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lowQualScore                  :      5    5 666 0  00 55 0 5 111   5 1111111 8   5 66 55  0  0 5 0  00 5 00      5      111    6  6 2  6 4444444444  2 5 44  7  7    8 8 66 8  8 00 55 9  0 1 99  1  1  2  2  2  33  66666   333333    2 4  2  00000  111  4444  11  2 4  2  2 2   11  2 7 2  2 33 33      4  9999   11 333333   4  2 66666 333 2 2    222 11  2 7777 7777   4   4 2    888888    9999    888888888888888         
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Reference ( gi|132855 )       : CCGTT-ACGG-A---T-GT--T--C-C-C---AAA-C---A---TTCCC-C-CA--TT-CA-G-C-AA--G-T--GGTGTC-ATTTTGT--TTTA-AT-G-CA-A---G------CG-A-T--TT-TT-ACCA-T-A-CC-AA-T--C--T-GT-A-C--AT-GA-GA-CA-CC-AC--TT-----TCTAAACG-GTTC-A-GT-AA-----AA-G-AC--A-TG--GA-A-CA-GA-G-AGC--CC-G-A-AA-T--A--TGTATA-TGA---AAA--T------TGC-AC-G-----T---C-A-TATA---A--CA-C----A----TGC-GCT-C-ACAT------TTTTC---CCAC---------A-----ATAATAATC
gi|132857                     : CCGTT-ACGG-A---T-GT--T--C-C-CC--AAA-C---A---TTCCC-C--A--T--CA-G-C-AA--G-T--GGTGTC-ATTTTGT--TTCG-AT-G-CA-A---G------CA-A-T--TT-TT-AC-A-T-A-C--AA-TAAC--T-GTTA-C--AT-GA-GAACA-CC-AC--TT-----TCTAT-CG---TC-A-GT-AA-----AA-G-AC--A-TG--GA-A-CA-GA-G-AGC--CC-A-A-AA-T--A--TGTATA-TGA---AAA--T------TGC-AC-G-----TG--C-A-TATAC--G--CG-C----A----TGC-GCT-C-ACAT------TTTT----CCAC---------A-----ATAATAATC
gi|132859                     : CCGTT-ACGG-A---T-GT--T--C-C-C---AAA-C---A---TTCCC-CGCAAATT-CA-G-A-AA--G-T--GGTGTC-A-TTTGG--TTTA-AT-GCCA-A---G------CG-ATT--TT-TT-ACAA-T-A-CC-AA-T--C--T--T-A-C--AT-GA-GA-CA-CC-AC---T-----TCTAA----GTTC-A-GT-AA-----AA-G-AC--A-TG--GA-A-CA-GA-G-AGCCACC-G-A-AA-T--A--TGTATA-TGA---AAA--T------TGCAAC-G-----TG--C-A-TATAC--A--CG-C----A----TGC-GCTCC-ACAT------TTTT----ACAC---------A-----ATAATAATC
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gi|132867                     : CCGTTGACGG-ACAGT-GT--T--C-C-C---CAA-C---ACATTTCCC-C-CA--TTTCA-G-C-AA--G-TT-GGTGTC-ATTTTGT--TTTAGAT-G-CA-AAAAG------CG-A-T--TT-TTTACAA-T-AGTC-AA-T--C--T-G--A-C--AT-GA-GA-CA-TC-ACCCTT-----TTCAA----GTTC-A-GTTAAC----AA-G-AC--A-TG--AAGA-CA--A-G-AGC--CC-A-A-AT-T--A--TGTATA-GGGT--AAA--T------TGC-AC-GTTGCAT---T-A-TACA---ATTCA-C----A-----GC-GCT-C-TCAC------TTTTCTTTCCAC---------A-----ATAATAATC
gi|132866                     : CCGTT-A--G-A---TTGT--T--C-C-----AAA-C--------TTCC-C-CA--TT-CAAG-C-AA--G-T--GGTGTC-ATTTT-T--TTTA-AT-G-CA-AG--G------CG-A-T--TT-T---CCA-T-A--C-AA-T-----T-GT-A----ATGGA-GA-CA-CC-AC--TT-----TCTAAA---GTTA-G-AT-AAG----AA-G-AC--T-CG--GC-A-AA-GAGG-AGC--CT-G-ATAATT--A--TGTATA-TGG---AAA--T------TGC-AC-G-----TG--T-A-TATAC--A--CG-C----A----TGT--CTGT-GCAT------TTTT----CCAC---------A-----ATAATAATC
gi|132868                     : CCGTT--CGG-A---C-GT--C--C-C-CTTAAGA-C---A---TCCCC-C-AA--TT-CACG-C-AAAAG-T--GGTGTC-ATTTC-----TTA-ATTG-CA-A----------CG-A-T--AT-T---CCA-T-A-CC-AA-TG-CA-T-GT-A-C--AT-GA-AC-TA-CT-AT--TTGTGTTTTTCGACGTACTC-A-GT-AAGATTCAA-G-GC--A-TG--GA-A-CA-GA-GTAGC--CCCG-A-AA-T--A--TGTATA-TGACAGAAATCT------TGC-AC-G-----TG--C-ACTATAC--C--CA-CCGCAA----TGC-GCT-C-ACATTTTGGGTTTTT---CCACGAAATCACGA-----ATAATAATC
gi|132869                     : CCGTT-ACAG-A---T-GT--T--C-C-CC--AAA-C---A---TTCCC-C-CA--TT-CA-G-C-AA--G-T--GGTGTC-ATTTTGT--TTTA-AT-G-CA-A---G------TT-A-T--TT-TT-ACCA-T-A-CC-AA-T--CGGT-GT-A-C--AT--A-TA-CA-GC-A----------TCTAA
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gi|132871                     : CCGTT-ACGG-----T-GT--T--C-C-CC--AAA-C---A---TTCCC-C-CAT-TT-CA-G-C-AA--GTT--TGTGTC-ATTTTG---TTTA-AT-G-CA-A---G------CG-ATT--TT-TT-ACTA-T-A--C-AA-T--C--T-
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gi|132873                     : CCGTT-ACGT-A---T-GC--T--C-C-CCT-AAA-CCCAA---T--CC-C-TA--TT-TA-A-A-AA--G-T--GGTGTC-ATTTTGG--TTAA-GT-A-CA-A---
gi|132874                     : CCGTT-ACAG-A---T-GT--T--C-C-CC--AAA-C-------CTCCC-C-TA--AT-TA-A-A-AA--G-T--GGTGTC-AATTT
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gi|132880                     :  CGTT-ACAG-A---T-GT--TC-C-C-C---AAA-C---A---TCCCC-C-AA--TT--A-A-A-AA--G-T--GGTG
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Reference ( family-642 )      : CCGTT-ACGG-A---T-GT--T-CC-CC--A--A-A-C---ATT-CCC-C-CA--TT-CA-G-CAA--G-T--GGTGTC-ATTTTGT--TTTA-AT-G-CA-A---G------CG-A-T--TT-TT-ACCA-T-A-CC-AA-T--C--T-G-TA-C--ATG-A-G-A-CA-CC-AC--TT-----TCTAAAC-G-T--TC-A-GT-AA-----AA-G-AC--A-TG--GA-A-CA-GAG-AGC--CC-G-A-AAT--A--TGTATA-TGA---AAA--T------TGC-A-CG------TGC----A-TATACA---C-G-C----A-TGC-GCT-C-ACA-------TT-TTT-CCAC---------A-----ATAATAATC
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Reference ( family-642 )      : CCGTT-ACGG-A---T-GT--T-CC-CC--A--A-A-C---ATT-CCC-C-CA--TT-CA-G-CAA--G-T--GGTGTC-ATTTTGT--TTTA-AT-G-CA-A---G------CG-A-T--TT-TT-ACCA-T-A-CC-AA-T--C--T-G-TA-C--ATG-A-G-A-CA-CC-AC--TT-----TCTAAAC-G-T--TC-A-GT-AA-----AA-G-AC--A-TG--GA-A-CA-GAG-AGC--CC-G-A-AAT--A--TGTATA-TGA---AAA--T------TGC-A-CG------TGC----A-TATACA---C-G-C----A-TGC-GCT-C-ACA-------TT-TTT-CCAC---------A-----ATAATAATC
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gi|132881                     :     T-ACAG-A---T-GT--T-CC-CT--A--A-A-C---ATG-CCC-C-AA--TT-CA-G-CAA--G-T--GGTGTC-ATTTTGT--TATA-AT-G-CA-A---T------TG-A-T--TT-T-----------CC-AA-T--C--T-G-T
gi|132882                     :        CGG-A---TTGT--TACCGCC--A--A-A-C---ATT-CCC-C--A--CT-CA-G-CA---G-T--G-TGTCCAT---GT--TTCG-AG-C-CA-A---G------CG-A-T--TT-TT-ACCA-T-A-CC-AA-TTAC--T-G-TA-C--ATG-A---A-CA-AC-AC--TT-----TCTACTC-GGT--CC-A-AG-AA-----AA-G-AC--A--G--GA-A-CA-GAG-AGC--CA-A-A-AAG--A--TGTATA-TGA---AAA--T------TGC-A-CG------TGC----A-TATACG---C-G-C----A-TCC-GCT-C-ACA-------TT-TTC-CCAT---------A-----ATAAT
gi|132883                     :                                                                                                                                                                                                     --TC-A--T-AA-----GA-A-ACG-A-TG--GA-A-CA-GAG-AGC--C--G-A-ATA--A--TATATT-CGA---AAA--TC-----TGC-A-TGCACCGTTGC----A-TATACA---C-A-C----A-TGC-GCT-C-AC--------TT-TTT-CCAC---------ATTT--ATAATAAT


blockSeqs                     :      G    G CAG T  GG A  G TTA TA C T CCA  TT   G GC AA  T  A G   AA T TC      C       TG    G  T C  C GTTCCAT     A T CA  C  T    G G G  A  T AA GG G T  C AT   G T A C  G  A  CC  GTGTT   AAG . G AC  A G  T  GATTC  GA   CA G  TA  G C  G   G   CA  C A T   AA TT      T   CAG   TC TAAAAA   A A  CACCGT   ACAT T      ATT G C CGCA T   T   C A   TTTTGGGT A   .    GAAATCACGA     
blockSeqs                     :      .    . .   T  .  .  G CT  .  . . .    T    . C  T   T  C .   A  . T       .       .     .  . A  . AAAG        . A .   .  .    . . .  A  C TA A  . .  . .    . . . .  .  .  C   .       AAG . . .   . G  .  G      GG   G  C  .   . C  .   T   .   . A .   A  G       T   T     .  TAAAAA   . .  T        ACAT C      .   . . .    .   T   G .   CTTTT    .   .    AACTTT         
blockSeqs                     :      .    . .   .  .  .  . C   .  . . .    T    . C  .   .  . .   A  . G       .       .     .  . .  . GG          . A .   .  .    . . .  .  . G  .  . .  . .    . . . .  .  .  .   .       AAA . . .   . .  .  C      GG   .  .  .   . .  .   .   .   . A .   T  .       .   .     .  C        . .  .        A    .      .   . . .    .   .   . .   T        .   .    ATTT           
blockSeqs                     :      .    . .   .  .  .  . C   .  . . .    T    . C  .   .  . .   .  . .       .       .     .  . .  . G           . T .   .  .    . . .  .  . G  .  . .  . .    . . . .  .  .  .   .       CGA . . .   . .  .  .      T    .  .  .   . .  .   .   .   . . .   .  .       .   .     .  .        . .  .        .    .      .   . . .    .   .   . .   T        .   .    GA             
blockSeqs                     :      .    . .   .  .  .  . C   .  . . .    T    . C  .   .  . .   .  . .       .       .     .  . .  . G           . . .   .  .    . . .  .  . .  .  . .  . .    . . . .  .  .  .   .       ATC . . .   . .  .  .      G    .  .  .   . .  .   .   .   . . .   .  .       .   .     .  .        . .  .        .    .      .   . . .    .   .   . .   T        .   .    A              
blockSeqs                     :      .    . .   .  .  .  . C   .  . . .    T    . C  .   .  . .   .  . .       .       .     .  . .  . C           . . .   .  .    . . .  .  . .  .  . .  . .    . . . .  .  .  .   .       ACT . . .   . .  .  .      G    .  .  .   . .  .   .   .   . . .   .  .       .   .     .  .        . .  .        .    .      .   . . .    .   .   . .   T        .   .    A              
blockSeqs                     :      .    . .   .  .  .  . C   .  . . .    T    . C  .   .  . .   .  . .       .       .     .  . .  . G           . . .   .  .    . . .  .  . .  .  . .  . .    . . . .  .  .  .   .       AA  . . .   . .  .  .      G    .  .  .   . .  .   .   .   . . .   .  .       .   .     .  .        . .  .        .    .      .   . . .    .   .   . .   T        .   .    A              
blockSeqs                     :      .    . .   .  .  .  . C   .  . . .    C    . C  .   .  . .   .  . .       .       .     .  . .  . G           . . .   .  .    . . .  .  . .  .  . .  . .    . . . .  .  .  .   .       AT  . . .   . .  .  .      G    .  .  .   . .  .   .   .   . . .   .  .       .   .     .  .        . .  .        .    .      .   . . .    .   .   . .   T        .   .    A              
blockSeqs                     :      .    . .   .  .  .  . C   .  . . .    T    . C  .   .  . .   .  . .       .       .     .  . .  . G           . . .   .  .    . . .  .  . .  .  . .  . .    . . . .  .  .  .   .       AA  . . .   . .  .  .      G    .  .  .   . .  .   .   .   . . .   .  .       .   .     .  .        . .  .        .    .      .   . . .    .   .   . .   T        .   .    A              
blockSeqs                     :      .    . .   .  .  .  . C   .  . . .    T    . A  .   .  . .   .  . .       .       .     .  . .  . G           . . .   .  .    . . .  .  . .  .  . .  . .    . . . .  .  .  .   .       AA  . . .   . .  .  .      G    .  .  .   . .  .   .   .   . . .   .  .       .   .     .  .        . .  .        .    .      .   . . .    .   .   . .   A        .   .    A              
blockSeqs                     :      .    . .   .  .  .  . C   .  . . .    T    . C  .   .  . .   .  . .       .       .     .  . .  . G           . . .   .  .    . . .  .  . .  .  . .  . .    . . . .  .  .  .   .       AA  . . .   . .  .  .      G    .  .  .   . .  .   .   .   . . .   .  .       .   .     .  .        . .  .        .    .      .   . . .    .   .   . .   T        .   .    A              
blockSeqs                     :      .    . .   .  .  .  . C   .  . . .    C    . A  .   .  . .   .  . .       .       .     .  . .  . G           . . .   .  .    . . .  .  . .  .  . .  . .    . . . .  .  .  .   .       AT  . . .   . .  .  .      C    .  .  .   . .  .   .   .   . . .   .  .       .   .     .  .        . .  .        .    .      .   . . .    .   .   . .   T        .   .    A              
blockSeqs                     :      .    . .   .  .  .  . C   .  . . .    T    . C  .   .  . .   .  . .       .       .     .  . .  . G           . . .   .  .    . . .  .  . .  .  . .  . .    . . . .  .  .  .   .       AA  . . .   . .  .  .      G    .  .  .   . .  .   .   .   . . .   .  .       .   .     .  .        . .  .        .    .      .   . . .    .   .   . .   T        .   .    A              
blockSeqs                     :      .    . .   .  .  .  . C   .  . . .    T    . C  .   .  . .   .  . .       .       .     .  . .  . G           . . .   .  .    . . .  .  . .  .  . .  . .    . . . .  .  .  .   .       AA  . . .   . .  .  .      G    .  .  .   . .  .   .   .   . . .   .  .       .   .     .  .        . .  .        .    .      .   . . .    .   .   . .   T        .   .    A              
blockSeqs                     :      .    . .   .  .  .  . C   .  . . .    T    . T  .   .  . .   .  . .       .       .     .  . .  . C           . . .   .  .    . . .  .  . .  .  . .  . .    . . . .  .  .  .   .       AA  . . .   . .  .  .      G    .  .  .   . .  .   .   .   . . .   .  .       .   .     .  .        . .  .        .    .      .   . . .    .   .   . .   .        .   .    A              
blockSeqs                     :      .    . .   .  .  .  . C   .  . . .    T    . T  .   .  . .   .  . .       .       .     .  . .  . G           . . .   .  .    . . .  .  . .  .  . .  . .    . . . .  .  .  .   .       AA  . . .   . .  .  .      A    .  .  .   . .  .   .   .   . . .   .  .       .   .     .  .        . .  .        .    .      .   . . .    .   .   . .   .        .   .    .              
blockSeqs                     :      .    . .   .  .  .  . T   .  . . .    T    . C  .   .  . .   .  . .       .       .     .  . .  . G           . . .   .  .    . . .  .  . .  .  . .  . .    . . . .  .  .  .   .       AA  . . .   . .  .  .      .    .  .  .   . .  .   .   .   . . .   .  .       .   .     .  .        . .  .        .    .      .   . . .    .   .   . .   .        .   .    .              
blockSeqs                     :      .    . .   .  .  .  . C   .  . . .    T    . C  .   .  . .   .  . .       .       .     .  . .  . G           . . .   .  .    . . .  .  . .  .  . .  . .    . . . .  .  .  .   .               .   . .  .  .      .    .  .  .   . .  .   .   .   . . .   .  .       .   .     .  .        . .  .        .    .      .   . . .    .   .   . .                                    
blockSeqs                     :      .    . .   .  .  .  . .   .  . . .    T    . C  .   .  . .   .  . .       .       .     .  . .  . T           . . .   .  .    . . .  .  . .  .  . .  . .    . . . .                                                                                                                                                                                                              
blockSeqs                     :      .    . .   .  .  .  . .   .  . . .    T    . C  .   .  . .   .  . .       .       .     .  . .  . G           . . .   .  .    . . .  .  . .  .  . .                                                                                                                                                                                                                              
blockSeqs                     :      .    . .   .  .  .  . .   .  . . .    C    . A  .   .  . .   .  . .       .       .     .  . .  . .           . . .   .  .    . . .  .  . .  .  .                                                                                                                                                                                                                                
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blockSeqs                     :      .    . .   .  .  .  . .   .  . . .    T    . .  .   .  . .   .  . .       .       .     .  . .  . .           . . .   .  .                                                                                                                                                                                                                                                       
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