lowQualScore : 11 11
lowQualScore : 44444 444444 444444 1 1 3333 1 1 22 33333 1 1 5 1 4 66 1 3 444 1 00 333 5 1 44
lowQualScore : ..... ...... ...... . . .... . . .. ..... . . . . . .. . . ... . .. ... . . ..
lowQualScore : 22222 222222 000000 5 4 0000 4 4 00 66666 4 5 9 5 4 77 5 0 222 6 77 000 2 7 33
consensus : TTGAAGAAAT--A--CATAT-A----GAAT-----GA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-A-T-TT-CNGAGAC-T-AGC---T-TACGACCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
Reference ( gi|80390 ) : TTGAAGAAAT--A--TATAT-A----GAAT-----GA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-A-T-TT-CGGAGAC-T-AGC---T-TACGACCCC-AGC---GAGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80389 : TTGAAGAAAT--A--TACAT-G----GAAT-----GA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-A-T-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACGACCCT-AGC---GGGA-CTTCAT--CATGT
gi|80391 : TTGAAGAAAT--G--CATAT-A----GAAT-----GA-TAACACCATCTTTAT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-A-T-TT-CAGAGAC-T-AGC---T-TACGACCCT-AGCGGGGGGT-CTTCGT--CAGGT
gi|80388 : TTGAAGAAAT--A--TATAT-ATGCAGA-------GA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-A-T-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACGACCCT-TGC---GGGT-CTTCAT--CAGGTc
gi|80392 : TTTAAGAAAT--C--CATAT-A----GAAT-----GA-TAACACC---TTTTT----GATC-AACT-AC--AGTATCA-TTT-A-T-TTTC--AGAC-T-AGC---T-TACGACACT-AGC---GAGT-CTTCAT--CAGGTct
gi|80396 : TTGTACAAAT--G--CATAT-A----GAAT-----GA-TAACACCATCTTTAT----GATC-GACT-AT--A-----A-TTT-A-T-TTACAGAGAC-T-AGC---ct
gi|80394 : TTGAAGAAAT--G--CA-GT-A----GAAA-----GA-TAACACCATCTTTAT----GATC-AGCT-AT--A-----A-TTT-A-A-TT-TATAG-----AG-------ACGACCCCTAGC---AGTT-CTTCAT--CAG
gi|80395 : TTGAAGAAAT--AAATATAT-C----TAAT-----CA--AACGCTTTCTTTTT----GATC-AACT-TT--T-----A-GTT-A-T-TT-TA-AGAC-T-AGC---T-TACAACCCT-TGT---GGGT-CTTCAT--CA
gi|80393 : TTGAAGAA-T--G--CATAT-A----GAAT-----GA-TAACATATTCTTTTT----GATC-AACT-AT--C-----A-TAT-ATT-TT-C--AGAC-T-AGC---T-
gi|80397 : TTGAAGAAAT--G--CATAT-A----GAAT-----AA-TAAAATCTTTTTTTTTTTAAATC-AACT-AT--A-----A-CTT-ATT-TT-C--AGAC-T-
gi|80398 : TGAAGAAAT--A--TATAT-G----GAAT-----GA-TAACACTATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-A-T-TT-CAGAGAC-T-AGC---T-TACGACCCTAAGC---GGGT-CTTCAT--CAGAT
gi|80400 : TAAAGAAAT--G--CACAT-A----GAAT-----GA-TAACACCATCTTTAT----GATC-AACT-AT--C-----A-TTT-A-T-TTACAGAGAC-T-AGC---T-TACGATCCC-AGC---GGGT-TTTCAT--CAGGTct
gi|80399 : TGAAGAAAT--G--CATAT-G----GAAT-----GA-CAACACCATCTTTTT----CATC-AACC-AT--A-----A-TTT-A-T-TT-AAGAGAC-T-AGC---T-TACGGACCC-TGC---GGGT-CTTCAT--CAGGct
gi|80402 : TGAAGAAATGCA--CATAT-A----GAAT-----GA-TAACACCATCTTTAT----GATCAAACT-AT--A-----A-TTT-A-T-TT-CAGAGAC-T-AGCA--T-TACGACCCTAAGC---GGGT-TATCATA-CGGGT
gi|80401 : TGAAGAAAT--A--CATAT-A----GAAT-----AA-CAAAACCTTCTTTTT----GATT-AAAT-AT--A-----A-TTT-ATT-TT-C--AGAC-T-AGC---T-TGCGACCCT-AGC---GGGT-CCTCAT--CAGGT
gi|80403 : GAAGAAAT--A--TATAC-G----GAAA-----GA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-A-T-TT-CCGAAAC-T-AGC---T-TACGACCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGTct
gi|80404 : GAAGAAAT--G--CATAT-A----GAAA-----AA-CAACACTTTCTTTTT----GATA-GATT-AT--C-----A-TTT-ATT-TT-C--AGCC-T-ACC---T-TACGACCCT-AGC---GGGT-CTTTAT--CAGGTct
gi|80405 : GAAGAAAT--A--TATAT-G----GAAA-----GA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-ct
gi|80407 : AAGAAAT--A--TATATTG----GAAA-----GA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-A-T-TT-CCGAGAC-TAAGC---T-TACGACCCT-AGC---GAGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80406 : AAGAAAT--A--TATAT-G----GAAA-----GAATAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-A-T-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACGACCCTAAGC---GGGT-CTTCAT--CAGGTct
gi|80408 : AAGAAAT--A--TATAT-C----GAAA-----GA-TAACACCTTCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-A-T-TT-CCGAGAT-T-AGC---T-TACGACCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGTct
gi|80409 : AAGAAAT--A--CATAA-A----GAAT-----AA-TAACACCATCATGTT----GATC-AACT-TC--A-----T-TTT-A-T-TT-TG-AGAC-TTAGC---T-TACGACCCT-AGT---GGGTCCTTCAT--CAGGTct
gi|80410 : AAT-----TATAT-T----GAAA-----GA-TAACAC-ATCTTTTT----G-TC-AACT-AC--A-----A-AC--A-T-TT-CCGAGAC-T-AGC---TCTA-GACCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80412 : T--A--TATGA-A----GAATCTTAGAA-TAAAACT-TCTTTTT----GATT-AAAT-AT--A-----ATTTT-A-T-TT-TTCAGACAT-CGCTTTT-TGCGA-CCT-AGC---GGGT-CCTCATCGCAGGT
gi|80413 : ATAT-T----AAAT-----GA-TAACACTTTCTTTTT-----ATC-AATT-AT--C-----A-TTTTA-T-TT-CGGA--C-T-AGC---T-TACGACCAT-AAC---GTGT-Cct
gi|80411 : ATAT-A----TAAT-----GA-TA---CCACCTTTTT----GACC-AACT-AT--C-----A-GTT-A-TATT-C--AGAC-T-ACC---T-TACGACCCT-A
gi|80414 : -----GA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACG-AT--A-----A-TTT-A-T-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACGACCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80415 : atgaaga-----GA-TAACATCATCTTTAT----GATC-AACT-AC--A-----A-TTT-A-T-TT-ct
gi|80416 : tgaagaTTTCT----GATG-AACTTGTTGA-----A-ATT-A-T-TT-CGG-GAC-T-AGT---T-TACGACCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CA
gi|80417 : C-T-AGC---T-TACGACCAT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGAT
Alignments
lowQualScore : 22 1 3333 22 1 1 2222 1 1 11 33333 1 1 1 6666 2 1 444 1 1 1 4 222 1 44
lowQualScore : .. . .... .. . . .... . . .. ..... . . . .... . . ... . . . . ... . ..
lowQualScore : 55 5 3333 11 4 0 9999 4 4 99 44444 4 4 4 7777 9 4 111 5 6 6 8 999 7 11
consensus : TTGAAGAAAT--ACATAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
Reference ( family-636 ) : TTGAAGAAAT--ACATAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CNGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80388 : TTGAAGAAAT--ATATAT-ATGCAG--A--GA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-TGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80389 : TTGAAGAAAT--ATACAT-G----G--AATGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGA-CTTCAT--CATGTct
gi|80390 : TTGAAGAAAT--ATATAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CGGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCC-AGC---GAGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80391 : TTGAAGAAAT--GCATAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTAT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CAGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGCGGGGGGT-CTTCGT--CAGGT
gi|80392 : TTTAAGAAAT--CCATAT-A----G--AATGA-TAACACC---TTTTT----GATC-AACT-AC--AGTATCA-TTT-AT-TT-TC-AGAC-T-AGC---T-TACG-A-CACT-AGC---GAGT-CTTCAT--CAGGTc
gi|80393 : TTGAAGAA-T--GCATAT-A----G--AATGA-TAACATATTCTTTTT----GATC-AACT-AT--C-----A-TAT-AT-TT-TC-AGAC-T-AGC---T-ct
gi|80394 : TTGAAGAAAT--GCA-GT-A----G--AAAGA-TAACACCATCTTTAT----GATC-AGCT-AT--A-----A-TTT-AA-TT-TATAG-----AG-------ACG-ACCCCT-AGC---AGTT-CTTCAT--CAG
gi|80395 : TTGAAGAAAT--AAATAT-A----TCTAATCA--AACGCTTTCTTTTT----GATC-AACT-TT--T-----A-GTT-AT-TT--TAAGAC-T-AGC---T-TACA-A-CCCT-TGT---GGGT-CTTCAT--CA
gi|80396 : TTGTACAAAT--GCATAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTAT----GATC-GACT-AT--A-----A-TTT-AT-TTACAGAGAC-T-AGC---
gi|80397 : TTGAAGAAAT--GCATAT-A----G--AATAA-TAAAATCTTTTTTTTTTTAAATC-AACT-AT--A-----A-CTT-AT-TT-TC-AGAC-T-
gi|80398 : TGAAGAAAT--ATATAT-G----G--AATGA-TAACACTATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CAGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCTAAGC---GGGT-CTTCAT--CAGAT
gi|80399 : TGAAGAAAT--GCATAT-G----G--AATGA-CAACACCATCTTTTT----CATC-AACC-AT--A-----A-TTT-AT-TT-AAGAGAC-T-AGC---T-TACGGA-CCCT--GC---GGGT-CTTCAT--CAGGct
gi|80400 : TAAAGAAAT--GCACAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTAT----GATC-AACT-AT--C-----A-TTT-AT-TTACAGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-TCCC-AGC---GGGT-TTTCAT--CAGGT
gi|80401 : TGAAGAAAT--ACATAT-A----G--AATAA-CAAAACCTTCTTTTT----GATT-AAAT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-TC-AGAC-T-AGC---T-TGCG-A-CCCT-AGC---GGGT-CCTCAT--CAGGTct
gi|80402 : TGAAGAAATGCACATAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTAT----GATCAAACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CAGAGAC-T-AGCA--T-TACG-A-CCCTAAGC---GGGT-TATCATA-CGGGTct
gi|80403 : GAAGAAAT--ATATAC-G----G--AAAGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAAAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80404 : GAAGAAAT--GCATAT-A----G--AAAAA-CAACACTTTCTTTTT----GATA-GATT-AT--C-----A-TTT-AT-TT-TC-AGCC-T-ACC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTTAT--CAGGTct
gi|80405 : GAAGAAAT--ATATAT-G----G--AAAGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-ct
gi|80406 : AAGAAAT--ATATAT-G----G--AAAGAATAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCTAAGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80407 : AAGAAAT--ATATATTG----G--AAAGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-TAAGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GAGT-CTTCAT--CAGGTct
gi|80408 : AAGAAAT--ATATAT-C----G--AAAGA-TAACACCTTCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAT-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGTct
gi|80409 : AAGAAAT--ACATAA-A----G--AATAA-TAACACCATCATGTT----GATC-AACT-TC--A-----T-TTT-AT-TT--TGAGACTT-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGT---GGGTCCTTCAT--CAGGTct
gi|80410 : ATAT-T----G--AAAGA-TAACAC-ATCTTTTT----G-TC-AACT-AC--A-----A-AC--AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---TCTA-G-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80411 : aattATAT-A----T--AATGA-TA---CCACCTTTTT----GACC-AACT-AT--C-----A-GTT-ATATT-C--AGAC-T-ACC---T-TACG-A-CCCT-A
gi|80412 : T-A----G--AAT----AAAACT-TCTTTTT----GATT-AAAT-AT--A-----ATTTT-AT-TT-TTCAGACAT-CGCTTTT-TGCG-A--CCT-AGC---GGGT-CCTCATCGCAGGT
gi|80413 : tatatgaagaatctATAT-T----A--AATGA-TAACACTTTCTTTTT-----ATC-AATT-AT--C-----A-TTTTAT-TT-CGGA--C-T-AGC---T-TACG-A-CCAT-AAC---GTGT-Cct
gi|80414 : GA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACG-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80415 : atgaagaGA-TAACATCATCTTTAT----GATC-AACT-AC--A-----A-TTT-AT-TT-ct
gi|80416 : tgaagaTTTCT----GATG-AACTTGTTGA-----A-ATT-AT-TT-CGG-GAC-T-AGT---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CA
gi|80417 : C-T-AGC---T-TACG-A-CCAT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGAT
Alignments
lowQualScore : 22 1 3333 22 1 1 2222 1 1 11 33333 1 1 1 9999 2 1 444 1 1 1 4 222 1 44
lowQualScore : .. . .... .. . . .... . . .. ..... . . . .... . . ... . . . . ... . ..
lowQualScore : 55 5 3333 11 4 0 9999 4 4 99 44444 4 4 4 9999 9 4 111 5 6 6 8 999 7 11
consensus : TTGAAGAAAT--ACATAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
Reference ( family-636 ) : TTGAAGAAAT--ACATAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80388 : TTGAAGAAAT--ATATAT-ATGCAG--A--GA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-TGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80389 : TTGAAGAAAT--ATACAT-G----G--AATGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGA-CTTCAT--CATGTct
gi|80390 : TTGAAGAAAT--ATATAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CGGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCC-AGC---GAGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80391 : TTGAAGAAAT--GCATAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTAT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CAGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGCGGGGGGT-CTTCGT--CAGGT
gi|80392 : TTTAAGAAAT--CCATAT-A----G--AATGA-TAACACC---TTTTT----GATC-AACT-AC--AGTATCA-TTT-AT-TT-TC-AGAC-T-AGC---T-TACG-A-CACT-AGC---GAGT-CTTCAT--CAGGTc
gi|80393 : TTGAAGAA-T--GCATAT-A----G--AATGA-TAACATATTCTTTTT----GATC-AACT-AT--C-----A-TAT-AT-TT-TC-AGAC-T-AGC---T-ct
gi|80394 : TTGAAGAAAT--GCA-GT-A----G--AAAGA-TAACACCATCTTTAT----GATC-AGCT-AT--A-----A-TTT-AA-TT-TATAG-----AG-------ACG-ACCCCT-AGC---AGTT-CTTCAT--CAG
gi|80395 : TTGAAGAAAT--AAATAT-A----TCTAATCA--AACGCTTTCTTTTT----GATC-AACT-TT--T-----A-GTT-AT-TT-T-AAGAC-T-AGC---T-TACA-A-CCCT-TGT---GGGT-CTTCAT--CA
gi|80396 : TTGTACAAAT--GCATAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTAT----GATC-GACT-AT--A-----A-TTT-AT-TTACAGAGAC-T-AGC---
gi|80397 : TTGAAGAAAT--GCATAT-A----G--AATAA-TAAAATCTTTTTTTTTTTAAATC-AACT-AT--A-----A-CTT-AT-TT-TC-AGAC-T-
gi|80398 : TGAAGAAAT--ATATAT-G----G--AATGA-TAACACTATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CAGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCTAAGC---GGGT-CTTCAT--CAGAT
gi|80399 : TGAAGAAAT--GCATAT-G----G--AATGA-CAACACCATCTTTTT----CATC-AACC-AT--A-----A-TTT-AT-TT-AAGAGAC-T-AGC---T-TACGGA-CCCT--GC---GGGT-CTTCAT--CAGGct
gi|80400 : TAAAGAAAT--GCACAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTAT----GATC-AACT-AT--C-----A-TTT-AT-TTACAGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-TCCC-AGC---GGGT-TTTCAT--CAGGT
gi|80401 : TGAAGAAAT--ACATAT-A----G--AATAA-CAAAACCTTCTTTTT----GATT-AAAT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-TC-AGAC-T-AGC---T-TGCG-A-CCCT-AGC---GGGT-CCTCAT--CAGGTct
gi|80402 : TGAAGAAATGCACATAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTAT----GATCAAACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CAGAGAC-T-AGCA--T-TACG-A-CCCTAAGC---GGGT-TATCATA-CGGGTct
gi|80403 : GAAGAAAT--ATATAC-G----G--AAAGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAAAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80404 : GAAGAAAT--GCATAT-A----G--AAAAA-CAACACTTTCTTTTT----GATA-GATT-AT--C-----A-TTT-AT-TT-TC-AGCC-T-ACC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTTAT--CAGGTct
gi|80405 : GAAGAAAT--ATATAT-G----G--AAAGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-ct
gi|80406 : AAGAAAT--ATATAT-G----G--AAAGAATAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCTAAGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80407 : AAGAAAT--ATATATTG----G--AAAGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-TAAGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GAGT-CTTCAT--CAGGTct
gi|80408 : AAGAAAT--ATATAT-C----G--AAAGA-TAACACCTTCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAT-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGTct
gi|80409 : AAGAAAT--ACATAA-A----G--AATAA-TAACACCATCATGTT----GATC-AACT-TC--A-----T-TTT-AT-TT--TGAGACTT-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGT---GGGTCCTTCAT--CAGGTct
gi|80410 : ATAT-T----G--AAAGA-TAACAC-ATCTTTTT----G-TC-AACT-AC--A-----A-AC--AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---TCTA-G-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80411 : aattATAT-A----T--AATGA-TA---CCACCTTTTT----GACC-AACT-AT--C-----A-GTT-ATATT-C--AGAC-T-ACC---T-TACG-A-CCCT-A
gi|80412 : T-A----G--AAT----AAAACT-TCTTTTT----GATT-AAAT-AT--A-----ATTTT-AT-TT-TTCAGACAT-CGCTTTT-TGCG-A--CCT-AGC---GGGT-CCTCATCGCAGGT
gi|80413 : tatatgaagaatctATAT-T----A--AATGA-TAACACTTTCTTTTT-----ATC-AATT-AT--C-----A-TTTTAT-TT-C--GGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCAT-AAC---GTGT-Cct
gi|80414 : GA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACG-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80415 : atgaagaGA-TAACATCATCTTTAT----GATC-AACT-AC--A-----A-TTT-AT-TT-ct
gi|80416 : tgaagaTTTCT----GATG-AACTTGTTGA-----A-ATT-AT-TT-C-GGGAC-T-AGT---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CA
gi|80417 : C-T-AGC---T-TACG-A-CCAT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGAT
blockSeqs : GC T . CT A A TTTA A T TG GTATC T T A ACAG T A TTT C G C A GGG C CG
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . ACAG A . A . . . A . . A
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . CCG . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . CGG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . CAG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . TAT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . CAG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . AAG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . CAG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . CCG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . CCG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . CCG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . CCG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . CCG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . TTC . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . CCG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . TC . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . TC . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . TC . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . TC . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . TC . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . TG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . CG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : ****
originalCons : TTGAAGAAAT--ACATAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
finalCons : TTGAAGAAAT--ACATAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
Alignments
lowQualScore : 22 1 3333 22 1 1 2222 1 1 11 33333 1 1 1 9999 2 1 444 1 1 1 4 222 1 44
lowQualScore : .. . .... .. . . .... . . .. ..... . . . .... . . ... . . . . ... . ..
lowQualScore : 55 5 3333 11 4 0 9999 4 4 99 44444 4 4 4 9999 9 4 111 5 6 6 8 999 7 11
consensus : TTGAAGAAAT--ACATAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
Reference ( family-636 ) : TTGAAGAAAT--ACATAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80388 : TTGAAGAAAT--ATATAT-ATGCAG--A--GA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-TGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80389 : TTGAAGAAAT--ATACAT-G----G--AATGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGA-CTTCAT--CATGTct
gi|80390 : TTGAAGAAAT--ATATAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CGGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCC-AGC---GAGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80391 : TTGAAGAAAT--GCATAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTAT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CAGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGCGGGGGGT-CTTCGT--CAGGT
gi|80392 : TTTAAGAAAT--CCATAT-A----G--AATGA-TAACACC---TTTTT----GATC-AACT-AC--AGTATCA-TTT-AT-TT-TC-AGAC-T-AGC---T-TACG-A-CACT-AGC---GAGT-CTTCAT--CAGGTc
gi|80393 : TTGAAGAA-T--GCATAT-A----G--AATGA-TAACATATTCTTTTT----GATC-AACT-AT--C-----A-TAT-AT-TT-TC-AGAC-T-AGC---T-ct
gi|80394 : TTGAAGAAAT--GCA-GT-A----G--AAAGA-TAACACCATCTTTAT----GATC-AGCT-AT--A-----A-TTT-AA-TT-TATAG-----AG-------ACG-ACCCCT-AGC---AGTT-CTTCAT--CAG
gi|80395 : TTGAAGAAAT--AAATAT-A----TCTAATCA--AACGCTTTCTTTTT----GATC-AACT-TT--T-----A-GTT-AT-TT-T-AAGAC-T-AGC---T-TACA-A-CCCT-TGT---GGGT-CTTCAT--CA
gi|80396 : TTGTACAAAT--GCATAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTAT----GATC-GACT-AT--A-----A-TTT-AT-TTACAGAGAC-T-AGC---
gi|80397 : TTGAAGAAAT--GCATAT-A----G--AATAA-TAAAATCTTTTTTTTTTTAAATC-AACT-AT--A-----A-CTT-AT-TT-TC-AGAC-T-
gi|80398 : TGAAGAAAT--ATATAT-G----G--AATGA-TAACACTATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CAGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCTAAGC---GGGT-CTTCAT--CAGAT
gi|80399 : TGAAGAAAT--GCATAT-G----G--AATGA-CAACACCATCTTTTT----CATC-AACC-AT--A-----A-TTT-AT-TT-AAGAGAC-T-AGC---T-TACGGA-CCCT--GC---GGGT-CTTCAT--CAGGct
gi|80400 : TAAAGAAAT--GCACAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTAT----GATC-AACT-AT--C-----A-TTT-AT-TTACAGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-TCCC-AGC---GGGT-TTTCAT--CAGGT
gi|80401 : TGAAGAAAT--ACATAT-A----G--AATAA-CAAAACCTTCTTTTT----GATT-AAAT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-TC-AGAC-T-AGC---T-TGCG-A-CCCT-AGC---GGGT-CCTCAT--CAGGTct
gi|80402 : TGAAGAAATGCACATAT-A----G--AATGA-TAACACCATCTTTAT----GATCAAACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CAGAGAC-T-AGCA--T-TACG-A-CCCTAAGC---GGGT-TATCATA-CGGGTct
gi|80403 : GAAGAAAT--ATATAC-G----G--AAAGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAAAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80404 : GAAGAAAT--GCATAT-A----G--AAAAA-CAACACTTTCTTTTT----GATA-GATT-AT--C-----A-TTT-AT-TT-TC-AGCC-T-ACC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTTAT--CAGGTct
gi|80405 : GAAGAAAT--ATATAT-G----G--AAAGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-ct
gi|80406 : AAGAAAT--ATATAT-G----G--AAAGAATAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCTAAGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80407 : AAGAAAT--ATATATTG----G--AAAGA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-TAAGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GAGT-CTTCAT--CAGGTct
gi|80408 : AAGAAAT--ATATAT-C----G--AAAGA-TAACACCTTCTTTTT----GATC-AACT-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAT-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGTct
gi|80409 : AAGAAAT--ACATAA-A----G--AATAA-TAACACCATCATGTT----GATC-AACT-TC--A-----T-TTT-AT-TT--TGAGACTT-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGT---GGGTCCTTCAT--CAGGTct
gi|80410 : ATAT-T----G--AAAGA-TAACAC-ATCTTTTT----G-TC-AACT-AC--A-----A-AC--AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---TCTA-G-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80411 : aattATAT-A----T--AATGA-TA---CCACCTTTTT----GACC-AACT-AT--C-----A-GTT-ATATT-C--AGAC-T-ACC---T-TACG-A-CCCT-A
gi|80412 : T-A----G--AAT----AAAACT-TCTTTTT----GATT-AAAT-AT--A-----ATTTT-AT-TT-TTCAGACAT-CGCTTTT-TGCG-A--CCT-AGC---GGGT-CCTCATCGCAGGT
gi|80413 : tatatgaagaatctATAT-T----A--AATGA-TAACACTTTCTTTTT-----ATC-AATT-AT--C-----A-TTTTAT-TT-C--GGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCAT-AAC---GTGT-Cct
gi|80414 : GA-TAACACCATCTTTTT----GATC-AACG-AT--A-----A-TTT-AT-TT-CCGAGAC-T-AGC---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGGT
gi|80415 : atgaagaGA-TAACATCATCTTTAT----GATC-AACT-AC--A-----A-TTT-AT-TT-ct
gi|80416 : tgaagaTTTCT----GATG-AACTTGTTGA-----A-ATT-AT-TT-C-GGGAC-T-AGT---T-TACG-A-CCCT-AGC---GGGT-CTTCAT--CA
gi|80417 : C-T-AGC---T-TACG-A-CCAT-AGC---GGGT-CTTCAT--CAGAT