lowQualScore : 11 1111 3333333333333333333333333333333333333 1111111111111 2222222222222 1111111 222222 22222222222 222222222222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333333333333333333 11111111111111111 1
lowQualScore : 4 4 4 3 3 0 3 77 3 44 0 0 44 3 5555 44 888888 77 22 2 4444444444444444444444444444444444444 1 777777777 1 1 22 444 0000000000000 444444 1111111111111 1 1 1 222 0000000 44 888888 2 3333 222 8 222 1 1 1 1 22222222222 33 111111111111111 1 666 4444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 2 555 2 2 2 333 2 333 88 3 7777 66666 2 333 22 1 2 1 1 1 3 555555555555555555555555 77 1 1 55 1 6666 4444 3333 22 11111111111111111 0 0 3
lowQualScore : . . . . . . . .. . .. . . .. . .... .. ...... .. .. . ..................................... . ......... . . .. ... ............. ...... ............. . . . ... ....... .. ...... . .... ... . ... . . . . ........... .. ............... . ... .... ..................................................... . . ... . . . ... . ... .. . .... ..... . ... .. . . . . . . ........................ .. . . .. . .... .... .... .. ................. . . .
lowQualScore : 0 0 0 6 6 4 3 66 3 66 5 3 66 1 9999 22 222222 99 88 0 3333333333333333333333333333333333333 9 666666666 7 7 44 666 4444444444444 888888 2222222222222 6 5 5 777 0000000 11 000000 4 1111 666 1 555 4 4 4 4 77777777777 99 000000000000000 4 111 0000 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 0 555 0 0 0 555 0 777 66 1 1111 77777 5 333 66 9 0 7 6 6 2 999999999999999999999999 99 5 5 22 5 9999 8888 3333 11 22222222222222222 2 6 0
consensus : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAATGTCGG-TGAGAGTGGA-T--GTCGGAT--CGTT-TAATTNGGGC--ACCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA-TT-TT--A---TTT---T--A------T------CACA-A-G----CG--T-GCG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TA-ACAT----TT---TGTGAA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----GAG--AC-----------G---ATA-AC--GTGGATATC----AACATGAC----C--G----GG-G---A----A---------AC--A------G-------T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GA-CTGGG---AC-CTTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGATGA-TCACGAGG-A-T-TCGATT-----------AT-----------G--ATGA-A-A--TTGACGAATC-GC----ACA----T----TTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
Reference ( gi|111560 ) : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAATGTCGG-GGAGAGTGGA-T--GTTGGAT--CGTT-TAACTTGGGC--ACCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA-TT-TT--A---TTT---T--A------T------CACA-A-G----CG--T-GCG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TATATAT----TT---TGTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----GAG--AC-----------T---ATA-AC--ATGGATATC----AACATGAC----C--G----GG-G---A----A---------AT--A------G-------T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GA-CTGGG---AC-TTTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGATGA-TCACGAGG-A-T-TTGATT-----------AT-----------G--ATGA-A-A--TTGACGAATC-AC----ACA----T----TTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACTATAAC
gi|111563 : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAACGTCGG-TGAGAGTGGA-T--ATCGGAT--CGTT-TAATTAGGGC--ACCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATA---------GGAA-TT-TT--A---TTT---T--A------T------CACA-A-G----CG--T-GCG-ATGAA-A---TTGAC-------AAATT--ACG--TATATAT----TT---TGTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----A-----TGG--AC-----------G---ATA-AC--ATGGATATT----ATCATGAC----CAAG----GG-G---A----A---------AT--A------G-------T-T-AG---T-GA-AT-TTT---GA-CTGTG---AC-CCTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGATGA-TCACGAGG-A-G-TCGATT-----------AT-----------G--ATGA-A-A--TTGACGAATT-GC----ACA----T----TTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCTGGAGACGATAAC
gi|111561 : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CACCC-AAATGTCGG-TGAGAGTGAA-T--GTCCGAT--CGTT-TGATTAGGGC--ATCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------CTGA-TT-TT--A---TTT---T--A------T------CACA-A-A----CT--T-GCG-ATGAC-A---TTGAT-------GAATT--ACG--CATATAT----TT---TGTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----GAG--AC-----------G---ATA-AC--ATGGATATC----AACATGATCA--C--G----GG-A---A----A---------AT--A------G-------T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GA-CTGGG---AC-CTTGCA-TA----TTTAAATG---A-AA-TTT---T--T-ATT-TCAGGATGA-TCACGATA-A-T-TCGATT-----------AT-----------G--ATGA-A-A--TTGACAAATC-GC----ACA----T----TTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111562 : TTTA-TCT-CGC-A-TTACC-AACCA-AAATGTCGG-TGAGAGTGGA-T--GACGGAT--CGTT-TAATTAGGGT--ACCT------AATCTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GTAA-TT-TT--A---TTT---C--A------T------CACA-A-G----CA--T-GCA-ATGAA-A---TTGAT-------GAATT--ACG--TATATAT----GG---TGTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----GAT--AC-----------G---ATA-AC--ATGGATATT----AACATGATCA--C--G----GG-G---A----A---------AT--A------G-------T-T-TC---T-GA-AT-TTT---AA-CTGGG---AC-TTTGCA-TA----TTTAAATG---A-AA-TTT---T--T-ATT-TCAGGATGA-TCACGATA-A-T-TCGATT-----------AC-----------G--ATGA-A-A--TTGACAAATC-GC----ACA----T----TTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTTCAGGAGACGATAA
gi|111564 : TTTA-TCT-CGC-A-CTATC-CGCCC-AAATGTTGG-TGAGAGTGGA-T--GTCAGAT--CGTT-TAATTAGGGC--ACTT------ATACTA--TA--T-GATG----------------ATTTCATTCCACGATGG----CC-ATG---------GGGA-TT-TT--A---TTT---T--A------T------CACT-A-G----TG--T-GCG-ATGAA-A---TTAAT-------GGATA--ATG--TATATGT----TT---TGTGTACTAT-TTA-AA-CTG-----G-----GAG--AC-----------G---ATA-GC--GTGGACATC----AACATGAC----C--GC---GGTG---A----A---------AC--A------G-------T-T-CG---T-AA-AT-TTT---GA-CTGGG---AC-CTTGCG-TA----TTTAAATG---T-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGATGA-TCACAAAG-A-T-TCGATT-----------CT-----------G--ATGA-A----------------------CA----T----TAT--GTGA-----------------ATCTTAACTGGTCCAGTAGACGATAAC
gi|111567 : TTTA-TCT-CGCGA-CTAAC-CGCCCTAAATGTCGG-TGAGGGTGGA-TCTGTTGGGTGTCGTT-TAAATTTGGCTTAC-T------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CCTATT---------GGCA-TT-TTTTA---TTT---TGTA------T------CACAGA-GT---CG--T-GCG-ATAAATA---TTT-T-------GGATC--ACT--TG-ACAT----TTACACGTATA--AT-T-A-A--CTG-----G------AGTCAA-----------TCGAATA-ACGGATGGATATC----AACATGGA----C--G----CG-G---G----A---------AT--A------GTTT----T-T-CGT--T-GATAT-TTTTGAGA-CTGGGTTCATGTTTGCGTTA----TTTAAATG---C-AAGTTT---TTGT-ATT-GCATGATGATTCACGAGG---T-TTGATT-----------AT-----------G--AGGA-ATA--TGTACGAATC-AC----ACA----T----TTTTGGTGAATTTTATTTTTTTTTATATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111568 : TTTA-AAT-CGC-A-CTAAC-CGCCA-AAACGTCAG-TGCGAGTGGA-T---TTA--------T-TAA----GGC--ACCTGATGTAAAACTA--TA--T-GATG----------------AATGACACGATTTGGATAATTCC-ATGATGACCATAAGAA-TT-TG--A---TTT---T--A------T------CACA-G-G-------------------------TAAC-------GAATC--CC------ACAT----TT---TGAGAA--AT-T-A-AA-TTG-----G-----GAG--AC-----------A---ATA-AA--GTGGGTATTTTAAAACATGAC----C--A----AG-C---G----CCT-------AC--A------G-------T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GA-CTTGG---AC-GATGGA-CA----TATAACTA---C-AG-TTT---T--T-ATT-CCATGAGGA----------A-T-TTGATTTTATCACAAGAAT-----------GCAATGA-A-A--TTGACGAGTC-AC----ACA----T----TTT--GTGA-----------------AATTAAACTGG
gi|111569 : TTTAATCT-CGA-AACTAC---GCCC-AAATGTCGG-TGAGAG--GA-T--GTTGAAT--CGTTCTAATTTGGGC--AC-T------AAACTA--TA--T-GATGA---------------A--------------------CC-ATG---------GGG--TT-TT--A---TTTA--T--A------T------CAC--A-G----CGT-T-GCG-ATGAG-A---TTGATTATGATGAAATTTGACAATCACACAT----TT---TGTGAA--TT-T-A-AA-CTGGTCCAG-----GAG--AC-----------G---ATA-----ATGGATA-C----AAAATGACCCGTC--G----CG-G---GCCTTA---------AT--A------G-------TATATGCATT-GA-TT-TTT---GACCTGGG---CC-TTTaagatgataa
gi|111566 : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CACCC-AAATGTAGG-TGAGAGTGGA-T--GTCGGAT---GTT-TAATTGGGGC--ACCT------AAtaaat
gi|111565 : TTTA-TCTGCGC-A-CTACTGTACCC-GCATGTCGATAGAGAGTGAT-T--GTTGGAT--CGTT-TAA-TGGGGT--TGCT------AAAC
gi|111570 : -TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAATGTCGG-TGAGAGTGGC-T--G-------------------------ACCT------AAACTA--TA--T-GATGGTTTTATTCCACGATGA--------------------CC-ATG---------GGGA-TT-TT--A---TTT---G--A------T------CACA-A-G----TG--T-GCG-ACGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TACATA-------------------------AA-CTG-----G-----GAG--AC-----------G---ATA-AC--GTGGATATC----AACATGACCA--C--G----GG-G---C----A---------AC--A------G-------T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GA-CTGGG---AC-CT---------------------------TTT---T--T-ATT-TCATGATGA-TCACGAGG-A-T-TCGATC-----------CT-----------G--ATGA-A-A--TTGACGAATC-GC----ACA----T----TTT--GTGA-----------------ATGTAAACTGGTCCAGGAAACGATAAC
gi|111571 : -CTACC-C---C-AAATGTCGG-TGAGAGTGGA-T--GATGA----C-TT-T--CTT-------CC----------------A--C-GATT----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA-TT-TT--A---TTT------A------T------CAAA-A-G----CA--T-GCG-ATGAA-A---TTCAT-------GAATT--ACA--TACATAT----TT---TGTGAA--AT-T-A-AA-CTT-----G-----GAG--AC-----------G---ATA-AC--TTGGATATC----AACATGAC----CACG----GG-G---A----A---------AC--A------G-------T-T-CG---T-GA-AC-TTT---TA-CTGGG---AC-CTTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGATGA-TCACGAGG-A-T-TCGATT-----------CT-----------G--ATGA-A-A--TTGACAAATT-GC----ACA----T----TTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATGA
gi|111572 : CCC-AAAATTCGG-TGAGAGTGGAAT--GTCGGAT--CGTT-TAA-TTAGGC--ACCT------AA-CTAG-TC--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA-TT-TT--AAATTTT---T--A------T------CAC-----------------------A-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TA-ATATCATATT---TGTGT---AT-T-ACAACCTG-----G-----GAGAAAC-----------G---ATATAC--AATGATATC----AACATGACAA--C--G----GG-A---A----A---------AT--AT-----T-------T-T-CG---TGGA-AT-TTT---GA-CT-GG---AC--CTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGATGA-TC-CGAGGAA-T-TCGATTTA---------AT-----------G--ATGA-A-AATTTGACG-ATC-GCA---ACAT---T----TTT--GTGA-----------------A-TAAAACTGGTCT-GGAGACGATAA
gi|111574 : aTT-TAATTTGGGC--ACT--------AACTA--TT--TTGATG----------------A--------------------CC-ATG---------GAGA-TT-TT--AA--TTT---T--A------T------CACA---G----CG--T-GCGGATGAA-A---TTGAT-------GAATT--ACG--TATAATT----TT---TGTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----GAG--ACGATACATTGAAT---ATA-AC--ATTGATATC----AACATGAC----C--G----GG-G---A----A---------AT--ACGAGTAG-------T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GA-CTGGG---AC-CTTGCA-TAATCATTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGATGA-TCATGAGG-A-T-TTGATT-----------CT-----------G--ATGA-A-A--TTGACGAATC-AC----ACA----T----TTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111573 : CCT------AAACTAAATAAAT-GATG----------------A--------------------CA-ACG---------GGGA-TTATT--A---TTTATTT--A------T------CACA-AAG----CG--T-GCG-ATGAA-AATATGAAC-------GAATT--ACG--TATAC-T----TT---TGTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----AGA--AC-----------G---ATA-AC--GTGGATAAC----AACATGAC----C--AC---GG-G---A----A---------AT--A------G-------T-T-CG---T-GA-ATCTTT---GA-CTGGA---AC-ATTGCA-TA----TCTAAATG---CAAA-TTT---T--TAATTATCATGATGA-TCA-GAGG-A-T-TCGAAT-----------CT-----------GA-ATGA-A-A--ATGACGAATCGAC----ACA----T----TTT--G
gi|111589 : tcggtaaactgatggaaacgtcggactcagtgacacaagaccA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA-TT-TT--A---TTT---T--A------T------CACA-A-G----CG--T-GCG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TATATAT----TT---TGTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----GAG--AC-----------T---ATA-AC--
gi|111575 : A--T-GATG----------------A--------------------TC-ACG---------AGGA-TT-TG--A---TT-------A------T--------------------------G-ATGAA-A---TTGAC-------GAATC--AC------ACAT----TT---TGTGAA--TT-T-A-AA-CTGGTCCAG-----GAG--AC-----------T---ATA-AC--
gi|111578 : A--T-GATG----------------A--------------------TC-ACG---------AGGA-TT-CG--A---TCC---T------------------------------------G-ATGAA-A---TTGAC-------GAATC--GC------ACAT----TT---TGTG-A--ATGT-A-AA-CTG-----GTCCAGGAA--AC-----------G---ATA-AC--TTGGATACT----AACATGAC----C--A----CG-G---ACCT-AT--------AC--A------A-------T-T-CA---T-GA-CT-TTT---GA-CTGAG---AC-CTT
gi|111577 : tgactgggaccttttttatttcA--T-GATG----------------A--------------------TC-ATG---------AGGA-TT-TG--A---TTC---T------------------------------------G-ATGAA-A---TTGAC-------GAATC--AC------ACAT----TT---TGTGAA--TT-T-A-AA-CTG-----GTCCAGGAG--AC-----------G---ATA-AC--TTGGATGCT----AACATGAC----C--ACGCCGC-G---AGCCTA---------AT--A------GTATGCAAT-C-CA---T-GA-AT-TTT---GA-CCTAG---AC-CTT
gi|111576 : A--T-GATG----------------A--------------------TC-ACG---------AGGA-TT-CG--A---TTC---T------------------------------------G-ATGAA-A---TTGAC-------AAATT--GC------ACAT----TT---TGTGAA--TT-T-A-AA-CTG-----GTCCAGGAG--AC-----------G---ATG-AT--TTGGATACT----AACATGAC----C--AC---GG-GCCTA----T---------AC--A------A-------T-T-CA---T-GA-AT-TTT---GA-TTGAG---AC-CTT
gi|111587 : A--C-GATT----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA-TT-TT--A---TTT------A------T------CAAA-A-G----CA--T-GCG-ATGAA-A---TTCAT-------GAATT--ACA--TACATAT----TT---TGTGAA--AT-T-A-AA-CTT-----G-----GAG--AC-----------G---ATA-AC--
gi|111586 : tttcttccA--C-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA-TT-TT--A---TTT---G--A------T------CACA-A-G----TG--T-GCG-ACGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TACA-----------------------T-A-AA-CTG-----G-----GAG--AC-----------G---ATA-AC--
gi|111585 : ttttattccA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATA---------AGAA-TT-TG--A---TTT---T--A------T------CACA-G-G-------------------------TAAC-------GAATC--CC------ACAT----TT---TGAGAA--AT-T-A-AA-TTG-----G-----GAG--AC-----------A---ATA-A
gi|111579 : tgaatgacacgatttggataattcc--------------------CC-ATG---------AGGAATT-TG--A---TTT---T--A------T------CACA-A-G----AA--T-GCA-ATGAA-A---TTGAC-------GAGTC--AC------ACAT----TT---TGTGAA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----AAG--AT-----------G---ATA-AA--GT-GATATT----AACATGAC----C--A----AG-G---ACCT-ACACTTCTGTAC--A------A-------T-T-CA---C-GA-AA-ATT---TA-CTGGG---AC-CTTTCA-
gi|111582 : -TT-TT--A---TTT---C--A------TGATGATCACG-A-GGAGTCGATT-ATG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--GC------ACAT----TT---TGTGAA--TT-T-A-AA-CTG-----GTCCTGGAG--AC-----------G---ATA-AC--TTGGATACT----AACATGAC----C--AC---GG-GCCTA----T---------GC--A------A-------T-T-GA---T-GA-AC-TTT---GA-CTAAG---AC-CTT
gi|111581 : -TT-TT--A---TTT---C--AGGATGAT------CACG-A-TAATTCGATT-ACG-ATGAA-A---TTGAC-------AAATC--GC------ACAT----TT---TGTGAA--TT-T-A-AA-CTGGTTCAG-----GAG--AC-----------G---ATA-AT--TTGGATACT----AACATAAC----C--
gi|111588 : atgaaat---TTTA--T--A------T------CACA---G----CG--TTGCG-ATGAG-A---TTGATTATGATGAAATTTGACAATCACACAT----TT---TGTGAA--TT-T-A-AA-CTGGTCCAG-----GAG--AC-----------G---ATA-Aacggg
gi|111590 : --T-GCG-ATGAC-A---TTGAT-------GAATT--ACG--CATATAT----TT---TGTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----GAG--AC-----------G---ATA-AC--
gi|111580 : tG-ATGAA-A---TTGAC-------AAATC--GC------ACAT----TT---TGTGAA--TT-T-A-AA-CTG-----GTCCAGGAG--AC-----------G---ATA-AC--TTGGATACT----AACATGACTA--C--G----GG-C---C----C---------ATGCA------A-------T-T-CA---T-GA-AT-TTT---GA-CCAAG---AT-CTT
gi|111583 : atgaaatttttatttcaggatgatcacgataattcgattatT--ACG--T-----T----TC---TGTGAA--AT-T-A-AG-CTG-----G-----GAG--AT-----------G---ATA-AA--ATGGATATC----AACATGAC----C--G----CG-A---G----C---------CT--A------GGT-----T-T-TG---T-GA-AT-TTT---GA-TTGG
gi|111584 : T-T-C-AA-CTG-----G-----GAG--AC-----------G---ATA-AC--GTGGATATC----AACATGAC----CACG----GG-G---A----A---------AG--A------C-------T-T-CG---T-GA-TC-TTT---GG-CTAGG---AC-CTTGCA-TT----TCTAAATG---C-AT-TTT---T--T-AT
gi|111585 : TGAATGACAC-GA-TTTGGAT--A-ATT-CCATGATGA-CCATAAGA-A-T-TTGATT------------T-----------T--ATCACA-G--GTAACGAATC-CC----ACA----T----TTT--GAGA-----------------AATTAAATTG-----GGAGACAATAA
gi|111580 : ATG---A-AA-TTT---T--T-ATT-TCAGGATGA-TCACGATA-A-T-TCGATT-----------AT-----------G--ATGA-A-A--TTGACAAATC-GC----ACA----T----TTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111581 : ATG---A-AA-TTT---T--T-ATT-TCAGGATGA-TCACGATA-A-T-TCGATT-----------AC-----------G--ATGA-A-A--TTGACAAATC-GC----ACA----T----TTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTTCAGGAGACGATAAttggatactaacatgactacgggcccatgcaattcatgaattttgaccaagatctt
gi|111578 : -TTT---T--T-ATT-TCATGATGA-TCACGAGG-A-T-TCGATC-----------CT-----------G--ATGA-A-A--TTGACGAATC-GC----ACA----T----TTT--GTGA-----------------ATGTAAACTGGTCCAGGAAACGATAACtttggatactaacataaccacggg
gi|111582 : tgactgggacctTT---T--T-ATT-TCATGATGA-TCACGAGG-A-G-TCGATT-----------AT-----------G--ATGA-A-A--TTGACGAATT-GC----ACA----T----TTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCTGGAGACGATAACttggatactaacatgaccacggacctatacaattcatgacttttgactgagacctt
gi|111586 : TT---T--T-ATT-CCACGATGA-CCATGGGG-A-T-TTTATTTG---------ATCACAAGTGTGCG--ACGA-A-A--TTGACGAATT-ACGT--ACA--------------------------------------TAAACTG-----GGAGACGATAACttggatactaacatgaccacgggcctatgcaattgatgaactttgactaagacctt
gi|111569 : T---T--T-ATA-TCACAGCG--TTGCGATG-A-GATTGATT-----------AT-----------G--ATGA-A-AT-TTGAC-AATC-AC----ACA----T----TTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAA
gi|111587 : tttaatctcgaaactacgcccaaatgtcggtgagaggatgttgaatcgttctaatttgggcactaaactatatgatgaaccatggggttttaT---T--T-CTT-CCACGATTA-CCATGGGG-A-T-TTTATTTATCAAAAGC-AT-----------GCGATGA-A-A--TTCATGAATT-AC----ATACATAT----TTT--GTGA-----------------AATTAAACT--T---GGAGACGATAACtggatacaaaatgacccgtcgcgggccttaatagtatatgcattgatttttgacctgggccttttaaat
gi|111588 : T---T--T-ATA-TCACAGCG--TTGCGATG-A-GATTGATT-----------AT-----------G--ATGA-A-AT-TTGAC-AATC-AC----ACA----T----TTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAA
gi|111589 : ATGATGA-CCATGGGG-A-T-TTTATTTT---------ATCACAAGCGTGCG--ATGA-A-A--TTGACGAATT-ACGTATATA----T----TTT--GTGT-----------------AATTAAACTG-----GGAGACTATAAC
gi|111575 : ATGATGA-TCACGAGG-A-T-TTGATT-----------AT-----------G--ATGA-A-A--TTGACGAATC-AC----ACA----T----TTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACTATAAC
gi|111577 : ATGATGA-TCATGAGG-A-T-TTGATT-----------CT-----------G--ATGA-A-A--TTGACGAATC-AC----ACA----T----TTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111576 : ATGATGA-TCACGAGG-A-T-TCGATT-----------CT-----------G--ATGA-A-A--TTGACAAATT-GC----ACA----T----TTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATGAttggatgctaacatgaccacgccgcgagcctaatagtatgcaatccatgaattttgacctagacctt
gi|111579 : CATGAGG-AAT-TTGATTTTATCACAAGAAT-----------GCAATGA-A-A--TTGACGAGTC-AC----ACA----T----TTT--GTGA-----------------AATTAAACTGGtttggatactaacatgaccacgggcctatacaattcatgaattttgattgagacctt
gi|111590 : cTT-----------GC-----------G--ATGA-C-A--TTGATGAATT-AC----GCA----TATATTTT--GTGT-----------------AATTAAACTG-----GGAGACGATAACaagatgataaagtgatattaacatgaccaaggacctacacttctgtacaattcacgaaaatttactgggacctttca
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333 11111111 333333 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111
lowQualScore : 3 3 3 3 3 3 3 3 44 33 44 2 33 33 777777 77 22 2 4444444444444444444444444444444444444 1 777777777 44 1 555 777 555555 3333 33333333 1 1 222 5555555 22 444444 3333 222 1 5 22 1 1 1 33333 99999 222 22 1 88888888888 666 4444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 1 555 1 1 1 333 4444 2 5555 66666 2 333 22 2 2 555555 44444 1 22 1 666 1 1 1 44 1 1 1 22 44444444444444444
lowQualScore : . . . . . . . . .. .. .. . .. .. ...... .. .. . ..................................... . ......... .. . ... ... ...... .... ........ . . ... ....... .. ...... .... ... . . .. . . . ..... ..... ... .. . ........... ... .... ......................................................... . . ... . . . ... .... . .... ..... . ... .. . . ...... ..... . .. . ... . . . .. . . . .. .................
lowQualScore : 6 6 6 3 3 1 1 1 22 11 22 9 99 99 777777 33 88 0 3333333333333333333333333333333333333 9 666666666 33 8 000 555 222222 2222 11111111 7 7 999 4444444 22 444444 4444 888 6 3 22 5 5 5 88888 22222 777 11 5 88888888888 333 0000 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 9 222 9 9 9 222 0000 5 7777 22222 4 777 99 1 2 555555 88888 9 66 9 222 9 9 9 55 9 9 9 66 00000000000000000
consensus : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-A--TGTCGG--ATCGTT-TAATTNGGGC--ACCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TA-ACAT----TT---T-GTGNA--ATT-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACG--TGGATATC----AACATGAC----C--G----GG--G---A----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
Reference ( family-621 ) : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-A--TGTCGG--ATCGTT-TAATTNGGGC--ACCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TA-ACAT----TT---T-GTGAA--ATT-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACG--TGGATATC----AACATGAC----C--G----GG--G---A----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111560 : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAATGTCGGG-GAGAGTGG-A--TGTTGG--ATCGTT-TAACTTGGGC--ACCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TATATAT----TT---T-GTGTA--ATT-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACT-ATA-----------ACA--TGGATATC----AACATGAC----C--G----GG--G---A----A---------A-------T--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACT----TTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTTGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACTATAAC
gi|111561 : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CACCC-AAATGTCGGT-GAGAGTGA-A--TGTCCG--ATCGTT-TGATTAGGGC--ATCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------CTGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-A----CT--TGCG-ATGAC-A---TTGAT-------GAATT--ACG--CATATAT----TT---T-GTGTA--ATT-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACA--TGGATATC----AACATGAT----CACG----GG--A---A----A---------A-------T--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCA-TA----TTTAAATG---A-AA-TTT---T--T-ATT-TCAGGA------TG-----A-TCACGA--TA-ATTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACAAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111562 : TTTA-TCT-CGC-A-TTACC-AACCA-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-A--TGACGG--ATCGTT-TAATTAGGGT--ACCT------AATCTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GTAA--TT-TTA---TTT---CAT------CACA-A-G----CA--TGCA-ATGAA-A---TTGAT-------GAATT--ACG--TATATAT----GG---T-GTGTA--ATT-A-AA-CTG-----G-----G---AT--ACG-ATA-----------ACA--TGGATATT----AACATGAT----CACG----GG--G---A----A---------A-------T--A------G---T-T-TC---T-GA-AT-TTT---AACTGGGACT----TTGCA-TA----TTTAAATG---A-AA-TTT---T--T-ATT-TCAGGA------TG-----A-TCACGA--TA-ATTCGATT--ACG-ATGA-A-A--TTGACAAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTTCAGGAGACGATAA
gi|111563 : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAACGTCGGT-GAGAGTGG-A--TATCGG--ATCGTT-TAATTAGGGC--ACCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATA---------GGAA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------AAATT--ACG--TATATAT----TT---T-GTGTA--ATT-A-AA-CTG-----A-----T---GG--ACG-ATA-----------ACA--TGGATATT----ATCATGAC----CAAG----GG--G---A----A---------A-------T--A------G---T-T-AG---T-GA-AT-TTT---GACTGTGACC----CTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-AGTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATTG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCTGGAGACGATAAC
gi|111564 : TTTA-TCT-CGC-A-CTATC-CGCCC-AAATGTTGGT-GAGAGTGG-A--TGTCAG--ATCGTT-TAATTAGGGC--ACTT------ATACTA--TA--T-GATG----------------ATTTCATTCCACGATGG----CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACT-A-G----TG--TGCG-ATGAA-A---TTAAT-------GGATA--ATG--TATATGT----TT---T-GTGTACTATTTA-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------GCG--TGGACATC----AACATGAC----C--GC---GGT-G---A----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-AA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCG-TA----TTTAAATG---T-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACAA--AG-ATTCGATT--CTG-ATGA-A-------------------CA-TTAT--GTGA-----------------ATCTTAACTGGTCCAGTAGACGATAAC
gi|111565 : TTTA-TCTGCGC-A-CTACTGTACCC-GCATGTCGATAGAGAGTGA-T--TGTTGG--ATCGTT-TAA-TGGGGT--TGCT------AAAC
gi|111566 : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CACCC-AAATGTAGGT-GAGAGTGG-A--TGTCGG--AT-GTT-TAATTGGGGC--ACCT------AA
gi|111567 : TTTA-TCT-CGCGA-CTAAC-CGCCCTAAATGTCGGT-GAGGGTGG-ATCTGTTGGGTGTCGTT-TAAATTTGGCTTA-CT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CCTATT---------GGCATTTT-TTA---TTTTG-TAT------CACAGA-GT---CG--TGCG-ATAAATA---TTT-T-------GGATC--ACT--TG-ACAT----TTACAC-GTATA--ATT---AA-CTG-----G-----AGTCAA--TCGAATA-----------ACGGATGGATATC----AACATGGA----C--G----CG--G---G----A---------A-------T--A------GTTTT-T-CGT--T-GATAT-TTTTGAGACTGGGTTCATGTTTGCGTTA----TTTAAATG---C-AAGTTT---TTGT-ATT-GCATGA------TG-----ATTCACGA--GG--TTTGATT--ATG-AGGA-ATA--TGTACGAATCA-C-ACA-TTTTTGGTGAATTTTATTTTTTTTTATATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111568 : TTTA-AAT-CGC-A-CTAAC-CGCCA-AAACGTCAGT-GCGAGTGG-A--T-----------TT---ATTAAGGC--ACCTGATGTAAAACTA--TA--T-GATG----------------AATGACACGATTTGGATAATTCC-ATGATGACCATAAGAA--TT-TGA---TTT---TAT------CACA-G-G------------------------TAAC-------GAATC--CC------ACAT----TT---T-GAGAA--ATT-A-AA-TTG-----G-----G---AG--ACA-ATA-----------AAG--TGGGTATTTTAAAACATGAC----C--A----AG--C---G----CCT-------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTTGGACG----ATGGA-CA----TATAACTA---C-AG-TTT---T--T-ATT-CCATGAGGAATTTGATTTTA-TCACAA--GA-ATGC--------A-ATGA-A-A--TTGACGAGTCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------AATTAAACTG-----GAAGATGATAA
gi|111569 : TTTAATCT-CGA-AACTAC---GCCC-AAATGTCGGT-GAGAG--G-A--TGTTGA--ATCGTTCTAATTTGGGC--AC-T------AAACTA--TA--T-GATGA---------------A--------------------CC-ATG---------GGG---TT-TTA---TTTA--TAT------CAC--A-G----CGT-TGCG-ATGAG-A---TTGATTATGATGAAATTTGACAATCACACAT----TT---T-GTGAA--TTT-A-AA-CTGGTCCAG-----G---AG--ACG-ATA-----------A----TGGATA-C----AAAATGACCCGTC--G----CG--G---GCCTTA---------A-------T--A------G---TATATGCATT-GA-TT-TTT---GACCTGGGCC----T-----------TTTAAAT
gi|111570 : -TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-C--TG-------------------------ACCT------AAACTA--TA--T-GATGGTTTTATTCCACGATGA--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---GAT------CACA-A-G----TG--TGCG-ACGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--T--ACA---------------------T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACG--TGGATATC----AACATGACCA--C--G----GG--G---C----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----T---------------------------TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATC--CTG-ATGA-A-A--TTGACGAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATGTAAACTGGTCCAGGAAACGATAAC
gi|111571 : -CTACC-C---C-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-A--TG------ATGACT-TTCTTC---C--AC----------------------GATT----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT----AT------CAAA-A-G----CA--TGCG-ATGAA-A---TTCAT-------GAATT--ACA--TACATAT----TT---T-GTGAA--ATT-A-AA-CTT-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACT--TGGATATC----AACATGAC----CACG----GG--G---A----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AC-TTT---TACTGGGACC----TTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATT--CTG-ATGA-A-A--TTGACAAATTG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATGA
gi|111572 : CCC-AAAATTCGGT-GAGAGTGGAA--TGTCGG--ATCGTT-TAATTA-GGC--ACCT-------AACTAG-TC--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTAAATTTT---TAT------CAC----------------------A-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TA-ATATCATATT---T-GTG-T--ATT-ACAACCTG-----G-----G---AGAAACG-ATAT----------ACA--ATGATATC----AACATGACAA--C--G----GG--A---A----A---------A-------T--AT-----T---T-T-CG---TGGA-AT-TTT---GACT-GGACC-----TGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TC-CGA--GGAATTCGATTTAATG-ATGA-A-AATTTGACG-ATCG-CAACATTTTT--GTGA-----------------A-TAAAACTGGTCT-GGAGACGATAA
gi|111573 : aCCT------AAACTAAATAAAT-GATG----------------A--------------------CA-ACG---------GGGA--TTATTA---TTTATTTAT------CACA-AAG----CG--TGCG-ATGAA-AATATGAAC-------GAATT--ACG--TATAC-T----TT---T-GTGTA--ATT-A-AA-CTG-----G-----A---GA--ACG-ATA-----------ACG--TGGATAAC----AACATGAC----C--AC---GG--G---A----A---------A-------T--A------G---T-T-CG---T-GA-ATCTTT---GACTGGAACA----TTGCA-TA----TCTAAATG---CAAA-TTT---T--TAATTATCATGA------TG-----A-TCA-GA--GG-ATTCGAAT--CTGAATGA-A-A--ATGACGAATCGAC-ACA-TTTT--G
gi|111574 : tcggtaaactgatggaaacgtcggactcagtgacacaagaccTT-TAATTTGGGC--ACT--------AACTA--TT--TTGATG----------------A--------------------CC-ATG---------GAGA--TT-TTAA--TTT---TAT------CACA---G----CG--TGCGGATGAA-A---TTGAT-------GAATT--ACG--TA-TAAT----TT---TTGTGTA--ATT-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATACATTGAATATAACA--TTGATATC----AACATGAC----C--G----GG--G---A----A---------A-------T--ACGAGTAG---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCA-TAATCATTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCATGA--GG-ATTTGATT--CTG-ATGA-A-A--TTGACGAATCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111575 : ATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTTGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACTATAAC
gi|111576 : ATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATT--CTG-ATGA-A-A--TTGACAAATTG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATGA
gi|111576 : A--T-GATG----------------A--------------------TC-ACG---------AGGA--TT-CGA---TTC---T---------------------------G-ATGAA-A---TTGAC-------AAATT--GC------ACAT----TT---T-GTGAA--TTT-A-AA-CTG-----GTCCAGG---AG--ACG-ATG-----------ATT--TGGATACT----AACATGAC----C--AC---GG--GCCTA----T---------A-------C--A------A---T-T-CA---T-GA-AT-TTT---GATTGAGACC----TTtttggatactaacatgaccacgggcctatacaattcatgaattttgattgagacctt
gi|111577 : ATGA------TG-----A-TCATGA--GG-ATTTGATT--CTG-ATGA-A-A--TTGACGAATCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111577 : A--T-GATG----------------A--------------------TC-ATG---------AGGA--TT-TGA---TTC---T---------------------------G-ATGAA-A---TTGAC-------GAATC--AC------ACAT----TT---T-GTGAA--TTT-A-AA-CTG-----GTCCAGG---AG--ACG-ATA-----------ACT--TGGATGCT----AACATGAC----C--ACGCCGC--G---AGCCTA---------ATAGTATGC--A------A---T-C-CA---T-GA-AT-TTT---GACCTAGACC----TTttggatgctaacatgaccacgccgcgagcctaatagtatgcaatccatgaattttgacctagacctt
gi|111578 : T---GACTGGGACC----TT---------------------------TT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATC--CTG-ATGA-A-A--TTGACGAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATGTAAACTGGTCCAGGAAACGATAAC
gi|111578 : A--T-GATG----------------A--------------------TC-ACG---------AGGA--TT-CGA---TCC---T---------------------------G-ATGAA-A---TTGAC-------GAATC--GC------ACAT----TT---T-GTGAA--TGT-A-AA-CTG-----GTCCAGG---AA--ACG-ATA-----------ACT--TGGATACT----AACATGAC----C--A----CG--G---ACCT-AT--------A-------C--A------A---T-T-CA---T-GA-CT-TTT---GACTGAGACC----TTttggatactaacatgaccacggacctatacaattcatgacttttgactgagacctt
gi|111579 : tgactgggaccttttttatttc--------------------CC-ATG---------AGGAA-TT-TGA---TTT---TAT------CACA-A-G----AA--TGCA-ATGAA-A---TTGAC-------GAGTC--AC------ACAT----TT---T-GTGAA--ATT-A-AA-CTG-----G-----A---AG--ATG-ATA-----------AAG--T-GATATT----AACATGAC----C--A----AG--G---ACCT-ACACTTCTGTA-------C--A------A---T-T-CA---C-GA-AA-ATT---TACTGGGACC----TTTCA-
gi|111580 : ATG---A-AA-TTT---T--T-ATT-TCAGGA------TG-----A-TCACGA--TA-ATTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACAAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111580 : G-ATGAA-A---TTGAC-------AAATC--GC------ACAT----TT---T-GTGAA--TTT-A-AA-CTG-----GTCCAGG---AG--ACG-ATA-----------ACT--TGGATACT----AACATGACTA--C--G----GGCCC---A----T---------G-------C--A------A---T-T-CA---T-GA-AT-TTT---GACCAAGATC----TTttggatactaacatgactacgggcccatgcaattcatgaattttgaccaagatctt
gi|111581 : atgaaatttttatttcaggatgatcacgataattcgattatATG---A-AA-TTT---T--T-ATT-TCAGGA------TG-----A-TCACGA--TA-ATTCGATT--ACG-ATGA-A-A--TTGACAAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTTCAGGAGACGATAA
gi|111582 : TT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-AGTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATTG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCTGGAGACGATAACtttggatactaacataaccacggg
gi|111582 : --TT-TTA---TTT---CATGATGATCACG-A-GGAGTCGATTATG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--GC------ACAT----TT---T-GTGAA--TTT-A-AA-CTG-----GTCCTGG---AG--ACG-ATA-----------ACT--TGGATACT----AACATGAC----C--AC---GG--GCCTA----T---------G-------C--A------A---T-T-GA---T-GA-AC-TTT---GACTAAGACC----TTttggatactaacatgaccacgggcctatgcaattgatgaactttgactaagacctt
gi|111583 : T--ACG--T-----T----TC---T-GTGAA--ATT-A-AG-CTG-----G-----G---AG--ATG-ATA-----------AAA--TGGATATC----AACATGAC----C--G----CG-----------A---------G-------CCTA------GGT-T-T-TG---T-GA-AT-TTT---GATTGG
gi|111584 : TT-C-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACG--TGGATATC----AACATGAC----CACG----GG--G---A----A---------A-------G--A------C---T-T-CG---T-GA-TC-TTT---GGCTAGGACC----TTGCA-TT----TCTAAATG---C-AT-TTT---T--T-AT
gi|111585 : TGAATGACAC-GA-TTTGGAT--A-ATT-CCATGA------TG-----A-CCATAA--GA-ATTTGATT---TT-ATCACA-G--GTAACGAATCC-C-ACA-TTTT--GAGA-----------------AATTAAATTG-----GGAGACAATAA
gi|111585 : A--T-GATG----------------A--------------------CC-ATA---------AGAA--TT-TGA---TTT---TAT------CACA-G-G------------------------TAAC-------GAATC--CC------ACAT----TT---T-GAGAA--ATT-A-AA-TTG-----G-----G---AG--ACA-ATA-----------A
gi|111586 : tgaatgacacgatttggataattccA--C-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---GAT------CACA-A-G----TG--TGCG-ACGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--T--ACA---------------------T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------AC
gi|111587 : ttttattccA--C-GATT----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT----AT------CAAA-A-G----CA--TGCG-ATGAA-A---TTCAT-------GAATT--ACA--TACATAT----TT---T-GTGAA--ATT-A-AA-CTT-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------AC
gi|111588 : tttcttccT---T--T-ATA-TCACAG------CG-------TTGCGATGAG-ATT-GATT--ATG-ATGA-A-AT-TTGAC-AATCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAA
gi|111589 : A--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TATATAT----TT---T-GTGTA--ATT-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACT-ATA-----------AC
gi|111590 : --TGCG-ATGAC-A---TTGAT-------GAATT--ACG--CATATAT----TT---T-GTGTA--ATT-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------AC
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333 11111111 333333 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111
lowQualScore : 3 3 3 3 3 3 3 3 44 33 44 2 33 33 777777 77 22 2 4444444444444444444444444444444444444 1 777777777 44 1 555 777 555555 3333 33333333 1 1 222 5555555 22 444444 3333 222 1 3 22 1 1 1 1 33333 99999 222 22 1 88888888888 666 4444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 1 555 1 1 1 333 4444 2 5555 66666 2 333 22 2 2 555555 44444 1 22 1 666 1 1 1 44 1 1 1 22 44444444444444444
lowQualScore : . . . . . . . . .. .. .. . .. .. ...... .. .. . ..................................... . ......... .. . ... ... ...... .... ........ . . ... ....... .. ...... .... ... . . .. . . . . ..... ..... ... .. . ........... ... .... ......................................................... . . ... . . . ... .... . .... ..... . ... .. . . ...... ..... . .. . ... . . . .. . . . .. .................
lowQualScore : 6 6 6 3 3 1 1 1 22 11 22 9 99 99 777777 33 88 0 3333333333333333333333333333333333333 9 666666666 33 8 000 555 222222 2222 11111111 7 7 999 4444444 22 444444 4444 888 6 7 22 5 5 5 5 88888 22222 777 11 5 88888888888 333 0000 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 9 222 9 9 9 222 0000 5 7777 22222 4 777 99 1 2 555555 88888 9 66 9 222 9 9 9 55 9 9 9 66 00000000000000000
consensus : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-A--TGTCGG--ATCGTT-TAATTNGGGC--ACCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TA-ACAT----TT---T-GTGNA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACG--TGGATATC----AACATGAC----C--G----GG--G---A----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
Reference ( family-621 ) : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-A--TGTCGG--ATCGTT-TAATTNGGGC--ACCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TA-ACAT----TT---T-GTGNA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACG--TGGATATC----AACATGAC----C--G----GG--G---A----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111560 : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAATGTCGGG-GAGAGTGG-A--TGTTGG--ATCGTT-TAACTTGGGC--ACCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TATATAT----TT---T-GTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACT-ATA-----------ACA--TGGATATC----AACATGAC----C--G----GG--G---A----A---------A-------T--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACT----TTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTTGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACTATAAC
gi|111561 : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CACCC-AAATGTCGGT-GAGAGTGA-A--TGTCCG--ATCGTT-TGATTAGGGC--ATCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------CTGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-A----CT--TGCG-ATGAC-A---TTGAT-------GAATT--ACG--CATATAT----TT---T-GTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACA--TGGATATC----AACATGAT----CACG----GG--A---A----A---------A-------T--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCA-TA----TTTAAATG---A-AA-TTT---T--T-ATT-TCAGGA------TG-----A-TCACGA--TA-ATTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACAAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111562 : TTTA-TCT-CGC-A-TTACC-AACCA-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-A--TGACGG--ATCGTT-TAATTAGGGT--ACCT------AATCTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GTAA--TT-TTA---TTT---CAT------CACA-A-G----CA--TGCA-ATGAA-A---TTGAT-------GAATT--ACG--TATATAT----GG---T-GTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AT--ACG-ATA-----------ACA--TGGATATT----AACATGAT----CACG----GG--G---A----A---------A-------T--A------G---T-T-TC---T-GA-AT-TTT---AACTGGGACT----TTGCA-TA----TTTAAATG---A-AA-TTT---T--T-ATT-TCAGGA------TG-----A-TCACGA--TA-ATTCGATT--ACG-ATGA-A-A--TTGACAAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTTCAGGAGACGATAA
gi|111563 : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAACGTCGGT-GAGAGTGG-A--TATCGG--ATCGTT-TAATTAGGGC--ACCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATA---------GGAA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------AAATT--ACG--TATATAT----TT---T-GTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----A-----T---GG--ACG-ATA-----------ACA--TGGATATT----ATCATGAC----CAAG----GG--G---A----A---------A-------T--A------G---T-T-AG---T-GA-AT-TTT---GACTGTGACC----CTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-AGTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATTG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCTGGAGACGATAAC
gi|111564 : TTTA-TCT-CGC-A-CTATC-CGCCC-AAATGTTGGT-GAGAGTGG-A--TGTCAG--ATCGTT-TAATTAGGGC--ACTT------ATACTA--TA--T-GATG----------------ATTTCATTCCACGATGG----CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACT-A-G----TG--TGCG-ATGAA-A---TTAAT-------GGATA--ATG--TATATGT----TT---T-GTGTACTAT-TTA-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------GCG--TGGACATC----AACATGAC----C--GC---GGT-G---A----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-AA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCG-TA----TTTAAATG---T-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACAA--AG-ATTCGATT--CTG-ATGA-A-------------------CA-TTAT--GTGA-----------------ATCTTAACTGGTCCAGTAGACGATAAC
gi|111565 : TTTA-TCTGCGC-A-CTACTGTACCC-GCATGTCGATAGAGAGTGA-T--TGTTGG--ATCGTT-TAA-TGGGGT--TGCT------AAAC
gi|111566 : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CACCC-AAATGTAGGT-GAGAGTGG-A--TGTCGG--AT-GTT-TAATTGGGGC--ACCT------AA
gi|111567 : TTTA-TCT-CGCGA-CTAAC-CGCCCTAAATGTCGGT-GAGGGTGG-ATCTGTTGGGTGTCGTT-TAAATTTGGCTTA-CT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CCTATT---------GGCATTTT-TTA---TTTTG-TAT------CACAGA-GT---CG--TGCG-ATAAATA---TTT-T-------GGATC--ACT--TG-ACAT----TTACAC-GTATA--AT-T---AA-CTG-----G-----AGTCAA--TCGAATA-----------ACGGATGGATATC----AACATGGA----C--G----CG--G---G----A---------A-------T--A------GTTTT-T-CGT--T-GATAT-TTTTGAGACTGGGTTCATGTTTGCGTTA----TTTAAATG---C-AAGTTT---TTGT-ATT-GCATGA------TG-----ATTCACGA--GG--TTTGATT--ATG-AGGA-ATA--TGTACGAATCA-C-ACA-TTTTTGGTGAATTTTATTTTTTTTTATATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111568 : TTTA-AAT-CGC-A-CTAAC-CGCCA-AAACGTCAGT-GCGAGTGG-A--T-----------TT---ATTAAGGC--ACCTGATGTAAAACTA--TA--T-GATG----------------AATGACACGATTTGGATAATTCC-ATGATGACCATAAGAA--TT-TGA---TTT---TAT------CACA-G-G------------------------TAAC-------GAATC--CC------ACAT----TT---T-GAGAA--AT-T-A-AA-TTG-----G-----G---AG--ACA-ATA-----------AAG--TGGGTATTTTAAAACATGAC----C--A----AG--C---G----CCT-------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTTGGACG----ATGGA-CA----TATAACTA---C-AG-TTT---T--T-ATT-CCATGAGGAATTTGATTTTA-TCACAA--GA-ATGC--------A-ATGA-A-A--TTGACGAGTCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------AATTAAACTG-----GAAGATGATAA
gi|111569 : TTTAATCT-CGA-AACTAC---GCCC-AAATGTCGGT-GAGAG--G-A--TGTTGA--ATCGTTCTAATTTGGGC--AC-T------AAACTA--TA--T-GATGA---------------A--------------------CC-ATG---------GGG---TT-TTA---TTTA--TAT------CAC--A-G----CGT-TGCG-ATGAG-A---TTGATTATGATGAAATTTGACAATCACACAT----TT---T-GTGAA--TT-T-A-AA-CTGGTCCAG-----G---AG--ACG-ATA-----------A----TGGATA-C----AAAATGACCCGTC--G----CG--G---GCCTTA---------A-------T--A------G---TATATGCATT-GA-TT-TTT---GACCTGGGCC----T-----------TTTAAAT
gi|111570 : -TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-C--TG-------------------------ACCT------AAACTA--TA--T-GATGGTTTTATTCCACGATGA--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---GAT------CACA-A-G----TG--TGCG-ACGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--T--ACA----------------------T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACG--TGGATATC----AACATGACCA--C--G----GG--G---C----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----T---------------------------TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATC--CTG-ATGA-A-A--TTGACGAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATGTAAACTGGTCCAGGAAACGATAAC
gi|111571 : -CTACC-C---C-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-A--TG------ATGACT-TTCTTC---C--AC----------------------GATT----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT----AT------CAAA-A-G----CA--TGCG-ATGAA-A---TTCAT-------GAATT--ACA--TACATAT----TT---T-GTGAA--AT-T-A-AA-CTT-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACT--TGGATATC----AACATGAC----CACG----GG--G---A----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AC-TTT---TACTGGGACC----TTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATT--CTG-ATGA-A-A--TTGACAAATTG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATGA
gi|111572 : CCC-AAAATTCGGT-GAGAGTGGAA--TGTCGG--ATCGTT-TAATTA-GGC--ACCT-------AACTAG-TC--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTAAATTTT---TAT------CAC----------------------A-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TA-ATATCATATT---T-GTGT---AT-T-ACAACCTG-----G-----G---AGAAACG-ATAT----------ACA--ATGATATC----AACATGACAA--C--G----GG--A---A----A---------A-------T--AT-----T---T-T-CG---TGGA-AT-TTT---GACT-GGACC-----TGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TC-CGA--GGAATTCGATTTAATG-ATGA-A-AATTTGACG-ATCG-CAACATTTTT--GTGA-----------------A-TAAAACTGGTCT-GGAGACGATAA
gi|111573 : aCCT------AAACTAAATAAAT-GATG----------------A--------------------CA-ACG---------GGGA--TTATTA---TTTATTTAT------CACA-AAG----CG--TGCG-ATGAA-AATATGAAC-------GAATT--ACG--TATAC-T----TT---T-GTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----A---GA--ACG-ATA-----------ACG--TGGATAAC----AACATGAC----C--AC---GG--G---A----A---------A-------T--A------G---T-T-CG---T-GA-ATCTTT---GACTGGAACA----TTGCA-TA----TCTAAATG---CAAA-TTT---T--TAATTATCATGA------TG-----A-TCA-GA--GG-ATTCGAAT--CTGAATGA-A-A--ATGACGAATCGAC-ACA-TTTT--G
gi|111574 : tcggtaaactgatggaaacgtcggactcagtgacacaagaccTT-TAATTTGGGC--ACT--------AACTA--TT--TTGATG----------------A--------------------CC-ATG---------GAGA--TT-TTAA--TTT---TAT------CACA---G----CG--TGCGGATGAA-A---TTGAT-------GAATT--ACG--TA-TAAT----TT---TTGTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATACATTGAATATAACA--TTGATATC----AACATGAC----C--G----GG--G---A----A---------A-------T--ACGAGTAG---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCA-TAATCATTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCATGA--GG-ATTTGATT--CTG-ATGA-A-A--TTGACGAATCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111575 : ATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTTGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACTATAAC
gi|111576 : ATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATT--CTG-ATGA-A-A--TTGACAAATTG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATGA
gi|111576 : A--T-GATG----------------A--------------------TC-ACG---------AGGA--TT-CGA---TTC---T---------------------------G-ATGAA-A---TTGAC-------AAATT--GC------ACAT----TT---T-GTGAA--TT-T-A-AA-CTG-----GTCCAGG---AG--ACG-ATG-----------ATT--TGGATACT----AACATGAC----C--AC---GG--GCCTA----T---------A-------C--A------A---T-T-CA---T-GA-AT-TTT---GATTGAGACC----TTtttggatactaacatgaccacgggcctatacaattcatgaattttgattgagacctt
gi|111577 : ATGA------TG-----A-TCATGA--GG-ATTTGATT--CTG-ATGA-A-A--TTGACGAATCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111577 : A--T-GATG----------------A--------------------TC-ATG---------AGGA--TT-TGA---TTC---T---------------------------G-ATGAA-A---TTGAC-------GAATC--AC------ACAT----TT---T-GTGAA--TT-T-A-AA-CTG-----GTCCAGG---AG--ACG-ATA-----------ACT--TGGATGCT----AACATGAC----C--ACGCCGC--G---AGCCTA---------ATAGTATGC--A------A---T-C-CA---T-GA-AT-TTT---GACCTAGACC----TTttggatgctaacatgaccacgccgcgagcctaatagtatgcaatccatgaattttgacctagacctt
gi|111578 : T---GACTGGGACC----TT---------------------------TT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATC--CTG-ATGA-A-A--TTGACGAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATGTAAACTGGTCCAGGAAACGATAAC
gi|111578 : A--T-GATG----------------A--------------------TC-ACG---------AGGA--TT-CGA---TCC---T---------------------------G-ATGAA-A---TTGAC-------GAATC--GC------ACAT----TT---T-GTG-A--ATGT-A-AA-CTG-----GTCCAGG---AA--ACG-ATA-----------ACT--TGGATACT----AACATGAC----C--A----CG--G---ACCT-AT--------A-------C--A------A---T-T-CA---T-GA-CT-TTT---GACTGAGACC----TTttggatactaacatgaccacggacctatacaattcatgacttttgactgagacctt
gi|111579 : tgactgggaccttttttatttc--------------------CC-ATG---------AGGAA-TT-TGA---TTT---TAT------CACA-A-G----AA--TGCA-ATGAA-A---TTGAC-------GAGTC--AC------ACAT----TT---T-GTGAA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----A---AG--ATG-ATA-----------AAG--T-GATATT----AACATGAC----C--A----AG--G---ACCT-ACACTTCTGTA-------C--A------A---T-T-CA---C-GA-AA-ATT---TACTGGGACC----TTTCA-
gi|111580 : ATG---A-AA-TTT---T--T-ATT-TCAGGA------TG-----A-TCACGA--TA-ATTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACAAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111580 : G-ATGAA-A---TTGAC-------AAATC--GC------ACAT----TT---T-GTGAA--TT-T-A-AA-CTG-----GTCCAGG---AG--ACG-ATA-----------ACT--TGGATACT----AACATGACTA--C--G----GGCCC---A----T---------G-------C--A------A---T-T-CA---T-GA-AT-TTT---GACCAAGATC----TTttggatactaacatgactacgggcccatgcaattcatgaattttgaccaagatctt
gi|111581 : atgaaatttttatttcaggatgatcacgataattcgattatATG---A-AA-TTT---T--T-ATT-TCAGGA------TG-----A-TCACGA--TA-ATTCGATT--ACG-ATGA-A-A--TTGACAAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTTCAGGAGACGATAA
gi|111582 : TT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-AGTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATTG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCTGGAGACGATAACtttggatactaacataaccacggg
gi|111582 : --TT-TTA---TTT---CATGATGATCACG-A-GGAGTCGATTATG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--GC------ACAT----TT---T-GTGAA--TT-T-A-AA-CTG-----GTCCTGG---AG--ACG-ATA-----------ACT--TGGATACT----AACATGAC----C--AC---GG--GCCTA----T---------G-------C--A------A---T-T-GA---T-GA-AC-TTT---GACTAAGACC----TTttggatactaacatgaccacgggcctatgcaattgatgaactttgactaagacctt
gi|111583 : T--ACG--T-----T----TC---T-GTGAA--AT-T-A-AG-CTG-----G-----G---AG--ATG-ATA-----------AAA--TGGATATC----AACATGAC----C--G----CG-----------A---------G-------CCTA------GGT-T-T-TG---T-GA-AT-TTT---GATTGG
gi|111584 : T-T-C-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACG--TGGATATC----AACATGAC----CACG----GG--G---A----A---------A-------G--A------C---T-T-CG---T-GA-TC-TTT---GGCTAGGACC----TTGCA-TT----TCTAAATG---C-AT-TTT---T--T-AT
gi|111585 : TGAATGACAC-GA-TTTGGAT--A-ATT-CCATGA------TG-----A-CCATAA--GA-ATTTGATT---TT-ATCACA-G--GTAACGAATCC-C-ACA-TTTT--GAGA-----------------AATTAAATTG-----GGAGACAATAA
gi|111585 : A--T-GATG----------------A--------------------CC-ATA---------AGAA--TT-TGA---TTT---TAT------CACA-G-G------------------------TAAC-------GAATC--CC------ACAT----TT---T-GAGAA--AT-T-A-AA-TTG-----G-----G---AG--ACA-ATA-----------A
gi|111586 : tgaatgacacgatttggataattccA--C-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---GAT------CACA-A-G----TG--TGCG-ACGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--T--ACA----------------------T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------AC
gi|111587 : ttttattccA--C-GATT----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT----AT------CAAA-A-G----CA--TGCG-ATGAA-A---TTCAT-------GAATT--ACA--TACATAT----TT---T-GTGAA--AT-T-A-AA-CTT-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------AC
gi|111588 : tttcttccT---T--T-ATA-TCACAG------CG-------TTGCGATGAG-ATT-GATT--ATG-ATGA-A-AT-TTGAC-AATCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAA
gi|111589 : A--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TATATAT----TT---T-GTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACT-ATA-----------AC
gi|111590 : --TGCG-ATGAC-A---TTGAT-------GAATT--ACG--CATATAT----TT---T-GTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------AC
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333 11111111 333333 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111
lowQualScore : 3 3 3 3 3 3 3 3 44 33 44 2 33 33 777777 77 22 2 4444444444444444444444444444444444444 1 777777777 44 1 555 777 555555 3333 33333333 1 1 222 5555555 22 444444 3333 222 1 3 22 1 1 1 1 33333 99999 222 22 1 88888888888 666 4444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 1 555 1 1 1 333 4444 2 5555 66666 2 333 22 2 2 555555 44444 1 22 1 666 1 1 1 44 1 1 1 22 44444444444444444
lowQualScore : . . . . . . . . .. .. .. . .. .. ...... .. .. . ..................................... . ......... .. . ... ... ...... .... ........ . . ... ....... .. ...... .... ... . . .. . . . . ..... ..... ... .. . ........... ... .... ......................................................... . . ... . . . ... .... . .... ..... . ... .. . . ...... ..... . .. . ... . . . .. . . . .. .................
lowQualScore : 6 6 6 3 3 1 1 1 22 11 22 9 99 99 777777 33 88 0 3333333333333333333333333333333333333 9 666666666 33 8 000 555 222222 2222 11111111 7 7 999 4444444 22 444444 4444 888 6 7 22 5 5 5 5 88888 22222 777 11 5 88888888888 333 0000 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 9 222 9 9 9 222 0000 5 7777 22222 4 777 99 1 2 555555 88888 9 66 9 222 9 9 9 55 9 9 9 66 00000000000000000
consensus : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-A--TGTCGG--ATCGTT-TAATTNGGGC--ACCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TA-ACAT----TT---T-GTGNA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACG--TGGATATC----AACATGAC----C--G----GG--G---A----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
Reference ( family-621 ) : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-A--TGTCGG--ATCGTT-TAATTNGGGC--ACCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TA-ACAT----TT---T-GTGNA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACG--TGGATATC----AACATGAC----C--G----GG--G---A----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111560 : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAATGTCGGG-GAGAGTGG-A--TGTTGG--ATCGTT-TAACTTGGGC--ACCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TATATAT----TT---T-GTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACT-ATA-----------ACA--TGGATATC----AACATGAC----C--G----GG--G---A----A---------A-------T--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACT----TTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTTGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACTATAAC
gi|111561 : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CACCC-AAATGTCGGT-GAGAGTGA-A--TGTCCG--ATCGTT-TGATTAGGGC--ATCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------CTGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-A----CT--TGCG-ATGAC-A---TTGAT-------GAATT--ACG--CATATAT----TT---T-GTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACA--TGGATATC----AACATGAT----CACG----GG--A---A----A---------A-------T--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCA-TA----TTTAAATG---A-AA-TTT---T--T-ATT-TCAGGA------TG-----A-TCACGA--TA-ATTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACAAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111562 : TTTA-TCT-CGC-A-TTACC-AACCA-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-A--TGACGG--ATCGTT-TAATTAGGGT--ACCT------AATCTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GTAA--TT-TTA---TTT---CAT------CACA-A-G----CA--TGCA-ATGAA-A---TTGAT-------GAATT--ACG--TATATAT----GG---T-GTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AT--ACG-ATA-----------ACA--TGGATATT----AACATGAT----CACG----GG--G---A----A---------A-------T--A------G---T-T-TC---T-GA-AT-TTT---AACTGGGACT----TTGCA-TA----TTTAAATG---A-AA-TTT---T--T-ATT-TCAGGA------TG-----A-TCACGA--TA-ATTCGATT--ACG-ATGA-A-A--TTGACAAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTTCAGGAGACGATAA
gi|111563 : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAACGTCGGT-GAGAGTGG-A--TATCGG--ATCGTT-TAATTAGGGC--ACCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATA---------GGAA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------AAATT--ACG--TATATAT----TT---T-GTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----A-----T---GG--ACG-ATA-----------ACA--TGGATATT----ATCATGAC----CAAG----GG--G---A----A---------A-------T--A------G---T-T-AG---T-GA-AT-TTT---GACTGTGACC----CTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-AGTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATTG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCTGGAGACGATAAC
gi|111564 : TTTA-TCT-CGC-A-CTATC-CGCCC-AAATGTTGGT-GAGAGTGG-A--TGTCAG--ATCGTT-TAATTAGGGC--ACTT------ATACTA--TA--T-GATG----------------ATTTCATTCCACGATGG----CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACT-A-G----TG--TGCG-ATGAA-A---TTAAT-------GGATA--ATG--TATATGT----TT---T-GTGTACTAT-TTA-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------GCG--TGGACATC----AACATGAC----C--GC---GGT-G---A----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-AA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCG-TA----TTTAAATG---T-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACAA--AG-ATTCGATT--CTG-ATGA-A-------------------CA-TTAT--GTGA-----------------ATCTTAACTGGTCCAGTAGACGATAAC
gi|111565 : TTTA-TCTGCGC-A-CTACTGTACCC-GCATGTCGATAGAGAGTGA-T--TGTTGG--ATCGTT-TAA-TGGGGT--TGCT------AAAC
gi|111566 : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CACCC-AAATGTAGGT-GAGAGTGG-A--TGTCGG--AT-GTT-TAATTGGGGC--ACCT------AA
gi|111567 : TTTA-TCT-CGCGA-CTAAC-CGCCCTAAATGTCGGT-GAGGGTGG-ATCTGTTGGGTGTCGTT-TAAATTTGGCTTA-CT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CCTATT---------GGCATTTT-TTA---TTTTG-TAT------CACAGA-GT---CG--TGCG-ATAAATA---TTT-T-------GGATC--ACT--TG-ACAT----TTACAC-GTATA--AT-T---AA-CTG-----G-----AGTCAA--TCGAATA-----------ACGGATGGATATC----AACATGGA----C--G----CG--G---G----A---------A-------T--A------GTTTT-T-CGT--T-GATAT-TTTTGAGACTGGGTTCATGTTTGCGTTA----TTTAAATG---C-AAGTTT---TTGT-ATT-GCATGA------TG-----ATTCACGA--GG--TTTGATT--ATG-AGGA-ATA--TGTACGAATCA-C-ACA-TTTTTGGTGAATTTTATTTTTTTTTATATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111568 : TTTA-AAT-CGC-A-CTAAC-CGCCA-AAACGTCAGT-GCGAGTGG-A--T-----------TT---ATTAAGGC--ACCTGATGTAAAACTA--TA--T-GATG----------------AATGACACGATTTGGATAATTCC-ATGATGACCATAAGAA--TT-TGA---TTT---TAT------CACA-G-G------------------------TAAC-------GAATC--CC------ACAT----TT---T-GAGAA--AT-T-A-AA-TTG-----G-----G---AG--ACA-ATA-----------AAG--TGGGTATTTTAAAACATGAC----C--A----AG--C---G----CCT-------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTTGGACG----ATGGA-CA----TATAACTA---C-AG-TTT---T--T-ATT-CCATGAGGAATTTGATTTTA-TCACAA--GA-ATGC--------A-ATGA-A-A--TTGACGAGTCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------AATTAAACTG-----GAAGATGATAA
gi|111569 : TTTAATCT-CGA-AACTAC---GCCC-AAATGTCGGT-GAGAG--G-A--TGTTGA--ATCGTTCTAATTTGGGC--AC-T------AAACTA--TA--T-GATGA---------------A--------------------CC-ATG---------GGG---TT-TTA---TTTA--TAT------CAC--A-G----CGT-TGCG-ATGAG-A---TTGATTATGATGAAATTTGACAATCACACAT----TT---T-GTGAA--TT-T-A-AA-CTGGTCCAG-----G---AG--ACG-ATA-----------A----TGGATA-C----AAAATGACCCGTC--G----CG--G---GCCTTA---------A-------T--A------G---TATATGCATT-GA-TT-TTT---GACCTGGGCC----T-----------TTTAAAT
gi|111570 : -TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-C--TG-------------------------ACCT------AAACTA--TA--T-GATGGTTTTATTCCACGATGA--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---GAT------CACA-A-G----TG--TGCG-ACGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--T--ACA----------------------T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACG--TGGATATC----AACATGACCA--C--G----GG--G---C----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----T---------------------------TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATC--CTG-ATGA-A-A--TTGACGAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATGTAAACTGGTCCAGGAAACGATAAC
gi|111571 : -CTACC-C---C-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-A--TG------ATGACT-TTCTTC---C--AC----------------------GATT----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT----AT------CAAA-A-G----CA--TGCG-ATGAA-A---TTCAT-------GAATT--ACA--TACATAT----TT---T-GTGAA--AT-T-A-AA-CTT-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACT--TGGATATC----AACATGAC----CACG----GG--G---A----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AC-TTT---TACTGGGACC----TTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATT--CTG-ATGA-A-A--TTGACAAATTG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATGA
gi|111572 : CCC-AAAATTCGGT-GAGAGTGGAA--TGTCGG--ATCGTT-TAATTA-GGC--ACCT-------AACTAG-TC--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTAAATTTT---TAT------CAC----------------------A-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TA-ATATCATATT---T-GTGT---AT-T-ACAACCTG-----G-----G---AGAAACG-ATAT----------ACA--ATGATATC----AACATGACAA--C--G----GG--A---A----A---------A-------T--AT-----T---T-T-CG---TGGA-AT-TTT---GACT-GGACC-----TGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TC-CGA--GGAATTCGATTTAATG-ATGA-A-AATTTGACG-ATCG-CAACATTTTT--GTGA-----------------A-TAAAACTGGTCT-GGAGACGATAA
gi|111573 : aCCT------AAACTAAATAAAT-GATG----------------A--------------------CA-ACG---------GGGA--TTATTA---TTTATTTAT------CACA-AAG----CG--TGCG-ATGAA-AATATGAAC-------GAATT--ACG--TATAC-T----TT---T-GTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----A---GA--ACG-ATA-----------ACG--TGGATAAC----AACATGAC----C--AC---GG--G---A----A---------A-------T--A------G---T-T-CG---T-GA-ATCTTT---GACTGGAACA----TTGCA-TA----TCTAAATG---CAAA-TTT---T--TAATTATCATGA------TG-----A-TCA-GA--GG-ATTCGAAT--CTGAATGA-A-A--ATGACGAATCGAC-ACA-TTTT--G
gi|111574 : tcggtaaactgatggaaacgtcggactcagtgacacaagaccTT-TAATTTGGGC--ACT--------AACTA--TT--TTGATG----------------A--------------------CC-ATG---------GAGA--TT-TTAA--TTT---TAT------CACA---G----CG--TGCGGATGAA-A---TTGAT-------GAATT--ACG--TA-TAAT----TT---TTGTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATACATTGAATATAACA--TTGATATC----AACATGAC----C--G----GG--G---A----A---------A-------T--ACGAGTAG---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCA-TAATCATTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCATGA--GG-ATTTGATT--CTG-ATGA-A-A--TTGACGAATCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111575 : ATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTTGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACTATAAC
gi|111576 : ATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATT--CTG-ATGA-A-A--TTGACAAATTG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATGA
gi|111576 : A--T-GATG----------------A--------------------TC-ACG---------AGGA--TT-CGA---TTC---T---------------------------G-ATGAA-A---TTGAC-------AAATT--GC------ACAT----TT---T-GTGAA--TT-T-A-AA-CTG-----GTCCAGG---AG--ACG-ATG-----------ATT--TGGATACT----AACATGAC----C--AC---GG--GCCTA----T---------A-------C--A------A---T-T-CA---T-GA-AT-TTT---GATTGAGACC----TTtttggatactaacatgaccacgggcctatacaattcatgaattttgattgagacctt
gi|111577 : ATGA------TG-----A-TCATGA--GG-ATTTGATT--CTG-ATGA-A-A--TTGACGAATCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111577 : A--T-GATG----------------A--------------------TC-ATG---------AGGA--TT-TGA---TTC---T---------------------------G-ATGAA-A---TTGAC-------GAATC--AC------ACAT----TT---T-GTGAA--TT-T-A-AA-CTG-----GTCCAGG---AG--ACG-ATA-----------ACT--TGGATGCT----AACATGAC----C--ACGCCGC--G---AGCCTA---------ATAGTATGC--A------A---T-C-CA---T-GA-AT-TTT---GACCTAGACC----TTttggatgctaacatgaccacgccgcgagcctaatagtatgcaatccatgaattttgacctagacctt
gi|111578 : T---GACTGGGACC----TT---------------------------TT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATC--CTG-ATGA-A-A--TTGACGAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATGTAAACTGGTCCAGGAAACGATAAC
gi|111578 : A--T-GATG----------------A--------------------TC-ACG---------AGGA--TT-CGA---TCC---T---------------------------G-ATGAA-A---TTGAC-------GAATC--GC------ACAT----TT---T-GTG-A--ATGT-A-AA-CTG-----GTCCAGG---AA--ACG-ATA-----------ACT--TGGATACT----AACATGAC----C--A----CG--G---ACCT-AT--------A-------C--A------A---T-T-CA---T-GA-CT-TTT---GACTGAGACC----TTttggatactaacatgaccacggacctatacaattcatgacttttgactgagacctt
gi|111579 : tgactgggaccttttttatttc--------------------CC-ATG---------AGGAA-TT-TGA---TTT---TAT------CACA-A-G----AA--TGCA-ATGAA-A---TTGAC-------GAGTC--AC------ACAT----TT---T-GTGAA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----A---AG--ATG-ATA-----------AAG--T-GATATT----AACATGAC----C--A----AG--G---ACCT-ACACTTCTGTA-------C--A------A---T-T-CA---C-GA-AA-ATT---TACTGGGACC----TTTCA-
gi|111580 : ATG---A-AA-TTT---T--T-ATT-TCAGGA------TG-----A-TCACGA--TA-ATTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACAAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111580 : G-ATGAA-A---TTGAC-------AAATC--GC------ACAT----TT---T-GTGAA--TT-T-A-AA-CTG-----GTCCAGG---AG--ACG-ATA-----------ACT--TGGATACT----AACATGACTA--C--G----GGCCC---A----T---------G-------C--A------A---T-T-CA---T-GA-AT-TTT---GACCAAGATC----TTttggatactaacatgactacgggcccatgcaattcatgaattttgaccaagatctt
gi|111581 : atgaaatttttatttcaggatgatcacgataattcgattatATG---A-AA-TTT---T--T-ATT-TCAGGA------TG-----A-TCACGA--TA-ATTCGATT--ACG-ATGA-A-A--TTGACAAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTTCAGGAGACGATAA
gi|111582 : TT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-AGTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATTG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCTGGAGACGATAACtttggatactaacataaccacggg
gi|111582 : --TT-TTA---TTT---CATGATGATCACG-A-GGAGTCGATTATG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--GC------ACAT----TT---T-GTGAA--TT-T-A-AA-CTG-----GTCCTGG---AG--ACG-ATA-----------ACT--TGGATACT----AACATGAC----C--AC---GG--GCCTA----T---------G-------C--A------A---T-T-GA---T-GA-AC-TTT---GACTAAGACC----TTttggatactaacatgaccacgggcctatgcaattgatgaactttgactaagacctt
gi|111583 : T--ACG--T-----T----TC---T-GTGAA--AT-T-A-AG-CTG-----G-----G---AG--ATG-ATA-----------AAA--TGGATATC----AACATGAC----C--G----CG-----------A---------G-------CCTA------GGT-T-T-TG---T-GA-AT-TTT---GATTGG
gi|111584 : T-T-C-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACG--TGGATATC----AACATGAC----CACG----GG--G---A----A---------A-------G--A------C---T-T-CG---T-GA-TC-TTT---GGCTAGGACC----TTGCA-TT----TCTAAATG---C-AT-TTT---T--T-AT
gi|111585 : TGAATGACAC-GA-TTTGGAT--A-ATT-CCATGA------TG-----A-CCATAA--GA-ATTTGATT---TT-ATCACA-G--GTAACGAATCC-C-ACA-TTTT--GAGA-----------------AATTAAATTG-----GGAGACAATAA
gi|111585 : A--T-GATG----------------A--------------------CC-ATA---------AGAA--TT-TGA---TTT---TAT------CACA-G-G------------------------TAAC-------GAATC--CC------ACAT----TT---T-GAGAA--AT-T-A-AA-TTG-----G-----G---AG--ACA-ATA-----------A
gi|111586 : tgaatgacacgatttggataattccA--C-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---GAT------CACA-A-G----TG--TGCG-ACGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--T--ACA----------------------T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------AC
gi|111587 : ttttattccA--C-GATT----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT----AT------CAAA-A-G----CA--TGCG-ATGAA-A---TTCAT-------GAATT--ACA--TACATAT----TT---T-GTGAA--AT-T-A-AA-CTT-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------AC
gi|111588 : tttcttccT---T--T-ATA-TCACAG------CG-------TTGCGATGAG-ATT-GATT--ATG-ATGA-A-AT-TTGAC-AATCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAA
gi|111589 : A--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TATATAT----TT---T-GTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACT-ATA-----------AC
gi|111590 : --TGCG-ATGAC-A---TTGAT-------GAATT--ACG--CATATAT----TT---T-GTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------AC
blockSeqs : A G G A G T A A TC TC GT C AG TT GATGTA AA AA T AATGACACGATTTGGATAATT T ATGACCATA TT A AAT ATT GATGAT AGA GAGTCGAT G T ATA TATGATG TG AATCAC CATA ACA T T CT G T C C GTCCA TCCAG GTC AA A CATTGAATATA GGA TTAA CACGCCGCGAGCCTAATAGTATGCAA A A CAT G T C TGA ATGT T ATCA ACAC G GGA TG A A GGAATT ATTTT T TG A TAA A C T AT A A T TG ATTTTATTTTTTTTTAT
blockSeqs : . . . . . . . . . AC . . AG . . G . . ATTTCATTCCACGATGG . . A . A TG . AAA TCG . . . . . GCAT . . . T . . . . . . TCCAG . . . T A . CAAGGACCTACACTTCTGTACAA . . T . . . . . . . CA . . . . . . . . . . A . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TC . . AG . . . . . GTTTTATTCCACGATGA . . . . . A . AA CGT . . . . . GTAT . . . T . . . . . . TCCAG . . . . A . CCGTCGCGGGCCTTAATAG . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TC . . AG . . . . . AA . . . . . . . AA CT . . . . . GTAT . . . T . . . . . . TCCAG . . . . A . CGGGGAAATACGAGTAG . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TT . . GG . . . . . A . . . . . . . AA CA . . . . . GTAT . . . T . . . . . . TCCTG . . . . G . CACGGGCCTATACAA . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TC . . GG . . . . . A . . . . . . . TA CG . . . . . ATAC . . . A . . . . . . . . . . . G . CACGGACCTATACAA . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TT . . TT . . . . . A . . . . . . . AG TG . . . . . GTAT . . . A . . . . . . . . . . . G . TACGGGCCCATGCAA . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TT . . AA . . . . . A . . . . . . . AA TG . . . . . ATAC . . . A . . . . . . . . . . . T . CACGGGCCTATGCAA . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TC . . TG . . . . . A . . . . . . . AA CA . . . . . GTAT . . . T . . . . . . . . . . . A . CGCGGGAATAGTTT . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TG . . . . . A . . . . . . . AA CG . . . . . GCAT . . . T . . . . . . . . . . . G . AACGGGAAAATATT . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . . A . . . . . . . GA CG . . . . . TTG . . . T . . . . . . . . . . . A . CACGGGAAAATAG . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . AG AA . . . . . GTA . . . A . . . . . . . . . . . T . CACGGGGAAATAG . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . AA TG . . . . . GTA . . . A . . . . . . . . . . . T . CAAGGGGAAATAG . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . AA CA . . . . . GT . . . A . . . . . . . . . . . T . CGCGGTGAAACAG . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . AA CG . . . . . GT . . . A . . . . . . . . . . . G . CAAGCGCCTACAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . A . . . . . . GT . . . A . . . . . . . . . . . T . CACGGGGCAACAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . A . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T . CACGGGGAAACAG . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . CGCGAGCCTAGGT . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . CACGGGGAAAGAC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . CACGGGAAATAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-A--TGTCGG--ATCGTT-TAATTNGGGC--ACCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TA-ACAT----TT---T-GTGNA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACG--TGGATATC----AACATGAC----C--G----GG--G---A----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
finalCons : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-A--TGTCGG--ATCGTT-TAATTNGGGC--ACCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TA-ACAT----TT---T-GTGNA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACG--TGGATATC----AACATGAC----C--G----GG--G---A----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333 11111111 333333 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111
lowQualScore : 3 3 3 3 3 3 3 3 44 33 44 2 33 33 777777 77 22 2 4444444444444444444444444444444444444 1 777777777 44 1 555 777 555555 3333 33333333 1 1 222 5555555 22 444444 3333 222 1 3 22 1 1 1 1 33333 99999 222 22 1 88888888888 666 4444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 1 555 1 1 1 333 4444 2 5555 66666 2 333 22 2 2 555555 44444 1 22 1 666 1 1 1 44 1 1 1 22 44444444444444444
lowQualScore : . . . . . . . . .. .. .. . .. .. ...... .. .. . ..................................... . ......... .. . ... ... ...... .... ........ . . ... ....... .. ...... .... ... . . .. . . . . ..... ..... ... .. . ........... ... .... ......................................................... . . ... . . . ... .... . .... ..... . ... .. . . ...... ..... . .. . ... . . . .. . . . .. .................
lowQualScore : 6 6 6 3 3 1 1 1 22 11 22 9 99 99 777777 33 88 0 3333333333333333333333333333333333333 9 666666666 33 8 000 555 222222 2222 11111111 7 7 999 4444444 22 444444 4444 888 6 7 22 5 5 5 5 88888 22222 777 11 5 88888888888 333 0000 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 9 222 9 9 9 222 0000 5 7777 22222 4 777 99 1 2 555555 88888 9 66 9 222 9 9 9 55 9 9 9 66 00000000000000000
consensus : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-A--TGTCGG--ATCGTT-TAATTNGGGC--ACCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TA-ACAT----TT---T-GTGNA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACG--TGGATATC----AACATGAC----C--G----GG--G---A----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
Reference ( family-621 ) : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-A--TGTCGG--ATCGTT-TAATTNGGGC--ACCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TA-ACAT----TT---T-GTGNA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACG--TGGATATC----AACATGAC----C--G----GG--G---A----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111560 : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAATGTCGGG-GAGAGTGG-A--TGTTGG--ATCGTT-TAACTTGGGC--ACCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TATATAT----TT---T-GTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACT-ATA-----------ACA--TGGATATC----AACATGAC----C--G----GG--G---A----A---------A-------T--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACT----TTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTTGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACTATAAC
gi|111561 : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CACCC-AAATGTCGGT-GAGAGTGA-A--TGTCCG--ATCGTT-TGATTAGGGC--ATCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------CTGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-A----CT--TGCG-ATGAC-A---TTGAT-------GAATT--ACG--CATATAT----TT---T-GTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACA--TGGATATC----AACATGAT----CACG----GG--A---A----A---------A-------T--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCA-TA----TTTAAATG---A-AA-TTT---T--T-ATT-TCAGGA------TG-----A-TCACGA--TA-ATTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACAAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111562 : TTTA-TCT-CGC-A-TTACC-AACCA-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-A--TGACGG--ATCGTT-TAATTAGGGT--ACCT------AATCTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GTAA--TT-TTA---TTT---CAT------CACA-A-G----CA--TGCA-ATGAA-A---TTGAT-------GAATT--ACG--TATATAT----GG---T-GTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AT--ACG-ATA-----------ACA--TGGATATT----AACATGAT----CACG----GG--G---A----A---------A-------T--A------G---T-T-TC---T-GA-AT-TTT---AACTGGGACT----TTGCA-TA----TTTAAATG---A-AA-TTT---T--T-ATT-TCAGGA------TG-----A-TCACGA--TA-ATTCGATT--ACG-ATGA-A-A--TTGACAAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTTCAGGAGACGATAA
gi|111563 : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAACGTCGGT-GAGAGTGG-A--TATCGG--ATCGTT-TAATTAGGGC--ACCT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CC-ATA---------GGAA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------AAATT--ACG--TATATAT----TT---T-GTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----A-----T---GG--ACG-ATA-----------ACA--TGGATATT----ATCATGAC----CAAG----GG--G---A----A---------A-------T--A------G---T-T-AG---T-GA-AT-TTT---GACTGTGACC----CTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-AGTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATTG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCTGGAGACGATAAC
gi|111564 : TTTA-TCT-CGC-A-CTATC-CGCCC-AAATGTTGGT-GAGAGTGG-A--TGTCAG--ATCGTT-TAATTAGGGC--ACTT------ATACTA--TA--T-GATG----------------ATTTCATTCCACGATGG----CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACT-A-G----TG--TGCG-ATGAA-A---TTAAT-------GGATA--ATG--TATATGT----TT---T-GTGTACTAT-TTA-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------GCG--TGGACATC----AACATGAC----C--GC---GGT-G---A----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-AA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCG-TA----TTTAAATG---T-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACAA--AG-ATTCGATT--CTG-ATGA-A-------------------CA-TTAT--GTGA-----------------ATCTTAACTGGTCCAGTAGACGATAAC
gi|111565 : TTTA-TCTGCGC-A-CTACTGTACCC-GCATGTCGATAGAGAGTGA-T--TGTTGG--ATCGTT-TAA-TGGGGT--TGCT------AAAC
gi|111566 : TTTA-TCT-CGC-A-CTACC-CACCC-AAATGTAGGT-GAGAGTGG-A--TGTCGG--AT-GTT-TAATTGGGGC--ACCT------AA
gi|111567 : TTTA-TCT-CGCGA-CTAAC-CGCCCTAAATGTCGGT-GAGGGTGG-ATCTGTTGGGTGTCGTT-TAAATTTGGCTTA-CT------AAACTA--TA--T-GATG----------------A--------------------CCTATT---------GGCATTTT-TTA---TTTTG-TAT------CACAGA-GT---CG--TGCG-ATAAATA---TTT-T-------GGATC--ACT--TG-ACAT----TTACAC-GTATA--AT-T---AA-CTG-----G-----AGTCAA--TCGAATA-----------ACGGATGGATATC----AACATGGA----C--G----CG--G---G----A---------A-------T--A------GTTTT-T-CGT--T-GATAT-TTTTGAGACTGGGTTCATGTTTGCGTTA----TTTAAATG---C-AAGTTT---TTGT-ATT-GCATGA------TG-----ATTCACGA--GG--TTTGATT--ATG-AGGA-ATA--TGTACGAATCA-C-ACA-TTTTTGGTGAATTTTATTTTTTTTTATATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111568 : TTTA-AAT-CGC-A-CTAAC-CGCCA-AAACGTCAGT-GCGAGTGG-A--T-----------TT---ATTAAGGC--ACCTGATGTAAAACTA--TA--T-GATG----------------AATGACACGATTTGGATAATTCC-ATGATGACCATAAGAA--TT-TGA---TTT---TAT------CACA-G-G------------------------TAAC-------GAATC--CC------ACAT----TT---T-GAGAA--AT-T-A-AA-TTG-----G-----G---AG--ACA-ATA-----------AAG--TGGGTATTTTAAAACATGAC----C--A----AG--C---G----CCT-------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTTGGACG----ATGGA-CA----TATAACTA---C-AG-TTT---T--T-ATT-CCATGAGGAATTTGATTTTA-TCACAA--GA-ATGC--------A-ATGA-A-A--TTGACGAGTCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------AATTAAACTG-----GAAGATGATAA
gi|111569 : TTTAATCT-CGA-AACTAC---GCCC-AAATGTCGGT-GAGAG--G-A--TGTTGA--ATCGTTCTAATTTGGGC--AC-T------AAACTA--TA--T-GATGA---------------A--------------------CC-ATG---------GGG---TT-TTA---TTTA--TAT------CAC--A-G----CGT-TGCG-ATGAG-A---TTGATTATGATGAAATTTGACAATCACACAT----TT---T-GTGAA--TT-T-A-AA-CTGGTCCAG-----G---AG--ACG-ATA-----------A----TGGATA-C----AAAATGACCCGTC--G----CG--G---GCCTTA---------A-------T--A------G---TATATGCATT-GA-TT-TTT---GACCTGGGCC----T-----------TTTAAAT
gi|111570 : -TCT-CGC-A-CTACC-CGCCC-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-C--TG-------------------------ACCT------AAACTA--TA--T-GATGGTTTTATTCCACGATGA--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---GAT------CACA-A-G----TG--TGCG-ACGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--T--ACA----------------------T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACG--TGGATATC----AACATGACCA--C--G----GG--G---C----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----T---------------------------TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATC--CTG-ATGA-A-A--TTGACGAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATGTAAACTGGTCCAGGAAACGATAAC
gi|111571 : -CTACC-C---C-AAATGTCGGT-GAGAGTGG-A--TG------ATGACT-TTCTTC---C--AC----------------------GATT----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT----AT------CAAA-A-G----CA--TGCG-ATGAA-A---TTCAT-------GAATT--ACA--TACATAT----TT---T-GTGAA--AT-T-A-AA-CTT-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACT--TGGATATC----AACATGAC----CACG----GG--G---A----A---------A-------C--A------G---T-T-CG---T-GA-AC-TTT---TACTGGGACC----TTGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATT--CTG-ATGA-A-A--TTGACAAATTG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATGA
gi|111572 : CCC-AAAATTCGGT-GAGAGTGGAA--TGTCGG--ATCGTT-TAATTA-GGC--ACCT-------AACTAG-TC--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTAAATTTT---TAT------CAC----------------------A-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TA-ATATCATATT---T-GTGT---AT-T-ACAACCTG-----G-----G---AGAAACG-ATAT----------ACA--ATGATATC----AACATGACAA--C--G----GG--A---A----A---------A-------T--AT-----T---T-T-CG---TGGA-AT-TTT---GACT-GGACC-----TGCA-TA----TTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TC-CGA--GGAATTCGATTTAATG-ATGA-A-AATTTGACG-ATCG-CAACATTTTT--GTGA-----------------A-TAAAACTGGTCT-GGAGACGATAA
gi|111573 : aCCT------AAACTAAATAAAT-GATG----------------A--------------------CA-ACG---------GGGA--TTATTA---TTTATTTAT------CACA-AAG----CG--TGCG-ATGAA-AATATGAAC-------GAATT--ACG--TATAC-T----TT---T-GTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----A---GA--ACG-ATA-----------ACG--TGGATAAC----AACATGAC----C--AC---GG--G---A----A---------A-------T--A------G---T-T-CG---T-GA-ATCTTT---GACTGGAACA----TTGCA-TA----TCTAAATG---CAAA-TTT---T--TAATTATCATGA------TG-----A-TCA-GA--GG-ATTCGAAT--CTGAATGA-A-A--ATGACGAATCGAC-ACA-TTTT--G
gi|111574 : tcggtaaactgatggaaacgtcggactcagtgacacaagaccTT-TAATTTGGGC--ACT--------AACTA--TT--TTGATG----------------A--------------------CC-ATG---------GAGA--TT-TTAA--TTT---TAT------CACA---G----CG--TGCGGATGAA-A---TTGAT-------GAATT--ACG--TA-TAAT----TT---TTGTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATACATTGAATATAACA--TTGATATC----AACATGAC----C--G----GG--G---A----A---------A-------T--ACGAGTAG---T-T-CG---T-GA-AT-TTT---GACTGGGACC----TTGCA-TAATCATTTAAATG---C-AA-TTT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCATGA--GG-ATTTGATT--CTG-ATGA-A-A--TTGACGAATCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111575 : ATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTTGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACTATAAC
gi|111576 : ATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATT--CTG-ATGA-A-A--TTGACAAATTG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATGA
gi|111576 : A--T-GATG----------------A--------------------TC-ACG---------AGGA--TT-CGA---TTC---T---------------------------G-ATGAA-A---TTGAC-------AAATT--GC------ACAT----TT---T-GTGAA--TT-T-A-AA-CTG-----GTCCAGG---AG--ACG-ATG-----------ATT--TGGATACT----AACATGAC----C--AC---GG--GCCTA----T---------A-------C--A------A---T-T-CA---T-GA-AT-TTT---GATTGAGACC----TTtttggatactaacatgaccacgggcctatacaattcatgaattttgattgagacctt
gi|111577 : ATGA------TG-----A-TCATGA--GG-ATTTGATT--CTG-ATGA-A-A--TTGACGAATCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111577 : A--T-GATG----------------A--------------------TC-ATG---------AGGA--TT-TGA---TTC---T---------------------------G-ATGAA-A---TTGAC-------GAATC--AC------ACAT----TT---T-GTGAA--TT-T-A-AA-CTG-----GTCCAGG---AG--ACG-ATA-----------ACT--TGGATGCT----AACATGAC----C--ACGCCGC--G---AGCCTA---------ATAGTATGC--A------A---T-C-CA---T-GA-AT-TTT---GACCTAGACC----TTttggatgctaacatgaccacgccgcgagcctaatagtatgcaatccatgaattttgacctagacctt
gi|111578 : T---GACTGGGACC----TT---------------------------TT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-ATTCGATC--CTG-ATGA-A-A--TTGACGAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATGTAAACTGGTCCAGGAAACGATAAC
gi|111578 : A--T-GATG----------------A--------------------TC-ACG---------AGGA--TT-CGA---TCC---T---------------------------G-ATGAA-A---TTGAC-------GAATC--GC------ACAT----TT---T-GTG-A--ATGT-A-AA-CTG-----GTCCAGG---AA--ACG-ATA-----------ACT--TGGATACT----AACATGAC----C--A----CG--G---ACCT-AT--------A-------C--A------A---T-T-CA---T-GA-CT-TTT---GACTGAGACC----TTttggatactaacatgaccacggacctatacaattcatgacttttgactgagacctt
gi|111579 : tgactgggaccttttttatttc--------------------CC-ATG---------AGGAA-TT-TGA---TTT---TAT------CACA-A-G----AA--TGCA-ATGAA-A---TTGAC-------GAGTC--AC------ACAT----TT---T-GTGAA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----A---AG--ATG-ATA-----------AAG--T-GATATT----AACATGAC----C--A----AG--G---ACCT-ACACTTCTGTA-------C--A------A---T-T-CA---C-GA-AA-ATT---TACTGGGACC----TTTCA-
gi|111580 : ATG---A-AA-TTT---T--T-ATT-TCAGGA------TG-----A-TCACGA--TA-ATTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACAAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAAC
gi|111580 : G-ATGAA-A---TTGAC-------AAATC--GC------ACAT----TT---T-GTGAA--TT-T-A-AA-CTG-----GTCCAGG---AG--ACG-ATA-----------ACT--TGGATACT----AACATGACTA--C--G----GGCCC---A----T---------G-------C--A------A---T-T-CA---T-GA-AT-TTT---GACCAAGATC----TTttggatactaacatgactacgggcccatgcaattcatgaattttgaccaagatctt
gi|111581 : atgaaatttttatttcaggatgatcacgataattcgattatATG---A-AA-TTT---T--T-ATT-TCAGGA------TG-----A-TCACGA--TA-ATTCGATT--ACG-ATGA-A-A--TTGACAAATCG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTTCAGGAGACGATAA
gi|111582 : TT---T--T-ATT-TCATGA------TG-----A-TCACGA--GG-AGTCGATT--ATG-ATGA-A-A--TTGACGAATTG-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCTGGAGACGATAACtttggatactaacataaccacggg
gi|111582 : --TT-TTA---TTT---CATGATGATCACG-A-GGAGTCGATTATG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--GC------ACAT----TT---T-GTGAA--TT-T-A-AA-CTG-----GTCCTGG---AG--ACG-ATA-----------ACT--TGGATACT----AACATGAC----C--AC---GG--GCCTA----T---------G-------C--A------A---T-T-GA---T-GA-AC-TTT---GACTAAGACC----TTttggatactaacatgaccacgggcctatgcaattgatgaactttgactaagacctt
gi|111583 : T--ACG--T-----T----TC---T-GTGAA--AT-T-A-AG-CTG-----G-----G---AG--ATG-ATA-----------AAA--TGGATATC----AACATGAC----C--G----CG-----------A---------G-------CCTA------GGT-T-T-TG---T-GA-AT-TTT---GATTGG
gi|111584 : T-T-C-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------ACG--TGGATATC----AACATGAC----CACG----GG--G---A----A---------A-------G--A------C---T-T-CG---T-GA-TC-TTT---GGCTAGGACC----TTGCA-TT----TCTAAATG---C-AT-TTT---T--T-AT
gi|111585 : TGAATGACAC-GA-TTTGGAT--A-ATT-CCATGA------TG-----A-CCATAA--GA-ATTTGATT---TT-ATCACA-G--GTAACGAATCC-C-ACA-TTTT--GAGA-----------------AATTAAATTG-----GGAGACAATAA
gi|111585 : A--T-GATG----------------A--------------------CC-ATA---------AGAA--TT-TGA---TTT---TAT------CACA-G-G------------------------TAAC-------GAATC--CC------ACAT----TT---T-GAGAA--AT-T-A-AA-TTG-----G-----G---AG--ACA-ATA-----------A
gi|111586 : tgaatgacacgatttggataattccA--C-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---GAT------CACA-A-G----TG--TGCG-ACGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--T--ACA----------------------T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------AC
gi|111587 : ttttattccA--C-GATT----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT----AT------CAAA-A-G----CA--TGCG-ATGAA-A---TTCAT-------GAATT--ACA--TACATAT----TT---T-GTGAA--AT-T-A-AA-CTT-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------AC
gi|111588 : tttcttccT---T--T-ATA-TCACAG------CG-------TTGCGATGAG-ATT-GATT--ATG-ATGA-A-AT-TTGAC-AATCA-C-ACA-TTTT--GTGA-----------------ATTTAAACTGGTCCAGGAGACGATAA
gi|111589 : A--T-GATG----------------A--------------------CC-ATG---------GGGA--TT-TTA---TTT---TAT------CACA-A-G----CG--TGCG-ATGAA-A---TTGAC-------GAATT--ACG--TATATAT----TT---T-GTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACT-ATA-----------AC
gi|111590 : --TGCG-ATGAC-A---TTGAT-------GAATT--ACG--CATATAT----TT---T-GTGTA--AT-T-A-AA-CTG-----G-----G---AG--ACG-ATA-----------AC