G-G-T-C-GT-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AA--T--GAGG-A-T---GGAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G-AA-A--G-C-A---GGG-A-CA-GCA-AAA-A-A----CA--A---TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-AA-A-AACG-T-NTGAA-AAT-A--TT-CTC--G--GTG--A-ATAT
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gi|90933 : AAAT-GG-C-CGA-T--G-G-T-T-GT-TT--C-GCTG--CAGG--GC--AA--T--GAGG-A-T---GAAAT-------------------------------AA-A--G-A-A---GGG-G-CA-GAA-AAA-C-A----CA--A---TA---A-A--A-A----------------------T-ATGAA-AAT-A--TT-CTC--G--TTG--A-ATAT
gi|90934 : T-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AA--T--GAGG-A-C---GAAATC--C--AAGC--G----A-T-G-----------------------------CA-GCA-AAA-ACA----CA--G---TA---A-A--
gi|90935 : A--T--GAGG-A-T---GAAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G-AA-AAAG-C-A---GGG-A-CA-GCA-AAA-ACA----CA--A---TA---ATA--T-ATG-T---GCG-----A-AACA-T-CTGAA-AAT-A--TT-CTC--T--GTG--A-ATAT
gi|90936 : AATC--C--AAGT--G----A-T-G-CTT---G-AA-A--T-C-A---GGG-A-CA-GC---AA-A-A----TC--A---CA---A-A--A-ATG-C---G-TC-AA-A-GAC
gi|90937 : -G-CTT---G-AA-A--G-C-A---GGG-A-CA-GCATAAA-C-A----CA--A---TATTAA-A--A-ATG-T---G-GT-GA-A-AACA-T-CTGAA-AAT-A--CT-CTC--A--GTG--A-ATATagaaa
gi|90938 : G-T---G-GT-GA-A-AACA-T-CTGAA-AAT-A--TT-CTC--G--CTG--A-ATAT
Alignments
lowQualScore : 1 3 3 1 44 3 1 1 3 3 66 1 33 55 33 1 33 33 1 3 222 55 44 22 3333 1 1 1 777 55 1 1 3 222 3 1 1 1 22 222 3 1 33 444 1 22 1 3 222 1 8888 1 33 44 0 1 1 44 1 44 44 44 1
lowQualScore : . . . . .. . . . . . .. . .. .. .. . .. .. . . ... .. .. .. .... . . . ... .. . . . ... . . . . .. ... . . .. ... . .. . . ... . .... . .. .. . . . .. . .. .. .. .
lowQualScore : 7 3 3 7 00 3 7 7 3 2 00 6 88 44 88 6 77 88 6 2 888 22 22 11 3333 5 5 5 000 00 5 5 1 777 1 5 5 5 00 777 1 5 77 888 5 11 6 1 777 5 1111 5 00 88 8 6 6 00 7 00 00 00 7
consensus : GAAAT-GG-C-CGA-T--G-G-T-C-GT-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AA--T--GAGG-A-T---GGAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-AA-A-AACG-T-NTGAA-AAT-A--TT-CTC--G--GTG--A-ATAT
Reference ( family-651 ) : GAAAT-GG-C-CGA-T--G-G-T-C-GT-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AA--T--GAGG-A-T---GGAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-AA-A-AACG-T-NTGAA-AAT-A--TT-CTC--G--GTG--A-ATAT
gi|90910 : GAAGT-GG-C-CGA-C--G-G-T-C-GT-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AA--T--GGGG-A-T---TTAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--AA-AG-T-A---GGA-A-CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-GA-A-AACA-T-CTGAA-AAT-A--TT-CTC--G--GTG--A-ATGT
gi|90911 : aGAAAT-GG-C-TGA-T--G-G-T-G-GT-TT--C-GCTG--C--G--GTG-AA--T--GAGG-A-T---GAAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-G-AAAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-AT-AA-A-AA-A-T-CTG-A-AAT-A--TT-CTC--G--GTG--T-ATAT
gi|90912 : aGAAAT-GA-C-CGA-T--G-G-T-C-GT-TT--T-GCTG--CC-G--GCG-AA--TT-GAAG-A-T---GGAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-G---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-A--TG---A-A--A-ATG-T---G-GT-AATA-AACG-T-ATGAA-AAT-A--TT-CTC--G--GTG--A-ATAT
gi|90913 : aAAT-GG-C-TGA-T--A-G-T-C-GT-TT--T-GCTG--C--G--ACG-AA--A--GAGA-A-T---GGAACC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-GA-A-AACA-T-TTG-A-AAT-A--TT-CTT--G--GTG--A-ATAT
gi|90914 : agtGAAAT-GG-C-CGG-T--G-G-A-C-TT-TT--T-GCTG--G--G--GCG-AA--T--GAGG-A-T---GGAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CAT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-A-C-AAAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-AA-A-AACG-T-ATGCA-AAT-A--TT-TTC--G--GTG--A-ATAT
gi|90915 : aGAAAT-GG-A-CGA-T--G-G-T-C-GT-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AA--T--GCCG-A-T---GAAATC--C--AAGC--A----A-T-G-CTC---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CT-G-C-AGAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-G---------------TGAA-AAT-A--TT-CTT--G--GTG--A-ATAT
gi|90916 : aAAAT-GG-C-CGA-T--G-G-T-C-TG-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AAA-T--GAAG-A-T---GGAATT--CTCAAGC--G----AAT-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGGAA-CA-G-C--AAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GTAAA-A-AACGTT-ATG-A-AAT-A--TT-CCC--G--GTG--ATATAT
gi|90917 : aaAATAGG-T-CGA-T--G---T-C-GT-TT--T-GCTG--C--G--G-G-AA--T--GAAG-A-T---GGA--T--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C--AAA-A-CA-CA-A--T----A-A--A-ATG-T---G-GT--A-A-AACG-T-ATGAA-AAT-A--TT-CTCT-G--GTG--A-ATAT
gi|90918 : agAAAT-GG-C-CGA-T--G-G-T-C-GT-TT--C-GCTG--C--T--GCA-AA--T--GAGG-A-T---GAAATT--C--AAGC--G----C-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-G-CA-G-C--AAA-T-CA-CA-A--TA---G-A--A-ATG----------A-------------GAA-AAT-A--TT-CTC--G--GTG--A-ATAT
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gi|90922 : aGAAAT-GGGC-CAA-C--G-A-T-TTGT-TTATCAGCTGG-C--G--GCG-AA--T--GAGGGA-T---GAAATC--C--AAGCTCA----A-T-G-CTTT--G--AA-AT-C-A---GGG-A-CATG-C-AAAAAA-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT--G-A-AACA-T-CTGAA-AAT-A--TT-CTCCAGACATG--A-ATAT
gi|90923 : aGAAAT-GG-TTCGA-TTTG-G-T-C-GT-TCTCC-GCTG--C--GC-GCG-AA--TATGAAG-A-----GGAATC--C--AAGC--A----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GAG-A-CA-GCC-AAAA-ATCACCA-A--TA---A-A--A-ATG-TCTGG-GTGAA-A-AACG-T-ATGAACAAT-A---T-CTC--G--GT---A-ATAT
gi|90924 : aAAAT-GA-C-CGA-T--T-G-T-AAGT-TT--A-GCTGTGC--G--AAG-AA--T--GAGG-A-T---GAAATTCGC--AAGC-------A-T-G-CTTG--G--AA-AGTC-A---GGGCATCA-G-C-ATAA-A-CACCA-AT-TAAC-A-A--A-GTGTT---G-GT-GA-A-AACA-TGCTGAA-AAT-A---T-CT------GTG----ATAT
gi|90925 : aaGAAAT-GG-C-CTC-T--GAG-T-T-CTATT--C-GCT---C--G--GCG-AA--T--GAAG-A-TTGAAGAACCA-T--AAGC--G----A-TAG-CTT---G--AA-AG-CTA---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-T--CA---A-C--ATATGAT---G-GT-AA-ATAACG-T-ATGAA-AAT-
gi|90926 : aAGAT-GG-CACGA-T--G---C-C-GT-TT--C-GCTG--C--GCGGCG-AA--T--GAAG-ATT---GAAATC--C--AAGC--GTTATA-T-GACTT---G--A
gi|90927 : agaGAAAT-GA-C-CGA-T--G-G-T-C-GA-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AA--
gi|90928 : aGAAAT-GG-C-CGA-T--G-A-T-C-GT-TT--T-GCTG--C--G--GCG-AA--T--GAGG-A-T---GGAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--GA-AG-CAA---GGG-A-CA-G-C-AAAA----A-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-AA-A-AACG-C-ATGAA-AAT-A--TT-CTC--G--GTG--A-ATAT
gi|90929 : GAAAG-GG-C-AGA-T--G-G-T-C-AT-TT--C-GCTG--G--G--GCA-AA--T--GAGG-A-T---GGAATT--C--AAGC--G----A-T-G-CTTTAAA--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-TA-AA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-GA-A-AATA-T-CCGAA-AAT-A--TC-CTC--G--GTG--A-ATAT
gi|90930 : GAAAT-GC-G-TGA-TT-GCG-T-C-GT-TT--C-ACTG--CT-G--GCG-AA--T--GAG--A-T---GGAATC------AGC--A----A-T-G-CTT---GG-AA-AG-C-A---GGG-A-TA-G-CAAAAA-A-CA-CA-AATTA---C-A--A-ATG-----G-GT-AAGA-AATG-T-ATGAA-AAT-AATTT-CTC--GC-GTGGAA-ATAT
gi|90931 : AAGT-GG-C-CGA-T--T-G-T-C-GT-TT--C-GCTG--C--A--GTT-AA--T--ATGG-A-T---GGAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-TA-A-AACA-T-CTGAA-AAT-A--TT-ATC--G--GTG--A-ATAT
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gi|90934 : T-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AA--T--GAGG-A-C---GAAATC--C--AAGC--G----A-T-G----------------------------CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-G--TA---A-A--
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gi|90936 : AATC--C--AAGT--G----A-T-G-CTT---G--AA-AT-C-A---GGG-A-CA-G-C-AAAA-T-CA-C------A---A-A--A-ATG-C---G-TC-AA-A-GAC
gi|90937 : -G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C-ATAA-A-CA-CA-A--TATTAA-A--A-ATG-T---G-GT-GA-A-AACA-T-CTGAA-AAT-A--CT-CTC--A--GTG--A-ATATagaaa
gi|90938 : G-T---G-GT-GA-A-AACA-T-CTGAA-AAT-A--TT-CTC--G--CTG--A-ATAT
Alignments
lowQualScore : 1 3 3 1 44 3 1 1 3 3 66 1 33 55 33 1 33 33 1 3 222 55 44 22 3333 1 1 1 777 55 1 1 3 222 3 1 1 1 22 222 3 1 33 444 1 22 1 3 222 1 8888 1 33 44 0 1 1 44 1 44 44 44 1
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lowQualScore : 7 3 3 7 00 3 7 7 3 2 00 6 88 44 88 6 77 88 6 2 888 22 22 11 3333 5 5 5 000 00 5 5 1 777 1 5 5 5 00 777 1 5 77 888 5 11 6 1 777 5 1111 5 00 88 8 6 6 00 7 00 00 00 7
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Reference ( family-651 ) : GAAAT-GG-C-CGA-T--G-G-T-C-GT-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AA--T--GAGG-A-T---GGAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-AA-A-AACG-T-NTGAA-AAT-A--TT-CTC--G--GTG--A-ATAT
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gi|90916 : aAAAT-GG-C-CGA-T--G-G-T-C-TG-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AAA-T--GAAG-A-T---GGAATT--CTCAAGC--G----AAT-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGGAA-CA-G-C--AAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GTAAA-A-AACGTT-ATG-A-AAT-A--TT-CCC--G--GTG--ATATAT
gi|90917 : aaAATAGG-T-CGA-T--G---T-C-GT-TT--T-GCTG--C--G--G-G-AA--T--GAAG-A-T---GGA--T--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C--AAA-A-CA-CA-A--T----A-A--A-ATG-T---G-GT--A-A-AACG-T-ATGAA-AAT-A--TT-CTCT-G--GTG--A-ATAT
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gi|90920 : aaGAAAT-GGGC-CGA-T--G-G-C-C-GTGTT--C-GCTG--C--G--GC--AA--T--GAAG-A-T---GGACTCA-C--AAA---G----A-----CTT---GG-AA-AG-C-----GGG-A-CA-G-C-AAAA---CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-AA-A-AA-G-T-ATGAA-AAT-A--TTACTC--G--GTG--A-ATAT
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gi|90922 : aGAAAT-GGGC-CAA-C--G-A-T-TTGT-TTATCAGCTGG-C--G--GCG-AA--T--GAGGGA-T---GAAATC--C--AAGCTCA----A-T-G-CTTT--G--AA-AT-C-A---GGG-A-CATG-C-AAAAAA-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT--G-A-AACA-T-CTGAA-AAT-A--TT-CTCCAGACATG--A-ATAT
gi|90923 : aGAAAT-GG-TTCGA-TTTG-G-T-C-GT-TCTCC-GCTG--C--GC-GCG-AA--TATGAAG-A-----GGAATC--C--AAGC--A----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GAG-A-CA-GCC-AAAA-ATCACCA-A--TA---A-A--A-ATG-TCTGG-GTGAA-A-AACG-T-ATGAACAAT-A---T-CTC--G--GT---A-ATAT
gi|90924 : aAAAT-GA-C-CGA-T--T-G-T-AAGT-TT--A-GCTGTGC--G--AAG-AA--T--GAGG-A-T---GAAATTCGC--AAGC-------A-T-G-CTTG--G--AA-AGTC-A---GGGCATCA-G-C-ATAA-A-CACCA-AT-TAAC-A-A--A-GTGTT---G-GT-GA-A-AACA-TGCTGAA-AAT-A---T-CT------GTG----ATAT
gi|90925 : aaGAAAT-GG-C-CTC-T--GAG-T-T-CTATT--C-GCT---C--G--GCG-AA--T--GAAG-A-TTGAAGAACCA-T--AAGC--G----A-TAG-CTT---G--AA-AG-CTA---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-T--CA---A-C--ATATGAT---G-GT-AA-ATAACG-T-ATGAA-AAT-
gi|90926 : aAGAT-GG-CACGA-T--G---C-C-GT-TT--C-GCTG--C--GCGGCG-AA--T--GAAG-ATT---GAAATC--C--AAGC--GTTATA-T-GACTT---G--A
gi|90927 : agaGAAAT-GA-C-CGA-T--G-G-T-C-GA-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AA--
gi|90928 : aGAAAT-GG-C-CGA-T--G-A-T-C-GT-TT--T-GCTG--C--G--GCG-AA--T--GAGG-A-T---GGAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--GA-AG-CAA---GGG-A-CA-G-C-AAAA----A-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-AA-A-AACG-C-ATGAA-AAT-A--TT-CTC--G--GTG--A-ATAT
gi|90929 : GAAAG-GG-C-AGA-T--G-G-T-C-AT-TT--C-GCTG--G--G--GCA-AA--T--GAGG-A-T---GGAATT--C--AAGC--G----A-T-G-CTTTAAA--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-TA-AA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-GA-A-AATA-T-CCGAA-AAT-A--TC-CTC--G--GTG--A-ATAT
gi|90930 : GAAAT-GC-G-TGA-TT-GCG-T-C-GT-TT--C-ACTG--CT-G--GCG-AA--T--GAG--A-T---GGAATC------AGC--A----A-T-G-CTT---GG-AA-AG-C-A---GGG-A-TA-G-CAAAAA-A-CA-CA-AATTA---C-A--A-ATG-----G-GT-AAGA-AATG-T-ATGAA-AAT-AATTT-CTC--GC-GTGGAA-ATAT
gi|90931 : AAGT-GG-C-CGA-T--T-G-T-C-GT-TT--C-GCTG--C--A--GTT-AA--T--ATGG-A-T---GGAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-TA-A-AACA-T-CTGAA-AAT-A--TT-ATC--G--GTG--A-ATAT
gi|90932 : AAAT-GG-C--GA-T--G-G-TGC-GT-TT--C-GCTG--C--T--GCA-AA--T--GAGG-A-T---GAAATT--C--AGGC--G----C-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-G-CA-G-C---AA-A-TC-CA-A--TT---A-G--A-ATG-A---G--------------------A-AAT-AT-TT-CTC--G--GTG--A-ATAT
gi|90933 : AAAT-GG-C-CGA-T--G-G-T-T-GT-TT--C-GCTG--CAGG--GC--AA--T--GAGG-A-T---GAAAT--------------------------------AA-AG-A-A---GGG-G-CA-G---AAAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-A----------------------T-ATGAA-AAT-A--TT-CTC--G--TTG--A-ATAT
gi|90934 : T-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AA--T--GAGG-A-C---GAAATC--C--AAGC--G----A-T-G----------------------------CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-G--TA---A-A--
gi|90935 : A--T--GAGG-A-T---GAAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---GAAAA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-A--TA---ATA--T-ATG-T---GCG-----A-AACA-T-CTGAA-AAT-A--TT-CTC--T--GTG--A-ATAT
gi|90936 : AATC--C--AAGT--G----A-T-G-CTT---G--AA-AT-C-A---GGG-A-CA-G-C-AAAA-T-CA-C------A---A-A--A-ATG-C---G-TC-AA-A-GAC
gi|90937 : -G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C-ATAA-A-CA-CA-A--TATTAA-A--A-ATG-T---G-GT-GA-A-AACA-T-CTGAA-AAT-A--CT-CTC--A--GTG--A-ATATagaaa
gi|90938 : G-T---G-GT-GA-A-AACA-T-CTGAA-AAT-A--TT-CTC--G--CTG--A-ATAT
blockSeqs : A G T A TT A G G T G AT A TG AG CG C AA AT G A TGA CG TC TC TTAT A A A TAA AA T T T AGA A T T C AA AA C G AT TTA T GA T T CTG C AAT T GT GC C C AT A CA AC GA T
blockSeqs : . G A . T C . . A A TC . G C C . A T . T . A CA . . . . . T G . . A . C . . . A AT C . T AC . . . A . . AAA . A C . . T . T C A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . T . . . . . . . A . . . . . . T G . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . GAA . G A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . AAG . A T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . AA . G A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . GA . G A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . AA . G A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . AA . G A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . AA . A T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . . . . . . GA . G C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . . . . . . AA . A A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . AA . G A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . GA . G A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . TA . A C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . AA . G A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . GA . A C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . GA . A A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . A . A C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . A . A C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : GAAAT-GG-C-CGA-T--G-G-T-C-GT-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AA--T--GAGG-A-T---GGAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-AA-A-AACG-T-NTGAA-AAT-A--TT-CTC--G--GTG--A-ATAT
finalCons : GAAAT-GG-C-CGA-T--G-G-T-C-GT-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AA--T--GAGG-A-T---GGAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-AA-A-AACG-T-NTGAA-AAT-A--TT-CTC--G--GTG--A-ATAT
Alignments
lowQualScore : 1 3 3 1 44 3 1 1 3 3 66 1 33 55 33 1 33 33 1 3 222 55 44 22 3333 1 1 1 777 55 1 1 3 222 3 1 1 1 22 222 3 1 33 444 1 22 1 3 222 1 8888 1 33 44 0 1 1 44 1 44 44 44 1
lowQualScore : . . . . .. . . . . . .. . .. .. .. . .. .. . . ... .. .. .. .... . . . ... .. . . . ... . . . . .. ... . . .. ... . .. . . ... . .... . .. .. . . . .. . .. .. .. .
lowQualScore : 7 3 3 7 00 3 7 7 3 2 00 6 88 44 88 6 77 88 6 2 888 22 22 11 3333 5 5 5 000 00 5 5 1 777 1 5 5 5 00 777 1 5 77 888 5 11 6 1 777 5 1111 5 00 88 8 6 6 00 7 00 00 00 7
consensus : GAAAT-GG-C-CGA-T--G-G-T-C-GT-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AA--T--GAGG-A-T---GGAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-AA-A-AACG-T-NTGAA-AAT-A--TT-CTC--G--GTG--A-ATAT
Reference ( family-651 ) : GAAAT-GG-C-CGA-T--G-G-T-C-GT-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AA--T--GAGG-A-T---GGAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-AA-A-AACG-T-NTGAA-AAT-A--TT-CTC--G--GTG--A-ATAT
gi|90910 : GAAGT-GG-C-CGA-C--G-G-T-C-GT-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AA--T--GGGG-A-T---TTAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--AA-AG-T-A---GGA-A-CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-GA-A-AACA-T-CTGAA-AAT-A--TT-CTC--G--GTG--A-ATGT
gi|90911 : aGAAAT-GG-C-TGA-T--G-G-T-G-GT-TT--C-GCTG--C--G--GTG-AA--T--GAGG-A-T---GAAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-G-AAAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-AT-AA-A-AA-A-T-CTG-A-AAT-A--TT-CTC--G--GTG--T-ATAT
gi|90912 : aGAAAT-GA-C-CGA-T--G-G-T-C-GT-TT--T-GCTG--CC-G--GCG-AA--TT-GAAG-A-T---GGAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-G---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-A--TG---A-A--A-ATG-T---G-GT-AATA-AACG-T-ATGAA-AAT-A--TT-CTC--G--GTG--A-ATAT
gi|90913 : aAAT-GG-C-TGA-T--A-G-T-C-GT-TT--T-GCTG--C--G--ACG-AA--A--GAGA-A-T---GGAACC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-GA-A-AACA-T-TTG-A-AAT-A--TT-CTT--G--GTG--A-ATAT
gi|90914 : agtGAAAT-GG-C-CGG-T--G-G-A-C-TT-TT--T-GCTG--G--G--GCG-AA--T--GAGG-A-T---GGAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CAT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-A-C-AAAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-AA-A-AACG-T-ATGCA-AAT-A--TT-TTC--G--GTG--A-ATAT
gi|90915 : aGAAAT-GG-A-CGA-T--G-G-T-C-GT-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AA--T--GCCG-A-T---GAAATC--C--AAGC--A----A-T-G-CTC---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CT-G-C-AGAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-G---------------TGAA-AAT-A--TT-CTT--G--GTG--A-ATAT
gi|90916 : aAAAT-GG-C-CGA-T--G-G-T-C-TG-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AAA-T--GAAG-A-T---GGAATT--CTCAAGC--G----AAT-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGGAA-CA-G-C--AAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GTAAA-A-AACGTT-ATG-A-AAT-A--TT-CCC--G--GTG--ATATAT
gi|90917 : aaAATAGG-T-CGA-T--G---T-C-GT-TT--T-GCTG--C--G--G-G-AA--T--GAAG-A-T---GGA--T--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C--AAA-A-CA-CA-A--T----A-A--A-ATG-T---G-GT--A-A-AACG-T-ATGAA-AAT-A--TT-CTCT-G--GTG--A-ATAT
gi|90918 : agAAAT-GG-C-CGA-T--G-G-T-C-GT-TT--C-GCTG--C--T--GCA-AA--T--GAGG-A-T---GAAATT--C--AAGC--G----C-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-G-CA-G-C--AAA-T-CA-CA-A--TA---G-A--A-ATG----------A-------------GAA-AAT-A--TT-CTC--G--GTG--A-ATAT
gi|90919 : aaAAAT-GG-C-CGA-T--G-G-T---GT-TT--C-GCTG--C--T--GCACAA--G--GAGG-A-T---GAAATT--C--AAGC--G----C-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-G-CA-G-C--AAA-T-CA-CA-A--TA---A-A--A-----T---G-A----------------GAA-AATCA--TT-CTC--G--GTG--A-ATAT
gi|90920 : aaGAAAT-GGGC-CGA-T--G-G-C-C-GTGTT--C-GCTG--C--G--GC--AA--T--GAAG-A-T---GGACTCA-C--AAA---G----A-----CTT---GG-AA-AG-C-----GGG-A-CA-G-C-AAAA---CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-AA-A-AA-G-T-ATGAA-AAT-A--TTACTC--G--GTG--A-ATAT
gi|90921 : aGAAAT-GG-C-CGAAT--G-GGT-C-GT-TTG-C-GCTG--C--G--GCG-AAAAT--GAAG-AAT---GGAATC--CCAAAGC--G------T-G-CTTT--G--AATAG-C-AAGAGGA-A-CG-G-C-AAAA---CA-CAGA--TA---A-AGAA-ATG-T---G-GT-AA-A-AACG-T-TTG-A-AAT-A--TT-CTT--G--GTGA-A-ATAT
gi|90922 : aGAAAT-GGGC-CAA-C--G-A-T-TTGT-TTATCAGCTGG-C--G--GCG-AA--T--GAGGGA-T---GAAATC--C--AAGCTCA----A-T-G-CTTT--G--AA-AT-C-A---GGG-A-CATG-C-AAAAAA-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT--G-A-AACA-T-CTGAA-AAT-A--TT-CTCCAGACATG--A-ATAT
gi|90923 : aGAAAT-GG-TTCGA-TTTG-G-T-C-GT-TCTCC-GCTG--C--GC-GCG-AA--TATGAAG-A-----GGAATC--C--AAGC--A----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GAG-A-CA-GCC-AAAA-ATCACCA-A--TA---A-A--A-ATG-TCTGG-GTGAA-A-AACG-T-ATGAACAAT-A---T-CTC--G--GT---A-ATAT
gi|90924 : aAAAT-GA-C-CGA-T--T-G-T-AAGT-TT--A-GCTGTGC--G--AAG-AA--T--GAGG-A-T---GAAATTCGC--AAGC-------A-T-G-CTTG--G--AA-AGTC-A---GGGCATCA-G-C-ATAA-A-CACCA-AT-TAAC-A-A--A-GTGTT---G-GT-GA-A-AACA-TGCTGAA-AAT-A---T-CT------GTG----ATAT
gi|90925 : aaGAAAT-GG-C-CTC-T--GAG-T-T-CTATT--C-GCT---C--G--GCG-AA--T--GAAG-A-TTGAAGAACCA-T--AAGC--G----A-TAG-CTT---G--AA-AG-CTA---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-T--CA---A-C--ATATGAT---G-GT-AA-ATAACG-T-ATGAA-AAT-
gi|90926 : aAGAT-GG-CACGA-T--G---C-C-GT-TT--C-GCTG--C--GCGGCG-AA--T--GAAG-ATT---GAAATC--C--AAGC--GTTATA-T-GACTT---G--A
gi|90927 : agaGAAAT-GA-C-CGA-T--G-G-T-C-GA-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AA--
gi|90928 : aGAAAT-GG-C-CGA-T--G-A-T-C-GT-TT--T-GCTG--C--G--GCG-AA--T--GAGG-A-T---GGAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--GA-AG-CAA---GGG-A-CA-G-C-AAAA----A-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-AA-A-AACG-C-ATGAA-AAT-A--TT-CTC--G--GTG--A-ATAT
gi|90929 : GAAAG-GG-C-AGA-T--G-G-T-C-AT-TT--C-GCTG--G--G--GCA-AA--T--GAGG-A-T---GGAATT--C--AAGC--G----A-T-G-CTTTAAA--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-TA-AA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-GA-A-AATA-T-CCGAA-AAT-A--TC-CTC--G--GTG--A-ATAT
gi|90930 : GAAAT-GC-G-TGA-TT-GCG-T-C-GT-TT--C-ACTG--CT-G--GCG-AA--T--GAG--A-T---GGAATC------AGC--A----A-T-G-CTT---GG-AA-AG-C-A---GGG-A-TA-G-CAAAAA-A-CA-CA-AATTA---C-A--A-ATG-----G-GT-AAGA-AATG-T-ATGAA-AAT-AATTT-CTC--GC-GTGGAA-ATAT
gi|90931 : AAGT-GG-C-CGA-T--T-G-T-C-GT-TT--C-GCTG--C--A--GTT-AA--T--ATGG-A-T---GGAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-ATG-T---G-GT-TA-A-AACA-T-CTGAA-AAT-A--TT-ATC--G--GTG--A-ATAT
gi|90932 : AAAT-GG-C--GA-T--G-G-TGC-GT-TT--C-GCTG--C--T--GCA-AA--T--GAGG-A-T---GAAATT--C--AGGC--G----C-T-G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-G-CA-G-C---AA-A-TC-CA-A--TT---A-G--A-ATG-A---G--------------------A-AAT-AT-TT-CTC--G--GTG--A-ATAT
gi|90933 : AAAT-GG-C-CGA-T--G-G-T-T-GT-TT--C-GCTG--CAGG--GC--AA--T--GAGG-A-T---GAAAT--------------------------------AA-AG-A-A---GGG-G-CA-G---AAAA-A-CA-CA-A--TA---A-A--A-A----------------------T-ATGAA-AAT-A--TT-CTC--G--TTG--A-ATAT
gi|90934 : T-TT--C-GCTG--C--G--GCG-AA--T--GAGG-A-C---GAAATC--C--AAGC--G----A-T-G----------------------------CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-G--TA---A-A--
gi|90935 : A--T--GAGG-A-T---GAAATC--C--AAGC--G----A-T-G-CTT---GAAAA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C-AAAA-A-CA-CA-A--TA---ATA--T-ATG-T---GCG-----A-AACA-T-CTGAA-AAT-A--TT-CTC--T--GTG--A-ATAT
gi|90936 : AATC--C--AAGT--G----A-T-G-CTT---G--AA-AT-C-A---GGG-A-CA-G-C-AAAA-T-CA-C------A---A-A--A-ATG-C---G-TC-AA-A-GAC
gi|90937 : -G-CTT---G--AA-AG-C-A---GGG-A-CA-G-C-ATAA-A-CA-CA-A--TATTAA-A--A-ATG-T---G-GT-GA-A-AACA-T-CTGAA-AAT-A--CT-CTC--A--GTG--A-ATATagaaa
gi|90938 : G-T---G-GT-GA-A-AACA-T-CTGAA-AAT-A--TT-CTC--G--CTG--A-ATAT