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gi|90837                      :  CT-AA-C-TTAATTTTTT--G-GTTTATTTC---AAGT-G-ACTTA--AA-GA-G----TT--GG-A-GA---A-T-A-CCAATAG---CC-A-T-G-AC-GA--------GCGC---G--TTG---T--A--AA-AC-C-G---TG--AGTA-CT-AG-T--CG-G--CGAC-G-----CCG--C---GAGA-C-A-ATCGGCA-AAACACGGTAAATA-GC--T--AT-G---AG-C-AG-T---CTTTAA-GA-CA--GC-G-G-------A-----TT-TGT-AATCG-G-GG--C-AA-CG--AAG---CAT-T--CA-GGT--TT-GAG-G-----GTCAATGTTCA--AT-A-TT----ATTG--GA-GGG-GTGA-T-GGG-GTAA-GGG-AAG-TCT-A-TAAAGGAGGTA---C-AAGAA--GGGG-GTTT-CC-G--T-AAA--CAT--CG-TAATG-TG-T-TT-GCTTGG-----GC-GAT--A-AAAATG-G-AGA-ACAA-AAA--GAA-A-T-A-TAG-AG-TC-T--TA-T-AGCGG-TG---ACCT-ACA-T-TTT-G--AT-CCCAAAAAA---GA-TG-GAA-G-ACC-TTGT
gi|90838                      :   T-AA-C-TT---TTTTTT-G-GTTT---TC---ATGT-G-ACTTA--AATGA-G----TT--G----GA---A-T-A-CCAATA----CC-AATGG-A--GA--------GGGC---G--T-G---T--A--AA-A--C-G---TT--AGAA-
gi|90839                      :                 TTT--GTGTTC---TCTCCA-GTTG-A-T-A--GA-GA-AGGT-TT--A--A-GA---A-T-A-T-AGTAG---CA-AAT-G-A--GATAGCGGTCGCGC------T-G---T--A--AA-AAGC-G---GT--GGGA-TT-A--AAACGTG--TG-T-AATAAGTC---TC--GAGA-C-A-GTGGGCA-AA-C-CGG---A-A-GTCTT--AT-CC--AG-C-AGATG--TT---A-GA-GC--TC-G-G-------A-----GT-TT--AATCTAG-GG--C-A--CG--AA----CAT-T--CA-G-T--TT-GAG-G-----GTCAATGT-CA--ATCG-TTTATGGC-G--GA-AGGCG--G-T-AGA-GAAA-GGA-A-G-TCT-A-TA--
gi|90840                      :                         TTC---CC---A-GT-G-ACT-A--AAAGACG----TTTCA--A-GA---AAT-ATCCAATAAGCCCC-AAT-G-AA-GG--------GCGC---G--C-G---T--A--AA-AC-CCG---TT--GGGAACT-A--T--CG----CG-T-AA----CCG--TC--GAGAAC-A-ATCG-CA----C-CGG---A-A-CT--C--AT-G---AG-C-AG-T---TT---AAGA-CAATGT-G-G-------A-----TT-T---AATCT-G-GG----AA--G--AAG---T-T-T--CA-G-T--TT-GAGCG-----GTCA-T-T-CA--AT-G-TT----AT-G--GA-GGG-G--G---GA--GTAA-GGA-A-G-TTT-
gi|90841                      :                                                                                     TAG---CC-AAT-G-A--GA--------GTGC---A--C-G---T--A--AC-AC-T--------------------T--CG-A--CG---------------------------ATCGGCA-AA-C-CGG---A-A-GT--T--TT-G---AG-T-CG-T---T----A-GA-CA--GT-G-G-------A-----TG-TTT-AGTCT-G-GG--C-AA-TG--AAG---CAT-T--CA-A-T--TG-GAA-T-----GTCAATGT-C----T-A-TT----A-----GA-GGG-G--G-T-GAG-GTAA-GGG-A-G-TCT-A-TA--GGAGGTA---C-AAGAA--GGTGCGTTT-CC-G-GT-AAA--CAT--TG-TA-TG-TG-T-TT-G-TTAG-----AC-GAT--GGAAA-TG-G-AGA-AT-A-AAA--G-----------------C-T--TA-T-AGCGG-TG---ACCT-ACA-T-TTC-G--AT-CCC-AAAAA---G--TG-G-ACC-ACC-TTGT
gi|90842                      :                                                                                                                                           C-C-G---T---AGGA-CT-------CA-G--CG-T-A-----CCG--CC--GAGA-C-AGATCGGTA-AA-C-CCT---A-A--C--T--AT-GGTGAG-C-AG-T---TT---T-AA-C---GC-G-G-------A-----TT-TT---ATCTAG-GG--C-AA-CG--AAGGAGCAT-T--CA---T--TT--AG-G-----GTCAAT---CA--AT-AATT----AT-A--GA-GGG-G----T-GAGTGTAA-TGG-A-A-TCT-A-TAA-GGAGGGA---C-AAGAA--GGG----TT-CC-G-G--AAA--CAT--CGATA-TGCTG-T-T--G-TTG-------C-GGC--T-AAA-TG-G-AGA--C-A-A----GAA-T-T-A-T-G-AGTTC-T--TA-T-TGCGG-T----ACCT-ACA-TGTTT-G--AT-CCA-AACAA---GA-TG-A-A-G-ACC-TT
gi|90843                      :                                                                                                                                                ---TT--GAGA-TT-A--T--CG-GG-CG-T-------CCG--C---GAGG-C-A-ATCGACA-AA-C-CGG---A-A-GC--T--ATTG---AG-C-AG-T---TT---A-GA-CA--GT-GTG-------A-----TT-TT--AATCT-G-GGGGC-AAACG--AAG---CAT-T--CA-G-T--TTTGAG-G-----G-----GT-CA--AT-G-TT----AC-A--GA-GGG-G--GCT-GAG-GTAA-GGG-A-GGTCT-A-TA--GGAGGTA---C-AAGAA--GGGG-GTTT-CC-G-GT-AAA--CAT--TG-TA-TG-TG-T-TT-G-TTGA-----GC-GAT----AAA-TG-G-AGA-AC-A-AAA--GAA-A---A-TAG-AGTTC-T--TT-A-AGCGG-TG---ACCT-ACA-T-TTT-G--AT-CCC-AAAAA---AAGTG-G-A-G-ACC-TTG
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gi|90845                      :                                                                                                                                                                      G-G--CC-T-A-----TC---CC--GAGG-C-------GCGTAG-C-CTT---A-A-GT--T--TT-G---AG-T-TT-T---TT---A-GG-GA--GC-G-GCTGG---A-----TT-TGT-AATCT-G-GG--C-AG--A--AAG---CAT-T--CA-A-T--TT-GAG-G-----GTCAATGTTCA--GT-G-TT----AC-A--GA-GGG-GA-G-TAGAG-GTAA-GGG-A-G-------------GGGTA---C-AAGAA--GGGG-GTTT-CC-AAGT-AAA--CAT--TG-TA-TG--G-T-TTAG-TTAG-----AT-GCTGGA-AAA-TG-G-AGATAT-A-AAA--GAA-A-TTA-TCG-AGT-C-TGATA-T-AGCGGGTG---ACCT-ACA-T-TTC-G--AT-CCC-AAAAAAG-GA-TG-G-A-C-ACC-TTGT
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gi|90851                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -GAT--A-AAA-------AA-AC-A-AAA--GAA-AAT-A-TAG-AGTTC-T--TAAT-AGCGG-TG---ACCT-ACA-T-TTT-G--AT-CCC-AAAAAAATGA-TG-G-A-GAACC-TTGT
gi|90852                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -AAA-TA-G-AGA-AC-A-AAAAAGAA-A-T-A-TAG-AGTTC-T--TA-T-GGCGG-TG---ACCT-ACATT-TTT-G--AT-CCC-AAAAA---GA-TG-G-A-G-ACC-TTGT
gi|90853                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       G-AGTTC-T--TA-T-A-CAG-TG---ATCT-ACA-T-TT--G--AT-CCC-AAAAA---GA-TG-G-A-G-ACC-TTGT


blockSeqs                     :    C  CA   AAT     TT C    ATT  TCC A  T G   G CG  T  C GATTTTGTA   T  TAT A T T       GCC  C   C G GG  TAGCGGTC    GTT TT T GTT TA CC  .  G C CGG  TGG   C  C ATT    T AT  A T ATAAG   GG CTA    A G G       T  A A   TAA T A  CT TA  T GTG  T A  A TCG  TTA G  C  AT  T T GGGAAAAA       G  TT     A T  GGC   A  AC   GAG   C TC  TT  TA  T   C CCAGG        T  AT  C T  TATGGCG     G   T TG C A   T    G   T G G   A T  AA       AGG A     AC    C    C  G A  A   AC   TA  T  A  C  T A  A C    TTAGC  A   GGA    A  A T   T  A G   AA   T A T T   T     T GA  C C     G  GTA    A   T G   T GA  A   A     AAT  G  A A C A   G
blockSeqs                     :    .  C    .       T  A    C    .   T  . .   T .   A  . GGTTTA      .  .   A T .       .    C   G G T   .           C   .  T C   .  .   .  G . .    C     A  . AAA    . G   . . GGGCA   .  C      . . .       .  . .   A   . .  A  C   . A    . .  . G    .   A  .  .   . . AATGTT         .  TT     A A  CA    .  A    .     . .   GG  .   .   . T            T  T   . A  ACAA        T   C A  . .   .    .   . A .   A .  A        .   .     .     .    .  T .  .   .    .   A  .  .  . .  . C    .      .   GG     .  . .   .  . .   .    . . . A   .     . A   A .     .  .      .   T .   . .   C   A     AG   .  . . . .   .
blockSeqs                     :    .  C    .       .  T    .    .   .  . .   T .   .  . GTTTG       .  .   . . .       .    .   . . C   .           .   .  . G   .  .   .  . . .    G     .  . TT     . .   . . A       .  C      . . .       .  . .   A   . .  .  .   . C    . .  . .    .   .  .  .   . . CTGGA          .  T      G .  C     .  .    .     . .   G   .   .   . .            .  .   . .  ATGG        .   . .  . .   .    .   . . .   . .  .        .   .     .     .    .  . .  .   .    .   A  .  .  . .  . .    .      .   TA     .  . .   .  . .   .    . . . .   .     . A   . .     .  .      .   . .   . .   .   A     .    .  . . . .   .
blockSeqs                     :    .  C    .       .  .    .    .   .  . .   . .   .  . GTTGG       .  .   . . .       .    .   . . A   .           .   .  . .   .  .   .  . . .    A     .  . GT     . .   . . A       .  C      . . .       .  . .   .   . .  .  .   . .    . .  . .    .   .  .  .   . . AT             .  T      . .  C     .  .    .     . .   G   .   .   . .            .  .   . .  ATTG        .   . .  . .   .    .   . . .   . .  .        .   .     .     .    .  . .  .   .    .   .  .  .  . .  . .    .      .   A      .  . .   .  . .   .    . . . .   .     . .   . .     .  .      .   . .   . .   .   A     .    .  . . . .   .
blockSeqs                     :    .  T    .       .  .    .    .   .  . .   . .   .  . TTTCA       .  .   . . .       .    .   . . .   .           .   .  . .   .  .   .  . . .    G     .  . T      . .   . . .       .  C      . . .       .  . .   .   . .  .  .   . .    . .  . .    .   .  .  .   . . A              .  T      . .  C     .  .    .     . .   G   .   .   . .            .  .   . .  CGTA        .   . .  . .   .    .   . . .   . .  .        .   .     .     .    .  . .  .   .    .   .  .  .  . .  . .    .      .   A      .  . .   .  . .   .    . . . .   .     . .   . .     .  .      .   . .   . .   .   A     .    .  . . . .   .
blockSeqs                     :    .  C    .       .  .    .    .   .  . .   . .   .  . TTGG        .  .   . . .       .    .   . . .   .           .   .  . .   .  .   .  . . .    G     .  . T      . .   . . .       .  C      . . .       .  . .   .   . .  .  .   . .    . .  . .    .   .  .  .   . . A              .  T      . .  T     .  .    .     . .   G   .   .   . .            .  .   . .  ATG         .   . .  . .   .    .   . . .   . .  .        .   .     .     .    .  . .  .   .    .   .  .  .  . .  . .    .      .   A      .  . .   .  . .   .    . . . .   .     . .   . .     .  .      .   . .   . .   .   A     .    .  . . . .   .
blockSeqs                     :    .  C    .       .  .    .    .   .  . .   . .   .  . TTCG        .  .   . . .       .    .   . . .   .           .   .  . .   .  .   .  . . .    A     .  . T      . .   . . .       .  C      . . .       .  . .   .   . .  .  .   . .    . .  . .    .   .  .  .   . . T              .  T      . .  C     .  .    .     . .   G   .   .   . .            .  .   . .  ATG         .   . .  . .   .    .   . . .   . .  .        .   .     .     .    .  . .  .   .    .   .  .  .  . .  . .    .      .   A      .  . .   .  . .   .    . . . .   .     . .   . .     .  .      .   . .   . .   .   A     .    .  . . . .   .
blockSeqs                     :    .  C    .       .  .    .    .   .  . .   . .   .  . TTCG        .  .   . . .       .    .   . . .   .           .   .  . .   .  .   .  . . .    G     .  . T      . .   . . .       .  G      . . .       .  . .   .   . .  .  .   . .    . .  . .    .   .  .  .   . . A              .  A      . .  C     .  .    .     . .   G   .   .   . .            .  .   . .  ATG         .   . .  . .   .    .   . . .   . .  .        .   .     .     .    .  . .  .   .    .   .  .  .  . .  . .    .      .   A      .  . .   .  . .   .    . . . .   .     . .   . .     .  .      .   . .   . .   .   .     .    .  . . . .   .
blockSeqs                     :    .  C    .       .  .    .    .   .  . .   . .   .  . TTTG        .  .   . . .       .    .   . . .   .           .   .  . .   .  .   .  . . .    A     .  . A      . .   . . .       .  C      . . .       .  . .   .   . .  .  .   . .    . .  . .    .   .  .  .   . . A              .  T      . .  C     .  .    .     . .   A   .   .   . .            .  .   . .  ACA         .   . .  . .   .    .   . . .   . .  .        .   .     .     .    .  . .  .   .    .   .  .  .  . .  . .    .      .   G      .  . .   .  . .   .    . . . .   .     . .   . .     .  .      .   . .   . .   .   .     .    .  . . . .   .
blockSeqs                     :    .  C    .       .  .    .    .   .  . .   . .   .  . TTTG        .  .   . . .       .    .   . . .   .           .   .  . .   .  .   .  . . .    A     .  . T      . .   . . .       .  C      . . .       .  . .   .   . .  .  .   . .    . .  . .    .   .  .  .   . . A              .  T      . .  C     .  .    .     . .   G   .   .   . .            .  .   . .  ATA         .   . .  . .   .    .   . . .   . .  .        .   .     .     .    .  . .  .   .    .   .  .  .  . .  . .    .      .   A      .  . .   .  . .   .    . . . .   .     . .   . .     .  .      .   . .   . .   .   .     .    .  . . . .   .
blockSeqs                     :    .  C    .       .  .    .    .   .  . .   . .   .  . TTTT        .  .   . . .       .    .   . . .   .           .   .  . .   .  .   .  . . .    A     .  . T      . .   . . .       .  C      . . .       .  . .   .   . .  .  .   . .    . .  . .    .   .  .  .   . . A              .  T      . .  C     .  .    .     . .   G   .   .   . .            .  .   . .  CCA         .   . .  . .   .    .   . . .   . .  .        .   .     .     .    .  . .  .   .    .   .  .  .  . .  . .    .      .   A      .  . .   .  . .   .    . . . .   .     . .   . .     .  .      .   . .   . .   .   .     .    .  . . . .   .
blockSeqs                     :    .  C    .       .  .    .    .   .  . .   . .   .  . TTTG        .  .   . . .       .    .   . . .   .           .   .  . .   .  .   .  . . .    G     .  . T      . .   . . .       .  C      . . .       .  . .   .   . .  .  .   . .    . .  . .    .   .  .  .   . . A              .  T      . .  C     .  .    .     . .   G   .   .   . .            .  .   . .  ATA         .   . .  . .   .    .   . . .   . .  .        .   .     .     .    .  . .  .   .    .   .  .  .  . .  . .    .      .   A      .  . .   .  . .   .    . . . .   .     . .   . .     .  .      .   . .   . .   .   .     .    .  . . . .   .
blockSeqs                     :    .  .    .       .  .    .    .   .  . .   . .   .  . TTGG        .  .   . . .       .    .   . . .   .           .   .  . .   .  .   .  . . .    G     .  . T      . .   . . .       .  C      . . .       .  . .   .   . .  .  .   . .    . .  . .    .   .  .  .   . . A              .  T      . .  C     .  .    .     . .   A   .   .   . .            .  .   . .  ATG         .   . .  . .   .    .   . . .   . .  .        .   .     .     .    .  . .  .   .    .   .  .  .  . .  . .    .      .   T      .  . .   .  . .   .    . . . .   .     . .   . .     .  .      .   . .   . .   .   .     .    .  . . . .   .
blockSeqs                     :    .  .    .       .  .    .    .   .  . .   . .   .  . TTT         .  .   . . .       .    .   . . .   .           .   .  . .   .  .   .  . . .    A     .  . T      . .   . . .       .  .      . . .       .  . .   .   . .  .  .   . .    . .  . .    .   .  .  .   . . A              .  T      . .  C     .  .    .     . .   G   .   .   . .            .  .   . .  ATA         .   . .  . .   .    .   . . .   . .  .        .   .     .     .    .  . .  .   .    .   .  .  .  . .  . .    .      .   G      .  . .   .  . .   .    . . . .   .     . .   . .     .  .      .   . .   . .   .   .     .    .  . . . .   .
blockSeqs                     :                    .  .    .    .   .  . .   . .   .  . TCT         .  .   . . .       .    .   . . .   .           .   .  . .   .  .   .  . . .    G     .  . T      . .   . . .       .  .      . . .       .  . .   .   . .  .  .   . .    . .  . .    .   .  .  .   . . A              .  T      . .  C     .  .    .     . .   T   .   .   . .            .  .   . .  ACA         .   . .  . .   .    .   . . .   . .  .        .   .     .     .    .  . .  .   .    .   .  .  .  . .  . .    .      .   T      .  . .   .  . .   .    . . . .   .     . .   . .     .  .      .   . .   . .   .   .     .    .  . . . .   .
blockSeqs                     :                            .    .   .  . .   . .   .  . TTG         .  .   . . .       .    .   . . .   .           .   .  . .   .  .   .  . . .    .     .  . .      . .   . . .       .  .      . . .       .  . .   .   . .  .  .   . .    . .  . .    .   .  .  .   . . A              .  .      . .  C     .  .    .     . .   A   .   .   . .            .  .   . .  ACA         .   . .  . .   .    .   . . .   . .  .        .   .     .     .    .  . .  .   .    .   .  .  .  . .  . .    .      .   G      .  . .   .  . .   .    . . . .   .     . .   . .     .  .      .   . .   . .   .   .     .    .  . . . .   .
blockSeqs                     :                                                                                        .    .   . . .   .           .   .  . .   .         . . .    .     .  . .      . .   . . .       .  .      . . .       .  . .   .   . .  .  .   . .    . .  . .    .   .  .  .   . . A              .  .      . .  .     .  .    .     . .   A   .   .   . .            .  .   . .  ACA         .   . .  . .   .    .   . . .   . .  .        .   .     .     .    .  . .  .   .    .   .  .  .  . .  . .    .      .   A      .  . .   .  . .   .    . . . .   .     . .   . .     .  .      .   . .   . .   .   .     .    .  . . . .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                .    .     .           . .   . . .       .  .      . . .       .  . .   .   . .  .  .   . .    . .  . .    .   .  .  .   . . A              .  .      . .  .     .  .    .     . .   .   .   .   . .            .  .   . .  C           .   . .  . .   .    .   . . .   . .  .        .   .     .     .    .  . .  .   .    .   .  .  .  . .  . .    .      .   .      .  . .   .  . .   .    . . . .   .     . .   . .     .  .      .   . .   . .   .   .     .    .  . . . .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                       . .   . . .                                                                  . .    .   .  .  .   . . .              .  .      . .  .     .  .    .     . .   .   .   .   . .            .  .   . .  A           .   . .  . .   .    .   . . .   . .  .        .   .     .     .    .       .   .    .                               .   .      .  . .   .  . .   .    . . . .   .     . .   . .     .  .      .   . .   . .   .   .     .    .  . . . .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .                                                                                              .  . .   .  . .   .    . . . .   .     . .   . .     .  .      .   . .   . .   .   .     .    .  . . . .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .     . .   . .     .  .      .   . .   . .   .   .     .    .  . . . .   .


blockSeqCons                  :       C**                                               TTTG*******                                                                                                                                                                                                                                       C***
originalCons                  : GCT-AA-C-TT---TTTTT--G-GTTT---TC---A-GT-G-ACT-A--AA-GA-G----TT--G--A-GA---A-T-A-CCAATAG---CC-AAT-G-A--GA--------GCGC---G--T-G---T--A--AA-AC-C-G---TT--GGGA-CT-A--T--CG-G--CG-T-A-----CCG--CC--GAGA-C-A-ATCGGCA-AA-C-CGG---A-A-GC--T--AT-G---AG-C-AG-T---TT---A-GA-CA--GC-G-G-------A-----TT-TTT-AATCT-G-GG--C-AA-CG--AAG---CAT-T--CA-G-T--TT-GAG-G-----GTCAATGT-CA--AT-G-TT----AC-G--GA-GGG-G--G-T-GAG-GTAA-GGG-A-G-TCT-A-TA--GGAGGTA---C-AAGAA--GGGG-GTTT-CC-G-GT-AAA--CAT--TG-TA-TG-TG-T-TT-G-TTGG-----GC-GAT--A-AAA-TG-G-AGA-AC-A-AAA--GAA-A-T-A-TAG-AGTTC-T--TA-T-AGCGG-TG---ACCT-ACA-T-TTT-G--AT-CCC-AAAAA---GA-TG-G-A-G-ACC-TTGT
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