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gi|129348                     :             TGTG-TTATAAA-GT-G-CGCA--TG-GGG--AA-AG---GAGTTCT--------AA--GTC----G----TTGTT----TT---CGT-G-TTTCGATAAAGTGtt
gi|129349                     :             TGTA-TTAGAAA-GA-A-CGCG--TG-GGG--AA-AG---GGA------------AA--ATC----T----TTGTT----TT---AGT-G-TTTCGATAAgtt
gi|129350                     :             TGTG-TTATAAAAGT-G-CACA--CA-TGG--GA-AG---GGG------------AA--GTCT---T----TTGCT----TTTAAAGT-G-TTTCAAGAAATTGA
gi|129351                     :             TGTG-TTAGAAA-GA-G-CGCA--TT-GGG--AA-AG---GGA------------AA--GTC----T----TTGCT----TT---ACT-G-TTTTGATAAAT
gi|129352                     :             TGTG-TTAGAAT-CT-G-CAAA--TG-GAG--AG-AGCTAGGG------------AG--GTCT---T----TTGTT----TT---A---G-TTTCGAGAAA
gi|129353                     :             TGTG-TTATAAA-GT-G-CACA--CC-GGG--AA-AG---GGGG-----------AA--GTC----T----TTGCT----GT---AGT-G-TTACAAGAAAGTGAattatt
gi|129354                     :             TGCG-TTAGAAA-GG-G-CGCA--TG-GGA--AA-AG---GGA------------AA--GTC----T----TTGTT----TT---ATT-G-TTTAAAGATAGTGA
gi|129355                     :             TGTG-TTATAAA-GT-G-TGCA--TG-GGG--AA-AG---GGGAACTTC------AA--GTC----T----TTTCT----TT---AGT-G-TTTCAAGGAtt
gi|129356                     :             TGTG-TTAGAAA-GA-G-CGCA--TG-GGG--AA-AG---GGGAATTCCCGGGGGAA--GTC----T----TTGTT----TG---AGT-G-TCTCGATGAAGTGAtcga
gi|129357                     :               TG-TTATAAA-GT-G-CGCA--AG-GGG--AA-AA---GGG------------AA--GTC----T----TTGCT----TT---AGT-G-TTTCAAGGGATTtt
gi|129358                     :                     TAAA-AT-G-TGCACTTGAGGG--AG-AG---GGG------------AA--GTTACATT----TTGTT----TT---AGT-G-TTTTGAGATATTGA
gi|129359                     :                    tTAAA-GT-G-CGCA--TG-GGG--AA-AG---GGG------------AA--TTC----T----TTGCT----TT---AGT-G-TTTCATGAAATTGtt
gi|129360                     :                                  t--TG-GGG--AG-AGC--GGG------------AA--GTCG---T----TTGTT----TT---AGTGG-TTTCGA-AAATTgatt
gi|129361                     :       ttaggatctgcaactAAT-GT-G-CACA--TG-AGG--AG-AG---GCG------------AA--GTC----C----TTGTT----TT---AGT-G-TTTCGAAAAAATGAttgat
gi|129362                     :                       ag-GT-G-TGCA--TG-GGG--AA-AG---GGG------------AA--GTC----TTTAATTGCT----TT---AGT-C-TTTCAAGAAATTGAtt
gi|129363                     :                         -GT-G-CGCA--TA-GGG--AA-AG---GGG------------AA--GTC----T----TTGCTTTAATT---AGT-G-TCTTAAGAAATTGA


blockSeqs                     :                 A   T   A  T G    CT  A   GG  G  CTA   AATTCCCGGGGG  AC   ACAT TTAA     TTAA  TAA   G T
blockSeqs                     :                 .   T   .  . .    .   .   .   .  C     AACTTC        .    T    .        .     TA    . .
blockSeqs                     :                 .   T   .  . .    .   .   .   .  C     TTCT          .    T    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                 .   G   .  . .    .   .   .   .  .     G             .    G    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                 .   A   .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                 .   T   .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                 .   A   .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                 .   T   .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                 .   T   .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                 .   T   .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                 .   T   .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                 .   G   .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                 .   T   .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                 .   G   .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                 .   G   .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                 .   T   .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                 .   G   .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                 .   T   .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                 .   G   .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                 .   T   .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                 .   T   .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                     T   .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                     .   .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                         .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                         .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                         .  . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                            . .    .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .
blockSeqs                     :                                   .   .   .   .  .     .             .    .    .        .     .     . .


blockSeqCons                  :             
originalCons                  :             TGTG-TTATAAA-GT-G-CGCA--TG-GGG--AA-AG---GGG------------AA--GTC----T----TTGCT----TT---AGT-G-TTTCGAGAAATTGA
finalCons                     :             TGTG-TTATAAA-GT-G-CGCA--TG-GGG--AA-AG---GGG------------AA--GTC----T----TTGCT----TT---AGT-G-TTTCGAGAAATTGA





Alignments
lowQualScore                  :                                                        111111111111                                                  
lowQualScore                  :                 1   2   1  1 1    11  1   11  1  555   555555555555  11   7777 2222     2222  444   1 1      0       
lowQualScore                  :                 .   .   .  . .    ..  .   ..  .  ...   ............  ..   .... ....     ....  ...   . .      .       
lowQualScore                  :                 8   3   5  4 4    99  4   99  4  222   333333333333  99   1111 9999     9999  333   4 4      5       
consensus                     :             TGTG-TTATAAA-GT-G-CGCA--TG-GGG--AA-AG---GGG------------AA--GTC----T----TTGCT----TT---AGT-G-TTTCGAGAAATTGA
Reference ( family-649 )      :             TGTG-TTATAAA-GT-G-CGCA--TG-GGG--AA-AG---GGG------------AA--GTC----T----TTGCT----TT---AGT-G-TTTCGAGAAATTGA
gi|129335                     :             TGTG-TTAAAAT-GT-G-CACA--TG-GGG--AG-AG---GGG------------AA--GTC----T----TTGTT----TT---AGT-G-TTTCGAGAAAGTG
gi|129336                     :                           T-G-CACA--TG-GGG--AG-AG---CGG------------GA--GTC----T----TTGTT----TT---AGT-G-TTTCAAAAAATTGAgtt
gi|129337                     : tgtgtttggatcTGTT-TTATAAA-GT-G-TGCA--TG-GGG--AA-AG---GGG------------AA--GTC----T----TTGCT----TT---AGT-G-TTTCAAGAAATTGAt
gi|129338                     :             TGTG-TTTTGAT-TT-G-CACA--TG-GGG--GAGAG---CGG------------GA--GTC----T----TTGGT----TT---AGT-G-TTTCGAAAACTTGA
gi|129339                     :             TGTG-TTATAAA-GT-G-CGCA--CG-GGG--AA-AG---GGG------------AA--GTC----T----TTGCT----TA---AGT-G-TTTCAAGAATTTGAtt
gi|129340                     :             TGTG-TTAGAAA-GA-G-TACA--TG-GGA--AA-AG---GGG------------AA--ATC----A----TTGTT----TT---AGT-G-TTTCGTTAAATTGA
gi|129341                     :             TATG-TTAAAAA-GT-A-CACA--TG-GGG--AA-AG---GGG------------AA--GTC----T----TTGTT----CA---ATT-G-TTTCGATGAAGTGAtt
gi|129342                     :             TGTG-TTCTTAA-GT-G-CGCA--TG-GGG--AG-AG---GGG------------AA--GCC----T----TGGCT----TT---AGT-G-TTTCAAGAAATT
gi|129343                     :             TATG-TTAAAAT-GT-G-CGCA--TC-GGG--AA-AGC--GGG------------AA--AAC----T----TTGTT----TT---AGT-G-TTTCACTAAAGTGA
gi|129344                     :             TGTGATTA-GAA-TT-G-CACA--AG-GGA--GA-GG---GGG------------AA--GTC----T----TTGTT----TT---AGT-GTTTTCGAGAAtt
gi|129345                     :             TGTG-TTATA---GT-GGCGCA--TG-GGG--AA-AA---GGG------------AAACGTC----T----TTGC-----TT---AGT-G-TTTCAAGAAATTGAtgtgatt
gi|129346                     :             TGTG-TTTTGA--TT-G-CAAA--TG-GGGGGAG-AG---CGG------------GA--GTC----T----TTGGT----TT---AGT-G-TTTCGAAAACTTGA
gi|129347                     :             TGTG-TTTTGGA-TTTG-CACA--TG-GGA--AA-AG---GG--------------A--GTC----T----TTGTT----TTTA-GGT-G-TTTCGAAGAATTGAtt
gi|129348                     :             TGTG-TTATAAA-GT-G-CGCA--TG-GGG--AA-AG---GAGTTCT--------AA--GTC----G----TTGTT----TT---CGT-G-TTTCGATAAAGTGtt
gi|129349                     :             TGTA-TTAGAAA-GA-A-CGCG--TG-GGG--AA-AG---GGA------------AA--ATC----T----TTGTT----TT---AGT-G-TTTCGATAAgtt
gi|129350                     :             TGTG-TTATAAAAGT-G-CACA--CA-TGG--GA-AG---GGG------------AA--GTCT---T----TTGCT----TTTAAAGT-G-TTTCAAGAAATTGA
gi|129351                     :             TGTG-TTAGAAA-GA-G-CGCA--TT-GGG--AA-AG---GGA------------AA--GTC----T----TTGCT----TT---ACT-G-TTTTGATAAAT
gi|129352                     :             TGTG-TTAGAAT-CT-G-CAAA--TG-GAG--AG-AGCTAGGG------------AG--GTCT---T----TTGTT----TT---A---G-TTTCGAGAAA
gi|129353                     :             TGTG-TTATAAA-GT-G-CACA--CC-GGG--AA-AG---GGGG-----------AA--GTC----T----TTGCT----GT---AGT-G-TTACAAGAAAGTGAattatt
gi|129354                     :             TGCG-TTAGAAA-GG-G-CGCA--TG-GGA--AA-AG---GGA------------AA--GTC----T----TTGTT----TT---ATT-G-TTTAAAGATAGTGA
gi|129355                     :             TGTG-TTATAAA-GT-G-TGCA--TG-GGG--AA-AG---GGGAACTTC------AA--GTC----T----TTTCT----TT---AGT-G-TTTCAAGGAtt
gi|129356                     :             TGTG-TTAGAAA-GA-G-CGCA--TG-GGG--AA-AG---GGGAATTCCCGGGGGAA--GTC----T----TTGTT----TG---AGT-G-TCTCGATGAAGTGAtcga
gi|129357                     :               TG-TTATAAA-GT-G-CGCA--AG-GGG--AA-AA---GGG------------AA--GTC----T----TTGCT----TT---AGT-G-TTTCAAGGGATTtt
gi|129358                     :                     TAAA-AT-G-TGCACTTGAGGG--AG-AG---GGG------------AA--GTTACATT----TTGTT----TT---AGT-G-TTTTGAGATATTGA
gi|129359                     :                    tTAAA-GT-G-CGCA--TG-GGG--AA-AG---GGG------------AA--TTC----T----TTGCT----TT---AGT-G-TTTCATGAAATTGtt
gi|129360                     :                                  t--TG-GGG--AG-AGC--GGG------------AA--GTCG---T----TTGTT----TT---AGTGG-TTTCGA-AAATTgatt
gi|129361                     :       ttaggatctgcaactAAT-GT-G-CACA--TG-AGG--AG-AG---GCG------------AA--GTC----C----TTGTT----TT---AGT-G-TTTCGAAAAAATGAttgat
gi|129362                     :                       ag-GT-G-TGCA--TG-GGG--AA-AG---GGG------------AA--GTC----TTTAATTGCT----TT---AGT-C-TTTCAAGAAATTGAtt
gi|129363                     :                         -GT-G-CGCA--TA-GGG--AA-AG---GGG------------AA--GTC----T----TTGCTTTAATT---AGT-G-TCTTAAGAAATTGA