lowQualScore : 1
lowQualScore : 1 5 1 44 22 5555 1 1 33333 66 7 22 33 666 2 44 1 1 33 4444 1
lowQualScore : . . . .. .. .... . . ..... .. . .. .. ... . .. . . .. .... .
lowQualScore : 9 0 7 66 33 0000 6 6 88888 44 0 00 55 000 9 11 5 4 88 5555 4
consensus : TTTT-TGATAATATT--ATT--ATT----TGGAT-T-TAT-----TAC-AAATAG--AAGC--GA--GC-GAG--T-CCGTAGAACTAGATT-ACA-A----ATTGGC-ATGGCCT
Reference ( gi|104163 ) : TTTT-TGATAATAAT--ATT--ATT----TGGAT-T-TAT-----TAA-AAGTAG--AAGC--GA--GC-GAA--T-CCGTAGAACTAGATT-ACG-A----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104150 : TTTT-TGATAATATT--ATT--ATT----TGGAA-T-TAT-----CAA-AAATAG--AAGC--GA--AC-GAG--T-CTGTAGAACTAGATT-ACG-A----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104164 : tTTTT-TGATTATATT--ATT--ATT----TGGAT-T-TAT-----TAA-AATTAG--AAGC--GA--GC-GAG--T-CCGTAGAACTAGATT-ACG-AATGCATTGGC-ATGGTCT
gi|104151 : TTTT-TGATAATATT--ATT--ATT----TGGAT-T-TAT-----CAA-AAATAT--AAGC--GA--GC-GAG--T-CTGTAGAACTAGATT-ACA-A----ATTGAT-ATGGCC
gi|104153 : tTTTT-TTATAATATT--ATT--ATT----TGGAT-T-TAC------AA-AAATAG--AAGC--AA--GC-AAG--T-CCATAGAACTAGATT-ACG-A----ATTGGC-ATGGCC
gi|104155 : tTTTT-TGATAATA-----TT--ATT----TGGAT-T-TAT-----CAC-AAATAG--AAGC--G---GC-GAA--T-CCGTAGGACTAGATT-ACA-A----ATTGGC-ATGACCT
gi|104165 : tTTTT-TGATAATATT--ATT--ATT----TGGAT-A-TAT-----TAC-AAATAG--AAGC--GG--GC-AGG--T-CCGTAGAACTAGATT-ACA-A----ATTGGT-ATAGCCT
gi|104156 : TTTT-T--TTATAAT--ATT--ACT----TGGAT-T-TAT-----TAC-AAACAG--AAGC--GG--GT-GGG--T-CCGTAGAACTAGATT-ACA-A----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104154 : TTTT-TGAAAATGTT--ATT--ATT----AGGAT-T-TGT-----TAC-AAATAG--AAGC--GG--GC-GGG--T-CCGTAGAACTAGATT-ACA-A----ATTGGT-ATGGCCT
gi|104166 : tTTTT-T--TAATATT--GAT--ATT----TGGAT-T-TAT-----TAC-AAATAG--AAGA--GG--GC-GAA--T-CCGTAGAACTAGAAT-ACA-G----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104157 : TTTTATGATAATATT--ATT--ATT----TGGAT-T-TAT-------A-AAATAG--AAGC--GA---C-GAAGGT-CC-TAGAACTAGAT--ACGGA----ATTGGC-ATGGC
gi|104158 : tTTTT-TGATA-T--T--ATT--ATT----TGGAT-T-T-T-----TAC-AAATAG--AAGC--T---GC-GAA--T-CTGATGGACTAGATT-ACA-A----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104161 : tTTTT-T--TAATAAT--ATT--ATTATAGTGGAT-TGTATCCAAATAA-AAGGAC--AAGCC-GA--AC-GAA--T-CCGTAGAATTGGATT-ACG-A----ACTGAC-ATG
gi|104159 : TTTT-T--TTATAAT--ATA--ATT----TGGAT-T-TGT-----TAC-AAATAA--AAGT--G---GC-GAA--T-CCGTAAAACAAGATT-ACA-A----ACTAGC-ACAGC
gi|104167 : TTTT-T----ATAAT--ATT--ATT----TCGAT-T-TGT-----TAC-AAATAG--AAGC---A--AC-AAG--T-CCATTGAACTAGAAT-AGA-A----ATTGTC-ATGGCCT
gi|104160 : tTTTT-TGATATTAAT----T---TT----TGGAT-T-TAA-----TAC-AAATAG--AAGC--GA--GT-GAA--T----TAGAACTATATT-ACA-A----ATTGGC-AT
gi|104168 : tTTTT-CGAT--TAAT--ATTTTATT----TG-AT-T-TAT-----TAC-AAATTG--AAGC--GG--GCGGAG--T-CC-TAGATCTCGATT-ACA-G----ATT-GT-ATGGACT
gi|104152 : TTTT-TGATAATATT--ATT--ATT----CGGAT-T-TAT-----CAA-AAATAGAAAAGC--GA--GC-
gi|104162 : tTTTT-TAATAATA-TCAATT--ATTG---TGATT-T-TGT-----TAC-AAATAA--GATC--GGTGGC-GAAAGTGCCGTGC--CTAGATT-ACA-A----ATTGACAATGGCCT
gi|104169 : tTTT-TGATAATATT--ATT--ATT----TGGAT-A-TAT-----CAA-AAATAG--AAGC--GA--GC-GAG--T-CCGTAGAACTAGATT-TTA-A----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104170 : TTT-TGATAATATT--GTT--ATT----TGGAT-T-TAT-----TAC-AAATAG--AAGT--GA--GC-AAA--T-CTGTAGATCTAGATT-ACA-A----ATTGTC-AT
gi|104171 : TTT-TCATAATAGTCTATT--ATT----TGGAT-T-TAT-----CAA-AA-TAG--AAGC--GA--GCGGAG--T-CC
gi|104172 : TAATATT--GTT--ATT----TGGAT-T-TAT-----TAACAAATAG--AAGT--GA--GC-AAA--T-CTGTAGATCTAGATTAACA-A----ATTGTC-ATAG
gi|104173 : TATT--ATT--ATT----GGGAT-T-TAT-----TAC-AAATAG--AAGCTCGG--GC-GAA--T-CCGTAGAACTAGATT-GCA-A----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104174 : --ATT--ATT----TGGAT-T-TAT-----CGC-AAATAG--AAGC--GG--GT-GAA--T-CAGTTGAACTAAATT-AGA-A----ATTGGC-ATTGCCT
gi|104175 : ----TGGATAT-TAT-----TGC-AAATAG--AAAC--G---GC-AAA--T-TCGTAGAACTAGATT-ACA-A----ATTGGC-ATGACCT
gi|104176 : -----TAA-AAATAG--AAGC--G---GC-GAA--T-CCGACGAACTAAATT-ACC-AT---ATTAGC-ATGGCC
gi|104177 : AG--AAGC--GA--GC-GAA--T-CCGTAGAACTAGATT-ACG-A----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104178 : acA--GC-GGG--T-ACATAGAACTAGATT-ACA-A----ATTGGC-ATGACCT
gi|104179 : GTAGAACTAGATT-ACG-A----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104180 : TAGAACTAGATT-ATA-A----ATTGGC-ATGGCCT
Alignments
lowQualScore : 1 1 22 1 1 1 1 1 22 22 4444444 22 555 2 33 1 1 1 4444 1
lowQualScore : . . .. . . . . . .. .. ....... .. ... . .. . . . .... .
lowQualScore : 8 7 33 6 6 5 5 5 66 00 6666666 00 555 8 99 4 4 4 3333 4
consensus : TTTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-T-TATTA-CAAATAG--AAG-------C--GA--GC-GA--GT-CCGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGGCCT
Reference ( family-611 ) : TTTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-T-TATTA-CAAATAG--AAG-------C--GA--GC-GA--GT-CCGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104150 : TTTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAA-T-TATCA-AAAATAG--AAG-------C--GA--AC-GA--GT-CTGTAGAACTAGATT-AC-GA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104151 : tTTTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-T-TATCA-AAAATAT--AAG-------C--GA--GC-GA--GT-CTGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGAT-ATGGCC
gi|104152 : tTTTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-CGGAT-T-TATCA-AAAATAGAAAAG-------C--GA--GC-
gi|104153 : tTTTT-TTAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-T-TAC-A-AAAATAG--AAG-------C--AA--GC-AA--GT-CCATAGAACTAGATT-AC-GA----ATTGGC-ATGGCC
gi|104154 : tTTTT-TGAA-AATG--TTA-TTAT-T-AGGAT-T-TGTTA-CAAATAG--AAG-------C--GG--GC-GG--GT-CCGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGT-ATGGCCT
gi|104155 : tTTTT-TGAT-AATA--TTA-TT-----TGGAT-T-TATCA-CAAATAG--AAG-------C--G---GC-GA--AT-CCGTAGGACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGACCT
gi|104156 : tTTTT-TTAT-AATA--TTA-CT-----TGGAT-T-TATTA-CAAACAG--AAG-------C--GG--GT-GG--GT-CCGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104157 : tTTTTATGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-T-TA-TA--AAATAG--AAG-------C--GA---C-GAAGGT-CC-TAGAACTAGA-T-ACGGA----ATTGGC-ATGGC
gi|104158 : tTTTT-TGAT-A-----TTA-TTAT-T-TGGAT-T-T-TTA-CAAATAG--AAG-------C--T---GC-GA--AT-CTGATGGACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104159 : tTTTT-TTAT-AATA--T-A---AT-T-TGGAT-T-TGTTA-CAAATAA--AAG-------T--G---GC-GA--AT-CCGTAAAACAAGATT-AC-AA----ACTAGC-ACAGC
gi|104160 : tTTTT-TGAT-ATTA----A-TT-T-T-TGGAT-T-TAATA-CAAATAG--AAG-------C--GA--GT-GA--AT----TAGAACTATATT-AC-AA----ATTGGC-AT
gi|104161 : tTTTT-TAAT-AATA--TTA-TTATAG-TGGAT-TGTATC--CAAATAA--AAGGACAAGCC--GA--AC-GA--AT-CCGTAGAATTGGATT-AC-GA----ACTGAC-ATG
gi|104162 : tTTTT-TAAT-AATA--TCAATTAT-TGTGATT-T-TGTTA-CAAATAA--GAT-------C--GGTGGC-GAAAGTGCCGTGC--CTAGATT-AC-AA----ATTGACAATGGCCT
gi|104163 : tTTTT-TGAT-AATA--ATA-TTAT-T-TGGAT-T-TATTA-AAAGTAG--AAG-------C--GA--GC-GA--AT-CCGTAGAACTAGATT-AC-GA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104164 : TTTT-TGAT-TATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-T-TATTA-AAATTAG--AAG-------C--GA--GC-GA--GT-CCGTAGAACTAGATT-AC-GAATGCATTGGC-ATGGTCT
gi|104165 : TTTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-A-TATTA-CAAATAG--AAG-------C--GG--GC-AG--GT-CCGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGT-ATAGCCT
gi|104166 : TTTT-T--T-AATA--TTG-ATAT-T-TGGAT-T-TATTA-CAAATAG--AAG-------A--GG--GC-GA--AT-CCGTAGAACTAGAAT-AC-AG----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104167 : TTTT-TTAT-AATA--TTA-TT-----TCGAT-T-TGTTA-CAAATAG--AAG-------C---A--AC-AA--GT-CCATTGAACTAGAAT-AG-AA----ATTGTC-ATGGCCT
gi|104168 : TTTT-CGATTAATA--TT--TTAT-T-TG-AT-T-TATTA-CAAATTG--AAG-------C--GG--GCGGA--GT-CC-TAGATCTCGATT-AC-AG----ATT-GT-ATGGACT
gi|104169 : TTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-A-TATCA-AAAATAG--AAG-------C--GA--GC-GA--GT-CCGTAGAACTAGATT-TT-AA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104170 : TTT-TGAT-AATA--TTG-TTAT-T-TGGAT-T-TATTA-CAAATAG--AAG-------T--GA--GC-AA--AT-CTGTAGATCTAGATT-AC-AA----ATTGTC-AT
gi|104171 : TTT-TCAT-AATAGTCTA-TTAT-T-TGGAT-T-TATCA--AAATAG--AAG-------C--GA--GCGGA--GT-CC
gi|104172 : T-AATA--TTG-TTAT-T-TGGAT-T-TATTAACAAATAG--AAG-------T--GA--GC-AA--AT-CTGTAGATCTAGATTAAC-AA----ATTGTC-ATAG
gi|104173 : TA--TTA-TTAT-T-GGGAT-T-TATTA-CAAATAG--AAG-------CTCGG--GC-GA--AT-CCGTAGAACTAGATT-GC-AA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104174 : A-TTAT-T-TGGAT-T-TATCG-CAAATAG--AAG-------C--GG--GT-GA--AT-CAGTTGAACTAAATT-AG-AA----ATTGGC-ATTGCCT
gi|104175 : -TGGATAT-TATTG-CAAATAG--AAA-------C--G---GC-AA--AT-TCGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGACCT
gi|104176 : TA-AAAATAG--AAG-------C--G---GC-GA--AT-CCGACGAACTAAATT-AC-CAT---ATTAGC-ATGGCC
gi|104177 : ACAG--AAG-------C--GA--GC-GA--AT-CCGTAGAACTAGATT-AC-GA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104178 : A--GC-GG--GT-ACATAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGACCT
gi|104179 : GTAGAACTAGATT-AC-GA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104180 : TAGAACTAGATT-AT-AA----ATTGGC-ATGGCCT
Alignments
lowQualScore : 1 1 22 1 1 1 1 1 22 22 4444444 22 555 2 33 1 1 1 4444 1
lowQualScore : . . .. . . . . . .. .. ....... .. ... . .. . . . .... .
lowQualScore : 8 7 33 6 6 5 5 5 66 00 6666666 00 555 8 99 4 4 4 3333 4
consensus : TTTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-T-TATTA-CAAATAG--AAG-------C--GA--GC-GA--GT-CCGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGGCCT
Reference ( family-611 ) : TTTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-T-TATTA-CAAATAG--AAG-------C--GA--GC-GA--GT-CCGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104150 : TTTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAA-T-TATCA-AAAATAG--AAG-------C--GA--AC-GA--GT-CTGTAGAACTAGATT-AC-GA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104151 : tTTTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-T-TATCA-AAAATAT--AAG-------C--GA--GC-GA--GT-CTGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGAT-ATGGCC
gi|104152 : tTTTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-CGGAT-T-TATCA-AAAATAGAAAAG-------C--GA--GC-
gi|104153 : tTTTT-TTAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-T-TAC-A-AAAATAG--AAG-------C--AA--GC-AA--GT-CCATAGAACTAGATT-AC-GA----ATTGGC-ATGGCC
gi|104154 : tTTTT-TGAA-AATG--TTA-TTAT-T-AGGAT-T-TGTTA-CAAATAG--AAG-------C--GG--GC-GG--GT-CCGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGT-ATGGCCT
gi|104155 : tTTTT-TGAT-AATA--TTA-TT-----TGGAT-T-TATCA-CAAATAG--AAG-------C--G---GC-GA--AT-CCGTAGGACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGACCT
gi|104156 : tTTTT-TTAT-AATA--TTA-CT-----TGGAT-T-TATTA-CAAACAG--AAG-------C--GG--GT-GG--GT-CCGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104157 : tTTTTATGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-T-TA-TA--AAATAG--AAG-------C--GA---C-GAAGGT-CC-TAGAACTAGA-T-ACGGA----ATTGGC-ATGGC
gi|104158 : tTTTT-TGAT-A-----TTA-TTAT-T-TGGAT-T-T-TTA-CAAATAG--AAG-------C--T---GC-GA--AT-CTGATGGACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104159 : tTTTT-TTAT-AATA--T-A---AT-T-TGGAT-T-TGTTA-CAAATAA--AAG-------T--G---GC-GA--AT-CCGTAAAACAAGATT-AC-AA----ACTAGC-ACAGC
gi|104160 : tTTTT-TGAT-ATTA----A-TT-T-T-TGGAT-T-TAATA-CAAATAG--AAG-------C--GA--GT-GA--AT----TAGAACTATATT-AC-AA----ATTGGC-AT
gi|104161 : tTTTT-TAAT-AATA--TTA-TTATAG-TGGAT-TGTATC--CAAATAA--AAGGACAAGCC--GA--AC-GA--AT-CCGTAGAATTGGATT-AC-GA----ACTGAC-ATG
gi|104162 : tTTTT-TAAT-AATA--TCAATTAT-TGTGATT-T-TGTTA-CAAATAA--GAT-------C--GGTGGC-GAAAGTGCCGTGC--CTAGATT-AC-AA----ATTGACAATGGCCT
gi|104163 : tTTTT-TGAT-AATA--ATA-TTAT-T-TGGAT-T-TATTA-AAAGTAG--AAG-------C--GA--GC-GA--AT-CCGTAGAACTAGATT-AC-GA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104164 : TTTT-TGAT-TATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-T-TATTA-AAATTAG--AAG-------C--GA--GC-GA--GT-CCGTAGAACTAGATT-AC-GAATGCATTGGC-ATGGTCT
gi|104165 : TTTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-A-TATTA-CAAATAG--AAG-------C--GG--GC-AG--GT-CCGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGT-ATAGCCT
gi|104166 : TTTT-T--T-AATA--TTG-ATAT-T-TGGAT-T-TATTA-CAAATAG--AAG-------A--GG--GC-GA--AT-CCGTAGAACTAGAAT-AC-AG----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104167 : TTTT-TTAT-AATA--TTA-TT-----TCGAT-T-TGTTA-CAAATAG--AAG-------C---A--AC-AA--GT-CCATTGAACTAGAAT-AG-AA----ATTGTC-ATGGCCT
gi|104168 : TTTT-CGATTAATA--TT--TTAT-T-TG-AT-T-TATTA-CAAATTG--AAG-------C--GG--GCGGA--GT-CC-TAGATCTCGATT-AC-AG----ATT-GT-ATGGACT
gi|104169 : TTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-A-TATCA-AAAATAG--AAG-------C--GA--GC-GA--GT-CCGTAGAACTAGATT-TT-AA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104170 : TTT-TGAT-AATA--TTG-TTAT-T-TGGAT-T-TATTA-CAAATAG--AAG-------T--GA--GC-AA--AT-CTGTAGATCTAGATT-AC-AA----ATTGTC-AT
gi|104171 : TTT-TCAT-AATAGTCTA-TTAT-T-TGGAT-T-TATCA--AAATAG--AAG-------C--GA--GCGGA--GT-CC
gi|104172 : T-AATA--TTG-TTAT-T-TGGAT-T-TATTAACAAATAG--AAG-------T--GA--GC-AA--AT-CTGTAGATCTAGATTAAC-AA----ATTGTC-ATAG
gi|104173 : TA--TTA-TTAT-T-GGGAT-T-TATTA-CAAATAG--AAG-------CTCGG--GC-GA--AT-CCGTAGAACTAGATT-GC-AA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104174 : A-TTAT-T-TGGAT-T-TATCG-CAAATAG--AAG-------C--GG--GT-GA--AT-CAGTTGAACTAAATT-AG-AA----ATTGGC-ATTGCCT
gi|104175 : -TGGATAT-TATTG-CAAATAG--AAA-------C--G---GC-AA--AT-TCGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGACCT
gi|104176 : TA-AAAATAG--AAG-------C--G---GC-GA--AT-CCGACGAACTAAATT-AC-CAT---ATTAGC-ATGGCC
gi|104177 : ACAG--AAG-------C--GA--GC-GA--AT-CCGTAGAACTAGATT-AC-GA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104178 : A--GC-GG--GT-ACATAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGACCT
gi|104179 : GTAGAACTAGATT-AC-GA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104180 : TAGAACTAGATT-AT-AA----ATTGGC-ATGGCCT
blockSeqs : A T GT A A G A G AC AA GACAAGC TC GTG G AG G A G ATGC A
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . A G AA . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-T-TATTA-CAAATAG--AAG-------C--GA--GC-GA--GT-CCGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGGCCT
finalCons : TTTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-T-TATTA-CAAATAG--AAG-------C--GA--GC-GA--GT-CCGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGGCCT
Alignments
lowQualScore : 1 1 22 1 1 1 1 1 22 22 4444444 22 555 2 33 1 1 1 4444 1
lowQualScore : . . .. . . . . . .. .. ....... .. ... . .. . . . .... .
lowQualScore : 8 7 33 6 6 5 5 5 66 00 6666666 00 555 8 99 4 4 4 3333 4
consensus : TTTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-T-TATTA-CAAATAG--AAG-------C--GA--GC-GA--GT-CCGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGGCCT
Reference ( family-611 ) : TTTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-T-TATTA-CAAATAG--AAG-------C--GA--GC-GA--GT-CCGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104150 : TTTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAA-T-TATCA-AAAATAG--AAG-------C--GA--AC-GA--GT-CTGTAGAACTAGATT-AC-GA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104151 : tTTTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-T-TATCA-AAAATAT--AAG-------C--GA--GC-GA--GT-CTGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGAT-ATGGCC
gi|104152 : tTTTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-CGGAT-T-TATCA-AAAATAGAAAAG-------C--GA--GC-
gi|104153 : tTTTT-TTAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-T-TAC-A-AAAATAG--AAG-------C--AA--GC-AA--GT-CCATAGAACTAGATT-AC-GA----ATTGGC-ATGGCC
gi|104154 : tTTTT-TGAA-AATG--TTA-TTAT-T-AGGAT-T-TGTTA-CAAATAG--AAG-------C--GG--GC-GG--GT-CCGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGT-ATGGCCT
gi|104155 : tTTTT-TGAT-AATA--TTA-TT-----TGGAT-T-TATCA-CAAATAG--AAG-------C--G---GC-GA--AT-CCGTAGGACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGACCT
gi|104156 : tTTTT-TTAT-AATA--TTA-CT-----TGGAT-T-TATTA-CAAACAG--AAG-------C--GG--GT-GG--GT-CCGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104157 : tTTTTATGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-T-TA-TA--AAATAG--AAG-------C--GA---C-GAAGGT-CC-TAGAACTAGA-T-ACGGA----ATTGGC-ATGGC
gi|104158 : tTTTT-TGAT-A-----TTA-TTAT-T-TGGAT-T-T-TTA-CAAATAG--AAG-------C--T---GC-GA--AT-CTGATGGACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104159 : tTTTT-TTAT-AATA--T-A---AT-T-TGGAT-T-TGTTA-CAAATAA--AAG-------T--G---GC-GA--AT-CCGTAAAACAAGATT-AC-AA----ACTAGC-ACAGC
gi|104160 : tTTTT-TGAT-ATTA----A-TT-T-T-TGGAT-T-TAATA-CAAATAG--AAG-------C--GA--GT-GA--AT----TAGAACTATATT-AC-AA----ATTGGC-AT
gi|104161 : tTTTT-TAAT-AATA--TTA-TTATAG-TGGAT-TGTATC--CAAATAA--AAGGACAAGCC--GA--AC-GA--AT-CCGTAGAATTGGATT-AC-GA----ACTGAC-ATG
gi|104162 : tTTTT-TAAT-AATA--TCAATTAT-TGTGATT-T-TGTTA-CAAATAA--GAT-------C--GGTGGC-GAAAGTGCCGTGC--CTAGATT-AC-AA----ATTGACAATGGCCT
gi|104163 : tTTTT-TGAT-AATA--ATA-TTAT-T-TGGAT-T-TATTA-AAAGTAG--AAG-------C--GA--GC-GA--AT-CCGTAGAACTAGATT-AC-GA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104164 : TTTT-TGAT-TATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-T-TATTA-AAATTAG--AAG-------C--GA--GC-GA--GT-CCGTAGAACTAGATT-AC-GAATGCATTGGC-ATGGTCT
gi|104165 : TTTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-A-TATTA-CAAATAG--AAG-------C--GG--GC-AG--GT-CCGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGT-ATAGCCT
gi|104166 : TTTT-T--T-AATA--TTG-ATAT-T-TGGAT-T-TATTA-CAAATAG--AAG-------A--GG--GC-GA--AT-CCGTAGAACTAGAAT-AC-AG----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104167 : TTTT-TTAT-AATA--TTA-TT-----TCGAT-T-TGTTA-CAAATAG--AAG-------C---A--AC-AA--GT-CCATTGAACTAGAAT-AG-AA----ATTGTC-ATGGCCT
gi|104168 : TTTT-CGATTAATA--TT--TTAT-T-TG-AT-T-TATTA-CAAATTG--AAG-------C--GG--GCGGA--GT-CC-TAGATCTCGATT-AC-AG----ATT-GT-ATGGACT
gi|104169 : TTT-TGAT-AATA--TTA-TTAT-T-TGGAT-A-TATCA-AAAATAG--AAG-------C--GA--GC-GA--GT-CCGTAGAACTAGATT-TT-AA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104170 : TTT-TGAT-AATA--TTG-TTAT-T-TGGAT-T-TATTA-CAAATAG--AAG-------T--GA--GC-AA--AT-CTGTAGATCTAGATT-AC-AA----ATTGTC-AT
gi|104171 : TTT-TCAT-AATAGTCTA-TTAT-T-TGGAT-T-TATCA--AAATAG--AAG-------C--GA--GCGGA--GT-CC
gi|104172 : T-AATA--TTG-TTAT-T-TGGAT-T-TATTAACAAATAG--AAG-------T--GA--GC-AA--AT-CTGTAGATCTAGATTAAC-AA----ATTGTC-ATAG
gi|104173 : TA--TTA-TTAT-T-GGGAT-T-TATTA-CAAATAG--AAG-------CTCGG--GC-GA--AT-CCGTAGAACTAGATT-GC-AA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104174 : A-TTAT-T-TGGAT-T-TATCG-CAAATAG--AAG-------C--GG--GT-GA--AT-CAGTTGAACTAAATT-AG-AA----ATTGGC-ATTGCCT
gi|104175 : -TGGATAT-TATTG-CAAATAG--AAA-------C--G---GC-AA--AT-TCGTAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGACCT
gi|104176 : TA-AAAATAG--AAG-------C--G---GC-GA--AT-CCGACGAACTAAATT-AC-CAT---ATTAGC-ATGGCC
gi|104177 : ACAG--AAG-------C--GA--GC-GA--AT-CCGTAGAACTAGATT-AC-GA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104178 : A--GC-GG--GT-ACATAGAACTAGATT-AC-AA----ATTGGC-ATGACCT
gi|104179 : GTAGAACTAGATT-AC-GA----ATTGGC-ATGGCCT
gi|104180 : TAGAACTAGATT-AT-AA----ATTGGC-ATGGCCT