lowQualScore                  :                                                                                     1111                                                                                          2222222                                                                                                   11111               11   3333        
lowQualScore                  :         1  1 4444  1  33 5555555 3 1  3333 22   77  33  22 1  3 1  77777777  444444 2222  1  22  22 2222  1  2 888 222  11 2  2 33333 1 11 888   1  2   66666 2 11  2 2 11 11 1   4444444  5555   44   33 2  22 1   2 66 22  4  2  2 1 1 1 1  1  1  7777777 1  33 3 1 1 3 9999 55555 1  1   00000 22 1 3 1  33  66   7777        
lowQualScore                  :         .  . ....  .  .. ....... . .  .... ..   ..  ..  .. .  . .  ........  ...... ....  .  ..  .. ....  .  . ... ...  .. .  . ..... . .. ...   .  .   ..... . ..  . . .. .. .   .......  ....   ..   .. .  .. .   . .. ..  .  .  . . . . .  .  .  ....... .  .. . . . . .... ..... .  .   ..... .. . . .  ..  ..   ....        
lowQualScore                  :         7  7 0000  7  88 2222222 2 6  4444 22   00  77  11 5  1 5  11111111  444444 8888  4  00  00 9999  4  7 888 333  88 7  7 33333 3 88 111   3  1   00000 7 88  7 7 88 88 3   2222222  5555   77   99 9  00 4   9 88 00  3  9  9 4 4 4 4  9  5  8888888 5  77 1 5 5 1 6666 44444 5  5   22222 22 6 2 6  88  77   9999        
consensus                     :  AAAAATA-AG-A-G--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-N--AA-GA--GA--T----TA-TT-C--NT---AA--A-TG-A-----G-A--GA--AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-ACA-T-----AT----TAC--ATA--G-AA--A-TTG-T--G--TG-AA-AA-T-A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT-ATA-----A--G-A-T-GA--CGC-GAT----GTTTTTTT
Reference ( gi|123378 )       :  AAAAATA-AG-A-G--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-G--AA-GA--GA--T----TA-TT-C--TT---AA--A-TG-A-----G-A--GA--AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-ACA-A-----AT----TAC--ATA--G-AA--A-TTG-T--G--TG-AA-AA-T-A-T-T-AGCCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT-ATA-----A--G-A-T-GA--CGA-GATGG--GTTTTTTT
gi|123356                     :  AAAAATA-AG-A-A--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGA--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-G--AA-GA--TA--T----TA-TT-C--TT---AA--A-TG-A-----G-A--GA--AAA-CA-TAC-----A-T--TT-T-A--G--G-ACA-T-----AT----TAC--ATA--G-AA--A-TTG-T--G--TG-AA-AA-T-A-T-G-AGCCA-TT-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT-ATA-----A--G-A-T-GA--CGC-GATGG--GTTTTTT
gi|123357                     : aAAAAATA-AG-A-A--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGA--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-G--AA-GA--TA--T----TA-TT-C--TT---AA--A-TG-A-----G-A--G---AAA-ACATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-ACA-T-----AT----TAC--ATA--G-AA--A-TTG-TG-G--TG-AA-AA-T-A-T-G-AGCCA-TT-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT-ATA-----A--G-A-T-GA--CGC-GATGG--TTTTTT
gi|123360                     : aAAAAATACAG-A-A--CG-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-G--AA-GA--GA--T----TA-TT-C--CTTTAAA--A-T--------G-A--GG--AAA-AAAT-C-----A-T--TT-T-A--G--G-ACA-AT----AT----TAC--ATA--G-AA--A-TTG-T--G--TGAAA-AA-T-A-T-T-AGCCA-TC-------C--G--T-G-A-T-G----A-----C-GT-ATA-----A--G-A-TGGA--CGT-GATGG--TTTTTT
gi|123358                     : aAAAAATA-AG-A-G--TA-TT--G-------G-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-T--AA-AA--GA--T----TA-TT-T--GT---AA--A-TG-A-----G-A--G----AA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--A-GCATA-----TT----TTC--ATA--G-AA--A-TTG-T--G--TA-AA-AA-T-A-T-T-AGTCA-TA-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT-ATA-----A--G-A-T-GA--CGC-GAT----GTTTTTTT
gi|123361                     : aAAAAATA-AG-A-G--TA-TT--G-------A-T-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-T--AA-GA--GA--T----TA-TT-CG-TT---AA--A-T--A-----G-A--GA--AAA--AATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-ACA-T-----AT----TAC--ATA--G-AA--A-TTG-T--G--TA-AA-AA-T-A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T---A-T-G----A-----C-GT--TA-----A--G-A-T-TAG-TGC-GAT----GTTTTTTT
gi|123359                     : aAAAAATA-AG-A-G--TA-TT--G-------G-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-T--AA--A--GA--T----TA-TT-T--GT---AA--A-TG-A-----G-A--GA--AAA---ATAC-----A-T--TT-T-A--G--A-GCA-T-----AT----TTC--ATA--GAAA--A-TTG-T--G--T--AA-AA-T-A-T-T-ATTCA-TA-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT-ATA-----A--G-A-T-GA--CGC-GAT----GTTTTTTT
gi|123364                     : aAAAAATA-AGGA-A--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TTTA-AA--------TC------A-A--AAAGA--GA--T----TA-TT-C--TT---AA--A-TG-A-----G-A--GA--AAA-TA--AC-----A-T--TT-T-A--G--GAACA-T-----AT----TAC----A--G-AA--A-TTG-T--GTCTG-AA-AA-T-A-T-T-AGCCA-TC-------C-CGT-T-G-A-T-GA---A-----C-GT-ATA-----A--G-A-T-GA--TGT-GAT----GTTTTCTT
gi|123362                     : aAAAAATA-AG-A-GAGTA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AAG-TT--T-TT-A-AA--------TC------A-T--AA-GA--GA--T----TA-TT-C--GT---AA--AATG-A-----G-A--GA--AAC-AT-TAC-----A-T--TT-T-A--G--G-ACA-T-----AT----TAC--ATA--G-AA--A-TTG-T--G--TA-AA-AA-T-A-TAT-AGTCA-TT-------T-AG--T-G-A-T-G----A-----CGGT-ATAGGCCTA--G-A-T-GA--CGC-GAT----GTTTTTT
gi|123365                     : aAAAAATA-AG-A-A--CA-TT--G-------A-C-AG----T--TGC--AG--TG--T-TT-A-AA--------TT------A-G--AA-AA--GA--T----TA-TT-C--TT---AA--A-TG-A-----G-A--GA--A----------------------------------A-A-----AT----TAC--ATA--G-AA--A-TTG-T--G--TG-AA-AA-T-G-T-G-AGCTA-TT-------C-AC--T-G-G-T-G----A-----C-GA-ATA-----A--G-A-T-GA--CGC-GATGGT-GTTTTTT
gi|123363                     : aAAAAAAA-AG-A-A--CA-TT--G-------A-C-AA----T--CGC--AT--TG--T-TT-A-AA--------TA------A-T--AA-GA--AA--T----TA-TC-C--GT---AA--A-TG-A-----G-A--GA--AAC-AA-TAC-----A-T--TT-T-A--G--G-ACA-T-----GT----TAC--ATG--T-AA--A-GTG-T--T--TG-AA-AA-T-G-T-T-AGTTA-TT-------C-AG--T-G-A-T-A----A-----T-GT-ATA-----A--G-A-T-GA--CGC-GAT----GTTTTTT
gi|123369                     : aAAAAATA-AG-A-G--TA-TT--G-------A-C-AG----T--CGCG-AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-T--AA-GCCCGA--T----TA-T--C--GT---AA--A-TG-A-----G-A--GA--AAA-AAATAC-----ACT--TT-T-A--G--G-TCA-AT----AT----TAC--ATA--GAAA--A-TTG-T--G--TGAAA-AA-T-A-T-T--GTCA-TCG------C-AG--T-G-A-TGG----A-----C-TG-ATA-----C--G-A-T-GACGCGC-GAT----GTCTTTTT
gi|123367                     : aAAGAATA-AG-A-A--CA-T---G-------A-CCAG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-A--AA-GA--G---T----TA-TT-C--TT---AA--A-TG-A-----G-A--G-----A-AAATAC-----A-T--TT-T-ACGG--A-ACG-T-----AT----TAC--ATA----AA--A-TTA-T--G--AG-AA-AA-G-A-T-T-AGCCA-TCG------C-AG--T-GAA-T-GACGTA-----C-GT-ATA-----A--GAA-T-GA--CGGCGAT-----TTTTTCT
gi|123366                     : aAAAAAAA-AG-A-G--TA-CT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--TATT-A-AA--------TC------A-ATAAA-CA--CA--T----TA-TT-TCGTA---AA--A-TG-A-----G-A--G---AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-ACATC-----AT----TAA--ATA--G-AA--A-TTG-T--G--TA-AA-AA-T-A-A-T-AGTCA-TC-------A-TG--TCG-A-T-G----A-----A-GT-ATA-----C--G-A-T-GA--CGC-GA-AT--GTTTTTTT
gi|123373                     : aAAAAAAA-AG-A-A--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-G--AA-GA--GA--T----TA-TT-C--TT---AA--A-TG-A-----G-A--GA--AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-ACA-T-----AT----TA
gi|123368                     : aAAAAATA-AG-A-A--CA-CT--G-------AAC-AG----CGCCGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-T--A--GA--GA--T----TA-TT-C--GT---AA----TG-A-----G-A--GA--AAA--AATAC-----A----TT-T-A--G--G-ACATT-----AC----TAC--ATA--G-AA--A-TTG-C-----TC-AA-AA-T-ATT-T-AGTCA-T--------C-AG--T-G-A-TGG----A-----C-GT-ATA-----C--G-ATT-GA--CGC-GATTGTTGTTTT
gi|123370                     : aAAAAATA-AG-A-A--CAACT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AAT-------TC------ATC--AA-GA--GAATT----TA-TTAC--GT---AA--A-T--A-----G-A--AA--GAA-AAATACA----A-T--TT-T-A--G--G--CA-ATG---AC----TAC--ATA--G-AT--A-TTGCT--G--TG-AATAATT-A-T-TCAGTCA-TT-------CGAG--T-G-A-T-G----A-----C-GT-ATA-----AGCG-A-T-GA--CGT-GATG
gi|123375                     : aAAAAATA-GA-A-G---A-TT--G-------AGC-AG----T--CGC--AA--TA--T-TTTA-AA--------TC------A-TT-AA-GA--GA--T----TA-TT-C--TT---AA--A-TG-A-----G-A--T---AAA-AAGTAC-----A-T--TT-TCA--G--G-ACA-T-----AT----TAA--ACT--G-AA--AGTTG-T--G--T--AA-AA-T-A-T-T-AGTCT-AC-------C-AGCCT-G-A-T-GT---A-----G-GT-ATAGT---A--G-A-T-GA--CGA-TATGATTGTCTTTTtttgtt
gi|123371                     : aAAAAATT-AA-A-G--TA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA-------------------------------------A-GA--GA--T----TA-TT-C--GT---AA--A-TG-A-----G-A---A--GAA-AAAT-----------------------------------AT----TAC--ATA--G-AA--A-TTT-TTCG--TG--A-AA-T-A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT-AT------A--G-A-T-GA--CGC-GAT----GTTTTTTT
gi|123374                     : aAAAAATG-AG-A-G--TA-TT--ATAGGAGAA-C-AGAATCT--CGCGGAA--TG--T-TT-A-AGAGTCACACTC------A-A--GA-CA--GA--C----T--CT-C--AT---AATCG-TG-AAAATTG-A--GA--GAA-AAATACT----A-T--TT-T-A--G--G-ACA-T-----AT----TAC--ATA--G-AATTG-TTGCT--G--TG-AA-AA-T-A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----AT----C-GT-ATA-----A--G-ATT-GA--C
gi|123377                     : aAAAAATA-A-------CA-TTT-G-------A-C-AG----T--CGCG-AA--TG--C-TT-A-A----------T------A-T--AA-G---GA--T----TA-TTTC--GT---AA--G-TG-A-----G-A--GA--AAA-A------------------T-A------------------T----TAC--AAA--G-AA--A-TTG-T--G--T--AA-AA-T-A-T-T---TCA-TG-------C-AG--T-G-A---G----A-----C-GT-ACAGGTATA--G-A-T-GA--CGC-GAT----GTTGTTTTcttgtcgatgtttttct
gi|123379                     : aAAAAATA-CA-A-G--TA-TTTCG-------A-C-AG----T--TGCA-AA--TAGTT-TT-A-AA--------TC------A-T---A-GA---A--T----TA-TT-TCGTA---AA--A-TGAA-----G-A--GA--AAACGAATACTTAATA-T--TT-TGG--G--G-ATT-ATGCTTATCCGGTACCGGTA--A-AA--A-TTG----A--TG-AA-AA-T-A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-AGT-G----AAGGATC-GT-AT
gi|123381                     :  AAAAACA-A-------CA-TT--G-------A-C-TT----T--GAC--AA--TG--T-TT-A-AT--------TC------A------------------------------T---AA--A-CG-A-----G-A--GGGGAAA-AAATAC-----A-T--AT-T-A--C--G-ACA-T-----TT----TAC--ATA--C-GA--A-TTC-T--G--TG-AA-AA-C-G-T-C-AGccaacggaatagctttgacgcgactgctctttt
gi|123380                     :  aAAAATA-AG-A-A--CA-AT--G-------A-C-AC----T--CGC--AA--TA--T-TT-A-AT--------TC------A-T--AA-GA--TA--T----TA-TT-G--TT---AA----TG-A-----G-AGAG---AAA-AAATAC-----A-T--TTAA-A--A--G-ACC-T-----AT----TAC--ATA--G-AC--A-TTT-T--G--TG-AA-AA-T-A-T-C-AATCG-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT-ATG-----A--G-A-T-GA--GGC-GAT----GTTTT
gi|123372                     :    AAATA-AA-ACA--CA-TC--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-A----------C------A-T--TA-GA--GA--T----TA-TT-C--GT---A-----TGGA-----G-A--GA--AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G----ACA--------TC---TACT-ATA--G-AA--A-TT--C--G--TC-AA-AAGT-A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----T-GTAATA-----C--G---T-GA--C-C-GAT----GTTTGTTT
gi|123376                     :                   aacT--G-------A-C-AG----T--CGA--AAAGTG--T-TC-T-AA--------T---------G--AA-GA--GA--G----TA-TT-T--CT---AA--A-TT------------GA--AGA-AAATAC-----A-TCGTT-A-A--G--G-ACT-T-----A-----TACA-ATA--G-AA--A-TTG-TG-G--TG-A-------A-T-T-GAGCA-TT-------T-AG--TAG-A-T-G----A-----C-GT-AAA-----A--G-A-T-GA--CGC-GAT----GTTTTTT
gi|123382                     :                                   aaaagattagcaacagaA--TG--T-TT-ATAA--------TCGTTTTTA-G--AA-GC--GA--TAATGTAATT-G--CT---AA--GGTG-A-----GTA--GA--GAA-AAATAC-----AAT--TTAT-A--G--G-A-A-T-----AT----TAC--ATATGG-AA--A-TTG-TAGG--TG-AA-AA-TCA-T-T-AGCCAGTCGCCGAGTC-AG--C-A-T-C-G----A-----C-GT-ATA-----A--G-A-T-GA--CG----CTG--ATTTTTTT
gi|123384                     :                                                                                       --AA-GA--GA--T----AG-TT-C--TT---AA--A-TA-A-----A-A--GG--GAA-AA-CAA-----A-A--TT-T-A--G--G-ACA-T-----TT----TAC--AAA--G-AA--A-TTG-T--G--TGTAATAA-T-A-A-C-AGTCA-TC-------C-Act
gi|123383                     :                                                                                       --AA-TA--GA--T----TA-TT-C--GT---AA--A-TG-A-----G-A--GGGGAAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-ACA-T-----AT----TAC--
gi|123385                     :                                                                                                     ----TA-TT-C--GT---AA--A-TG-A-----G-A--G---AAA-AAATAC-----T-T--TG-T-A--GAAG-ACA-T-----ATC---TAG--ATAGTG-AA--A-TT--T--G--TG-AA-A--------------A-TT-------C-AG--T-G-T-A-G----T-----C-AT-AAA-----A--G-C-T-GA--CG
gi|123386                     :                                                                                                             T-C--TT---AA--A-TG-A-----G-A--GA--AAA-A--TAC-----A-T--TT-T-A--G--G-ACG-T-----AT----TAC--ATA----AA--A-TTA-T--G--AG-AA-AA-G-A-T-T-AGCCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-GACGTA-----C-GT-ATA-----A--G-A-T-GA--CGC-GAT-----TTTTTTctgtcgataacttcacgatgaacgcgatgttgttt

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   111111111111                                            
lowQualScore                  :                         1  1 3333  1  33 5555555 3 1  3333 22   55  55  22 1  3 1  66666666  444444 6666  1  11  11 2222  1  5 1 333  33 5  1 44444 1  444   6666   55555 2 11  2 1 11 11 1 333333 2 1 2  4444  1 33 1  33 2  11 1   2 33 44  4  2  2 333 1 2 1     1  7777777 1  55 3 1 1 3 9999 55555 1  33  22 222222222222 1 7777777 1 1 33 444 444 1 1 777 44        
lowQualScore                  :                         .  . ....  .  .. ....... . .  .... ..   ..  ..  .. .  . .  ........  ...... ....  .  ..  .. ....  .  . . ...  .. .  . ..... .  ...   ....   ..... . ..  . . .. .. . ...... . . .  ....  . .. .  .. .  .. .   . .. ..  .  .  . ... . . .     .  ....... .  .. . . . . .... ..... .  ..  .. ............ . ....... . . .. ... ... . . ... ..        
lowQualScore                  :                         6  6 5555  6  77 0000000 1 5  3333 11   22  00  00 5  0 5  99999999  333333 8888  4  99  99 8888  3  2 0 555  55 2  3 55555 3  999   0000   88888 6 88  6 3 88 88 3 777777 6 3 6  0000  3 22 4  88 8  99 4   8 88 77  1  8  8 888 4 8 4     4  5555555 4  66 0 5 5 0 3333 22222 5  55  00 333333333333 5 8888888 5 5 55 111 111 5 5 000 11        
consensus                     :                  AAAAATA-AG-A-G--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-N--AA-GA--GA--T----TA-TT-CGT---AA--A-TG-A-----G-AGA--AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TG-AA-AA-T---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTTT
Reference ( family-613 )      :                  AAAAATA-AG-A-G--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-N--AA-GA--GA--T----TA-TT-CNT---AA--A-TG-A-----G-AGA--AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TG-AA-AA-T---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTTT
gi|123356                     :                  AAAAATA-AG-A-A--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGA--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-G--AA-GA--TA--T----TA-TT-CTT---AA--A-TG-A-----G-AGA--AAA-CA-TAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TG-AA-AA-T---A-T-G-AGCCA-TT-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---TGGGTTTTTT
gi|123357                     :                 aAAAAATA-AG-A-A--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGA--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-G--AA-GA--TA--T----TA-TT-CTT---AA--A-TG-A-----G-AGA--AAA-CA-TAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--GG-TG-AA-AA-T---A-T-G-AGCCA-TT-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GGTTTTTT
gi|123358                     :                 aAAAAATA-AG-A-G--TA-TT--G-------G-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-T--AA-AA--GA--T----TA-TT-TGT---AA--A-TG-A-----G-AGA--AAA-A--TAC-----A-T--TT-T-A--G--A-G------C-A-T-AT----TTTC--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TA-AA-AA-T---A-T-T-AGTCA-TA-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTTT
gi|123359                     :                 aAAAAATA-AG-A-G--TA-TT--G-------G-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-T--AA--A--GA--T----TA-TT-TGT---AA--A-TG-A-----G-AGA--AAA---ATAC-----A-T--TT-T-A--G--A-G------C-A-T-AT----TT-C--A-TA--GAAA--A-TTG-T--G--T--AA-AA-T---A-T-T-ATTCA-TA-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTTT
gi|123360                     :                 aAAAAATACAG-A-A--CG-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-G--AA-GA--GA--T----TA-TT-CCTTTAAA--A-T--------G-AGG--AAA-AAAT-C-----A-T--TT-T-A--G--G-A------CAA-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TGAAA-AA-T---A-T-T-AGCCA-TC-------C--G--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------TGG-A--C---G---T-G-A---T--GGTTTTTT
gi|123361                     :                 aAAAAATA-AG-A-G--TA-TT--G-------A-T-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-T--AA-GA--GA--T----TA-TT-CGTT--AA--A-T--A-----G-AGA--AAA--AATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TA-AA-AA-T---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T---A-T-G----A-----C-GT---T--A-----A------G-A-------T-T-AG-T---G---C-G-A---T--GTTTTTTT
gi|123362                     :                 aAAAAATA-AG-A-GAGTA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AAG-TT--T-TT-A-AA--------TC------A-T--AA-GA--GA--T----TA-TT-CGT---AA--AATG-A-----G-AGA--AAC-AT-TAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TA-AA-AA-T---A-TAT-AGTCA-TT-------T-AG--T-G-A-T-G----A-----CGGT--AT--AGGCCTA------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTT
gi|123363                     :                 aAAAAAAA-AG-A-A--CA-TT--G-------A-C-AA----T--CGC--AT--TG--T-TT-A-AA--------TA------A-T--AA-GA--AA--T----TA-TC-CGT---AA--A-TG-A-----G-AGA--AAC-AA-TAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-GT----TA-C--A-TG--T-AA--A-GTG-T--T--TG-AA-AA-T---G-T-T-AGTTA-TT-------C-AG--T-G-A-T-A----A-----T-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTT
gi|123364                     :                 aAAAAATA-AGGA-A--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TTTA-AA--------TC------A-A--AAAGA--GA--T----TA-TT-CTT---AA--A-TG-A-----G-AGA--AAA-TA--AC-----A-T--TT-T-A--G--GAA------C-A-T-AT----TA-C-----A--G-AA--A-TTG-T--GTCTG-AA-AA-T---A-T-T-AGCCA-TC-------C-CGT-T-G-A-T-GA---A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--T---G---T-G-A---T--GTTTTCTT
gi|123365                     :                 aAAAAATA-AG-A-A--CA-TT--G-------A-C-AG----T--TGC--AG--TG--T-TT-A-AA--------TT------A-G--AA-AA--GA--T----TA-TT-CTT---AA--A-TG-A-----G-AGA--AAA-------------------------------------------AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TG-AA-AA-T---G-T-G-AGCTA-TT-------C-AC--T-G-G-T-G----A-----C-GA--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-ATGGT--GTTTTTT
gi|123366                     :                 aAAAAAAA-AG-A-G--TA-CT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--TATT-A-AA--------TC------A-ATAAA-CA--CA--T----TA-TTTCGT---AA--AATG-A-----G-AG---AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-TCAT----TA-A--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TA-AA-AA-T---A-A-T-AGTCA-TC-------A-TG--TCG-A-T-G----A-----A-GT--AT--A-----C------G-A-------T-G-A--C---G---C-GAA---T--GTTTTTTT
gi|123367                     :                 aAAGAATA-AG-A-A--CA-T---G-------A-CCAG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-A--AA-GA--G---T----TA-TT-CTT---AA--A-TG-A-----G-AG-----A-AAATAC-----A-T--TT-T-ACGG--A-A------C-G-T-AT----TA-C--A-TA----AA--A-TTA-T--G--AG-AA-AA-G---A-T-T-AGCCA-TCG------C-AG--T-GAA-T-GACGTA-----C-GT--AT--A-----A------GAA-------T-G-A--CG--G---C-G-A---T--TTTTTCT
gi|123368                     :                 aAAAAATA-AG-A-A--CA-CT--G-------AAC-AG----CGCCGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-T--A--GA--GA--T----TA-TT-CGT---AA----TG-A-----G-AGA--AAA--AATAC-----A----TT-T-A--G--G-A------C-ATT-AC----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-C-----TC-AA-AA-T---ATT-T-AGTCA-T--------C-AG--T-G-A-TGG----A-----C-GT--AT--A-----C------G-AT------T-G-A--C---G---C-G-AT--T--GTTGTTTT
gi|123369                     :                 aAAAAATA-AG-A-G--TA-TT--G-------A-C-AG----T--CGCG-AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-T--AA-GCCCGA--T----TA-T--CGT---AA--A-TG-A-----G-AGA--AAA-AAATAC-----ACT--TT-T-A--G--G-T------CAA-T-AT----TA-C--A-TA--GAAA--A-TTG-T--G--TGAAA-AA-T---A-T-T--GTCA-TCG------C-AG--T-G-A-TGG----A-----C-TG--AT--A-----C------G-A-------T-G-ACGC---G---C-G-A---T--GTCTTTTT
gi|123370                     :                 aAAAAATA-AG-A-A--CAACT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AAT-------TC------ATC--AA-GA--GAATT----TA-TTACGT---AA--A-T--A-----G-AAA--GAA-AAATACA----A-T--TT-T-A--G--G-C------A-A-TGAC----TA-C--A-TA--G-AT--A-TTGCT--G--TG-AATAATT---A-T-TCAGTCA-TT-------CGAG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----AGC----G-A-------T-G-A--C---G---T-G-A---T--GTTTGTT
gi|123371                     :                 aAAAAATT-AA-A-G--TA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA-------------------------------------A-GA--GA--T----TA-TT-CGT---AA--A-TG-A-----G-AAG--AAA-A-------------------------------------A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTT-TTCG--TG--A-AA-T---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--------A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTTT
gi|123372                     :                   aAAATA-AA-ACA--CA-TC--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-A----------C------A-T--TA-GA--GA--T----TA-TT-CGT---A-----TGGA-----G-AGA--AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G----A------C-A-T--C----TA-CT-A-TA--G-AA--A-TT--C--G--TC-AA-AAGT---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----T-GTA-AT--A-----C------G---------T-G-A--C-------C-G-A---T--GTTTGTTT
gi|123373                     :               aacAAAAAAA-AG-A-A--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-G--AA-GA--GA--T----TA-TT-CTT---AA--A-TG-A-----G-AGA--AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-
gi|123374                     :                 aAAAAATG-AG-A-G--TA-TT--ATAGGAGAA-C-AGAATCT--CGCGGAA--TG--T-TT-A-AGAGTCACACTC------A-A--GA-CA--GA--C----T--CT-CAT---AATCG-TG-AAAATTG-AGA--GAA-AAATACT----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AATTG-TTGCT--G--TG-AA-AA-T---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----AT----C-GT--AT--A-----A------G-AT------T-G-A--CCTTGT--C-G-A---T--GTTTTTCT
gi|123375                     :                 aAAAAATA-GA-A-G---A-TT--G-------AGC-AG----T--CGC--AA--TA--T-TTTA-AA--------TC------A-TT-AA-GA--GA--T----TA-TT-CTT---AA--A-TG-A-----G-AT---AAA-AAGTAC-----A-T--TT-TCA--G--G-A------C-A-T-AT----TA-A--A-CT--G-AA--AGTTG-T--G--T--AA-AA-T---A-T-T-AGTCT-AC-------C-AGCCT-G-A-T-GT---A-----G-GT--AT--AGT---A------G-A-------T-G-A--C---GATAT-G-AT--T--GTCTTTT
gi|123376                     :                                     aT--G-------A-C-AG----T--CGA--AAAGTG--T-TC-T-AA--------T---------G--AA-GA--GA--G----TA-TT-TCT---AA--A-TT----------GA--AGA-AAATAC-----A-TCGTT-A-A--G--G-A------C-T-T-AT-----A-C--AATA--G-AA--A-TTG-T--GG-TG-AA----------T-T-GAGCA-TT-------T-AG--TAG-A-T-G----A-----C-GT--AA--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTT
gi|123377                     : aaaagattagcaacagaAAAAATA-A-------CA-TTT-G-------A-C-AG----T--CGCG-AA--TG--C-TT-A-A----------T------A-T--AA-G---GA--T----TA-TTTCGT---AA--G-TG-A-----G-AGA--AAA-A---------------------------------------T-AT----TA-C--A-AA--G-AA--A-TTG-T--G--T--AA-AA-T---A-T-T---TCA-TG-------C-AG--T-G-A---G----A-----C-GT--AC--AGGTATA------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTGTTTT
gi|123378                     :                 aAAAAATA-AG-A-G--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-G--AA-GA--GA--T----TA-TT-CTT---AA--A-TG-A-----G-AGA--AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-A-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TG-AA-AA-T---A-T-T-AGCCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---A-G-A---TGGGTTTTTTT
gi|123379                     :                  AAAAATA-CA-A-G--TA-TTTCG-------A-C-AG----T--TGC--AAA-TAGTT-TT-A-AA--------TC------A-T--A--GA---A--T----TA-TTTCGT---AA--AATG-AA----G-AGA--AAACGAATACTTAATA-T--TT-T-G--G--G-GATTATGC-T-T-ATCCGGTA-CCGG-TA--A-AA--A-TTG----A--TG-AA-AA-T---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-AGT-G----AAGGATC-GT--ATCCA-----ACG----G-AATAGCTTT-G-A--C---G---C-G-AC--T--GCTCTTTT
gi|123380                     :                   AAAATA-AG-A-A--CA-AT--G-------A-C-AC----T--CGC--AA--TA--T-TT-A-AT--------TC------A-T--AA-GA--TA--T----TA-TT-GTT---AATGA--G-A-----G-AG---AAA-AAATAC-----A-T--TTAA-A--A--G-A------C-C-T-AT----TA-C--A-TA--G-AC--A-TTT-T--G--TG-AA-AA-T---A-T-C-AATCG-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--G-----A------G-A-------T-G-A--G---G---C-G-A---T--GTTTT
gi|123381                     :                  AAAAACA-A-------CA-TT--G-------A-C-TT----T--GAC--AA--TG--T-TT-A-A-----------------------------------------TT-CAT---AA--A-CG-A-----G-AGGGGAAA-AAATAC-----A-T--AT-T-A--C--G-A------C-A-T-TT----TA-C--A-TA--C-GA--A-TTC-T--G--TG-AA-AA-C---G-T-C-AG
gi|123382                     :                                                                   aA--TG--T-TT-ATAA--------TCGTTTTTA-G--AA-GC--GA--TAATGTAATT-GCT---AA--GGTG-A-----GTAGA--GAA-AAATAC-----AAT--TTAT-A--G--G-A--------A-T-AT----TA-C--A-TATGG-AA--A-TTG-TAGG--TG-AA-AA-TC--A-T-T-AGCCAGTCGCCGAGTC-AG--C-A-T-C-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---CTG-A---T--TTTTTTCT
gi|123383                     :                                                                                                       --AA-TA--GA--T----TA-TT-CGT---AA--A-TG-A-----G-AGGGGAAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--
gi|123384                     :                                                                                                       --AA-GA--GA--T----AG-TT-CTT---AA--A-TA-A-----A-AGG--GAA-AA-CAA-----A-A--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-TT----TA-C--A-AA--G-AA--A-TTG-T--G--TGTAATAA-T---A-A-C-AGTCA-TC-------C-A
gi|123385                     :                                                                                                                     ----TA-TT-CGT---AA--A-TG-A-----G-AG---AAA-AAATAC-----T-T--TG-T-A--GAAG-A------C-A-T-ATC---TA-G--A-TAGTG-AA--A-TT--T--G--TG-AA-AA-TTCAG-TGT-AGTCA-TA-------A-AAGCT-G-A-C-G----C-----T-GTCGAT--A-----ACTTCACG-A-------T-GAA--C---G---C-G-A---T--GTTGTTT
gi|123386                     :                                                                                                                             T-CTT---AA--A-TG-A-----G-AGA--AAA---ATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-G-T-AT----TA-C--A-TA----AA--A-TTA-T--G--AG-AA-AA-G---A-T-T-AGCCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-GACGTA-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--TTTTTTCT

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    111111111111                                            
lowQualScore                  :                         1  1 3333  1  33 5555555 3 1  3333 22   55  55  22 1  3 1  66666666  444444 6666  1  11  11  222  4444 5 11 444   666  1 1 1 11 666   7777   55555 2 11  2 1 11 11 1 333333 2 1 2  4444  1 33 1  33 2  11 1   2 33 44  4  2  2 333 1 2 1     1  7777777 1  55 3 1 1 3 9999 55555 1  33  22 222222222222 1 7777777 1 1 33 444 444 1 1 777 44        
lowQualScore                  :                         .  . ....  .  .. ....... . .  .... ..   ..  ..  .. .  . .  ........  ...... ....  .  ..  ..  ...  .... . .. ...   ...  . . . .. ...   ....   ..... . ..  . . .. .. . ...... . . .  ....  . .. .  .. .  .. .   . .. ..  .  .  . ... . . .     .  ....... .  .. . . . . .... ..... .  ..  .. ............ . ....... . . .. ... ... . . ... ..        
lowQualScore                  :                         6  6 5555  6  77 0000000 1 5  3333 11   22  00  00 5  0 5  99999999  333333 8888  4  99  99  333  5555 2 55 888   111  3 3 3 88 555   6666   88888 6 88  6 3 88 88 3 777777 6 3 6  0000  3 22 4  88 8  99 4   8 88 77  1  8  8 888 4 8 4     4  5555555 4  66 0 5 5 0 3333 22222 5  55  00 333333333333 5 8888888 5 5 55 111 111 5 5 000 11        
consensus                     :                  AAAAATA-AG-A-G--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-N--AA-GA--GA--TT---AT----T-CG-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TG-AA-AA-T---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTTT
Reference ( family-613 )      :                  AAAAATA-AG-A-G--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-N--AA-GA--GA--TT---AT----T-CG-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TG-AA-AA-T---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTTT
gi|123356                     :                  AAAAATA-AG-A-A--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGA--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-G--AA-GA--TA--TT---AT----T-CT-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA-CA-TAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TG-AA-AA-T---A-T-G-AGCCA-TT-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---TGGGTTTTTT
gi|123357                     :                 aAAAAATA-AG-A-A--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGA--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-G--AA-GA--TA--TT---AT----T-CT-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA-CA-TAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--GG-TG-AA-AA-T---A-T-G-AGCCA-TT-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GGTTTTTT
gi|123358                     :                 aAAAAATA-AG-A-G--TA-TT--G-------G-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-T--AA-AA--GA--TT---AT----T-TG-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA-A--TAC-----A-T--TT-T-A--G--A-G------C-A-T-AT----TTTC--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TA-AA-AA-T---A-T-T-AGTCA-TA-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTTT
gi|123359                     :                 aAAAAATA-AG-A-G--TA-TT--G-------G-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-T--AA--A--GA--TT---AT----T-TG-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA---ATAC-----A-T--TT-T-A--G--A-G------C-A-T-AT----TT-C--A-TA--GAAA--A-TTG-T--G--T--AA-AA-T---A-T-T-ATTCA-TA-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTTT
gi|123360                     :                 aAAAAATACAG-A-A--CG-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-G--AA-GA--GA--TT---AT----T-CC-TTTAAAA---T----G-A--GG--AAA-AAAT-C-----A-T--TT-T-A--G--G-A------CAA-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TGAAA-AA-T---A-T-T-AGCCA-TC-------C--G--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------TGG-A--C---G---T-G-A---T--GGTTTTTT
gi|123361                     :                 aAAAAATA-AG-A-G--TA-TT--G-------A-T-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-T--AA-GA--GA--TT---AT----T-CG-TT--AAA---T--A-G-A--GA--AAA--AATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TA-AA-AA-T---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T---A-T-G----A-----C-GT---T--A-----A------G-A-------T-T-AG-T---G---C-G-A---T--GTTTTTTT
gi|123362                     :                 aAAAAATA-AG-A-GAGTA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AAG-TT--T-TT-A-AA--------TC------A-T--AA-GA--GA--TT---AT----T-CG-TA--AAA---TG-A-G-A--G---AAA-CATTAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TA-AA-AA-T---A-TAT-AGTCA-TT-------T-AG--T-G-A-T-G----A-----CGGT--AT--AGGCCTA------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTT
gi|123363                     :                 aAAAAAAA-AG-A-A--CA-TT--G-------A-C-AA----T--CGC--AT--TG--T-TT-A-AA--------TA------A-T--AA-GA--AA--TT---AT----C-CG-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAC-AA-TAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-GT----TA-C--A-TG--T-AA--A-GTG-T--T--TG-AA-AA-T---G-T-T-AGTTA-TT-------C-AG--T-G-A-T-A----A-----T-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTT
gi|123364                     :                 aAAAAATA-AGGA-A--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TTTA-AA--------TC------A-A--AAAGA--GA--TT---AT----T-CT-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA-TA--AC-----A-T--TT-T-A--G--GAA------C-A-T-AT----TA-C-----A--G-AA--A-TTG-T--GTCTG-AA-AA-T---A-T-T-AGCCA-TC-------C-CGT-T-G-A-T-GA---A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--T---G---T-G-A---T--GTTTTCTT
gi|123365                     :                 aAAAAATA-AG-A-A--CA-TT--G-------A-C-AG----T--TGC--AG--TG--T-TT-A-AA--------TT------A-G--AA-AA--GA--TT---AT----T-CT-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA-------------------------------------------AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TG-AA-AA-T---G-T-G-AGCTA-TT-------C-AC--T-G-G-T-G----A-----C-GA--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-ATGGT--GTTTTTT
gi|123366                     :                 aAAAAAAA-AG-A-G--TA-CT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--TATT-A-AA--------TC------A-ATAAA-CA--CA--TT---AT----TTCG-T---AAAA--TG-A-G-A--G---AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-TCAT----TA-A--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TA-AA-AA-T---A-A-T-AGTCA-TC-------A-TG--TCG-A-T-G----A-----A-GT--AT--A-----C------G-A-------T-G-A--C---G---C-GAA---T--GTTTTTTT
gi|123367                     :                 aAAGAATA-AG-A-A--CA-T---G-------A-CCAG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-A--AA-GA--G---TT---AT----T-CT-T---AAA---TG-A-G-A--G-----A-AAATAC-----A-T--TT-T-ACGG--A-A------C-G-T-AT----TA-C--A-TA----AA--A-TTA-T--G--AG-AA-AA-G---A-T-T-AGCCA-TCG------C-AG--T-GAA-T-GACGTA-----C-GT--AT--A-----A------GAA-------T-G-A--CG--G---C-G-A---T--TTTTTCT
gi|123368                     :                 aAAAAATA-AG-A-A--CA-CT--G-------AAC-AG----CGCCGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-T--A--GA--GA--TT---AT----T-CG-T---AA----TG-A-G-A--GA--AAA--AATAC-----A----TT-T-A--G--G-A------C-ATT-AC----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-C-----TC-AA-AA-T---ATT-T-AGTCA-T--------C-AG--T-G-A-TGG----A-----C-GT--AT--A-----C------G-AT------T-G-A--C---G---C-G-AT--T--GTTGTTTT
gi|123369                     :                 aAAAAATA-AG-A-G--TA-TT--G-------A-C-AG----T--CGCG-AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-T--AA-GCCCGA--TT---AT------CG-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA-AAATAC-----ACT--TT-T-A--G--G-T------CAA-T-AT----TA-C--A-TA--GAAA--A-TTG-T--G--TGAAA-AA-T---A-T-T--GTCA-TCG------C-AG--T-G-A-TGG----A-----C-TG--AT--A-----C------G-A-------T-G-ACGC---G---C-G-A---T--GTCTTTTT
gi|123370                     :                 aAAAAATA-AG-A-A--CAACT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AAT-------TC------ATC--AA-GA--GAATTT---AT----TACG-T---AAA---T--A-G-A--AA--GAA-AAATACA----A-T--TT-T-A--G--G-C------A-A-TGAC----TA-C--A-TA--G-AT--A-TTGCT--G--TG-AATAATT---A-T-TCAGTCA-TT-------CGAG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----AGC----G-A-------T-G-A--C---G---T-G-A---T--GTTTGTT
gi|123371                     :                 aAAAAATT-AA-A-G--TA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA-------------------------------------A-GA--GA--TT---AT----T-CG-T---AAA---TG-A-G-A--AG--AAA-A-------------------------------------A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTT-TTCG--TG--A-AA-T---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--------A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTTT
gi|123372                     :                   aAAATA-AA-ACA--CA-TC--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-A----------C------A-T--TA-GA--GA--TT---AT----T-CG-T---A-----TGGA-G-A--GA--AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G----A------C-A-T--C----TA-CT-A-TA--G-AA--A-TT--C--G--TC-AA-AAGT---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----T-GTA-AT--A-----C------G---------T-G-A--C-------C-G-A---T--GTTTGTTT
gi|123373                     :               aacAAAAAAA-AG-A-A--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-G--AA-GA--GA--TT---AT----T-CT-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-
gi|123374                     :                 aAAAAATG-AG-A-G--TA-TT--ATAGGAGAA-C-AGAATCT--CGCGGAA--TG--T-TT-A-AGAGTCACACTC------A-A--GA-CA--GA--CTCTCATAA--T-CG-T---GAAAATTG-A-G-A--GA--AAA-A--TACT----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AATTG-TTGCT--G--TG-AA-AA-T---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----AT----C-GT--AT--A-----A------G-AT------T-G-A--CCTTGT--C-G-A---T--GTTTTTCT
gi|123375                     :                 aAAAAATA-GA-A-G---A-TT--G-------AGC-AG----T--CGC--AA--TA--T-TTTA-AA--------TC------A-TT-AA-GA--GA--TT---AT----T-CT-T---AAA---TG-A-G-A--T---AAA-AAGTAC-----A-T--TT-TCA--G--G-A------C-A-T-AT----TA-A--A-CT--G-AA--AGTTG-T--G--T--AA-AA-T---A-T-T-AGTCT-AC-------C-AGCCT-G-A-T-GT---A-----G-GT--AT--AGT---A------G-A-------T-G-A--C---GATAT-G-AT--T--GTCTTTT
gi|123376                     :                                     aT--G-------A-C-AG----T--CGA--AAAGTG--T-TC-T-AA--------T---------G--AA-GA--GA--GT---AT----T-TC-T---AAA---TT--------GA--AGA-AAATAC-----A-TCGTT-A-A--G--G-A------C-T-T-AT-----A-C--AATA--G-AA--A-TTG-T--GG-TG-AA----------T-T-GAGCA-TT-------T-AG--TAG-A-T-G----A-----C-GT--AA--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTT
gi|123377                     : aaaagattagcaacagaAAAAATA-A-------CA-TTT-G-------A-C-AG----T--CGCG-AA--TG--C-TT-A-A----------T------A-T--AA-G---GA--TT---AT----TTCG-T---AAG---TG-A-G-A--GA--AAA-A---------------------------------------T-AT----TA-C--A-AA--G-AA--A-TTG-T--G--T--AA-AA-T---A-T-T---TCA-TG-------C-AG--T-G-A---G----A-----C-GT--AC--AGGTATA------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTGTTTT
gi|123378                     :                 aAAAAATA-AG-A-G--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-G--AA-GA--GA--TT---AT----T-CT-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-A-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TG-AA-AA-T---A-T-T-AGCCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---A-G-A---TGGGTTTTTTT
gi|123379                     :                  AAAAATA-CA-A-G--TA-TTTCG-------A-C-AG----T--TGC--AAA-TAGTT-TT-A-AA--------TC------A-T--A--GA---A--TT---AT----TTCG-T---AAAA--TG-AAG-A--GA--AAACGAATACTTAATA-T--TT-T-G--G--G-GATTATGC-T-T-ATCCGGTA-CCGG-TA--A-AA--A-TTG----A--TG-AA-AA-T---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-AGT-G----AAGGATC-GT--ATCCA-----ACG----G-AATAGCTTT-G-A--C---G---C-G-AC--T--GCTCTTTT
gi|123380                     :                   AAAATA-AG-A-A--CA-AT--G-------A-C-AC----T--CGC--AA--TA--T-TT-A-AT--------TC------A-T--AA-GA--TA--TT---AT----T--G-T---TAA---TG-A-G-AGAG---AAA-AAATAC-----A-T--TTAA-A--A--G-A------C-C-T-AT----TA-C--A-TA--G-AC--A-TTT-T--G--TG-AA-AA-T---A-T-C-AATCG-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--G-----A------G-A-------T-G-A--G---G---C-G-A---T--GTTTT
gi|123381                     :                  AAAAACA-A-------CA-TT--G-------A-C-TT----T--GAC--AA--TG--T-TT-A-A---------------------------------------T----T-CA-T---AAA---CG-A-G-A--GGGGAAA-AAATAC-----A-T--AT-T-A--C--G-A------C-A-T-TT----TA-C--A-TA--C-GA--A-TTC-T--G--TG-AA-AA-C---G-T-C-AG
gi|123382                     :                                                                   aA--TG--T-TT-ATAA--------TCGTTTTTA-G--AA-GC--GA--TA---ATGTAAT-TGCT---AAGG--TG-A-GTA--GA--GAA-AAATAC-----AAT--TTAT-A--G--G-A--------A-T-AT----TA-C--A-TATGG-AA--A-TTG-TAGG--TG-AA-AA-TC--A-T-T-AGCCAGTCGCCGAGTC-AG--C-A-T-C-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---CTG-A---T--TTTTTTCT
gi|123383                     :                                                                                                       --AA-TA--GA--TT---AT----T-CG-T---AAA---TG-A-G-A--GGGGAAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--
gi|123384                     :                                                                                                       --AA-GA--GA--TA---GT----T-CT-T---AAA---TA-A-A-A--GG--GAA-AA-CAA-----A-A--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-TT----TA-C--A-AA--G-AA--A-TTG-T--G--TGTAATAA-T---A-A-C-AGTCA-TC-------C-A
gi|123385                     :                                                                                                                     T---AT----T-CG-T---AAA---TG-A-G-A--G---AAA-AAATAC-----T-T--TG-T-A--GAAG-A------C-A-T-ATC---TA-G--A-TAGTG-AA--A-TT--T--G--TG-AA-AA-TTCAG-TGT-AGTCA-TA-------A-AAGCT-G-A-C-G----C-----T-GTCGAT--A-----ACTTCACG-A-------T-GAA--C---G---C-G-A---T--GTTGTTT
gi|123386                     :                                                                                                                           ----T-CT-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA---ATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-G-T-AT----TA-C--A-TA----AA--A-TTA-T--G--AG-AA-AA-G---A-T-T-AGCCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-GACGTA-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--TTTTTTCT

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    111111111111                                            
lowQualScore                  :                         1  1 3333  1  33 5555555 3 1  3333 22   55  55  22 1  3 1  66666666  444444 6666  1  11  11  222  4444 5 11 444   666  1 1 1 11 666   7777   55555 2 11  2 1 11 11 1 333333 2 1 2  4444  1 33 1  33 2  11 1   2 33 44  4  2  2 333 1 2 1     1  7777777 1  55 3 1 1 3 9999 55555 1  33  22 222222222222 1 7777777 1 1 33 444 444 1 1 777 44        
lowQualScore                  :                         .  . ....  .  .. ....... . .  .... ..   ..  ..  .. .  . .  ........  ...... ....  .  ..  ..  ...  .... . .. ...   ...  . . . .. ...   ....   ..... . ..  . . .. .. . ...... . . .  ....  . .. .  .. .  .. .   . .. ..  .  .  . ... . . .     .  ....... .  .. . . . . .... ..... .  ..  .. ............ . ....... . . .. ... ... . . ... ..        
lowQualScore                  :                         6  6 5555  6  77 0000000 1 5  3333 11   22  00  00 5  0 5  99999999  333333 8888  4  99  99  333  5555 2 55 888   111  3 3 3 88 555   6666   88888 6 88  6 3 88 88 3 777777 6 3 6  0000  3 22 4  88 8  99 4   8 88 77  1  8  8 888 4 8 4     4  5555555 4  66 0 5 5 0 3333 22222 5  55  00 333333333333 5 8888888 5 5 55 111 111 5 5 000 11        
consensus                     :                  AAAAATA-AG-A-G--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-N--AA-GA--GA--TT---AT----T-CG-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TG-AA-AA-T---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTTT
Reference ( family-613 )      :                  AAAAATA-AG-A-G--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-N--AA-GA--GA--TT---AT----T-CG-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TG-AA-AA-T---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTTT
gi|123356                     :                  AAAAATA-AG-A-A--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGA--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-G--AA-GA--TA--TT---AT----T-CT-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA-CA-TAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TG-AA-AA-T---A-T-G-AGCCA-TT-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---TGGGTTTTTT
gi|123357                     :                 aAAAAATA-AG-A-A--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGA--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-G--AA-GA--TA--TT---AT----T-CT-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA-CA-TAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--GG-TG-AA-AA-T---A-T-G-AGCCA-TT-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GGTTTTTT
gi|123358                     :                 aAAAAATA-AG-A-G--TA-TT--G-------G-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-T--AA-AA--GA--TT---AT----T-TG-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA-A--TAC-----A-T--TT-T-A--G--A-G------C-A-T-AT----TTTC--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TA-AA-AA-T---A-T-T-AGTCA-TA-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTTT
gi|123359                     :                 aAAAAATA-AG-A-G--TA-TT--G-------G-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-T--AA--A--GA--TT---AT----T-TG-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA---ATAC-----A-T--TT-T-A--G--A-G------C-A-T-AT----TT-C--A-TA--GAAA--A-TTG-T--G--T--AA-AA-T---A-T-T-ATTCA-TA-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTTT
gi|123360                     :                 aAAAAATACAG-A-A--CG-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-G--AA-GA--GA--TT---AT----T-CC-TTTAAAA---T----G-A--GG--AAA-AAAT-C-----A-T--TT-T-A--G--G-A------CAA-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TGAAA-AA-T---A-T-T-AGCCA-TC-------C--G--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------TGG-A--C---G---T-G-A---T--GGTTTTTT
gi|123361                     :                 aAAAAATA-AG-A-G--TA-TT--G-------A-T-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-T--AA-GA--GA--TT---AT----T-CG-TT--AAA---T--A-G-A--GA--AAA--AATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TA-AA-AA-T---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T---A-T-G----A-----C-GT---T--A-----A------G-A-------T-T-AG-T---G---C-G-A---T--GTTTTTTT
gi|123362                     :                 aAAAAATA-AG-A-GAGTA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AAG-TT--T-TT-A-AA--------TC------A-T--AA-GA--GA--TT---AT----T-CG-TA--AAA---TG-A-G-A--G---AAA-CATTAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TA-AA-AA-T---A-TAT-AGTCA-TT-------T-AG--T-G-A-T-G----A-----CGGT--AT--AGGCCTA------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTT
gi|123363                     :                 aAAAAAAA-AG-A-A--CA-TT--G-------A-C-AA----T--CGC--AT--TG--T-TT-A-AA--------TA------A-T--AA-GA--AA--TT---AT----C-CG-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAC-AA-TAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-GT----TA-C--A-TG--T-AA--A-GTG-T--T--TG-AA-AA-T---G-T-T-AGTTA-TT-------C-AG--T-G-A-T-A----A-----T-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTT
gi|123364                     :                 aAAAAATA-AGGA-A--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TTTA-AA--------TC------A-A--AAAGA--GA--TT---AT----T-CT-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA-TA--AC-----A-T--TT-T-A--G--GAA------C-A-T-AT----TA-C-----A--G-AA--A-TTG-T--GTCTG-AA-AA-T---A-T-T-AGCCA-TC-------C-CGT-T-G-A-T-GA---A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--T---G---T-G-A---T--GTTTTCTT
gi|123365                     :                 aAAAAATA-AG-A-A--CA-TT--G-------A-C-AG----T--TGC--AG--TG--T-TT-A-AA--------TT------A-G--AA-AA--GA--TT---AT----T-CT-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA-------------------------------------------AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TG-AA-AA-T---G-T-G-AGCTA-TT-------C-AC--T-G-G-T-G----A-----C-GA--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-ATGGT--GTTTTTT
gi|123366                     :                 aAAAAAAA-AG-A-G--TA-CT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--TATT-A-AA--------TC------A-ATAAA-CA--CA--TT---AT----TTCG-T---AAAA--TG-A-G-A--G---AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-TCAT----TA-A--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TA-AA-AA-T---A-A-T-AGTCA-TC-------A-TG--TCG-A-T-G----A-----A-GT--AT--A-----C------G-A-------T-G-A--C---G---C-GAA---T--GTTTTTTT
gi|123367                     :                 aAAGAATA-AG-A-A--CA-T---G-------A-CCAG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-A--AA-GA--G---TT---AT----T-CT-T---AAA---TG-A-G-A--G-----A-AAATAC-----A-T--TT-T-ACGG--A-A------C-G-T-AT----TA-C--A-TA----AA--A-TTA-T--G--AG-AA-AA-G---A-T-T-AGCCA-TCG------C-AG--T-GAA-T-GACGTA-----C-GT--AT--A-----A------GAA-------T-G-A--CG--G---C-G-A---T--TTTTTCT
gi|123368                     :                 aAAAAATA-AG-A-A--CA-CT--G-------AAC-AG----CGCCGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-T--A--GA--GA--TT---AT----T-CG-T---AA----TG-A-G-A--GA--AAA--AATAC-----A----TT-T-A--G--G-A------C-ATT-AC----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-C-----TC-AA-AA-T---ATT-T-AGTCA-T--------C-AG--T-G-A-TGG----A-----C-GT--AT--A-----C------G-AT------T-G-A--C---G---C-G-AT--T--GTTGTTTT
gi|123369                     :                 aAAAAATA-AG-A-G--TA-TT--G-------A-C-AG----T--CGCG-AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-T--AA-GCCCGA--TT---AT------CG-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA-AAATAC-----ACT--TT-T-A--G--G-T------CAA-T-AT----TA-C--A-TA--GAAA--A-TTG-T--G--TGAAA-AA-T---A-T-T--GTCA-TCG------C-AG--T-G-A-TGG----A-----C-TG--AT--A-----C------G-A-------T-G-ACGC---G---C-G-A---T--GTCTTTTT
gi|123370                     :                 aAAAAATA-AG-A-A--CAACT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AAT-------TC------ATC--AA-GA--GAATTT---AT----TACG-T---AAA---T--A-G-A--AA--GAA-AAATACA----A-T--TT-T-A--G--G-C------A-A-TGAC----TA-C--A-TA--G-AT--A-TTGCT--G--TG-AATAATT---A-T-TCAGTCA-TT-------CGAG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----AGC----G-A-------T-G-A--C---G---T-G-A---T--GTTTGTT
gi|123371                     :                 aAAAAATT-AA-A-G--TA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA-------------------------------------A-GA--GA--TT---AT----T-CG-T---AAA---TG-A-G-A--AG--AAA-A-------------------------------------A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTT-TTCG--TG--A-AA-T---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--------A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTTT
gi|123372                     :                   aAAATA-AA-ACA--CA-TC--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-A----------C------A-T--TA-GA--GA--TT---AT----T-CG-T---A-----TGGA-G-A--GA--AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G----A------C-A-T--C----TA-CT-A-TA--G-AA--A-TT--C--G--TC-AA-AAGT---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----T-GTA-AT--A-----C------G---------T-G-A--C-------C-G-A---T--GTTTGTTT
gi|123373                     :               aacAAAAAAA-AG-A-A--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-G--AA-GA--GA--TT---AT----T-CT-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-
gi|123374                     :                 aAAAAATG-AG-A-G--TA-TT--ATAGGAGAA-C-AGAATCT--CGCGGAA--TG--T-TT-A-AGAGTCACACTC------A-A--GA-CA--GA--CTCTCATAA--T-CG-T---GAAAATTG-A-G-A--GA--AAA-A--TACT----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AATTG-TTGCT--G--TG-AA-AA-T---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----AT----C-GT--AT--A-----A------G-AT------T-G-A--CCTTGT--C-G-A---T--GTTTTTCT
gi|123375                     :                 aAAAAATA-GA-A-G---A-TT--G-------AGC-AG----T--CGC--AA--TA--T-TTTA-AA--------TC------A-TT-AA-GA--GA--TT---AT----T-CT-T---AAA---TG-A-G-A--T---AAA-AAGTAC-----A-T--TT-TCA--G--G-A------C-A-T-AT----TA-A--A-CT--G-AA--AGTTG-T--G--T--AA-AA-T---A-T-T-AGTCT-AC-------C-AGCCT-G-A-T-GT---A-----G-GT--AT--AGT---A------G-A-------T-G-A--C---GATAT-G-AT--T--GTCTTTT
gi|123376                     :                                     aT--G-------A-C-AG----T--CGA--AAAGTG--T-TC-T-AA--------T---------G--AA-GA--GA--GT---AT----T-TC-T---AAA---TT--------GA--AGA-AAATAC-----A-TCGTT-A-A--G--G-A------C-T-T-AT-----A-C--AATA--G-AA--A-TTG-T--GG-TG-AA----------T-T-GAGCA-TT-------T-AG--TAG-A-T-G----A-----C-GT--AA--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTT
gi|123377                     : aaaagattagcaacagaAAAAATA-A-------CA-TTT-G-------A-C-AG----T--CGCG-AA--TG--C-TT-A-A----------T------A-T--AA-G---GA--TT---AT----TTCG-T---AAG---TG-A-G-A--GA--AAA-A---------------------------------------T-AT----TA-C--A-AA--G-AA--A-TTG-T--G--T--AA-AA-T---A-T-T---TCA-TG-------C-AG--T-G-A---G----A-----C-GT--AC--AGGTATA------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTGTTTT
gi|123378                     :                 aAAAAATA-AG-A-G--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-G--AA-GA--GA--TT---AT----T-CT-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-A-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TG-AA-AA-T---A-T-T-AGCCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---A-G-A---TGGGTTTTTTT
gi|123379                     :                  AAAAATA-CA-A-G--TA-TTTCG-------A-C-AG----T--TGC--AAA-TAGTT-TT-A-AA--------TC------A-T--A--GA---A--TT---AT----TTCG-T---AAAA--TG-AAG-A--GA--AAACGAATACTTAATA-T--TT-T-G--G--G-GATTATGC-T-T-ATCCGGTA-CCGG-TA--A-AA--A-TTG----A--TG-AA-AA-T---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-AGT-G----AAGGATC-GT--ATCCA-----ACG----G-AATAGCTTT-G-A--C---G---C-G-AC--T--GCTCTTTT
gi|123380                     :                   AAAATA-AG-A-A--CA-AT--G-------A-C-AC----T--CGC--AA--TA--T-TT-A-AT--------TC------A-T--AA-GA--TA--TT---AT----T--G-T---TAA---TG-A-G-AGAG---AAA-AAATAC-----A-T--TTAA-A--A--G-A------C-C-T-AT----TA-C--A-TA--G-AC--A-TTT-T--G--TG-AA-AA-T---A-T-C-AATCG-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--G-----A------G-A-------T-G-A--G---G---C-G-A---T--GTTTT
gi|123381                     :                  AAAAACA-A-------CA-TT--G-------A-C-TT----T--GAC--AA--TG--T-TT-A-A---------------------------------------T----T-CA-T---AAA---CG-A-G-A--GGGGAAA-AAATAC-----A-T--AT-T-A--C--G-A------C-A-T-TT----TA-C--A-TA--C-GA--A-TTC-T--G--TG-AA-AA-C---G-T-C-AG
gi|123382                     :                                                                   aA--TG--T-TT-ATAA--------TCGTTTTTA-G--AA-GC--GA--TA---ATGTAAT-TGCT---AAGG--TG-A-GTA--GA--GAA-AAATAC-----AAT--TTAT-A--G--G-A--------A-T-AT----TA-C--A-TATGG-AA--A-TTG-TAGG--TG-AA-AA-TC--A-T-T-AGCCAGTCGCCGAGTC-AG--C-A-T-C-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---CTG-A---T--TTTTTTCT
gi|123383                     :                                                                                                       --AA-TA--GA--TT---AT----T-CG-T---AAA---TG-A-G-A--GGGGAAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--
gi|123384                     :                                                                                                       --AA-GA--GA--TA---GT----T-CT-T---AAA---TA-A-A-A--GG--GAA-AA-CAA-----A-A--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-TT----TA-C--A-AA--G-AA--A-TTG-T--G--TGTAATAA-T---A-A-C-AGTCA-TC-------C-A
gi|123385                     :                                                                                                                     T---AT----T-CG-T---AAA---TG-A-G-A--G---AAA-AAATAC-----T-T--TG-T-A--GAAG-A------C-A-T-ATC---TA-G--A-TAGTG-AA--A-TT--T--G--TG-AA-AA-TTCAG-TGT-AGTCA-TA-------A-AAGCT-G-A-C-G----C-----T-GTCGAT--A-----ACTTCACG-A-------T-GAA--C---G---C-G-A---T--GTTGTTT
gi|123386                     :                                                                                                                           ----T-CT-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA---ATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-G-T-AT----TA-C--A-TA----AA--A-TTA-T--G--AG-AA-AA-G---A-T-T-AGCCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-GACGTA-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--TTTTTTCT


blockSeqs                     :                         C  G GAG   A  TC TAGGAGA A C  AATC GC   GG  AG  GT A  T T  AGTCACAC  GTTTTT ATA   A  CC  AT  CTC  GTAA T GC TTA   AAT  G A T GA GGG   CGAA   TTAAT C CG  A C CG AA A ATTATG A T C  CCGG  T CG A  TG A  TT G   C TC TC  A  T  T TCA T A C     G  GCCGAGT G  CC C A G G ACGT AGGAT G  CG  CC ACTTCAC      A ATAGCTT G A CG CTT ATA T A TGG GG
blockSeqs                     :                         .  . CA    .  T  .       G .  .    .    G   G   .  .  T .  T         .      TC    .  .   .   .    AA   A T  T     A    . . . .  GGG   AAA    A     A .   A . .  .  . .      A . G  C     . T  .  GT A  .  .   C AG G   A  T  G C   . G .     .  G       .  GC A . . G ACGT T     .  A   .  GGCCTA       . T       . . G  G   T   . . T   . 
blockSeqs                     :                         .  . A     .  .  .       . .  .    .    G   A   .  .  . .  .         .      TT    .  .   .   .    .    T G  A     A    . . . .  A     CAT    T     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  G   T  .  . .   . . .     .  G       .  T  . . . . A    .     .  .   .  GGTATA       . T       . . .  .   .   . . T   . 
blockSeqs                     :                         .  . G     .  .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      G     .  .   .   .    .    T G  .     G    . . . .  A     AAA    .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . T    .     .  .   .  AGC          . .       . . .  .   .   . . C   . 
blockSeqs                     :                         .  . G     .  .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      T     .  .   .   .    .    . C  .     .    . . . .  A     AAA    .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  GTA          . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                         .  . A     .  .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      T     .  .   .   .    .    . G  .     .    . . . .  G     AAA    .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  ACG          . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                         .  . G     .  .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      G     .  .   .   .    .    . G  .     .    . . . .  A     AAA    .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  A            . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                         .  . A     .  .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      T     .  .   .   .    .    . G  .     .    . . . .  A     AAA    .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  A            . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                         .  . A     .  .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      T     .  .   .   .    .    . T  .     .    . . . .  A     AAA    .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  A            . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                         .  . A     .  .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      T     .  .   .   .    .    . T  .     .    . . . .  A     AAG    .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  A            . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                         .  . G     .  .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      A     .  .   .   .    .    . G  .     .    . . . .  A     AAA    .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  A            . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                         .  . A     .  .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      G     .  .   .   .    .    . T  .     .    . . . .  A     AAA    .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  A            . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                         .  . A     .  .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      A     .  .   .   .    .    . G  .     .    . . . .  A     AAA    .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  A            . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                         .  . G     .  .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      T     .  .   .   .    .    . G  .     .    . . . .  G     AAA    .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  A            . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                         .  . A     .  .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      T     .  .   .   .    .    . G  .     .    . . . .  A     AAA    .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  C            . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                         .  . G     .  .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      T     .  .   .   .    .    . G  .     .    . . . .  A     AAA    .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  A            . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                         .  . A     .  .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      G     .  .   .   .    .    . G  .     .    . . . .  A     AAA    .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  C            . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                         .  . G     .  .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      A     .  .   .   .    .    . T  .     .    . . . .  A     CA     .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  C            . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                         .  . G     .  .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      G     .  .   .   .    .    . G  .     .    . . . .  A     AA     .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  A            . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                         .  . G     .  .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      T     .  .   .   .    .    . T  .     .    . . . .  A     AA     .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  C            . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                         .  . G     .  .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      G     .  .   .   .    .    . C  .     .    . . . .  A     TA     .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  A            . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                         .  . A     .  .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      T     .  .   .   .    .    . G  .     .    . . . .  A     AA     .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  A            . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                         .  . .     .  .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      T     .  .   .   .    .    . T  .     .    . . . .  G     AA     .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  A            . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                         .  . .     .  .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      G     .  .   .   .    .    . G  .     .    . . . .  A     A      .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  A            . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                                       .  .       . .  .    .    .   .   .  .  . .  .         .      .     .  .   .   .    .    . G  .     .    . . . .  .     A      .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  A            . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                                                                     .   .  .  . .  .         .      .     .  .   .   .    .    . A  .     .    . . . .  .     A      .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .  .  . . . . .    .     .  .   .  A            . .       . . .  .   .   . . .   . 
blockSeqs                     :                                                                                                           .  .   .   .    .    . G  .     .    . . . .  .     A      .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .     .  .       .                                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                           .  .   .   .    .    . T  .     .    . . . .  .     A      .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .  .  .  .  .  .   . .  .   .  .  . .   . . .                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                      .    .    . G  .     .    . . . .  .     A      .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     . .                                                                                                                                               
blockSeqs                     :                                                                                                                           .    . T  .     .    . . . .  .     .      .     . .   . . .  .  . .      . . .  .     .                                                                                                                                                 


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                               AAA*                                                                                                                                                                                               **
originalCons                  :                  AAAAATA-AG-A-G--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-N--AA-GA--GA--TT---AT----T-CG-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAA-AAATAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TG-AA-AA-T---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTTT
finalCons                     :                  AAAAATA-AG-A-G--CA-TT--G-------A-C-AG----T--CGC--AA--TG--T-TT-A-AA--------TC------A-N--AA-GA--GA--TT---AT----T-CG-T---AAA---TG-A-G-A--GA--AAAAAA-TAC-----A-T--TT-T-A--G--G-A------C-A-T-AT----TA-C--A-TA--G-AA--A-TTG-T--G--TG-AA-AA-T---A-T-T-AGTCA-TC-------C-AG--T-G-A-T-G----A-----C-GT--AT--A-----A------G-A-------T-G-A--C---G---C-G-A---T--GTTTTTTT