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lowQualScore                  :      .  .   .     . ..  .. ........   ...... .      ... . . .    ..  . ..   . .  .   ...    . ......... . ....  . ... ..  . ..   ... .  .....  .   ..  ...  .      .....  ...   .     ..   . .....   .  ..... ...   ..    .. .. .......   . . . . .   ......  ..  ..  .   ..  . . ...  .  .  .     .  ..  . .....  .....   .... .  .  .  . . ..   .   ...     . .    .  ...... .......    . .. ...  . . ... .  ..  . .  . . .   . . ..   .. .....  . .  . .    . . .....   .  . ............... .. ..  . .  .. . .. . .......  ..  .   ...  ..   .  .. . .   .     .. .. ... ...    .....  .....   .  .. ......    .........  . ....  .  . . .   .       
lowQualScore                  :      5  5   4     2 11  11 11111111   444444 1      222 9 9 9    11  9 66   9 9  9   333    6 333333333 8 0000  8 222 55  8 55   000 8  22222  6   66  222  9      66666  555   1     22   2 99999   2  00000 111   11    66 22 6666666   7 7 4 4 1   222222  22  66  4   55  8 4 111  4  4  4     7  77  2 99999  44444   7777 2  2  2  4 2 55   2   333     1 1    1  222222 3333333    2 99 999  1 1 777 1  99  1 1  1 1 1   0 0 55   55 55555  0 0  0 0    0 0 00000   0  0 555555555555555 88 55  0 0  88 0 88 0 5555555  88  0   222  66   9  66 9 0   0     88 88 555 111    55555  55555   1  00 333333    666666666  2 6666  1  2 1 4   4       
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Reference ( gi|122597 )       : TTTAC-AA-TGCCGATCA-C--AA--A--------TAC------T-ACGACT---G-A-A-AACT--TT-C--AAC-G-AT-CAC---TAAA-T---------T-T--TGAT-A---T--CT-T--AAA---C-AT-----TT-AAA--TA---CG-TTGAAA--A--TA---CAA-ACAAA--CAA-T-T---CAA-ACG----A---AGC--GAAA--T--T----C--AAC-T-G-C-T-CAT--T---CG--TA--CT-GTT--TTTC-T--ACT-TT-CG-ATATG-GC-TCA-A---A-AC---A-TGC-G--G-TG-AC-GT-C-A--CAG-CGA---TTTGG-C-GCTT-AA------A-C-----CCGA-C--TA--TT-T-C---A-AA--AA-T-AC-G-T-TCA-G-G--TGT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AA-T---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT--CA-GTC-A-GT--ATC-TT--C-G-TCA-AATTT--T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-T-C-TAT-CAAAAAA
gi|122599                     : TTTAC-AA-TGCCGATCA-C--AA--A--------TAC------T-ACGACT---G-A-A-AACT--TT-C--AAC-G-AT-CAC---TAA--T---------T-T--TAAT-A---T--CT-T--AAG---C-AT-----TT-AAA--TA---CG-TTGAAA--A--TA---TCA-ACAAA--CAA-T-T---CAA-ACT----A---TGC--GAAA--T--T----C--AAC-T-G-C-T-CAT--T---CG--TA--CT-GTT--TTTC-T--ACT-TT-CG-ATATG-GC-TCA-A---A-AC---A-TGC-G--G-TG-AC-GT-CAA--CAG-CGA---TTTGG-C-GCTT-AA------A-C-----CCGA-C--TA--TT-T-C---A-AA--AA-T-AC-G-T-TCA-GTG--TGT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AA-T---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT--CAGGTC-A-GT--ATC-TT--C-G-TCA-AATTT--T--C---A-G-GACA-TCA--T--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-T-C-TAT-CAAAAAA
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Reference ( family-640 )      :                             TTTAC-AA-TGCCGATCA-C----GAA--TAC------T-ACGACT---G-A-A-AACT--TT-C--AAC-G-AT-CAC---TAAA-T---------T-T--TAAT-A---T--CT-T--AAA---C-AT-----TT-AAA---TA-CG-TTGAAA-A--TA---CAA-ACAAA--CAA-T-T---CAA-ACG----A---AGC--GAAA--T-T----C--AAC-T-G-C-T-CAT--T---CG--TA--CT-GTT--TTTC-T--ACT-TT-CG-ATATG-GC-TCA-A---A-AC---A-TGC-G--G-TG-AC-GT-C-A--CAG-CGA---TTTGG-C-GCTT-AA------A-C-----CCGA-C--TA--TT-T-C---A-AA--AA-T-AC-G-T-TCA-G-G--TGT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AA-T---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT--CA-GTC-A-GT--ATC-TT--C-G-TCA-AATTT--T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-T-C-TAT-CAAAAAA
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Reference ( family-640 )      :                             TTTAC-AA-TGCCGATCA-C----GAA--TAC------T-ACGACT---G-A-A-AACT--TT-C--AAC-G-AT-CAC---TAAA-T---------T-T--TAAT-A---T--CT-T--AAA---C-AT-----TT-AAA---TA-CG-TTGAAA-A--TA---CAA-ACAAA--CAA-T-T---CAA-ACG----A---AGC--GAAA--T-T----C--AAC-T-G-C-T-CAT--T---CG--TA--CT-GTT--TTTC-T--ACT-TT-CG-ATATG-GC-TCA-A---A-AC---A-TGC-G--G-TG-AC-GT-C-A--CAG-CGA---TTTGG-C-GCTT-AA------A-C-----CCGA-C--TA--TT-T-C---A-AA--AA-T-AC-G-T-TCA-G-G--TGT--G-A---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AA-T---------------A--T--CT-C-TG--T-T--A-A-------TT--CA-GTC-A-GT--ATC-TT--C-G-TCA-AATTT--T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TG-T----TT-AT-T-C-TAT-CAAAAAA
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gi|122615                     :                                                    tcaaaattt------T-ACGACT---G-A-G-AACT--T--C--AAC-G-AT-CAC---TATA-T---------TGT--TAAT-A---TACCT-T--AAA---C-AT-----TT-AAA---TA-CG-TTGAAA----TA---CAA-ACAAA--CAA-A-T---CGT-ACG----A---AGC--GGAA--A-T----C--AACCT-G-C-TGCAT--TACATG--TAACCTCGTTAGTTCC-T--ACT-TT-CG-ATATGAGC-TCAGA---A-AC---A-TGC-GT-G-TG-AC-GT-C-AT-CAGTCGGAGTTTCGG-C-GCTT-AATGTTAAATC-----CCGA-TCTTA--TT-T-C---A-AATAAG-C-AT-G-TGTCA-G-G--TGT--G-A---TT-G--A-G-TTTT-T-C------CT-AT-TT--------------A--TTACTGC-TG--T-TTCA-A-------TTT-CA-GTC-A-GT--ATC-TT--C-G-TCA-AATTT--T--CAAGA-A-GACA-TCA-TT--GAAATT-TG--A------GTAG-----A---TG-TGCTATTGAT-T-C-TAT-CAAAAAA
gi|122616                     :                                                            tcaaaatt-ACGACT---G-A-A-AACG--TT-C--AAC-G-AT-CAC---TAAT-T---------T-T--TAAT-A---T--CT-T--AAA---C-AT-----TT-
gi|122617                     :                                                                       GACT---GTA-A-AACTGGTT-CTTATC-GGAT-CAC---TAAA-T---------T-T--TGAT-AGTAT--CC-T--TAA---C-AT-----TT-AAAAGAT--CG-TTGAAA-A--TA---CAA-CTAAAGACAA-TCT---CAT-ACTC---A---AGCCGGAAA--T-T----TCTAAC-TTG-T-C-CAT--TT--CG--TA--CT-GTT--TTTC-T--ACT-TT-CG-ATATG-GCTTCA-A---A-ACT--A-TGCGG--G-TG-AC-GT-A-G--CAG-CGAT--TTTGT-C-ACTTGAG------A-CATCGTCAGA-C--TA--TTGT-C---A-AA--AG-T-AC-G-T-TCA-G-G--TGT--GTATC-TT-G-AG-G-ATTT-T-T-----GCTAAA-T---------------A--T---T-C-TG--T-T--T-A-------TTTGCA-GCC-AGGT--ATC-TTACT-GTTCA-AATTTTCT--C---ATG-GATA-T-A-TT--G--ATT-TGC-G------GTAG-----A---TG-TG---TT-ATGTGC-TAT-CAA
gi|122618                     :                                                                          T---G-C-A-AACT--TT-C--AAC-G-AT-CAC---TAA------------T-T--TA-T-----T--CT-T--AAA---C-AT-----TT-AAA---TA--G-TTAAAA-AA-TA---CAA-ACAA---CAA-TGT---CAA-ACG----A---AGC---AAA--T-T----C--AAC-TTG-C-T-TAT--T---CG--TA--CT-GTT--T-----------------ATATGAGC---A-A---A-AC-----TGT-T--G-TG-AC-GT-C-AA-CAG-CGA---TTTG--C-GCTG-AA------A-C-----C-GA-C--CA--TT-T-T---A-AA--AT-C-AC-G-T-TGA-T-G--TGTTGG-T---TT-G-GA-G-TTTT-T-C-----GCT-AA-T---------------A--T---T-C-T-----T--ATA-------TT--TA-GTC-A-GT--CTC-TT--C-G-TCA-AATTT--T--C---A-G-GACA-TCA-TT--T--ATT-TG--A------GTAG-----A---TT-T----TT-AT-T-C-TAT-CAAAGA
gi|122619                     :                                                                                                                  A-T---------T-T--TAAT-A---T--CT-T--AAA---C-AT-----GT-AAA---TA-CG-TTGGAA-A--TA---CAA-ACAAA--CAA-T-T---C
gi|122620                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             A-A---A-ACCATG-TGC-G--G-TG-A--GT-C-A--CAG-CGA---TTTGG-C--CTT-AA------A-C-----CCGA-A--TA--AA-T-C---A-AA--AAAT-AC-G-T-TCA-G-G--TGT--G-A---TTTG-GA-G-TTTTTT-C-----GCT-AA-T---------------A--T--CT-C-TG--T-T--G-A-------TT--CA-GTC-A-GT--ATC-TT----G-TCA-AATTT--T--C---A-G-G-CA-TCA--T--T--ATT-TGAAA------GTAA-----AGATTG-T----TT-AT-T-C-TAT-CAAAAAA
gi|122621                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -TG-AC-GT-C-A--CAG-GAA---ATTGG-C-GCGT-AA------A-T-----CT---C--CA--AT-C-G---A-AA--TA-T-GC-A-T-ATT-G-C--TGT--G-----TT-G-GA-A-TTTCAT-C-----TCTCAA-T---------------A--T--CT-C-TG--T-A--A-A-------T
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blockSeqs                     :                                  .  .         . G      .    .      .      .   . . . A  .   . .    . .  .   .      . .         . .     . .   .   . .    .   .  .      .   .    .  .      . .   .     .     .    . T       .  GA          .     .  . GC        . . . . .   .  .    .   .   .   .   T . A    .  .  .     .  T   . A      A       G    .  .  .  . . .    .   .       . .    .  .      C          . .  T    . . .   .  .   . .  . . .   . . .    .  AA     . .  . .    . . .       .  . .               .  .   . .  .  . .  . .        .   .   A    .    .  .  . .   .     .  .  .   G      .   .  T       .  .  .         AT         . .     .  . . .   .
blockSeqs                     :                                  .  .         . A      .    .      .      .   . . . A  .   . .    . .  .   .      . .         . .     . .   .   . .    .   .  .      .   .    .  .      . .   .     .     .    . T       .  TA          .     .  . C         . . . . .   .  .    .   .   .   .   C . A    .  .  .     .  T   . A      A       G    .  .  .  . . .    .   .       . .    .  .      T          . .  T    . . .   .  .   . .  . . .   . . .    .  GT     . .  . .    . . .       .  . .               .  .   . .  .  . .  . .        .   .   A    .    .  .  . .   .     .  .  .   G      .   .  T       .  .  .         A          . .     .  . . .   .
blockSeqs                     :                                  .  .         . A      .    .      .      .   . . . A  .   . .    . .  .   .      . .         . .     . .   .   . .    .   .  .      .   .    .  .      . .   .     .     .    . T       .  TA          .     .  . C         . . . . .   .  .    .   .   .   .   T . A    .  .  .     .  T   . A      A       T    .  .  .  . . .    .   .       . .    .  .      C          . .  A    . . .   .  .   . .  . . .   . . .    .  A      . .  . .    . . .       .  . .               .  .   . .  .  . .  . .        .   .   A    .    .  .  . .   .     .  .  .   G      .   .  T       .  .  .         A          . .     .  . . .   .
blockSeqs                     :                                  .  .         . G      .    .      .      .   . . . A  .   . .    . .  .   .      . .         . .     . .   .   . .    .   .  .      .   .    .  .      . .   .     .     .    . T       .  GA          .     .  . C         . . . . .   .  .    .   .   .   .   T . A    .  .  .     .  T   . T      A       A    .  .  .  . . .    .   .       . .    .  .      C          . .  T    . . .   .  .   . .  . . .   . . .    .  A      . .  . .    . . .       .  . .               .  .   . .  .  . .  . .        .   .   A    .    .  .  . .   .     .  .  .   G      .   .  T       .  .  .         A          . .     .  . . .   .
blockSeqs                     :                                  .  .         . G      .    .      .      .   . . . A  .   . .    . .  .   .      . .         . .     . .   .   . .    .   .  .      .   .    .  .      . .   .     .     .    . A       .  GA          .     .  . C         . . . . .   .  .    .   .   .   .   G . A    .  .  .     .  G   . G      A       G    .  .  .  . . .    .   .       . .    .  .      C          . .  T    . . .   .  .   . .  . . .   . . .    .  A      . .  . .    . . .       .  . .               .  .   . .  .  . .  . .        .   .   T    .    .  .  . .   .     .  .  .   G      .   .  T       .  .  .         A          . .     .  . . .   .
blockSeqs                     :                                  .  .         . A      .    .      .      .   . . . A  .   . .    . .  .   .      . .         . .     . .   .   . .    .   .  .      .   .    .  .      . .   .     .     .    . T       .  GA          .     .  . A         . . . . .   .  .    .   .   .   .   T . A    .  .  .     .  T   . T      A       T    .  .  .  . . .    .   .       . .    .  .      C          . .  A    . . .   .  .   . .  . . .   . . .    .  A      . .  . .    . . .       .  . .               .  .   . .  .  . .  . .        .   .   T    .    .  .  . .   .     .  .  .   G      .   .  T       .  .  .         A          . .     .  . . .   .
blockSeqs                     :                                  .  .         . A      .    .      .      .   . . . A  .   . .    . .  .   .      . .         . .     . .   .   . .    .   .  .      .   .    .  .      . .   .     .     .    . G       .  AT          .     .  . C         . . . . .   .  .    .   .   .   .   T . A    .  .  .     .  T   . A      A       C    .  .  .  . . .    .   .       . .    .  .      A          . .  A    . . .   .  .   . .  . . .   . . .    .  A      . .  . .    . . .       .  . .               .  .   . .  .  . .  . .        .   .   A    .    .  .  . .   .     .  .  .   A      .   .  A       .  .  .         G          . .     .  . . .   .
blockSeqs                     :                                  .  .         . G      .    .      .      .   . . . A  .   . .    . .  .   .      . .         . .     . .   .   . .    .   .  .      .   .    .  .      . .   .     .     .    . A       .  GA          .     .  . C         . . . . .   .  .    .   .   .   .   C . A    .  .  .     .  T   . A      C       G    .  .  .  . . .    .   .       . .    .  .      A          . .  A    . . .   .  .   . .  . . .   . . .    .  A      . .  . .    . . .       .  . .               .  .   . .  .  . .  . .        .   .   A    .    .  .  . .   .     .  .  .   G      .   .  A       .  .  .         G          . .     .  . . .   .
blockSeqs                     :                                  .  .         . G      .    .      .      .   . . . A  .   . .    . .  .   .      . .         . .     . .   .   . .    .   .  .      .   .    .  .      . .   .     .     .    . T       .  AT          .     .  . C         . . . . .   .  .    .   .   .   .   T . .    .  .  .     .  T   . A      A       G    .  .  .  . . .    .   .       . .    .  .      A          . .  A    . . .   .  .   . .  . . .   . . .    .  T      . .  . .    . . .       .  . .               .  .   . .  .  . .  . .        .   .   A    .    .  .  . .   .     .  .  .   G      .   .  G       .  .  .         A          . .     .  . . .   .
blockSeqs                     :                                  .  .         . G      .    .      .      .   . . . A  .   . .    . .  .   .      . .         . .     . .   .   . .    .   .  .      .   .    .  .      . .   .     .     .    . T       .  AA          .     .  . C         . . . . .   .  .    .   .   .   .   . . .    .  .  .     .  .   . A      A       G    .  .  .  . . .    .   .       . .    .  .      C          . .  A    . . .   .  .   . .  . . .   . . .    .  A      . .  . .    . . .       .  . .               .  .   . .  .  . .  . .        .   .   A    .    .  .  . .   .     .  .  .   G      .   .  T       .  .  .         A          . .     .  . . .   .
blockSeqs                     :                                  .  .         . .      .    .      .      .   . . . A  .   . .    . .  .   .      . .         . .     . .   .   . .    .   .  .      .   .    .  .      . .   .     .     .    . T       .  GA          .     .  . C         . . . . .   .  .    .   .   .   .   . . .    .  .  .     .  .   . A      A       T    .  .  .  . . .    .   .       . .    .  .      C          . .  A    . . .   .  .   . .  . . .   . . .    .  A      . .  . .    . . .       .  . .               .  .   . .  .  . .  . .        .   .   A    .    .  .  . .   .     .  .  .   G      .   .  T       .  .  .         A          . .     .  . . .   .
blockSeqs                     :                                                        .    .      .      .   . . . A  .   . .    . .  .   .      . .         . .     . .   .   . .    .   .  .      .   .    .  .      . .   .     .     .    . T       .  GA          .     .  . C         . . . . .   .  .    .   .   .   .   . . .    .  .  .     .  .   . A      .       G    .  .  .  . . .    .   .       . .    .  .      C          . .  A    . . .   .  .   . .  . . .   . . .    .  T      . .  . .    . . .       .  . .               .  .   . .  .  . .  . .        .   .   T    .    .  .  . .   .     .  .  .   G      .   .  T       .  .  .         A          . .     .  . . .   .
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