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Reference ( gi|116794 )       : AAT-TT--AA-C--A--GGG--CA--AA-T-TCT---A-T-A----T------CA---G-AT-A--TC-AG-T-GTAAA--GTT--GC----TA--TT---T--T-TCA--T--TTT-CCTC-TG--GAAGT--T---GAG-TT-G-T-A---AGA-AT----T---G-TA-AT--A-T-T-T-----T-----C---AA--AA------TTG---AT---AA-AAT-GAA--A----A--T-C-T---T-TGG-A-AC-T---------CG-G---------CTGT-G-C--GC-C----A-T----TCTTT--GCT---G--G----A-TGC-T----GAC-ATA----ACG----AG----G-T------G--T----C--ACC-TC-GTA-AAAGT
gi|116796                     : AAT-TT--AA-C--A--GGG--CA--AA-T-TCT---A-T-A----A------CA---G-AT-A--TC-AG-T-GTAAA--GTT--GC----TA--TT---T--T-TCA--T--TTT-CCTC-TG--GAAGT--T---GAG-TT-T-T-A---AGA-AT----T---G-TA-AT--G-T-T-T-----T-----TA--AA--AA------TTG---AT---GA-AAT-GAA--A----A--T-C-G---T-TTG-A-AC-T---------TG-G---------CTGT-G-C--GC-C----A-T----TTTTT--GCT---G--G----A-CGC-T----GAC-ATA----ACG----AG----G-T------G--T----C--ACC-TC-GTA-AA
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gi|116811                     : AAT-TT--AA-C--A--GGC--CA--AA-T-TCTA--A-TAA----T------CA---ATATAA--TCAAG-T-GTAAA--TTT--GT----TAAGTT---T--T-TCA--T--TTTACCCC-TGCCAGAGA--T---AAG----GCC-A---AGT-AT----T---A-TG-GT--A-GAT-A-----A-----A---AA--AA------TTG---AT----A-AAT-GAAATA----A--T-C-G---T-TGG-A-A--T---------CG-G---------C-GTAG-T--GC-C----A-TCTAGTATTT--GC
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gi|116815                     :   T-TT--AAAC--A--GGG--CA--AA-T-TTT---A-T-A----T------CA---G-AT-A--TC-AG---GTAAA--GTT--GC----TA--TT---T--T-TCA--T--TTT-CCTC-TG--GAAGT--T---AAGCTT-G-T-A---AGA-AT----T---G-TA-AT--A-T-T-T-----T-----T---AA--AAA-----TTT---AT---TA-AAT-GAA--A----A--C-C-G---T-TGG-A-AC-T---------CG-G---------CTGT-G-C--GC-C----A-T----TTTTT--GCT---G--G----A-CAC-T----GAC-ATA----ACG----AG----G-T------G--T----C--ACC-TC-GTA-AAAa
gi|116816                     :   T-TT--AATC--A--AGG--CG--AA-A-TCG---A-T-AATATC------CA---G-AT-C--TC-AGAT-GTAAATAGTT--GC----TA--TT---T--TCCCC--T--TTT-CCTC-TG--G-------------------------GGA-GT----T---G-TA-AT--A-T-T-T-----T-----TA--AA--AA------TTA---AT---AA-AAT-GGA--A----A--TCC-T---T-TGA-A-GC-T---------CGTG---------CTGT-G-C--CC-C----A-T----TTTCTCAGCT---G--GAACCA-GAC-T----GAC-ATATTATACA----AG----G-T------G--T----CAAACC-TCTGTA-A
gi|116817                     :                               -TTT---A-T-A----T------CA---G-AT-A--TC-AG-T-GTAAA--GTT--GC----CATCTC---T--T-TCA--T--TTT-CATC-TG--GAAGT--TA--AAG-TT-G-T-ATAGAAA-AT----T---G-TA-AT--A-T-T-T-----T-----CTAGAA--CA------TTT---AT---AA-AATCGAA--AC---A--T-C-CGTGT-TGG-A-AC-----------CG-GGCTATTTCCCTGT-G-C--AC-C----A-T----T-TTT--GCT---G--G----A---C-A----GAC-A-A----ACGAC--AGC---G-T------G--T----C--GCC-GC-GTACAAAA
gi|116818                     :                                  T---A-T-A----G------CATT-A-AT-C--TC-AA-T-GTAAA--GTT--GC----TA--TT---T--T-TCA--T--TTT-CCTC-TG--G----------GAG-TT-G-T-A---A---------------TA-AT------T-T-----T-----A---AA--AA------TTG---AT---AA-AAT-GAA--A----A--T-C-G---T-TGG-A-AC-T---------CG-G---------CTCT-G-T--GC-C----A-T----GCTTT--GCT---G--G----A-CAC-A----GAC-ATA----ACG----AG----G-T------G--T----C--ACC-TC-GTA-AAAA
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Reference ( family-612 )      :                                                                      AAT-TT--AA-C--A--GGG--CA--AA-T-TCT---A-T-A----T------CA---G-AT-A--TC-AG-T-GTAAA--GTT--GC----TA--TT---T--T-TCA--T--TTT-CCTC-TG--GAAGT--T---GAG-TT-G-T-A---AGA----GTT---G-TA-AT--A-T-T-TT-----N-A-A-AA------TTG---AT---A-A-AAT-GAA--A-A--T-C---GT--TGG-A-A-C-T---------CG-G---------CTGT-G-C--GC-CA-TT--T----T-TT--GCT----G--G-A-C---GC-T----GAC-ATA----ACG----AG----G-T------G--T----C--AC------C-TC-GTA-AA-AAT
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Reference ( family-612 )      :                                                                      AAT-TT--AA-C--A--GGG--CA--AA-T-TCT---A-T-A----T------CA---G-AT-A--TC-AG-T-GTAAA--GTT--GC----TA--TT---T--T-TCA--T--TTT-CCTC-TG--GAAGT--T---GAG-TT-G-T-A---AGA----GTT---G-TA-AT--A-T-T-TT-----N-A-A-AA------TTG---AT---A-A-AAT-GAA--A-A--T-C---GT--TGG-A-A-C-T---------CG-G---------CTGT-G-C--GC-CA-TT--T----T-TT--GCT----G--G-A-C---GC-T----GAC-ATA----ACG----AG----G-T------G--T----C--AC------C-TC-GTA-AA-AAT
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gi|116816                     :                                                                        T-TT--AATC--A--AGG--CG--AA-A-TCG---A-T-AATATC------CA---G-AT-C--TC-AGAT-GTAAATAGTT--GC----TA--TT---T--TCCCC--T--TTT-CCTC-TG--G-------------------------GGA----GTT---G-TA-AT--ATT-T-TT-----A-A-A-AA------TTA---AT---A-A-AAT-GGA--A-A--T-C---CT--TTG-A-AGC-T---------CGTG---------CTGT-G-C--CC-CA-TT--T----T-CTCAGCT----G--GAA-CCAGAC-T----GAC-ATATTATACA----AG----G-T------G--T----CAAAC------C-TCTGTA-A
gi|116817                     :                                                                                                    -TTT---A-T-A----T------CA---G-AT-A--TC-AG-T-GTAAA--GTT--GC----CATCTC---T--T-TCA--T--TTT-CATC-TG--GAAGT--TA--AAG-TT-G-T-ATAGAAA----ATT---G-TA-AT--A-T-T-TTCTA--G-A-A-CA------TTT---AT---A-A-AATCGAA--ACA--T-CCGTGT--TGG-A-A-C-----------CG-GGCTATTTCCCTGT-G-C--AC-CA--T--T----T-TT--GCT----G--G-A-C---A-------GAC-A-A----ACGAC--AGC---G-T------G--T----C--GC------C-GC-GTACAA-AAT
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blockSeqs                     :                                                                         .  .   . .  .    .   .   . .   .   . A      .       .   .  A     .  . .     .    .   .     .   .   .  .   .  .    .    .  .  A   .  .     .  . . . .     .      .   .  .  .  . . .  A       . .  .        .    .   . .   .   .  . .  . .    .    . . . . .          . .            . . .   .  .  .  .    .  .    .    .  . . .    . .      .   .      .     .    . .      .  .    .   .      .  .   .  .
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