lowQualScore : 11111 1 2222222222222 11111 111
lowQualScore : 1 22 3 1 2 1 6 1 1 33333 9 1 555555 1 2222222222222 22 888888888888 22 77777777777 88888 1 333 1 22 333 3 1 22 1 555 222 1 888888 0 2 1 5555 1 22 3333 1 3 1 1 22 2
lowQualScore : . .. . . . . . . . ..... . . ...... . ............. .. ............ .. ........... ..... . ... . .. ... . . .. . ... ... . ...... . . . .... . .. .... . . . . .. .
lowQualScore : 9 33 3 7 3 7 8 7 7 11111 8 7 000000 7 1111111111111 22 222222222222 11 33333333333 55555 5 999 5 00 666 0 4 00 4 444 555 4 444444 2 9 4 9999 5 11 4444 6 2 6 6 33 9
consensus : CAGG-GATGTG--A-TT-GAGTTC-CTCA-GAA-ATC--G-GAGGAAAAC-T------GG-T------------CAA--A------------AAGGGAG--GA-----------AAA-C---A-CC---TCACC-C--TA--CC-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------ATTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCGTTT
Reference ( gi|112695 ) : CAGG-GATGTG--A-TT-GAATTC-CTTA-GAA-ATT--G-GAGGAATAC-T------GG-T------------GAA--A------------AAGGGAG--GA-----------AAA-G---A-CC---TCACC-C--TA--GC-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------ATTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AACATTT
gi|112697 : CAGG-GATGTG--A-TT-GATTTC-CTCA-GAA-ATC--A-AAGGAAAAC-T------GG-T------------CAA--A------------AAGG-AG--GA-----------AAA-C---G-CC---TCACC-C---A--GC-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------ATTTT-C-T----ATCA-TT--TC----A-AA-T-CAAACC-CAG--AACAT
gi|112694 : CAGG-GATGTG--A-CT-GAGCAC-CTCA-GAA-ATC--A-GAGGAAAAC-T------GG-T------------CAA--A------------AAGGGAG--GA-----------AAA-C---A-CC---TCACC-C--TA--CC-A-G--G-GAAA---A---TAT-C------ATTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-TA-T-CAAACC-CAG--AGCAT
gi|112696 : CAGG-GATGTG--A-TT-GAGTTC-CTCA-GAA-ATC--A-GAGGAAAAT-T------GG-T------------CAA--A------------AAAGGAG--AA-----------AAA-C---A-CC---TCACC-C--TT--CC-T-A--G-AAAA---A---TAT-C------ATTTT-C-T----GCAA-CT--TC----A-GG-T-CAAACA-CAG--AACATTT
gi|112702 : CAGG-GATGTG--AATT-GAATTC-CTTA-AAA-ATCAAG-AAGAAAAAC-T------GG-T------------CAA--A------------A-GGGAG--GA-----------CAA-C---A-C----TCACCGC--TA--CC-C-G--G-AAAA---A---TAT-C------ATTTTTC-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACA-CAG--AGCATTT
gi|112699 : CAGG-GATGTG--A-TT-GAGTTC-CTCA-GAA-ATC--A-GAGGAA-AC-T------GGAT------------CAA--A------------AAGG-AG--GA-----------AAA-C---A-CT---CCACC----TA--CC-T-A--G-AAAA---A---TAT-C------ATTTT-C-T----GTCA-CT--TT----T-GA-T-CAAATA-CAG--AGCGTTT
gi|112698 : CAGG-GATGTG--A-TG-GAGTTC-CTCA-GAA-ATC--A-GAGGAAAAC-T------GG-T------------CAA--A------------AAGGGAG--GA-----------AAA-C---A-CC---TCACC-C--TACCAC-A-A--A-AAAA---A---AAT-A------ATTTT-A-T----GTCA-CT--TC----A-CA-T-CAAATC-TAA--AGCATTT
gi|112703 : CAAG-AATGTG--A-TT-GAATTC-CCCA-GAA-ATC--G-GAAGAAAAC-T------GG-T------------CAA--A------------AAGAGAG--GA-----------ATA-C---A-CC---TCACA-C--CA--TC-T-G--G-AAAT---A---TAT-C------ATATT-C-G----GTCA-TT--TA----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCA
gi|112701 : CAGG-GA---G--A-CT-GAATTT-CTCA-GCA-GTC--A-GGGGGAAAC-T------GG-T------------CAT--A------------AAGGGAG--GA-----------AAA-C---A-CC---TCACC-C--TA--TC-T-G--G-AAAA---A---TAT-G------ATTTT-C-T----ATCA-CT--TT----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGTGTTT
gi|112705 : CAGG-AATGT---A-TT-GAATTC-CTCA-GAA-ATC--A-GAGAAAAAC-T------GG-T------------CAA--A------------AAAGAAG--GG-----------AAA-C---A-CC---TCACC-C--TA---T-T-G--G-AAAA---T---AAT-CGGATTAATTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A--A-T-CAAATC-CAG---ACATTT
gi|112704 : CAGG-GATGTG--A-CT-GAATAC-CTCA-GAA-ATC--A-GAGAAAAAC-T------GG-T------------CAA--A------------AAGGGAG--GA-----------AAACGCGTA-CC---TCACC-C--TA--CC-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------ACCTT-C-T----GCCA-CT--T
gi|112700 : CAGGAGATGT---A-TT-GAGTTC-CTCA-GAC-ATC--A-G-GGAAAAC-T------GA-T------------CAA--A------------AACAG-G--AA-----------AAA-C---A-CC---TCACC-C--TA--CC-T-A--G-AAAA---A---TAT-C------ATTTT-C-T----GTCA-CT--TT----T-GA-T-CAAATA-CAG--AGCGTTT
gi|112706 : CAGG-GATGTG--A-CC-GACTTC-CTCA-GAA-ATC--A-GAGGAAAAC-T------GG---------------------------------------------------------------------TCAGC----TG--CC-T-A--G-AAAA---A---TAT-C------ATTTT-C-T----GTCA-CT--CC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCATTT
gi|112707 : CAGG-GATGAG--AACT-GAGTTC-CTCA-GAA-ATC--G-GAGGAATAT-TAAATAGGG-TCAAAAAGGGAGGGAA--AAAACTGGTCAAAAAGGGAG--GA-----------AAA-C---A-CC---TCACC-C--TT--CA-T-G--GAAAAA---A---TAT-C------A-GTT-C-T----GCGA-CT--TC----A-GATT-CAAACCACGG--GGCATTT
gi|112708 : CAGG-GATGTG--A-TT-GAGTTC-CTCA-GAA-AT
gi|112709 : CAGG-GATGTG--A-CC-GAATTC-CTCA-GAA-ATC--A-GAGGAAaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggaaaaatatcattttcttatcacttcagatcaaacctagctaacattt
gi|112710 : AGG-GATACG--A-GG-GAATTC-CTCA-GAA-ATC--A-GAGGAAAAC-C------GG-A------------CAA--A------------AAGGAAG--TA-----------AAT-C---A-CC---TAACC-C--TA--GC-T-G--G-AAAA---A---TAT-CA-----ATTTT-T-TTTTGGTCA-AT--TT----A-GA-T-AAAACC-CAG--AGTGTTTacct
gi|112711 : AGG-GATGTG--A-TT-GAATTC-CTCT-GAA-ATC--T-GAG-----C-------------------------AA--A------------GAGGAAG--GA-----------AAC-C---A-CC---TCA
gi|112712 : G-GATGTG--A-CT-GAATCC-CTCA-TAA-ATC--G-GAAGAAAAC-T------GG-T------------CAA--A------------AAGGGAG--GA-----------AAA-C---A-CC---TCACC-C--TA--TC-T-G--G-AAAA---A---TGTCC------ATTTC-C-T----GTCA-CT--TT----A-GA-T-CAAACC-CAG--
gi|112713 : G-AATGTG--A-GT-AAATTCGCTCAAGAC-ATC--A-GAGGGAAAT-T------GG-T------------CAA--A------------AAGGAAG--GA-----------AAC-----A-CC---TCACC-C--TA--TC-T-G--G-GAAA---A---TAT-T------ATTTT-C-C----GTCA-CT--TC----ATGA-T-CAAACC-CAG--AACATTT
gi|112714 : G-GATATGCAA-AT-GA-TTC-CT-A-GAA--TC--A-GAGGAA-AT-T------GG-T------------TAA--A------------AAGGGCG--AT-----------AAC-A---C-CC---TCACA-C--TA--CC-T-A--G-AAAA-------TAT-C------ATTTTTC-T----GTCA-CT--TT----A-GA-T-CAAACC-CAG--A
gi|112715 : G-GATGTG--A-TTCGCGTTC-CTCA-GAA-AGC--A-GAGGAAGAA-T------G--T------------CAA--C------------A--GGAG---A-----------AAA-T---A-CC---TAA-------A--AC-T-G--G-AAAATTAACCCTAT-C------ATTTT-C-T----GTCA-CT--TT----A-GA-T-CTAG-C-AAG--AGCACTTg
gi|112716 : TGTG--A-TT-GATTTC-TTCA-AAATATG--G-GAGAAA-AC-T------GT-T------------CAA--A------------AC---AATTGA-----------AAA-C---T-CC---TCCTC-C--TA--CC-T-GCCG-AAAA-------TAT-C------A--TT-CAT----GTCA-CT--TT----G-GA-T-GAAATC-TAG--AGTGTTT
gi|112717 : GTG--A-TT-GGATTC-CTCA-GAA-ATC--T-GAGGAA-AC-T------G--T------------CAAGCA------------AAGGGCA--GA-----------AAA-C---ATCC---TCACC----TA--CCCT-G--G-AAGAT--A---TAT-C------ATTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-TATAAACC-
gi|112718 : TG--A-TT-GGTTCC-CTCA-GAA-ATC--GTGAGGAAAACCT------GG-C------------ACC--A------------AAGGGAG--GA-----------AA------A-CCA--TCACT-CCATA--CC-T-G--A-AAAAC--A---TAT-C------A-TTT-C-T----GTCA--T--TC----A--A-T-C-AACC-CAG--ACCGTTTaggag
gi|112720 : AC-T------GG-T------------CAA--A------------AAGGAAT--GC-----------AAA-C---A-CT---TAATC-C--TA--CC-T-G--G--GAA---A---TAT-C------ATTTT-C-T----AT
gi|112721 : G-T------------CAA--A------------AAGGGAG--GA-----------AAA-C---A-CC---TCACC-C--TT--CA-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------AGTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACA-CGG--GGCATTT
gi|112719 : AA--A------------AGGGGAG--AAGAACTAATTTTAAA-C---A-CCCTGTCACC-C--TA--CCCT-G--A-AAAA---A---TAT-CA-----ATTTT-C-T----GTCA-
gi|112722 : cagaaagtcaaaagagaaactcagtcctgggtcaaGGAG--GG-----------AAA-A---C-CC---TCACC-C--TA--CC-TGG--G-AAAA---A---TAT-CA-----ATTTT-C-TG---GTCA-CTAAT-----A-GATT-C--ACC-CAG--A
gi|112723 : caaatt-CC---TCACC-C--TA--GC-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------AGTTT-C-T----TTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCATTTg
gi|112724 : aaattC---TCACC-C--TA--GC-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-GTT-C-T----TTCACCT--TCAGATA-GA-T-CAA--C-CAG--AGCATTT
gi|112708 : -G--G-AAAA---A---TAT-C------ATTTT-C-TT---ATCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-TAGCTAACATTT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22 3 1 3 1 1 1 1 6666 1 1 00000000 1 1 22 22 22 66666666666 333333333333333333333333 3333 1 333 1 22 2222 1 1 11 1 555 222 1 888888 1 1 1 5555 1 22 3333 1 3 1 1 22 1
lowQualScore : . .. . . . . . . . .... . . ........ . . .. .. .. ........... ........................ .... . ... . .. .... . . .. . ... ... . ...... . . . .... . .. .... . . . . .. .
lowQualScore : 8 22 2 6 7 6 5 5 5 0000 6 5 00000000 5 5 00 00 00 88888888888 777777777777777777777777 0000 4 888 4 00 8888 4 4 99 4 222 444 4 111111 4 4 4 7777 4 00 3333 5 1 5 5 11 4
consensus : CAGG-GATGTG--A-TT-GAATTC-CTCA-GAA-A-TC--G-GAGGA-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AA------------------------AC----A-CC---TCACC-C--TA-C--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCGTTT
Reference ( family-616 ) : CAGG-GATGTG--A-TT-GAGTTC-CTCA-GAA-A-TC--G-GAGGA-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AA------------------------AC----A-CC---TCACC-C--TA-C--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCGTTT
gi|112694 : CAGG-GATGTG--A-CT-GAGCAC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGGA-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AA------------------------AC----A-CC---TCACC-C--TA-C--C-A-G--G-GAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-TA-T-CAAACC-CAG--AGCA
gi|112695 : CAGG-GATGTG--A-TT-GAATTC-CTTA-GAA-A-TT--G-GAGGA-ATA-CT--------GG-TGA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AA------------------------AG----A-CC---TCACC-C--TA-G--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AACATTT
gi|112696 : CAGG-GATGTG--A-TT-GAGTTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGGA-AAA-TT--------GG-TCA-A--AAA--AGGAG--AA-----------AA------------------------AC----A-CC---TCACC-C--TT-C--C-T-A--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GCAA-CT--TC----A-GG-T-CAAACA-CAG--AACATTT
gi|112697 : CAGG-GATGTG--A-TT-GATTTC-CTCA-GAA-A-TC--A-AAGGA-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA---GGAG--GA-----------AA------------------------AC----G-CC---TCACC-C---A-G--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----ATCA-TT--TC----A-AA-T-CAAACC-CAG--AACA
gi|112698 : CAGG-GATGTG--A-TG-GAGTTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGGA-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AA------------------------AC----A-CC---TCACC-C--TA-CCAC-A-A--A-AAAA---A---AAT-A------A-TTTT-A-T----GTCA-CT--TC----A-CA-T-CAAATC-TAA--AGCATTT
gi|112699 : CAGG-GATGTG--A-TT-GAGTTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG--AAA-CT--------GGATCA-A--AAA---GGAG--GA-----------AA------------------------AC----A-CT---CCA-C-C--TA-C--C-T-A--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TT----T-GA-T-CAAATA-CAG--AGCGTTT
gi|112700 : CAGGAGATGT---A-TT-GAGTTC-CTCA-GAC-A-TC--A-G-GGA-AAA-CT--------GA-TCA-A--AAA--CAG-G--AA-----------AA------------------------AC----A-CC---TCACC-C--TA-C--C-T-A--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TT----T-GA-T-CAAATA-CAG--AGCGTTT
gi|112701 : CAGG-GA---G--A-CT-GAATTT-CTCA-GCA-G-TC--A-GGGGG-AAA-CT--------GG-TCA-T--AAA--GGGAG--GA-----------AA------------------------AC----A-CC---TCACC-C--TA-T--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-G------A-TTTT-C-T----ATCA-CT--TT----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGTGTTT
gi|112702 : CAGG-GATGTG--AATT-GAATTC-CTTA-AAA-A-TCAAG-AAGAA-AAA-CT--------GG-TC--A--AAA--GGGAG--GA-----------CA------------------------AC----A--C---TCACCGC--TA-C--C-C-G--G-AAAA---A---TAT-C------ATTTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACA-CAG--AGCATTT
gi|112703 : CAAG-AATGTG--A-TT-GAATTC-CCCA-GAA-A-TC--G-GAAGA-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GAGAG--GA-----------AT------------------------AC----A-CC---TCACA-C--CA-T--C-T-G--G-AAAT---A---TAT-C------A-TATT-C-G----GTCA-TT--TA----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGC
gi|112704 : CAGG-GATGTG--A-CT-GAATAC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGAA-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AA------------------------ACGCGTA-CC---TCACC-C--TA-C--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-CCTT-C-T----GCCA-CT--Ta
gi|112705 : CAGG-AATGT---A-TT-GAATTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGAA-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--AGAAG--GG-----------AA------------------------AC----A-CC---TCACC-C--TA----T-T-G--G-AAAA---T---AAT-CGGATTAA-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A--A-T-CAAATC-CAG--A-CATTT
gi|112706 : CAGG-GATGTG--A-CC-GACTTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGGA-AAA-CT--------GG-TCA-G------------------------------------------------------------------------C--TG-C--C-T-A--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--CC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCATTT
gi|112707 : CAGG-GATGAG--AACT-GAGTTC-CTCA-GAA-A-TC--G-GAGGA-ATA-TTAAATAG--GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GG-----------AAAAAACTGGTCAAAAAGGGAGGAAAAC----A-CC---TCACC-C--TT-C--A-T-G--GAAAAA---A---TAT-C------A--GTT-C-T----GCGA-CT--TC----A-GATT-CAAACCACGG--GGCATTT
gi|112708 : CAGG-GATGTG--A-TT-GAGTTC-CTCA-GAA-A-T
gi|112708 : -G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-TT---ATCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-TAGCTAACATTTaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggaaaaatatcattttcttatcacttcagatcaaacctagctaacattt
gi|112709 : cagggatgtgattgagttcctcagaaataagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncCAGG-GATGTG--A-CC-GAATTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGGA-AAC-CT--------
gi|112710 : AGG-GATACG--A-GG-GAATTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGGA-AAA-CC--------GG-ACA-A--AAA--GGAAG--TA-----------AA------------------------TC----A-CC---TAACC-C--TA-G--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-CA-----A-TTTT-T-TTTTGGTCA-AT--TT----A-GA-T-AAAACC-CAG--AGTGTTT
gi|112711 : AGG-GATGTG--A-TT-GAATTC-CTCT-GAA-A-TC--T-GAG---------------------CA-A--AGA--GGAAG--GA-----------AA------------------------CC----A-CC---TCA
gi|112712 : G-GATGTG--A-CT-GAATCC-CTCA-TAA-A-TC--G-GAAGA-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AA------------------------AC----A-CC---TCACC-C--TA-T--C-T-G--G-AAAA---A---TGTCC------A-TTTC-C-T----GTCA-CT--TT----A-GA-T-CAAACC-CAG--
gi|112713 : G-AATGTG--A-GT-AAATTCGCTCAAGAC-A-TC--A-GAGGG-AAA-TT--------GG-TCA-A--AAA--GGAAG--GA-----------AA-------------------------C----A-CC---TCACC-C--TA-T--C-T-G--G-GAAA---A---TAT-T------A-TTTT-C-C----GTCA-CT--TC----ATGA-T-CAAACC-CAG--AACATTT
gi|112714 : G-GATATGCAA-AT-GA-TTC-CT-A-GAA---TC--A-GAGGA-AA--TT--------GG-TTA-A--AAA--GGGCG---A-----------TA------------------------AC----A-CCC--TCACA-C--TA-C--C-T-A--G-AAAA-------TAT-C------A-TTTTTC-T----GTCA-CT--TT----A-GA-T-CAAACC-CAG--AG
gi|112715 : G-GATGTG--A-TTCGCGTTC-CTCA-GAA-A-GC--A-GAGGA-AGA-AT--------G--TCA-A--CA----GGAG---A-----------AA------------------------AT----A-CC---TAA-------A-A--C-T-G--G-AAAATTAACCCTAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TT----A-GA-T-CTAG-C-AAG--AGCACTT
gi|112716 : TGTG--A-TT-GATTTC-TTCA-AAATA-TG--G-GAG-A-AAA-CT--------GT-TCA-A--AAC-----AATTGA-----------AA------------------------AC----T-CC---TCCTC-C--TA-C--C-T-GCCG-AAAA-------TAT-C------A---TT-CAT----GTCA-CT--TT----G-GA-T-GAAATC-TAG--AGTGTTT
gi|112717 : GTG--A-TT-GGATTC-CTCA-GAA-A-TC--T-GAGG--AAA-CT---------G-TCA-AGCAAA--GGGCA--GA-----------AA------------------------AC----ATCC---TCA-C-C--TACC--C-T-G--G-AAGAT--A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-TATAAACC-AGG--AG
gi|112718 : TG--A-TT-GGTTCC-CTCA-GAA-A-TC--GTGAGGA-AAACCT--------GG--CACC--AAA--GGGAG--GA-----------AA------------------------AC------CA---TCACT-CCATA-C--C-T-G--A-AAAAC--A---TAT-C------A--TTT-C-T----GTCA--T--TC----A--A-T-C-AACC-CAG--ACCGTTT
gi|112719 : CA-GAA-AGTC--A-AAAGAGAAA-CTCAGTCCTGGG-TCA-A--AAAAGGGGAG--AAGAACTAATTTTAA------------------------AC----A-CCCTGTCACC-C--TA-C--CCT-G--A-AAAA---A---TAT-CA-----A-TTTT-C-T----GTCA-
gi|112720 : A-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGAAT--GC-----------AA------------------------AC----A-CT---TAATC-C--TA-C--C-T-G--G--GAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----AT
gi|112721 : G-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AA------------------------AC----A-CC---TCACC-C--TT-C--A-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-GTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACA-CGG--GGCATTT
gi|112722 : CA-A--ATT--GGAGG--GA-----------AA------------------------AC------CC---TCACC-C--TA-C--C-TGG--G-AAAA---A---TAT-CA-----A-TTTT-C-TG---GTCA-CTAAT-----A-GATT-C--ACC-CAG--AG
gi|112723 : -----------AA------------------------AT----T-CC---TCACC-C--TA-G--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-GTTT-C-T----TTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCATTT
gi|112724 : C---TCACC-C--TA-G--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A--GTT-C-T----TTCACCT--TCAGATA-GA-T-CAA--C-CAG--AGCATTT
Alignments
lowQualScore : 1 22 3 1 1 1 1 1 1 5555 222 1 1 55555555 1 1 22 22 22 66666666666 3333 1 333 1 22 2222 1 1 11 1 555 222 1 888888 1 1 1 5555 1 22 3333 1 3 1 1 22 1
lowQualScore : . .. . . . . . . . .... ... . . ........ . . .. .. .. ........... .... . ... . .. .... . . .. . ... ... . ...... . . . .... . .. .... . . . . .. .
lowQualScore : 8 22 2 6 8 6 5 5 5 4444 777 5 5 66666666 5 5 00 00 00 88888888888 0000 4 888 4 00 8888 4 4 99 4 222 444 4 111111 4 4 4 7777 4 00 3333 5 1 5 5 11 4
consensus : CAGG-GATGTG--A-TT-GAATTC-CTCA-GAA-A-TC--G-GAGG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-C--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCGTTT
Reference ( family-616 ) : CAGG-GATGTG--A-TT-GAATTC-CTCA-GAA-A-TC--G-GAGG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-C--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCGTTT
gi|112694 : CAGG-GATGTG--A-CT-GAGCAC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-C--C-A-G--G-GAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-TA-T-CAAACC-CAG--AGCA
gi|112695 : CAGG-GATGTG--A-TT-GAATTC-CTTA-GAA-A-TT--G-GAGG---A-ATA-CT--------GG-TGA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAG----A-CC---TCACC-C--TA-G--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AACATTT
gi|112696 : CAGG-GATGTG--A-TT-GAGTTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG---A-AAA-TT--------GG-TCA-A--AAA--AGGAG--AA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TT-C--C-T-A--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GCAA-CT--TC----A-GG-T-CAAACA-CAG--AACATTT
gi|112697 : CAGG-GATGTG--A-TT-GATTTC-CTCA-GAA-A-TC--A-AAGG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA---GGAG--GA-----------AAAC----G-CC---TCACC-C---A-G--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----ATCA-TT--TC----A-AA-T-CAAACC-CAG--AACA
gi|112698 : CAGG-GATGTG--A-TG-GAGTTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-CCAC-A-A--A-AAAA---A---AAT-A------A-TTTT-A-T----GTCA-CT--TC----A-CA-T-CAAATC-TAA--AGCATTT
gi|112699 : CAGG-GATGTG--A-TT-GAGTTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG---A-AA--CT--------GGATCA-A--AAA--GG-AG--GA-----------AAAC----A-CT---CCACC----TA-C--C-T-A--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TT----T-GA-T-CAAATA-CAG--AGCGTTT
gi|112700 : CAGGAGATGT---A-TT-GAGTTC-CTCA-GAC-A-TC--A-G-GG---A-AAA-CT--------GA-TCA-A--AAA--CAG-G--AA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-C--C-T-A--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TT----T-GA-T-CAAATA-CAG--AGCGTTT
gi|112701 : CAGG-GA---G--A-CT-GAATTT-CTCA-GCA-G-TC--A-GGGG---G-AAA-CT--------GG-TCA-T--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-T--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-G------A-TTTT-C-T----ATCA-CT--TT----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGTGTTT
gi|112702 : CAGG-GATGTG--AATT-GAATTC-CTTA-AAA-A-TCAAG-AAGA---A-AAA-CT--------GG-TC--A--AAA--GGGAG--GA-----------CAAC----A--C---TCACCGC--TA-C--C-C-G--G-AAAA---A---TAT-C------ATTTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACA-CAG--AGCATTT
gi|112703 : CAAG-AATGTG--A-TT-GAATTC-CCCA-GAA-A-TC--G-GAAG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GAGAG--GA-----------ATAC----A-CC---TCACA-C--CA-T--C-T-G--G-AAAT---A---TAT-C------A-TATT-C-G----GTCA-TT--TA----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGC
gi|112704 : CAGG-GATGTG--A-CT-GAATAC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGA---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAACGCGTA-CC---TCACC-C--TA-C--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-CCTT-C-T----GCCA-CT--Ta
gi|112705 : CAGG-AATGT---A-TT-GAATTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGA---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--AGAAG--GG-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA----T-T-G--G-AAAA---T---AAT-CGGATTAA-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A--A-T-CAAATC-CAG--A-CATTT
gi|112706 : CAGG-GATGTG--A-CC-GACTTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG---A-AAA-CT--------GG-TCA-G------------------------------------------------C--TG-C--C-T-A--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--CC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCATTT
gi|112707 : CAGG-GATGAG--AACT-GAGTTC-CTCA-GAA-A-TC--G-GAGG---A-A
gi|112707 : TCA-AAA-A-G---G-GAGGGAAA-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TT-C--A-T-G--GAAAAA---A---TAT-C------A--GTT-C-T----GCGA-CT--TC----A-GATT-CAAACCACGG--GGCATTTtattaaatagggtcaaaaagggagggaaaaaactggtcaaaaagggaggaaaacacctcacccttcatggaaaaaatatcagttctgcgacttcagattcaaaccacggggcattt
gi|112708 : cagggatgagaactgagttcctcagaaatcggaggaatattaaatagggCAGG-GATGTG--A-TT-GAGTTC-CTCA-GAA-A-T
gi|112708 : -G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-TT---ATCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-TAGCTAACATTTaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggaaaaatatcattttcttatcacttcagatcaaacctagctaacattt
gi|112709 : cagggatgtgattgagttcctcagaaataagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncCAGG-GATGTG--A-CC-GAATTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG---A-AAC-CT--------
gi|112710 : AGG-GATACG--A-GG-GAATTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG---A-AAA-CC--------GG-ACA-A--AAA--GGAAG--TA-----------AATC----A-CC---TAACC-C--TA-G--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-CA-----A-TTTT-T-TTTTGGTCA-AT--TT----A-GA-T-AAAACC-CAG--AGTGTTT
gi|112711 : AGG-GATGTG--A-TT-GAATTC-CTCT-GAA-A-TC--T-GAG------------------------CA-A--AGA--GGAAG--GA-----------AACC----A-CC---TCA
gi|112712 : G-GATGTG--A-CT-GAATCC-CTCA-TAA-A-TC--G-GAAG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-T--C-T-G--G-AAAA---A---TGTCC------A-TTTC-C-T----GTCA-CT--TT----A-GA-T-CAAACC-CAG--
gi|112713 : G-AATGTG--A-GT-AAATTCGCTCAAGAC-A-TC--A-GAGG---G-AAA-TT--------GG-TCA-A--AAA--GGAAG--GA-----------AA-C----A-CC---TCACC-C--TA-T--C-T-G--G-GAAA---A---TAT-T------A-TTTT-C-C----GTCA-CT--TC----ATGA-T-CAAACC-CAG--AACATTT
gi|112714 : G-GATATGCAA-AT-GA-TTC-CT-A-GAA---TC--A-GAGG---A-AA--TT--------GG-TTA-A--AAA--GGGCG---A-----------TAAC----A-CCC--TCACA-C--TA-C--C-T-A--G-AAAA-------TAT-C------A-TTTTTC-T----GTCA-CT--TT----A-GA-T-CAAACC-CAG--AG
gi|112715 : G-GATGTG--A-TTCGCGTTC-CTCA-GAA-A-GC--A-GAGG---A-AGA-AT--------G--TCA-A--CA----GGAG---A-----------AAAT----A-CC---TAA-------A-A--C-T-G--G-AAAATTAACCCTAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TT----A-GA-T-CTAG-C-AAG--AGCACTT
gi|112716 : TGTG--A-TT-GATTTC-TTCA-AAATA-TG--G-GAG----A-AAA-CT--------GT-TCA-A--AAC-----AATTGA-----------AAAC----T-CC---TCCTC-C--TA-C--C-T-GCCG-AAAA-------TAT-C------A---TT-CAT----GTCA-CT--TT----G-GA-T-GAAATC-TAG--AGTGTTT
gi|112717 : GTG--A-TT-GGATTC-CTCA-GAA-A-TC--T-GAGG-----AAA-CT---------G-TCA-AGCAAA--GGGCA--GA-----------AAAC----ATCC---TCA-C-C--TACC--C-T-G--G-AAGAT--A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-TATAAACC-AGG--AG
gi|112718 : TG--A-TT-GGTTCC-CTCA-GAA-A-TC--GTGAGG---A-AAACCT--------GG--CACC--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC------CA---TCACT-CCATA-C--C-T-G--A-AAAAC--A---TAT-C------A--TTT-C-T----GTCA--T--TC----A--A-T-C-AACC-CAG--ACCGTTT
gi|112719 : CA-GAA-AGTC--A-AAAG---AGAAA-CTCAGTCCTGGG-TCA-A--AAAAGGGGAG--AAGAACTAATTTTAAAC----A-CCCTGTCACC-C--TA-C--CCT-G--A-AAAA---A---TAT-CA-----A-TTTT-C-T----GTCA-
gi|112720 : A-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGAAT--GC-----------AAAC----A-CT---TAATC-C--TA-C--C-T-G--G--GAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----AT
gi|112721 : G-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TT-C--A-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-GTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACA-CGG--GGCATTT
gi|112722 : CA-A--ATT--GGAGG--GA-----------AAAC------CC---TCACC-C--TA-C--C-TGG--G-AAAA---A---TAT-CA-----A-TTTT-C-TG---GTCA-CTAAT-----A-GATT-C--ACC-CAG--AG
gi|112723 : -----------AAAT----T-CC---TCACC-C--TA-G--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-GTTT-C-T----TTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCATTT
gi|112724 : C---TCACC-C--TA-G--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A--GTT-C-T----TTCACCT--TCAGATA-GA-T-CAA--C-CAG--AGCATTT
Alignments
lowQualScore : 1 22 3 1 1 1 1 1 1 5555 222 1 1 55555555 1 1 22 22 22 66666666666 3333 1 333 1 22 2222 1 1 11 1 555 222 1 888888 1 1 1 5555 1 22 3333 1 3 1 1 22 1
lowQualScore : . .. . . . . . . . .... ... . . ........ . . .. .. .. ........... .... . ... . .. .... . . .. . ... ... . ...... . . . .... . .. .... . . . . .. .
lowQualScore : 8 22 2 6 8 6 5 5 5 4444 777 5 5 66666666 5 5 00 00 00 88888888888 0000 4 888 4 00 8888 4 4 99 4 222 444 4 111111 4 4 4 7777 4 00 3333 5 1 5 5 11 4
consensus : CAGG-GATGTG--A-TT-GAATTC-CTCA-GAA-A-TC--G-GAGG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-C--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCGTTT
Reference ( family-616 ) : CAGG-GATGTG--A-TT-GAATTC-CTCA-GAA-A-TC--G-GAGG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-C--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCGTTT
gi|112694 : CAGG-GATGTG--A-CT-GAGCAC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-C--C-A-G--G-GAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-TA-T-CAAACC-CAG--AGCA
gi|112695 : CAGG-GATGTG--A-TT-GAATTC-CTTA-GAA-A-TT--G-GAGG---A-ATA-CT--------GG-TGA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAG----A-CC---TCACC-C--TA-G--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AACATTT
gi|112696 : CAGG-GATGTG--A-TT-GAGTTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG---A-AAA-TT--------GG-TCA-A--AAA--AGGAG--AA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TT-C--C-T-A--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GCAA-CT--TC----A-GG-T-CAAACA-CAG--AACATTT
gi|112697 : CAGG-GATGTG--A-TT-GATTTC-CTCA-GAA-A-TC--A-AAGG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA---GGAG--GA-----------AAAC----G-CC---TCACC-C---A-G--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----ATCA-TT--TC----A-AA-T-CAAACC-CAG--AACA
gi|112698 : CAGG-GATGTG--A-TG-GAGTTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-CCAC-A-A--A-AAAA---A---AAT-A------A-TTTT-A-T----GTCA-CT--TC----A-CA-T-CAAATC-TAA--AGCATTT
gi|112699 : CAGG-GATGTG--A-TT-GAGTTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG---A-AA--CT--------GGATCA-A--AAA--GG-AG--GA-----------AAAC----A-CT---CCACC----TA-C--C-T-A--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TT----T-GA-T-CAAATA-CAG--AGCGTTT
gi|112700 : CAGGAGATGT---A-TT-GAGTTC-CTCA-GAC-A-TC--A-G-GG---A-AAA-CT--------GA-TCA-A--AAA--CAG-G--AA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-C--C-T-A--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TT----T-GA-T-CAAATA-CAG--AGCGTTT
gi|112701 : CAGG-GA---G--A-CT-GAATTT-CTCA-GCA-G-TC--A-GGGG---G-AAA-CT--------GG-TCA-T--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-T--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-G------A-TTTT-C-T----ATCA-CT--TT----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGTGTTT
gi|112702 : CAGG-GATGTG--AATT-GAATTC-CTTA-AAA-A-TCAAG-AAGA---A-AAA-CT--------GG-TC--A--AAA--GGGAG--GA-----------CAAC----A--C---TCACCGC--TA-C--C-C-G--G-AAAA---A---TAT-C------ATTTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACA-CAG--AGCATTT
gi|112703 : CAAG-AATGTG--A-TT-GAATTC-CCCA-GAA-A-TC--G-GAAG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GAGAG--GA-----------ATAC----A-CC---TCACA-C--CA-T--C-T-G--G-AAAT---A---TAT-C------A-TATT-C-G----GTCA-TT--TA----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGC
gi|112704 : CAGG-GATGTG--A-CT-GAATAC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGA---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAACGCGTA-CC---TCACC-C--TA-C--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-CCTT-C-T----GCCA-CT--Ta
gi|112705 : CAGG-AATGT---A-TT-GAATTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGA---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--AGAAG--GG-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA----T-T-G--G-AAAA---T---AAT-CGGATTAA-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A--A-T-CAAATC-CAG--A-CATTT
gi|112706 : CAGG-GATGTG--A-CC-GACTTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG---A-AAA-CT--------GG-TCA-G------------------------------------------------C--TG-C--C-T-A--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--CC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCATTT
gi|112707 : CAGG-GATGAG--AACT-GAGTTC-CTCA-GAA-A-TC--G-GAGG---A-A
gi|112707 : TCA-AAA-A-G---G-GAGGGAAA-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TT-C--A-T-G--GAAAAA---A---TAT-C------A--GTT-C-T----GCGA-CT--TC----A-GATT-CAAACCACGG--GGCATTTtattaaatagggtcaaaaagggagggaaaaaactggtcaaaaagggaggaaaacacctcacccttcatggaaaaaatatcagttctgcgacttcagattcaaaccacggggcattt
gi|112708 : cagggatgagaactgagttcctcagaaatcggaggaatattaaatagggCAGG-GATGTG--A-TT-GAGTTC-CTCA-GAA-A-T
gi|112708 : -G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-TT---ATCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-TAGCTAACATTTaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggaaaaatatcattttcttatcacttcagatcaaacctagctaacattt
gi|112709 : cagggatgtgattgagttcctcagaaataagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncCAGG-GATGTG--A-CC-GAATTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG---A-AAC-CT--------
gi|112710 : AGG-GATACG--A-GG-GAATTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG---A-AAA-CC--------GG-ACA-A--AAA--GGAAG--TA-----------AATC----A-CC---TAACC-C--TA-G--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-CA-----A-TTTT-T-TTTTGGTCA-AT--TT----A-GA-T-AAAACC-CAG--AGTGTTT
gi|112711 : AGG-GATGTG--A-TT-GAATTC-CTCT-GAA-A-TC--T-GAG------------------------CA-A--AGA--GGAAG--GA-----------AACC----A-CC---TCA
gi|112712 : G-GATGTG--A-CT-GAATCC-CTCA-TAA-A-TC--G-GAAG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-T--C-T-G--G-AAAA---A---TGTCC------A-TTTC-C-T----GTCA-CT--TT----A-GA-T-CAAACC-CAG--
gi|112713 : G-AATGTG--A-GT-AAATTCGCTCAAGAC-A-TC--A-GAGG---G-AAA-TT--------GG-TCA-A--AAA--GGAAG--GA-----------AA-C----A-CC---TCACC-C--TA-T--C-T-G--G-GAAA---A---TAT-T------A-TTTT-C-C----GTCA-CT--TC----ATGA-T-CAAACC-CAG--AACATTT
gi|112714 : G-GATATGCAA-AT-GA-TTC-CT-A-GAA---TC--A-GAGG---A-AA--TT--------GG-TTA-A--AAA--GGGCG---A-----------TAAC----A-CCC--TCACA-C--TA-C--C-T-A--G-AAAA-------TAT-C------A-TTTTTC-T----GTCA-CT--TT----A-GA-T-CAAACC-CAG--AG
gi|112715 : G-GATGTG--A-TTCGCGTTC-CTCA-GAA-A-GC--A-GAGG---A-AGA-AT--------G--TCA-A--CA----GGAG---A-----------AAAT----A-CC---TAA-------A-A--C-T-G--G-AAAATTAACCCTAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TT----A-GA-T-CTAG-C-AAG--AGCACTT
gi|112716 : TGTG--A-TT-GATTTC-TTCA-AAATA-TG--G-GAG----A-AAA-CT--------GT-TCA-A--AAC-----AATTGA-----------AAAC----T-CC---TCCTC-C--TA-C--C-T-GCCG-AAAA-------TAT-C------A---TT-CAT----GTCA-CT--TT----G-GA-T-GAAATC-TAG--AGTGTTT
gi|112717 : GTG--A-TT-GGATTC-CTCA-GAA-A-TC--T-GAGG-----AAA-CT---------G-TCA-AGCAAA--GGGCA--GA-----------AAAC----ATCC---TCA-C-C--TACC--C-T-G--G-AAGAT--A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-TATAAACC-AGG--AG
gi|112718 : TG--A-TT-GGTTCC-CTCA-GAA-A-TC--GTGAGG---A-AAACCT--------GG--CACC--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC------CA---TCACT-CCATA-C--C-T-G--A-AAAAC--A---TAT-C------A--TTT-C-T----GTCA--T--TC----A--A-T-C-AACC-CAG--ACCGTTT
gi|112719 : CA-GAA-AGTC--A-AAAG---AGAAA-CTCAGTCCTGGG-TCA-A--AAAAGGGGAG--AAGAACTAATTTTAAAC----A-CCCTGTCACC-C--TA-C--CCT-G--A-AAAA---A---TAT-CA-----A-TTTT-C-T----GTCA-
gi|112720 : A-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGAAT--GC-----------AAAC----A-CT---TAATC-C--TA-C--C-T-G--G--GAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----AT
gi|112721 : G-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TT-C--A-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-GTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACA-CGG--GGCATTT
gi|112722 : CA-A--ATT--GGAGG--GA-----------AAAC------CC---TCACC-C--TA-C--C-TGG--G-AAAA---A---TAT-CA-----A-TTTT-C-TG---GTCA-CTAAT-----A-GATT-C--ACC-CAG--AG
gi|112723 : -----------AAAT----T-CC---TCACC-C--TA-G--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-GTTT-C-T----TTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCATTT
gi|112724 : C---TCACC-C--TA-G--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A--GTT-C-T----TTCACCT--TCAGATA-GA-T-CAA--C-CAG--AGCATTT
blockSeqs : A CA A C A G A T G AAG GAA G C CAGTCCTG A C GC AG TT GAACTAATTTT GCGT T CTG G CA CCA C G CC A TTA CCC C GGATTA T T A TTTG C AA AGAT T T A A CT A
blockSeqs : . . A . G . . . . GT . . . . . . . . . . . . C . . CC . . . . T . . A . . . T . . . . T . . . A
blockSeqs : . . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . C . . A . . . G . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . A . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . C . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . G . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . A . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . A . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . A . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . G . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CAGG-GATGTG--A-TT-GAATTC-CTCA-GAA-A-TC--G-GAGG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-C--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCGTTT
finalCons : CAGG-GATGTG--A-TT-GAATTC-CTCA-GAA-A-TC--G-GAGG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-C--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCGTTT
Alignments
lowQualScore : 1 22 3 1 1 1 1 1 1 5555 222 1 1 55555555 1 1 22 22 22 66666666666 3333 1 333 1 22 2222 1 1 11 1 555 222 1 888888 1 1 1 5555 1 22 3333 1 3 1 1 22 1
lowQualScore : . .. . . . . . . . .... ... . . ........ . . .. .. .. ........... .... . ... . .. .... . . .. . ... ... . ...... . . . .... . .. .... . . . . .. .
lowQualScore : 8 22 2 6 8 6 5 5 5 4444 777 5 5 66666666 5 5 00 00 00 88888888888 0000 4 888 4 00 8888 4 4 99 4 222 444 4 111111 4 4 4 7777 4 00 3333 5 1 5 5 11 4
consensus : CAGG-GATGTG--A-TT-GAATTC-CTCA-GAA-A-TC--G-GAGG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-C--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCGTTT
Reference ( family-616 ) : CAGG-GATGTG--A-TT-GAATTC-CTCA-GAA-A-TC--G-GAGG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-C--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCGTTT
gi|112694 : CAGG-GATGTG--A-CT-GAGCAC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-C--C-A-G--G-GAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-TA-T-CAAACC-CAG--AGCA
gi|112695 : CAGG-GATGTG--A-TT-GAATTC-CTTA-GAA-A-TT--G-GAGG---A-ATA-CT--------GG-TGA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAG----A-CC---TCACC-C--TA-G--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AACATTT
gi|112696 : CAGG-GATGTG--A-TT-GAGTTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG---A-AAA-TT--------GG-TCA-A--AAA--AGGAG--AA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TT-C--C-T-A--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GCAA-CT--TC----A-GG-T-CAAACA-CAG--AACATTT
gi|112697 : CAGG-GATGTG--A-TT-GATTTC-CTCA-GAA-A-TC--A-AAGG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA---GGAG--GA-----------AAAC----G-CC---TCACC-C---A-G--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----ATCA-TT--TC----A-AA-T-CAAACC-CAG--AACA
gi|112698 : CAGG-GATGTG--A-TG-GAGTTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-CCAC-A-A--A-AAAA---A---AAT-A------A-TTTT-A-T----GTCA-CT--TC----A-CA-T-CAAATC-TAA--AGCATTT
gi|112699 : CAGG-GATGTG--A-TT-GAGTTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG---A-AA--CT--------GGATCA-A--AAA--GG-AG--GA-----------AAAC----A-CT---CCACC----TA-C--C-T-A--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TT----T-GA-T-CAAATA-CAG--AGCGTTT
gi|112700 : CAGGAGATGT---A-TT-GAGTTC-CTCA-GAC-A-TC--A-G-GG---A-AAA-CT--------GA-TCA-A--AAA--CAG-G--AA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-C--C-T-A--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TT----T-GA-T-CAAATA-CAG--AGCGTTT
gi|112701 : CAGG-GA---G--A-CT-GAATTT-CTCA-GCA-G-TC--A-GGGG---G-AAA-CT--------GG-TCA-T--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-T--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-G------A-TTTT-C-T----ATCA-CT--TT----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGTGTTT
gi|112702 : CAGG-GATGTG--AATT-GAATTC-CTTA-AAA-A-TCAAG-AAGA---A-AAA-CT--------GG-TC--A--AAA--GGGAG--GA-----------CAAC----A--C---TCACCGC--TA-C--C-C-G--G-AAAA---A---TAT-C------ATTTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACA-CAG--AGCATTT
gi|112703 : CAAG-AATGTG--A-TT-GAATTC-CCCA-GAA-A-TC--G-GAAG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GAGAG--GA-----------ATAC----A-CC---TCACA-C--CA-T--C-T-G--G-AAAT---A---TAT-C------A-TATT-C-G----GTCA-TT--TA----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGC
gi|112704 : CAGG-GATGTG--A-CT-GAATAC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGA---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAACGCGTA-CC---TCACC-C--TA-C--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-CCTT-C-T----GCCA-CT--Ta
gi|112705 : CAGG-AATGT---A-TT-GAATTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGA---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--AGAAG--GG-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA----T-T-G--G-AAAA---T---AAT-CGGATTAA-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A--A-T-CAAATC-CAG--A-CATTT
gi|112706 : CAGG-GATGTG--A-CC-GACTTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG---A-AAA-CT--------GG-TCA-G------------------------------------------------C--TG-C--C-T-A--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--CC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCATTT
gi|112707 : CAGG-GATGAG--AACT-GAGTTC-CTCA-GAA-A-TC--G-GAGG---A-A
gi|112707 : TCA-AAA-A-G---G-GAGGGAAA-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TT-C--A-T-G--GAAAAA---A---TAT-C------A--GTT-C-T----GCGA-CT--TC----A-GATT-CAAACCACGG--GGCATTTtattaaatagggtcaaaaagggagggaaaaaactggtcaaaaagggaggaaaacacctcacccttcatggaaaaaatatcagttctgcgacttcagattcaaaccacggggcattt
gi|112708 : cagggatgagaactgagttcctcagaaatcggaggaatattaaatagggCAGG-GATGTG--A-TT-GAGTTC-CTCA-GAA-A-T
gi|112708 : -G--G-AAAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-TT---ATCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-TAGCTAACATTTaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggaaaaatatcattttcttatcacttcagatcaaacctagctaacattt
gi|112709 : cagggatgtgattgagttcctcagaaataagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncCAGG-GATGTG--A-CC-GAATTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG---A-AAC-CT--------
gi|112710 : AGG-GATACG--A-GG-GAATTC-CTCA-GAA-A-TC--A-GAGG---A-AAA-CC--------GG-ACA-A--AAA--GGAAG--TA-----------AATC----A-CC---TAACC-C--TA-G--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-CA-----A-TTTT-T-TTTTGGTCA-AT--TT----A-GA-T-AAAACC-CAG--AGTGTTT
gi|112711 : AGG-GATGTG--A-TT-GAATTC-CTCT-GAA-A-TC--T-GAG------------------------CA-A--AGA--GGAAG--GA-----------AACC----A-CC---TCA
gi|112712 : G-GATGTG--A-CT-GAATCC-CTCA-TAA-A-TC--G-GAAG---A-AAA-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TA-T--C-T-G--G-AAAA---A---TGTCC------A-TTTC-C-T----GTCA-CT--TT----A-GA-T-CAAACC-CAG--
gi|112713 : G-AATGTG--A-GT-AAATTCGCTCAAGAC-A-TC--A-GAGG---G-AAA-TT--------GG-TCA-A--AAA--GGAAG--GA-----------AA-C----A-CC---TCACC-C--TA-T--C-T-G--G-GAAA---A---TAT-T------A-TTTT-C-C----GTCA-CT--TC----ATGA-T-CAAACC-CAG--AACATTT
gi|112714 : G-GATATGCAA-AT-GA-TTC-CT-A-GAA---TC--A-GAGG---A-AA--TT--------GG-TTA-A--AAA--GGGCG---A-----------TAAC----A-CCC--TCACA-C--TA-C--C-T-A--G-AAAA-------TAT-C------A-TTTTTC-T----GTCA-CT--TT----A-GA-T-CAAACC-CAG--AG
gi|112715 : G-GATGTG--A-TTCGCGTTC-CTCA-GAA-A-GC--A-GAGG---A-AGA-AT--------G--TCA-A--CA----GGAG---A-----------AAAT----A-CC---TAA-------A-A--C-T-G--G-AAAATTAACCCTAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TT----A-GA-T-CTAG-C-AAG--AGCACTT
gi|112716 : TGTG--A-TT-GATTTC-TTCA-AAATA-TG--G-GAG----A-AAA-CT--------GT-TCA-A--AAC-----AATTGA-----------AAAC----T-CC---TCCTC-C--TA-C--C-T-GCCG-AAAA-------TAT-C------A---TT-CAT----GTCA-CT--TT----G-GA-T-GAAATC-TAG--AGTGTTT
gi|112717 : GTG--A-TT-GGATTC-CTCA-GAA-A-TC--T-GAGG-----AAA-CT---------G-TCA-AGCAAA--GGGCA--GA-----------AAAC----ATCC---TCA-C-C--TACC--C-T-G--G-AAGAT--A---TAT-C------A-TTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-TATAAACC-AGG--AG
gi|112718 : TG--A-TT-GGTTCC-CTCA-GAA-A-TC--GTGAGG---A-AAACCT--------GG--CACC--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC------CA---TCACT-CCATA-C--C-T-G--A-AAAAC--A---TAT-C------A--TTT-C-T----GTCA--T--TC----A--A-T-C-AACC-CAG--ACCGTTT
gi|112719 : CA-GAA-AGTC--A-AAAG---AGAAA-CTCAGTCCTGGG-TCA-A--AAAAGGGGAG--AAGAACTAATTTTAAAC----A-CCCTGTCACC-C--TA-C--CCT-G--A-AAAA---A---TAT-CA-----A-TTTT-C-T----GTCA-
gi|112720 : A-CT--------GG-TCA-A--AAA--GGAAT--GC-----------AAAC----A-CT---TAATC-C--TA-C--C-T-G--G--GAA---A---TAT-C------A-TTTT-C-T----AT
gi|112721 : G-TCA-A--AAA--GGGAG--GA-----------AAAC----A-CC---TCACC-C--TT-C--A-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-GTTT-C-T----GTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACA-CGG--GGCATTT
gi|112722 : CA-A--ATT--GGAGG--GA-----------AAAC------CC---TCACC-C--TA-C--C-TGG--G-AAAA---A---TAT-CA-----A-TTTT-C-TG---GTCA-CTAAT-----A-GATT-C--ACC-CAG--AG
gi|112723 : -----------AAAT----T-CC---TCACC-C--TA-G--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A-GTTT-C-T----TTCA-CT--TC----A-GA-T-CAAACC-CAG--AGCATTT
gi|112724 : C---TCACC-C--TA-G--C-T-G--G-AAAA---A---TAT-C------A--GTT-C-T----TTCACCT--TCAGATA-GA-T-CAA--C-CAG--AGCATTT