lowQualScore : 222222 1 1111 1111 111111 222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 5 1 3333 1 333333 444444 11 1 666666 33333 1 3333 0 11 0 4444 111 0000 22 444444 1 1 33 444444444444444444444444444444444444 666666 1 5555555 2 4 2 33 33 2 2 66 77777 33 3
lowQualScore : . . .... . ...... ...... .. . ...... ..... . .... . .. . .... ... .... .. ...... . . .. .................................... ...... . ....... . . . .. .. . . .. ..... .. .
lowQualScore : 0 2 6666 2 000000 222222 44 0 777777 99999 1 7777 8 11 8 1111 444 6666 00 111111 0 0 77 555555555555555555555555555555555555 666666 2 6666666 4 7 4 22 22 5 9 88 11111 99 3
consensus : CCGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-C------C------GTA--GAAT-AN-----TGACC--GG-GGAGTCA-NN-TTT-C--TACGTA-GAAAA-C--T---GA--C-C--C--NG--G-GT-CAA-TAT---T-C-------T---ATG-ACA------A-A--GAGGGTCN-----TTTT-TC-------TAC-CGT-AGA-A--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
Reference ( gi|114657 ) : CCGGTGTAATGACG-AAAAGT---GACCC-C------C------ATA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GGAGTCA-AG-TTT-C--TACGTA-GAAAA-C--T---GA--T-C--C--AG--G-GT-CAA-TAA---T-T-------T---ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC-------TAC-CGT-AGA-A--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114658 : CCGGTGTAACGACG-TAAAGT---GACCC-C------C------ATA--GAAT-AA-----TGACC--GGCGGAGTCA-AT-TTT-C--TACGTA--AAAA-C--T---GA----C--C--AG--G-GT-CAA-TAT---T-C-------T---ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC-------TAC-CGT-AGA-A--A--ACC-AT-TC-C-----CAGA--C-CTGTA
gi|114660 : CCGGTGTAACGACG-AAAAAT---GACCT-C------C------ATA--GAAT-GA-----TGGCC--GG-GG-GTCA-AA-TTT-C--TTGGTA-GGAAA-C--T---GA--C-C--C--AG--G-GT-CAA-TAT---T-C-------T---ATG-ACA------A-A--TAGGGTCT-----TTTT-TC-------TAC-CGT-AGA-A--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--T-CTGTA
gi|114661 : CCGGTATAACGACG-AAAAGG---GGCCC-C-------------GTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-AG-GTCA-AA-TTT-C--TATGTA-AAAAA-C--T---TT--T-C--C--AG--G-GT-CAA-TAT---T-C-------T---ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----GTTT-TC-------TAC-CGT-AGA-A--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114662 : CCGCTGTAACAACG-AAAAGT---GACCC-C------C------ATA--GAAT-AA-----TGACC--GA-GGGG----GA-TTT-A--TACGTA-GAAAA-C--T---GA--T-C--C--AA--C-GT-CAA-TAT---T-C-------A---ATG-ACA------A-A--GATGGTCT-----TTTT-TC-------TAC-CGT-AGA-A--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-TTGTAAA
gi|114663 : CTGGTGTAATGACG-AAAAGT---GA--------------------------------------CC--GC-GGAGTCA-AA-TTT-C--TACGTA-GAAAA-C--T---TA--T-C--C--AG--G-GT-CAA-T-------------------------------------GAGGGTCT-----TTTT-TC-------TAC-CGT-AGA-A--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114680 : CCGGTATAACGACG-AAAAGG---GGCCC-C-------------GTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-AG-GTCA-AA-TTT-C--TATGTA-AAAAA-C--T---TT--T-C--C--AG--G-GT-CAA-TAT---T-C-------T---ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----GTTT-TC-------
gi|114664 : CCGTTGTAACGACGCAAAAGT---GACCA-C------C------ATATAGAAT-AAGAGTTTGACC--GG---AGTCACAG-TTT-TCTTACGTA--AAAA-C--T---GAA-T-CAAC--GG--G-GTGCAAGTGAGGTT-T-------T---ATATGCACCAAGTA-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC-------TTC-CGTAAGA-G--AGTACC-AT-T--C-----CAGACTC-CTGTAGagataaataatcccaga
gi|114665 : CCGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-C------C------ATA--GAAT-GA-----TGACC--GG-GG-GTCA-AA-TTT-C--TACGTA-GAAAA-C--
gi|114659 : CCGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-C------C------GTA--GAAT-AT-----TGACC--GG-GGGGTCA-TA-TTT-C--TACGTA-GAAAA-A--T---GA--C-C--C--A
gi|114666 : CCGGTGTAACAACG-AAAAGT---GGCCC-C------C------GTA--GAAT-AT-----TGACC--GG-GGGGTCA-TA-TTT-C--CACGTA-GAAAA-A--T---GA--C-C--C--A
gi|114667 : CCGGTGTAAAGAAG-AATAAT---GACCC-C------T------GTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GG-GTCA-TT-TTT-C--TATGTA-GAAAA-A--C---AA--C-C--C--CC--G-GT-CAT-TAT---T-C-------T---ACGTAGA------A-A--AATGACCC-----TTT
gi|114669 : CCGGTGTAACGACG-AATTAT---GACCC-C------C------GTA--GAAA-GA-----GGACC--TG-GGGGTCA-TC-TTT-C--GTTGTA-GAAAA-A--T---GA--C-C--C--AG--G-GT-C---TTA---T-T-------TCG-ATG-ACA------
gi|114668 : CCGGTGTAACGAAG-AAAAGA---GACCC-C------C------GTG--GAAT-AT-----TGACC--GG-GG-GTCA-TA-TTT-T--TACAGG-GAAAA-A--T---GA--C-C--C--A
gi|114670 : CCGGTGTAACGTTG-AAAAGT---GACCC-C------C------ATA--GAAT-
gi|114671 : CCGGTGTAACGATG-AAAAGA---GGACC-C------C------GAA--GAAT-A---------------------------TTT-C--TACGTA-GAAAA-A--T---GA--C-T--C--A
gi|114672 : CGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACT----------------GGG--GAAT-AA-----TGACC--AG-GAAGTCA-AG-TTT-C--TACGTA-GAAAA-C--T---GA--C-C--C--AG--G-GT-CAA-TAT---T-C-------T---ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC-------TAC-CGT-AGA-A--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTTTAGA
gi|114673 : GATGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-C------C------GCA--GAAT-TT-----TGACT--GG-G--GTCA-TA-TTT-C--TACGTA-GAAAA-A--T---GA--C-C--C--
gi|114674 : GTCTAACGACG-AAA-GT---GACCC-C------G------ATA--GA-T-AA-----TGACC--GG-G-AGTCA-AG-TTT-T--CATGTA-GAAAA-C--T---GA--C-C--T--TC--G-GT-CAA-T-----T-TC------T---AGG-ACA------A-A--GA---TC------TTTT-TC-------TACGCGT-AGA-A--A--ACC-A--T--C-----CAGA----CTGTAGA
gi|114675 : TGTAATAACG-AAAAGT---GACCC-C------C------ATA--GAAT-AA-----TGACC--GA-GGGG--G-GA-TTT-C--TACGTA-GAAAA-C--T---GA--T-C--C--AG--G-TT-CAA-TAT---T-C-------T---ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC-------TAC-CGT-AGA-A--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114676 : TGTA-CGACG-AAA-GTCTGGACCCAC------C------ATA--GAATCGA-----TG--C--GG-GGGGTCA-AA-ATT-C--TACGTA-GGAAATC--T---GA--C-CT-C--AG--G----CAAGTCT---T-T-------TCTGATG-ACC------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TCTA-----TAC-CATCGGA-A--A--ACC-AT-T--C-----TAAA--
gi|114658 : G-AAAAAA---GACCC-T------CTTTGTCATA--GAAT-AT-----TGACC--CT-GG--TCA--G-TTT-T--TACGTA-GAAAA-T--T---GA--C-T--C--CGCCG-GT-CAT-TAT---T-C-------T---ATG-
gi|114675 : ccggtgtaacgacgtaaagtgaccccG-AAAAAA---GACCC-T------CTTTGTCATA--GAAT-AT-----TGAAC--CT-GGA-TCA-GT-TTT-C--TACGTA-GAAAT-C--C----C--C-C--C--TC--G-GT-CAT-TAT---T-C-------T---AT----------------GGGGGTCA-----CTTT-TC-------taccgtagaaaaccattcccagacctgta
gi|114672 : tgtaataacG-AAAAAA---GACCC-T------CTTTGTCATA--GAAT-AT-----TGACC--CT-GG-GTCA-GT-TTT-C--TACGTA-GAAAC-T--T---GACTT-C--C---T--G-GT-CAT-TAtaccgtagaaaaccattccagacctgtaga
gi|114660 : cggtgtaacgacgaaaagtgactggggaaG-AAAAAA---GACCC-TATTTGTC------ATA--GAAT-AT-----TGACC--CT-GG-GTCA-GT-TTC-C--TACCAA-GAAAT-T--T---GA--C-C--C--CC--G-GC-CAT-CAT---T-C-------T---ATG---------------GA-GGTCA-----TTTT-TC-------taccgtagaaaaccattccagacctttaga
gi|114661 : ccggtgtaacgacG-AAAACA---GACCC-T------CTTTGTCATA--GAAT-AT-----TGACC--CT-GGAA--A-AGTTTT-T--TACATA-GAAAT-T--T---GACCT-C--C------G-GT-CAT-TAT---T-C-------T---ACG-----------------GGGCCC-----CTTT-TC-------taccgtagaaaaccattccagatctgta
gi|114677 : ccggtataacgacG-AAAAGT---GACCC-C------C------ATA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GGAGTCA-AG-TTT-C--TACGTA-GAAAA-C--T---GA--T-C--C--AG--G-GT-CAA-TAA---T-T-------T---ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC-------taccgtagaaaaccattccagacctgtaga
gi|114677 : G-AAAAAA---GACCC-T------CTTTGTCATA--AATT-AT-----TGACC--CT-GGA-TCA-GT-TTT-C--TACGTA-GAAAC-T--T---GAC-T-C--C--CC--G-GT-CAT-TAT---T-C-------T---AT----------------GGGGGTCA-----CTTT-TC-------
gi|114663 : G-AAAAAA---GACCC-T------C------AT---------------TGACC--CT-GGA--TA-AG-TTTTC--TACGTA-GAAAT-T--T---GAC-T-C--C--GC--G-GT-CA
gi|114678 : ctggtgtaatgacgaaaagG-AAAAGT---GACCC-C------C------ATA--GAAT-AA-----TGACC--GA-GGGG--G-GA-TTT-C--TACGTA-GAAAA-C--T---GA--T-C--C--AG--G-TT-CAA-TAT---T-C-------T---ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC-------taccgtagaaaaccattccagacctgtaga
gi|114678 : G-AAAAAA---GACCC-T------CTTTGTCATA--GAAT-AT-----TGAAC--CT-GGA-TCA-GT-TTT-C--TACGTA-GAAAT-C--C----C--C-C--C--TC--G-GT-CAT-TAT---T-C-------T---AT----------------GGGGGTCA-----CTTT-TC-------
gi|114680 : G-AAAACA---GACCC-T------CTTTGTCATA--GAAT-AT-----TGACC--CT-GGAA--A-AGTTTT-T--TACATA-GAAAT-T--T---GACCT-C--C------G-GT-CAT-TAT---T-C-------T---ACG-----------------GGGCCC-----CTTT-TCGTCGTTATAC-CGG-AGATA--A--ATA-AT-C--C-----CAGA--
gi|114679 : G-AAAAAA---GACCC-T------CTTTGTCATA--GAAT-AT-----TGACC--CT-GG--TCA--G-TTT-T--TACGTA-GAAAA-T--T---GA--C-T--C--CGCCG-GT-CAT-TAT---T-C-------T---ATG-
gi|114682 : G-AATAAT---GACCC-C------T------GTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GG-GTCA-TT-TTT-C--TATGTA-GAAAA-A--C---AA--C-C--C--CC--G-GT-CAT-TAT---T-C-------T---ACG-
gi|114681 : T---GACCC-C------C------GTG--GAAT-AT-----TGACC---G-GGAGTCA-AA-TTT-C--TACGCA-t
gi|114662 : ------C------ATT--GAAT-AT-----TGACG--TT-GGA-TCA-GT-TTT-C--TACGTA-TAAAT-C--C-------C-C--C--TC--G-GT-CAT-TAT---T-C-------T---AT----------------GGGGGTCA-----CTTT-TC-------
gi|114679 : ccgctgtaacaac------C------ATA--GAAT-AA-----TGACC--GGCGGAGTCA-AT-TTT-C--TACGTA--AAAA-C--T---GA----C--C--AG--G-GT-CAA-TAT---T-C-------T---ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC-------acaaagatggtcttttttctaccgtagaaaaccattccagacttgtaaa
gi|114667 : ------C------GTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GG-GTTG-TT-TTT-C--TACATA-GAAAA-A--T---GA--C-C--C--CC--G-GT-CAT-TAT---T-C-------T-------ACA------------GGGGTCA-----TTAT-TC-------T
gi|114682 : ccggtgtaaaga------C------GTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GG-GTTG-TT-TTT-C--TACATA-GAAAA-A--T---GA--C-C--C--CC--G-GT-CAT-TAT---T-C-------T-------ACA------------GGGGTCA-----TTAT-TC-------Ttagaaaaatgacccttt
gi|114674 : TA--GAA--AT-----TGACC--GA-AG-GTCA-GT-TTT-C--TACAT--GAAAA-CT-T---GA--C-T--C--CC--G-GT-C-A-TTA---T-C-------T---AT
gi|114683 : gtctaacgacgaaagtgaccccgA--GAAT-AA-----TGACCTCGA-GGA--CATAA-TTT-C--TACG------AA-G--T---CA--T-C--C-----------CAG-CAT---T-C-------T---ACA-ACA------A-A--ATGGGTCA-----TTTT-TC-------TA--CGT-AGA-A--A--ggacaaagatctttttctacgcgtagaaaaccatccagactgtaga
gi|114659 : GGGTCA-TT-TTT-C--TACGTA-GAAAT-A--T---GAC-C-C--C--CC--G-GT-CAA-TAT---T-C-------T---AC----------------GGGGGTCA-----CTTT-TC-------
gi|114673 : ccggtgtaacgacGGGTCA-TT-TTT-C--TACGTA-GAAAT-A--T---GA--C-C--C---C--A-GT-CAA--AA---T-T-------C----TG--C------------GGGGGTCA-----CTTT-TC-------a
gi|114668 : gatgtaacgacGGGTCA-TT-TTT-C--CCTGTA-AAAAT-A--T---GA--C-C--C--CC--G-GT-CAA-T-A---T-T----------------CC------A-C--GGGGGTCT-----CTTT-TC-------T
gi|114671 : ccggtgtaacgaGAGTCA-TT-TTT-C--TACGTA-GAAAT-A--T---TC--T-T--C--GG--G-GT-Ca
gi|114684 : ccggtgtaacgatgaaaagagAGTCA-GT-TTT-C--TACGTA-G-AAA-C--TGGGGA--TAC--CTAAG--G-AT-CAA-TAG---T-TTGTC---T---ATG-ACA------ATATCGCAGGTCTTATTATTCT-TC-------TAC-CGT-AAA-AAGA--GCCAAT-T--CGCTCTCAGA--C-CTa
gi|114685 : aCA-AA-TTT-C--TACGTA-GAAAA-A--T----A--C-C--C--AG--GAGT-CCA-AAA---TGC-------T---ATG-AC-------A-A--GATGAGCT-----TTTTGGC-------TAC-CGT--GA-A--C--AAC-ATATAAC-----CAGA--CGCTGT
gi|114664 : -AG-TTT-T--TACGTAAGAAAA-CTGT---GAC-T-C--C------G-GT-CAA-
gi|114684 : ccgttgtaacgacgcaaaagtgaccaccatatagaataagagt-AG-TTT-C--TACGTA-GAAAA-C--T---GA--gaatcaacggggtgcaagtgaggttttatatgcaccaagtaagagggtcttttttcttccgtaagagagtaccattccagactcctgtag
gi|114665 : aag-TTT-C--TACGTA-GAAAT-T--T---GA--C-C--C--CC--G-GT-CAT-CAT---T-C-------T---AT----------------GGGGGTCA-----CTTT-TC-------ggggatacctaaggatcaatagtttgtctatgacaatatcgcaggtcttattattcttctaccgtaaaaagagccaattcgctctcagacct
gi|114683 : ccggtgtaacgac-TTT-C--TACGTA-GAAAA-A--T---GA--C-C--C--Aac
gi|114686 : agaataatgacctcgaggacataatttctacgaagtcatcccagcattctacaacaaaaAAAA-C------------C--C--AG--A-GT-CAA-CA----T-TACCAGTAT---ATG-GCA------A-A--GAGTGTCT-----TTTT-TC-------TGT-CGT-AGA-A--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-ATGTAAA
gi|114687 : AAAA-C--T---TA--C-C--C--CA--G-GT-CAA-TAT---T-C-------T---ATG-ATA------A-A--GAGGGTC
gi|114667 : ---ATG-ACC-----------GGGGGTCA-----TTTT-TC-------TA--TGT-AGA-A--A--AAC-A
gi|114682 : ccggtgtaaagaagaataatgacccctgtagaata---ATG-ACC-----------GGGGGTCA-----TTTT-TC-------TA--TGT-AGA-A--A--AAC-Aacccccggtcattattctacgtagaaaaatgacccttt
Alignments
lowQualScore : 1 222 1 22 1 666666 22 3 9 22 444 1 1 55555 22 44 1 1 1 888888 3 333 22 3333 1 1 555555 1 22 777777 2 22 2 5 33 33 2 2 66 77777 33 3
lowQualScore : . ... . .. . ...... .. . . .. ... . . ..... .. .. . . . ...... . ... .. .... . . ...... . .. ...... . .. . . .. .. . . .. ..... .. .
lowQualScore : 7 888 6 11 5 999999 11 1 4 00 444 4 4 00000 00 11 7 7 7 000000 5 000 44 7777 7 7 222222 9 66 777777 1 99 7 3 77 77 9 9 88 11111 99 1
consensus : CCGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CC--GTAGAAT-A-----ATGACC--GG-GGAGT--CAAA-TTTC-TACGTAGAAAA-CTG-----ACC--C-AGG-GT-C-AA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTC-----TTTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
Reference ( family-623 ) : CCGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CC--GTAGAAT-A-----NTGACC--GG-GGAGT--CANN-TTTC-TACGTAGAAAA-CTG-----ACC--C-NGG-GT-C-AA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTC-----NTTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114657 : CCGGTGTAATGACG-AAAAGT---GACCC-CC--ATAGAAT-A-----ATGACC--GG-GGAGT--CAAG-TTTC-TACGTAGAAAA-CTG-----ATC--C-AGG-GT-C-AA------TA-A---T--T----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTC-----TTTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114658 : CCGGTGTAACGACG-TAAAGT---GACCC-CC--ATAGAAT-A-----ATGACC--GGCGGAGT--CAAT-TTTC-TACGTA-AAAA-CTG-----ACC----AGG-GT-C-AA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTC-----TTTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-TC-C-----CAGA--C-CTGTA
gi|114659 : CCGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CC--GTAGAAT-A-----TTGACC--GG-GGGGT--CATA-TTTC-TACGTAGAAAA-ATG-----ACC--C-
gi|114660 : CCGGTGTAACGACG-AAAAAT---GACCT-CC--ATAGAAT-G-----ATGGCC--GG-GG-GT--CAAA-TTTC-TTGGTAGGAAA-CTG-----ACC--C-AGG-GT-C-AA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--TAGGGTC-----TTTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--T-CTGTAa
gi|114661 : CCGGTATAACGACG-AAAAGG---GGCCC-C---GTAGAAT-A-----ATGACC--GG-AG-GT--CAAA-TTTC-TATGTAAAAAA-CTT-----TTC--C-AGG-GT-C-AA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTC-----TGTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114662 : CCGCTGTAACAACG-AAAAGT---GACCC-CC--ATAGAAT-A-----ATGACC--GA-GGGG-----GA-TTTA-TACGTAGAAAA-CTG-----ATC--C-AAC-GT-C-AA------TA-T---T--C----A-ATG-ACA------A-A--GATGGTC-----TTTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-TTGTAAA
gi|114663 : CTGGTGTAATGACG-AAAAGT---GACCG-C----------------------------GGAGT--CAAA-TTTC-TACGTAGAAAA-CTT-----ATC--C-AGG-GT-C-AA------T----------------------------------GAGGGTC-----TTTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114664 : CCGTTGTAACGACGCAAAAGT---GACCA-CCATATAGAAT-AAGAGTTTGACC-----GGAGTCACAGT-TTTCTTACGTA-AAAA-CTGA----ATCAAC-GGG-GTGC-AAGTGAGGTT-T---T--A----T-ATG--CACCAAGTA-A--GAGGGTC-----TTTTT-TC--TTC-CGTAAGAG--AGTACC-AT-T--C-----CAGACTC-CTGTAG
gi|114665 : CCGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CC--ATAGAAT-G-----ATGACC--GG-GG-GT--CAAA-TTTC-TACGTAGAAAA-C
gi|114666 : CCGGTGTAACAACG-AAAAGT---GGCCC-CC--GTAGAAT-A-----TTGACC--GG-GGGGT--CATA-TTTC-CACGTAGAAAA-ATG-----ACC--C-
gi|114667 : CCGGTGTAAAGAAG-AATAAT---GACCC-CT--GTAGAAT-A-----ATGACC--GG-GG-GT--CATT-TTTC-TATGTAGAAAA-ACA-----ACC--C-CCG-GT-C-AT------TA-T---T--C----T-ACGTAGA------A-A--AATGACC-----CTTTa
gi|114668 : CCGGTGTAACGAAG-AAAAGA---GACCC-CC--GTGGAAT-A-----TTGACC--GG-GG-GT--CATA-TTTT-TACAGGGAAAA-ATG-----ACC--C-
gi|114669 : CCGGTGTAACGACG-AATTAT---GACCC-CC--GTAGAAA-G-----AGGACC--TG-GGGGT--CATC-TTTC-GTTGTAGAAAA-ATG-----ACC--C-AGG-GT-C--T------TATT---T--C----G-ATG-ACA------a
gi|114670 : CCGGTGTAACGTTG-AAAAGT---GACCC-CC--ATAGAAT-
gi|114671 : CCGGTGTAACGATG-AAAAGA---GGACC-CC--GAAGAAT-A----------------------------TTTC-TACGTAGAAAA-ATG-----ACT--C-
gi|114672 : CGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACT------GGGGAAT-A-----ATGACC--AG-GAAGT--CAAG-TTTC-TACGTAGAAAA-CTG-----ACC--C-AGG-GT-C-AA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTC-----TTTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTTTAGAa
gi|114673 : GATGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CC--GCAGAAT-T-----TTGACT--GG-G--GT--CATA-TTTC-TACGTAGAAAA-ATG-----ACC--C-
gi|114674 : GTCTAACGACG-AAA-GT---GACCC-CG--ATAGA-T-A-----ATGACC--GG-G-AGT--CAAG-TTTT-CATGTAGAAAA-CTG-----ACC--T-TCG-GT-C-AA------T--T---T--C----T-AGG-ACA------A-A--GA---TC------TTTT-TC--TACGCGT-AGAA--A--ACC-A--T--C-----CAGA----CTGTAGA
gi|114675 : TGTAATAACG-AAAAGT---GACCC-CC--ATAGAAT-A-----ATGACC--GA-GGGG----GGA-TTTC-TACGTAGAAAA-CTG-----ATC--C-AGG-TT-C-AA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTC-----TTTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114676 : TGTA-CGACG-AAA-GTCTGGACCCACC--ATAGAATCG-----ATG--C--GG-GGGGT--CAAA-ATTC-TACGTAGGAAATCTG-----ACC--T-CAG-G--C-AAGTC---TT-T---T--C----TGATG-ACC------A-A--GAGGGTC-----TTTTT-TCTATAC-CATCGGAA--A--ACC-AT-T--C-----TAAA--
gi|114677 : G-AAAAGT---GACCC-CC--ATAGAAT-A-----ATGACC--GG-GGAGT--CAAG-TTTC-TACGTAGAAAA-CTG-----ATC--C-AGG-GT-C-AA------TA-A---T--T----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTC-----TTTTT-TC--
gi|114678 : G-AAAAGT---GACCC-CC--ATAGAAT-A-----ATGACC--GA-GGGG----GGA-TTTC-TACGTAGAAAA-CTG-----ATC--C-AGG-TT-C-AA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTC-----TTTTT-TC--
gi|114679 : C--ATAGAAT-A-----ATGACC--GGCGGAGT--CAAT-TTTC-TACGTA-AAAA-CTG-----ACC----AGG-GT-C-AA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTC-----TTTTT-TC--
gi|114680 : CCGGTATAACGACG-AAAAGG---GGCCC-C---GTAGAAT-A-----ATGACC--GG-AG-GT--CAAA-TTTC-TATGTAAAAAA-CTT-----TTC--C-AGG-GT-C-AA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTC-----TGTTT-TC--
gi|114681 : T---GACCC-CC--GTGGAAT-A-----TTGACC---G-GGAGT--CAAA-TTTC-TACGCAagataaataatcccaga
gi|114682 : G-AATAAT---GACCC-CT--GTAGAAT-A-----ATGACC--GG-GG-GT--CATT-TTTC-TATGTAGAAAA-ACA-----ACC--C-CCG-GT-C-AT------TA-T---T--C----T-ACG-
gi|114683 : AGAAT-A-----ATGACCTCGA-GGA----CATAATTTC-TACG-----AA-GTC-----ATC--C--------C-AG------CA-T---T--C----T-ACA-ACA------A-A--ATGGGTC-----ATTTT-TC--TA--CGT-AGAA--A--t
gi|114684 : AGT--CAGT-TTTC-TACGTAG-AAA-CTGGGGATACC--TAAGG-AT-C-AA------TAGTTTGT--C----T-ATG-ACA------ATATCGCAGGTCTTATTATTCT-TC--TAC-CGT-AAAAAGA--GCCAAT-T--CGCTCTCAGA--C-CT
gi|114685 : a--CAAA-TTTC-TACGTAGAAAA-AT------ACC--C-AGGAGT-CCAA------AA-T---G--C----T-ATG-AC-------A-A--GATGAGC-----TTTTTGGC--TAC-CGT--GAA--C--AAC-ATATAAC-----CAGA--CGCTGT
gi|114686 : -----ACC--C-AGA-GT-C-AA------CA-T---TACCAGTAT-ATG-GCA------A-A--GAGTGTC-----TTTTT-TC--TGT-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-ATGTAAA
gi|114687 : aaaAAAA-CTT-----ACC--C-CAG-GT-C-AA------TA-T---T--C----T-ATG-ATA------A-A--GAGGGTC-----
Alignments
lowQualScore : 1 222 1 22 1 33333 22 3 9 33333 1 1 33333 1 1 222 444 3 555555 3 333 22 3333 1 1 555555 1 22 55555 2 22 2 5 33 33 2 2 66 77777 33 3
lowQualScore : . ... . .. . ..... .. . . ..... . . ..... . . ... ... . ...... . ... .. .... . . ...... . .. ..... . .. . . .. .. . . .. ..... .. .
lowQualScore : 7 888 6 00 5 88888 11 1 4 44444 4 4 66666 4 4 666 888 5 000000 5 000 44 7777 7 7 222222 9 66 00000 1 99 7 3 77 77 9 9 88 11111 99 1
consensus : CCGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CCGTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GGAGTCA-AA--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ACC-C-A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
Reference ( family-623 ) : CCGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CCGTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GGAGTCA-AA--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ACC-C-A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114657 : CCGGTGTAATGACG-AAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GGAGTCA-AG--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ATC-C-A---GG---GT-CAA------TA-A---T--T----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114658 : CCGGTGTAACGACG-TAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-AA-----TGACC--GGCGGAGTCA-AT--TTTCT-ACGTA-AAAA-CTG-----ACC---A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-TC-C-----CAGA--C-CTGTA
gi|114659 : CCGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CCGTA--GAAT-AT-----TGACC--GG-GGGGTCA-TA--TTTCT-ACGTAGAAAA-ATG-----ACC-C-A---
gi|114660 : CCGGTGTAACGACG-AAAAAT---GACCT-CCATA--GAAT-GA-----TGGCC--GG-GG-GTCA-AA--TTTCT-TGGTAGGAAA-CTG-----ACC-C-A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--TAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--T-CTGTA
gi|114661 : CCGGTATAACGACG-AAAAGG---GGCCC-C-GTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-AG-GTCA-AA--TTTCT-ATGTAAAAAA-CTT-----TTC-C-A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----GTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114662 : CCGCTGTAACAACG-AAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-AA-----TGACC--GA-GGGG----GA--TTTAT-ACGTAGAAAA-CTG-----ATC-C-A---AC---GT-CAA------TA-T---T--C----A-ATG-ACA------A-A--GATGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-TTGTAAA
gi|114663 : CTGGTGTAATGACG-AAAAGT---GACCG-C----------------------------GGAGTCA-AA--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTT-----ATC-C-A---GG---GT-CAA------T----------------------------------GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114664 : CCGTTGTAACGACGCAAAAGT---GACCA-CCATATAGAAT-AAGAGTTTGACC--GG---AGTCA-CAGTTTTCTTACGTA-AAAA-CTG-----AAT-C-AACGGG---GTGCAAGTGAGGTT-T---T--A----T-ATG--CACCAAGTA-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TTC-CGTAAGAG--AGTACC-AT-T--C-----CAGACTC-CTGTAG
gi|114665 : CCGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-GA-----TGACC--GG-GG-GTCA-AA--TTTCT-ACGTAGAAAA-C
gi|114666 : CCGGTGTAACAACG-AAAAGT---GGCCC-CCGTA--GAAT-AT-----TGACC--GG-GGGGTCA-TA--TTTCC-ACGTAGAAAA-ATG-----ACC-C-A---
gi|114667 : CCGGTGTAAAGAAG-AATAAT---GACCC-CTGTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GG-GTCA-TT--TTTCT-ATGTAGAAAA-ACA-----ACC-C-C---CG---GT-CAT------TA-T---T--C----T-ACGTAGA------A-A--AATGACCC-----TTT
gi|114668 : CCGGTGTAACGAAG-AAAAGA---GACCC-CCGTG--GAAT-AT-----TGACC--GG-GG-GTCA-TA--TTTTT-ACAGGGAAAA-ATG-----ACC-C-A---
gi|114669 : CCGGTGTAACGACG-AATTAT---GACCC-CCGTA--GAAA-GA-----GGACC--TG-GGGGTCA-TC--TTTCG-TTGTAGAAAA-ATG-----ACC-C-A---GG---GT-C-T------TATT---T--C----G-ATG-ACA------
gi|114670 : CCGGTGTAACGTTG-AAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-
gi|114671 : CCGGTGTAACGATG-AAAAGA---GGACC-CCGAA--GAAT---------------------------A--TTTCT-ACGTAGAAAA-ATG-----ACT-C-A---
gi|114672 : CGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACT----GGG--GAAT-AA-----TGACC--AG-GAAGTCA-AG--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ACC-C-A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTTTAGA
gi|114673 : GATGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CCGCA--GAAT-TT-----TGACT--GG-G--GTCA-TA--TTTCT-ACGTAGAAAA-ATG-----ACC-C-
gi|114674 : GTCTAACGACG-AAA-GT---GACCC-CGATA--GA-T-AA-----TGACC--GG-G-AGTCA-AG--TTTTC-ATGTAGAAAA-CTG-----ACC-T-T---CG---GT-CAA------T--T---T--C----T-AGG-ACA------A-A--GA---TC------TTTT-TC--TACGCGT-AGAA--A--ACC-A--T--C-----CAGA----CTGTAGA
gi|114675 : TGTAATAACG-AAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-AA-----TGACC--GA-GGGG--G-GA--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ATC-C-A---GG---TT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114676 : TGTA-CGACG-AAA-GTCTGGACCCACCATA--GAATCGA-----TG--C--GG-GGGGTCA-AA--ATTCT-ACGTAGGAAATCTG-----ACCTC-A---GGCAAGT-C--------TT-T---T--C----TGATG-ACC------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TCTATAC-CATCGGAA--A--ACC-AT-T--C-----TAAA--
gi|114677 : G-AAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GGAGTCA-AG--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ATC-C-A---GG---GT-CAA------TA-A---T--T----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--
gi|114678 : G-AAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-AA-----TGACC--GA-GGGG--G-GA--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ATC-C-A---GG---TT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--
gi|114679 : CATA--GAAT-AA-----TGACC--GGCGGAGTCA-AT--TTTCT-ACGTA-AAAA-CTG-----ACC---A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--
gi|114680 : CCGGTATAACGACG-AAAAGG---GGCCC-C-GTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-AG-GTCA-AA--TTTCT-ATGTAAAAAA-CTT-----TTC-C-A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----GTTT-TC--
gi|114681 : T---GACCC-CCGTG--GAAT-AT-----TGACC---G-GGAGTCA-AA--TTTCT-ACGCAagataaataatcccaga
gi|114682 : G-AATAAT---GACCC-CTGTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GG-GTCA-TT--TTTCT-ATGTAGAAAA-ACA-----ACC-C-C---CG---GT-CAT------TA-T---T--C----T-ACG-
gi|114683 : A--GAAT-AA-----TGACCTCGA-GGA--CATAA--TTTCT-ACG-----AA-GTC-----ATC-C-------------CAG------CA-T---T--C----T-ACA-ACA------A-A--ATGGGTCA-----TTTT-TC--TA--CGT-AGAA--A--t
gi|114684 : AGTCA-GT--TTTCT-ACGTAG-AAA-CTGGGGATACC-TAA---GG---AT-CAA------TAGTTTGT--C----T-ATG-ACA------ATATCGCAGGTCTTATTATTCT-TC--TAC-CGT-AAAAAGA--GCCAAT-T--CGCTCTCAGA--C-CT
gi|114685 : aCA-AA--TTTCT-ACGTAGAAAA-AT------ACC-C-A---GGA--GTCCAA------AA-T---G--C----T-ATG-AC-------A-A--GATGAGCT-----TTTTGGC--TAC-CGT--GAA--C--AAC-ATATAAC-----CAGA--CGCTGT
gi|114686 : -----ACC-C-A---GA---GT-CAA------CA-T---TACCAGTAT-ATG-GCA------A-A--GAGTGTCT-----TTTT-TC--TGT-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-ATGTAAA
gi|114687 : aaaAAAA-CTT-----ACC-C-C---AG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ATA------A-A--GAGGGTC
Alignments
lowQualScore : 1 222 1 22 1 33333 22 3 9 33333 1 1 33333 1 1 222 444 3 555555 3 333 22 3333 1 1 555555 1 22 55555 2 22 2 5 33 33 2 2 66 77777 33 3
lowQualScore : . ... . .. . ..... .. . . ..... . . ..... . . ... ... . ...... . ... .. .... . . ...... . .. ..... . .. . . .. .. . . .. ..... .. .
lowQualScore : 7 888 6 00 5 88888 11 1 4 44444 4 4 66666 4 4 666 888 5 000000 5 000 44 7777 7 7 222222 9 66 00000 1 99 7 3 77 77 9 9 88 11111 99 1
consensus : CCGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CCGTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GGAGTCA-AA--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ACC-C-A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
Reference ( family-623 ) : CCGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CCGTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GGAGTCA-AA--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ACC-C-A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114657 : CCGGTGTAATGACG-AAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GGAGTCA-AG--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ATC-C-A---GG---GT-CAA------TA-A---T--T----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114658 : CCGGTGTAACGACG-TAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-AA-----TGACC--GGCGGAGTCA-AT--TTTCT-ACGTA-AAAA-CTG-----ACC---A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-TC-C-----CAGA--C-CTGTA
gi|114659 : CCGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CCGTA--GAAT-AT-----TGACC--GG-GGGGTCA-TA--TTTCT-ACGTAGAAAA-ATG-----ACC-C-A---
gi|114660 : CCGGTGTAACGACG-AAAAAT---GACCT-CCATA--GAAT-GA-----TGGCC--GG-GG-GTCA-AA--TTTCT-TGGTAGGAAA-CTG-----ACC-C-A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--TAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--T-CTGTA
gi|114661 : CCGGTATAACGACG-AAAAGG---GGCCC-C-GTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-AG-GTCA-AA--TTTCT-ATGTAAAAAA-CTT-----TTC-C-A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----GTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114662 : CCGCTGTAACAACG-AAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-AA-----TGACC--GA-GGGG----GA--TTTAT-ACGTAGAAAA-CTG-----ATC-C-A---AC---GT-CAA------TA-T---T--C----A-ATG-ACA------A-A--GATGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-TTGTAAA
gi|114663 : CTGGTGTAATGACG-AAAAGT---GACCG-C----------------------------GGAGTCA-AA--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTT-----ATC-C-A---GG---GT-CAA------T----------------------------------GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114664 : CCGTTGTAACGACGCAAAAGT---GACCA-CCATATAGAAT-AAGAGTTTGACC--GG---AGTCA-CAGTTTTCTTACGTA-AAAA-CTG-----AAT-C-AACGGG---GTGCAAGTGAGGTT-T---T--A----T-ATG--CACCAAGTA-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TTC-CGTAAGAG--AGTACC-AT-T--C-----CAGACTC-CTGTAG
gi|114665 : CCGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-GA-----TGACC--GG-GG-GTCA-AA--TTTCT-ACGTAGAAAA-C
gi|114666 : CCGGTGTAACAACG-AAAAGT---GGCCC-CCGTA--GAAT-AT-----TGACC--GG-GGGGTCA-TA--TTTCC-ACGTAGAAAA-ATG-----ACC-C-A---
gi|114667 : CCGGTGTAAAGAAG-AATAAT---GACCC-CTGTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GG-GTCA-TT--TTTCT-ATGTAGAAAA-ACA-----ACC-C-C---CG---GT-CAT------TA-T---T--C----T-ACGTAGA------A-A--AATGACCC-----TTT
gi|114668 : CCGGTGTAACGAAG-AAAAGA---GACCC-CCGTG--GAAT-AT-----TGACC--GG-GG-GTCA-TA--TTTTT-ACAGGGAAAA-ATG-----ACC-C-A---
gi|114669 : CCGGTGTAACGACG-AATTAT---GACCC-CCGTA--GAAA-GA-----GGACC--TG-GGGGTCA-TC--TTTCG-TTGTAGAAAA-ATG-----ACC-C-A---GG---GT-C-T------TATT---T--C----G-ATG-ACA------
gi|114670 : CCGGTGTAACGTTG-AAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-
gi|114671 : CCGGTGTAACGATG-AAAAGA---GGACC-CCGAA--GAAT---------------------------A--TTTCT-ACGTAGAAAA-ATG-----ACT-C-A---
gi|114672 : CGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACT----GGG--GAAT-AA-----TGACC--AG-GAAGTCA-AG--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ACC-C-A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTTTAGA
gi|114673 : GATGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CCGCA--GAAT-TT-----TGACT--GG-G--GTCA-TA--TTTCT-ACGTAGAAAA-ATG-----ACC-C-
gi|114674 : GTCTAACGACG-AAA-GT---GACCC-CGATA--GA-T-AA-----TGACC--GG-G-AGTCA-AG--TTTTC-ATGTAGAAAA-CTG-----ACC-T-T---CG---GT-CAA------T--T---T--C----T-AGG-ACA------A-A--GA---TC------TTTT-TC--TACGCGT-AGAA--A--ACC-A--T--C-----CAGA----CTGTAGA
gi|114675 : TGTAATAACG-AAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-AA-----TGACC--GA-GGGG--G-GA--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ATC-C-A---GG---TT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114676 : TGTA-CGACG-AAA-GTCTGGACCCACCATA--GAATCGA-----TG--C--GG-GGGGTCA-AA--ATTCT-ACGTAGGAAATCTG-----ACCTC-A---GGCAAGT-C--------TT-T---T--C----TGATG-ACC------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TCTATAC-CATCGGAA--A--ACC-AT-T--C-----TAAA--
gi|114677 : G-AAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GGAGTCA-AG--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ATC-C-A---GG---GT-CAA------TA-A---T--T----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--
gi|114678 : G-AAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-AA-----TGACC--GA-GGGG--G-GA--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ATC-C-A---GG---TT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--
gi|114679 : CATA--GAAT-AA-----TGACC--GGCGGAGTCA-AT--TTTCT-ACGTA-AAAA-CTG-----ACC---A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--
gi|114680 : CCGGTATAACGACG-AAAAGG---GGCCC-C-GTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-AG-GTCA-AA--TTTCT-ATGTAAAAAA-CTT-----TTC-C-A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----GTTT-TC--
gi|114681 : T---GACCC-CCGTG--GAAT-AT-----TGACC---G-GGAGTCA-AA--TTTCT-ACGCAagataaataatcccaga
gi|114682 : G-AATAAT---GACCC-CTGTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GG-GTCA-TT--TTTCT-ATGTAGAAAA-ACA-----ACC-C-C---CG---GT-CAT------TA-T---T--C----T-ACG-
gi|114683 : A--GAAT-AA-----TGACCTCGA-GGA--CATAA--TTTCT-ACG-----AA-GTC-----ATC-C-------------CAG------CA-T---T--C----T-ACA-ACA------A-A--ATGGGTCA-----TTTT-TC--TA--CGT-AGAA--A--t
gi|114684 : AGTCA-GT--TTTCT-ACGTAG-AAA-CTGGGGATACC-TAA---GG---AT-CAA------TAGTTTGT--C----T-ATG-ACA------ATATCGCAGGTCTTATTATTCT-TC--TAC-CGT-AAAAAGA--GCCAAT-T--CGCTCTCAGA--C-CT
gi|114685 : aCA-AA--TTTCT-ACGTAGAAAA-AT------ACC-C-A---GGA--GTCCAA------AA-T---G--C----T-ATG-AC-------A-A--GATGAGCT-----TTTTGGC--TAC-CGT--GAA--C--AAC-ATATAAC-----CAGA--CGCTGT
gi|114686 : -----ACC-C-A---GA---GT-CAA------CA-T---TACCAGTAT-ATG-GCA------A-A--GAGTGTCT-----TTTT-TC--TGT-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-ATGTAAA
gi|114687 : aaaAAAA-CTT-----ACC-C-C---AG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ATA------A-A--GAGGGTC
blockSeqs : C CTG A TA C GAGTT TC C A CAGT T T GGGAT T A ACG CAA G GTGAGG T TTG AC AGTA G T CCAAGT T TC TATTA G TA G A AG GT A A AA GCTCT CT G
blockSeqs : . . . . . . . C G TAA . . . . . . A C . G . . . . . . . . . . . . C . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G GA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G TC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A GA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . GT . . . . . .
blockSeqs : . . . AA . . . . . .
blockSeqs : A . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CCGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CCGTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GGAGTCA-AA--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ACC-C-A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
finalCons : CCGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CCGTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GGAGTCA-AA--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ACC-C-A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
Alignments
lowQualScore : 1 222 1 22 1 33333 22 3 9 33333 1 1 33333 1 1 222 444 3 555555 3 333 22 3333 1 1 555555 1 22 55555 2 22 2 5 33 33 2 2 66 77777 33 3
lowQualScore : . ... . .. . ..... .. . . ..... . . ..... . . ... ... . ...... . ... .. .... . . ...... . .. ..... . .. . . .. .. . . .. ..... .. .
lowQualScore : 7 888 6 00 5 88888 11 1 4 44444 4 4 66666 4 4 666 888 5 000000 5 000 44 7777 7 7 222222 9 66 00000 1 99 7 3 77 77 9 9 88 11111 99 1
consensus : CCGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CCGTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GGAGTCA-AA--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ACC-C-A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
Reference ( family-623 ) : CCGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CCGTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GGAGTCA-AA--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ACC-C-A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114657 : CCGGTGTAATGACG-AAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GGAGTCA-AG--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ATC-C-A---GG---GT-CAA------TA-A---T--T----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114658 : CCGGTGTAACGACG-TAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-AA-----TGACC--GGCGGAGTCA-AT--TTTCT-ACGTA-AAAA-CTG-----ACC---A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-TC-C-----CAGA--C-CTGTA
gi|114659 : CCGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CCGTA--GAAT-AT-----TGACC--GG-GGGGTCA-TA--TTTCT-ACGTAGAAAA-ATG-----ACC-C-A---
gi|114660 : CCGGTGTAACGACG-AAAAAT---GACCT-CCATA--GAAT-GA-----TGGCC--GG-GG-GTCA-AA--TTTCT-TGGTAGGAAA-CTG-----ACC-C-A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--TAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--T-CTGTA
gi|114661 : CCGGTATAACGACG-AAAAGG---GGCCC-C-GTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-AG-GTCA-AA--TTTCT-ATGTAAAAAA-CTT-----TTC-C-A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----GTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114662 : CCGCTGTAACAACG-AAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-AA-----TGACC--GA-GGGG----GA--TTTAT-ACGTAGAAAA-CTG-----ATC-C-A---AC---GT-CAA------TA-T---T--C----A-ATG-ACA------A-A--GATGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-TTGTAAA
gi|114663 : CTGGTGTAATGACG-AAAAGT---GACCG-C----------------------------GGAGTCA-AA--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTT-----ATC-C-A---GG---GT-CAA------T----------------------------------GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114664 : CCGTTGTAACGACGCAAAAGT---GACCA-CCATATAGAAT-AAGAGTTTGACC--GG---AGTCA-CAGTTTTCTTACGTA-AAAA-CTG-----AAT-C-AACGGG---GTGCAAGTGAGGTT-T---T--A----T-ATG--CACCAAGTA-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TTC-CGTAAGAG--AGTACC-AT-T--C-----CAGACTC-CTGTAG
gi|114665 : CCGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-GA-----TGACC--GG-GG-GTCA-AA--TTTCT-ACGTAGAAAA-C
gi|114666 : CCGGTGTAACAACG-AAAAGT---GGCCC-CCGTA--GAAT-AT-----TGACC--GG-GGGGTCA-TA--TTTCC-ACGTAGAAAA-ATG-----ACC-C-A---
gi|114667 : CCGGTGTAAAGAAG-AATAAT---GACCC-CTGTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GG-GTCA-TT--TTTCT-ATGTAGAAAA-ACA-----ACC-C-C---CG---GT-CAT------TA-T---T--C----T-ACGTAGA------A-A--AATGACCC-----TTT
gi|114668 : CCGGTGTAACGAAG-AAAAGA---GACCC-CCGTG--GAAT-AT-----TGACC--GG-GG-GTCA-TA--TTTTT-ACAGGGAAAA-ATG-----ACC-C-A---
gi|114669 : CCGGTGTAACGACG-AATTAT---GACCC-CCGTA--GAAA-GA-----GGACC--TG-GGGGTCA-TC--TTTCG-TTGTAGAAAA-ATG-----ACC-C-A---GG---GT-C-T------TATT---T--C----G-ATG-ACA------
gi|114670 : CCGGTGTAACGTTG-AAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-
gi|114671 : CCGGTGTAACGATG-AAAAGA---GGACC-CCGAA--GAAT---------------------------A--TTTCT-ACGTAGAAAA-ATG-----ACT-C-A---
gi|114672 : CGGTGTAACGACG-AAAAGT---GACT----GGG--GAAT-AA-----TGACC--AG-GAAGTCA-AG--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ACC-C-A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTTTAGA
gi|114673 : GATGTAACGACG-AAAAGT---GACCC-CCGCA--GAAT-TT-----TGACT--GG-G--GTCA-TA--TTTCT-ACGTAGAAAA-ATG-----ACC-C-
gi|114674 : GTCTAACGACG-AAA-GT---GACCC-CGATA--GA-T-AA-----TGACC--GG-G-AGTCA-AG--TTTTC-ATGTAGAAAA-CTG-----ACC-T-T---CG---GT-CAA------T--T---T--C----T-AGG-ACA------A-A--GA---TC------TTTT-TC--TACGCGT-AGAA--A--ACC-A--T--C-----CAGA----CTGTAGA
gi|114675 : TGTAATAACG-AAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-AA-----TGACC--GA-GGGG--G-GA--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ATC-C-A---GG---TT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--TAC-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-CTGTAGA
gi|114676 : TGTA-CGACG-AAA-GTCTGGACCCACCATA--GAATCGA-----TG--C--GG-GGGGTCA-AA--ATTCT-ACGTAGGAAATCTG-----ACCTC-A---GGCAAGT-C--------TT-T---T--C----TGATG-ACC------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TCTATAC-CATCGGAA--A--ACC-AT-T--C-----TAAA--
gi|114677 : G-AAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GGAGTCA-AG--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ATC-C-A---GG---GT-CAA------TA-A---T--T----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--
gi|114678 : G-AAAAGT---GACCC-CCATA--GAAT-AA-----TGACC--GA-GGGG--G-GA--TTTCT-ACGTAGAAAA-CTG-----ATC-C-A---GG---TT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--
gi|114679 : CATA--GAAT-AA-----TGACC--GGCGGAGTCA-AT--TTTCT-ACGTA-AAAA-CTG-----ACC---A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----TTTT-TC--
gi|114680 : CCGGTATAACGACG-AAAAGG---GGCCC-C-GTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-AG-GTCA-AA--TTTCT-ATGTAAAAAA-CTT-----TTC-C-A---GG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ACA------A-A--GAGGGTCT-----GTTT-TC--
gi|114681 : T---GACCC-CCGTG--GAAT-AT-----TGACC---G-GGAGTCA-AA--TTTCT-ACGCAagataaataatcccaga
gi|114682 : G-AATAAT---GACCC-CTGTA--GAAT-AA-----TGACC--GG-GG-GTCA-TT--TTTCT-ATGTAGAAAA-ACA-----ACC-C-C---CG---GT-CAT------TA-T---T--C----T-ACG-
gi|114683 : A--GAAT-AA-----TGACCTCGA-GGA--CATAA--TTTCT-ACG-----AA-GTC-----ATC-C-------------CAG------CA-T---T--C----T-ACA-ACA------A-A--ATGGGTCA-----TTTT-TC--TA--CGT-AGAA--A--t
gi|114684 : AGTCA-GT--TTTCT-ACGTAG-AAA-CTGGGGATACC-TAA---GG---AT-CAA------TAGTTTGT--C----T-ATG-ACA------ATATCGCAGGTCTTATTATTCT-TC--TAC-CGT-AAAAAGA--GCCAAT-T--CGCTCTCAGA--C-CT
gi|114685 : aCA-AA--TTTCT-ACGTAGAAAA-AT------ACC-C-A---GGA--GTCCAA------AA-T---G--C----T-ATG-AC-------A-A--GATGAGCT-----TTTTGGC--TAC-CGT--GAA--C--AAC-ATATAAC-----CAGA--CGCTGT
gi|114686 : -----ACC-C-A---GA---GT-CAA------CA-T---TACCAGTAT-ATG-GCA------A-A--GAGTGTCT-----TTTT-TC--TGT-CGT-AGAA--A--ACC-AT-T--C-----CAGA--C-ATGTAAA
gi|114687 : aaaAAAA-CTT-----ACC-C-C---AG---GT-CAA------TA-T---T--C----T-ATG-ATA------A-A--GAGGGTC